RU2008140858A - Способ скрининга соединений, обладающих активностью ингибитора глутамин синтетазы - Google Patents
Способ скрининга соединений, обладающих активностью ингибитора глутамин синтетазы Download PDFInfo
- Publication number
- RU2008140858A RU2008140858A RU2008140858/13A RU2008140858A RU2008140858A RU 2008140858 A RU2008140858 A RU 2008140858A RU 2008140858/13 A RU2008140858/13 A RU 2008140858/13A RU 2008140858 A RU2008140858 A RU 2008140858A RU 2008140858 A RU2008140858 A RU 2008140858A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- glutamine
- active center
- gsi
- forming active
- activity
- Prior art date
Links
Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Компьютерный способ создания пробного ингибитора глутаминобразующего активного центра белка глутаминсинтетазы, с использованием программируемого компьютера, включающего процессор и устройство ввода, включающий: ! (а) введение данных о структуре глутаминобразующего активного центра через устройство ввода; ! (б) введение в структуру глутаминобразующего активного центра молекулы пробного ингибитора с использованием процессора; ! (в) на основании произведенного встраивания определение ингибирующего влияния молекулы на активность глутаминобразующего активного центра. ! 2. Способ по п.1, отличающийся тем, что в активный центр встраивают часть γ-глутамил фосфата. ! 3. Способ по п.1, отличающийся тем, что синтезируют пробный ингибитор, полученный на этапе (в) для подавления активности глутаминобразующего активного центра и определения подавляющей активности пробного ингибитора на глутаминсинтетазу in vitro. ! 4. Способ по п.3, отличающийся тем, что in vitro определение активности включает в себя измерение гидролиза АТФ, образования АДФ и АМФ, переработки глутамата или образования глутамина. ! 5. Способ по п.3, отличающийся тем, что определяют различие ингибиторной активности тестируемых ингибиторов по отношению их влияния на аденилированную или дезаденилированную формы белка глутаминсинтетазы. ! 6. Способ по п.1, отличающийся тем, что он включает синтез и определение его подавляющего влияния на рост бактерий, содержащих ген глутаминсинтетазы GSI-α или GSI-β. ! 7. Способ по п.6, отличающийся тем, что GSI-β-содержащие бактерии, выбираются из группы, включающей Corynebacterium diphtheriae, Neisseria gonorrhoeae, Escherichia coli, Salmonella typhinurium, Salmonella typhi, Klebsiella pneumon
Claims (32)
1. Компьютерный способ создания пробного ингибитора глутаминобразующего активного центра белка глутаминсинтетазы, с использованием программируемого компьютера, включающего процессор и устройство ввода, включающий:
(а) введение данных о структуре глутаминобразующего активного центра через устройство ввода;
(б) введение в структуру глутаминобразующего активного центра молекулы пробного ингибитора с использованием процессора;
(в) на основании произведенного встраивания определение ингибирующего влияния молекулы на активность глутаминобразующего активного центра.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что в активный центр встраивают часть γ-глутамил фосфата.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что синтезируют пробный ингибитор, полученный на этапе (в) для подавления активности глутаминобразующего активного центра и определения подавляющей активности пробного ингибитора на глутаминсинтетазу in vitro.
4. Способ по п.3, отличающийся тем, что in vitro определение активности включает в себя измерение гидролиза АТФ, образования АДФ и АМФ, переработки глутамата или образования глутамина.
5. Способ по п.3, отличающийся тем, что определяют различие ингибиторной активности тестируемых ингибиторов по отношению их влияния на аденилированную или дезаденилированную формы белка глутаминсинтетазы.
6. Способ по п.1, отличающийся тем, что он включает синтез и определение его подавляющего влияния на рост бактерий, содержащих ген глутаминсинтетазы GSI-α или GSI-β.
