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BR112020007707A2 - melhoria de produção de ave por administração de um bioconjunto sintético de micróbios ou cepas purificadas dos mesmos - Google Patents

melhoria de produção de ave por administração de um bioconjunto sintético de micróbios ou cepas purificadas dos mesmos Download PDF

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BR112020007707A2
BR112020007707A2 BR112020007707-0A BR112020007707A BR112020007707A2 BR 112020007707 A2 BR112020007707 A2 BR 112020007707A2 BR 112020007707 A BR112020007707 A BR 112020007707A BR 112020007707 A2 BR112020007707 A2 BR 112020007707A2
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ascusbbr
genus
nucleic acid
improvement
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BR112020007707-0A
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Mallory EMBREE
Grant Gogul
Cameron MARTINO
Norm PITT
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Ascus Biosciences, Inc.
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Abstract

MELHORIA DE PRODUÇÃO DE AVE POR ADMINISTRAÇÃO DE UM BIOCONJUNTO SINTÉTICO DE MICRÓBIOS OU CEPAS PURIFICADAS DOS MESMOS. A divulgação se refere a micro-organismos isolados, incluindo novas cepas dos micro-organismos, combinações microbianas e composições compreendendo os mesmos. Além disso, a divulgação ensina métodos de utilização dos micro-organismos descritos, combinações microbianas e composições compreendendo os mesmos, em métodos para modular a produção de aves domésticas, resistência a doenças e rendimento de ovos. Em aspectos particulares, a divulgação provê métodos para aumentar a eficiência alimentar e métodos para prevenir a colonização de micróbios patogênicos.

Description

MELHORA DA PRODUÇÃO DE AVES DOMÉSTICAS POR ADMINISTRAÇÃO DE UM BIOCONJUNTO SINTÉTICO DE MICRÓBIOS OU DE CEPAS PURIFICADAS DOS MESMOS REFERÊNCIA CRUZADA A PEDIDOS RELACIONADOS
[0001] Este pedido reivindica o benefício de prioridade ao Pedido Provisório US nº 62 / 574.031, depositado em 18 de outubro de 2017; que é aqui incorporado por referência na sua totalidade.
CAMPO
[0002] A presente divulgação refere-se a micro-organismos isolados e biologicamente puros que têm aplicações, inter alia, no cultivo de aves domésticas ou aves. Os micro- organismos divulgados podem ser utilizados em seus estados isolados e biologicamente puros, além de serem formulados em composições. Além disso, a divulgação fornece bioconjuntos, contendo pelo menos dois membros dos micro-organismos divulgados, bem como métodos de utilização dos referidos bioconjuntos. Além disso, a divulgação prevê métodos de modular o microbioma de aves domésticas ou aves para modular o sistema imune.
DECLARAÇÃO COM RELAÇÃO À LISTAGEM DE SEQUÊNCIA
[0003] A listagem de sequências associada com este pedido é fornecida em formato de texto in lieu de uma cópia em papel, e é aqui incorporada por referência no relatório descritivo. O nome do arquivo de texto que contém a listagem de sequências é ASBI_012_01WO_ST25.txt. O arquivo de texto tem 165kb, foi criado em 17 de outubro de 2018 e está sendo enviado eletronicamente por meio da EFS-Web.
FUNDAMENTO
[0004] É previsto que a população global aumente para mais de 9 bilhões de pessoas até o ano de 2050, com uma redução simultânea na quantidade de terra, água e outros recursos naturais disponíveis per capita. As projeções indicam que a renda doméstica média também aumentará, com o aumento projetado no PIB da China e da Índia. O desejo de uma dieta mais rica em proteínas de origem animal aumenta em conjunto com o aumento da renda, assim o setor pecuário global será encarregado do desafio de produzir mais produtos de origem animal usando menos recursos. A Organização das Nações Unidas para Agricultura e Alimentação prevê que 70% mais alimentos terão que ser produzidos, mas a área de terra arável disponível diminuirá. É claro que a produção de alimentos por unidade de recursos consumidos terá que aumentar consideravelmente para apoiar o aumento da população.
[0005] Nas últimas décadas, a indústria agrícola registrou um rápido crescimento no setor de carnes, sustentado pela crescente demanda por carne de aves, que aumentou consistentemente cerca de três vezes a taxa de crescimento populacional nas últimas cinco décadas.
[0006] A carne de aves, os ovos e seus componentes são predominantemente utilizados na preparação de alimentos de muitas formas diferentes. Existem muitas estratégias para melhorar a produção de aves e ovos por meio de modulações nutricionais, tratamentos hormonais, mudanças no manejo animal e criação seletiva; no entanto, é necessária uma produção mais eficiente de alimentos comestíveis para aves por animal.
[0007] A identificação de composições e métodos para aumentar de maneira sustentável a produção de aves e ovos e equilibrar a saúde e o bem-estar dos animais se tornou imprescindível para satisfazer as necessidades dos humanos comuns em uma população em expansão. O aumento da produção mundial de aves, aumentando o número total de aves, além de economicamente inviável para muitas partes do mundo, também resultaria em consequências ambientais negativas, já que o crescimento do setor de aves e as tendências de intensificação e concentração já deu origem a uma série de preocupações ambientais, lideradas predominantemente pela produção de muito mais resíduos que os que podem ser gerenciados pelo descarte de terra.
[0008] As densidades populacionais de aves em grandes fazendas costumam ser acompanhadas por um aumento da incidência de patógenos microbianos que colocam em risco o rendimento das aves, além de colocar em risco o consumidor final das aves em casos de patógenos zoonóticos, como os de Clostridium e Salmonella. Considerando a ocorrência generalizada de muitos patógenos zoonóticos, é improvável que as aves possam ser completamente protegidas da exposição. A pesquisa concentrou-se em meios de investigação para aumentar a resistência à colonização em aves expostas a esses patógenos. Além disso, as grandes operações de aves domésticas produzem grandes bandos que exibem um alto grau de variabilidade em tamanho, saúde e conteúdo de carne devido, pelo menos em parte, ao grande grau de variabilidade exibido na diversidade dos microbiomas reprodutivos e intestinais.
[0009] Assim, atender às expectativas globais de produção de aves, simplesmente ampliando os atuais sistemas agrícolas de alto insumo - utilizados na maior parte do mundo desenvolvido - simplesmente não é viável.
[0010] Existe, portanto, uma necessidade urgente na técnica de métodos aprimorados para aumentar a produção de aves e ovos, além de mitigar a colonização e a disseminação de patógenos microbianos.
SUMÁRIO DA DIVULGAÇÃO
[0011] Em algumas modalidades, a divulgação é geralmente desenhada para um método para melhorar uma ou mais características desejáveis em aves, o método compreendendo: (a) administrar a uma ave uma quantidade eficaz de uma composição microbiana compreendendo: (i) uma população microbiana purificada que compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácido nucleico 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com uma sequência de ácido nucleico selecionada de SEQ ID NOs: 1-50 e 59-387 e/ou um ou mais fungos com uma sequência de ácido nucleico ITS que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com uma sequência de ácido nucleico selecionada de SEQ ID NOs: 51-58 e (ii) um veículo adequado para administração a aves; em que a população microbiana purificada está presente na composição microbiana em uma quantidade eficaz para melhorar as uma ou mais características desejáveis em comparação com uma ave que não tenha sido administrada com a composição microbiana; e em que a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria na resposta imune inata, uma melhoria na incidência da morfologia gastrointestinal normal, uma melhoria na taxa de crescimento, uma melhoria na massa corporal total, uma melhoria na taxa de conversão alimentar, uma melhoria na exclusão de patógenos, melhoria na exclusão competitiva contra patógenos, redução na mortalidade, redução na variabilidade do lote, melhoria na produção antimicrobiana, melhoria na produção de células B, melhoria na produção de linfócitos, melhora no comprimento das vilosidades e melhoria na expressão de citocinas inflamatórias.
[0012] Em algumas modalidades, a ave é um frango. Em algumas modalidades, a uma ou mais bactérias e/ou o um ou mais fungos têm uma pontuação MIC de pelo menos cerca de 0,1.
[0013] Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma bactéria com uma sequência de ácido nucleico 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade com a SEQ ID NO: 386. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma bactéria com uma sequência de ácido nucleico 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade com a SEQ ID NO: 387. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende ainda uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 374 e SEQ ID NO: 348. Em alguns aspectos, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387. Em alguns aspectos, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácido nucleico 16S compreendendo SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387. Em alguns aspectos, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácido nucleico 16S selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 374 e SEQ ID NO: 348. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende ainda uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NO:1 e SEQ ID NO:3. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácido nucleico 16S compreendendo
SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1 e SEQ ID NO: 3.
[0014] Em algumas modalidades, a composição microbiana é formulada como um encapsulamento, comprimido, cápsula, pílula, aditivo alimentar, ingrediente alimentar, preparação alimentar, suplemento alimentar, aditivo para água, aditivo misturado com água, aditivo estabilizado pelo calor, aditivo estabilizado por umidade, aditivo para alimentação pré- granulado, aditivo para alimentação granulada, aditivo para alimentação aplicado pós- granulação, solução consumível, aditivo de asperssão consumível, sólido consumível, gel consumível, injeção, supositório, dose única, bolo ou combinação dos mesmos.
[0015] Em algumas modalidades, a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria na produção de antimicrobianos. Em algumas modalidades, a melhoria da produção de antimicrobiano é uma melhoria da produção de antimicrobiano no trato gastrointestinal. Em algumas modalidades, a administração de uma população microbiana purificada compreende a administração de uma primeira composição microbiana e uma segunda composição microbiana.
[0016] Em algumas modalidades, a composição microbiana provoca uma diminuição na variabilidade do número de espécies específicas no trato gastrointestinal. Em algumas modalidades, a diminuição na variabilidade do número de espécies específicas é uma redução do número total de espécies específicas de micróbios para entre cerca de 50 e 400 espécies.
[0017] Em algumas modalidades, a divulgação é normalmente elaborada para uma composição microbiana compreendendo: (i) uma população microbiana purificada que compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácido nucleico 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com uma sequência de ácido nucleico selecionada de SEQ ID NOs: 1-50 e 59-387 e/ou um ou mais fungos com uma sequência de ácido nucleico ITS que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com uma sequência de ácido nucleico selecionada de SEQ ID NOs: 51-58 e (ii) um veículo adequado para administração a aves domésticas; em que a população microbiana purificada está presente na composição microbiana em uma quantidade eficaz para melhorar as uma ou mais características desejáveis em comparação com uma ave doméstica que não tenha sido administrada com a composição microbiana; e em que a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria na resposta imune inata, uma melhoria na incidência da morfologia gastrointestinal normal, uma melhoria na taxa de crescimento, uma melhoria na massa corporal total, uma melhoria na taxa de conversão alimentar, uma melhoria na exclusão de patógenos, melhoria na exclusão competitiva contra patógenos, redução na mortalidade, redução na variabilidade do lote, melhoria na produção antimicrobiana, melhoria na produção de células B, melhoria na produção de linfócitos, melhoria no comprimento das vilosidades e melhoria na expressão de citocinas inflamatórias, e em que pelo menos uma de uma ou mais bactérias e/ou pelo menos um de um ou mais fungos são desidratados.
[0018] Em alguns aspectos, a ave doméstica é um frango. Em alguns aspectos, a uma ou mais bactérias e/ou o um ou mais fungos têm uma pontuação MIC de pelo menos cerca de 0,1.
[0019] Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma bactéria com uma sequência de ácido nucleico 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade com a SEQ ID NO: 386. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma bactéria com uma sequência de ácido nucleico 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade com a SEQ ID NO: 387. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende ainda uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 374 e SEQ ID NO: 348. Em alguns aspectos, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387. Em alguns aspectos, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácido nucleico 16S compreendendo SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387. Em alguns aspectos, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácido nucleico 16S selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 374 e SEQ ID NO: 348. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende ainda uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NO:1 e SEQ ID NO:3. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácido nucleico 16S compreendendo SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387. Em algumas modalidades, a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1 e SEQ ID NO: 3.
[0020] Em algumas modalidades, a composição microbiana é formulada como um encapsulamento, comprimido, cápsula, pílula, aditivo alimentar, ingrediente alimentar, preparação alimentar, suplemento alimentar, aditivo para água, aditivo misturado com água, aditivo estabilizado pelo calor, aditivo estabilizado por umidade, aditivo para alimentação pré- granulado, aditivo para alimentação granulada, aditivo para alimentação aplicado pós- granulação, solução consumível, aditivo de asperssão consumível, sólido consumível, gel consumível, injeção, supositório, dose única, bolo ou combinação dos mesmos.
[0021] Em algumas modalidades, a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria na produção de antimicrobianos. Em algumas modalidades, a melhoria da produção de antimicrobiano é uma melhoria da produção de antimicrobiano no trato gastrointestinal.
[0022] Em algumas modalidades, a composição microbiana provoca uma diminuição na variabilidade do número de espécies específicas no trato gastrointestinal. Em algumas modalidades, a diminuição na variabilidade do número de espécies específicas é uma redução do número total de espécies específicas de micróbios para entre cerca de 50 e 400 espécies.
TRATADO DE BUDAPESTE SOBRE O RECONHECIMENTO INTERNACIONAL DO DEPÓSITO DE MICRO-ORGANISMOS PARA FINS DE PROCEDIMENTOS DE PATENTES
[0023] Alguns micro-organismos descritos neste pedido foram depositados no
United States Department of Agriculture (USDA) Agricultural Research Service (ARS) Culture Collection (NRRL ®), localizado na 1815 N. University St., Peoria, IL 61604, EUA. Alguns micro-organismos descritos neste pedido foram depositados no Bigelow National Center for Marine Algae and Microbiota, localizado na 60 Bigelow Drive, East Boothbay, Maine 04544, EUA. Alguns micro-organismos descritos neste pedido foram depositados no American Type Culture Collection (ATCC), localizado na 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia 20108, EUA.
[0024] Os depósitos foram feitos nos termos do Tratado de Budapeste sobre o reconhecimento internacional do depósito de micro-organismos para fins de procedimento de patente. Os números de acesso NRRL ®, ATCC e Bigelow National Center for Marine Algae and Microbiota para os depósitos mencionados anteriormente do Tratado de Budapeste são fornecidos na Tabela 2. Os números de acesso e as datas correspondentes de depósito para os micro-organismos descritos neste pedido são fornecidos separadamente na Tabela 15.
[0025] As cepas designadas na tabela a seguir foram depositadas nos laboratórios da Ascus Biosciences, Inc. desde pelo menos 1 de março de 2016. As cepas compreendendo SEQ ID NOs: 386 e 387 foram isoladas antes e armazenadas desde outubro de 2017.
[0026] Na Tabela 1, os acertos previstos mais próximos para a taxonomia dos micróbios estão listados nas colunas 2 e 5. A coluna 2 é o principal acerto taxonômico previsto pelo BLAST e a coluna 5 é o principal acerto taxonômico para o gênero + espécies previsto pelo BLAST. As cepas designadas na tabela a seguir foram depositadas nos laboratórios da Ascus Biosciences, Inc. desde pelo menos 1 de março de 2016.
[0027] A Tabela 1 lista as designações de cepas das bactérias e fungos da presente divulgação. Se uma letra entre parênteses seguir alguma das designações de cepa, isso indica que cada uma dessas cepas possui variantes que compartilham pelo menos 97% de identidade de sequência com a cepa de referência com o parêntese (A). Ascusbbr_5796 (A) tem duas variantes, Ascusbbr_5796 (B) e Ascusbbr_5796 (C) que compartilham 97,8% e 98,2% de identidade de sequência, respectivamente, com Ascusbbr_5796 (A). Ascusbbr_14690 (A) tem duas variantes, Ascusbbr_14690 (B) e Ascusbbr_14690 (C ) que compartilham 97,8% e 98,2% de identidade de sequência, respectivamente, com Ascusbbr_14690 (A). Ascusbbr_38717 (A) compartilha 98,6% de identidade de sequência com Ascusbbr_38717 (B). Ascusbbr_33 (A)
compartilha 98,2% de identidade de sequência com Ascusbbr_33 (B). Ascusbbr_409 (B), Ascusbbr_409 (C), Ascusbbr_409 (D), compartilham 98,2%, 97,3% e 97,8% de identidade de sequência, respectivamente, com Ascusbbr_409 (B). Ascus_331885 (B) e Ascus_331885 (C) compartilham 97,8% e 97,3% de identidade de sequência, respectivamente, com Ascus_331885 (A). Ascusbbr_247 (A) compartilha 97,8% de identidade de sequência com Ascusbbr_247 (B). Ascusbbr_10593 (A) compartilha 99,6% de identidade de sequência com Ascusbbr_10593 (B). Ascusbbr_32731 (A) compartilha 97,3% de identidade de sequência com Ascusbbr_32731 (B). Ascusbbr_1436 (A) compartilha 97,8% de identidade de sequência com Ascusbbr_1436 (B). Ascusbbr_265 (A) compartilha 99,6% de identidade de sequência com Ascusbbr_265 (B).
[0028] Tabela 1: Micróbios da presente divulgação, incluindo bactérias (1-99) e fungos (100-107).
Acerto taxonômico Taxa mais próxima % de Cobertur % de Cobertura Identificador de Acerto taxonômico principal do BLAST Designação da prevista de micróbios BLAST a de identificaç de sequências para Pontuação MIC principal do BLAST com Gênero + cepa isolados Ident. consulta ão BLAST consulta marcador associado Espécie
1. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus crispatus 98% 100% 98% 100% Ascusbbr_4729 SEQ ID NO: 1 0,76676 (Gênero) crispatus
2. Lachnospiraceae Ruminococcus Clostridium Grupo XIVa Bactéria ic1296 98% 91% 95% 98% Ascusbbr_339 SEQ ID NO:2 0,62924 gnavus (Família + Grupo)
3. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus crispatus 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_5796(A) SEQ ID NO:3 0,61325 (Gênero) crispatus
4. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus crispatus 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_5796(B) SEQ ID NO:369 0,61325 (Gênero) crispatus
5. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus crispatus 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_5796(C) SEQ ID NO:370 0,61325 (Gênero) crispatus
6. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus vaginalis 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_38717(A) SEQ ID NO:4 0,59229 (Gênero) vaginalis
7. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus vaginalis 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_38717(B) SEQ ID NO:373 0,59229 (Gênero) vaginalis
8. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus vaginalis 99% 98% 99% 98% Ascusbbr_170211 SEQ ID NO:5 0,58403 (Gênero) vaginalis
9. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus johnsonii 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_1686 SEQ ID NO:6 0,57845 (Gênero) johnsonii
10. Faecalibacterium Faecalibacterium Faecalibacterium sp. 90% 98% 89% 97% Ascusbbr_1789 SEQ ID NO:7 0,56099 (Gênero) prausnitzii
11. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus johnsonii 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_3820 SEQ ID NO:8 0,55862 (Gênero) johnsonii
12. Hydrogenoanaero Clo stridium sp. 91% 98% Butyrivibrio hungatei 86% 82% Ascusbbr_173 SEQ ID NO:9 0,55675 bacterium (Gênero)
13. Peptostrepto coccaceae Clostridium Clo stridium sp. 92% 100% [Eubacterium] tenue 91% 98% Ascusbbr_3089 SEQ ID NO:10 0,55548 Grupo XI (Família + Grupo)
14. Acrocarpospora Nonomuraea sp. 99% 88% Microbispora rosea 95% 100% Ascusbbr_167 SEQ ID NO:11 0,5442 (Gênero)
15. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus helveticus 99% 98% 99% 98% Ascusbbr_301568 SEQ ID NO: 12 0,53873 (Gênero) helveticus
16. Bacillus (Gênero) Bacillus subtilis 99% 100% Bacillus subtilis 99% 100% Ascusbbr_33(A) SEQ ID NO: 13 0,53686
17. Bacillus (Gênero) Bacillus subtilis 99% 100% Bacillus subtilis 99% 100% Ascusbbr_33(B) SEQ ID NO:374 0,53686
18. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus 99% 95% 99% 95% Ascusbbr_25200 SEQ ID NO: 14 0,52435 (Gênero) coleohominis coleohominis
19. Subdoligranulum Anaerofilum Bactéria ic1340 90% 98% 88% 91% Ascusbbr_84 SEQ ID NO: 15 0,52174 (Gênero) pentosovorans
20. Subdoligranulum Faecalibacterium Firmicutes bacterium 99% 100% 96% 100% Ascusbbr_136 SEQ ID NO: 16 0,51373 (Gênero) prausnitzii
21. Lachnospiraceae Eubacterium Clostridium Grupo XIVa Clo stridium sp. 95% 100% 94% 98% Ascusbbr_128 SEQ ID NO: 17 0,51348 fissicatena (Família + Grupo)
22. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus 99% 95% 99% 95% Ascusbbr_322104 SEQ ID NO: 18 0,50724 (Gênero) coleohominis coleohominis
23. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 100% 100% Lactobacillus reuteri 100% 100% Ascusbbr_409(A) SEQ ID NO: 19 0,50572 (Gênero)
24. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 100% 100% Lactobacillus reuteri 100% 100% Ascusbbr_409(B) SEQ ID NO:375 0,50572 (Gênero)
25. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 100% 100% Lactobacillus reuteri 100% 100% Ascusbbr_409(C) SEQ ID NO:376 0,50572 (Gênero)
26. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 100% 100% Lactobacillus reuteri 100% 100% Ascusbbr_409(D) SEQ ID NO:377 0,50572 (Gênero)
27. Leuconostoc Leuconostoc Leuconostoc 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_127 SEQ ID NO: 20 0,4955 (Gênero) mesenteroides mesenteroides
28. Lachnospiracea Lachnospiraceae 96% 100% Eubacterium hallii 91% 100% Ascusbbr_14834 SEQ ID NO:21 0,49531 in certae sedis (Gênero) bacteriu m
29. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 99% 100% Lactobacillus reuteri 99% 100% Ascusbbr_331885(A) SEQ ID NO:22 0,49378 (Gênero)
30. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 99% 100% Lactobacillus reuteri 99% 100% Ascusbbr_331885(B) SEQ ID NO:378 0,49378 (Gênero)
31. Lactobacillus Ascusbbr_331885(C Lactobacillus reuteri 99% 100% Lactobacillus reuteri 99% 100% SEQ ID NO:379 0,49378 (Gênero) )
32. Anaerofilum Ruthenibacterium Clostridiales bacterium 88% 97% 88% 98% Ascusbbr_31 SEQ ID NO:23 0,48633 (Gênero) lactatiformans
33. Lachnospiracea Blautia Bla utia 96% 100% 96% 100% Ascusbbr_2307 SEQ ID NO:24 0,48546 in certae sedis (Gênero) hydrogenotrophica hydrogenotrophica
34. Lachnospiraceae Clostridium Clostridium Clostridium Grupo XIVa saccharolyticum tipo 98% 100% 91% 100% Ascusbbr_247(A) SEQ ID NO:25 0,48546 clostridioforme (Família + Grupo) K10
35. Lachnospiraceae Clostridium 98% 100% Clostridium 91% 100% Ascusbbr_247(B) SEQ ID NO:380 0,48546
Clostridium Grupo XIVa saccharolyticum tipo clostridioforme (Família + Grupo) K10
36. Microbacterium Pseudoclavibacter Pseudoclavib acter sp. 95% 99% 99% 79% Ascusbbr_19 SEQ ID NO:26 0,47772 (Gênero) caeni
37. Verrucosispora Verrucosispora Verrucosispora sp. 99% 100% 97% 98% Ascusbbr_69 SEQ ID NO:27 0,47757 (Gênero) wenchangensis
38. Anaerofilum Faecalibacterium Faecalibacterium 93% 100% 93% 100% Ascusbbr_94 SEQ ID NO:28 0,46645 (Gênero) prausnitzii prausnitzii
39. Clostridium sensu Candidatus Arthromitus Peptoclostridiu m 90% 91% 89% 91% Ascusbbr_313454 SEQ ID NO:29 0,46594 stricto (Gênero) sp difficile
40. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus helveticus 96% 100% 96% 100% Ascusbbr_351000 SEQ ID NO:30 0,46296 (Gênero) helveticus
41. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus salivariu s 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_1436(A) SEQ ID NO:31 0,46076 (Gênero) salivarius
42. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus salivariu s 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_1436 (B) SEQ ID NO:383 0,46076 (Gênero) salivarius
43. Lachnospiraceae Roseburia Clostridium Grupo XIVa Roseburia inulinivorans 93% 100% 93% 100% Ascusbbr_28 SEQ ID NO:32 0,46028 inulinivorans (Família + Grupo) Ruminococcus
44. Blautia (Gênero) Ruminococcus obeum 94% 100% 94% 100% Ascusbbr_144 SEQ ID NO: 33 0,45742 obeum
45. Lactobacillus Lactobacillus oris 99% 99% Lactobacillus oris 99% 99% Ascusbbr_42760 (A) SEQ ID NO: 34 0,43682 (Gênero)
46. Lactobacillus Lactobacillus oris 99% 99% Lactobacillus oris 99% 99% Ascusbbr_42760 (B) SEQ ID NO:384 0,43682 (Gênero)
47. Lactobacillus Lactobacillus crispatus 99% 83% Lactobacillus 99% 83% Ascusbbr_134994 SEQ ID NO: 35 0,434
(Gênero) crispatus
48. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 94% 88% Lactobacillus reuteri 94% 88% Ascusbbr_358773 SEQ ID NO: 36 0,43348 (Gênero)
49. Pseudomonas Pseudomonas Pseudomonas 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_2503 SEQ ID NO: 37 0,42622 (Gênero) chengduensis chengduensis
50. Sporobacter Syntrophomonadaceae Clostridium 86% 82% 84% 82% Ascusbbr_312 SEQ ID NO:39 0,42622 (Gênero) bacteriu m sphenoides
51. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus crispatus 99% 83% 99% 83% Ascusbbr_140914 SEQ ID NO:40 0,40935 (Gênero) crispatus
52. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus salivariu s 98% 82% 98% 82% Ascusbbr_257627 SEQ ID NO:41 0,40775 (Gênero) salivarius
53. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus helveticus 98% 82% 98% 82% Ascusbbr_310088 SEQ ID NO:42 0,40576 (Gênero) helveticus
54. Lachnospiracea Blautia Bla utia 96% 100% 96% 100% Ascusbbr_91 SEQ ID NO:43 0,40345 in certae sedis (Gênero) hydrogenotrophica hydrogenotrophica
55. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus crispatus 97% 83% 97% 83% Ascusbbr_150100 SEQ ID NO:44 0,40128 (Gênero) crispatus
56. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus vaginalis 97% 100% 97% 100% Ascusbbr_252028 SEQ ID NO:45 0,3998 (Gênero) vaginalis
57. Peptostrepto Romboutsia coccaceae (Clostridium Clo stridium sp. 93% 100% 92% 100% Ascusbbr_2158 SEQ ID NO:46 0,39816 lituseburensis Cluster XI) (Família + Grupo)
58. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus crispatus 96% 100% 96% 100% Ascusbbr_373 SEQ ID NO:47 0,37614 (Gênero) crispatus
59. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus johnsonii 98% 94% 98% 94% Ascusbbr_1802 SEQ ID NO:48 0,37123 (Gênero) johnsonii
60. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 96% 100% Lactobacillus reuteri 96% 100% Ascusbbr_107 SEQ ID NO:49 0,37123 (Gênero)
61. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus crispatus 93% 83% 93% 83% Ascusbbr_1727 SEQ ID NO:50 0,36309 (Gênero) crispatus
62. Corynebacterium Corynebacterium Corynebacterium 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_226 SEQ ID NO:338 0,75897 (Gênero) glutamicum glutamicum
63. Streptococcus Streptococcus Streptococcus 97% 94% 97% 94% Ascusbbr_17 SEQ ID NO:339 0,62924 (Gênero) hyovagin alis hyovaginalis
64. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus aviarius 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_14690(A) SEQ ID NO:340 0,60061 (Gênero) aviarius
65. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus aviarius 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_14690(B) SEQ ID NO:371 0,60061 (Gênero) aviarius
66. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus aviarius 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_14690(C) SEQ ID NO:372 0,60061 (Gênero) aviarius
67. Corynebacterium Corynebacterium Corynebacterium xerosis 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_18 SEQ ID NO:341 0,58366 (Gênero) xerosis
68. Peptostrepto Romboutsia Romboutsia coccaceae (Clostridium 98% 100% 98% 100% Ascusbbr_7363 SEQ ID NO:342 0,57242 lituseburensis lituseburensis Cluster XI) (Família + Grupo)
69. Corynebacterium Corynebacterium Corynebacterium falsenii 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_35 SEQ ID NO:343 0,49929 (Gênero) falsenii
70. Corynebacterium Corynebacterium Corynebacterium 98% 97% 98% 97% Ascusbbr_7779 SEQ ID NO:344 0,48127 (Gênero) ammoniagenes ammoniagenes
71. Lachnospiraceae Clostridium (Clostridium Grupo XlVa) Desulfotomaculum sp. 96% 100% 95% 100% Ascusbbr_10593(A) SEQ ID NO:345 0,47763 sphenoides (Família + Grupo)
72. Lachnospiraceae Clostridium (Clostridium Grupo XlVa) Desulfotomaculum sp. 96% 100% 95% 100% Ascusbbr_10593(B) SEQ ID NO:381 0,47763 sphenoides (Família + Grupo)
73. Lachnospiracea Eubacterium Eubacteriu m sp. 98% 100% 93% 98% Ascusbbr_32731 (A) SEQ ID NO:346 0,47124 in certae sedis (Gênero) fissicatena
74. Lachnospiracea Eubacterium Eubacteriu m sp. 98% 100% 93% 98% Ascusbbr_32731(B) SEQ ID NO:382 0,47124 in certae sedis (Gênero) fissicatena
75. Ruminococcacea Ruminiclostridium e (Clostridium Grupo III) Bactéria 89% 78% 86% 79% Ascusbbr_359892 SEQ ID NO:347 0,39553 thermocellum (Família + Grupo)
76. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus pentosus 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_25721 SEQ ID NO:348 0,39537 (Gênero) pentosus
77. Streptococcus Streptococcus Bactéria fecal de suíno 100% 100% 99% 100% Ascusbbr_72076 SEQ ID NO:349 0,38425 (Gênero) alactolyticus
78. Lachnospiraceae Lachnospiraceae (Clostridium Grupo XlVa) 91% 92% Blautia producta 89% 97% Ascusbbr_6097 SEQ ID NO:350 0,37484 bacteriu m (Família + Grupo)
79. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus helveticus 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_265 (A) SEQ ID NO:351 0,37167 (Gênero) helveticus
80. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus helveticus 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_265 (B) SEQ ID NO:385 0,37167 (Gênero) helveticus
81. Paracoccus Paracoccus Paracoccus alcaliphilus 99% 99% 99% 99% Ascusbbr_323376 SEQ ID NO:352 0,36852 (Gênero) alcaliphilus Hidrogênio
82. Cellulosilyticum Ruminococcus sp. 97% 100% aerobacterium 84% 98% Ascusbbr_36257 SEQ ID NO:353 0,36078 (Gênero) saccharovorans
83. Blautia (Gênero) Blautia glucerasea 89% 100% Blautia glucerasea 89% 100% Ascusbbr_6957 SEQ ID NO:354 0,35528
84. Corynebacterium Corynebacterium Corynebacterium 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_38 SEQ ID NO:355 0,35488 (Gênero) flavescens flavescens
85. Lachnospiracea Eubacteriaceae 98% 92% Coprococcus catus 87% 99% Ascusbbr_13398 SEQ ID NO:356 0,34774 in certae sedis (Gênero) bacteriu m
86. Corynebacterium Corynebacterium Corynebacterium 100% 100% 100% 100% Ascusbbr_57 SEQ ID NO:357 0,34405 (Gênero) callunae callunae
87. Corynebacterium Corynebacterium Corynebacterium 99% 100% 99% 100% Ascusbbr_285160 SEQ ID NO:358 0,32889 (Gênero) stationis stationis
88. Ruminococcus Clo stridium sp. 92% 96% Blautia producta 91% 96% Ascusbbr_37385 SEQ ID NO:359 0,3236 (Gênero)
89. Lactobacillus Lactobacillus Lactobacillus intestinalis 92% 100% 92% 100% Ascusbbr_118124 SEQ ID NO:360 0,31115 (Gênero) intestinalis
90. Roseburia Frisingicoccus Bactéria AC2012 92% 99% 91% 100% Ascusbbr_32592 SEQ ID NO:361 0,29912 (Gênero) caecimuris
91. Lachnospiraceae Eubacterium (Clostridium Grupo XlVa) Clo stridium sp. 90% 99% 92% 91% Ascusbbr_110856 SEQ ID NO:362 0,29418 ventriosum (Família + Grupo)
92. Lachnospiraceae Clostridium (Clostridium Grupo XlVb) Clostridiales bacterium 99% 99% 97% 99% Ascusbbr_185064 SEQ ID NO:363 0,21604 lactatifermentans (Família + Grupo)
93. Clostridium sensu Clostridium Clo stridium sp. 99% 100% 99% 99% Ascusbbr _3315 SEQ ID NO:364 0,20534 stricto (Gênero) thermobutyricum
94. Bacteroides dorei Bacteroides dorei 100% 100% Bacteroides dorei 100% 100% Ascusbbr_578 SEQ ID NO:365 0,74887
95. Lactobacillus Lactobacillus reuteri 95% 100% Lactobacillus reuteri 95% 100% Ascusbbr_21169 SEQ ID NO:366 0,47787
(Gênero)
96. Lactobacillus Ascusbbr_110856 SEQ ID NO:367 0,39178 (Gênero) Lactobacillus reuteri 96% 98% Lactobacillus reuteri 96% 98%
97. Lactobacillus Lactobacillus Ascusbbr_830 SEQ ID NO:368 0,33782 (Gênero) Lactobacillus saerimneri 100% 100% saerimneri 100% 100%
98. Clostridium Clostridium Ascusbbr_2676 SEQ ID NO:386 0,40777 (Gênero) Clostridium beijerinckii 99% 100% beijerinckii 99% 100%
99. Clostridium Clostridium Clostridium Ascusbbr_105932 SEQ ID NO:387 0,47763 (Gênero) saccharolyticum 100% 99% saccharolyticum 100% 99%
100. Nectriaceae Ascusfbr_15 SEQ ID NO:51 0,42622 (Família) Fusarium annulatum 100% 100% Fusarium annula tum 100% 100%
101. Filobasidium Cryptococcus Ascusfbr _131 SEQ ID NO:52 0,42622 floriforme (Gênero + espécie) Fungos não cultivados 100% 100% magnus 100% 100%
102. Gibberella zeae Ascusfbr _26 SEQ ID NO:53 0,36913 (Gênero + espécie) Fusarium asiaticum 100% 100% Fusarium asiaticum 100% 100%
103. Alatospora Gymnoascus não Ascusfbr _2616 SEQ ID NO:54 0,33927 (Gênero) cultivado 83% 81% Gymnoascus reesii 83% 81%
104. Hypocreaceae Geotrichum Ascusfbr _12 SEQ ID NO:55 0,32217 (Família) Geotrichum sp. 100% 100% candidum 100% 100%
105. Pichia fermentans Ascusfbr _53 SEQ ID NO:56 0,30645 (Gênero + espécie) Pichia fermentans 100% 100% Pichia fermentans 100% 100%
106. Candida railenensis (Gênero + Ascusfbr _1379 SEQ ID NO:57 0,28513 espécie) Candida railenensis 99% 100% Candida railenensis 99% 100%
107. Hypocreaceae Geotrichum Ascusfbr _122 SEQ ID NO:58 0,25801 (Família) Fungos não cultivados 100% 100% candidum 100% 100%
[0029] Em algumas modalidades, as cepas microbianas isoladas da presente divulgação abrangem ainda seus mutantes. Em algumas modalidades, a presente divulgação contempla ainda cepas microbianas com todas as características de identificação das cepas microbianas atualmente divulgadas.
Tabela 2: Depósitos microbianos correspondentes aos micróbios da Tabela 1 Taxa prevista de Identificador de Identificador de Designação da Taxa prevista de Designação da micróbios sequências para Depósito # sequências para Depósito # cepa micróbios isolados cepa isolados marcador associado marcador associado PATENTE201703004 Peptostrepto PTA-124039 Lactobacillus coccaceae (Clostridium Ascusbbr_4729 SEQ ID NO: 1 Ascusbbr_2158 SEQ ID NO:46 (Gênero) Cluster XI) (Família + Grupo) Lachnospiraceae PTA-124016, Clostridium Grupo PTA-124039 Ascusbbr_339 SEQ ID NO:2 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_373 SEQ ID NO:47 XIVa (Família + Grupo) PATENTE201703001, PATENTE201703003, Lactobacillus Ascusbbr_5796(A) SEQ ID NO:3 PATENTE201703004, Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_1802 SEQ ID NO:48 (Gênero) B-67267 PTA-124039 Lactobacillus Ascusbbr_5796(B) SEQ ID NO:369 NRRL B-67692 (Gênero)
Lactobacillus PATENTE201703002 Ascusbbr_5796(C) SEQ ID NO:370 (Gênero) PATENTE201703002, PATENTEE2017030 PATENTE201703003, 02 Lactobacillus Ascusbbr_38717(A SEQ ID NO:4 PATENTE201703004, Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_107 SEQ ID NO:49 (Gênero) ) B-67268
Lactobacillus Ascusbbr_38717(B PATENTE201703001 SEQ ID NO:373 (Gênero) ) Lactobacillus PATENTE201703002 Ascusbbr_170211 SEQ ID NO:5 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_1727 SEQ ID NO:50 (Gênero) PTA-124016, PATENTEE2017030 PTA-124039, 03 PATENTE201703001, Lactobacillus PATENTE201703002, Corynebacterium Ascusbbr_1686 SEQ ID NO:6 Ascusbbr_226 SEQ ID NO:338 (Gênero) PATENTE201703003, (Gênero) PATENTE201703004, B-67270
PTA-124016, PATENTEE2017030 PTA-124039, 02, Faecalibacterium PATENTE201703001 PATENTEE2017030 Ascusbbr_1789 SEQ ID NO:7 Streptococcus (Gênero) Ascusbbr_17 SEQ ID NO:339 (Gênero) 03, PATENTEE2017030 04
PTA-124039, PTA-124039, PATENTE201703002 PATENTE20170300 1, PATENTE20170300 Lactobacillus Ascusbbr_14690 2, Ascusbbr_3820 SEQ ID NO:8 Lactobacillus (Gênero) SEQ ID NO:340 (Gênero) (A) PATENTE20170300 3, PATENTE20170300 4
Ascusbbr_14690 PTA-124016, Lactobacillus (Gênero) SEQ ID NO:371 (B) Ascusbbr_14690 PATENTE20170300 Lactobacillus (Gênero) SEQ ID NO:372 (C) 4 Hydrogenoanaero PTA-124016, PATENTE20170300 Corynebacterium bacterium Ascusbbr_173 SEQ ID NO:9 PTA-124039 Ascusbbr_18 SEQ ID NO:341 3 (Gênero) (Gênero) Peptostrepto PTA-124016 PTA-124016 Peptostrepto coccaceae coccaceae (Clostridium Clostridium Grupo Ascusbbr_3089 SEQ ID NO:10 Ascusbbr_7363 SEQ ID NO:342 Grupo XI) (Família + XI (Família + Grupo) Grupo) Acrocarpospora Corynebacterium PATENTE20170300 Ascusbbr_167 SEQ ID NO:11 Ascusbbr_35 SEQ ID NO:343 (Gênero) (Gênero) 2,
PATENTE20170300 3, PATENTE20170300 4
PATENTE20170300 2, PATENTE20170300 Lactobacillus Corynebacterium Ascusbbr_301568 SEQ ID NO: 12 Ascusbbr_7779 SEQ ID NO:344 3, (Gênero) (Gênero) PATENTE20170300 4
PATENTE201703002, PTA-124039, PATENTE201703003, PATENTE20170300 B-67266 1, Lachnospiraceae Ascusbbr_10593 PATENTE20170300 Bacillus (Gênero) Ascusbbr_33(A) SEQ ID NO: 13 (Clostridium Grupo XlVa) SEQ ID NO:345 (A) 2, (Família + Grupo) PATENTE20170300 3
PATENTE201703001, Lachnospiraceae PTA-124016, Ascusbbr_10593 Bacillus (Gênero) Ascusbbr_33(B) SEQ ID NO:374 B-67690 (Clostridium Grupo XlVa) SEQ ID NO:381 (B) (Família + Grupo) Lactobacillus PATENTE201703001, Lachnospiracea incertae Ascusbbr_32731 PTA-124016, Ascusbbr_25200 SEQ ID NO: 14 SEQ ID NO:346 (Gênero) PATENTE201703002, sedis (Gênero) (A) PATENTE20170300
PATENTE201703003, 1, PATENTE201703004 PATENTE20170300 2
Lachnospiracea incertae Ascusbbr_32731 PTA-124039 SEQ ID NO:382 sedis (Gênero) (B) PTA-124039, Ruminococcaceae PTA-124039 Subdoligranulum Ascusbbr_35989 Ascusbbr_84 SEQ ID NO: 15 PATENTE201703003 (Clostridium Grupo III) SEQ ID NO:347 (Gênero) 2 (Família + Grupo) Subdoligranulum PTA-124016 Ascusbbr_136 SEQ ID NO: 16 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_25721 SEQ ID NO:348 (Gênero) PATENTE201703004 PTA-124039, PATENTE20170300 1, Lachnospiraceae PATENTE20170300 Clostridium Grupo 2, Ascusbbr_128 SEQ ID NO: 17 Streptococcus (Gênero) Ascusbbr_72076 SEQ ID NO:349 XIVa (Família + PATENTE20170300 Grupo) 3, PATENTE20170300 4
PATENTE201703001 PTA-124016, Lachnospiraceae Lactobacillus PTA-124039, Ascusbbr_322104 SEQ ID NO: 18 (Clostridium Grupo XlVa) Ascusbbr_6097 SEQ ID NO:350 (Gênero) PATENTE20170300 (Família + Grupo) 2,
PATENTE20170300 3, PATENTE20170300 4
PTA-124039, PATENTE20170300 PATENTE201703002, 1, Lactobacillus Ascusbbr_265 Ascusbbr_409(A) SEQ ID NO: 19 PATENTE201703003, Lactobacillus (Gênero) SEQ ID NO:351 PATENTE20170300 (Gênero) (A) 2
Lactobacillus PATENTE201703004 PATENTE20170300 Ascusbbr_409(B) SEQ ID NO:375 (Gênero) 4 Lactobacillus PATENTE201703001 Ascusbbr_409(C) SEQ ID NO:376 (Gênero) PATENTE201703001 PATENTE20170300 1, PATENTE20170300 Lactobacillus Ascusbbr_265 Ascusbbr_409(D) SEQ ID NO:377 Lactobacillus (Gênero) SEQ ID NO:385 2, (Gênero) (B) PATENTE20170300 4
B-67265 PATENTE20170300 Leuconostoc Ascusbbr_32337 Ascusbbr_127 SEQ ID NO: 20 Paracoccus (Gênero) SEQ ID NO:352 2 (Gênero) 6
Lachnospiracea Ascusbbr_14834 SEQ ID NO:21 PTA-124016, Cellulosilyticum (Gênero) Ascusbbr_36257 SEQ ID NO:353 PTA-124039 incertae sedis PTA-124039, (Gênero) PATENTE201703001, PATENTE201703002, PATENTE201703003
PTA-124039, PTA-124039, PATENTE201703002, PATENTE20170300 Lactobacillus Ascusbbr_331885( PATENTE201703003, 2, SEQ ID NO:22 Blautia (Gênero) Ascusbbr_6957 SEQ ID NO:354 (Gênero) A) B-67269 PATENTE20170300 3
Lactobacillus Ascusbbr_331885( PATENTE201703001 SEQ ID NO:378 (Gênero) B) Lactobacillus Ascusbbr_331885( PATENTE201703004 SEQ ID NO:379 (Gênero) C) PTA-124039, PATENTE20170300 Anaerofilum Corynebacterium Ascusbbr_31 SEQ ID NO:23 PATENTE201703002 Ascusbbr_38 SEQ ID NO:355 3 (Gênero) (Gênero)
PTA-124039 PTA-124039, Lachnospiracea Lachnospiracea incertae PATENTE20170300 incertae sedis Ascusbbr_2307 SEQ ID NO:24 Ascusbbr_13398 SEQ ID NO:356 sedis (Gênero) 3 (Gênero)
Lachnospiraceae PTA-124039, PATENTE20170300 Corynebacterium Clostridium Grupo Ascusbbr_247(A) SEQ ID NO:25 PATENTE201703004 Ascusbbr_57 SEQ ID NO:357 3 (Gênero) XIVa (Família +
Grupo) Lachnospiraceae PTA-124016 Clostridium Grupo Ascusbbr_247(B) SEQ ID NO:380 XIVa (Família + Grupo) PATENTE201703001, PTA-124039, B-67264 PATENTE20170300 1, PATENTE20170300 Microbacterium Corynebacterium Ascusbbr_28516 2, Ascusbbr_19 SEQ ID NO:26 SEQ ID NO:358 (Gênero) (Gênero) 0 PATENTE20170300 3, PATENTE20170300 4
Verrucosispora Ascusbbr_69 SEQ ID NO:27 Ruminococcus (Gênero) Ascusbbr_37385 SEQ ID NO:359 (Gênero) PATENTE201703001, PATENTE20170300 Anaerofilum Ascusbbr_11812 Ascusbbr_94 SEQ ID NO:28 PATENTE201703004 Lactobacillus (Gênero) SEQ ID NO:360 1 (Gênero) 4
PATENTE201703003, PATENTE20170300 Clostridium sensu Ascusbbr_313454 SEQ ID NO:29 PATENTE201703004 Roseburia (Gênero) Ascusbbr_32592 SEQ ID NO:361 2 stricto (Gênero)
Lactobacillus Lachnospiraceae Ascusbbr_11085 PATENTE20170300 Ascusbbr_351000 SEQ ID NO:30 SEQ ID NO:362 (Gênero) (Clostridium Grupo XlVa) 6 4
(Família + Grupo) PTA-124039, PTA-124039, PATENTE201703001, PATENTE20170300 Lachnospiraceae Lactobacillus PATENTE201703002, Ascusbbr_18506 1, Ascusbbr_1436(A) SEQ ID NO:31 (Clostridium Grupo XlVb) SEQ ID NO:363 (Gênero) PATENTE201703003, 4 PATENTE20170300 (Família + Grupo) PATENTE201703004 2
Lactobacillus PTA-124016 Ascusbbr_1436 (B) SEQ ID NO:383 (Gênero) Lachnospiraceae PTA-124016, Clostridium Grupo PTA-124039, Clostridium sensu stricto Ascusbbr_28 SEQ ID NO:32 Ascusbbr _3315 SEQ ID NO:364 XIVa (Família + PATENTE201703002 (Gênero) Grupo) PTA-124039, PTA-124039 Blautia (Gênero) Ascusbbr_144 SEQ ID NO: 33 PATENTE201703002 Bacteroides dorei Ascusbbr_578 SEQ ID NO:365
PTA-124039, PATENTE20170300 PATENTE201703002, 1 Lactobacillus Ascusbbr_42760 SEQ ID NO: 34 PATENTE201703003, Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_21169 SEQ ID NO:366 (Gênero) (A) PATENTE201703004
Lactobacillus Ascusbbr_42760 PATENTE201703001 SEQ ID NO:384 (Gênero) (B) Lactobacillus PATENTE20170300 Ascusbbr_134994 SEQ ID NO: 35 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_48584 SEQ ID NO:367 (Gênero) 4
Lactobacillus Ascusbbr_358773 SEQ ID NO: 36 Nectriaceae (Família) Ascusfbr_15 SEQ ID NO:51 (Gênero) Pseudomonas PATENTE201703001 Filobasidium floriforme Ascusbbr_2503 SEQ ID NO: 37 Ascusfbr _131 SEQ ID NO:52 (Gênero) (Gênero + espécie) Sporobacter PATENTE201703002 Gibberella zeae (Gênero Ascusbbr_312 SEQ ID NO:39 Ascusfbr _26 SEQ ID NO:53 (Gênero) + espécie) Lactobacillus Ascusbbr_140914 SEQ ID NO:40 Alatospora (Gênero) Ascusfbr _2616 SEQ ID NO:54 (Gênero) Lactobacillus Ascusbbr_257627 SEQ ID NO:41 Hypocreaceae (Família) Ascusfbr _12 SEQ ID NO:55 (Gênero) Lactobacillus Pichia fermentans Ascusbbr_310088 SEQ ID NO:42 Ascusfbr _53 SEQ ID NO:56 (Gênero) (Gênero + espécie) PTA-124016, Lachnospiracea PTA-124039, Candida railenensis incertae sedis Ascusbbr_91 SEQ ID NO:43 PATENTE201703002, Ascusfbr _1379 SEQ ID NO:57 (Gênero + espécie) (Gênero) PATENTE201703003
Lactobacillus Ascusbbr_150100 SEQ ID NO:44 Hypocreaceae (Família) Ascusfbr _122 SEQ ID NO:58 (Gênero) Lactobacillus PTA-124039 Ascusbbr_252028 SEQ ID NO:45 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_830 SEQ ID NO:368 (Gênero) Clostridium PATENTE201703003 Clostridium PATENTE20170300 Ascusbbr_10593 beijerinckii Ascusbbr_2676 SEQ ID NO:386 PATENTE201703004 saccharolyticum (Gênero SEQ ID NO:387 1 2 (Gênero + NRRL B-67689 + espécie) PATENTE20170300 espécie) 2 NRRL B-67691 Tabela 3: Bactérias da presente divulgação. Identificador de Identificador de Taxa mais próxima Taxa mais próxima prevista de Designação da sequências Designação da sequências para prevista de micróbios micróbios isolados cepa para marcador cepa marcador isolados associado associado
1. Clostridium XIVb Ascusbbr_6 SEQ ID NO:59 Ascusbbr_2226 SEQ ID NO:199 (Grupo) Actinomyces (Gênero)
2. Gemmiger (Gênero) Ascusbbr_113 SEQ ID NO:60 Succiniclasticum (Gênero) Ascusbbr_2227 SEQ ID NO:200
3. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_116 SEQ ID NO:61 Beijerinckia (Gênero) Ascusbbr_2229 SEQ ID NO:201
4. Clostridium XI (Grupo) Ascusbbr_129 SEQ ID NO:62 Bosea (Gênero) Ascusbbr_2235 SEQ ID NO:202
5. Jeotgalicoccus (Gênero) Ascusbbr_265 SEQ ID NO:63 Sporobacter (Gênero) Ascusbbr_2237 SEQ ID NO:203
6. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_275 SEQ ID NO:64 Facklamia (Gênero) Ascusbbr_2251 SEQ ID NO:204
7. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_343 SEQ ID NO:65 Acinetobacter (Gênero) Ascusbbr_2266 SEQ ID NO:205
8. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_363 SEQ ID NO:66 Brevundimonas (Gênero) Ascusbbr_2284 SEQ ID NO:206
9. Jeotgalicoccus (Gênero) Ascusbbr_399 SEQ ID NO:67 Ochrobactrum (Gênero) Ascusbbr_2285 SEQ ID NO:207
10. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_444 SEQ ID NO:68 Alcaligenes (Gênero) Ascusbbr_2290 SEQ ID NO:208 Pseudochrobactrum Ascusbbr_498 SEQ ID NO:69 Ascusbbr_2291 SEQ ID NO:209
11. Jeotgalicoccus (Gênero) (Gênero)
12. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_542 SEQ ID NO:70 Jeotgalicoccus (Gênero) Ascusbbr_2292 SEQ ID NO:210
13. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_561 SEQ ID NO:71 Jeotgalicoccus (Gênero) Ascusbbr_2293 SEQ ID NO:211
14. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_570 SEQ ID NO:72 Acinetobacter (Gênero) Ascusbbr_2294 SEQ ID NO:212
15. Corynebacterium Sphingobacterium Ascusbbr_616 SEQ ID NO:73 Ascusbbr_2295 SEQ ID NO:213 (Gênero) (Gênero)
16. Microbacterium Ascusbbr_620 SEQ ID NO:74 Ascusbbr_2301 SEQ ID NO:214 (Gênero) Lachnospiracea (Gênero)
17. Jeotgalicoccus (Gênero) Ascusbbr_690 SEQ ID NO:75 Azospirillum (Gênero) Ascusbbr_2302 SEQ ID NO:215
18. Jeotgalicoccus (Gênero) Ascusbbr_705 SEQ ID NO:76 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2313 SEQ ID NO:216
19. Glycomyces (Gênero) Ascusbbr_793 SEQ ID NO:77 Clavibacter (Gênero) Ascusbbr_2320 SEQ ID NO:217
20. Streptomyces (Gênero) Ascusbbr_795 SEQ ID NO:78 Clostridium XIVa (Grupo) Ascusbbr_2324 SEQ ID NO:218
21. Saccharopolyspora Ascusbbr_796 SEQ ID NO:79 SEQ ID NO:219 (Gênero) Clostridium XIVa (Grupo) Ascusbbr_2325
22. Brevibacterium (Gênero) Ascusbbr_803 SEQ ID NO:80 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2328 SEQ ID NO:220
23. Microbacterium Ascusbbr_804 SEQ ID NO:81 SEQ ID NO:221 (Gênero) Clostridium XIVa (Grupo) Ascusbbr_2331
24. Acinetobacter (Gênero) Ascusbbr_840 SEQ ID NO:82 Bacillus (Gênero) Ascusbbr_2337 SEQ ID NO:222
