かつて、月の70%を蒸発させ、翌年3月に地球を破壊すると公言していた謎の奇妙な生物（関智一）。地球を守るために、各国政府は軍を出動させ、最先端の武器を派遣してこの恐ろしい怪物を攻撃したが、彼らはあらゆる方法を尽くしたが、何の効果も得られなかった。パニックが迫る中、なんとこの生物は椚丘中学3年E組に教師としてやってきて、潮田渚（東山奈央）、赤羽業（岡本信彦）をはじめとする生徒たちが能力を発揮し、この「殺せんせー」をやっつけようとしたが、いかんせん相手はマッハ20のスピードを持っており、殺せることはほとんど不可能な任務となった。穏やかな日々がゆっくりと流れ、生徒たちは先生暗殺を少しも諦めなかった。この日は京都の修学旅行が控えており、少年少女はそれぞれチームを組み、楽しい時を迎える準備をするとともに、「殺せんせー」の新たな暗殺を計画する……。