7. Способ по п.6, отличающийся тем, что GSI-β-содержащие бактерии, выбираются из группы, включающей Corynebacterium diphtheriae, Neisseria gonorrhoeae, Escherichia coli, Salmonella typhinurium, Salmonella typhi, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Proteus vulgaris, Shigella dysenteriae, Vibrio cholerae, Pseudomonas aeruginosa, Alcaligenes faecalis, Helicobacterpylori, Haemophilus influenzae, Bordetella pertussis, Bordella bronchiseptia, Neisseria meningitides, Bruceila melitensis, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Treponema pallidum, Leptospira interrogans, Acetinomyces israelii, Nocardia esteroides, Thiobacillus ferrooxidans, Azospirillum brazilensis, Anabaena sp., Fremyella diplosiphon, и Streptomyces coelicolor, а бактерии, содержащие ген GSI-α, могут быть выбраны из группы, состоящей из: Bacillus cereus, Bacillus subtilis, Bacillus anthracis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aereus, Clostridium botulinum, Clostridium tetani и Clostridium perfringens.
8. Способ по п.7, отличающийся тем, что в качестве GSI-β-содержащей бактерии используется Mycobacterium tuberculosis.
9. Способ по п.6, отличающийся тем, что оценивают подавляющую активность пробного ингибитора на рост эукариотических клеток.
10. Способ по п.9, отличающийся тем, что в качестве эукариотических клеток используются клетки млекопитающих.
11. Способ создания соединения, обладающего ингибирующей активностью на глутаминобразующий центр полипептида глутаминсинтетазы, который включает в себя:
(а) описание трехмерной структуры глутаминобразущего активного центра полипептида глутаминсинтетазы; и
(б) основанное на трехмерной структуре конструирование соединения, способного подавлять взаимодействие между глутаминобразующим активным центром и промежуточным продуктом, γ-глутамил фосфатом.
12. Способ по п.11, отличающийся тем, что применяется соединение, способное подавлять взаимодействие между аденилированным триадным сайтом глутаминобразующего активного центра и промежуточным продуктом, γ-глутамил фосфатом, или способное подавлять взаимодействие между дезаденилированным триадным сайтом глутаминобразующего активного центра и промежуточным продуктом, γ-глутамил фосфатом.
13. Способ по п.11, отличающийся тем, что пробное соединение способно ингибировать образование ацилированного промежуточного продукта фермента в аденилированном триадном сайте глутаминобразующего активного центра, или оно способно ингибировать образование ацилированного промежуточного продукта фермента в дезаденилированном триадном сайте глутаминобразующего активного центра.
14. Способ по п.12 или 13, отличающийся тем, что включает синтез пробного соединения, полученного на этапе (б), и определение способности пробного соединения подавлять белок глутаминсинтетазы in vitro.
15. Способ по п.12 или 13, отличающийся тем, что включает синтез пробного соединения, полученного на этапе (б), и оценку подавляющего влияния пробного соединения на рост бактерий, содержащих ген глутаминсинтетазы GSI-α или GSI-β.
16. Способ по п.15, отличающийся тем, что GSI-β-содержащие бактерии, выбираются из группы, включающей Corynebacterium diphtheriae, Neisseria gonorrhoeae, Escherichia coli, Salmonella typhinurium, Salmonella typhi,, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Proteus vulgaris, Shigella dysenteriae, Vibrio cholerae, Pseudomonas aeruginosa, Alcaligenes faecalis, Helicobacterpylori, Haemophilus influenzae, Bordetella pertussis, Bordella bronchiseptia, Neisseria meningitides, Bruceila melitensis, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Treponema pallidum, Leptospira interrogans, Acetinomyces israelii, Nocardia esteroides, Thiobacillus ferrooxidans, Azospirillum brazilensis, Anabaena sp., Fremyella diplosiphon, и Streptomyces coelicolor, а бактерии, содержащие ген GSI-α, могут быть выбраны из группы, состоящей из: Bacillus cereus, Bacillus subtilis, Bacillus anthracis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aereus, Clostridium botulinum, Clostridium tetani и Clostridium perfringens.
17. Способ по п.15, отличающийся тем, что оценивают подавляющую активность пробного ингибитора на рост эукариотических клеток.
18. Способ по п.17, отличающийся тем, что в качестве эукариотических клеток используются клетки млекопитающих.
