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Cuestionario Transferencia Genes

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Manrique Abad Zuri Jahdai 2014060697

Cuestionario

Transferencia
Horizontal de Genes :

Conjugación, Transformación y Transducción

Conjugación

1. Defina los tres procesos de transferencia horizontal de genes en


bacterias.
TRANSFORMACIÓN, mediante la cual la bacteria capta DNA desnudo del
entorno, lo cual permite la transmisión de material genético entre especies muy
distantes. Es el proceso a través del cual una bacteria adquiere DNA procedente
del medio en el que vive.
TRANSDUCCIÓN, mecanismo por el cual un bacteriófago transfiere fragmentos
de ADN de una bacteria a otra. La transducción es un proceso relacionado con el
ciclo lisogénico de los virus, bacteriófagos en este caso. Un bacteriófago
introducirá su material genético en una bacteria y éste se introducirá en el
cromosoma bacteriano en forma de profago. Hablamos de transducción cuando en
esa liberación del material genético vírico del cromosoma, parte del ADN
bacteriano se libera con él.
CONJUGACIÓN, el único proceso que requiere contacto físico entre las dos
bacterias que se transfieren así el material genético. Se define conjugación como
el proceso mediante el cual una bacteria transfiere ADN a otra bacteria de manera
directa, es decir, sin ningún tipo de intermediario (virus). Ese ADN puede proceder
de un plásmido (ADN extracromosómico) o del cromosoma bacteriano, ya sea
total o parcialmente.
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2. Mencione las similitudes entre los tres procesos de transferencia


horizontal de genes en bacterias. GANDHI adquicicion de DNA externo
e insercion de este DNA externo al cromosomico del ospedero o
reseptor de este DNA extranjero. Mencione las diferencias entre los
tres procesos de transferencia horizontal de genes en bacterias.
Primera diferencia es la forma de adquisición de estos genes ya que en
transformación lo adquieren del medio donde esta, en conjugación es por otra
bacteria por medio de contacto, transducción es mediada por un virus que injerta
su propio DNA.
Segunda la función de este DNA ya que en transducción es ocupado para la
propagación y reproducción del virus y en conjugación y transformación es
adquirido principalmente para el mejoramiento de la bacteria como puede ser:
incremento de la virulencia de la bacteria.

3. En un esquema, mencione las principales sitios (secuencias) y genes


en un plásmido conjugativo así como su tamaño aproximadamente en
pb.

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4. Cuál es la diferencia entre el sitio de origen de replicación del


plásmido conjugativo (oriV) y el origen de transferencia (oriT).
oriT (300 pb) es el origen para la transferencia conjugativa, es utilizado para
marcar el punto desde donde ocurrirá la transferencia de la cadena de la bacteria
donadora hasta otra receptora, oriV actúa como origen de replicación vegetativa,
el cuan comienza la replicación de la cadena generando una horquilla de inicio
separando la cadena para ello y formando una estructura parecía a la letra theta.

Los siguientes genes se encuentran en el plásmido conjugativo, defina la


función que tiene la proteína que codifican:
5. Función de los genes traM y traY Metabolismo del ADN durante la
conjugación
6. Función de los genes traG y traN Estabilización de agregados
moleculares
7. Función de los genes traS y traT Exclusión de superficie
8. ¿Qué genes están involucrados en la síntesis y ensamblaje del Pili F?
Gen Función Localización de la
proteína
traA Biogénesis del pilus. Membrana interna y
extracelularmente.
traB Biogénesis del pilus. Membrana interna.
traC Biogénesis del pilus. Citoplasma y membrana
interna.
traE Biogénesis del pilus. Membrana interna.
traF Biogénesis del pilus. Periplasma.
traG Biogénesis del pilus y Membrana interna.
estabilización del agregado.
traH Biogénesis del pilus. Periplasma.
traK Biogénesis del pilus. Periplasma.
traL Biogénesis del pilus. Mmebrana interna.
traN Estabilización del Membrana externa.
agregado.
traQ Biogénesis del pilus. Membrana interna.
traV Biogénesis del pilus. Membrana externa.
traW Biogénesis del pilus. Periplasma.
traX Biogénesis del pilus. Membrana interna.

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9. Diferencia entre la recombinación homóloga y la recombinación sitio


específica.
-Recombinación sitio-específica: En la recombinación sitio-específica dos
moléculas de ADN, generalmente no homólogas, presentan una corta secuencia
común a ambas. Esta secuencia es blanco de una enzima de corte y empalme
específica. La enzima, capaz de reconocer esta secuencia y no otra, la corta en un
sitio particular en ambas moléculas. Con ayuda de algunos otros factores,
intercambia las bandas de ADN de las dos moléculas participantes y forma un
cointegrado. El DNA a recombinar lo hacen a través de un pequeño elemento de
secuencia casi idéntico, ayudado de proteínas específicas (integrasa). Son las
interacciones específicas DNA-proteína las que determinan el sitio de
recombinación, y no tanto la homología DNA-DNA.

-Recombinación homóloga: La recombinación homóloga implica el apareamiento


físico entre zonas homólogas del material genético, seguido de la rotura de las
cadenas que van a experimentar el intercambio, y finalmente la unión de las
nuevas moléculas de ADN combinadas. La recombinación homóloga inicia con la
rotura en una de las hebras de la molécula de ADN cromosómico. Tras esto,
ocurren una serie de pasos catalizados por múltiples enzimas. El extremo 3´donde
ocurre el corte es invadido por la doble cadena homóloga de ADN. El proceso de
invasión es crucial. Con “cadena homóloga” queremos hacer referencia a las
porciones de los cromosomas que tienen los mismos genes en un ordenamiento
lineal, aunque las secuencias de nucleótidos no tienen por qué ser idénticos. La
recombinación homóloga es un proceso importante de reparación del ADN en
bacterias. También es importante para la producción de la diversidad genética en
las poblaciones de bacterias, aunque el proceso difiere sustancialmente de la
recombinación meiótica, lo que daña las reparaciones de ADN y produce la
diversidad en los genomas eucariotas.

