칸디다투스

Candidatus
Candidatus Promeoarchaeum syntrophicum cells는 SEM하에서 분열합니다(c). 단일 셀(d)의 저온 전자 단층 영상. 흰색 화살표는 큰 막 소포를 나타냅니다. 눈금 막대 = 1 μm(c) 및 500 μm(d)

원핵생물 명명법에서 칸디다투스(Candidatus, 약칭 Ca); 라틴어로 "로마 사무소의 후보"를 뜻함)는 잘 특성화되어 있지만 아직 배양되지 않은 원핵생물 분류군의 이름을 짓는 데 사용됩니다.[1] 16S 리보솜 RNA 시퀀싱 또는 메타게노믹스와 같은 현대적인 시퀀싱 접근법은 분석된 유기체에 대한 많은 정보를 제공하므로 개별 종을 식별하고 특성화할 수 있습니다. 그러나 대부분의 원핵생물 종은 배양할 수 없는 상태로 남아 있어 시험관 내 연구에서 추가 특성화에 접근할 수 없습니다. 최근 수많은 후보 분류군이 발견되면서 후보 계통 방사는 박테리아 다양성에 대한 새로운 통찰력을 통해 생명의 나무를 확장했습니다.

명명법

역사

초기의 원핵생물 명명법(ICNP)과 초기의 개정은 아직 배양할 수 없는 원핵생물을 식별할 수 있는 가능성을 설명하지 못했습니다. 따라서 칸디다투스라는 용어는 1994년 코드 개정을 시작하기 위한 국제 원핵생물체계위원회(ICSP, 이전 국제조직세균학위원회) 회의의 맥락에서 제안되었습니다.[2] 염기서열 분석 기술의 지속적인 발전과 관련된 칸디다투스 분류군의 수가 증가함에 따라, ICSP는 1996년 칸디다투스 분류군에[3] 대한 부록을 추가하여 원핵생물 국제 명명법을 채택했습니다(최신 버전의[4] 부록 11). 그러나 Candidatus taxa의 명명법은 여전히 원핵생물 코드의 일반 규칙에 의해 다루어지지 않고 있으며, 이는 Candidatus taxa에 우선권을 부여하기 위해 현재 코드를 변경하기 위한 지속적인 논의와 제안으로 이어집니다.[5][6]

네이밍

현재 임시 상태 "Candidatus"는 다음 정보가 제공되는 경우 사용할 수 있습니다.[citation needed]

  1. 유기체의 계통 발생 위치를 결정하기 위한 게놈 정보 [...]
  2. 지금까지 이용 가능한 모든 정보는 다음과 같습니다.
    1. 구조와 형태학
    2. 생리학과 신진대사
    3. 생식 기능
    4. 유기체가 식별될 수 있는 자연 환경과
    5. 이용 가능하고 적합한 다른 정보.[4]: Appendix 11

칸디다투스의 상태에 있는 유기체의 종명은 칸디다투스라는 단어로 구성되며, 그 다음에 특정한 비문이 있는 속명, 또는 속명, 또는 특정한 비문만 있습니다. 예를 들면, 칸디다투스 리베로박터 아시아티쿰; 칸디다투스 마그네토박터리움; 칸디다투스 세포내. 모든 Candidatus taxa(Candidatus list)의 목록은 IJSEM의 편집위원회와 협력하여 ICSP의 사법위원회에 보관되고 적절한 간격으로 업데이트됩니다.[4] 칸디다투스 분류군이 성공적으로 재배되면 이 목록에서 이름을 제거하고 국제 원핵생물 명명법에 따라 새로운 이름을 제안해야 합니다.[citation needed]

