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CN116322762A - 用tl1a抗体治疗炎症性肠病的方法 - Google Patents

用tl1a抗体治疗炎症性肠病的方法 Download PDF

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CN116322762A CN202180052476.8A CN202180052476A CN116322762A CN 116322762 A CN116322762 A CN 116322762A CN 202180052476 A CN202180052476 A CN 202180052476A CN 116322762 A CN116322762 A CN 116322762A
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Abstract

本发明涉及一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括给所述患者以诱导给药方案施用抗‑TNF样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案在用所述抗‑TL1A抗体治疗开始后的至少12周足以改善IBD的体征和症状，所述诱导给药方案包括多个单独的诱导剂量，其中所述方法还包括在完成所述诱导给药方案之后向所述患者施用后续的维持给药方案，所述维持给药方案包括彼此间隔至少2周的多个单独维持剂量。

Description

用TL1A抗体治疗炎症性肠病的方法
发明领域
本发明涉及用抗肿瘤坏死因子样配体1A(TL1A)抗体治疗炎症性肠病的体征和症状。
背景技术
炎症性肠病(IBD)，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎(UC)，是慢性炎症性疾病，影响美国约160万人，欧洲约250万至300万人。为了诱导中度至重度活动性UC患者的缓解，治疗建议包括适当剂量的口服皮质类固醇、生物疗法如肿瘤坏死因子抑制剂(TNFi)英夫利昔单抗(单药或与硫唑嘌呤联合治疗)、阿达木单抗、乌斯特金单抗、戈利木单抗、整联蛋白受体拮抗剂维多利珠单抗，和口服小分子Janus激酶抑制剂tofacinib(Rubin等，2019Am JGastroenterol；114:384-413)。然而，已在UC中观察到对治疗无反应和反应消失，因此，UC和IBD的新治疗开发仍然是未满足的临床需求(Lichtenstein等，2018Am JGastroenterol；113:481-517)。
一系列粘膜免疫系统成分—包括上皮细胞、先天性和适应性免疫细胞、细胞因子和趋化因子—有助于IBD发病机制(Wallace等，2014，World J Gastroenterol；20:6-21)。参与IBD发病机制的免疫成分之一是TNF样配体1A(TL1A，或组织坏死因子超家族成员15(TNFSF15))。全基因组关联研究已将TNFSF15单核苷酸多态性与疾病严重程度联系起来；例如，与健康对照相比，观察到rs11554257单核苷酸多态性与难治性UC之间的关联(Haritunians等，2010，Inflammatory bowel diseases；16:1830-1840)。已发现TL1A在IBD组织标本中上调，其表达水平与疾病严重程度相对应(Bamias等，2010，Clin Immunol；137:242-249)。
T细胞介导的信号传导和细胞因子产生，例如，产生干扰素-γ的T辅助细胞(Th)1、产生白介素(IL)-6和IL-17的Th17细胞以及产生IL-4和IL-13的Th2细胞通过TL1A与死亡受体3的结合而被共同刺激(Migone等，2002，Immunity 16；16:479-492；Takedatsu等，2008，Gastroenterology 135；552-567；Meylan等，2011；Mucosal Immunity 4；172-185；Meyla等，2008；Immunity 29；79-89)。由于细胞因子产生增加导致慢性炎症，TL1A的抑制可能是炎症性疾病(包括IBD)的治疗靶点。
UC是以弥漫性粘膜炎症为特征的大肠慢性炎症性疾病。这种疾病的潜在病理生理学是免疫基因遗传易感性和肠道微生物组变化相互作用的结果。UC靶向免疫细胞激活的当前治疗方法包括非选择性药物如皮质类固醇、美沙拉秦、硫嘌呤以及选择性生物制剂(抗TNFa、抗4b7和抗IL-12/23药剂)和小分子Janus激酶抑制剂。尽管进行了这些治疗，但许多患者通过内镜检查发现反应不足并出现难治性疾病。因此，迫切需要开发通过例如内窥镜(称为“内窥镜治疗”)确定的促进胃肠道愈合的疗法并定义组织、血液和微生物组生物标志物以帮助指导治疗。
对于中重度溃疡性结肠炎患者，有效、安全、耐受性良好的治疗需求仍未得到满足。UC的标志性临床症状包括与直肠紧迫性和里急后重相关的血性腹泻。临床过程以恶化和缓解为特征。UC的诊断在临床上是可疑的并得到诊断测试和消除感染原因的支持(Dignass等，J Crohn’s Colitis.2012；6(10):965-90)。UC最严重的肠道表现是中毒性巨结肠和穿孔。肠外并发症包括关节炎(外周或轴向受累)、皮肤病(结节性红斑、口疮和坏疽性脓皮病)、眼部炎症(葡萄膜炎)和肝功能障碍(原发性硬化性胆管炎)。UC患者患结肠癌的风险增加，并且随着疾病的持续时间以及结肠受疾病影响的程度而风险增加(Rutter等，2004Gastroenterology；126(2)：451-9)。
UC的医疗目的是控制炎症和减轻症状。可用的药物治疗是有限的，并不总是完全减轻炎症过程，并且可能会产生显著副作用。轻度至中度活动性UC的治疗包括5-氨基水杨酸衍生物和免疫抑制剂。
全基因组关联研究已将200多个基因与IBD联系起来，其中许多基因与这种潜在的失调免疫调节功能相关(de Lange et al 2017，Nat Genet.；49(2):256-610)。与IBD相关的最强遗传变体之一存在于肿瘤坏死因子超家族成员15(TNFSF15)基因座(Siakavellas等，2015；Inflamm.Bowel Dis.21(10)：2441-52)。TNFSF15的变体与多种自身免疫性疾病的发病机制有关，包括银屑病、类风湿性关节炎和多发性硬化症，提示TNFSF15在人类炎症性疾病中的广泛作用。在IBD中，TNFSF15变体可能会带来更高的侵袭性、穿透性、纤维狭窄和肛周疾病并发症的风险(Yang等，2014J Crohns Colitis；8(10)：1315-26；Tung等，2014JGasteroenterl Hepatol；29(4):273-9)。TNFSF15编码蛋白TNF样配体1A(TL1A)，其在活动性结肠炎期间在人类结肠组织中高表达(Bamias等2013；Curr OpinionGasteroenterol.29(6):597-602)。
TL1A在临床前模型中的机制影响是多效性的。虽然早期研究表明TL1A过表达在驱动炎性Th1、Th17和第2组先天淋巴细胞反应中起致病作用，在急性结肠炎和回肠炎的小鼠模型中的最新报告揭示了内源性TL1A在支持抗炎T调节细胞(Treg)和第3组先天淋巴细胞功能方面的对比保护作用(Prehn等，2004，Clin Immunol 112(1):66-77；Castellanos等2019；Mucosal Immunol.11(5)：1466–1476)。除了对淋巴细胞的影响外，小鼠模型还揭示了TL1A过表达对肠纤维化的关键影响。此外，外周血巨噬细胞的体外研究揭示了TNFSF15风险单倍型在协同调节NOD2配体诱导的炎性细胞因子中的作用(Hedl和Abraham，2014；PNAS111(37)13451-13456)。总之，这些临床前研究突出了TL1A在调节IBD关键的选择性先天性和适应性免疫途径以及纤维化的关键临床并发症方面的潜在中枢稳态作用。迄今为止，还没有研究确定抗TL1A治疗对人体潜在疗效的机制。
啮齿动物结肠炎模型和人类细胞的临床前研究表明，抗TL1A抗体可以减少组织纤维化、成纤维细胞数量和临床疾病评分，从而突出其作为IBD生物治疗的潜力(Clarke等，2002年，MAbs 10:664-677；Shih等，2014Mucosal Immunol；7:1492-1503)。
PF-06480605是一种全新的靶向TL1A的全人免疫球蛋白G1单克隆抗体。在健康参与者中首次进行的PF-06480605人体研究表明，单次静脉注射(IV)剂量高达800mg和IV剂量PF-06480605 500mg，或皮下(SC)剂量高达300mg，每2周给药一次(Q2W)，共给药3次，具有良好的安全性和靶向性(Banfield等2019，Br J Clin Pharmacol Epub提前出版)。本2a期多中心单臂研究的目的是评估PF-06480605首次用于中至重度UC患者的安全性、耐受性和有效性。在这里，我们提供了用抗-TL1A PF-06480605治疗的参与者的组织转录、外周血蛋白质组学和粪便宏基因组数据的分析。结果表明，在实现内镜改善的患者中，组织Th17和纤维化途径的选择性减少是抗TL1A治疗的目标。血液蛋白质组的相关变化反映了实现内镜改善的参与者的组织和系统变化。抗TL1A治疗改变了肠道微生物组，其特征是与UC微生物组相关的病理生物减少。此外，我们的结果确定了预测反应的遗传变异和组织基因特征。这些结果为TL1A在人IBD中的抑制提供了第一个机制见解。此外，该结果还可以为基于抗TL1A治疗的临床管理提供精确医学方法。
发明内容
本发明提供了治疗炎症性肠病(IBD)患者的方法，包括施用抗TNF样配体1A(TL1A)抗体。本领域技术人员将认识到，或能够仅使用常规实验来确定，本文所描述的本发明的具体实施方案的许多等效物。这些等价物旨在被以下实施方案(E)涵盖。
E1.在第一个实施方案中，本发明涉及一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，该方法包括在用抗TL1A抗体治疗开始后至少12周内，以足以改善IBD体征和症状的诱导给药方案向患者施用抗TNF-样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案包括多个单个诱导剂量，其中所述方法还包括在完成所述诱导给药方案之后向所述患者施用后续的维持给药方案，所述维持给药方案包括彼此间隔至少2周的多个单个维持剂量。
E2.如E1所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量间隔至少4周施用。
E3.如E1-E2所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量间隔至少8周施用。
E4.如E1-E3所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量间隔至少12周施用。
E5.一种用于治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括在用所述抗-TL1A抗体开始治疗后至少12周以足以改善IBD特征和症状的治疗给药方案向所述患者施用抗-TNF样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案包括多个单个诱导剂量，其中所述方法还包括在完成所述诱导给药方案之后向所述患者施用后续的维持给药方案，所述维持给药方案包括彼此间隔至少1个月的多个单个维持剂量。
E6.如E5中所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量间隔至少2个月施用。
E7.如E5-E6中所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量间隔至少3个月施用。
E8.如E5-E7中所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量间隔至少4个月施用。
E9.如E5-E8所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量间隔至少6个月施用。
E10、如E1-E9所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量是单个诱导剂量的约100％。
E11.如E1-E10所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量不超过单个诱导剂量的约75％。
E12.如E1-E11所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量不超过单个诱导剂量的约50％。
E13.如E1-E12所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量不超过单个诱导剂量的约40％。
E14.如E1-E13所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量不超过单个诱导剂量的约25％。
E15.如E1-E14所述的方法，其中一个或多个单个维持剂量不超过单个诱导剂量的约20％。
E16.如E1-E15任一项所述的方法，其中一个或多个单个诱导剂量通过静脉注射为约500mg。
E17.如E1-E16任一项所述的方法，其中一个或多个单个诱导剂量彼此间隔2周。
E18.一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，该方法足以改善IBD的体征和症状，该方法包括以诱导给药方案向患者施用抗TNF-样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案包括通过静脉注射每2周500mg的多个单个诱导剂量。
E19.根据E1-E18所述的方法，其中所述诱导给药方案持续至少12周。
E20.如E1-19任一项所述的方法，其中所述维持给药方案维持至少2个月。
E21.如E1-20任一项所述的方法，其中所述维持给药方案维持至少3个月。
E22.如E1-21任一项所述的方法，其中所述维持给药方案维持至少4个月。
E23.如E1-22任一项所述的方法，其中所述维持给药方案维持至少6个月。
E24.如E1-E23任一项所述的方法，其中在诱导给药方案之后，患者经历以临床反应为特征的IBD体征和症状的改善。
E25.如E1-E24任一项所述的方法，其中在诱导给药方案之后，患者经历了以内窥镜反应为特征的IBD体征和症状的改善。
E26.如E1-E25任一项所述的方法，其中在诱导给药方案之后，患者经历了以临床缓解为特征的IBD体征和症状的改善。
E27.如E1-E26任一项所述的方法，其中在诱导给药方案之后，患者经历了以内窥镜缓解为特征的IBD体征和症状的改善。
E28.如E1-E27任一项所述的方法，其中在诱导给药方案之后，患者经历了以深度缓解为特征的IBD体征和症状的改善。
E29.如E1-E28任一项所述的方法，其中在诱导给药方案之后，患者经历了以症状缓解为特征的IBD体征和症状的改善。
E30.如E1-E29任一项所述的方法，其中在诱导给药方案之后，患者经历了以内窥镜改善为特征的IBD体征和症状的改善。
E31.如E1-E30任一项所述的方法，其中在诱导给药方案之后，患者在所述患者接受所述维持给药方案的同时经历了被维持的IBD体征和症状的改善。
E32.根据E1-E23所述的方法，其中所述抗TL1A抗体的诱导给药方案在开始用所述抗-TL1A抗体治疗后至少14周内有效地改善IBD的体征和症状。
E33.根据E1-E32所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于Mayo内镜评分的改善。
E34.根据E1-E33所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的Mayo内镜评分减少至少一个整数。
E35.根据E1-E34所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的Mayo内镜评分降低了至少两个整数。
E36.根据E1-E35所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的Mayo内镜评分降低了至少三个整数。
E37.根据E1-E36所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的Mayo内镜评分为0或1。
E38.根据E1-E37所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的Mayo总分为0、1、2或3。
E39.根据E1-E38所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的Mayo总分为0、1或2。
E40.根据E1-E39所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的Mayo总分为0或1。
E41.根据E1-E40的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的RHIRobarts组织病理学指数小于5。
E42.根据E1-E41的方法，其中IBD的体征和症状的改善的特征在于患者的Geboes指数小于3.2。
E43.根据E1-E42所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善在维持给药方案期间维持至少2个月。
E44.根据E1-E43所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善在维持给药方案期间维持至少3个月。
E45.根据E1-E44所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善在维持给药方案期间维持至少4个月。
E46.根据E1-E45所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善在维持给药方案期间维持至少6个月。
E47.根据E1-E46所述的方法，其中IBD的体征和症状的改善在维持给药方案期间维持至少12个月。