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10. Diferencias entre cepas donadoras F+, Hfr y F’


Las cepas F+ contienen su plásmido totalmente independiente a su cromosoma.
Las cepas Hfr tiene su factor F integrado a su cromosoma por medio de una
escisión precisa (exacta), que implica los extremos del factor integrado (las
secuencias IS que lo “emparedan”).
Las cepas F’ se pueden derivar de una Hfr que al disociarse se forma un plásmido
F autónomo que adquieren e incorporan permanentemente un trozo de genomio
bacteriano.

11. A partir de una cepa F+, cómo se forma una cepa Hfr
El plásmido F puede pasar desde su estado autónomo a un estado integrado en el
cromosoma bacteriano (episoma), lo que es el origen de la creación de las cepas
Hfr. Veamos ahora la base genético-molecular de este proceso:
Se da una recombinación entre secuencias homólogas presentes
simultáneamente en el plásmido F y en el cromosoma, que son secuencias de
inserción. Concretamente, en F existen 2 copias de IS3, 1 copia de IS2 y una
copia de Tn1000 (que hasta hace poco se denominaba gd), y en el cromosoma
hay varias copias de IS. Esta recombinación se da principalmente debido a la
actuación del sistema de recombinación homóloga (dependiente de RecA), de
modo que las IS funcionan aquí como regiones portátiles de homología implicadas

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en eventos de recombinación homóloga con un sobrecruzamiento (“crossing-


over”) sencillo. Sin embargo, en las cepas mutantes recA--, la recombinación
puede tener lugar por el sistema de recombinación ilegítima propio de los
elementos transponibles (el mecanismo sería el de la fusión de replicones, al que
aludimos cuando estudiamos la transposición). En cualquiera de los dos casos, el
plásmido integrado, es decir, el episoma, aparece “emparedado” entre dos copias
de la IS implicada en la recombinación.
Cada recombinación origina una Hfr distinta, dependiendo de las
secuencias IS implicadas, de su localización dentro del cromosoma de E. coli, y de
la orientación. Ya dijimos que se han identificado unas 22 cepas Hfr distintas, y
que existen ejemplos de parejas de Hfr que transfieren cromosoma a partir del
mismo punto cromosómico, pero en orientaciones opuestas.
Recordemos de nuevo que las Hfr codifican todas las funciones del
plásmido F. Al promover la transferencia conjugativa, “arrastran” al cromosoma
desde el oriT. Para que se transfiriera todo el cromosoma, la pareja de cruce
debería permanecer unida 100 minutos, y en ese caso, lo último que se transfiere
es la porción del plásmido F que queda al otro lado de oriT (y que es la que lleva
la región tra). Pero como dijimos, ello ocurre raramente (porque antes las parejas
de cruce se deshacen espontáneamente), y por lo tanto, esta es la razón de que
en los cruces HfrXF-- los transconjugantes siguen siendo F--.
Así pues, en la mayer parte de los cruces HfrFXF--, lo que se transfiere (el
exogenote) es un fragmento más o menos largo de ADN cd lineal del donador,
encabezado por una parte del plásmido F y seguido por un trecho de cromosoma.
Este fragmento no tiene capacidad de replicación autónoma, y su destino será
perderse a no ser que se recombine con alguna porción homóloga del endogente.
Si ocurre esa recombinación, y suponiendo (como ocurre en los experimentos)
que donador y receptor tienen marcadores distintos, nosotros detectamos eso
precisamente por la alta frecuencia de recombinantes entre la población de
transconjugantes receptores. No hace falta insistir (ya lo vimos en los
experimentos de Jacob y Wollman) que para cada cepa Hfr existe un “gradiente”
de marcadores transferidos, según su frecuencia final en los transconjugantes,

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que a su vez se correlaciona con el tiempo de entrada al receptor (siendo esto la


base de la elaboración de mapas genéticos por conjugación).

12. A partir de una cepa Hfr, cómo se forma una cepa F’


La cepa Hfr puede revertir a F+, por una escisión precisa (exacta), que implica los
extremos del factor integrado (las secuencias IS que lo “emparedan”). Cada cepa
Hfr concreta presenta una frecuencia característica de reversión a F+. Algunas
cepas son muy inestables, de modo que revierten frecuentemente, lo que obliga a
purificarlas continuamente en el laboratorio para evitar que al final se obtenga una
población F+. En cambio, otras cepas son muy estables. La cepa HfrC es la más
estable, de modo que raramente revierte por escisión.
Pero también pueden ocurrir escisiones imprecisas (en las que están
implicadas secuencias repetidas diferentes a las IS que flanquean al episoma), de
modo que el factor F adquiere trozos de genomio bacteriano adyacentes al lugar
donde estaba integrado. Estos plásmidos F autónomos que adquieren e
incorporan permanentemente un trozo de genomio bacteriano, se denominan F'
(F-primas). Dependiendo de qué se lleva en su escisión anómala se pueden
distinguir:
1)Escisiones que dejan parte de F en el genóforo pero que adquieren genes a uno
u otro lado del sitio original de inserción: generan las F' de tipo I, que a su vez
pueden ser:
a)F’ de tipo Ia: adquiere genes del lado proximal (o sea, aquellos que la
cepa Hfr original transfería en primer lugar);
b)F' de tipo Ib: adquiere genes del lado distal (los que se transferían
tardíamente por la cepa Hfr original).
2)Escisiones que no dejan ninguna porción de F en el genomio bacteriano, pero
que incorporan genes a ambos lados del sitio de inserción original: generan F' de
tipo II.
A las cepas donde se genera originalmente cada F' concreto se las llama
con el nombre de cepas F' primarias. Cada plásmido F' porta un segmento
concreto y discreto de cromosoma, que dependiendo de la cepa puede tener una
longitud de hasta el 25% del cromosoma bacteriano. Observen que una cepa F’
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primaria tiene una delección en su cromosoma, pero esa delección no es letal,


porque el trozo de ADN escindido sigue en la célula, aunque formando parte ahora
del F prima.

13. Cómo demostró Bernard Davis que se necesitaba el contacto entre las
bacterias donadoras y las receptoras durante la conjugación.
Colocó las células F+ y F- de manera que únicamente el medio entre ellas podía
pasar a través de un filtro. Las células no podían pasar a través de el, de modo
que al sembrar las cepas F+ y F-, no hubo crecimiento en ninguna de las dos
cajas, demostrando así que el contacto directo es necesario para que exista un
contacto directo durante la conjugación.