비록 1994년의 제안과 이후의 Code는 Candidatus List를 유지할 것을 요구하고 있지만, 이름들을 큐레이팅하는 작업은 "No. 0" 재판이 발행되는 2017년까지 시작되지 않았습니다. 저자는 수집된 400개의 이름 중 120개가 정식으로 제안될 경우 코드를 위반한다는 것을 발견했습니다. 일반적인 이유는 라틴어 오류, 중복된 이름, 라틴어가 아닌 이름입니다. 따라서 이제 Candidatus Lists에서도 이러한 이름을 수정할 수 있습니다. 수정된 이름은 권한 필드에서 corrig.(corrigendum의 경우)로 주어지며,[7] 일부 출처는 추가로 수정된 carelsulcia(예: "Ca. Carelsulcia" corrig)를 인용합니다. Moran et al. 2005 in Ogen et al. 2020).[8] 1번부터 시작하여 공개된 각 목록에는 특정 기간 동안 제안된 모든 알려진 Candidatus 이름과 이전 기간의 부록이 포함됩니다.[7] 2022년 12월 기준으로, 가장 최근의 것은 2022년 11월에 발행된 Candidatus List No. 4이며, 2021년에 제안된 이름을 다룹니다.[9] 칸디다투스 문을 다루기 위해 번호가 매겨진 목록이 2023년에 발표되었으며, 향후 번호가 매겨진 목록에는 문이 포함될 것입니다.[10]

SeqCode

2022년 서열 데이터(SeqCode)로부터 기술된 원핵생물 명명법은 ICNP와 별개의 시스템에서 이름의 출판을 표준화합니다. SeqCode는 유형 배양을 요구하는 대신 명명법으로 고품질 게놈을 요구하여 사실상 Candidatus 이름을 공식화하는 경로를 제공합니다. ICSP와는 무관한 국제 미생물 생태학회(ISME)에서 생산합니다.[11] Seq Code는 2023년 이전에 ICNP에서 발행된 Candidatus를 포함한 이름의 우선순위를 인정합니다.[12]

SeqCode 팀은 처음에 단순히 ICNP를 수정하여 그러한 시스템을 추가하기를 원했지만 ICSP는 이 청원을 거부하여 별도의 코드를 만들어야 했습니다.[11]

경작불가

환경적 요인

많은 원핵생물 종들이 실험실에서 자라지 않는 이유는 여러 가지가 있는데, 그 이유들 중 많은 것들이 아직 잘 알려져 있지 않습니다. 이러한 이유 중 하나는 실험실 조건에서 시뮬레이션하기 어려울 수 있는 환경에서 종을 회수하기 때문입니다. 많은 원핵생물들은 특정한 영양소 조성, 특정한 pH 조건, 온도, 기압 또는 산소 수준의 필요성을 포함하여 매우 구체적인 성장 요건을 가지고 있습니다.[13] 대부분의 상업적으로 이용 가능한 성장 배지 및 배양 프로토콜은 환경 샘플에서 관심 있는 박테리아를 성공적으로 분리하기 위해 포괄적인 서식지 평가를 필요로 하는 이러한 요구 사항을 제대로 충족하지 못했습니다.[citation needed]

종 상호작용

대부분의 원핵생물 종은 혼자 사는 것이 아니라 모든 생명의 왕국에서 온 다른 종들과 복잡한 군집 속에서 살고 있습니다. 그 결과, 많은 종들은 자신의 세포 성장을 위해 이웃 종의 대사 산물이나 신호 화합물에 의존합니다. 필요한 물질의 식별은 어려울 수 있지만 특정 화합물의 공동 배양 또는 추가가 확인되면 관심 종을 잠재적으로 배양하는 데 사용할 수 있습니다.

게놈축소

종 상호작용의 많은 사례들은 공생적인 성격을 가지고 있으며, 이는 상호주의적이거나 중립적이거나 해로울 수 있는 둘 이상의 종 사이의 친밀하고 장기적인 관계로 정의됩니다.[14] 공생체의 위치에 따라 공생체는 외부 공생체 또는 내공생체가 될 수 있습니다. 유전자 결손을 통한 급격한 유전체 감소는 내공생 박테리아에서 관찰되었는데, 이는 보호된 숙주 환경에서 많은 유전자가 불필요해지기 때문인 것으로 생각됩니다. 이는 DNA 복구 및 전사 조절을 위한 유전자에 자주 영향을 미쳐 숙주 외부에서 이러한 유기체를 배양하는 것을 어렵게 만듭니다.[14]

참고 항목

위키 사전에서 칸디다투스를 찾아보세요, 자유 사전.