E48.一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括在用抗TL1A抗体开始治疗后至少12周内以足以改善IBD体征和症状的诱导给药方案向患者施用抗TNF-样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案包括6个单个诱导剂量，每个500mg，间隔2周施用，其中所述方法还包括在诱导给药方案完成后向患者施用后续的维持给药方案，所述维持给药方案包括多个单个维持剂量，每个单个维持剂量不超过单个诱导剂量的75％，并且其中每个单个维持剂量彼此间隔至少4周。
E49.根据E1-E48所述的方法，其中所述患者在施用所述抗TL1A抗体之前预先用皮质类固醇治疗。
E50.根据E1-E49所述的方法，其中所述患者预先用选自肿瘤坏死因子抑制剂、抗整联蛋白、硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤和甲氨蝶呤的一种或多种治疗进行治疗。
E51.根据E1-E50所述的方法，其中所述患者显示从治疗的第2周至第26周粪便钙卫蛋白从基线减少至少50％。
E52.根据E1-E51所述的方法，其中所述患者显示从第2周至第26周治疗期间粪便钙卫蛋白从基线减少至少60％。
E53.根据E1-E52所述的方法，其中所述患者在治疗的第2周至第26周显示hsCRP从基线降低。
E54.根据E1-E53所述的方法，其中所述IBD是溃疡性结肠炎(UC)。
E55.根据E1-E54所述的方法，其中所述抗TL1A抗体包含来自具有SEQ ID NO:1所示序列的可变重链区的三个CDR和来自具有SEQ ID NO:2所示的序列的可变轻链区的三个CDR。
E56.根据E1-E55所述的方法，其中所述抗TL1A抗体包含具有SEQ ID NO:3所示序列的HCDR1、具有SEQ ID NO:4所示序列的HCDR 2、具有SEQ ID NO:5所示序列的HCDR3、具有SEQ ID NO:6所示序列的LCDR1、SEQ ID NO:7所示序列的LCDR2和具有SEQ ID NO:8所示序列的LCDR3。
E57.根据E1-E56所述的方法，其中所述抗TL1A抗体包含具有SEQ ID NO:1所示序列的可变重链区和具有SEQ ID NO：2所示序列的可变轻链区。
E58.根据E1-E57所述的方法，其中所述抗TL1A抗体包含具有SEQ ID NO:9所示序列的重链和具有SEQ ID NO:10所示序列的轻链，其中SEQ ID NO:9的重链氨基酸序列的C端赖氨酸(K)是任选的。
E59.根据E1-E58所述的方法，其中所述TL1A抗体包含由以1D1 1.31VH保藏的具有ATCC登录号PTA-120639的载体的插入物的核酸序列编码的VH和由以1D 1.31VL保藏的具有ATCC登录号PTA-120640的载体的插入物的核酸序列编码的VL。
E60.根据E1-E59所述的方法，其中所述抗TL1A抗体与包含具有SEQ ID NO:1所示序列的可变重链区和具有SEQ ID NO：2所示序列的可变轻链区的抗-TL1A抗体竞争结合。
E61.根据E1-E60所述的方法，其中所述抗TL1A抗体与包含VH和VL的抗体竞争结合，所述VH由以1D1 1.31VH保藏的具有ATCC登录号PTA-120639的载体的插入物的核酸序列编码，所述VL由以1D1 1.31VL保藏的具有ATCC登录号PTA-120640的载体的插入物的核酸序列编码。
E62.根据E1-E61的方法，其中所述抗TL1A抗体包含选自如下的序列对：SEQ IDNO:4和11；SEQ ID NO:4和12；SEQ ID NO:4和13；SEQ ID NO:4和14；SEQ ID NO:4和15；SEQID NO:4和16；SEQ ID NO:4和17；SEQ ID NO:4和18；SEQ ID NO:4和19；SEQ ID NO:20和24；SEQ ID NO:21和25；SEQ ID NO:22和26；SEQ ID NO:23和27；SEQ ID NO:28和29；SEQ IDNO:30和31；和SEQ ID NO:30和31。
E63.根据E1-E62所述的方法，进一步包括以下步骤：
a)确定来自患者的样品中一个或多个候选基因的表达水平，
b)识别所述样品包含异常表达水平的所述一个或多个候选基因，
c)向患者施用抗TL1A抗体的诱导给药方案或单个诱导剂量。
E64.一种用抗TNF样配体1A(TL1A)抗体治疗患者的方法，其中所述患者患有炎症性肠病(IBD)，所述方法包括以下步骤：
a)通过获得或已经获得的来自患者的样品来确定患者是否具有异常表达水平的一个或多个候选基因；
b)对所述样品进行或已经进行测定以确定所述患者是否表达异常水平的所述一个或多个候选基因；
其中，如果所述样品含有异常水平的所述一个或多个候选基因，则向所述患者施用所述抗TL1A抗体的诱导给药方案或诱导剂量，并且其中在具有异常水平的所述一个或多个候选基因的患者中，所述患者对抗TL1A抗体的诱导给药方案或单个诱导剂量无反应的风险较低。
E65.一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括以下步骤：
a)确定来自患者的样品中一个或多个候选基因的表达水平，
b)识别所述样品包含异常表达水平的所述一个或多个候选基因，
c)向患者施用抗TNF样配体1A(TL1A)抗体的诱导给药方案或单个诱导剂量。
E66.如E63-65所述的方法，其中所述一个或多个候选基因选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2、PKDREJ、IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4、BATF、CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40、ICOS、MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L。
E67.如E63-66所述的方法，其中所述一个或多个候选基因选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ。
E68.如E63-67所述的方法，其中所述一个或多个候选基因包括SOWAHB。
E69.如E63-68所述的方法，其中所述一个或多个候选基因包括SOWAHB，以及选自COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的至少一个或多个候选基因。
E70.如E63-69所述的方法，其中所述一个或多个候选基因包括SOWHAB和COLCA2，以及选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的至少一个或多个候选基因。
E71.如E63-70所述的方法，其中所述一个或多个候选基因包括SOWAHB、COLCA2和TBX20以及选自FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的至少一个或多个候选基因。
E72.如E63-71所述的方法，其包含选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的两个或更多个候选基因。
E73.如E63-72所述的方法，其包含选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的三个或更多个候选基因。
E74.如E63-73所述的方法，其包含选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的四个或更多个候选基因。
E75.如E63-74所述的方法，其包含选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的五个或更多个候选基因。
E76.如E63-75所述的方法，其包含选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的六个或更多个候选基因。
E77.如E63-76所述的方法，其包含选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的七个或更多个候选基因。
E78.如E63-77所述的方法，其包含选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的八个或更多个候选基因。
E79.如E63-78所述的方法，其包含选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的九个或更多个候选基因。
E80.如E63-79所述的方法，其包含SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的候选基因。
E81.如E63-E80所述的方法，其中所述一个或多个候选基因的异常表达水平基于所述一个或多个候选基因的mRNA或表达蛋白水平。
E82.如E63-E80所述的方法，其中所述一个或多个候选基因的异常表达水平基于所述一个或多个候选基因的mRNA水平。
E83如E63-E82所述的方法，其中将所述一个或多个候选基因的表达水平与基线表达水平进行比较，所述基线表达水平基于未患IBD或UC的健康个体的所述一个或多个候选基因的表达水平。
E84.如E63-E82所述的方法，其中将所述一个或多个候选基因的表达水平与基线表达水平进行比较，所述基线表达水平基于对抗TL1A抗体治疗无反应的个体的估计的表达水平。
E85.如E63-E84所述的方法，其中所述一个或多个候选基因的异常表达水平比基线水平高或低至少50％。
E86.如E63-E85所述的方法，其中所述一个或多个候选基因的异常表达水平比基线水平高或低至少2倍。
E87.如E63-E86所述的方法，其中所述一个或多个候选基因的异常表达水平比基线水平高或低至少10倍。
E88.如E63-E87所述的方法，其中所述一个或多个候选基因的异常表达水平比基线水平高或低至少100倍。
E89.如E63-E88所述的方法，其中所述一个或多个候选基因的异常表达水平比基线水平高或低至少1000倍。
E90.如E63-89所述的方法，其中所述一个或多个候选基因选自IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4、BATF、CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40、ICOS、MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L。
E91.如E63-90所述的方法，其中所述一个或多个候选基因选自IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4和BATF。
E92.如E63-91所述的方法，其中所述一个或多个候选基因选自CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40和ICOS。
E93.如E63-92所述的方法，其中所述一个或多个候选基因选自MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L。
E94.如E63-93所述的方法，其中所述异常表达水平是升高的水平，并且所述一个或多个候选基因选自SOWAHB、COLCA2、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、PARK2和PKDREJ。
E95.如E63-94所述的方法，其中所述异常表达水平是降低的水平，并且所述一个或多个候选基因选自TBX20和DESI1。
E96.如E63-95所述的方法，其中所述样品是组织样品。
E97.如E63-96所述的方法，其中所述样品是来自IBD炎症部位的组织样品。
E98.如E63-95所述的方法，其中所述样品是外周血样品。
E99.如E63-95所述的方法，其中所述样品是肠活检样品。
E100.如E1-E99所述的方法，其中所述患者是单倍型A或单倍型C。
E101.一种用E1-E100中所述的抗TNF样配体1A(TL1A)抗体治疗患者的方法，其中所述患者患有炎症性肠病(IBD)，所述方法包括以下步骤：
a)通过从患者获得或已经获得的生物样品来确定患者是否是TNFSF15的单倍型A、B或C；
b)对所述生物样品进行或已经进行基因分型测定以确定所述患者是否是TNFSF15的单倍型A、B或C；
c)其中在单倍型A或单倍型C的患者中，患者对抗TL1A抗体的诱导给药方案或单个诱导剂量无反应的风险低于单倍型B的患者；
d)其中如果所述患者是TNFSF15的单倍型B，则向所述患者施用抗TL1A抗体的维持剂量方案，其相对于向单倍型A或C的患者提供的单个维持剂量提供增加的单个维持剂量。
E102.一种用E1-E101所述的抗TNF样配体1A(TL1A)抗体治疗患者的方法，其中所述患者患有炎症性肠病(IBD)，所述方法包括以下步骤：
a)通过从患者获得或已经获得生物样品来确定患者是否是TNFSF15的单倍型A、B或C；
b)对所述生物样品进行或已经进行基因分型测定以确定所述患者是否是TNFSF15的单倍型A、B或C；
c)其中在单倍型A或单倍型C的患者中，患者对抗TL1A抗体的诱导剂量无反应的风险低于单倍型B的患者；
d)其中如果所述患者是TNFSF15的单倍型B，则向所述患者施用抗TL1A抗体的维持剂量方案，其相对于向单倍型A或C的患者提供的单个维持剂量之间的时间间隔提供减少的单个维持剂量之间的时间间隔。
E103.如E1-E102所述的方法，进一步包括以下步骤：
a)确定来自患者的粪便样品中一种或多种候选细菌菌株的水平，
b)识别所述粪便样品含有升高水平的所述一种或多种候选细菌菌株，
c)向患者施用抗TL1A抗体的诱导剂量。
E104.一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，该方法包括以下步骤：
a)确定来自患者的粪便样品中一种或多种候选细菌菌株的水平，
b)识别所述粪便样品含有升高水平的所述一种或多种候选细菌菌株，
c)向患者施用诱导剂量的抗TNF样配体1A(TL1A)抗体。
E105.如E103-104所述的方法，其中所述候选细菌菌株选自唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、副血链球菌(Streptococcus parasanguinis)和副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)。
E106.如E1-E105所述的方法，进一步包括以下步骤：
d)确定来自患者的粪便样品中一种或多种候选细菌菌株的水平，
e)识别所述粪便样品含有降低水平的所述一种或多种候选细菌菌株，
f)向患者施用抗TL1A抗体的诱导剂量。
E107.一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，该方法包括以下步骤：
a)确定来自患者的粪便样品中一种或多种候选细菌菌株的水平，
b)识别所述粪便样品含有降低水平的所述一种或多种候选细菌菌株，
c)向患者施用诱导剂量的抗TNF样配体1A(TL1A)抗体。
E108.如E106-107所述的方法，其中所述候选细菌菌株选自白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcus callidus)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcus bromii)、活泼瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)和两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)
E109.如E103-E108所述的方法，其中将所述一种或多种候选细菌菌株的水平与基线细菌水平进行比较，所述基线细菌水平基于未患IBD或UC的健康个体的所述一种或多种候选菌株的水平。
E110.如E103-E108所述的方法，其中将所述一种或多种候选细菌菌株的水平与基线细菌水平进行比较，所述基线细菌水平基于对抗TL1A抗体治疗无反应的个体的那些候选菌株的估计水平。
E111.如E109-110所述的方法，其中所述一种或多种候选细菌菌株的水平比基线细菌水平高或低至少50％。
E112.如E109-110所述的方法，其中所述一种或多种候选细菌菌株的水平比基线细菌水平高或低至少2倍。
E113.如E109-110所述的方法，其中所述一种或多种候选细菌菌株的水平比基线细菌水平高或低至少10倍。
E114.如E109-110所述的方法，其中所述一种或多种候选细菌菌株的水平比基线细菌水平高或低至少100倍。
E115.如E109-110所述的方法，其中所述一种或多种候选细菌菌株的水平比基线细菌水平高或低至少1000倍。
E116.如E1-E115所述的方法，进一步包括用IL-23拮抗剂治疗。
E117.一种用于鉴定患有炎症性肠病的患者可能受益于抗TL1A抗体治疗的初始或持续治疗、并任选地治疗所述患者的方法，其中所述方法包括：
(a)将患者鉴定为包含异常水平的选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2、PKDREJ、IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4、BATF、CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40、ICOS、MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L的一个或多个候选基因；
(b)在其中所述患者中一种或多种选自炎性巨噬细胞、TH17、ILC3、OX40、OX40L、IFNγ、ILC2、IL-13、MMP、组织重塑、纤维化、唾液链球菌肠道菌群、副血链球菌肠道菌群以及副流感嗜血杆菌肠道菌群在施用抗TL1A抗体后降低的条件下，向所述患者施用或已经施用所述抗TL1A抗体。
E118.如E1-E117任一项所述的方法，其中所述患者患有中度至重度溃疡性结肠炎。
E119.根据E1-E118任一项的化合物在制备用于治疗IBD的药物中的用途。
附图简述
图1.研究设计
根据第一阶段结束时对12名参与者进行的中期分析结果(根据Simon的两阶段设计)，该研究不符合无效标准，因此继续进入第二阶段。
