CN113658142B - 一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及医学图像分割技术领域，尤其涉及一种基于改进U‑Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法。其步骤包括一、采集患者股骨CT图像，进行预处理；二、构建样本库，对股骨区域进行标注，得到训练集和测试集；三、对训练集进行数据增强；四、构建改进U‑Net神经网络模型；五、对改进U‑Net神经网络模型进行训练；六、对训练完成的改进U‑Net神经网络模型进行测试，输出分割结果，并对模型进行评估，得出模型性能。本发明提高了分割髋关节股骨近端的精确度，分割结果可作为股骨假体重建的重要参考依据，提高诊断的准确性、客观性和可靠性，对医学图像中目标骨骼分割的发展具有重要意义。
Description
技术领域
本发明涉及医学图像分割技术领域，尤其涉及一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法。
背景技术
骨质疏松症是一种最初无症状的骨骼疾病，以髋部(股骨近端)、脊柱或手腕最为突出。髋关节是连接人体骨盆与大腿的重要关节，具有负重并控制着下肢活动的作用，该关节易出现磨损和变形，以致影响人的正常生活，人工关节置换术在髋关节疾病的治疗中取得了很大的成功。但目前的股骨修复术仅凭医师的主观判断，所选假体很难与病人自身关节相匹配，在一定程度上影响了患者的恢复。为了能够对股骨特征数据进行提取，以建立合适的假体模型，需对髋骨附近的股骨近端部分进行精确地分割。
髋关节的CT序列图像具有对比度不高，髋臼与股骨头连接紧密的特点，因此目标骨骼分割难度较大。在深度学习技术出现之前，股骨近端的分割主要使用半自动的方法，其中分割过程需要用户干预以获得更高的分割精确度，例如基于图谱分割法、图形切割法、主动轮廓模型和统计形状模型等。虽然用户的干预能够保证较为精确的分割结果，但是操作繁琐且用户需要经过一定的学习训练才能正确使用。
近年来，深度卷积神经网络的发展使得其可以有效应用于图像处理领域。由于医学图像往往边界模糊且梯度复杂，需要较多的高分辨率信息用于精准分割；再者，人体内部结构相对固定，分割目标在人体图像中分布很具有规律，语义简单明确，低分辨率信息能够提供这一信息。U-Net神经网络结合了低分辨率和高分辨率信息，因此在医学图像分割领域表现较好。目前，针对髋关节股骨近端分割已经提出包括3D U-Net、V-Net等神经网络框架，所得模型的分割精度都不能达到令人满意的结果。因此，结合深度卷积神经网络对髋关节股骨近端部分进行精确分割具有广泛的临床价值，同时收到了国内外研究学者的广泛关注。
发明内容
针对背景技术中存在的问题，提出一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法。本发明提高了分割髋关节股骨近端的精确度，分割结果可作为股骨假体重建的重要参考依据，提高诊断的准确性、客观性和可靠性，对医学图像中目标骨骼分割的发展具有重要意义。
本发明提出一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法，包括：
S1、采集患者股骨CT图像，对股骨CT图像进行预处理；预处理为对股骨CT图像进行中值滤波，将图像大小统一为256×256，通道数为3；
S2、构建样本库，对股骨区域进行标注，得到训练集和测试集；
S3、对训练集进行数据增强；
S4、构建改进U-Net神经网络模型；改进U-Net神经网络模型包括编码器、解码器、空间注意力模块和空洞卷积模块；
S5、基于训练集，对改进U-Net神经网络模型进行训练；
S6、基于测试集，对训练完成的改进U-Net神经网络模型进行测试，输出分割结果，并对模型进行评估，得出模型性能。
优选的，S2中对股骨近端区域进行标注，由骨科医生协助指导，对所有患者的CT图像的股骨区域进行标注，股骨部分标注为白色，非股骨部分为黑色，其中80％作为训练集，20％作为测试集。
优选的，S3中数据增强的方法为在线增广法，在每个世代训练中，样本在输入模型进行训练前都会进行旋转、宽度变化、高度变化、错切变换、缩放和水平翻转的操作。
优选的，S4中编码器包括五个层级；第一层级包括依次相连的64个递归残差单元；第二层级包括依次相连的128个递归残差单元；第三层级包括依次相连的256个递归残差单元；第四层级包括依次相连的512个递归残差单元；第五层级包括依次相连的1024个递归残差单元。
