Ernst Pepping var en tysk komponist.
Pepping ble professor ved Kirchenmusikschule i Berlin i 1948 og professor i komposisjon ved musikkhøyskolen i Berlin i 1953.
Han var en fremstående representant for nyere tysk kirkemusikk ved en rekke orgelkomposisjoner, fem messer og annen vokalmusikk som for eksempel Passionsbericht des Matthäus (1950), dessuten orkesterkomposisjoner, deriblant tre symfonier, kammermusikk med mer.
Hans stilistiske utgangspunkt er 1500-tallets polyfoni. Han har også utgitt pedagogiske skrifter.