IV，静脉内；Q2W，每2周。
图2.参与者处置
AE，不良事件；IV，静脉内；Q2W，每2周。
图3.用PF-06480605 500mg IV Q2W治疗的参与者的随时间平均部分Mayo评分(FAS，观察病例)
三角形表示平均值，圆形表示异常值。显示了中值、25％和75％四分位数，胡须表示最后一点±1.5×四分位距。异常值定义为低于25％四分位–1.5×四分位距或高于75％四分位数+1.5×四分位距的任何点。
FAS，全分析集；IV，静脉内；Q2W，每2周。
图4：抗-TL1a显示了血清和组织中的靶结合(4A)：在基线时测量内镜改善应答者(R)(18)和无应答者(NR)(32)的血清总TL1A水平以及在第14周测量内镜改善R(18)与NR(29)的血清总TL1A水平。治疗后血清总TL1A在内镜改善R(P<0.001)和NR(P<0.0001)中均增加。治疗前和治疗后R和NR的血清总TLA无显著差异。(4B)在内镜改善R(18)和NR(32)中在基线测量组织TL1A水平以及在第14周测量内镜改善R(16)和NR的组织TL1A水平。在内镜改善R(P<0.001)和NR(P<0.0001)中治疗后组织TL1A降低。治疗前和治疗后，组织TL1A在R和NR之间没有显著差异。治疗前和治疗后测量的血清和组织TL1A的R和NR(平均值和标准误差)有意并排显示以提供简单清晰的比较。
图5：PF-06480605的精准医学潜在作用机制。不希望受任何特定理论的约束，PF-06480605的拟议作用机制如下：(1)炎症性巨噬细胞(MΦ)在IBD中增加并产生IL23、IL1B、TL1A。IL1B可以自分泌方式反馈，以促进细胞因子产生；2)TL1A刺激致病性Th17，本文公开的数据表明它还介导ILC3并通过OX40/OX40L或通过ILC3向ILC1的转变和干扰素γ(IFNg)的产生调节Th1；3)TL1A和IL33调节ILC2，ILC2有助于Th2驱动的IL13反应、MMP活化、组织重塑和纤维化；4)TL1A刺激成纤维细胞增殖并有助于纤维化；和/或5)阻断TL1A抑制炎症、MΦ需求和纤维化。
发明详述
这项针对中重度UC参与者的PF-06480605 500mg IV Q2W的2a期多中心单臂研究旨在分析主要、次要和探索性终点，同时考虑最大疗效。选择诱导期(12周)的持续时间以增加参与者实现EI的可能性并得到非临床毒理学的支持。此外，PF-06480605治疗结束后第14周的评估与其他生物疗法一致。
在这项研究中，PF-06480605总体耐受性良好并显示出可接受的安全性谱。大约三分之二的参与者(66.0％)经历了TEAE，6.0％经历了SAE。除UC外，最常见的TEAE为关节痛(12.0％)和腹痛、恶心、鼻咽炎、咽炎、背痛和斑秃(均为6.0％)。本研究中PF-06480605的安全性和耐受性也与健康参与者中观察到的相似，这些参与者接受高达300mg的SC剂量或500mg Q2W的IV剂量，共3剂。
在第14周，中度至重度活动性UC患者中观察到具有统计学意义的EI(38.2％的参与者)和缓解(24.0％的参与者)，10.0％和72.0％的参与者分别实现了内镜缓解和临床反应。PF-06480605 500mg IV Q2W的安慰剂调整治疗效果得到倾向评分加权分析的支持，该分析比较了接受安慰剂的参与者的第8周数据，该参与者来自两项10mg托法替尼(tofacitinib)的3期诱导研究。尽管由于样本量和研究设计的差异，无法进行直接比较，在用TNFi和整联蛋白受体拮抗剂维多利珠单抗(vedolizumab)治疗的参与者中观察到相似的缓解率；例如，接受英夫利昔单抗(infliximab)的27.5-33.9％的参与者在第8周缓解，接受阿达木单抗(adalimumab)的16.5％参与者在第8周缓解，接受戈利木单抗(golimumab)的35.8-39.7％的参与者在第30周缓解，而接受维多利珠单抗的29.3％的参与者在第14周缓解。从第12周停止治疗到第26周随访，部分Mayo评分的平均变化从基线持续下降，表明在未来研究中，TL1A抑制可能需要降低，才能长期维持缓解。
UC的组织学疾病活动性被认为是临床结果的预测因素。在最近的VARSITY研究中，比较了维多利珠单抗和阿达木单抗，发现在第52周时，维多利珠单抗组42.3％的参与者和阿达木单抗组25.6％的参与者出现了最小组织学疾病活动性，如RHI<5所示，而在第52周时，维多利珠单抗组33.4％的参与者出现最小组织疾病活动性，如GI<3.2所示，阿达木单抗组为13.7％。相比之下，在目前TUSCANY研究中，仅治疗12周后，RHI≤5和GI≤3.2的参与者中分别有33.3％和47.6％显示最小组织学活动性。因此，用PF-06480605治疗52周后，最小组织学活动性的比率甚至更高，这是非常合理的。
3个月随访期允许测量PK和免疫原性参数。选择500mg IV Q2W剂量，假设健康参与者和中重度UC参与者的PK相似。在之前的一项健康参与者研究中，观察到PF-06480605PK是免疫球蛋白G1单克隆抗体的典型特征，根据作用位点模型，在给药期间将维持预测的靶结合。该模型预测PF-06480605 500mg Q2W将维持sTL1A中和，假设100％的参与者患有ADA，87.2％的参与者的sTL1A覆盖率(P90)为90％。
通过sTL1A浓度的治疗依赖性差异观察靶结合。Clarke和同事开发的另一种抗TL1A抗体已经在体外证明了靶结合。目前研究假设PF-06480605介导的TL1A信号传导抑制可以改善IBD症状。粪便钙卫蛋白和hsCRP较基线水平的降低支持了这些疗效结果。尽管在ADA和NAb阳性参与者中观察到更低sTL1A靶结合的趋势，但ADA和NAb状态对疗效没有统计学显著作用(数据未显示)。然而，由于参与者之间观察到的PK和sTL1A的样本量小且变异性高，需要在更长时间的研究中在更大的参与者样本中进一步研究免疫原性，以确定对PK、靶结合和临床反应的影响。
选择单臂研究设计以最大化招聘效率。通过中央读数的EI被选为主要疗效终点，以缓解缺乏安慰剂臂的情况，因为这是一个具有良好特征的安慰剂应答率的客观终点。然而，这项研究设计的吸引力增加可能导致对UC更严重的参与者的选择偏向。尽管在安慰剂对照试验中最好评估疗效反应的真实程度，但与组织学反应的一致性支持后续临床试验中抗TL1A治疗的进一步研究。研究持续时间短，单次IV剂量意味着PF-06480605治疗对中重度UC参与者的安全性和有效性以及剂量反应、靶覆盖率、免疫原性和SC施用的长期影响未进行研究。需要在更大的参与者样本中进行长期研究以确认本研究中观察到的安全性、耐受性和疗效谱。
PF-06480605显示了可接受的安全性和耐受性，治疗12周后统计学显著的EI以及最低的组织学活动性。这些发现为进一步研究PF06480605和TL1A抑制IBD患者以及可能涉及TL1A介导的发病机制的其他炎症性疾病提供了依据。
生物标志物
TL1A已成为IBD治疗的中心靶点，在临床前模型中具有调节适应性免疫和先天免疫的多效性效应。然而，抗TL1A治疗人IBD的潜在机制基础尚未阐明。本发明提供了突出抗TL1A治疗在调节Th17和Th1组织细胞因子应答中的影响的第一个人类数据。与早期体外和动物模型数据一致(Prehn等，2004，Clin Immunol；112(1):66-77；Cominelli等，2013，CurrOpin Gastroenterol 29597-602)，本发明揭示了抗TL1A对治疗后人类结肠组织中Th17调节基因的强大和选择性影响。
本发明揭示了抗TL1A治疗也调节人类的先天性髓细胞免疫。特别地，本发明显示IL-1B是抗TL1A治疗的重要转录靶点。这些发现与巨噬细胞中自分泌TL1A信号传导调节非典型IL-1B的体外机制数据一致。此外，CytoReason分析强调组织巨噬细胞和DC是抗TL1A治疗的中心靶点。最近的研究强调了TL1A信号传导在先天性淋巴细胞中的影响，特别是ILC2和ILC3s(Meylan等，2014，Mucosal Immunol；7(4):958-968；Castellanos和Longman 2019，J Clin Invest；129:2640-2650)。
2型细胞因子(包括IL-5和IL-13)已被鉴定为组成性TL1A过表达的靶点并可能反映小肠或肺中的ILC2组织来源(Meylan等，2014，Mucosal Immunol；7(4)：958-968)。类似地，外周血IL-9的减少可能反映TL1A对过敏性Th9疾病的影响(Cite Richard等，2015，JImmunol；194:3567-82)。TL1A驱动的ILC2产生的IL-13的激活驱动动物模型中的肠道炎症。此外，TL1A调节ILC3效应器功能，包括IL-22、GMCSF和OX40L调节Th1。尽管我们的组织分析没有确定对ILCs的特定影响，但外周血中IL-5和IL-13的显著降低可能反映了抗TL1A治疗的组织ILC2效应。这将与IBD以及其他组织过敏和炎症疾病相关。需要额外的高分辨率研究来确定原位抗TL1A治疗的影响。
纤维化并发症仍然是IBD的主要临床挑战，我们的数据支持抗TL1A治疗在减少组织纤维化方面的潜在作用。TL1A表达与纤维狭窄性克罗恩病相关并可直接激活成纤维细胞以刺激与炎症相关的纤维化(Meylan 2011；Mucosal Immunol；4(2):172-185，Shih等2011，PLoS One；6(1)：e16090)。临床前研究中的抗-TL1A阻断逆转了已建立的纤维化(Shih等，2014年，Mucosal Immunol 2014；7:1492-503)并阻断了转移T细胞结肠炎模型中的纤维化进展(Li等，2018年，Pathol Res Pract；214:217-227)。尽管我们的临床试验太短，无法确定对肠道纤维化的影响，但我们的结果提供了第一个人类数据，突出显示抗TL1A治疗后与细胞外基质重塑和纤维化相关的基因减少。此外，外周血中IL-13的显著降低可能反映了抗TL1A治疗在临床前模型中延缓IL-13下游的能力(Meylan等，2011年，Mucosal Immunol2011；4(2):172-185)。未来研究应包括组织IHC指标以评估UC和克罗恩病的胶原沉积。
IBD与肠道微生物组的明显变化有关。研究表明，在活动性IBD疾病患者中，粘附性侵袭性大肠杆菌和副流感嗜血杆菌都会增加并可能在炎症反应中起作用(Gevers等，2014，Cell Host Microbe 2014；15:382-392)。此外，包括嗜血杆菌在内的口腔微生物(Said等，2013，Int J Inflam；2013:581409)和链球菌亚种在IBD期间表现出增加的定植并可能有助于炎症免疫反应(Atarashi等，2017，Science；358:359-365)。相比之下，严格的厌氧代谢反映在细菌(包括瘤胃球菌和双歧杆菌)与健康相关的途径中，如短链脂肪酸(REF)的产生。与活动性疾病患者相比，Ustekinumab治疗第6周后缓解的受试者中厌氧菌Faecaliberium和瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)的相对丰度更高(Doherty等，2018，mBio；9:e02120-17)。我们的结果强调了抗TL1A治疗后与IBD相关的机会致病生物的减少，包括唾液链球菌、副血链球菌和副流感嗜血杆菌。这种微生物预测特征可能反映了TL1A在促进肠道厌氧性方面的选择性效果，其可能与IL-23阻断在机制上不同(但协同作用)或是UC治疗所特有的。需要进一步的研究来评估这些反应的分类和功能代谢后果以帮助诊断和治疗。
新兴疗法的一个主要目标是在基线时定义参与者的生物标志物，这可能有助于分层和最大化治疗效果，同时将风险降至最低。我们的研究确定了两种可能的生物标志物，用于精确医学策略，以优化使用抗TL1A治疗的临床管理。首先，TNFSF15单倍型分析显示，风险基因型患者的反应可能性增加。尽管TNFSF15变异与IBD有很强的相关性，但这些SNP单倍型的功能影响尚不明确。尽管我们无法检测到这种单倍型对外周TL1A或组织TNFSF15表达的影响，但与组织细胞因子表达增加的相关性可能反映了TL1A/IL1B/NOD2协同作用增加的疾病。第二，预测模型使我们能够在这个队列中定义一个能够分层反应的10个基因特征。该基因途径突出了上皮细胞功能在指导抗TL1A治疗UC的疗效方面的可能的潜在作用，这将在未来研究中进行评估。这些数据揭示了参与者遗传学和基线转录组学指导治疗反应的潜力。
此外，我们的结果强调了外周血生物标志物在监测内镜改善方面的潜在作用。特别是，外周IL-17A不仅与内镜改善密切相关，而且反映了Th17相关基因组织转录减少的生物学基础。这些发现可能为临床使用基于TL1A的联合治疗方案提供信息，以最大化疗效。事实上，先前报告强调了TL1A与IL-23A在调节效应物细胞因子方面的协同作用(Longman JEM2014)。在抗TL1A治疗后观察到的IL-23A的共事件减少表明了联合治疗和/或双特异性治疗的潜力。
总的来说，这些发现提供了定义抗TL1A疗法治疗UC的机制的第一个人类数据，并突出了基于转录特征、基于血液的生物标志物、宿主遗传学和微生物组的伴随诊断在指导抗TL1A疗法用于IBD治疗中的潜力。根据本研究的结果，假设PF 06480605的精确医学推定作用机制(图7)。
通用技术
除非另有说明，本发明的实践采用本领域技术范围内的分子生物学(包括重组技术)、微生物学、细胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术。这些技术完整解释在如下文献中，如Molecular Cloning:A Laboratory Manual,second edition(Sambrook et al.,1989)Cold Spring Harbor Press；Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait,ed.,1984)；Methods in Molecular Biology,Humana Press；Cell Biology:A Laboratory Notebook(J.E.Cellis,ed.,1998)Academic Press；Animal Cell Culture(R.I.Freshney,ed.,1987)；Introduction to Cell and Tissue Culture(J.P.Mather and P.E.Roberts,1998)Plenum Press；Cell and Tissue Culture:Laboratory Procedures(A.Doyle,J.B.Griffiths,and D.G.Newell,eds.,1993-1998)J.Wiley and Sons；Methods inEnzymology(Academic Press,Inc.)；Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weirand C.C.Blackwell,eds.)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Millerand M.P.Calos,eds.,1987)；Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubelet al.,eds.,1987)；PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis et al.,eds.,1994)；Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan et al.,eds.,1991)；ShortProtocols in Molecular Biology(Wiley and Sons,1999)；Immunobiology(C.A.Janewayand P.Travers,1997)；Antibodies(P.Finch,1997)；Antibodies:a practical approach(D.Catty.,ed.,IRL Press,1988-1989)；Monoclonal antibodies:a practical approach(P.Shepherd and C.Dean,eds.,Oxford University Press,2000)；Using antibodies:alaboratory manual(E.Harlow and D.Lane(Cold Spring Harbor Laboratory Press,1999)；The Antibodies(M.Zanetti and J.D.Capra,eds.,Harwood AcademicPublishers,1995)。
定义
除非另有说明，以下术语应理解为具有以下含义：
“抗体”是一种免疫球蛋白分子，能够通过位于免疫球蛋白分子的可变区中的至少一个抗原识别位点与靶(如碳水化合物、多核苷酸、脂质、多肽等)特异性结合。如本文所用，该术语不仅包括完整的多克隆或单克隆抗体，而且，除非另有规定，还包括其与完整抗体竞争特异性结合的任何抗原结合部分、包含抗原结合部分的融合蛋白以及包含抗原识别位点的免疫球蛋白分子的任何其他修饰构型。抗原结合部分包括例如Fab、Fab’、F(ab’)2、Fd、Fv、结构域抗体(dAbs，例如鲨鱼和骆驼抗体)、包括互补决定区(CDR)的片段、单链可变片段抗体(scFv)、大体(maxibody)、小体(minibody)、胞内抗体(intrabody)、双特异抗体(diabody)、三体(triabody)、四体(tetrabody)、v-NAR和双scFv，以及含有至少一部分免疫球蛋白的多肽，该部分足以赋予与所述多肽的特异性抗原结合。抗体包括任何类别的抗体，例如IgG、IgA或IgM(或其亚类)，并且抗体不需要是任何特定类别的。根据其重链恒定区的抗体氨基酸序列，免疫球蛋白可分为不同类别。免疫球蛋白有五大类：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中一些可进一步分为亚类(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。与不同类别免疫球蛋白相对应的重链恒定区分别称为α、δ、ε、γ和μ。不同类别免疫球蛋白的亚基结构和三维构型是众所周知的。