优选的，S4中解码器包括四个层级；第一层级包括依次相连的64个递归残差单元；第二层级包括依次相连的128个递归残差单元；第三层级包括依次相连的256个递归残差单元；第四层级包括依次相连的512个递归残差单元；第五层级包括依次相连的1024个递归残差单元。
优选的，S4中空洞卷积模块为级联空洞卷积模块；通过在编码器和解码器连接处插入级联空洞卷积模块以扩大卷积核感受野；级联空洞卷积模块由空洞率分别为2、4、8的空洞卷积层组成，将每层输出相加作为该模块的输出。
优选的，S4中空间注意力模块指对于该层级编码部分对应的下文信息g与同层次解码部分对应的上文信息x进行连接；首先将输出g和输出x使用1维卷积进行降维，使得g和x大小一致；其次将g和x相加，经过ReLU激活函数和一维卷积将通道数降至1；然后经过Sigmod激活函数，得到权重系数；最后将权重系数与x对应向量相乘，得到加权后的向量
优选的，递归残差单元的结构为两个递归卷积单元串联的输出加上输入；单个递归卷积单元层包含3个递归子序列；其中单个卷积单元包括卷积层、批规范化层和线性整流层。
优选的，S5中训练过程采用Dice Loss作为网络的损失函数，使用Adam优化器训练300轮，学习率为0.00001，训练批次大小为6；其中Dice Loss函数为：
其中，X表示预测结果，Y表示真实结果，Dice系数为(2|X∩Y|+1)/(|X|+|Y|+1)，模型预测结果越精确Dice系数越高，则Loss越低。
优选的，S6中模型性能采用精确率Precision、召回率Recall、均衡平均数F1score以及均交并比mIoU进行评估；其中精确率、召回率、均衡平均数和交并比计算公式分别为：
精确率Precision为正确预测为正的占全部预测为正的比例，召回率Recall为正确预测为正的占全部实际为正的比例，均衡平局数F1score为精确率和召回率的调和平均数；TP为真正例，指正类判定为正类；FP为假正例，指负类判定为正类；FN为真负例，指正类判定为负类。
与现有技术相比，本发明具有如下有益的技术效果：
本发明在U-Net网络框架的基础上用递归残差卷积单元替换原卷积单元，既保留了U-Net网络参数较少的特点，又避免了梯度消失的问题；在编码器和解码器连接处插入级联空洞卷积模块，扩大卷积核感受野且降低了模型计算量，采用不同空洞率的空洞卷积模块级联能够获取多尺度信息；在编码器和解码器跳跃连接中添加了空间注意力模块，融合编码信息和同层次的解码信息，抑制背景区域特征的同时保留目标区域特征，使得模型精度进一步提高。本发明可以提高分割髋关节股骨近端的精确度，分割结果可作为股骨假体重建的重要参考依据，提高诊断的准确性、客观性和可靠性，对医学图像中目标骨骼分割的发展具有重要意义。
附图说明
图1为本发明中一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法的流程图；
图2为本发明改进的U-Net神经网络的模型结构图；
图3为级联空洞卷积层模块，其中图(a)为级联空洞卷积内部结构图，图(b)为空洞率分别为1、2、3的空洞卷积核；
图4为空间注意力模块内部结构图；
图5为卷积单元图，其中图(a)为改进的卷积单元，图(b)为递归卷积单元，图(c)为残差卷积单元，图(d)为递归残差卷积单元；
图6为所提改进U-Net网络与U-Net、U-Net++的训练过程中精确度对比图；
图7为髋关节股骨近端分割结果对比度，其中图(a)为原图，图(b)为标签，图(c)为U-Net分割图；图(d)为U-Net++分割图；图(e)为所提网络分割图。
具体实施方式
实施例一
如图1所示，本发明提出的一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法，包括：
S1、采集患者股骨CT图像，对股骨CT图像进行预处理；预处理为对股骨CT图像进行中值滤波，将图像大小统一为256×256，通道数为3；
S2、构建样本库，对股骨区域进行标注，得到训练集和测试集；
S3、对训练集进行数据增强；
S4、构建改进U-Net神经网络模型；改进U-Net神经网络模型包括编码器、解码器、空间注意力模块和空洞卷积模块；
S5、基于训练集，对改进U-Net神经网络模型进行训练；
S6、基于测试集，对训练完成的改进U-Net神经网络模型进行测试，输出分割结果，并对模型进行评估，得出模型性能。
