JPH08506487A

JPH08506487A - 全合成親和性試薬

Info

Publication number: JPH08506487A
Application number: JP6518106A
Authority: JP
Inventors: ケー．ケイ，ブライアン; ダーナエム．フォールクス，
Original assignee: ザユニバーシティーオブノースキャロライナアットチャペルヒル
Priority date: 1993-02-01
Filing date: 1994-02-01
Publication date: 1996-07-16
Anticipated expiration: 2016-09-17
Also published as: EP0689590A1; CA2155185A1; US5948635A; WO1994018318A1; JP3210342B2; EP0689590A4; US5747334A; CA2155185C

Abstract

(57)【要約】全合成アフィニティ一試薬（Totally Synthetic Affinity Reagent：ＴＳＡＲ）と称する新規なおよび／または改良された異種機能性結合融合蛋白を調製する新規な方法が開示される。ＴＳＡＲは少なくとも二つの機能領域：リガンドに親和性を有する結合ドメインおよび化学的にまたは生物学的に活性である第二のエフェクターペプチド部分を含む、連結した多機能性蛋白、ポリペプチドまたはペプチドである。一態様では、多機能性蛋白、ポリペプチドまたはペプチドは、結合ドメインと第二の活性ペプチド部分の間にリンカーペプチド部分をさらに含む。リンカーペプチドは酵素または化学的手段による切断を受けやすいかまたは受けにくい。新規なおよび／または改良された異種機能性結合試薬、ならびに種々のin vitroおよびin vivo用途への該試薬の使用方法もまた開示される。

Description

【発明の詳細な説明】全合成親和性試薬本出願は、1993年２月１日に提出され、現在放棄された出願08/013,416の継続出願である1993年12月30日提出のの一部継続出願（代理人記録番号：1101-154）であって、これらの開示内容はすべて参照文献によってここに含められる。１．発明の利用分野本発明は、一般に、選択したリガンドに対する結合特異性及び所望の親和性を有するタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチド指定全合成親和性試薬（To tally Synthetic Affinity Reagents：TSARs）のための大型タンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドライブラリーを作製及びスクリーニングするための方法に関する。本発明はさらに、本発明の方法にしたがって同定される新規のTSAR s、並びに同一結合特異性を有する結合ドメイン又はその一部を包含する組成物に関する。２．発明の背景ランダムペプチドライブラリーの構築のためには２つの異なるアプローチがある。第一のアプローチによれば、ペプチドは幾つかのフォーマットでin vitroで化学的に合成された。例えば、Fodor，S.，et al.，1991，Science 251：767-77 3は、個々の顕微鏡スライド上に短鎖ペプチドの公知の列を合成するための複雑な手段、光化学及びコンピューター処理在庫管理の使用を記載する。Houghten， R.，et al.，1991，Nature 354：84-86は、各ペプチド中の一次及び二次残基が別々に且つ特異的に限定される遊離ヘキサペプチドの混合物を記載する。Lam，K.，et al.，1991，Nature 354：82-84 は、コレクション中の各ビーズがその上にアミノ酸残基の単一無作為配列を固定したペプチドのライブラリーを固相スプリット合成計画が産生した”一ビーズ一ペプチド”アプローチを記載する。殆どの部分に関しては、化学合成系は、一般に約10アミノ酸より小さい、特に約６−８アミノ酸の短鎖ペプチドの列の生成に充てられた。直接アミノ酸シーケンシングは、単独で又はペプチド合成計画の複合記録保持と組み合わせて必要とされる。組換え体ＤＮＡ法を用いる第二のアプローチによれば、ペプチドは可溶性融合タンパク質又はウイルスキャプシド融合タンパク質としてin vivoに発現された。第二のアプローチを以下に簡単に考察する。第二のアプローチによる多数のペプチドライブラリーは、Ｍ13ファージを用いた。Ｍ13は、過去20年間分子生物学実験室における馬車馬的存在であった線状バクテリオファージである。