抗体的“可变区”是指抗体轻链的可变区或抗体重链的可变区域，单独或组合。如本领域已知的，重链和轻链的可变区各自由四个框架区(FR)组成，这些框架区由三个互补决定区(CDR)连接，也被称为高变区，并有助于抗体抗原结合位点的形成。如果需要目标可变区的变体，特别是在CDR区外(即在框架区内)的氨基酸残基中进行取代，可以通过将目标可变区与其他抗体的可变区进行比较来鉴定合适的氨基酸取代，优选保守氨基酸取代，所述其他抗体的CDR1和CDR2序列与目标可变区属于同一标准类(Chothia和Lesk，J Mol Biol196(4):901-9171987)。
在某些实施方案中，通过解决抗体的结构和/或解决抗体-配体复合物的结构来完成CDR的确定描绘和包括抗体结合位点的残基的鉴定。在某些实施方案中，这可以通过本领域技术人员已知的各种技术中的任何一种来实现，例如X射线晶体学。在某些实施方案中，可以采用各种分析方法来识别或近似CDR区域。在某些实施方案中，可以采用各种分析方法来识别或近似CDR区域。此类方法的实例包括但不限于Kabat定义、Chothia定义、AbM定义、接触定义和构象定义。
Kabat定义是对抗体中残基进行编号的标准，通常用于识别CDR区。例如参见Johnson&Wu，2000，Nucleic Acids Res.，28:214-8。Chothia定义与卡Kabat定义相似，但Chothia定义考虑了某些结构环区域的位置。例如参见Chothia等，1986，J.Mol.Biol.，196:901-17；Chothia等，1989，Nature，342:877-83。AbM定义使用Oxford Molecular Group产生的一套集成的计算机程序来模拟抗体结构。例如参见Martin等，1989，Proc Natl Acad Sci(USA)，86:9268-9272；“AbMTM,A Computer Program for Modeling Variable Regions ofAntibodies”，Oxford,UK；Oxford Molecular,Ltd.。AbM定义使用知识数据库和从头算方法的组合，对一级序列抗体的三级结构进行建模，例如Samudrala等，1999，“Ab InitioProtein Structure Prediction Using a Combined Hierarchical Approach,”inPROTEINS,Structure,Function and Genetics Suppl.,3:194-198所述。接触定义基于对可用的复杂晶体结构的分析。参见例如MacCallum等，1996，J.Mol.Biol.，5:732-45。在本文中称为CDR的“构象定义”的另一种方法中，CDR的位置可以被识别为对抗原结合作出焓贡献的残基。例如参见Makabe等，2008，Journal of Biological Chemistry，283:1156-1166。其他CDR边界定义可能不严格遵循上述方法之一，但仍将与Kabat CDR的至少一部分重叠，尽管根据特定残基或残基组不会显著影响抗原结合的预测或实验结果，它们可以缩短或延长。如本文所用，CDR可以指由本领域已知的任何方法(包括方法的组合)定义的CDR。本文使用的方法可以利用根据这些方法中的任何一种定义的CDR。对于包含多于一个CDR的任何给定实施方案，CDR可以根据Kabat、Chothia、延伸的、AbM、接触和/或构象定义中的任何一个来定义。
如本领域所知，抗体的“恒定区”是指单独或组合的抗体轻链的恒定区或抗体重链的恒定区域。
如本文所用，“单克隆抗体”是指从基本上同质的抗体群体中获得的抗体，即，除了可能以少量存在的自然发生的突变之外，包括群体的各个抗体是相同的。单克隆抗体具有高度特异性，针对单个抗原位点。此外，与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂不同，每个单克隆抗体针对抗原上的单个决定簇。修饰语“单克隆”表示抗体的特性是从基本均匀的抗体群体中获得的，不应解释为需要通过任何特定方法生产抗体。例如，根据本发明使用的单克隆抗体可以通过Kohler和Milstein，1975，Nature 256:495首次描述的杂交瘤方法制备，或者可以通过重组DNA方法制备如美国专利号4,816,567所述。单克隆抗体也可以从使用例如McCafferty等，1990，Nature348:552-554中描述的技术产生的噬菌体文库中分离。
如本领域所知，本文中可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”指任何长度的核苷酸链，包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基和/或它们的类似物，或可以通过DNA或RNA聚合酶整合到链中的任何底物。多核苷酸可包含修饰的核苷酸，例如甲基化的核苷酸及其类似物。如果存在，可以在组装链之前或之后对核苷酸结构进行修饰。核苷酸序列可能被非核苷酸组分中断。聚合后，多核苷酸可进一步修饰，例如通过与标记组分缀合。其他类型的修饰包括，例如，“帽”，将一个或多个天然存在的核苷酸取代为类似物、核苷酸间修饰例如具有不带电键(例如甲基磷酸酯、磷酸三酯、磷酸酰胺、氨基甲酸酯等)和具有带电键(如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的核苷酸，含有悬垂部分的那些，例如蛋白质(例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)，具有插入物的那些(例如吖啶、补骨脂素等)，含有螯合剂的那些(如金属、放射性金属、硼、氧化金属等)，含有烷基化剂的那些，具有修饰的键(例如α异头核酸等)的那些，以及未修饰形式的多核苷酸。此外，通常存在于糖中的任何羟基可以例如被膦酸酯基团、磷酸基团取代，被标准保护基团保护，或被活化以制备与额外核苷酸的额外连接，或可以与固体载体缀合。5’和3’端OH可以被磷酸化或被胺或1-20个碳原子的有机封端基团部分取代。其他羟基也可衍生为标准保护基。多核苷酸还可以含有本领域中通常已知的类似形式的核糖或脱氧核糖糖，包括例如2'-O-甲基、2'-O-烯丙基、2'-氟-或2'-叠氮基核糖、碳环糖类似物、α-或β-异头糖、差向异构糖如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖、无环类似物和脱碱基核苷类似物如甲基核苷。一个或多个磷酸二酯键可被替代的连接基团置换。这些替代的连接基团包括但不限于其中磷酸被P(O)S(“硫代酯”)、P(S)S(“二硫代酯”)、(O)NR2(“酰胺”)、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH2(“甲缩醛”)置换的实施方案，其中各R或R’独立地是H或取代的或未取代的烷基(1-20C)，任选含有醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳醛基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必须相同。上述描述适用于本文所述的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
与表位“优先结合”或“特异性结合”(此处可互换使用)的抗体是本领域熟知的术语，确定这种特异性或优先结合的方法也是本领域熟知。如果分子与特定细胞或物质的反应或结合比与替代细胞或物质更频繁、更迅速、持续时间更长和/或亲和力更强，则称其表现出“特异性结合”或“优先结合”。如果抗体与其他物质的结合相比具有更大的亲和力、亲和性、更容易和/或更长的持续时间，则抗体与靶“特异性结合”或“优先结合”。例如，特异性或优先结合靶(例如PD-1)表位的抗体是以比其结合其他靶表位或非靶表位更大的亲和力、亲和性、更容易和/或更长的持续时间结合该表位的抗体。通过阅读该定义还可以理解，例如，特异性或优先结合第一靶的抗体(或部分或表位)可以或可以不特异性或优选结合第二靶。因此，“特异性结合”或“优先结合”不一定要求(尽管它可以包括)排他性结合。通常，但不一定，提及结合意味着优先结合。
如本文所用，“基本纯”是指至少50％纯(即不含污染物)的材料，更优选至少90％纯，更优选至少95％纯，还更优选至少98％纯，最优选至少99％纯。
“宿主细胞”包括单个细胞或细胞培养物，其可以是或已经是用于掺入多核苷酸插入物的载体的受者。宿主细胞包括单个宿主细胞的子代，由于自然、偶然或故意突变，子代不一定与原始亲代细胞完全相同(在形态学或基因组DNA互补性方面)。宿主细胞包括用本发明的多核苷酸在体内转染的细胞。
如本领域所知，术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链的C末端区。“Fc区”可以是天然序列Fc区或变体Fc区。尽管免疫球蛋白重链的Fc区的边界可能不同，但人IgG重链Fc区通常被定义为从Cys226位的氨基酸残基或从Pro230延伸至其羧基末端。Fc区的残基编号是Kabat的EU指数。Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1991。免疫球蛋白的Fc区通常包括两个恒定结构域，CH2和CH3。如本领域已知的，Fc区可以二聚体或单体形式存在。
如本领域所用，“Fc受体”和“FcR”描述了与抗体Fc区结合的受体。优选的FcR是天然序列人FcR。此外，优选的FcR是结合IgG抗体(γ受体)并包括FcγRI、FcγRII和FcγRIII亚类的受体，包括这些受体的等位基因变体和选择性剪接形式的那些。FcγRII受体包括FcγRIIA(“激活受体”)和FcγRI IB(“抑制受体”)，它们具有主要在其细胞质结构域中不同的相似氨基酸序列。FcR综述见于Ravetch和Kinet，1991，Ann.Rev.Immunol，9:457-92；Capel等，1994，Immunomethods，4:25-34；和de Haas等，1995，J.Lab.Clin.Med.，126:330-41。“FcR”还包括新生儿受体FcRn，其负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,1976,J.Immunol.,117:587；和Kim等,1994,J.Immunol.,24:249)。
术语“竞争”，如本文中针对抗体所使用的，是指第一抗体或其抗原结合部分以与第二抗体或其抗体结合部分充分类似的方式结合表位，使得与在不存在第二抗体的情况下第一抗体的结合相比，在第二抗体存在下第一抗体与其同源表位的结合结果可检测地降低。另一种情况是，第二抗体与其表位的结合也在第一抗体的存在下可检测地降低，可以但不必是这种情况。即，第一抗体可以抑制第二抗体与其表位的结合，而第二抗体不抑制第一抗体与其相应表位的连接。然而，如果每种抗体可检测地抑制另一种抗体与其同源表位或配体的结合，无论其程度是相同的、更大的还是更小的，则称这些抗体相互“交叉竞争”结合其各自的表位。本发明包括竞争性抗体和交叉竞争性抗体。无论发生这种竞争或交叉竞争的机制如何(例如，位阻、构象变化或与共同表位或其部分的结合)，本领域技术人员将认识到，基于本文提供的教导，包含了这种竞争和/或交叉竞争抗体，并可用于本文公开的方法中。
如本文所用，“治疗”是获得有益或期望的临床结果的方法。为了本发明的目的，有益的或期望的临床结果包括例如与施用抗TL1A抗体之前相比减少或改善的骨关节炎的体征和症状。
“改善”是指与不施用本文所述的抗TL1A抗体相比，减轻或改善骨关节炎的一个或多个体征或症状。“改善”还包括缩短或减少症状持续时间。
如本文所用，药物、化合物或药物组合物的“有效剂量”或“有效量”是足以产生任何一种或多种有益或期望结果的量。在更具体的方面，有效量预防、减轻或改善IBD的症状或体征，和/或延长被治疗受试者的生存期。对于预防性使用，有益或期望的结果包括消除或降低风险、减轻严重程度或延迟疾病的开始，包括疾病的生化、组织学和/或行为症状、其并发症和疾病发展过程中出现的中间病理表型。对于治疗用途，有益或期望的结果包括临床结果，例如减少IBD的一个或多个体征或症状，减少治疗疾病所需的其他药物的剂量，增强另一种药物的效果，和/或延缓患者的疾病进展。有效剂量可以一次或多次给药。为了本发明的目的，药物、化合物或药物组合物的有效剂量是足以直接或间接完成预防性或治疗性治疗的量。如在临床背景中所理解的，药物、化合物或药物组合物的有效剂量可以或可以不与另一药物、化合物、或药物组合物联合实现。因此，在施用一种或多种治疗剂的情况下，可以考虑“有效剂量”，如果与一种或多种其他药剂结合，可以或已经达到期望的结果，则可以考虑以有效量施用单一药剂。
当IBD的体征或症状的评估通过相对于基线的临床测量以及治疗期间和/或之后进行量化时，治疗“有效改善”或“有效减少”。比较基线时和治疗期间/治疗后的临床测量之间的差异并用于确定症状或体征是否有所改善以及治疗是否有效。这种比较可以包括与安慰剂或一种或多种先前疗法的比较。
术语“粘膜愈合”是指Mayo内镜评分为0或1，Geboes组织学评分为0和1。Aranzazu，J-E等，Journal of Crohn's and Colitis,Volume 11(3),2017,305–313。
本文可互换使用的“患者”、“个体”或“受试者”是哺乳动物，更优选是人。哺乳动物还包括但不限于农场动物(例如奶牛、猪、马、鸡等)、运动动物、宠物、灵长类动物、马、狗、猫、小鼠和大鼠。
如本文所用，“药学上可接受的载体”或“药学上可以接受的赋形剂”包括当与活性成分组合时允许该成分保持生物活性且不与受试者的免疫系统反应的任何材料。实例包括但不限于任何标准药物载体，例如磷酸盐缓冲盐水溶液、水、乳剂(例如油/水乳剂)和各种类型的润湿剂。气雾剂或胃肠外施用的优选稀释剂是磷酸盐缓冲盐水(PBS)或生理盐水(0.9％)。包含这种载体的组合物通过公知常规方法配制(例如参见Remington‘sPharmaceutical Sciences，第18版，A.Gennaro，ed.，Mack Publishing Co.，Easton，PA，1990；和Remington，The Science and Practice of Pharmacy，第20版，Mack Publishing，2000)。
本文中提及“约”值或参数包括(并描述)针对该值或参数本身的实施方案。例如，提及“约X”包括对“X”的描述。数字范围包括定义范围的数字。一般来说，术语“约”是指变量的指示值，以及在指示值的实验误差范围内(例如在平均值的95％置信区间内)或指示值的10％内(以较大者为准)的所有变量值。如果术语“约”是在一个时间段(年、月、周、日等)的上下文中使用，术语“约“是指该时间段加上或减去下一个从属时间段的一个量(例如，约1年是指11-13个月；约6个月是指6个月加或减1周；约1周是指6-8天等)，或在所示值的10％以内，以较大者为准。
术语“皮下施用”是指将物质施用至皮下层。
术语“预防”是指(a)防止疾病发生或(b)延缓疾病的发作或疾病症状的发作。
应当理解，在本文中使用语言“包含”描述实施方案的地方，还提供了以“由……组成”和/或“基本上由……组成”描述的其他类似实施方案。
在本发明的方面或实施方案根据马库什组或其他备选分组来描述的情况下，本发明不仅包括作为整体列出的整个组，而且包括该组的每个成员以及主组的所有可能的子组，还包括缺少一个或多个组成员的主组。本发明还设想明确排除所要求保护的发明中的一个或多个任何组成员。
除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。如果发生冲突，将以本说明书(包括定义)为准。在本说明书和权利要求书中，单词“包含”或诸如“含有”或者“包括”的变体将被理解为暗示包含所述整数或整数组，但不排除任何其他整数或整数组。除非上下文另有要求，单数术语应包括复数，复数术语应包括单数。术语“例如”或“如”之后的任何示例均不意味着排除性的或限制性的。
本文描述了示例性的方法和材料，尽管与本文描述的那些方法和材料类似或等效的方法和材料也可以用于本发明的实践或测试。材料、方法和实例仅是说明性的，而不意图是限制性的。
抗TL1A抗体
表1：本发明示例性抗体的序列。
Figure BDA0004093719190000191
Figure BDA0004093719190000201
Figure BDA0004093719190000211
Figure BDA0004093719190000221
本文所述的抗体可通过本领域已知的任何方法制备。对于杂交瘤细胞系的生产，宿主动物的免疫途径和计划通常与本文进一步描述的用于抗体刺激和生产的既定和常规技术保持一致。用于生产人和小鼠抗体的一般技术在本领域中是已知的和/或在本文描述。
可以设想，包括人或其抗体产生细胞的任何哺乳动物受试者都可以被操纵，以作为生产哺乳动物包括人和杂交瘤细胞系的基础。通常，将宿主动物腹膜内、肌肉内、口服、皮下、足底和/或皮内接种一定量的免疫原，包括本文所述。
杂交瘤可以使用Kohler，B.和Milstein，C.，Nature 256:495-497，1975的常规体细胞杂交技术或Buck，D.W.等，In Vitro，18:377-381，1982修改的方法从淋巴细胞和永生化骨髓瘤细胞制备。可在杂交中使用可用的骨髓瘤系，包括但不限于X63-Ag8.653和来自Salk Institute,Cell Distribution Center,San Diego,Calif.,USA的那些。通常，该技术涉及使用诸如聚乙二醇之类的融合原或通过本领域技术人员熟知的电学手段融合骨髓瘤细胞和淋巴细胞。融合后，将细胞从融合培养基中分离并在选择性生长培养基中生长，如次黄嘌呤氨基蝶呤胸苷(HAT)培养基，以消除未杂交的亲代细胞。本文所述的任何补充有或不补充血清的培养基均可用于培养分泌单克隆抗体的杂交瘤。作为细胞融合技术的另一种选择，EBV永生化B细胞可用于产生本发明的单克隆抗体。如果需要，将杂交瘤扩增和亚克隆，并通过常规免疫测定程序(例如放射免疫测定、酶免疫测定或荧光免疫测定)测定上清液的抗免疫原活性。
可用作抗体来源的杂交瘤包括产生单克隆抗体的亲本杂交瘤的所有衍生物、子代细胞。
产生用于本发明的抗体的杂交瘤可以使用已知方法在体外或体内生长。如果需要，可以通过常规免疫球蛋白纯化程序如硫酸铵沉淀、凝胶电泳、透析、色谱和超滤从培养基或体液中分离单克隆抗体。不期望的活性(如果存在)可以被去除，例如，通过在由附着于固相的免疫原制成的吸附剂上运行制剂并从免疫原洗脱或释放期望的抗体。用表达抗体靶(例如PD-1)、人靶蛋白(例如PD-1)或含有使用双功能性或衍生化剂例如马来酰亚胺苯甲酰基磺基琥珀酰亚胺酯(通过半胱氨酸残基缀合)、N-羟基琥珀酰酰亚胺(通过赖氨酸残基)、戊二醛、琥珀酸酐、SOCl2或R1N＝C＝NR(其中R和R1是不同的烷基)与待免疫物种中具有免疫原性的蛋白(例如钥孔血蓝蛋白、血清白蛋白、牛甲状腺球蛋白或大豆胰蛋白酶抑制剂)缀合的靶氨基酸序列的片段的细胞免疫宿主动物可产生抗体群(例如单克隆抗体)。
