CN114920791B - 一种寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的合成方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了在DNA上合成寡聚核酸‑琥珀酰亚胺先导化合物的方法，它以式III所示的寡聚核酸化合物和式II所示的琥珀酰亚胺化合物为原料，在碱的作用下于溶剂中反应，得到式I所示的寡聚核酸‑琥珀酰亚胺化合物。本发明方法对DNA损伤小，普适性好，操作简单，条件温和，能高转化率地制得寡聚核酸‑琥珀酰亚胺化合物，可构建含琥珀酰亚胺化合物结构的基因编码化合物库、为将来应用于生物筛选提供基础，同时还可以丰富为数不多的在DNA上合成编码化合物库的有机分子骨架结构，为扩大和丰富DELT化合物库提供重要基础。
Description
技术领域
本发明属于基因编码化合物库构建领域，具体涉及一种寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的合成方法。
背景技术
DNA编码库(DEL)是小分子与具有特定序列的DNA相结合的化合物的集合，这些DEL通常是在合成转化过程中使用拆分-合并技术制成的，而每个合成步骤都用特异性DNA标签编码构建，使得文库中的每个小分子都被独特的DNA密码子共价标记。库中化合物的小分子部分由多个不同的小砌块组合而成，这使得库中最终所包含的化合物种类的数量级极速攀升。过去的几年中，化合物库对生物靶标的筛选技术为基础研究提供了极大的助力，同时也成功实现了对个别小分子先导化合物的发掘。在典型的DEL筛选研究中，以纯化的并带有亲和标签的可溶性蛋白质靶标与DEL化合物库混合，通过几轮淘选，高亲和力化合物相对于低亲和力化合物富集。然后使用PCR扩增技术对最终洗脱的部分进行放大，通过高通量测序技术对其进行测序，以揭示构成洗脱群体的化学小分子的结构。上述得到的高度富集的化合物小分子之后在没有编码DNA的情况下合成，它们的活性可以通过常规的生物靶标测定得到证实。尽管DELT只有简短的发展历史，它已经得到了广泛认可与应用，正积极地影响新药研发的进程。
基因编码化学库技术以其化合物数量、多样性以及对生物目标蛋白的结合方式在众多的活性化合物的发现技术方法中脱颖而出。寡聚核苷酸编码文库在寻找与疾病蛋白相结合的有生物活性的小分子化合物的筛选中应用越来越广泛，并且是后基因组时代能够成为药物快速发现发展的平台。因此开发出更多能适用于基因编码化合物库的骨架分子片段的合成方法也是DELT领域的重要工作之一。
琥珀酰亚胺化合物是一类重要的药物分子片段。乙琥胺(Ethosuximide)是最常用的琥珀酰亚胺，另外两种甲磺酰亚胺(methsuximide)和苯磺酰亚胺(phensuximide)现今很少使用。乙琥胺在儿科实践中仍然是治疗失神发作的有用化合物，但与其他一些琥珀酰亚胺不同，它似乎对其他类型的癫痫发作无效。琥珀酰亚胺作用于钙T通道以阻断丘脑神经元中电压依赖性钙电导。乙琥胺不改变其他药物的代谢，但其自身的代谢受酶诱导或抑制抗癫痫药物的影响。丙戊酸盐的疗效和安全性确保了乙琥胺已成为失神发作的二线治疗药物。其中有扎龙廷(Zarontin；通用名：乙琥胺(ethosuximide))；赛隆丁(Celontin；通用名：甲磺草胺(methsuximide))；米隆廷(Milontin；通用名：Phensuximide，苯琥胺))。
可见，多种具有琥珀酰亚胺片段的化合物具有药理学活性，意味着对具有琥珀酰亚胺结构的化合物进行生物活性筛选具有重要的意义。
然而，DNA化学与普通化学反应存在差别，许多传统的小分子化学反应由于它们的条件苛刻，容易引起DNA变性，而不能应用于基因编码化合物库构建。目前还没有在DNA上合成琥珀酰亚胺化合物结构的相关反应的报道。因此开发一种对DNA损伤小、转化率高的寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物合成方法，对于填补DELT中寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的空缺，丰富DELT具有重要的意义。