进一步的实施例中，S2中对股骨近端区域进行标注，由骨科医生协助指导，对所有患者的CT图像的股骨区域进行标注，股骨部分标注为白色，非股骨部分为黑色，其中80％作为训练集，20％作为测试集。
进一步的实施例中，S3中数据增强的方法为在线增广法，在每个世代训练中，样本在输入模型进行训练前都会进行旋转、宽度变化、高度变化、错切变换、缩放和水平翻转的操作。
实施例二
如图2所示，在上述实施例的基础上，本实施例中编码器包括五个层级；第一层级包括依次相连的64个递归残差单元；第二层级包括依次相连的128个递归残差单元；第三层级包括依次相连的256个递归残差单元；第四层级包括依次相连的512个递归残差单元；第五层级包括依次相连的1024个递归残差单元。解码器包括四个层级；第一层级包括依次相连的64个递归残差单元；第二层级包括依次相连的128个递归残差单元；第三层级包括依次相连的256个递归残差单元；第四层级包括依次相连的512个递归残差单元；第五层级包括依次相连的1024个递归残差单元。
实施例三
如图3(a)所示，在上述实施例的基础上，本实施例中空洞卷积模块为级联空洞卷积模块；通过在编码器和解码器连接处插入级联空洞卷积模块以扩大卷积核感受野；级联空洞卷积模块由空洞率分别为2、4、8的空洞卷积层组成，将每层输出相加作为该模块的输出。
进一步的实施例中，上述空洞卷积为：k'＝k+(k-1)×(r-1)。其中，k为标准卷积核的大小，r为空洞卷积的空洞率，k’为空洞卷积核大小。
进一步的实施例中，k＝3，r＝2、4、8，如图3(b)所示，为普通3×3的卷积核使用了空洞率为1、2、3的空洞卷积核，该空洞卷积减少的网络参数比例为：其中，a为减少参数的比例，n为卷积层个数，在本实施例中k为3，n为2，则a＝50％，即在使用空洞卷积后，减少了一半的网络参数。
实施例四
如图4所示，在上述实施例的基础上，本实施例中空间注意力模块指对于该层级编码部分对应的下文信息g与同层次解码部分对应的上文信息x进行连接；首先将输出g和输出x使用1维卷积进行降维，使得g和x大小一致；其次将g和x相加，经过ReLU激活函数和一维卷积将通道数降至1；然后经过Sigmod激活函数，得到权重系数；最后将权重系数与x对应向量相乘，得到加权后的向量
进一步的实施例中，该模块的构成还包括线性变换Wg、Wx和ψ，偏置为bg和bψ，注意力系数ai，其中ai∈(0,1)，表示为：
其中，σ1为ReLU激活函数，σ2为Sigmod激活函数。
实施例五
如图5(d)所示，在上述实施例的基础上，本实施例中递归残差单元的结构为两个递归卷积单元串联的输出加上输入；单个递归卷积单元层包含3个递归子序列；其中单个卷积单元包括卷积层、批规范化层和线性整流层，如图5(a)所示。
实施例六
在上述实施例的基础上，本实施例中，S5中训练过程采用Dice Loss作为网络的损失函数，使用Adam优化器训练300轮，学习率为0.00001，训练批次大小为6；其中Dice Loss函数为：
其中，X表示预测结果，Y表示真实结果，Dice系数为(2|X∩Y|+1)/(|X|+|Y|+1)，模型预测结果越精确Dice系数越高，则Loss越低。
实施例七
在上述实施例的基础上，本实施例中，S6中模型性能采用精确率Precision、召回率Recall、均衡平均数F1score以及均交并比mIoU进行评估；其中精确率、召回率、均衡平均数和交并比计算公式分别为：
精确率Precision为正确预测为正的占全部预测为正的比例，召回率Recall为正确预测为正的占全部实际为正的比例，均衡平局数F1score为精确率和召回率的调和平均数；TP为真正例，指正类判定为正类；FP为假正例，指负类判定为正类；FN为真负例，指正类判定为负类。
数据分析
在整个训练过程中，为了明确模型没有出现过拟合的状况，需要检测模型训练过程中训练集准确率和损失值的曲线，如图6所示，曲线基本处于拟合状态，且没有出现震荡，说明模型在该训练过程中达到了稳定状态，模型具有较好的鲁棒性。作为对比，本例还采用现有的基于U-Net以及U-Net++的分割方法对该数据集进行分割，准确率和损失值曲线如图6所示。所提改进U-Net与U-Net、U-Net++分割结果对比图如图7所示。三种分割方法对应的评价指标如表1所示：
表1
