Nella stagione 2012-2013 il Monza disputa il primo campionato in Lega Pro Seconda Divisione, dopo la retrocessione della stagione precedente, quarto nella storia del club in Serie C2/Lega Pro Seconda Divisione. Inizia la stagione nel girone A con il fardello di sei punti di penalizzazione che risulteranno determinanti per il passaggio di categoria. L'allenatore scelto per questa stagione brianzola è Antonino Asta. In campionato il Monza non parte bene, conclude il girone di andata con 25 punti in ottava posizione, nel girone di ritorno fa meglio di tutti con 38 punti, messi insieme fanno 63 punti, tolti i 6 punti di penalità fanno 57, che valgono il quinto posto, con la possibilità di disputare gli spareggi promozione. Nella semifinale dei Play-off supera nel doppio confronto il Bassano Virtus, poi perde la doppia finale contro l'Unione Venezia, dopo aver pareggiato (0-0) l'andata, nel ritorno il Monza vinceva (1-2) a due minuti dal termine, poi ha subito due reti decisive. Senza la penalizzazione il Monza avrebbe comunque vinto il girone A e sarebbe ritornato subito in Prima Divisione, invece dovrà ripartire dalla Seconda Divisione. Il piemontese Andrea Gasbarroni autore di 20 reti è stato il miglior realizzatore dei biancorossi, delle quali 18 in campionato e 2 nei Play-off. Nella Coppa Italia di Lega Pro il Monza disputa senza soddisfazioni il girone C di qualificazione, che ha promosso il Como ed il Renate.