25. Lactococcus (Gênero) Ascusbbr_846 SEQ ID NO:83 Methanoplanus (Gênero) Ascusbbr_2354 SEQ ID NO:223
26. Cloacibacterium Ascusbbr_867 SEQ ID NO:84 Ascusbbr_2361 SEQ ID NO:224 (Gênero) Mogibacterium (Gênero)
27. Mycobacterium (Gênero) Ascusbbr_929 SEQ ID NO:85 Brachybacterium (Gênero) Ascusbbr_2368 SEQ ID NO:225
28. Leucobacter (Gênero) Ascusbbr_944 SEQ ID NO:86 Facklamia (Gênero) Ascusbbr_2376 SEQ ID NO:226
29. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_950 SEQ ID NO:87 Clostridium XIVa (Grupo) Ascusbbr_2378 SEQ ID NO:227
30. Rothia (Gênero) Ascusbbr_951 SEQ ID NO:88 Clostridium XIVa (Grupo) Ascusbbr_2380 SEQ ID NO:228
31. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_996 SEQ ID NO:89 Syntrophomonas (Gênero) Ascusbbr_2383 SEQ ID NO:229
32. Clavibacter (Gênero) Ascusbbr_1005 SEQ ID NO:90 Beijerinckia (Gênero) Ascusbbr_2386 SEQ ID NO:230
33. Hydrogenoanaerobacteri Ascusbbr_1029 SEQ ID NO:91 Ascusbbr_2390 SEQ ID NO:231 um (Gênero) Lactobacillus (Gênero)
34. Howardella (Gênero) Ascusbbr_1036 SEQ ID NO:92 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2391 SEQ ID NO:232
35. Clostridium (Gênero) Ascusbbr_1069 SEQ ID NO:93 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2395 SEQ ID NO:233 Erysipelotrichaceae Ascusbbr_1128 SEQ ID NO:94 SEQ ID NO:234
36. (Família) Ascusbbr_2397
37. Hydrogenoanaerobacteri Ascusbbr_1139 SEQ ID NO:95 Ascusbbr_2399 SEQ ID NO:235 um (Gênero) Rummeliibacillus (Gênero)
38. Papillibacter (Gênero) Ascusbbr_1169 SEQ ID NO:96 Acinetobacter (Gênero) Ascusbbr_2402 SEQ ID NO:236
39. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1185 SEQ ID NO:97 Lactococcus (Gênero) Ascusbbr_2403 SEQ ID NO:237 Propionibacterium Ascusbbr_1245 SEQ ID NO:98 Ascusbbr_2412 SEQ ID NO:238
40. Eubacterium (Gênero) (Gênero)
41. Turicibacter (Gênero) Ascusbbr_1258 SEQ ID NO:99 Clostridium (Gênero) Ascusbbr_2413 SEQ ID NO:239
42. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_1264 SEQ ID NO:100 Clostridium XIVa (Grupo) Ascusbbr_2416 SEQ ID NO:240
43. Asaccharobacter Ascusbbr_1332 SEQ ID NO:101 Ascusbbr_2419 SEQ ID NO:241 (Gênero) Rummeliibacillus (Gênero)
44. Faecalibacterium Ascusbbr_1360 SEQ ID NO:102 Ascusbbr_2420 SEQ ID NO:242 (Gênero) Ralstonia (Gênero)
45. Clostridium XIVa Ascusbbr_1363 SEQ ID NO:103 Ascusbbr_2421 SEQ ID NO:243 (Grupo) Brachybacterium (Gênero)
46. Clostridium XIVa Ascusbbr_1422 SEQ ID NO:104 Ascusbbr_2423 SEQ ID NO:244 (Grupo) Ruminobacter (Gênero)
47. Clostridium IV (Grupo) Ascusbbr_1424 SEQ ID NO:105 Glycomyces (Gênero) Ascusbbr_2427 SEQ ID NO:245
48. Clostridium XIVb Ascusbbr_1433 SEQ ID NO:106 Ascusbbr_2428 SEQ ID NO:246 (Grupo) Psychrobacter (Gênero)
49. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1456 SEQ ID NO:107 Yaniella (Gênero) Ascusbbr_2429 SEQ ID NO:247
50. Sporobacter (Gênero) Ascusbbr_1485 SEQ ID NO:108 Clostridium IV (Grupo) Ascusbbr_2431 SEQ ID NO:248
51. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1488 SEQ ID NO:109 Clostridium (Gênero) Ascusbbr_2434 SEQ ID NO:249
52. Hydrogenoanaerobacteri Ascusbbr_1490 SEQ ID NO:110 SEQ ID NO:250 um (Gênero) Clostridium XIVa (Grupo) Ascusbbr_2435
53. Anaerofilum (Gênero) Ascusbbr_1493 SEQ ID NO:111 Clostridium (Gênero) Ascusbbr_2436 SEQ ID NO:251
54. Clostridium XIVa Ascusbbr_1536 SEQ ID NO:112 SEQ ID NO:252 (Grupo) Clostridium XIVa (Grupo) Ascusbbr_2437
55. Clostridium XIVa Ascusbbr_1541 SEQ ID NO:113 Cohnella (Gênero) Ascusbbr_2438 SEQ ID NO:253
(Grupo)
56. Lachnospiracea Ascusbbr_1572 SEQ ID NO:114 (Família) Chthonomonas (Gênero) Ascusbbr_2441 SEQ ID NO:254
57. Lachnospiracea Streptophyta (Clade sem Ascusbbr_1592 SEQ ID NO:115 (Família) classificação) Ascusbbr_2445 SEQ ID NO:255
58. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1611 SEQ ID NO:116 Acinetobacter (Gênero) Ascusbbr_2452 SEQ ID NO:256
59. Pediococcus (Gênero) Ascusbbr_1614 SEQ ID NO:117 Clostridium XlVb Ascusbbr_2456 SEQ ID NO:257
60. Acetanaerobacterium Ascusbbr_1616 SEQ ID NO:118 (Gênero) Neisseria Ascusbbr_2465 SEQ ID NO:258
61. Hydrogenoanaerobacteri Ascusbbr_1623 SEQ ID NO:119 um (Gênero) Butyricicoccus Ascusbbr_2471 SEQ ID NO:259
62. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1625 SEQ ID NO:120 Sporobacter Ascusbbr_2472 SEQ ID NO:260
63. Lachnospiracea SEQ ID NO:121 (Família) Ascusbbr_1632 Sporobacter Ascusbbr_2476 SEQ ID NO:261
64. Erysipelotrichaceae SEQ ID NO:122 (Família) Ascusbbr_1634 Syntrophomonas Ascusbbr_2477 SEQ ID NO:262
65. Lachnospiracea SEQ ID NO:123 (Família) Ascusbbr_1635 Desulfotomaculum Ascusbbr_2478 SEQ ID NO:263
66. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1646 SEQ ID NO:124 Streptophyta Ascusbbr_2482 SEQ ID NO:264
67. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1669 SEQ ID NO:125 Acetomicrobium Ascusbbr_2489 SEQ ID NO:265
68. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1670 SEQ ID NO:126 Acinetobacter Ascusbbr_2492 SEQ ID NO:266
69. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1674 SEQ ID NO:127 Erysipelotrichaceae Ascusbbr_2493 SEQ ID NO:267
70. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1678 SEQ ID NO:128 Jeotgalicoccus Ascusbbr_2496 SEQ ID NO:268
71. Lachnospiracea SEQ ID NO:129 (Família) Ascusbbr_1679 Selenomonas Ascusbbr_2497 SEQ ID NO:269
72. Howardella (Gênero) Ascusbbr_1684 SEQ ID NO:130 Howardella Ascusbbr_2498 SEQ ID NO:270
73. Lachnospiracea SEQ ID NO:131 (Família) Ascusbbr_1685 Clostridium XlVa Ascusbbr_2500 SEQ ID NO:271
74. Clavibacter (Gênero) Ascusbbr_1694 SEQ ID NO:132 Lachnospiracea Ascusbbr_2501 SEQ ID NO:272
75. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_1695 SEQ ID NO:133 Lachnospiracea Ascusbbr_2504 SEQ ID NO:273
76. Hydrogenoanaerobacteri SEQ ID NO:134 um (Gênero) Ascusbbr_1715 Clostridium XlVa Ascusbbr_2506 SEQ ID NO:274
77. Spiroplasma (Gênero) Ascusbbr_1720 SEQ ID NO:135 Lachnospiracea Ascusbbr_2508 SEQ ID NO:275
78. Clostridium XIVa SEQ ID NO:136 (Grupo) Ascusbbr_1722 Bacillus Ascusbbr_2509 SEQ ID NO:276
79. Jeotgalicoccus (Gênero) Ascusbbr_1723 SEQ ID NO:137 Paenibacillus Ascusbbr_2510 SEQ ID NO:277
80. Syntrophomonas SEQ ID NO:138 (Gênero) Ascusbbr_1743 Eubacterium Ascusbbr_2511 SEQ ID NO:278
81. Clostridium IV (Grupo) Ascusbbr_1746 SEQ ID NO:139 Amphibacillus Ascusbbr_2512 SEQ ID NO:279
82. Lachnospiracea Ascusbbr_1748 SEQ ID NO:140 Staphylococcus Ascusbbr_2513 SEQ ID NO:280
(Família)
83. Hydrogenoanaerobacteri SEQ ID NO:141 um (Gênero) Ascusbbr_1753 Paenibacillus Ascusbbr_2514 SEQ ID NO:281
84. Oscillibacter (Gênero) Ascusbbr_1756 SEQ ID NO:142 Clostridium IV Ascusbbr_2515 SEQ ID NO:282
85. Clostridium IV (Grupo) Ascusbbr_1785 SEQ ID NO:143 Prevotella Ascusbbr_2516 SEQ ID NO:283
86. Sporobacter (Gênero) Ascusbbr_1812 SEQ ID NO:144 Barnesiella Ascusbbr_2518 SEQ ID NO:284
87. Pediococcus (Gênero) Ascusbbr_1821 SEQ ID NO:145 Clostridium XlVa Ascusbbr_2519 SEQ ID NO:285
88. Sporobacter (Gênero) Ascusbbr_1824 SEQ ID NO:146 Clostridium XlVa Ascusbbr_2520 SEQ ID NO:286
89. Bacillus (Gênero) Ascusbbr_1866 SEQ ID NO:147 Sharpea Ascusbbr_2521 SEQ ID NO:287
90. Cellulomonas (Gênero) Ascusbbr_1882 SEQ ID NO:148 Lachnospiracea Ascusbbr_2522 SEQ ID NO:288
91. Syntrophomonas Ascusbbr_1887 SEQ ID NO:149 (Gênero) Leucobacter Ascusbbr_2523 SEQ ID NO:289
92. Cryptanaerobacter Ascusbbr_1928 SEQ ID NO:150 (Gênero) Lactonifactor Ascusbbr_2524 SEQ ID NO:290
93. Sporobacter (Gênero) Ascusbbr_1932 SEQ ID NO:151 Lachnospiracea Ascusbbr_2525 SEQ ID NO:291
94. Hydrogenoanaerobacteri Ascusbbr_1933 SEQ ID NO:152 um (Gênero) Succiniclasticum Ascusbbr_2526 SEQ ID NO:292
95. Clostridium IV (Grupo) Ascusbbr_1937 SEQ ID NO:153 Acidovorax Ascusbbr_2528 SEQ ID NO:293
96. Hydrogenoanaerobacteri Ascusbbr_1953 SEQ ID NO:154 um (Gênero) Acinetobacter Ascusbbr_2530 SEQ ID NO:294
97. Spiroplasma (Gênero) Ascusbbr_1955 SEQ ID NO:155 Comamonas Ascusbbr_2531 SEQ ID NO:295
98. Erysipelotrichaceae SEQ ID NO:156 (Família) Ascusbbr_1956 Prevotella Ascusbbr_2533 SEQ ID NO:296
99. Pseudoflavonifractor SEQ ID NO:157 (Gênero) Ascusbbr_1957 Clostridium IV Ascusbbr_2534 SEQ ID NO:297
100. Clostridium XIVa SEQ ID NO:158 (Grupo) Ascusbbr_1967 Clostridium Ascusbbr_2535 SEQ ID NO:298
101. Mogibacterium (Gênero) Ascusbbr_1969 SEQ ID NO:159 Succiniclasticum Ascusbbr_2536 SEQ ID NO:299
102. Clostridium (Gênero) Ascusbbr_1973 SEQ ID NO:160 Lachnospiracea Ascusbbr_2538 SEQ ID NO:300
103. Clostridium IV (Grupo) Ascusbbr_2020 SEQ ID NO:161 Pedobacter Ascusbbr_2539 SEQ ID NO:301
104. Citrobacter (Gênero) Ascusbbr_2023 SEQ ID NO:162 Clostridium XII Ascusbbr_2540 SEQ ID NO:302
105. Hydrogenoanaerobacteri Ascusbbr_2033 SEQ ID NO:163 um (Gênero) Flavobacterium Ascusbbr_2544 SEQ ID NO:303
106. Clostridium XIVa SEQ ID NO:164 (Grupo) Ascusbbr_2047 Clostridium Ascusbbr_2545 SEQ ID NO:304
107. Clostridium XIVa SEQ ID NO:165 (Grupo) Ascusbbr_2049 Alkaliphilus Ascusbbr_2547 SEQ ID NO:305
108. Clostridium (Gênero) Ascusbbr_2057 SEQ ID NO:166 Arthrobacter Ascusbbr_2548 SEQ ID NO:306
109. Erysipelotrichaceae SEQ ID NO:167 (Família) Ascusbbr_2069 Flavobacterium Ascusbbr_2549 SEQ ID NO:307
110. Clostridium XIVb SEQ ID NO:168 (Grupo) Ascusbbr_2073 Roseburia Ascusbbr_2550 SEQ ID NO:308
111. Clostridium XIVb SEQ ID NO:169 (Grupo) Ascusbbr_2076 Paenibacillus Ascusbbr_2551 SEQ ID NO:309
112. Butyricicoccus (Gênero) Ascusbbr_2101 SEQ ID NO:170 Olivibacter Ascusbbr_2553 SEQ ID NO:310
113. Pediococcus (Gênero) Ascusbbr_2118 SEQ ID NO:171 Clostridium XII Ascusbbr_2554 SEQ ID NO:311
114. Sphingomonas (Gênero) Ascusbbr_2127 SEQ ID NO:172 Sphingobacterium Ascusbbr_2555 SEQ ID NO:312
115. Clostridium XIVa SEQ ID NO:173 (Grupo) Ascusbbr_2131 Sphingobacterium Ascusbbr_2556 SEQ ID NO:313
116. Clostridium IV (Grupo) Ascusbbr_2132 SEQ ID NO:174 Anaerosporobacter Ascusbbr_2557 SEQ ID NO:314
117. Clostridium XIVb SEQ ID NO:175 (Grupo) Ascusbbr_2136 Clostridium XII Ascusbbr_2560 SEQ ID NO:315
118. Clostridium XIVb SEQ ID NO:176 (Grupo) Ascusbbr_2137 Clostridium XII Ascusbbr_2561 SEQ ID NO:316
119. Methylobacterium SEQ ID NO:177 (Gênero) Ascusbbr_2149 Clostridium Ascusbbr_2562 SEQ ID NO:317
120. Salana (Gênero) Ascusbbr_2177 SEQ ID NO:178 Pedobacter Ascusbbr_2563 SEQ ID NO:318
121. Petrobacter (Gênero) Ascusbbr_2178 SEQ ID NO:179 Bacillus Ascusbbr_2564 SEQ ID NO:319
122. Bacillus (Gênero) Ascusbbr_2180 SEQ ID NO:180 Paenibacillus Ascusbbr_2565 SEQ ID NO:320
123. Thermovibrio (Gênero) Ascusbbr_2183 SEQ ID NO:181 Prevotella Ascusbbr_2566 SEQ ID NO:321
124. Erysipelotrichaceae Ascusbbr_2184 SEQ ID NO:182 (Família) Lachnospiracea (Família) Ascusbbr_2567 SEQ ID NO:322
125. Selenomonas (Gênero) Ascusbbr_2192 SEQ ID NO:183 Lachnospiracea (Família) Ascusbbr_2568 SEQ ID NO:323 Escherichia/Shigella Ascusbbr_2193 SEQ ID NO:184
126. Glaciecola (Gênero) (Gênero) Ascusbbr_2594 SEQ ID NO:324
127. Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2195 SEQ ID NO:185 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2603 SEQ ID NO:325 Corynebacterium Ascusbbr_2200 SEQ ID NO:186
128. Eubacterium (Gênero) (Gênero) Ascusbbr_2605 SEQ ID NO:326
129. Thermomicrobium Ascusbbr_2201 SEQ ID NO:187 (Gênero) Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2615 SEQ ID NO:327
130. Acidobacteria (Gênero) Ascusbbr_2204 SEQ ID NO:188 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2625 SEQ ID NO:328 Escherichia/Shigella Ascusbbr_2205 SEQ ID NO:189
131. Chlorobaculum (Gênero) (Gênero) Ascusbbr_2640 SEQ ID NO:329
132. Rothia (Gênero) Ascusbbr_2208 SEQ ID NO:190 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2644 SEQ ID NO:330
133. Selenomonas (Gênero) Ascusbbr_2210 SEQ ID NO:191 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2665 SEQ ID NO:331
134. Clostridium XIVa Ascusbbr_2215 SEQ ID NO:192 (Grupo) Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2684 SEQ ID NO:332
135. Virgibacillus (Gênero) Ascusbbr_2216 SEQ ID NO:193 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2694 SEQ ID NO:333
136. Sphingomonas (Gênero) Ascusbbr_2218 SEQ ID NO:194 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2699 SEQ ID NO:334
137. Citricoccus (Gênero) Ascusbbr_2219 SEQ ID NO:195 Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2709 SEQ ID NO:335
138. Catenibacterium Ascusbbr_2220 SEQ ID NO:196 (Gênero) Lactobacillus (Gênero) Ascusbbr_2710 SEQ ID NO:336
139. Amycolatopsis (Gênero) Ascusbbr_2224 SEQ ID NO:197 Enterococcus (Gênero) Ascusbbr_2714 SEQ ID NO:337 Clostridium sensu stricto Ascusbbr_2225 SEQ ID NO:198
140. Sphingobium (Gênero) (Gênero) Ascusbbr_2676 SEQ ID NO:386
141. Clostridium_XIVa Ascusbbr_10593 SEQ ID NO:387 (Grupo) 2
BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
[0030] FIG. 1 mostra um fluxo de trabalho geral de uma modalidade do método para determinar a abundância absoluta de uma ou mais cepas de micro-organismos ativos.
[0031] FIG. 2 mostra um fluxo de trabalho geral de uma modalidade de um método para determinar a coocorrência de uma ou mais, ou duas ou mais cepas de micro-organismos ativos em uma amostra com um ou mais parâmetros de metadados (ambientais), seguidos por alavancar a análise de grupo e os métodos de detecção da comunidade na rede de determinados relacionamentos.
[0032] FIG. 3 é uma representação de desenho da anatomia de uma galinha exemplar.
[0033] FIG. 4 é uma imagem de uma trilha gastrointestinal dissecada de uma galinha do bico à cloaca.
[0034] FIG. 5 representa as complexas interações microbianas que ocorrem no trato gastrointestinal. Uma carga microbiana comensal bem equilibrada está envolvida na manutenção de múltiplos sistemas homeostáticos.
[0035] FIG. 6 representa os resultados prováveis de um ensaio de ligação à lectina com cepas microbianas isoladas e uma lectina de ligação à manose (MBL).
[0036] FIG. 7 mostra os resultados prováveis de um ensaio de ligação de gelatina / colágeno com cepas microbianas isoladas. CP = Clostridium perfringens, Cepa 1 = cnaA avirulento positivo, Cepa 2 = cnaA avirulento negativo. Todos os resultados reportados foram corrigidos por seus respectivos controles
[0037] FIG. 8 representa um histograma da taxa de convergência microbiana entre os grupos experimentais.
[0038] FIG. 9 representa um histograma da porcentagem final de mortalidade para o experimento.
DESCRIÇÃO DETALHADA Definições
[0039] Embora se acredite que os seguintes termos sejam bem compreendidos por um versado na técnica, as seguintes definições são apresentadas para facilitar a explicação da matéria presentemente divulgada.
[0040] O termo "um" ou "uma" pode se referir a uma ou mais dessa entidade, ou seja, pode se referir a referentes no plural. Como tal, os termos "um" ou "uma", "um ou mais" e "pelo menos um" são usados aqui de forma intercambiável. Além disso, a referência a "um elemento" pelos artigos indefinidos "um" ou "uma" não exclui a possibilidade de mais de um elemento estar presente, a menos que o contexto exija claramente que exista um e apenas um dos elementos.
[0041] A referência em todo o relatório descritivo a “uma modalidade”, “a modalidade”, "um aspecto" ou "o aspecto" significa que uma determinada característica, estrutura, ou característica descrita em relação com a modalidade está incluída em pelo menos uma modalidade da divulgação. Assim, o aparecimento das frases “em uma modalidade” ou “na modalidade” em vários lugares ao longo deste relatório não são necessariamente todos referentes à mesma modalidade. Além disso, as características, estruturas ou características particulares podem ser combinados de qualquer maneira adequada em uma ou mais modalidades.
[0042] Como usado aqui, em modalidades particulares, os termos "cerca de" ou "aproximadamente" ao preceder um valor numérico indicam o valor mais ou menos um intervalo de 10%.
[0043] Conforme usado aqui, os termos "micro-organismo" ou "micróbio" devem ser considerados de maneira ampla. Esses termos são usados de forma intercambiável e incluem, mas não se limitam a, os dois domínios procarióticos, Bactérias e Archaea, fungos eucarióticos e protistas, além de vírus. Em algumas modalidades, a divulgação se refere aos "micróbios" da Tabela 1 e/ou Tabela 3, ou aos "micróbios" incorporados por referência. Essa caracterização pode se referir não apenas aos identificadores microbianos taxonômicos previstos da tabela, mas também às cepas identificadas dos micróbios listados na tabela.
[0044] O termo "bioconjunto", "conjunto microbiano" ou "conjunto sintético" refere-se a uma composição compreendendo um ou mais micróbios ativos identificados por métodos, sistemas e/ou aparelhos da presente divulgação e que não existem naturalmente em uma ocorrência natural no meio ambiente e/ou em razões ou valores que não existem na natureza. Um bioconjunto é um subconjunto de uma comunidade microbiana de espécies microbianas individuais, ou cepas de uma espécie, que pode ser descrita como desempenhando uma função comum, ou pode ser descrita como participante, ou levando a, ou correlacionada com, um parâmetro reconhecível, como uma característica fenotípica de interesse (por exemplo, aumento da eficiência alimentar em aves). O bioconjunto pode compreender duas ou mais espécies, ou cepas de uma espécie, de micróbios. Em alguns casos, os micróbios coexistem dentro da comunidade simbioticamente.
[0045] Em certos aspectos da divulgação, os bioconjuntos são ou são baseados em um ou mais micróbios isolados que existem como culturas isoladas e biologicamente puras. Será entendido por um versado na técnica que uma cultura isolada e biologicamente pura de um micróbio específico indica que a referida cultura é substancialmente livre (dentro da razão científica) de outros organismos vivos e contém apenas o micróbio individual em questão. A cultura pode conter concentrações variadas do referido micróbio. A presente divulgação observa que micróbios isolados e biologicamente puros geralmente "diferem necessariamente de materiais menos puros ou impuros". Ver, por exemplo, In re Bergstrom, 427 F.2d 1394, (CCPA 1970) (discutindo prostaglandinas purificadas), ver também In re Bergy, 596 F.2d 952 (CCPA 1979) (discutir micróbios purificados), ver também Parke- Davis & Co. v. H.K. Mulford & Co., 189 F. 95 (S.D.N.Y. 1911) (J. Hand discutindo adrenalina purificada, relatada em parte, revisada em parte, 196 F. 496 (2ª Cir. 1912), cada um dos quais é incorporado aqui por referência. Além disso, em alguns aspectos, a implementação da divulgação pode exigir certas medidas quantitativas das limitações de concentração ou pureza que devem ser alcançadas para que uma cultura microbiana isolada e biologicamente pura seja usada nos conjuntos microbianos divulgados. A presença desses valores de purificação, em certas modalidades, é outro atributo que distingue os micróbios identificados pelo método atualmente divulgado dos micróbios existentes em um estado natural. Ver, por exemplo, Merck & Co. v. Olin Mathieson Chemical Corp., 253 F.2d 156 (4ª Cir. 1958) (que discute as limitações de pureza da vitamina B12 produzida por micróbios), incorporada aqui por referência.
[0046] Os bioconjuntos podem ser aplicados ou administrados a um alvo, como um ambiente, população, indivíduo, animal alvo e/ou semelhantes.
[0047] O termo "comunidade microbiana" significa um grupo de micróbios compreendendo duas ou mais espécies ou cepas. Ao contrário dos bioconjuntos, uma comunidade microbiana não precisa desempenhar uma função comum ou não deve estar participando, conduzindo ou correlacionando-se a um parâmetro reconhecível, como uma característica fenotípica de interesse (por exemplo, aumento da eficiência alimentar em aves).
[0048] Conforme usado neste documento, "isolar", "isolado", "micróbio isolado" e termos semelhantes, significam que um ou mais micro-organismos foram separados de pelo menos um dos materiais aos quais está associado em um ambiente específico (por exemplo, solo, água, tecido animal).
[0049] Os micróbios da presente divulgação podem incluir esporos e/ou células vegetativas. Em algumas modalidades, os micróbios da presente divulgação incluem micróbios em um estado viável, mas não cultivável (VBNC), ou em um estado inativo. Veja Liao e Zhao (publicação US US2015267163A1). Em algumas modalidades, os micróbios da presente divulgação incluem micróbios em um biofilme. Veja Merritt et al. (Patente US
7.427.408).
[0050] Assim, um "micróbio isolado" não existe em seu ambiente natural; pelo contrário, é através das várias técnicas aqui descritas que o micróbio foi removido de sua configuração natural e colocado em um estado de existência que não ocorre naturalmente. Assim, a cepa isolada ou micróbio isolado pode existir como, por exemplo, uma cultura biologicamente pura, ou como esporos (ou outras formas da cepa) em associação com um veículo aceitável.
[0051] Conforme usado aqui, "esporo" ou "esporos" se referem a estruturas produzidas por bactérias e fungos que são adaptados para sobrevivência e dispersão. Os esporos são geralmente caracterizados como estruturas dormentes; no entanto, os esporos são capazes de se diferenciar através do processo de germinação. Germinação é a diferenciação de esporos em células vegetativas capazes de atividade metabólica, crescimento e reprodução. A germinação de um único esporo resulta em uma única célula vegetativa fúngica ou bacteriana. Os esporos de fungos são unidades de reprodução assexuada e, em alguns casos, são estruturas necessárias nos ciclos de vida dos fungos. Os esporos bacterianos são estruturas para condições de sobrevivência que normalmente podem não ser condutoras para a sobrevivência ou crescimento de células vegetativas.
[0052] Como usado neste documento, "composição microbiana" refere-se a uma composição compreendendo um ou mais micróbios da presente divulgação, em que uma composição microbiana, em algumas modalidades, é administrada a animais da presente divulgação.
[0053] Como aqui utilizado, "veículo", "veículo aceitável" ou "veículo farmacêutico" refere-se a um diluente, adjuvante, excipiente ou veículo com o qual o composto é administrado. Os excipientes podem ser líquidos estéreis, tais como água e óleos, incluindo os de origem animal, vegetal, de petróleo ou sintética, tal como óleo de amendoim, óleo de soja, óleo mineral, óleo de gergelim e semelhantes. Soluções salinas em solução aquosa ou em água e soluções aquosas de dextrose e glicerol são preferivelmente empregadas como veículos, em algumas modalidades como soluções injetáveis. Em algumas modalidades, os agentes gelificantes são empregados como veículos. Alternativamente, o veículo pode ser um veículo de forma de dosagem sólida, incluindo, mas não limitado a, um ou mais aglutinantes (para comprimidos compactados), um deslizante, um agente de encapsulação, um aromatizante e um corante. A escolha do veículo pode ser selecionada em relação à via de administração pretendida e à prática farmacêutica padrão. Ver Hardee e Baggo (1998. Desenvolvimento e Formulação de Formas de Dosagem Veterinária. 2a Ed. CRC Press. 504 pág.); E.W. Martin (1970. Remington’s Pharmaceutical Sciences. 17a Ed. Mack Pub. Co.); e Blaser et al. (Publicação US US20110280840A1).
[0054] Em alguns aspectos, os veículos podem ter estrutura granular, como areia ou partículas de areia. Em outros aspectos, os veículos podem ser secos, em oposição a um veículo úmido ou molhado. Em alguns aspectos, os veículos podem ser substâncias nutritivas e/ou substâncias prebióticas selecionadas de frutooligossacarídeos, inulinas, isomalto- oligossacarídeos, lactitol, lactossacarose, lactulose, pirodextrinas, oligossacarídeos de soja, transgalacto-oligossacarídeos, xilo-oligossacarídeos, traços de minerais e vitaminas. Em alguns aspectos, os veículos podem estar na forma sólida ou líquida. Em alguns aspectos, os veículos podem ser zeólitos, carbonato de cálcio, carbonato de magnésio, dióxido de silício, milho moído, trealose, quitosana, goma-laca, albumina, amido, leite em pó desnatado, pó de soro de leite doce, maltodextrina, lactose e inulina. Em alguns aspectos, um veículo é água ou soro fisiológico.
[0055] Em certos aspectos da divulgação, os micróbios isolados existem como culturas isoladas e biologicamente puras. Será entendido por um versado na técnica que uma cultura isolada e biologicamente pura de um micróbio específico indica que a referida cultura é substancialmente livre (dentro da razão científica) de outros organismos vivos e contém apenas o micróbio individual em questão. A cultura pode conter concentrações variadas do referido micróbio. A presente divulgação observa que micróbios isolados e biologicamente puros geralmente "diferem necessariamente de materiais menos puros ou impuros". Ver, por exemplo, In re Bergstrom, 427 F.2d 1394, (CCPA 1970) (discutindo prostaglandinas purificadas), ver também Em ref Bergy, 596 F.2d 952 (CCPA 1979) (discutir micróbios purificados), ver também Parke- Davis & Co. v. H.K. Mulford & Co., 189 F. 95 (S.D.N.Y. 1911) (Learned Hand discutindo adrenalina purificada, relatada em parte, revisada em parte, 196 F. 496 (2ª Cir. 1912), cada um dos quais é incorporado aqui por referência. Além disso, em alguns aspectos, a divulgação fornece certas medidas quantitativas da concentração, ou limitações de pureza, que devem ser encontradas dentro de uma cultura microbiana isolada e biologicamente pura. A presença desses valores de pureza, em certas modalidades, é outro atributo que distingue os micróbios atualmente divulgado dos micróbios existentes em um estado natural. Ver, por exemplo, Merck & Co. v. Olin Mathieson Chemical Corp., 253 F.2d 156 (4ª Cir. 1958) (que discute as limitações de pureza da vitamina B12 produzida por micróbios), incorporada aqui por referência.
[0056] Como usado aqui, "isolados individuais" devem ser entendidos como significando uma composição, ou cultura, compreendendo uma predominância de um único gênero, espécie ou cepa de micro-organismo, seguindo-se a separação de um ou mais de outros micro-organismos. A frase não deve ser entendida como um indicativo do quanto o micro-organismo foi isolado ou purificado. No entanto, "isolados individuais" podem compreender substancialmente apenas um gênero, espécie ou cepa do micro-organismo.
[0057] Como usado aqui, "microbioma" refere-se à coleção de micro-organismos que habitam o trato reprodutivo, sistema tegumento, trato digestivo ou trato gastrointestinal de um animal e o ambiente físico dos micro-organismos (ou seja, o microbioma possui um componente biótico e físico). O microbioma é fluido e pode ser modulado por inúmeras condições naturais e artificiais (por exemplo, mudança na dieta, doença, agentes antimicrobianos, influxo de micro-organismos adicionais, etc.). A modulação do microbioma gastrointestinal pode ser alcançada via administração das composições da divulgação pode assumir a forma de: (a) aumentar ou diminuir uma família, gênero, espécie ou agrupamento funcional de um micróbio em particular (ou seja, alteração do componente biótico do microbioma gastrointestinal) e/ou (b) aumento ou diminuição do pH gastrointestinal, aumento ou diminuição de ácidos graxos voláteis no trato gastrointestinal, aumento ou diminuição de qualquer outro parâmetro físico importante para a saúde gastrointestinal (ou seja, alteração do componente abiótico da microbioma intestinal).
[0058] Como usado aqui, "probiótico" refere-se a um micróbio substancialmente puro (ou seja, um único isolado) ou a uma mistura dos micróbios desejados, e também pode incluir quaisquer componentes adicionais que possam ser administrados às aves domésticas para restaurar a microbiota. As composições de probióticos ou inoculantes microbianos da invenção podem ser administradas com um agente para permitir que os micróbios sobrevivam ao ambiente do trato gastrointestinal, isto é, para resistir ao pH baixo e crescer no ambiente gastrointestinal. Em algumas modalidades, as presentes composições (por exemplo, composições microbianas) são probióticas em alguns aspectos.
[0059] Como usado aqui, "prebiótico" refere-se a um agente que aumenta o número e/ou a atividade de um ou mais micróbios desejados. Exemplos não limitativos de prebióticos que podem ser úteis nos métodos da presente divulgação incluem fruto-oligossacarídeos (por exemplo, oligofrutose, inulina, frutanos do tipo inulina), galacto-oligossacarídeos, aminoácidos, álcoois, isomalto-oligossacarídeos, lactitol, lactossacarose, lactulose, pirodextratos, oligossacarídeos de soja, transgalacto-oligossacarídeos, xilo-oligossacarídeos, vitaminas e suas misturas. Veja Ramirez-Farias et al. (2008. Br. J. Nutr. 4: 1-10) e Pool-Zobel e Sauer (2007. J. Nutr. 137: 2580-2584 e suplementar).
[0060] O termo "meio de crescimento", como aqui utilizado, é qualquer meio que seja adequado para apoiar o crescimento de um micróbio. A título de exemplo, o meio pode ser natural ou artificial, incluindo ágar suplementar à gastrina, meio LB, soro do sangue e géis de cultura de tecidos. Deve-se levar em consideração que os meios podem ser usados isoladamente ou em combinação com um ou mais outros meios. Eles também podem ser usados com ou sem a adição de nutrientes exógenos.
[0061] O meio pode ser alterado ou enriquecido com compostos ou componentes adicionais, por exemplo, um componente que possa ajudar na interação e/ou na seleção de grupos específicos de micro-organismos. Por exemplo, antibióticos (como a penicilina) ou esterilizantes (por exemplo, sais de amônio quaternários e agentes oxidantes) poderiam estar presentes e/ou condições físicas (tais como salinidade, nutrientes (por exemplo, minerais orgânicos e inorgânicos (como fósforo, sais nitrogenados, amônia, potássio e micronutrientes como cobalto e magnésio), pH, e/ou temperatura) podem ser alteradas.
[0062] Como usado aqui, o termo "aves domésticas" e "aves" são usados de forma intercambiável para incluir tanto aves domesticadas quanto não domesticadas pertencentes às ordens de Galliformes e Anseriformes. As aves incluem galinhas (frangos de corte / frangos / frangos para assar / capões / galos / galinhas), perus, perdiz, codorna do Novo Mundo, codorna do Velho Mundo, perdizes, galinha do mato, aves domésticas, pavões, patos, gansos, cisnes, emas e avestruzes.
[0063] Conforme usado neste documento, "aprimorado" deve ser amplamente adotado para abranger a melhoria de uma característica de interesse, em comparação com um grupo de controle ou em comparação com uma quantidade média conhecida associada à característica em questão. Por exemplo, a eficiência de alimentação "aprimorada" associada à aplicação de um micróbio benéfico, ou bioconjuntos, da divulgação pode ser demonstrada comparando-se a eficiência de alimentação de aves tratadas pelos micróbios aqui ensinados com a eficiência alimentar de aves não tratadas. Na presente divulgação, "aprimorado" não exige necessariamente que os dados sejam estatisticamente significativos (isto é, p < 0,05); em vez disso, qualquer diferença quantificável que demonstre que um valor (por exemplo, o valor médio do tratamento) é diferente de outro (por exemplo, o valor médio de controle) pode subir para o nível de "aprimorado".
[0064] Como usado aqui, "inibir e suprimir" e termos semelhantes não devem ser interpretados para exigir inibição ou supressão completa, embora isso possa ser desejado em algumas modalidades.
[0065] O termo "marcador" ou "marcador específico", conforme usado aqui, é um indicador do tipo específico de micro-organismo, cepa de micro-organismo ou atividade de uma cepa de micro-organismo. Um marcador pode ser medido em amostras biológicas e inclui, sem limitação, um marcador à base de ácido nucleico, como um gene de RNA ribossômico, um marcador à base de peptídeo ou proteína e/ou um metabólito ou outro marcador de molécula pequena.
[0066] O termo "metabolito", conforme usado aqui, é um intermediário ou produto do metabolismo. Um metabólito em uma modalidade é uma molécula pequena. Os metabólitos têm várias funções, incluindo efeitos combustíveis, estruturais, de sinalização, estimuladores e inibitórios sobre as enzimas, como cofator para uma enzima, na defesa e nas interações com outros organismos (como pigmentos, odorantes e feromônios). Um metabolito primário está diretamente envolvido no crescimento, desenvolvimento e reprodução normais. Um metabólito secundário não está diretamente envolvido nesses processos, mas geralmente tem uma importante função ecológica. Exemplos de metabólitos incluem, entre outros, antibióticos e pigmentos, como resinas e terpenos, etc. Alguns antibióticos usam metabólitos primários como precursores, como a actinomicina, que é criada do metabolito primário, o triptofano. Os metabólitos, como aqui utilizados, incluem pequenos carboidratos hidrofílicos; lipídeos grandes e hidrofóbicos e compostos naturais complexos.
[0067] Conforme usado aqui, o termo "genótipo" refere-se à composição genética de uma célula, cultura celular, tecido, organismo ou grupo de organismos individual.
[0068] Conforme usado aqui, o termo "alelo(s)" significa qualquer uma de uma ou mais formas alternativas de um gene, cujos alelos se relacionam com pelo menos uma qualidade ou característica. Em uma célula diploide, os dois alelos de um determinado gene ocupam loci correspondentes em um par de cromossomos homólogos. Como a presente divulgação, nas modalidades, se refere a QTLs, ou seja , regiões genômicas que podem compreender um ou mais genes ou sequências reguladoras é, em alguns casos, mais preciso se referir ao "haplótipo" (ou seja, um alelo de um segmento cromossômico) em vez de "alelo", no entanto, nesses casos, o termo "alelo" deve ser entendido como compreendendo o termo "haplótipo". Os alelos são considerados idênticos quando expressam um fenótipo semelhante. As diferenças na sequência são possíveis, mas não importantes, desde que não influenciem o fenótipo.
[0069] Como usado aqui, o termo "locus" (loci no plural) significa um local ou locais específicos ou um local em um cromossomo onde, por exemplo, um gene ou marcador genético é encontrado.
[0070] Como usado aqui, o termo "geneticamente vinculado" refere-se a duas ou mais características que são co-herdadas a uma taxa alta durante a reprodução, de modo que sejam difíceis de separar através do cruzamento.
[0071] Uma "recombinação" ou "evento de recombinação", conforme aqui utilizado, refere-se a uma passagem cromossômica ou variedade independente. O termo "recombinante" refere-se a um organismo com uma nova composição genética que surge como resultado de um evento de recombinação.
[0072] Como usado aqui, o termo "marcador molecular" ou "marcador genético" refere-se a um indicador que é usado em métodos para visualizar diferenças nas características das sequências de ácidos nucleicos. Exemplos de tais indicadores são marcadores de polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP), marcadores de polimorfismo de comprimento de fragmento amplificado (AFLP), polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), mutações de inserção, marcadores de microssatélites (SSRs), regiões amplificadas caracterizadas por sequência (SCARs), marcadores de sequência polimórfica amplificada clivada (CAPS) ou marcadores isoenzimáticos ou combinações dos marcadores aqui descritos que definem uma localização genética e cromossômica específica. Os marcadores incluem ainda sequências polinucleotídicas que codificam rRNA 16S ou 18S e sequências de espaçador interno transcrito (ITS), que são sequências encontradas entre genes de rRNA de subunidades pequenas e subunidades grandes que provaram ser especialmente úteis na elucidação de relacionamentos ou distinções entre quando comparados com um outro. O mapeamento de marcadores moleculares na vizinhança de um alelo é um procedimento que pode ser realizado pelos versados nas técnicas moleculares biológicas.
[0073] Aestrutura primária da principal subunidade de rRNA 16S compreende uma combinação particular de regiões conservadas, variáveis e hipervariáveis que evoluem a taxas diferentes e permitem a resolução de cepas muito antigas, como domínios, e cepas mais modernas, como gêneros. A estrutura secundária da subunidade 16S inclui aproximadamente 50 hélices que resultam no emparelhamento de bases de cerca de 67% dos resíduos. Essas características estruturais secundárias altamente conservadas são de grande importância funcional e podem ser usadas para garantir homologia posicional em alinhamentos de múltiplas sequências e análises filogenéticas. Nas últimas décadas, o gene 16S rRNA se tornou o marcador taxonômico mais sequenciado e é o aicerce da atual classificação sistemática de bactérias e arquebactérias (Yarza et al. 2014. Nature Rev. Micro. 12: 635-45).
[0074] Uma identidade de sequência de 94,5% ou menos para dois genes de 16S rRNA é forte evidência para gêneros distintos, 86,5% ou menor é forte evidência para famílias distintas, 82% ou menor é forte evidência para ordens distintas, 78,5% é forte evidência para classes distintas, e 75% ou menos é forte evidência de filos distintos. A análise comparativa das sequências do gene 16S rRNA permite o estabelecimento de limiares taxonômicos que são úteis não apenas para a classificação de micro-organismos cultivados, mas também para a classificação de muitas sequências ambientais. Yarza et al. 2014. Nature Rev. Micro. 12: 635- 45).
[0075] Conforme usado aqui, o termo "traço" refere-se a uma característica ou fenótipo. Por exemplo, no contexto de algumas modalidades da presente divulgação; quantidade de ovos produzidos, eficiência na utilização de alimentos, quantidade de fezes produzidas, suscetibilidade a patógenos intestinais e diminuição das taxas de mortalidade, entre outros. As características desejáveis também podem incluir outras características, incluindo, mas não se limitando a: aumento de peso; um aumento na produção de ovos; um aumento da musculatura; um aumento de vitaminas nos ovos; um aumento da concentração de ácidos graxos no trato gastrointestinal; e aumento no volume de ovos; uma eficiência aprimorada na utilização e digestibilidade dos alimentos; um aumento na degradação de polissacarídeos e lignina; um aumento na digestão de gordura, amido e proteínas; um aumento na disponibilidade de vitaminas; um aumento na disponibilidade mineral; um aumento na disponibilidade de aminoácidos; desenvolvimento gastrointestinal aprimorado; aumento do comprimento das vilosidades e área de superfície; equilíbrio de pH no trato gastrointestinal; aumento do pH no trato gastrointestinal, diminuição do pH no trato gastrointestinal, redução nas emissões de metano e/ou óxido nitroso; uma redução na produção de esterco; uma eficiência aprimorada da utilização de nitrogênio; uma eficiência aprimorada da utilização de fósforo; um aumento da resistência à colonização de micróbios patogênicos que colonizam galinhas; uma melhoria nas propriedades da carne, redução da mortalidade, aumento da produção de antimicrobianos, aumento da depuração de micróbios patogênicos, aumento da resistência à colonização de micróbios patogênicos que infectam galinhas, aumento da resistência à colonização de micróbios patogênicos que infectam humanos melhorou a saúde intestinal, etc.; em que o referido aumento, diminuição ou redução é determinado pela comparação contra um animal que não tenha sido administrado com uma composição da presente divulgação.
[0076] Um traço pode ser herdado de maneira dominante ou recessiva, ou de maneira parcial ou incompleta-dominante. Um traço pode ser monogênico (ou seja, determinado por um único locus) ou poligênico (ou seja , determinado por mais de um loci) ou também pode resultar da interação de um ou mais genes com o meio ambiente.
[0077] No contexto desta divulgação, os traços também podem resultar da interação de um ou mais genes aviários e um ou mais genes de micro-organismos.
[0078] Como usado aqui, o termo "homozigoto" significa uma condição genética existente quando dois alelos idênticos residem em um locus específico, mas são posicionados individualmente em pares correspondentes de cromossomos homólogos na célula de um organismo diploide. Por outro lado, como usado aqui, o termo "heterozigoto" significa uma condição genética existente quando dois alelos diferentes residem em um locus específico, mas são posicionados individualmente em pares correspondentes de cromossomos homólogos na célula de um organismo diploide.
[0079] Conforme usado aqui, o termo "fenótipo" refere-se às características observáveis de uma célula, cultura celular, organismo (por exemplo, pássaro) individual ou grupo de organismos que resulta da interação entre a composição genética desse indivíduo (ou seja, genótipo) e o meio ambiente.
[0080] Como usado aqui, o termo "quimérico" ou "recombinante" ao descrever uma sequência de ácido nucleico ou uma sequência de proteínas refere-se a um ácido nucleico, ou uma sequência de proteínas, que liga pelo menos dois polinucleotídeos heterólogos ou dois polipeptídeos heterólogos, em uma única macromolécula, ou que reorganiza um ou mais elementos de pelo menos uma sequência natural de ácido nucleico ou proteína. Por exemplo, o termo "recombinante" pode se referir a uma combinação artificial de dois segmentos de sequência separados, por exemplo, por síntese química ou pela manipulação de segmentos isolados de ácidos nucleicos por técnicas de engenharia genética.
[0081] Como aqui utilizado, uma "sequência nucleotídica sintética" ou "sequência polinucleotídica sintética" é uma sequência nucleotídica que não se sabe ocorrer na natureza ou que não ocorre naturalmente. Geralmente, essa sequência nucleotídica sintética compreenderá pelo menos uma diferença de nucleotídeo quando comparada com qualquer outra sequência nucleotídica que ocorre naturalmente.
[0082] Como usado aqui, o termo "ácido nucleico" refere-se a uma forma polimérica de nucleotídeos de qualquer comprimento, seja ribonucleotídeo ou desoxirribonucleotídeo ou seus análogos. Este termo refere-se à estrutura primária da molécula e, portanto, inclui DNA de fita dupla e de fita simples, bem como RNA de fita dupla e de fita simples. Também inclui ácidos nucleicos modificados, tais como ácidos nucleicos metilados e/ou capeados, ácidos nucleicos contendo bases modificadas, modificações na estrutura principal e semelhantes. Os termos "ácido nucleico" e "sequência nucleotídica" são usados de forma intercambiável.
[0083] Como usado aqui, o termo "gene" refere-se a qualquer segmento de DNA associado a uma função biológica. Assim, os genes incluem, mas não estão limitados a, sequências de codificação e/ou sequências reguladoras necessárias para sua expressão. Os genes também podem incluir segmentos de DNA não expressos que, por exemplo, formam sequências de reconhecimento para outras proteínas. Os genes podem ser obtidos de uma variedade de fontes, incluindo a clonagem de uma fonte de interesse ou a síntese de informações de sequência conhecidas ou previstas, e podem incluir sequências projetadas para ter os parâmetros desejados.
[0084] Como usado aqui, o termo "homólogos" ou "homólogo" ou "ortólogo" é conhecido na técnica e refere-se a sequências relacionadas que compartilham um ancestral ou membro da família comum e são determinadas com base no grau de identidade de sequência. Os termos "homologia", "homólogo", "substancialmente semelhante" e "correspondente substancialmente" são usados aqui de forma intercambiável. Eles se referem a fragmentos de ácido nucleico em que alterações em uma ou mais bases nucleotídicas não afetam a capacidade do fragmento de ácido nucleico de mediar a expressão genética ou produzir um certo fenótipo. Estes termos também se referem a modificações dos fragmentos de ácido nucleico da presente divulgação, como exclusão ou inserção de um ou mais nucleotídeos que não alteram substancialmente as propriedades funcionais do fragmento de ácido nucleico resultante em relação ao fragmento inicial não modificado. Portanto, entende-se, como os versados na técnica compreenderão, que a divulgação abrange mais do que as sequências exemplares específicas. Esses termos descrevem a relação entre um gene encontrado em uma espécie, subespécie, variedade, cultivar ou cepa e o gene correspondente ou equivalente em outra espécie, subespécie, variedade, cultivar ou cepa. Para os fins desta divulgação, as sequências homólogas são comparadas. “Sequências homólogas” ou “homólogos” ou “ortólogos” são pensados, considerados ou conhecidos por serem funcionalmente relacionados. Uma relação funcional pode ser indicada de qualquer uma de várias maneiras, incluindo, mas não se limitando a: (a) grau de identidade de sequência e/ou (b) a mesma função biológica ou função biológica semelhante. Preferivelmente, tanto (a) quanto (b) são indicados. A homologia pode ser determinada usando programas de software prontamente disponíveis na técnica, como os discutidos em Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., Eds., 1987) Suplemento 30, seção 7.718, Tabela 7.71. Alguns programas de alinhamento são MacVector (Oxford Molecular Ltd, Oxford, Reino Unido), ALIGN Plus Scientific and Educational Software, Pennsilvânia) e AlignX (Vector NTI, Invitrogen, Carlsbad, CA). Outro programa de alinhamento é o Sequencher (Gene Codes, Ann Arbor, Michigan), que usa parâmetros padrão.
[0085] Como aqui utilizado, o termo "alteração nucleotídica" refere-se a, por exemplo, substituição, exclusão e/ou inserção de nucleotídeos, como é bem entendido na técnica. Por exemplo, mutações contêm alterações que produzem substituições, adições ou deleções silenciosas, mas não alteram as propriedades ou atividades da proteína codificada ou como as proteínas são produzidas.
[0086] Como usado aqui, o termo "modificação de proteína" refere-se a, por exemplo, substituição de aminoácidos, modificação de aminoácidos, deleção e/ou inserção, como é bem entendido na técnica.
[0087] Como aqui utilizado, o termo "pelo menos uma porção" ou "fragmento" de um ácido nucleico ou polipeptídeo significa uma porção com as características de tamanho mínimo de tais sequências ou qualquer fragmento maior da molécula de comprimento total, até e incluindo a molécula de comprimento. Um fragmento de um polinucleotídeo da divulgação pode codificar uma porção biologicamente ativa de um elemento regulador genético. Uma porção biologicamente ativa de um elemento regulador genético pode ser preparada isolando uma porção de um dos polinucleotídeos da divulgação que compreende o elemento regulador genético e avaliando a atividade como aqui descrito. Da mesma forma, uma porção de um polipeptídeo pode ser de 4 aminoácidos, 5 aminoácidos, 6 aminoácidos, 7 aminoácidos e assim por diante, indo até o polipeptídeo de comprimento total. O comprimento da porção a ser usada dependerá da aplicação específica. Uma porção de um ácido nucleico útil como sonda de hibridação pode ser tão curta quanto 12 nucleotídeos; em algumas modalidades, são 20 nucleotídeos. Uma porção de um polipeptídeo útil como epítopo pode ser tão curta quanto 4 aminoácidos. Uma porção de um polipeptídeo que desempenha a função do polipeptídeo de tamanho completo seria geralmente maior que 4 aminoácidos.
[0088] Os polinucleotídeos variantes também abrangem sequências derivadas de um procedimento mutagênico e recombinogênico, como embaralhamento de DNA. As estratégias para esse embaralhamento de DNA são conhecidas na técnica. Ver, por exemplo, Stemmer (1994) PNAS 91: 10747-10751; Stemmer (1994) Nature 370: 389-391; Crameri et al.(1997) Nature Biotech. 15:436-438; Moore et al.(1997) J. Mol. Biol. 272:336-347; Zhang et al.(1997) PNAS 94:4504-4509; Crameri et al.(1998) Nature 391: 288-291; e Patentes US Nos.