ウイルス粒子は、一本鎖環状ＤＮＡ分子として、６つの異なるキャプシドタンパク質及びウイルスゲノムの１つのコピーで構成される。Ｍ13 ＤＮＡが大腸菌E．coliのような宿主細胞中に一旦導入されると、それは二本鎖環状ＤＮＡに変換される。ウイルスＤＮＡは、ウイルス粒子中に見出される一本鎖ＤＮＡを生成するのに用いられる複製の二次オリジンを保有する。ウイルスの形態形成中、一本鎖ＤＮＡ及びウイルスタンパク質の整然とした集合が認められ、ウイルス粒子はだいたい分泌のような工程で細胞から押し出される。Ｍ13ウイルスは他のバクテリオファージ（例えばλ）のように溶原性でも溶解性でもない；細胞は、一旦感染を受けると、慢性的にウイルスを放出する。この特徴により、感染培養におけるウイルスの高力価、即ち1012 pfu/mlが達成される。Ｍ13ファージのゲノムは、〜8000ヌクレオチドの長さであり、完全にシーケンシングされた。ウイルスキャプシドタンパク質、即ちタンパク質III（pIII）は細菌の感染に関与する。大腸菌では、Ｆ因子にコードされるピリンpillinタンパク質はpIIIタンパク質と相互作用し、ファージ取込みに関与する。したがってＭ 13ウイルスに対する大腸菌宿主はすべて、それらがＦ因子を保有するために雄性であると考えられる。数人の研究者は、406アミノ酸長鎖pIIIキャプシドタンパク質が２つのドメインを有するということを突然変異分析から確定した。Ｃ末端はタンパク質をウイルス被膜とをつなぎ止め、一方pIIIのＮ末端の部分は大腸菌ピリンpillinタンパク質との相互作用に不可欠である（Crissman，J.W．and Smi th，O.P.，1984，Virology 132：445-455）。pIIIタンパク質のＮ末端はウイルス感染に必要であることが示されているが、しかし成熟タンパク質の最Ｎ末端は変化を耐容する。1985年、George Smithはウイルス被膜表面に異種タンパク質を発現するための実験系としてバクテリオファージＭ13のpIIIタンパク質の使用を報告する実験を発表した（Smith，G.P.，1985，Science 228：1315-1317）。Ｍ1 3ファージpIII遺伝子表示系は抗体エピトープをマッピングするのに有用なものであることが、２つのグループによって、後に別々に認識された。De la Cruz， V.，et al.，（1988，J．Biol．Chem．263：4318-4322）は、Plasmodium falcip arum表面被膜タンパク質を遺伝子III中にクローン化し、発現して、ポリクローナル抗体との免疫反応性に関して組換え体ファージを試験した。Parmley，S．F．及びSmith，G.P.（1988，Gene 73：305 -318）は、遺伝子IIIにおいて大腸菌β-ガラクトシダーゼ遺伝子のセグメントをクローン化し、発現して、抗β-ガラクトシダーゼモノクローナル抗体のエピトープを保有する組換え体を同定した。後者の著者はさらに、組換え体ファージの混合物をビオチニル化モノクローナル抗体とともにインキュベートして、ファージ-抗体複合体をストレプタビジン-被覆プラスチックプレートで特異的に回収する”バイオパニングbiopanning”と呼ばれる工程を記載した。 1989年、Parmley，S.F．とSmith，G.P.，（1989，Adv．Exp．Med．Biol．251 ：215-218）は、pIII遺伝子中にクローン化された短鎖合成ＤＮＡセグメントがエピトープのライブラリーを示すことを示唆した。これらの著者は、直鎖エピトープはしばしば長さが〜６アミノ酸であるために、考えうるすべてのヘキサペプチドを発現するための無作為組換え体ＤＮＡライブラリーを用いて抗体と結合するエピトープを単離し得ると推論した。 scottとSmith（Scott，J.K．and Smith，G.P.，1990，Science 249：386-390 ）は、Ｍ13の表面におけるヘキサペプチドの”エピトープライブラリー”の構築及び発現を記載する。33塩基対Bgl I消化オリゴヌクレオチド配列をSfi Ｉ消化ファージfd-tet、即ちｆUSE5 RF中に挿入して、ライブラリーを作った。33塩基対断片は、無作為又は”縮退”コード配列（ＮＮＫ）６（ここでＮはＧ、Ａ及びＣを表し、ＫはＧ及びＴを表す）を含有する。著者は、ライブラリーが４ｘ107 個の異なるヘキサペプチドを発現する２ｘ108個の組換え体から成る；理論的に、このライブラリーは6.4ｘ107個の考え得るペプチドの69％を発現した（206）、いうことを述べた。Cwirla等（Cwirla，S.E.，et al.，1990，Proc．Natl．Acad．Sci．