发明内容
本发明的目的在于提供一种寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的合成方法。
本发明提供了一种寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的合成方法，其特征在于，它是以式III所示的寡聚核酸化合物和式II所示的琥珀酰亚胺化合物为原料，在碱的作用下于溶剂中反应，得到式I所示的寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物；反应式如下：
其中，L为连接单元；X为对甲苯磺酸酯基或卤素；
R1、R2、R3、R4分别独立选自H、C1～10烷基、C2～6烯烃基、C2～6炔烃基、C1～6烷氧基、3～8元环烷基、芳基或杂环烃基；
或，R1、R2、R3、R4中任意2个连接形成取代或未取代的3～8元环烃基、3～8元杂环烃基、5～10元桥环烃基；
所述取代的取代基是C1～10烷基或氨基保护基。
进一步地，上述式III所示的寡聚核酸化合物、式II所示的琥珀酰亚胺化合物和碱的摩尔比例为1:(1～500):(1～500)，优选为1:(1～300):(1～300)；
和/或所述反应温度为50～90℃，优选为60～80℃；
和/或所述反应时间为11～24小时，优选为11～16小时；
和/或所述碱为N-甲基吗啉、三乙胺、正丁胺、异丁胺、4-二甲氨基吡啶、吡啶、N,N-二异丙基乙胺、1,8-二氮杂二环[5.4.0]十一碳-7-烯、N,N,N',N'-四甲基乙二胺、1,1,3,3-四甲基胍、N,N-二环己基甲胺、二环己胺、四氢吡咯、无机盐缓冲液、有机碱缓冲液中的任意一种或任意几种的混合；优选为N,N-二异丙基乙胺、硼酸盐缓冲液中的一种；
和/或所述溶剂为水、甲醇、乙醇、丙醇、异丙醇、正丁醇、异丁醇、叔丁醇、戊醇、环己醇、2-氟乙醇、2,2-二氟乙醇、2,2,2-三氟乙醇、六氟异丙醇、苯甲醇、乙二醇、乙二醇单甲醚、乙二醇单乙醚、丙三醇、乙醚、环氧丙烷、异丙醚、四氢呋喃、2-甲基四氢呋喃、四氢吡喃、1,4-二氧六环、苯甲醚、二甲硫醚、二乙基硫醚、乙二醇二甲醚，乙二醇二乙醚、二乙二醇二甲醚、二乙二醇二乙醚、N-甲基吡咯烷酮、N,N-二甲基甲酰胺、N,N-二甲基乙酰胺、二甲基亚砜、乙腈、丙酮、环己酮、二氯甲烷、氯仿、氯苯、1,2-二氯乙烷、乙酸乙酯、正己烷、环己烷、吡啶、2-甲基吡啶、3-甲基吡啶、4-甲基吡啶、4-甲氧基吡啶、甲苯、二甲苯、无机盐缓冲液、有机碱缓冲液中的任意一种或几种的混合，优选为水和乙腈的混合溶液。
更进一步地，上述式III所示的寡聚核酸化合物、式II所示的琥珀酰亚胺化合物和碱的摩尔比例为1:200:200；
和/或所述反应温度为70℃；
和/或所述反应时间为12小时；
和/或所述碱为pH为12.5的硼酸盐缓冲液；
和/或所述溶剂为水和乙腈的混合且乙腈的总含量为33.3％。
进一步地，上述R1、R2、R3、R4分别独立选自H、C1～3烷基、苯基；
或，R1、R2、R3、R4中任意2个连接形成取代或未取代的3～6元环烃基、3～6元杂环烃基、6～10元桥环烃基；
所述取代的取代基是C1～3烷基或叔丁氧羰基。
进一步地，上述L为-NHCO-L1-(CH2CH2O)mCH2CH2-L2-；
其中，L1为无或-(CH2)n-O-；L2为无、
m为2～4的整数，n为1～4的整数；
优选地，L为如下任一结构：
进一步地，上述式I化合物为下列化合物之一：
本发明还提供了式I所示寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物：
其中，L为连接单元；
R1、R2、R3、R4分别独立选自H、C1～10烷基、C2～6烯烃基、C2～6炔烃基、C1～6烷氧基、3～8元环烷基、芳基或杂环烃基；