14. Menciona las diferencias y semejanzas entre una cepa donadora F+ y


F’ en el plásmido conjugativo que poseen, mecanismo de
transferencia y marcadores o genes que transfieren. Ayúdate de un
esquema o dibujo.
cepas fértiles (F+): aquellas que al mezclarlas con otras, daban lugar a
recombinantes;
cepas infértiles (F-).
Las células F+ (o las Hfr) forman de 1 a 10 pelos sexuales, El pelo interacciona
específicamente, a través de su punta, con un receptor de la célula F--
(concretamente, parece ser que se trata de la proteína OmpA, de la membrana
externa).

15. Diferencias y semejanzas entre una cepa F’ y una cepa Hfr, en el


plásmido conjugativo que poseen, mecanismo de transferencia y
marcadores o genes que transfieren. Ayúdate de un esquema o dibujo.
Hfr (iniciales, en inglés, de alta frecuencia de recombinación) ,el nombre que se
dio a este nuevo tipo de cepas fértiles con una frecuencia muy alta (unas 1000
veces superior a la de las cepas F+) Por elloA diferencia de las F+, las cepas Hfr
no suelen convertir en fértiles a las cepas F-- tras el cruce conjugativo con ellas.
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los cruces Hfr x F-- no suelen conferir el carácter F+ a los exconjugantes del
receptor, el factor F puede “arrastrar” al cromosoma y transferir parte de él a la
célula receptora F--. Sin embargo, en esta situación el factor F no se transfiere
completo a la célula receptora
En la conjugación Hfr x F-- el cromosoma entra en la célula receptora con una
orientación determinada, de modo que los genes entran ordenada y
secuencialmente

16. Por qué una cepa Hfr dona marcadores genes o secuencias
cromosomales y por qué es importante que la cepa receptora sea
capaz de realizar recombinación homóloga.
Se da una recombinación entre secuencias homólogas presentes
simultáneamente en el plásmido F y en el cromosoma, que son secuencias de
inserción. Concretamente, en F existen 2 copias de IS3, 1 copia de IS2 y una
copia de Tn1000 (que hasta hace poco se denominaba ), y en el cromosoma
hay varias copias de IS. Esta recombinación se da principalmente debido a la
actuación del sistema de recombinación homóloga (dependiente de RecA), de
modo que las IS funcionan aquí como regiones portátiles de homología implicadas
en eventos de recombinación homóloga con un sobrecruzamiento (“crossing-
over”) sencillo. Sin embargo, en las cepas mutantes recA--, la recombinación
puede tener lugar por el sistema de recombinación ilegítima propio de los
elementos transponibles (el mecanismo sería el de la fusión de replicones, al que
aludimos cuando estudiamos la transposición). En cualquiera de los dos casos, el
plásmido integrado, es decir, el episoma, aparece “emparedado” entre dos copias
de la IS implicada en la recombinación.
las Hfr codifican todas las funciones del plásmido F. Al promover la transferencia
conjugativa, “arrastran” al cromosoma desde el oriT. Para que se transfiriera todo
el cromosoma, la pareja de cruce debería permanecer unida 100 minutos, y en
ese caso, lo último que se transfiere es la porción del plásmido F que queda al otro
lado de oriT (y que es la que lleva la región tra). Pero como dijimos, ello ocurre
raramente (porque antes las parejas de cruce se deshacen espontáneamente), y

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por lo tanto, esta es la razón de que en los cruces HfrXF-- los transconjugantes
siguen siendo F-

17. Las cepas recombinantes transconjugantes de E. coli, resultado de la


conjugación son capaces de sintetizar el pili, dependiendo de la cepa
donadora, si se trata de una donador F+ o F’, sin embargo, cuando la
donadora es una Hfr las transconjugantes no son capaces de
sintetizar el pili. Por qué?

La célula Hfr mantiene su capacidad de conjugación por lo que puede conjugar


con una célula F - Comienza la transferencia de material génico de Hfr hacia F -
pero no hay transferencia completa del genoma ni de la secuencia de plásmido F
Se transfirió parte del DNA cromosomal, si hay homología ocurrirá recombinación.
Sin embargo la célula F - permanece sin el plásmido F.

18. Mencione cómo es la Conjugación en bacterias Gram positivas como


Enterococcus faecalis y el papel de las feromonas de naturaleza
peptídica.

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La AS es una proteína superficial codificada principalmente por el plásmido pAD1,


específicamente por el gen asa1, cuya presencia incrementa considerablemente la
adherencia e internalización enterocóccica en los macrófagos, previa interacción
con las integrinas CD11b, CD18 y CR3, presentes también en otras células de
defensa del humano. (1,2) (Sigurd y cols, 2000), En concreto, la sustancia de
agregación (AS) desempeña las siguientes funciones:
• Potenciación de la conjugación de plásmidos.
• Adhesión a los tejidos del hospedero.
• Promoción de la internalización y la supervivencia en los fagocitos.
• Potenciación de la conjugación de plásmidos.
Al parecer, en la AS destacan las secuencias Arg-Gly-Asp o Arg-Gly-Asp-Ser.
(Raúl Garza-Velasco).
Uno de los rasgos más característicos del género Enterococcus radica en la
eficacia con la que lleva a cabo la conjugación plasmídica; el proceso inicia
cuando una clona que funge como potencial receptora libera al medio ciertos
péptidos, denominados feromonas, que promueven la aproximación de
enterococos hacia ella y la secuencial transferencia de diversos plásmidos
provenientes de las células bacterianas capaces de actuar como donadoras.

Cabe señalar que una clona enterocóccica que ya posee un determinado plásmido
no elabora la feromona homóloga correspondiente, pero continúa sintetizando y
excretando otras que inducen su apareamiento con las células que cuentan con
moléculas plasmídicas de las que aquélla carece.

A tal respecto, entre los plásmidos inducibles por las feromonas, destacan el
pCF10 –que confiere resistencia a la tetraciclina– y, desde luego, el pAD1, uno de
los principales productores de AS la cual, entre otras funciones, suele participar
precisamente en la formación de agregados constituidos por células donadoras y
receptoras, para facilitar e intensificar la transferencia plasmídica. Aparentemente,
la transferencia de plásmidos bacterianos implica cuatro pasos críticos:
1. El contacto directo entre las células donadora y receptora.

