Sahashi Minato es muy inteligente, sin embargo, debido a su incapacidad para hacer frente a la presión no ha superado el examen de ingreso a la universidad dos veces. Como resultado, ha sido calificado como un idiota y perdedor por muchos. Un día después de hablar con su otra vez decepcionada madre, entra en contacto con una niña llamada Musubi, que fue atacada. La niña corre pero se lo lleva con ella y pronto descubre que Minato, aunque desconocido para él, es un Ashikabi, uno de los misteriosos maestros que tienen el rasgo genético que puede asociarse con algunas de las 108 chicas lindas, mujeres rollizas, y bishoujo llamó Sekirei. Solo mediante esa asociación los Sekirei pueden usar todo el potencial de sus poderes para ganar en la competencia que mantiene la ominosa corporación MBI.