或，R1、R2、R3、R4中任意2个连接形成取代或未取代的3～8元环烃基、3～8元杂环烃基、5～10元桥环烃基；
所述取代的取代基是C1～10烷基或氨基保护基。
进一步地，上述R1、R2、R3、R4分别独立选自H、C1～3烷基、苯基；
或，R1、R2、R3、R4中任意2个连接形成取代或未取代的3～6元环烃基、3～6元杂环烃基、6～10元桥环烃基；
所述取代的取代基是C1～3烷基或叔丁氧羰基。
进一步地，上述L为-NHCO-L1-(CH2CH2O)mCH2CH2-L2-；
其中，L1为无或-(CH2)n-O-；L2为无、
m为2～4的整数，n为1～4的整数；
优选地，L为如下任一结构：
进一步地，上述化合物是下列化合物之一：
本发明还提供了上述的合成方法在构建基因编码化合物库中的用途。
本发明的有益效果：本发明提供了一种在DNA上合成寡聚核酸-琥珀酰亚胺先导化合物的方法，在特定的原料和反应条件下反应，成功制得寡聚核酸-琥珀酰亚胺先导化合物。该方法对DNA损伤小，普适性好，操作简单，条件温和，能高转化率地制得寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物，可构建含琥珀酰亚胺化合物结构的基因编码化合物库、为将来应用于生物筛选提供基础，同时还可以丰富编码化合物库的有机分子骨架结构，为扩大和丰富化合物库提供重要基础，提高了通过DEL平台发现新药的概率。该方法增加了一种可以在寡聚核苷酸上合成琥珀酰亚胺抗惊厥药物分子关键结构的方法。
本发明的术语解释：
本发明结构式中的“DNA”为单链或双链的寡聚核苷酸链。
本发明碳氢基团中碳原子含量的最小值和最大值通过前缀表示，例如，前缀Ca～b烷基表示任何含“a”至“b”个碳原子的烷基。例如，C1～6烷基是指包含1～6个碳原子的直链或支链的烷基。Ca～b烯烃基表示任何含“a”至“b”个碳原子的烯烃基，烯烃基即含有至少一个碳碳双键(不含碳碳三键)的烃基；Ca～b炔烃基表示任何含“a”至“b”个碳原子的炔烃基，炔烃基即含有至少一个碳碳三键的烃基。
“环烃基”指饱和或不饱和的纯碳环(构成环骨架的原子均为C)，环烃基前的数值表示构成环骨架的原子数量，例如3～8元环烷基即构成环骨架的C原子个数为3～8的任意整数个；“杂环烃基”指环烃基的纯碳环中的部分碳原子被杂原子如O、N、S替代进而形成的稳定环结构，例如一个环上的一个亚甲基-CH2-上的C被O替代，即形成稳定结构的-O-，或被N替代形成稳定结构的-NH-；或被S替代形成稳定结构的-S-等，杂环烃基前的数值含义同环烃基前数值的含义。“环烷基”指饱和的环烃基。
“桥环烃基”指两个碳环共用两个或两个以上碳原子的饱和或不饱和多环烃基，桥环烃基前的数值代表构成多环骨架的碳原子总个数。例如桥环环骨架共7个碳，即为7元桥环。
“芳基”指具有共轭的π电子体系的全碳单环或稠合多环(也就是共享毗邻碳原子对的环)基团，例如苯基。所述芳基不含有杂原子，如N、O、或S，同时连接母体的点必须在具有共轭的π电子体系的环上的碳原子上。
“杂芳基”指包含一个到多个杂原子的杂芳族基团。这里所指的杂原子包括O、S和N。例如呋喃基、噻吩基、吡啶基、吡唑基等。
“有机溶剂”包括但不限于甲醇、乙醇、丙醇、异丙醇、正丁醇、异丁醇、叔丁醇、戊醇、环己醇、2-氟乙醇、2,2-二氟乙醇、2,2,2-三氟乙醇、六氟异丙醇、苯甲醇、乙二醇、乙二醇单甲醚、乙二醇单乙醚、丙三醇、乙醚、环氧丙烷、异丙醚、四氢呋喃、2-甲基四氢呋喃、四氢吡喃、1,4-二氧六环、苯甲醚、二甲硫醚、二乙基硫醚、乙二醇二甲醚，乙二醇二乙醚、二乙二醇二甲醚、二乙二醇二乙醚、N-甲基吡咯烷酮、N,N-二甲基甲酰胺、N,N-二甲基乙酰胺、二甲基亚砜(DMSO)、乙腈、丙酮、环己酮、二氯甲烷、氯仿、氯苯、1,2-二氯乙烷、乙酸乙酯、正己烷、环己烷、吡啶、2-甲基吡啶、3-甲基吡啶、4-甲基吡啶、4-甲氧基吡啶、甲苯、二甲苯。
显然，根据本发明的上述内容，按照本领域的普通技术知识和惯用手段，在不脱离本发明上述基本技术思想前提下，还可以做出其它多种形式的修改、替换或变更。
