SDD-AGE

Die SDD-AGE (von engl. semi-denaturing detergent agarose gel electrophoresis ‚halbdenaturierende detergenzvermittelte Agarose-Gelelektrophorese‘) ist ein biochemisches Verfahren, bei dem SDS-resistente Proteinkomplexe, wie z. B. bei Amyloidosen oder Prionenerkrankungen, durch Gelelektrophorese in einem Agarosegel aufgetrennt und nachgewiesen werden.^[1]

SDS-resistente Proteinkomplexe sind Verbünde aus mehreren Proteinen, welche bei einer SDS-Konzentration von 2 % (m/V) bei Raumtemperatur nicht denaturieren. Ihre Molmassen betragen meistens zwischen 200 Kilodalton und 4000 Kilodalton, weshalb ein Agarosegel mit relativ großen Porendurchmessern verwendet wird. Im Anschluss an die Elektrophorese erfolgt, analog zum Western Blot bei einem Polyacrylamidgel, ein Proteintransfer auf eine PVDF-Membran und eine Immunfärbung der Proteine auf der Membran. Dadurch können Konformationsvarianten der Proteine eines Proteinaggregats unterschieden werden.^[2]

Das Verfahren SDD-AGE wird zur qualitativen und quantitativen Analyse von krankheitsassoziierten, hochmolekularen Proteinaggregaten verwendet, die bei neurodegenerativen Erkrankungen wie Alzheimer oder Chorea Huntington auftreten können.^[3] In experimentellen Ansätzen kann ermittelt werden, ob und wie gut therapeutische Ansätze zur Aggregatverminderung wirken.^[4][5] Eine abgewandelte, voll-denaturierende Variante der Methode (DD-AGE) kann ebenfalls für den Nachweis von aggregierten Polyglutamin-Proteinen eingesetzt werden.^[6]

1. ↑ Dmitry S. Kryndushkin, Ilya M. Alexandrov, Michael D. Ter-Avanesyan, Vitaly V. Kushnirov: Yeast [PSI+] prion aggregates are formed by small Sup35 polymers fragmented by Hsp104. In: The Journal of Biological Chemistry. Bd. 278, 2003, ISSN 0021-9258, S. 49636–49643, PMID 14507919, doi:10.1074/jbc.M307996200.
2. ↑ Randal Halfmann, Susan Lindquist: Screening for amyloid aggregation by Semi-Denaturing Detergent-Agarose Gel Electrophoresis. In: The Journal of Visualized Experiments. Bd. 17, 2008, ISSN 1940-087X, S. 838, PMID 19066511; PMC 2723713 (freier Volltext), doi:10.3791/838.
3. ↑ Rachel E. Bennett, Sarah L. DeVos, Simon Dujardin, Bianca Corjuc, Rucha Gor: Enhanced Tau Aggregation in the Presence of Amyloid β. In: The American Journal of Pathology. Band 187, Nr. 7, Juli 2017, ISSN 1525-2191, S. 1601–1612, doi:10.1016/j.ajpath.2017.03.011, PMID 28500862, PMC 5500829 (freier Volltext). 
4. ↑ Sidhartha M. Chafekar, Susanne Wisén, Andrea D. Thompson, AnaLisa Echeverria, Gladis M. Walter: Pharmacological tuning of heat shock protein 70 modulates polyglutamine toxicity and aggregation. In: ACS chemical biology. Band 7, Nr. 9, 21. September 2012, ISSN 1554-8937, S. 1556–1564, doi:10.1021/cb300166p, PMID 22709427, PMC 3448832 (freier Volltext). 
5. ↑ Mimi Cushman-Nick, Nancy M. Bonini, James Shorter: Hsp104 suppresses polyglutamine-induced degeneration post onset in a drosophila MJD/SCA3 model. In: PLoS genetics. Band 9, Nr. 9, 2013, ISSN 1553-7404, S. e1003781, doi:10.1371/journal.pgen.1003781, PMID 24039611, PMC 3764203 (freier Volltext). 
6. ↑ Jonasz J. Weber, Matthias Golla, Giambattista Guaitoli, Pimthanya Wanichawan, Stefanie N. Hayer: A combinatorial approach to identify calpain cleavage sites in the Machado-Joseph disease protein ataxin-3. In: Brain: A Journal of Neurology. Band 140, Nr. 5, 1. Mai 2017, ISSN 1460-2156, S. 1280–1299, doi:10.1093/brain/awx039, PMID 28334907.