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TW202235442A - 密連蛋白6靶向多特異性抗原結合分子及其用途 - Google Patents

密連蛋白6靶向多特異性抗原結合分子及其用途 Download PDF

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TW202235442A
TW202235442A TW111120832A TW111120832A TW202235442A TW 202235442 A TW202235442 A TW 202235442A TW 111120832 A TW111120832 A TW 111120832A TW 111120832 A TW111120832 A TW 111120832A TW 202235442 A TW202235442 A TW 202235442A
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石井慎也
木村直紀
兒玉達史
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日商中外製藥股份有限公司
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Abstract

本揭露提供一種可結合至CD3及CD137(4-1BB)但不同時結合至CD3及CD137，且可結合至CLDN6的多特異性抗原結合分子。本揭露的多特異性抗原結合分子透過與CD3/CD137及CLDN6結合，以CLDN6依賴性的方式展現出增強的T細胞依賴性細胞毒性活性。本發明提供一種多特異性抗原結合分子及其醫藥組成物，其可用於靶定表現CLDN6的細胞，用於治療各種癌症的免疫療法中，特別是與CLDN6相關的癌症，例如CLDN6陽性的癌症。

Description

密連蛋白6靶向多特異性抗原結合分子及其用途
本揭露是關於密連蛋白6(claudin-6)靶向多特異性抗原結合分子及其用途。
密連蛋白家族為分子量約23 kD的細胞膜蛋白家族，其具有四個跨膜域並構成緊密連接。密連蛋白家族包含人類和小鼠的24個成員，已知密連蛋白家族的每個成員依據各上皮細胞類型(非專利文獻1至非專利文獻4)而展現出非常獨特的表達模式。在上皮細胞層中，有一種機制用以防止物質在細胞間隙中漏出(擴散)的作用，並且被稱為緊密連接的細胞-細胞黏附系統(cell-cell adhesion systems)已顯示在該機制中確實發揮作為「屏障(barrier)」的核心作用以防止漏出。
緊密連接分子的密連蛋白6 (CLDN6)，密連蛋白家族蛋白的一員，在正常成人組織(非專利文獻5及非專利文獻6)中顯示轉錄沉默表達，同時在例如卵巢癌、NSCLC和胃癌的多種癌症中呈向上調控(非專利文獻7至非專利文獻9)。 關於抗－CLDN6抗體，已報告的針對CLDN6的單特異性抗體對CLDN6陽性癌細胞株具有ADCC活性或內化(internalization)活性(專利文獻1至專利文獻5)。至今，CLDN6靶向T細胞重定向雙特異性抗體(命名為6PHU3)已使用具有抗－CD3/抗－CLDN6特異性的雙特異性sc(Fv)2型式進行改造(專利文獻6至專利文獻7)。在臨床前評估中，已報告6PHU3在體外和體內均顯示出對癌細胞的強力殺傷(非專利文獻10)。
[先前技術文獻] [專利文獻] [專利文獻1] WO2009/087978 [專利文獻2] WO2011/057788 [專利文獻3] WO2012/003956 [專利文獻4] WO2012/156018 [專利文獻5] WO2015/069794 [專利文獻6] WO2014/075697 [專利文獻7] WO2014/075788
[非專利文獻] [非專利文獻1] Furuse and Tsukita, TRENDS in Cell Biology 2006, 16: 181 [非專利文獻2] Wilcox, et al., Cell 2001, 104: 165 [非專利文獻3] Rahner, et al., GASTROENTEROLOGY 2001, 120: 411 [非專利文獻4] Morita, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96: 511 [非專利文獻5] Dev Dyn. 2004 Oct;231(2):425-31. [非專利文獻6] Am J Physiol Renal Physiol. 2006 Dec;291(6):F1132-41. [非專利文獻7] Int J Cancer. 2014 Nov 1;135(9):2206-14. [非專利文獻8] Histopathology. 2012 Dec;61(6):1043-56. [非專利文獻9] J Gastrointest Cancer. 2010 Mar;41(1):52-9. [非專利文獻10] Oncoimmunology. 2015 Oct 29;5(3):e1091555.
[技術問題]
本揭露的目的是提供一種可有效且特異性地將T細胞募集至目標癌細胞的多特異性抗原結合分子，特別是表現密連蛋白6 (CLDN6)的細胞，例如癌細胞，且多特異性抗原結合分子可透過針對包含表現CLDN6的細胞的目標癌組織的T細胞之細胞毒性活性而治療癌症；抗原結合分子的製造方法；以及包含抗原結合分子作為活性成分的醫藥組成物。本發明也提供多特異性抗原結合分子的獲得方法，此多特異性抗原結合分子更有效率地誘導T細胞依賴性細胞毒性並同時避免現有技術的多特異性抗原結合分子可能會具有的不良毒性問題或副作用。 [解決問題的手段]
具體而言，本揭露提供一種抗原結合分子，抗原結合分子包括：可結合至CD3及CD137(4-1BB)，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分(moiety)(即，雙重結合但不同步結合至CD3及CD137)的第一抗原結合部分；以及可結合至特異性表現於癌組織中的分子，特別是密連蛋白6 (CLDN6)的第二抗原結合部分。
與只結合至CD3的T細胞募集雙特異性抗體相比，本揭露的多特異性抗原結合分子除了CD3結合能力外，對CD137具有雙重結合能力，有利地展現出對CD3訊號加乘的共刺激分子CD137訊號所貢獻的增強T細胞依賴性細胞毒性活性。此外，因為抗原結合分子與CD3及CD137的結合是非同時的(即，沒有同時結合至CD3及CD137)，相同的抗原結合分子將不會同時結合至表現於不同免疫細胞(例如，T細胞)上的CD3及/或CD137，因此避免了不同免疫細胞間不期望的交聯而造成的系統性毒性問題，而體內投予可同步結合至CD3及表現於T細胞上的第二分子(例如，CD137)的常規多特異性抗原結合分子時的不良反應被認為是歸咎於此系統性毒性問題。
此外，透過改造且改良對CD137的結合活性而沒有對本揭露的抗原結合分子的CD3雙重結合活性帶來負面的影響，發明人於1000個以上的變體選擇出包含特異性重鏈互補決定區(heavy chain complementary determining regions, HCDRs)或重鏈可變區(VH)以及特異性輕鏈互補決定區(light chain CDRs, LCDRs)或輕鏈可變區(VL)的抗原結合分子，這些抗原結合分子以癌抗原(CLDN6)依賴性的方式對腫瘤展現出優越的T細胞依賴性細胞毒性活性。在一態樣中，發明人意外地發現，透過改造出最佳的CD3與CD137結合模式，所選擇的抗原結合分子展現出強烈的T細胞依賴性細胞毒性活性及低毒性。
最終，發展多特異性抗體的共同難題一直以來是以臨床上足夠量及純度製造出多特異性抗體的構築體，因為在共表現時不同特異性的抗體重鏈與輕鏈會發生錯誤配對而減少正確結合構築體的產率並產生一些不具功能的副產物，所欲的多特異性抗體可能會難以從這些副產物分離。在一態樣中，本揭露藉由仔細的抗體工程與分子型式設計(包括在恆定區中的帶電突變、VH/VL互換、與Fc區選擇)而提供了設計用於T細胞活化與重新導向的多特異性抗原結合分子，其結合良好的抗癌功效與低毒性，並具有較佳的穩定性、可製造性/可生產性及結構同質性。
由於上述所有努力的結果，抗原結合分子及其醫藥組成物可用於靶向表現CLDN6的細胞，用於治療各種癌症的免疫療法，尤其是與CLDN6相關的癌症，例如CLDN6陽性腫瘤。
更具體而言，本揭露提供下述者： [1-1] 一種多特異性抗原結合分子，包含： (i) 可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分(moiety)；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6 (CLDN6)的第二抗原結合部分。 [2-1] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6 (CLDN6)的第二抗原結合部分， 其中第一抗原結合部分包括下列(a1)至(a4)的任一者： (a1) 包括SEQ ID NO: 9的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 15的CDR 2以及SEQ ID NO: 21的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a2) 包括SEQ ID NO: 10的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 16的CDR 2以及SEQ ID NO: 22的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a3) SEQ ID NO: 11的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 17的CDR 2以及SEQ ID NO: 23的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區； (a4) 包括SEQ ID NO: 12的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 18的CDR 2以及SEQ ID NO: 24的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區。 [2-2] 如[2-1]的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分包括下列(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。 [2-3] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中該第二抗原結合部分包括下列(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。 [2-4] 如[2-1]至[2-3]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中包括在第一抗原結合部分及/或第二抗原結合部分的抗體可變區包括人類抗體框架或人源化抗體框架。 [2-5] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第一抗原結合部分包括擇自下列(c1)至(c4)的任一者： (c1) 包括SEQ ID NO: 3胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c2) 包括SEQ ID NO: 4胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c3) 包括SEQ ID NO: 5胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區； (c4) 包括SEQ ID NO: 6胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區。 [2-6] 如[2-5]的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分包括下列(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。 [2-7] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第二抗原結合部分包括下列(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。 [2-8] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD3的第一抗原結合部分；以及 (ii) 結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第一抗原結合部分包括下列(a1)至(a4)的任一者： (a1) 包括SEQ ID NO: 9的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 15的CDR 2以及SEQ ID NO: 21的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a2) 包括SEQ ID NO: 10的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 16的CDR 2以及SEQ ID NO: 22的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a3) 包括SEQ ID NO: 11的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 17的CDR 2以及SEQ ID NO: 23的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區； (a4) 包括SEQ ID NO: 12的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 18的CDR 2以及SEQ ID NO: 24的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區。 [2-9] 如[2-8]的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分包括下列(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。 [2-10] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD3的第一抗原結合部分；以及 (ii) 結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第二抗原結合部分包括下列(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。 [2-11] 如[2-8]至[2-10]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中包括在第一抗原結合部分及/或第二抗原結合部分的抗體可變區包括人類抗體框架或人源化抗體框架。 [2-12] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD3的第一抗原結合部分；以及 (ii) 結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第一抗原結合部分包括下列(c1)至(c4)的任一者： (c1) 包括SEQ ID NO: 3胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c2) 包括SEQ ID NO: 4胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c3) 包括SEQ ID NO: 5胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區； (c4) 包括SEQ ID NO: 6胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區。 [2-13] 如[2-12]的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分包括下列(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。 [2-14] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD3的第一抗原結合部分；以及 (ii) 結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第二抗原結合部分包括下列(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。 [2-15] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第一抗原結合部分包括下列(a1)至(a4)的任一者： (a1) 包括SEQ ID NO: 9的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 15的CDR 2以及SEQ ID NO: 21的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a2) 包括SEQ ID NO: 10的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 16的CDR 2以及SEQ ID NO: 22的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a3) 包括SEQ ID NO: 11的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 17的CDR 2以及SEQ ID NO: 23的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區； (a4) 包括SEQ ID NO: 12的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 18的CDR 2以及SEQ ID NO: 24的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區。 [2-16] 如[2-15]的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分包括下列(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。 [2-17] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第二抗原結合部分包括下列(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。 [2-18] 如[2-15]至[2-17]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中包括於第一抗原結合部分及/或第二抗原結合部分的抗體可變區包括人類抗體框架或人源化抗體框架。 [2-19] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第一抗原結合部分包括下列(c1)至(c4)的任一者： (c1) 包括SEQ ID NO: 3胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c2) 包括SEQ ID NO: 4胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c3) 包括SEQ ID NO: 5胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區； (c4) 包括SEQ ID NO: 6胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區。 [2-20] 如[2-19]的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分包括下列(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。 [2-21] 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第二抗原結合部分包括下列(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區, and a 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。 [2-22] 一種多特異性抗原結合分子，其包括下列(c1)至(c4)的任一者： (c1) 包括SEQ ID NO: 3胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c2) 包括SEQ ID NO: 4胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c3) 包括SEQ ID NO: 5胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區； (c4) 包括SEQ ID NO: 6胺基酸序列之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區。 [2-23] 如[2-22]的多特異性抗原結合分子，其中多特異性抗原結合分子更包括下列(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。 [2-24] 一種多特異性抗原結合分子，其包括下列(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。 [2-25] 一種多特異性抗原結合分子，其包括下列(a1)至(a4)的任一者： (a1) 包括SEQ ID NO: 9的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 15的CDR 2以及SEQ ID NO: 21的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a2) 包括SEQ ID NO: 10的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 16的CDR 2以及SEQ ID NO: 22的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a3) 包括SEQ ID NO: 11的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 17的CDR 2以及SEQ ID NO: 23的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區； (a4) 包括SEQ ID NO: 12的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 18的CDR 2以及SEQ ID NO: 24的CDR 3之第一抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區。 [2-26] 如[2-25]的多特異性抗原結合分子，其中多特異性抗原結合分子更包括下列(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。 [2-27] 一種多特異性抗原結合分子，其包括下列(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區，以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。 [3-1] 如[1-1]至[2-27]中任一者的多特異性抗原結合分子，其更包括： (iii) 與天然人類IgG1 Fc域相比，展現對人類Fcγ受體的結合親和性降低的Fc域。 [3-2] 如[3-1]的多特異性抗原結合分子，其中Fc域由可穩定締合的第一Fc區次單元與第二Fc區次單元所形成。 [3-3] 如[3-2]的多特異性抗原結合分子，其中Fc域包括下列(e1)或(e2)： (e1) 包括第349位為Cys、第366位為Ser、第368位為Ala及第407位為Val之第一Fc區次單元，以及包括第354位為Cys及第366位為Trp之第二Fc區次單元； (e2) 包括第439位為Glu之第一Fc區次單元，且包括第356位為Lys之第二Fc區次單元； 其中胺基酸位置係根據EU索引編號進行編號。 [3-4] 如[3-2]或[3-3]的多特異性抗原結合分子，其中第一Fc區次單元及/或第二Fc區次單元包括下列(f1)或(f2)： (f1) 第234位為Ala且第235位為Ala； (f2) 第234位為Ala、第235位為Ala且第297位為Ala； 其中胺基酸位置係根據EU索引編號進行編號。 [3-5] 如[3-2]至[3-4]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中與天然人類IgG1 Fc域相比，Fc域更展現對人類FcRn更強的FcRn 結合親和性。 [3-6] 如[3-5]的多特異性抗原結合分子，其中第一Fc區次單元及/或第二Fc區次單元包括第428位為Leu、第434位為Ala、第438位為Arg及第440位為Glu， 其中胺基酸位置係根據EU索引編號進行編號。 [3-7] 如[2-1]至[2-27]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中第一抗原結合部分的第一抗體可變區與第一重鏈恆定區融合，第一抗原結合部分的第二抗體可變區與第一輕鏈恆定區融合，第二抗原結合部分的第三抗體可變區與第二重鏈恆定區融合，第二抗原結合部分的第四抗體可變區與第二輕鏈恆定區融合， 其中恆定區為下列(g1)至(g7)的任一者： (g1) 包括SEQ ID NO: 74胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 87胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 73胺基酸序列之第二重鏈恆定區、以及包括SEQ ID NO: 88胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g2) 包括SEQ ID NO: 74胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 85胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 81胺基酸序列之第二重鏈恆定區、以及包括SEQ ID NO: 86胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g3) 包括SEQ ID NO: 79胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 72胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 80胺基酸序列之第二重鏈恆定區、以及包括SEQ ID NO: 89胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g4) 包括SEQ ID NO: 83胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 87胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 82胺基酸序列之第二重鏈恆定區、以及包括SEQ ID NO: 88胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g5) 包括SEQ ID NO: 83胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 85胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 84胺基酸序列之第二重鏈恆定區、以及包括SEQ ID NO: 86胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g6) 包括SEQ ID NO: 77胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 72胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 78胺基酸序列之第二重鏈恆定區、以及包括SEQ ID NO: 89胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g7) 包括SEQ ID NO: 75胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 72胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 76胺基酸序列之第二重鏈恆定區、以及包括SEQ ID NO: 89胺基酸序列之第二輕鏈恆定區。 [4-1] 一種多特異性抗原結合分子，其包括四個多肽鏈，其中四個多肽鏈為下列(h01)至(h18)的任一者： (h01) 包括SEQ ID NO: 41胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 54胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h02) 包括SEQ ID NO: 41胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 55胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h03) 包括SEQ ID NO: 42胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 56胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h04) 包括SEQ ID NO: 42胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 57胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h05) 包括SEQ ID NO: 44胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 60胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h06) 包括SEQ ID NO: 44胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 61胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h07) 包括SEQ ID NO: 45胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 62胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h08) 包括SEQ ID NO: 45胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 63胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h09) 包括SEQ ID NO: 46胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 64胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h10) 包括SEQ ID NO: 46胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 65胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h11) 包括SEQ ID NO: 47胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 66胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h12) 包括SEQ ID NO: 47胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 67胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h13) 包括SEQ ID NO: 48胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 56胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h14) 包括SEQ ID NO: 48胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 57胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h15) 包括SEQ ID NO: 49 胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 64胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h16) 包括SEQ ID NO: 49 胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 65胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h17) 包括SEQ ID NO: 43胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 58胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)；以及 (h18) 包括SEQ ID NO: 43胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 59胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)。 [4-2] 如[4-1]的多特異性抗原結合分子，其中 (i) 包括在鏈3的抗體可變區及包括在鏈4的抗體可變區形成可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分； (ii) 包括在鏈1的抗體可變區及包括在鏈2的抗體可變區形成可結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； (iii) 包括在鏈1的抗體Fc區次單元及包括在鏈3的抗體Fc區次單元形成Fc域。 [4-3] 如[4-1]的多特異性抗原結合分子，其中 (i) 包括在鏈3的抗體可變區及包括在鏈4的抗體可變區形成結合至CD3的第一抗原結合部分； (ii) 包括在鏈1的抗體可變區及包括在鏈2的抗體可變區形成結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； (iii) 包括在鏈1的抗體Fc區次單元及包括在鏈3的抗體Fc區次單元形成Fc域。 [4-4] 如[4-1]的多特異性抗原結合分子，其中 (i) 包括在鏈3的抗體可變區及包括在鏈4的抗體可變區形成結合至CD137的第一抗原結合部分； (ii) 包括在鏈1的抗體可變區及包括在鏈2的抗體可變區形成結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； (iii) 包括在鏈1的抗體Fc區次單元及包括在鏈3的抗體Fc區次單元形成Fc域。 [5-1] 如[1-1]至[3-7]或[4-4]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分可結合至人類CLDN6。 [5-2] 如[1-1]至[3-7]或[4-4]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分可結合至如SEQ ID NO: 196或197所定義之人類CLDN6。 [5-3] 如[1-1]至[3-7]或[4-4]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分實質上不結合至人類CLDN9。 [5-4] 如[1-1]至[3-7]或[4-4]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分實質上不結合至人類CLDN4。 [5-5] 如[1-1]至[3-7]或[4-4]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分實質上不結合至人類CLDN3。 [5-6] 如[1-1]至[3-7]或[4-4]中任一者的多特異性抗原結合分子，其中第二抗原結合部分實質上不結合至如SEQ ID NO: 205所定義之CLDN6。 [6-1] 一種單離的核酸，其編碼如[1-1]至[5-6]中任一者之多特異性抗原結合分子。 [6-2] 一種宿主細胞，其包括如[6-1]之核酸。 [6-3] 一種多特異性抗原結合分子的生產方法，其包括培養如[6-2]之宿主細胞，以生產多特異性抗原結合分子。 [6-4] 如[6-3]之方法，其更包括從宿主細胞的培養物回收多特異性抗原結合分子。 [7-1] 一種醫藥組成物，其包括如[1-1]至[5-6]中任一者之多特異性抗原結合分子以及醫藥上可接受的載劑。 [7-2] 如[7-1]之醫藥組成物，其係用於治療及/或預防癌症之醫藥組成物。 [7-3] 如[7-2]之醫藥組成物，其中該癌症包括表現CLDN6的細胞。 [7-4] 如[7-2]或[7-3]之醫藥組成物，其中該癌症為卵巢癌、非小細胞肺癌、胃癌、肝癌、子宮內膜癌或生殖細胞腫瘤。 [7-5] 一種如[1-1]至[5-6]中任一者之多特異性抗原結合分子在製造藥物之用途。 [7-6] 一種如[1-1]至[5-6]中任一者之多特異性抗原結合分子在製造用於治療及/或預防癌症的藥物之用途。 [7-7] 一種如[1-1]至[5-6]中任一者之多特異性抗原結合分子在製造用於治療及/或預防癌症的藥物之用途，其中該癌症包括表現CLDN6的細胞。 [7-8] 一種如[1-1]至[5-6]中任一者之多特異性抗原結合分子在製造用於治療及/或預防卵巢癌、非小細胞肺癌、胃癌、肝癌、子宮內膜癌或生殖細胞腫瘤的藥物之用途。 [7-9] 一種植療患有癌症之個體的方法，其包括對該個體投予有效量之如[1-1]至[5-6]中任一者之多特異性抗原結合分子。 [7-10] 如[7-9]的方法，其中該癌症包括表現CLDN6的細胞。 [7-11] 如[7-9]或[7-10]的方法，其中該癌症為卵巢癌、非小細胞肺癌、胃癌、肝癌、子宮內膜癌或生殖細胞腫瘤。 [7-12] 一種用於治療及/或預防癌症之套組，其包括如[1-1]至[5-6]中任一者之多特異性抗原結合分子及使用說明書。 [7-13] 如[7-12]的套組，其中該癌症包括表現CLDN6的細胞。 [7-14] 如[7-12]的套組，其中該癌症為卵巢癌、非小細胞肺癌、胃癌、肝癌、子宮內膜癌或生殖細胞腫瘤。
本揭露所屬領域中具有通常知識者使用常規方法普遍充分理解與採用本文描述或引用的技術和步驟，例如，下列所述中廣泛使用的方法：Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3d edition (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.；Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel, et al. eds., (2003))；the series Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.): PCR 2: A Practical Approach (M.J. MacPherson, B.D. Hames and G.R. Taylor eds. (1995)), Harlow and Lane, eds. (1988) Antibodies, A Laboratory Manual, and Animal Cell Culture (R.I. Freshney, ed. (1987))；Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait, ed., 1984)；Methods in Molecular Biology, Humana Press；Cell Biology: A Laboratory Notebook (J.E. Cellis, ed., 1998) Academic Press；Animal Cell Culture (R.I. Freshney), ed., 1987)；Introduction to Cell and Tissue Culture (J. P. Mather and P.E. Roberts, 1998) Plenum Press；Cell and Tissue Culture: Laboratory Procedures (A. Doyle, J.B. Griffiths, and D.G. Newell, eds., 1993-8) J. Wiley and Sons；Handbook of Experimental Immunology (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds.)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J.M. Miller and M.P. Calos, eds., 1987)；PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis et al., eds., 1994)；Current Protocols in Immunology (J.E. Coligan et al., eds., 1991)；Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999)；Immunobiology (C.A. Janeway and P. Travers, 1997)；Antibodies (P. Finch, 1997)；Antibodies: A Practical Approach (D. Catty., ed., IRL Press, 1988-1989)；Monoclonal Antibodies: A Practical Approach (P. Shepherd and C. Dean, eds., Oxford University Press, 2000)；Using Antibodies: A Laboratory Manual (E. Harlow and D. Lane (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999)；The Antibodies (M. Zanetti and J. D. Capra, eds., Harwood Academic Publishers, 1995)；以及 Cancer: Principles and Practice of Oncology (V.T. DeVita et al., eds., J.B. Lippincott Company, 1993)。
提供以下定義和詳細描述以助於對本文所示的揭露有所理解。
定義 胺基酸 於本文中，胺基酸是以一或三字母編碼或上述兩者進行描述。例如，Ala/A、Leu/L、Arg/R、Lys/K、Asn/N、Met/M、Asp/D、Phe/F、Cys/C、Pro/P、Gln/Q、Ser/S、Glu/E、Thr/T、Gly/G、Trp/W、His/H、Tyr/Y、Ile/I、或Val/V。
胺基酸的改變
對於抗原結合分子胺基酸序列中的胺基酸改變(於此說明中亦描述為「胺基酸取代(amino acid substitution)」或「胺基酸突變(amino acid mutation)」)，可適當地採用已知方法如定點突變方法(site-directed mutagenesis) (Kunkel et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1985) 82, 488-492))及重疊延伸聚合酶連鎖反應(overlap extension PCR)。再者，也可採用許多已知方法作為取代成非天然胺基酸的胺基酸改變方法(Annu Rev. Biophys. Biomol. Struct. (2006) 35, 225-249; and Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) 100 (11), 6353-6357)。例如，適合使用無細胞轉譯系統(Clover Direct (Protein Express))，其包含具有與其中一種終止密碼子(UAG密碼子(琥珀密碼子))的互補琥珀抑制子tRNA結合的非天然胺基酸的tRNA。
在本說明書中，當描述胺基酸改變的位點時，「及/或(and/or)」一詞的意思包括適當結合「及」與「或」的每種組合。具體而言，例如，「取代第33、55、及/或96位的胺基酸」包括以下胺基酸改變的變化：(a)第33位胺基酸、(b)第55位胺基酸、(c)第96位胺基酸、(d)第33及55位胺基酸、(e)第33及96位胺基酸、(f)第55及96位胺基酸、以及(g)第33、55及96位胺基酸。
再者，於本文中，作為顯示胺基酸改變的表達用法，可以適當地使用在指示特定位置的數字之前和之後的表達用法，分別在胺基酸改變之前和之後的一字母或三字母代碼。例如，當取代包含於抗體改變區中的胺基酸時使用改變N100bL或Asn100bLeu，表示第100b位(根據Kabat編號)的Asn以Leu取代。亦即，上述數字根據Kabat編號顯示胺基酸位置，在該數字之前的一字母或三字母胺基酸密碼顯示取代前的胺基酸，且在該數字之後的一字母或三字母胺基酸密碼顯示取代後的胺基酸。同樣地，當取代包含於抗體恆定區中的Fc區胺基酸時使用改變P238D或Pro238Asp，表示第238位(根據EU編號)的Pro以Asp取代。亦即，上述數字根據EU編號顯示胺基酸位置，在該數字之前的一字母或三字母胺基酸密碼顯示取代前的胺基酸，且在該數字之後的一字母或三字母胺基酸密碼顯示取代後的胺基酸。
多肽 如本文所使用，「多肽(polypeptide)」一詞指的是構成單體(胺基酸)的分子，係以醯胺鍵(也稱為肽鍵)線性連接。「多肽」一詞指的是兩個或兩個以上胺基酸的任何鏈，且並不是指產物的特定長度。因此，用以指的是兩個或兩個以上胺基酸的一鏈的胜肽、雙肽、三肽、寡肽、「蛋白質(protein)」、「胺基酸鏈(amino acid chain)」或任何其他用詞包含於「多肽」的定義之中，且可使用「多肽」一詞取而代之或以任何這些用詞替換使用「多肽」一詞。「多肽」一詞也意指多肽表現後修飾的產物，包括但不限於，醣基化、乙醯化、磷酸化、醯胺化、已知保護/阻斷基團的衍生化、蛋白水解或非天然存在胺基酸修飾。多肽可衍生於天然生物來源或由重組技術所產生，但並非一定得由指定的核酸序列所轉譯。可由任何方式產生多肽，包括化學合成。本文所描述的多肽可以是約3或3個以上、5或5個以上、10或10個以上、20或20個以上、25或25個以上、50或50個以上、75或75個以上、100或100個以上、200或200個以上、500或500個以上、1000或1000個以上或2000或2000個以上胺基酸的尺寸。多肽可具有定義的三維結構，但不一定具有此結構。具有定義的三維結構的多肽視為折疊的，且不具有定義的三維結構的多肽視為未折疊的，但可採用大量的不同構型。
胺基酸序列相似度百分比(%) 相對於參考多肽序列的「胺基酸序列相似度百分比(%)(percent (%) amino acid sequence identity)」定義為在比對序列且若有必要的話，則將間隙導入以達到最大的序列相似度百分比，且不將任何保守取代視為序列相似度的一部分後，候選序列中與參考多肽序列的胺基酸殘基相同的胺基酸殘基的百分比。可用本揭露所屬領域技術中的各種方式，來實現用於確定胺基酸序列相似度百分比的比對，例如，使用公開可用的電腦軟體例如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)軟體。本揭露所屬技術領域中具有通常知識者可確定用於比對序列的合適參數，包含在所比較的序列的全長上實現最大比對所需的任何演算法。然而，為了此述的目的，胺基酸序列相似度百分比的數值是利用序列比較電腦程式ALIGN-2產生。ALIGN-2序列比較電腦程式由Genentech, Inc.編寫，且來源碼已與用戶文件一起歸檔(file)於U.S. Copyright Office, Washington D.C., 20559中，且註冊於美國版權註冊號TXU510087中。ALIGN-2程式可從Genentech, Inc., South San Francisco, California公開獲得，或也可從來源碼中進行編譯。ALIGN-2程式應編譯為在UNIX操作系統(包含數位UNIX V4.0D)上使用。所有序列比較參數均由ALIGN-2程式設置，且沒有改變。在使用ALIGN-2進行胺基酸序列比較的情況下，給定的胺基酸序列A對、和或針對給定的胺基酸序列B(可替代地表示為具有或包含對、和或針對給定的胺基酸序列B的胺基酸序列相似度百分比的給定的胺基酸序列A)胺基酸序列相似度百分比的計算如下： 分數X/Y的100倍 其中X是在此程式的A和B的比對中被序列比對程式ALIGN-2計為相同匹配的胺基酸殘基的數目，且其中Y是B中胺基酸殘基的總數目。應理解的是，若胺基酸序列A的長度不等於胺基酸序列B的長度，則A對B的胺基酸序列相似度%將不等於B對A的胺基酸序列相似度%。除非另有具體說明，否則如前一段落所述，使用ALIGN-2電腦程式，來獲得本文使用的所有胺基酸序列相似度%數值。
重組方法與組成物 可使用重組方法和組合物來製造抗體與抗原結合分子，如美國專利號4,816,567中所述。在一實施例中，提供了編碼本文所述抗體的單離核酸。這樣的核酸可編碼包含抗體VL的胺基酸序列和/或包含抗體VH的胺基酸序列(例如，抗體的輕鏈和/或重鏈)。在又一實施例中，提供了包含此類核酸的一或多種載體(例如，表現載體)。在又一實施例中，提供了包含此類核酸的宿主細胞。在一此類實施例中，宿主細胞包含(例如，已經用以下所述轉形)：(1)載體，其包含編碼包含抗體VL的胺基酸序列和包含抗體VH的胺基酸序列的核酸、或(2)第一載體，其包含編碼包含抗體VL的胺基酸序列的核酸；及第二載體，其包含編碼包含抗體VH的胺基酸序列的核酸。在一實施例中，宿主細胞是真核的，例如中國倉鼠卵巢(Chinese Hamster Ovary，CHO)細胞或類淋巴細胞(例如Y0、NS0、Sp2/0細胞)。在一實施例中，提供了一種本揭露的多特異性抗原結合分子製備方法，其中此方法包含：在適合表現抗體的條件下，培養包含編碼如上所述之抗體的核酸的宿主細胞，和視需要地從宿主細胞(或宿主細胞培養基)中回收抗體。
為了重組產生本文所述的抗體，將編碼如前文所述的抗體的核酸單離，且將其插入至一或多個載體中，以在宿主細胞中進一步選殖及/或表現。可使用常規流程(例如藉由使用可特異性結合至編碼抗體重鏈和輕鏈的基因的寡核苷酸探針)輕易地單離且定序此類核酸。
用於選殖或表現編碼抗體的載體的合適宿主細胞包含本文所述的原核或真核細胞。例如，可在細菌中產生抗體，特別是在不需要醣基化和Fc效應子功能時。對於在細菌中表現抗體片段和多肽，參照如美國專利號5,648,237、5,789,199和5,840,523 (亦參照Charlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2003), pp. 245-254，其描述了在大腸桿菌中表現抗體片段)。表現之後，可從細菌細胞糊的可溶部分中單離出抗體並進行進一步純化。
除原核生物外，真核微生物例如絲狀真菌或酵母菌，也是用於編碼抗體的載體的合適選殖或表現宿主，包含其醣基化路徑已被「人源化」的真菌和酵母菌株，從而產生具有部分或完全人類醣基化模式的抗體。參照Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)以及Li et al., Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)。
用於表現醣基化抗體的合適宿主細胞也衍生自多細胞生物(無脊椎動物和脊椎動物)。無脊椎動物細胞的範例包含植物和昆蟲細胞。已鑑定出許多桿狀病毒株(baculoviral strain)，其可與昆蟲細胞結合使用，特別是用於節食斜紋夜蛾細胞(Spodoptera frugiperda cell)的轉染。
植物細胞培養物也可作為宿主。參照如美國專利號5,959,177、6,040,498、6,420,548、7,125,978和6,417,429 (描述了在轉基因植物中產生抗體的PLANTIBODIESTM TM技術)。
脊椎動物細胞也可作為宿主。例如，可使用適應在懸浮液中生長的哺乳類細胞株。有用的哺乳類宿主細胞株的其他範例是由SV40 (COS-7)轉形的猴腎CV1細胞株；人類胚胎腎細胞株(293或293細胞，如Graham et al., J. Gen Virol. 36:59 (1977)中所述)；嬰兒倉鼠腎細胞(baby hamster kidney cell，BHK)；小鼠史托利細胞(mouse sertoli cell)(TM4細胞，例如Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)中描述)；猴腎細胞(CV1)；非洲綠猴腎細胞(VERO-76)；人類子宮頸癌細胞(HELA)；犬腎細胞(MDCK)；水牛大鼠肝細胞(BRL 3A)；人類肺細胞(W138)；人類肝細胞(Hep G2)；小鼠乳腺腫瘤(MMT 060562)；TRI細胞，例如Mather et al., Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)中所述；MRC 5細胞；和FS4細胞。其他有用的哺乳類宿主細胞株包含中國倉鼠卵巢(Chinese hamster ovary，CHO)細胞，其包含DHFR -CHO細胞(Urlaub et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980))；和骨髓瘤細胞株例如Y0、NS0和Sp2/0。適合產生抗體的某些哺乳類宿主細胞株的回顧，參照如Yazaki and Wu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ), pp. 255-268 (2003)。
本文所述的抗原結合分子的重組製造可以前文所述相似的方法完成，透過使用(例如，已轉形有)包括核酸的一或複數個載體的宿主細胞，該核酸編碼包括抗原結合分子整體或部分的抗原結合分子的胺基酸序列。
抗原結合分子與多特異性抗原結合分子 如本文所使用的，「抗原結合分子(antigen-binding molecule)」一詞指的是包括抗原結合位的任何分子或對抗原具有結合活性的任何分子，且可更指的是如具有長度約為五個或更多個的胺基酸的胜肽或蛋白質的分子。胜肽或蛋白質並不限於衍生自生物體的胜肽或蛋白質，且例如，可以是由人工設計序列所產生的多肽。胜肽或蛋白質也可以是任何天然存在多肽、合成多肽及重組多肽等。包括已知如α/β桶(α/β barrel)作為支架的穩定構型結構且其中部分的分子作為抗原結合位的支架(scaffold)分子也是本文所述抗原結合分子的一實施例。
「多特異性抗原結合分子(multispecific antigen-binding molecules)」指的是特異性地結合至一個以上的抗原的抗原結合分子。「雙特異性(bispecific)」一詞指的是抗原結合分子能特異性結合至至少兩種不同的抗原決定子。「三特異性(trispecific)」一詞指的是抗原結合分子能特異性結合至至少三種不同的抗原決定子。
在某些實施例中，本應用的多特異性抗原結合分子為三特異性抗原結合分子，即可特異性地結合至三種不同的抗原，能結合至CD3或CD137其中一者但不同步結合至兩者抗原，且能特異性結合至CLDN6。
一態樣中，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的第二抗原結合部分，CLDN6較佳為人類CLDN6。
一態樣中，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其更包括 (iii) 與天然人類IgG1 Fc域相比，展現對人類Fcγ受體的結合親和性降低的Fc域。
本揭露的多特異性抗原結合分子的成分可以各種組態彼此融合。例示性組態如第3圖中所描繪。在特定實施例中，多特異性抗原結合分子包括由可穩定締合的第一Fc區次單元與第二Fc區次單元所形成。
根據任何上述實施例，多特異性抗原結合分子的成分(例如，抗原結合部分、Fc域)可直接融合或透過本文所述或本揭露所屬技術領域中習知的各種連接子(linker)融合，特別是包括一或多個胺基酸的肽連結子，一般約為2至20個胺基酸。合適的非免疫性肽連接子包括如(G4S)n、(SG4)n、(G4S)n或G4(SG4)n肽連接子，其中n通常為1至10之間的數字，一般為2至4之間。
在一態樣，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白-6(CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第一抗原結合部分的第一抗體可變區與第一重鏈恆定區融合，第一抗原結合部分的第二抗體可變區與第一輕鏈恆定區融合，第二抗原結合部分的第三抗體可變區與第二重鏈恆定區融合，第二抗原結合部分的第四抗體可變區與第二輕鏈恆定區融合。
在一態樣，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白-6 (CLDN6)的第二抗原結合部分； 其中第一抗原結合部分的第一抗體可變區與第一重鏈恆定區融合，第一抗原結合部分的第二抗體可變區與第一輕鏈恆定區融合，第二抗原結合部分的第三抗體可變區與第二重鏈恆定區融合，第二抗原結合部分的第四抗體可變區與第二輕鏈恆定區融合，其中恆定區為下列(g1)至(g7)的任一者： (g1) 包括SEQ ID NO: 74胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 87胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 73胺基酸序列之第二重鏈恆定區以及包括SEQ ID NO: 88胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g2) 包括SEQ ID NO: 74胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 85胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 81胺基酸序列之第二重鏈恆定區以及包括SEQ ID NO: 86胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g3) 包括SEQ ID NO: 79胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 72胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 80胺基酸序列之第二重鏈恆定區以及包括SEQ ID NO: 89胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g4) 包括SEQ ID NO: 83胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 87胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 82胺基酸序列之第二重鏈恆定區以及包括SEQ ID NO: 88胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g5) 包括SEQ ID NO: 83胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 85胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 84胺基酸序列之第二重鏈恆定區以及包括SEQ ID NO: 86胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g6) 包括SEQ ID NO: 77胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 72胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 78胺基酸序列之第二重鏈恆定區以及包括SEQ ID NO: 89胺基酸序列之第二輕鏈恆定區； (g7) 包括SEQ ID NO: 75胺基酸序列之第一重鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 72胺基酸序列之第一輕鏈恆定區、包括SEQ ID NO: 76胺基酸序列之第二重鏈恆定區以及包括SEQ ID NO: 89胺基酸序列之第二輕鏈恆定區。
