플라이베이스

FlyBase

FlyBase는 온라인 생물정보학 데이터베이스로 곤충과 [1]Drosophilidae의 유전자 및 분자 데이터의 주요 저장소입니다.가장 광범위하게 연구된 종과 모델 유기체인 Drosophila melanogaster의 경우, 광범위한 데이터가 다양한 형식으로 제시된다.

FlyBase의 정보는 대규모 게놈 프로젝트부터 주요 연구 문헌까지 다양한 출처에서 비롯됩니다.이러한 데이터 유형에는 돌연변이 표현형; 돌연변이 대립 유전자의 분자 특성화; 그리고 다른 편차, 세포학적 지도, 야생형 발현 패턴, 해부학적 이미지, 트랜스제닉 구성 및 삽입, 배열 수준 유전자 모델 및 유전자 생성 [2]기능의 분자 분류가 포함됩니다.쿼리 도구를 사용하면 DNA 또는 단백질 염기서열, 유전자 또는 돌연변이 이름 또는 기능, 표현형 및 해부학적 데이터를 캡처하는 데 사용되는 여러 온톨로지 용어를 통해 FlyBase를 탐색할 수 있습니다.데이터베이스는 사용 가능한 데이터에 대한 효율적인 액세스를 제공하고 데이터베이스 [3]내에서 중요한 관계를 쉽게 발견할 수 있도록 여러 가지 쿼리 도구를 제공합니다.FlyBase와 BDGP[4] 또는 modENcode와 [5]같은 외부 데이터베이스 간의 링크는 다른 모델 유기체 데이터베이스 및 기타 생물학적 및 분자 정보 [6]자원에 대한 추가 탐색 기회를 제공합니다.FlyBase 프로젝트는 미국 하버드 대학과 인디애나 대학, 영국 케임브리지 대학의 드로소필라 연구자와 컴퓨터 과학자로 구성된 컨소시엄에 의해 수행된다.

FlyBase는 GMOD([7]Generic Model Organism Database)에 기여하는 조직 중 하나입니다.

2022년 현재 FlyBase 홈페이지는 "NHGRI가 FlyBase의 자금 [8]지원을 50% 줄였다"며 1인당 연간 US$150.00의 웹사이트 접속료를 요구하고 있다.

배경

드로소필라 멜라노가스터는 1900년대 초부터 실험적인 유기체였고, 그 이후로 많은 [9]연구 분야의 선두에 서게 되었다.이 연구 분야가 확산되어 세계화됨에 따라, 같은 문제를 다루는 연구원들은 그 분야의 진척을 소통하고 감시할 수 있는 방법을 필요로 했다.이 틈새 시장은 처음에 드로소필라 정보 서비스(DIS)와 같은 커뮤니티 뉴스레터로 채워졌습니다.DIS는 Thomas Hunt Morgan의 연구실에서 분야가 확산되기 시작한 1934년으로 거슬러 올라갑니다.이 페이지의 자료는 돌연변이의 정기적인 '카탈로그'와 드로소필라 문헌의 참고문헌을 제시하였다.80년대와 90년대에 컴퓨터 인프라가 발달하면서 이러한 뉴스레터는 사라지고 인터넷 메일링 리스트와 결합되어 결국 온라인 리소스와 데이터가 되었습니다.1992년에는 FlyBase, BDGP(Berkeley Drosophila Genome Project) 및 EDGP(European Drosophila Genome Project) 정보학 그룹을 통해 D. melanogaster 및 관련 종의 유전학과 게놈에 대한 데이터가 인터넷을 통해 전자적으로 제공되었습니다.이들 그룹은 대부분의 게놈 프로젝트와 커뮤니티 데이터 유형이 겹친다는 것을 인지했다.그들은 과학계에 데이터에 대한 통합된 관점을 제시하는 것이 가치 있다고 결정했다.1992년 10월 미국 국립보건원 인간게놈연구센터는 드로소필라 멜라노거스터에 관한 유전정보 및 분자정보 데이터베이스를 설계, 구축 및 공개하는 것을 목적으로 FlyBase 프로젝트에 자금을 지원했다.FlyBase는 [10]또한 런던의 의학 연구 위원회로부터 지원을 받고 있습니다.1998년 FlyBase 컨소시엄은 이 정보를 단일 Drosophila genomics 서버에 통합했습니다.FlyBase 프로젝트는 2022년 현재 하버드 대학, 케임브리지 대학(영국), 인디애나 대학 및 뉴멕시코 [11]대학의 Drosophila 연구자와 컴퓨터 과학자로 구성된 컨소시엄에 의해 수행되었습니다.