19. Способ создания пробного соединения, которое подавляет активность каталитического триадного сайта глутаминобразующего активного центра белка глутаминсинтетазы, состоящий из следующих этапов:
(а) получения трехмерной структуры каталитического триадного сайта глутаминобразующего активного центра;
(б) основанное на трехмерной структуре конструирование пробного соединения, способного образовывать с аминокислотными остатками каталитического триадного сайта ацилированный промежуточный продукт фермента.
20. Способ по п.19, отличающийся тем, что соединение способно образовывать ацилированный промежуточный продукт с остатками Ser 52 или Ser 53 в структуре полипептидной глутаминсинтетазы Е. coli.
21. Способ проверки ингибитора протеаз in vitro для определения его способности подавлять глутаминобразующий активный центр глутаминсинтетазы, который включает следующие этапы:
(а) взаимодействие глутаминсинтетазы с ингибирующим соединением; и
(б) проведение сравнения активности глутаминобразующего активного центра полипептидной глутаминсинтетазы с активностью глутаминсинтетазы, которая не подвергалась воздействию пробного ингибитора сериновых протеаз.
22. Способ по п.21, отличающийся тем, что для измерения активности глутаминсинтетазы используются методы, в которых возможно определять гидролиз АТФ, образование АДФ и АМФ, переработку глутамата или синтез глутамина.
23. Способ по п.21, отличающийся тем, что в качестве пробного ингибитора протеаз используется пробный ингибитор сериновых протеаз.
24. Способ по п.23, отличающийся тем, что банк пробных ингибиторов протеаз проверяется, по одному, на белке глутаминсинтетазы.
25. Способ по п.24, отличающийся тем, что используется банк пробных ингибиторов сериновых протеаз.
26. Способ подавления in vitro активности глутаминобразующего активного центра ГС, заключающийся в проведении взаимодействия ГС с составом, содержащим ингибитор сериновых протеаз.
27. Способ по п.26, отличающийся тем, что в качестве ингибитора сериновых протеаз используется производное пептидил-аргинин альдегида, пирролопирролидена, хинолинона или 1-метилбензимидазола.
28. In vitro способ подавления роста бактерий, содержащих ген GSI-α или GSI-β, в котором изучается воздействие состава, содержащего ингибитор сериновых протеаз, на бактерии.
29. Способ лечения, профилактики или уменьшения выраженности клинических симптомов и нарушений, которые связаны с инфекцией, вызванной бактериями, содержащими гены GSI-α или GSI-β, у млекопитающих. Заключающийся в введении животным состава, содержащего ингибитор сериновых протеаз.
30. Способ подавления активности глутаминобразующего активного центра глутаминсинтетазы in vivo, заключающийся в том, что вводится состав, содержащий ингибитор сериновых протеаз, животным, у которых подозревают или которые страдают от бактериальной инфекции, вызванной бактериями, содержащими гены GSI-α или GSI-β.
31. Способ по пп.28-30, отличающийся тем, что GSI-β-содержащие бактерии, выбираются из группы, включающей Corynebacterium diphtheriae, Neisseria gonorrhoeae, Escherichia coli, Salmonella typhinurium, Salmonella typhi,, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Proteus vulgaris, Shigella dysenteriae, Vibrio cholerae, Pseudomonas aeruginosa, Alcaligenes faecalis, Helicobacterpylori, Haemophilus influenzae, Bordetella pertussis, Bordella bronchiseptia, Neisseria meningitides, Bruceila melitensis, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Treponema pallidum, Leptospira interrogans, Acetinomyces israelii, Nocardia esteroides, Thiobacillus ferrooxidans, Azospirillum brazilensis, Anabaena sp., Fremyella diplosiphon, и Streptomyces coelicolor.