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2. La formación de un canal que permite la transferencia del DNA entre ellas. 3. El


desplazamiento del plásmido o del segmento de DNA a través de dicho canal.
4. La estabilización del DNA plasmídico en el nuevo huésped, ya sea por
replicación autónoma o mediante su inserción en el genoma.

En los enterococos, la unión de una a cinco moléculas de feromonas a la


superficie de la célula donadora, induce un proceso de transmisión de señales que
da como resultado la expresión de distintos genes relacionados con la
transferencia de plásmidos. Sin lugar a dudas, el sistema de feromonas asociado
a la transferencia de plásmidos aporta una gran ventaja a los enterococos: un
determinado plásmido no es movilizado, excepto cuando existe una bacteria
potencialmente receptora que no lo posee; de esta manera, ocurren una óptima
conservación energética y la mayor adaptabilidad ambiental del género al nicho
ecológico que coloniza.

19. Aunque el proceso de conjugación más estudiado es entre cepas de la


misma especie como Escherichia coli, se sabe que la conjugación se
puede llevar a cabo entre organismos de diferentes especies e
inclusive alejados filogenéticamente. Revise en qué consiste la
conjugación entre la bacteria Agrobacterium tumefaciens y las plantas
y resuma. Mencione a continuación la utilidad de este plásmido
conjugativo en las técnicas de biología molecular en plantas.
EL PROCESO DE INFECCIÓN POR AGROBACTERIUM
Históricamente, Agrobacterium ha sido conocida como una bacteria fitopatógena
capaz de ocasionar la aparición de agallas y tumores, e inclusive la muerte de las
plantas infectadas, principalmente en dicotiledóneas y algunas gimnospermas. Los
estudios iniciales indica ron que los tumores presentaban alteraciones en el
metabolismo de sus fitorreguladores y sintetizaban unas sustancias llamadas
opinas, compuestos que las bacterias utilizaban como fuente de carbono y
nitrógeno.
Estas bacterias, además de su cromosoma circular, poseen material genético
extracromosomal de forma circular con un tamaño de aproximadamente 200
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kilobases, el cual, por ser responsable de los efectos oncogénicos, ha sido


llamado plásmido Ti (del inglés Tumor Inducing, inductor de tumores) o Ri (Root
Inducing, inductor de raíces) según pertenezca a A. tumefaciens o A. rhizogenes,
respectivamente. Análisis más finos demostraron la existencia de un proceso de
transferencia de la bacteria hacia las células vegetales de una secuencia de ADN
llamada T-ADN (del inglés Transferred DNA, ADN transferido) presente en el
plásmido que poseen. Esta secuencia, delimitada hacia ambos extremos por una
franja repetida de 25 pares de bases, tiene un tamaño de aproximadamente 35
kilobases. La información genética trans ferida incluye genes para la síntesis de
metabolitos para la bacteria y genes para la síntesis de fitorreguladores. En otra
parte del plásmido, fuera de la región del T-ADN, se halla la información para la
producción de proteínas de virulencia, los genes virA y virG, cuyos productos
intervienen en la transducción de señales en la bacteria (figura 2). Estudios
bioquímicos y moleculares han permitido modelar el proceso de infección y
transformación de la siguiente manera: En el momento en que una planta sufre
daño mecánico, las células del área dañada liberan una serie de sustancias
conocidas como compuestos fenólicos, los cuales son detectados por A.
tumefaciens, actuando como mensajeros que le indican el lugar para una posible
invasión y posterior infección, como se ilustra en la figura 3. Se sabe que el
compuesto fenólico acetosiringona es un poderoso atrayente de las bacterias, mas
no el único. Existe evidencia de la participación de proteínas (codificadas en el
cromosoma bacteriano) durante el proceso de reconocimiento, específicamente
los productos de los loci Chv, esenciales para la adhesión de la bacteria a la pared
celular vegetal (figura 3, etapa I). Posteriormente, los compuestos fenólicos
interactúan con una proteína en la membrana de la bacteria, VirA, la cual se
autofosforila (se une a una molécula de fosfato) y actúa sobre la proteína
citoplásmica VirG, fosforilándola. A su vez, ésta modula la expresión de los genes
de virulencia de la bacteria, el operón Vir, ubicado en el plásmido Ti (ver figura 3,
etapa II). Posteriormente se genera una cadena sencilla de T-ADN mediante la
acción de dos proteínas, VirD2 y VirD1, las cuales cortan y relajan la doble
cadena, generando una hebra complementaria. La proteína VirD2 se une a la
hebra T en su extremo 5’. Adicionalmente, otras proteínas, VirE2, forman una
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estructura semejante a un cordón telefónico con la hebra de ADN. Estos tres


elementos forman el complejo de transferencia de T-ADN (figura 3, etapa III,
Tinland y colaboradores, 1994). Para explicar la entrada de este complejo de
transferencia de ADN a la célula vegetal, se ha propuesto un mecanismo similar al
pilus de otras bacterias (sistema de secreción tipo IV). En el caso específico de A.
tumefaciens, el pilus, estructura en forma de filamento que se proyecta de la
superficie de la bacteria hacia el exterior, está formado por las proteínas VirB2 y
VirB5 así como por otras proteínas, principalmente VirB4 y VirB11, que tienen
actividad de ATPasa, logrando que cuando se transporta el complejo de
transferencia de ADN, se produzca energía en forma de trifosfato de adenosina, o
ATP. Otras proteínas involucradas son VirB6, VirB7 y VirB9, que forman un canal
de transporte en la membrana celular bacteriana (véase figura 3, etapa IV). La
entrada del complejo de transferencia del T-ADN se ha explicado con base en la
secuencia de aminoácidos encontrada en las proteínas VirD2 y VirE2 (que se
unen a la cadena sencilla de ADN). Estas proteínas poseen señales de
localización nuclear que permiten dirigirlas y transportarlas al núcleo, y por tanto
pueden interactuar con proteínas similares a las chaperonas. Por último, la
integración del T-ADN al genoma de la célula vegetal no se ha elucidado del todo.
Algunos descubrimientos aislados permiten dar una explicación general. Por
ejemplo, se ha encontrado que la proteína VirD2 posee adicionalmente actividad
de ligasa (enzima que une fragmentos de ADN) y de integrasa, mientras que VirE2
parece estar involucrada en el proceso de integración. No se sabe si existen otros
factores, ni cuál podría ser su actividad, aunque los últimos reportes indican una
participación activa de proteínas vegetales en estos procesos, ya sea como
proteínas chaperonas o como componentes de la maquinaria celular de reparación
de ADN (figura 3, etapa V).

