生物時計（せいぶつどけい、英: biological clock）とは、生物が生まれつきそなえていると考えられる時間測定機構。体内時計（たいないどけい）、生理時計（せいりどけい、英: physiological clock）とも言う。生物の睡眠や行動の周期に影響を与える。哺乳類では脳の視交叉上核によるとみなされている。よく知られた生物時計に概日リズムがある。