PyMOL
PyMOL | 이 기사는 검증을 위해 추가적인 인용이 필요합니다. " – (2008년 6월) (이메시지를 및 ) |
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 Viewer와 GUI가 보이는 PyMOL 인스턴스입니다. | |
| 원본 작성자 | 워렌 라이포드 들라노 |
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| 개발자 | 슈뢰딩거 |
| 초기출시 | ) |
| 안정적 해제 | 2.5.5[1] / 2023년 4월 17일; 전 ( |
| 저장소 | |
| 기재. | C, C++, 파이썬 |
| 운영체제 | 크로스 플랫폼: macOS, 유닉스, 리눅스, 윈도우 |
| 플랫폼 | IA-32, x86-64 |
| 에서 사용 가능 | 영어 |
| 유형 | 분자 모델링 |
| 면허증. | 원래는 파이썬 라이센스,[2] 지금은[3] 독점적입니다. |
| 웹사이트 | pymol |
PyMOL은 Warren Lyford DeLano가 만든 오픈 소스이지만 독점적인[3] 분자 시각화 시스템입니다.초기에는 과학 및 교육 공동체가 보편적으로 접근할 수 있는 유용한 도구를 만드는 데 전념하는 민간 소프트웨어 회사인 DeLano Scientific LLC에 의해 상용화되었습니다.현재 슈뢰딩거사(社)에서 상용화하고 있습니다.원래 소프트웨어 라이센스는 허가 라이센스였기 때문에 이를 제거할 수 있었습니다. 새로운 버전은 더 이상 파이썬 라이센스로 출시되지 않고 커스텀 라이센스로 출시됩니다(광범위한 사용, 재배포 및 수정 권한을 부여하지만, Schrodinger,[3] LLC에 모든 버전에 저작권을 할당함).소스 코드 중 일부는 [4]더 이상 릴리스되지 않습니다.PyMOL은 단백질과 같은 작은 분자와 생물학적 거대 분자의 고품질 3D 이미지를 생산할 수 있습니다.원작자에 따르면, 2009년까지 과학 문헌에 게재된 모든 3D 단백질 구조 이미지의 거의 4분의 1이 PyMOL을 [citation needed]사용하여 만들어졌다고 합니다.
PyMOL은 구조 생물학에서 사용할 수 있는 몇 안 되는 대부분 오픈 소스 모델 시각화 도구 중 하나입니다.소프트웨어 이름의 파이 부분은 프로그래밍 언어 파이썬으로 작성된 프로그램을 가리킵니다.
PyMOL은 GLEW(OpenGL Extension Wrangler Library)와 FreeGLUT를 사용하며, Adaptive Poison Boltzmann Solver를 [5]사용하여 포아송-볼츠만 방정식을 풀 수 있습니다.PyMOL은 GUI 위젯을 위해 Tk를 사용하였으며, 슈뢰딩거를 통해 macOS용 네이티브 아쿠아 바이너리를 사용하였으며, 버전 2.[6]0의 출시와 함께 모든 플랫폼에서 PyQt 사용자 인터페이스로 대체되었습니다.
연혁 및 상용화
파이몰의 초기 버전은 파이썬 라이선스로 출시되었습니다.2006년 8월 1일, DeLano Scientific은 회사에서 배포한 사전 컴파일된 PyMOL 빌드(베타 포함)에 대한 통제 액세스 다운로드 시스템을 채택했습니다.이제 이러한 실행 파일에 대한 액세스는 유료 고객인 등록된 사용자로 제한됩니다. 교육용 빌드는 학생과 교사가 무료로 사용할 수 있습니다.그러나 대부분의 현재 소스 코드는 무료로 계속 사용할 수 있으며 이전의 미리 컴파일된 빌드도 마찬가지입니다.다른 플랫폼의 빌드 시스템은 열려 있지만 Windows API(WinAPI, Win32) 빌드 시스템은 열려 있지 않지만 비공식적인 Windows 바이너리는 [7]온라인에서 사용할 수 있습니다.누구나 Python 라이선스 소스 코드에서 실행 파일을 컴파일하거나 미리 컴파일된 실행 파일에 액세스할 수 있는 서비스를 지원하기 위해 구독료를 지불할 수 있습니다.
2010년 1월 8일, 슈뢰딩거 주식회사는 PyMOL을 인수하기로 합의했습니다.이 회사는 당시 유효했던 모든 구독을 포함하여 PyMOL의 개발, 유지보수, 지원 및 판매를 가정했습니다.또한 PyMOL 오픈 소스 커뮤니티를 적극적으로 지원하고 있습니다.2017년에 슈뢰딩거는 배포 시스템을 개편하여 Qt의 사용자 인터페이스와 아나콘다의 패키지 관리를 통합하여 PyMol [6]v2로 출시했습니다.이 버전은 일부 새로운 기능을 제한하고 30일 평가판 기간을 초과하여 라이센스 없이 사용할 경우 시각화에 워터마크를 추가합니다. 전체 라이센스 정책은 DeLano 시스템과 유사합니다.소스 코드는 대부분 사용 가능하며, 이번에는 BSD와 유사한 [8]라이센스로 사용할 수 있습니다.이전 배포판과 마찬가지로 휠 형식의 비공식 윈도우 바이너리를 사용할 [7]수 있으며 실제로 리눅스 배포판은 오픈 소스 코드의 자체 빌드를 계속 제공합니다.
요소색
PyMOL은 요소별로 볼 컬러를 적용합니다.
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갤러리
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PyMOL의 일부 분자 편집 기능, 다면체 결합 회전 및 Sculpting 모드와의 상호 작용 분자 이완의 예.양자 화학 소프트웨어의 입력 기하학적 구조를 준비하는 데 유용한 기능입니다.
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