De club werd opgericht als MVV (Middelharnisse Voetbal Vereniging). In 1922 werd de S van Sommelsdijkse toegevoegd aan de naam (MSVV). In 1926 werd op last van de bond (er bestond al een MSVV) de naam opnieuw gewijzigd: MSVV Flakkee. Uitwedstrijden waren in die tijd een hele opgave. Men was soms meer dan twaalf uur van huis voor het spelen van een wedstrijd en dat na een 48-urige werkweek.
Na het seizoen 1933/34 promoveerde Flakkee naar de KNVB. Men moest nu gaan uitzien naar een nieuw terrein daar de oude niet aan de eisen van de KNVB voldeed. Na veel gevoerde besprekingen kreeg men de beschikking over een nieuw speelveld. De waskuip en twaalf zinken teiltjes verhuisden mee en voorts verrezen aldaar twee kleedlokalen en een overdekte tribune die aan 155 toeschouwers plaats kon bieden. Verder werd het terrein nog afgezet met een houten schutting om onbetaalde meekijk tegen te gaan. Men had nu de beschikking over een echt "Flakkee-stadion", waar zo nu en dan zelfs internationale wedstrijden werden gespeeld.
De club kreeg haar huidige naam vlak na de oorlog. De competitie van '45/'46 had gelijk een kampioenschap in zich. Dit kon gelijk gevierd worden met het 25-jarig jubileum van de club. In het seizoen 50/51 kreeg Flakkee het voorelkaar te promoveren naar de 3e klasse van de KNVB. Het toeschouweraantal was fenominaal, bij sommige thuiswedstrijden was er een duizendkoppige menigte waar te nemen.
In 1952 promoveerde Flakkee naar de derde klasse van de KNVB. Dat was erg hoog in die tijd. Men moet weten dat er destijds geen eredivisie, eerste divisie en topklasse was. In de eerste klasse speelden ploegen als Feijenoord, Sparta. Ajax enz. Men mag dus wel stellen dat Flakkee destijds op een niveau speelde wat nu vergelijkbaar is met de topklasse. Bekende spelers uit die tijd zijn: Maart Koese, Joep Prins, Piet Kievit, Willem Taale, Bram Vroegindeweij, Bep Overweel en Arie Jongejan. Op dat moment was Flakkee de beste club van het eiland. Die status heeft ze kunnen handhaven tot ongeveer 1972/73, toen werden zij voorbijgestreefd door DBGC uit Oude Tonge.
In de seizoenen 1956/57 en 1958/59 deed Flakkee mee aan het KNVB bekertoernooi. Flakkee werd in de eerste ronde uitgeschakeld door respectievelijk Hermes DVS (1-4) en Xerxes (0-1). Begin jaren 60 verkocht Flakkee voor het eerst een speler aan het betaalde voetbal. Kees van Dongen werd voor ƒ 3000,= getransformeerd naar DOS, waaruit later FC Utrecht is voortgekomen. Bij DOS werd Kees van Dongen reservedoelman en hij speelde uiteindelijk één eredivisiewedstrijd.
In november 1973 werd het nieuwe derde speelveld en het trainingsveld in gebruik genomen. Rondom het trainingsveld werd tevens verlichting aangelegd. Eindelijk had Flakkee haar zin. Bijna het gehele verenigingsleven speelde zich af op één complex. Alleen de jongste junioren trainden, vanwege de afstand, nog op Concordia.
Nadat op 1 juni 1974 de eerste steen was gelegd, kon op 22 maart 1975 de nieuwe tribune officieel worden geopend.
Op 26 januari 2001 werd met een meerderheid van stemmen beslist dat er met de senioren nog alleen op zondag gevoetbald gaat worden. De zaterdagafdeling werd opgeheven.