32. Способ по п.29 или 30, отличающийся тем, что исследование проводится на людях.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2008140858/13A RU2008140858A (ru) | 2006-03-15 | 2006-03-15 | Способ скрининга соединений, обладающих активностью ингибитора глутамин синтетазы |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2008140858/13A RU2008140858A (ru) | 2006-03-15 | 2006-03-15 | Способ скрининга соединений, обладающих активностью ингибитора глутамин синтетазы |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2008140858A true RU2008140858A (ru) | 2010-04-20 |
Family
ID=46274914
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2008140858/13A RU2008140858A (ru) | 2006-03-15 | 2006-03-15 | Способ скрининга соединений, обладающих активностью ингибитора глутамин синтетазы |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2008140858A (ru) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US10696964B2 (en) | 2013-09-27 | 2020-06-30 | Codexis, Inc. | Automated screening of enzyme variants |
| US11342046B2 (en) | 2013-09-27 | 2022-05-24 | Codexis, Inc. | Methods and systems for engineering biomolecules |
-
2006
- 2006-03-15 RU RU2008140858/13A patent/RU2008140858A/ru not_active Application Discontinuation
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US10696964B2 (en) | 2013-09-27 | 2020-06-30 | Codexis, Inc. | Automated screening of enzyme variants |
| US11342046B2 (en) | 2013-09-27 | 2022-05-24 | Codexis, Inc. | Methods and systems for engineering biomolecules |
| US11535845B2 (en) | 2013-09-27 | 2022-12-27 | Codexis, Inc. | Automated screening of enzyme variants |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Goffin et al. | Biochemistry and comparative genomics of SxxK superfamily acyltransferases offer a clue to the mycobacterial paradox: presence of penicillin-susceptible target proteins versus lack of efficiency of penicillin as therapeutic agent | |
| Healy et al. | Vancomycin resistance in enterococci: reprogramming of the d-Ala–d-Ala ligases in bacterial peptidoglycan biosynthesis | |
| O'Donovan et al. | Cold-sensitive mutants of Escherichia coli resulting from increased feedback inhibition. | |
| AU784043B2 (en) | Identification of sortase gene | |
| Fisher et al. | Three decades of the class A β-lactamase acyl-enzyme | |
| Romaniuk et al. | Peptidoglycan and teichoic acid levels and alterations in Staphylococcus aureus by cell-wall and whole-cell nuclear magnetic resonance | |
| Kaman et al. | Bacterial proteases: targets for diagnostics and therapy | |
| US7101692B2 (en) | Identification of sortase gene | |
| Hove-Jensen et al. | Physiological role of phnP-specified phosphoribosyl cyclic phosphodiesterase in catabolism of organophosphonic acids by the carbon− phosphorus lyase pathway | |
| Makinoshima et al. | Site-2 proteases in prokaryotes: regulated intramembrane proteolysis expands to microbial pathogenesis | |
| JP2020535808A5 (ru) | ||
| Ortiz et al. | The enzymatic synthesis of dihydrofolate and dihydropteroate in cell-free preparations from wild-type and sulfonamide-resistant pneumococcus | |
| Rao CV et al. | Bacterial type I signal peptidases as antibiotic targets | |
| RU2008140858A (ru) | Способ скрининга соединений, обладающих активностью ингибитора глутамин синтетазы | |
| Ewa et al. | The development of first Staphylococcus aureus SplB protease inhibitors: Phosphonic analogues of glutamine | |
| Sanchez-Rosario et al. | Media matters, examining historical and modern Streptococcus pneumoniae growth media and the experiments they affect | |
| Singh et al. | Drug-repurposing approach to combat Staphylococcus aureus: biomolecular and binding interaction study | |
| Kajfasz et al. | Responses of lactic acid bacteria to acid stress | |
| Guo et al. | Identification of the AMA synthase from the aspergillomarasmine A biosynthesis and evaluation of its biocatalytic potential | |
| Moro et al. | Virtual screening to identify lead inhibitors for bacterial NAD synthetase (NADs) | |
| Pelto et al. | Kinetics and mechanism of inhibition of a serine β-lactamase by O-aryloxycarbonyl hydroxamates | |
| Boehlein et al. | Glutamic Acid γ-Monohydroxamate and Hydroxylamine Are Alternate Substrates for Escherichia coli Asparagine Synthetase B | |
| Nemmara et al. | Dual substrate specificity of Bacillus subtilis PBP4a | |
| Boehlein et al. | Catalytic activity of the N-terminal domain of Escherichia coli asparagine synthetase B can be reengineered by single-point mutation | |
| Ambrogelly et al. | A bacterial ortholog of class II lysyl-tRNA synthetase activates lysine |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20110309 |