以下通过实施例形式的具体实施方式，对本发明的上述内容再作进一步的详细说明。但不应将此理解为本发明上述主题的范围仅限于以下的实例。凡基于本发明上述内容所实现的技术均属于本发明的范围。
附图说明
图1为本发明反应物式II化合物的结构。
图2为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的结构。
图3为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P1的液相色谱质谱检测图谱。
图4为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P2的液相色谱质谱检测图谱。
图5为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P3的液相色谱质谱检测图谱。
图6为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P4的液相色谱质谱检测图谱。
图7为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P5的液相色谱质谱检测图谱。
图8为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P6的液相色谱质谱检测图谱。
图9为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P7的液相色谱质谱检测图谱。
图10为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P8的液相色谱质谱检测图谱。
图11为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P9的液相色谱质谱检测图谱。
图12为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P10的液相色谱质谱检测图谱。
图13为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P11的液相色谱质谱检测图谱。
图14为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P12的液相色谱质谱检测图谱。
图15为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P13的液相色谱质谱检测图谱。
图16为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P14的液相色谱质谱检测图谱。
图17为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P15的液相色谱质谱检测图谱。
图18为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P16的液相色谱质谱检测图谱。
图19为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P17的液相色谱质谱检测图谱。
图20为本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P4与Tag A链接后的产物P4-1的液相色谱质谱检测图谱。
具体实施方式
本发明所用原料与设备均为已知产品，通过购买市售产品所得。本发明说明书中所有的“当量”指摩尔当量。
1、式III化合物S1-1的合成
将100纳摩尔寡聚核苷酸-NH2(HP)溶于去离子水配制成1毫摩尔/升的溶液(100微升，1当量)，向其中加入250当量pH＝8.0的四硼酸钠(Na2B4O7)缓冲液(100微升，250毫摩尔/升)，100当量对甲苯磺酸酯化合物SM1的乙腈溶液(200微升，50毫摩尔/升)，混合均匀后室温反应2小时。反应结束后，向反应液中加入总体积10％的5摩尔/升氯化钠溶液。然后，继续加入总体积3倍的无水乙醇，振荡均匀后，将反应置于-80℃的冰箱中冷冻2小时。之后，在4000rpm的转速下离心半小时，倒掉上清液，余下沉淀用去离子水溶解后得到末端为对甲苯磺酸酯的寡聚核苷酸化合物S1-1水溶液，该溶液直接用于下一步反应。