참고문헌

  1. ^ Stackebrandt, E. (1 May 2002). "Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (3): 1043–1047. doi:10.1099/ijs.0.02360-0. PMID 12054223.[영구적 데드링크]
  2. ^ Murray, R. G. E.; Schleifer, K. H. (1 January 1994). "Taxonomic Notes: A Proposal for Recording the Properties of Putative Taxa of Procaryotes". International Journal of Systematic Bacteriology. 44 (1): 174–176. doi:10.1099/00207713-44-1-174. ISSN 0020-7713. PMID 8123559.
  3. ^ Tindall, Brian J.; Kämpfer, Peter; Euzéby, Jean P.; Oren, Aharon (1 November 2006). "Valid publication of names of prokaryotes according to the rules of nomenclature: past history and current practice". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 56 (11): 2715–2720. doi:10.1099/ijs.0.64780-0. ISSN 1466-5026. PMID 17082418.
  4. ^ a b c "International Code of Nomenclature of Prokaryotes: Prokaryotic Code (2008 Revision)". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 69 (1A): S1–S111. 1 January 2019. doi:10.1099/ijsem.0.000778. ISSN 1466-5026. OSTI 1254416. PMID 26596770.
  5. ^ Oren, Aharon; Garrity, George M.; Parker, Charles T.; Chuvochina, Maria; Trujillo, Martha E. (2020). "Lists of names of prokaryotic Candidatus taxa". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 70 (7): 3956–4042. doi:10.1099/ijsem.0.003789. ISSN 1466-5026. PMID 32603289.
  6. ^ Whitman, William B.; Sutcliffe, Iain C.; Rossello-Mora, Ramon (1 July 2019). "Proposal for changes in the International Code of Nomenclature of Prokaryotes: granting priority to Candidatus names". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 69 (7): 2174–2175. doi:10.1099/ijsem.0.003419. ISSN 1466-5026. PMID 31066658.
  7. ^ a b Oren, A (November 2021). "Nomenclature of prokaryotic 'Candidatus' taxa: establishing order in the current chaos". New Microbes and New Infections. 44: 100932. doi:10.1016/j.nmni.2021.100932. PMC 8487987. PMID 34631108.
  8. ^ "Taxonomy browser (Candidatus Karelsulcia)". www.ncbi.nlm.nih.gov.
  9. ^ Oren, Aharon (25 November 2022). "Candidatus List No. 4: Lists of names of prokaryotic Candidatus taxa". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 72 (11). doi:10.1099/ijsem.0.005545. PMID 35100104. S2CID 246444866.
  10. ^ Oren, Aharon; Göker, Markus (9 May 2023). "Candidatus List. Lists of names of prokaryotic Candidatus phyla". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 73 (5). doi:10.1099/ijsem.0.005821.
  11. ^ a b Hedlund BP, Chuvochina M, Hugenholtz P, Konstantinidis KT, Murray AE, Palmer M, Parks DH, Probst AJ, Reysenbach AL, Rodriguez-R LM, Rossello-Mora R, Sutcliffe IC, Venter SN, Whitman WB (October 2022). "SeqCode: a nomenclatural code for prokaryotes described from sequence data". Nat Microbiol. 7 (10): 1702–1708. doi:10.1038/s41564-022-01214-9. PMC 9519449. PMID 36123442.
  12. ^ "The SeqCode version 1.0.3". SeqCode Registry. 5 January 2023.
  13. ^ Köpke, Beate; Wilms, Reinhard; Engelen, Bert; Cypionka, Heribert; Sass, Henrik (December 2005). "Microbial Diversity in Coastal Subsurface Sediments: a Cultivation Approach Using Various Electron Acceptors and Substrate Gradients". Applied and Environmental Microbiology. 71 (12): 7819–7830. Bibcode:2005ApEnM..71.7819K. doi:10.1128/AEM.71.12.7819-7830.2005. ISSN 0099-2240. PMC 1317335. PMID 16332756.
  14. ^ a b Moya, Andrés; Peretó, Juli; Gil, Rosario; Latorre, Amparo (March 2008). "Learning how to live together: genomic insights into prokaryote–animal symbioses". Nature Reviews Genetics. 9 (3): 218–229. doi:10.1038/nrg2319. ISSN 1471-0056. PMID 18268509. S2CID 2866611.

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