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Este grupo de bacterias pertenece a la familia Rhizobiaceae, donde también se


incluyen a Rhizobium y Phyllobacterium. Agrobacterium sp. abarca bacterias
patógenas, gram-negativas, no esporulantes, móviles, que crecen en el suelo.
Inicialmente estas bacterias fueron conocidas por su capacidad de causar tumores
en plantas. Posteriormente, estudios específicos demostraron que esta alteración
del crecimiento es consecuencia de un desequilibrio de fitorreguladores
(compuestos orgánicos distintos de los nutrientes, que en pequeñas cantidades
estimulan, inhiben o modifican algún proceso fisiológico de las plantas). Los
estudios moleculares, por su parte, demostraron que estas bacterias son únicas
por su habilidad de transferir material genético entre especies de diferentes reinos,
en este caso entre procariontes y plantas, lo que permitió explicar la aparición de
los tumores. A la fecha, esta característica es utilizada como herramienta para
estudios biotecnológicos de introducción de material genético en células
(transformación). En los últimos años se ha demostrado la posibilidad de
transformar genéticamente células de hongos y animales (Kunik y colaboradores,
2001).

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20. En qué consiste la conjugación tripartita? Puede hacer un esquema.


Proceso en el que se utiliza la conjugación para transferir a una célula diana (con
receptor específico) un vector plásmido que no es autotransferible.
La trasferencia del DNA se realiza en varios pasos:
• Acercamiento de las células mediante el pili de conjugación.
• Formación del poro.
• Transmisión de DNA y proteínas. Es necesario que también pasen de una célula
a la otra la primasa que permite la formación de los primer para la copia del
DNA y la proteína que permite cerrar el poro una vez finalizada la transferencia.
• Desestructuración del poro.

21. Mencione el papel de la conjugación en la adquisición de resistencia a


los antibióticos en cepas intrahospitalarias. Mencione por lo menos
dos ejemplos.
Entre estos mecanismos de resistencia se destaca en K. pneumoniae la presencia
de betalactamasas sumada a la pérdida o modificación de porinas, lo cual lleva a
la disminución de la permeabilidad de la membrana externa bacteriana. Esto
explica que K. pneumoniae presente alta resistencia a los antibióticos
betalactámicos,1,2 lo cual es de gran importancia porque estos antibióticos -los
más prescritos en todo el mundo-son bactericidas potentes.3 Dichas beta-
lactamasas son un grupo muy heterogéneo de enzimas que confieren distintos
grados de resistencia; en la actualidad hay descritas más de 700.
Estructuralmente son proteínas compuestas por hojas β plegadas y hélices α,
capaces de inactivar diferentes familias de antibióticos beta-lactámicos en el
espacio periplásmico antes de que hagan contacto con su blanco molecular.24 El
mecanismo de acción de estas enzimas consiste en hidrolizar el anillo beta-
lactámico uniéndose a él mediante un enlace no covalente y adicionando una
molécula de agua; al hidrolizar el anillo, el antibiótico beta-lactámico pierde sus
propiedades y es incapaz de unirse a las proteínas captadoras de penicilina (PBP,
por la sigla en inglés de penicillin binding proteins). Estas PBP tienen actividad de
peptidasas en el ensamblaje final del peptidoglicano, componente principal de la

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pared celular bacteriana, que es la estructura que le confiere turgencia a la


bacteria; cuando la pared se debilita la bacteria simplemente estalla.

Transformación
1. Mencione en qué consistió el experimento de Griffith en 1928 y su
extensión a los experimentos de Avery, MacLeod y McCarty en 1944.
Qué demostraron y qué es el “principio transformante”?
Griffith utilizó la bacteria Streptococcus pneumoniae, causante de un tipo de
neumonía. En los laboratorios, las bacterias son separadas en “cepas”, las que
poseen características particulares que las hacen distintas entre sí, siendo
representantes de la misma especie. En ese sentido Griffith tomó una “cepa S” de
S. pneumoniae, la que se caracteriza por formar colonias de aspecto liso a la
observación en lupa, sus células estaban rodeadas de cápsulas externas y eran
altamente letales al producir un fuerte cuadro de neumonía en ratones de
laboratorio, y usó además una “cepa R” de S. pneumoniae, la que se caracteriza
por formar colonias de aspecto rugoso a la observación en lupa, sus células
carecían de cápsulas externas y no provocaban neumonía en ratones de
laboratorio (eran inocuas). El procedimiento experimental de Griffith fue:
• Inocular bacterias de la cepa S en ratones de laboratorio sanos, los cuales
contraen neumonía y, de acuerdo a lo previsto por Griffith, mueren.
• Inocular bacterias de la cepa R en ratones de laboratorio sanos, los cuales
no contraen neumonía y, de acuerdo a lo previsto por Griffith, viven.
• Hervir un cultivo de bacterias de la cepa S, matándolas por calor y luego
inocular el fluido resultante en ratones de laboratorio, los cuales viven.
• Mezclar bacterias de la cepa S muertas por calor con bacterias vivas de la
cepa R, luego inyectar la mezcla en ratones de laboratorio. Estos contraen
neumonía y mueren.

Griffith notó que al mezclar la cepa R, inocua, con el precipitado de la cepa S


muerta por calor, “algo” transforma a la cepa R en cepa S, provocando la muerte
del ratón y proliferación de cepa S en los tejidos del animal. Griffith no pudo
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explicar que era el “algo” que volvía a la cepa R en cepa S, y llamó al fenómeno
observado “transformación bacteriana”. Hubo que esperar hasta 1944, cuando
Oswald Avery y su equipo de trabajo se propusieron identificar el “algo” que
transformó a las bacterias de Griffith en 1929.