在一態樣，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其包括四個多肽鏈，其中四個多肽鏈為下列(h01)至(h18)的任一者： (h01) 包括SEQ ID NO: 41胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 54胺基酸序 列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h02) 包括SEQ ID NO: 41胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 55胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h03) 包括SEQ ID NO: 42胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 56胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h04) 包括SEQ ID NO: 42胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 57胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h05) 包括SEQ ID NO: 44胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 60胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h06) 包括SEQ ID NO: 44胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 61胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h07) 包括SEQ ID NO: 45胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 62胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h08) 包括SEQ ID NO: 45胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 63胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h09) 包括SEQ ID NO: 46胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 64胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h10) 包括SEQ ID NO: 46胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 65胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h11) 包括SEQ ID NO: 47胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 66胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h12) 包括SEQ ID NO: 47胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 67胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h13) 包括SEQ ID NO: 48胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 56胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h14) 包括SEQ ID NO: 48胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 57胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h15) 包括SEQ ID NO: 49 胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 64胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h16) 包括SEQ ID NO: 49 胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 65胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h17) 包括SEQ ID NO: 43胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 58胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (h18) 包括SEQ ID NO: 43胺基酸序列之重鏈(鏈1)、包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)、包括SEQ ID NO: 59胺基酸序列之重鏈(鏈3)以及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)。
焦麩醯胺化(pyroglutamylation) 已知在細胞中表現抗體時，抗體會經過轉譯後修飾。轉譯後修飾的範例包括羧肽酶(carboxypeptidase)在重鏈C端切割離胺酸；在重鏈與輕鏈N端透過焦麩醯胺化將麩醯胺酸或麩胺酸修飾為焦麩胺酸(pyroglutamic acid)；醣基化；氧化；脫醯胺化；以及醣化作用(glycation)，且已知這些修飾發生於各種抗體中(Journal of Pharmaceutical Sciences, 2008, Vol. 97, p. 2426-2447)。
本揭露的多特異性抗原結合分子也包括進行轉譯後修飾的多特異性抗體。本揭露進行轉譯後修飾的多特異性抗原結合分子範例包括在重鏈可變區的N端進行焦麩醯胺化，及/或在重鏈的C端刪除離胺酸的多特異性抗體。在本領域中， N端的焦麩醯胺化及刪除C端離胺酸的這些轉譯後修飾已知不會對抗體活性造成任何影響(Analytical Biochemistry, 2006, Vol. 348, p. 24-39)。
抗原結合部分 如本文所使用的，「抗原結合部分(antigen binding moiety)」一詞指的是特定性結合至抗原的多肽分子。在一實施例中，抗原結合部分可將其所連結的實體(例如，第二抗原結合部分)引導至目標位置，例如將其引導至表現癌抗原(CLDN6)的特定類型腫瘤細胞。在另一實施例中，抗原結合部分可透過其目標抗原活化訊號，目標抗原例如T細胞受體複合抗原(CD3)或共刺激分子CD137。抗原結合部分包括抗體及其於本文進一步定義的片段。特定抗原結合部分包括抗原結合域或抗體的抗體可變區，包括抗體重鏈可變區與抗體輕鏈可變區。在某些實施例中，抗原結合部分可包括如本文進一步定義與本揭露所屬技術領域已知的抗體恆定區。有用的重鏈恆定區包括五種同型的任一者：α、δ、ε、γ或μ。有用的輕鏈恆定區包括兩種同型的任一者：κ或λ。
如本文所使用的，當具有一種以上的各類型部分等時，對於抗原結合部分的「第一」、「第二」、「第三」與「第四」等用詞用以便於分辨。除非另有明確陳述，使用這些用詞並非意圖賦予多特異性抗原結合分子特定的順序或方向。
可結合至CD3與CD137但不會同時結合至CD3與CD137的抗原結合部分 本文所述的多特異性抗原結合分子包括可結合至CD3與CD137，但不會同時結合至CD3與CD137的至少一抗原結合部分(於本文也稱為「雙重抗原結合部分」或「第一抗原結合部分」或「Dual-Ig」或「Dual-Fab」)。在一特定實施例中，多特異性抗原結合分子包括不多於兩個之可特異性結合至CD3與CD137但不會同時結合至CD3與CD137的抗原結合部分。在一實施例中，多特異性抗原結合分子提供CD3或CD137的單價結合(monovalent binding)，但不會同時結合至CD3與CD137。
在某些實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」)一般為Fab分子，特別是傳統Fab分子。在某些實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」)為包括抗體輕鏈與重鏈可變區(VL與VH)的結構域。包括抗體輕鏈與重鏈可變區的這些結構域的合適範例包括「單鏈Fv(single chain Fv, scFv)」、「單鏈抗體」、「Fv」、「單鏈Fv2(scFv2)」、「Fab」與「F(ab’) 2」等。
在某些實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」)特異性結合至CD3部分胜肽的整體或一部分。在一特定實施例中，CD3是人類CD3或食蟹猴(cynomolgus)CD3，特別是人類CD3。在一特定實施例中，第一抗原結合部分對於人類CD3與食蟹猴CD3為交叉反應的(cross-reactive)(即，特異性結合)。在部分實施例中，第一抗原結合部分可特異性結合至CD3的ε次單元，特別是SEQ ID NO: 170(NP_000724.1)(括弧中顯示RefSeq登錄號)所示的CD3的人類CD3ε次單元。在部分實施例中，第一抗原結合部分可特異性結合至表現於真核細胞表面上的CD3ε鏈。在部分實施例中，第一抗原結合部分結合至表現於T細胞表面上的CD3ε鏈。
在某些實施例中，CD137為人類CD137。在部分實施例中，本揭露的抗原結合分子較佳的範例包括結合至與由下述抗體結合的人類CD137抗原決定位(epitope)相同的抗原決定位的抗原結合分子，該抗體擇自於由下列所組成之組群： 辨識包括人類CD137蛋白中序列SPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAECDCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGC(SEQ ID NO: 182)的區域的抗體； 辨識包括人類CD137蛋白中序列DCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGC(SEQ ID NO: 181)的區域的抗體； 辨識包括人類CD137蛋白中序列LQDPCSNCPAGTFCDNNRNQICSPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAEC(SEQ ID NO: 183)的區域的抗體；以及 辨識包括人類CD137蛋白中序列LQDPCSNCPAGTFCDNNRNQIC(SEQ ID NO: 180)的區域的抗體。
在特定實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」)包括下列(a1)至(a4)的任一者： (a1) 包括SEQ ID NO: 9的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 15的CDR 2以及SEQ ID NO: 21的CDR 3之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之輕鏈可變區； (a2) 包括SEQ ID NO: 10的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 16的CDR 2以及SEQ ID NO: 22的CDR 3之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之輕鏈可變區； (a3) SEQ ID NO: 11的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 17的CDR 2以及SEQ ID NO: 23的CDR 3之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之輕鏈可變區； (a4) 包括SEQ ID NO: 12的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 18的CDR 2以及SEQ ID NO: 24的CDR 3之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之輕鏈可變區。
在特定實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」)包括抗體可變區，該抗體可變區包括人類抗體框架或人源化抗體框架。
在特定實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」) 包括下列(c1)至(c4)的任一者： (c1) 包括SEQ ID NO: 3胺基酸序列之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之輕鏈可變區； (c2) 包括SEQ ID NO: 4胺基酸序列之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之輕鏈可變區； (c3) 包括SEQ ID NO: 5胺基酸序列之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之輕鏈可變區； (c4) 包括SEQ ID NO: 6胺基酸序列之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之輕鏈可變區。
在一實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」)包括與SEQ ID NO: 3至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的重鏈可變區序列，以及與SEQ ID NO: 27至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的輕鏈可變區序列。
在一實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」) 包括與SEQ ID NO: 4至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的重鏈可變區序列，以及與SEQ ID NO: 27至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的輕鏈可變區序列。
在一實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」) 包括與SEQ ID NO: 5至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的重鏈可變區序列，以及與SEQ ID NO: 28至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的輕鏈可變區序列。
在一實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」) 包括與SEQ ID NO: 6至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的重鏈可變區序列，以及與SEQ ID NO: 28至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的輕鏈可變區序列。
在特定實施例中，雙重抗原結合部分(「第一抗原結合部分」)包括下列(j01)至(j18)的任一者： (j01) 包括SEQ ID NO: 54胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j02) 包括SEQ ID NO: 55胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j03) 包括SEQ ID NO: 56胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j04) 包括SEQ ID NO: 57胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j05) 包括SEQ ID NO: 60胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j06) 包括SEQ ID NO: 61胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j07) 包括SEQ ID NO: 62胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j08) 包括SEQ ID NO: 63胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 68胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j09) 包括SEQ ID NO: 64胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j10) 包括SEQ ID NO: 65胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 69胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j11) 包括SEQ ID NO: 66胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j12) 包括SEQ ID NO: 67胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j13) 包括SEQ ID NO: 56胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j14) 包括SEQ ID NO: 57胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j15) 包括SEQ ID NO: 64胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j16) 包括SEQ ID NO: 65胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 71胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j17) 包括SEQ ID NO: 58胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)； (j18) 包括SEQ ID NO: 59胺基酸序列之重鏈(鏈3)及包括SEQ ID NO: 70胺基酸序列之輕鏈(鏈4)。
本揭露的多特異性抗原結合分子也包含進行轉譯後修飾的多特異性抗體。本揭露進行轉譯後修飾的多特異性抗原結合分子範例包括在重鏈可變區的N端進行焦麩醯胺化，及/或在重鏈的C端刪除離胺酸的多特異性抗原結合分子。在本領域中，N端的焦麩醯胺化及刪除C端離胺酸的這些轉譯後修飾已知不會對抗體活性造成任何影響(Analytical Biochemistry, 2006, Vol. 348, p. 24-39)。
可結合至CLDN6的抗原結合部分 本文所述的多特異性抗原結合分子包括至少一個可結合至CLDN6的抗原結合部分(於本文也稱為「CLDN6抗原結合部分」或「第二抗原結合部分」)。在某些實施例中，多特異性抗原結合分子包括一個可結合至CLDN6的抗原結合部分。
在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)通常為Fab分子，特別是傳統Fab分子。在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)為包括抗體輕鏈與重鏈可變區(VL與VH)的域。包括抗體輕鏈與重鏈可變區的這些域的適當範例包涵「單鏈Fv(scFv)」、「單鏈抗體」、「Fv」、「單鏈Fv2(scFv2)」、「Fab」與「F(ab’) 2」等。
在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)具體為結合至CLDN6的部分胜肽的整體或部分。在特定實施例中，CLDN6為人類CLDN6或食蟹猴CLDN6 (cynomolgus CLDN6)或小鼠CLDN6，最具體為人類CLDN6。在特定實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)對(即特異性結合）人類和食蟹猴CLDN6具有交叉反應性。
在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)特異性結合至CLDN6的第一細胞外域(SEQ ID NO: 196或197的29-81胺基酸)或CLDN6的第二細胞外域(SEQ ID NO: 196或197的138-159胺基酸)。在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)特異性結合至於真核細胞表面上表現的人類CLDN6。在某些實施例中，對於CLDN6的結合活性為對於於癌細胞表面上表現的CLDN6蛋白質的結合活性。
在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)實質上不結合至人類CLDN9。
在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)實質上不結合至人類CLDN4。
在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)實質上不結合至人類CLDN3。
在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)實質上不結合至如SEQ ID NO:205所定義之CLDN6突變體。
在某些實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)為互換型(crossover)Fab分子，亦即，Fab重鏈與輕鏈之可變區或恆定區其中一者交換的Fab分子。
在特定實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)包含下列(b1)或(b2)的抗體可變區： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之輕鏈可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之輕鏈可變區。
在特定實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)包括抗體可變區，其包括人類抗體框架或人源化抗體框架。
在特定實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)包括下列(d1)或(d2)： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之輕鏈可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之重鏈可變區，以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之輕鏈可變區。
在一實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)包括與SEQ ID NO: 2至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的重鏈可變區序列，以及與SEQ ID NO: 26至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的輕鏈可變區序列。
在一實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)包括與SEQ ID NO: 1至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的重鏈可變區序列，以及與SEQ ID NO: 25至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%相似度的輕鏈可變區序列。
在特定實施例中，CLDN6抗原結合部分(「第二抗原結合部分」)包括下列(k01)至(k09)的任一者： (k01) 包括SEQ ID NO: 41胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)； (k02) 包括SEQ ID NO: 42胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)； (k03) 包括SEQ ID NO: 44胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)； (k04) 包括SEQ ID NO: 45胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 50胺基酸序列之輕鏈(鏈2)； (k05) 包括SEQ ID NO: 46胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 51胺基酸序列之輕鏈(鏈2)； (k06) 包括SEQ ID NO: 47胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)； (k07) 包括SEQ ID NO: 48胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)； (k08) 包括SEQ ID NO: 49 胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 53胺基酸序列之輕鏈(鏈2)； (k09) 包括SEQ ID NO: 43胺基酸序列之重鏈(鏈1)，以及包括SEQ ID NO: 52胺基酸序列之輕鏈(鏈2)。
本揭露的多特異性抗原結合分子也包含進行轉譯後修飾的多特異性抗體。本揭露進行轉譯後修飾的多特異性抗原結合分子其範例包括在重鏈可變區的N端進行焦麩醯胺化，及/或在重鏈的C端刪除離胺酸的多特異性抗體。在本領域中，N端的焦麩醯胺化及刪除C端離胺酸的這些轉譯後修飾已知不會對抗體活性造成任何影響(Analytical Biochemistry, 2006, Vol. 348, p. 24-39)。
抗原 如本文所使用，「抗原(antigen)」一詞指的是抗原結合部分所結合並形成抗原結合部分-抗原複合體的多肽聚分子上的位置(例如，胺基酸的連續延伸，或由非連續胺基酸的不同區域所形成的構型組態(conformational configuration))。可在如腫瘤細胞的表面上、感染病毒的細胞表面上、其他患病細胞的表面上、免疫細胞的表面上、無血液血清中及/或胞外基質(extracellular matrix, ECM)中發現有用的抗原決定子。除非另有說明，否則於本文稱為抗原的蛋白質(例如，CD3、CD137、CLDN6)可以是來自任何脊椎動物來源的天然(native)蛋白質形式，脊椎動物包括哺乳類如靈長類(primates)(例如人類)與齧齒類(例如小鼠與大鼠)。在一特定實施例中，抗原為人類CD3、人類CD137或人類CLDN6。在本文中提及特定蛋白質的情況下，此用詞涵蓋「全長(full-length)」、未加工的蛋白質以及在細胞中加工產生的任何形式蛋白質。此用詞也涵蓋蛋白質的自然存在變體，例如剪接變體(splice variants)或對偶變體(allelic variants)。
在某些實施例中，本文所述的多特異性抗原結合分子結合至CD3、CD137或CLDN6的抗原決定位，其在不同物種的CD3、CD137或CLDN6之中是保守的(conserved)。在某些實施例中，本應用的多特異性抗原結合分子為三特異性抗原結合分子，即可特異性結合至三種不同抗原、可結合至CD3或CD137其中一者但不會同步結合CD3與CD137，且可特異性結合至CLDN6。
密連蛋白6(CLDN6)及其他密連蛋白家族蛋白質 如本文所使用，「密連蛋白6(CLDN6)」一詞指的是來自任何脊椎動物來源(包含靈長類動物(例如，人類)和囓齒動物(例如，小鼠和大鼠)的哺乳動物)的任何天然密連蛋白6，除非另有說明。人類CLDN6(hCLDN6)的胺基酸序列已知為SEQ ID NO: 196或197，小鼠CLDN6(mCLDN6)的胺基酸序列已知為SEQ ID NO: 201。
除了CLDN6之外，舉有密連蛋白家族中的其他各種蛋白質，例如為CLDN3、CLDN4及CLDN9。人類CLDN3(hCLDN3)、人類CLDN4(hCLDN4)及人類CLDN9(hCLDN9)的胺基酸序列分別已知為SEQ ID NO: 199、200及198，小鼠CLDN3(mCLDN3)、小鼠CLDN4(mCLDN4)及小鼠CLDN9(mCLDN9)的胺基酸序列分別已知為SEQ ID NO: 203、204及202。
在某些實施例中，多特異性抗原結合分子特異性結合至CD3部分胜肽的整體或一部分。在一特定實施例中，CD3是人類CD3或食蟹猴(cynomolgus)CD3，特別是人類CD3。在一特定實施例中，多特異性抗原結合分子對於(即，特異性結合至)人類CD3與食蟹猴CD3為交叉反應的(cross-reactive)。在部分實施例中，多特異性抗原結合分子可特異性結合至CD3的ε次單元，特別是SEQ ID NO: 170(NP_000724.1)(括弧中顯示RefSeq登錄號)所示的CD3的人類CD3ε次單元。在部分實施例中，多特異性抗原結合分子可特異性結合至表現於真核細胞表面上的CD3ε鏈。在部分實施例中，多特異性抗原結合分子結合至表現於T細胞表面上的CD3ε鏈。