2、式III化合物S1-2的合成
将100纳摩尔寡聚核苷酸-NH2(HP)溶于去离子水配制成1毫摩尔/升的溶液(100微升，1当量)，向其中加入250当量pH＝8.0的四硼酸钠(Na2B4O7)缓冲液(100微升，250毫摩尔/升)，100当量对甲苯磺酸酯化合物SM2的乙腈溶液(200微升，50毫摩尔/升)，混合均匀后室温反应2小时。反应结束后，向反应液中加入总体积10％的5摩尔/升氯化钠溶液。然后，继续加入总体积3倍的无水乙醇，振荡均匀后，将反应置于-80℃的冰箱中冷冻2小时。之后，在4000rpm的转速下离心半小时，倒掉上清液，余下沉淀用去离子水溶解后得到末端为对甲苯磺酸酯的寡聚核苷酸化合物S1-2水溶液，该溶液直接用于下一步反应。
3、式III化合物S1-3的合成
将100纳摩尔寡聚核苷酸-NH2(HP)溶于去离子水配制成1毫摩尔/升的溶液(100微升，1当量)，向其中加入250当量pH＝8.0的四硼酸钠(Na2B4O7)缓冲液(100微升，250毫摩尔/升)，80当量对甲苯磺酸酯化合物SM3的乙腈溶液(40微升，200毫摩尔/升)，120当量4-(4,6-二甲氧基均三嗪)-4-甲基吗啉盐酸盐(DMT-MM)水溶液(60微升，200毫摩尔/升)，混合均匀后室温反应2小时。反应结束后，向反应液中加入总体积10％的5摩尔/升氯化钠溶液。然后，继续加入总体积3倍的无水乙醇，振荡均匀后，将反应置于-80℃的冰箱中冷冻2小时。之后，在4000rpm的转速下离心半小时，倒掉上清液，余下沉淀用去离子水溶解后得到末端为对甲苯磺酸酯的寡聚核苷酸化合物S1-3水溶液，该溶液直接用于下一步反应。
4、式III化合物S1-4的合成
4.1合成DNA-NHFmoc
将100纳摩尔HP(HP的结构如图最后所示，为市售产品)溶于去离子水配制成1毫摩尔/升的溶液(100微升，1当量)。将40当量的起始头片段化合物SM4(市售产品)的DMSO溶液(20微升，200毫摩尔/升)、250当量pH＝9.47的四硼酸钠(Na2B4O7)缓冲液(100微升，250毫摩尔/升)、40当量的4-(4,6-二甲氧基三嗪-2-基)-4-甲基吗啉盐酸盐(DMT-MM)水溶液(20微升，200毫摩尔/升)混合，将该混合物用涡旋振荡器充分混匀。再将上述混合物加入到HP的溶液中，混合均匀后于4℃下反应1小时。反应结束后，向反应液中加入总体积10％的5摩尔/升氯化钠溶液。然后，继续加入总体积3倍的无水乙醇，振荡均匀后，将反应液置于-80℃的冰箱中冷冻2小时。之后，在4000rpm的转速下离心半小时，倒掉上清液。余下沉淀用去离子水溶解后得到DNA-NHFmoc的溶液。
4.2合成DNA-NH2
将100纳摩尔DNA-NHFmoc溶于去离子水配制成1毫摩尔/升的DNA-NHFmoc溶液(100微升，1当量)，向其中加入10％的哌啶(piperidine)水溶液(56微升，659当量)，将两者混合均匀后于室温下反应1小时。反应结束后，向反应液中加入总体积10％的5摩尔/升氯化钠溶液。然后，继续加入总体积3倍的无水乙醇，振荡均匀后，将反应置于-80℃的冰箱中冷冻2小时。之后，在4000rpm的转速下离心半小时，倒掉上清液。余下沉淀用去离子水溶解后得到寡聚核酸-NH2(简写为DNA-NH2)的溶液。
4.3合成式III化合物S1-4
将100纳摩尔DNA-NH2溶于去离子水配制成1毫摩尔/升的溶液(100微升，1当量)，向其中加入250当量pH＝8.0的四硼酸钠(Na2B4O7)缓冲液(100微升，250毫摩尔/升)，200当量4-氯甲基苯甲酰氯的乙腈溶液(100微升，200毫摩尔/升)，混合均匀后室温反应2小时。反应结束后，向反应液中加入总体积10％的5摩尔/升氯化钠溶液。然后，继续加入总体积3倍的无水乙醇，振荡均匀后，将反应置于-80℃的冰箱中冷冻2小时。之后，在4000rpm的转速下离心半小时，倒掉上清液，余下沉淀用去离子水溶解后得到末端为氯的寡聚核苷酸化合物S1-4水溶液，该溶液直接用于下一步反应。
