ChEMBL

ChEMBL ou ChEMBLdb é unha base de datos química revisada manualmente de moléculas bioactivas con propiedades de fármaco.^[1] É mantida polo Instituto Europeo de Bioinformática (EBI, European Bioinformatics Institute), do Laboratorio de Bioloxía Molecular Europeo (EMBL, European Molecular Biology Laboratory), con sede no Wellcome Trust Genome Campus, en Hinxton, Reino Unido.

A base de datos coñecida orixinalmente como StARlite, foi desenvolvida por unha compañía de biotecnoloxía chamada Inpharmatica Ltd. máis tarde adquirida por Galapagos NV. Os datos foron comprados por EMBL en 2008 cun bono de The Wellcome Trust, o que tivo como resultado a creación do grupo de quimioxenómica ChEMBL no EMBL-EBI, encabezado por John Overington.^[2]^[3]

Alcance e acceso

A base de datos ChEMBL contén datos de bioactividade de compostos contra dianas de drogas. A bioactividade infórmase en Ki, Kd, IC50, e EC50.^[4] Os datos poden ser filtrados e analizados para desenvolver libarías de cribado (screening) de compostros para a identificación durante o descubrimento de fármacos.^[5]

ChEMBL versión 2 (ChEMBL_02) lanzouse en xaneiro de 2010, e incluía 2,4 millóns de medidas de bioensaios que abranguían 622.824 compostos, incluíndo 24.000 de produtos naturais. Isto obtívose da revisión de 34.000 publicacións de doce revistas de química medicinal. A cobertura de ChEMBL dos datos de bioactividade dispoñible foi medrando ata converterse na "máis completa vista nunha base de datos pública.".^[2] En outubro de 2010 saíu ChEMBL versión 8 (ChEMBL_08), cunhas 2,97 millóns de medidas de bioensaios que abranguen 636.269 compostos.^[6]

O ChEMBL_10 engadiu os ensaios confirmatorios de PubChem, para integrar datos que son comparables co tipo e clase de datos contidos en ChEMBL.^[7]

Pode accederse a ChEMBLdb por medio dunha interface web ou pode ser descargado por FTP. Está formateado dunha maneira que facilita o minado de datos computarizado, e trata de estandarizar actividades entre diferentes publicacións, para permitir análises comparativas.^[1] ChEMBL está tamén integrado noutros recursos de química de grande escala, como PubChem e o sistema ChemSpider da Real Sociedade de Química británica.

Recursos asociados

Ademais das bases de datos, o grupo ChEMBL desenvolveu ferramentas e recursos para o minado de datos.^[8] Estes inclúen Kinase SARfari, un banco de traballo (workbench) de quimioxenómica integrado enfocado ás quinases. O sistema incorpora unha secuencia de ligazóns, estrutura, compostos e datos de cribado (screening).

GPCR SARfari é un workbench similar centrado nos GPCRs, e ChEMBL-NTD (ChEMBL-Neglected Tropical Diseases) é un depósito dedatos de cribado primario e química medicinal de acceso aberto dirixido a enfermidades tropicais endémicas de rexións subdesenvolvidas de África, Asia, e as Américas. O propósito principal de ChEMBL-NTD é proporcionar ficheiros permanentes e libremente accesibles e un centro de distribución para os datos depositados.^[2]

En xullo de 2012 saíu un novo servizo de datos da malaria Arquivado 30 de xullo de 2016 en Wayback Machine., patrocinado por Medicines for Malaria Venture (MMV), dirixido a investigadores de todo o mundo. Os datos deste servizo inclúen compostos do conxunto de cribado Malaria Box, e tamén os outros datos sobre a malaria doados que se encontran en ChEMBL-NTD.

myChEMBL é a máquina virtual ChEMBL, que saíu en outubro de 2013, e permite aos usuarios acceder a unha infraestrutura quimioinformática doada de instalar, gratuíta e completa.

En decembro de 2013, as operacións da base de datos de informática de patentes SureChem foron transferidos a EMBL-EBI. SureChem foi rebautizado como SureChEMBL.

En 2014 produciuse a introdución do novo recurso ADME SARfari, unha ferramenta para a predición e comparación de dianas ADME a través de especies.^[9]

Notas

↑ ^1,0 ^1,1 Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery". Nucleic Acids Research 40: D1100–7. PMC 3245175. PMID 21948594. doi:10.1093/nar/gkr777. Consultado o 2010-11-15.
↑ ^2,0 ^2,1 ^2,2 Bender, A (2010). "Databases: Compound bioactivities go public". Nature Chemical Biology 309 (6): 309. doi:10.1038/nchembio.354. Consultado o 2010-11-15.
↑ Overington J (April 2009). "ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr". J. Comput. Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195W. PMID 19194660. doi:10.1007/s10822-009-9260-9.
↑ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (Oct 24, 2011). "Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library". J Chem Inf Model 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t.
↑ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). "Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases". ChemMedChem 3 (3): 435–44. doi:10.1002/cmdc.200700139.
↑ ChEMBL-og (15 de novembro de 2010). "ChEMBL_08 Released". Consultado o 2010-11-15.
↑ ChEMBL-og (6 de xuño de 2011). "ChEMBL_10 Released". Consultado o 2011-06-09.
↑ Bellis, L J; et al. (2011). "Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.". Biochemical Society Transactions 39: 1365–1370. doi:10.1042/BST0391365. Consultado o 2011-09-24.
↑ Davies, M; et al. "ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems." (PDF). Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. Consultado o 2015-01-08.

Véxase tamén

Outros artigos

Ligazóns externas

ChEMBL: Quick Tour on EBI Train OnLine
ChEMBLdb
Kinase SARfari Arquivado 15 de maio de 2016 en Wayback Machine.
ChEMBL-Neglected Tropical Disease Archive
GPCR SARfari
The ChEMBL-og: Datos abertos e blog sobre o descubrimento de fármacos do equipo ChEMBL.

[Gaulton-1] 1,0 ^1,1 Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery". Nucleic Acids Research 40: D1100–7. PMC 3245175. PMID 21948594. doi:10.1093/nar/gkr777. Consultado o 2010-11-15.

[Bender-2] 2,0 ^2,1 ^2,2 Bender, A (2010). "Databases: Compound bioactivities go public". Nature Chemical Biology 309 (6): 309. doi:10.1038/nchembio.354. Consultado o 2010-11-15.

[pmid19194660-3] Overington J (April 2009). "ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr". J. Comput. Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195W. PMID 19194660. doi:10.1007/s10822-009-9260-9.

[4] Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (Oct 24, 2011). "Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library". J Chem Inf Model 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t.

[5] Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). "Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases". ChemMedChem 3 (3): 435–44. doi:10.1002/cmdc.200700139.

[6] ChEMBL-og (15 de novembro de 2010). "ChEMBL_08 Released". Consultado o 2010-11-15.

[7] ChEMBL-og (6 de xuño de 2011). "ChEMBL_10 Released". Consultado o 2011-06-09.

[Bellis-8] Bellis, L J; et al. (2011). "Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.". Biochemical Society Transactions 39: 1365–1370. doi:10.1042/BST0391365. Consultado o 2011-09-24.

[Davies-9] Davies, M; et al. "ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems." (PDF). Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. Consultado o 2015-01-08.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]