CD137 在某些實施例中，CD137為人類CD137。在部分實施例中，本揭露的抗原結合分子較佳的範例包括結合至與由下述抗體結合的人類CD137抗原決定位(epitope)相同的抗原決定位的抗原結合分子該抗體擇自於由下列所組成之組群： 辨識包括人類CD137蛋白中序列SPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAECDCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGC (SEQ ID NO: 182)的區域的抗體； 辨識包括人類CD137蛋白中序列DCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGC (SEQ ID NO: 181)的區域的抗體； 辨識包括人類CD137蛋白中序列LQDPCSNCPAGTFCDNNRNQICSPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAEC (SEQ ID NO: 183)的區域的抗體；以及 辨識包括人類CD137蛋白中序列LQDPCSNCPAGTFCDNNRNQIC (SEQ ID NO: 180)的區域的抗體。
抗原結合域 「抗原結合域(antigen-binding domain)」一詞指的是抗體的一部分，其包括與抗原的部分或全部互補並特異性結合的區域。抗原結合域可由如一或多個抗體可變域(也稱為抗體可變區)提供。較佳為，抗原結合域包括抗體輕鏈可變區(VL)與抗體重鏈可變區(VH)兩者。這些較佳的抗原結合域包括如「單鏈Fv(scFv)」、「單鏈抗體」、「Fv」、「單鏈Fv2(scFv2)」、「Fab」與「F(ab’) 2」。抗原結合域亦可藉由單域抗體所提供。
單域抗體 在本說明書中，「單域抗體(single-domain antibody)」一詞不被其結構所限制，只要其結構域本身可發揮抗原結合活性。如IgG抗體的通常抗體已知在配對VH與VL形成可變區的狀態下展現出抗原結合活性，而單域抗體自己的域結構本身在不與另一域配對的情況下可發揮抗原結合活性。單域抗體一般具有相對低的分子量並以單體形式存在。
單域抗體的範例包括但不限於，先天缺少輕鏈的抗原結合分子，例如例如駱駝科動物的VHH和鯊魚VNAR，以及包含抗體VH域全體或一部分或抗體VL域全體或一部分的抗體片段。如美國專利號US 6,248,516 B1等中所述，包含抗體VH域或VL域全體或一部分的抗體片段之單域抗體範例包括但不限於，源自人類抗體VH或人類抗體VL的人造製備單域抗體。在本發明的部分實施例中，一個單域抗體具有三個CDR(CDR1、CDR2與CDR3)。
可從能製造單域抗體的動物或將能製造單域抗體的動物進行免疫化而獲得單域抗體。能製造單域抗體的動物範例包括但不限於駱駝科動物，以及帶有能產生單域抗體的基因的轉基因動物。駱駝科動物包括駱駝(camels)、駱馬(lamas)、羊駝(alpacas)、單峰駱駝(one-hump camels)與原駝(guanacos)等。帶有能產生單域抗體的基因的轉基因動物範例包括但不限於國際公開號WO 2015/143414與美國專利公開號US 2011/0123527 A1中所述的轉基因動物。從動物獲得的單域抗體的框架序列可轉換成人類生殖系列序列或其相似序列以獲得人源化單域抗體。人源化單域抗體(例如，人源化VHH)也是本發明單域抗體的一實施例。
或者，可從包含單域抗體的多肽庫利用ELISA或篩選法(panning)等獲得單域抗體。包含單域抗體的多肽庫範例包括但不限於從各種動物或人類獲得的天然抗體庫(例如，Methods in Molecular Biology 2012 911 (65-78)；及 Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics 2006 1764: 8 (1307-1319))、藉由免疫各種動物而獲得的抗體庫(例如， Journal of Applied Microbiology 2014 117: 2 (528-536))、以及從各種動物或人類抗體基因製備的合成抗體庫(例如，Journal of Biomolecular Screening 2016 21: 1 (35-43)；Journal of Biological Chemistry 2016 291:24 (12641-12657)；以及AIDS 2016 30: 11 (1691-1701))。
可變區 「可變區(variable region)」或「可變域(variable domain)」一詞指的是抗體重鏈或輕鏈涉及抗體與抗原結合的結構域。天然抗體的重鏈可變域與輕鏈可變域(分別為VH與VL)一般具有相似的結構，各結構域包括四個保守的框架區(framework regions, FRs)與三個高度可變區(hypervariable regions, HVRs)(參照如，Kindt et al. Kuby Immunology, 6 thed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007))。單一VH或VL域可足以賦予抗原結合特異性。再者，可利用來自結合一特定抗原的抗體的VH域或VL域單離出結合至此抗原的抗體，以分別篩選出互補VL或VH域的基因庫(library)。參照如Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)。
高度可變區(HVR)或互補決定區(CDR) 本文使用的「高度可變區(hypervariable region)」或「HVR」一詞指的是抗體可變域是序列中高度可變的各區域(「互補決定區」或「CDR」)，及/或抗體可變域形成結構性定義環(loop)(「高度可變環」) 的各區域，及/或抗體可變域含有抗原接觸殘基(「抗原接點(antigen contact)」)的各區域。高度可變區(HVR)也稱為「互補決定區(CDR)」，且本文使用的這些用詞參照可變區形成抗原結合區的部分可互換。一般而言，抗體包含6個HVR：3個於VH (H1、H2、H3)中以及3個於VL (L1、L2、L3)中。 本文的例示性高度可變區包括： (a) 發生於胺基酸殘基26至32 (L1)、50至52 (L2)、91至96 (L3)、26至32 (H1)、53至55 (H2)及96至101 (H3)的高度可變環(Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196: 901-917 (1987))； (b) 發生於胺基酸殘基24至34 (L1)、50至56 (L2)、89至97 (L3)、31至35b (H1)、50至65(H2)及95至102(H3)的CDR(Kabat et al., Sequence of Proteins of Immunological Interest, 5 thEd. Public Health Service, National of Health, Bethesda, MD (1991))； (c) 發生於胺基酸殘基27c至36(L1)、46至55(L2)、89至96(L3)、30至35b(H1)、47至58(H2)及93至101(H3)的抗原接點(MacCallum et al., J. Mol. Biol. 262: 732-745 (1996))；以及 (d) (a)、(b)及/或(c)的組合，包括HVR胺基酸殘基46至56 (L2)、47至56 (L2)、48至56(L2)、49至56(L2)、26至35(H1)、26至35b(H1)、49至65(H2)、93至102(H3)及94至102(H3)。
除非另有指明，本文中，可變域中的HVR殘基及其他殘基(例如，FR殘基)，係根據Kabat et al.(同上)進行編號。
HVR-H1、HVR-H2、HVR-H3、HVR-L1、HVR-L2與HVR-L3也分別稱為「H-CDR1」、「H-CDR2」、「H-CDR3」、「L-CDR1」、「L-CDR2」與「L-CDR3」。
可結合至CD3與CD137 可利用本揭露所屬領域中的已知方法判斷本揭露的抗體可變區是否「可結合至CD3與CD137」。
例如，可藉由電致化學發光方法(electrochemiluminescence method，ECL方法)來判斷(BMC Research Notes 2011, 4: 281)。
具體而言，例如，由可結合至CD3及CD137的區域，例如欲測試的生物素標記抗原結合分子或其單價抗體(缺乏由一般抗體所帶有的二個Fab區之一者的抗體)的Fab區所形成的低分子量抗體與以硫標籤(釕(Ru)複合體)標記的CD3或CD137混合，且將混合物添加至固定鏈黴親和素(streptavidin)的盤。在此操作步驟中，欲測試的生物素標記抗原結合分子結合至盤中的鏈黴親和素。由硫標籤發展出光，且可使用Sector Imager 600或2400(MSD K.K.)等偵測發光(luminescence)訊號，藉此確認前述欲測試的抗原結合分子的區域與CD3或CD137的結合。
或者，可藉由ELISA、FACS (fluorescence activated cell sorting，螢光活化細胞分類)、ALPHAScreen (amplified luminescent proximity homogeneous assay screen，放大發光近似均質測定篩選)、基於表面電漿共振(surface plasmon resonance, SPR)現象的BIACORE方法等(Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2006)103 (11), 4005-4010)來進行此測定。
具體而言，可使用如基於表面電漿共振(SPR)現象的交互作用分析儀Biacore(GE Health Japan Corp.)來進行此測定。Biacore分析儀包括任何型號如Biacore T100、T200、X100、A100、4000、3000、2000、1000或C。用於Biacore的任何感測晶片，如CM7、CM5、CM4、CM3、C1、SA、NTA、L1、HPA或Au晶片皆可用作為感測晶片。用於捕獲本揭露的抗原結合分子的蛋白質，如蛋白質A、蛋白質G、蛋白質L、抗人類IgG抗體、抗人類IgG-Fab、抗人類L鏈抗體、抗人類Fc抗體、抗原性蛋白質或抗原性胜肽，係藉由如胺偶合、雙硫偶合或醛偶合之偶合方法固定於感測晶片。CD3或CD137係注射於感測晶片上作為分析物，並測量交互作用以獲得感測圖。在此操作步驟中，CD3或CD137的濃度可根據測定樣品交互作用的強度(例如，KD)於數μM至數pM的範圍內選擇。
或者，CD3或CD137可取代抗原結合分子而固定於感測晶片，進一步使欲評估的抗體樣品與其進行交互作用。可基於由交互作用的感測圖所計算的解離常數(KD)或基於抗原結合分子樣品作用後相較於作用前水平之感測圖中增加的程度而證實本揭露的抗原結合分子的抗體可變區對CD3或CD137是否具有結合活性。 在部分實施例中，於37℃(對於CD137)或25℃(對於CD3)使用例如Biacore T200儀器(GE Healthcare)或Biacore 8K儀器(GE Healthcare)來評估本揭露的抗體可變區對感興趣抗原(亦即CD3或CD137)的結合活性或親和性。抗人類Fc(例如，GE Healthcare)係使用胺偶合套組(例如，GE Healthcare)固定至CM4感測晶片的所有流通槽。抗原結合分子或抗體可變區被捕獲至抗Fc感測表面，然後注射抗原(CD3或CD137)至流通槽。抗原結合分子或抗體可變區的捕獲水平可以200共振單元(RU)為目標。重組人類CD3或CD137可以藉由兩倍序列稀釋所製備，並以400至25nM注射，接著解離。所有抗原結合分子或抗體可變區及分析物係於含有20 mM ACES、150 mM NaCl、0.05% Tween 20、0.005% NaN 3的ACES pH 7.4中製備。感測器表面於各循環係以3M MgCl 2再生。使用例如Biacore T200評估軟體，版本 2.0 (GE Healthcare)或Biacore 8K評估軟體(GE Healthcare)透過處理及擬合(fitting)數據至1:1結合模型而判斷結合親和性。計算KD值，以評估本揭露的抗原結合域的特異性結合活性或親和性。
藉由使用二種珠粒(供者及受者)的ALPHA技術並基於下述準則來進行ALPHAScreen方法：僅當經由與供者珠粒結合的分子以及與受者珠粒結合的分子之間產生生物交互作用而使此二珠粒接近時，偵測到發光訊號。供者珠粒中的雷射激發感光劑將環境氧轉換為具激發態的單態氧(singlet oxygen)。單態氧於供者珠粒周圍擴散且接近至受者珠粒附近，因此於珠粒中引起化學發光反應，其最終發射光線。在與供者珠粒結合的分子以及與受者珠粒結合的分子之間沒有產生交互作用時，由供者珠粒所產生的單態氧沒有接近受者珠粒。因此，沒有發生化學發光反應。
將欲觀察之間具有交互作用的物質之其中一者(配體)固定至感測晶片的金薄膜上。由背部以光照射感測晶片，使得金薄膜及玻璃之間的界面發生全反射。因此，反射強度(SPR訊號)下降的位點形成於反射光的一部分。在欲觀察之間具有交互作用的物質之另一者(分析物)注射至感測晶片的表面。一旦分析物結合至配體，固定的配體分子的質量增加，改變感測晶片表面上溶劑的折射率。此折射率的變化偏移SPR訊號的位置(相對於此，已結合的分子的解離使訊號回至原始位置)。Biacore系統於偏移量的軸作圖，亦即感測晶片表面的質量變化，且展示時間依賴性的質量變化作為測定數據(感測圖)。可由感測圖判斷分析物與捕獲於感測晶片表面的配體的結合量(於分析物的交互作用之前與之後之間感測圖的反應變化量)。然而，由於結合量亦取決於配體量，必須於所使用的配體量為實質相同的條件下進行比較。可由感測圖曲線判斷動力學，亦即締合速率常數(ka)與解離速率常數(kd)，而可由這些常數之間的比例判斷親和性(KD)。抑制測定也較佳使用於BIACORE方法中。抑制測定的範例描述於Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2006) 103(11), 4005-4010。
不同時結合至CD3與CD137(4-1BB) 用詞「不同時(at the same time)結合至CD3與CD137(4-1BB)」或「不同步(simultaneously)結合至CD3與CD137(4-1BB)」指的是本揭露的抗原結合部分或抗體可變區不會在結合至CD3的狀態下結合至CD137，而抗原結合部分或抗體可變區不會在結合至CD137的狀態下結合至CD3。在此情況下，用句「不同時結合至CD3與CD137」也可包括表現CD3的細胞沒有與表現CD137的細胞交聯，或沒有同時結合至各表現於不同細胞的CD3與CD137。此用句更包括以下情況：當CD3及CD137不表現於細胞膜上，而是作為可溶性蛋白質，或二者同時在相同細胞上時，可變區可同時結合至CD3及CD137，但不可同時結合至各自表現於不同細胞上的CD3及CD137。只要抗體可變區具有這些功能，這樣的抗體可變區就沒有特別限制。其範例可包括衍生自IgG型抗體可變區的可變區，其經過一部份胺基酸的改變以結合至所欲抗原。欲改變的胺基酸擇自如在結合至CD3或CD137的抗體可變區中，其改變沒有消除與抗原結合的胺基酸。
在此情況下，用句「表現於不同細胞(expressed on different cells)」僅指的是表現於個別細胞的抗原。這些細胞的組合可以是如相同型態的細胞，例如T細胞與另一T細胞，或可以是不同型態的細胞，例如T細胞與NK細胞。
可藉由以下方式來證實本揭露之抗原結合分子是否「不同時結合至CD3及CD137」：證實抗原結合分子對CD3及CD137二者具有結合活性；然後使CD3或CD137中的任一者先結合至包含具有此結合活性的可變區的抗原結合分子；以及接著藉由上述方法判斷對另一者的結合活性存在與否。或者，此亦可透過判斷抗原結合分子對固定於ELISA盤或感測晶片的CD3或CD137中的任一者的結合，是否藉由將另一者添加至溶液受到抑制而證實。在部分實施例中，本揭露的抗原結合分子與CD3或CD137中的任一者的結合係藉由抗原結合分子與另一者的結合而受到至少50%的抑制、較佳為60%或60%以上的抑制、更佳為70%或70%以上的抑制、更佳為80%或80%以上的抑制、再佳為90%或90%以上的抑制、或甚至更佳為95%或95%以上的抑制。
在一態樣中，當一抗原(例如，CD3)被固定時，抗原結合分子與CD3結合的抑制可於另一抗原(例如，CD137)的存在下，利用本揭露所屬技術領域習知的方法(亦即，ELISA、BIACORE等)而進行判斷。在另一態樣中，當CD137被固定時，抗原結合分子與CD137結合的抑制亦可於CD3的存在下而判斷。當進行上述二態樣之任一者時，若結合受到至少50%的抑制、較佳為60%或60%以上的抑制、更佳為70%或70%以上的抑制、更佳為80%或80%以上的抑制、更佳為90%或90%以上的抑制、或甚至更佳為95%或95%以上的抑制，則判斷本揭露的抗原結合分子不同時結合至CD3及CD137。
在部分實施例中，注射作為分析物的抗原濃度比欲固定的另一抗原濃度高至少1倍、2倍、5倍、10倍、30倍、50倍或100倍。
在較佳方式中，注射作為分析物的抗原濃度比欲固定的另一抗原濃度高100倍且結合受到至少80%的抑制。
在一實施例中，計算抗原結合分子的CD3(分析物)結合活性與抗原結合分子的CD137(固定的)結合活性的KD值比例(KD(CD3)/KD(CD137)，且比CD137(固定的)濃度高10倍、50倍、100倍或200倍KD值比例(KD(CD3)/KD(CD137)的CD3(分析物)濃度可用於上述競爭測量。(例如，當KD值比例為0.1時，可選擇高1倍、5倍、10倍或20倍的濃度。再者，當KD值比例為10時，可選擇高100倍、500倍、1000倍或2000倍的濃度。)
在一態樣中，當一抗原(例如，CD3)被固定時，抗原結合分子對CD3的結合訊號衰減可於另一抗原(例如，CD137)的存在下，利用所屬技術領域習知的方法(亦即，ELISA、ECL等)來判斷。在另一態樣中，當CD137被固定時，抗原結合分子對CD137的結合訊號衰減亦可於CD3的存在下來判斷。當進行上述二態樣之任一者時，若結合訊號衰減至少50%、較佳為60%或60%以上、更佳為70%或70%以上、更佳為80%或80%以上、更佳為90%或90%以上、或甚至更佳為95%或95%以上，則判斷本揭露的抗原結合分子不同時結合至CD3及CD137。
在部分實施例中，注射作為分析物的抗原濃度比欲固定的另一抗原濃度高至少1倍、2倍、5倍、10倍、30倍、50倍或100倍。
在較佳方式中，注射作為分析物的抗原濃度比欲固定的另一抗原濃度高100倍且結合受到至少80%的抑制。
在一實施例中，計算抗原結合分子的CD3(分析物)結合活性與抗原結合分子的CD137(固定的)結合活性的KD值比例(KD(CD3)/KD(CD137)，且比CD137(固定的)濃度高10倍、50倍、100倍或200倍KD值比例(KD(CD3)/KD(CD137)的CD3(分析物)濃度可用於上述測量。(例如，當KD值比例為0.1時，可選擇高1倍、10倍或20倍的濃度。再者，當KD值比例為10時，可選擇高100倍、500倍、1000倍或2000倍的濃度。)
具體而言，例如在使用ECL方法的情況中，製備欲測試的生物素標記抗原結合分子、以硫標籤(釕複合體)標記的CD3以及未標記的CD137。當欲測試的抗原結合分子可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137時，藉由將欲測試的抗原結合分子與標記的CD3的混合物添加至固定鏈黴親和素的盤，接著顯光而於未標記CD137不存在的情況下偵測硫標籤的發光訊號。相對地，在未標記CD137的存在下，發光訊號降低。可將發光訊號的降低定量以判斷相對結合活性。可使用標記的CD137及未標記的CD3類似地進行此分析。
在ALPHAScreen的情況下，在不存在競爭CD137的情況下，欲測試的抗原結合分子與CD3進行交互作用以產生520至620nm的訊號。未標籤的CD137及CD3競爭與欲測試的抗原結合分子的交互作用。可將競爭所引起的螢光減低定量以判斷相對結合活性。使用硫-NHS-生物素等的多肽生物素化於本揭露所屬技術領域是習知的。可藉由合適地採用的方法以GST來標籤CD3，例如涉及：使框架中編碼CD3的多核苷酸與編碼GST的多核苷酸融合；以及使所得融合基因透過帶有能表現其載體的細胞等而進行表現，接著使用穀胱甘肽(glutathione)管柱純化。較佳使用如適用於基於非線性迴歸分析之一位點競爭模型的軟體GRAPHPAD PRISM (GraphPad Software, Inc., San Diego)來分析所得訊號。可使用標籤的CD137及未標籤的CD3類似地進行此分析。
或者，可使用螢光共振能量轉移(fluorescence resonance energy transfer，FRET)的方法。FRET為激發能量藉由電子共振而在彼此位處鄰近的兩個螢光分子之間直接轉移的現象。當發生FRET時，供者(具有激發態的螢光分子)的激發能量轉移至受者(靠近供者的另一螢光分子)，使得由供者發射的螢光消失(精確而言，螢光的壽命縮短)，且取而代之的是由受者發射螢光。藉由使用此現象，可分析是否同時結合至CD3及CD137。例如，當帶有螢光供者的CD3及帶有螢光受者的CD137同時結合至欲測試的抗原結合分子時，供者的螢光消失而由受者發射螢光。因此，觀察到螢光波長的變化。這種抗體被證實同時結合至CD3及CD137。另一方面，若混合CD3、CD137及欲測試的抗原結合分子不改變與CD3結合的螢光供者的螢光波長，則欲測試的此抗原結合分子可視為可結合至CD3及CD137，但不同時結合至CD3及CD137的抗原結合域。
例如，使欲測試的生物素標記抗原結合分子允許結合至供者珠粒上的鏈黴親和素，而使具有穀胱甘肽S轉移酶(glutathione S transferas, GST)標籤的CD3允許結合至受者珠粒。於競爭的第二抗原不存在的情況下，欲測試的抗原結合分子與CD3進行交互作用以產生520至620nm的訊號。未標籤的第二抗原和CD3競爭與欲測試的抗原結合分子的交互作用。可定量競爭結果所引起的螢光減低以判斷相對結合活性。使用硫-NHS-生物素等的多肽生物素化在本揭露所屬技術領域是習知的。可利用適當採用的方法來以GST標籤CD3，例如，涉及：使編碼框架中CD3的多核苷酸與編碼GST的多核苷酸融合；以及藉由帶有能將其表現的載體的細胞等表現所得融合基因，接著使用穀胱甘肽管柱純化。較佳使用如適用於基於非線性迴歸分析之一位點競爭模型的軟體GRAPHPAD PRISM (GraphPad Software, Inc., San Diego)來分析所得訊號。
標籤不限於GST標籤且可以任何標籤進行，例如但不限於組胺酸標籤、MBP、CBP、Flag標籤、HA標籤、V5標籤或c-myc標籤。欲測試的抗原結合分子對供者珠粒的結合不限於使用生物素-鏈黴親和素反應的結合。詳細而言，當欲測試的抗原結合分子包含Fc時，可能的方法涉及使欲測試的抗原結合分子經由辨識Fc的蛋白質而結合，如供者珠粒上的蛋白質A或蛋白質G。
再者，當CD3及CD137不表現於細胞膜上，而是作為可溶性蛋白質，或二者同時在相同細胞上時，可變區可同時結合至CD3及CD137，但不可同時結合至各自表現於不同細胞上的CD3及CD137的情況下，亦可利用所屬技術領域習知的方法進行測定。
具體而言，欲測試的抗原結合分子在偵測同時結合至CD3及CD137的ECL-ELISA中已被證實為陽性，且欲測試的抗原結合分子亦與表現CD3的細胞及表現CD137的細胞混合。除非抗原結合分子及這些細胞同時彼此結合，否則欲測試的抗原結合分子可顯示為不可同時結合至表現於不同細胞上的CD3及CD137。可利用如基於細胞的ECL-ELISA進行此測試。表現CD3的細胞事先固定於盤中。在欲測試的抗原結合分子與其結合之後，將表現CD137的細胞添加至盤中。利用針對此抗原的硫標籤標記抗體來偵測僅表現於表現CD137的細胞上的不同抗原。當抗原結合分子同時結合至分別表現於兩種細胞的兩種抗原時，則觀察到訊號。當抗原結合分子不同時結合至這些抗原時，則未觀察到訊號。
或者，可利用ALPHAScreen方法來進行此測試。欲測試的抗原結合分子與已結合至供者珠粒的表現CD3的細胞以及已結合至受者珠粒的表現CD137的細胞混合。當抗原結合分子同時結合至分別表現於兩種細胞的兩種抗原時，則觀察到訊號。當抗原結合分子不同時結合至這些抗原時，則未觀察到訊號。
或者，可利用八隅體交互作用(Octet interaction)分析法來進行此測試。首先，使表現具有肽標籤標記的CD3的細胞結合至辨識此肽標籤的生物感測器。表現CD137的細胞和欲測試的抗原結合分子置於孔洞中且分析交互作用。當抗原結合分子同時結合至分別表現於兩個細胞的兩種抗原時，則觀察到由欲測試的抗原結合分子和表現CD137的細胞與生物感應器結合所引起的大幅度波長偏移。當抗原結合分子不同時結合至這些抗原時，則觀察到僅由欲測試的抗原結合分子與生物感應器結合所引起的小幅度波長偏移。
可進行基於生物活性的測試，而非基於結合活性的這些方法。例如，表現CD3的細胞以及表現CD137的細胞與欲測試的抗原結合分子混合，並進行培養。當抗原結合分子同時結合至這兩種抗原時，分別表現於兩個細胞的兩種抗原經由欲測試的抗原結合分子互相活化。因此，可偵測到活化訊號的變化，如抗原的個別下游磷酸化水平的增加。或者，因為活化而誘發產生細胞激素。因此，可測量細胞激素的產生量以證實是否同時結合至兩個細胞。或者，因為活化而誘發針對表現CD137的細胞的細胞毒性。或者，因為活化而透過於CD137或CD3的訊號傳遞途徑的下游受到活化的啟動子，來誘發報導基因的表現。因此，可測量細胞毒性或報導蛋白的產生量，以證實是否同時結合至兩個細胞。
Fab分子 「Fab分子」指的是由免疫球蛋白的重鏈(「Fab重鏈」)VH與CH1域以及輕鏈(「Fab輕鏈」)VL與CL域所組成的蛋白質。
融合 「融合」指的是成 分(例如，Fab分子和Fc域次單元)通過肽鍵直接連接，或通過一個或多個肽連接子連接。
「互換型(crossover)」Fab 「互換型」Fab分子(也稱為「Crossfab」)指的是Fab重鏈與輕鏈的可變區或恆定區交換的Fab分子，亦即，互換型Fab分子包括由輕鏈可變區與重鏈恆定區形成的肽鏈，以及由重鏈可變區與輕鏈恆定區形成的肽鏈。為了清楚起見，在Fab重鏈與Fab輕鏈的可變區交換的互換型Fab分子中，包括重鏈恆定區的肽鏈於本文稱為互換型Fab分子的「重鏈」。相反地，在Fab輕鏈與Fab重鏈的恆定區交換的互換型Fab分子中，包括重鏈可變區的肽鏈於本文稱為互換型Fab分子的「重鏈」。
傳統Fab 與其相反，「傳統」Fab分子指的是其自然型式的Fab分子，即包括由重鏈可變區與恆定區形成的重鏈(VH-CH1)，以及由輕鏈可變區與恆定區形成的輕鏈(VL-CL)。「免疫球蛋白分子」一詞指的是具有天然存在抗體結構的蛋白質。例如，IgG型的免疫球蛋白為約150,000道耳吞的異四聚體醣蛋白，其由雙硫鍵鍵結的兩個輕鏈與兩個重鏈所形成。從N到C端來看，每個重鏈具有可變區(VH)，也稱為可變重域或重鏈可變域，之後為三個恆定域(CH1、CH2及CH3)，也稱為重鏈恆定區。同樣地，從N到C端來看，每個輕鏈具有可變區(VL)，也稱為可變輕域或輕鏈可變域，之後為恆定輕域(CL)，也稱為輕鏈恆定區。免疫球蛋白的重鏈可歸為五種類型之一，五種類型為α (IgA)、δ (IgD)、ε (IgE)、γ (IgG)或μ (IgM)，其中一些更分成次型，如γ1 (IgG1)、γ2 (IgG2)、 γ3 (IgG3)、γ4 (IgG4)、α1 (IgA1)及α2 (IgA2)。免疫球蛋白的輕鏈基於其恆定域的胺基酸序列可歸為兩種類型之一，兩種類型為κ與λ。免疫球蛋白實質上由兩個Fab分子與一個Fc域所組成，其透過免疫球蛋白鉸鏈區(hinge region)所連接。
親和性 「親和性(affinity)」指的是分子(如，抗原結合分子或抗體)單一結合位與其結合對象(如，抗原)間的非共價交互作用的強度總和。如非另有說明，如本文所使用，「結合親和性」指的是固有的結合親和性，其反應了結合對成員(例如，抗原結合分子及抗原，或抗體及抗原)間的1比1的交互作用。分子X對其對象Y的親和性一般可以解離常數(KD)表示，解離常數是解離與締合速率常數(分別為koff與kon)的比例。因此，只要速率常數的比例維持相同，同等親和性可包括不同的速率常數。可利用本揭露所屬技術領域中習知的完善方法來測量親和性，包括本文所述的方法。測量親和性的特定方法為表面電漿共振法(surface plasmon resoncance, SPR)。
判斷親和性的方法 在某些實施例中，本文提供的抗原結合分子或抗體對其抗原具有以下解離常數(KD)：1μM或1μM以下、120nM或120nM以下、100nM或100nM以下、80nM或80nM以下、70nM或70nM以下、50nM或50nM以下、40nM或40nM以下、30nM或30nM以下、20nM或20nM以下、10nM或10nM以下、2nM或2nM以下、1nM或1nM以下、0.1nM或0.1nM以下、0.01nM或0.01nM以下、或0.001nM或0.001nM以下(例如，10 -8M或10 -8M以下、10 -8M至10 -13M、10 -9M至10 -13M)。在某些實施例中，抗體/抗原結合分子對CD3、CD137或CLDN6的KD值位於以下範圍之內：1-40nM、1-50nM、1-70nM、1-80nM、30-50nM、30-70nM、30-80nM、40-70nM、40-80nM、或60-80nM。
在一實施例中，利用放射標記抗原結合測定法(radiolabeled antigen-binding assay, RIA)測量KD。在一實施例中，以感興趣抗體的Fab形式及其抗原來進行放射標記抗原結合測定。例如，透過在未標記抗原的序列滴定存在下，用最小濃度的 125I標記抗原平衡Fab，然後用塗佈抗Fab抗體的盤捕獲結合的抗原來測量Fab對抗原的溶液結合親和性(參照如Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999))。為了建立測定條件，將5μg/ml之在50 mM碳酸鈉(pH 9.6)中的捕獲抗Fab抗體(Cappel Labs)於MICROTITER(註冊商標)多孔盤(Thermo Scientific)塗佈過夜，接著在室溫(約23℃)下在PBS中以2%(w/v)之牛血清白蛋白將其阻斷二至五小時。在非吸收盤中(Nunc#269620)，將序列稀釋的感興趣Fab與100pM或26pM的 125I標記抗原混合(例如，與在Presta et al., Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)中對抗VEGF抗體Fab-12進行的評估一致)。接著將感興趣Fab培養過夜，然而，培養可持續更長的時間(例如，約65小時)以確保達到平衡。接著，將混合物轉移至捕獲盤而於室溫下培養(例如，一小時)。接著移除溶液，並以在PBS中的0.1%聚山梨醇酯20(TWEEN-20(註冊商標)清洗盤八次。當盤已乾燥時，於每孔添加150μl的閃爍劑(scintillant，MICROSCIN-20 TM；Packard)，且於TOPCOUNT TM伽瑪計量器(Packard)上計量盤十分鐘。選擇小於或等於20%最大結合的各個Fab濃度用於競爭結合測定中。