El equipo de trabajo de Avery recreó el experimento de Griffith, llegando a los


mismos resultados experimentales, pero además tomaron una muestra de la cepa
S muerta por calor, a la cual sometieron a los siguientes ensayos:
• En un tubo de ensayo, agregaron al precipitado de la cepa S muerta por
calor, una enzima que digería carbohidratos y el resultante lo mezclaron con cepa
R viva, ocurriendo transformación bacteriana de R en S.
• Luego, al precipitado de cepa S muerta por calor y sin carbohidratos,
agregaron una enzima que digería proteínas, y el resultante lo mezclaron con cepa
R viva, ocurriendo transformación bacteriana de R en S.
• Luego, al precipitado de cepa S muerta por calor, sin carbohidratos ni
proteínas, agregaron una enzima que digería ARN y alcohol, obteniendo ADN puro
de la cepa S, el cual mezclaron con cepa R viva, luego de lo cual observaron
transformación bacteriana.
Así, Avery concluyó que el agente transformante de las bacterias era el ADN, no
otro y que esta molécula contenía la información necesaria que hacía letal a la
cepa R, así como lo era la cepa S. Gracias a estos 2 ensayos experimentales se
consolidó la idea de que el ADN era el material genético.

2. Define el concepto “estado de competencia” y mencione por lo menos


tres especies de bacterias Gram negativas y tres Gram positivas que
presentan competencia natural.
Competencia es la capacidad biológica de captar, internalizar, integrar y expresar
DNA foráneo.
Bacterias con competencia natural gram + :
• Streptococcus
• Bacillus
Bacterias con competencia natural gram - :
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• Haemophilus
• Neisseria
• Moraxella
• Acinetobacter
• Azotobacter
• Pseudomonas

3. E. coli es la bacteria más utilizada en técnicas de biología molecular


sin embargo, no presenta competencia natural, por lo tanto, para
poder introducir DNA desnudo a esta bacteria se necesitan utilizar las
siguientes técnicas, mencione brevemente en qué consisten. Algunas
de estas técnicas también se utilizan para transformar hongos, plantas
y células de cultivos.
a) Quimiocompetentes con CaCl2 y CaLi (cloruro de calcio y cloruro de litio).
Los iones Ca 2+ al ser bivalentes neutralizan las cargas negativas de los grupos
fosfato de la membrana, así como neutralizan el DNA recombinante, y a
temperaturas bajas ayudan a que la membrana pierda su fluidez, la membrana
tanto interna como externa se encuentran fusionadas en lo que se conoce como
zona de adhesión, las cuales pueden tener canales de polihidroxibutirato,
polifosfato u Ca 2+ formando una zona hidrofílica por donde entra el DNA
recombinante; Seguido a esto se aplica un choque térmico para que se internalice
por completo el DNA recombinante a la célula huésped.
El calcio produce reordenamiento de LPS y la membrana externa que puede
promover la unión y transporte posterior de las moléculas de DNA al interior de la
célula. El tratamiento con Ca2+ a baja temperatura también provoca la
congelación de los lípidos presentes en la membrana. El calentamiento repentino
durante esta etapa de pulsos de calor podría causar el restablecimiento de la
fluidez y posteriormente la ingestión del DNA que esté unida a la envoltura
b) Electroporación:
Se realiza mediante la aplicación de pulsos eléctricos a las células, lo que genera
poros en la membrana.

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c) Obtención de protoplastos (enzimas que se utilizan para bacterias y para


levaduras).
Se usan mecanismos enzimáticos que degradan los peptidoglicanos que la
componen. Cuando se elimina totalmente la pared celular se forman protoplastos;
cuando la pared sólo se elimina parcialmente se forman esferoplastos.2
Los protoplastos se obtienen del mesófilo de la hoja en plantas, y también a partir
de suspensiones celulares.
Son mantenidos en medio de cultivo celular que permitan nutrir adecuadamente la
célula; esto contempla el suministro de macronutrientes y micronutrientes,
incluyendo moléculas orgánicas que sean necesarias, como vitaminas.
Estas células, al carecer del refuerzo mecánico que otorga la pared celular,
quedan más proclives a destruirse por diferencias de presión osmótica con
respecto al medio.2 En el caso de un medio hipertónico respecto al medio
intracelular, se puede producir una crenación del protoplasto. A su vez, un medio
hipotónico puede producir citólisis del protoplasto. Es por esto que el medio de
mantención debe estar ajustado de manera que no haya diferencias osmóticas
significativas con las células mismas.
Así mismo, se debe controlar las temperaturas en las cuales se mantienen los
protoplastos, lo cual dependerá del tipo que sean (fúngico, bacteriano o vegetal).
Adicionalmente, los protoplastos vegetales requieren un control de la luminosidad
de cultivo.
d) Biobalística.
Se utilizan microesferas de metal cubiertas de ADN (bolas de oro o tungsteno de
un micrón de diámetro).
Para celulas eucariotas vegetales principalmente.
e) lipofeccion:
Introducción de un plásmido por medio de liposomas (vesícula con una
membrana de bicapa fosfolipídica).
se utilizan principalmente para celulas de mamiferos.

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4. En general, dependiendo de las referencias que consultemos,


podemos decir que el proceso de transformación se resume en los
siguientes pasos.
a. Presencia de DNA desnudo (proveniente de una célula donadora) y una
bacteria competente (receptora)
b. Unión del DNA desnudo a la bacteria.
c. Entrada del DNAds y degradación de una de las cadenas para generar DNAss
d. A qué se le llama etapa de eclipse? Se denomina fase de eclipse durante la
transformación al período transitorio durante el cual, si se extrae el ADN recién
entrado (exogenote), este ADN es incapaz de volver a transformar. Es decir, tras
su entrada a la célula receptora, el ADN del exogenote parece haber
“desaparecido” transitoriamente a efectos de capacidad transformadora
Papel de las proteínas SSB? son un conjunto de proteínas encargadas de la
estabilización de la apertura del ADN de cadena sencilla generada por la acción
de las helicasas durante el proceso de replicación del ADN.
e. Recombinación homóloga entre el DNA entrante y el DNA cromosomal de la
célula receptora.
f) Generación de la célula transformante (recombinante).
Haga un esquema de los pasos de la transformación.