USA 87：6 378-6382）もＭ13 fdファージの遺伝子pIII融合体として発現されるヘキサペプチドの多少似ているライブラリーを記載した。1991年12月26日にDowerとCwirla が発表したWQ91/19818は、五量体〜八量体無作為アミノ酸配列の同様のライブラリーを記載する。 Devlin et al.，1990，Science，249：404-406は、オリゴヌクレオチド合成のための（ＮＮＳ）コード計画（ここでＳはＧ又はＣである）を用いて生成される約15残基のペプチドライブラリーを記載する。 Christian等は、デカペプチドを発現するファージ表示ライブラリーを記載した（Christian，R.B.，et al.，1992，J．Mol．Biol．227：711-718）。自己相補的３’末端を有する縮退コドン〔ＮＮ（Ｇ／Ｔ）〕10を包含するオリゴヌクレオチドにより出発ＤＮＡを生成した。この配列は、ヘアピンを形成する際には、相補的鎖を生成するためにＴ４ＤＮＡポリメラーゼにより用いられる自己プライミング複製部位を生じる。scottとSmith（上記）が記載したfUSE5ベクター中にクローニングするために、５’末端及びヘアピンのSfiＩ部位で二本鎖ＤＮＡを切断した。他の研究者は、ファージ粒子の表面における非ウイルスＤＮＡの発現のために他のウイルスキャプシドタンパク質を用いた。タンパク質pIIIは主なウイルスキャプシドタンパク質であって、そのＣ末端でＭ13ウイルス粒子の一本鎖ＤＮＡと相互作用する。それは50アミノ酸長であり、約2,700コピー/粒子で存在する。タンパク質のＮ末端は露呈され、挿入を耐容するが、しかし大型挿入物はウイルス粒子中への融合pIIIタンパク質の集合を乱すことが報告されている（Cesareni， G.，1992，FEBS Lett．307：66-70）。pIII融合タンパク質の負の作用を最小限にするために、ファージミド系が用いられた。ファージミドを保有する細菌細胞はヘルパーファージに感染されて、野性型と融合pVIIIキャプシド分子の混合物を有するウイルス粒子を分泌する。遺伝子VIIIは、Ｍ13ウイルス粒子の表面にペプチドを発現するための部位としても役立った。Plasmodium falciparum主表面抗原の異なるセグメントに対応する４及び６アミノ酸配列を線状バクテリオファージｆｄの匹敵する遺伝子中にクローン化し、発現させた（Greenwood，J.，et al.，1991，J．Mol．Biol．220：821-827）。 Lenstra（1992，J．Immunol．Meth．152：149-157）は、細菌発現ベクター中のβガラクトシダーゼタンパク質との融合タンパク質として無作為ヘキサ又はオクタペプチドを発現するためのそれらの３’末端の８ヌクレオチド長回文配列を有する約17又は23縮退塩基のオリゴヌクレオチドをアニーリングすることを包含する困難な工程によるライブラリーの構築を記載する。次にクレノウKlenowＤＮＡポリメラーゼでＤＮＡを二本鎖形態に変換し、ベクター中に盲端結紮して、Hi ndIII断片として放出した。次にこれらの断片を截断βガラクトシダーゼのＣ末端で発現ベクター中にクローン化して、107組換え体を生成した。次にコロニーを溶解して、ニトロセルロースフィルターにブロッティングして（104/フィルター）、いくつかの異なるモノクローナル抗体との免疫反応性に関してスクリーングした。何度もスクリーングして多数のクローンを単離し、シーケンシングした。選択されたリガンドに対する結合親和性を有するペプチドを同定するための使用が示唆されたペプチドのライブラリーを生成するための上記の方法とは全く異なって、オリゴヌクレオチドの合成及びアッセンブリーのための本発明の計画は、以前のいかなる慣用的ライブラリーよりもサイズの大きい、即ち長さの長い予測されないアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を産生する。挿入オリゴヌクレオチドの長さは好ましくは15未満、最も好ましくは約６〜８アミノ酸をコードする短さを維持すべきであるという当業界での慣用的教示とは全く反対に、本発明人は、約22より大きなアミノ酸をコードするライブラリーが構築され得るのみならず、TSAR又はタンパク質、ポリペプチド及び／又は種々のリガンドに対する結合特異性を有するタンパク質を同定するためにこのようなライブラリーが有益にスクリーングされ得るということを見出した。さらに、より長さの長い本発明のライブラリーの挿入合成オリゴヌクレオチドは、可能性のある結合タンパク質／ペプチドにおける、並びにペプチドの結合ドメインの実際の結合部分の側面に位置する配列における二次及び／又は三次構造の開発の機会を提供する。