根據另一實施例，利用BIACORE(註冊商標)表面電漿共振測定法來測量Kd。例如，使用BIACORE(註冊商標)-2000或BIACORE(註冊商標)-3000 (BIACORE, Inc., Piscataway, NJ)的測定法，是在25℃下使用固定有約10個反應單位(response unit, RU)的抗原之CM5晶片進行。在一實施例中，根據供應商的使用說明，使用N-乙基-N'-(3-二甲基胺基丙基)-碳二亞胺鹽酸鹽(EDC)及N-羥基琥珀醯亞胺(NHS)活化羧甲基化聚葡萄糖生物感測器晶片(CM5, BIACORE, Inc.)。在以5μl/分的流速注射抗原前，使用pH4.8的10mM醋酸鈉，將抗原稀釋至5μg/ml(約0.2μM)，以達到約10個反應單位(RU)的偶合蛋白質。注射抗原後，注射1M乙醇胺以阻斷未反應基團。為了進行動力學測量，在25℃以約25μl/分的流速，在含0.05%聚山梨醇酯20(TWEEN-20 TM)界面活性劑的PBS(PBST)中注入兩倍序列稀釋的Fab(0.78nM~500nM)。使用簡單一對一Langmuir結合模型(BIACORE(註冊商標)評估軟體版本3.2)、藉由同步擬合(fitting)締合及解離感測圖而計算締合速率(k on)及解離速率(k off)。平衡解離常數(Kd)是以k off/k on比值進行計算。例如，參照Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)。若以上述的表面電漿共振測定法，締合速率(on-rate)超過10 6M -1s -1，可利用螢光淬滅技術來判斷締合速率，螢光淬滅技術利用分光計(例如，停流(stop-flow)式分光光度計(Aviv Instruments)或使用攪拌比色管之8000系列SLM-AMINCO TM分光光度計(ThermoSpectronic))而進行測量，並在漸增濃度抗原存在的情況下，測量在pH7.2的PBS中的20nM抗抗原抗體(Fab形式)在25℃的螢光發射強度(激發=295nm；發射=340nm，帶通16nm)的增加或減少。
根據上述抗原結合分子或抗體親和性的測量方法，本揭露所屬技術領域中具有通常知識者可對各種抗原進行其他抗原結合分子或抗體的親和性測量。
抗體 本文「抗體(antibody)」一詞是以最廣泛的方式使用且涵蓋各種抗體結構，而抗體結構只要能夠展現所欲的抗原結合活性，其包括但不限於單株抗體、多株抗體、多特異性抗體(例如，雙特異性抗體)及抗體片段。
抗體類型 抗體的「類型(class)」指的是其重鏈擁有的恆定域或恆定區型態。有五種主要的抗體類型：IgA、IgD、IgE、IgG與IgM，且許多這些類型可更分成次類型(次型)，例如：IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1與IgA2。對應至不同免疫球蛋白類型的重鏈恆定域分別稱為α、δ、ε、γ以及μ。
除非另有說明，否則輕鏈恆定區中的胺基酸殘基在本文是根據Kabat等人進行編號，且重鏈恆定區中的胺基酸殘基編號是根據EU編號系統，也稱為EU索引，如Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991中所述。
框架 「框架(framework, FR)」指的是可變域殘基而不是高度可變區(HVR)殘基。可變域的框架一般由四個框架域所組成：FR1、FR2、FR3與FR4。因此，高度可變區與框架序列一般會出現在以下VH(或CL)序列中：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)- FR3-H3(L3)-FR4。
人類共通框架(humen consensus framework) 「人類共通框架」是代表在選擇人類免疫球蛋白VL或VH框架序列中最常存在的胺基酸殘基之框架。一般而言，人類免疫球蛋白VL或VH框架序列的選擇是來自可變域序列的次群組。一般而言，序列的次群組如Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3中的次群組。在一實施例中，對於VL而言，次群組為如前述Kabat等人的次群組κI。在一實施例中，對於VH而言，次群組為如前述Kabat等人的次群組III。
嵌合抗體(chimeric antibody) 「嵌合(chimeric)」抗體一詞指的是重鏈及/或輕鏈的一部份衍生自特定來源或物種，而重鏈及/或輕鏈的剩餘部分衍生自不同來源或物種的抗體。同樣地，「嵌合抗體可變域」一詞指的是重鏈及/或輕鏈可變區衍生自特定來源或物種，而重鏈及/或輕鏈可變區的剩餘部分衍生自不同來源或物種的抗體可變區。
人源化抗體(humanized antibody) 「人源化(humanized)」抗體指的是包括來自非人類HVR的胺基酸殘基與來自人類FR的胺基酸殘基的嵌合抗體。在某些實施例中，人源化抗體將實質上包括所有至少一種可變域且一般是兩種可變域，其中所有或實質上所有HVR(例如，CDR)對應至非人類抗體的HVR，且所有或實質上所有FR對應至人類抗體的FR。人源化抗體可視需要地包括衍生自人類抗體的抗體恆定區的至少一部分。抗體，例如非人類抗體的「人源化形式(humanized form)」，指的是已進行人源化的抗體。「人源化抗體可變區(humanized antibody variable region)」指的是人源化抗體的可變區。
人類抗體 「人類抗體(human antibody)」所具有的胺基酸序列是對應至由人類或人類細胞所產生，或衍生自非人類來源的抗體的胺基酸序列，非人類來源使用的是人類抗體庫(repertoire)或其他編碼人類抗體的序列。此人類抗體的定義特別排除包括非人類抗原結合殘基的人源化抗體。「人類抗體可變區(human antibody variable region)」指的是人類抗體的可變區。
多核苷酸(核酸) 本文可交替使用的「多核苷酸(polynucleotide)」或「核酸(nucleic acid)」指的是任何長度的核苷酸聚合物，且可包括DNA與RNA。核苷酸可以是去氧核醣核苷酸、核醣核苷酸、修飾的核苷酸或鹼基及/或其類似物、或可被DNA或RNA聚合酶或藉由合成反應加入至聚合物的任何受質。多核苷酸可包括修飾的核苷酸，例如甲基化核苷酸及其類似物。核苷酸的序列可以被非核苷酸成分所阻斷。多核苷酸可包括合成之後所作的修飾，例如連接至標記。其他種類的修飾包括如「加帽(cap)」、以類似物取代一或多個天然存在核苷酸、核苷酸內修飾如非帶電鍵結(例如，甲基膦酸酯、磷酸三酯、胺基磷酸酯(phosphoramidates)、胺基甲酸酯(carbamates)等)與帶電鍵結(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的核苷酸內修飾、含有懸垂部分(pendant moiety)的修飾如蛋白質(例如，核酸酶、毒素、抗體、訊號胜肽、聚-L-離胺酸等)、具有插入劑(intercalators)(例如，吖啶(acridine)、補骨脂素(psoralen)等)的修飾、含有螯合劑(例如，金屬、放射性金屬、硼、氧化金屬等)的修飾、含有烷化劑的修飾、具有修飾鍵結(例如，α變旋異構物核酸等)的修飾以及多核苷酸的未修飾形式。再者，通常存在於糖中的任何羥基基團可使用如膦酸酯基、磷酸基取代，被標準保護基團保護，或被活化以製備額外鍵結連接至額外的核苷酸，或可被結合至固體或半固體支持物。5'和3'端OH可被磷酸化或使用胺或具有1至20個碳原子的有機帽基團部分取代。其他羥基也可被衍生化成標準的保護基團。多核苷酸也可含有本領域一般習知的核醣或去氧核醣類似形式，包括，例如2'-O-甲基-、2'-O-烯丙基-、2'-氟-核醣或2'-疊氮基-核醣、碳環醣類似物、α變旋異構物醣(α-anomeric sugars)、差向異構糖(epimeric sugars)(例如，阿拉伯糖、木糖或來蘇糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚糖(sedoheptuloses))，非環類似物以及鹼性核苷類似物(例如甲基核糖苷(riboside))。一種或多種磷酸二酯鍵可被替代連接基團取代。這些替代連接基團包括但不限於其中磷酸酯被P(O)S(「硫酯」)、P(S)S(「二硫酯」)、(O)NR 2(「醯胺酯」)、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH2(「甲醛(formacetal)」)取代的實施例，其中R或R'各單獨為H或取代或非取代的烷基(1-20 C)，其視需要含有醚(-O-)鍵、芳基、鏈烯基(alkenyl)、環烷基、環鏈烯基或芳烷基(araldyl)。多核苷酸中的所有鍵結並非皆為相同。前文描述應用至本文提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
單離(核酸) 「單離(isolated)」核酸分子是從其自然環境的成分所分離的分子。單離核酸分子更包括包含於細胞中的核酸分子，上述細胞通常包含核酸分子，但此核酸分子是存在於染色體外的，或位於與其自然染色體位置不同的染色體位置。
載體 本文所使用的「載體(vector)」一詞指的是能夠傳遞其所連接的另一核酸的核酸分子。此用詞包括作為自我複製核酸結構的載體以及加入其被導入的宿主細胞基因體中的載體。某些載體可引導其有效連接的核酸表現。這些載體在本文稱為「表現載體」。載體可利用病毒或電穿孔的方式被導入至宿主細胞。然而，導入載體並不侷限於體外(in vitro)方法。例如，也可直接利用體內(in vivo)方法將載體導入至一對象中。
宿主細胞 「宿主細胞(host cell)」、「宿主細胞株(host cell line)」與「宿主細胞培養物(host cell culture)」等用詞可交替使用，且指的是外源核酸導入其中的細胞，包括這些細胞的子代。宿主細胞包括「轉形體(transformant)」與「轉形細胞」，其包括初始(primary)轉形細胞以及自其衍生且不論繼代數量的子代。子代與親代細胞中的核酸成分可不完全相同，但可包括突變。本文包括具有與在一開始轉形細胞中所篩選或選擇的相同功能或生物活性的突變子代。
特異性 「特異性」指的是特異性結合至一或多個結合對象的分子沒有與對象之外的其他分子產生顯著結合。再者，「特異性」也用於抗原結合位對包含於抗原中多個抗原決定位中的一特定抗原決定位具有特異性時。若抗原結合分子特異性結合至一抗原，則亦描述為「抗原結合分子對/針對此抗原具有/展現出特異性」。當與抗原結合位(antigen-binding site)結合的抗原決定位(epitope)包含於多個不同抗原中時，包括此抗原決定位(antigen-binding site)的抗原結合分子可結合至具有此抗原決定位(epitope)的各種抗原。
抗體片段 「抗體片段(antibody fragment)」指的是完整抗體以外的分子，其包括完整抗體的一部分，結合至完整抗體所結合的抗原。抗體片段的範例包括但不限於Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’) 2、雙鏈抗體(diabody)、線性抗體、單鏈抗體分子(例如，scFv)及單域抗體。某些抗體片段的回顧請參照Hudson et al., Nat Med 9, 129-134 (2003)。scFv片段的回顧請參照如Pluckthun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)；亦參照WO 93/16185、美國專利號5,571,894與5,587,458。關於包含再利用(salvage)受體結合抗原決定位殘基且具有體內(in vivo)延長半衰期的Fab與F(ab’) 2片段所作的討論，可參照美國專利號5,869,046。雙鏈抗體是具有雙價或雙特異性的兩種抗原結合位的抗體片段。例如，參照EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson et al., Nat Med 9, 129-134 (2003)；以及Hollinger et al., Proc Natl Acad Sci USA 90, 6444-6448 (1993)。三鏈抗體(triabody)與四鏈抗體(tetrabody)亦描述於Hudson et al., Nat Med 9, 129-134 (2003)中。單域抗體是包括抗體重鏈可變域全部或一部分，或抗體輕鏈可變域全部或一部分的抗體片段。在某些實施例中，單域抗體為人類單域抗體(Domantis, Inc., Waltham, MA；參照如美國專利號6,248,516 B1)。可利用各種技術製造抗體片段，包括但不限於如本文所述的完整抗體蛋白水解消化以及利用重組宿主細胞(例如，大腸桿菌或嗜菌體)產生而製造。
可變片段(Fv) 於本文中，「可變片段(Fv)」一詞指的是由一對抗體輕鏈可變區(VL)與抗體重鏈可變區(VH)形成的抗體衍生抗原結合位的最小單位。1988年，Skerra與Pluckthun可將抗體基因插入細菌訊號序列的下游並誘導大腸桿菌中的基因表現，而從大腸桿菌周邊細胞質(periplasm)部分製備同質及活性抗體(Science (1988) 240(4855), 1038-1041)。在從周邊細胞質製備的Fv中，VH以可結合至一抗原的方式與VL締合。
scFv、單鏈抗體及sc(Fv) 2於本文中，用詞「scFv」、「單鏈抗體」及「sc(Fv) 2」皆指的是單一多肽鏈的抗體片段，其包含衍生自重鏈與輕鏈的可變區，而不包含恆定區。一般而言，單鏈抗體也包含VH域與VL域間的多肽連接子，以能夠形成被認為能夠結合抗體的所欲結構。「The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, Vol. 113, Rosenburg and Moore, eds., Springer-Verlag, New York, 269-315 (1994)」中Pluckthun詳細討論單鏈抗體。亦參照國際專利公開WO 1998/001649；美國專利號4,946,778及5,260,203。在一特定實施例中，單鏈抗體可以是雙特異性及/或人源化的。
scFv為單鏈低分子量抗體，其中形成Fv的VH與VL以肽連接子相互連接(Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (1988) 85(16), 5879-5883)。VH與VL可透過肽連接子保持在相當接近的位置。 sc(Fv) 2為單鏈抗體，其中兩個VL與兩個VH的四個可變區透過連接子連接，連接子如形成單鏈的肽連接子(J Immunol. Methods (1999) 231(1-2), 177-189)。兩個VL與兩個VH可衍生自不同單株抗體。如Journal of Immunology (1994) 152(11), 5368-5374中所揭示，這些sc(Fv) 2較佳包括如雙特異性sc(Fv) 2，其辨識單一抗原中的兩個抗原決定位。可利用本揭露所屬技術領域中具有通常知識者習知的方法製造sc(Fv) 2。例如，可使用如肽連接子的連接子連接scFv而製造sc(Fv) 2。
於本文中，sc(Fv) 2包括兩個VH單位與兩個VL單位，其以從單鏈多肽N端起VH、VL、VH及VL的順序排列([VH]-連接子-[VL]-連接子-[VH]-連接子-[VL])。兩個VH單位與兩個VL單位的順序並不限於以上形式，且可以任何順序排列。範例形式如以下所列。 [VL]-連接子-[VH]-連接子-[VH]-連接子-[VL] [VH]-連接子-[VL]-連接子-[VL]-連接子-[VH] [VH]-連接子-[VH]-連接子-[VL]-連接子-[VL] [VL]-連接子-[VL]-連接子-[VH]-連接子-[VH] [VL]-連接子-[VH]-連接子-[VL]-連接子-[VH]
sc(Fv) 2的分子形式也詳細描述於WO 2006/132352。根據這些描述，本揭露所屬技術領域中具有通常知識者可適當地製備所欲sc(Fv) 2，以製造本揭露所揭示的多肽複合體。 再者，本揭露的抗原結合分子或抗體可與載劑聚合物如PEG或有機化合物如抗癌劑接合(conjugate)。或者，較佳可將醣鏈加成序列插入至抗原結合分子或抗體，使醣鏈產生所欲效果。
用於連接抗體可變區的連接子包括可透過基因工程導入的任意肽連接子、合成連接子以及如Protein Engineering, 9(3), 299-305, 1996中揭示的連接子。然而，本揭露中較佳為肽連接子。肽連接子的長度沒有特別限制，且可根據目的由本揭露所屬技術領域中具有通常知識者適當地選擇。長度較佳為5或更多個胺基酸(上限沒有特別限制，且一般為30或少於30個胺基酸，較佳為20或少於20個胺基酸)，特佳為15個胺基酸。當sc(Fv) 2含有三個肽連接子時，其長度可以皆相同或不同。
例如，這些肽連接子包括 Ser、 Gly-Ser、 Gly-Gly-Ser、 Ser-Gly-Gly、 Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 171)、 Ser-Gly-Gly-Gly (SEQ ID NO: 172)、 Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 173)、 Ser-Gly-Gly-Gly-Gly (SEQ ID NO: 174)、 Gly-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 175)、 Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Gly (SEQ ID NO: 176)、 Gly-Gly-Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 177)、 Ser-Gly-Gly-Gly-Gly-Gly-Gly (SEQ ID NO: 178)、 (Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 173))n、以及 (Ser-Gly-Gly-Gly-Gly (SEQ ID NO: 174))n， 其中，n為1或更大的整數。肽連接子的長度或序列可由本揭露所屬技術領域中具有通常知識者根據目的而選擇。
通常使用合成連接子(化學交聯劑)來交聯胜肽，且範例包括： N-羥基琥珀醯亞胺(N-hydroxysuccinimide, NHS)、 辛二酸二琥珀醯亞胺酯(disuccinimidyl suberate, DSS)、 辛二酸雙(硫琥珀醯亞胺酯)(bis(sulfosuccinimidyl) suberate, BS3)、 二硫代雙(丙酸琥珀醯亞胺酯)(dithiobis(succinimidyl propionate), DSP)、 二硫代雙(丙酸硫代琥珀醯亞胺酯)(dithiobis(sulfosuccinimidyl propionate), DTSSP)、 乙二醇雙(琥珀酸琥珀醯亞胺酯)(ethylene glycol bis(succinimidyl succinate), EGS)、 乙二醇雙(琥珀酸硫代琥珀醯亞胺酯)(ethylene glycol bis(sulfosuccinimidyl succinate), sulfo-EGS)、 酒石酸二琥珀醯亞胺酯(disuccinimidyl tartrate, DST)、 酒石酸二硫代琥珀醯亞胺酯(sulfo-DST)、 雙[2-(琥珀醯亞胺氧基羰基氧基)乙基]碸(bis[2-(succinimidoxycarbonyloxy) ethyl]sulfonate, BSOCOES)、 或雙[2-(硫代琥珀醯亞胺氧基羰基氧基)乙基]碸(bis[2- (sulfosuccinimidoxycarbonyloxy)ethyl]sulfonate, sulfo-BSOCOES)。這些交聯劑為市售可得。
一般而言，需要三個連接子來將四個抗體可變域連接在一起。所使用的連接子可為相同種類或不同種類。
Fab、F(ab’) 2及Fab’ 「Fab」由單一輕鏈以及來自單一重鏈的CH1域與可變區所組成。Fab分子的重鏈無法與另一重鏈分子形成雙硫鍵。
「F(ab’) 2」或「Fab」是將免疫球蛋白(單株抗體)以例如胃蛋白酶及木瓜酵素的蛋白酶處理所製造的，且指的是將免疫球蛋白(單株抗體)在兩各自H鏈中的絞鏈區間存在的雙硫鍵附近進行消化所產生的抗體片段。例如，木瓜酵素切割兩各自H鏈中的絞鏈區間存在的雙硫鍵的IgG上游以產生兩個同源抗體片段，其中包括VL(L鏈可變區)與CL(L鏈恆定區)的L鏈透過在C端區的雙硫鍵連接至包括VH(H鏈可變區)與CHγ1(H鏈恆定區中的γ1區)的H鏈片段。這兩個同源抗體片段各稱為Fab’。
「F(ab’) 2」由包括CH1域恆定區與CH2域一部分的兩個輕鏈與兩個重鏈所組成，使得兩重鏈之間形成雙硫鍵。本文揭示的F(ab’) 2較佳可如下文所述而製造。可利用如胃蛋白酶的蛋白酶來部分消化全單株抗體或包括所欲抗原結合位的全單株抗體；以及藉由吸附於蛋白質A管柱而移除Fc片段。蛋白酶沒有特別限制，只要於適當設定的酵素反應條件(例如，pH)下可以選擇性的方式切割全抗體而產生F(ab’) 2。例如，這些蛋白酶包括胃蛋白酶及無花果蛋白酶(ficin)。
Fc區 「Fc區」或「Fc域」一詞指的是包括由抗體分子中絞鏈或其部分及CH2域與CH3域所組成的片段的區域。IgG類型的Fc區指的是但不限於，例如從半胱胺酸226(EU編號(本文中亦稱為EU索引))至C端或脯胺酸230(EU編號)至C端的區域。較佳地可藉由以如胃蛋白酶的蛋白水解酵素部分消化如IgG1、IgG2、IgG3或IgG4單株抗體，接著將吸附於蛋白質A管柱或蛋白質G管柱的分液再沖提，以獲得Fc區。這種蛋白水解酵素沒有特別限定，只要在此酵素適當設定的反應條件下(例如，pH)，此酵素能消化全抗體以限制性地形成Fab或F(ab’) 2。其範例可包括胃蛋白酶及木瓜酵素。
衍生自如天然存在IgG的Fc區可用作為本揭露的「Fc區」。在此情況下，天然存在IgG指的是多肽，其含有與自然中發現的IgG相同的胺基酸序列且屬於實質上由免疫球蛋白γ基因所編碼的抗體類型。天然存在人類IgG指的是例如天然存在人類IgG1、天然存在人類IgG2、天然存在人類IgG3或天然存在人類IgG4。天然存在IgG也包括從其自發性衍生的變體等。於Sequences of proteins of immunological interest, NIH出版號No. 91-3242中，基於基因多型性的複數個同種異型體(allotype)序列描述為人類IgG1、人類IgG2、人類IgG3及人類IgG4抗體的恆定區，其任一者皆可使用於本揭露。詳細而言，人類IgG1的序列可具有DEL或EEM作為EU編號第356至358位的胺基酸序列。
在部分實施例中，多特異性抗原結合分子的Fc域由一對包括免疫球蛋白分子的重鏈域的多肽鏈組成。例如，免疫球蛋白G(IgG)分子的Fc域為雙體，其各個次單元包括CH2與CH3 IgG重鏈恆定域。Fc域的兩個次單元可彼此穩定締合。在一實施例中，本文所述的多特異性抗原結合分子包括不多於一個的Fc域。
在本文所述的一實施例中，多特異性抗原結合分子的Fc域為IgG Fc域。在一特定實施例中，Fc域為IgG1 Fc域。在另一實施例中，Fc域為IgG1 Fc域。在又一特定實施例中，Fc域為人類IgG1 Fc區。
在一態樣中，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其更包括： (iii) 與天然人類IgG1 Fc域相比，展現對人類Fcγ受體的結合親和性降低的Fc域， 其中Fc域是由可穩定締合的第一Fc區次單元與第二Fc區次單元所形成。
在一態樣中，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其更包括： (iii) 與天然人類IgG1 Fc域相比，展現對人類Fcγ受體的結合親和性降低的Fc域， 其中Fc域包括下列(e1)或(e2)： (e1) 包括第349位為Cys、第366位為Ser、第368位為Ala及第407位為Val的第一Fc區次單元，以及包括第354位為Cys及第366位為Trp之第二Fc區次單元； (e2) 包括第439位為Glu之第一Fc區次單元，以及包括第356位為Lys之第二Fc區次單元； 其中胺基酸位置係根據EU索引編號進行編號。
在一態樣中，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其更包括： (iii) 與天然人類IgG1 Fc域相比，展現對人類Fcγ受體的結合親和性降低的Fc域， 其中包括在Fc域的第一Fc區次單元及/或第二Fc區次單元包括下列(f1)或(f2)： (f1) 第234位為Ala且第235位為Ala； (f2) 第234位為Ala、第235位為Ala且第297位為Ala； 其中胺基酸位置係根據EU索引編號進行編號。
在一態樣中，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其更包括： (iii) 與天然人類IgG1 Fc域相比，展現對人類Fcγ受體的結合親和性降低的Fc域， 其中與天然人類IgG1 Fc域相比，Fc域展現出對人類FcRn更強的FcRn結合親和性。
在一態樣中，本揭露提供一種多特異性抗原結合分子，其更包括： (iii) 與天然人類IgG1 Fc域相比，展現對人類Fcγ受體的結合親和性降低的Fc域， 其中包括在Fc域的第一Fc區次單元及/或第二Fc區次單元包括第428位為Leu、第434位為Ala、第438位為Arg及第440位為Glu， 其中胺基酸位置係根據EU索引編號進行編號。
具有減弱Fc受體(Fcγ受體)結合活性的Fc區 在某些實施例中，本文所述的多特異性抗原結合分子的Fc域對Fc受體相較於天然IgG1 Fc域展現出減弱的結合親和性。在這樣的一實施例中，Fc域(或包括上述Fc域的多特異性抗原結合分子)與天然IgG1 Fc域(或包括天然IgG1 Fc域的多特異性抗原結合分子)相比對Fc受體展現出小於50%、較佳小於20%、更佳小於10%，且最佳小於5%的結合親和性。在一實施例中，Fc域(或包括上述Fc域的多特異性抗原結合分子)實質上沒有結合至Fc受體。在一特定實施例中，Fc受體為Fcγ受體。在一實施例中，Fc受體為人類Fc受體。在一實施例中，Fc受體為活化Fc受體。在一特定實施例中，Fc受體為活化人類Fcγ受體，較具體為人類Fcγ RIIIa、Fcγ RI或cγ RIIa，最具體為人類Fcγ RIIIa。
在某些實施例中，多特異性抗原結合分子的Fc域包括一或多個胺基酸突變，其減少Fc域對Fc受體的結合親和性。一般而言，相同的一或多個胺基酸突變存在於Fc域兩個次單元的每一個之中。在一實施例中，胺基酸突變減少Fc域對Fc受體的結合親和性。在一實施例中，胺基酸突變減少Fc域對Fc受體至少2倍、至少5倍或至少10倍的結合親和性。在存在減少Fc域對Fc受體的結合親和性的一個以上胺基酸突變的實施例中，這些胺基酸突變的組合可減少Fc域對Fc受體至少10倍、至少20倍或甚至至少50倍的結合親和性。在一實施例中，包括經改造的Fc域的多特異性抗原結合分子與包括未經改造的Fc的多特異性抗原結合分子相比，對Fc受體展現出小於20%、特別是小於10%、更特別是小於5%的結合親和性。在一特定實施例中，Fc受體為Fcγ受體。在部分實施例中，Fc受體為人類Fc受體。在部分實施例中，Fc受體為活化Fc受體。在一特定實施例中，Fc受體為活化人類Fcγ受體，更具體為人類Fcγ RIIIa、Fcγ RI或Fcγ RIIa，最具體為人類Fcγ RIIIa。較佳為，減少對各個這些抗體的結合。
在一實施例中，減少Fc域對Fc受體的結合親和性的胺基酸突變為胺基酸取代。在一實施例中，Fc域包括在擇自於E233、L234、L235、N297、P331及P329所組成之群組的位置的胺基酸取代。在一更特定實施例中，Fc域包括在擇自於L234、L235及P329所組成之群組的位置的胺基酸取代。在部分實施例中，Fc域包括L234A與L235A的胺基酸取代。在此一實施例中，Fc域為IgG1 Fc域，特別是人類IgG1 Fc域。在一實施例中，Fc域包括在第P329位的胺基酸取代。在一更特定實施例中，胺基酸取代為P329A或P329G，特別是P329G。在一實施例中，Fc域包括在第P329位的胺基酸取代，以及擇自於第E233、L234、L235、N297及P331位的又一胺基酸取代。在一更特定實施例中，上述又一胺基酸取代為E233P、L234A、L235A、L235E、N297A、N297D或P331S。在特定實施例中，Fc域包括在第P329、L234與L235位的胺基酸取代。在更特定實施例中，Fc域包括胺基酸取代L234A、L235A及P329G(「P329G LALA」)。在此一時施例中，Fc域為IgG1 Fc域，特別是人類IgG1 Fc域。如PCT公開號WO 2012/130831中所述，胺基酸取代的「P329G LALA」組合幾乎完全消除Fcγ受體(以及補體)與人類IgG1 Fc域的結合。WO 2012/130831也描述製備此突變Fc域的方法以及判斷其特性如Fc受體結合或效應子功能的方法。
IgG4抗體與IgG1抗體相比對Fc受體展現出減弱的結合親和性及減弱的效應子功能。因此，在部分實施例中，本文所述之T細胞活化雙特異性抗原結合分子的Fc域為IgG4 Fc域，特別是人類IgG4 Fc域。在一實施例中，IgG4 Fc域包括第S228位的胺基酸取代，具體為S228P的胺基酸取代。在一實施例中，為了進一步減少其對Fc受體的結合親和性及/或其效應子功能，IgG4 Fc域包括第L235位的胺基酸取代，具體為L235E的胺基酸取代。在另一實施例中，IgG4 Fc域包括第P329位的胺基酸取代，具體為P329G的胺基酸取代。在一特定實施例中，IgG4 Fc域包括第S228、L235及P329位的胺基酸取代，具體為S228P、L235E及P329G的胺基酸取代。此IgG4 Fc域突變及其Fcγ受體結合特性描述於PCT公開號WO 2012/130831。
在某些實施例中，消除Fc域的N醣基化。在此一實施例中，Fc域包括第N297位的胺基酸突變，特別是以丙胺酸(N297A)或天門冬胺酸(N297D)取代天冬醯胺酸的胺基酸取代。
在一特定較佳實施例中，與天然IgG1 Fc域相比對Fc受體展現出減弱結合親和性的Fc域為包括L234A、L235A與N297A胺基酸取代的人類IgG1 Fc域。
可利用本揭露所屬技術領域中已習知的基因或化學方法，透過胺基酸刪除、取代、插入或修飾而製備突變Fc域。基因方法可包括編碼DNA序列的定點突變(site-specific mutagenesis)、PCR、基因合成等。可利用如定序證實正確的核苷酸變化。
可利用如ELISA或藉由使用如BIAcore儀器(GE Healthcare)的標準儀器的表面電漿共振法(SPR)而輕易判斷與Fc受體的結合，且可利用如重組表現來獲得Fc受體。此合適的結合測定法於本文描述。或者，Fc域或包括Fc域的細胞活化雙特異性抗原結合分子對Fc受體的結合親和性可利用已知會表現特定Fc受體的細胞株來評估，例如表現Fcγ IIIa受體的人類NK細胞。
Fc受體 「Fc受體(Fc receptor)」或「FcR」一詞指的是結合至抗體Fc區的受體。在部分實施例中，FcR為天然人類FcR。在部分實施例中，FcR是結合IgG抗體 (γ受體)的FcR，且包括FcγRI、FcγRII、及FcγRIII次類型的受體，其包括這些受體的對偶變體及選擇性剪接(splicing)形態。FcγRII受體包含FcγRIIA(「活化受體」)及FcγRIIB(「抑制受體」)，其具有主要差異在於其細胞質域的相似胺基酸序列。活化受體FcγRIIA在其細胞質域包含免疫受體酪胺酸活化模體(immunoreceptor tyrosine-based activation motif, ITAM)。抑制受體FcγRIIB在其細胞質域包含免疫受體酪胺酸抑制模體(immunoreceptor tyrosine-based inhibition motif, ITIM)(例如，參照Daeron, Annu. Rev. Immunol. 15:203-234 (1997))。FcR的回顧例如在Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)；Capel et al., Immunomethods 4:25-34 (1994)；及de Haas et al., J. Lab. Clin. Med 126:330-41 (1995)中。包含將來鑑定的其他FcR也包含於本文的「FcR」一詞。