5.605.793 e 5.837.458. Para amplificações por PCR dos polinucleotídeos aqui divulgados, os iniciadores de oligonucleotídicos podem ser projetados para uso em reações de PCR para amplificar sequências de DNA correspondentes a partir de cDNA ou DNA genômico extraído de qualquer organismo de interesse. Métodos para projetar iniciadores de PCR e clonagem de PCR são geralmente conhecidos na técnica e são divulgados em Sambrook et al.(1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2ª ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, Nova Iorque). Veja também Innis et al., Eds. (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, New York); Innis and Gelfand, eds. (1995) PCR Strategies (Academic Press, Nova Iorque); e Innis e Gelfand, orgs. (1999) PCR Methods Manual (Academic Press, Nova Iorque). Os métodos conhecidos de PCR incluem, mas não estão limitados a, métodos que utilizam iniciadores emparelhados, iniciadores aninhados, iniciadores específicos únicos, iniciadores degenerados, iniciadores específicos para genes, iniciadores específicos para vetores, iniciadores parcialmente incompatíveis e semelhantes.
[0089] O termo "iniciador", como aqui utilizado, refere-se a um oligonucleotídeo que é capaz de emparelhar com o alvo de amplificação, permitindo que uma polimerase de DNA se ligue, servindo assim como um ponto de iniciação da síntese de DNA quando colocado em condições nas quais a síntese do produto de extensão do iniciador é induzida, ou seja, na presença de nucleotídeos e um agente para polimerização, como DNA polimerase, e a uma temperatura e pH adequados. O iniciador (amplificação) é preferivelmente de cadeia simples para máxima eficiência na amplificação. Preferivelmente, o iniciador é um oligodesoxirribonucleotídeo. O iniciador deve ser suficientemente longo para iniciar a síntese de produtos de extensão na presença do agente para polimerização. Os comprimentos exatos dos iniciadores dependerão de muitos fatores, incluindo temperatura e composição (conteúdo A / T vs. G / C) do iniciador. Um par de iniciadores bidirecionais consiste em um iniciador direto e um reverso, como comumente usado na técnica de amplificação de DNA, como na amplificação por PCR.
[0090] Os termos "rigor" ou "condições rigorosas de hibridação" se referem a condições de hibridação que afetam a estabilidade dos híbridos, por exemplo, temperatura, concentração de sal, pH, concentração de formamida e semelhantes. Estas condições são empiricamente otimizadas para maximizar a ligação específica e minimizar a ligação não específica do iniciador ou sonda à sua sequência de ácido nucleico alvo. Os termos como usados incluem referência a condições sob as quais uma sonda ou iniciador hibridizará com sua sequência alvo, em um grau detectavelmente maior que outras sequências (por exemplo, pelo menos 2 vezes sobre o fundo). As condições rigorosas dependem da sequência e serão diferentes em diferentes circunstâncias. As sequências mais longas se hibridizam especificamente em temperaturas mais elevadas. Geralmente, as condições rigorosas são selecionadas para serem cerca de 5 °C inferiores ao ponto de fusão térmica (Tm) para a sequência específica a uma força iônica e pH definidos. O Tm é a temperatura (sob força iônica e pH definidos) na qual 50% de uma sequência alvo complementar hibridiza com uma sonda ou iniciador perfeitamente combinado. Normalmente, as condições rigorosas serão as em que a concentração de sal é menor que cerca de 1,0 M de íon Na +, tipicamente cerca de 0,01 a 1,0 M de concentração de íons Na + (ou outros sais) a pH 7,0 a 8,3 e a temperatura é de pelo menos cerca de 30 °C para sondas ou iniciadores curtos (por exemplo, 10 a 50 nucleotídeos) e pelo menos cerca de 60 ° C para sondas ou iniciadores longos (por exemplo, maiores que 50 nucleotídeos). Também podem ser alcançadas condições rigorosas com a adição de agentes desestabilizantes, tal como a formamida. Exemplos de condições pouco rigorosas ou "condições menor rigorosas" incluem hibridação com uma solução tampão de formamida a 30%, NaCl 1 M, SDS 1% a 37 °C e uma lavagem em SSC 2 × a 40 ° C. Exemplos de condições muito rigorosas incluem hibridação em formamida a 50%, NaCl 1M, SDS a 1% a 37 ° C e uma lavagem em SSC 0,1 × a 60 ° C. Os procedimentos de hibridação são bem conhecidos na técnica e são descritos, por exemplo, por Ausubel et al., 1998 e Sambrook et al., 2001. Em algumas modalidades, as condições rigorosas são hibridação em tampão Na2HPO4 0,25 M (pH 7,2) contendo Na2EDTA 1 mM, dodecil sulfato de sódio a 0,5- 20% a 45 °C, como 0,5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% ou 20%, seguidos por lavagem em 5 × SSC, contendo dodecilsulfato de sódio a 0,1% (p / v), de 55 °C a 65 °C.
[0091] Como usado aqui, "promotor" refere-se a uma sequência de DNA capaz de controlar a expressão de uma sequência de codificação ou RNA funcional. A sequência do promotor consiste em elementos a montante proximais e mais distais, os últimos elementos frequentemente referidos como intensificadores. Por conseguinte, um "intensificador" é uma sequência de DNA que pode estimular a atividade do promotor e pode ser um elemento inato do promotor ou um elemento heterólogo inserido para aprimorar o nível ou a especificidade do tecido de um promotor. Os promotores podem ser derivados na sua totalidade de um gene nativo, ou ser compostos de diferentes elementos derivados de diferentes promotores encontrados na natureza, ou mesmo compreender segmentos de DNA sintéticos. Versados na técnica entendem que diferentes promotores podem direcionar a expressão de um gene em diferentes tecidos ou tipos de células, ou em diferentes estágios de desenvolvimento, ou em resposta a diferentes condições ambientais. Reconhece-se ainda que, na maioria dos casos, os limites exatos das sequências reguladoras não foram completamente definidos, fragmentos de DNA de alguma variação podem ter atividade promotora idêntica.
[0092] Conforme usado neste documento, um "promotor constitutivo" é um promotor ativo na maioria das condições e/ou durante a maioria dos estágios de desenvolvimento. Existem várias vantagens em usar promotores constitutivos em vetores de expressão usados em biotecnologia, tais como: alto nível de produção de proteínas usadas para selecionar células ou organismos transgênicos; alto nível de expressão de proteínas repórteres ou marcadores marcáveis, permitindo fácil detecção e quantificação; alto nível de produção de um fator de transcrição que faz parte de um sistema regulador de transcrição; produção de compostos que requerem atividade onipresente no organismo; e produção de compostos necessários em todas as etapas do desenvolvimento. Promotores constitutivos não limitativos exemplares incluem, promotor CaMV 35S, promotores de opina, promotor de ubiquitina, promotor de álcool desidrogenase, etc.
[0093] Conforme usado neste documento, um "promotor não constitutivo" é um promotor ativo sob certas condições, em certos tipos de células e/ou durante certos estágios de desenvolvimento. Por exemplo, promotores específicos de tecido, preferido de tecido, específico de tipo de célula, preferido de tipo de célula, induzíveis e promotores sob controle de desenvolvimento são promotores não constitutivos. Exemplos de promotores sob controle do desenvolvimento incluem promotores que iniciam preferivelmente a transcrição em certos tecidos.
[0094] Conforme usado neste documento, o promotor "induzível" ou "repressível" é um promotor que está sob controle de fatores químicos ou ambientais. Exemplos de condições ambientais que podem afetar a transcrição por promotores induzíveis incluem condições anaeróbicas, certos produtos químicos, presença de luz, condições ácidas ou básicas, etc.
[0095] Como usado aqui, um promotor "específico de tecido" é um promotor que inicia a transcrição apenas em certos tecidos. Ao contrário da expressão constitutiva de genes, a expressão específica de tecido é o resultado de vários níveis de interação de regulação de genes. Como tal, na técnica, algumas vezes, é preferível utilizar promotores de espécies homólogas ou intimamente relacionadas para obter uma expressão eficiente e fiável de transgenes em tecidos particulares. Esta é uma das principais razões para a grande quantidade de promotores específicos de tecido isolados de tecidos específicos encontrados na literatura científica e de patentes.
[0096] Como aqui utilizado, o termo "operacionalmente ligado" refere-se à associação de sequências de ácidos nucleicos em um único fragmento de ácido nucleico, de modo que a função de uma seja regulada pela outra. Por exemplo, um promotor está operacionalmente ligado a uma sequência de codificação quando é capaz de regular a expressão dessa sequência de codificação (isto é, que a sequência de codificação está sob o controle transcricional do promotor). As sequências de codificação podem ser operacionalmente ligadas a sequências reguladoras em uma orientação de sentido ou antissentido. Em outro exemplo, as regiões de RNA complementares da divulgação podem ser operacionalmente ligadas, direta ou indiretamente, 5' ao mRNA alvo, ou 3' ao mRNA alvo, ou dentro do mRNA alvo, ou dentro do mRNA alvo, ou uma primeira região complementar é 5' e seu complemento é 3' do mRNA alvo.
[0097] Como usadas aqui, as frases "construto recombinante", "construto de expressão", "construto quimérico", "construto " e "construto de DNA recombinante" são usadas de forma intercambiável neste documento. Um construto recombinante compreende uma combinação artificial de fragmentos de ácido nucleico, por exemplo, sequências reguladoras e de codificação que não são encontradas juntas na natureza. Por exemplo, um construto quimérico pode compreender sequências reguladoras e sequências de codificação que são derivadas de diferentes fontes, ou sequências reguladoras e sequências de codificação derivadas da mesma fonte, mas dispostas de uma maneira diferente da encontrada na natureza. Esse construto pode ser usado por si só ou em conjunto com um vetor. Se um vetor é usado, a escolha do vetor depende do método que será usado para transformar as células hospedeiras, como é bem conhecido pelos versados na técnica. Por exemplo, um vetor plasmídeo pode ser usado. O versado na técnica está bem ciente dos elementos genéticos que devem estar presentes no vetor para transformar, selecionar e propagar com sucesso células hospedeiras compreendendo qualquer um dos fragmentos de ácido nucleico isolados da divulgação. O versado na técnica também reconhecerá que diferentes eventos de transformação independentes resultarão em diferentes níveis e padrões de expressão (Jones et al., (1985) EMBO J. 4: 2411-2418; De Almeida et al., (1989) Mol. Genetics 218: 78-86) e, portanto, vários eventos devem ser rastreados para obter linhas que exibam o nível e o padrão de expressão desejados. Essa triagem pode ser realizada por análise Southern do DNA, análise Northern da expressão do mRNA, análise por imunotransferência da expressão da proteína ou análise fenotípica, entre outros. Os vetores podem ser plasmídeos, vírus, bacteriófagos, pró- vírus, fagídeos, transposons, cromossomos artificiais e semelhantes, que se replicam de forma autônoma ou podem se integrar a um cromossomo de uma célula hospedeira. Um vetor também pode ser um polinucleotídeo de RNA nu, um polinucleotídeo de DNA nu, um polinucleotídeo composto de DNA e RNA dentro da mesma fita, um DNA ou RNA conjugado com poli-lisina, um DNA ou RNA conjugado com peptídeo, um DNA ou RNA conjugado com peptídeo, um conjugado com lipossomo DNA, ou algo semelhante, que não está replicando autonomamente. Como usado aqui, o termo "expressão" refere-se à produção de um produto final funcional, por exemplo, um mRNA ou uma proteína (precursora ou madura).
[0098] Em algumas modalidades, a célula ou organismo tem pelo menos um traço heterólogo. Como usado aqui, o termo "traço heterólogo" refere-se a um fenótipo transmitido a uma célula hospedeira transformada ou organismo transgênico por um segmento de DNA exógeno, polinucleotídeo heterólogo ou ácido nucleico heterólogo. Várias mudanças no fenótipo são de interesse para a presente divulgação, incluindo, entre outras, o aumento do rendimento de uma ave de uma característica economicamente importante (por exemplo, ovos, volume de ovos, peso de aves, etc.) e similares. Estes resultados podem ser alcançados fornecendo expressão de produtos heterólogos ou expressão aumentada de produtos endógenos em organismos usando os métodos e composições da presente divulgação. Em algumas modalidades, as cepas microbianas isoladas da presente divulgação abrangem ainda seus mutantes. Em algumas modalidades, a presente divulgação contempla ainda cepas microbianas com todas as características de identificação das cepas microbianas atualmente divulgadas.
[0099] Como usado aqui, o termo "MIC" significa coeficiente de informação máximo. O MIC é um tipo de análise não paramétrica que identifica uma pontuação (pontuação MIC) entre cepas microbianas ativas da presente divulgação e pelo menos um metadado medido (por exemplo, aumento de peso). Além disso, o Pedido US 15 / 217.575, depositado em 22 de julho de 2016 (emitido como Patente US 9.540.676 em 10 de janeiro de 2017) é incorporado por referência em sua totalidade.
[00100] O coeficiente de informação máximo (MIC) é então calculado entre cepas e metadados e entre cepas, como visto na FIG. 2, 2009. Os resultados são agrupados para criar uma lista de todos os relacionamentos e suas pontuações MIC correspondentes. Se o relacionamento tiver uma pontuação abaixo de um determinado limite, o relacionamento será considerado / identificado como irrelevante. Se o relacionamento estiver acima de um determinado limite, o relacionamento será considerado / identificado como relevante e estará sujeito a análise de rede. O seguinte fragmento de código mostra uma metodologia exemplar para essa análise, de acordo com uma modalidade: Leia a lista total de arquivos de relacionamentos como links limite = 0,8 para i na faixa (len (links)): se ligações > = limite multiplicador [i] = 1 ainda multiplicador [i] = 0 acaba se links_temp = multiplicador * links final_links = links_temp [links_temp!= 0] savetxt(output_file,final_links) output_file.close()
[00101] Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação compreendem uma ou mais bactérias e/ou um ou mais fungos que têm uma pontuação MIC de pelo menos cerca de 0,1, 0,15, 0,2, 0,25, 0,3, 0,35, 0,4, 0,45, 0,5, 0,55, 0,6, 0,7, 0,75, 0,8, 0,85, 0,9 ou 0,95.
[00102] Com relação às pontuações MIC, um ponto de corte com base nessa pontuação pode ser usado para definir micro-organismos úteis e não úteis no que diz respeito à melhoria de características específicas. O ponto em que os dados apontam em uma curva faz a transição de uma escala de log para uma escala linear (com relação à inclinação) é o ponto de inflexão. Organismos com pontuação MIC abaixo do ponto de inflexão geralmente não são úteis, enquanto os organismos com pontuação MIC acima do ponto de inflexão são geralmente úteis, pois se refere à característica específica que está sendo avaliada para a pontuação MIC.
[00103] Com base no resultado da análise de rede, as cepas ativas são selecionadas para a preparação de produtos (por exemplo, conjuntos, agregados e/ou outros agrupamentos sintéticos) contendo as cepas selecionadas. O resultado da análise de rede também pode ser usado para informar a seleção de cepas para testes adicionais de composição do produto, como visto na FIG. 2, 2010.
[00104] O uso de limites é discutido anteriormente para análises e determinações. Os limites podem ser, dependendo da implementação e aplicação: (1) determinados empiricamente (por exemplo, com base nos níveis de distribuição, definindo um ponto de corte em um número que remova uma parte específica ou significativa das leituras de baixo nível); (2) qualquer valor diferente de zero; (3) baseado no percentual / percentil; (4) somente cepas cuja leitura normalizada do segundo marcador (ou seja, atividade) é maior que a leitura normalizada do primeiro marcador (contagem de células); (5) mudança log2 entre atividade e quantidade ou contagem de células; (6) as leituras normalizadas do segundo marcador (atividade) são maiores que as leituras médias do segundo marcador (atividade) para toda a amostra (e/ou conjunto de amostras); e/ou qualquer limite de magnitude descrito anteriormente, além de um limite estatístico (isto é, teste de significância). O exemplo a seguir fornece detalhes de limite para distribuições de medições de segundo marcador baseado em RNA em relação a medições do primeiro marcador baseado em DNA, de acordo com uma modalidade.
[00105] Como usado aqui, "estável em prateleira" refere-se a um atributo funcional e nova utilidade adquirida pelos micróbios formulados de acordo com a divulgação, que permitem que esses micróbios existam em um estado útil / ativo fora de seu ambiente natural no trato gastrointestinal (ou seja, um característica marcadamente diferente). Assim, estável em prateleira é um atributo funcional criado pelas formulações / composições da divulgação e denota que o micróbio formulado em uma composição estável em prateleira pode existir fora do trato gastrointestinal e sob condições ambientais por um período de tempo que pode ser determinado dependendo na formulação particular utilizada, mas em geral significa que os micróbios podem ser formulados para existir em uma composição que é estável em condições ambientais por pelo menos alguns dias e geralmente pelo menos uma semana. Por conseguinte, um "suplemento de aves estável em prateleira" é uma composição compreendendo um ou mais micróbios da divulgação, os referidos micróbios formulados em uma composição, de modo que a composição seja estável em condições ambientais por pelo menos uma semana, significando que os micróbios compreendidos em a composição (por exemplo, célula inteira, esporo ou célula lisada) é capaz de conferir uma ou mais propriedades fenotípicas benéficas às aves quando administradas (por exemplo , ganho de peso aumentado, densidade aumentada de casca de ovo, melhora da saúde gastrointestinal e/ou modulação do microbioma gastrointestinal)
[00106] Em aspectos, a espécie microbiana mencionada anteriormente - ou seja, uma população microbiana purificada que compreende uma bactéria com uma sequência de ácido nucleico 16S e/ou fungos com uma sequência de ácido nucleico ITS, que é pelo menos cerca de 97% idêntica a uma sequência de ácido nucleico selecionada do grupo que consiste em: SEQ ID NOs: 1-387 - são membros de um grupo Markush, pois a presente divulgação ilustra que os membros pertencem a uma classe de micróbios caracterizados por vários atributos físicos e funcionais, que podem incluir qualquer um dos o seguinte: a) a capacidade de converter uma fonte de carbono em um ácido graxo volátil, como acetato, butirato, propionato ou combinações dos mesmos; b) a capacidade de degradar uma fonte de carbono solúvel ou insolúvel; c) a capacidade de conferir um aumento no ganho de peso às aves domésticas administradas com o(s) micróbio(s); d) a capacidade de modular o microbioma do trato gastrointestinal de aves de administradas com o micróbio; e) a capacidade de ser formulado em uma composição estável em prateleira; f) a capacidade de exibir uma diminuição na taxa de conversão alimentar em aves após a administração do(s) micróbio(s); g) a capacidade de transmitir uma diminuição na formação de lesões associadas a patógenos no trato gastrointestinal; h) a capacidade de transmitir uma diminuição de micróbios patogênicos no trato gastrointestinal; e/ou i) possuir uma pontuação MIC de pelo menos cerca de 0,2 se uma bactéria e possuir uma pontuação MIC de pelo menos cerca de 0,2 se um fungo. Assim, os membros do grupo Markush possuem pelo menos uma propriedade em comum, que pode ser responsável por sua função no relacionamento reivindicado.
[00107] Em algumas modalidades, as cepas microbianas isoladas da presente divulgação abrangem ainda seus mutantes. Em algumas modalidades, a presente divulgação contempla ainda cepas microbianas com todas as características de identificação das cepas microbianas atualmente divulgadas. Micróbios isolados
[00108] Em alguns aspectos, a presente divulgação fornece micróbios isolados, incluindo novas cepas de micróbios, apresentados na Tabela 1 e Tabela 3.
[00109] Em outros aspectos, a presente divulgação fornece culturas microbianas inteiras isoladas dos micróbios identificados na Tabela 1 e Tabela 3. Essas culturas podem compreender micróbios em várias concentrações.
[00110] Em alguns aspectos, a divulgação prevê a utilização de um ou mais micróbios selecionados da Tabela 1 e Tabela 3 para aumentar uma característica fenotípica de interesse em aves.
[00111] Em algumas modalidades, a divulgação fornece espécies microbianas isoladas pertencentes a famílias taxonômicas de Lactobacillaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, Peptostreptococcaceae, Streptosporangiaceae, Leuconostocaceae, Microbacteriaceae, Micromonosporaceae, Clostridiaceae, Pseudomonadaceae, Streptococcaceae, Bacillaceae, Bacteroidaceae, Nectriaceae, Corynebacteriaceae, Rhodobacteraceae, e Hypocreaceae.
[0112] Em outras modalidades, as espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas de gêneros da família Lactobacillaceae, incluindo Lactobacillus, Pediococcus, Paralactobacillus e Sharpea.
[0113] Em outras modalidades, as espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas de gêneros da família Lachnospiraceae, incluindo Butyrivibrio, Roseburia, Lachnospira, Acetitomaculum, Coprococcus, Johnsonella, Catonella, Pseudobutyrivibrio, Syntrophococcus, Sporobacterium, Parasporobacterium, Lachnobacterium, Shuttleworthia, Dorea, Anaerostipes, Hespellia, Marvinbryantia, Oribacterium, Moryella, Blautia, Robinsoniella, Cellulosilyticum, Lachnoanaerobaculum, Stomatobaculum, Fusicatenibacter, Acetatifactor, and Eisenbergiella.
[0114] Em outras modalidades, espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Ruminococcaceae, incluindo Ruminococcus, Acetivibrio, Sporobacter, Anaerofilium, Papillibacter, Oscillospira, Gemmiger, Faecalibacterium,
Fastidiosipila, Anaerotruncus, Ethanolingenens, Acetanaerobacterium, Subdoligranulum, Hydrogenoanaerobacterium, e Candidadus Soleaferrea.
[0115] Em outras modalidades, espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Peptostreptococcaceae, incluindo Anaerosphaera, Filifactor, Peptostreptococcus, Sporacetigenium, e Tepidibacter.
[0116] Em outras modalidades, espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Streptosporangiaceae, incluindo Acrocarpospora, Herbidospora, Microbispora, Microtetraspora, Nonomuraea, Planobispora, Planomonospora, Planotetraspora, Sphaerisporangium, Streptosporangium, Thermoactinospora, Thermocatellispora, e Thermopolyspora.
[0117] Em outras modalidades, espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Leuconostocaceae, incluindo Fructobacillus, Leuconostoc, Oenococcus e Weissella.
[0118] Em outras modalidades, as espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Microbacteriaceae , incluindo Agreia, Agrococcus, Agromyces, Alpinomonas, Amnibacterium, Aureobacterium, Chryseoglobus, Clavibacter, Compostimonas, Cryobacterium, Curtobacterium, Diaminobutyricimonas, Frigoribacterium, Frondihabitans, Glacibacter, Gryllotalpicola, Gulosibacter, Herbiconiux, Homoserinimonas, Humibacter, Klugiella, Labedella, Leifsonia, Leucobacter, Lysinimonas, Marisediminicola, Microbacterium, Microcella, Microterricola, Mycetocola, Okibacterium, Phycicola, Plantibacter, Pontimonas, Pseudoclavibacter, Rathayibacter, Rhodoglobus, Salinibacterium, Schumanella, Subtercola, Yonghaparkia, e Zimmermannella.
[0119] Em outras modalidades, espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Micromonosporaceae, incluindo Actinaurispora, Actinocatenispora, Actinoplanes, Allocatelliglobosispora, Amorphosporangium, Ampullariella, Asanoa, Catelliglobosispora, Catenuloplanes, Couchioplanes, Houchond, Kouchenoplanes, Jacamalosis, Couchioplanes, Jacamalosis Phytohabitans, Phytomonospora, Pilimelia, Planopolyspora, Planosporangium, Plantactinospora, Polymorphospora, Pseudosporangium, Rugosimonospora, Salinispora, Spirilliplanes, Verrucosispora, Virgisporangium e Xiangella.
[0120] Em outras modalidades, espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Clostridiaceae, incluindo Acetanaerobacterium, Acetivibrio, Acidaminobacter, Alkaliphilus, Anaerobacter, Anaerostipes, Anaerotruncus, Anoxynatronum, Bryantella, Butyricicoccus, Caldanaerocella, Caloramator, Caloranaerobacter, Caminicella, Candidatus Arthromitus, Clostridium, Coprobacillus, Ethanologenbacterium, Faecalibacterium, Garciella, Guggenheimella, Hespellia, Linmingia, Natronincola, Oxobacter, Parasporobacterium, Sarcina, Soehngenia, Sporobacter, Subdoligranulum, Tepidibacter, Tepidimicrobium, Thermobrachium, Thermohalobacter, e Tindallia.
[0121] Em outras modalidades, espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Pseudomonadaceae, incluindo Acomonas, Azomonotrichon, Azorhizophilus, Azotobacter, Chryseomonas, Flavimonas, Mesophilobacter, Permianibacter, Pseudomonas, Rhizobacter, Rugamonas, Serpens, e Thiopseudomonas.
[0122] Em outras modalidades, espécies microbianas isoladas podem ser selecionadas a partir de gêneros da família Nectriaceae, incluindo Albonectria, Allonectella, Calonectria, Calostilbe, Calostilbella, Campylocarpon, Corallomycetella, Cosmospora, Cylindrocarpon, Cylindrocladiella, Cylindrocladium, Fusarium, Fusicolla, Gibberella, Glionectria, Haematonectria, Lanatonectria, Leuconectria, Nectria, Necticladiella, Neocosmoprora, Neonectria, Ophionectria, Pleogibberella, Pseudonectria, Rubrinectria, Stalagmites, Tubercularia, Viridispora, Xenocalonectria, Xenonectriella, e Zythiostroma.
[0123] Em algumas modalidades, a divulgação fornece espécies microbianas isoladas pertencentes a gêneros de: Hypocreaceae, incluindo Aphysiostroma, Cladobotryum, Gliocladium, Hypocrea, Hipocreopsis, Hypomyces, Mycogone, Nectria, Podostroma, Protocrea, Rogersonia, Sarawakuser, Sepedonium, Spidemio e Trichoderma.
[0124] Em algumas modalidades, um ou mais micróbios de taxa aqui divulgados são utilizados para conferir uma ou mais propriedades benéficas ou características aprimoradas à produção de aves.
[0125] Além disso, a divulgação se refere a micróbios com características substancialmente semelhantes às de um micróbio identificado na Tabela 1 e/ou Tabela 3.
[0126] As espécies microbianas isoladas e as novas cepas das referidas espécies, identificadas na presente divulgação, são capazes de conferir propriedades ou características benéficas à produção de aves.
[0127] Por exemplo, os micróbios isolados descritos na Tabela 1 e Tabela 3, ou bioconjuntos dos referidos micróbios, são capazes de aumentar a eficiência alimentar. O aumento pode ser medido quantitativamente, por exemplo, medindo o efeito que a referida aplicação microbiana tem sobre a modulação da eficiência alimentar. Em algumas modalidades, a eficiência alimentar é representada pela taxa de conversão alimentar, que é calculada medindo a produção animal desejável produzida por libra de alimento consumido. No que diz respeito às aves, o resultado desejável é tipicamente libras de carne produzidas por libra de alimento consumido.
[0128] Em algumas modalidades, as cepas microbianas isoladas são micróbios da presente divulgação que foram geneticamente modificados. Em algumas modalidades, os micróbios geneticamente modificados ou recombinantes compreendem sequências polinucleotídicas que não ocorrem naturalmente nos referidos micróbios. Em algumas modalidades, os micróbios podem compreender polinucleotídeos heterólogos. Em outras modalidades, os polinucleotídeos heterólogos podem ser operacionalmente ligados a um ou mais polinucleotídeos nativos para os micróbios. Em algumas modalidades, as cepas microbianas isoladas da presente divulgação abrangem ainda seus mutantes. Em algumas modalidades, a presente divulgação contempla ainda cepas microbianas com todas as características de identificação das cepas microbianas atualmente divulgadas.
[0129] Em algumas modalidades, os polinucleotídeos heterólogos podem ser genes repórteres ou marcadores selecionáveis. Em algumas modalidades, os genes repórteres podem ser selecionados a partir de qualquer família de proteínas de fluorescência (por exemplo, GFP, RFP, YFP e similares), β-galactosidase, luciferase. Em algumas modalidades, marcadores selecionáveis podem ser selecionados a partir de neomicina fosfotransferase, higromicina fosfotransferase, aminoglicosídeo adeniltransferase, di-hidrofolato redutase, acetolactase sintase, bromoxinil nitrilase, β-glucuronidase, di-hidrogolol-redutase e clorafenicol acetiltransferase. Em algumas modalidades, o polinucleotídeo heterólogo pode estar operacionalmente ligado a um ou mais promotores.
[0130] Em algumas modalidades, as cepas microbianas isoladas expressam enzimas transgênicas ou nativas selecionadas a partir de celulases (endocelulases, exocelulases,
glucosidases), pectinases, amilases, amilopectinases, ligninases e fitaseses
[0131] Em algumas modalidades, não se sabe que as espécies dos táxons fornecidas na Tabela 4 foram utilizadas em composições para administração a animais.
[0132] Tabela 4: Táxon (principalmente Gêneros) da presente divulgação que não se sabe ter sido utilizada na agricultura animal. Corynebacterium Verrucosispora Clostridium XlVa Clostridium Clostridium XI Blautia Faecalibacterium Pseudomonas Hydrogenoanaerobacterium Sporobacter Acrocarpospora Clostridium III Subdoligranulum Paracoccus Leuconostoc Cellulosilyticum Lachnospiracea Ruminococcus Anaerofilum Roseburia Microbacterium Clostridium XlVb Verrucosispora Bacteroides Bioconjuntos microbianos
[0133] Em alguns aspectos, a divulgação fornece bioconjuntos microbianos compreendendo uma combinação de pelo menos dois micróbios selecionados entre os micróbios identificados na Tabela 1 e Tabela 3.
[0134] Em certas modalidades, os bioconjuntos da presente divulgação compreendem dois micróbios, ou três micróbios, ou quatro micróbios, ou cinco micróbios, ou seis micróbios, ou sete micróbios, ou oito micróbios, ou nove micróbios, ou nove micróbios, ou dez ou mais micróbios. Os referidos micróbios dos bioconjuntos são espécies microbianas diferentes ou cepas diferentes de uma espécie microbiana.
[0135] Em algumas modalidades, a divulgação fornece bioconjuntos, compreendendo: pelo menos uma ou pelo menos duas espécies microbianas isoladas pertencentes a gêneros de: Lactobacillus, Clostridium, Faecalibacter, Hydrogenoanaerobacterium, Acrocarpospora,
Bacillus, Subdoligranulum, Leuconostoc, Lachnospiracea, Anaerofilum, Microbacterium, Verrucosispora, Anaerofilum, Blautia, Pseudomonas, Sporobacter, Corynebacterium, Streptococcus, Paracoccus, Cellulosilyticum, Ruminococcus, Rosebura, Bacteroides, Filobasidium, Gibberella, Alatospora, Pichia, e Candida. Novas cepas particulares de espécies desses gêneros mencionados anteriormente podem ser encontradas na Tabela 1 e na Tabela 3.
[0136] Em algumas modalidades, a divulgação fornece bioconjuntos, compreendendo: pelo menos uma ou pelo menos duas espécies microbianas isoladas pertencentes à família de: Lactobacillaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, Peptostreptococcaceae, Streptosporangiaceae, Leuconostocaceae, Microbacteriaceae, Micromonosideaudea, Micromonosideaidea, Micromonosideaidea, Micromonosideaidea Hipocreaceae; em que Lachnospiraceae pode ser ainda mais específica para os grupos de Clostridium XIVa e XIVb; e em que Peptostreptococcaceae pode ser ainda mais específico ao grupo XI de Clostridium. Novas cepas particulares de espécies desses gêneros mencionados anteriormente podem ser encontradas na Tabela 1 e na Tabela 3.
[0137] Em aspectos particulares, a divulgação fornece bioconjuntos microbianos, compreendendo as espécies agrupadas nas Tabelas 5-11. Com relação às Tabelas 5-11, as letras A a I representam uma seleção não limitativa de micróbios da presente divulgação, definida como:
[0138] A = Designação da cepa Ascusbbr_578 identificada na Tabela 1;
[0139] B = Designação da cepa Ascusbbr_1436 identificada na Tabela 1;
[0140] C = Designação da cepa Ascusbbr_33B identificada na Tabela 1;
[0141] D = Designação da cepa Ascusbbr_409 identificada na Tabela 1;
[0142] E = Designação da cepa Ascusbbr_185064 identificada na Tabela 1;
[0143] F = Designação da cepa Ascusbbr_5796 identificada na Tabela 1;
[0144] G = Designação da cepa Ascusbbr_105932 identificada na Tabela 1;
[0145] H = Designação da cepa Ascusbbr_4729 identificada na Tabela 1; e
[0146] I = Designação da cepa Ascusbbr_2676 identificada na Tabela 1. Tabela 5: Bioconjuntos de oito e nove cepas A,B,C,D,E,F,G,H A,B,C,D,E,F,G,I A,B,C,D,E,F,H,I A,B,C,D,E,G,H,I A,B,C,D,F,G,H,I A,B,C,E,F,G,H,I
A,B,D,E,F,G,H,I A,C,D,E,F,G,H,I B,C,D,E,F,G,H,I A,B,C,D,E,F,G,H,I Tabela 6: Bioconjuntos de sete cepas A,B,C,D,E,F,G A,B,C,D,E,F,H A,B,C,D,E,F,I A,B,C,D,E,G,H A,B,C,D,E,G,I A,B,C,D,E,H,I A,B,C,D,F,G,H A,B,C,D,F,G,I A,B,C,D,F,H,I A,B,C,D,G,H,I A,B,C,E,F,G,H A,B,C,E,F,G,I A,B,C,E,F,H,I A,B,C,E,G,H,I A,B,C,F,G,H,I A,B,D,E,F,G,H A,B,D,E,F,G,I A,B,D,E,F,H,I A,B,D,E,G,H,I A,B,D,F,G,H,I A,B,E,F,G,H,I A,C,D,E,F,G,H A,C,D,E,F,G,I A,C,D,E,F,H,I A,C,D,E,G,H,I A,C,D,F,G,H,I A,C,E,F,G,H,I A,D,E,F,G,H,I B,C,D,E,F,G,H B,C,D,E,F,G,I B,C,D,E,F,H,I B,C,D,E,G,H,I B,C,D,F,G,H,I B,C,E,F,G,H,I B,D,E,F,G,H,I C,D,E,F,G,H,I Tabela 7: Bioconjuntos de seis cepas A,B,C,D,E, A,B,C,D,F, A,B,C,D,E,F A,B,C,D,E,H A,B,C,D,E,I A,B,C,D,F,H A,B,C,D,F,I
G G A,B,C,D,G, A,B,C,E,G, A,B,C,D,G,I A,B,C,D,H,I A,B,C,E,F,G A,B,C,E,F,H A,B,C,E,F,I H H A,B,D,E,F, A,B,C,E,G,I A,B,C,E,H,I A,B,C,F,G,H A,B,C,F,G,I A,B,C,F,H,I A,B,C,G,H,I G A,B,D,E,G, A,B,D,F,G, A,B,D,E,F,H A,B,D,E,F,I A,B,D,E,G,I A,B,D,E,H,I A,B,D,F,G,I H H A,B,E,F,G, D,E,F,G,H,I C,E,F,G,H,I A,B,D,F,H,I A,B,D,G,H,I A,B,E,F,G,I A,B,E,F,H,I H A,C,D,E,G, A,B,E,G,H,I A,B,F,G,H,I A,C,D,E,F,G A,C,D,E,F,H A,C,D,E,F,I A,C,D,E,G,I H A,C,D,F,G, A,C,D,E,H,I A,C,D,F,G,I A,C,D,F,H,I A,C,D,G,H,I A,C,E,F,G,H A,C,E,F,G,I H A,D,E,F,G, A,C,E,F,H,I A,C,E,G,H,I A,C,F,G,H,I A,D,E,F,G,I A,D,E,F,H,I A,D,E,G,H,I H A,D,F,G,H,I A,E,F,G,H,I B,C,D,E,F,G B,C,D,E,F,H B,C,D,E,F,I B,C,D,E,G, B,C,D,E,G,I H B,C,D,F,G, B,C,D,E,H,I B,C,D,F,G,I B,C,D,F,H,I B,C,D,G,H,I B,C,E,F,G,H B,C,E,F,G,I H B,D,E,F,G, B,C,E,F,H,I B,C,E,G,H,I B,C,F,G,H,I B,D,E,F,G,I B,D,E,F,H,I B,D,E,G,H,I
H B,D,F,G,H,I B,E,F,G,H,I C,D,E,F,G,H C,D,E,F,G,I C,D,E,F,H,I C,D,E,G,H,I C,D,F,G,H,I Tabela 8: Bioconjuntosde cindo cepas A,B,C,D, A,B,C,D,E A,B,C,D,F A,B,C,D,H A,B,C,D,I A,B,C,E,F A,B,C,E,G A,B,C,E,H
G A,B,C,G, A,B,C,F,H A,B,C,F,G A,B,C,F,I A,B,C,G,I A,B,C,H,I A,B,D,E,F A,B,D,E,G H A,B,D,G, A,B,D,E,I A,B,D,F,G A,B,D,F,H A,B,D,F,I A,B,D,G,I A,B,D,H,I A,B,E,F,G H A,B,E,G, A,B,E,F,I A,B,E,G,I A,B,E,H,I A,B,F,G,H A,B,F,G,I A,B,F,H,I A,B,G,H,I H A,C,D,G, A,C,D,E,G A,C,D,E,H A,C,D,E,I A,C,D,F,G A,C,D,F,H A,C,D,F,I A,C,D,G,I H A,C,E,F,G A,C,E,F,H A,C,E,F,I A,C,E,G,H A,C,E,G,I A,C,E,H,I A,C,F,G,H A,C,F,G,I A,D,F,G, A,C,G,H,I A,D,E,F,G A,D,E,F,H A,D,E,F,I A,D,E,G,H A,D,E,G,I A,D,E,H,I H A,D,F,H,I A,D,G,H,I A,E,F,G,H A,E,F,G,I A,E,F,H,I A,E,G,H,I A,F,G,H,I B,C,D,E,F B,C,D,G, B,C,D,E,H B,C,D,E,I B,C,D,F,G B,C,D,F,H B,C,D,F,I B,C,D,G,I B,C,D,H,I H B,C,E,F,H B,C,E,F,I B,C,E,G,H B,C,E,G,I B,C,E,H,I B,C,F,G,H B,C,F,G,I B,C,F,H,I B,D,E,F,G B,D,E,F,H B,D,E,F,I B,D,E,G,H B,D,E,G,I B,D,E,H,I B,D,F,G,H B,D,F,G,I B,D,G,H,I B,E,F,G,H B,E,F,G,I B,E,F,H,I B,E,G,H,I B,F,G,H,I C,D,E,F,G C,D,E,F,H C,D,E,G, C,D,E,G,I C,D,E,H,I C,D,F,G,H C,D,F,G,I C,D,F,H,I C,D,G,H,I C,E,F,G,H
H C,E,F,H,I C,E,G,H,I C,F,G,H,I D,E,F,G,H D,E,F,G,I D,E,F,H,I D,E,G,H,I D,F,G,H,I A,B,C,E,I A,B,D,E,H A,B,E,F,H A,C,D,E,F A,C,D,H,I A,C,F,H,I A,D,F,G,I B,C,D,E,G B,C,E,F,G B,C,G,H,I B,D,F,H,I C,D,E,F,I C,E,F,G,I E,F,G,H,I Tabela 9: Bioconjuntos de quatro cepas A,B,C,D A,B,C,E A,B,C,F A,B,C,G A,B,C,H A,B,C,I A,B,D,E A,B,D,F D,G,H,I A,B,D,G A,B,D,H A,B,D,I A,B,E,F A,B,E,G A,B,E,H A,B,E,I A,B,F,G E,F,G,H A,B,F,H A,D,F,H A,D,F,I A,D,G,H A,D,G,I A,D,H,I A,E,F,G A,E,F,H E,F,G,I A,B,F,I A,B,G,H A,B,G,I A,B,H,I A,C,D,E A,C,D,F A,C,D,G A,C,D,H E,F,H,I A,C,D,I A,C,E,F A,C,E,G A,C,E,H A,C,E,I A,C,F,G A,C,F,H A,C,F,I E,G,H,I A,C,G,H A,C,G,I A,C,H,I A,D,E,F A,D,E,G A,D,E,H A,D,E,I A,D,F,G F,G,H,I A,E,F,I A,E,G,H A,E,G,I A,E,H,I A,F,G,H A,F,G,I A,F,H,I A,G,H,I D,E,F,H B,C,D,E B,C,D,F B,C,D,G B,C,D,H B,C,D,I B,C,E,F B,C,E,G B,C,E,H D,E,F,I B,C,E,I B,C,F,G B,C,F,H B,C,F,I B,C,G,H B,C,G,I B,C,H,I B,D,E,F D,E,G,H B,D,E,G B,D,E,H B,D,E,I B,D,F,G B,D,F,H B,D,F,I B,D,G,H B,D,G,I D,E,G,I B,D,H,I B,E,F,G B,E,F,H B,E,F,I B,E,G,H B,E,G,I B,E,H,I B,F,G,H D,E,H,I B,F,G,I B,F,H,I B,G,H,I C,D,E,F C,D,E,G C,D,E,H C,D,E,I C,D,F,G D,F,G,H C,D,F,H C,D,F,I C,D,G,H C,D,G,I C,D,H,I C,E,F,G C,E,F,H C,E,F,I D,F,G,I C,E,G,H C,E,G,I C,E,H,I C,F,G,H C,F,G,I C,F,H,I C,G,H,I D,E,F,G D,F,H,I Tabela 10: Bioconjuntosde três cepas A,B,C A,B,D A,B,E A,B,F A,B,G A,B,H A,B,I A,C,D A,C,E G,H,I E,F,H A,C,F A,C,G A,C,H A,C,I A,D,E A,D,F A,D,G A,D,H A,D,I F,H,I E,F,G A,E,F A,E,G A,E,H A,E,I A,F,G A,F,H A,F,I A,G,H A,G,I F,G,I D,H,I A,H,I B,C,D B,C,E B,C,F B,C,G B,C,H B,C,I B,D,E B,D,F F,G,H D,G,I B,D,G B,D,H B,D,I B,E,F B,E,G B,E,H B,E,I B,F,G B,F,H E,H,I E,F,I B,F,I B,G,H B,G,I B,H,I C,D,E C,D,F C,D,G C,D,H C,D,I E,G,I D,G,H
C,E,F C,E,G C,E,H C,E,I C,F,G C,F,H C,F,I C,G,H C,G,I E,G,H D,F,I C,H,I D,E,F D,E,G D,E,H D,E,I D,F,G D,F,H Tabela 11: Bioconjuntosde duas cepas A,B A,C A,D A,E A,F A,G A,H A,I B,C B,D B,E B,F B,G B,H B,I C,D C,E C,F C,G C,H C,I D,E D,F D,G D,H D,I E,F E,G E,H E, I F,G F,H F,I G,H G,I H,I
[0147] Em algumas modalidades, os bioconjuntos microbianos podem ser selecionados de qualquer grupo de membros das Tabelas 5-11.
Micróbios isolados - material de origem
[0148] Os micróbios da presente divulgação foram obtidos, entre outros locais, em vários locais nos Estados Unidos do trato gastrointestinal de aves.
Micróbios isolados - técnicas de cultura microbiana
[0149] Os micróbios da Tabela 1 e da Tabela 3 foram comparados com os grupos taxonômicos mais próximos, utilizando ferramentas de classificação do Ribosomal Database Project (RDP) para sequências de rRNA 16s e o banco de dados Nordic ITS Ectomycorrhiza (UNITE) de fácil utilização para sequências de rRNA ITS. Exemplos de micróbios correspondentes aos seus táxons mais próximos podem ser encontrados em Lan et al. (2012. PLOS one. 7 (3): e32491), Schloss e Westcott (2011. Appl. Environ. Microbiol. 77 (10): 3219- 3226) e Koljalg et al. (2005. New Phytologist. 166 (3): 1063-1068).
[0150] O isolamento, identificação e cultura dos micróbios da presente divulgação podem ser efetuados usando técnicas microbiológicas padrão. Exemplos de tais técnicas podem ser encontrados em Gerhardt, P. (ed.) Métodos para Microbiologia Geral e Molecular. American Society for Microbiology, Washington, D.C. (1994) and Lennette, E. H. (ed.) Manual of Clinical Microbiology, Terceira Edição American Society for Microbiology, Washington, D.C. (1980), cada um dos quais é incorporado por referência.
[0151] O isolamento pode ser efetuado estriando a amostra em meio sólido (por exemplo, placas de ágar de nutrientes) para obter uma única colônia, caracterizada pelas características fenotípicas descritas anteriormente (por exemplo, Gram positivo / negativo, capazes de formar esporos aeróbica / anaerobicamente, morfologia celular, metabolismo das fontes de carbono, produção de ácido / base, secreção de enzimas, secreções metabólicas, etc.) e reduzir a probabilidade de trabalhar com uma cultura contaminada.
[0152] Por exemplo, para os micróbios da divulgação, os isolados biologicamente puros podem ser obtidos através de subcultura repetida de amostras biológicas, cada subcultura seguida de estrias em meios sólidos para obter colônias individuais ou unidades formadoras de colônias. Os métodos de preparação, descongelação e crescimento de bactérias liofilizadas são comumente conhecidos, por exemplo, Gherna, R.L. e C.A. Reddy. 2007. Culture Preservation, p 1019-1033. In C. A. Reddy, T. J. Beveridge, J. A. Breznak, G. A. Marzluf, T. M. Schmidt, e L. R. Snyder, eds. American Society for Microbiology, Washington, D.C., 1033 páginas; aqui incorporado por referência. Assim, formulações líquidas e culturas armazenadas liofilizadas em longo prazo a -70 °C em soluções contendo glicerol são contempladas para uso no fornecimento de formulações da presente divulgação.
[0153] Os micróbios da divulgação podem ser propagados em um meio líquido sob condições aeróbicas, ou alternativamente condições anaeróbicas. O meio para o crescimento das cepas bacterianas da presente divulgação inclui uma fonte de carbono, uma fonte de nitrogênio e sais inorgânicos, assim como substâncias especialmente necessárias, tal como vitaminas, aminoácidos, ácidos nucleicos e semelhantes. Exemplos de fontes de carbono adequadas que podem ser utilizadas para cultivar os micróbios incluem, mas não estão limitados a, amido, peptona, extrato de levedura, aminoácidos, açúcares como glicose, arabinose, manose, glucosamina, maltose e similares; sais de ácidos orgânicos como ácido acético, ácido fumárico, ácido adípico, ácido propiônico, ácido cítrico, ácido glucônico, ácido málico, ácido pirúvico, ácido malônico e similares; álcoois como etanol e glicerol e similares; óleo ou gordura, como óleo de soja, óleo de farelo de arroz, azeite, óleo de milho, óleo de gergelim. A quantidade da fonte de carbono adicionada varia de acordo com o tipo de fonte de carbono e está tipicamente entre 1 a 100 gramas por litro de meio. Preferivelmente, glicose, amido e/ou peptona estão contidos no meio como uma principal fonte de carbono, a uma concentração de 0,1-5% (p / v). Exemplos de fontes de nitrogênio adequadas que podem ser usadas para o crescimento das cepas bacterianas da presente divulgação incluem, mas não estão limitados a, aminoácidos, extrato de levedura, triptona, extrato de carne bovina, peptona, nitrato de potássio, nitrato de amônio, cloreto de amônio, sulfato de amônio, fosfato de amônio, amônia ou combinações dos mesmos. A quantidade de fonte de nitrogênio varia de acordo com o tipo de fonte de nitrogênio, normalmente entre 0,1 e 30 gramas por litro de meio. Os sais inorgânicos, di-hidrogenofosfato de potássio, hidrogenofosfato de dipotássio, hidrogenofosfato dissódico, sulfato de magnésio, cloreto de magnésio, sulfato férrico, sulfato ferroso, cloreto férrico, cloreto ferroso, sulfato manganoso, cloreto manganoso, sulfato de zinco, cloreto de zinco, sulfato cúprico, cálcio cloreto, cloreto de sódio, carbonato de cálcio, carbonato de sódio podem ser usados sozinhos ou em combinação. A quantidade de ácido inorgânico varia de acordo com o tipo de sal inorgânico, tipicamente entre 0,001 e 10 gramas por litro de meio. Exemplos de substâncias especialmente necessárias incluem, mas não estão limitados a, vitaminas, ácidos nucleicos, extrato de levedura, peptona, extrato de carne, extrato de malte, levedura seca e combinações dos mesmos. O cultivo pode ser realizado a uma temperatura que permite o crescimento das cepas microbianas, essencialmente, entre 20 °C e 46 °C. Em alguns aspectos, uma faixa de temperatura é de 30 °C a 39 °C. Para um crescimento ideal, em algumas modalidades, o meio pode ser ajustado para pH 6,0-7,4. Deve-se compreender que os meios disponíveis comercialmente também podem ser utilizados para cultivar as cepas microbianas, como Caldo Nutriente ou Ágar Nutriente disponível em Difco, Detroit, MI. Será compreendido que o tempo de cultivo pode diferir dependendo do tipo de meio de cultura utilizado e da concentração de açúcar como principal fonte de carbono.
[0154] Em alguns aspectos, o cultivo dura entre 24 e 96 horas. As células microbianas assim obtidas são isoladas usando métodos, que são bem conhecidos na técnica. Os exemplos incluem, mas não estão limitados a, filtração por membrana e separação centrífuga. O pH pode ser ajustado usando hidróxido de sódio e semelhantes e a cultura pode ser seca usando um secador por congelamento, até que o teor de água se torne igual a 4% ou menos. As coculturas microbianas podem ser obtidas propagando cada cepa como descrito anteriormente. Em alguns aspectos, as culturas microbianas de múltiplas cepas podem ser obtidas propagando duas ou mais das cepas descritas anteriormente. Será compreendido que as cepas microbianas podem ser cultivadas em conjunto quando condições de cultura compatíveis podem ser empregadas.
Micróbios isolados - Cepas microbianas
[0155] Os micróbios podem ser distinguidos em um gênero baseado na taxonomia polifásica, que incorpora todos os dados fenotípicos e genotípicos disponíveis em uma classificação de consenso (Vandamme et al. 1996. Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics. Microbiol Rev 1996, 60:407-438). Um método genotípico aceito para definir espécies baseia-se na relação genômica geral, de modo que cepas que compartilham aproximadamente 70% ou mais de parentesco usando hibridação DNA-DNA, com 5 ° C ou menos ΔTm (a diferença na temperatura de fusão entre híbridos homólogos e heterólogos), em condições padrão, são considerados membros da mesma espécie. Assim, populações que compartilham mais que o limiar de 70% mencionado anteriormente podem ser consideradas variantes da mesma espécie. Outro método genotípico aceito para definir espécies é isolar genes marcadores da presente divulgação, sequenciar esses genes e alinhar esses genes sequenciados a partir de múltiplos isolados ou variantes. Os micróbios são interpretados como pertencentes à mesma espécie se um ou mais genes sequenciados compartilharem pelo menos 97% de identidade de sequência.
[0156] As sequências de rRNA 16S ou 18S ou sequências de ITS são frequentemente usadas para fazer distinções entre espécies e cepas, pois se uma das sequências mencionadas compartilhar menos que uma% de identidade de sequência especificada de uma sequência de referência, os dois organismos dos quais as sequências foram obtidas são tidos como de diferentes espécies ou cepas.
[0157] Assim, pode-se considerar que os micróbios são da mesma espécie se compartilharem pelo menos 94,5%, 95%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência na sequência de rRNA 16S ou 18S ou na sequência de ITS1 ou ITS2.
[0158] Além disso, pode-se definir cepas microbianas de uma espécie, como as que compartilham pelo menos 94,5%, 95%, 97%, 98% ou 99% de identidade de sequência através da sequência de rRNA 16S ou 18S ou da sequência ITS1 ou ITS2.
[0159] Os identificadores de sequência da presente divulgação consistem nas SEQ ID NOs: 1-387. SEQ ID NOs: 1-50 e 59-387 são sequências polinucleotídicas bacterianas que codificam o rRNA 16S. SEQ ID NOs: 51-58 são sequências polinucleotídicas fúngicas que codificam sequências ITS.
[0160] Em uma modalidade, as cepas microbianas da presente divulgação incluem as que compreendem sequências polinucleotídicas que compartilham pelo menos 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou 100% de identidade de sequência com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 39, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 377, 378, 379, 380, 381, 382, 383, 384, 385, 386, e 387. Em uma modalidade adicional, as cepas microbianas da presente divulgação incluem as que compreendem sequências polinucleotídicas que compartilham pelo menos 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou 100% de identidade de sequência com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 -
387.
[0161] Também podem ser feitas comparações com sequências de 23S rRNA contra sequências de referência.
[0162] Os micróbios não cultiváveis geralmente não podem ser atribuídos a uma espécie definida na ausência de uma determinação de fenótipo, os micróbios podem receber uma designação candidatusdentro de um gênero, desde que suas sequências de 16S ou 18S rRNA ou sequências de ITS subscrevam os princípios de identidade com espécies conhecidas.
