Black Clouds & Silver Linings

Dream Theater começou a trabalhar o álbum em outubro de 2008.^[1] Mike Pornoy descreveu o CD como "Um álbum do Dream Theater com "A Change of Seasons", "Octavarium", "Learning To Live", "Pull Me Under" e "The Glass Prison", tudo em um álbum."^[5]

Jordan Rudess comentou: "Estamos entrando em uma área um tanto gótica neste álbum. Não há nada como um coral legal e muito poderoso."^[6] Um vídeo será gravado em março para o primeiro single do álbum, "A Rite of Passage".^[7] Mike Portnoy confirmou em uma entrevista em 16 de março que "The Shattered Fortress"' será a última música da Alcoholics Anonymous Suite. Dream Theater também fará uma turnê mundial para promover o álbum e farão uma segunda Progressive Nation.

Em uma entrevista com Eddie Trunk, Portnoy disse que o álbum terá cerca de 75 minutos e consistirá de "4 épicos e 2 singles". Portnoy também confirmou que o criador da capa é Hugh Syme, o mesmo artista de Octavarium e Systematic Chaos.^[8]

Aproximadamente 40 dias antes da data oficial de lançamento do álbum, todas as músicas já se encontravam em sites e programas de compartilhamento de arquivos.

• "A Nightmare to Remember" ("Um Pesadelo a ser Lembrado") — com letra escrita por John Petrucci, esta música descreve um acidente de automóvel do qual ele tomou parte quando era criança;
• "A Rite of Passage" ("Um Rito de Passagem") — o primeiro single de Black Clouds & Silver Linings. Mike Portnoy confirmou numa uma entrevista a Eddie Trunk que a versão do álbum, de oito minutos e meio, foi editada para cinco minutos e meio, para a versão do videoclipe, gravado no final de Março de 2009. Em uma entrevista, Jordan Rudess afirmou que a letra da música é baseada na Maçonaria. A música foi disponibilizada para download no site da Roadrunner Records por 24 horas em 5 de maio. O vídeo foi disponibilizado no dia 8 de maio;
• "Wither" ("Murchar") — fala sobre o processo de bloqueio criativo conhecido como writer's block;
• "The Shattered Fortress" ("A Fortaleza Estilhaçada") — finaliza a Suíte dos 12 Passos de Mike Portnoy e vazou na Internet no dia 17 de maio de 2009. O título da música é derivada de dois versos da música "The Glass Prison", "A shattered glass prison wall behind me" e "A long lost fortress". Alguns trechos de músicas anteriores foram revisitadas e reprisadas para concluir a suíte. Apresenta as últimas 3 partes (X, XI e XII).
• "The Best of Times" ("A Melhor das Épocas") — composta por Mike Portnoy como uma homenagem ao seu pai Howard, que lutava contra o câncer. Segundo Mike, ele não queria fazer uma música triste, mas algo que lembrasse os anos felizes que eles dois passaram juntos. Mike chegou a mostrar a música ao seu pai logo depois de finalizada; o pai de Mike morreu em 04/01/2009, enquanto a banda ainda trabalhava na gravação do álbum.^[9]
• "The Count of Tuscany" ("O Conde de Toscana") — a letra, escrita por John Petrucci, fala sobre um episódio em que o guitarrista encontrou um conde quando estava na região da Toscana, na Itália.

• James LaBrie – vocal
• John Myung – baixo
• John Petrucci – guitarra e vocal de apoio
• Mike Portnoy – bateria, percussão e vocal de apoio
• Jordan Rudess – teclado