「Fc受體」或「FcR」一詞更包括新生兒(neonatal)受體FcRn，其負責母體IgG向胎兒的轉移(Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976)及Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))以及免疫球蛋白的恆定調節。與FcRn結合的測量方法為習知的(例如，參照Ghetie and Ward., Immunol. Today 18(12):592-598 (1997)；Ghetie et al., Nature Biotechnology, 15(7):637-640 (1997)；Hinton et al., J. Biol. Chem. 279(8):6213-6216 (2004)；WO 2004/92219 (Hinton et al.))。
體內(in vivo)與人類FcRn的結合及人類FcRn高親和性結合多肽的血漿半衰期，可在如表現人類FcRn的轉基因小鼠或者轉染(transfect)人類細胞株中、或被投予具有變體Fc區的多肽的靈長類中進行測定。WO 2000/42072 (Presta)描述了對FcR結合增加或減少的抗體變體。例如，亦參照Shields et al. J. Biol. Chem. 9(2):6591-6604 (2001)。
Fcγ受體 Fcγ受體指的是可結合至單株IgG1、IgG2、IgG3或IgG4抗體Fc域的受體，且包括屬於實質上由Fcγ受體基因編碼的蛋白質家族的所有成員。人類中，此家族包括：包括同型異構物Fcγ RIa、Fcγ RIb及Fcγ RIc的Fcγ RI (CD64)；包括同型異構物Fcγ RIIa(包括同種異型體(allotype)H131及R131)、Fcγ RIIb(包括Fcγ RIIb-1及Fcγ RIIb-2)及Fcγ RIIc的Fcγ RII (CD32)；以及包括同型異構物Fcγ RIIIa(包括同種異型體V158及F158)及Fcγ RIIIb(包括同種異型體Fcγ RIIIb-NA1及Fcγ RIIIb-NA2)的FcγRIII(CD16)；以及所有未鑑定的人類Fcγ受體、Fcγ受體同型異構物及其同種異型體。然而，Fcγ受體不限於這些範例。並非以此為限，Fcγ受體包括衍生自人類、小鼠、大鼠、兔子和猴子的Fcγ受體。Fcγ受體可衍生自任何生物。小鼠Fcγ受體包括但不限於，Fcγ RI(CD64)、Fcγ RII(CD32)、Fcγ RIII(CD16)及Fcγ RIII-2 (CD16-2)、以及所有未鑑定的小鼠Fcγ受體、Fcγ受體同型異構物及其同種異型體。這些較佳的Fcγ受體包括如人類Fcγ RI(CD64)、Fcγ RIIA(CD32)、Fcγ RIIB(CD32)、Fcγ RIIIA(CD16)及/或Fcγ RIIIB(CD16)。 Fcγ RI的多核苷酸序列及胺基酸序列分別於RefSeq登錄號NM_000566.3及RefSeq登錄號NP_000557.1中所示；Fcγ RIIA的多核苷酸序列及胺基酸序列分別於RefSeq登錄號BC020823.1及RefSeq登錄號AAH20823.1中所示；Fcγ RIIB的多核苷酸序列及胺基酸序列分別於RefSeq登錄號BC146678.1及RefSeq登錄號AAI46679.1中所示；Fcγ RIIIA的多核苷酸序列及胺基酸序列分別於RefSeq登錄號BC033678.1及RefSeq登錄號AAH33678.1中所示；且FcγRIIIB的多核苷酸序列及胺基酸序列分別於RefSeq登錄號BC128562.1及RefSeq登錄號AAI28563.1中所示。除了上述FACS (fluorescence activated cell sorting，螢光活化細胞分類)及ELISA形式，可利用ALPHAScreen (amplified luminescent proximity homogeneous assay screen，放大發光近似均質測定篩選)、基於表面電漿共振(surface plasmon resonance, SPR)現象的BIACORE方法及其他方法(Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2006)103 (11), 4005-4010)來評估Fcγ受體對單株IgG1、IgG2、IgG3或IgG4抗體的Fc域是否具有結合活性。
同時，「Fc配體(Fc ligand)」或「效應子配體(effector ligand)」指的是結合至抗體Fc域而形成Fc/Fc配體複合體的分子，且較佳為多肽。分子可衍生自任何生物。Fc配體與Fc的結合較佳誘導了一或多個效應子功能。此Fc配體包括但不限於Fc受體、Fcγ受體、Fcα受體、Fcβ受體、FcRn、C1q、C3、甘露聚醣結合凝集素、甘露糖受體、葡萄球菌蛋白質A、葡萄球菌蛋白質G以及病毒Fcγ受體。Fc配體也包括Fc受體同源物(Rc receptor homolog, RcRH)(Davis et al., (2002) Immunological Reviews 190, 123-136)，為與Fcγ受體同源的Fc受體家族。Fc配體也包括結合至Fc的未鑑定分子。
Fcγ受體結合活性 可利用上述FACS與ELISA形式以及ALPHAScreen (amplified luminescent proximity homogeneous assay screen，放大發光近似均質測定篩選)與基於表面電漿共振(SPR)的BIACORE方法(Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2006) 103(11), 4005-4010)評估Fc域對Fcγ受體Fcγ RI、Fcγ RIIA、Fcγ RIIB、Fcγ RIIIA及/或Fcγ RIIIB中任一的減弱的結合活性。
藉由基於下述準則並使用二種珠粒(供者及受者珠粒)的ALPHA技術來進行ALPHAScreen。只有當連接至供者珠粒的分子與連接至受者珠粒的分子進行生物交互作用時，以及當兩珠粒非常接近時，偵測得到發光訊號。供者珠粒中雷射光所激發的感光劑將珠粒周圍的氧轉換成激發的單態氧(singlet oxygen)。當單態氧於供者珠粒周圍擴散且到達非常接近的受者珠粒時，於受者珠粒中引起化學發光反應。此反應最終發出光線。若連接至供者珠粒的分子沒有與連接至受者珠粒的分子進行交互作用時，供者珠粒產生的單態氧沒有到達受體珠粒且沒有發生化學發光反應。
例如，將生物素標記抗原結合分子或抗體固定於供者珠粒，且將穀胱甘肽S轉移酶(GST)標籤的Fcγ受體固定於受者珠粒。在包括競爭性突變Fc域的抗原結合分子或抗體不存在的情況下，Fcγ受體與包括野生型Fc域的抗原結合分子或抗體進行交互作用，因此引發520至620nm的訊號。具有未標籤突變Fc域的抗原結合分子或抗體與包括野生型Fc域的抗原結合分子或抗體競爭與Fcγ受體的交互作用。可透過定量因競爭而減少的螢光來判斷相對結合親和性。抗原結合分子或抗體的生物素化方法是習知的方法，例如使用硫-NHS-生物素等的抗體。將GST標籤添加至Fcγ受體的適當方法包括涉及以下所述的方法：使框架中編碼Fcγ受體與GST的多肽融合；以導入帶有基因的載體的細胞表現融合基因；接著使用穀胱甘肽管柱純化。較佳可透過如使用GRAPHPAD PRISM(GraphPad; San Diego)的軟體，並基於非線性迴歸分析將引發出的訊號擬合至一位點競爭模型而分析引發出的訊號。
將欲觀察其交互作用的其中一物質作為配體固定至感測晶片的金薄層上。當光線照射感測晶片的背面，使得在金薄層與玻璃之間的界面發生全反射時，反射光的強度在某些位點(SPR訊號)部分地減少。將欲觀察其交互作用的另一物質作為分析物注射於感測晶片的表面上。當分析物結合至配體時，固定的配體分子的質量增加。這改變了感測晶片的表面上溶劑的折射率。折射率的改變造成SPR訊號的位置偏移(相反地，解離將訊號轉移至原始位置)。在Biacore系統中，上述的偏移量(亦即，感測晶片表面上的質量改變)繪示於垂直軸，因此隨時間的質量變化繪示為測量資料(感測圖)。動力學參數(締合速率常數(ka)與解離速率常數(kd))是由感測圖的曲線而判斷，且親和性(KD)是由這兩個常數間的比值而判斷。BIACORE方法中較佳使用抑制測定法。此抑制測定的範例描述於Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2006) 103(11), 4005-4010。
多特異性抗原結合分子的製造與純化 在部分實施例中，多特異性抗原結合分子為單離的多特異性抗原結合分子。 本文所述的多特異性抗原結合分子包括兩個不同的抗原結合部分(例如，「第一抗原結合部分」與「第二抗原結合部分」)，其與Fc域兩個次單元的其中一者或另一者融合，因此Fc域的兩個次單元一般包含於兩個不相同的多肽鏈中。這些多肽的重組共表現與後續的二聚合(dimerization)產生兩個多肽的許多可能組合。為了改善重組製造中多特異性抗原結合分子的產率與純度，在多特異性抗原結合分子的Fc域中導入促進所欲多肽締合的修飾將是有利的。
因此，在特定實施例中，本文所述的多特異性抗原結合分子的Fc域包括促進Fc域的第一次單元與第二次單元締合的修飾。人類IgG Fc域兩個次單元之間的蛋白質-蛋白質交互作用最大量的位點位於Fc域的CH3域中。因此，在一實施例中，上述修飾位於Fc域的CH3域中。
在特定實施例中，上述修飾是所謂的「杵入臼(knob-into-hole)」修飾，包括Fc域兩個次單元的其中一個中的「杵(knob)」修飾以及Fc域兩個次單元的另一個中的「臼(hole)」修飾。 杵入臼技術描述於US 5,731,168；US 7,695,936；Ridgway et al., Prot Eng 9, 617-621 (1996)；以及Carter, J Immunol Meth 248, 7-15 (2001)。一般而言，方法涉及在第一多肽的界面導入隆起(protuberance)(「杵」)並於第二多肽的界面中導入對應的空腔(cavity)(「臼」)，使隆起可被放置於空腔中以促進異二聚體的形成與絞鏈同二聚體的形成。可藉由從第一多肽的界面以較大的側鏈(例如，酪胺酸或色胺酸)取代小胺基酸側鏈而建構出隆起。藉由以較小的胺基酸側鏈(例如，丙胺酸或蘇胺酸)取代大胺基酸側鏈而於第二多肽的界面中產生與隆起尺寸相同或相似的補償空腔。
因此，在一特定實施例中，多特異性抗原結合分子Fc域的第一次單元的CH3域中，以具有較大側鏈體積的胺基酸殘基取代胺基酸殘基，以於第一次單元的CH3域之中產生隆起，隆起可置於第二次單元的CH3域之中的空腔中，且Fc域第二次單元的CH3域中，以具有較小側鏈體積的胺基酸殘基取代胺基酸殘基，以於第二次單元的CH3域之中產生空腔，第一次單元的CH3域之中的隆起可置於第二次單元CH3域之中的空腔中。
可利用如定點突變改變編碼多肽的核酸或利用胜肽合成而製造隆起與空腔。
在一特定實施例中，Fc域第一次單元的CH3域中，以色胺酸殘基取代第366位的蘇胺酸殘基(T366W)，且Fc域第二次單元的CH3域中，以纈胺酸殘基取代第407位的酪胺酸殘基(Y407V)。在一實施例中，Fc域的第二次單元中，另外以絲胺酸殘基取代第366位的蘇胺酸殘基(T366S)，並以丙胺酸殘基取代第368位的白胺酸殘基(L368A)。
在又一實施例中，Fc域的第一次單元中，另外以半胱胺酸殘基取代第354位的絲胺酸殘基(S354C)，且在Fc域的第二次單元中，另外以半胱胺酸殘基取代第349位的酪胺酸殘基(Y349C)。這兩個半胱胺酸殘基的導入於Fc域的兩個次單元之間形成雙硫鍵，進一步穩定二聚體(Carter, J Immunol Methods 248, 7-15 (2001))。
在其他實施例中，於H鏈之中以及具有所欲組合的L鏈與H鏈之間促進締合的其他技術可應用於本揭露的多特異性抗原結合分子。
例如，在抗體H鏈第二恆定區或第三恆定區(CH2或CH3)的界面導入靜電排斥(electrostatic repulsion) 而抑制非所欲的H鏈締合的技術可應用於多特異性抗體締合(WO 2006/106905)。
在CH2或CH3的界面導入靜電排斥而抑制非刻意的H鏈締合的技術中，在H鏈其他恆定區的界面接觸的胺基酸殘基範例包括對應至CH3區中的EU編號第356、439、357、370、399與409位殘基的區域。
更具體而言，範例包括含有兩種H鏈CH3區的抗體，其中第一H鏈CH3區中一至三對胺基酸殘基帶有相同型態的電荷，上述一至三對胺基酸殘基擇自於下列(1)至(3)所示的胺基酸殘基對：(1) 包含於H鏈CH3區EU編號第356與439位中的胺基酸殘基；(2) 包含於H鏈CH3區EU編號第357與370位中的胺基酸殘基；以及(3) 包含於H鏈CH3區EU編號第399與409位中的胺基酸殘基。
再者，抗體可以是與前述第一H鏈CH3區不同的第二H鏈CH3區中的胺基酸殘基對的抗體，第二H鏈CH3區中的胺基酸殘基對擇自於前述(1)至(3)的胺基酸殘基對，其中對應至在第一H鏈CH3區中帶有相同型態電荷的前述(1)至(3)的胺基酸殘基對的一至三對胺基酸殘基帶有與前述第一H鏈CH3區中對應的胺基酸殘基相反的電荷。
以上(1)至(3)所示的每個胺基酸殘基在締合時彼此靠近。本揭露所屬技術領域中具有通常知識者可透過同源建模等使用市售軟體，在所欲H鏈CH3區或H鏈恆定區中找出對應至前述胺基酸殘基(1)至(3)的位置，且可適當地對這些位置的胺基酸殘基進行修飾。
在前述抗體中，「帶電胺基酸殘基」較佳擇自如包含於下列群組中其中一者中的胺基酸殘基： (a) 麩胺酸(E)與天門冬胺酸(D)；以及 (b) 離胺酸(K)、精胺酸(R)與組胺酸(H)。
在前述抗體中，用句「帶有相同電荷」指的是如兩個或兩個以上的胺基酸殘基皆擇自包含於上述群組(a)與(b)的其中一者中的胺基酸殘基。用句「帶有相反電荷」指的是如當兩個或兩個以上的胺基酸殘基之中的至少一胺基酸殘基擇自包含於上述群組(a)與(b)的其中一者中的胺基酸殘基時，剩餘的胺基酸殘基是擇自包含於另一群組中的胺基酸殘基。
在一較佳實施例中，前述抗體可透過雙硫鍵使其第一H鏈CH3區與第二H鏈CH3域交聯。
在本揭露中，進行修飾的胺基酸殘基並不限於抗體可變區或抗體恆定區的前述胺基酸殘基。本揭露所屬技術領域中具有通常知識者可透過同源建模等使用市售軟體，鑑定出在突變多肽或多異聚體中形成界面的胺基酸殘基，且可對這些位置的胺基酸殘基進行修飾以調節締合。
此外，其他習知技術也可用於形成本揭露的多特異性抗原結合分子。將其中抗體H鏈CH3中的一個的一部分轉換為對應的IgA衍生序列，且將對應的IgA衍生序列導入其他H鏈CH3的互補部分中而製造股交換改造域(strand-exchange engineered domain)CH3，使用股交換改造域CH3進行CH3的互補締合來有效誘導具有不同序列的多肽進行締合(Protein Engineering Design & Selection, 23; 195-202, 2010)。此習知技術也可用以有效率地形成感興趣的多特異性抗原結合分子。
此外，利用抗體CH1與CL的締合以及VH與VL的締合製造抗體的技術描述於WO 2011/028952、WO 2014/018572及Nat Biotechnol. 2014 Feb; 32(2):191-8；利用結合個別製備的單株抗體(Fab臂交換)來製造雙特異性抗體的技術描述於WO 2008/119353及WO 2011/131746；調節抗體重鏈CH3之間締合的技術描述於WO 2012/058768及WO 2013/063702；由兩種輕鏈與一種重鏈所構成的多特異性抗體的製造技術描述於WO 2012/023053；使用獨立表現包括單一輕鏈與單一重鏈的抗體的其中一鏈的兩種細菌細胞株來製造多特異性抗體的技術如Christoph等人所述(Nature Biotechnology Vol. 31, p. 753-758 (2013))；且亦可用於形成多特異性抗原結合分子。
或者，即便是無法有效形成感興趣的多特異性抗原結合分子時，可透過從所製造的分子分離並純化感興趣的多特異性抗原結合分子而獲得本揭露的多特異性抗原結合分子。例如，已有報導(WO2007114325)揭示可透過將胺基酸取代導入至兩種H鏈的可變區中而產生等電點差異，進而以離子交換層析法純化感興趣的兩種同聚體形式與異聚體抗體的方法。直至今日，作為純化異聚體抗體的方法，已有報導(WO98050431及WO95033844)揭示利用蛋白質A純化異二聚體抗體的方法，異二聚體抗體包括結合至蛋白質A的小鼠IgG2a H鏈及沒有結合至蛋白質A的大鼠IgG2b H鏈。再者，可利用包括為IgG蛋白質A結合位的EU編號第435與436位胺基酸殘基以如Tyr、His或產生不同的蛋白質A親和性的胺基酸取代的H鏈，或利用具有不同蛋白質A親和性的H鏈以改變每個H鏈與蛋白質A的交互作用，然後使用蛋白質A管柱而自行有效率地純化異二聚體抗體。
再者，Fc區C端異質性已改善的Fc區可適當地作為本揭露的Fc區。更具體而言，本揭露提供透過從組成衍生自IgG1、IgG2、IgG3或IgG4的Fc區的兩個多肽胺基酸序列，刪除如EU編號所指定的第446位的甘胺酸與第447位的離胺酸而製造的Fc區。
可利用本揭露所屬技術領域習知的技術如高效能液相層析法、離子交換層析法、凝膠電泳法、親和性層析法、粒徑篩析(size exclusion)層析法等來純化如本文所述而製備的多特異性抗原結合分子。用以純化特定蛋白質的實際條件將部分地取決於如淨電荷、親油性、親水性等因素，且對於本揭露所屬技術領域中具有通常知識者是顯而易見的。對於親和性層析純化，可使用與多特性抗原結合分子結合的抗體、配體、受體或抗原。例如，對於本發明的多特異性抗原結合分子的親和性層析純化而言，可使用具有蛋白質A或蛋白質G的基質(matrix)。可使用依序的蛋白質A或蛋白質G親和性層析法及粒徑篩析層析法來分離多特異性抗原結合分子。可利用任何各式各樣習知的分析方法判斷多特異性抗原結合分子的純度，包括凝膠電泳法及高壓液相層析法等。
抗體依賴性細胞介導細胞毒性(Antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity, ADCC) 「抗體依賴性細胞介導細胞毒性」或「ADCC」指的是一種形式的細胞毒性，其中與存在於某些細胞毒性細胞(例如，NK細胞、嗜中性球與巨噬細胞)上的Fc受體(FcRs)結合的分泌Ig，可使這些細胞毒性效應細胞特異性結合至帶有抗原的目標細胞並接著以細胞毒素殺死目標細胞。介導ADCC、NK細胞的初始細胞(primary cell)僅表現FcγRIII，而單核球表現FcγRI、FcγRII與FcγRIII。造血細胞上FcR的表現概述於Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)第464頁的表3中。為了評估感興趣分子的ADCC活性，可進行如美國專利號5,500,362或5,821,337或美國專利號6,737,056(Presta)中所述的體外ADCC測定。這些測定適用的效應細胞包括PBMC與NK細胞。或者或更甚者，可於體內評估感興趣分子的ADCC活性，例如在Clynes et al. PNAS (USA) 95:652-656 (1998)中揭示的動物模型中。
補體依賴性細胞毒性(complement dependent cytotoxicity, CDC) 「補體依賴性細胞毒性」或「CDC」指的是在補體存在的情況下裂解目標細胞。傳統的補體途徑是透過補體系統第一成分(C1q)與結合至其同源抗原的抗體(適當次類型)結合而開始進行活化。為了評估補體的活化，可進行如Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996)中所述的CDC測定。具有經改變的Fc區胺基酸序列的多肽變體(具有變體Fc區的多肽)及增強或減弱的C1q結合能力描述於如美國專利號6,194,551 B1及WO 1991/51642。亦參照如Idusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)。
T細胞依賴性細胞毒性(T cell dependent cellular cytotoxicity, TDCC) 「T細胞依賴性細胞毒性」或「TDCC」指的是一種形式的細胞毒性，其中抗原結合分子結合至表現於目標細胞的抗原以及表現於T細胞的另一抗原兩者，其再引導T細胞接近目標細胞，例如T細胞誘導對目標細胞的細胞毒性。評估T細胞依賴性細胞毒性的方法，體外TDCC測定也描述於本說明書的「T細胞依賴性細胞毒性的測量」段落中。
T細胞依賴性細胞毒性的測量 在抗原結合分子結合至CLDN6及CD3/CD137兩者的實施例中，下文所述的方法較佳作為T細胞依賴性細胞毒性(TDCC)的評估或判斷方法，將本揭露的抗原結合分子接觸與本揭露抗原結合分子中抗原結合位結合的表現CLDN6細胞而導致T細胞依賴性細胞毒性(TDCC)。體外細胞毒性活性的評估或判斷方法包括細胞毒性T細胞活性的判斷方法等。可利用習知方法(參照如Current protocols in Immunology, Chapter 7. Immunologic studies in humans, Editor, John E, Coligan et al., John Wiley & Sons, Inc., (1993))來判斷本揭露的抗原結合分子是否具有誘導T細胞介導細胞毒性的活性。在細胞毒性測定中，可結合至與CLDN6不同的抗原及CD3/CD137且沒有表現於細胞中的抗原結合分子作為控制抗原結合分子。以相同方式測定控制抗原結合分子。接著，測試本揭露的抗原結合分子是否展現比控制抗原結合分子更強的細胞毒性活性來評估活性。 同時，可利用如以下步驟來評估或判斷體內抗腫瘤功效。將表現與本揭露抗原結合分子中的抗原結合位結合的抗原的細胞皮內或皮下移植到非人類動物對象。接著從移植日或之後，每日或以數天的期間將測試抗原結合分子投予至靜脈或腹膜腔。隨著時間測量腫瘤尺寸。腫瘤尺寸的變化差異可定義為細胞毒性活性。如在體外測定中，投予控制抗原結合分子。當投予本揭露的抗原結合分子群組中的腫瘤尺寸小於投予控制抗原結合分子群組中的腫瘤尺寸時，可評斷本揭露的抗原結合分子具有細胞毒性。 較佳使用甲基噻唑四氮唑(MTT)方法並測量同位素標記胸苷被細胞攝取來評估或判斷與本揭露抗原結合分子接觸以抑制表現與抗原結合分子中抗原結合位結合的抗原的細胞成長的效應。同時，上述評估或判斷體內細胞毒性活性的相同方法可較佳用以評估或判斷體內抑制細胞成長的活性。 本揭露抗體或抗原結合分子的TDCC可利用任何本揭露所屬技術領域中習知的合適方法來進行評估。例如，可利用乳酸脫氫酶(lactate dehydrogenase, LDH)釋放測定法來測量TDCC。在此測定法中，在存在測試抗體或抗原結合分子的情況下，將目標細胞(例如，表現CLDN6的細胞)與T細胞(例如，PBMC)進行培養，且從T細胞殺死的目標細胞所釋放的LDH活性是使用合適試劑進行測量。一般而言，細胞毒性活性是計算為來自與抗體或抗原結合分子培養而得的LDH活性相對於來自殺死100%目標細胞(例如，利用Triton-X處理而裂解)而得的LDH活性的百分比。若如前述計算的細胞毒性活性較高，則判斷測試抗體或抗原結合分子具有較高的TDCC。
或者或更甚者，例如，也可利用即時細胞成長抑制測定法來測量TDCC。在此測定中，目標細胞(例如，表現CLDN6的細胞)在測試抗體或抗原結合分子存在的情況下於96孔盤與T細胞(例如，PBMC)進行培養，且利用本揭露所屬技術領域中習知的方法監測目標細胞的成長，例如使用合適的分析儀器(例如，xCELLigence即時細胞分析儀)。由根據公式: CGI (%) = 100 - (CI Ab× 100 / CI NoAb)的細胞指標值(cell index value, CGI)判斷細胞成長抑制率(CGI: %)。「CI Ab」表示於特定實驗時間具有抗體或抗原結合分子的孔洞的細胞指標值，且「CI NoAb」表示沒有抗體或抗原結合分子的孔洞的平均細胞指標值。若抗體或抗原結合分子的CGI率高，亦即具有顯著正值，則可謂抗體或抗原結合分子具有TDCC活性。 在一態樣中，本揭露的抗體或抗原結合分子具有T細胞活化活性。可利用本揭露所屬技術領域中習知的方法來測定T細胞的活化，例如使用對其活化反應而表現報導基因(例如，螢光素酶)的改造T細胞株(例如，Jurkat / NFAT-RE Reporter細胞株(T Cell Activation Bioassay, Promega))的方法。此方法中，目標細胞(例如，表現CLDN6的細胞)在測試抗體與抗原結合分子存在的情況下與T細胞進行培養，且接著利用適合作為T細胞活化指標的方法測量報導基因表現產物的水平或活性。當報導基因為螢光素酶基因時，可測量來自於螢光素酶與其受質之間的反應發光作為T細胞活化的指標。若如前述所測量的T細胞活化程度較高，則判斷測試抗體或抗原結合分子具有較高的T細胞活化活性。
醫藥組成物 在一態樣中，本揭露提供一種包括本揭露抗原結合分子或抗體的醫藥組成物。在某些實施例中，本揭露的醫藥組成物誘導T細胞依賴性細胞毒性，換言之，本揭露的醫藥組成物為誘導細胞毒性的治療劑。在某些實施例中，本揭露的醫藥組成物為用於治療及/或預防癌症的醫藥組成物。在某些實施例中，本揭露的醫藥組成物為用於治療及/或預防CLDN6陽性的癌症或表現CLDN6的癌症的醫藥組成物，該CLDN6陽性的癌症或表現CLDN6的癌症包含卵巢癌、非小細胞肺癌、胃癌、肝癌、子宮內膜癌或生殖細胞腫瘤；及其他CLDN6陽性的癌症或表現CLDN6的癌症。在某些實施例中，本揭露的醫藥組成物為細胞成長抑制劑。在某些實施例中，本揭露的醫藥組成物為抗癌劑。
本揭露的醫藥組成物、本揭露的誘導細胞毒性的治療劑、細胞成長抑制劑或抗癌劑若有需要，可與不同種類的抗原結合分子或抗體配製。例如，可利用本揭露多重抗原結合分子或抗體的混合物(cocktail)增強針對表現抗原的細胞的細胞毒性作用。
將具有所欲純度的此抗原結合分子或抗體與一或多種可選的醫藥上可接受載體(Remington's Pharmaceutical Sciences 16 thedition, Osol, A. Ed. (1980))以凍乾製劑或水溶液的形式混合來製備包括如本文所述的抗原結合分子或抗體的醫藥組成物。醫藥上可接受載體在所採用的劑量與濃度一般對於接受者是無毒性的，且其包括但不限於：緩衝液如磷酸鹽、檸檬酸鹽及其他有機酸；抗氧化劑，包括抗壞血酸與甲硫胺酸；防腐劑(如氯化十八烷基二甲基苄銨(octadecyldimethylbenzyl ammonium chloride)；氯化六甲銨(hexamethonium chloride)；氯化苄二甲基烴銨(benzalkonium chloride)；氯化苯索寧(hexamethonium chloride)；苯酚；丁醇或苄醇；對羥基苯甲酸烷酯，如對羥基苯甲酸甲酯或對羥基苯甲酸丙酯；兒茶酚；間苯二酚；環己醇；3-戊醇；及間甲酚)；低分子量(小於約10個殘基)多肽；蛋白質，如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，如聚乙烯吡咯啶酮；胺基酸，如甘胺酸、麩醯胺酸、天門冬醯胺酸、組胺酸、精胺酸或離胺酸；單糖、雙糖和其它醣類，包含葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，如EDTA；糖類，如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；形成鹽相對離子，如鈉；金屬複合體(例如鋅蛋白質複合體)；及/或非離子界面活性劑，如聚乙二醇(PEG)。本文中的例示性醫藥上可接受載體更包括藥物間質分散劑，如可溶中性活性玻尿酸酶醣蛋白(soluble neutral-active hyaluroidase glycoproteins, sHASEGP)，例如，人類可溶PH-20玻尿酸酶醣蛋白，如rHuPH20(HYLENEX(註冊商標)，Baxter International, Inc.)。某些示例性sHASEGP及使用方法，包含rHuPH20，描述於美國專利公開號2005/0260186及2006/0104968中。在一態樣中，sHASEGP與一或多種額外的葡糖胺聚醣酶結合，葡糖胺聚醣酶如軟骨素酶。 例示性凍乾的抗體配方描述於美國專利號6,267,958中。水溶液抗體配方包含描述於美國專利號6,171,586及WO 2006/044908中的水溶液抗體配方，後者的配方包含組胺酸-醋酸鹽緩衝液。
對於治療的特定適應症所需，本文的配方亦可包含多於一種的活性成分，較佳為具有不會對彼此造成負面影響的互補活性的活性成分。此活性成分適合以對於目的用途有效的量的組合存在。
若有需要，可將本揭露的抗原結合分子或抗體裝入微膠囊(羥甲基纖維素、明膠、聚[甲基丙烯酸甲酯]等製成的微膠囊)中，且可製成膠體藥物遞送系統(微脂體、白蛋白微球體、微乳劑、奈米粒子及奈米膠囊等)(參照如"Remington’s Pharmaceutical Science 16 thedition", Oslo Ed.(1980))的成分。再者，將製劑製備成緩釋製劑的方法是習知的，且這些方法可應用於本揭露的抗原結合分子(J. Biomed. Mater. Res. (1981) 15, 267-277；Chemtech. (1982) 12, 98-105；美國專利號3773719、歐洲專利申請號EP58481及EP133988；Biopolymers (1983) 22, 547-556)。
若需要，可以將包括編碼有本揭露的抗原結合分子或抗體的核酸分子的載體導入個體，以在個體內直接表現本揭露的抗原結合分子或抗體。可使用的載體範例為腺病毒，但不限於此。亦可將編碼有本揭露的抗原結合分子或抗體的核酸分子直接投予個體，或者經由電穿孔將編碼有本揭露的抗原結合分子或抗體的核酸分子轉移至個體，或者投予待表現或待分泌之包括編碼有本揭露的抗原結合分子或抗體的核酸分子之細胞至個體，以在個體中連續表現及分泌本揭露的抗原結合分子或抗體。 本揭露的醫藥組成物、細胞成長抑制劑或抗癌劑可口服或腸胃外投予至患者。較佳為腸胃外投予。具體而言，此投予方法包括注射、鼻腔投予、經肺投予及經皮投予。例如，注射包括靜脈內注射、肌肉內注射、腹腔內注射、皮下注射等。例如，可透過注射而局部或系統性投予本揭露的醫藥組成物、本揭露的誘導細胞毒性的治療劑、細胞成長抑制劑或抗癌劑。再者，適當的投予方法可根據患者的年齡與症狀而選擇。例如，投予劑量可擇自每次投予每kg體重0.0001mg至1,000mg之間的範圍。或者，例如，劑量可擇自每位患者0.001mg/body至100,000mg/body之間的範圍。然而，本揭露醫藥組成物的劑量並不限於這些劑量。
本揭露的醫藥組成物較佳包括本文所述的抗原結合分子或抗體。在一態樣中，組成物為用於誘導細胞毒性的醫藥組成物。在另一態樣中，組成物為用於治療或預防癌症的醫藥組成物。癌症較佳為大腸直腸癌或胃癌。本揭露的醫藥組成物可用於治療或預防癌症。因此，本揭露提供治療或預防癌症的方法，其中將本文所述的抗原結合分子或抗體投予至有需要的患者。
本揭露也提供透過將表現CLDN6的細胞與本揭露結合至CLDN6的抗原結合分子接觸，而損害表現CLDN6的細胞或CLDN6陽性的癌症或抑制細胞成長的方法。本揭露抗原結合分子所結合的細胞只要能表現CLDN6即可，並沒有特別限制。具體而言，在本揭露中，較佳的表現CLDN6的癌症或CLDN6陽性的癌症包含卵巢癌、非小細胞肺癌、胃癌、肝癌、子宮內膜癌或生殖細胞腫瘤。
在本揭露中，例如，可透過將本揭露的抗原結合分子添加至於體外培養的表現CLDN6細胞的培養基來進行「接觸(contact)」。在此情況下，欲添加的抗原結合分子可以適當的形式使用，例如溶液或利用凍乾製備而得的固體等。當本揭露的抗原結合分子以水溶液添加時，溶液可以是僅含有抗原結合分子的純水溶液，或是含有如前述界面活性劑、賦形劑、著色劑、調味劑(flavoring agent)、防腐劑、穩定劑、緩衝劑、懸浮劑、等滲劑、黏合劑、崩解劑、潤滑劑、流動性促進劑和矯味劑(corrigent)的溶液。添加的濃度並沒有特別限制，然而，培養基中的最終濃度較佳在1pg/ml至1g/ml之間的範圍，更佳為1ng/ml至1mg/ml，且更佳為1μg/ml至1mg/ml。