HP-NH2的代表结构为：
但需要特别说明的是，本发明方法不仅限于本发明上述特定结构的DNA链，可以是其它经人工修饰的或未修饰的脱氧核糖核苷酸单体聚合得到的单链或双链的脱氧核糖核苷酸链，链的长度没有限制。
实施例1、寡聚核苷酸-琥珀酰亚胺化合物的合成
1、寡聚核苷酸-琥珀酰亚胺化合物P1的合成
将10纳摩尔末端为对甲苯磺酸酯的寡聚核苷酸化合物S1-1溶于去离子水配制成1毫摩尔/升的溶液(10微升，1当量)，向其中加入200当量pH＝12.5的四硼酸钠(Na2B4O7)缓冲液(10微升，200毫摩尔/升)，200当量琥珀酰亚胺S2-1的乙腈溶液(10微升，200毫摩尔/升)，混合均匀后70℃反应12小时。反应结束后，向反应液中加入总体积10％的5摩尔/升氯化钠溶液。然后，继续加入总体积3倍的无水乙醇，振荡均匀后，将反应置于-80℃的冰箱中冷冻2小时。之后，在4000rpm的转速下离心半小时，倒掉上清液，余下沉淀用去离子水溶解后得到寡聚核苷酸-琥珀酰亚胺化合物P1水溶液,分子量为5254。通过液相色谱质谱进行检测，检测到相应产物分子量，说明寡聚核苷酸化合物S1-1可与琥珀酰亚胺S2-1亲核取代得到寡聚核苷酸-琥珀酰亚胺化合物P1。通过液相色谱质谱检测得反应转化率为93％。
2、寡聚核苷酸-琥珀酰亚胺化合物P2～P17的合成
将原料S1-1替换为S1-2、S1-3或S1-4，原料琥珀酰亚胺S2-1替换为图1所示S2-2～S2-8化合物；按照P1的合成方法，合成图2所示的P2～P17寡聚核苷酸-琥珀酰亚胺化合物。
化合物P1～P17的液相色谱质谱检测图谱如图3～19所示，括号中百分数为液质转化率,“M.W.”代表分子量。
以下通过实验例证明本发明的有益效果。
实验例2、本发明寡聚核苷酸-琥珀酰亚胺化合物中寡聚核苷酸的完整性验证
寡聚核苷酸-琥珀酰亚胺化合物与Tag A(短链的寡聚核苷酸，两条链的分子量分别为4064，5884)链接实验，以P4为例。
步骤：将1纳摩尔P4溶于去离子水配制成1毫摩尔/升的溶液(1微升，1当量)，向其中加入1.2当量的Tag A水溶液(1.2微升，1毫摩尔/升)、1微升10X T4 DNA链接缓冲溶液以及0.5微升T4 DNA链接酶。然后将上述溶液混合均匀，室温反应1小时。反应结束后，向反应液中加入总体积10％的5摩尔/升氯化钠溶液，然后继续加入总体积的3倍的无水乙醇，振荡均匀后，将反应置于-80℃的冰箱中冷冻2小时。之后在4000rpm的转速下离心半小时，倒掉上清液。余下沉淀用去离子水溶解后通过液相色谱质谱检测确认产物分子量。
产物P4-1的液相色谱质谱联用仪检测结果见图20，寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P4与Tag A能够成功偶联。这说明按照本发明中描述的合成方法得到的寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的DNA链完整性好。再通过LCMS质谱能够精确地显示其分子量，进一步证实其核苷酸没有受到损伤。因此，本发明中的反应方法不会对DNA基本结构和活性造成损坏。
实验例3、本发明寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物合成条件筛选
参照实施例1的合成寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P1的方法，区别仅在与根据表1控制以下参数不同：不同的碱、反应温度(℃)，不同当量的琥珀酰亚胺。
得到不同条件下合成寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物P1的结果和产品转化率如表1所示。