내용물

FlyBase에는 Drosophila melanogaster 게놈의 완전한 주석이 포함되어 있으며,[12] 1년에 몇 번 갱신됩니다.그것은 또한 지난 세기의 드로소필라 유전학 연구에 대한 검색 가능한 참고 문헌을 포함했다.현재 연구자에 대한 정보와 현재 연구자 간의 관계에 대한 부분적인 혈통은 참여한 [13]과학자의 등록을 바탕으로 검색할 수 있었다.이 사이트는 또한 전체 게놈을 보여주는 대규모 이미지 데이터베이스와 배아 형성을 자세히 설명하는 여러 동영상(ImageBrowser)을 제공합니다.데이터베이스의 두 가지 주요 지류는 드로소필라 12 게놈 컨소시엄(Clark et al 2007)과 크로스비 et al 2007)[14]에 의해 축적된 대규모 다종 데이터 세트이다.

검색 전략: 12개의 배열된 Drosophila 게놈의 유전자 보고서는 FlyBase에서 이용할 수 있습니다.이 데이터를 참조할 수 있는 방법은 크게 4가지입니다.사전 계산된[15] 파일 [16]BLAST, Gbrowse [17]및 Gen 보고서 페이지.Gbrowse 및 사전 계산된 파일은 게놈 전체 분석, 생물 정보학 및 비교 게놈학용입니다.BLAST 및 유전자 보고 페이지는 종 전체의 특정 유전자, 단백질 또는 영역에 대한 것입니다.

세포학을 찾는 경우 두 가지 주요 도구를 사용할 수 있습니다.세포학적으로 매핑된 유전자 또는 결손을 찾을 때 Cytosarch를[18] 사용합니다. 이 유전자는 배열에 분자적으로 매핑되지 않았습니다.분자 매핑된 시퀀스, 삽입 또는 Affymetrix 프로브를 찾을 때 Gbrowse를 사용합니다.

FlyBase에는 두 가지 주요 쿼리 도구가 있습니다.첫 번째 주요 질의 도구는 Jump to Gene (J2G)이라고 불립니다.이것은 FlyBase의 모든 페이지에 있는 파란색 네비게이션 바의 오른쪽 상단에 있습니다.이 도구는 원하는 것이 무엇인지 정확히 알고 해당 데이터와 함께 보고서 페이지로 이동하고자 할 때 유용합니다.두 번째 주요 쿼리 도구는 QuickSearch입니다.이것은 FlyBase 홈페이지에 있습니다.이 툴은 조금밖에 모르는 것을 빨리 찾고 싶을 때 가장 유용합니다.검색은 D. melanogaster 내에서만 또는 모든 종 내에서 수행할 수 있습니다.유전자 이외의 데이터는 '데이터 클래스' 메뉴를 사용하여 검색할 수 있습니다.

관련 조사

다음은 FlyBase와 관련되거나 FlyBase를 사용하는 두 가지 조사 예를 제시합니다.