在本揭露的另一實施例中，也可透過體內投予至移植表現CLDN6的細胞的非人類動物，或投予至具有內源性表現CLDN6的癌細胞的動物來進行「接觸」。投予方法可以是口服或腸胃外的。特別偏好腸胃外投予。具體而言，腸胃外投予方法包括注射、鼻腔投予、經肺投予及經皮投予。例如，注射包括靜脈內注射、肌肉內注射、腹腔內注射、皮下注射等。例如，可透過注射而局部或系統性投予本揭露的醫藥組成物、誘導細胞毒性的治療劑、細胞成長抑制劑或抗癌劑。再者，可根據動物對象的年齡與症狀而選擇適當的投予方法。 當抗原結合分子以水溶液形式投予時，溶液可以是僅含有抗原結合分子的純水溶液，或是含有如前述界面活性劑、賦形劑、著色劑、調味劑(flavoring agent)、防腐劑、穩定劑、緩衝劑、懸浮劑、等滲劑、黏合劑、崩解劑、潤滑劑、流動性促進劑和矯味劑(corrigent)的溶液。例如，投予劑量可擇自每次投予每kg體重0.0001mg至1,000mg之間的範圍。或者，例如劑量可擇自每位患者0.001mg/body至100,000mg/body之間的範圍。然而，本揭露抗原結合分子的劑量並不限於這些範例。
本揭露也提供用於本揭露方法的套組，其包括本揭露的抗原結合分子或利用本揭露方法製造的抗原結合分子。套組可以與額外的醫藥上可接受載體或培養基，或敘述如何使用套組的說明書等一同包裝。
在本發明的另一態樣中，提供包括用於治療、預防及/或診斷前述病症的材料的製品。製品包括容器及容器上的標籤或與容器相關的藥品仿單。例如，合適的容器包括瓶子、小瓶(vial)、注射器、IV溶液袋等。容器可由各種材料如玻璃或塑膠製成。容器裝有組成物，組成物是單獨地或與對治療、預防及/或診斷病症有效的另一組成物結合，且可具有無菌的存取口(例如，容器可以是具有可被皮下注射針刺穿的塞子的靜脈內溶液袋或小瓶)。組成物中至少一活性成分為本發明的抗體。 標籤或藥品仿單標明組成物是用於治療特定的病症。此外，製品可包含(a) 包含組成物於其中的第一容器，其中組成物包括本發明的抗體；及(b) 包含組成物於其中的第二容器，其中組成物包括另外的細胞毒性劑或其它治療劑。在本發明的此實施例中的製品可更包括標明組成物可用於治療特定症狀的藥品仿單。或者或更甚者，製品可更包括第二(或第三)容器，其包括醫藥上可接受的緩衝液，如注射用抑菌水(bacreiostatic water for injection, BWFI)、磷酸鹽緩衝鹽水、Ringer溶液及右旋糖溶液。以商業角度與使用者角度而言，可更包括其他所需材料，包括其它緩衝液、稀釋劑、濾膜、針頭及注射器。
藥品仿單 「藥品仿單(package insert)」一詞指的是習慣包含於治療產品的商業包裝中的說明，其包含關於適應症、用法、劑量、投予、結合療法、禁忌症及/或有關這類治療產品的使用警語的資訊。
醫藥配方 「醫藥配方(pharmaceutical formulation)」或「醫藥組成物(pharmaceutical composition)」一詞指的是處於使包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式，且其不包含對將要投予此配方的對象具有不可接受的毒性之額外成分。
醫藥上可接受的載劑 「醫藥上可接受的載劑(pharmaceutically acceptable carrier)」指的是醫藥配方中活性成分以外的成分，對對象不具有毒性。醫藥上可接受的載劑包括但不限於緩衝液、賦形劑、穩定劑或防腐劑。
治療 如本文所使用，「治療(treatment)」(及其文法上的變化如治療(treat)或治療(treating))指的是意圖改變被治療個體自然病程的臨床介入，且可在臨床病理過程中進行或為了預防而進行。治療的預期效果包括但不限於防止疾病的發生或復發、減緩症狀、減少疾病任何直接或間接的病理結果、防止轉移、降低疾病進程的速率、改善或減輕疾病的狀態以及緩解或改善預後。在部分實施例中，本揭露的抗原結合分子或抗體用以延遲疾病的發展或減緩疾病的進程。
癌症 用詞「癌症(cancer)」與「癌變(cancerous)」指的是或描述的是哺乳類中的生理狀況，一般是以不受控制的細胞成長/增殖為特徵。
在某些實施例中，癌症為表現CLDN6或CLDN6陽性的癌症，其包含卵巢癌、非小細胞肺癌、胃癌、肝癌、子宮內膜癌或生殖細胞腫瘤；及其他CLDN6陽性的癌症或表現CLDN6的癌症。。
腫瘤 「腫瘤(tumor)」一詞指的是所有腫瘤性(neoplastic)細胞成長與增殖，無論是良性或惡性，以及所有前癌變或癌變細胞與組織。用詞「癌症」、「癌變」、「細胞增殖失調(cell proliferative disorder)」、「增殖失調(proliferative disorder)」與「腫瘤」於本文並不相互排斥。
其他製劑與治療 本文所述的多特異性抗原結合分子可與一或多種其他治療劑一起投予。例如，本文所述的多特異性抗原結合分子可與至少一種額外的治療劑共同投予。「治療劑(therapeutic agent)」一詞涵蓋治療有需要此治療的個體中的症狀或疾病而投予的任何製劑。這些額外的治療劑可包括適用於被治療的特定適應症的任何活性成分，較佳為不會彼此帶來負面影響的互補活性的活性成分。在某些實施例中，額外的治療劑為免疫調節劑、細胞抑制劑、細胞黏著抑制劑、細胞毒性劑、細胞凋亡活化劑、或增加細胞對細胞凋亡誘導劑靈敏度的製劑。在一特定實施例中，額外的治療劑為抗癌劑，例如微管破壞劑(microtubule disruptor)、抗代謝物、拓樸異構酶抑制劑、DNA插入劑(intercalator)、烷化劑、荷爾蒙療法、激酶抑制劑、受體拮抗劑、腫瘤細胞凋亡活化劑或抗血管新生劑。
這些其他製劑適合以對預期目的有效的含量存在。這些其他製劑的有效量取決多特異性抗原結合分子的使用量、病症或治療的種類及前文所討論的其他因素。多特異性抗原結合分子一般是以本文所述的相同劑量及投予途徑使用，或約本文所述劑量的1至99%，或以經驗/臨床上判斷為合適的任何劑量及任何途徑使用。
前文提及的這些組合療法涵蓋結合投予(其中相同或個別組成物中包含兩種或兩種以上的治療劑)以及個別投予，在此情況下，可在投予額外治療劑及/或佐劑之前、同步及/或之後投予本文所述的多特異性抗原結合分子。本文所述的多特異性抗原結合分子也可與放射療法一同使用。
本文引用的所有文獻均藉由引用併入本文。
以下為本揭露方法與組成物的範例。應能理解，在前述提供的總體描述的情況下，可實施其他各種實施例。 [實施例]
[實施例1]篩選衍生自親代Dual-Fab H183L072的親和性成熟變體以改善對腫瘤細胞的體外細胞毒性
1.1 親和性成熟變體的序列 為了增加親代Dual-Fab H183L072(重鏈：SEQ ID NO: 90；輕鏈：SEQ ID NO: 142)的結合親和性，使用H183L072作為模板，藉由於可變區導入單一或多個突變，產生1000個以上的Dual-Fab變體。抗體使用Expi293細胞(Invitrogen)表現，且利用蛋白質A純化法並接著利用凝膠過濾(有需要進行凝膠過濾時)來進行純化。帶有多個突變的15個代表的變體序列列於表1，且如下述的實施例1.2.2中，在25℃及/或37℃下使用Biacore T200儀器(GE Healthcare)評估結合動力學。
[表1]
Figure 02_image001
1.2. 親和性成熟變體的結合動力學資訊 1.2.1 人類CD3與CD137的表現與純化 人類CD3複合體的γ與ε次單元(人類CD3eg連接子)是透過29個單體單元的連接子連接，且Flag標籤融合至γ次單元的C端(SEQ ID NO: 169)。使用FreeStyle293F細胞株(Thermo Fisher)暫時表現此構築體。使用裝載有Q HP樹脂(GE healthcare)的管柱濃縮表現人類CD3eg連接子的條件培養基(conditioned media)，並接著將其應用於FLAG標籤親和性層析。收集包含人類CD3eg連接子的分液且接著以經1x D-PBS平衡的Superdex 200凝膠過濾管柱(GE healthcare)進行處理。然後匯集含有人類CD3eg連接子的分液並儲存於-80℃。
使用FreeStyle293F細胞株(Thermo Fisher)暫時表現C端有六組胺酸(hexahistidine)(His標籤)及生物素受體肽(biotin acceptor peptide, BAP)的人類CD137細胞外域(extracellular domain, ECD)(SEQ ID NO: 179)。將表現人類CD137細胞外域的條件培養基應用於HisTrap HP管柱(GE healthcare)，並以含有咪唑(Nacalai)的緩衝液沖提。收集含有人類CD137細胞外域的分液接著以經1x D-PBS平衡的Superdex 200凝膠過濾管柱(GE healthcare)進行處理。然後匯集含有人類CD137細胞外域的分液並儲存於-80℃。
1.2.2 對人類CD3與CD137的親和性測量 在25℃下，使用Biacore T200儀器(GE Healthcare)評估Dual-Fab抗體(Dual-Ig)對人類CD3的結合親和性。使用胺偶合套組(GE Healthcare)將抗人類Fc(GE Healthcare)固定於CM4感測晶片的所有流通槽(flow cell)。將抗體捕獲於抗Fc感測表面上，並接著將重組人類CD3或CD137注射於流通槽上。以pH7.4之含有 20 mM ACES、150 mM NaCl、0.05% Tween 20及0.005% NaN 3的ACES來製備所有抗體與分析物。每循環以3M MgCl 2再生感測表面。使用版本為2.0的Biacore T200評估軟體(GE Healthcare)處理數據並將其擬合至1:1結合模型以判斷結合親和性。以相同條件進行CD137結合親和性測定，但測定溫度設定為37℃。Dual-Fab抗體對重組人類CD3與CD137的結合親和性顯示於表2(表中用於表示K on、K off和KD值的表式E表示「10的次方(10 to the power of)」，例如3.54E+04 = 3.54*10 4)。
[表2]
Figure 02_image003
H0868L0581/hCD137複合體的X射線結晶結構
2.1. 用於共晶分析的抗體製備 選擇用於共晶分析的H0868L581與hCD137蛋白質。使用Expi293表現系統(Thermo Fisher Scientific) (Thermo Fisher Scientific)暫時轉染至和表現二價抗體。 收集培養上清液並使用MabSelect SuRe 親和性層析分析(GE Healthcare)從上清液中純化抗體，然後使用Superdex200 (GE Healthcare)進行凝膠過濾層析分析。
2.2. 人類CD137細胞外域(24-186)的表現與純化 在基夫鹼(kifunensine)的存在下，於HEK293細胞表現經由因子Xa可裂解連接子(Factor Xa cleavable linker)與Fc融合的人類CD137的細胞外域(CD137-FFc，SEQ ID NO: 166)。來自培養基的CD137-FFc藉由親和性層析分析(HiTrap MabSelect SuRe管柱，GE Healthcare)及粒徑篩析層析分析(HiLoad 16/600 Superdex 200 pg管柱，GE healthcare)進行純化。以因子Xa裂解Fc並且產物CD137細胞外域進一步以串聯的凝膠過濾管柱(HiLoad 16/600 Superdex 200 pg，GE healthcare)及蛋白質A管柱(HiTrap MabSelect SuRe 1ml, GE Healthcare)進一步純化並接著使用苯甲脒(Benzamidine) Sepharose樹脂(GE Healthcare)進行純化。匯集含有CD137細胞外域的分液且儲存於-80°C。
2.3. H0868L0581及抗-CD137對照抗體的Fab片段的製備 用於晶體結構分析的抗體係使用Expi293表現系統(Thermo Fisher Scientific)暫時轉染及表現。收集培養上清液且使用MabSelect SuRe 親和性層析分析(GE Healthcare)且接著使用Superdex200 (GE Healthcare)凝膠過濾層析分析進行純化。H0868L0581及習知抗-CD137對照抗體(下文中稱為137Ctrl，重鏈SEQ ID NO: 167，輕鏈SEQ ID NO: 168)的Fab片段藉使用以Lys-C (Roche)的限制性分解，接著裝載至蛋白質A管柱(MabSlect SuRe，GE Healthcare)以移除Fc片段、陽離子交換管柱(HiTrap SP HP，GE Healthcare)及凝膠過濾管柱 (Superdex200 16/60，GE Healthcare)等傳統方法而製備。匯集含有Fab片段的分液且儲存於-80°C。
2.4. H0868L0581 Fab、137Ctrl及人類CD137複合體的製備 經純化的CD137與用於去醣基化之GST-tag經融合的糖苷內切酶F1(Endoglycosidase F1)(內部的(in-house))混合，接著使用凝膠過濾管柱(HiLoad 16/600 Superdex 200 pg，GE healthcare)及蛋白質A管柱(HiTrap MabSelect SuRe 1ml，GE Healthcare)純化CD137。經純化的CD137與H0868L0581 Fab混合。複合體藉由凝膠過濾管柱(Superdex 200 Increase 10/300 GL，GE healthcare)純化，且後續地經純化的H0868L0581 Fab與CD137複合體和137Ctrl混合。該三元複合體藉由凝膠過濾層析分析(Superdex200 10/300 increase，GE Healthcare)使用經25 mM HEPES pH 7.3、100 mM NaCl平衡的管柱進行純化。
2.5. 結晶 經純化的複合體經濃縮至約10 mg/mL，以及於21°C藉由沉滴氣相擴散法(sitting drop vapor diffusion method)進行結晶。貯存溶液由0.1M Tris鹽酸鹽pH8.5、25.0% v/v聚乙二醇單甲基酯 550所組成。
2.6. 數據收集及結構測定 X-射線繞射數據於SLS藉由X06SA測定。測定期間，晶體恆定地置於-178°C氮氣流中以維持其於冷凍狀態，以及使用附於光束線上的Eiger X16M (DECTRIS)收集合計1440個X-射線繞射影像，而一次旋轉晶體0.25°。使用autoPROC程式(Acta. Cryst. 2011, D67: 293-302)、XDS 套裝軟體(Acta. Cryst. 2010, D66: 125-132)及AIMLESS (Acta. Cryst. 2013, D69: 1204-1214)進行決定晶格參數(cell parameter)、索引繞射點及處理自繞射影像所獲得的繞射數據，以及最終地獲得解析度達3.705 Å的繞射強度數據。晶體學數據統計示於表3。 結構以程式Phaser (J. Appl. Cryst. 2007, 40: 658-674)藉由分子置換定義。研究模型衍生自已公開的晶體結構(PDB code：4NKI及6MI2)。以Coot程式(Acta Cryst. 2010, D66: 486-501)建立模型且以程式Refmac5(Acta Cryst. 2011, D67: 355-367)及PHENIX(Acta Cryst. 2010, D66: 213-221)進行精化(refined)。對於由77.585-3.705 Å的繞射強度數據的晶體學可信賴因子(reliability factor，R)為22.33 %，具有游離R值(free R value)為27.50%。結構精化統計資料示於表3。
[表3] X-射線數據收集及精化統計資料
Figure 02_image005
Figure 02_image007
，其中 lj(hkl)及 ＜I(hkl)＞分別為具有指數 hkl的用於反射之測量強度 j及平均強度。
Figure 02_image009
，其中 F obs 及 F calc 分別為觀察到並計算出的結構因子振幅。 C; R free 是以5%的反射隨機預留(reflection randomly set aside)計算。
2.7. H0868L0581 Fab及CD137的交互作用位點的鑑定 H0868L0581 Fab、137Ctrl及 CD137的三元複合體的晶體結構於3.705 Å解析進行測定。在第1圖及第2圖中，H0868L0581 Fab接觸區的抗原決定位分別定位(mapped)於CD137胺基酸序列及於晶體結構。抗原決定位包涵於晶體結構中含有來自H0868L0581 Fab的任何部份在位於4.5 Å距離內的一個或多個原子的CD137的胺基酸殘基。此外，3.0 Å內的抗原決定位醒目標示於第1圖及第2圖中。
如第1圖及第2圖所示，晶體結構顯示CD137的CRD1中的L24-N30結合於H0868L0581 Fab的重鏈及輕鏈之間所形成的口袋(pocket)中，特別地L24-S29深埋以使得CD137的N-端定向朝向口袋的深度。此外，CD137的CRD1中的N39-I44及CRD2中的G58-I64由H0868L0581 Fab的重鏈CDR所辨識。CRD為域的名稱，其由W2015/156268所記載的稱為CRD參照的Cys-Cys所形成的結構予以劃分。
發明人鑑定出辨識N-端區的抗-人類CD137抗體，特別是人類CD137的L24-N30，並且也確認了針對此區的抗體可於細胞活化CD137。
[實施例3]抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體的製造
利用FAST-Ig (WO2013065708)或CrossMab技術製造三特異性抗體，其具有靶定密連蛋白-6的一臂以及對CD3與CD137的具有雙重靶定功能的另一臂(第3圖)。三特異性抗體中各個Fv區的目標抗原顯示於表4。每個鏈的命名規則繪示於第3圖，且SEQ ID NO顯示於表5中。各可變區的序列顯示於表6。
Fc區為Fcγ R靜默且去醣基化。應用FcRn增強的突變Act5(M428L、N434A、Q438R、S440E)以改善抗體的PK。應用於各抗體之經改良組成示於表7-1及7-2，且FAST06、FAST22和FAST30的細節示於表 8。所有抗體可藉由在Expi293 細胞(Invitrogen)中的暫時表現而以三特異性形式表現且根據參考例1進行純化。
[表4]抗體命名及Fv命名
Figure 02_image011
[表5] 抗體命名及SEQ ID No
Figure 02_image013
[表6] Fv命名、VH、VL及其CDR1-3 SEQ ID No
Figure 02_image015
[表7-1] 應用於各抗體之經改良組成
Figure 02_image017
[表7-2] 接續表7-1
Figure 02_image019
[表8] 在可變區的FAST-Ig-改良
Figure 02_image021
[實施例4] 針對CLDN家族特異性的FACS分析
胺基酸序列在CLDN3、CLDN4、CLDN6及CLDN9中高度保守。因此，發明人藉由FACS分析測定包括作為VH的65HQ39E及作為VL的54L0532Q38K之CLDN6結合Fv的CLDN6結合特異性。將hCLDN6/BaF、hCLDN3/BaF、hCLDN4/BaF及hCLDN9/BaF與在15μg/ml包括CLDN6結合Fv CLDN6AE25E及CD3結合Fv(重鏈可變區 SEQ ID NO: 184，輕鏈可變區 SEQ ID NO: 185)之抗CLDN6/CD3雙特異性抗體(CS2961)培養。另一抗CLDN6/CD3雙特異性抗體(6PHU3/TR01)及對CLDN6沒有結合能力的抗體(KLH/TR01)使用作為染色對照組。6PHU3/TR01及KLH/TR01包含相同的CD3結合Fv(重鏈可變區 SEQ ID NO: 188，輕鏈可變區 SEQ ID NO: 189)。6PHU3/TR01的CLDN6結合Fv包括示於SEQ ID NO: 190的重鏈可變區及示於SEQ ID NO: 191的輕鏈可變區。KLH/TR01包括KLH結合Fv(重鏈可變區 SEQ ID NO: 186，輕鏈可變區 SEQ ID NO: 187)。 以Alexa Fluor 488-共軛的抗人類IgG(Invitrogen)偵測各抗體的結合。藉由eFluor 780(Invitrogen)染色分離死細胞。 如第4圖所示，相較於6PHU3/TR01，CS2961顯示對CLDN6較佳的特異性。
[實施例5] 抗CLDN6/CD3雙特異性抗體及抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體的T細胞依賴性細胞毒性的測定
第5圖顯示針對NIH:OVCAR-3(高度CLDN6表現卵巢癌細胞株)與A2780及COV413A(低度CLDN6表現卵巢癌細胞株)的 抗CLDN6/CD3雙特異性抗體(CS3348)及五個抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體(PPU4134、PPU4135、PPU4136、PPU4137及PPU4138)之T細胞依賴性細胞毒性。抗體的序列示於表9。
[表9]
Figure 02_image023
使用人類PBMC以LDH分析評估細胞毒性。15,000個目標細胞及150,000個人類PBMC(E/T = 10)植入96孔U底盤的各孔中並在37℃及5% CO 2下以各濃度抗體培養隔夜。藉由LDH細胞毒性偵測套組(Takara Bio)測定目標細胞殺傷。 各抗體的細胞毒性(%)使用下列公式計算： 細胞毒性活性 (%) = (A - B - C) x 100 / (D - C) 「A」表示以抗體和PBMC處理的孔的平均吸光值， 「B」表示僅以效應子細胞PBMC處理的孔的平均吸光值， 「C」表示僅以未處理的目標細胞處理的孔的平均吸光值，且 「D」表示以Triton-X裂解目標細胞的孔的平均吸光度值。再者，在含有PBMC及目標細胞而不含抗體的孔中計算出的細胞毒性設為0%。所有抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體顯示針對CLDN6表現細胞的T細胞依賴性細胞毒性。
[實施例6] 產生CD137/CD3雙人源化小鼠
使用小鼠胚胎幹細胞以人類CD137基因體序列取代小鼠內源性Cd137基因體區，以產生敲入(knock-in, KI)人類CD137的小鼠品系(strain)。將人類CD3 EDG取代小鼠建立為CD3複合體-CD3e、CD3d與CD3g的所有三個組成皆以其人類對應體(counterpart)-CD3E、CD3D與CD3G進行取代的品系(Scientific Rep. 2018; 8: 46960)。將敲入人類CD137的小鼠與人類CD3 EDG取代小鼠雜交育種(crossbreeding)而建立CD137/CD3雙人源化小鼠品系。
[實施例7] 利用hCD3/hCD137小鼠對抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體的體內功效評估
於實施例3製備的抗體使用腫瘤負荷模型(tumor-bearing model)評估其體內功效。 對於體內功效評估，使用實施例6建立的CD3/CD137雙人源化小鼠，下文中被稱為「hCD3/hCD137小鼠」。具有穩定的人類CLDN6表現的細胞移植至hCD3/hCD137小鼠，以及經確認腫瘤形成的hCD3/hCD137小鼠藉由投予抗體進行治療。
更具體而言，在使用下述測試的腫瘤負荷模型的抗體藥效試驗中，進行了以下試驗。CLDN6表現細胞(1x10 6cell)移植至hCD3/hCD137小鼠的腹股溝皮下區(inguinal subcutaneous region)。移植日定義為第0日。移植後第9日，根據其體重及腫瘤尺寸將小鼠隨機分組。於隨機分組日，抗體以6 mg/kg經由尾靜脈靜脈內投藥。抗體僅投予一次。每3至4日以抗腫瘤測試系統 (ANTES version 7.0.0.0)測定腫瘤體積及體重。
另一體內功效評估中，CLDN6表現細胞移植至hCD3/hCD137小鼠的右側腹(right flank)。於第9日，根據它們的腫瘤體積及體重，將小鼠隨機分組，且靜脈注射媒劑(vehicle)或實施例3所製備的抗體。每週測定腫瘤體積二次。對於IL-6分析，小鼠於治療後2小時採血。血漿樣本根據製造商指示，以Bio-Plex Pro Mouse Cytokine Th1 Panel予以分析。
[實施例8] 利用乳酸脫氫酶釋放分析進行細胞毒性活性的體外測定
抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體PPU4135的細胞毒性活性藉由乳酸脫氫酶(LDH)釋放分析評估。 使用表現人類CLDN6之人類胃癌細胞株NUGC-3 (JCRB)、人類畸形癌(teratocarcinoma)細胞株PA-1 (ATCC)、人類子宮癌細胞株SNG-M (JCRB)、人類睪丸生殖細胞腫瘤細胞株NEC8 (JCRB)、以及人類卵黃囊(yolk-sac)腫瘤細胞株NEC14 (JCRB)作為目標細胞。
冷凍後的PBMC(CTL)以CTL抗聚集洗滌和含有10% FBS的RPMI-1640培養基(SIGMA)(稱為10%FBS/RPMI)洗滌，PBMC調整成3 x 10 6cells / mL。這些PBMC使用作為效應子細胞。 自培養皿脫附目標細胞並以含有1.5 x 10 4cells的100 μL/孔接種在U型底透明96孔盤上(Corning)。將50 μL人類PBMC溶液(1.5 x 10 5cells)及選擇自0.004、0.04、0.4、4或40 nM濃度的50 μL製備抗體分別加入至孔中。於37℃下培養隔夜之後，將盤離心並將來自各孔的100μL培養上清液轉移到新的平底透明 96 孔盤中。接著，每孔加入100 μL的LDH檢測試劑(含催化劑的染料溶液，TaKaRa），並在室溫下培養30分鐘。藉由EnVision(PerkinElmer Japan)測定在490 nm及620 nm的吸光度。
細胞毒性活性率(%)是根據下列公式自490 nm與620 nm之間的差進行計算： 細胞毒性活性 (%) = (A - B - C) x 100 / (D - C) 「A」表示以抗體和PBMC處理的孔的平均吸光值， 「B」表示僅以效應子細胞PBMC處理的孔的平均吸光值， 「C」表示僅以未處理的目標細胞處理的孔的平均吸光值，且 「D」表示以Triton-X裂解目標細胞的孔的平均吸光度值。從所有吸光值中減去培養基孔的平均吸光值。再者，在含有PBMC及目標細胞而不含抗體的孔中計算出的細胞毒性設為0%。所有抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體顯示針對所使用的所有細胞株的T細胞依賴性細胞毒性。 結果示於第7圖。
[實施例9]即時細胞成長抑制分析(xCELLigence分析)
使用xCELLigence RTCA MP儀器(ACEA Biosciences)藉由細胞增殖分析評估由抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體介導的T細胞依賴性成長抑制。
使用表現人類CLDN6的人類卵巢癌細胞株NIH:OVCAR-3 (ATCC)及人類肺癌細胞株NCI-H1435 (ATCC)作為目標細胞。
以先前已引入有500 μL的1,000 單位/mL肝素溶液(NovoNordisk)之注射器從健康成年志願者採集50 mL周邊血液。以PBS (-)稀釋均分成四等份的周邊血液注入15 mL的Ficoll-Paque PLUS，並在Leucosep淋巴球分離管中離心(Greiner Bio-One)。在離心分離管(在室溫，2150 rpm，10分鐘)後，分離周邊血液單核細胞(下文稱為PBMC)分液層。以含有10% FBS的RPMI-1640培養基(SIGMA)(稱為10%FBS/RPMI)清洗PBMC一次之後，PBMC調整成4 x 10 5cells / mL。這些PBMC使用作為效應子細胞。
1 x 10 4目標細胞以100 μL/孔植入E-Plate 96盤(Roche Diagnostics)。在隔夜培養之後，2 x 10 4T細胞與選擇自0.004、0.04、0.4、4或40 nM濃度的抗體一起分別以50 μL/孔加入。在培養盤的期間，使用xCELLigence每15分鐘監測細胞成長持續72小時。根據如CGI (%) = 100 - (CI Abx 100 / CI NoAb)給定的公式自細胞指標值(cell index value, CGI)判斷細胞成長抑制率(CGI: %)。「CI Ab」表示於特定實驗時間具有抗體的孔的細胞指標值，且「CI NoAb」表示於相同實驗時間沒有抗體的孔的平均細胞指標值。
結果顯示所有抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體以劑量依賴性方式抑制CLDN6表現癌細胞株(OVCAR-3及NCI-H1435)的細胞成長。 結果示於第8圖。
[實施例10] 與CLDN6表現腫瘤細胞共培養的NFAT-luc2 Jurkat細胞株中的T細胞活化
使用GloResponse NFAT-luc2 Jurkat細胞(Promega, J1601)作為效應子細胞藉由螢光素酶分析測定經由以抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體結合CD3之T細胞活化。人類卵巢癌細胞株OVCAR-3(ATCC)及肺腺癌細胞株NCI-H1435(ATCC)使用作為密連蛋白-6內源性表現細胞。人類膀胱癌細胞株5637(ATCC)使用作為CLDN6陰性細胞。
分析如以下方式執行。首先，自培養皿脫附上述癌細胞株並以25 μL/孔(2 x 10 4cells)接種在白色平底96孔盤上(Coster #3917)。接著，1 x 10 5Jurkat / NFAT-RE報導細胞株與選擇自0.003、0.03、0.3、3或30 nM濃度的抗體一起分別以25 μL/孔加入。在37℃下培養隔夜之後，以75 μL/孔加入Bio-Glo試劑(Promega #G7941)，接著進一步在室溫下培養10分鐘。接著，以EnSpire (PerkinElmer Japan)測定來自活化Jurkat細胞所產生的發光。藉由在具有抗體和沒有抗體的孔之間進行比較以計算各孔的發光倍數。
使用CLDN6表現人類細胞株(OVCAR3及NCI-H1435)和CLDN6陰性細胞株(5637)作為目標細胞的抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體及CS3348的NFAT訊號活化特性的結果示於第9圖。
在密連蛋白-6陽性細胞株的存在下，以劑量依賴性方式觀察到藉由所有抗體的NFAT活化。另一方面，在密連蛋白-6陰性細胞株5637的存在下，觀察到即使高濃度的抗體下也幾乎沒有活化。
[實施例11] 與CLDN6表現腫瘤細胞共培養的Jurkat表現人類4-1BB及螢光素酶報導細胞株中的NFκB活化
使用GloResponse TMNFκB luc2/4-1BB Jurkat (Promega, CS196004)評估經由以抗CLDN6/Dual-Fab的三特異性抗體結合CD137的NFκB活化。人類卵巢癌細胞株OVCAR-3(ATCC)及肺腺癌細胞株NCI-H1435(ATCC)使用作為密連蛋白-6內源性表現細胞。人類膀胱癌細胞株5637(ATCC)使用作為CLDN6陰性細胞。