[0163] Uma abordagem é observar a distribuição de um grande número de cepas de espécies intimamente relacionadas no espaço de sequências e identificar grupos de cepas que são bem resolvidos por outros grupos. Essa abordagem foi desenvolvida usando as sequências concatenadas de múltiplos genes do núcleo (manutenção da casa) para avaliar os padrões de agrupamento, e foi denominada análise de sequência multilocus (MLSA) ou análise filogenética da sequência multilocus. A MLSA tem sido usada com sucesso para explorar padrões de agrupamento entre um grande número de cepas atribuídas a espécies muito intimamente relacionadas pelos métodos taxonômicos atuais, para observar as relações entre um pequeno número de cepas dentro de um gênero,ou dentro de um agrupamento taxonômico mais amplo, e para abordar questões taxonômicas específicas. De um modo mais geral, o método pode ser usado para perguntar se existem espécies bacterianas, isto é, para observar se grandes populações de cepas semelhantes caem invariavelmente em grupos bem resolvidos ou se, em alguns casos, existe um continuum genético no qual a separação clara em grupos não é observada.
[0164] Para determinar com mais precisão os gêneros, é feita uma determinação de características fenotípicas, como características morfológicas, bioquímicas e fisiológicas, para comparação com um arquétipo de gênero de referência. A morfologia da colônia pode incluir cor, forma, pigmentação, produção de lodo, etc. As características da célula são descritas como forma, tamanho, reação de Gram, material extracelular, presença de endosporos, presença e localização de flagelos, corpos de motilidade e inclusão. As características bioquímicas e fisiológicas descrevem o crescimento do organismo em diferentes faixas de temperatura, pH, salinidade e condições atmosféricas, crescimento na presença de diferentes fontes únicas de carbono e nitrogênio. Um versado na técnica seria razoavelmente informado quanto às características fenotípicas que definem os gêneros da presente divulgação.
[0165] Em uma modalidade, os micróbios aqui ensinados foram identificados utilizando sequências de genes 16S rRNA e sequências ITS. Sabe-se na técnica que o rRNA 16S contém regiões hipervariáveis que podem fornecer sequências de assinatura específicas de espécie / cepa úteis para identificação bacteriana e que as sequências ITS também podem fornecer sequências de assinatura específicas de espécie / cepa úteis para identificação de fungos.
[0166] A análise filogenética usando as sequências de genes de rRNA e/ou de ITS é usada para definir espécies "substancialmente semelhantes" pertencentes a gêneros comuns e também para definir cepas "substancialmente semelhantes" de uma dada espécie taxonômica. Além disso, as propriedades fisiológicas e/ou bioquímicas dos isolados podem ser utilizadas para destacar diferenças pequenas e significativas entre as cepas que podem levar a um comportamento vantajoso nas aves.
[0167] As composições da presente divulgação podem incluir combinações de esporos fúngicos e esporos bacterianos, esporos fúngicos e células vegetativas bacterianas, células vegetativas fúngicas e esporos bacterianos, células vegetativas fúngicas e células vegetativas bacterianas, células vegetativas fúngicas e esporos fúngicos e células vegetativas bacterianas e bacterianas esporos. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação compreendem bactérias apenas na forma de esporos. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação compreendem bactérias apenas na forma de células vegetativas. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação compreendem fungos apenas na forma de esporos. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação compreendem fungos apenas na forma de células vegetativas. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação compreendem bactérias na ausência de fungos. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação compreendem fungos na ausência de bactérias. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação compreendem bactérias e/ou fungos VBNC. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação incluem bactérias e/ou fungos latentes.
[0168] Os esporos bacterianos podem incluir endósporos e acinetos. Os esporos fúngicos podem incluir estatismosporos, balistosporos, autosporos, aplanosporos, zoósporos, mitósporos, megásporos, micrósporos, meiósporos, clamidósporos, urediniósporos, teliósporos, oósporos, carpósporos, tetrásporos, esporangiósporos, zigósporos, basidiósporos, ascósporos e asciósporos.
[0169] Em algumas modalidades, esporos da composição germinam após a administração a animais da presente divulgação. Em algumas modalidades, os esporos da composição germinam apenas após administração a animais da presente divulgação.
Composições Microbianas
[0170] Em algumas modalidades, os micróbios da divulgação são combinados em composições microbianas.
[0171] Em algumas modalidades, as composições microbianas incluem alimentos para aves, como cereais (cevada, milho, aveia e similares); amidos (tapioca e semelhantes); bolos de sementes oleaginosas; e resíduos vegetais. Em algumas modalidades, as composições microbianas incluem vitaminas, minerais, oligoelementos, emulsificantes, produtos aromatizantes, aglutinantes, corantes, odorantes, agentes espessantes e semelhantes. Em algumas modalidades, as composições microbianas incluem um ou mais de um ionóforo; vacina; antibiótico; anti-helmíntico; virucida; nematicida; aminoácidos tais como metionina, glicina e arginina; óleo de peixe; orégano; prebióticos; e moléculas biologicamente ativas, como enzimas.
[0172] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são sólidas. Nos casos em que são utilizadas composições sólidas, pode ser desejável incluir um ou mais materiais transportadores, incluindo, entre outros: minerais terrosos, tais como sílicas, talco, caulim, calcário, giz, argila, dolomita, terra de diatomáceas; sulfato de cálcio; sulfato de magnésio; óxido de magnésio; zeólitos, carbonato de cálcio; carbonato de magnésio; trealose; quitosana; goma-laca; albuminas; amido; leite em pó desnatado; soro de leite doce em pó; maltodextrina; lactose; inulina; dextrose; produtos de origem vegetal, como farinhas de cereais, farelo de casca de árvore, farelo de madeira e farelo de casca de noz; produtos compreendendo produtos alimentares típicos para aves, como milho moído, cevada, aveia e semelhantes.
[0173] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são líquidas. Em outras modalidades, o líquido compreende um solvente que pode incluir água ou um álcool ou uma solução salina ou carboidrato e outros solventes seguros para animais. Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação incluem ligantes, como polímeros seguros para animais, carboximetilcelulose, amido, álcool polivinílico e semelhantes.
[0174] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação compreendem agentes espessantes ou gelificantes, como sílica, argila, extratos naturais de sementes ou algas marinhas, derivados sintéticos de celulose, goma guar, goma alfarroba, alginatos e metilcelulose. Em algumas modalidades, as composições microbianas compreendem agentes antissedimentação, como amidos modificados, álcool polivinílico, goma xantana e semelhantes.
[0175] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação compreendem corantes incluindo cromóforos orgânicos classificados como nitroso; nitro; azo, incluindo monoazo, bisazo e polazo; acridina, antraquinona, azina, difenilmetano, indamina, indofenol, metina, oxazina, ftalocianina, tiazina, tiazol, triarilmetano, xanteno. Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação compreendem vestígios de nutrientes, como sais de ferro, manganês, boro, cobre, cobalto, molibdênio e zinco. Em algumas modalidades, as composições microbianas compreendem corantes tanto naturais quanto artificiais. Em algumas modalidades, o corante é de cor verde. Em algumas modalidades, o corante é de cor vermelha.
[0176] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação compreendem um virucida, bacteriocida ou nematicida seguro para animais.
[0177] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação compreendem sacarídeos (por exemplo, monossacarídeos, dissacarídeos, trissacarídeos, polissacarídeos, oligossacarídeos e semelhantes), sacarídeos poliméricos, lipídeos, lipídeos poliméricos, lipopolissacarídeos, proteínas, proteínas poliméricas, lipoproteínas, ácidos nucleicos, polímeros de ácido nucleico, sílica, sais inorgânicos e suas combinações. Em uma outra modalidade, as composições microbianas compreendem polímeros de ágar, agarose, gelrita e goma gelana, e semelhantes. Em algumas modalidades, as composições microbianas compreendem cápsulas plásticas, emulsões (por exemplo, água e óleo), membranas e membranas artificiais. Em algumas modalidades, emulsões ou soluções de polímeros ligadas podem compreender composições microbianas da presente divulgação. Ver Harel e Bennett (Patente US 8.460.726B2). Em uma modalidade, a composição microbiana compreende glicose. Em uma modalidade, as formulações da composição microbiana compreendem glicose.
[0178] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação compreendem um ou mais removedores de oxigênio, desnitrificadores, nitrificadores, quelantes de metais pesados e/ou desclorinizadores; e combinações dos mesmos. Em uma modalidade, os um ou mais removedores de oxigênio, desnitrificadores, nitrificadores, quelantes de metais pesados e/ou desclorinizadores não são quimicamente ativos quando as composições microbianas são misturadas com alimentos e/ou água a serem administrados às aves domésticas. Em uma modalidade, o um ou mais captadores de oxigênio, desnitrificadores, nitrificadores, quelantes de metais pesados e/ou desclorizadores não são quimicamente ativos quando administrados às aves.
[0179] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação ocorrem em uma forma sólida (por exemplo, esporos liofilizados dispersos) ou uma forma líquida (micróbios intercalados em um meio de armazenamento). Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são adicionadas na forma seca a um líquido para formar uma suspensão imediatamente antes da administração.
[0180] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação compreendem um ou mais conservantes. Os conservantes podem estar em formulações líquidas ou gasosas. Os conservantes podem ser selecionados de um ou mais monossacarídeos, dissacarídeos, trissacarídeos, polissacarídeos, ácido acético, ácido ascórbico, ascorbato de cálcio, ácido eritórbico, ácido iso-ascórbico, ácido eritróbico, nitrato de potássio, ascorbato de sódio, eritorbato de sódio, isoascorbato de sódio, nitrato de sódio, nitrito de sódio, nitrogênio, ácido benzoico, sorbato de cálcio, arginato de etil-lauroila, metil-p-hidroxibenzoato, metil parabeno, acetato de potássio, benzoato de potássio, bissulfito de potássio, diacetato de potássio, lactato de potássio, metabissulfito de potássio, sorbato de potássio, propil-p- hidroxibenzoato, propil parabeno, acetato de sódio, benzoato de sódio, bissulfito de sódio, nitrito de sódio, diacetato de sódio, lactato de sódio, metabissulfito de sódio, sal de sódio do ácido metil-p-hidroxibenzoico, sal de sódio do ácido propil-p-hidroxibenzoico, sulfato de sódio, sulfito de sódio, ditionito de sódio, ácido sulfuroso, propionato de cálcio, dicarbonato dimetílico, natamicina, sorbato de potássio, bissulfito de potássio, metabissulfito de potássio, ácido propiônico, diacetato de sódio, propionato de sódio, sorbato de sódio, ácido sórbico, ácido ascórbico, palmitato de ascorbila, estearato de ascorbila, hidroxianisol butilado, hidroxitolueno butilado (BHT), hidroxitolueno butilado (BHT), hidroxil anisol butilado (BHA), ácido cítrico, cítrico ésteres ácidos de mono- e/ou diglicerídeos, L-cisteína, cloridrato de L-cisteína, goma guaiacum, goma guaiac, lecitina, citrato de lecitina, citrato de monoglicerídeo, citrato de monoisopropila, galato de propila, metabissulfito de sódio, ácido tartárico, butil-hidroquinona terciária cloreto, ácido tiodipropiônico, dilauril tiodipropionato, distearil tiodipropionato, etoxiquina, dióxido de enxofre, ácido fórmico ou tocoferol(is).
[0181] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação incluem células bacterianas e/ou fúngicas na forma de esporos, forma celular vegetativa, forma celular latente e/ou forma lisada. Em uma modalidade, a forma de célula lisada atua como um aglutinante de micotoxinas, por exemplo, ligação de micotoxinas a células mortas.
[0182] Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira em um refrigerador (35-40 °F) por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 dias. Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira em um refrigerador (35-40 °F) por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 semanas.
[0183] Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira à temperatura ambiente (68-72°F) ou entre 50-77°F por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 dias. Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira à temperatura ambiente (68-72°F) ou entre 50-77°F por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 semanas.
[0184] Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira a -23-35°F por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 dias. Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira à -23-35°F por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 semanas.
[0185] Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira a -77-100°F por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 dias. Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira à -77-100°F por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 semanas.
[0186] Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira a -101-213°F por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 dias. Em algumas modalidades, as composições microbianas são estáveis em prateleira à -101-213°F por um período de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, ou 60 semanas.
[0187] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são estáveis nas prateleiras a temperaturas de refrigeração (35-40 °F), à temperatura ambiente (68-72 °F), entre 50-77 °F, entre -23-35 °F, entre 70-100 °F ou entre 101-213 °F por um período de cerca de 1 a 100, cerca de 1 a 95, cerca de 1 a 90, cerca de 1 a 85, cerca de 1 a 80, cerca de 1 a 75, sobre 1 a 70, cerca de 1 a 65, cerca de 1 a 60, cerca de 1 a 55, cerca de 1 a 50, cerca de 1 a 45, cerca de 1 a 40, cerca de 1 a 35, cerca de 1 a 30, cerca de 1 a 25, cerca de 1 a 20, cerca de 1 a 15, cerca de 1 a 10, cerca de 1 a 5, cerca de 5 a 100, cerca de 5 a 95, cerca de 5 a 90, cerca de 5 a 85, cerca de 5 a 80, cerca de 5 a 75, cerca de 5 a 70, cerca de 5 a 65, cerca de 5 a 60, cerca de 5 a 55, cerca de 5 a 50, cerca de 5 a 45, cerca de 5 a 40, cerca de 5 a 35, cerca de 5 a 30, cerca de 5 a 25, cerca de 5 a 20, cerca de 5 a 15, cerca de 5 a 10, cerca de 10 a 100, cerca de 10 a 95, cerca de 10 a 90, cerca de 10 a 85, cerca de 10 a 80, cerca de 10 a 75, cerca de 10 a 70, cerca de 10 a 65, cerca de 10 a 60, cerca de 10 t o 55, cerca de 10 a 50, cerca de 10 a 45, cerca de 10 a 40, cerca de 10 a 35, cerca de 10 a 30, cerca de 10 a 25, cerca de 10 a 20, cerca de 10 a 15, cerca de 15 a 100, cerca de 15 a 95, cerca de 15 a 90, cerca de 15 a 85, cerca de 15 a 80, cerca de 15 a 75, cerca de 15 a 70, cerca de 15 a 65, cerca de 15 a 60, cerca de 15 a 55, cerca de 15 a 50, cerca de 15 a 45, cerca de 15 a 40, cerca de 15 a 35, cerca de 15 a 30, cerca de 15 a 25, cerca de 15 a 20, cerca de 20 a 100, cerca de 20 a 95, cerca de 20 a 90, cerca de 20 a 85, cerca de 20 a 80, cerca de 20 a 75, cerca de 20 a 70, cerca de 20 a 65, cerca de 20 a 60, cerca de 20 a 55, cerca de 20 a 50, cerca de 20 a 45, cerca de 20 a 40, cerca de 20 a 35, cerca de 20 para 30, cerca de 20 a 25, cerca de 25 a 100, cerca de 25 a 95, cerca de 25 a 90, cerca de 25 a 85, cerca de 25 a 80, cerca de 25 a 75, cerca de 25 a 70, cerca de 25 a 65, cerca de 25 para 60, cerca de 25 a 55, cerca de 25 a 50, cerca de 25 a 45, cerca de 25 a 40, cerca de 25 a 35, cerca de 25 a 30, cerca de 30 a 100, cerca de 30 a 95, cerca de 30 a 90, cerca de 30 a 85, cerca de 30 a 80, cerca de 30 a 75, cerca de 30 a 70, cerca de 30 a 65, cerca de 30 a 60, cerca de 30 a 55, cerca de 30 a 50, cerca de 30 a 45, cerca de 30 a 40, cerca de 30 a 35, cerca de 35 a 100, cerca de 35 a 95, cerca de 35 a 90, cerca de 35 a 85, cerca de 35 a 80, cerca de 35 a 75, cerca de 35 a 70, cerca de 35 a 65, cerca de 35 a 60, cerca de 35 a 55, cerca de 35 a 50, cerca de 35 a 45, cerca de 35 a 40, cerca de 40 a 100, cerca de 40 a 95, cerca de 40 a 90, cerca de 40 a 85, cerca de 40 a 80, cerca de 40 a 75, cerca de 40 a 70, cerca de 40 a 65, cerca de 40 a 60, cerca de 40 a 55, cerca de 40 a 50, cerca de 40 a 45, cerca de 45 a 100, cerca de 45 a 95, cerca de 45 a 90, cerca de 45 a 85, cerca de 45 a 80, cerca de 45 a 75, cerca de 45 a 70, cerca de 45 a 65, cerca de 45 a 60, cerca de 45 a 55, cerca de 45 a 50, cerca de 50 a 100, cerca de 50 a 95, cerca de 50 a 90, cerca de 50 a 85, cerca de 50 a 80, cerca de 50 a 75, cerca de 50 a 70, cerca de 50 a 65, cerca de 50 a 60, cerca de 50 a 55, cerca de 55 a 100, cerca de 55 a 95, cerca de 55 a 90, cerca de 55 a 85, cerca de 55 a 80, cerca de 55 a 75, cerca de 55 a 70, cerca de 55 a 65, uma sobre 55 a 60, cerca de 60 a 100, cerca de 60 a 95, cerca de 60 a 90, cerca de 60 a 85, cerca de 60 a 80, cerca de 60 a 75, cerca de 60 a 70, cerca de 60 a 65, cerca de 65 a 100, cerca de 65 a 95, cerca de 65 a 90, cerca de 65 a 85, cerca de 65 a 80, cerca de 65 a 75, cerca de 65 a 70, cerca de 70 a 100, cerca de 70 a 95, cerca de 70 a 90, cerca de 70 a 85, cerca de 70 a 80, cerca de 70 a 75, cerca de 75 a 100, cerca de 75 a 95, cerca de 75 a 90, cerca de 75 a 85, cerca de 75 a 80, cerca de 80 a 100, cerca de 80 a 95, cerca de 80 a 90, cerca de 80 a 85, cerca de 85 a 100, cerca de 85 a 95, cerca de 85 a 90, cerca de 90 a 100, cerca de 90 a 95 ou 95 a 100 semanas
[0188] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são estáveis em prateleira nas temperaturas de refrigeração (35-40 °F), à temperatura ambiente (68-72 °F), entre 50-77 °F, entre -23-35 °F, entre 70-100°F, ou entre 101-213°F por um período de 1 a 100, 1 a 95, 1 a 90, 1 a 85, 1 a 80, 1 a 75, 1 a 70, 1 a 65, 1 a 60, 1 a 55, 1 a 50, 1 a 45, 1 a 40, 1 a 35, 1 a 30, 1 a 25, 1 a 20, 1 a 15, 1 a 10, 1 a 5, 5 a 100, 5 a 95, 5 a 90, 5 a 85,
5 a 80, 5 a 75, 5 a 70, 5 a 65, 5 a 60, 5 a 55, 5 a 50, 5 a 45, 5 a 40, 5 a 35, 5 a 30, 5 a 25, 5 a 20, 5 a 15, 5 a 10, 10 a 100, 10 a 95, 10 a 90, 10 a 85, 10 a 80, 10 a 75, 10 a 70, 10 a 65, 10 a 60, 10 a 55, 10 a 50, 10 a 45, 10 a 40, 10 a 35, 10 a 30, 10 a 25, 10 a 20, 10 a 15, 15 a 100, 15 a 95, 15 a 90, 15 a 85, 15 a 80, 15 a 75, 15 a 70, 15 a 65, 15 a 60, 15 a 55, 15 a 50, 15 a 45, 15 a 40, 15 a 35, 15 a 30, 15 a 25, 15 a 20, 20 a 100, 20 a 95, 20 a 90, 20 a 85, 20 a 80, 20 a 75, 20 a 70, 20 a 65, 20 a 60, 20 a 55, 20 a 50, 20 a 45, 20 a 40, 20 a 35, 20 a 30, 20 a 25, 25 a 100, 25 a 95, 25 a 90, 25 a 85, 25 a 80, 25 a 75, 25 a 70, 25 a 65, 25 a 60, 25 a 55, 25 a 50, 25 a 45, 25 a 40, 25 a 35, 25 a 30, 30 a 100, 30 a 95, 30 a 90, 30 a 85, 30 a 80, 30 a 75, 30 a 70, 30 a 65, 30 a 60, 30 a 55, 30 a 50, 30 a 45, 30 a 40, 30 a 35, 35 a 100, 35 a 95, 35 a 90, 35 a 85, 35 a 80, 35 a 75, 35 a 70, 35 a 65, 35 a 60, 35 a 55, 35 a 50, 35 a 45, 35 a 40, 40 a 100, 40 a 95, 40 a 90, 40 a 85, 40 a 80, 40 a 75, 40 a 70, 40 a 65, 40 a 60, 40 a 55, 40 a 50, 40 a 45, 45 a 100, 45 a 95, 45 a 90, 45 a 85, 45 a 80, 45 a 75, 45 a 70, 45 a 65, 45 a 60, 45 a 55, 45 a 50, 50 a 100, 50 a 95, 50 a 90, 50 a 85, 50 a 80, 50 a 75, 50 a 70, 50 a 65, 50 a 60, 50 a 55, 55 a 100, 55 a 95, 55 a 90, 55 a 85, 55 a 80, 55 a 75, 55 a 70, 55 a 65, 55 a 60, 60 a 100, 60 a 95, 60 a 90, 60 a 85, 60 a 80, 60 a 75, 60 a 70, 60 a 65, 65 a 100, 65 a 95, 65 a 90, 65 a 85, 65 a 80, 65 a 75, 65 a 70, 70 a 100, 70 a 95, 70 a 90, 70 a 85, 70 a 80, 70 a 75, 75 a 100, 75 a 95, 75 a 90, 75 a 85, 75 a 80, 80 a 100, 80 a 95, 80 a 90, 80 a 85, 85 a 100, 85 a 95, 85 a 90, 90 a 100, 90 a 95, ou 95 a 100 semanas.
[0189] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são estáveis nas prateleiras a temperaturas de refrigeração (35-40 °F), à temperatura ambiente (68-72 °F), entre 50-77 °F, entre -23-35 °F, entre 70-100 °F ou entre 101-213 °F por um período de cerca de 1 a 36, cerca de 1 a 34, cerca de 1 a 32, cerca de 1 a 30, cerca de 1 a 28, cerca de 1 a 26, sobre 1 a 24, cerca de 1 a 22, cerca de 1 a 20, cerca de 1 a 18, cerca de 1 a 16, cerca de 1 a 14, cerca de 1 a 12, cerca de 1 a 10, cerca de 1 a 8, cerca de 1 a 6, cerca de 1 um 4, cerca de 1 a 2, cerca de 4 a 36, cerca de 4 a 34, cerca de 4 a 32, cerca de 4 a 30, cerca de 4 a 28, cerca de 4 a 26, cerca de 4 a 24, cerca de 4 a 22, cerca de 4 a 20, cerca de 4 a 18, cerca de 4 a 16, cerca de 4 a 14, cerca de 4 a 12, cerca de 4 a 10, cerca de 4 a 8, cerca de 4 a 6, cerca de 6 a 36, cerca de 6 a 34, cerca de 6 a 32, cerca de 6 a 30, cerca de 6 a 28, cerca de 6 a 26, cerca de 6 a 24, cerca de 6 a 22, cerca de 6 a 20, cerca de 6 a 18, cerca de 6 a 16, cerca de 6 a 14, cerca de 6 a 12, cerca de 6 a 10, cerca de 6 a 8, cerca de 8 a 36, cerca de 8 a 34, cerca de 8 a
32, cerca de 8 a 30, cerca de 8 a 28, cerca de 8 a 26, cerca de 8 a 24, cerca de 8 a 22, cerca de 8 a 20, cerca de 8 a 18, cerca de 8 a 16, cerca de 8 a 14, cerca de 8 a 12, cerca de 8 a 10, cerca de 10 a 36, cerca de 10 a 34, cerca de 10 a 32, cerca de 10 a 30, cerca de 10 a 28, cerca de 10 a 26, cerca de 10 a 24, cerca de 10 a 22, cerca de 10 a 20, cerca de 10 a 18, cerca de 10 a 16, cerca de 10 a 14, cerca de 10 a 12, cerca de 12 a 36, cerca de 12 a 34, cerca de 12 a 32, cerca de 12 a 30, cerca de 12 a 28, cerca de 12 a 26, cerca de 12 a 24, cerca de 12 a 22, cerca de 12 a 20, cerca de 12 a 18, cerca de 12 a 16, cerca de 12 a 14, cerca de 14 a 36, cerca de 14 a 34, cerca de 14 a 32, cerca de 14 a 30, cerca de 14 a 28, cerca de 14 a 26, cerca de 14 a 24, cerca de 14 a 22, cerca de 14 a 20, cerca de 14 a 18, cerca de 14 a 16, cerca de 16 a 36, cerca de 16 a 34, cerca de 16 a 32, cerca de 16 a 30, cerca de 16 a 28, cerca de 16 a 26, cerca de 16 a 24, cerca de 16 a 22, cerca de 16 a 20, cerca de 16 a 18, cerca de 18 a 36, cerca de 18 a 34, cerca de 18 a 32, cerca de 18 a 30, ab de 18 a 28, de 18 a 26, de 18 a 24, de 18 a 22, de 18 a 20, de 20 a 36, de 20 a 34, de 20 a 32, de 20 a 30, de 20 a 28, cerca de 20 a 26, cerca de 20 a 24, cerca de 20 a 22, cerca de 22 a 36, cerca de 22 a 34, cerca de 22 a 32, cerca de 22 a 30, cerca de 22 a 28, cerca de 22 a 26, cerca de 22 a 24, cerca de 24 a 36, cerca de 24 a 34, cerca de 24 a 32, cerca de 24 a 30, cerca de 24 a 28, cerca de 24 a 26, cerca de 26 a 36, cerca de 26 a 34, cerca de 26 a 32, cerca de 26 a 30, cerca de 26 a 28, cerca de 28 a 36, cerca de 28 a 34, cerca de 28 a 32, cerca de 28 a 30, cerca de 30 a 36, cerca de 30 a 34, cerca de 30 a 32, cerca de 32 a 36, cerca de 32 a 34, ou cerca de 34 a 36 meses.
[0190] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são estáveis nas prateleiras a temperaturas de refrigeração (35-40 °F), à temperatura ambiente (68-72 °F), entre 50-77 °F, entre -23-35 °F, entre 70-100 °F ou entre 101-213 °F por um período de 1 a 36, 1 a 34, 1 a 32, 1 a 30, 1 a 28, 1 a 26, 1 a 24, 1 a 22, 1 a 20, 1 a 18, 1 a 16, 1 a 14, 1 a 12, 1 a 10, 1 a 8, 1 a 6, 1 a 4, 1 a 2, 4 a 36, 4 a 34, 4 a 32, 4 a 30, 4 a 28, 4 a 26, 4 a 24, 4 a 22, 4 a 20, 4 a 18, 4 a 16, 4 a 14, 4 a 12, 4 a 10, 4 a 8, 4 a 6, 6 a 36, 6 a 34, 6 a 32, 6 a 30, 6 a 28, 6 a 26, 6 a 24, 6 a 22, 6 a 20, 6 a 18, 6 a 16, 6 a 14, 6 a 12, 6 a 10, 6 a 8, 8 a 36, 8 a 34, 8 a 32, 8 a 30, 8 a 28, 8 a 26, 8 a 24, 8 a 22, 8 a 20, 8 a 18, 8 a 16, 8 a 14, 8 a 12, 8 a 10, 10 a 36, 10 a 34, 10 a 32, 10 a 30, 10 a 28, 10 a 26, 10 a 24, 10 a 22, 10 a 20, 10 a 18, 10 a 16, 10 a 14, 10 a 12, 12 a 36, 12 a 34, 12 a 32, 12 a 30, 12 a 28, 12 a 26, 12 a 24, 12 a 22, 12 a 20, 12 a 18, 12 a 16, 12 a 14, 14 a 36, 14 a 34, 14 a 32, 14 a 30, 14 a 28, 14 a 26, 14 a 24, 14 a 22, 14 a 20, 14 a 18, 14 a 16, 16 a 36, 16 a 34, 16 a 32, 16 a 30, 16 a 28, 16 a 26, 16 a 24, 16 a 22, 16 a 20, 16 a 18, 18 a 36, 18 a 34, 18 a 32, 18 a 30, 18 a 28, 18 a 26, 18 a 24, 18 a 22, 18 a 20, 20 a 36, 20 a 34, 20 a 32, 20 a 30, 20 a 28, 20 a 26, 20 a 24, 20 a 22, 22 a 36, 22 a 34, 22 a 32, 22 a 30, 22 a 28, 22 a 26, 22 a 24, 24 a 36, 24 a 34, 24 a 32, 24 a 30, 24 a 28, 24 a 26, 26 a 36, 26 a 34, 26 a 32, 26 a 30, 26 a 28, 28 a 36, 28 a 34, 28 a 32, 28 a 30, 30 a 36, 30 a 34, 30 a 32, 32 a 36, 32 a 34, ou cerca de 34 a 36.
[0191] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são estáveis nas prateleiras em qualquer uma das temperaturas e/ou faixas de temperatura divulgadas e se estendem por um tempo a uma umidade relativa de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97 ou 98%.
[0192] O teor de umidade é uma medida da quantidade total de água em uma composição, geralmente expressa como uma porcentagem do peso total. O teor de umidade é uma medida útil para determinar o peso seco de uma composição e pode ser usado para confirmar se o processo de desidratação / secagem de uma composição está completo. O teor de umidade é calculado dividindo-se o (peso úmido da composição menos o peso após a desidratação / secagem) pelo peso úmido da composição e multiplicando por 100.
[0193] O teor de umidade define a quantidade de água em uma composição, mas a atividade da água explica como a água na composição reagirá com micro-organismos. Quanto maior a atividade da água, mais rapidamente os micro-organismos são capazes de crescer. A atividade da água é calculada encontrando a razão da pressão de vapor em uma composição para a pressão de vapor de água pura. Mais especificamente, a atividade da água é a pressão de vapor parcial da água em uma composição dividida pela pressão de vapor parcial do estado padrão da água pura. A água destilada pura tem uma atividade de água de 1. Uma determinação da atividade da água de uma composição não é a quantidade de água em uma composição, é a quantidade de excesso de água disponível para uso dos micro-organismos. Os micro-organismos têm uma atividade hídrica mínima e ideal para o crescimento.
[0194] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são desidratadas. Uma composição microbiana é desidratada se o teor de umidade da composição estiver entre 0% e 20%.
[0195] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação têm um teor de umidade de cerca de 0,5%, cerca de 0,6%, cerca de 0,7%, cerca de 0,8%, cerca de 0,9%, cerca de 1%, cerca de 2%, cerca de 3%, cerca de 4%, cerca de 5%, cerca de 6%, cerca de 7%, cerca de 8%, cerca de 9%, cerca de 10%, cerca de 11%, cerca de 12%, cerca de 13%, cerca de 14%, cerca de 15%, cerca de 16%, cerca de 17%, cerca de 18%, cerca de 19%, cerca de 20%, cerca de 21%, cerca de 22%, cerca de 23%, cerca de 24%, cerca de 25%, cerca de 26%, cerca de 27%, cerca de 28%, cerca de 29%, cerca de 30%, cerca de 31%, cerca de 32%, cerca de 33%, cerca de 34%, cerca de 35%, cerca de 36%, cerca de 37%, cerca de 38%, cerca de 39%, cerca de 40%, cerca de 41%, cerca de 42%, cerca de 43%, cerca de 44%, cerca de 45%, cerca de 46%, cerca de 47%, cerca de 48%, cerca de 49%, cerca de 50%, cerca de 51%, cerca de 52%, cerca de 53%, cerca de 54%, cerca de 55%, cerca de 56%, cerca de 57%, cerca de 58%, cerca de 59%, cerca de 60%, cerca de 61%, cerca de 62%, cerca de 63%, cerca de 64%, cerca de 65%, cerca de 66%, cerca de 67%, cerca de 68%, cerca de 69%, cerca de 70%, cerca de 71%, cerca de 72%, cerca de 73%, cerca de 74%, cerca de 75%, cerca de 76%, cerca de 77%, cerca de 78%, cerca de 79%, cerca de 80%, cerca de 81%, cerca de 82%, cerca de 83%, cerca de 84%, cerca de 85%, cerca de 86%, cerca de 87%, cerca de 88%, cerca de 89%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99%, ou cerca de 100%.
[0196] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação têm um teor de umidade menor que 0,5%, menor que 0,6%, menor que 0,7%, menor que 0,8%, menor que 0,9%, menor que 1%, menor que 2%, menor que 3%, menor que 4%, menor que 5%, menor que 6%, menor que 7%, menor que 8%, menor que 9%, menor que 10%, menor que 11%, menor que 12%, menor que 13%, menor que 14%, menor que 15%, menor que 16%, menor que 17%, menor que 18%, menor que 19%, menor que 20%, menor que 21%, menor que 22%, menor que 23%, menor que 24%, menor que 25%, menor que 26%, menor que 27%, menor que 28%, menor que 29%, menor que 30%, menor que 31%, menor que 32%, menor que 33%, menor que 34%, menor que 35%, menor que 36%, menor que 37%, menor que 38%, menor que 39%, menor que 40%, menor que 41%, menor que 42%, menor que 43%,
menor que 44%, menor que 45%, menor que 46%, menor que 47%, menor que 48%, menor que 49%, menor que 50%, menor que 51%, menor que 52%, menor que 53%, menor que 54%, menor que 55%, menor que 56%, menor que 57%, menor que 58%, menor que 59%, menor que 60%, menor que 61%, menor que 62%, menor que 63%, menor que 64%, menor que 65%, menor que 66%, menor que 67%, menor que 68%, menor que 69%, menor que 70%, menor que 71%, menor que 72%, menor que 73%, menor que 74%, menor que 75%, menor que 76%, menor que 77%, menor que 78%, menor que 79%, menor que 80%, menor que 81%, menor que 82%, menor que 83%, menor que 84%, menor que 85%, menor que 86%, menor que 87%, menor que 88%, menor que 89%, menor que 90%, menor que 91%, menor que 92%, menor que 93%, menor que 94%, menor que 95%, menor que 96%, menor que 97%, menor que 98%, menor que 99%, ou menor que 100%.
[0197] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação têm um teor de umidade menor que cerca de 0,5%, menor que cerca de 0,6%, menor que cerca de 0,7%, menor que cerca de 0,8%, menor que cerca de 0,9%, menor que cerca de 1%, menor que cerca de 2%, menor que cerca de 3%, menor que cerca de 4%, menor que cerca de 5%, menor que cerca de 6%, menor que cerca de 7%, menor que cerca de 8%, menor que cerca de 9%, menor que cerca de 10%, menor que cerca de 11%, menor que cerca de 12%, menor que cerca de 13%, menor que cerca de 14%, menor que cerca de 15%, menor que cerca de 16%, menor que cerca de 17%, menor que cerca de 18%, menor que cerca de 19%, menor que cerca de 20%, menor que cerca de 21%, menor que cerca de 22%, menor que cerca de 23%, menor que cerca de 24%, menor que cerca de 25%, menor que cerca de 26%, menor que cerca de 27%, menor que cerca de 28%, menor que cerca de 29%, menor que cerca de 30%, menor que cerca de 31%, menor que cerca de 32%, menor que cerca de 33%, menor que cerca de 34%, menor que cerca de 35%, menor que cerca de 36%, menor que cerca de 37%, menor que cerca de 38%, menor que cerca de 39%, menor que cerca de 40%, menor que cerca de 41%, menor que cerca de 42%, menor que cerca de 43%, menor que cerca de 44%, menor que cerca de 45%, menor que cerca de 46%, menor que cerca de 47%, menor que cerca de 48%, menor que cerca de 49%, menor que cerca de 50%, menor que cerca de 51%, menor que cerca de 52%, menor que cerca de 53%, menor que cerca de 54%, menor que cerca de 55%, menor que cerca de 56%, menor que cerca de 57%, menor que cerca de 58%, menor que cerca de 59%, menor que cerca de 60%, menor que cerca de 61%, menor que cerca de 62%, menor que cerca de 63%, menor que cerca de 64%, menor que cerca de 65%, menor que cerca de 66%, menor que cerca de 67%, menor que cerca de 68%, menor que cerca de 69%, menor que cerca de 70%, menor que cerca de 71%, menor que cerca de 72%, menor que cerca de 73%, menor que cerca de 74%, menor que cerca de 75%, menor que cerca de 76%, menor que cerca de 77%, menor que cerca de 78%, menor que cerca de 79%, menor que cerca de 80%, menor que cerca de 81%, menor que cerca de 82%, menor que cerca de 83%, menor que cerca de 84%, menor que cerca de 85%, menor que cerca de 86%, menor que cerca de 87%, menor que cerca de 88%, menor que cerca de 89%, menor que cerca de 90%, menor que cerca de 91%, menor que cerca de 92%, menor que cerca de 93%, menor que cerca de 94%, menor que cerca de 95%, menor que cerca de 96%, menor que cerca de 97%, menor que cerca de 98%, menor que cerca de 99%, ou menor que cerca de 100%.
[0198] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação têm um teor de umidade de 1% a 100%, 1% a 95%, 1% a 90%, 1% a 85%, 1% a 80%, 1% a 75%, 1% a 70%, 1% a 65%, 1% a 60%, 1% a 55%, 1% a 50%, 1% a 45%, 1% a 40%, 1% a 35%, 1% a 30%, 1% a 25%, 1% a 20%, 1% a 15%, 1% a 10%, 1% a 5%, 5% a 100%, 5% a 95%, 5% a 90%, 5% a 85%, 5% a 80%, 5% a 75%, 5% a 70%, 5% a 65%, 5% a 60%, 5% a 55%, 5% a 50%, 5% a 45%, 5% a 40%, 5% a 35%, 5% a 30%, 5% a 25%, 5% a 20%, 5% a 15%, 5% a 10%, 10% a 100%, 10% a 95%, 10% a 90%, 10% a 85%, 10% a 80%, 10% a 75%, 10% a 70%, 10% a 65%, 10% a 60%, 10% a 55%, 10% a 50%, 10% a 45%, 10% a 40%, 10% a 35%, 10% a 30%, 10% a 25%, 10% a 20%, 10% a 15%, 15% a 100%, 15% a 95%, 15% a 90%, 15% a 85%, 15% a 80%, 15% a 75%, 15% a 70%, 15% a 65%, 15% a 60%, 15% a 55%, 15% a 50%, 15% a 45%, 15% a 40%, 15% a 35%, 15% a 30%, 15% a 25%, 15% a 20%, 20% a 100%, 20% a 95%, 20% a 90%, 20% a 85%, 20% a 80%, 20% a 75%, 20% a 70%, 20% a 65%, 20% a 60%, 20% a 55%, 20% a 50%, 20% a 45%, 20% a 40%, 20% a 35%, 20% a 30%, 20% a 25%, 25% a 100%, 25% a 95%, 25% a 90%, 25% a 85%, 25% a 80%, 25% a 75%, 25% a 70%, 25% a 65%, 25% a 60%, 25% a 55%, 25% a 50%, 25% a 45%, 25% a 40%, 25% a 35%, 25% a 30%, 30% a 100%, 30% a 95%, 30% a 90%, 30% a 85%, 30% a 80%, 30% a 75%, 30% a 70%, 30% a 65%, 30% a 60%, 30% a 55%, 30% a 50%, 30% a 45%, 30% a 40%, 30% a 35%, 35% a 100%, 35% a 95%, 35% a 90%, 35% a 85%, 35% a 80%, 35% a 75%,
35% a 70%, 35% a 65%, 35% a 60%, 35% a 55%, 35% a 50%, 35% a 45%, 35% a 40%, 40% a 100%, 40% a 95%, 40% a 90%, 40% a 85%, 40% a 80%, 40% a 75%, 40% a 70%, 40% a 65%, 40% a 60%, 40% a 55%, 40% a 50%, 40% a 45%, 45% a 100%, 45% a 95%, 45% a 90%, 45% a 85%, 45% a 80%, 45% a 75%, 45% a 70%, 45% a 65%, 45% a 60%, 45% a 55%, 45% a 50%, 50% a 100%, 50% a 95%, 50% a 90%, 50% a 85%, 50% a 80%, 50% a 75%, 50% a 70%, 50% a 65%, 50% a 60%, 50% a 55%, 55% a 100%, 55% a 95%, 55% a 90%, 55% a 85%, 55% a 80%, 55% a 75%, 55% a 70%, 55% a 65%, 55% a 60%, 60% a 100%, 60% a 95%, 60% a 90%, 60% a 85%, 60% a 80%, 60% a 75%, 60% a 70%, 60% a 65%, 65% a 100%, 65% a 95%, 65% a 90%, 65% a 85%, 65% a 80%, 65% a 75%, 65% a 70%, 70% a 100%, 70% a 95%, 70% a 90%, 70% a 85%, 70% a 80%, 70% a 75%, 75% a 100%, 75% a 95%, 75% a 90%, 75% a 85%, 75% a 80%, 80% a 100%, 80% a 95%, 80% a 90%, 80% a 85%, 85% a 100%, 85% a 95%, 85% a 90%, 90% a 100%, 90% a 95%, ou 95% a 100%.
[0199] composições microbianas adequadas para uso no presente pedido são divulgadas em Embree et al. (PCT/US2017/028015).
[0200] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação possuem uma atividade de água de pelo menos 0,05, pelo menos 0,075, pelo menos 0,1, pelo menos 0,1,25, pelo menos 0,15, pelo menos 0,175, pelo menos 0,2, pelo menos 0,225, pelo menos 0,25, pelo menos 0,275, pelo menos 0,3, pelo menos 0,325, pelo menos 0,35, pelo menos 0,375, pelo menos 0,4, pelo menos 0,425, pelo menos 0,45, pelo menos 0,475, pelo menos 0,5, pelo menos 0,525, pelo menos 0,55, pelo menos 0,575 ou pelo menos 0,6.
[0201] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação possuem uma atividade de água menor que 0,05, menor que 0,075, menor que 0,1, menor que 0,125, menor que 0,15, menor que 0,175, menor que 0,2, menor que 0,225, menor que 0,25, menor que 0,275, menor que 0,3, menor que 0,325, menor que 0,35, menor que 0,375, menor que 0,4, menor que 0,425, menor que 0,45, menor que 0,475, menor que 0,5, menor que 0,525, menor que 0,55, menor que 0,575 ou menor que 0,6.
Aves
[0202] As aves incluem galinhas (frangos de corte / frangos / frangos para assar / capões / galos / galinhas), perus, perdiz, codorna do Novo Mundo, codorna do Velho Mundo,
perdizes, galinha do mato, aves domésticas, pavões, patos, gansos, cisnes, emas e avestruzes.
[0203] Frangos de corte da presente divulgação incluem: Cobb 500, Cobb 700, Cobb Avian 48, Cobb Sasso, Ross 308, Ross 708, Ross PM3, Jersey Giant, Cornish Cross, Delaware, Dorking, Buckeye, Campine, Chantecler, Crevecoeur, Holland, Modern Game, Nankin, Redcap, Russian, Orloff, Spanish, Sultan, Sumatra, Yokohama, Andalusian, Buttercup, Cubalaya, Faverolles, Java, Lakenvelder, Langshan, Malay, Phoenix, Ancona, Aseel, Brahma, Catalana, Cochin, Cornish, Dominique, Hamburg, Houdan, La Fleche, Minorca, New Hampshire, Old English Game, Polish, Rhode Island White, Sebright, Shamo, Australorp, Leghorn, Orpington, Plymouth Rock, Rhode Island Red, Sussex, Wyandotte, Araucana, Iowa Blue, Lamona, Manx Rumpy, Naked Neck, Asil, Kadacknath Bursa, Hubbard, Hubbard, Cobb, Hubbard, Lohman, Anak 2000, Avian-34, Starbra, Sam Rat, Bowans, Hyline, BV-300, H & N Nick, Dekalb Lohman, ILI-80, Golden-92, Priya, Sonali, Devendra, B-77, Caribro-91, Varna, Caribro naked necked, Caribro multicolored, Aviagen, Ross, Arbor Acres, Indian River, Peterson, Cobb-Vantress, Avian Sasso, Hybro, Groupe Grimaud, Grimaud Frere, Ameraucana, Silkie, Marans, Rosecomb, Welsummer, Barnevelder, Bantam, Asil, Chantecler, Croad, Houdan, Pekin, Frizzle, Serama, Orloff, Ac, Aseel, Baheij, Bandara e seus híbridos.
[0204] As galinhas poedeiras da presente divulgação incluem: Ameraucana, Ancona, Andalusian, Appenzeller, Araucana, Australorp, Barnevelder, Brahma, Buckeye, Buttercup, Campine, Catalana, Chantecler, Cochin, Cornish, Crevecoeur, Cubalaya, Deleware, Dominique, Dorking, Faverolles, Fayoumi, Hamburg, Holland, Houdan, Jaerhon, Java, Jersey Giant, La Fleche, Lakenvelder, Lamona, Langsham, Leghorn, Marans, Minorca, Nacked Neck, New Hampshire, Orloff, Orpington, Penedesenca, Phoenix, Plymouth Rock, Polish, Redcap, Rhode Island, Spanish, Sultan, Sussex, Welsumer, Wyandotte, Yokohama e seus híbridos.
[0205] Embora sejam feitas distinções entre frangos de corte e galinhas poedeiras, as modalidades da presente divulgação utilizam galinhas de corte, galinhas poedeiras e/ou galinhas polivalentes.
[0206] Verificou-se que as galinhas em ambientes comerciais exibem um alto grau de variabilidade de ave para ave e de local para local em termos das composições microbianas do trato gastrointestinal. Embora se pense que o aumento da higiene das incubadoras comerciais modernas reduz a perda de aves, o aumento da higiene pode estar contribuindo para a falta de colonização dos filhotes / aves por bactérias de origem materna. A variabilidade aumentada das composições microbianas do trato gastrointestinal das aves nessas instalações pode levar ao aumento da variabilidade de aves para aves e de local para local que, por sua vez, resulta em um bando de pássaros altamente variável com diferenças consideráveis em saúde, peso e outros atributos que afetam a viabilidade comercial do rebanho. A alta variabilidade entre os membros de um único rebanho ou mesmo diferenças entre locais afeta a suscetibilidade a patógenos, ganho de peso e resposta ao tratamento com antibióticos. Ver Stanley et al. (2013. PLOS ONE. 8 (12): 1-7; e84290).
[0207] Em algumas modalidades, a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação no início da vida de uma ave diminui a variabilidade do microbioma intestinal entre as aves e estabelece ainda um microbioma intestinal estável.
[0208] Em algumas modalidades, a variabilidade do microbioma intestinal é medida como o número total de espécies presentes no intestino em um ou mais locais. Em algumas modalidades, a variabilidade do microbioma intestinal é medida como a presença ou ausência de táxons particulares presentes no intestino em um ou mais locais. Em algumas modalidades, a variabilidade do microbioma intestinal é medida como uma diferença na abundância de táxons particulares presentes no intestino em um ou mais locais.
[0209] Em algumas modalidades, a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação reduz a quantidade de tempo necessária para o microbioma intestinal atingir um estado estabilizado. Em algumas modalidades, a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação reduz a quantidade de tempo necessária para o microbioma intestinal atingir um estado amadurecido.
[0210] Em algumas modalidades, a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação resulta em aves da presente divulgação atingindo um estado estabilizado do microbioma intestinal; uma redução na variabilidade do microbioma intestinal.
[0211] Em algumas modalidades, o estado estabilizado do microbioma intestinal é atingido quando o microbioma intestinal das aves contém cerca de 10, cerca de 20, cerca de,
30, cerca de 40, cerca de 50, cerca de 60, cerca de 70, cerca de 80, cerca de 90, cerca de 100, cerca de 120, cerca de 130, cerca de 140, cerca de 150, cerca de 160, cerca de 170, cerca de 180, cerca de 190, cerca de 200, cerca de 250, cerca de 300, cerca de 400, cerca de 500, cerca de 600, cerca de 700, cerca de 800, cerca de 900, cerca de 1.000, cerca de 1.500, cerca de
2.000, cerca de 2.500, cerca de 3.000, cerca de 3.500, cerca de 4.000, cerca de 4.500, cerca de
5.000, cerca de 5.500, cerca de 6.000, cerca de 6.500, cerca de 7.000, cerca de 7.500, cerca de
8.000, cerca de 8.500, cerca de 9.000, cerca de 9.500, ou cerca de 10.000 espécies diferentes.
[0212] Em algumas modalidades, o estado estabilizado do microbioma intestinal é atingido quando o microbioma intestinal de aves contém entre cerca de 10 a cerca de 50, cerca de 10 a cerca de 100, cerca de 50 a cerca de 100, cerca de 50 a cerca de 200, cerca de 100 a cerca de 150, cerca de 100 a cerca de 200, cerca de 100 a cerca de 400, cerca de 200 a cerca de 500, cerca de 200 a cerca de 700, cerca de 400 a cerca de 800, cerca de 500 a cerca de 1.000, cerca de 500 a cerca de 2.000, cerca de 1.000 a cerca de 2.000, cerca de 1.000 a 5.000, 5.000 a
7.000, 5.000 a 10.000 ou 8.000 a 10.000 espécies diferentes.
[0213] Em algumas modalidades, pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 20%, pelo menos 30%, pelo menos 40%, pelo menos 50%, pelo menos 60%, pelo menos 70%, pelo menos 80%, pelo menos pelo menos 90%, ou pelo menos 95% das aves em um curral / rebanho / incubadora atingem um estado estabilizado após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação. I. Exclusão competitiva e imunomodulação
[0214] Sabe-se que a capacidade dos patógenos do intestino aviário de aderir a uma variedade de moléculas exibidas na matriz glicocálix / extracelular do intestino aviário contribui para a patogenicidade desses organismos / cepas específicos. Ver Martin e Smyth (2010. Anaerobe. 16: 533-539) e Wade et al. (2016. Vet. Microbiol. 197: 53-61). Os micróbios passados de aves adultas para filhotes ajudam a proteger o filhote durante um estágio vulnerável, quando os anticorpos maternos e compostos antimicrobianos (lisozimas entre outros) recebidos da clara do ovo se esgotam e o sistema imunológico do filhote ainda não está totalmente desenvolvido.
[0215] Em algumas modalidades, os micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação estão produzindo os compostos antimicrobianos. Em algumas modalidades, os micróbios e/ou bioconjuntos estão estimulando outros micróbios nas aves para produzir os compostos antimicrobianos. Em algumas modalidades, os micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação estão estimulando o sistema imunológico das aves, resultando em um aumento na produção de compostos antimicrobianos. Em algumas modalidades, os compostos antimicrobianos são produzidos no trato gastrointestinal das aves e permanecem localizados no trato gastrointestinal. Em algumas modalidades, os compostos antimicrobianos são produzidos distalmente do trato gastrointestinal e localizados no trato gastrointestinal. Em algumas modalidades, os compostos antimicrobianos são circulados sistemicamente nas aves. Em alguns aspectos, os compostos antimicrobianos incluem produtos químicos e compostos que são inibitórios, esporicidas, virucidas, bacteriostáticos ou bacteriocidas para um ou mais micróbios. Em outras modalidades, os compostos antimicrobianos incluem produtos químicos e compostos que são inibidores, esporicidas, virucidas, bacteriostáticos ou bacteriocidas para um ou mais micróbios patogênicos. Em algumas modalidades, os compostos antimicrobianos são como descritos por toda parte, incluindo ainda peróxido de hidrogênio, diacetil, dióxido de carbono e bacteriocinas (por exemplo, nisina, pediocina A, pediocina AcH, leucocina, helveticina J e canobacteriocina). Os antimicrobianos aqui apresentados são apresentados como exemplos de antimicrobianos e não pretendem limitar os antimicrobianos contemplados.
[0216] Em algumas modalidades, os micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação são administrados para amadurecer o sistema imunológico do intestino / mucosa mais rapidamente que o de aves que não receberam os micróbios e/ou bioconjuntos. Um sistema imune intestinal / mucosa maduro contrasta com um sistema imune intestinal / mucosa naive, tanto em relação à imunidade adaptativa quanto à imunidade inata.
[0217] Em algumas modalidades, os micróbios e bioconjuntos da presente divulgação são administrados para excluir competitivamente patógenos microbianos de causar um estado de doença nas aves.
[0218] Em algumas modalidades, os micróbios e bioconjuntos da presente divulgação ligam competitivamente moléculas da matriz glicocálix / extracelular das paredes celulares do intestino para impedir ou inibir competitivamente os patógenos de aderir a lectinas e outras moléculas como colágenos (particularmente tipos III, IV, e V), gelatina, fibrinogênio, laminina e vitronectina. Acredita-se que a adesão do patógeno a essas moléculas contribua para a virulência dos patógenos.
[0219] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação resulta em uma diminuição na ligação de micróbios patogênicos à matriz glicocálice / extracelular das células do trato gastrointestinal de aves.
[0220] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação resultam na ligação dos micróbios administrados à matriz glicocálice / extracelular, impedindo que os micróbios patogênicos fiquem aderidos à matriz glicocálix / extracelular e prevenindo doenças patogênicas.
[0221] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação resultam na modificação química das moléculas da matriz glicocálix / extracelular pela composição microbiana administrada, impedindo a adesão de micróbios patogênicos à matriz glicocálix / extracelular e prevenindo doenças patogênicas.