このような複雑な構造的特徴は、短鎖長オリゴヌクレオチドを用いる場合にのみ、実行可能である。当業界で理解されているように、ペプチドライブラリーにより発現去れるオリゴヌクレオチドにおけるＴＡＧ（停止）コドン頻度を低減する必要がある。当業者は、サプレッーｔＤＮＡ遺伝子を保有する宿主を用いてこの問題を解決することを予期し得る。しかしながら、慣用的教示に対比して、本発明者は意外にも、無作為ペプチドをコードするオリゴヌクレオチドのＴＡＧ停止コドン発現を回避するには抑制は 100％有効であるわけではないことを発見した。無作為ペプチドをコードする長鎖のオリゴヌクレオチドを発現する場合、この問題は非常に重大になる。本発明は、有用なライブラリーの生成に及ぼすこのような問題の負の影響を有効に且つ効率よく最小限にする。本出願の第二項におけるあらゆる参考文献の引用又は確認は、このような参考文献が本発明に対する従来技術として有用であるということの承認と解釈されるものではない。３．発明の概要本発明は、選択されたリガンドと結合するＴＳＡＲと呼ばれるタンパク質／ポリペプチド及び／又はペプチドを同定するための方法及び組成物、即ちライブラリーを提供する。本発明で用いる場合、ＴＳＡＲは、少なくとも２つの異なる機能的領域を含む鎖状体化異種機能性タンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドを包含するよう意図される。異種機能性ＴＳＡＲ分子の一領域はリガンドに対する親和性を有する結合ドメインであって、１）特異的条件下でのその結合強度、２）特異的条件下でのその結合安定性、及び３）選択配位子に対するその選択特異性を特徴とする。異種機能性ＴＳＡＲ分子の第二の領域は、生物学的又は化学的に活性で、発現及び／又は検出及び／又はＴＳＡＲｓの精製を増強するエフェクタードメインである。本発明の一態様によれば、ＴＳＡＲは任意の別のリンカードメイン又は結合ドメインとエフェクタードメインとの間の領域を含有する。リンカー領域は、（１）結合及びエフェクタードメイン間の構造的スペーサー領域として、（２）結合及びエフェクタードメインを連結を解く又は分離するための助けとして、あるいは（３）発現ベクターによる結合ドメイン及び／又はＴＳＡＲの表示のための構造的助けとして役立つ。本発明はさらに、新規のＴＳＡＲ試薬、及び選択されたリガンドに対する特異性を全て有するＴＳＡＲの結合ドメイン又はその一部を包含する組成物、並びにＴＳＡＲ及びＴＳＡＲの結合ドメイン又はＴＳＡＲ結合ドメインの結合特異性を保持するその一部を包含する組成物を用いる方法を提供する。本発明の方法によれば、組換え体ベクターのライブラリーを精製又は構築して複数の異種機能性融合タンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドＴＳＡＲｓを発現する。好ましい態様では、ＴＳＡＲをライブラリーの組換え体ベクターの表面に発現させる。本発明は、選択されたリガンドと結合するタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドを同定するための方法であって、（ａ）予測できないヌクレオチドを１つ又はそれ以上の連続した配列で並んでいる予測できないヌクレオチドを包含するオリゴヌクレオチドによりコードされる結合ドメイン（この場合、予測できないヌクレオチドの総数は約60以上且つ約600又はそれ未満である）；並びに（ｂ）結合ドメインの発現又は検出を高めるタンパク質又はペプチドであるオリゴヌクレオチド配列によりコードされるエフェクタードメインを包含する複数の異種機能性融合タンパク質を発現する組換え体ベクターのライブラリーを、リガンド結合へ導く条件下で複数の異種機能性融合タンパク質を選択されたリガンドと接触させ、リガンドと結合する融合タンパク質を単離することによりスクリーニングすることから成る方法を包含する。あるいは本発明は、（ａ）（ｉ）予測できないヌクレオチドを１つ又はそれ以上の連続した配列で並んでいる予測できないヌクレオチドを包含するオリゴヌクレオチドによりコードされる結合ドメイン（この場合、予測できないヌクレオチドの総数は約60以上且つ約600 又はそれ未満である）；並びに（ｉｉ）結合ドメインの発現又は検出を高めるタンパク質又はペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列によりコードされるエフェクタードメインを包含する複数の異種機能性融合タンパク質を発現するベクターのライブラリーを生成し、（ｂ）リガンド結合を促す条件下で複数の異種機能性融合タンパク質を選択されたリガンドと接触させ、リガンドと結合する融合タンパク質を単離することによりベクターのライブラリーをスクリーニングすることから成る選択されたリガンドと結合するタンパク質及び／又はペプチドを同定する方法を包含する。