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5. Revise y haga un resumen de las características del proceso de


transformación en Haemophilus influenzae (recalcar el papel de los
transformosomas), Neisseria gonorrhoeae, Bacillus subtilis y
Streptococcus pneumoniae. De estas cuatro especie, quiénes aceptan
DNA de la misma especie y quienes pueden aceptar prácticamente
cualquier DNA?
Larry Snyder. Molecular genetics of bacteria. 4 edición. Editorial ASM Press
Gram (+) B.subtilis, S.pneumoniae

• Estado de competencia necesario


• El DNA transformante solo puede ser Gram (-) (N.gonhorreae, H.influenzae)
captado si esta en forma de doble
cadena • Estado de competencia necesario
• El material genético exógeno • El material genético exógeno tiene que pasar
únicamente tiene que pasar por la primeramente por la membrana externa,
pared celular y la membrana plasmática posteriormente por la pared celular y finalmente por
• Las proteínas de transporte para el DNA la membrana interna
exógeno son las ComG y las ComEC • Las proteínas de transporte son las ComE y las
• El material genético exógeno se une a ComA
SBB una vez que se encuentra dentro • Poseen secuencias específicas, las cuales son
de la célula en forma de cadena necesarias para la captación del DNA transformante
Transducción
sencilla, para protegerse de
• Debido a las secuencias específicas, solo pueden
endonucleasas.
captar DNA de la misma especie o muy cercano a
• Pueden tomar DNA transformante de este
cualquier especie
1.

Transducción
1. Previamente se describió el concepto de transducción, y debido a que los
fagos (bacteriófagos) juegan un papel protagónico en este proceso
a. Define lo que es un fago
“...son virus que infectan bacterias y que son normalmente llamados bacteriofagos
o fagos para abreviar” Los virus son parasitos submicroscopicos intracelulares
obligados pero ya que muchos otros microorganismos cumplen estas
caracteristicas es necesario definirlos de otra forma:

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1. Las particulas virales son producidas por el ensablamiento de los


componentes previamente formados, mientra que otros agentes biologicos
maduran por el incremento de sus componentes ya integrados y se reproducen
por división.
2. Las particulas virales (viriones) no crecen y tampoco se dividen
3. Los virus no tienen la información genética que codifica las herramientas
necesarias parageneración de energía metabólica o para síntesis de proteínas
(ribosomas).

b. Clasificación de los fagos: genoma, tamaño, estructura, replicación y ejemplos


GENOMA EJEMPLOS ESTRUCTURA EJEMPLOS REPLICACIÓN EJEMPLOS

DNA C5, M13, Poliedricos Lambda, T4 Litico T4


dx174,
Lambda, T4

RNA QB, MS-2 Esfericos No lítico M13


Bala MVL1, Lisogénico LAMBDA
MVL2
Filamentosos M13

2. Características de los ciclos de replicación de los fagos, resaltando: tipo de


genoma, si modifican sus bases, si cofdifican su propia RNA polimerasa, si
tienen ciclo lítico y/o lisogénico, etc.:
M13 T4 LAMBDA T7
-Filamentoso -Cabeza icosaedrica/cola -Cabeza -DNA de
-DNA ss contractil poliedrica doble
-No lítico -Receptor: Lipopolisacaridos -DNA lineal cadena
-Receptor: Pilina OMPC (gram -) bicatenario lineal
-No incorpora -Cadena lineal de doble -Temperado -Cola corta
material genetico cadena -Receptor:
al material -Tamaño de estallido: Maltoporinas
genetico de la 200fagos/ celula - Tamaño de
celula -Periodo de latencia: 23 min estallido:
-Circularización -No incorpora material 100fagos/ celula
del DNA dentro genetico al material genetico -Periodo de
de la célula de la celula latencia: 30 min
-Degrada DNA bacteriano

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3. Definir la transducción generalizada y hacer un esquema de las diferentes


etapas.
Transducción Generalizada:
La transducción generalizada comienza con el empaquetamiento accidental de
una porción del DNA bacteriano en una partÌcula viral normal. Esta partÌcula
transductora es liberada por la lisis celular, y es capaz de adherirse a una nueva
célula e inyectar el DNA. Después de la inyección en la célula receptora, el DNA
transductor puede recombinarse con DNA homólogo de la célula. Los fagos de
transducción generalizada más estudiados son el P22 de Salmonella typhimurium
y el P1 de Escherichia coli.

El empaquetamiento del DNA viral comienza por sitios especÌficos del


concatámero viral (sitios pac). Estos sitios pac no se encuentran en el genoma
bacteriano, pero aparentemente secuencias similares pueden ser reconocidas por
el fago y producirÌan la encapsidación errónea del DNA bacteriano. Sitios similares
a los sitios pac han sido encontrados tanto en E. coli como en S. typhimurium.

La cantidad de partÌculas de transducción generalizada que pueden producir las


células infectadas es muy variable. Mientras algunas células no producen ninguna,
otras pueden llegar a encapsidar el 20% del genoma bacteriano. Si bien en este
tipo de transducción todas las regiones del DNA bacteriano pueden ser
encapsidadas, algunos loci son transducidos con mayor frecuencia.

La transducción generalizada no es un proceso que logra células transductantes


con alta eficiencia. Se calcula que aproximadamente el 90% de los DNA
bacterianos inyectados por partÌculas de transducción generalizada a células
receptoras son abortivos. Esto significa que la información genética introducida no
se replica con el genoma de la célula hospedadora y es heredado por una de las
células hijas. solamente un bajo porcentaje de DNA donante se asocia con el DNA
bacteriano.

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El DNA lineal donante inyectado por la partÌcula transductora puede incorporarse


de diversas maneras con el DNA bacteriano:

• Incorporación de pequeños fragmentos para producir transductantes por


sustitución.
• Incorporación de una de las cadenas para producir un heteroduplex.
• Incorporación de grandes fragmentos.
• La transducción generalizada puede obtenerse con fagos temperados o
pseudotemperados, y también con fagos virulentos. Los fagos virulentos son los
que mayor námero de partÌculas transductoras producen, por lo tanto los
transductantes potenciales deben ser protegidos de las partÌculas virulentas. Esta
protección se logra con una baja multiplicidad de infección y la adición de un
antisuero o agente quelante después de la infección inicial para inhibir un nuevo
ciclo viral.