[0222] Em algumas modalidades, as moléculas ligadas ou modificadas quimicamente pelos micróbios administrados são selecionadas a partir de lectinas, colágenos, gelatinas, fibrinógenos, lamininas e vitronectinas.
[0223] Em algumas modalidades, o trato gastrointestinal de aves domésticas exibe um pH diminuído após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação. O pH diminuído pode ocorrer na cultura, proventrículo, moela / ventrículo, duodeno, intestino delgado, ceco, intestino grosso ou cloaca.
[0224] Em algumas modalidades, o trato gastrointestinal de aves exibe um pH diminuído após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 0,2, pelo menos 0,4, pelo menos 0,6, pelo menos 0,8, pelo menos 1, pelo menos 1,2, pelo menos 1,4, pelo menos 1,6, pelo menos 1,8, pelo menos 2, pelo menos 2,2, pelo menos 2,4, pelo menos 2,6, pelo menos 2,8, pelo menos 3, pelo menos 3,2, pelo menos 3,4, pelo menos 3,6, pelo menos 3,8, pelo menos 4, pelo menos 4,2, pelo menos 4,4, pelo menos 4,6, pelo menos 4,8, pelo menos 5, pelo menos 5,2, pelo menos 5,4, pelo menos 5,6, pelo menos 5,8, pelo menos 6, pelo menos pelo menos 6,2, pelo menos 6,4, pelo menos 6,6, pelo menos 6,8 ou pelo menos 7.
[0225] Em algumas modalidades, a diminuição do pH no trato gastrointestinal de aves impede que os micróbios patogênicos compitam com os micróbios não patogênicos no trato gastrointestinal de aves.
[0226] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves estimula a produção de células B. Em algumas modalidades, as células B são selecionadas de células B reguladoras, células B-1, células B-2, células B de zona marginal, células B foliculares, células B de memória, células plasmáticas e blastos do plasma.
[0227] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves resulta em um aumento de um ou mais tipos de células B em pelo menos 1%, pelo menos 2%, pelo menos 3%, pelo menos 4%, pelo menos 5%, pelo menos 6%, pelo menos 7%, pelo menos 8%, pelo menos 9%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%.
[0228] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves estimula a produção de células T. Em algumas modalidades, as células T são selecionadas de células T γδ (gama delta), células T αβ (alfa beta), células T natural killer, células T reguladoras, células T de memória, células T citotóxicas, células T auxiliares e células T efetoras.
[0229] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves resulta em um aumento de um ou mais tipos de células T em pelo menos 1%, pelo menos 2%, pelo menos 3%, pelo menos 4%, pelo menos 5%, pelo menos 6%, pelo menos 7%, pelo menos 8%, pelo menos 9%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%.
[0230] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves resulta em um aumento no número de folículos linfoides isolados (ILFs).
[0231] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves resulta em um aumento de folículos linfoides isolados em pelo menos 1%, pelo menos 2%, pelo menos 3%, pelo menos 4%, pelo menos 5%, pelo menos 6%, pelo menos 7%, pelo menos 8%, pelo menos 9%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%.
[0232] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação resulta na modulação da expressão fenética de mucinas, polipeptídeos de junção apertada e citocinas. Em algumas modalidades, a modulação da expressão genética de mucinas, polipeptídeos de junção apertada e citocinas resulta em um aumento da expressão genética das referidas moléculas. Em algumas modalidades, a modulação da expressão genética de mucinas, polipeptídeos de junção apertada e citocinas resulta em uma diminuição da expressão genética das referidas moléculas.
[0233] Em algumas modalidades, as citocinas são selecionadas do fator estimulador de granulócitos-macrófagos (GM-CSF), IL-1, IL-12, IL-18, fator de necrose tumoral (TNF) e interferon gama (IFN-γ). Em algumas modalidades, as citocinas são selecionadas a partir de agonista do receptor de IL-4, IL-6, IL-10, IL-11, IL-13 e IL-1.
[0234] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação resulta em uma diminuição da inflamação intestinal em aves, conforme medido pelos níveis séricos de marcadores de inflamação. Em algumas modalidades, os marcadores de inflamação são selecionados a partir de glicoproteína de ácido α1 (AGP), IL-8, IL-1β, fator de crescimento transformador (TGF-β4) e proteína de ligação a ácidos graxos (FABP2).
[0235] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas para aves de postura resulta em um aumento na resposta imune inata nos ovos resultantes dos frangos de postura. Em alguns aspectos, a administração das composições microbianas aos ovos de aves de postura resulta em um aumento na resposta imune inata nos ovos resultantes das aves de postura. Em alguns aspectos, a administração das composições microbianas às aves resulta em uma melhoria na resposta imune inata nos ovos de aves de postura. A melhoria ou aumento é medido contra ovos / aves que não receberam as composições microbianas. Em algumas modalidades, a melhoria ou aumento na resposta imune inata nos ovos resulta em um sucesso de eclosão aumentado, incidência aumentada de morfologia normal de pintinhos, incidência aumentada de sobrevivência de embriões, taxa de crescimento aumentada e massa corporal total em pintinhos.
[0236] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas a aves de postura ou ovos de aves de postura resulta em uma diminuição ou um aumento nas proteínas da clara de ovo nos ovos.
[0237] Em algumas modalidades, a resposta imune inata inclui uma melhoria na resposta imune inata em ovos de aves de postura, a melhoria é um aumento ou diminuição de antimicrobianos, como lisozima, esteroides, avidina de clara de ovo, apoproteína, ovomucoide, ovomucina, ovoflavoproteína, ovoinibidor e conalbumina (ovotransferrina) no ovo. Em algumas modalidades, a resposta imune inata inclui um aumento de antimicrobianos, como lisozima, esteroides, avidina de clara de ovo, apoproteína, ovomucoide, ovomucina, ovoflavoproteína, ovoinibidor e conalbumina (ovotransferrina). Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas a aves de postura ou a ovos de aves de postura resulta em uma diminuição ou um aumento nas proteínas da clara de ovo, incluindo lisozima, esteroides, avidina de clara de ovo, apoproteína, ovomucoide, ovomucina, ovoflavoproteína, inibidor de ovo e conalbumina (ovotransferrina).
[0238] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em (1) um aumento no sucesso de eclosão, (2) um aumento na incidência de morfologia normal dos pintinhos, (3) um aumento na incidência da sobrevivência embrionária, (4) um aumento na taxa de crescimento e na massa corporal total dos pintinhos, em que qualquer um desses aumentos é um aumento de pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administrada uma composição microbiana da presente divulgação.
[0239] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento no sucesso de eclosão em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0240] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento na incidência da morfologia normal de pintinhos em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não receberam uma composição microbiana da presente divulgação.
[0241] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento na incidência de sobrevivência de embriões em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administrada uma composição microbiana da presente divulgação.
[0242] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento na taxa de crescimento de pintinhos em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0243] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento na massa corporal total em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%,
65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não receberam uma composição microbiana da presente divulgação.
[0244] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de lisozimas presentes no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0245] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de esteroides presentes no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0246] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de avidina presente no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0247] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de apoproteína presente no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0248] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de ovomucoide presentes no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0249] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de ovomucina presente no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0250] Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de ovoflavoproteína presente no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0251] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de ovoinibidor presentes no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
[0252] Em algumas modalidades, a administração das composições microbianas da presente divulgação a aves ou ovos de aves resulta em um aumento ou diminuição na concentração de conalbumina presente no ovo em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves ou ovos de aves que não tenham sido administradas com uma composição microbiana da presente divulgação.
Composições de encapsulamento
[0253] Em algumas modalidades, os micróbios ou composições microbianas da divulgação são encapsulados em uma composição de encapsulamento. Uma composição encapsulamento protege os micróbios de fatores de estresse externos antes de entrar no trato gastrointestinal de aves. Em algumas modalidades, fatores de estresse externos incluem fatores de estresse térmicos, desidratantes e físicos associados à granulação e extrusão. Em algumas modalidades, os fatores de estresse externos incluem produtos químicos presentes nas composições para as quais as composições encapsulantes criam ainda um ambiente que pode ser benéfico para os micróbios, como minimizar o estresse oxidativo de um ambiente aeróbico em micróbios anaeróbicos, preservando a viabilidade dos micróbios nos quais células ou esporos vegetativos se formam durante o processo de granulação / extrusão, etc. Ver Kalsta et al. (US 5.104.662A), Ford (US 5.733.568A) e Mosbach e Nilsson (US 4.647.536A) para composições de encapsulamento de micróbios e métodos de encapsular micróbios.
[0254] Em uma modalidade, as composições da presente divulgação exibem uma tolerância térmica, que é usada de forma intercambiável com tolerância ao calor e resistência ao calor. Em uma modalidade, as composições tolerantes ao calor da presente divulgação são tolerantes às altas temperaturas associadas à fabricação de ração, mistura de ração e composições da presente divulgação, armazenamento em ambientes de alto calor, etc. Em uma modalidade, as composições tolerantes ao calor da presente divulgação são resistentes à destruição de calor e desnaturação dos componentes da parede celular e do ambiente intracelular. Em uma modalidade, as composições da presente divulgação são tolerantes ou resistentes à desidratação / perda de água.
[0255] Em uma modalidade, o encapsulamento é um encapsulamento do tipo reservatório. Em uma modalidade, o encapsulamento é um encapsulamento do tipo matriz. Em uma modalidade, o encapsulamento é um encapsulamento do tipo matriz revestida. Burgain et al. (2011. J. Food Eng. 104: 467-483) divulga inúmeras modalidades e técnicas de encapsulamento, todas incorporadas por referência.
[0256] Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação são encapsuladas em um ou mais dos seguintes itens: goma gelana, goma xantana, K-carragenina, ftalato de acetato de celulose, quitosana, amido, gordura do leite, proteína de soro de leite, alginato de Ca, raftilose, raftilina, pectina, sacarídeo, glicose, maltodextrina, goma arábica, guar, farinha de sementes, alginato, dextrinas, dextranos, celuloase, gelatina, gelatina, gelatina, albumina, caseína, glúten, goma arábica, tragacanto, cera, parafina, ácido esteárico, monodiglicerídeo e diglicerídeos. Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação são encapsuladas por um ou mais de um polímero, carboidrato, açúcar, plástico, vidro, polissacarídeo, lipídeo, cera, óleo, ácido graxo ou glicerídeo. Em uma modalidade, a composição microbiana é encapsulada por uma glicose. Em uma modalidade, a composição microbiana é encapsulada por uma composição contendo glicose. Em uma modalidade, as formulações da composição microbiana compreendem um encapsulador de glicose. Em uma modalidade, as formulações da composição microbiana compreendem uma composição encapsulada com glicose.
[0257] Em algumas modalidades, o encapsulamento das composições da presente divulgação é realizado por extrusão, emulsificação, revestimento, aglomeração, liofilização, secagem a vácuo ou secagem por pulverização.
[0258] Em uma modalidade, a composição de encapsulamento compreende microcápsulas com uma multiplicidade de núcleos líquidos encapsulados em um material de invólucro sólido. Para fins da divulgação, uma "multiplicidade" de núcleos é definida como dois ou mais.
[0259] Uma primeira categoria de materiais de invólucro fusíveis úteis é a de gorduras normalmente sólidas, incluindo gorduras que já possuem dureza adequada e gorduras e óleos animais ou vegetais que são hidrogenados até que seus pontos de fusão sejam suficientemente altos para servir aos propósitos da presente divulgação. Dependendo do processo desejado e das temperaturas de armazenamento e do material específico selecionado, uma determinada gordura pode ser um material normalmente sólido ou normalmente líquido. Os termos
"normalmente sólido" e "normalmente líquido" como aqui utilizados referem-se ao estado de um material a temperaturas desejadas para armazenar as microcápsulas resultantes. Como as gorduras e os óleos hidrogenados não possuem, estritamente falando, pontos de fusão, o termo "ponto de fusão" é usado aqui para descrever a temperatura mínima na qual o material fusível se torna suficientemente amolecido ou líquido para ser emulsificado com sucesso e resfriado por pulverização, correspondendo aproximadamente assim até a temperatura máxima na qual o material do invólucro possui integridade suficiente para impedir a liberação dos núcleos de colina. "Ponto de fusão" é aqui definido de forma semelhante para outros materiais que não possuem um ponto de fusão acentuado.
[0260] Exemplos específicos de gorduras e óleos úteis aqui (alguns dos quais requerem endurecimento) são os seguintes: óleos e gorduras animais, como sebo de vaca, sebo de carneiro, sebo de cordeiro, gordura de banha ou porco, óleo de peixe e óleo de cachalote; óleos vegetais, como óleo de canola, óleo de semente de algodão, óleo de amendoim, óleo de milho, azeite, óleo de soja, óleo de girassol, óleo de cártamo, óleo de coco, óleo de palma, óleo de linhaça, óleo de tungre e mamona; monoglicerídeos e diglicerídeos de ácidos graxos; ácidos graxos livres, tais como ácido esteárico, ácido palmítico e ácido oleico; e suas misturas. A lista anterior de óleos e gorduras não pretende ser exaustiva, mas apenas exemplar.
[0261] Exemplos específicos de ácidos graxos incluem ácido linoleico, ácido γ- linoleico, ácido di-homo-γ-linolênico, ácido araquidônico, ácido docosatetraeneico, ácido vacênico, ácido nervônico, ácido nervônico, ácido de Mead, ácido erúcico, ácido gondoico, ácido elaidico, ácido oleico, ácido palitoleico, ácido estearidônico, ácido eicosapentaeneico, ácido valérico, ácido capreico, ácido enântico, ácido caprílico, ácido pelargônico, ácido cáprico, ácido undecílico, ácido láurico, ácido tridecílico, ácido mirístico, ácido pentadecílico, ácido palmítico, ácido margárico, ácido esteárico, ácido nonadecíclico, ácido araquídico, ácido heneicosílico, ácido beênico, ácido tricosílico, ácido lignocérico, ácido pentacosílico, ácido cerótico, ácido heptacosílico, ácido montânico, ácido nanacosílico, ácido melissílico, ácido henatriaconílico, ácido laceroico, ácido psílico, ácido gídico, ácido ceroplástico, ácido hexatriacontílico, ácido heptatriacontanoico e ácido octatriacontanoico.
[0262] Outra categoria de materiais fusíveis úteis como materiais de invólucro de encapsulação é a das ceras. As ceras representativas contempladas para uso aqui são as seguintes: ceras de animais, como cera de abelha, lanolina, cera de casca e cera de inseto chinês; ceras vegetais, como carnaúba, candelilla, bayberry e cana-de-açúcar; ceras minerais, como parafina, petróleo microcristalino, ozocerita, ceresina e montan; ceras sintéticas, como poliolefina de baixo peso molecular (por exemplo, CARBOWAX) e ésteres de éteres de poliol (por exemplo, sorbitol); ceras sintéticas do processo de Fischer-Tropsch; e suas misturas. As ceras solúveis em água, como CARBOWAX e sorbitol, não são contempladas aqui se o núcleo for aquoso.
[0263] Ainda outros compostos fusíveis úteis aqui são resinas naturais fusíveis, como resina, bálsamo, goma laca e suas misturas.
[0264] Vários materiais auxiliares são contemplados para incorporação em materiais fusíveis de acordo com a presente divulgação. Por exemplo, antioxidantes, estabilizadores de luz, corantes e lacas, aromas, óleos essenciais, agentes antiaglomerantes, cargas, estabilizadores de pH, açúcares (monossacarídeos, dissacarídeos, trissacarídeos e polissacarídeos) e semelhantes podem ser incorporados no material fusível em quantidades que não diminuem sua utilidade para a presente divulgação.
[0265] O material do núcleo aqui contemplado constitui de cerca de 0,1% a cerca de 50%, cerca de 1% a cerca de 35% ou cerca de 5% a cerca de 30% em peso das microcápsulas. Em algumas modalidades, o material do núcleo contemplado neste documento constitui não mais que cerca de 30% em peso das microcápsulas. Em algumas modalidades, o material do núcleo aqui contemplado constitui cerca de 5% em peso das microcápsulas. O material do núcleo é contemplado como líquido ou sólido nas temperaturas de armazenamento contempladas das microcápsulas.
[0266] Os núcleos podem incluir outros aditivos bem conhecidos na técnica farmacêutica, incluindo açúcares comestíveis, como sacarose, glicose, maltose, frutose, lactose, celobiose, monossacarídeos, dissacarídeos, trissacarídeos e polissacarídeos, e suas misturas; adoçantes artificiais, tais como aspartame, sacarina, sais de ciclamato e suas misturas; ácidos comestíveis, como ácido acético (vinagre), ácido cítrico, ácido ascórbico, ácido tartárico e suas misturas; amidos comestíveis, tais como amido de milho; proteína vegetal hidrolisada; vitaminas solúveis em água, como vitamina C; medicamentos solúveis em água; materiais nutricionais solúveis em água, como sulfato ferroso; sabores; sais; glutamato monossódico; agentes antimicrobianos, como ácido sórbico; agentes antimicóticos, tais como sorbato de potássio, ácido sórbico, benzoato de sódio e ácido benzoico; pigmentos e corantes de qualidade alimentar; e suas misturas. Outros materiais do núcleo suplementares potencialmente úteis serão evidentes para os versados na técnica.
[0267] Agentes emulsificantes podem ser empregados para auxiliar na formação de emulsões estáveis. Os agentes emulsificantes representativos incluem monoestearato de glicerila, ésteres de polissorbato, mono- e diglicerídeos etoxilados e suas misturas.
[0268] Para facilitar o processamento e, particularmente, permitir a formação bem- sucedida de uma emulsão razoavelmente estável, as viscosidades do material do núcleo e do material do invólucro devem ser semelhantes à temperatura na qual a emulsão é formada. Em particular, a razão entre a viscosidade do invólucro e a viscosidade do núcleo, expressa em centipoise ou unidades comparáveis, e ambas medidas à temperatura da emulsão, deve ser de cerca de 22: 1 a cerca de 1: 1, desejavelmente de cerca de 8: 1 a cerca de 1: 1 e, de preferência, de cerca de 3: 1 a cerca de 1: 1. Uma razão de 1: 1 seria ideal, mas uma razão de viscosidade dentro dos intervalos recitados é útil.
[0269] As composições encapsulantes não estão limitadas às composições de microcápsulas como divulgadas anteriormente. Em algumas modalidades, as composições encapsuladas encapsulam as composições microbianas em um polímero adesivo que pode ser natural ou sintético sem efeito tóxico. Em algumas modalidades, a composição de encapsulamento pode ser uma matriz selecionada de matriz de açúcar, matriz de gelatina, matriz de polímero, matriz de sílica, matriz de amido, matriz de espuma, matriz de vidro / vítreo etc. Ver Pirzio et al. (Patente US 7.488.503). Em algumas modalidades, a composição de encapsulamento pode ser selecionada a partir de acetatos de polivinila; copolímeros de acetato de polivinila; copolímeros de acetato de etileno vinila (EVA); álcoois polivinílicos; copolímeros de álcool polivinílico; celuloses, incluindo etilceluloses, metilceluloses, hidroximetilceluloses, hidroxipropilceluloses e carboximetilcelulose; polivinilpirolidonas; polissacarídeos, incluindo amido, amido modificado, dextrinas, maltodextrinas, alginato e quitosanos; monossacarídeos; gorduras; ácidos graxos, incluindo óleos; proteínas, incluindo gelatina e zeínas; goma arábica; goma laca; copolímeros de cloreto de vinilideno e cloreto de vinilideno; lignossulfonatos de cálcio; copolímeros acrílicos; polivinilacrilatos; óxido de polietileno; polímeros e copolímeros de acrilamida; acrilato de poli-hidroxietil, monômeros de metilacrilamida; e policloropreno.
[0270] Em algumas modalidades, a composição microbiana ou um subcomponente da mesma é encapsulada em uma matriz de vidro sólida ou em uma matriz de vidro flexível (matriz de borracha) compreendendo um ou mais polissacarídeos, um ou mais sacarídeos e/ou um ou mais álcoois de açúcar. Em algumas modalidades, a matriz compreende um monossacarídeo ou um dissacarídeo. Em algumas modalidades, o dissacarídeo pode ser selecionado entre sacarose, maltose, lactose, lactulose, trealose, celobiose e quitobiose. Em algumas modalidades, os polissacarídeos, sacarídeos e/ou álcoois de açúcar são adicionados à composição microbiana ou a um subcomponente exogenamente. Em algumas modalidades, a matriz é uma matriz amorfa. Em algumas modalidades, a composição microbiana ou um subcomponente da mesma é vitrificada. Em algumas modalidades, a composição microbiana ou um subcompenente da mesma é desidratada. Em algumas modalidades, a composição microbiana ou um subcompenente da mesma é liofilizada. Em algumas modalidades, a composição microbiana ou um subcomponente da mesma é seca por pulverização. Em algumas modalidades, a composição microbiana ou um subcomponente da mesma é congelada por pulverização. Em algumas modalidades, a composição microbiana é preservada / estabilizada por preservação por vaporização. Ver Harel e Kohavi-Beck (Pedido de Patente US
8.097.245). Ver Bronshtein (Patente US 9.469.835).
[0271] Em algumas modalidades, as composições de encapsulamento compreendem pelo menos uma camada de encapsulamento. Em algumas modalidades, as composições de encapsulamento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 11, pelo menos 12, pelo menos 13, pelo menos 14, pelo menos 15, pelo menos 16, pelo menos 17, pelo menos 18, pelo menos 19 ou pelo menos 20 camadas de encapsulamento / encapsulante.
[0272] Em algumas modalidades, as composições de encapsulamento compreendem pelo menos duas camadas de encapsulamento. Em algumas modalidades, cada camada de encapsulamento confere uma característica diferente à composição. Em algumas modalidades, não há duas camadas consecutivas que conferem a mesma característica. Em algumas modalidades, pelo menos uma camada das pelo menos duas camadas de encapsulamento confere termostabilidade, estabilidade de prateleira, resistência ultravioleta, resistência à umidade, resistência à dessecação, hidrofobicidade, hidrofilicidade, lipofobicidade, lipofilicidade, estabilidade de pH, resistência a ácidos e resistência à base.
[0273] Em algumas modalidades, as composições de encapsulamento compreendem duas camadas de encapsulamento; a primeira camada confere termoestabilidade e/ou estabilidade de prateleira, e a segunda camada fornece resistência ao pH.
[0274] Em algumas modalidades, as camadas de encapsulamento conferem uma liberação temporizada da composição microbiana mantida no centro das camadas de encapsulamento. Em algumas modalidades, quanto maior o número de camadas, maior a quantidade de tempo conferida antes da composição microbiana ser exposta, após a administração.
[0275] Em algumas modalidades, o invólucro de encapsulamento da presente divulgação pode ser de até 10µm, 20µm, 30µ m, 40µm, 50µm, 60µm, 70µ m, 80µ m, 90µm, 100µm, 110µ m, 120µm, 130µm, 140µm, 150µm, 160µm, 170µm, 180µ m, 190µ m, 200µm, 210µm, 220µ m, 230µm, 240µm, 250µm, 260µm, 270µm, 280µm, 290µ m, 300µ m, 310µm, 320µm, 330µ m, 340µm, 350µm, 360µm, 370µm, 380µm, 390µm, 400µ m, 410µ m, 420µm, 430µm, 440µ m, 450µm, 460µm, 470µm, 480µm, 490µm, 500µm, 510µ m, 520µ m, 530µm, 540µm, 550µ m, 560µm, 570µm, 580µm, 590µm, 600µm, 610µm, 620µ m, 630µ m, 640µm, 650µm, 660µ m, 670µm, 680µm, 690µm, 700µm, 710µm, 720µm, 730µ m, 740µ m, 750µm, 760µm, 770µ m, 780µm, 790µm, 800µm, 810µm, 820µm, 830µm, 840µ m, 850µ m, 860µm, 870µm, 880µ m, 890µm, 900µm, 910µm, 920µm, 930µm, 940µm, 950µ m, 960µ m, 970µm, 980µm, 990µ m, 1000µ m, 1010µ m, 1020µ m, 1030µ m, 1040µ m, 1050µ m, 1060µ m, 1070µm, 1080µm, 1090µ m, 1100µm, 1110µm, 1120µm, 1130µ m, 1140µm, 1150µm, 1160µm, 1170µm, 1180µ m, 1190µm, 1200µm, 1210µm, 1220µm, 1230µm, 1240µ m, 1250µm, 1260µm, 1270µ m, 1280µm, 1290µm, 1300µm, 1310µ m, 1320µm, 1330µm, 1340µm, 1350µm, 1360µ m, 1370µm, 1380µm, 1390µm, 1400µ m, 1410µm, 1420µm, 1430µm, 1440µm, 1450µ m, 1460µm, 1470µm, 1480µm, 1490µ m, 1500µm, 1510µm, 1520µm, 1530µm, 1540µ m, 1550µm, 1560µm, 1570µm, 1580µ m, 1590µm, 1600µm, 1610µm, 1620µm, 1630µ m, 1640µm, 1650µm, 1660µm, 1670µ m, 1680µm, 1690µm, 1700µm,
1710µm, 1720µ m, 1730µm, 1740µm, 1750µm, 1760µ m, 1770µm, 1780µm, 1790µm, 1800µm, 1810µ m, 1820µm, 1830µm, 1840µm, 1850µ m, 1860µm, 1870µm, 1880µm, 1890µm, 1900µ m, 1910µm, 1920µm, 1930µm, 1940µ m, 1950µm, 1960µm, 1970µm, 1980µm, 1990µ m, 2000µm, 2010µm, 2020µm, 2030µ m, 2040µm, 2050µm, 2060µm, 2070µm, 2080µ m, 2090µm, 2100µm, 2110µm, 2120µ m, 2130µm, 2140µm, 2150µm, 2160µm, 2170µ m, 2180µm, 2190µm, 2200µm, 2210µm, 2220µm, 2230µ m, 2240µm, 2250µm, 2260µ m, 2270µm, 2280µm, 2290µm, 2300µ m, 2310µm, 2320µm, 2330µm, 2340µm, 2350µ m, 2360µm, 2370µm, 2380µm, 2390µ m, 2400µm, 2410µm, 2420µm, 2430µm, 2440µ m, 2450µm, 2460µm, 2470µm, 2480µ m, 2490µm, 2500µ m, 2510µm, 2520µm, 2530µ m, 2540µm, 2550µm, 2560µm, 2570µ m, 2580µm, 2590µm, 2600µm, 2610µm, 2620µ m, 2630µm, 2640µm, 2650µm, 2660µ m, 2670µm, 2680µm, 2690µm, 2700µm, 2710µ m, 2720µm, 2730µm, 2740µm, 2750µ m, 2760µm, 2770µm, 2780µm, 2790µm, 2800µ m, 2810µm, 2820µm, 2830µm, 2840µ m, 2850µm, 2860µm, 2870µm, 2880µm, 2890µ m, 2900µm, 2910µm, 2920µm, 2930µ m, 2940µm, 2950µm, 2960µm, 2970µm, 2980µm, 2990µm, ou 3000µm de espessura.
Alimentação Animal
[0276] Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação são misturadas com a alimentação animal. Em algumas modalidades, a alimentação animal pode estar presente em várias formas, como pastilhas, cápsulas, granulados, em pó, mosto, líquido ou semi-líquido.
[0277] Em algumas modalidades, as composições da presente divulgação são misturadas na pré-mistura ou mosto na ração, sozinhas como uma pré-mistura autônoma e/ou juntamente com outros aditivos para a alimentação animal, como MONENSIN, vitaminas, antibióticos, etc. Em uma modalidade, as composições da presente divulgação são misturadas dentro ou sobre a alimentação na ração. Em outra modalidade, as composições da presente divulgação são misturadas no próprio alimento.
[0278] Em algumas modalidades, a alimentação da presente divulgação pode ser suplementada com água, pré-mistura ou pré-misturas, forragem, forragem, feijão (por exemplo, inteiro, trincado ou moído), grãos (por exemplo, inteiros, trincados ou moídos),
feijão ou óleos à base de grãos, farinhas à base de grãos ou grãos, granulação ou silagem à base de grãos ou grãos, xaropes à base de grãos ou grãos, ácidos graxos, álcoois de açúcar (por exemplo, álcoois poli-hídricos), alimentos para animais disponíveis comercialmente, cascas de ostras e as de outros bivalves e suas misturas.
[0279] Em algumas modalidades, a forragem abrange feno, feno-silagem e silagem. Em algumas modalidades, os fenos incluem fenos de capim (por exemplo, capim-sudão, capim-pomar ou similares), feno de alfafa e feno de trevo. Em algumas modalidades, os feno- silagens incluem feno-silagem de grama, feno-silagem de sorgo e feno-silagem de alfafa. Em algumas modalidades, silagens incluem milho, aveia, trigo, alfafa, trevo e semelhantes.
[0280] Em algumas modalidades, pré-misturas ou pré-misturas podem ser utilizadas na alimentação. As pré-misturas podem compreender micro-ingredientes como vitaminas, minerais, aminoácidos; conservantes químicos; composições farmacêuticas tais como antibióticos e outros medicamentos; produtos de fermentação e outros ingredientes. Em algumas modalidades, as pré-misturas são misturadas na alimentação.
[0281] Em algumas modalidades, a alimentação pode incluir concentrados de alimentação, como cascas de soja, óleos de soja, polpa de beterraba sacarina, melaço, farelo de soja com alto teor de proteínas, milho moído, milho descascado, midds de trigo, grãos de destilador, casca de algodão e graxa. Ver Anderson et al. (Patente US 3.484.243), Iritani et al. (Patente US 6.090.416), Axelrod et al. (Publicação US US20060127530A1) e Katsumi et al. (Patente US 5.741.508) para alimentação animal e suplementos para alimentação animal capazes de serem utilizados nas presentes composições e métodos.
[0282] Em algumas modalidades, a alimentação ocorre como um composto, que inclui, em uma composição mista capaz de atender às necessidades básicas da dieta, a própria alimentação, vitaminas, minerais, aminoácidos e outros componentes necessários. A alimentação composta pode ainda compreender pré-misturas.
[0283] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação podem ser misturadas com alimentação animal, pré-mistura e/ou alimentação composta. Os componentes individuais da alimentação animal podem ser misturados com as composições microbianas antes da alimentação para aves. As composições microbianas da presente divulgação podem ser aplicadas em ou sobre uma pré-mistura, em ou sobre uma alimentação e/ou em ou sobre uma alimentação composta.
Administração de composições microbianas
[0284] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são administradas às aves por via oral. Em algumas modalidades, as composições microbianas são administradas por meio de injeção direta no trato gastrointestinal. Em outras modalidades, a administração de injeção direta entrega as composições microbianas diretamente a uma ou mais culturas, moela, ceco, intestino delgado e intestino grosso. FIG. 3 e FIG. 4 fornecem uma visão anatômica detalhada do trato gastrointestinal de uma galinha. Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são administradas a animais através da cloaca. Em outras modalidades, a administração cloacal é na forma de um supositório inserido.
[0285] Em algumas modalidades, as composições microbianas são administradas através de água potável, pulverizando sobre a maca na qual o animal está em contato, misturando-se com medicamentos ou vacinas e gavagem. Em algumas modalidades, as composições microbianas são pulverizadas diretamente no animal, em que o animal ingere a composição que foi pulverizada no animal. Em algumas modalidades, as composições microbianas são pulverizadas diretamente no ovo não incubado. Em algumas modalidades, as composições microbianas são pulverizadas sobre e/ou pulverizadas na alimentação, e a alimentação é administrada ao animal. Em outras modalidades, o animal ingere a composição através da limpeza de penas que entraram em contato com a composição pulverizada.
[0286] Em algumas modalidades, as composições microbianas são misturadas com a alimentação antes da administração. Em algumas modalidades, as composições microbianas são sedimentadas com a alimentação antes da administração. Em algumas modalidades, as composições microbianas são extrudadas com a alimentação antes da administração. Em alguns aspectos, as composições microbianas são misturadas nos componentes da alimentação enquanto a alimentação está sendo preparada. Em alguns aspectos, um primeiro grupo de um ou mais micróbios da composição microbiana é sedimentado com a alimentação, extrudado com a alimentação e/ou misturado nos componentes da alimentação enquanto a alimentação está sendo preparada. Em um aspecto adicional, um segundo grupo de um ou mais micróbios da composição microbiana é adicionado à alimentação que contém o primeiro grupo de um ou mais micróbios.
[0287] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são administradas às aves no dia 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 após a eclosão. Em algumas modalidades, as composições microbianas são administradas na superfície externa de um ovo como líquido, semi-líquido ou sólido nos dias 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 ou 0 antes da eclosão. Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são administradas às aves em várias sessões de dosagem nas semanas 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 e/ou 30 semana(s) após a eclosão. Em algumas modalidades, as composições microbianas são administradas imediatamente após a eclosão. Em algumas modalidades, as composições microbianas são administradas no ovo (por exemplo, injeção) por si só ou administradas juntamente com outros produtos, como vacinas. Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são administradas às aves na hora 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, ou 36 após a eclosão.
[0288] Em algumas modalidades, as composições microbianas são administradas uma ou mais vezes entre o dia da eclosão e 5 dias após a eclosão, entre o dia da eclosão e 10 dias após a eclosão, entre o dia da eclosão e 14 dias após a eclosão, entre o dia da eclosão e 16 dias após a eclosão, e entre o dia da eclosão e 24 dias após a eclosão. Em uma modalidade adicional, uma primeira composição microbiana é administrada uma ou mais vezes entre o dia da eclosão e 5 dias após a eclosão, entre o dia da eclosão e 10 dias após a eclosão, entre o dia da eclosão e 14 dias após a eclosão, entre o dia da eclosão e 16 dias após a eclosão, e entre o dia da eclosão e 24 dias após a eclosão.
[0289] Em algumas modalidades, as primeira composição microbiana é administrada às aves no dia 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 após a eclosão. Em algumas modalidades, a primeira composição microbiana é administrada na superfície externa de um ovo como líquido, semi-líquido ou sólido nos dias 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 ou 0 antes da eclosão. Em algumas modalidades, a primeira composição microbiana da presente divulgação é administrada às aves em várias sessões de dosagem nas semanas 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 e/ou 30 semana(s) após a eclosão. Em algumas modalidades, a primeira composição microbiana é administrada imediatamente após a eclosão. Em algumas modalidades, a primeira composição microbiana é administrada no ovo (por exemplo, injeção) por si só ou administrada juntamente com outros produtos, como vacinas. Em algumas modalidades, a primeira composição microbiana da presente divulgação é administrada às aves na hora 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, ou 36 após a eclosão.
[0290] Em algumas modalidades, as segunda ou subsequente composição microbiana é administrada às aves no dia 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 após a eclosão. Em algumas modalidades, a segunda ou subsequente composição microbiana é administrada na superfície externa de um ovo como líquido, semi-líquido ou sólido nos dias 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 ou 0 antes da eclosão. Em algumas modalidades, a segunda ou subsequente composição microbiana da presente divulgação é administrada às aves em várias sessões de dosagem nas semanas 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 e/ou 30 semana(s) após a eclosão. Em algumas modalidades, uma segunda ou subsequente composição microbiana é administrada imediatamente após a eclosão. Em algumas modalidades, a segunda ou subsequente composição microbiana é administrada no ovo (por exemplo, injeção) por si só ou administrada juntamente com outros produtos, como vacinas. Em algumas modalidades, a segunda ou subsequente composição microbiana da presente divulgação é administrada às aves na hora 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, ou 36 após a eclosão.
[0291] Em algumas modalidades, a segunda ou subsequente composição microbiana é administrada diariamente durante a vida útil das aves. Em algumas modalidades, a primeira composição microbiana é administrada diariamente durante a vida útil das aves. Em algumas modalidades, uma composição microbiana é administrada diariamente durante a vida útil das aves. Em algumas modalidades, as aves são administradas com uma composição microbiana compreendendo o mesmo tipo ou tipos de micróbios pela duração da vida das aves. Em outras modalidades, a composição microbiana muda pelo menos uma vez ao longo da vida útil das aves, mas o tipo ou tipos de micróbios na composição microbiana não muda.
[0292] Em algumas modalidades, a composição microbiana subsequente é uma 3a, 4a, 5a, 6a, 7a, 8a, 9a, ou 10a composição microbiana, em que cada uma das composições microbianas é distinta uma da outra nas cepas precisas e/ou micróbios presentes nas referidas composições.
[0293] Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada diariamente durante a vida útil das aves. Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada diariamente pela vida útil das aves começando no dia 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 após a eclosão.
[0294] Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada diariamente a partir dos dias 1, 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 após a eclosão durante a vida útil das aves. Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada diariamente a partir do dia 4 ou 5 após a eclosão durante a vida útil das aves.
[0295] Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada diariamente a partir do dia 1, 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 após a eclosão até que ocorra a primeira alteração na alimentação. Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada diariamente, começando no dia 4 ou 5, até que a primeira mudança de alimentação ocorra.
[0296] Em algumas modalidades, uma primeira composição microbiana é administrada diariamente a partir do dia 1, 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 após a eclosão até que ocorra a primeira mudança de alimentação. Em algumas modalidades, uma segunda composição microbiana é então administrada diariamente, começando com a primeira mudança de alimentação e abrangendo a vida útil das aves.
[0297] Em algumas modalidades, a primeira composição microbiana é administrada diariamente a partir dos dias 1, 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 após a eclosão até que a primeira mudança de alimentação ocorra e a segunda composição microbiana é administrada diariamente a partir do dia 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27,
28, 29 ou 30 antes da mudança de alimentação ocorre e continua durante toda a vida útil das aves. Em algumas modalidades, a primeira composição microbiana é administrada diariamente a partir dos dias 1, 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 após a eclosão até que a primeira mudança de alimentação ocorra e a segunda composição microbiana é administrada diariamente a partir do dia 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 após a mudança de alimentação ocorrer e continuar durante toda a vida útil das aves.
[0298] Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada diariamente pela vida útil das aves começando no dia 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, ou 20 após a eclosão. Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada diariamente durante a vida útil das aves começando 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 semana(s) antes do abate.
[0299] Em algumas modalidades, uma composição microbiana diferente é administrada diariamente durante a vida útil das aves, começando 1, 2, 3, 4 ou 5 semanas antes do abate, e em que essa composição microbiana é diferente da primeira ou segunda composição microbiana administrada anteriormente na vida das aves.
[0300] Em algumas modalidades, a primeira administração microbiana é administrada pelo menos uma vez ao dia até que a primeira mudança de alimentação ocorra. Em algumas modalidades, a primeira administração microbiana é administrada pelo menos uma vez por semana até que a primeira mudança de alimentação ocorra. Em algumas modalidades, a primeira administração microbiana é administrada pelo menos duas vezes por dia até que a primeira mudança de alimentação ocorra. Em algumas modalidades, a primeira administração microbiana é administrada pelo menos uma vez ao dia durante a vida das aves. Em algumas modalidades, a primeira administração microbiana é administrada pelo menos uma vez por semana durante a vida das aves. Em algumas modalidades, a primeira administração microbiana é administrada pelo menos duas vezes ao dia durante a vida das aves.
[0301] Em algumas modalidades, a segunda composição microbiana é administrada pelo menos uma vez ao dia, começando com a primeira mudança de alimentação e abrangendo a vida útil das aves. Em algumas modalidades, a segunda administração microbiana é administrada pelo menos uma vez por semana, começando com a primeira mudança de alimentação e abrangendo a vida útil das aves. Em algumas modalidades, a segunda composição microbiana é administrada pelo menos duas vezes ao dia, começando com a primeira mudança de alimentação e abrangendo a vida útil das aves.
[0302] Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada em uma dose que compreende um total de, ou pelo menos, 1ml, 2ml, 3ml, 4ml, 5ml, 6ml, 7ml, 8ml, 9ml, 10ml, 11ml, 12ml, 13ml, 14ml, 15ml, 16ml, 17ml, 18ml, 19ml, 20ml, 21ml, 22ml, 23ml, 24ml, 25ml, 26ml, 27ml, 28ml, 29ml, 30ml, 31ml, 32ml, 33ml, 34ml, 35ml, 36ml, 37ml, 38ml, 39ml, 40ml, 41m, 42ml, 43ml, 44ml, 45ml, 46ml, 47ml, 48ml, 49ml, 50ml, 60ml, 70ml, 80ml, 90ml, 100ml, 200ml, 300ml, 400ml, 500ml, 600ml, 700ml, 800ml, 900ml ou 1.000ml.
[0303] Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada em uma dose compreendendo um total de, ou pelo menos, 1018, 1017 , 1016 , 1015 , 1014 , 1013 , 1012 , 1011 , 1010 , 109 , 108 , 107 , 106 , 105 , 104 , 103 , ou 102 células microbianas.
[0304] Em algumas modalidades, as composições microbianas são misturadas com a alimentação e a administração ocorre através da ingestão das composições microbianas junto com a alimentação. Em algumas modalidades, a dose da composição microbiana é administrada de modo que exista 102 a 1012 , 103 a 1012, 104 a 1012 , 105 a 1012 , 106 a 1012 , 107 a 1012 , 108 a 1012, 109 a 1012 , 1010 a 1012 , 1011 a 1012, 102 a 1011 , 103 a 1011 , 104 a 1011 , 105 a 1011, 106 a 1011 , 107 a 1011, 108 a 1011 , 109 a 1011 , 1010 a 1011, 102 a 1010 , 103 a 1010 , 104 a 1010 , 105 a 1010 , 106 a 1010, 107 a 1010 , 108 a 1010 , 109 a 1010 , 102 a 109 , 103 a 109 , 104 a 109 , 105 a 109 , 106 a 109 , 107 a 109 , 108 a 109 , 102 a 108 , 103 a 108 , 104 a 108 , 105 a 108 , 106 a 108 , 107 a 108 , 102 a 107, 103 a 107 , 104 a 107 , 105 a 107 , 106 a 107 , 102 a 106 , 103 a 106 , 104 a 106, 105 a 106,102 a 105 , 103 a 105 , 104 a 105 , 102 a 104 , 103 a 104 , 102 a 103 , 1012, 1011, 1010 , 109 , 108, 107, 106, 105, 104 , 103 , ou 102 de células microbianas totais por grama ou mililitro da composição.
[0305] Em algumas modalidades, a dose administrada da composição microbiana compreende 102 a 1018 , 103 a 1018 , 104 a 1018 , 105 a 1018, 106 a 1018 , 107 a 1018 , 108 a 1018 , 109 a 1018 , 1010 a 1018 , 1011 a 1018 , 1012 a 1018, 1013 a 1018 , 1014 a 1018 , 1015 a 1018 , 1016 a 1018 , 1017 a 1018 , 102 a 1012, 103 a 1012 , 104 a 1012 , 105 a 1012 , 106 a 1012, 107 a 1012 , 108 a 1012 , 109 a 1012 , 1010 a 1012, 1011 a 1012 , 102 a 1011 , 103 a 1011 , 104 a 1011, 105 a 1011 , 106 a 1011 , 107 a 1011 , 108 a 1011 , 109 a 1011, 1010 a 1011 , 102 a 1010 , 103 a 1010 , 104 a 1010 , 105 a 1010 , 106 a 1010 , 107 a 1010 , 108 a 1010 , 109 a 1010 , 102 a 109 , 103 a 109 , 104 a 109 , 105 a 109 , 106 a 109 , 107 a 109 , 108 a 109 , 102 a 108 , 103 a 108 , 104 a 108 , 105 a 108 , 106 a 108 , 107 a 108, 102 a 107, 103 a 107, 104 a 107, 105 a 107, 106 a 107, 102 a 106 , 103 a 106 , 104 a 106 , 105 a 106 , 102 a 105 , 103 a 105 , 104 a 105 , 102 a 104 , 103 a 104 , 102 a 103 , 1018, 1017, 1016 , 1015 , 1014 , 1013 , 1012 , 1011 , 1010, 109, 108 , 107 , 106 , 105 , 104 , 103 , ou 102 células microbianas totais.
[0306] Em algumas modalidades, a composição é administrada 1 ou mais vezes por dia. Em alguns aspectos, a composição é administrada com alimentos cada vez que o animal é alimentado. Em algumas modalidades, a composição é administrada 1 a 10, 1 a 9, 1 a 8, 1 a 7, 1 a 6, 1 a 5, 1 a 4, 1 a 3, 1 a 2, 2 a 10, 2 a 9, 2 a 8, 2 a 7, 2 a 6, 2 a 5, 2 a 4, 2 a 3, 3 a 10, 3 a 9, 3 a 8, 3 a 7, 3 a 6, 3 a 5, 3 a 4, 4 a 10, 4 a 9, 4 a 8, 4 a 7, 4 a 6, 4 a 5, 5 a 10, 5 a 9, 5 a 8, 5 a 7, 5 a 6, 6 a 10, 6 a 9, 6 a 8, 6 a 7, 7 a 10, 7 a 9, 7 a 8,8 a 10, 8 a 9, 9 a 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 vezes por dia.
[0307] Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada 1 a 10, 1 a 9, 1 a 8, 1 a 7, 1 a 6, 1 a 5, 1 a 4, 1 a 3, 1 a 2, 2 a 10, 2 a 9, 2 a 8, 2 a 7, 2 a 6, 2 a 5, 2 a 4, 2 a 3, 3 a 10, 3 a 9, 3 a 8, 3 a 7, 3 a 6, 3 a 5, 3 a 4, 4 a 10, 4 a 9, 4 a 8, 4 a 7, 4 a 6, 4 a 5, 5 a 10, 5 a 9, 5 a 8, 5 a 7, 5 a 6, 6 a 10, 6 a 9, 6 a 8, 6 a 7, 7 a 10, 7 a 9, 7 a 8,8 a 10, 8 a 9, 9 a 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 vezes por semana.
[0308] Em algumas modalidades, a composição microbiana é administrada 1 a 10, 1 a 9, 1 a 8, 1 a 7, 1 a 6, 1 a 5, 1 a 4, 1 a 3, 1 a 2, 2 a 10, 2 a 9, 2 a 8, 2 a 7, 2 a 6, 2 a 5, 2 a 4, 2 a 3, 3 a 10, 3 a 9, 3 a 8, 3 a 7, 3 a 6, 3 a 5, 3 a 4, 4 a 10, 4 a 9, 4 a 8, 4 a 7, 4 a 6, 4 a 5, 5 a 10, 5 a 9, 5 a 8, 5 a 7, 5 a 6, 6 a 10, 6 a 9, 6 a 8, 6 a 7, 7 a 10, 7 a 9, 7 a 8,8 a 10, 8 a 9, 9 a 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 vezes por mês.
[0309] Em algumas modalidades, a composição é administrada 1 a 10, 1 a 9, 1 a 8, 1 a 7, 1 a 6, 1 a 5, 1 a 4, 1 a 3, 1 a 2, 2 a 10, 2 a 9, 2 a 8, 2 a 7, 2 a 6, 2 a 5, 2 a 4, 2 a 3, 3 a 10, 3 a 9, 3 a 8, 3 a 7, 3 a 6, 3 a 5, 3 a 4, 4 a 10, 4 a 9, 4 a 8, 4 a 7, 4 a 6, 4 a 5, 5 a 10, 5 a 9, 5 a 8, 5 a 7, 5 a 6, 6 a 10, 6 a 9, 6 a 8, 6 a 7, 7 a 10, 7 a 9, 7 a 8,8 a 10, 8 a 9, 9 a 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 vezes por ano.
[0310] Em algumas modalidades, a alimentação pode ser uniformemente revestida com uma ou mais camadas dos micróbios e/ou composições microbianas aqui divulgadas, usando métodos convencionais de mistura, pulverização ou uma combinação dos mesmos através do uso de equipamento de aplicação de tratamento especificamente projetado e fabricado para aplicar revestimentos com precisão, segurança e eficiência. Esse equipamento utiliza vários tipos de tecnologia de revestimento, como revestimentos rotativos, revestimentos de tambor, técnicas de leito fluidizado, leitos com bicos, névoas rotativas ou uma combinação dos mesmos. Tratamentos líquidos como os da presente divulgação podem ser aplicados por meio de um disco “atomizador” giratório ou de um bico de pulverização, que distribui uniformemente a composição microbiana na alimentação à medida que ela se move pelo padrão de pulverização. Em alguns aspectos, a alimentação é então misturada ou tombada por um período adicional de tempo para obter distribuição e tratamento adicionais do tratamento.
[0311] Em algumas modalidades, as camadas de alimentação da presente divulgação podem ser de até 10µm, 20µm, 30µm, 40µm, 50µm, 60µm, 70µm, 80µm, 90µm, 100µm, 110µm, 120µ m, 130µm, 140µm, 150µm, 160µm, 170µm, 180µm, 190µ m, 200µ m, 210µm, 220µm, 230µ m, 240µm, 250µm, 260µm, 270µm, 280µm, 290µm, 300µ m, 310µ m, 320µm, 330µm, 340µ m, 350µm, 360µm, 370µm, 380µm, 390µm, 400µm, 410µ m, 420µ m, 430µm, 440µm, 450µ m, 460µm, 470µm, 480µm, 490µm, 500µm, 510µm, 520µ m, 530µ m, 540µm, 550µm, 560µ m, 570µm, 580µm, 590µm, 600µm, 610µm, 620µm, 630µ m, 640µ m, 650µm, 660µm, 670µ m, 680µm, 690µm, 700µm, 710µm, 720µm, 730µm, 740µ m, 750µ m, 760µm, 770µm, 780µ m, 790µm, 800µm, 810µm, 820µm, 830µm, 840µm, 850µ m, 860µ m, 870µm, 880µm, 890µ m, 900µm, 910µm, 920µm, 930µm, 940µm, 950µm, 960µ m, 970µ m, 980µm, 990µm, 1000µ m, 1010µ m, 1020µm, 1030µm, 1040µm, 1050µm, 1060µm, 1070µm, 1080µm, 1090µm, 1100µ m, 1110µm, 1120µm, 1130µm, 1140µ m, 1150µm, 1160µm, 1170µm, 1180µm, 1190µ m, 1200µm, 1210µm, 1220µm, 1230µ m, 1240µm, 1250µm, 1260µm, 1270µm, 1280µ m, 1290µm, 1300µm, 1310µm, 1320µ m, 1330µm, 1340µm, 1350µm, 1360µm, 1370µ m, 1380µm, 1390µm, 1400µm, 1410µ m, 1420µm, 1430µm, 1440µm, 1450µm, 1460µ m, 1470µm, 1480µm, 1490µm, 1500µ m, 1510µm, 1520µm, 1530µm, 1540µm, 1550µ m, 1560µm, 1570µm, 1580µm, 1590µ m, 1600µm, 1610µm, 1620µm, 1630µm, 1640µ m, 1650µm, 1660µm, 1670µm, 1680µ m, 1690µm, 1700µm, 1710µm, 1720µm, 1730µ m, 1740µm, 1750µm, 1760µm, 1770µ m, 1780µm, 1790µm, 1800µm, 1810µm, 1820µ m, 1830µm, 1840µm, 1850µm, 1860µ m, 1870µm, 1880µm, 1890µm, 1900µm, 1910µ m, 1920µm, 1930µm, 1940µm, 1950µm, 1960µm, 1970µ m, 1980µm, 1990µm, 2000µ m, 2010µm, 2020µm, 2030µm, 2040µ m, 2050µm, 2060µm, 2070µm, 2080µm, 2090µ m, 2100µm, 2110µm, 2120µm, 2130µ m, 2140µm, 2150µm, 2160µm,
2170µm, 2180µ m, 2190µm, 2200µm, 2210µm, 2220µ m, 2230µm, 2240µm, 2250µm, 2260µm, 2270µ m, 2280µm, 2290µm, 2300µm, 2310µ m, 2320µm, 2330µm, 2340µm, 2350µm, 2360µ m, 2370µm, 2380µm, 2390µm, 2400µ m, 2410µm, 2420µm, 2430µm, 2440µm, 2450µ m, 2460µm, 2470µm, 2480µm, 2490µ m, 2500µm, 2510µm, 2520µm, 2530µm, 2540µ m, 2550µm, 2560µm, 2570µm, 2580µ m, 2590µm, 2600µm, 2610µm, 2620µm, 2630µ m, 2640µm, 2650µm, 2660µm, 2670µ m, 2680µm, 2690µm, 2700µm, 2710µm, 2720µ m, 2730µm, 2740µm, 2750µm, 2760µ m, 2770µm, 2780µm, 2790µm, 2800µm, 2810µ m, 2820µm, 2830µm, 2840µm, 2850µ m, 2860µm, 2870µm, 2880µm, 2890µm, 2900µ m, 2910µm, 2920µm, 2930µm, 2940µm, 2950µm, 2960µ m, 2970µm, 2980µm, 2990µm, ou 3000µm de espessura.
[0312] Em algumas modalidades, as células microbianas podem ser revestidas livremente em qualquer número de composições ou podem ser formuladas em uma composição líquida ou sólida antes de serem revestidas em uma composição. Por exemplo, uma composição sólida compreendendo os micro-organismos pode ser preparada misturando um veículo sólido com uma suspensão de esporos ou células vegetativas até que os veículos sólidos sejam impregnados com o esporo ou a suspensão de células. Esta mistura pode então ser seca para obter as partículas desejadas.