  • 첫 번째는 갈색 감귤류 진딧물로 더 일반적으로 알려진 알레이트(Toxoptera citrida)에서 발현된 유전자에 대한 연구입니다.갈색 감귤 진딧물은 전 세계 감귤 산업에 손실을 입히는 심각한 병원체인 감귤류 트리스테자 바이러스의 주요 매개체로 여겨진다.이 진딧물의 날개 모양은 바람에 따라 먼 거리를 날 수 있고, 감귤 재배 지역에 감귤류 트리스테자 바이러스를 퍼뜨릴 수 있습니다.갈색 감귤류 진딧물의 생물학과 날개 발달 중 발현되는 유전자의 출현을 더 잘 이해하기 위해, 연구원들은 날개 진딧물에서 cDNA 클론의 대규모 5⁄ 말단 배열 프로젝트를 수행했다.다른 곤충의 유사한 대규모 표현 시퀀스 태그(EST) 시퀀싱 프로젝트는 개발 및 생리학에 관한 생물학적 질문에 답하기 위한 수단을 제공했다.곤충으로부터 EST의 GenBank가 증가하고 있지만, 대부분은 드로소필라 멜라노가스터에서 왔고, 진딧물에서 유래한 것은 상대적으로 적다.연구원들은 날개 달린 갈색 감귤 진딧물로부터 많은 양의 EST 데이터를 제공할 수 있었고 이 귀중한 자원을 분석하기 시작했다.그들은 FlyBase의 Drosophila melanogaster에 대한 정보 덕분에 이것을 할 수 있었다.추정 시퀀스 식별은 BLAST 검색을 사용하여 결정되었다.E-값 점수가 -10점 이하인 시퀀스 일치는 유의한 것으로 간주되었으며 BLASTX 검색에서 5개의 '최고 히트' 일치의 주석을 바탕으로 GO(Gene Ontology) 분류 시스템에 따라 분류되었다.D. melanogaster의 모든 일치는 FlyBase를 사용하여 카탈로그화되었습니다.거의 모든 '최고 히트' 매치는 FlyBase를 사용하는 D. melanogaster의 기능상 주석이 달린 유전자와 관련하여 특징지어졌습니다.유전자 정보는 진딧물 생물학에 대한 이해를 높이는데 매우 중요하며, 이러한 [19]해충에 대한 미래의 비화학적인 유전자 기반 방제 전략의 개발에 중요한 역할을 할 것입니다.
  • Drosophila Gene Ontology 주석 향상:유전자 제품이 무엇을 하고 어디서 하는지 생물학자들에게는 중요한 질문이다.Gene Ontology 프로젝트는 정의된 공통 용어 집합을 사용하여 서로 다른 데이터베이스에 걸쳐 이 데이터를 일관되게 요약하기 위해 13년 전에 시작되었습니다.또한 용어 간의 관계도 인코딩합니다.유전자 온톨로지 프로젝트는 주요 생물정보학 이니셔티브로 종과 데이터베이스에 걸친 유전자 및 유전자 제품 속성의 표현을 표준화하는 것을 목적으로 한다.이 프로젝트는 또한 GO 컨소시엄 [20]회원들의 유전자 제품 주석 데이터도 제공한다.FlyBase는 Gene Ontology Consortium의 창립 멤버 3명 중 1명이었습니다.GO 주석은 분자 기능, 생물학적 역할 또는 세포 내 위치를 설명하는 GO 용어, GO 용어를 지원하는 데 사용되는 분석 유형을 설명하는 "증거 코드" 및 특정 참조에 대한 속성으로 구성됩니다.GO 주석은 소규모 및 대규모 분석에 모두 유용합니다.그것은 유전자 생성물의 성질에 대한 첫 번째 표시를 제공할 수 있고, 증거 코드와 함께, 관련 실험 데이터가 있는 논문을 직접 가리킬 수 있다.주석의 현재 우선 순위는 인간 질병 유전자의 상동성 유전자, 종에 걸쳐 고도로 보존되는 유전자, 생화학/신호 경로에 관여하는 유전자, 최근 출판물에서 중요한 관심을 보이는 주제 유전자이다.FlyBase는 2006년 8월에 프로젝트를 시작한 이래 GO 주석을 제공하고 있습니다.FlyBase의 Gene Report 페이지에 GO 주석이 나타납니다.GO 데이터는 TermLink와 QueryBuilder를 모두 사용하여 FlyBase에서 검색할 수 있습니다.GO는 동적이고 매일 변경될 수 있습니다(예: 새로운 용어 추가).최신 버전을 유지하기 위해 FlyBase는 FlyBase를 1~2개 출시할 때마다 새로운 버전의 GO의 새로운 버전을 로드합니다.새로운 버전의 FlyBase가 [21]출시됨과 동시에 GOC에 GO 주석 세트가 제출됩니다.

「 」를 참조해 주세요.

주 및 참고 자료

  1. ^ Thurmond, Jim; Goodman, Joshua L; Strelets, Victor B; Attrill, Helen; Gramates, L Sian; Marygold, Steven J; Matthews, Beverley B; Millburn, Gillian; Antonazzo, Giulia; Trovisco, Vitor; Kaufman, Thomas C; Calvi, Brian R; Perrimon, Norbert; Gelbart, Susan Russo; Agapite, Julie; Broll, Kris; Crosby, Lynn; Santos, Gilberto dos; Emmert, David; Gramates, L Sian; Falls, Kathleen; Jenkins, Victoria; Matthews, Beverley; Sutherland, Carol; Tabone, Christopher; Zhou, Pinglei; Zytkovicz, Mark; Brown, Nick; Antonazzo, Giulia; Attrill, Helen; Garapati, Phani; Holmes, Alex; Larkin, Aoife; Marygold, Steven; Millburn, Gillian; Pilgrim, Clare; Trovisco, Vitor; Urbano, Pepe; Kaufman, Thomas; Calvi, Brian; Czoch, Bryon; Goodman, Josh; Strelets, Victor; Thurmond, Jim; Cripps, Richard; Baker, Phillip (8 January 2019). "FlyBase 2.0: the next generation". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D759–D765. doi:10.1093/nar/gky1003. PMC 6323960. PMID 30364959.
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  4. ^ BDGP
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  13. ^ "Find a Person". Archived from the original on 25 May 2019.[데드링크]
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  16. ^ 폭발.
  17. ^ 그브로즈
  18. ^ 사이토아치
  19. ^ Hunter, WB; Dang, PM; Bausher, MG; Chaparro, JX; McKendree, W; Shatters, RG; McKenzie, CL; Sinisterra, XH (2003). "Aphid biology: expressed genes from alate Toxoptera citricida, the brown citrus aphid". J. Insect Sci. 3: 23. doi:10.1093/jis/3.1.23. PMC 524662. PMID 15841239.
  20. ^ "The Gene Ontology". Retrieved 31 May 2017.
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외부 링크