Southern blot

Southern blot er en metode som brukes for å undersøke om et DNA-område har riktig størrelse. Southern blot er en tidkrevende metode og krever relativt mye DNA, siden man ikke bruker PCR for å «masseprodusere» det aktuelle genområdet.

Prinsipp for Southern blot:

1. DNA isoleres fra celler.
2. DNA-tråden «klippes» opp med enzymer – restriksjons-enzymer- som bryter tråden ved å gjenkjenne et bestemt mønster (restriksjonssete).
3. DNA bitene som fremkommer, skilles ad ved en elektroforese – et elektrisk spenningsfelt som skiller DNA-fragmentene etter størrelse. Korte DNA biter vandrer raskest gjennom et halvfast medium – en gel – og store DNA-biter vandrer langsommere.
4. Etter separasjon overføres DNA fragmentene til et nylon filter – en prosess som kalles blotting.
5. Filteret legges i en løsning som inneholder et radioaktivt merket DNA-fragment. Dette inneholder deler av det område vi ønsker å undersøke hos pasienten. Det merkede fragmentet («proben») vil feste seg til DNA på filteret. Denne prosessen kalles å hybridisere.
6. Røntgenfilm legges på filteret. Filmen blir svertet der hvor det radioaktive DNA har festet seg.