[0313] Em algumas outras modalidades, é contemplado que as composições microbianas sólidas ou líquidas da presente divulgação contêm ainda agentes funcionais, por exemplo, carbono ativado, minerais, vitaminas, enzimas, antibióticos e/ou outros agentes capazes de melhorar a qualidade dos produtos ou um combinação dos mesmos.
[0314] Os métodos de revestimento e composições em uso dos referidos métodos que são conhecidos na técnica podem ser particularmente úteis quando modificados pela adição de uma das modalidades da presente divulgação. Tais métodos e aparelhos de revestimento para a sua aplicação são divulgados em, por exemplo: Patente US 8.097.245, 7.998.502, 9.044.497,
8.968.721, 9.737.578, 9.469.835 e 5.766.520; e Pedido de Patente PCT WO 2008/076975, WO 2010/138522, WO2011 / 094469, WO 2010/111347 e WO 2010/111565, cada um dos quais é incorporado aqui como referência.
[0315] Em algumas modalidades, os micróbios ou bioconjuntos microbianos da presente divulgação exibem um efeito sinérgico, em uma ou mais das características descritas neste documento, na presença de um ou mais dos micróbios ou bioconjuntos entrando em contato um com o outro. O efeito sinergístico obtido pelos métodos ensinados pode ser quantificado, por exemplo, de acordo com a fórmula de Colby (isto é, (E) = X + Y - (X * Y / 100)). Ver Colby, R.S., “Calculating Synergistic and Antagonistic Responses of Herbicide Combinations,” 1967. Weeds. Vol. 15, pp. 20-22, incorporado a adendo por referência na sua totalidade. Assim, “sinergístico” pretende refletir um resultado / parâmetro / efeito que foi aumentado em mais do que uma quantidade aditiva.
[0316] Em algumas modalidades, os micróbios ou bioconjuntos microbianos da presente divulgação podem ser administrados por meio de encharcamento. Em uma modalidade, o encharcamento é um encharcamento oral. Uma administração de encharcamento compreende a utilização de um kit / aplicador / seringa de dose que injeta / libera um líquido compreendendo os micróbios ou bioconjuntos microbianos na cavidade bucal e/ou esôfagos do animal.
[0317] Em algumas modalidades, filhotes / pintinhos são pulverizados com composições microbianas da presente divulgação entre o dia 0 e o dia 14 após a eclosão. Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação são administradas às aves com alimentos. Em algumas modalidades, a composição microbiana administrada por pulverização compreende um conjunto diferente de micróbios que a composição microbiana administrada via alimento. Em algumas modalidades, a composição microbiana administrada por pulverização e a composição microbiana administrada via alimento compreendem o mesmo conjunto de micróbios.
[0318] Em algumas modalidades, os micróbios ou bioconjuntos microbianos da presente divulgação podem ser administrados de uma maneira liberada com o tempo. A composição pode ser revestida em uma composição química, ou pode estar contida em um dispositivo ou cápsula mecânica que libera os micróbios ou bioconjuntos microbianos durante um período de tempo, ao invés de todos de uma vez. Em uma modalidade, os micróbios ou bioconjuntos microbianos são administrados a um animal em uma cápsula de liberação com o tempo. Em uma modalidade, a composição pode ser revestida em uma composição química ou pode estar contida em um dispositivo ou cápsula mecânica que libera os micróbios ou bioconjuntos microbianos todos de uma vez por um período de tempo horas após a ingestão.
Em uma modalidade, a composição pode ser revestida em uma composição química ou pode estar contida em um dispositivo ou cápsula mecânica que libera os micróbios ou bioconjuntos microbianos em diferentes locais dentro do trato gastrointestinal.
[0319] Em algumas modalidades, os micróbios ou bioconjuntos microbianos são administrados de maneira liberada com o tempo entre 1 a 5, 1 a 10, 1 a 15, 1 a 20, 1 a 24, 1 a 25, 1 a 30, 1 a 35, 1 a 40, 1 a 45, 1 a 50, 1 a 55, 1 a 60, 1 a 65, 1 a 70, 1 a 75, 1 a 80, 1 a 85, 1 a 90, 1 a 95 ou 1 a 100 horas após a administração de uma composição ou dispositivo de liberação do tempo.
[0320] Em algumas modalidades, os micróbios ou bioconjuntos microbianos são administrados de maneira liberada no tempo entre 1 a 2, 1 a 3, 1 a 4, 1 a 5, 1 a 6, 1 a 7, 1 a 8, 1 a 9, 1 a 10, 1 a 11, 1 a 12, 1 a 13, 1 a 14, 1 a 15, 1 a 16, 1 a 17, 1 a 18, 1 a 19, 1 a 20, 1 a 21, 1 a 22, 1 a 23, 1 a 24, 1 a 25, 1 a 26, 1 a 27, 1 a 28, 1 a 29 ou 1 a 30 dias após a administração de uma composição ou dispositivo de liberação do tempo. Micro-organismos
[0321] Conforme usado neste documento, o termo "micro-organismo" deveria ser usado de forma ampla. Ele inclui, mas não se limita a, dois domínios procariontes, Bacteria e Archaea, bem como fungos eucarióticos, protistas e vírus.
[0322] A título de exemplo, os micro-organismos podem incluir espécies dos gêneros de: Lactobacillus, Clostridium, Faecalibacter, Hydrogenoanaerobacterium, Acrocarpospora, Bacillus, Subdoligranulum, Leuconostoc, Lachnospira, Anaerofilum, Microbacterium, Verrucosispora, Blautia, Pseudomonas, Sporobacter, Corynebacterium Streptococcus, Paracoccus, Celulosilyticum, Ruminococcus, Bacteroides, Filobasidium, Gibberella, Alatospora, Pichia, and Candida. Em algumas modalidades, os micro-organismos podem incluir espécies de qualquer geral divulgado neste documento.
[0323] Em certas modalidades, o micro-organismo é não cultivável. Isto deveria ser considerado para significar que o micro-organismo não é conhecido como cultivável ou é de cultivo difícil usando os métodos conhecidos pelos versados na técnica.
[0324] Em uma modalidade, os micróbios são obtidos de animais (por exemplo, mamíferos, répteis, aves e semelhantes), solo (por exemplo, rizosfera), ar, água (por exemplo, marinho, água doce, lodo de águas residuais), sedimentos, óleo, plantas (por exemplo, raízes,
folhas, caules), produtos agrícolas e ambientes extremos (por exemplo, drenagem ácida de minas ou sistemas hidrotérmicos). Em uma modalidade adicional, os micróbios obtidos de ambientes marinhos ou de água doce, como um oceano, rio ou lago. Em uma modalidade adicional, os micróbios podem ser da superfície do corpo de água ou de qualquer profundidade do corpo de água (por exemplo, uma amostra do fundo do mar).
[0325] Os micro-organismos da divulgação podem ser isolados em culturas substancialmente puras ou misturadas. Eles podem ser concentrados, diluídos ou fornecidos em concentrações naturais em que eles são encontrados no material fonte. Por exemplo, os micro-organismos de sedimentos salinos podem ser isolados para uso nesta divulgação pela suspensão do sedimento em água fresca e deixando o sedimento cair até o fundo. A água que contém a maior parte dos micro-organismos pode ser removida por decantação após um período adequado de sedimentação e administrada ao trato GI de aves ou concentrada por filtração ou centrifugação, diluída para uma concentração apropriada e administrada ao trato GI de aves com a maior parte do sal removido. A título de exemplo adicional, os micro- organismos de fontes mineralizadas ou tóxicas podem ser tratados de maneira semelhante para recuperar os micróbios para aplicação em aves domésticas, a fim de minimizar o potencial de danos ao animal.
[0326] Em outra modalidade, os micro-organismos são usados em uma forma bruta, na qual não são isolados do material de origem em que residem naturalmente. Por exemplo, os micro-organismos são fornecidos em combinação com o material de origem em que residem; por exemplo, matéria fecal ou outra composição encontrada no trato gastrointestinal. Nesta modalidade, o material de fonte pode incluir uma ou mais espécies de micro-organismos.
[0327] Em algumas modalidades, uma população mista de micro-organismos é usada nos métodos da divulgação.
[0328] Nas modalidades da divulgação em que os micro-organismos estão isolados de um material de fonte (por exemplo, o material no qual eles residem naturalmente), pode ser usada qualquer combinação ou uma combinação com inúmeras técnicas padrão que serão imediatamente identificadas pelos versados na técnica. No entanto, a título de exemplo, em geral essas empregam processos em que um cultivo sólido ou líquido de um micro-organismo individual pode ser obtido em uma forma substancialmente pura, geralmente por separação física na superfície de um meio de crescimento microbiano sólido ou por isolamento diluidor volumétrico em um meio de crescimento microbiano líquido. Estes processos podem incluir o isolamento do material seco, da suspensão líquida, das pastas ou os homogenatos em que o material é espalhado em uma camada fina sobre um meio contínuo apropriado do crescimento do gel, ou diluições em série do material feitas em um meio estéril e inoculadas em meios de cultura líquidos ou contínuos.
[0329] Embora não seja essencial, em uma modalidade, o material que contém os micro-organismos pode ser pré-tratado antes do processo de isolamento, a fim de multiplicar todos os micro-organismos no material. Os micro-organismos podem então ser isolados dos materiais enriquecidos como divulgado anteriormente.
[0330] Em certas modalidades, conforme mencionado anteriormente, o(s) micro- organismo(s) pode(m) ser usado(s) em uma forma bruta e não precisa(m) ser isolado(s) de um animal ou de um meio. Por exemplo, as fezes, ou os meios de crescimento que incluem os micro-organismos identificados para serem benéficos para maior eficiência alimentar podem ser obtidos e usados como uma fonte bruta de micro-organismos para o próximo estágio do método ou como uma fonte bruta de micro-organismos na conclusão do método. Por exemplo, fezes frescas podem ser obtidas e opcionalmente processadas. Mudança de microbioma e abundância de micróbios
[0331] Em algumas modalidades, o microbioma de aves, incluindo o microbioma intestinal (papo, moela, ceco, intestino delgado e intestino grosso) compreende um ambiente diversificado de micróbios com uma ampla variedade de capacidades metabólicas. O microbioma é influenciado por uma série de fatores incluindo dieta, variações no metabolismo animal e raça, entre outros. A maioria das dietas para aves é baseada em vegetais e rica em polissacarídeos complexos que enriquecem a comunidade microbiana gastrointestinal para micróbios capazes de decompor componentes poliméricos específicos na dieta, como celulose, hemicelulose, lignina, etc. Os produtos finais da degradação primária sustentam uma cadeia de micróbios que finalmente produz uma gama de ácidos orgânicos, juntamente com hidrogênio e dióxido de carbono. Devido à natureza complexa e interligada do microbioma, alterar a dieta e, portanto, os substratos para degradação primária pode ter um efeito cascata no metabolismo microbiano intestinal, com alterações nos perfis de ácidos orgânicos e nos níveis de metano produzidos, afetando a qualidade e quantidade produção animal e/ou os produtos produzidos pelo animal. Ver Menezes et al. (2011. FEMS Microbiol. Ecol. 78 (2): 256-265.)
[0332] Em alguns aspectos, a presente divulgação é desenhada para administrar composições microbianas aqui descritas para modular ou mudar o microbioma de aves.
[0333] Em algumas modalidades, o microbioma é deslocado através da administração de um ou mais micróbios no trato gastrointestinal. Em outras modalidades, os um ou mais micróbios são os selecionados da Tabela 1 e/ou Tabela 3. Em algumas modalidades, a mudança ou modulação de microbioma inclui uma diminuição ou perda de micróbios específicos que estavam presentes antes da administração de um ou mais micróbios da presente divulgação. Em algumas modalidades, a mudança ou modulação de microbioma inclui um aumento de micróbios que estavam presentes antes da administração de um ou mais micróbios da presente divulgação. Em algumas modalidades, a mudança ou modulação de microbioma inclui um ganho de um ou mais micróbios que não estavam presentes antes da administração de um ou mais micróbios da presente divulgação. Em uma modalidade adicional, o ganho de um ou mais micróbios é um micróbio que não foi especificamente incluído no conjunto microbiano administrado.
[0334] Em algumas modalidades, a administração de micróbios da presente divulgação resulta em uma modulação sustentada do microbiona, de modo que os micróbios administrados estejam presentes no microbioma por um período de pelo menos 1 a 10, 1 a 9, 1 a 8, 1 a 7, 1 a 6, 1 a 5, 1 a 4, 1 a 3, 1 a 2, 2 a 10, 2 a 9, 2 a 8, 2 a 7, 2 a 6, 2 a 5, 2 a 4, 2 a 3, 3 a 10, 3 a 9, 3 a 8, 3 a 7, 3 a 6, 3 a 5, 3 a 4, 4 a 10, 4 a 9, 4 a 8, 4 a 7, 4 a 6, 4 a 5, 5 a 10, 5 a 9, 5 a 8, 5 a 7, 5 a 6, 6 a 10, 6 a 9, 6 a 8, 6 a 7, 7 a 10, 7 a 9, 7 a 8,8 a 10, 8 a 9, 9 a 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 dias.
[0335] Em algumas modalidades, a administração de micróbios da presente divulgação resulta em uma modulação sustentada do microbiona, de modo que os micróbios administrados estejam presentes no microbioma por um período de pelo menos 1 a 10, 1 a 9, 1 a 8, 1 a 7, 1 a 6, 1 a 5, 1 a 4, 1 a 3, 1 a 2, 2 a 10, 2 a 9, 2 a 8, 2 a 7, 2 a 6, 2 a 5, 2 a 4, 2 a 3, 3 a 10, 3 a 9, 3 a 8, 3 a 7, 3 a 6, 3 a 5, 3 a 4, 4 a 10, 4 a 9, 4 a 8, 4 a 7, 4 a 6, 4 a 5, 5 a 10, 5 a 9, 5 a 8, 5 a 7, 5 a 6, 6 a 10, 6 a 9, 6 a 8, 6 a 7, 7 a 10, 7 a 9, 7 a 8,8 a 10, 8 a 9, 9 a 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 semanas.
[0336] Em algumas modalidades, a administração de micróbios da presente divulgação resulta em uma modulação sustentada do microbioma, de modo que os micróbios administrados estejam presentes no microbioma por um período de pelo menos 1 a 10, 1 a 9, 1 a 8, 1 a 7, 1 a 6, 1 a 5, 1 a 4, 1 a 3, 1 a 2, 2 a 10, 2 a 9, 2 a 8, 2 a 7, 2 a 6, 2 a 5, 2 a 4, 2 a 3, 3 a 10, 3 a 9, 3 a 8, 3 a 7, 3 a 6, 3 a 5, 3 a 4, 4 a 10, 4 a 9, 4 a 8, 4 a 7, 4 a 6, 4 a 5, 5 a 10, 5 a 9, 5 a 8, 5 a 7, 5 a 6, 6 a 10, 6 a 9, 6 a 8, 6 a 7, 7 a 10, 7 a 9, 7 a 8, 8 a 10, 8 a 9, 9 a 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12 meses.
[0337] Em algumas modalidades, a presença dos micróbios administrados é detectada por amostragem do trato gastrointestinal e pelo uso de iniciadores para amplificar as sequências de rDNA 16S ou 18S ou as sequências de ITS rDNA dos micróbios administrados. Em algumas modalidades, os micróbios administrados são um ou mais dos selecionados da Tabela 1 e/ou Tabela 3, e as sequências de rDNA correspondentes são as selecionadas de SEQ ID NOs: 1-387.
[0338] Em algumas modalidades, o microbioma de uma ave é medido por amplificação de polinucleotídeos coletados a partir de amostras gastrointestinais, em que os polinucleotídeos podem ser fragmentos de rDNA 16S ou 18S ou fragmentos de ITS rDNA de rDNA microbiano. Em uma modalidade, o microbioma é impresso por meio de um método de eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE), em que os fragmentos de rDNA amplificados são classificados por onde desnaturam e formam um padrão de bandas exclusivo em um gel que pode ser usado para comparar o microbioma do mesmo pássaro ao longo do tempo ou os microbiomas de vários pássaros. Em outra modalidade, o microbioma é impresso por meio de um método de polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição terminal (T-RFLP), em que os fragmentos de PCR marcados são digeridos usando uma enzima de restrição e depois classificados por tamanho. Em uma modalidade adicional, os dados coletados a partir do método T-RFLP são avaliados por ordenação de escala multidimensional não métrica (nMDS) e as estatísticas PERMANOVA identificam diferenças nos microbiomas, permitindo assim a identificação e medição de mudanças no microbioma. Ver também Shanks et al. (2011. Appl. Environ. Microbiol. 77(9):2992-3001), Petri et al. (2013. PLOS one. 8(12):e83424), e Menezes et al. (2011. FEMS Microbiol. Ecol. 78 (2): 256-265.)
[0339] Em algumas modalidades, a administração de micróbios da presente divulgação resulta em uma modulação ou deslocamento do microbioma que resulta ainda em um fenótipo desejado ou característica melhorada.
[0340] Em algumas modalidades, a diminuição na variabilidade do número de espécies específicas é uma redução do número total de espécies específicas de micróbios no intestino delgado para entre 25 e 500, 25 e 400, 25 e 350, 25 e 300, 25 e 200, 25 e 100, 25 e 50, 50 e 500, 50 e 400, 50 e 300, 50 e 200, 50 e 100, 100 e 500, 100 e 400, 100 e 300, 100 e 200, 200 e 500, 200 e 400, 200 e 300, 300 e 500, 300 e 400 ou 400 a 500 espécies.
Pontuação MIC
[0341] De acordo com os métodos aqui fornecidos, uma amostra é processada para detectar a presença de um ou mais tipos de micro-organismos na amostra (FIG. 1, 1001; FIG. 2, 2001). O número absoluto de um ou mais tipos de micro-organismos na amostra é determinado (FIG. 1, 1002; FIG. 2, 2002). A determinação da presença de um ou mais tipos de organismos e o número absoluto de pelo menos um tipo de organismo pode ser realizada em paralelo ou em série. Por exemplo, no caso de uma amostra compreendendo uma comunidade microbiana compreendendo bactérias (isto é, um tipo de micro-organismo) e fungos (isto é, um segundo tipo de micro-organismo), o usuário em uma modalidade detecta a presença de um ou ambos os tipos de organismos em a amostra (FIG. 1, 1001; FIG. 2, 2001). O usuário, em uma modalidade adicional, determina o número absoluto de pelo menos um tipo de organismo na amostra - no caso deste exemplo, o número de bactérias, fungos ou combinação dos mesmos, na amostra (FIG. 1, 1002; FIG 2, 2002).
[0342] Em uma modalidade, a amostra ou uma porção dela é submetida à análise por citometria de fluxo (FC) para detectar a presença e/ou número de um ou mais tipos de micro- organismos (FIG. 1, 1001, 1002; FIG.2, 2001, 2002) Em uma modalidade do citômetro de fluxo, as células microbianas individuais passam através de uma zona de iluminação, a uma taxa de pelo menos cerca de 300 *s-1 , ou pelo menos cerca de 500 *s-1, ou pelo menos cerca de 1000 *s-1. No entanto, um versado na técnica reconhecerá que essa taxa pode variar dependendo do tipo de instrumento utilizado. Os detectores que são bloqueados eletronicamente medem a magnitude de um pulso que representa a extensão da luz espalhada. As magnitudes desses pulsos são classificadas eletronicamente em "compartimentos" ou
"canais", permitindo a exibição de histogramas do número de células que possuem uma certa propriedade quantitativa (por exemplo, propriedade de coloração celular, diâmetro, membrana celular) contra o número do canal. Essa análise permite a determinação do número de células em cada "compartimento" que, nas modalidades aqui descritas, é um compartimento "tipo de micro-organismo", por exemplo, bactérias, fungos, nematoides, protozoários, arqueobactérias, algas, dinoflagelados, vírus, viroide, etc.
[0343] Em uma modalidade, uma amostra é corada com um ou mais corantes fluorescentes, em que um corante fluorescente é específico para um tipo de micro-organismo específico, para permitir a detecção por um citômetro de fluxo ou algum outro método de detecção e quantificação que aproveite a fluorescência, como a microscopia de fluorescência. O método pode fornecer quantificação do número de células e/ou volume celular de um determinado tipo de organismo em uma amostra. Em uma modalidade adicional, como descrito aqui, a citometria de fluxo é aproveitada para determinar a presença e quantidade de um primeiro marcador específico e/ou segundo marcador específico do tipo de organismo, como expressão de enzima, expressão de proteína da superfície celular, etc. Também podem ser gerados histogramas de duas ou três variáveis ou gráficos de contorno de, por exemplo, espalhamento de luz contra fluorescência de uma coloração de membrana celular (contra fluorescência de uma coloração de proteína ou DNA) e, assim, pode-se obter uma impressão da distribuição de uma variedade de propriedades de interesse entre as células da população como um todo. Inúmeras exibições de tais dados citométricos de fluxo multiparâmetros são de uso comum e são passíveis de serem utilizadas com os métodos aqui descritos.
[0344] Em uma modalidade de processamento da amostra para detectar a presença e o número de um ou mais tipos de micro-organismos é utilizado um ensaio de microscopia (FIG. 1, 1001, 1002). Em uma modalidade, a microscopia é microscopia óptica, onde a luz visível e um sistema de lentes são usados para ampliar imagens de pequenas amostras. As imagens digitais podem ser capturadas por um dispositivo de carga acoplada (CCD). Outras técnicas microscópicas incluem, entre outras, microscopia eletrônica de varredura e microscopia eletrônica de transmissão. Os tipos de micro-organismos são visualizados e quantificados de acordo com os aspectos aqui fornecidos.
[0345] Em outra modalidade, a fim de detectar a presença e o número de um ou mais tipos de micro-organismos, a amostra ou uma porção da mesma é submetida a microscopia de fluorescência. Diferentes corantes fluorescentes podem ser usados para colorir diretamente as células nas amostras e quantificar a contagem total de células usando um microscópio de epifluorescência, bem como a citometria de fluxo, descrita anteriormente. Os corantes úteis para quantificar micro-organismos incluem, mas não estão limitados a, laranja de acridina (AO), 4,6-di-amino-2 fenilindol (DAPI) e cloreto de 5-ciano-2,3-ditolil-tetrazólio (CTC). As células viáveis podem ser estimadas por um método de coloração de viabilidade, como o Kit de Viabilidade Bacteriana LIVE / DEAD ® (Bac-Light ™), que contém duas colorações de ácido nucleico: o corante verde fluorescente SYTO 9 ™ penetra em todas as membranas e o corante iodeto de propídio (PI) fluorescente vermelho penetra nas células com membranas danificadas. Portanto, as células com membranas comprometidas ficarão vermelhas, enquanto as células com membranas não danificadas ficarão verdes. A hibridação fluorescente in situ (FISH) estende a microscopia de epifluorescência, permitindo a rápida detecção e enumeração de organismos específicos. O FISH usa sondas de oligonucleotídeos marcados com fluorescência (geralmente 15 a 25 pares de bases) que se ligam especificamente ao DNA do organismo na amostra, permitindo a visualização das células usando um microscópio de varredura a laser de epifluorescência ou confocal (CLSM). A hibridação in situ por fluorescência de deposição de repórter catalisada (CARD-FISH) melhora o método FISH usando sondas de oligonucleotídeos marcadas com uma peroxidase de rábano (HRP) para amplificar a intensidade do sinal obtido dos micro-organismos em estudo. O FISH pode ser combinado com outras técnicas para caracterizar comunidades de micro-organismos. Uma técnica combinada é o ácido nucleico do peptídeo de alta afinidade (PNA) -FISH, em que a sonda tem uma capacidade aprimorada de penetrar através da matriz da Substância Polimérica Extracelular (EPS). Outro exemplo é o LIVE / DEAD-FISH, que combina o kit de viabilidade celular com o FISH e foi usado para avaliar a eficiência da desinfecção em sistemas de distribuição de água potável.
[0346] Em outra modalidade, a amostra ou uma porção dela é submetida à microespectroscopia Raman, a fim de determinar a presença de um tipo de micro-organismo e o número absoluto de pelo menos um tipo de micro-organismo (FIG. 1, 1001-1002; FIG.2 2001-2002). A microespectroscopia Raman é uma tecnologia não destrutiva e sem marcador capaz de detectar e medir um espectro Raman de célula única (SCRS). Um SCRS típico fornece uma "impressão digital" bioquímica intrínseca de uma única célula. Um SCRS contém informações ricas das biomoléculas nele contidas, incluindo ácidos nucleicos, proteínas, carboidratos e lipídeos, o que permite a caracterização de diferentes espécies celulares, alterações fisiológicas e fenótipos celulares. A microscopia Raman examina a dispersão da luz do laser pelas ligações químicas de diferentes biomarcadores celulares. Um SCRS é uma soma dos espectros de todas as biomoléculas em uma única célula, indicando o perfil fenotípico de uma célula. Os fenótipos celulares, como consequência da expressão genética, geralmente refletem genótipos. Assim, sob condições de crescimento idênticas, diferentes tipos de micro-organismos fornecem SCRS distintos correspondentes a diferenças em seus genótipos e podem, assim, ser identificados por seus espectros Raman.
[0347] Ainda em outra modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida centrifugação, a fim de determinar a presença de um tipo de micro-organismo e o número de pelo menos um tipo de micro-organismo (FIG. 1, 1001-1002; FIG.2 2001-2002). Esse processo sedimenta uma mistura heterogênea usando a força centrífuga criada por uma centrífuga. Os componentes mais densos da mistura migram para longe do eixo da centrífuga, enquanto componentes menos densos da mistura migram para o eixo. A centrifugação pode permitir o fracionamento das amostras em porções citoplasmáticas, de membrana e extracelulares. Ela também pode ser usada para determinar informações de localização de moléculas biológicas de interesse. Além disso, a centrifugação pode ser usada para fracionar o DNA total da comunidade microbiana. Diferentes grupos procarióticos diferem no teor de guanina-mais-citosina (G + C) do DNA; portanto, a centrifugação em gradiente de densidade com base no teor de G + C é um método para diferenciar tipos de organismos e o número de células associadas a cada tipo. A técnica gera um perfil fracionado de todo o DNA da comunidade e indica abundância de DNA em função do teor de G + C. O DNA total da comunidade é fisicamente separado em frações altamente purificadas, cada uma representando um teor diferente de G + C que pode ser analisado por técnicas moleculares adicionais, como eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) / análise de restrição de DNA ribossômica amplificada (ARDRA) (ver a discussão aqui) para avaliar a diversidade microbiana total da comunidade e a presença / quantidade de um ou mais tipos de micro-
organismos.
[0348] Em outra modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida coloração, a fim de determinar a presença de um tipo de micro-organismo e o número de pelo menos um tipo de micro-organismo (FIG. 1, 1001-1002; FIG.2 2001-2002). Colorações e corantes podem ser usados para visualizar tecidos, células ou organelas biológicas dentro das células. A coloração pode ser usada em conjunto com microscopia, citometria de fluxo ou eletroforese em gel para visualizar ou marcar células ou moléculas biológicas que são exclusivas para diferentes tipos de micro-organismos. A coloração in vivo é o processo de corar tecidos vivos, enquanto a coloração in vitro envolve células ou estruturas de coloração que foram removidas de seu contexto biológico. Exemplos de técnicas de coloração específicas para uso com os métodos aqui descritos incluem, mas não estão limitados a: coloração de gram para determinar o estado das bactérias, coloração de endosporo para identificar a presença de endósporos, coloração de Ziehl-Neelsen, coloração de hematoxilina e eosina para examinar fina seções de tecido, coloração de papanicolaou para examinar amostras de células de várias secreções corporais, coloração periódica de carboidratos por ácido Schiff, tricoma de Masson empregando um protocolo de coloração de três cores para distinguir células do tecido conjuntivo circundante, coloração de Romanowsky (ou variantes comuns que incluem coloração de Wright, coloração de Jenner, coloração de May-Grunwald, coloração de Leishman e Giemsa) para examinar amostras de sangue ou medula óssea, prata para revelar proteínas e DNA, coloração de Sudan para lipídeos e coloração de Conklin para detectar endósporos verdadeiros. Colorações biológicas comuns incluem laranja de acridina para determinação do ciclo celular; marrom bismarck para mucinas ácidas; carmim para glicogênio; alume de carmim para núcleos; azul de Coomassie para proteínas; violeta cresil para os componentes ácidos do citoplasma neuronal; cristal de violeta para paredes celulares; DAPI para núcleos; eosina para material citoplasmático, membranas celulares, algumas estruturas extracelulares e glóbulos vermelhos; brometo de etídio para DNA; fucsina ácida para colágeno, músculo liso ou mitocôndria; hematoxilina para núcleos; colorações de Hoechst para DNA; iodo para amido; verde de malaquita para bactérias na técnica de coloração de Gimenez e esporos; verde de metila para cromatina; azul de metileno para células animais; vermelho neutro para a substância Nissl; azul do Nilo para núcleos; vermelho do Nilo para entidades lipolílicas; tetróxido de ósmio para lipídeos; rodamina é usada em microscopia de fluorescência; safranina para núcleos. As colorações também são usadas na microscopia eletrônica de transmissão para aprimorar o contraste e incluem ácido fosfotúngstico, tetróxido de ósmio, tetróxido de rutênio, molibdato de amônio, iodeto de cádmio, carboidridrazida, cloreto férrico, hexamina, tricloreto de índio, nitrato de lantânio, acetato de chumbo, citrato de chumbo, nitrato de chumbo (II), ácido periódico, ácido fosfomolibdico, ferricianeto de potássio, ferrocianeto de potássio, vermelho de rutênio, nitrato de prata, proteína de prata, cloroaurato de sódio, nitrato de tálio, tiossemicarbazida, acetato de uranila, nitrato de uranila e sulfato de vanadila.
[0349] Em outra modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida a espectrometria de massa (MS), a fim de determinar a presença de um tipo de micro-organismo e o número de pelo menos um tipo de micro-organismo (FIG. 1, 1001-1002; FIG. 2, 2001- 2002). A MS, como discutido a seguir, também pode ser usada para detectar a presença e expressão de um ou mais marcadores exclusivos em uma amostra (FIG. 1, 1003-1004; FIG. 2, 2003-2004). A MS é usada, por exemplo, para detectar a presença e quantidade de marcadores de proteínas e/ou peptídeos exclusivos para os tipos de micro-organismos e, portanto, fornecer uma avaliação do número do tipo de micro-organismo respectivo na amostra. A quantificação pode ser feita com marcação isotópica estável ou sem marcação. O sequenciamento de novo de peptídeos também pode ocorrer diretamente a partir de espectros de MS / MS ou marcação de sequência (produz uma marcação curta que pode ser comparada a um banco de dados). A MS também pode revelar modificações pós-traducionais de proteínas e identificar metabólitos. A MS pode ser usada em conjunto com técnicas cromatográficas e outras técnicas de separação (como cromatografia gasosa, cromatografia líquida, eletroforese capilar, mobilidade iônica) para melhorar a resolução e determinação da massa.
[0350] Em outra modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida a análise de lipídeos, a fim de determinar a presença de um tipo de micro-organismo e o número de pelo menos um tipo de micro-organismo (FIG. 1, 1001-1002; FIG. 2, 2001-2002). Os ácidos graxos estão presentes em uma proporção relativamente constante da biomassa celular, e os ácidos graxos de assinatura existem em células microbianas que podem diferenciar tipos de micro-organismos em uma comunidade. Em uma modalidade, os ácidos graxos são extraídos por saponificação seguida de derivatização para dar os respectivos ésteres metílicos de ácidos graxos (FAMEs), que são então analisados por cromatografia gasosa. O perfil FAME em uma modalidade é então comparado com um banco de dados de referência FAME para identificar os ácidos graxos e suas assinaturas microbianas correspondentes por análises estatísticas multivariadas.
[0351] Nos aspectos dos métodos aqui fornecidos, o número de primeiros marcadores específicos na amostra, ou parte dela (por exemplo, alíquota da amostra) é medido, bem como a abundância de cada um dos primeiros marcadores únicos (FIG. 1, 1003; FIG. 2, 2003). Um marcador específico é um marcador de uma cepa de micro-organismos. Deve ser entendido por um versado na técnica que, dependendo do marcador específico sendo sondado e medido, toda a amostra não precisa ser analisada. Por exemplo, se o marcador específico for específico de cepas bacterianas, a parte fúngica da amostra não precisará ser analisada. Como descrito anteriormente, em algumas modalidades, medir a abundância absoluta de um ou mais tipos de organismos em uma amostra compreende separar a amostra por tipo de organismo, por exemplo, por meio de citometria de fluxo.
[0352] Qualquer marcador que seja específico para uma cepa de organismo pode ser empregado aqui. Por exemplo, os marcadores podem incluir, entre outros, genes de RNA ribossômico da subunidade pequena (rDNA 16S / 18S), genes de RNA ribossômico da subunidade grande (rDNA 23S / 25S / 28S), gene intercalary 5.8S, citocromo c oxidase, beta- tubulina, fator de alongamento, RNA polimerase e espaçador interno transcrito (ITS).
[0353] Os genes de RNA ribossômico (rDNA), especialmente os genes de RNA de subunidade ribossômica pequena, ou seja, genes 18S rRNA (18S rDNA) no caso de eucariotos e 16S rRNA (16S rDNA) no caso de procariontes, têm sido o alvo predominante na avaliação de tipos e cepas de organismos em uma comunidade microbiana. No entanto, os genes de RNA ribossômico da subunidade grande, 28S rDNAs, também foram alvo. Os rDNAs são adequados para identificação taxonômica porque: (i) são onipresentes em todos os organismos conhecidos; (ii) possuem regiões conservadas e variáveis; (iii) existe um banco de dados em expansão exponencial de suas sequências disponíveis para comparação. Na análise comunitária das amostras, as regiões conservadas servem como locais de recozimento para os iniciadores de PCR e/ou sequenciamento universais correspondentes, enquanto as regiões variáveis podem ser usadas para diferenciação filogenética. Além disso, o alto número de cópias de rDNA nas células facilita a detecção de amostras ambientais.
[0354] O espaçador interno transcrito (ITS), localizado entre o 18S rDNA e o 28S rDNA, também foi alvo. O ITS é transcrito, mas emendado antes da montagem dos ribossomos. A região ITS é composta por dois espaçadores altamente variáveis, ITS1 e ITS2, e o gene 5.8S intercalary. Esse operon de rDNA ocorre em várias cópias nos genomas. Como a região ITS não codifica componentes do ribossomo, ela é altamente variável.
[0355] Em uma modalidade, o marcador de RNA exclusivo pode ser um marcador de mRNA, um marcador de siRNA ou um marcador de RNA ribossômico.
[0356] Os genes funcionais que codificam proteínas também podem ser usados aqui como um primeiro marcador específico. Tais marcadores incluem, mas não estão limitados a: família de genes recombinase A (RecA bacteriana, RadA e RadB de archaea, Rad51 eucariótica e Rad57, fago UvsX); Gene da subunidade β da RNA polimerase (RpoB), responsável pelo início e alongamento da transcrição; chaperoninas. Os genes marcadores candidatos também foram identificados para bactérias e arquebactérias: proteína ribossômica S2 (rpsB), proteína ribossômica S10 (rpsJ), proteína ribossômica L1 (rplA), fator de alongamento da tradução EF-2, fator de início da tradução IF-2, fator de iniciação da tradução IF-2, metaloendopeptidase, ribossômico proteína L22, proteína de partículas de reconhecimento de sinal ffh, proteína ribossômica L4 / L1e (rplD), proteína ribossômica L2 (rplB), proteína ribossômica S9 (rpsI), proteína ribossômica L3 (rplC), subunidade beta fenilalanil-tRNA sintetase, proteína ribossômica L14b / L23e (rplN), proteína ribossômica S5, proteína ribossômica S19 (rpsS), proteína ribossômica S7, proteína ribossômica L16 / L10E (rplP), proteína ribossômica S13 (rpsM), subunidade sintetase α de fenossalanil-tRNA, proteína ribossômica L15, proteína ribossômica L25, / L23, proteína ribossômica L6 (rplF), proteína ribossômica L11 (rplK), proteína ribossômica L5 (rplE), proteína ribossômica S12 / S23, proteína ribossômica L29, proteína ribossômica S3 (rpsC), proteína ribossômica S11 (rpsK), proteína ribossômica L10, proteína ribossômica S8, tRNA ps eudouridina sintase B, proteína ribossômica L18P / L5E, proteína ribossômica S15P / S13e, porfobilinogênio desaminase, proteína ribossômica S17, proteína ribossômica L13 (rplM), fosforibosilformilglicinamidina ciclo-ligase (rpsE) e ribonuclease HII e proteína ribossômica
L24. Outros genes marcadores candidatos para bactérias incluem: proteína de alongamento de transcrição NusA (nusA), subunidade beta de RNA polimerase direcionada a rpoB DNA (rpoB), proteína de ligação EngA ao GTP, subunidade beta' de RNA polimerase direcionada a rpoC DNA, proteína de montagem de priA primosome, fator de acoplamento de reparo de transcrição, C TP sintase (pyrG), subunidade SecY da préproteína translocase secY, proteína de ligação ao GTP Obg/CgtA, DNA polimerase I, proteína ribossômica S6 rpsF 30S, subunidade alfa de RNA polimerase direcionada a poA DNA, fator de liberação de cadeia de peptídeo 1, proteína ribossômica L9 rplI 50S, polirribonucleotídeo nucleotidiltransferase, fator de alongamento Ts de tsf (tsf), proteína ribossômica L17 rplQ 50S, tRNA (guanina-N(1)-)- metiltransferase (rplS), proteína ribossômica L25 rplY provável 50S, proteína de reparo RadA de DNA, proteína de divisão A inibida por glicose, fator de ligação A ao ribossomo, proteína de reparo MutL de compatibilidade DNA, proteína de ligação ao smpB SsrA (smpB), N- acetilglucosaminil transferase, S-adenosil-metiltransferase MraW, UDP-N- acetilmuramoilalanina--D-glutamato ligase, proteína ribossômica L19 rplS 50S, proteína ribossômica L20 rplT 50S (rplT), helicase de DNA da junção Holliday ruvA, helicase de DNA da junção Holliday ruvB B, serS seril-tRNA sintetase, proteína ribossômica L21 rplU 50S, proteína ribossômica S18 rpsR 30S, proteína de reparo MutS de incompatibilidade com DNA, proteína ribossômica S20 rpsT 30S, proteína de reparo RecN de DNA, fator de reciclagem de ribossomo frr (frr), proteína de recombinação RecR, proteína de função desconhecida UPF0054, miaA tRNA isopenteniltransferase, proteína de ligação YchF do GTP, proteína do iniciador de replicação cromossômico DnaA, defosfo-CoA quinase, proteína de processamento RimM de 16S rRNA, proteína de domínio de cone de ATP, 1-deóxi-D-xilulose 5-fosfato reductoisomerase, 2C-metil-D-eritritol 2,4-ciclodifosfato sintase, proteína de síntese de ácido graxo/fosfolipídeos PlsX, tRNA(Ile)-lisidina sintetase, dnaG DNA primase (dnaG), resolvase de junção de ruvC Holliday, proteína ribossômica S16 rpsP 30S, Recombinase A recA, proteína RibF de biossíntese de riboflavina, subunidade beta de glicil-tRNA sintetase, trmU tRNA (5-metilaminometil-2-tiouridilato)-metiltransferase, proteína ribossômica L32 de rpmI 50S, hemE uroporfirinogênio decarboxilase, proteína de determinação da forma Rodt, proteína ribossômica L27 de rpmA 50S (rpmA), peptidil-tRNA hudrolase, fator de iniciação de tradução IF-3 (infC), UDP-N-acetilmuramil-tripeptídeo sintetase, proteína ribossômica L32 de rpmF 50S, proteína ribossômica L7/L12 de rpIL 50S (rpIL), leuS leucil-tRNA sintetase, DNA ligase dependente de ligA NAD, proteína FtsA de divisão celular, proteína TypA de ligação ao GTP, Clp protease dependente de ATP, subunidade ClpX de ligação ao ATP, replicação de DNA e proteína de reparo RecF e UDP-N-acetilenolpiruvoilglucosamina redutase.
[0357] Os ácidos graxos fosfolipídicos (PLFAs) também podem ser usados como primeiros marcadores específicos, de acordo com os métodos aqui descritos. Como os PLFAs são rapidamente sintetizados durante o crescimento microbiano, não são encontrados nas moléculas de armazenamento e se degradam rapidamente durante a morte celular, ele fornece um censo preciso da comunidade atual. Todas as células contêm ácidos graxos (FAs) que podem ser extraídos e esterificados para formar ésteres metílicos de ácidos graxos (FAMEs). Quando os FAMEs são analisados por cromatografia gasosa-espectrometria de massa, o perfil resultante constitui uma 'impressão digital' dos micro-organismos na amostra. As composições químicas de membranas para organismos nos domínios Bactérias e Eukarya são compostas por ácidos graxos ligados ao glicerol por uma ligação do tipo éster (ácidos graxos fosfolipídicos (PLFAs)). Por outro lado, os lipídeos da membrana de Arquebactérias são compostos de hidrocarbonetos longos e ramificados que são unidos ao glicerol por uma ligação do tipo éter (lipídeos fosfolipídicos éteres (PLELs)). Este é um dos critérios não genéticos mais amplamente utilizados para distinguir os três domínios. Nesse contexto, os fosfolipídeos derivados das membranas celulares microbianas, caracterizadas por diferentes cadeias de acila, são excelentes moléculas de assinatura, porque essa diversidade estrutural lipídica pode estar ligada a táxons microbianos específicos.
[0358] Conforme fornecido neste documento, para determinar se uma cepa de organismo está ativa, é medido o nível de expressão de um ou mais segundos marcadores únicos, que podem ser iguais ou diferentes ao primeiro marcador (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). Os primeiros marcadores específicos são descritos anteriormente. O segundo marcador específico é um marcador da atividade de micro-organismos. Por exemplo, em uma modalidade, a expressão de mRNA ou proteína de qualquer um dos primeiros marcadores descritos anteriormente é considerado um segundo marcador específico para os fins desta invenção.
[0359] Em uma modalidade, se o nível de expressão do segundo marcador estiver acima de um nível limite (por exemplo, um nível de controle) ou em um nível limite, o micro- organismo é considerado ativo (FIG. 1, 1005; FIG.2, 2005). A atividade é determinada em uma modalidade, se o nível de expressão do segundo marcador for alterado em pelo menos cerca de 5%, pelo menos cerca de 10%, pelo menos cerca de 15%, pelo menos cerca de 20%, pelo menos cerca de 25% ou pelo menos cerca de 30%, em comparação com um nível limite, que em algumas modalidades, é um nível de controle.
[0360] Os segundos marcadores específicos são medidos, em uma modalidade, no nível de proteína, RNA ou metabólito. Um segundo marcador específico é igual ou diferente do primeiro marcador específico.
[0361] Como fornecido anteriormente, inúmeros primeiros marcadores específicos e segundos marcadores específicos podem ser detectados de acordo com os métodos aqui descritos. Além disso, a detecção e quantificação de um primeiro marcador específico é realizada de acordo com métodos conhecidos dos versados na técnica (FIG. 1, 1003-1004, FIG. 2, 2003-2004).
[0362] O sequenciamento de ácido nucleico (por exemplo, gDNA, cDNA, rRNA, mRNA) em uma modalidade é usado para determinar a abundância absoluta de um primeiro marcador específico e/ou segundo marcador específico. As plataformas de sequenciamento incluem, entre outros, os métodos de sequenciamento Sanger e sequenciamento de alto rendimento disponíveis na Roche / 454 Life Sciences, Illumina / Solexa, Pacific Biosciences, Ion Torrent e Nanopore. A sequenciação pode ser sequenciamento de amplicon de sequências particulares de DNA ou RNA ou sequenciamento completo de metagenoma / transcriptoma.
[0363] Traditional Sanger sequencing (Sanger et al. (1977) DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl. Acad. Sci. USA, 74, pp. 5463-5467, incorporada por referência aqui na sua totalidade) baseia-se na incorporação seletiva de didesoxinucleotídeos de terminação de cadeia pela polimerase de DNA durante a replicação de DNA in vitro e é passível de uso com os métodos aqui descritos.
[0364] Em outra modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida a extração de ácidos nucleicos, amplificação de DNA de interesse (como o gene rRNA) com iniciadores adequados e a construção de bibliotecas de clones usando vetores de sequenciamento. Os clones selecionados são então sequenciados pelo sequenciamento de Sanger e a sequência nucleotídica do DNA de interesse é recuperada, permitindo o cálculo do número de cepas específicas de micro-organismos em uma amostra.
[0365] O pirosequenciamento 454 da Roche / 454 Life Sciences produz leituras longas e pode ser aproveitada nos métodos aqui descritos (Margulies et al. (2005) Nature, 437, pp. 376-380; Patentes US Nºs. 6.274.320; 6.258.568; 6.210.891, cada um dos quais é aqui incorporado na sua totalidade para todos os fins). O ácido nucleico a ser sequenciado (por exemplo, amplicons ou DNA genômico / metagenômico nebulizado) possui adaptadores específicos fixados em cada extremidade por PCR ou por ligação. O DNA com adaptadores é fixado em pequenas esferas (idealmente, uma esfera terá um fragmento de DNA) que são suspensas em uma emulsão de água em óleo. Uma etapa de PCR de emulsão é então realizada para fazer várias cópias de cada fragmento de DNA, resultando em um conjunto de esferas em que cada esfera contém muitas cópias clonadas do mesmo fragmento de DNA. Cada esfera é então colocada no poço de um chip de fibra óptica que também contém enzimas necessárias para as reações de sequenciação por síntese. A adição de bases (como A, C, G ou T) desencadeia a liberação de pirofosfato, que produz flashes de luz que são registrados para inferir a sequência dos fragmentos de DNA em cada poço. É possível obter cerca de 1 milhão de leituras por execução, com leituras de até 1.000 bases. O sequenciamento de extremidade pareada pode ser feito, o que produz pares de leituras, cada uma das quais começa em uma extremidade de um dado fragmento de DNA. Um código de barras molecular pode ser criado e colocado entre a sequência do adaptador e a sequência de interesse em reações multiplex, permitindo que cada sequência seja atribuída a uma amostra bioinformaticamente.
[0366] O sequenciamento Illumina / Solexa produz comprimentos médios de leitura de cerca de 25 pares de bases (bp) a cerca de 300 bp (Bennett et al. (2005) Pharmacogenomics, 6: 373-382; Lange et al. (2014). BMC Genomics 15, p. 63; Fadrosh et al. (2014) Microbiome 2, p. 6; Caporaso et al. (2012) ISME J, 6, p. 1621-1624; Bentley et al. (2008) Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry. Nature, 456: 53–59). Essa tecnologia de sequenciamento também é sequenciada por síntese, mas emprega terminadores de corante reversíveis e uma célula de fluxo com um campo de oligos anexado. Os fragmentos de DNA a serem sequenciados possuem adaptadores específicos em cada extremidade e são lavados sobre uma célula de fluxo preenchida com oligonucleotídeos específicos que hibridizam com as extremidades dos fragmentos. Cada fragmento é então replicado para formar um grupo de fragmentos idênticos. Os nucleotídeos terminadores de corante reversíveis são então lavados sobre a célula de fluxo e é dado tempo para fixação. O excesso de nucleotídeos é lavado, a célula de fluxo é visualizada e os terminadores reversíveis podem ser removidos para que o processo possa se repetir e os nucleotídeos possam continuar sendo adicionados nos ciclos subsequentes. É possível obter leituras de extremidade emparelhada com 300 bases cada. Uma plataforma Illumina pode produzir 4 bilhões de fragmentos de maneira pareada com 125 bases para cada leitura em uma única execução. Os códigos de barras também podem ser usados para a multiplexação de amostras, mas os iniciadores de indexação são usados.
[0367] O processo SOLiD (Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection, Life Technologies) é uma abordagem de "sequenciamento por ligação" e pode ser usado com os métodos descritos aqui para detectar a presença e abundância de um primeiro marcador e/ou um segundo marcador (FIG. 1, 1003-1004; FIG. 2, 2003-2004) (Peckham et al. SOLiD™ Sequencing and 2-Base Encoding. San Diego, CA: American Society of Human Genetics, 2007; Mitra et al. (2013) Analysis of the intestinal microbiota using SOLiD 16S rRNA gene sequencing and SOLiD shotgun sequencing. BMC Genomics, 14(Suppl 5): S16; Mardis (2008) Next-generation DNA sequencing methods. Annu Rev Genomics Hum Genet, 9: 387–402; cada um incorporado por referência aqui na sua totalidade). Uma biblioteca de fragmentos de DNA é preparada a partir da amostra a ser sequenciada e é usada para preparar populações de contas clonais, em que apenas uma espécie de fragmento estará presente na superfície de cada esfera magnética. Os fragmentos ligados às esferas magnéticas terão uma sequência adaptadora P1 universal, de modo que a sequência inicial de cada fragmento seja conhecida e idêntica. Os iniciadores hibridizam com a sequência do adaptador P1 no modelo da biblioteca. Um conjunto de quatro sondas di-base marcadas com fluorescência compete pela ligação ao iniciador de sequenciamento. A especificidade da sonda di-base é alcançada interrogando-se todas as bases 1 e 2 em cada reação de ligação. Múltiplos ciclos de ligação, detecção e clivagem são realizados com o número de ciclos que determina o comprimento de leitura eventual. A plataforma SOLiD pode produzir até 3 bilhões de leituras por execução,
com leituras de 75 bases. O sequenciamento de extremidade pareada está disponível e pode ser usado aqui, mas com a segunda leitura do par com apenas 35 bases de comprimento. A multiplexação de amostras é possível através de um sistema semelhante ao utilizado pela Illumina, com uma execução de indexação separada.
[0368] O sistema Ion Torrent, como o sequenciamento 454, é passível de uso com os métodos aqui descritos para detectar a presença e abundância de um primeiro marcador e/ou um segundo marcador (FIG. 1, 1003-1004; FIG.2, 2003-2004). Ele usa uma placa de micropoços contendo esferas às quais os fragmentos de DNA estão ligados. Porém, difere de todos os outros sistemas na maneira pela qual a incorporação de base é detectada. Quando uma base é adicionada a uma cadeia de DNA crescente, um próton é liberado, o que altera levemente o pH ao redor. Microdetectores sensíveis ao pH estão associados aos poços da placa e registram quando essas alterações ocorrem. As diferentes bases (A, C, G, T) são lavadas sequencialmente através dos poços, permitindo inferir a sequência de cada poço. A plataforma Ion Proton pode produzir até 50 milhões de leituras por execução, com comprimentos de leitura de 200 bases. A plataforma Personal Genome Machine tem leituras mais longas em 400 bases. O sequenciamento bidirecional está disponível. A multiplexação é possível através do sequenciamento de código de barras molecular em linha padrão.
[0369] O sequenciamento de SMRT da Pacific Biosciences (PacBio) usa uma abordagem de sequenciamento em tempo real de molécula única e em uma modalidade é usada com os métodos descritos aqui para detectar a presença e abundância de um primeiro marcador e/ou um segundo marcador (FIG. 1, 1003-1004; FIG. 2, 2003-2004). O sistema de sequenciamento PacBio não envolve etapas de amplificação, diferenciando-o dos outros principais sistemas de sequenciamento de próxima geração. Em uma modalidade, o sequenciamento é realizado em um chip contendo muitos detectores de guia de onda de modo zero (ZMW). As polimerases de DNA são conectadas aos detectores de ZMW e a incorporação de nucleotídeos marcados com corantes fosfoligados é gravada em tempo real à medida que as cadeias de DNA são sintetizadas. O sistema PacBio produz comprimentos de leitura muito longos (média de cerca de 4.600 bases) e um número muito alto de leituras por execução (cerca de 47.000). A abordagem típica de "extremidade emparelhada" não é usada com o PacBio, pois as leituras costumam ser longas o suficiente para que os fragmentos,
através do CCS, possam ser cobertos várias vezes sem ter que sequenciar cada extremidade independentemente. A multiplexação com o PacBio não envolve uma leitura independente, mas segue o modelo padrão de código de barras "em linha".
[0370] Em uma modalidade, onde o primeiro marcador específico é a região genômica ITS, a análise automatizada de espaçador intergênico ribossômico (ARISA) é usada em uma modalidade para determinar o número e a identidade de cepas de micro-organismos em uma amostra (FIG. 1, 1003, FIG. 2, 2003) (Ranjard et al. (2003). Environmental Microbiology 5, pp. 1111-1120, incorporado por referência na sua totalidade para todos os fins). A região ITS tem heterogeneidade significativa na sequência de comprimento e nucleotídeo. O uso de um iniciador direto marcado com fluorescência e um sequenciador automático de DNA permite alta resolução de separação e alto rendimento. A inclusão de um padrão interno em cada amostra fornece precisão no dimensionamento de fragmentos gerais.