表1、不同条件下合成寡聚核酸-琥珀酰亚胺类化合物P1的产物转化率
综上，本发明提供了一种在DNA上合成寡聚核酸-琥珀酰亚胺先导化合物的方法，在特定的原料和反应条件下反应，成功制得寡聚核酸-琥珀酰亚胺先导化合物。该方法对DNA损伤小，普适性好，操作简单，条件温和，能高转化率地制得寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物，可应用于构建含琥珀酰亚胺化合物结构的基因编码化合物库、为将来生物筛选提供了基础，同时还可以丰富编码化合物库的有机分子骨架结构，为扩大和丰富DELT化合物库提供重要基础。
Claims (9)
1.一种寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的合成方法，其特征在于，它是以式III所示的寡聚核酸化合物和式II所示的琥珀酰亚胺化合物为原料，在碱的作用下于溶剂中反应，得到式I所示的寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物；反应式如下：
其中，L为如下任一结构：
X为对甲苯磺酸酯基或卤素；
R1、R2、R3、R4分别独立选自H、C1～10烷基、芳基，所述芳基为苯基；
或，R1、R2、R3、R4中任意2个连接形成未取代的3～8元环烃基、3～8元杂环烃基、5～10元桥环烃基；
所述式III所示的寡聚核酸化合物、式II所示的琥珀酰亚胺化合物和碱的摩尔比例为1:200:200；
所述反应温度为60～80℃；
所述反应时间为11～24小时；
所述碱为硼酸盐缓冲液；
所述溶剂为水和乙腈的混合溶液。
2.如权利要求1所述的合成方法，其特征在于，所述反应时间为11～16小时。
3.如权利要求2所述的合成方法，其特征在于，所述反应温度为70℃；
和/或所述反应时间为12小时；
和/或所述碱为pH为12.5的硼酸盐缓冲液；
和/或所述溶剂为水和乙腈的混合溶液且乙腈的总含量为33.3％。
4.如权利要求1所述的合成方法，其特征在于，R1、R2、R3、R4分别独立选自H、C1～3烷基、苯基；
或，R1、R2、R3、R4中任意2个连接形成未取代的3～6元环烃基、3～6元杂环烃基、6～10元桥环烃基。
5.如权利要求1～4任一项所述的合成方法，其特征在于，所述式I化合物为下列化合物之一：
6.一种寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的合成方法，其特征在于，它是以式III所示的寡聚核酸化合物和式II所示的琥珀酰亚胺化合物为原料，在碱的作用下于溶剂中反应，得到式I所示的寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物；反应式如下：
其中，L为X为对甲苯磺酸酯基或卤素；式II所示的琥珀酰亚胺化合物为/>式I所示的寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物为/>式II所示的琥珀酰亚胺化合物为/>式I所示的寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物为
所述式III所示的寡聚核酸化合物、式II所示的琥珀酰亚胺化合物和碱的摩尔比例为1:200:200；
所述反应温度为60～80℃；
所述反应时间为11～24小时；
所述碱为硼酸盐缓冲液；
所述溶剂为水和乙腈的混合溶液。
7.如权利要求6所述的合成方法，其特征在于，所述反应时间为11～16小时。
8.如权利要求7所述的合成方法，其特征在于，所述反应温度为70℃；
和/或所述反应时间为12小时；
和/或所述碱为pH为12.5的硼酸盐缓冲液；
和/或所述溶剂为水和乙腈的混合溶液且乙腈的总含量为33.3％。
9.权利要求1～8任一项所述的合成方法在构建基因编码化合物库中的用途。
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