如果需要，可以对感兴趣的抗体(单克隆或多克隆)进行测序，然后将多核苷酸序列克隆到载体中用于表达或繁殖。编码感兴趣抗体的序列可以在宿主细胞中保持在载体中，然后宿主细胞可以扩增和冷冻以供将来使用。细胞培养物中重组单克隆抗体的生产可以通过本领域已知的方法从B细胞克隆抗体基因来进行。见例如Tiller等,J.Immunol.Methods 329,112,2008；U.S.Pat.No.7,314,622。
在一些实施方案中，可以使用杂交瘤技术制备抗体。可以设想，包括人或其抗体产生细胞的任何哺乳动物受试者都可以被操纵以作为生产哺乳动物(包括人)杂交瘤细胞系的基础。宿主动物的免疫途径和计划通常与用于抗体刺激和产生的已建立和常规技术保持一致，如本文进一步描述的。通常，将宿主动物腹膜内、肌肉内、口服、皮下、足底和/或皮内接种一定量的免疫原，包括本文所述。
在一些实施方案中，本文所述的抗体在其恒定区的保守位置糖基化(Jefferis和Lund，1997，Chem.Immunol.65:111-128；Wright和Morrison，1997，TibTECH 15:26-32)。免疫球蛋白的寡糖侧链影响蛋白质的功能(Boyd等，1996，Mol.Immunol.32:1311-1318；Wittwe和Howard，1990，Biochem.29:4715-4180)和糖蛋白部分间的分子内相互作用，其可以影响糖蛋白的构象并呈现三维表面(Jefferis和Lund，同上；Wyss和Wagner，1996，Current Opin.Biotech.7:409-416)。寡糖还可以根据特定的识别结构将给定糖蛋白靶向某些分子。据报道，抗体的糖基化也会影响抗体依赖性细胞毒性(ADCC)。特别地，据报道具有四环素调节的β(1,4)-N-乙酰氨基葡萄糖基转移酶III(GnTIII)(催化形成二等分GlcNAc的糖基转移酶)表达的CHO细胞产生的抗体具有改善的ADCC活性(Umana等，1999，NatureBiotech.17:176-180)。
抗体的糖基化通常是N-连接或O-连接的。N-连接是指碳水化合物部分与天冬酰胺残基侧链的连接。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸、天冬酰胺-X-苏氨酸和天冬酰胺-X-半胱氨酸(其中X是除脯氨酸之外的任何氨基酸)是碳水化合物部分酶促连接到天冬酰胺侧链的识别序列。因此，多肽中这些三肽序列中的任何一个的存在都会产生潜在的糖基化位点。O-连接糖基化是指糖N-乙酰半乳糖胺、半乳糖或木糖中的一种附着于羟基氨基酸，最常见丝氨酸或苏氨酸，尽管也可以使用5-羟基脯氨酸或5-羟基赖氨酸。
通过改变氨基酸序列使其含有一个或多个上述三肽序列(对于N-连接的糖基化位点)方便地实现向抗体添加糖基化位点。这种改变也可以通过在原始抗体的序列中添加或替换一个或多个丝氨酸或苏氨酸残基(对于O-连接的糖基化位点)来实现。
抗体的糖基化模式也可以在不改变基础核苷酸序列的情况下改变。糖基化在很大程度上取决于用于表达抗体的宿主细胞。由于用于表达重组糖蛋白(例如抗体)作为潜在治疗剂的细胞类型很少是天然细胞，因此可以预期抗体糖基化模式的变化(参见例如Hse等，1997，J.Biol.Chem.272:9062-9070)。
除了宿主细胞的选择之外，影响抗体重组生产期间糖基化的因素包括生长模式、培养基配方、培养密度、氧合、pH、纯化方案等。已经提出了各种方法来改变在特定宿主生物中实现的糖基化模式，包括引入或过表达参与寡糖生产的某些酶(美国专利号5,047,335；5,510,261和5,278,299)。糖基化或某些类型的糖基化可以例如使用内切糖苷酶H(EndoH)、N-糖苷酶F、内切糖苷酶F1、内切糖苷酶类F2和内切糖苷酶F3从糖蛋白中酶解除去。此外，重组宿主细胞可以进行遗传工程，使其在处理某些类型的多糖时有缺陷。这些和类似技术在本领域中是公知的。
其他修饰方法包括使用本领域已知的偶联技术，包括但不限于酶法、氧化取代和螯合。例如，可以使用修饰来附着用于免疫测定的标签。修饰多肽使用本领域的既定方法制备并且可以使用本领域已知的标准测定法进行筛选，其中一些在下文和实施例中描述。
多核苷酸、载体和宿主细胞
本发明还提供编码本文所述的任何抗TL1A抗体的多核苷酸。多核苷酸可以通过本领域已知的方法制备和表达。
在另一方面，本发明提供包含本发明的任何多核苷酸的组合物(例如药物组合物)，用于本发明的一种或多种方法中。在一些实施方案中，所述组合物包含表达载体，用于本发明的一种或多种方法中，所述表达载体包含编码本文所述的任何抗TL1A抗体的多核苷酸。
在另一方面，提供了一种分离的产生本文所述的抗TL1A抗体的细胞系，用于本发明的一种或多种方法中。
与任何这样的序列互补的多核苷酸也包含在本发明中。多核苷酸可以是单链(编码或反义)或双链，也可以是DNA(基因组、cDNA或合成)或RNA分子。RNA分子包括HnRNA分子，其包含内含子并以一对一方式对应于DNA分子，以及mRNA分子，其不包含内含子。额外的编码或非编码序列可以但不需要存在于本发明的多核苷酸内，并且多核苷酸可以但不必与其他分子和/或载体材料连接。
多核苷酸可包含天然序列(即编码抗体或其片段的内源性序列)或可包含这种序列的变体。多核苷酸变体含有一个或多个取代、添加、缺失和/或插入，使得编码的多肽的免疫反应性相对于天然免疫反应分子不降低。对编码的多肽的免疫反应性的作用通常可以如本文所述进行评估。变体优选与编码天然抗体或其片段的多核苷酸序列表现出至少约70％相同性，更优选至少约80％相同性、再更优选至少大约90％相同性和最优选至少大约95％相同性。
组合物
本发明还提供了包含有效量的本文所述抗TL1A抗体的药物组合物，以及此类药物组合物用于本文所述治疗方法。本文还描述了这样的组合物的实例以及如何配制。应当理解，所述组合物可以包含一种以上的抗TL1A抗体。
本发明中使用的组合物可以进一步包含冻干制剂或水溶液形式的药学可接受的载体、赋形剂或稳定剂(Remington:The Science and practice of Pharmacy 20th Ed.，2000，Lippincott Williams and Wilkins，Ed.K.E.Hoover)。可接受的载体、赋形剂或稳定剂在剂量和浓度下对受体无毒，并且可以包括缓冲剂，如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲基氯化铵；苯扎氯铵、苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，如对羟基苯磺酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或葡聚糖；螯合剂如EDTA；糖，如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；形成盐的抗衡离子，如钠；金属络合物(例如Zn蛋白络合物)；和/或非离子表面活性剂，如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。本文进一步描述了药学上可接受的赋形剂。
抗TL1A抗体及其组合物也可与用于增强和/或补充药剂有效性的其他药剂联合使用或单独、同时或顺序施用。
制剂
根据本发明使用的抗TL1A抗体的治疗制剂通过将具有所需纯度的蛋白质与任选的药学上可接受的载体、赋形剂或稳定剂混合以冻干制剂或水溶液的形式来制备用于储存(Remington，the Science and Practice of Pharmacy 20th Ed.Mak Publishing，2000)。可接受的载体、赋形剂或稳定剂在所用的剂量和浓度下对受体无毒，并且可以包括缓冲剂，如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；盐如氯化钠；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲基氯化铵；苯扎氯铵、苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，如对羟基苯酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水聚合物如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂如EDTA；糖如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；形成盐的抗衡离子如钠；金属络合物(例如Zn蛋白络合物)；和/或非离子表面活性剂如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。
含有抗TL1A抗体的脂质体通过本领域已知的方法制备，如Epstein等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82:3688(1985)；Hwang等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 77:4030(1980)；以及美国专利号4,485,045和4,544,545所述。在美国专利号5,013,556中公开了具有增强的循环时间的脂质体。特别有用的脂质体可以通过反相蒸发法用包含磷脂酰胆碱、胆固醇和PEG衍生的磷脂酰乙醇胺(PEG-PE)的脂质组合物制备。脂质体通过限定孔径的过滤器挤出以产生具有所需直径的脂质体。
活性成分也可以在胶体药物递送系统(例如脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米颗粒和纳米胶囊)中或在大乳液中包埋在例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中，例如分别为羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊中。这些技术在Remington，The Science and Practice of Pharmacy第20版Mack Publishing(2000)中公开。
可制备缓释制剂。缓释制剂的合适实例包括含有抗体的固体疏水聚合物的半渗透基质，所述基质为成形制品的形式，例如膜或微胶囊。缓释基质的实例包括聚酯、水凝胶(例如聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸(美国专利号3,773,919)、L-谷氨酸和7-乙基-L-谷氨酸的共聚物、不可降解的乙烯-乙酸乙烯酯、可降解乳酸-乙醇酸共聚物，如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林组成的可注射微球)、乙酸异丁酸蔗糖酯和聚D-(-)-3-羟基丁酸。
用于体内施用的制剂必须无菌。这很容易通过例如通过无菌过滤膜过滤来实现。治疗性抗TL1A抗体组合物通常被放置在具有无菌进入口的容器中，例如，具有可由皮下注射针刺穿的塞子的静脉内溶液袋或小瓶。
根据本发明的组合物可以是单位剂型，例如片剂、药丸、胶囊、粉末、颗粒、溶液或悬浮液或栓剂，用于口服、胃肠外或直肠施用，或通过吸入或吹入施用。
为了制备固体组合物如片剂，将主要活性成分与药物载体混合，例如常规压片成分如玉米淀粉、乳糖、蔗糖、山梨醇、滑石、硬脂酸、硬脂酸镁、磷酸二钙或树胶，以及其他药物稀释剂，例如水，以形成含有本发明化合物或其无毒药学上可接受的盐的均匀混合物的固体预制剂组合物。当这些预制剂组合物称为均质时，意味着活性成分均匀地分散在整个组合物中，使得组合物可以容易地细分为同等有效的单位剂型，例如片剂、丸剂和胶囊。然后将该固体预制剂组合物细分为上述类型的单位剂型，含有约0.1至约500mg本发明的活性成分。新型组合物的片剂或丸剂可以包衣或以其他方式复合，以提供具有延长作用的优点的剂型。例如，片剂或丸剂可包括内剂量和外剂量组分，后者呈包裹在前者上的形式。这两种成分可以通过肠层分离，肠层用于抵抗胃中的分解并允许内成分完整地进入十二指肠或延迟释放。多种材料可用于此类肠溶层或涂层，此类材料包括多种聚合酸和聚合酸与此类材料的混合物，如虫胶、鲸蜡醇和乙酸纤维素。
合适的表面活性剂尤其包括非离子剂，例如聚氧乙烯山梨聚糖(例如TweenTM 20、40、60、80或85)和其他山梨聚糖(例如SpanTM 20、40，60、80和85)。具有表面活性剂的组合物将方便地包含0.05％至5％的表面活性剂，并且可以为0.1％至2.5％。应理解，如果需要，可以添加其他成分，例如甘露醇或其他药学上可接受的载剂。
可使用市售脂肪乳剂制备合适的乳剂，例如IntralipidTM、LipsynTM、InfonutrolTM、LipofundinTM和LipiphysanTM。活性成分可以溶解在预混合的乳液组合物中，或者可替代地，它可以溶解在油(例如大豆油、红花油、棉籽油、芝麻油、玉米油或杏仁油)和与磷脂(例如卵磷脂、大豆磷脂或大豆卵磷脂)和水混合后形成的乳液中。应当理解，可以添加其他成分，例如甘油或葡萄糖，以调节乳液的张力。合适的乳液通常含有最高20％的油，例如5-20％。脂肪乳液可包含0.1-1.0μm，特别是0.1-0.5μm的脂肪滴，并且具有5.5-8.0的pH值。
乳液组合物可以是通过将抗TL1A抗体与IntralipidTM或其组分(大豆油、卵磷脂、甘油和水)混合而制备的那些。
用于吸入或吹入的组合物包括在药学上可接受的水性或有机溶剂或其混合物中的溶液和悬浮液，以及粉末。液体或固体组合物可包含如上所述的合适的药学上可接受的赋形剂。在一些实施方案中，所述组合物通过口腔或鼻呼吸途径施用以获得局部或全身效果。优选无菌药学上可接受的溶剂中的组合物可通过使用气体雾化。雾化溶液可以直接从雾化装置吸入，或者雾化装置可以连接到面罩、帐篷或间歇正压呼吸器。溶液、悬浮液或粉末组合物可从以适当方式递送制剂的装置中施用，优选口服或鼻施用。
在涉及如本文所述的治疗IBD的方法的实施方案中，这些实施方案也是用于该治疗的抗TL1A抗体的进一步实施方案，或者替代地，抗TL1A的抗体在制备用于该治疗中的药物中的用途。
治疗方法
在一些方面，本发明涉及一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，该方法包括在用抗TL1A抗体治疗开始后至少12周内，以足以改善IBD症状和体征的诱导给药方案向患者施用抗TNF-样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案包括多个单个诱导剂量，其中所述方法还包括在完成所述诱导给药方案之后向所述患者施用后续的维持给药方案，所述维持给药方案包括彼此间隔至少2周的多个单个维持剂量。一个或多个单个维持剂量可以间隔至少4、8、12、16或24周施用。
在一些方面，本发明提供了一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，该方法包括在用抗TL1A抗体治疗开始后至少12周内，以足以改善IBD症状和体征的治疗给药方案向患者施用抗-TNF样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案包括多个单个诱导剂量，其中所述方法还包括在所述诱导给药方案完成之后向所述患者施用后续的维持给药方案，所述维持给药方案包括彼此间隔至少1、2、3、4或6个月的多个单个维持剂量。
每个单个维持剂量之间的时间间隔可以相同。单个维持剂量可以是单个诱导剂量的约100％，或者它们可以是不超过单个诱导剂量的约75％、不超过单个诱导剂量的约50％、不超过单个诱导剂量的约40％、不超过单个诱导剂量的约25％或不超过单个诱导剂量的约20％。在一些方面，单个维持剂量的一或多个选自500、450、400、350、300、250、200、150、100和50mg。
一个或多个单个诱导剂量可以为通过静脉注射约500mg。一个或多个单个诱导剂量可以彼此间隔2周。
在一些方面，本发明提供了一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，足以改善IBD的体征和症状，所述方法包括以诱导给药方案给患者施用抗-TNF样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案包括通过静脉注射每2周500mg的多个单个诱导剂量。
诱导给药方案可以持续至少12周。
维持给药方案可维持至少2、3、4或6个月。
诱导给药方案后，患者可能会经历以临床反应为特征的IBD症状和体征的改善。术语“临床反应”是指Mayo总评分从基线下降至少3分，变化至少30％，同时直肠出血评分至少下降1分或绝对评分为0或1。
缩写“Mayo”是指评估溃疡性结肠炎活动性的Mayo评分系统。“适应Mayo评分”指适应Mayo评分系统，该系统有3个Mayo评分子评分，范围从0到9，无PGA子评分。
在诱导给药方案之后，患者可能会经历以内镜反应为特征的IBD症状和体征的改善。术语“内镜反应”是指Mayo内镜评分0或1。
诱导给药方案后，患者可能会经历以临床缓解为特征的IBD症状和体征的改善。术语“临床缓解”是基于12分Mayo总分：Mayo总分≤2，无单个评分>1。
诱导给药方案后，患者可能会经历以内镜缓解为特征的IBD症状和体征的改善。术语“内镜缓解”是指Mayo内镜评分0。
诱导给药方案后，患者可能会经历以深度缓解为特征的IBD症状和体征的改善。术语“深度缓解”指Mayo总分为2分或更低，无单个评分超过1分且内镜和直肠出血评分均为0。
诱导给药方案后，患者可能会经历以症状缓解为特征的IBD症状和体征的改善。术语“症状缓解”指Mayo总分为2分或更低，单个评分不超过1分且直肠出血和大便次数评分均为0。
在诱导给药方案之后，患者可能会经历以内镜改善为特征的IBD症状和体征的改善。术语“内镜改善”(EI)指Mayo内镜评分下降≥1分或内镜绝对评分≤1。
在诱导给药方案之后，在接受维持给药方案时，患者可能经历维持的IBD的症状和体征的改善。
在本发明的一些方面，在开始用抗TL1A抗体治疗后至少14周内，用抗TL1A-抗体的诱导给药方案有效地改善了IBD的症状和体征。IBD症状和体征的这些改善可以Mayo内镜评分的改善为特征。患者Mayo内镜评分的减少可能至少为1、2、3或更多整数。