[0371] Em outra modalidade, o polimorfismo de comprimento de fragmento (RFLP) de fragmentos de rDNA amplificado por PCR, também conhecido como análise de restrição de DNA ribossômica amplificada (ARDRA), é usado para caracterizar primeiros marcadores específicos e a abundância do mesmo em amostras (FIG. 1, 1003, FIG. 2, 2003) (Massol- Deya et al. (1995). Mol. Microb. Ecol. Manual. 3.3.2, pp. 1-18, incorporado por referência na sua totalidade para todos os objetivos). Os fragmentos de rDNA são gerados por PCR usando iniciadores gerais, digeridos com enzimas de restrição, submetidos a eletroforese em géis de agarose ou acrilamida e corados com brometo de etídio ou nitrato de prata.
[0372] Uma técnica de impressão digital usada na detecção da presença e abundância de um primeiro marcador específico é o polimorfismo de conformação de fita simples (SSCP) (Lee et al. (1996). Appl Environ Microbiol 62, pp. 3112-3120; Scheinert et al. (1996). J Microbiol. Methods 26, pp. 103-117; Schwieger e Tebbe (1998). Appl. Environ. Microbiol. 64, pp. 4870-4876, cada um dos quais é incorporado por referência aqui na sua totalidade). Nesta técnica, fragmentos de DNA, como produtos de PCR obtidos com iniciadores específicos para o gene 16S rRNA, são desnaturados e diretamente submetidos a eletroforese em um gel não desnaturante. A separação é baseada nas diferenças de tamanho e na conformação dobrada do DNA de fita simples, o que influencia a mobilidade eletroforética. O recozimento das fitas de DNA durante a eletroforese pode ser evitada por várias estratégias,
incluindo o uso de um iniciador fosforilado no PCR seguido pela digestão específica das fitas fosforiladas com exonuclease lambda e o uso de um iniciador biotinilado para realizar a separação magnética de uma única fota após desnaturação. Para avaliar a identidade das populações predominantes em um determinado bioconjunto, em uma modalidade, as bandas são excisadas e sequenciadas, ou os padrões de SSCP podem ser hibridizados com sondas específicas. As condições eletroforéticas, como matriz de gel, temperatura e adição de glicerol ao gel, podem influenciar a separação.
[0373] Além dos métodos baseados em sequenciamento, outros métodos para quantificar a expressão (por exemplo, gene, expressão de proteínas) de um segundo marcador são passíveis de utilização com os métodos aqui fornecidos para determinar o nível de expressão de um ou mais segundos marcadores (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). Por exemplo, RT-PCR quantitativa, análise de microarranjos, técnicas de amplificação linear, como a amplificação baseada em sequência de ácidos nucleicos (NASBA), são todas passíveis de serem utilizadas com os métodos aqui descritos e podem ser realizadas de acordo com métodos conhecidos dos versados na técnica.
[0374] Em outra modalidade, a amostra ou uma porção dela é submetida a uma reação quantitativa em cadeia da polimerase (PCR) para detectar a presença e abundância de um primeiro marcador e/ou um segundo marcador (FIG. 1, 1003-1004; FIG. 2, 2003-2004). A atividade específica de cepas de micro-organismos é medida por transcrição reversa de RNA ribossômico e/ou mensageiro transcrito (rRNA e mRNA) em DNA complementar (cDNA), seguido por PCR (RT-PCR).
[0375] Em outra modalidade, a amostra ou uma porção dela é submetida a técnicas de impressão digital baseadas em PCR para detectar a presença e abundância de um primeiro marcador e/ou um segundo marcador (FIG. 1, 1003-1004; FIG. 2, 2003-2004). Os produtos de PCR podem ser separados por eletroforese com base na composição de nucleotídeos. A variação da sequência entre as diferentes moléculas de DNA influencia o comportamento da fusão e, portanto, moléculas com sequências diferentes deixarão de migrar em diferentes posições no gel. Assim, os perfis eletroforéticos podem ser definidos pela posição e pela intensidade relativa de diferentes faixas ou picos e podem ser traduzidos para dados numéricos para o cálculo de índices de diversidade. As bandas também podem ser retiradas do gel e subsequentemente sequenciadas para revelar a afiliação filogenética dos membros da comunidade. Os métodos de eletroforese incluem, entre outros: eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE), eletroforese em gel com gradiente de temperatura (TGGE), polimorfismo de conformação de cadeia simples (SSCP), análise de polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP) ou análise de restrição de DNA ribossômico amplificado (ARDRA), análise de polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição terminal (T-RFLP), análise de espaçador intergênico ribossômico automatizado (ARISA), DNA polimórfico amplificado aleatoriamente (RAPD), impressão digital de amplificação de DNA (DAF) e eletroforese em Bb-PEG.
[0376] Em outra modalidade, a amostra ou uma porção dela é submetida a uma plataforma baseada em chip, como microarranjo ou microfluídica, para determinar a abundância de um primeiro marcador exclusivo e/ou presença / abundância de um segundo marcador específico (FIG. 1, 1003 -1004, FIG. 2, 2003-2004). Os produtos de PCR são amplificados a partir do DNA total da amostra e hibridizados diretamente com sondas moleculares conhecidas afixadas em microarranjos. Depois que os amplicons de PCR marcados com fluorescência são hibridizados com as sondas, os sinais positivos são pontuados pelo uso de microscopia confocal de varredura a laser. A técnica de microarranjo permite que as amostras sejam avaliadas rapidamente com replicação, o que é uma vantagem significativa nas análises da comunidade microbiana. Em geral, a intensidade do sinal de hibridização nos microarranjos é diretamente proporcional à abundância do organismo alvo. O microarranjo 16S de alta densidade universal (PhyloChip) contém cerca de 30.000 sondas do gene 16SrRNA direcionadas a várias espécies microbianas cultivadas e "divisões candidatas". Essas sondas têm como alvo todas as 121 ordens procarióticas demarcadas e permitem a detecção simultânea de 8.741 táxons de bactérias e arquebactérias. Outro microarranjo usado para criar perfil de comunidades microbianas é o arranjo de gene funcional (FGA). Ao contrário dos PhyloChips, os FGAs são projetados principalmente para detectar grupos metabólicos específicos de bactérias. Assim, O FGA não apenas revela a estrutura da comunidade, mas também lança luz sobre o potencial metabólico da comunidade in situ. O FGA contém sondas de genes com funções biológicas conhecidas, portanto são úteis para vincular a composição da comunidade microbiana às funções do ecossistema. Um GeoChip denominado FGA contém > 24.000 sondas de todos os genes metabólicos conhecidos envolvidos em vários processos biogeoquímicos, ecológicos e ambientais, como oxidação de amônia, oxidação de metano e fixação de nitrogênio.
[0377] Um ensaio de expressão de proteína, em uma modalidade, é usado com os métodos aqui descritos para determinar o nível de expressão de um ou mais segundos marcadores (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). Por exemplo, em uma modalidade, a espectrometria de massa ou um imunoensaio, como um ensaio de imunoabsorção enzimática (ELISA), é utilizado para quantificar o nível de expressão de um ou mais segundos marcadores específicos, em que o um ou mais segundos marcadores específicos é uma proteína.
[0378] Em uma modalidade, a amostra ou uma porção dela é submetida à incorporação de bromodeoxiuridina (BrdU) para determinar o nível de um segundo marcador específico (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). BrdU, um análogo nucleosídico sintético da timidina, pode ser incorporado no DNA recém-sintetizado de células replicantes. Os anticorpos específicos para BRdU podem então ser usados para a detecção do analógico base. Assim, a incorporação de BrdU identifica células que estão replicando ativamente seu DNA, uma medida da atividade de um micro-organismo de acordo com uma modalidade dos métodos aqui descritos. A incorporação de BrdU pode ser usada em combinação com o FISH para fornecer a identidade e a atividade das células alvo.
[0379] Em uma modalidade, a amostra ou uma porção dela é submetida a microautorradiografia (MAR) combinada com FISH para determinar o nível de um segundo marcador específico (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). O MAR-FISH baseia-se na incorporação de substrato radioativo nas células, na detecção das células ativas por autorradiografia e na identificação das células por meio de FISH. A detecção e identificação de células ativas na resolução de célula específica é realizada com um microscópio. O MAR-FISH fornece informações sobre o total de células, células alvo da sonda e a porcentagem de células que incorporam uma determinada substância radiomarcada. O método fornece uma avaliação da função in situ de micro-organismos alvo e é uma abordagem eficaz para estudar a fisiologia in vivo de micro-organismos. Uma técnica desenvolvida para quantificação da captação de substrato específico de célula em combinação com MAR-FISH é conhecida como MAR quantitativa (QMAR).
[0380] Em uma modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida a espectroscopia Raman de isótopo estável combinada com FISH (Raman-FISH) para determinar o nível de um segundo marcador específico (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). Esta técnica combina sondagem de osótopo estável, espectroscopia Raman e FISH para vincular processos metabólicos a organismos específicos. A proporção de incorporação estável de isótopos pelas células afeta a dispersão da luz, resultando em mudanças de pico mensuráveis para componentes celulares marcados, incluindo proteínas e componentes de mRNA. A espectroscopia Raman pode ser usada para identificar se uma célula sintetiza compostos incluindo, mas não se limitando a: óleo (como alcanos), lipídeos (como triacilgliceróis (TAG)), proteínas específicas (como proteínas heme, metaloproteínas), citocromo (como P450, citocromo c), clorofila, cromóforos (como pigmentos para carotenoides e rodopsinas de coleta de luz), polímeros orgânicos (como poli-hidroxialcanoatos (PHA), poli-hidroxibutirato (PHB)), hopanoides, esteroides, amido, sulfeto, sulfato e metabólitos secundários (como vitamina B12).
[0381] Em uma modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida a sondagem de isótopo estável de DNA / RNA (SIP) para determinar o nível de um segundo marcador específico (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). O SIP permite a determinação da diversidade microbiana associada a vias metabólicas específicas e tem sido geralmente aplicado no estudo de micro-organismos envolvidos na utilização de compostos de carbono e nitrogênio. O substrato de interesse é marcado com isótopos estáveis (como 13 C ou 15N) e adicionado à amostra. Somente micro-organismos capazes de metabolizar o substrato o incorporarão em suas células. Posteriormente, o 13 C-DNA e o 15 N-DNA podem ser isolados por centrifugação em gradiente de densidade e utilizados para análise metagenômica. O SIP baseado em RNA pode ser um biomarcador responsivo para uso em estudos de SIP, uma vez que o próprio RNA é um reflexo da atividade celular.
[0382] Em uma modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida a arranjo de isótopo para determinar o nível de um segundo marcador específico (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). As matrizes de isótopos permitem a triagem funcional e filogenética de comunidades microbianas ativas de maneira de alto rendimento. A técnica utiliza uma combinação de SIP para monitorar os perfis de captação de substrato e a tecnologia de microarranjos para determinar as identidades taxonômicas de comunidades microbianas ativas. As amostras são incubadas com um substrato marcado com 14 C, que durante o curso do crescimento é incorporado na biomassa microbiana. O rRNA marcado com 14C é separado do rRNA não marcado e depois marcado com fluorocromos. O rRNA marcado com fluorescência é hibridizado com um microarranjo filogenético seguido de varredura de sinais radioativos e fluorescentes. A técnica permite, assim, o estudo simultâneo da composição da comunidade microbiana e do consumo específico de substrato por micro-organismos metabolicamente ativos de comunidades microbianas complexas.
[0383] Em uma modalidade, a amostra, ou uma porção dela, é submetida a arranjo metabolômico para determinar o nível de um segundo marcador específico (FIG. 1, 1004; FIG. 2, 2004). A metabolabômica estuda o metaboloma que representa a coleção de todos os metabólitos, os produtos finais dos processos celulares, em uma célula, tecido, órgão ou organismo biológico. Essa metodologia pode ser usada para monitorar a presença de micro- organismos e/ou processos mediados microbianos, pois permite associar perfis específicos de metabólitos a diferentes micro-organismos. Os perfis de metabólitos intracelulares e extracelulares associados à atividade microbiana podem ser obtidos usando técnicas como cromatografia gasosa-espectrometria de massa (GC-MS). A mistura complexa de uma amostra metabolômica pode ser separada por técnicas como cromatografia gasosa, cromatografia líquida de alta eficiência e eletroforese capilar. A detecção de metabólitos pode ser por espectrometria de massa, espectroscopia de ressonância magnética nuclear (NMR), espectrometria de mobilidade de íons, detecção eletroquímica (acoplada à HPLC) e radiomarcador (quando combinado com cromatografia em camada fina).
[0384] De acordo com as modalidades descritas neste documento, a presença e o número respectivo de uma ou mais cepas de micro-organismos ativos em uma amostra são determinados (FIG. 1, 1006; FIG. 2, 2006). Por exemplo, as informações de identidade da cepa obtidas através da análise do número e presença dos primeiros marcadores são analisadas para determinar quantas ocorrências de um primeiro marcador específico estão presentes, representando assim uma cepa de micro-organismo específica (por exemplo, contando o número de leituras de sequência em um ensaio de sequência). Este valor pode ser representado em uma modalidade como uma porcentagem do total de leituras de sequência do primeiro fabricante para fornecer uma porcentagem de cepas específicas de micro-organismos de um tipo particular de micro-organismo. Em uma modalidade adicional, essa porcentagem é multiplicada pelo número de tipos de micro-organismos (obtido na etapa 1002 ou 2002, ver FIG. 1 e FIG. 2) para fornecer a abundância absoluta de uma ou mais cepas de micro- organismos em uma amostra e um dado volume.
[0385] As uma ou mais cepas de micro-organismos são consideradas ativas, como descrito anteriormente, se o nível da segunda expressão de marcador único em um nível limite for superior a um valor limite, por exemplo, superior a pelo menos cerca de 5%, pelo menos cerca de 10%, a pelo menos cerca de 20% ou pelo menos cerca de 30% sobre um nível de controle.
[0386] Em outro aspecto da invenção, um método para determinar a abundância absoluta de uma ou mais cepas de micro-organismos é determinado em uma pluralidade de amostras (FIG. 2, ver em particular 2007). Para que uma cepa de micro-organismo seja classificada como ativa, ela precisa estar ativa apenas em uma das amostras. As amostras podem ser coletadas em vários momentos da mesma fonte ou de diferentes fontes ambientais (por exemplo, animais diferentes).
[0387] Os valores absolutos de abundância sobre as amostras são usados em uma modalidade para relacionar uma ou mais cepas de micro-organismos ativos, com um parâmetro ambiental (FIG. 2, 2008). Em uma modalidade, o parâmetro ambiental é a presença de uma segunda cepa de micro-organismo ativo. A relação de uma ou mais cepas de micro-organismos ativos ao parâmetro ambiental, em uma modalidade, é realizada determinando a co-ocorrência da cepa e parâmetro por correlação ou por análise de rede.
[0388] Em uma modalidade, determinar a co-ocorrência de uma ou mais cepas de micro-organismos ativos com um parâmetro ambiental compreende um método de análise de rede e/ou grupo para medir a conectividade de cepas ou uma cepa com um parâmetro ambiental dentro de uma rede, em que a rede é uma coleta de duas ou mais amostras que compartilham um parâmetro ambiental comum ou semelhante. Em outra modalidade, o método de análise de rede e/ou grupo pode ser aplicado para determinar a co-ocorrência de duas ou mais cepas de micro-organismos ativos em uma amostra (FIG. 2, 2008). Em outra modalidade, a análise de rede compreende abordagens não paramétricas, incluindo informações mútuas para estabelecer conectividade entre variáveis. Em outra modalidade, a análise de rede compreende análise de ligação, análise de modularidade, medidas de robustez, medidas de intermediação, medidas de conectividade, medidas de transitividade, medidas de centralidade ou uma combinação delas (FIG. 2, 2009). Em outra modalidade, o método de análise de grupo compreende a construção de um modelo de conectividade, modelo de subespaço, modelo de distribuição, modelo de densidade ou um modelo centroide e/ou o uso de algoritmos de detecção da comunidade, como Louvain, Bron-Kerbosch, Girvan-Newman, Clauset-Newman Algoritmos -More, Pons-Latapy e Wakita-Tsurumi (FIG. 2, 2010).
[0389] Em uma modalidade, o método de análise de grupo é um método heurístico baseado na otimização da modularidade. Em uma modalidade adicional, o método de análise de grupo é o método de Louvain. Ver, por exemplo, o método descrito por Blondel et al. (2008). Fast unfolding of communities in large networks. Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, Volume 2008, outubro de 2008, incorporado por referência aqui na íntegra para todos os fins.
[0390] Em outra modalidade, a análise de rede compreende modelagem preditiva da rede através da exploração e previsão de links, classificação coletiva, agrupamento baseado em links, similaridade relacional ou uma combinação dos mesmos. Em outra modalidade, a análise de rede compreende modelagem de populações baseada em equações diferenciais. Em outra modalidade, a análise de rede compreende a modelagem de Lotka-Volterra.
[0391] Em uma modalidade, relacionar as uma ou mais cepas de micro-organismos ativos a um parâmetro ambiental (por exemplo, determinar a co-ocorrência) na amostra compreende a criação de matrizes preenchidas com ligações que denotam associações de parâmetros ambientais e de cepas de micro-organismos.
[0392] Em uma modalidade, os dados de amostra múltipla obtidos na etapa 2007 (por exemplo, mais de duas ou mais amostras que podem ser coletadas em dois ou mais momentos em que cada momento corresponde a uma amostra individual), são compilados. Em uma modalidade adicional, o número de células de cada uma das uma ou mais cepas de micro- organismos em cada amostra é armazenado em uma matriz de associação (que pode estar em algumas modalidades, uma matriz de abundância). Em uma modalidade, a matriz de associação é usada para identificar associações entre cepas de micro-organismos ativos em uma amostra de ponto de tempo específico usando abordagens de extração de regras ponderadas com dados de associação (por exemplo, abundância). Os filtros são aplicados em uma modalidade para remover regras insignificantes.
[0393] Em uma modalidade, a abundância absoluta de uma ou mais, ou duas ou mais cepas de micro-organismos ativos está relacionada a um ou mais parâmetros ambientais (FIG. 2, 2008), por exemplo, por meio da determinação de co-ocorrência. Os parâmetros ambientais são escolhidos pelo usuário, dependendo da(s) amostra(s) a ser analisada e não são restritos pelos métodos aqui descritos. O parâmetro ambiental pode ser um parâmetro da própria amostra, por exemplo, pH, temperatura, quantidade de proteína na amostra. Como alternativa, o parâmetro ambiental é um parâmetro que afeta uma alteração na identidade de uma comunidade microbiana (ou seja, onde a "identidade" de uma comunidade microbiana é caracterizada pelo tipo de cepas de micro-organismos e/ou número de cepas específicas de micro-organismos em uma comunidade) ou é afetado por uma alteração na identidade de uma comunidade microbiana. Por exemplo, um parâmetro ambiental em uma modalidade é a ingestão de alimentos de um animal ou a quantidade de ovos produzidos por aves. Em uma modalidade, o parâmetro ambiental é a presença, atividade e/ou abundância de uma segunda cepa de micro-organismos na comunidade microbiana, presente na mesma amostra.
[0394] Em algumas modalidades descritas neste documento, um parâmetro ambiental é referido como um parâmetro de metadados.
[0395] Outros exemplos de parâmetros de metadados incluem, entre outros, informações genéticas do hospedeiro do qual a amostra foi obtida (por exemplo, informações sobre mutações no DNA), pH da amostra, temperatura da amostra, expressão de uma proteína ou mRNA específico, condições nutricionais (por exemplo, nível e/ou identidade de um ou mais nutrientes) do ambiente / ecossistema circundante), suscetibilidade ou resistência a doenças, início ou progressão da doença, suscetibilidade ou resistência da amostra a toxinas, eficácia de compostos xenobióticos (medicamentos farmacêuticos), biossíntese de produtos naturais ou uma combinação dos mesmos.
[0396] Por exemplo, de acordo com uma modalidade, as alterações no número de cepas de micro-organismos são calculadas sobre várias amostras de acordo com o método da
FIG. 2 (ou seja, 2001-2007). As alterações no número de cepas de uma ou mais cepas ativas ao longo do tempo são compiladas (por exemplo, uma ou mais cepas que foram inicialmente identificadas como ativas de acordo com a etapa 2006), e a direcionalidade da mudança é observada (ou seja, valores negativos que indicam diminuições, valores positivos denotando aumentos). O número de células ao longo do tempo é representado como uma rede, com cepas de micro-organismos representando nós e as regras ponderadas em abundância representando bordas. Cadeias de Markov e passeios aleatórios são aproveitados para determinar a conectividade entre os nós e para definir os grupos. Os grupos em uma modalidade são filtrados usando metadados para identificar os grupos associados a metadados desejáveis (FIG. 2, 2008).
[0397] Em uma modalidade adicional, as cepas de micro-organismos são classificadas de acordo com a importância, integrando as alterações do número de células ao longo do tempo e as cepas presentes nos aglomerados alvo, com as maiores alterações no número de células sendo as mais altas.
[0398] O método de análise de rede e/ou grupo em uma modalidade é usado para medir a conectividade de uma ou mais cepas dentro de uma rede, em que a rede é uma coleção de duas ou mais amostras que compartilham um parâmetro ambiental comum ou semelhante. Em uma modalidade, a análise de rede compreende análise de ligação, análise de modularidade, medidas de robustez, medidas de intermediação, medidas de conectividade, medidas de transitividade, medidas de centralidade ou uma combinação das mesmas. Em outra modalidade, a análise de rede compreende modelagem preditiva da rede através da exploração e previsão de links, classificação coletiva, agrupamento baseado em links, similaridade relacional ou uma combinação dos mesmos. Em outra modalidade, a análise de rede compreende modelagem de populações baseada em equações diferenciais. Ainda em outra modalidade, a análise de rede compreende a modelagem de Lotka-Volterra.
[0399] O método de análise de grupo compreende a construção de um modelo de conectividade, modelo de subespaço, modelo de distribuição, modelo de densidade ou modelo centroide.
[0400] A análise baseada em rede e grupo, por exemplo, para executar a etapa de método 2008 da FIG. 2, pode ser realizada através de um módulo. Como usado aqui, um módulo pode ser, por exemplo, qualquer conjunto, instruções e/ou conjunto de componentes elétricos acoplados operacionalmente, e pode incluir, por exemplo, uma memória, um processador, traços elétricos, conectores ópticos, software (executando em hardware) e/ou semelhantes.
Análise de Rede
[0401] Um método de análise de rede e/ou grupo em uma modalidade é usado para medir a conectividade de uma ou mais cepas dentro de uma rede, em que a rede é uma coleção de duas ou mais amostras que compartilham um parâmetro ambiental comum ou semelhante. Em uma modalidade, a análise de rede compreende análise de ligação, análise de modularidade, medidas de robustez, medidas de intermediação, medidas de conectividade, medidas de transitividade, medidas de centralidade ou uma combinação das mesmas. Em outra modalidade, a análise de rede compreende modelagem preditiva da rede através da exploração e previsão de links, classificação coletiva, agrupamento baseado em links, similaridade relacional ou uma combinação dos mesmos. Em outra modalidade, a análise de rede compreende informações mútuas, cálculos de coeficiente de informação máxima (MIC) ou outros métodos não paramétricos entre variáveis para estabelecer conectividade. Em outra modalidade, a análise de rede compreende modelagem de populações baseada em equações diferenciais. Ainda em outra modalidade, a análise de rede compreende a modelagem de Lotka-Volterra.
[0402] O parâmetro ambiental pode ser um parâmetro da própria amostra, por exemplo, pH, temperatura, quantidade de proteína na amostra. Como alternativa, o parâmetro ambiental é um parâmetro que afeta uma alteração na identidade de uma comunidade microbiana (ou seja, em que a "identidade" de uma comunidade microbiana é caracterizada pelo tipo de cepas de micro-organismos e/ou número de cepas específicas de micro- organismos em uma comunidade) ou é afetado por uma alteração na identidade de uma comunidade microbiana. Por exemplo, um parâmetro ambiental em uma modalidade é a ingestão de alimentos de um animal ou a quantidade de ovos produzidos. Em uma modalidade, o parâmetro ambiental é a presença, atividade e/ou abundância de uma segunda cepa de micro- organismos na comunidade microbiana, presente na mesma amostra. Em algumas modalidades, um parâmetro ambiental é referido como um parâmetro de metadados.
[0403] Outros exemplos de parâmetros de metadados incluem, entre outros, informações genéticas do hospedeiro do qual a amostra foi obtida (por exemplo, informações sobre mutações no DNA), pH da amostra, temperatura da amostra, expressão de uma proteína ou mRNA específico, condições nutricionais (por exemplo, nível e/ou identidade de um ou mais nutrientes) do ambiente / ecossistema circundante), suscetibilidade ou resistência a doenças, início ou progressão da doença, suscetibilidade ou resistência da amostra a toxinas, eficácia de compostos xenobióticos (medicamentos farmacêuticos), biossíntese de produtos naturais ou uma combinação dos mesmos.
Resistência e depuração de patógenos de aves
[0404] Em alguns aspectos, a presente divulgação é desenhada para administrar uma ou mais composições microbianas aqui descritas para aves para limpar o trato gastrointestinal de micróbios patogênicos. Em algumas modalidades, a presente divulgação é ainda desenhada para administrar composições microbianas aqui descritas para impedir a colonização de micróbios patogênicos no trato gastrointestinal. Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas aqui descritas elimina patógenos do tegumento e do trato respiratório de aves e/ou impede a colonização de patógenos no tegumento e no trato respiratório. Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas aqui descritas reduz a permeabilidade intestinal com vazamento / intestino, inflamação e/ou incidência de doença hepática. Em algumas modalidades, a administração de composições microbianas aqui descritas promove o desenvolvimento do sistema imunológico.
[0405] Em algumas modalidades, as composições microbianas da presente divulgação compreendem um ou mais micróbios que estão presentes no trato gastrointestinal de aves com uma abundância relativa de menos de 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,5%, 0,1% ou 0,01%.
[0406] Em algumas modalidades, após a administração de composições microbianas da presente divulgação, um ou mais micróbios estão presentes no trato gastrointestinal das aves com uma abundância relativa de pelo menos 0,5%, 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% ou 95%.
[0407] Micróbios patogênicos de aves incluem os seguintes: Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma meleagridis, Mycoplasma synoviae, Pasteurella multocida, Clostridium perfringens, Clostridium colinum, Clostridium botulinum, Salmonella typi, Salmonella typhimurium, Salmonella enterica, Salmonella pullorum, Salmonella gallinarum, Hemophilus gallinarum, Erysipelothrix insidiosa, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter lari, Listeria monocytogenes, Arcobacter butzleri, Mycobacterium avium, e a cepa patogênica de Escherichia coli e Staphylococcus aureus. Em algumas modalidades, os micróbios patogênicos incluem patógenos virais. Em algumas modalidades, os micróbios patogênicos são patogênicos para aves e seres humanos. Em algumas modalidades, os micróbios patogênicos são patogênicos para aves ou seres humanos.
[0408] Em algumas modalidades, a administração de composições da presente divulgação a aves modula a composição do microbioma gastrointestinal de modo que os micróbios administrados superem os patógenos microbianos presentes no trato gastrointestinal. Em algumas modalidades, a administração de composições da presente divulgação a aves que abrigam patógenos microbianos supera os patógenos e libera as aves dos patógenos. Em algumas modalidades, a administração de composições da presente divulgação estimula a imunidade do hospedeiro e ajuda na remoção dos patógenos microbianos. Em algumas modalidades, a administração de composições da presente divulgação introduz micróbios que produzem componentes bacteriostáticos e/ou bactericidas que diminuem ou liberam as aves dos patógenos microbianos. Em algumas modalidades, a administração de composições da presente divulgação introduz micróbios que modulam o pH, a disponibilidade de nutrientes, a composição mineral e/ou a composição vitamínica do trato gastrointestinal. Em algumas modalidades, a administração de compostos da presente divulgação introduz micróbios que aumentam o pH gastrointestinal, resultando na inibição do crescimento de patógenos. Em algumas modalidades, a administração de compostos da presente divulgação introduz micróbios que diminuem o pH gastrointestinal, resultando na inibição do crescimento de patógenos.
[0409] Em algumas modalidades, aves desafiadoras com um colonizador microbiano ou patógeno microbiano após a administração de uma ou mais composições da presente divulgação impedem que o colonizador microbiano ou patógeno microbiano cresça para uma abundância relativa superior a 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,5%, 0,1% ou 0,01%. Em outras modalidades, desafiar aves com um colonizador microbiano ou patógeno microbiano após a administração de uma ou mais composições da presente divulgação impede que o colonizador microbiano ou patógeno microbiano colonize aves.
[0410] Em algumas modalidades, a eliminação do colonizador microbiano ou patógeno microbiano ocorre em menos de 25 dias, menos de 24 dias, menos de 23 dias, menos de 22 dias, menos de 21 dias, menos de 20 dias, menos de 19 dias, menos de 18 dias, menos de 17 dias, menos de 16 dias, menos de 15 dias, menos de 14 dias, menos de 13 dias, menos de 12 dias, menos de 11 dias, menos de 10 dias, menos de 9 dias, menos de 8 dias, menos de 7 dias, menos de 6 dias, menos de 5 dias, menos de 4 dias, menos de 3 dias ou menos de 2 dias após a administração de uma ou mais composições da presente divulgação.
[0411] Em algumas modalidades, a eliminação do colonizador microbiano ou patógeno microbiano ocorre dentro de 1-30 dias, 1-25 dias, 1-20 dias, 1-15 dias, 1-10 dias, 1-5 dias, 5-30 dias, 5 -25 dias, 5-20 dias, 5-15 dias, 5-10 dias, 10-30 dias, 10-25 dias, 10-20 dias, 10-15 dias, 15-30 dias, 15-25 dias, 15 -20 dias, 20-30 dias, 20-25 dias ou 25-30 dias após a administração de uma ou mais composições da presente divulgação.
Características melhoradas
[0412] Em alguns aspectos, a presente divulgação é desenhada para administrar composições microbianas descritas aqui para aves para melhorar uma ou mais características desejáveis, como a modulação de aspectos de peso, musculatura, características da carne, quantidade de ovos, peso de ovos, volume de ovos, volume de ovos, qualidade de ovos, densidade da casca do ovo, química digestiva, eficiência na utilização e digestibilidade da ração, produção fecal, produção de metano, saúde geral das aves, prevenção da colonização de micróbios patogênicos e eliminação de micróbios patogênicos. Em alguns aspectos, a melhoria das características inclui uma melhoria da resposta imune inata em aves ou ovos de aves. Em alguns aspectos, a resposta imune inata melhorada é um aumento ou diminuição da lisozima, esteroides, avidina, apoproteína, ovomucoide, ovomucina, ovoflavoproteína, ovoinibidor ou conalbumina nas aves ou nos ovos das aves. Em alguns aspectos, a melhoria das características inclui um maior sucesso na eclosão, maior incidência da morfologia normal dos pintinhos e maior incidência de sobrevivência do embrião, maior taxa de crescimento em pintinhos e ou embriões, aumento na massa corporal total em pintinhos e aves e aumento ou diminuição das proteínas da clara de ovo.
[0413] Em alguns aspectos, a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 características desejáveis em aves pela administração de composições microbianas aqui descritas.
[0414] Em algumas modalidades, o aumento na quantidade de ovos é um aumento de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 ovos em relação a um animal que não tenha sido administrado com uma composição da presente divulgação. Em algumas modalidades, o aumento na quantidade de ovos é um aumento de menos de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 ovos em relação a um animal que não tenha sido administrado com uma composição da presente divulgação. Em algumas modalidades, o aumento na quantidade de ovos é um aumento de pelo menos 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190% ou 200% em relação a um animal que não tenha sido administrado uma composição da presente divulgação.
[0415] Em algumas modalidades, o aumento no volume de ovos é um aumento de pelo menos 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a um animal que não tenha sido administrado com uma composição da presente divulgação. Em algumas modalidades, o aumento no volume de ovos é um aumento inferior a 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a um animal que não tenha sido administrado com uma composição da presente divulgação.
[0416] Em algumas modalidades, a produção fecal é reduzida em pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a um animal que não tenha sido administrado com uma composição da presente divulgação. Em algumas modalidades, a produção fecal é reduzida em menos de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%,
55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a um animal que não tenha sido administrado com uma composição da presente divulgação.
[0417] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem um ganho de peso de pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não foram administradas com uma composição da presente divulgação.
[0418] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas uma composição da presente divulgação exibem um ganho de peso de pelo menos cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a aves que não foram administradas com uma composição da presente divulgação.
[0419] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas uma composição da presente divulgação exibem uma redução na taxa de conversão alimentar de pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não tenham sido administradas com uma composição da presente divulgação.
[0420] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem uma redução na taxa de conversão de pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não foram administradas com uma composição da presente divulgação.
[0421] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem uma redução no número de bactérias que causam enterite necrótica no trato gastrointestinal de pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%,
25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não tenham sido administradas com uma composição da presente divulgação.
[0422] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem uma redução no número de bactérias que causam enterite necrótica no trato gastrointestinal de pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não tenham sido administradas com uma composição da presente divulgação.
[0423] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas uma composição da presente divulgação exibem uma redução no número de bactérias patogênicas no trato gastrointestinal de pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não tenham sido administradas com uma composição da presente divulgação.
[0424] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem uma redução no número de bactérias que patogênicas no trato gastrointestinal de pelo menos 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não tenham sido administradas com uma composição da presente divulgação.
[0425] Em algumas modalidades, as aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem uma redução no número de bactérias patogênicas de aves no trato gastrointestinal de pelo menos cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não tenham sido administradas com uma composição da presente divulgação.
[0426] Em algumas modalidades, o peso de um grupo ou grupos de aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem uma redução no coeficiente de variação de pelo menos cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a um grupo de aves que não foram administradas com uma composição da presente divulgação.
[0427] Em algumas modalidades, o peso de um grupo ou grupos de aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem um aumento na uniformidade do grupo de pelo menos cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% em relação a um grupo de aves que não foram administradas com uma composição da presente divulgação.
[0428] Em algumas modalidades, a mortalidade de um grupo ou grupos de aves que foram administradas com uma composição da presente divulgação exibem uma redução na mortalidade de pelo menos cerca de 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, ou 100% em relação a aves que não foram administradas com uma composição da presente divulgação.
[0429] Em algumas modalidades, é desejável melhorar os ovos produzidos pelas aves, em que os ovos incluem triglicerídeos, triacilglicerídeos, diacilglicerídeos, monoacilglicerídeos, fosfolipídeos, colesterol, glicolipídeos e ácidos graxos livres. Em outras modalidades, os ácidos graxos livres incluem ácidos graxos de cadeia curta (ou seja, C4: 0, C6: 0 e C8: 0), ácidos graxos de cadeia média (ou seja, C10: 0, C10: 1, C12: 0, C14: 0, C14: 1 e C15: 0) e ácidos graxos de cadeia longa (ou seja, C16: 0, C16: 1, C17: 0, C17: 1, C18: 0, C18: 1, C18: 2, C18: 3 e C20: 0).
[0430] Em algumas modalidades, é desejável melhorar a quantidade ou concentração de vitaminas nos ovos produzidos pelas aves. As vitaminas encontradas nos ovos incluem B1, B2, B3, B5, B6, B12, colina, biotina e ácido fólico.
[0431] Em algumas modalidades, é desejável melhorar a quantidade ou concentração de minerais nos ovos produzidos pelas aves. Os minerais encontrados nos ovos incluem fósforo, iodo, selênio e cálcio. Os ovos podem ser encontrados em traços dos seguintes: bário, cobre, ferro, manganês, níquel, chumbo, selênio, estrôncio, vanádio, selênio, rubídio e zinco.
[0432] Em algumas modalidades, é desejável aumentar ou diminuir os níveis séricos de galinha de cálcio, fósforo, magnésio, triglicerídeos, colesterol e sacarídeos. A modulação desses componentes séricos afeta as características do ovo, como espessura, porosidade, densidade, conteúdo nutricional, sabor desejável, conteúdo de gordura, teor de colesterol e coloração.
[0433] Em algumas modalidades, é desejável melhorar a eficiência e a digestibilidade da alimentação animal. Em algumas modalidades, é desejável aumentar a degradação dos componentes lignocelulósicos da alimentação animal. Os componentes lignocelulósicos incluem lignina, celulose e hemicelulose.
[0434] Em algumas modalidades, é desejável aumentar a concentração de ácidos graxos no trato gastrointestinal. Os ácidos graxos incluem ácido acético, ácido propiônico e ácido butírico. Em algumas modalidades, é desejável manter o equilíbrio do pH no trato gastrointestinal para evitar a destruição de bioconjuntos microbianos benéficos. Em algumas modalidades, é desejável aumentar a concentração de ácidos láticos no trato gastrointestinal. O ácido lático reduz o pH do ambiente circundante, incluindo o pH intracelular, que pode interromper a força motriz dos prótons microbianos. O ácido lático também pode permeabilizar a membrana externa de bactérias gram-negativas, de modo que elas exibam uma suscetibilidade aumentada a antimicrobianos.
[0435] Em algumas modalidades, é desejável diminuir a quantidade de metano e esterco produzido pelas aves.
[0436] Em algumas modalidades, é desejável uma diminuição na quantidade total de esterco produzido. Em outras modalidades, é desejável uma diminuição na quantidade total de fósforo e/ou nitrogênio no esterco total produzido.
[0437] Em algumas modalidades, é desejável melhorar a ingestão de alimento. Em algumas modalidades, é desejável melhorar a eficiência da utilização de nitrogênio da alimentação e/ou matéria seca ingerida pelas aves.
[0438] Em algumas modalidades, as características melhoradas da presente divulgação são o resultado da administração das composições microbianas atualmente descritas. Pensa-se que as composições microbianas modulam o microbioma de aves, de modo que a bioquímica de um ou mais elementos do trato gastrointestinal seja alterada de tal forma que o substrato líquido e sólido gastrointestinal seja mais eficiente e mais completamente degradado em subcomponentes e metabólitos do que o trato gastrointestinal de aves que não foram administradas com as composições microbianas da presente divulgação.
[0439] Em algumas modalidades, o aumento da eficiência e o aumento da degradação do substrato gastrointestinal resultam em um aumento nas características melhoradas da presente divulgação.
[0440] Em algumas modalidades, a melhoria de qualquer uma ou mais características da presente divulgação é uma mudança de cerca de 0,1%, cerca de 0,2%, cerca de 0,3%, cerca de 0,4%, cerca de 0,5%, cerca de 0,6%, cerca de 0,7%, cerca de 0,8%, cerca de 0,9%, cerca de 1%, cerca de 2%, cerca de 3%, cerca de 4%, cerca de 5%, cerca de 6%, cerca de 7%, cerca de 8%, cerca de 9%, cerca de 10%, cerca de 11%, cerca de 12%, cerca de 13%, cerca de 14%, cerca de 15%, cerca de 16%, cerca de 17%, cerca de 18%, cerca de 19%, cerca de 20%, cerca de 21%, cerca de 22%, cerca de 23%, cerca de 24%, cerca de 25%, cerca de 26%, cerca de 27%, cerca de 28%, cerca de 29%, cerca de 30%, cerca de 31%, cerca de 32%, cerca de 33%, cerca de 34%, cerca de 35%, cerca de 36%, cerca de 37%, cerca de 38%, cerca de 39%, cerca de 40%, cerca de 41%, cerca de 42%, cerca de 43%, cerca de 44%, cerca de 45%, cerca de 46%, cerca de 47%, cerca de 48%, cerca de 49%, cerca de 50%, cerca de 51%, cerca de 52%, cerca de 53%, cerca de 54%, cerca de 55%, cerca de 56%, cerca de 57%, cerca de 58%, cerca de 59%, cerca de 60%, cerca de 61%, cerca de 62%, cerca de 63%, cerca de 64%, cerca de 65%, cerca de 66%, cerca de 67%, cerca de 68%, cerca de 69%, cerca de 70%, cerca de 71%, cerca de 72%, cerca de 73%, cerca de 74%, cerca de 75%, cerca de 76%, cerca de 77%, cerca de 78%, cerca de 79%, cerca de 80%, cerca de 81%, cerca de 82%, cerca de 83%, cerca de 84%, cerca de 85%, cerca de 86%, cerca de 87%, cerca de 88%, cerca de 89%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99%, ou cerca de 100% em relação ao animal que não foi administrado com uma ou mais composições microbianas da presente divulgação.
[0441] Em algumas modalidades, a melhoria de qualquer uma ou mais das características da presente divulgação é uma alteração de pelo menos 0,1%, pelo menos 0,2%, pelo menos 0,3%, pelo menos 0,4%, pelo menos 0,5%, pelo menos 0,6%, pelo menos 0,7%, pelo menos 0,8%, pelo menos 0,9%, pelo menos 1%, pelo menos 2%, pelo menos 3%, pelo menos 4%, pelo menos 5%, pelo menos 6%, pelo menos 7%, pelo menos 8%, pelo menos 9%, pelo menos 10%, pelo menos 11%, pelo menos 12%, pelo menos 13%, pelo menos 14%, pelo menos 15%, pelo menos 16%, pelo menos 17%, pelo menos 18%, pelo menos 19%, pelo menos 20%, pelo menos 21%, pelo menos 22%, pelo menos 23%, pelo menos 24%, pelo menos 25%, pelo menos 26%, pelo menos 27%, pelo menos 28%, pelo menos 29%, pelo menos 30%, pelo menos 31%, pelo menos 32%, pelo menos 33%, pelo menos 34%, pelo menos 35%, pelo menos 36%, pelo menos 37%, pelo menos 38%, pelo menos 39%, pelo menos 40%, pelo menos 41%, pelo menos 42%, pelo menos 43%, pelo menos 44%, pelo menos 45%, pelo menos 46%, pelo menos 47%, pelo menos 48%, pelo menos 49%, pelo menos 50%, pelo menos 51%, pelo menos 52%, pelo menos 53%, pelo menos 54%, pelo menos t 55%, pelo menos 56%, pelo menos 57%, pelo menos 58%, pelo menos 59%, pelo menos 60%, pelo menos 61%, pelo menos 62%, pelo menos 63%, pelo menos 64%, em 65%, pelo menos 66%, pelo menos 67%, pelo menos 68%, pelo menos 69%, pelo menos 70%, pelo menos 71%, pelo menos 72%, pelo menos 73%, pelo menos 74%, pelo menos pelo menos 75%, pelo menos 76%, pelo menos 77%, pelo menos 78%, pelo menos 79%, pelo menos 80%, pelo menos 81%, pelo menos 82%, pelo menos 83%, pelo menos 84%, pelo menos pelo menos 85%, pelo menos 86%, pelo menos 87%, pelo menos 88%, pelo menos 89%, pelo menos 90%, pelo menos 91%, pelo menos 92%, pelo menos 93%, pelo menos 94%, em pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98%, pelo menos 99% ou pelo menos 100% em relação ao animal que não tenha sido administrado uma ou mais composições microbianas da presente divulgação.
[0442] Em algumas modalidades, o aumento de qualquer uma ou mais características da presente divulgação é um aumento de cerca de 0,1%, cerca de 0,2%, cerca de 0,3%, cerca de 0,4%, cerca de 0,5%, cerca de 0,6%, cerca de 0,7%, cerca de 0,8%, cerca de 0,9%, cerca de 1%, cerca de 2%, cerca de 3%, cerca de 4%, cerca de 5%, cerca de 6%, cerca de 7%, cerca de 8%, cerca de 9%, cerca de 10%, cerca de 11%, cerca de 12%, cerca de 13%, cerca de 14%,
cerca de 15%, cerca de 16%, cerca de 17%, cerca de 18%, cerca de 19%, cerca de 20%, cerca de 21%, cerca de 22%, cerca de 23%, cerca de 24%, cerca de 25%, cerca de 26%, cerca de 27%, cerca de 28%, cerca de 29%, cerca de 30%, cerca de 31%, cerca de 32%, cerca de 33%, cerca de 34%, cerca de 35%, cerca de 36%, cerca de 37%, cerca de 38%, cerca de 39%, cerca de 40%, cerca de 41%, cerca de 42%, cerca de 43%, cerca de 44%, cerca de 45%, cerca de 46%, cerca de 47%, cerca de 48%, cerca de 49%, cerca de 50%, cerca de 51%, cerca de 52%, cerca de 53%, cerca de 54%, cerca de 55%, cerca de 56%, cerca de 57%, cerca de 58%, cerca de 59%, cerca de 60%, cerca de 61%, cerca de 62%, cerca de 63%, cerca de 64%, cerca de 65%, cerca de 66%, cerca de 67%, cerca de 68%, cerca de 69%, cerca de 70%, cerca de 71%, cerca de 72%, cerca de 73%, cerca de 74%, cerca de 75%, cerca de 76%, cerca de 77%, cerca de 78%, cerca de 79%, cerca de 80%, cerca de 81%, cerca de 82%, cerca de 83%, cerca de 84%, cerca de 85%, cerca de 86%, cerca de 87%, cerca de 88%, cerca de 89%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99%, ou cerca de 100% em relação ao animal que não foi administrado com uma ou mais composições microbianas da presente divulgação.
[0443] Em algumas modalidades, o aumento de qualquer uma ou mais das características da presente divulgação é um aumento de pelo menos 0,1%, pelo menos 0,2%, pelo menos 0,3%, pelo menos 0,4%, pelo menos 0,5%, pelo menos 0,6%, pelo menos 0,7%, pelo menos 0,8%, pelo menos 0,9%, pelo menos 1%, pelo menos 2%, pelo menos 3%, pelo menos 4%, pelo menos 5%, pelo menos 6%, pelo menos 7%, pelo menos 8%, pelo menos 9%, pelo menos 10%, pelo menos 11%, pelo menos 12%, pelo menos 13%, pelo menos 14%, pelo menos 15%, pelo menos 16%, pelo menos 17%, pelo menos 18%, pelo menos 19%, pelo menos 20%, pelo menos 21%, pelo menos 22%, pelo menos 23%, pelo menos 24%, pelo menos 25%, pelo menos 26%, pelo menos 27%, pelo menos 28%, pelo menos 29%, pelo menos 30%, pelo menos 31%, pelo menos 32%, pelo menos 33%, pelo menos 34%, pelo menos 35%, pelo menos 36%, pelo menos 37%, pelo menos 38%, pelo menos 39%, pelo menos 40%, pelo menos 41%, pelo menos 42%, pelo menos 43%, pelo menos 44%, pelo menos 45%, pelo menos 46%, pelo menos 47%, pelo menos 48%, pelo menos 49%, pelo menos 50%, pelo menos 51%, pelo menos 52%, pelo menos 53%, pelo menos 54%, pelo menos t 55%, pelo menos 56%, pelo menos 57%, pelo menos 58%, pelo menos 59%, pelo menos 60%, pelo menos 61%, pelo menos 62%, pelo menos 63%, pelo menos 64%, em 65%, pelo menos 66%, pelo menos 67%, pelo menos 68%, pelo menos 69%, pelo menos 70%, pelo menos 71%, pelo menos 72%, pelo menos 73%, pelo menos 74%, pelo menos 75%, pelo menos 76%, pelo menos 77%, pelo menos 78%, pelo menos 79%, pelo menos 80%, pelo menos 81%, pelo menos 82%, pelo menos 83%, pelo menos 84%, pelo menos pelo menos 85%, pelo menos 86%, pelo menos 87%, pelo menos 88%, pelo menos 89%, pelo menos 90%, pelo menos 91%, pelo menos 92%, pelo menos 93%, pelo menos 94%, em pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98%, pelo menos 99% ou pelo menos 100% em relação ao animal que não foi administrado com uma ou mais composições microbianas da presente divulgação.
[0444] Em algumas modalidades, a diminuição de qualquer uma ou mais características da presente divulgação é uma diminuição de cerca de 0,1%, cerca de 0,2%, cerca de 0,3%, cerca de 0,4%, cerca de 0,5%, cerca de 0,6%, cerca de 0,7%, cerca de 0,8%, cerca de 0,9%, cerca de 1%, cerca de 2%, cerca de 3%, cerca de 4%, cerca de 5%, cerca de 6%, cerca de 7%, cerca de 8%, cerca de 9%, cerca de 10%, cerca de 11%, cerca de 12%, cerca de 13%, cerca de 14%, cerca de 15%, cerca de 16%, cerca de 17%, cerca de 18%, cerca de 19%, cerca de 20%, cerca de 21%, cerca de 22%, cerca de 23%, cerca de 24%, cerca de 25%, cerca de 26%, cerca de 27%, cerca de 28%, cerca de 29%, cerca de 30%, cerca de 31%, cerca de 32%, cerca de 33%, cerca de 34%, cerca de 35%, cerca de 36%, cerca de 37%, cerca de 38%, cerca de 39%, cerca de 40%, cerca de 41%, cerca de 42%, cerca de 43%, cerca de 44%, cerca de 45%, cerca de 46%, cerca de 47%, cerca de 48%, cerca de 49%, cerca de 50%, cerca de 51%, cerca de 52%, cerca de 53%, cerca de 54%, cerca de 55%, cerca de 56%, cerca de 57%, cerca de 58%, cerca de 59%, cerca de 60%, cerca de 61%, cerca de 62%, cerca de 63%, cerca de 64%, cerca de 65%, cerca de 66%, cerca de 67%, cerca de 68%, cerca de 69%, cerca de 70%, cerca de 71%, cerca de 72%, cerca de 73%, cerca de 74%, cerca de 75%, cerca de 76%, cerca de 77%, cerca de 78%, cerca de 79%, cerca de 80%, cerca de 81%, cerca de 82%, cerca de 83%, cerca de 84%, cerca de 85%, cerca de 86%, cerca de 87%, cerca de 88%, cerca de 89%, cerca de 90%, cerca de 91%, cerca de 92%, cerca de 93%, cerca de 94%, cerca de 95%, cerca de 96%, cerca de 97%, cerca de 98%, cerca de 99%, ou cerca de 100% em relação ao animal que não foi administrado com uma ou mais composições microbianas da presente divulgação.
[0445] Em algumas modalidades, a diminuição de qualquer uma ou mais das características da presente divulgação é uma diminuição de pelo menos 0,1%, pelo menos 0,2%, pelo menos 0,3%, pelo menos 0,4%, pelo menos 0,5%, pelo menos 0,6%, pelo menos 0,7%, pelo menos 0,8%, pelo menos 0,9%, pelo menos 1%, pelo menos 2%, pelo menos 3%, pelo menos 4%, pelo menos 5%, pelo menos 6%, pelo menos 7%, pelo menos 8%, pelo menos 9%, pelo menos 10%, pelo menos 11%, pelo menos 12%, pelo menos 13%, pelo menos 14%, pelo menos 15%, pelo menos 16%, pelo menos 17%, pelo menos 18%, pelo menos 19%, pelo menos 20%, pelo menos 21%, pelo menos 22%, pelo menos 23%, pelo menos 24%, pelo menos 25%, pelo menos 26%, pelo menos 27%, pelo menos 28%, pelo menos 29%, pelo menos 30%, pelo menos 31%, pelo menos 32%, pelo menos 33%, pelo menos 34%, pelo menos 35%, pelo menos 36%, pelo menos 37%, pelo menos 38%, pelo menos 39%, pelo menos 40%, pelo menos 41%, pelo menos 42%, pelo menos 43%, pelo menos 44%, pelo menos 45%, pelo menos 46%, pelo menos 47%, pelo menos 48%, pelo menos 49%, pelo menos 50%, pelo menos 51%, pelo menos 52%, pelo menos 53%, pelo menos 54%, pelo menos 55%, pelo menos 56%, pelo menos 57%, pelo menos 58%, pelo menos 59%, pelo menos 60%, pelo menos 61%, pelo menos 62%, pelo menos 63%, pelo menos 64%, pelo menos 65%, pelo menos 66%, pelo menos 67%, pelo menos 68%, pelo menos 69%, pelo menos 70%, pelo menos 71%, pelo menos 72%, pelo menos 73%, pelo menos 74%, pelo menos 75%, pelo menos 76%, pelo menos 77%, pelo menos 78%, pelo menos 79%, pelo menos 80%, pelo menos 81%, pelo menos 82%, pelo menos 83%, pelo menos 84%, pelo menos 85%, pelo menos 86%, pelo menos 87%, pelo menos 88%, pelo menos 89%, pelo menos 90%, pelo menos 91%, pelo menos 92%, pelo menos 93%, pelo menos 94%, pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98%, pelo menos 99% ou pelo menos 100% em relação ao animal que não foi administrado com uma ou mais composições microbianas da presente divulgação.
[0446] Em algumas modalidades, as vilosidades do trato gastrointestinal de aves domésticas aumentam de diâmetro e/ou comprimento após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação.
