在不久的將來，被稱為「使徒」的神秘生物侵襲地球，造成史上空前大災難「第二次衝擊」的發生，半數人類在這場災禍中死亡，經過一段長時間的恢復，平靜的日子似乎也出現曙光... 這時，一名14歲的少年碇真嗣來到第三新東京市，原本應該與父親團聚的他，卻碰上了聯合國軍隊與使徒的交戰，被戰鬥爆風波及的他，幸運的被一名叫「葛美里」的女子所救。 真嗣與葛美里來到特務機關Nerv本部，見到了十年未見的父親，沒想到父親碇源堂只丟下要真嗣駕駛人造人福音戰士－「初號機」的命令... 百般不願又離不開父親的真嗣，在見到負傷仍勇敢戰鬥的女駕駛綾波後，終於決定出擊，但在完全沒有接受訓練的狀況下，首次駕駛EVA初號機的真嗣與使徒陷入了對峙，究竟他要如何戰鬥，隱藏在第二次衝擊中的「人類補完計劃」究竟又是什麼？