4. Definir la transducción especializda y hacer un esquema de las


diferentes etapas.
Transducción Especializada:
La transducción especializada difiere de la generalizada en que sólo un limitado
set de genes pueden ser transferidos. Estos genes se encuentran flanqueando la
región en donde el fago temperado o lisogénico puede integrarse al cromosoma
bacteriano. Los fagos temperados como el lambda o phi 80 pueden integrar su
material genético en sitios especÌficos del genoma bacteriano. Por ejemplo, el sitio
de inserción del fago lambda se encuentra entre los genes gal y bio. Sin embargo,
la integración de este fago en sitios de adsorción secundarios puede llevar a la
transducción de otros marcadores bacterianos. Estos tipos de fagos sintetizan
enzimas de integración y escisión que catalizan la integración del fago en el sitio
de adsorción y su correcta escisión. Pero, en algunos casos, pueden ocurrir
escisiones anormales que llevan a que parte del genoma del fago lambda se
separe junto a genes bacterianos cercanos. Estos eventos producen fagos que no
contienen el genoma lambda completo, fagos defectivos, debido a que una región
de los genes lambda quedan insertados en el cromosoma bacteriano. Por otra
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parte, el cromosoma bacteriano pierde algunos genes que son llevados por esta
anormal escisión. Estos fagos que contienen genes bacterianos junto al material
genético del fago se denominan fagos o partÌculas de transducción especializada.

Los fagos de transducción especializada surgen con una frecuencia muy baja. Los
lisados celulares que contienen a los fagos transductores pueden denominarse
lisados LFT (Low Frequency Transduction-Transducción de Baja Frecuencia) o
lisados HFT (High Frequency Transduction-Transducción de Alta Frecuencia).
Generalmente, los lisados HFT son obtenidos a partir de una partÌcula
transductora producida por una lisado LFT y de un fago helper". Este fago "helper"
generalmente es necesario para la integración, escisión y/o replicación del fago
transductor cuando este es defectivo, ya que aporta las enzimas necesarias que el
fago transductor no codifica al haber perdido parte de su genoma. La inducción de
estos dobles lisógenos produce lisados HFT que contienen al fago transductor y al
fago "helper", y que pueden ser separados mediante gradientes de CsCl debido a
diferencias en el tamaño de ambas partÌculas.

Una vez que el fago inyecta el DNA transductante pueden ocurrir diferentes
eventos. En todos los casos, después de la inyección, se produce la
circularización y superenrrollamiento del DNA transductor. Luego, el DNA viral
puede producir la replicación de la progenie viral mediante un ciclo lÌtico, puede
mantenerse inactivo y eliminarse por segregación, o puede recombinarse con el
material genético bacteriano.

La recombinación del DNA transductor puede ocurrir por tres vías diferentes:

• Recombinación doble-sitio-especÌfica: El DNA del fago transductor que


contiene el sitio para la integración y en presencia de los adecuados productos
genéticos, que generalmente son provistos por el fago "helper", puede sufrir una
recombinación doble-sitio-especÌfica con el sitio de fijación del fago en el
cromosoma. Generalmente, esto produce un merodiploide (parcialmente diploide)

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en el DNA bacteriano debido a que éste posee dos copias del mismo gen, una
propia y otra insertada con el DNA del fago transductor.
• Recombinación por adición: La recombinación entre las dos copias del DNA
bacteriano lleva a la incorporación de toda la molécula de DNA del fago
transductor y se forma un merodiploide. Los transductantes de adición pueden ser
generados simplemente por la formación de ciertos empalmes entre una cadena
del DNA transductante y bacteriano (Holliday junction-Empalmes de Holliday) que
llevan a la integración del DNA del fago transductor de manera análoga a la
integración del transductor por recombinación sitio-especÌfica.
• Recombinación por sustitución: La secuencia de información del DNA del
fago transductor es transferida al DNA bacteriano sin la incorporación de todo el
DNA transductor. Este tipo de transductante es estable y se mantiene haploide

4b. Que analogía podría hacer entre la transducción especializada y la


formación de una cepa Hfr y F’ en la conjugación?
Ambos son procesos de transferencia entre bacterias, entre los cuales se
transiferen zonas concretas de secuencias genéticas. Las cepas Hfr se
ecnuentran integradas en el cromosoma bacteriano, debido a un evento de
recombinación, mientras que las F’ están formadas por fragmentos de secuencias
genéticas independientes de los cromosomas que adquieren e incorporar un trozo
del genoma bacteriano adyacentes al lugar donde estaba integrado, de forma
similar durante la escisión del profago en la transducción especializada, puede
ocurrir que un pequeño fragmento del DNA del huésped se separe del cromosoma
junto con el DNA del fago.

5. Resaltar en qué tipo de transducción (generalizada o especializada) se


pueden transferir marcadores (genes o secuencias) con alta o baja
frecuencia y si se trata de marcadores específicos o cualquier
marcador.
Mediante la transducción generalizada se puede tranferir cualquier marcador del
genóforo del donador, con aproximadamente la misma frecuencia relativa con el

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tiempo en que comienza a aparecer (a menor tiempo de aparición, mayor


frecuencia final de ese marcador).
La transducción especializada consiste en la transferencia de un número limitado
de marcadores, correspondientes con los loci genéticos adyacentes al sitio de
integración del profago.

Referencias
1. https://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/19transduccion.htm
2. http://www.espacial.org/planetarias/astrobiologia/transferencia_genes.htm
3. http://bioinformatica.uab.cat/base/documents/genetica_gen201516/portfolio/
Una%20pieza%20clave%20en%20la%20evoluci%C3%B3n.%20Transferen
cia%20lateral%20de%20genes2016_5_21P22_16_48.pdf
4. http://bioinformatica.uab.cat/base/documents/genetica_gen201516/portfolio/
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5. https://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/18conjuga.htm
6. https://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/18conjuga.htm#_Toc64554409
7. https://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/18conjuga.htm
8. https://bioquimexperimental.files.wordpress.com/2009/08/conjugacion-
2015.pdf
9. https://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/18conjuga.htm
10. https://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/18conjuga.htm
11. http://depa.fquim.unam.mx/bacteriologia/pdfs/ART%CDC-Enterococcus.pdf
12. https://revistaciencia.amc.edu.mx/images/revista/55_3/La_Bacteria_Agroba
cterium.pdf
13. Principles of Molecular Virology Fifth Edition Alan J. Cann University of
Leicester, UK
14. http://www.microbiologybook.org/Spanish/chapter8.htm
15. https://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/18conjuga.htm

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