从上表中Accuracy、Precision、Recall、F1Score、mIoU评价指标来看，所提改进U-Net网络预测精确度较高，分割效果更好。从图7的分割结果图上看，实验结果表明，本发明基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法在髋臼与股骨头连接紧密处分割效果更为精确。
上面结合附图对本发明的实施方式作了详细说明，但是本发明并不限于此，在所属技术领域的技术人员所具备的知识范围内，在不脱离本发明宗旨的前提下还可以作出各种变化。
Claims (5)
1.一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法，其特征在于，步骤包括：
S1、采集患者股骨CT图像，对股骨CT图像进行预处理；
S2、构建样本库，对股骨区域进行标注，得到训练集和测试集：对股骨近端区域进行标注，由骨科医生协助指导，对所有患者的CT图像的股骨区域进行标注，股骨部分标注为白色，非股骨部分为黑色，其中80％作为训练集，20％作为测试集；
S3、对训练集进行数据增强：数据增强的方法为在线增广法，在每个世代训练中，样本在输入模型进行训练前都会进行旋转、宽度变化、高度变化、错切变换、缩放和水平翻转的操作；
S4、构建改进U-Net神经网络模型；改进U-Net神经网络模型包括编码器、解码器、空间注意力模块和空洞卷积模块；空间注意力模块指对于各层级编码部分对应的下文信息g与同层次解码部分对应的上文信息x进行连接；首先将输出g和输出x使用1维卷积进行降维，使得g和x大小一致；其次将g和x相加，经过ReLU激活函数和一维卷积将通道数降至1；然后经过Sigmod激活函数，得到权重系数；最后将权重系数与x对应向量相乘，得到加权后的向量
S5、基于训练集，对改进U-Net神经网络模型进行训练，训练过程采用Dice Loss作为网络的损失函数，使用Adam优化器训练300轮，学习率为0.00001，训练批次大小为6；其中DiceLoss函数为：
其中，X表示预测结果，Y表示真实结果，Dice系数为(2|X∩Y|+1)/(|X|+|Y|+1)，模型预测结果越精确Dice系数越高，则Loss越低；
S6、基于测试集，对训练完成的改进U-Net神经网络模型进行测试，输出分割结果，并对模型进行评估，得出模型性能；模型性能采用精确率Precision、召回率Recall、均衡平均数F1score以及均交并比mIoU进行评估；其中精确率、召回率、均衡平均数和交并比计算公式分别为：
精确率Precision为正确预测为正的占全部预测为正的比例，召回率Recall为正确预测为正的占全部实际为正的比例，均衡平局数F1score为精确率和召回率的调和平均数；TP为真正例，指正类判定为正类；FP为假正例，指负类判定为正类；FN为真负例，指正类判定为负类。
2.根据权利要求1所述的一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法，其特征在于，S4中编码器包括五个层级；第一层级包括依次相连的64个递归残差单元；第二层级包括依次相连的128个递归残差单元；第三层级包括依次相连的256个递归残差单元；第四层级包括依次相连的512个递归残差单元；第五层级包括依次相连的1024个递归残差单元。
3.根据权利要求1所述的一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法，其特征在于，S4中解码器包括五个层级；第一层级包括依次相连的64个递归残差单元；第二层级包括依次相连的128个递归残差单元；第三层级包括依次相连的256个递归残差单元；第四层级包括依次相连的512个递归残差单元；第五层级包括依次相连的1024个递归残差单元。
4.根据权利要求1所述的一种基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法，其特征在于，S4中空洞卷积模块为级联空洞卷积模块；通过在编码器和解码器连接处插入级联空洞卷积模块以扩大卷积核感受野；级联空洞卷积模块由空洞率分别为2、4、8的空洞卷积层组成，将每层输出相加作为该模块的输出。
5.根据权利要求2或3任一项所述的基于改进U-Net神经网络的髋关节股骨近端分割方法，其特征在于，递归残差单元的结构为两个递归卷积单元串联的输出加上输入；单个递归卷积单元层包含3个递归子序列；其中单个递归卷积单元包括卷积层、批规范化层和线性整流层。
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