さらに本発明の方法は、結合ドメインのアミノ酸配列を推定するために同定される異種機能性融合タンパク質の結合ドメインをコードするヌクレオチド配列を確定することから成る。本発明の一態様にしたがって複数のタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドＴＳＡＲを発現する組換え体ベクターのライブラリーを調製するために、以下の計画にしたがってin vitroでヌクレオチドの一本鎖組を合成し、組み立てる。合成ヌクレオチド配列は、変化しないヌクレオチド位置と変化する又は予測できないヌクレオチド位置とを有するよう意図される。非変異ヌクレオチドはヌクレオチド配列の特定の部位に位置して、合成オリゴヌクレオチドのアッセンブリー及びクローニングに際して助けとなる。変異ヌクレオチドの組の５’末端で、非変異ヌクレオチドは有効な制限酵素切断部位をコードする。３’末端非変異ヌクレオチド位置は、６、９又は12ヌクレオチドの相補的対であって、２つの合成一本鎖組のヌクレオチドを一緒にアニーリングし、二本鎖ＤＮＡ（本明細書では合成二本鎖オリゴヌクレオチドと呼ぶ）に変換する助けとなる。本発明のライブラリーを構築するために用いられる予測できないオリゴヌクレオチドの合成及びアッセンブリーのための計画は、ｍ＋ｎ変異体、式（ＮＮＢ） n+m（ここでＢはＧ、Ｔ又はＣであり、ｎ及びｍは各々20≦ｎ＋ｍ≦200又は20〜 200の予測できないコドンが複数のタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドをコードする合成二本鎖オリゴヌクレオチド中に組み込まれるような整数である）の予測できないヌクレオチド配列を含む。本発明の一態様は、選択されたリガンドと結合するタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドを同定するための方法であって、以下の：（ａ）式５’Ｘ（ＮＮＢ）_nＪＺ３’の一次ヌクレオチド配列を式３’Ｚ’ ＯＵ（ＮＮＶ）_mＹ５’ （ここでＸ及びＹはＸ≠Ｙであるような制限酵素認識部位であり；ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴであり；ＢはＧ、Ｔ又はＣであり；ＶはＧ、Ａ又はＣであり；ｎは10≦ｎ≦100であるような整数であり；ｍは10≦ｎ≦100であるような整数であり；Ｚ及びＺ’は各々Ｚ及びＺ’が互いに相補的であるような６、９又は12ヌクレオチドの配列であり；ＪはＡ、Ｃ、Ｇ、Ｔであるか又は無しであり；ＯはＡ、Ｃ、Ｇ、Ｔであるか又は無しであり；ＵはＧ、Ａ、Ｃ又は無しであるが、但しＪ、Ｏ又はＵのいずれかがなしである場合には、Ｊ、Ｏ及びＵはすべてない）の二次ヌクレオチド配列とアニーリングして、アニール化ヌクレオチド配列を二本鎖オリゴヌクレオチドに変換することによりアッセンブリーされる二本鎖オリゴヌクレオチドによりコードされる結合ドメイン、並びに（ｂ）複数の異種機能性融合タンパク質をリガンド結合へ導く条件下で選択の上記のリガンドと接触させて、上記のリガンドを結合する異種機能性融合タンパク質を単離することにより、結合ドメインの発現又は検出を高めるタンパク質又はペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列によりコードされるエフェクタードメインを含有する複数の異種機能性融合タンパク質を発現するベクターのライブラリーをスクリーニングすることから成る方法を提供する。本発明はさらに、半剛性コンホメーション構造を構成するよう意図される複数の異種機能性融合タンパク質を発現するベクターのライブラリーを作製するための方法を包含する。これは、変異ヌクレオチドの連続配列を截断する別の非変異残基を合成ヌクレオチド配列中に組み込むことにより達成される。これらの別の非変異ヌクレオチド配列は、発現異種機能性融合タンパク質の結合ドメインに構造を賦与するアミノ酸をコードするよう意図される。好ましい態様において、別の非変異ヌクレオチドはシステイン残基をコードする。ライブラリーが酸化環境で発現される場合、少なくとも１つのジスルフィド結合が形成され、それにより各々の異種機能性融合タンパク質に少なくとも１つのループ又はクローバー型コンホメーションでさえも形成され得る。本発明はさらに、選択されたリガンドと結合するタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドを調製するための方法であって、本発明のベクターのライブラリーをスクリーニングすることにより同定されるアミノ酸配列を化学的に又は組換え技術により合成することから成る方法を包含する。