IBD症状和体征的改善可以通过患者的Mayo内镜评分为0或1、2或3来表征。IBD症状和体征的改善可以通过患者的Mayo总分为0、1、2或3来表征。IBD症状和体征的改善可以通过患者的Robarts组织病理学指数(RHI)低于5来表征。IBD症状和体征的改善可以通过患者的Geboes指数低于3.2来表征。
IBD症状和体征的改善可在维持给药方案期间维持至少2、3、4、6或12个月。
在一些方面，本发明涉及治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括在用抗TL1A抗体治疗开始后至少12周内，以足以改善IBD症状和体征的诱导给药方案向患者施用抗TNF-样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案包括6个单个诱导剂量，每个500mg，间隔2周施用，其中所述方法还包括在诱导给药方案完成后向患者施用后续的维持给药方案，所述维持给药方案包括多个单个维持剂量，每个单个维持剂量不超过单个诱导剂量的75％，并且其中每个单个维持剂量彼此间隔至少4周。
在某些方面，患者在施用抗TL1A抗体之前接受皮质类固醇治疗。在某些方面，患者先前用选自肿瘤坏死因子抑制剂、抗整联蛋白、硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤和甲氨蝶呤的一或多种治疗进行治疗。
在某些方面，患者在治疗的第2周至第26周，粪便钙卫蛋白从基线下降了至少50％。在某些方面，患者在第2周至第26周治疗期间，粪便钙卫蛋白从基线下降了至少60％。在某些方面，患者在治疗的第2周至第26周显示hsCRP从基线降低。
在某些方面，IBD是溃疡性结肠炎(UC)。在某些方面，患者患有中度至重度溃疡性结肠炎。术语“中度至重度溃疡性结肠炎”定义为适应Mayo评分为5至9，内镜检查评分为2或3。
在本发明的一些方面，抗TL1A抗体包含来自具有SEQ ID NO:1所示序列的可变重链区的三个CDR和来自具有SEQ ID NO:2所示序列的可变轻链区的三个CDR。
在本发明的一些方面，抗TL1A抗体包含具有SEQ ID NO:3所示序列的HCDR1、具有SEQ ID NO:4所示序列的HCDR2、具有SEQ ID NO:5所示序列的HCDR3、具有SEQ ID NO:6所示序列的LCDR1、具有SEQ ID NO:7所示序列的LCDR2和具有SEQ ID NO:8所示序列的LCDR3。
在本发明的一些方面，抗TL1A抗体包含具有SEQ ID NO:1所示序列的可变重链区和具有SEQ ID NO：2所示序列的可变轻链区。
在本发明的一些方面，所述抗TL1A抗体包含具有SEQ ID NO:9所示序列的重链和具有SEQ ID NO:10所示序列的轻链，其中SEQ ID NO:9的重链氨基酸序列的C端赖氨酸(K)是任选的。
在本发明的一些方面，所述抗TL1A抗体包含由以1D1 1.31VH保藏的具有ATCC登录号PTA-120639的载体的插入物的核酸序列编码的VH和由以1D1 1.31VL保藏的具有ATCC登录号PTA-120640的载体的插入物的核酸序列编码的VL。
在本发明的一些方面，所述抗TL1A抗体与包含具有SEQ ID NO:1所示序列的可变重链区和具有SEQ ID NO：2所示序列的可变轻链区的抗TL1A抗体竞争结合。
在本发明的一些方面，所述抗TL1A抗体与包含VH和VL的抗体竞争结合，所述VH由以1D1 1.31VH保藏的具有ATCC登录号PTA-120639的载体的插入物的核酸序列编码，所述VL由以1D1 1.31VL保藏的具有ATCC登录号PTA-120640的载体的插入物的核酸序列编码。
在本发明的一些方面，抗TL1A抗体包含选自如下的序列对：SEQ ID NO:4和11；SEQID NO:4和12；SEQ ID NO:4和13；SEQ ID NO:4和14；SEQ ID NO:4和15；SEQ ID NO:4和16；SEQ ID NO:4和17；SEQ ID NO:4和18；SEQ ID NO:4和19；SEQ ID NO:20和24；SEQ ID NO:21和25；SEQ ID NO:22和26；SEQ ID NO:23和27；SEQ ID NO:28和29；SEQ ID NO:30和31；和SEQ ID NO:30和31。
在本发明的一些方面，该方法还包括以下步骤：
a)确定来自患者的样品中一个或多个候选基因的表达水平，
b)识别所述样品含有异常表达水平的所述一个或多个候选基因，
c)向患者施用抗TL1A抗体的诱导给药方案或单个诱导剂量。
确定患者是否具有异常表达水平的一个或多个候选基因可以通过从患者获得或已经获得样品来实现。样品可以是组织样品。样品可以是来自IBD炎症部位的组织样品。样品可以是外周血样品。样本可以是肠道活检样品。
该方法还可以包括对样品进行或已经进行测定以确定患者是否表达异常水平的一个或多个候选基因。
在一些方面，如果样品含有异常水平的一个或多个候选基因，则该方法提供了向患者施用诱导给药方案或诱导剂量的抗TL1A抗体的进一步步骤。
在一些方面，在具有异常水平的一个或多个候选基因的患者中，患者对抗TL1A抗体的诱导给药方案或单个诱导剂量无反应的风险较低。
在一些方面，本发明提供了一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，该方法包括以下步骤：
a)确定来自患者的样品中一个或多个候选基因的表达水平，
b)识别所述样品含有异常表达水平的所述一个或多个候选基因，
c)向患者施用抗TNF样配体1A(TL1A)抗体的诱导给药方案或单个诱导剂量。
一个或多个候选基因可以选自IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4、BATF、CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40、ICOS、MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L。一个或多个候选基因可以选自IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4和BATF。一个或多个候选基因可以选自CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40和ICOS。一个或多个候选基因可以选自MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L。
一个或多个候选基因可以选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2、PKDREJ、IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4、BATF、CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40、ICOS、MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L。
一个或多个候选基因可以选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ。一个或多个候选基因可以包括SOWAHB。所述一个或多个候选基因可以包括SOWAHB，以及选自COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的至少一个或多个候选基因。一个或多个候选基因可以包括SOWHAB和COLCA2，以及选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的至少一个或多个候选基因。一个或多个候选基因可以包括SOWAHB、COLCA2和TBX20以及选自FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的至少一个或多个候选基因。
在一些方面，该方法提供选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ的候选基因中的2、或3、或4、或5、或6、或7、或8、或9或10个。
一个或多个候选基因的异常表达水平可以基于一个或多个候选基因的mRNA或表达蛋白水平。一个或多个候选基因的异常表达水平可以基于一个或多个候选基因的mRNA水平。
可以将一个或多个候选基因的表达水平与基线表达水平进行比较，该基线表达水平基于未患IBD或UC的健康个体的所述一个或多个候选基因的表达水平。
可以将一个或多个候选基因的表达水平与基线表达水平进行比较，该基线表达水平基于对抗TL1A抗体治疗无反应的个体的估计表达水平。
一个或多个候选基因的异常表达水平可以比基线水平高或低至少50％。一个或多个候选基因的异常表达水平比基线水平高或低至少2倍、5倍、10倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。
在一些方面，当候选基因中的一个或多个选自SOWAHB、COLCA2、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、PARK2和PKDREJ时，则异常表达水平可能是升高的水平。在一些方面，当候选基因中的一个或多个选自TBX20和DESI1时，则异常表达水平是降低的水平。
在一些方面，本发明提供了一种用抗TNF样配体1A(TL1A)抗体治疗患者的方法，其中患者患有炎症性肠病(IBD)，该方法包括以下步骤：
a)通过从患者获得或已经获得生物样品来确定患者是否是TNFSF15的单倍型A、B或C；
b)对所述生物样品进行或已经进行基因分型测定以确定所述患者是否是TNFSF15的单倍型A、B或C；
其中在单倍型A或单倍型C的患者中，患者对抗TL1A抗体的诱导给药方案或单个诱导剂量无反应的风险低于单倍型B的患者；并且进一步地，其中如下的一个或两者
(a)如果患者是TNFSF15的单倍型B，则向患者施用抗TL1A抗体的维持剂量方案，其相对于提供给单倍型A或C的患者的单个维持剂量，提供增加的单个维持剂量；和
(b)其中如果所述患者是TNFSF15的单倍型B，则向所述患者施用抗TL1A抗体的维持剂量方案，其相对于提供给单倍型A或C的患者的单个维持剂量之间的时间间隔，提供减少的单个维持剂量之间的时间间隔。
在一些方面，本发明包括以下步骤：
a)确定来自患者的粪便样品中一种或多种候选细菌菌株的水平，
b)识别所述粪便样品含有升高水平的所述一种或多种候选细菌菌株，
c)向患者施用诱导剂量的抗TL1A抗体。
在一些方面，候选细菌菌株选自唾液链球菌、副血链球菌和副流感嗜血杆菌。
在一些方面，本发明包括以下步骤：
a)确定来自患者的粪便样品中一种或多种候选细菌菌株的水平，
b)识别所述粪便样品含有降低水平的所述一种或多种候选细菌菌株，
c)向患者施用诱导剂量的抗TL1A抗体。
在一些方面，候选细菌菌株选自白色瘤胃球菌、伶俐瘤胃球菌、布氏瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌和两歧双歧杆菌。
在一些方面，将一种或多种候选细菌菌株的水平与基线细菌水平进行比较，该基线细菌水平基于未患IBD或UC的健康个体的所述一种或多种候选细菌菌株的水平。在一些方面，将一种或多种候选细菌菌株的水平与基线细菌水平进行比较，该基线细菌水平基于对抗TL1A抗体治疗无反应的个体的那些候选细菌菌株的估计水平。
在一些方面，一种或多种候选细菌菌株的水平比基线细菌水平至少大或小至少50％、2倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、500倍或1000倍。
在一些方面，本发明还包括用IL-23拮抗剂治疗。
本发明提供了一种用于鉴定患有炎症性肠病的患者可能受益于抗TL1A抗体治疗的初始或持续治疗的方法，以及任选地治疗所述患者的方法，其中所述方法包括：
(a)将患者鉴定为含有异常水平的一个或多个选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2、PKDREJ、IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4、BATF、CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40、ICOS、MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L的候选基因；
(b)在其中选自炎性巨噬细胞、TH17、ILC3、OX40、OX40L、IFNγ、ILC2、IL-13、MMP、组织重塑、纤维化、唾液链球菌肠道菌群、副血链球菌肠道菌群和副流感嗜血杆菌肠道菌群的一种或多种在所述施用后减少的条件下，向所述患者施用或已经施用抗TL1A抗体。
试剂盒
本发明还提供包含本文所述的任何或所有抗TL1A抗体的试剂盒。本发明的试剂盒包括一个或多个容器，所述容器包含本文所述的抗TL1A抗体和根据本文所述本发明的任何方法使用的说明书。通常，这些说明书包括针对上述治疗性治疗施用抗TL1A抗体的描述。在一些实施方案中，提供了用于生产单剂量施用单位的试剂盒。在某些实施方案中，试剂盒可以包含具有干燥蛋白质的第一容器和具有水性制剂的第二容器。在某些实施方案中，包括包含单腔和多腔预填充注射器(例如液体注射器和lyosyringes)的试剂盒。
与使用抗TL1A抗体有关的说明书通常包括关于预期治疗的剂量、给药计划和施用途径的信息。容器可以是单位剂量、散装包装(例如多剂量包装)或亚单位剂量。本发明的试剂盒中提供的说明书通常是标签或包装插页(例如试剂盒中包括的纸张)上的书面说明书，但机器可读说明书(例如磁盘或光盘上携带的说明书)也是可接受的。
本发明的试剂盒处于合适的包装中。合适的包装包括但不限于小瓶、瓶子、罐子、柔性包装(例如密封的聚酯薄膜或塑料袋)等。还设想了与特定装置(例如吸入器、鼻施用装置(例如雾化器)或输注装置(例如微型泵))组合使用的包装。试剂盒可以具有无菌进入口(例如容器可以是静脉内溶液袋或具有可由皮下注射针刺穿的塞子的小瓶)。容器还可以具有无菌进入口(例如容器可以是静脉内溶液袋或具有可由皮下注射针刺穿的塞子的小瓶)。组合物中的至少一种活性物质是抗TL1A抗体。所述容器可进一步包含第二药物活性剂。
试剂盒可以任选地提供附加组件，例如缓冲剂和解释信息。通常，试剂盒包括容器和位于容器上或与容器相关联的标签或包装插页。
实施例
实施例1
本文所述的2a期单臂研究(TUSCANY；NCT02840721)采用Simon的两阶段设计(Simon R.Control Clin Trials 1989；10:1-10)。患有中度至重度活动性UC的参与者在第一阶段接受为期60分钟IV输注500mg PF-06480605Q2W，共7剂。诱导期发生在基线和第12周之间，经过最多6周的筛选期，在最后一剂后2周的第14周进行内镜评估(图1)。在第一阶段结束时，根据Simon的两阶段设计决策标准，对12名结肠镜检查可评估参与者的主要疗效终点进行了无效性评估。如果≤2名参与者获得了内镜改善(EI)，且没有参与者获得内镜缓解，则研究将因无效性而停止。如果不符合无效性标准，第二阶段将继续招收更多参与者。
溃疡性结肠炎活动性的Mayo评分
Mayo评分是一种旨在测量UC疾病活动性的工具。Mayo评分系统由4个子评分组成，每个评分为0至3，较高的分数表示更严重的疾病活动性(见下文和第10.9.3节)。Mayo总分是所有4个子评分的总和，范围为0至12分。
·大便频率(子评分0-3)。
·直肠出血(子评分0-3)。
·内镜检查结果(子评分0-3)。
·医师整体评估(子评分0-3)。
Mayo评分的计算需要评估参与者的大便次数和大便中的任何血量。Mayo评分将根据参与者最近记录的3天有效且连续最接近研究访视的大便日记来计算。研究者网站将接受关于日记用法的培训并将培训参与者使用日记。每次访问时，现场将审查参与者输入的日记数据。
如果有缺失的大便日记数据，则平均值将取自研究访视前5天(如果是基线访视，则在研究访视之前)报告的最近3天，以计算Mayo评分。Mayo评分计算的无效日期为肠道准备、内镜检查和内镜手术后1天。
如果在接近研究访视的5天内(如果是基线访视，则在基线访视之前)仅报告了2个可用有效日，则将从有限的可用数据中取平均值，除非5天内没有报告日记数据。在这种情况下，大便次数和直肠出血子评分将被视为缺失。如果平均值在>0到<1之间，则直肠出血子评分将四舍五入。
参与者
男性和女性参与者≥18岁且≤75岁(或≥19岁且≤65岁，如果在大韩民国招募)，如果符合以下关键入选标准，则有资格参加：诊断为中度至重度活动性UC≥4个月，通过筛查结肠镜检查确定，Mayo总评分≥6，直肠出血评分≥1，内镜子评分≥2；筛查结肠镜检查发现直肠以外的活动性疾病，以及对≥1种UC常规治疗(即皮质类固醇、免疫抑制剂、免疫调节剂或抗整联蛋白)的反应不足、反应丧失或不耐受。如果参与者符合以下任何关键排除标准，则无资格参与：诊断为不确定结肠炎、缺血性结肠炎、放射性结肠炎、憩室病、显微镜结肠炎或克罗恩病；研究期间即将进行的手术的迫切需要或预定预约；存在结肠发育不良、肿瘤、毒性巨结肠、原发性硬化性胆管炎或结肠狭窄；结肠或小肠造口、梗阻或切除或移植器官病史；存在活动性肠道感染、人体免疫缺陷病毒感染、结核病感染或任何其他严重并发疾病；筛查时实验室参数异常，或在基线前2周内接受或预计接受>9mg/天口服布地奈德或>20mg/天强的松或等效口服全身皮质类固醇剂量的参与者；IV，在基线前2周内对5-ASA或皮质类固醇灌肠剂/栓剂进行IV、肌内(胃肠外)或局部(直肠)治疗；在基线前8周内使用英夫利昔单抗、阿达木单抗或戈利木单抗；或基线前12周的维多利珠单抗。
安全性评估
调查PF-06480605的安全性和耐受性是本研究的主要目标。根据MedicalDictionary for Regulatory Activities(MedDRA)编码词典版本21.0报告了治疗紧急不良事件(TEAE)，包括严重AE(SAE)和治疗相关TEAE。SAE是指任何导致死亡、危及生命、需要住院治疗或导致残疾或先天性异常的TEAE。还监测了包括天冬氨酸转氨酶、丙氨酸转氨酶和总胆红素在内的实验室参数以确定药物性肝损伤的迹象，并监测了其他异常的生命体征。
疗效评估
根据Mayo评分(Schroeder et al.N Engl J Med 1987；317:1625-1629)评估治疗效力，Mayo评分是衡量UC疾病活动性的工具。Mayo评分系统的范围为0至12分，包括4个子评分(大便次数、直肠出血、内镜检查结果和医生的全面评估)，每个评分为0-3，其中较高的分数对应更严重的疾病活动性。主要疗效终点为第14周的EI，由Mayo内镜评分0或1定义，无脆性(friability)。为了确保对主要终点的客观和一致评估，Mayo内镜子评分通过盲法、中央读取的结肠镜图像和内置判断来确定。次要疗效终点为第14周的缓解(Mayo总评分≤2，无单个子评分>1)和内镜缓解(Mayo内镜评分为0)。
