遺伝子カセット(Gene cassette)は、可動性遺伝因子の1つであり、遺伝子及び組換え部位を含む。インテグロンに組み込まれるか環状DNAとして存在する。遺伝子カセットはしばしば抗性物質耐性遺伝子を含む。例えば、kanMXカセットは、細菌にカナマイシン耐性を与える。