３．１．発明の目的及び効果本発明は、再現可能、迅速、簡単、有効及び相対的に安価な結合分子の同定方法を提供する。さらに本発明は多様なタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチド分子の大型ライブラリーを作製し、スクリーニングする方法を提供する。したがって本発明は、選択されたリガンドに対する新規の且つ改良された結合特異性、親和性及び安定性を有するものを同定するために有効にスクリーニングされる複数の長鎖タンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドを生じる大型ライブラリーを作製する迅速且つ容易な方法を提供する。本発明の方法及び組成物を用いて得られる結合特性の相違点は、天然結合分子又はその一部分を模倣するか又は置換するために、広範囲の適用に用いられる。特異的遺伝子及び公知の配列の単離に頼る方法に対比して、本発明は、遺伝子を精製又は単離する必要がないし、ＴＳＡＲを生成するために結合配列の部分の機能についての詳細な知識もリガンド結合に関与するアミノ酸も必要としないという利点を有する。唯一の要件は、そのリガンドに対する親和性を有するＴＳＡＲを見出すためにＴＳＡＲライブラリーをスクリーニングするのに必要なリガンドを有することである。ＴＳＡＲはin vitroでスクリーニングされるため、ＴＳＡＲ／リガンド相互作用に伴う溶媒要件は、水性溶媒に限定されない。したがってin vivoで見出されたものとは異なる非生理学結合相互作用が利用される。本発明の計画にしたがって、48個の異なるコドンを用いて、変異ヌクレオチドは20個の天然アミノ酸すべてをコードする。これは64個の異なるコドンが用いられる天然に見出されるよりもやや低い変動性を示すが、しかし変異ヌクレオチドを意図する本発明の計画は有益に、他の式のヌクレオチドを用いるもののような慣用的計画におけるよりも大きな変動性を提供する。ここに教示したＮＮＢ計画の使用は、内部停止コドンを有する組換え体の数を最小にすることにより特に有益である。この差異は、長鎖ペプチドが発現される場合には大きくなる。挿入オリゴヌクレオチドのサイズが大きい、例えば約20コドン以上である場合には、これは特に重要になる。例えば本明細書に教示した方法を用いると、100コドンのオリゴヌクレオチドにおいては、停止コドンを有さない、即ちオープンリーディングフレームを有する確率は、（47/48）¹⁰⁰又は約 12%であり、一方（ＮＮＳ）又は（ＮＮＫ）法を用いた場合は、このような確率は（31/32）¹⁰⁰又は約４%に過ぎない。ＮＮＮ案を用いうるが、しかし停止コドンを有する組換え体の数の増大は認められず、即ち停止コドンを有さない頻度は（61/64 ）¹⁰⁰又は約１%未満である。ＮＮＢ案は、ＴＳＡＲがサプレッサーｔＲＮＡ遺伝子を欠く宿主中で発現される場合、別の柔軟性を提供する。即ち、ＮＮＢ案は強い分子遺伝子操作を施された宿主生物に限定されず、したがって宿主選択に際してより大きな柔軟性を提供する。コドントリプレットの使用により総じて停止コドンを回避しうるが、しかしその場合は各宿主に対するコドンの理想的好みを知る必要がある。ＮＮＢは宿主範囲により大きな柔軟性を提供するOさらにコドントリプレット形態でのオリゴヌクレオチドは市販されていず、トリプレットを合成するための化学的手順は厄介である。さらに本発明の案は、ライブラリーにしばしば見出されるようなＧＣヌクレオチドが豊富な合成オリゴヌクレオチドの使用を避ける。このようなオリゴヌクレオチドは適切にアッセンブルし、シーケンシングするのが難しい。おそらく最も有意には、オリゴヌクレオチドの合成及びアッセンブリーのための本発明の案は、いかなる従来の慣用的ライブラリーよりもサイズが大きい予測できないアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチドの配列を提供する。本発明により構築した場合、本発明の合成二本鎖オリゴヌクレオチドは、ＴＳＡＲ結合ドメインに制限酵素部位をコードする長さが少なくとも約77-631のヌクレオチド、相補的部位、及び約20-200の予測不可能アミノ酸を包含する。好ましい態様によれば、ｎ及びｍは10以上、又は50又はそれ未満である。したがって合成二本鎖オリゴヌクレオチドは、ＴＳＡＲ結合ドメインにおいて少なくとも77-331ヌクレオチドを包含し、約20-100の予測できないアミノ酸をコードする。特定の実施例においては、合成オリゴヌクレオチドはＴＳＡＲ結合ドメインでそれぞれ20、24及び36の予測できないアミノ酸と、27、35及び42アミノ酸をコードする。