探索性终点包括第14周的临床缓解(定义为Mayo内镜评分为0或1，无脆性，大便次数和直肠出血子评分为0)、Mayo部分评分与基线相比的变化、第14周时的临床反应(定义为Mayo总评分比基线下降至少3分和至少30％，直肠出血子评分下降至少1分或绝对子评分为0或1)，和第14周的最小组织学活动性(定义为Geboes指数[GI]≤3.2或Robarts组织病理学指数[RHI]≤5)(Sands BE，Peyrin Biroulet L，Loftus EV，Jr.等)。维多利珠单抗与阿达木单抗治疗中重度溃疡性结肠炎。N Engl J Med 2019；381:1215-1226)和组织学缓解(定义为GI≤3.0或RHI≤6)。
药代动力学和免疫原性评估
其他次要终点包括分析药代动力学(PK)，生物标志物包括可溶性TL1A(sTL1A)浓度、粪便钙卫蛋白和高敏C反应蛋白(hsCRP)。抗药物抗体(ADA)和中和抗体(NAb)的发生率分别使用配体结合和基于细胞的免疫原性测定来确定。
统计分析
本研究基于Simon的两阶段设计，测试参与者在第14周(p)达到EI的比例，假设H0(空)：p≤6％，而H1(替代)：p≥41％，其中，6％是根据对10mg21托法替尼的两项3期诱导研究(OCTAVE诱导1[NCT01465763]；OCTAVE诱导2[NCT01458951])的再分析，在抗TNF经验丰富的参与者中观察到的安慰剂EI率，41％对应于转化药物的效果。在设计的第一阶段结束时，计划有12名可评估的参与者进行无用性分析。如果不符合无用性标准，则继续招募，直到至少36名可评估参与者完成研究。基于统一最小方差无偏估计(UMVUE)方法(Jung和Kim 2004，Stat Med；23:881-896；Koyama和Chen 2008，Stat Med；27:3145-3154)和最大似然估计(MLE)方法分析第14周的主要疗效终点EI，使用符合方案(PP)人群(其包含符合招募的参与者，接受了至少6/7计划的剂量，并且在第14周的最后结肠镜检查)的数据。为了检验统计显著性，需要P值<0.05。对所有研究终点进行了描述性总结。
伦理学
各参与中心的Institutional Review Boards/Independent Ethics Committees审查并批准了最终方案和任何修正。这项研究是根据赫尔辛基宣言和all InternationalCouncil for Harmonisation Good Clinical Practice guidelines进行的。所有参与者都提供了书面的知情同意书。所有作者都可以访问研究数据，并审查和批准了最终出版手稿。
结果
参与者
共有50名参与者接受了PF-06480605，其中42人完成了随访研究(图2)。表2总结了参与者的人口统计和基线疾病特征。大多数参与者为男性(28/50，56.0％)，大多数为白人(48/50，96.0％)。平均年龄为40.0岁。基线时最常见的UC形式为全结肠炎(24/50，48.0％)和左侧结肠炎(16/50，32.0％)。
表2.参与者人口统计和基线疾病特征(安全性分析集)
Figure BDA0004093719190000341
Figure BDA0004093719190000351
BMI，体重指数；IV，静脉内；n，特定类别的参与者数；N，总体参与者数(安全性人群)；Q2W，每2周；SD，标准偏差。
在基线时，大多数参与者(46，92.0％)接受了皮质类固醇治疗UC。据报道，36名(72.0％)和28名(56.0％)参与者分别接受了生物治疗、特别是TNFi和抗整联蛋白的先前治疗，另有33名(66.0％)、10名(20.0％)和4名(8.0％)参与者分别接受了硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤和甲氨蝶呤。
安全性
平均治疗时间为82.6天，相当于500mg IV PF-06480605Q2W最多7剂。大多数参与者(35/50，70.0％)的PF 06480605暴露时间为85–98天。大多数参与者(46/50，92.0％)接受了7剂PF 06480605。2名、1名和1名参与者分别接受了6剂、5剂和1剂。共有33名参与者报告了109个所有因果性TEAE。其中18例与治疗相关，8名参与者经历了这一过程。三名参与者经历了4个SAE，其中1名参与者出现UC疾病发作和随后的腹膜炎(与治疗无关)，1名参与者发生UC疾病发作(与治疗相关)，1位参与者出现斑秃(研究者认为与治疗有关)。在这3名参与者中，2名参与者因非相关UC和治疗相关斑秃的SAE而中断PF-06480605(各1名参与者)，但继续研究。另一名参与者因UC的TEAE(非治疗相关)而永久停止研究。
表3显示了所有因果关系和治疗相关TEAE的汇总，以及MedDRA系统器官分类(SOC)的TEAE。除UC外，6名参与者(12.0％)最常见的首选术语TEAE为关节痛，其中1名参与者(2.0％)关节痛与治疗相关。以下情况分别发生在3名参与者(6.0％)中：腹痛(1治疗相关[2.0％])、恶心(1治疗相关[2.0％])、鼻咽炎(非治疗相关)、咽炎(非治疗相关)，背痛(1治疗相关[2.0％])和斑秃(1治疗相关[2.0％])。无死亡或恶性肿瘤，生命体征或实验室参数无临床显著发现。
表3.所有因果关系和治疗相关TEAE的汇总，以及SOC(安全性分析集)的TEAE
Figure BDA0004093719190000352
Figure BDA0004093719190000361
a三名参与者经历4个SAE：1名参与者出现UC和腹膜炎(与治疗无关)，1名参与者发生UC(与治疗相关)，1例参与者出现斑秃(与治疗有关)。
b一名参与者因UC(非治疗相关)而永久退出研究；
2名参与者停止治疗但继续研究：1名因UC(非治疗相关)和1因斑秃(治疗相关)。
AE，不良事件；IV，静脉内；n，特定类别的参与者数；
Q2W，每2周；SAE，严重不良事件；SOC，系统器官类别；
TEAE，治疗突发不良事件；UC，溃疡性结肠炎。
功效
在第14周PP人群中，38.2％的病例(基于UMVUE)观察到EI，基线内镜子评分为2、2/3和3(基于MLE；表5)的参与者的EI范围为35.0–60.0％。该结果具有统计学意义，6％的无效假设被拒绝，P值<0.001(UMVUE)。第14周，四项敏感性分析得出了与EI主要终点MLE分析相似的结果。
使用全分析集(FAS)中的MLE方法，在第14周(次要终点)获得缓解和内镜缓解的参与者比例分别为24.0％和10.0％，无应答者插补(表6)。根据内镜、大便次数和直肠出血子评分，第14周的临床缓解是一个探索性终点。使用FAS人群数据的MLE方法，9名参与者(18.0％缓解率；Clopper–Pearson 95％CI 8.58–31.44)在第14周获得临床缓解。另一个探索性终点是部分Mayo评分与基线的变化。从第2周到第12周观察到与基线相比的平均下降，并且这种下降一直持续到第26周(图3)。最后，36/50名参与者(72.0％)在第14周达到临床反应。
在完成研究的42名参与者中，14名(33.3％)在第14周时RHI≤5，20名(47.6％)GI≤3.2，表现出最小的组织学活性。在入选的50名参与者中，第14周达到组织学缓解的比例为40.0％(GI≤3.0或RHI≤6)。
PK和免疫原性
在多次IV 500mg PF-06480605剂量Q2W(最多7剂)后，最大浓度范围为0.0993至1.24mg/mL，随后出现双相下降，半衰期为19天。总sTL1A浓度从基线开始增加，在第8周达到峰值，平均值为8267.5pg/mL(范围744–20718pg/mL)，直到第26周仍高于基线。考虑到PF-06480605结合并稳定sTL1A，从而减缓其消除，这些结果表明靶结合。17从第2周到第26周观察到粪钙卫蛋白显著低于基线(51–78％)。同样，从第2周到第26周，hsCRP从基线持续降低。共有41名参与者(82.0％)ADA阳性，5名参与者(10.0％)NAb阳性。与阴性受试者相比，ADA和NAb阳性受试者从第8周开始观察到较低的靶结合的趋势。
实施例2：生物分析方法
已开发并验证了免疫沉淀LC-MS/MS测定法，以测定人血清中总可溶性TL1A。使用免疫富集技术从人血清中分离总可溶性TL1A。用生物素化的抗TL1A捕获试剂在4℃孵育样品并振荡过夜。然后将Dynabeads MyOne C1链霉亲和素偶联磁珠添加到每个样品中并在室温孵育1小时以提取与生物素化捕获抗体结合的TL1A。然后将珠清洗三次，然后在酸性条件下从珠中洗脱总TL1A。向每个样品中添加扩展序列稳定同位素标记肽(内标)后，在37℃进行胰蛋白酶消化过夜。所有样品处理均在自动液体处理机器人(Microlab STAR，Hamilton，Bonaduz，Switzerland)上以96孔形式进行。将120μL样品提取物注射到三维DionexUlimate 3000nano-LC系统中，该系统包括使用定制的2.1mm ID抗肽抗体柱的常规流动免疫亲和捕获，并洗脱到300μm ID C18捕获柱和75μm ID nano-LC分析柱。用流动相梯度以1μL/min的流速从nano-LC柱洗脱特征肽。带有Thermo Easy Spray电离源的Thermo Vantage三四极质谱仪用于MS/MS分析。特征肽的一个选择的反应监测转变被用于在正离子模式下量化TL1A，并且所有数据被标准化为内部标准反应。经验证的分析范围为40.0-6000pg/mL。在测定验证期间调查的所有浓度，该测定准确且精确，批间不精确度<13.6％，批间不准确度-6.0至0.5％。
免疫沉淀LC-MS/MS测定法已被开发和验证，用于测量人结肠组织中的游离可溶性TL1A。组织样品通过Bead Beater匀浆并使用免疫富集技术从人结肠组织中分离游离TL1A。将样品在4℃用生物素化DcR3捕获试剂孵育和振荡过夜。然后将Dynabeads T1链霉亲和素偶联磁珠添加到每个样品中并在室温孵育1小时以提取与生物素化捕获抗体结合的TLIA。然后将珠清洗三次，然后在酸性条件下从珠中洗脱游离TLIA。向每个样品中添加扩展序列稳定同位素标记肽(内标)后，在37℃进行胰蛋白酶消化过夜。所有样品处理均在自动液体处理机器人(Microlab STAR，Hamilton，Bonaduz，Switzerland)上以96孔形式进行。将120μL样品提取物注射到三维Dionex Ulimate 3000nano-LC系统中，该系统包括使用定制的2.1mm ID抗肽抗体柱的常规流动免疫亲和捕获，并洗脱到300μm ID C18捕获柱和75μm IDnano LC分析柱。用流动相梯度以0.6μL/min的流速从nano-LC柱洗脱特征肽。带有ThermoEasy Spray电离源的Thermo Vantage三四极质谱仪用于MS/MS分析。特征肽的一个选择的反应监测转变被用于在正离子模式下量化TL1A，并且所有数据被标准化为内部标准反应。经验证的分析范围为10-400pg/mL。组织测定合格，准确度高，在测定验证期间调查的所有浓度下，批间不精确度<14.6％，批间不准确度-0.8至6.0％。
使用RNA测序(RNASeq)技术评估UC患者肠道活检的转录组谱。BGI AmericasCorporation使用GlobinClear+TrueSeq Stranded mRNA样品制备试剂盒从血液和组织中提取所有样品并制备文库。使用Illumina HiSeq4000进行下一代测序，读取长度为100PE，读取量为40M。
在线性模型的一般框架下，使用limma、voom软件包，通过估计炎症组织和非炎症组织在基线时的变化以及与基线的变化进行转录组学分析。使用Benjamini–Hochberg程序对配对t检验的P值进行多假设调整，该程序控制FDR(Benjamini和Hochberg，1990，StatMed，Jul；9(7):811-8)。计算炎症和非炎症活检之间基线基因表达的差异。我们还使用时间和组织反应(定义为反应者(R)和无反应者(NR))的因素，使用线性混合效应模型计算了反应者和无反应者的基线变化。该分析用于将转录组变化与临床反应相关联。主要疗效终点是第14周的内镜指数，由Mayo内镜评分0或1定义，无脆性。为了确保对主要终点的客观一致的评估，Mayo内镜子评分通过盲法、中央读取的结肠镜图像和内置判断来确定。
单倍型B和SNP分析
基于5个SNP rs3810936、rs6478108、rs647810 9、rs7848647、rs7869487的基因分型数据，使用单倍统计R包(Lake等，2003，Hum Hered.；55(1)：56-65)对单倍型进行分型。使用Fisher精确检验对单倍型B和SNP(等位基因检验)与二元结果进行关联分析。基于T检验进行单倍型B和SNP与连续结果的关联分析。
蛋白质分析
使用Myriad/RBM实验室菜单和Myriad/RBM Simoa服务分析血液中的蛋白质谱。去除缺失率高(>50％)的蛋白质后，组中共有63种蛋白质。63种蛋白质中有52种符合下游分析的要求。63种蛋白质中的10种由Myriad RBM SimoaTMServices测定。使用线性混合效应模型分别分析基线和第2、8和14周应答者和非应答者队列中血液中log2转化的蛋白水平的差异(该模型将参与者作为随机效应，治疗持续时间作为固定效应，并将年龄、性别和吸烟作为协变量进行调整)。使用Benjamini–Hochberg程序对多假设进行P值调整，该程序控制FDR(错误发现率)。
基线炎症组织预测模型和置换实验验证
从BGI RNA-seq获得原始序列计数并将其处理为来自基线时所有炎症组织样品的片段每千碱基转录物每百万映射读取(FPKM)。我们使用P值≤5E-4来识别应答者和无应答者之间的候选基因。使用mlr R包中的非参数特征排序算法(Bischl等，Journal ofMachine Learning Research，17(170)，1-5)选择前10个候选基因，以限制过度拟合。然后，我们评估了四个模型(广义线性模型(GLMNET)、稀疏偏最小二乘(SPLS)、支持向量机(SVM)和随机森林(RF))对应答者和非应答者的预测精度。首先，我们使用5次重复的5倍交叉验证(CV)生成了接受者操作特征曲线(ROC)并估计了曲线下面积(AUC)以总结给定所有选定基因和模型的内镜改善的预测能力。接下来，我们对所有基因进行了随机排列测试，无论其R或NR状态如何，并进行了200次测试，并评估了每个模型生成的AUCperm。对于每个排列，程序遵循CV中实施的特征选择、排序和建模步骤。每个模型的经验p值(Pvaluemodel)计算如下
Figure BDA0004093719190000391
Pvaluemodel越小，与随机排列实验相比，它越能证明模型的显著性。R软件用于统计建模和分析。
排列调整后的AUC计算如下排列调整后的AUCmodel
＝inverlogit(logit(AUC)-(Median(logit(AUCperm))-logit(0.5)))
该程序通过适当转换观察到的AUCperm的中值和预期的0.5空AUC之间的差异，从观察到的数据中下移调整AUC。我们还使用置换测试和上述计算的相同偏移，从所有方法的观察数据中预测模型的95％CI中计算出调整后的AUC 95％CI。术语：Logit(x)＝Log(x/(1-x))，inverlogit被定义为Logit(x)函数的反函数exp(x)/(1+exp(x))。中值(x)是取向量x输入中值的函数。
宏基因组学样品收集和处理
粪便样品与防腐剂黄油一起储存以确保微生物含量的稳定性，DNA提取符合肠杆菌标准和质量控制(Thomas等，2015，Future Microbiol.；10(9):1485-504)。接下来，使用Illumina平台进行全宏基因组测序，以实现每个样品至少4000万次读取。fastq文件中原始数据的质量通过FastQC()评估。GOTTCHA 1.0c使用v20150825细菌数据库(GOTTCHA_BACTERIA_c4937_k24_u30_xHUMAN3x.species.tar.gz)对原始序列进行分类。提取的结果根据文库大小进行标准化并使用R包nlme v3.1-143中的线性混合效应模型和lme函数处理差异丰度分析。P值通过Benjamini Hochberg方法调整错误发现率(FDR)。
使用GOTTHA管道，使用162种已鉴定的细菌物种来估计β多样性。来自R包β部分的bary.part函数[Baselga，A.出版中。Separating the two components of abundance-based dissimilarity:balanced changes in abundance vs.abundancegradients.Methods in Ecology and Evolution.DOI:10.1111/2041-210X.12029]用于计算所有样品中的Bray-Curtis差异性。
来自R包vegan的betadisper函数[Anderson，M.J.(2006)Distance-based testsfor homogeneity of multivariate dispersions.Biometrics 62,245--253]用于通过基于差异性的样本方差均匀性测试来评估β多样性。P值由治疗前和治疗后样品的ANOVA模型计算。
抗TL1A PF-06480605应答者肠道Th17、Th1和纤维化途径的降低
鉴于抗TL1A PF-06480605在难治性UC治疗中实现内镜改善的临床疗效，评估了肠组织中这种作用的潜在机制。首先，通过纵向测量治疗前后血清中总TL1A(药物+TL1A)，验证体内抗TL1A结合的特异性。总血清TL1A的增加(图4A)反映了PF-06480605对TL1A的稳定化以及这种结合的特异性。接下来，通过测量治疗前后活检组织中的TL1A(图4B)水平来评估PF-06480605对肠道的影响。观察到的组织TL1A的显著减少证实了PF-06480605在靶向组织TL1A的效力。鉴于PF-06480605在靶向组织TL1A中的特异性和效力，通过对炎症和非炎症肠道组织活检进行RNA测序，鉴定了抗TL1A治疗后调节的肠道基因。基于(a)疾病活性(治疗前炎症与非炎症肠道)(UC转录组)和(b)抗TL1A治疗后的基因变化(治疗前与治疗后炎症肠道(FC＞2，FDR＜0.05)(TL1A治疗转录组)定义差异调节基因集。在治疗应答转录组中鉴定的565个差异调节基因中，在UC转录组(UC-TL1A治疗转录组)中鉴定出448个重叠基因。
