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    Manual Arlequin

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    jhonfrez82
    Este documento proporciona instrucciones para realizar un análisis de diversidad genética y estructura poblacional utilizando el programa Arlequín. Explica cómo abrir el programa, cargar un archivo de entrada con la información de múltiples poblaciones y haplotipos, configurar el análisis para calcular índices de diversidad y comparaciones poblacionales, ejecutar el análisis y abrir el archivo de salida con los resultados.

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    Manual Arlequin

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    jhonfrez82
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    Este documento proporciona instrucciones para realizar un análisis de diversidad genética y estructura poblacional utilizando el programa Arlequín. Explica cómo abrir el programa, cargar un archivo de entrada con la información de múltiples poblaciones y haplotipos, configurar el análisis para calcular índices de diversidad y comparaciones poblacionales, ejecutar el análisis y abrir el archivo de salida con los resultados.

    Descripción original:

    Manual del software Arlequin

    Derechos de autor

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    Formatos disponibles

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    Este documento proporciona instrucciones para realizar un análisis de diversidad genética y estructura poblacional utilizando el programa Arlequín. Explica cómo abrir el programa, cargar un archivo de entrada con la información de múltiples poblaciones y haplotipos, configurar el análisis para calcular índices de diversidad y comparaciones poblacionales, ejecutar el análisis y abrir el archivo de salida con los resultados.

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    Este documento proporciona instrucciones para realizar un análisis de diversidad genética y estructura poblacional utilizando el programa Arlequín. Explica cómo abrir el programa, cargar un archivo de entrada con la información de múltiples poblaciones y haplotipos, configurar el análisis para calcular índices de diversidad y comparaciones poblacionales, ejecutar el análisis y abrir el archivo de salida con los resultados.

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    Prctica de Arlequn

    Iniciar programa
    1.- Abrir consola
    2.- ejecutar: rdesktop montealban & (para iniciar Windows)
    3.- Iniciar sesin de Windows
    4.- Ingresar a My documents/winArl35/
    5.- Ejecutar WinArl35

    Archivo de entrada
    Archivo de texto simple (usar block de notas, emacs, etc..)
    La estructura bsica del archivo de entrada de Arlequn (*.arp) es la siguiente:
    [Profile]
    Title = "Algn ttulo"
    NbSamples = 2
    DataType = DNA
    GenotypicData = 0
    LocusSeparator = NONE
    MissingData = "?"
    CompDistMatrix = 1

    <- Indicador de inicio de seccin de perfil


    <- Ttulo del perfil
    <- Nmero de poblaciones
    <- Tipo de datos (DNA= secuencias)
    <- 1= genotipo; 0=haplotipo
    <- smbolo utilizado como separador de locus
    <- smbolo utilizado como ausencia de datos
    <- 1= calcular matrz de distancias; 0=se indica matriz de distancia.
    (Ver el manual para ms opciones)

    [Data]
    [[HaplotypeDefinition]]
    HaplList = EXTERN "C_lud.hap"
    [[Samples]]
    SampleName = "Agua_Blanca"
    SampleSize = 8
    SampleData= {
    Hap_1 8
    }
    SampleName = "Buenos_Aires"
    SampleSize = 6
    SampleData= {
    Hap_2 2
    Hap_3 2
    }
    [[Structure]]
    StructureName="NombreDstructura
    NbGroups=1
    Group={
    "Agua_Blanca"
    }
    Group={
    "Buenos_Aires"
    }

    <- Indicador de inicio de seccin de datos


    <- Indicador de inicio de subseccin de definicin de haplotipos.
    <- Ruta al archivo que contiene los haplotipos.
    <- Indicador de inicio de subseccin de definicin de poblaciones
    <- Nombre de primer poblacin.
    <- Nmero de secuencias en la primer poblacin
    <- Inicia listado de haplotipos de esta poblacin
    <- Termina listado de haplotipos
    <- Inicia definicin de otra poblacin.

    <- Inicio de subseccin de estructura de poblaciones.


    <- Ttulo de esta estructura
    <- Nmero de grupos a comparar
    <- Inicia definicin de grupo {
    <- poblacion(es) pertenecietes al grupo
    <- } fin de grupo
    (Ver manual para ms opciones)

    Taller Latinoamericano de Evolucin Molecular

    Arlequn

    Abrir archivo
    1. Iniciar Arlequn.
    2. File -> Open Project
    3. Abrir carpeta Z:\\GenPobs\Arlequin\Perro_13pop\ y seleccionar archivo: C_lud.arp
    4. Click en pestaa Project. Revisar que se hayan cargado las 13 poblaciones y que se encuentren en un
    solo grupo.

    Configurar anlisis
    5. Click en pestaa Structure Editor en caso de que se quiera modificar la estructura poblacional (NO
    por el momento).
    6. Click en pestaa Settings.
    7. Click en men: Genetic Structure: AMOVA (Men de la izquierda)
    1. Activar casilla: Standard AMOVA computations.
    2. Seleccionar: Use conventional F-statistics
    8. Click en men: Genetic Structure: Population comparisons
    1. Activar casilla: Compute pairwise FST
    2. Seleccionar: Use conventional F-statistics
    9. Click en men: Molecular diversity indices
    1. Activar casilla: Standard diversity indices.
    2. Activar casilla: Molecular diversity indices
    3. Seleccionar opcin: Molecular distance: Pairwise difference
    4. Seleccionar casillas: Theta(S) y Theta(Pi)
    10. Click en pestaa: Arlequin configuration.
    1. Activar casillas: Use associated settings, Compute statistics within groups, Append results y
    Keep AMOVA null distribution.
    2. DesActivar casilla: XML Output (formato de salida para graficar con R)
    11. Click en el cono Start.
    12. Las pestaas Project wizard e Import data son para generar archivos de entrada de arlequn o
    importar datos de otros formatos.

    Abrir archivo de salida.


    12. Abrir algn navegador web (firefox, safari, internet explorer, etc...)
    13. Click en Archivo Abrir archivo
    14. Abrir carpeta C_lud.res. Fue generada por el programa en la misma ruta en la que se encuentre el
    archivo de entrada de Arlequn que se abri en el paso 3 (C_lud.arp).
    15. Abrir archivo C_lud_main.html
    Taller Latinoamericano de Evolucin Molecular

    Arlequn

    Repetir el anlisis, pero con el archivo de entrada que considera la estructura poblacional generada con
    Structure:
    Z:\\GenPobs\Arlequin\Perro_Clust\C_lud.arp

    Taller Latinoamericano de Evolucin Molecular

    Arlequn

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