挿入オリゴヌクレオチドの長さを好ましくは15未満、最も好ましくは約6-8アミノ酸をコードする短さに維持すべきであるという当業界での慣用的教示とは全く反対に、本発明人は、約22より大きなアミノ酸をコードするライブラリーが構築され得るのみならず、TSARs又はタンパク質、ポリペプチド及び／又は種々の配位子に対する結合特異性を有するタンパク質を同定するためにこのようなライブラリーが有益にスクリーニングされ得るということを見出した。さらに、より長さの長い本発明のライブラリーの挿入合成オリゴヌクレオチドは、可能性のある結合タンパク質／ペプチドにおける、並びにペプチドの結合ドメインの実際の結合部分の側面に位置する配列における二次及び／又は三次構造の展開の機会を提供する。このような複雑な構造的展開は、短鎖長オリゴヌクレオチドを用いる場合にのみ、実行可能である。さらに本発明は半剛性構造又は配座が結合ドメイン中に特異的に意図される方法を提供する。ＴＳＡＲｓは新規の物質に対する結合親和性の発生及び公知の物質に対する異なる結合親和性の発生が望ましい系に特に有用である。ＴＳＡＲ又はＴＳＡＲ（又は同一結合特異性を有するその部分）の結合ドメインを包含する組成物は、結合親和性を有するペプチド又はポリペプチドを使用するあらゆるin vivo又はin vitro適用に用い得る。したがってＴＳＡＲ又はＴＳＡＲ組成物は、細胞表面受容体、ウイルス受容体、酵素、レクチン、インテグリン、アドヘジョン、Ｃａ++結合タンパク質、金属結合タンパク質、ＤＮＡ又はＲＮＡ結合タンパク質、イムノグロブリン、ビタミン補因子、あらゆる生体有機物又は無機化合物を認識するペプチド等の代わりに又はそれと結合するために用い得る。標的に対する親和性によって、in vivoで用いるＴＳＡＲあるいはＴＳＡＲ結合ドメイン又はその一部を含む組成物は、金属イオン、放射性同位元素、ペプチド、毒素又はその断片、あるいは酵素又はその断片のような化学的に又は生物学的に活性な部分を細胞中又は細胞上の特異的標的に供給しうる。ＴＳＡＲはさらに、他の分子の検出、定量、分離又は精製のためにモノクローナル抗体又は他の特異的結合分子同様の実用性をin vitroで有し得る。ある態様において、多数のＴＳＡＲ又はその結合ドメインを多量体単位として集合させて、同一特異性を有する多結合ドメインを提供し、生物学的又は化学的活性を有する別の分子と融合させ得る。本発明で生成されるＴＳＡＲは、モノクローナル又はポリクローナル抗体のような高分子の機能を取り換え得るので、それによりハイブリドーマ形成又はin v ivo抗体産生のための複雑な方法を必要としない。さらにＴＳＡＲは他の天然結合分子とは異なって、スクリーニング工程におけるそれらの直接且つ迅速な検出を可能にする容易に特性化され且つ指定される活性を有する。ＴＳＡＲはさらに、天然リガンドタンパク質、糖タンパク質又はポリペプチド、あるいは相互作用し、そして結合に関与する配位子の天然標的中の配列を説明するのに特に有用であることが見出された。しばしば、配位子分子の配列が公知である場合でさえ、標的との相互作用に関与する特異的配列は分からない。特に、分子が大きい場合には、この結合部位のマッピングは標準技術によれば骨の折れる仕事である。天然リガンドと結合するＴＳＡＲｓを単離する場合、これらのＴＳＡＲのいくつかはそのリガンドに対する天然標的中の特異的配列を模倣する配列を含有することが判明した。ＴＳＡＲ配列と標的配列との比較により、リガンド結合に関与する特異的配列を有益に確定し得る。４．図面の簡単な説明本発明についての以下の詳細な説明、本発明の特定の態様の実施例、及び添付の図面を参照することにより、本発明をさらに理解しうる。図１（Ａ−Ｆ）は、本発明の方法によるＴＳＡＲライブラリーの構築を説明する図である。図１Ａは、図１Ｂ及びＣに説明した直鎖ライブラリー及び二分子ライブラリーのための合成オリゴヌクレオチドの合成及びアッセンブリーを示す（Ｎ−Ａ、Ｃ、Ｇ又はＴ；Ｂ＝Ｇ、Ｔ又はＣ、及びＶ−Ｇ、Ａ又はＣ；並びにｎ及びｍは10≦ｎ≦100、及び10≦ｍ≦100であるような整数である）。図１Ｄ−Ｆは、半剛性ライブラリーであるよう意図される代表ライブラリーを示す。半剛性ライブラリーのためのオリゴヌクレオチドの合成及びアッセンブリーは図１Ａと同様であるが、但し特異化不変性位置を含む。詳細に関しては本文５．１項参照。図２は、ｍ13ｍｐ８，ベクターｍ655及びｍ663の誘導体の地図を示す（Fowlke s et al.，1992，BioTechniques，13：422-427参照）。