在TL1A-UC应答转录组中，我们试图确定与抗TL1A应答相关的机制和细胞途径。特别地，应答特征显示IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4和BATF的显著下调，突出了TL1A阻断对组织Th17和Th1细胞的潜在影响。应答者中表达下调的另一个基因亚集包括：CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40、ICOS，提示TL1A在原位抗原呈递细胞的募集和激活中具有潜在作用。此外，与细胞外基质重塑和纤维化相关的几个基因在治疗反应中显著下调，包括：MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L(表7)。
使用治疗应答中的429个差异表达基因，我们进行了Ingenuity PathwayAnalysis(QIAGEN，CA)并确定了靶向IL-17/IL-23和Th1以及PI3K、NF-kB和ERK/MAPK的信号传导通路的下调(Z评分≤-2)。此外，无论内镜是否改善，巨噬细胞ROS、DC成熟和肿瘤抑制素M信号传导通路均显著降低。最后，通过使用CytoReason(表8)进行去卷积，我们在细胞水平上深入了解了这种组织反应(J Gastroenterol.2018Sep；53(9):1048-1064)。与基因和通路分析一致，CytoReason发现Th17细胞(FDR＝2.55E-5)、单核细胞(FDR＝0.0009)、树突状细胞(FDR＝0.0001)、巨噬细胞(FDR＝0.0002)和记忆B细胞(FDR＝0.0009)显著下调，且有内镜改善。
鉴于抗TL1A的组织特异性影响，我们试图评估外周血内镜改善的免疫生物标志物的潜力。使用Myriad/RBM-Simoa和定制平台，我们对第2、8、14周与基线进行了差异分析并在抗TL1A治疗后内镜改善的参与者中识别出52个蛋白质中FDR<0.05的20个。(表9)。与组织转录组学结果一致，蛋白质组学分析显示，内镜改善的参与者(FDR＝4.51E-11)和内镜无改善的参与者(FDR＝9.23E-08)中IL-17A显著降低，但抗TL1A治疗后内镜改善的参与者的IL-17A降低更多。此外，外周血分析显示，2型相关细胞因子IL-5和IL-13的显著降低未反映在组织转录反应中。这些结果突出了外周血标记物反映Th17细胞活化减少的组织转录特征以及与内镜改善相对应的系统性2型反应减少的潜力。
粪便宏基因组学定义了抗TL1A PF-06480605治疗后微生物组变化
活跃的UC微生物组存在明显变化，其特征是IBD相关致病生物的降低的多样性和扩大。为了表征肠道微生物组中响应抗TL1A治疗而被调节的细菌物种，我们在治疗前后对粪便DNA样品进行了宏基因组测序(图S1)。基于Bray-Curtis治疗前后样品差异的主坐标分析显示无显著变化(图S1)，使用抗TL1A治疗前后方差的同质性检验，p值为0.53。然而，纵向丰度分析(LAA)揭示了处理后细菌物种的显著变化(图S2)。使用GOTTCHA管道评估治疗前后所有参与者中分类群的不同丰度)，我们发现唾液链球菌(FDR＝0.02)、副腺链球菌(FDR＝0.02)和副流感嗜血杆菌(FDR＝0.035)的丰度显著下降(表10)。相反，治疗后，增加了产SCFA的瘤胃球菌和双歧杆菌(标称P值分别为0.022和0.028)的增加(表10)。
TNFSF15单倍型和组织转录组预测抗-TL1A PF-06480605治疗的治疗反应
TNFSF15中的五个单核苷酸多态性(SNP)(rs3810936、rs6478108、rs6478109、rs7848647、rs7869487)已用于定义三种单倍型(A、B、C)。单倍型A和C与IBD风险增加相关，而单倍型B在IBD患者中显著降低(Thiebaut等，Am J Gastroenterol.2009；104(2):384-91)。
我们发现单倍型B在无应答者(NR)中富集，单倍型B频率为25％，而应答者(R)的单倍型频率为6.25％(P值＝0.04)，但单倍型A和C之间没有关联。单倍型B和rs6478109与治疗前炎症组织的TNFSF15基因表达或TL1A蛋白均不显著相关(表11)。
表11：TNFSF15单体型B在无应答者(NR)和应答者(R)中富集
单倍型分析显示，TNFSF15单倍型B在无应答者(NR)和应答者(R)中富集，标称P＝0.045，所有参与者的单倍型B频率为18.18％。
Figure BDA0004093719190000411
鉴于反应的组织转录特征(图4)，我们试图确定基线组织转录特征是否可以预测抗TL1A治疗后的内镜改善。我们查询了49个样品(32NR和17R)的组织转录数据并使用mlr R包中的非参数特征排序算法选择了前10个候选基因(表12)。我们应用了这10个基因并通过使用四种统计方法(随机森林(RF)、稀疏部分线性模型(SPLS)、广义线性模型(GLMNET)和支持向量机(SVM))和排列测试创建了内镜反应的预测模型。使用200个应答者/非应答者状态的随机排列，通过从15000个以上的中选择前10个基因来衡量膨胀(inflation)，我们可以调整AUC以过度拟合，同时作为排列测试评估统计学显著性。在这些调整下，使用随机森林算法的预测模型得出最高的排列调整AUC为0.71，95％CI(0.64-0.84)，基于排列的p值为p＝0.02(表12)，
表5。接受PF-06480605 500mg IV Q2W治疗的参与者第14周EI的UMVUE和MLE分析(PP，观察到的病例)
Figure BDA0004093719190000421
a计算第14周EI率6％的无效假设测试的P值。
b在MLE分析中，使用Clopper–Pearson方法用于95％CI。
CI，置信区间；EI，内镜改善；IV，静脉内；MLE，最大似然估计；N，总参与者数(PP人群)；n，EI参与者数；PP，符合方案；Q2W，每2周；UMVUE，一致最小方差无偏估计。
表6.第14周用PF-06480605 500mg IV Q2W治疗且缓解和内镜缓解的参与者比例(MLE分析；FAS)
Figure BDA0004093719190000422
a计算第14周EI率6％的无效假设测试的P值。
CI，置信区间；EI，内镜改善；FAS，全分析集；IV，静脉内；MLE，最大似然估计；N，总参与者数(PP人群)；n，缓解/内镜缓解的参与者数；PP，符合方案；Q2W，每2周。
表7：影响炎症和纤维化基因的机制和细胞途径与组织中抗TL1A治疗相关：通过FDR<0.05和|FC|>3的基线变化，确定了抗TL1A疗法后的内镜改善inf.活组织检查中被调节的机制和细胞途径中的重要基因。
Figure BDA0004093719190000423
Figure BDA0004093719190000431
表8：活检转录组学的CytoReason去卷积：在第14周，inf.和非inf.活检中CFB的细胞类型估计，使用CytoReason去卷积方法在内镜改善R和NR中使用大量RNA-seq。
带(*)的细胞类型的FDR<0.05。
Figure BDA0004093719190000432
Figure BDA0004093719190000441
Figure BDA0004093719190000451
图9：蛋白质组学识别内镜改善的炎症性血液生物标志物：共评估了63种蛋白质中的52种，并在第14周根据CFB选择了内镜改善R中的重要蛋白质，FDR<0.05。所有带*的蛋白质的FDR均<0.05。
Figure BDA0004093719190000452
Figure BDA0004093719190000461
Figure BDA0004093719190000471
Figure BDA0004093719190000481
表10：抗TL1A治疗后肠道病理生物群的减少：细菌物种鉴定了所有参与者粪便样品中CFB(P值<＝0.05)，-log10(P值)＝1.3。前三种细菌物种(*)基于FDR<＝0.05的阈值。
细菌 线性.深度.覆盖.FC p.值 FDR
唾液链球菌(Streptococcus salivarius) -7.12E-01 2.25E-04 2.03E-02
副血链球菌(Streptococcus parasanguinis) -8.60E-01 2.50E-04 2.03E-02
副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae) -1.25E+00 6.52E-04 3.52E-02
帕梅拉戈登氏杆菌(Gordonibacter pamelaeae) -6.59E-01 2.87E-03 1.16E-01
乳乳球菌(Lactococcus lactis) -7.82E-01 5.22E-03 1.69E-01
迟缓埃格特菌(Eggerthella lenta) -8.06E-01 9.29E-03 2.42E-01
咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus) -1.41E+00 1.04E-02 2.42E-01
链球菌I-P16 -8.90E-01 1.76E-02 2.97E-01
变异链球菌(Streptococcus mutans) -9.64E-01 1.82E-02 2.97E-01
唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius) -2.20E+00 1.83E-02 2.97E-01
Ruminococcus champanellensis 1.11E+00 2.17E-02 3.19E-01
Odoribacter splanchnicus -8.43E-01 2.83E-02 3.55E-01
两岐双岐杆菌(Bifidobacterium bifidum) 9.25E-01 2.85E-02 3.55E-01
肉色明串珠菌(Leuconostoc carnosum) -1.69E+00 3.51E-02 4.03E-01
流感嗜血菌(Haemophilus influenzae) -1.28E+00 3.73E-02 4.03E-01
嗜沫凝聚杆菌(Aggregatibacter aphrophilus) -3.17E+00 4.18E-02 4.23E-01
Figure IDA0004093719240000011
Figure IDA0004093719240000021
Figure IDA0004093719240000031
Figure IDA0004093719240000041
Figure IDA0004093719240000051
Figure IDA0004093719240000061
Figure IDA0004093719240000071
Figure IDA0004093719240000081
Figure IDA0004093719240000091
Figure IDA0004093719240000101
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Figure IDA0004093719240000121
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Figure IDA0004093719240000141
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Figure IDA0004093719240000181
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Figure IDA0004093719240000201
Figure IDA0004093719240000211

Claims (22)

1.一种用于治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括以诱导给药方案向所述患者施用抗TNF-样配体1A(TL1A)抗体，所述诱导给药方案足以在用所述抗TL1A抗体开始治疗后至少12周内改善IBD的体征和症状，所述诱导给药方案包括多个单个诱导剂量，其中所述方法还包括在完成所述诱导给药方案之后向所述患者施用后续的维持给药方案，所述维持给药方案包括彼此间隔至少2周的多个单个维持剂量。
2.权利要求1的方法，其中所述单个维持剂量间隔至少1、2、3、4或6个月施用。
3.权利要求1或2的方法，其中所述单个维持剂量不超过所述单个诱导剂量的约75％。
4.权利要求1-3任一项的方法，其中所述单个诱导剂量为通过静脉注射的约500mg。
5.权利要求1-4任一项的方法，其中所述单个诱导剂量彼此间隔至少2周。
6.权利要求1-5任一项的方法，其中所述IBD是溃疡性结肠炎(UC)。
7.一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括以下步骤：
a)确定来自患者的样品中一或多个候选基因的表达水平，
b)识别所述样品包含异常表达水平的所述一或多个候选基因，
c)向患者施用诱导剂量的抗TNF样配体1A(TL1A)抗体。
8.权利要求7的方法，其中所述一或多个候选基因选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2、PKDREJ、IL-1B、IL-23A、IFNG、IL-12RB1、IL-21R、IRF4、BATF、CD80/86、HLA-DRB5/DQB1/DRB1、HLA-DRA、CD40、ICOS、MMP3、MMP7、MMP10和CHI3L。
9.权利要求7或8的方法，其中所述一或多个候选基因选自SOWAHB、COLCA2、TBX20、FRZB、HOXB5、NET1、FOXD2、DESI1、PARK2和PKDREJ。
10.权利要求7-9任一项的方法，其中将所述一或多个候选基因的表达水平与基线表达水平进行比较，所述基线表达水平
a)基于未患IBD或UC的健康个体的所述一或多个候选基因的表达水平；或
b)基于对抗-TL1A抗体治疗无反应的个体的估计表达水平。
11.权利要求7-10任一项的方法，其中所述一或多个候选基因的异常表达水平比基线水平高或低至少50％。
12.权利要求1-11任一项的方法，所述方法包括以下步骤：
(a)通过从患者获得生物学样品来确定患者是TNFSF15的单倍型A、B或C；
(b)对所述生物学样品进行基因分型测定以确定所述患者是TNFSF15的单倍型A、B或C；其中在单倍型A或单倍型C的患者中，患者对抗-TL1A抗体的治疗剂量无反应的风险低于单倍型B的患者；
其中，如果所述患者是TNFSF15的单倍型B，则向所述患者施用所述抗-TL1A抗体的维持剂量方案，其中相对于提供给单倍型A或C的患者的单个维持剂量，所述维持剂量提供增加的单个维持剂量；和
其中，如果所述患者是TNFSF15的单倍型B，则向所述患者施用抗-TL1A抗体的维持剂量方案，相对于提供给单倍型A或C的患者的单个维持剂量之间的间隔，其提供的单个维持剂量之间的间隔降低。
13.一种治疗患者炎症性肠病(IBD)的方法，所述方法包括以下步骤：
(i)确定来自患者的粪便样品中一或多种候选细菌菌株的水平，
(ii)鉴定粪便样品含有增加或减少水平的所述一或多种候选细菌菌株，
(iii)向患者施用治疗剂量的抗TNF样配体1A(TL1A)抗体。
14.权利要求13的方法，其中所述候选细菌菌株水平增加，并且所述候选菌株选自唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、副血链球菌(Streptococcus parasanguinis)和副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)。
15.权利要求14的方法，其中所述候选细菌菌株水平降低，并且所述候选菌株选自白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcus callidus)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcus bromii)、活泼瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)和两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)。
16.权利要求1-15任一项的方法，其中所述抗-TL1A抗体包含来自具有SEQ ID NO:1所示序列的可变重链区的三个CDR和来自具有SEQ ID NO:2所示序列的可变轻链区的三个CDR。
17.权利要求1-16任一项的方法，其中所述抗-TL1A抗体包含具有SEQ ID NO:3所示序列的HCDR1、具有SEQ ID NO:4所示序列的HCDR2、具有SEQ ID NO:5所示序列的HCDR3、具有SEQ ID NO:6所示序列的LCDR1、具有SEQ ID NO:7所示序列的LCDR2和具有SEQ ID NO:8所示序列的LCDR3。
18.权利要求1-17任一项的方法，其中所述抗-TL1A抗体包含具有SEQ ID NO:1所示序列的可变重链区和具有SEQ ID NO：2所示序列的可变轻链区。
19.权利要求1-15任一项的方法，其中所述抗-TL1A抗体包含选自如下的序列对：SEQID NO:4和11；SEQ ID NO:4和12；SEQ ID NO:4和13；SEQ ID NO:4和14；SEQ ID NO:4和15；SEQ ID NO:4和16；SEQ ID NO:4和17；SEQ ID NO:4和18；SEQ ID NO:4和19；SEQ ID NO:20和24；SEQ ID NO:21和25；SEQ ID NO:22和26；SEQ ID NO:23和27；SEQ ID NO:28和29；SEQID NO:30和31；和SEQ ID NO:30和31。
20.权利要求1-19任一项的方法，进一步包括用IL-23拮抗剂治疗。
21.权利要求1-20任一项的方法，其中所述患者患有中度至重度溃疡性结肠炎。
22.化合物在制备用于权利要求1-20任一项的IBD治疗的药物中的用途。
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