[0447] Em algumas modalidades, as vilosidades da faixa gastrointestinal de aves aumentam de diâmetro e/ou comprimento após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 1 μM, pelo menos 2 μM, pelo menos 3 μM, pelo menos 4 μM, pelo menos 5 μM, pelo menos 6 μM, pelo menos 7 μM, pelo menos 8 μM, pelo menos 9 μM, pelo menos 10 μM, pelo menos 11 μM, pelo menos 12 μM, pelo menos 13 μM, pelo menos 14 μM, pelo menos 15 μM, pelo menos 16 μM, pelo menos 17 μM, pelo menos 18 μM, pelo menos 18 μM, pelo menos 20 μM, pelo menos 21 μM, pelo menos 22 μM, pelo menos 23 μM, pelo menos 24 μM, pelo menos 25 μM, pelo menos 30 μM, pelo menos 35 μM, pelo menos 40 μM, pelo menos 45 μM, pelo menos 50 μM, pelo menos 55 μM, pelo menos 60 μM, pelo menos 65 μM, pelo menos 70 μM, pelo menos 75 μM, pelo menos 80 μM, pelo menos 85 μM, pelo menos 90 μM, pelo menos 95 μM, pelo menos 100 μM, pelo menos 110 μM, pelo menos 120 μM, pelo menos 130 μM, pelo menos 140 μM, pelo menos 150 μM, pelo menos 160 μM, pelo menos 170 μM, em pelo menos 180 μM, pelo menos 190 μM ou pelo menos 200 μM.
[0448] Em algumas modalidades, as vilosidades do trato gastrointestinal de aves aumentam de diâmetro e/ou comprimento após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em menos que 1 μM, menos que 2 μM, menos que 3 μM, menos que 4 μM, menos que 5 μM, menos que 6 μM, menos que 7 μM, menos que 8 μM, menos que 9 μM, menos que 10 μM, menos que 11 μM, menos que 12 μM, menos que 13 μM, menos que 14 μM, menos que 15 μM, menos que 16 μM, menos que 17 μM, menos que 18 μM, menos que 18 μM, menos que 20 μM, menos que 21 μM, menos que 22 μM, menos que 23 μM, menos que 24 μM, menos que 25 μM, menos que 30 μM, menos que 35 μM, menos que 40 μM, menos que 45 μM, menos que 50 μM, menos que 55 μM, menos que 60 μM, menos que 65 μM, menos que 70 μM, menos que 75 μM, menos que 80 μM, menos que 85 μM, menos que 90 μM, menos que 95 μM, menos que 100 μM, menos que 110 μM, menos que 120 μM, menos que 130 μM, menos que 140 μM, menos que 150 μM, menos que 160 μM, menos que 170 μM, menos que 180 μM, menos que 190 μM, ou menos que 200 μM.
[0449] Em algumas modalidades, o íleo ou tecido ileal de aves é mais fino após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação. O tecido ileal é definido como o tecido do íleo que atravessa o lúmen até a membrana basal.
[0450] Em algumas modalidades, o íleo ou tecido ileal das aves é mais fino mediante a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 1 μM, pelo menos 2 μM, pelo menos 3 μM, pelo menos 4 μM, pelo menos 5 μM, pelo menos 6 μM, pelo menos 7 μM, pelo menos 8 μM, pelo menos 9 μM, pelo menos 10 μM, pelo menos 11 μM, pelo menos 12 μM, pelo menos 13 μM, pelo menos 14 μM, pelo menos 15 μM, pelo menos 16 μM, pelo menos 17 μM, pelo menos 18 μM, pelo menos 18 μM, pelo menos 20 μM, pelo menos 21 μM, pelo menos 22 μM, pelo menos 23 μM, pelo menos 24 μM, pelo menos 25 μM, pelo menos 30 μM, pelo menos 35 μM, pelo menos 40 μM, pelo menos 45 μM, pelo menos 50 μM, pelo menos 55 μM, pelo menos 60 μM, pelo menos 65 μM, pelo menos 70 μM, pelo menos 75 μM, pelo menos 80 μM, pelo menos 85 μM, pelo menos 90 μM, pelo menos 95 μM, pelo menos 100 μM, pelo menos 110 μM, pelo menos 120 μM, pelo menos 130 μM, pelo menos 140 μM, pelo menos 150 μM, pelo menos 160 μM, pelo menos 170 μM, pelo menos 180 μM, pelo menos 190 μM, ou pelo menos 200 μM.
[0451] Em algumas modalidades, o íleo ou tecido ileal das aves é mais fino mediante a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em menos que 1 μM, menos que 2 μM, menos que 3 μM, menos que 4 μM, menos que 5 μM, menos que 6 μM, menos que 7 μM, menos que 8 μM, menos que 9 μM, menos que 10 μM, menos que 11 μM, menos que 12 μM, menos que 13 μM, menos que 14 μM, menos que 15 μM, menos que 16 μM, menos que 17 μM, menos que 18 μM, menos que 18 μM, menos que 20 μM, menos que 21 μM, menos que 22 μM, menos que 23 μM, menos que 24 μM, menos que 25 μM, menos que 30 μM, menos que 35 μM, menos que 40 μM, menos que 45 μM, menos que 50 μM, menos que 55 μM, menos que 60 μM, menos que 65 μM, menos que 70 μM, menos que 75 μM, menos que 80 μM, menos que 85 μM, menos que 90 μM, menos que 95 μM, menos que 100 μM, menos que 110 μM, menos que 120 μM, menos que 130 μM, menos que 140 μM, menos que 150 μM, menos que 160 μM, menos que 170 μM, menos que 180 μM, menos que 190 μM, ou menos que 200 μM.
[0452] Em algumas modalidades, a digestibilidade das gorduras é aumentada ou melhorada em aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação. Em algumas modalidades, uma medição da gordura bruta utilizada é determinada subtraindo a gordura dos excrementos da gordura dos alimentos ingeridos.
[0453] Em algumas modalidades, a digestibilidade das gorduras é aumentada ou melhorada nas aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 0,5%, pelo menos 1%, pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%. Em algumas modalidades, a digestibilidade das gorduras é medida pela gordura bruta nos excrementos subtraídos da gordura bruta nos alimentos ingeridos. Ver Duerr et al. (2017. J. Avian Med. Surg. 31 (2): 132-141.)
[0454] Em algumas modalidades, a digestibilidade dos aminoácidos ou oligo- /polipeptídeos é aumentada ou melhorada em aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação.
[0455] Em algumas modalidades, a digestibilidade dos aminoácidos ou oligo/oilipeptídeos é aumentada ou melhorada nas aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 0,5%, pelo menos 1%, pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%.
[0456] Em algumas modalidades, a digestibilidade do retinol e/ou luteína é aumentada ou melhorada em aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação.
[0457] Em algumas modalidades, a digestibilidade do retinol e/ou luteína é aumentada ou melhorada nas aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 0,5%, pelo menos 1%, pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%.
[0458] Em algumas modalidades, a absorção de cálcio, ferro, zinco, cobre, fósforo ou íons dos mesmos é aumentada ou melhorada em aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação.
[0459] Em algumas modalidades, a absorção de cálcio, ferro, zinco, cobre, fósforo ou íons dos mesmos é aumentada ou melhorada nas aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 0,5%, pelo menos 1%, pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%.
[0460] Em algumas modalidades, a ocorrência de digesta espumosa no trato gastrointestinal em aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação.
[0461] Em algumas modalidades, a ocorrência de digesta espumosa no trato gastrointestinal em aves após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 0,5%, pelo menos 1%, pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%.
[0462] Em algumas modalidades, a produção de metano no trato gastrointestinal em aves é diminuída com a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação.
[0463] Em algumas modalidades, a produção de metano no trato gastrointestinal em aves é diminuída após a administração de um ou mais micróbios e/ou bioconjuntos da presente divulgação em pelo menos 0,5%, pelo menos 1%, pelo menos 5%, pelo menos 10%, pelo menos 15%, pelo menos 20%, pelo menos 25%, pelo menos 30%, pelo menos 35%, pelo menos 40%, pelo menos 45%, pelo menos 50%, pelo menos 55%, pelo menos 60%, pelo menos 65%, pelo menos 70%, pelo menos 75%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90% ou pelo menos 95%. Modo de ação: Melhoria da saúde gastrointestinal e exclusão competitiva
[0464] A influência do microbioma gastrointestinal na saúde dos frangos de corte é bem conhecida (Roberts, 2015; Yeoman, 2012; Lee (presentation); Oakley, 2014)—a healthy intestinal system will improve the overall welfare and performance of birds in a commercial farm setting. Embora os papéis e mecanismos exatos de espécies individuais dentro deste sistema complexo e complicado ainda sejam amplamente desconhecidos, os efeitos benéficos gerais dos micro-organismos na saúde e no desempenho do hospedeiro foram estudados. O conhecimento atual sobre metabolismo e mecanismos de ação estão resumidos a seguir. Ver FIG. 5. (Pourabedin and Zhao. 2015. FEMS Microbiol. Lett. 362: fnv122). FIG. 5 representa um conjunto de interações que são todas moduladas pela composição do trato gastrointestinal com uma população bem equilibrada de micróbios comensais com um suprimento adequado de composições prebióticas. Por exemplo, as bactérias comensais estão (1) produzindo compostos antibacterianos para competir com outros organismos, incluindo patógenos, (2) produzindo ácidos graxos simples envolvidos na regulação metabólica e no uso de energia, (3) imunomodulando as respostas imunes localizadas em conjunto com linfócitos e células apresentadoras de antígeno, etc.
[0465] Nutrição geral e saúde intestinal
[0466] O aumento da concentração de moléculas benéficas, incluindo ácidos graxos de cadeia curta e outros ácidos orgânicos, no trato gastrointestinal do frango melhora o desempenho das aves.
[0467] A produção microbiana de ácidos graxos de cadeia curta, em particular, é absorvida e metabolizada pelas aves e pode fornecer de 5% a 15% das necessidades diárias de energia de manutenção das aves (Chichlowski, 2007; Annison, 1968; Gasaway, 1976ab). Estudos anteriores mostraram que a suplementação de butirato pode melhorar o ganho de peso geral e a conversão alimentar quando administrada diariamente às aves, e que a suplementação de qualquer ácido orgânico (incluindo fumárico e lático) pode melhorar o ganho de peso das aves (Levy, 2015; Gilliland, 1977; Afil, 2010). Levy et al. (2015) mostraram que as melhorias no ganho de peso corporal e na conversão alimentar aumentavam linearmente com o aumento das concentrações dos níveis de ácido butírico encapsulado. O butirato também aprimora o desenvolvimento das vilosidades (Chamba, 2014), ativa a resposta imune e também pode ter um efeito bactericida direto (Gantois, 2006).
[0468] Melhora do desenvolvimento do trato gastrointestinal, aumento no crescimento das vilosidades e estímulo do sistema imunológico.
[0469] Foi demonstrado que a suplementação de butirato e outros ácidos orgânicos às dietas das aves melhora o desenvolvimento das vilosidades e estimula o sistema imunológico (Chamba, 2014; Adil 2010; Adil 2011).
[0470] Melhora da energia metabolizável aparente da dieta
[0471] A fermentação de vários micróbios pode converter carboidratos em vários produtos finais. A maioria dos ácidos graxos de cadeia curta produzidos por esses micro- organismos é absorvido e utilizado pelas aves (Rinttila, 2013; Annison, 1968; Gasaway, 1976ab). A síntese de vitaminas, incluindo vitaminas B e K, também é realizada por micro- organismos (Cummings, 1997).
[0472] Exclusão competitiva
[0473] Produção de bacteriocina
[0474] Os micro-organismos no trato gastrointestinal se autorregulam através da produção de vários produtos químicos antimicrobianos. As bacteriocinas, por exemplo, são comumente produzidas por micro-organismos do ácido lático e podem impedir a colonização de patógenos (Chen, 2007; Juven 1990). Demonstrou-se que os ácidos graxos de cadeia curta impactam e inibem bactérias entéricas, incluindo Salmonella typhimurium, mas não inibem micro-organismos nativos benéficos (Van der Wielen et al., 2000). Também foi demonstrado que o ácido propiônico, o ácido butírico e o acetato inibem bactérias patogênicas (Marounek, 1999; Van der Wielen, 2000; Immerseei, 2003).
[0475] Uso competitivo de nutrientes / sítios de ligação
[0476] As aves são primeiro inoculadas com micro-organismos logo após o nascimento. À medida que a ave continua a se desenvolver, o microbioma coloniza e se estabelece, criando um ecossistema estável que abriga organismos que ocupam todos os nichos e utiliza todos os nutrientes disponíveis (Callaway, 2008). Essa comunidade expansiva e estável pode impedir que os patógenos se colonizem.
[0477] Criação de ambientes que não são propícios ao crescimento de patógenos
[0478] Os micro-organismos residentes no intestino reduzem o potencial redox no interior do intestino, criando um ambiente adequado para o florescimento dos anaeróbios
(Cummings, 1997; Chicklowki, 20017; Juven 1990). A produção de lactato e outros ácidos graxos de cadeia curta diminui o pH do ambiente gastrointestinal, dificultando a colonização e o crescimento de patógenos (Pourabedin, 2015). Os micro-organismos nativos também demonstraram neutralizar as enterotoxinas (M'Sadeq, 2015).
EXEMPLOS Exemplo I. Administração e colonização de bactérias nativas alimentadas a pintinhos jovens
[0479] Objetivo: Determinar a eficácia da colonização de micro-organismos nativos alimentados a pintinhos de corte em momentos variados durante o desenvolvimento.
[0480] Procedimento: Ascusbbr_105932, Ascusbbr_10593 e Ascusbbr_2676 foram administrados aos pintinhos. Um total de 60 filhotes foram divididos igualmente em 3 grupos de 20 aves. Cada grupo de 20 aves foi alojado em uma gaiola independente, com pelo menos uma gaiola vazia entre os grupos, para evitar contaminação cruzada. Os três grupos foram: grupo experimental 1, grupo experimental 2 e grupo controle.
[0481] O grupo experimental 1 recebeu 0,5 mL de uma composição de micróbios contendo Ascusbbr_10593, Asucsbbr_2676 e Ascusbbr_105932 suspensos em solução salina 1x RAMM por gavagem no dia 0 de idade. O grupo experimental 2 recebeu 0,5 mL de uma composição de micróbios contendo Ascusbbr_10593, Asucsbbr_2676 e Ascusbbr_105932 suspensos em solução salina 1x RAMM no dia 5 de idade via gavagem. O grupo de controle recebeu 0,5 mL de solução salina estéril 1x RAMM por gavagem. O grupo experimental 1 e o grupo experimental 2 receberam aproximadamente 1x106 células de cada cepa. No dia 7, dia 11, dia 14 e dia 18, 4 aves de cada grupo foram selecionadas aleatoriamente e removidas das gaiolas a serem amostradas. Cada ave teve os seguintes órgãos amostrados: ceco, conteúdo do intestino delgado e raspagem do intestino delgado por meio de esfregaço. Para o conteúdo de ceco e intestino delgado, as amostras foram coletadas em um tubo de 2 mL contendo 200 μL de solução de parada (95% de etanol e 5% de fenol). Para os esfregaços, os tubos de coleta de 2 mL foram pré-carregados com 600 μL de uma solução de parada-PBS (25% de solução de parada (95% de etanol e 5% de fenol) e 75% 1x de PBS estéril). Os esfregaços foram mergulhados na mistura de solução de parada-PBS e depois colocados em um novo tubo de coleta vazio de 2 mL para armazenamento. As amostras foram armazenadas a -20ºC até o transporte e processamento.
[0482] Os ácidos nucleicos foram extraídos de cada amostra. Tanto o DNA quanto o RNA foram amplificados usando PCR, e as bibliotecas foram preparadas para o sequenciamento Illumina MiSeq. Após o sequenciamento, os dados 16S foram analisados usando o software USEARCH, e as cepas administradas foram identificadas nos grupos experimentais e no grupo controle. A Tabela 12, Tabela 13 e Tabela 14 mostram os aumentos e diminuições na abundância de cada cepa em comparação ao grupo controle.
[0483] Resultados:
[0484] Tabela 12: Alterações na abundância das cepas administradas no conteúdo de ceco dos frangos de corte Dia11 Dia14 Dia18 Grupo Ascusbbr_105932 Ascusbbr_105932 Ascusbbr_105932 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_2676 Ascusbbr_2676 Ascusbbr_2676 Grupo Experimental - - - - + - - - - 1: Dia 0 da admin Grupo Experimental - + - - + - - - - 2: Dia 5 da admin
[0485] * Os dados do dia 7 foram omitidos porque as amostras tinham < 100 leituras totais. '-' representa a abundância relativa dessa amostra que é menor ou igual à abundância relativa do controle. '+' representa a abundância relativa sendo maior que a abundância relativa da amostra de controle.
[0486] Tabela 13: Alterações na abundância das cepas administradas no conteúdo intestinal delgado dos frangos de corte Dia7 Dia11 Dia14 Dia18
Grupo Ascusbbr_105932 Ascusbbr_105932 Ascusbbr_105932 Ascusbbr_105932 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_2676 Ascusbbr_2676 Ascusbbr_2676 Ascusbbr_2676 Grupo Experimental - - - - + - - - - - - + 1: Dia 0 da admin Grupo Experimental - + - - - - - - - - - + 2: Dia 5 da admin
[0487] * '-' representa a abundância relativa dessa amostra que é menor ou igual à abundância relativa do controle. '+' representa a abundância relativa sendo maior que a abundância relativa da amostra de controle.
[0488] Tabela 14: Alterações na abundância das cepas administradas na raspagem da parede do intestino delgado dos frangos de corte Dia7 Dia11 Dia14 Dia18 Ascusbbr_105932 Ascusbbr_105932 Ascusbbr_105932 Ascusbbr_105932 Grupo Ascusbbr_10593 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_10593 Ascusbbr_2676 Ascusbbr_2676 Ascusbbr_2676 Ascusbbr_2676 Grupo Experimental - - - - - - - - - - - - 1: Dia 0 da admin Grupo Experimental - + + - - + - - + - - - 2: Dia 5 da admin
[0489] * '-' representa a abundância relativa dessa amostra que é menor ou igual à abundância relativa do controle. '+' representa a abundância relativa sendo maior que a abundância relativa da amostra de controle.
[0490] Discussão:
[0491] Ascusbbr_105932 falhou ao colonizar em qualquer um dos órgãos que foram testados em todos os momentos. Ascusbbr_10593 parece estabelecer uma abundância maior que o controle no ceco do grupo experimental 2. No ceco do grupo 2, houve estabelecimento no dia 11 e no dia 14 de idade, enquanto no dia 18 de idade a abundância relativa foi igual ou menor que a abundância relativa do grupo controle. O aumento na abundância de Ascusbbr_10593 mostrou que houve aumento da colonização de Ascusbbr_10593 em comparação ao controle. Sem administração contínua de Ascusbbr_10593, a microbiota do ceco retornou a um estado mais natural no dia 18 de idade. Essa tendência foi demonstrada em vários animais e estudos em que houve uma tentativa de alterar a microbiota natural. Ver Preidis et al. (2012. FASEB J. 26: 1960-1969), Weimer et al. (2010. J. Dairy Sci. 93: 5902- 5912), Weimer (2015. Front. Microbiol. 6: 1-16), e Weimer et al. (2017. J. Dairy Sci. 100: 7165-7182). Ascusbbr_10593 também mostrou colonização no dia 7 de idade das raspagens do intestino delgado no grupo 2 antes que a microbiota retornasse ao seu estado natural no dia 11 de idade. Os resultados das raspagens do intestino delgado também são refletidos no conteúdo do intestino delgado, mostrando que há uma maior colonização de Ascusbbr_10593 quando os filhotes foram retirados no dia 5 de idade.
[0492] Ascusbbr_2676 no grupo experimental 2 colonizou nas raspagens do intestino delgado no dia 7 e no dia 11 de idade antes de retornar a uma microbiota semelhante a do controle no dia 18 de idade. A falta de colonização por Ascusbbr_2676 no conteúdo do intestino delgado sugere que o Ascusbbr_2676 se ligue à camada mucosa através do colágeno (tipos III, IV e V), gelatina, fibrinogênio, lectina, laminina ou vitronectina.
[0493] Para o grupo experimental 1, em que os micróbios foram administrados no dia 0 de idade, parece haver resultados inconsistentes e falta de evidência da colonização Ascusbbr_10593, Ascusbbr_2676 e Ascusbbr_105932. Isso pode ser devido às propriedades antimicrobianas que um filhote jovem possui no início de sua vida útil no trato gastrointestinal. A administração de micróbios no dia 5 de idade, em comparação com o dia 0, parece beneficiar o estabelecimento e a colonização dos micróbios Ascus.
[0494] Referências
[0495] Preidis, G. A. et al. Probiotics stimulate enterocyte migration and microbial diversity in the neonatal mouse intestine. FASEB J. 26, 1960–1969 (2012).
[0496] Weimer, P. J., Stevenson, D. M., Mantovani, H. C. & Man, S. L. C. Host specificity of the ruminal bacterial community in the dairy cow following near-total exchange of ruminal contents. J. Dairy Sci. 93, 5902–5912 (2010).
[0497] Weimer, P. J. Redundancy, resilience, and host specificity of the ruminal microbiota: Implications for engineering improved ruminal fermentations. Front. Microbiol. 6, 1-16 (2015).
[0498] Weimer, P. J. et al. Transient changes in milk production efficiency and bacterial community composition resulting from near-total exchange of ruminal contents between high- and low-efficiency Holstein cows. J. Dairy Sci. 100, 7165-7182 (2017).
Exemplo II. Teste de ligação à lectina de isolados de frangos de corte
[0499] Imediatamente após a eclosão, os pintinhos de corte são protegidos contra patógenos pelas propriedades antimicrobianas das claras de ovos. Ver Hager et al. (1983. Poultry Science. 62: 247-254). Depois que essa proteção desaparece, os filhotes são constantemente desafiados com patógenos e nunca convergem para um microbioma do núcleo. Isso leva a altas taxas de mortalidade devido a enterite necrótica e epitelial intestinal com inflamação crônica. Através da exclusão competitiva pelo efeito fundador, as cepas de frangos que exibem ligação ao colágeno e à mucina têm a capacidade de excluir patógenos. Em muitos casos, isso demonstrou aumentar a saúde imunológica geral e diminuir o epitelial intestinal com inflamação crônica. Ver Yadav et al. (2013. Microbiol. Res. 168: 639-645). Aqui, testamos 4 cepas (cepa 1, cepa 2, controle positivo e controle negativo) quanto à capacidade de ligar determinadas lectinas usando ELISAs.
[0500] Os ensaios de ligação a lectina são projetados para identificar a ligação fenotípica de manose, fucose e N-acetilglucosamina através de um ELISA sanduíche. Cada cepa é testada em triplicado e comparada com controles positivos e negativos. A ligação é uma proteína de ligação à lectina dependente de cálcio envolvida na defesa imunológica. O ensaio em ELISA sanduíche utiliza o anticorpo específico para a lectina de ligação à manose de galinha. Existem muitos sinônimos para esse tipo de ligação, incluindo, mas não limitado a Collectin-1, proteína de ligação a Mannan, lectina de ligação a Manose, proteína C de ligação a Manose, MBL2, MBL2_CHICKEN, MBP-C, MBP1. Além disso, este teste testa ambas as bactérias que contêm tanto 1 domínio de lectina do tipo C quanto 1 domínio do tipo colágeno.
[0501] Preparação padrão
[0502] Os padrões diluídos em série são preparados frescos antes do uso. O padrão MBL de frangos de corte é usado como controle positivo em combinação com amostras de soro / plasma de frangos de corte. Os tubos são misturados suavemente. Os padrões de 25 ng / mL são diluídos em série a 200 ul, misturando suavemente a cada diluição. Os controles em branco não contêm proteína.
[0503] Preparação de amostras e placas
[0504] Todos os isolados são cultivados a turbidez suficiente e sedimentados por centrifugação. Todas as amostras são divididas para criar triplicatas técnicas para teste, com a diluição sugerida para soro / plasma normal: 800 vezes.
[0505] Protocolo de ensaio
[0506] Todos os materiais são equilibrados à temperatura ambiente; todas as amostras e padrões são realizados em triplicatas. 100 uL de cada amostra e padrão são pipetados nos poços apropriados. A placa é coberta e incubada à temperatura ambiente durante a noite a 4 graus C. Após a incubação, as amostras são lavadas 4 vezes com tampão de lavagem PBS e removidas por aspiração. 100 ul de anticorpo de detecção de MBL humano biotinilado preparado e depois incubados durante uma hora à temperatura ambiente com agitação suave. 100 ul de solução 1X de HRP-estreptavidina são adicionados a cada poço e por 45 minutos à temperatura ambiente com agitação suave. 100 ul de TMB são adicionados a cada poço e por 30 minutos em temperatura ambiente com agitação suave. Finalmente, 50 µL de solução de parada são adicionados a cada poço. A densidade óptica a 450 nm é lida imediatamente a seguir.
[0507] Anti-inflamatório para teste in vivo
[0508] Os organismos que testam positivo para domínios de ligação são cultivados e testados in vivo em frangos de corte por meio de gavagem oral. Os frangos de corte são testados quanto ao soro α-1-AGP, linfócitos CD4 +, linfócitos CD8 +, citocinas IL8 e TNFSF15, IL17F, expressão de iNOS e expressão genética das proteínas de junção apertada JAM2, occludina, ZO1 e MUC2. Ver Gadde et al. (2017. Res. Vet Sci. 114: 236-243).
[0509] Resultados
[0510] O teste do ensaio de ligação nas cepas um e dois provavelmente revelará uma ligação clara apenas no isolado dois (Fig. 6). O isolado dois é então utilizado para gavagem oral de frangos de corte. Confirma-se que o soro de galinhas com gavagem é imunologicamente melhorado através de soro α-1-AGP, linfócitos CD4 +, linfócitos CD8 +, citocinas IL8 e TNFSF15, IL17F, expressão de iNOS e Expressão genética das proteínas de junção apertada JAM2, occludina, ZO1 e MUC2 será comparada ao soro de controle com um valor p de 1e-16.
[0511] Referências
[0512] Hager JE, Beane WL. 1983. Posthatch incubation time and early growth of broiler chickens. Poult Sci 62:247–254.
[0513] Yadav AK, Tyagi A, Kaushik JK, Saklani AC, Grover S, Batish VK. 2013. Role of surface layer collagen binding protein from indigenous Lactobacillus plantarum 91 in adhesion and its anti-adhesion potential against gut pathogen. Microbiol Res 168: 639-645.
[0514] Gadde UD, Oh S, Lee Y, Davis E, Zimmerman N, Rehberger T, Lillehoj HS.
2017. Dietary Bacillus subtilis-based direct-fed microbials alleviate LPS-induced intestinal immunological stress and improve intestinal barrier gene expression in commercial broiler chickens. Res Vet Sci 114: 236–243. Exemplo III. Teste de ligação de colágeno de isolados de frangos de corte
[0515] Há muito tempo se estabelece que o Clostridium perfringens é um dos principais agentes causadores da enterite necrótica, uma doença comum das aves que, estima- se, custa ao mundo US $ 6 bilhões por ano. Ver Immerseel et al. (2009. Trends Microbiol. 17:32-36) e Wade and Keyburn (2015. World Poultry. 31(7):16-17). “The ability to adhere to the host’s intestinal epithelium and to extracellular matrix molecules in the gut are well known strategies used by bacterial enteropathogens,” and it is postulated that C. perfringens uses a similar strategy to colonize poultry intestinal cells through the binding of extracellular matrix molecules including collagen. Ver Martin e Smyth (2010. Anaerobe. 16 (5): 533-539). Vários estudos ilustraram uma forte correlação entre a capacidade de C. perfringensde aderir a vários tipos de colágeno e a virulência da cepa. Ver Wade et al. (2016. Vet. Microbiol. 197: 53-61). Portanto, um ensaio de ligação ao colágeno é projetado com o objetivo de descobrir micro- organismos que poderiam inibir competitivamente a colonização de C. perfringens, ligando preferivelmente motivos de colágeno selecionados que também são aderidos por C. perfringens. Nossos resultados mostram que nossa cepa avirulenta é capaz de ligar colágeno tipos III a V e gelatina com afinidade semelhante ou maior que a virulenta C. perfringens.
[0516] Este ensaio com base em um protocolo desenvolvido por Wade et al., que investiga a ligação de várias bactérias à gelatina e colágeno tipos II, III, IV, V. Ver Wade et al. (2015. Vet. Microbiol. 180 (3-4): 299-303).
[0517] Solubilização de colágeno e gelatina
[0518] Os seguintes estoques são criados: 1 mg de colágeno tipo II e IV é adicionado a 50 ml de PBS e 0,13 ml de ácido acético e agitado durante a noite a 4ºC. 1 mg de colágeno tipo III é adicionado a 48,5 ml de PBS e 1,5 ml de ácido acético e agitado durante a noite a 4ºC. 1 mg de colágeno tipo V é adicionado a 48,8 ml de PBS e 1,2 ml de ácido acético e agitado à temperatura ambiente por 3 horas. A gelatina é adicionada a 49,7 ml de PBS e 0,3 ml de ácido acético e agitada à temperatura ambiente durante 3 horas.
[0519] Adesão do colágeno e gelatina
[0520] 50 ul das soluções de 1 mg / 50 ml de: colágeno tipo II, III, IV, V, gelatina ou PBS são adicionados a cada poço de uma placa tratada com superfície de 96 poços NUNCLON Delta. As placas são incubadas durante a noite no escuro a 4ºC.
[0521] Bloqueio dos poços
[0522] Uma solução de bloqueio é feita de 1 g de BSA e 20ul de Tween 20 em 40 ml de PBS. 200ul desta solução de bloqueio são adicionados a cada poço da placa. A placa é incubada por 2 horas no escuro a 4ºC. Depois disso, cada poço é lavado três vezes com 200ul de PBS.
[0523] Adesão celular
[0524] Um C. perfringens virulento positivo para o gene cnaA, uma cepa gram- positiva avirulenta positiva para o gene cnaA e uma cepa gram-positiva negativa para o gene cnaA crescem até a fase exponencial tardia no TSB anaeróbico +5% de sangue de ovelha desfibrinado. 40 ml dessas culturas são então centrifugados a 4.300 RCF por 30 minutos a 4ºC. Os sedimentos são então lavados três vezes com PBS fresco e as suspensões celulares são ajustadas para uma densidade óptica de 0,8 a 600 nm. 50 ul de suspensão de células são adicionados a cada poço e a placa é incubada à temperatura ambiente por 2 horas no escuro com agitação. Depois disso, cada poço é lavado três vezes com 100 ul de PBS fresco.
[0525] Coloração com cristal violeta
[0526] É preparada uma solução de 0,5% (p / v) de cristal violeta em PBS. São adicionados 100uL a cada poço e incubados à temperatura ambiente no escuro por 5 minutos. Então, cada poço é lavado três vezes com 100ul de PBS fresco. As células são então descoradas com 50ul de etanol: acetona 1: 1 (v / v) e a absorbância de cada poço é lida a 562nm.
[0527] Resultados
[0528] Todos os resultados reportados são corrigidos por seus respectivos controles. A partir de nossos resultados, esperamos ver que ambas as cepas positivas para cnaA de C. perfringens e a cepa 1 têm uma maior afinidade de ligação a todas as proteínas testadas que a cepa 2 negativa para cnaA. (FIG. 7) Isso está de acordo com os dados anteriores 3-5 que mostram uma correlação entre a presença do gene cnaA e a capacidade de uma cepa de se ligar ao colágeno. Além disso, esses resultados indicarão que a cepa 1 tem maior aderência à gelatina e colágeno III, IV e V que C. perfringens. Devido a isso, é possível que a cepa 1 possa ser usada como um inibidor competitivo da ligação de C. perfringens às moléculas da matriz extracelular em frangos de corte. Ao inibir a colonização de C. perfringens, a cepa 1 pode reduzir a incidência de enterite necrótica e melhorar a saúde de frangos de corte.
[0529] Referências
[0530] Van Immerseel, F., Rood, J.I., Moore, R.J., Titball, R.W., 2009. Rethinking our understanding of the pathogenesis of necrotic enteritis in chickens. Trends Microbiol. 17, 32-
36.
[0531] Wade, B., Keyburn, A.L., 2015. The true cost of necrotic enteritis. World Poultry 31 (7), 16–17.
[0532] Thomas G. Martin, Joan A. Smyth, The ability of disease and non-disease producing strains of Clostridium perfringens from chickens to adhere to extracellular matrix molecules and Caco-2 cells, In Anaerobe, Volume 16, Issue 5, 2010, Pages 533-539, ISSN 1075-9964, https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2010.07.003.
[0533] Ben Wade, Anthony L. Keyburn, Volker Haring, Mark Ford, Julian I. Rood, Robert J. Moore, The adherent abilities of Clostridium perfringens strains are critical for the pathogenesis of avian necrotic enteritis, In Veterinary Microbiology, Volume 197, 2016, Pages 53-61
[0534] B. Wade, A.L. Keyburn, T. Seemann, J.I. Rood, R.J. Moore, Binding of Clostridium perfringens to collagen correlates with the ability to cause necrotic enteritis in chickens, In Veterinary Microbiology, Volume 180, Issues 3–4, 2015, Páginas 299-303. Exemplo III. Teste de ligação de colágeno de isolados de frangos de corte
[0535] Objetivo: O objetivo deste estudo é testar a capacidade dos micróbios formulados para colonizar filhotes quando misturados à ração por 35 dias.
[0536] Procedimento: Ascusbbr_105932, Ascusbbr_5796 e Ascusbbr_2676 foram administrados aos pintinhos. Um total de 192 pintinhos foram divididos igualmente em 4 grupos de tratamento. Cada grupo de tratamento consistiu em 3 canetas, com cada caneta contendo 16 aves. Os quatro grupos foram: controle não contestado, controle positivo (todos os 3 micróbios administrados por gavagem), grupo experimental 1 e grupo experimental 2.
[0537] O grupo experimental 1 recebeu uma composição microbiana contendo Ascusbbr_105932, Ascusbbr_2676 e um transportador misturado diariamente na alimentação. O grupo experimental 2 recebeu uma composição microbiana contendo Ascusbbr_105932, Ascusbbr_5796, Ascusbbr_2676 e um veículo misturado diariamente na alimentação. O grupo experimental 1 e o grupo experimental 2 receberam aproximadamente 1x106 células de cada cepa. O controle positivo recebeu Ascusbbr_105932, Ascusbbr_5796 e Ascusbbr_2676 suspensos em solução salina 1x RAMM uma vez no dia 5 de idade por gavagem. O grupo de controle recebeu o veículo diariamente por meio de alimentação. No dia 2, dia 7, dia 14, dia 21, dia 28 e dia 35 de idade, 2 aves de cada grupo foram selecionadas aleatoriamente e removidas das gaiolas a serem amostradas. Cada ave teve os seguintes órgãos amostrados: ceco, conteúdo do intestino delgado e raspagem do intestino delgado por meio de esfregaço. Para o conteúdo de ceco e intestino delgado, as amostras foram coletadas em um tubo de 2 mL contendo 200 μL de solução de parada (95% de etanol e 5% de fenol). Para os esfregaços, os tubos de coleta de 2 mL foram pré-carregados com 600 μL de uma solução de parada-PBS (25% de solução de parada (95% de etanol e 5% de fenol) e 75% 1x de PBS estéril). Os esfregaços foram mergulhados na mistura de solução de parada-PBS e depois colocados em um novo tubo de coleta vazio de 2 mL para armazenamento. As amostras foram armazenadas a -20ºC até o transporte e processamento.
[0538] Os ácidos nucleicos foram extraídos de cada amostra. Tanto o DNA quanto o RNA foram amplificados usando PCR, e as bibliotecas foram preparadas para o sequenciamento Illumina MiSeq. Após o sequenciamento, os dados 16S foram analisados usando o software USEARCH, e as cepas administradas foram identificadas nos grupos experimentais e no grupo controle. A Tabela 12, Tabela 13 e Tabela 14 mostram os aumentos e diminuições na abundância de cada cepa em comparação ao grupo controle.
[0539] Resultados: Ascusbbr_105932 mostrou colonização no intestino delgado no dia 7 no grupo experimental 1, grupo experimental 2 e controle positivo. Ele não foi detectado no controle não desafiado.
[0540] Ascusbbr_2676 mostrou colonização no grupo experimental 1, grupo experimental 2 e controle positivo no conteúdo do intestino delgado e no revestimento do intestino delgado. Ele não foi detectado no controle não desafiado.
[0541] Ascusbbr_5796 mostrou colonização no grupo experimental 1, grupo experimental 2 e controle positivo no dia 7 no conteúdo e revestimento do intestino delgado. Sua abundância foi detectada apenas no grupo de controle não desafiado nas amostras do revestimento do intestino delgado.
[0542] Ver a FIG. 8 para a representação da taxa de convergência microbiana entre os grupos experimentais. Aqui, supõe-se que o dia 35 represente o microbioma final do grupo. A distância entre o microbioma ao longo do experimento foi comparada com o microbioma médio final dos 35 dias das aves. As aves que receberam micróbios, notadamente o grupo experimental 2 (3 micróbios na alimentação) e o controle positivo (gavagem oral, 3 micróbios) apresentaram uma convergência mais rápida ao microbioma final do que o grupo experimental 1 e o controle não desafiado.
[0543] Ver a FIG. 9 para a porcentagem final de mortalidade do experimento. Todos os grupos que receberam micro-organismos (controle positivo, grupo experimental 1 e grupo experimental 2) exibiram menor porcentagem de mortalidade que o controle.
[0544] Discussão: Aqui, os micróbios nativos foram entregues com sucesso no trato gastrointestinal de frangos de corte de forma estabilizada por meio da alimentação. Os padrões de colonização dos micro-organismos alvo primários foram semelhantes aos micro-
organismos não estabilizados utilizados no controle positivo. Ascusbbr_105932 e Ascusbbr_2676 foram detectados apenas nos três grupos que receberam micróbios. Eles não foram detectados no controle não desafiado. Ascusbbr_5796, no entanto, apareceu em todos os 4 grupos experimentais, apesar de apenas ter sido administrado ao grupo experimental 2 e ao controle positivo. Nos 3 grupos que receberam micróbios, o Ascusbbr_5796 foi detectado no conteúdo e revestimento do intestino delgado. No controle não desafiado, foi detectado apenas no revestimento do intestino delgado. O aparecimento de Ascusbbr_5796 em todos os 4 grupos de tratamento não surpreende, pois é um membro comum do microbioma de frango de corte nativo.
[0545] A administração de micro-organismos também foi encontrada para melhorar o desempenho das aves. Todos os três grupos que receberam micro-organismos exibiram menor porcentagem de mortalidade que o controle não desafiado. Da mesma forma, os dois grupos que receberam três micro-organismos (grupo experimental 2 e controle positivo) exibiram uma taxa mais rápida de maturidade do microbioma que o grupo experimental 1 e o controle não desafiado. Um microbioma mais maduro é mais resistente a patógenos e infecções; portanto, essas aves têm maior probabilidade de sobreviver a um surto de infecção bacteriana. Tabela 15: Depósitos do Tratado de Budapeste da divulgação Depositário Número de acesso Data de Depósito ATCC PTA-124016 2 de março de 2017 ATCC PTA-124039 10 de março de 2017 Bigelow PATENT201703001 17 de março de 2017 Bigelow PATENT201703002 24 de março de 2017 Bigelow PATENT201703003 24 de março de 2017 Bigelow PATENT201703004 24 de março de 2017 NRRL B-67264 16 de maio de 2016 NRRL B-67265 16 de maio de 2016 NRRL B-67266 16 de maio de 2016 NRRL B-67267 16 de maio de 2016
NRRL B-67268 16 de maio de 2016 NRRL B-67269 16 de maio de 2016 NRRL B-67270 16 de maio de 2016 26 de Setembro de NRRL B-67689 2018 26 de Setembro de NRRL B-67690 2018 26 de Setembro de NRRL B-67691 2018 26 de Setembro de NRRL B-67692 2018
MODALIDADES NUMERADAS DA DIVULGAÇÃO
[0546] Não obstante as reivindicações anexas, a divulgação estabelece as seguintes modalidades numeradas:
1. Método para estimular a produção de células B, estimular a produção de células T, aumentar o comprimento das vilosidades, reduzir a expressão de citocinas inflamatórias de aves, o método compreendendo: a) administrar a aves uma quantidade eficaz de um suplemento de aves compreendendo: i) uma população microbiana purificada que compreende uma bactéria com uma sequência de ácido nucleico 16S e/ou um fungo com uma sequência de ácido nucleico de ITS, que é pelo menos cerca de 97% idêntica a uma sequência de ácidos nucleicos selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NOs:1-387 e a referida bactéria e/ou fungo tem uma pontuação de MIC de pelo menos cerca de 0,2; e ii) um veículo adequado para administração de aves, em que as aves administradas com a quantidade eficaz do suplemento de aves exibem um aumento na produção de células B, um aumento na produção de células T, um aumento no comprimento das vilosidades ou uma diminuição na expressão de citocinas inflamatórias, em comparação com as aves que não foram administradas com o suplemento.
2. O método da modalidade 1, em que as aves são um frango.
3. Método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento de ave é estável em condições ambientes durante pelo menos uma semana.
4. Método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento para aves é formulado como um: encapsulamento, comprimido, cápsula, pílula, aditivo alimentar, ingrediente alimentar, aditivo alimentar, preparação de alimentos, suplemento alimentar, aditivo de água, aditivo misturado com água, aditivo estabilizado por calor, aditivo estabilizado por umidade, solução consumível, aditivo de pulverização consumível, sólido consumível, gel consumível, injeção, supositório, bebida ou combinações dos mesmos.
5. Método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento de ave é encapsulado em um polímero ou carboidrato.
6. O método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento de aves compreende uma matriz vítrea que compreende a bactéria e/ou o fungo.
7. O método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento de aves exibe uma atividade de água inferior a 0,25.
8. O método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento de aves é administrado uma ou mais vezes pelo menos um dia após a eclosão.
9. O método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento de aves é administrado uma ou mais vezes entre o dia da eclosão e 14 dias após a eclosão.
10. O método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento de aves compreende uma primeira composição microbiana e uma segunda composição microbiana.
11. O método, de acordo com a modalidade 10, em que a primeira composição microbiana é administrada diariamente, começando no dia 4 ou 5 após a eclosão, e a segunda composição microbiana é administrada diariamente, começando com a primeira mudança de alimentação.
12. O método da modalidade 11, em que a primeira composição microbiana não é mais administrada uma vez que a administração da segunda composição microbiana começa.
13. O método, de acordo com a modalidade 1, em que o suplemento de aves compreende: a) uma primeira composição microbiana administrada uma ou mais vezes entre o dia da eclosão, e b) uma segunda composição microbiana administrada uma ou mais vezes entre 15 dias após a eclosão e colheita das aves.
14. O método, de acordo com a modalidade 1, em que a administração compreende: alimentar o suplemento de aves às aves.
15. O método, de acordo com a modalidade 1, em que a administração compreende: pulverizar o suplemento de aves sobre uma ave.
16. O método, de acordo com a modalidade 1, em que a população microbiana purificada está presente no suplemento de aves a uma concentração de pelo menos 102 células.
17. O método da modalidade 1, em que as aves exibem um aumento na produção de células B.
18. O método da modalidade 17, em que as células B são selecionadas do grupo que consiste em células B-1, células B-2, células B de zona marginal, células B foliculares, células B foliculares, células B de memória, células plasmáticas e blastos de plasma; ou combinações dos mesmos.
19. O método da modalidade 1, em que as aves exibem um aumento na produção de células T.
20. O método da modalidade 19, em que as células T são selecionadas do grupo que consiste em células T gama delta, células T alfa beta, células T natural killer, células T reguladoras, células T de memória, células T citotóxicas células T auxiliares e células T efetoras; ou combinações das mesmas.
21. O método da modalidade 1, em que as aves exibem um aumento no comprimento das vilosidades.
22. O método da modalidade 21, em que o comprimento das vilosidades aumenta em pelo menos 1 μM.
23. O método da modalidade 22, em que o comprimento das vilosidades aumenta em menos de 10 μM.
24. O método da modalidade 13, em que a segunda composição microbiana provoca um afinamento do tecido ileal, uma redução no pH no íleo e/ou uma redução na produção de gás no trato gastrointestinal das aves.
25. O método da modalidade 11, em que a segunda composição microbiana provoca uma diminuição na variabilidade do número de espécies específicas no trato gastrointestinal das aves.
26. O método da modalidade 24, em que as aves domésticas exibem um afinamento do tecido ileal.
27. O método da modalidade 26, em que o tecido ileal é diluído em pelo menos 1 μM.
28. O método da modalidade 26, em que o tecido ileal é diluído em menos de 200 μM.
29. O método da modalidade 24, em que as aves exibem uma redução no pH no íleo em pelo menos 0,6 pH.
30. O método da modalidade 24, em que a produção de gás no trato gastrointestinal das aves é uma redução de pelo menos 5%.
31. Método, de acordo com a modalidade 25, em que a diminuição na variabilidade do número de espécies específicas é uma redução do número total de espécies específicas de micróbios no intestino delgado para entre cerca de 100 e 400 espécies.
[0547] Embora as modalidades preferidas da presente divulgação tenham sido mostradas e descritas aqui, será óbvio para os versados na técnica que essas modalidades são apresentadas apenas a título de exemplo. Inúmeras variações, alterações e substituições ocorrerão agora para os versados na técnica, sem desviar-se da divulgação. Deve ser entendido que várias alternativas às modalidades da divulgação descritas no presente documento podem ser empregadas na prática da divulgação. Entende-se que as reivindicações a seguir definem o escopo da divulgação e que os métodos e as estruturas dentro do escopo dessas reivindicações e seus equivalentes podem ser convertidos assim.
INCORPORAÇÃO POR REFERÊNCIA
[0548] Todas as referências, artigos, publicações, patentes, publicações de patentes e pedidos de patente mencionados no presente documento estão incorporados a título de referência em sua totalidade para todos os propósitos.
[0549] Contudo, a menção de qualquer referência, artigo, publicação, patente, publicação de patente e pedido de patente aqui citados não é, e não deve ser tomada como reconhecimento ou qualquer forma de sugestão de que constituam técnica prévia válida ou façam parte do conhecimento geral comum em qualquer país do mundo.

Claims (36)

REIVINDICAÇÕES
1. Método para melhorar uma ou mais características desejáveis nas aves, o método caracterizado pelo fato de que compreende: (a) administrar a uma ave uma quantidade eficaz de uma composição microbiana compreendendo: (i) uma população microbiana purificada que compreende uma ou mais bactérias com um 16S sequência de ácidos nucleicos que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com uma sequência de ácido nucleico selecionada de SEQ ID NOs: 1-50 e 59-387 e / ou um ou mais fungos com uma sequência de ácidos nucleicos ITS que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com uma sequência de ácidos nucleicos selecionada de SEQ ID NOs: 51-58, e (ii) um transportador adequado para administração a aves; em que a população microbiana purificada está presente na composição microbiana em uma quantidade eficaz para melhorar as uma ou mais características desejáveis em comparação com uma ave que não tenha sido administrada a composição microbiana; e em que a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria na resposta imune inata, uma melhoria na incidência da morfologia gastrointestinal normal, uma melhoria na taxa de crescimento, uma melhoria na massa corporal total, uma melhoria na taxa de conversão alimentar, uma melhoria na exclusão de patógenos, melhoria na exclusão competitiva contra patógenos, redução na mortalidade, redução na variabilidade do lote, melhoria na produção antimicrobiana, melhoria na produção de células B, melhoria na produção de linfócitos, melhoria no comprimento das vilosidades e melhora na expressão de citocinas inflamatórias.
2. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a ave é um frango de corte.
3. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que uma ou mais bactérias e / ou um ou mais fungos têm uma pontuação MIC de pelo menos cerca de 0,1.
4. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma bactéria com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade com a SEQ ID NO: 386.
5. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma bactéria com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade com a SEQ ID NO: 387.
6. Método, de acordo com a reivindicação 4 ou 5, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende ainda uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade de sequência com sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 374 e SEQ ID NO: 348.
7. Método, de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387.
8. Método, de acordo com a reivindicação 7, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compreendendo SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387.
9. Método, de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 374 e SEQ ID NO: 348.
10. Método, de acordo com a reivindicação 4 ou 5, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende ainda uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade de sequência com sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NO:1 e SEQ ID NO:3.
11. Método, de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387.
12. Método, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compreendendo SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387.
13. Método, de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1 e SEQ ID NO:
3.
14. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a composição microbiana é formulada como um encapsulamento, comprimido, cápsula, pílula, aditivo para alimentos, ingrediente alimentar, preparação de alimentos, suplemento alimentar, aditivo para água, aditivo misturado com água, aditivo estabilizado pelo calor, aditivo estabilizado por umidade, aditivo para alimentação pré-granulado, aditivo para alimentação peletizada, aditivo para alimentação aplicado pós-granulação, solução consumível, aditivo de asperssão consumível, sólido consumível, gel consumível, injeção, supositório, dose única, bolo ou combinação dos mesmos.
15. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria na produção de antimicrobianos.
16. Método, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado pelo fato de que a melhoria da produção antimicrobiana é uma melhoria da produção antimicrobiana no trato gastrointestinal.
17. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a administração de uma população microbiana purificada compreende a administração de uma primeira composição microbiana e uma segunda composição microbiana.
18. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a composição microbiana provoca uma diminuição na variabilidade do número de espécies específicas no trato gastrointestinal.
19. Método, de acordo com a reivindicação 18, caracterizado pelo fato de que a diminuição na variabilidade do número de espécies específicas é uma redução do número total de espécies específicas de micróbios para entre cerca de 50 e 400 espécies.
20. Composição microbiana, caracterizada pelo fato de que compreende: (i) uma população microbiana purificada que compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com uma sequência de ácidos nucleicos selecionada de SEQ ID NOs: 1-50 e 59-387 e / ou um ou mais fungos com uma sequência de ácidos nucleicos ITS que compartilha pelo menos 97% de identidade de sequência com uma sequência de ácidos nucleicos selecionada de SEQ ID NOs: 51-58, e (ii) um transportador adequado para administração a aves; em que a população microbiana purificada está presente na composição microbiana em uma quantidade eficaz para melhorar as uma ou mais características desejáveis em comparação com uma ave que não tenha sido administrada a composição microbiana; e em que a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria na resposta imune inata, uma melhoria na incidência da morfologia gastrointestinal normal, uma melhoria na taxa de crescimento, uma melhoria na massa corporal total, uma melhoria na taxa de conversão alimentar, uma melhoria na exclusão de patógenos, melhoria na exclusão competitiva contra patógenos, redução na mortalidade, redução na variabilidade do lote,
melhoria na produção antimicrobiana, melhoria na produção de células B, melhoria na produção de linfócitos, melhoria no comprimento das vilosidades e melhora na expressão de citocinas inflamatórias; e em que pelo menos uma das uma ou mais bactérias e/ou pelo menos um dos um ou mais fungos é desidratado.
21. Composição, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que as aves são um frango de corte.
22. Composição, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que uma ou mais bactérias e / ou um ou mais fungos têm uma pontuação MIC de pelo menos cerca de 0,1.
23. Composição, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma bactéria com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade com a SEQ ID NO: 386.
24. Composição, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma bactéria com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade com a SEQ ID NO: 387.
25. Composição, de acordo com a reivindicação 23 ou 24, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende ainda uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade de sequência com sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 374 e SEQ ID NO: 348.
26. Composição, de acordo com a reivindicação 25, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387.
27. Composição, de acordo com a reivindicação 26, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compreendendo SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387.
28. Composição, de acordo com a reivindicação 25, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 369, SEQ ID NO: 374 e SEQ ID NO: 348.
29. Composição, de acordo com a reivindicação 23 ou 24, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende ainda uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade de sequência com sequências de ácidos nucleicos selecionadas do grupo que consiste em SEQ ID NO:1 e SEQ ID NO:3.
30. Composição, de acordo com a reivindicação 29, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compartilhando pelo menos 97% de identidade de sequência com a SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387.
31. Composição, de acordo com a reivindicação 30, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S compreendendo SEQ ID NO: 386 e SEQ ID NO: 387.
32. Composição, de acordo com a reivindicação 29, caracterizada pelo fato de que a população microbiana purificada compreende uma ou mais bactérias com uma sequência de ácidos nucleicos 16S selecionada do grupo que consiste em SEQ ID NO: 1 e SEQ ID NO:
3.
33. Composição, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que a composição microbiana é formulada como um encapsulamento, comprimido, cápsula, pílula, aditivo alimentar, ingrediente alimentar, preparação alimentar, suplemento alimentar, aditivo para água, aditivo misturado com água, aditivo estabilizado pelo calor, aditivo estabilizado por umidade, aditivo para alimentação pré-granulado, aditivo para alimentação peletizada, aditivo para alimentação aplicado pós-granulação, solução consumível, aditivo de asperssão consumível, sólido consumível, gel consumível, injeção, supositório, dose única, bolo ou combinação dos mesmos.
34. Composição, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que a melhoria de uma ou mais características desejáveis é uma melhoria na produção de antimicrobianos no trato gastrointestinal.
35. Composição, de acordo com a reivindicação 20, caracterizada pelo fato de que a composição microbiana provoca uma diminuição na variabilidade do número de espécies específicas no trato gastrointestinal.
36. Composição, de acordo com a reivindicação 35, caracterizada pelo fato de que a diminuição na variabilidade do número de espécies específicas é uma redução do número total de espécies específicas de micróbios para entre cerca de 50 e 400 espécies.
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