In »Assault Lily: Bouquet« steht in naher Zukunft die Menschheit kurz vor dem Untergang, nachdem als Huge bezeichnete, mysteriöse Kreaturen die Welt zerstören. Um im Kampf gegen die Huge zu bestehen, wurden aus einer Kombination aus Wissenschaft und Magie spezielle Waffen entwickelt, die sogenannten Counter Huge Arms, kurz CHARM. Am wirksamsten sind die Waffen bei Verwendung durch Mädchen im Teenageralter, weshalb spezielle Militärakademien unter dem Namen Gardens gegründet wurden. Die Mädchen, welche die Waffen tragen, werden als Lilien verehrt. Die Gardens dienen neben der Ausbildung der Mädchen zu Lilien auch dem Schutz der Menschen und als Militärbasis.

Die Geschichte dreht sich um Yuyu Shirai, Riri Hitotsuyanagi und ihre Mitstreiterinnen an der Akademie, die gemeinsam das Ziel verfolgen, eines Tages als Lilien im Kampf gegen die Huge zu siegen und so die Welt zu retten.