分析如以下方式執行。首先，自培養皿脫附上述癌細胞株並以25 μL/孔(2 x 10 4cells)接種在白色平底96孔盤上(Coster #3917)。接著，轉移5 x 10 4cells的NFκB luc2/4-1BB Jurkat報導細胞株，並混合含有滴定抗體的25ul培養基。在37℃下培養分析盤6小時之後，以75 μL/孔加入Bio-Glo試劑(Promega #G7941)，接著進一步在室溫下培養10分鐘。接著，以EnVision(PerkinElmer Japan)測定來自活化Jurkat細胞所產生的發光。藉由在具有各抗體(0.003、0.03、0.3、3或30 nM)和沒有抗體的孔之間進行比較以計算各孔的發光倍數。
使用CLDN6表現人類細胞株(OVCAR3及NCI-H1435)和CLDN6陰性細胞株(5637)作為目標細胞的抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體及CS3348的NFκB訊號活化特性的結果示於第10圖。
在密連蛋白-6陽性細胞株的存在下，以劑量依賴性方式觀察到藉由所有抗體的NFκB活化。特別是，在抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體存在下，觀察到更大的活化。另一方面，在密連蛋白-6陰性細胞株5637的存在下，觀察到即使高濃度的抗體下也沒有活化。
[實施例12] 體內抗腫瘤功效研究
利用腫瘤負荷小鼠模型評估抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體的體內抗腫瘤功效。將表現人類CLDN6的人類癌細胞株(NCI-H1435或OV-90)皮下移植至藉由注射衍生自臍帶血的人類幹細胞的人源化NOG小鼠(HuNOG小鼠模式)。將腫瘤負荷小鼠隨機分成接受抗體投予的治療組、或投予媒劑作為對照組(表10)。
在移植後第8日(NCI-H1435)或第16日(OV90)根據腫瘤尺寸及體重將小鼠隨機分組之後，靜脈投予抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體。抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體僅投予一次。測量腫瘤體的長度(L)及寬度(W)，且如下計算腫瘤體積(TV)：TV = (L x W x W) / 2
與媒劑投予對照組相比，在抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體投予組觀察到抗腫瘤功效(第11圖及第12圖)。
[表10] 體內抗腫瘤功效評估的研究群組的細節 a. 利用NCI-H1435/HuNOG小鼠模式的研究群組
Figure 02_image025
b. 利用OV-90/HuNOG小鼠模式的研究群組
Figure 02_image027
[實施例13] 抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體的毒理學研究 PPU4135抗體(抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體)的潛在毒性是與CS3348抗體(抗CLDN6/CD3雙特異性抗體)相比而在使用食蟹猴的毒性研究中評估。由於PPU4135及CS3348抗體兩者與食蟹猴的其抗原發生交叉反應，因此選擇食蟹猴作為用於體內毒理學研究評估的動物物種。單一劑量毒理學研究的摘要示於表11。由於在CS3348的毒性研究中，雄性動物的毒理學結果似乎比雌性動物更敏感(第13圖)，因此使用2隻雄性用於評估PPU4135介導的毒性。在此研究中，劑量水平設定為100(用於CS3348)或90(用於PPU4135)μg/kg，這是產生最大反應的80%的有效濃度的約2.57倍。
[表11] 毒理學研究的摘要
Figure 02_image029
IV=靜脈內
在以CS3348或PPU4135治療的雄性動物中，直到第8天，PPU4135治療組與CS3348治療組之間的血漿暴露水平相當。在單一投予這些抗體後，注意到有增加的AST(天門冬胺酸轉胺酶)、ALT(丙胺酸轉胺酶) and GLDH(麩胺酸去氫酶)(肝臟酵素)；ALP(鹼性磷酸酶、TBIL(總膽紅素)、GGT(γ-麩胺酸轉胜肽酶)及TBA(總膽汁酸)(肝膽損傷參數)；以及CRP(C反應蛋白)(發炎指標物)(第13圖)。雖然這些經抗體治療的雄性動物之間的肝臟酵素水平差異很小(第13圖)，但在整個研究中，藉由PPU4135投予顯著減輕肝膽損傷參數及發炎指標物的升高，而不是藉由CS3348投予(第13圖)。這些結果表明，藉由使用抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體而不是使用抗CLDN6/CD3雙特異性抗體可減弱產品介導的肝毒性，主要是肝膽損傷。
[實施例14] 抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體的特徵化 於25℃下使用Biacore T200儀器(GE Healthcare)在pH 7.4評估抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體針對人類及食蟹猴(cyno)的CLDN6 VLP(類病毒粒子)的結合親和性。使用胺偶合套組(GE Healthcare)將抗人類CD81(BD Pharmingen)抗體固定於C1感測晶片的所有流通槽上。人類及食蟹猴的CLDN6 VLP藉由抗-人類CD81抗體被捕獲至感測器表面上。各VLP藉由緩衝液(20 mM磷酸鈉(NaPhosphate)、150 mM NaCl、0.1 mg/mL BSA、0.005% NaN 3，pH 7.4)稀釋5倍。於緩衝液(20 mM磷酸鈉、150 mM NaCl、0.1 mg/mL BSA、0.005% NaN 3，pH 7.4)中製備待測試抗體。以50及200 nM注射抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體，然後解離。各循環是以0.1% SDS及100 mM H 3PO 4再生感測器表面。如表12所示，PPU4135對食蟹猴的CLDN6的結合親和性與對人類CLDN6的結合親和性相當。使用T200 Evaluation software，版本 2.0(GE Healthcare)藉由處理及擬合(fitting)數據至1:1結合模型而判斷結合親和性。
於25℃下使用Biacore 8K儀器(GE Healthcare)在pH 7.4評估抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體針對重組人類及食蟹猴CD3eg(CD3的γ和ε次單元)的結合親和性。於37℃下使用Biacore 8K儀器(GE Healthcare)在pH 7.4評估抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體針對重組人類及食蟹猴CD137的結合親和性。使用胺偶合套組(GE Healthcare)將抗-人類Fc(GE Healthcare)抗體固定於CM4感測晶片的所有流通槽上。於pH 7.4之含有20 mM ACES、150 mM NaCl、0.05% Tween 20、0.005% NaN 3的ACES中製備待測試抗體及分析物。抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體藉由抗-人類Fc被捕獲至感測器表面上。抗體捕獲水平的目標為300共振單位(RU)。以500及2000 nM兩者注射重組CD3eg及CD137，然後解離。各循環是以3M MgCl 2再生感測器表面。如表12所示，PPU4135對食蟹猴的CD3eg及食蟹猴的CD137的結合親和性分別與對人類CD3eg 及CD137的結合親和性相當。使用Biacore Insight Evaluation software (GE Healthcare)藉由處理及擬合(fitting)數據至1:1結合模型而判斷結合親和性。
[表12] PPU4135對人類及食蟹猴抗原的結合親和性
Figure 02_image031
(用於表現表中的ka (1/Ms)、kd (1/s)、KD值的符號E表示「10的次方」，例如，2.17E+05 = 2.17*10 5)
[參考例1]抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體的純化
將重鏈及輕鏈可變區選殖到含有重鏈和輕鏈恆定區的表現載體中，重鏈和輕鏈恆定區具有用於異源二聚化(hetero-dimerization)的各自突變。用於體外和體內研究的大規模抗CLDN6/Dual-Fab三特異性抗體製備，根據供應商的使用說明，使用使用Expi293F細胞(Life technologies) 暫時表現抗體。含有重組抗體的培養基首先以MabSelect Sure (GE healthcare)管柱純化，並以50 mM乙酸沖提。經沖提的抗體以1.5M Tris HCl/1M 精胺酸HCl緩衝液中和。然後將ProA沖提液裝載到20 mM磷酸鈉，pH6緩衝液中的陽離子交換HiTrap SP-HP(GE healthcare)管柱上，並以20 mM磷酸鈉、1M NaCl，pH6緩衝液進行沖提。匯集並濃縮含有雙特異性抗體的分液。為了移除高分子量及/或低分子量成分，使用Superdex 200管柱(GE healthcare)在P1緩衝液(20mM 組胺酸、150mM精胺酸、162.1mM Asp，pH6.0)中進行粒徑篩析層析分析。純化的雙特異性抗體濃縮並儲存於-80℃冷凍庫。
[參考例2] 密連蛋白表現細胞的產生
表現人類CLDN6的Ba/F3細胞(hCLDN6/BaF)、表現人類CLDN9的Ba/F3細胞(hCLDN9/BaF)、表現人類CLDN3的Ba/F3細胞(hCLDN3/BaF)、表現人類CLDN4的Ba/F3細胞(hCLDN4/BaF)、表現小鼠CLDN6的Ba/F3細胞(mCLDN6/BaF)、表現小鼠CLDN9的Ba/F3細胞(mCLDN9/BaF)、表現小鼠CLDN3的Ba/F3細胞(mCLDN3/BaF)以及表現小鼠CLDN4的Ba/F3細胞(mCLDN4/BaF)藉由將人類CLDN6、人類CLDN9(SEQ ID NO: 198)、人類CLDN3(SEQ ID NO: 199)、人類CLDN4(SEQ ID NO: 200)、小鼠CLDN6(SEQ ID NO: 201)、小鼠CLDN9(SEQ ID NO: 202)、小鼠CLDN3(SEQ ID NO: 203)及小鼠CLDN4 (SEQ ID NO:204)表現載體轉染至小鼠pro B細胞株Ba/F3建立。
密連蛋白家族蛋白質具有兩個可被抗體觸及的細胞外域。關於人類CLDN6和人類CLDN9的細胞外域的胺基酸序列相似性，第一細胞外域幾乎相同，第二細胞外域只有兩個不同的胺基酸(第6圖)。將人類密連蛋白6的第156 位的麩醯胺酸(SEQ ID NO: 196或197所示之序列中的第156位)置換為白胺酸，以製備人類CLDN6突變體，該突變體包含與第156位的人類密連蛋白9相同的胺基酸。此CLDN6突變體命名為hCLDN6(Q156L) (SEQ ID NO: 205)。穩定表現hCLDN6(Q156L)的Ba/F3轉染體利用上述相似的方法產生。所建立之Ba/F3轉染體命名為hCLDN6(Q156L)/BaF。
使用293fectin (Invitrogen)藉由將人類及小鼠CLDN(包含CLDN6、CLDN9、CLDN3及CLDN4)的表現載體導入至FreeStyle TM293-F細胞(Invitrogen)而產生暫時表現人類及小鼠CLDN3、4、6及9的FreeStyle TM293-F轉染細胞。所產生的FreeStyle TM293-F轉染細胞分別命名為hCLDN3/FS293、hCLDN4/FS293、hCLDN6/FS293、hCLDN9/FS293、mCLDN3/FS293、mCLDN4/FS293、mCLDN6/FS293及mCLDN9/FS293。 [產業可利用性]
本揭露提供可結合至CD3及CD137(4-1BB)但不同時結合至CD3及CD137，且可結合至CLDN6的多特異性抗原結合分子。本揭露的多特異性抗原結合分子透過與CD3/CD137及CLDN6結合，以CLDN6依賴性的方式展現出增強的T細胞依賴性細胞毒性活性。多特異性抗原結合分子及其醫藥組成物可用於靶定表現CLDN6的細胞，且用於治療各種癌症的免疫療法中，特別是與CLDN6相關的癌症，例如CLDN6陽性的癌症。
無
第1圖顯示在CD137上的H0868L0581 Fab接觸區的抗原決定位。於晶體結構作圖的抗原決定位(黑色：距H0868L0581小於3.0 Å，條紋：距H0868L0581小於4.5 Å)。 第2圖顯示在CD137上的H0868L0581 Fab接觸區的抗原決定位。於CD137胺基酸序列作圖的抗原決定位(深灰色球體：距H0868L0581小於3.0 Å，淺灰色球體：距H0868L0581小於4.5 Å)。 第3圖描繪各種抗體型式。表4的各Fv區的註釋且表4、表5和表6的命名規則。圖(a)描繪利用FAST-Ig的1+1雙特異性抗體；圖(b)描繪利用CrossMab技術的1+1雙特異性抗體。 第4圖顯示抗CLDN6/CD3雙特異性抗體(CS2961及6PHU3/TR01)對人類CLDN家族蛋白質(CLDN3、CLDN4、CLDN6及CLDN9)的結合活性。抗CLDN6/CD3雙特異性抗體對BaF3轉染體(hCLDN6/BaF、hCLDN3/BaF、hCLDN4/BaF及hCLDN9/BaF)的結合活性以15μg/ml濃度藉由流式細胞儀進行測定，並繪製成圖。KLH/TR01使用作為負控制組。 第5圖顯示藉由LDH分析評估T細胞依賴性細胞毒性。 第6圖顯示人類CLDN9及人類CLDN6的胺基酸序列比對。人類CLDN9及人類CLDN6在細胞外域1中，除了N端殘基(第29位的Met/Leu)之外，包括幾乎相同的序列。人類CLDN9及人類CLDN6之間，在細胞外域2中有兩個不同的胺基酸(第145位的Arg/Leu及第156位的Gln/Leu)。 第7圖顯示藉由LDH分析的抗體(PPU4135)對各種癌細胞株的T細胞依賴性細胞毒性評估結果。 第8圖顯示藉由xCELLigence分析的抗體(CS3348、PPU4135及PPU4136)對各種癌細胞株的即時細胞成長抑制的分析結果。 第9圖係在與表現CLDN6人類細胞株(OVCAR3及NCI-H1435)和CLDN6陰性細胞株(5637)共培養下，顯示藉由抗體(CS3348、PPU4135、PPU4136、PPU4137及PPU4138)的經由CD3結合的T細胞活化。KLH/TR01使用作為負控制組。 第10圖係在與表現CLDN6人類細胞株(OVCAR3及NCI-H1435)和CLDN6陰性細胞株(5637)共培養下，顯示藉由抗體(CS3348、PPU4134、PPU4135、PPU4136、PPU4137及PPU4138)的經由CD137結合的NFκB活化。KLH/TR01使用作為負控制組。 第11圖顯示使用NCI-H1435/HuNOG小鼠模式以1 mg/kg劑量的抗體(CS3348、PPU4134、PPU4135、PPU4136、PPU4137及PPU4138)的體內抗腫瘤功效。 第12圖顯示使用OV-90/HuNOG小鼠模式以0.05 mg/kg及0.2 mg/kg劑量的抗體(CS3348及PPU4135)的體內抗腫瘤功效。 第13圖顯示藉由CS3348或PPU4135投予所介導的AST、ALT、GLDH(肝酵素)、ALP、TBIL、GGT、TBA(肝膽損傷參數)及CRP(發炎標幟物)的水平改變。
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Claims (28)

  1. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可與CD3及CD137結合並且結合至CD3或CD137任一者的一第一抗原結合部分(moiety)；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分。
  2. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD3的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第一抗原結合部分包含以下(a1)至(a4)的任一者： (a1) 包括SEQ ID NO: 9的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 15的CDR 2以及SEQ ID NO: 21的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a2) 包括SEQ ID NO: 10的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 16的CDR 2以及SEQ ID NO: 22的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a3) 包括SEQ ID NO: 11的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 17的CDR 2以及SEQ ID NO: 23的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區； (a4) 包括SEQ ID NO: 12的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 18的CDR 2以及SEQ ID NO: 24的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區。
  3. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 與CD137結合的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第一抗原結合部分包含以下(a1)至(a4)的任一者： (a1) 包括SEQ ID NO: 9的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 15的CDR 2以及SEQ ID NO: 21的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a2) 包括SEQ ID NO: 10的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 16的CDR 2以及SEQ ID NO: 22的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a3) 包括SEQ ID NO: 11的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 17的CDR 2以及SEQ ID NO: 23的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區； (a4) 包括SEQ ID NO: 12的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 18的CDR 2以及SEQ ID NO: 24的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區。
  4. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可與CD3及CD137結合並且結合至CD3或CD137任一者的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第一抗原結合部分包含以下(a1)至(a4)的任一者： (a1) 包括SEQ ID NO: 9的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 15的CDR 2以及SEQ ID NO: 21的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a2) 包括SEQ ID NO: 10的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 16的CDR 2以及SEQ ID NO: 22的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 31的CDR1、SEQ ID NO: 35的CDR 2以及SEQ ID NO: 39的CDR 3之第二抗體可變區； (a3) 包括SEQ ID NO: 11的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 17的CDR 2以及SEQ ID NO: 23的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區； (a4) 包括SEQ ID NO: 12的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 18的CDR 2以及SEQ ID NO: 24的CDR 3之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 32的CDR1、SEQ ID NO: 36的CDR 2以及SEQ ID NO: 40的CDR 3之第二抗體可變區。
  5. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 與CD137結合的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第二抗原結合部分包含以下(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。
  6. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可與CD3及CD137結合並且結合至CD3或CD137任一者的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第二抗原結合部分包含以下(b1)至(b3)的任一者： (b1) 包括SEQ ID NO: 8的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 14的CDR 2以及SEQ ID NO: 20的CDR 3之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 30的CDR1、SEQ ID NO: 34的CDR 2以及SEQ ID NO: 38的CDR 3之第四抗體可變區； (b2) 包括SEQ ID NO: 7的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 29的CDR1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第四抗體可變區； (b3) 包括SEQ ID NO: 29的互補決定區(CDR)1、SEQ ID NO: 33的CDR 2以及SEQ ID NO: 37的CDR 3之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 7的CDR1、SEQ ID NO: 13的CDR 2以及SEQ ID NO: 19的CDR 3之第四抗體可變區。
  7. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD3的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第一抗原結合部分包含以下(c1)至(c4)的任一者： (c1) 包括SEQ ID NO: 3胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c2) 包括SEQ ID NO: 4胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c3) 包括SEQ ID NO: 5胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區； (c4) 包括SEQ ID NO: 6胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區。
  8. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD137的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第一抗原結合部分包含以下(c1)至(c4)的任一者： (c1) 包括SEQ ID NO: 3胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c2) 包括SEQ ID NO: 4胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c3) 包括SEQ ID NO: 5胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區； (c4) 包括SEQ ID NO: 6胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區。
  9. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可與CD3及CD137結合並且結合至CD3或CD137任一者的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第一抗原結合部分包含以下(c1)至(c4)的任一者： (c1) 包括SEQ ID NO: 3胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c2) 包括SEQ ID NO: 4胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 27胺基酸序列之第二抗體可變區； (c3) 包括SEQ ID NO: 5胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區； (c4) 包括SEQ ID NO: 6胺基酸序列之第一抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 28胺基酸序列之第二抗體可變區。
  10. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 結合至CD137的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第二抗原結合部分包含以下(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。
  11. 一種多特異性抗原結合分子，其包括： (i) 可與CD3及CD137結合並且結合至CD3或CD137任一者的一第一抗原結合部分；以及 (ii) 可結合至密連蛋白6(CLDN6)的一第二抗原結合部分， 其中該第二抗原結合部分包含以下(d1)至(d3)的任一者： (d1) 包括SEQ ID NO: 2胺基酸序列之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 26胺基酸序列之第四抗體可變區； (d2) 包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第四抗體可變區； (d3) 包括SEQ ID NO: 25胺基酸序列之第三抗體可變區；以及包括SEQ ID NO: 1胺基酸序列之第四抗體可變區。
  12. 如請求項3、5、8或10中任一項所述之多特異性抗原結合分子，其中該第一抗原結合部分識別人類CD137的N-端區L24-N30，且其中該多特異性抗原結合分子於細胞活化CD137。
  13. 如請求項1至11中任一項所述之多特異性抗原結合分子，其中該第二抗原結合部分特異性結合至CLDN6的第二細胞外域(SEQ ID NO: 196或197的138-159胺基酸)。
  14. 如請求項1至11中任一項所述之多特異性抗原結合分子，其中該第二抗原結合部分實質上不結合至人類CLDN9。
  15. 如請求項1至11中任一項所述之多特異性抗原結合分子，其中該第二抗原結合部分實質上不結合至人類CLDN4。
  16. 如請求項1至11中任一項所述之多特異性抗原結合分子，其中該第二抗原結合部分實質上不結合至人類CLDN3。
  17. 如請求項2至11中任一項所述之多特異性抗原結合分子，其中包括在該第一抗原結合部分及/或該第二抗原結合部分的該抗體可變區包括人類抗體框架或人源化抗體框架。
  18. 如請求項1至11中任一項所述之多特異性抗原結合分子，其進步一部包括： (iii) 與天然人類IgG1 Fc域相比，展現對人類Fcγ受體的結合親和性降低的Fc域。
  19. 如請求項18所述之多特異性抗原結合分子，其中該Fc域由可締合的一第一Fc區次單元與一第二Fc區次單元所構成。
  20. 如請求項19所述之多特異性抗原結合分子，其中該Fc域包括以下的(e1)或(e2)： (e1) 包括第349位為Cys、第366位為Ser、第368位為Ala及第407位為Val之該第一Fc區次單元，且包括第354位為Cys及第366位為Trp之該第二Fc區次單元； (e2) 包括第439位為Glu之該第一Fc區次單元，且包括第356位為Lys之該第二Fc區次單元； 其中該胺基酸位置根據EU索引編號進行編號。
  21. 如請求項19所述之多特異性抗原結合分子，其中該第一Fc區次單元及/或該第二Fc區次單元包括以下的(f1)或(f2)： (f1) 第234位為Ala且第235位為Ala； (f2) 第234位為Ala、第235位為Ala且第297位為Ala； 其中該胺基酸位置根據EU索引編號進行編號。
  22. 如請求項19所述之多特異性抗原結合分子，其中與天然人類IgG1 Fc域相比，該Fc域更展現對人類FcRn更強的FcRn結合親和性。
  23. 如請求項22所述之多特異性抗原結合分子，其中該第一Fc區次單元及/或該第二Fc區次單元包括第428位為Leu、第434位為Ala、第438位為Arg及第440位為Glu， 其中該胺基酸位置根據EU索引編號進行編號。
  24. 一種單離的核酸，其編碼如請求項1至23中任一項所述之多特異性抗原結合分子。
  25. 一種宿主細胞，其包括如請求項24所述之單離的核酸。
  26. 一種多特異性抗原結合分子的製造方法，其包括培養如請求項25所述之宿主細胞，以製造該多特異性抗原結合分子。
  27. 如請求項26所述之方法，其更包括自該宿主細胞的培養物回收該多特異性抗原結合分子。
  28. 一種醫藥組成物，其包括如請求項1至23中任一項所述之多特異性抗原結合分子以及醫藥上可接受的載劑。
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