図３（Ａ−Ｄ）は、Ｍ13のpIII遺伝子のアミノ酸残基198-406をコードする截断部分が大腸菌Pel B遺伝子のリーダー配列と結合し、lacプロモーターの制御下で発現される、ファージミドpBluescript II SK+に由来するファージミドベクターの環状制限地図をしめす。Ｇ及びＳはそれぞれアミノ酸グリシン及びセリンを表す；ｃ−ｍｙｃは、Evan et al.，1985，Mol．Cell．Biol．5：3610-3616に記載された9E10モノクローナル抗体により認識されるヒトｃ−ｍｙｃ腫瘍遺伝子エピトープを表す。図３Ａは、ファージミドｐＤＡＦ１の制限地図を表し；図３Ｂは、ファージミドｐＤＡＦ２の制限地図を表す；図３ＣはファージミドｐＤＡＦ３の制限地図を説明する；図３ＤはｐＤＡＦ１，ｐＤＡＦ２及びｐＤＡＦ３の構築を示す図である。図４は、プラスミド発現ベクターｐ340の構築の工程を示す。詳細に関しては本文９項参照。図５（Ａ−Ｂ）は発現ベクタープラスミドｐ677-2の構築工程（図５Ａ）及び構造（図５Ｂ）を示す。詳細は本文５．１．２．１項参照。図６は、プラスミドベクター中で発現されるＴＳＡＲライブラリーのスクリーニングに関する略図である。詳細は本文５．２．項参照。図７はリンカードメインが結合ドメインとエフェクタードメインを繋ぐＴＳＡＲを表す図である。図は尺度通りに描かれているわけではない。詳細は本文５．３．項参照。図８はＴＳＡＲ−９ライブラリーの構築を示す。Ｎ＝Ａ、Ｃ、Ｇ又はＴ；Ｂ− Ｇ、Ｔ又はＣ及びＶ＝Ｇ、Ａ又はＣ。詳細に関しては本文６．１．１項参照。図９は、ＴＳＡＲ−12ライブラリーの構築を示す。Ｎ＝Ａ、Ｃ、Ｇ又はＴ；Ｂ＝Ｇ、Ｔ又はＣ及びＶ＝Ｇ、Ａ又はＣ。詳細に関しては６．２項参照。代表的な適切なベクター中への挿入及び適切な宿主中での発現を示す。図10は、ＴＳＡＲ−９ライブラリーの23無作為選択成員の合成オリゴヌクレオチドの可変性領域によりコードされるアミノ酸の使用頻度を示す。示した値は、各アミノ酸が観察された時間数とオリゴヌクレオチドを合成するのに用いた式を基礎にして予測した時間との比較である；基準線の上及び下の棒のサイズにより、予測値からの放散を示す。詳細に関しては本文６．３．１項参照。図11は、ＴＳＡＲ−13ライブラリーの構築を示す。詳細に関しては本文６．４項参照。図12は、ファージベクター上に発現され、７Ｅ11．９−５及び７Ｅ11．12−３（それぞれ配列番号：26及び29）と呼ばれるＴＳＡＲが７Ｅ11−Ｃ５モノクローナル抗体とその抗原との結合を用量依存方式で阻害したことを示す。ＯはＴＳＡＲ７Ｅ１１．９−５（IC 50＝1.7ｘ1010）による結合の競合を示す；●はＴＳＡＲ７Ｅ11．12−３（IC 50＝3.55ｘ1011）による結合の競合的阻害を示す；▽は、対照タンパク質であるベクターＭ663のpIII遺伝子による結合の競合的阻害を示す。詳細に関しては本文7.2項参照。図13は、７Ｅ11−Ｃ５結合ＴＳＡＲの結合ドメインの一部を包含するペプチド（アミド形態）（配列番号：31）が７Ｅ11−Ｃ５抗体のその抗原との結合を競合的に阻害したことを示す。２つの（アミド形態）対照ペプチド１及び２（配列番号：32及び33）を比較のために含めた。７Ｅ11−Ｃ５抗体により認識されるものとは異なるＬＮＣａＰ細胞抽出物中の抗原を認識する別のモノクローナル抗体であるＢ139の結合を阻害する能力を評価した。*は配列番号：31によるＬＮＣａＰ細胞抽出物と結合する７Ｅ11−Ｃ５モノクローナル抗体の阻害を示す；□は、配列番号：31によるＬＮＣａＰ細胞抽出物と結合するＢ139モノクローナル抗体の阻害を示す；◇は、対照ペプチド１（配列番号：32）による７Ｅ11−Ｃ５抗体結合の阻害を示す；△は、対照ペプチド１（配列番号：32）によるＢ139モノクローナル抗体結合の阻害を示す；○は、対照ペプチド２（配列番号：33）による７Ｅ11−Ｃ５モノクローナるＢ139モノクローナル抗体の阻害を示す。詳細に関しては本文７．２項参照。図14は、0.5-500μg/mlの範囲の濃度で50μｌ／ウエルを用いて固定した場合、７Ｅ11−Ｃ５結合ＴＳＡＲの一部を包含するペプチド（配列番号：31と呼ばれるペプチド（アミド））との７Ｅ11−Ｃ５モノクローナル抗体の用量依存性結合を示す。○は、0.5μｇ／mlでの配列番号：31を示す；△は、5.0μg／mlでの配列番号：31を示す；□は、50μｇ／mlでの配列番号：31を示す；そして＊は500 μｇ／mlでの配列番号：31を示す。詳細に関しては本文７．２項参照。図15は、７Ｅ11−Ｃ５モノクローナル抗体が７Ｅ11−Ｃ５結合ＴＳＡＲの一部を包含するペプチドを特異的に結合し、そのペプチドが（アミド形態）配列番号：31と呼ばれ、一方別の無関係なモノクローナル抗体Ｂ139は特異的に結合しなかった。*は、７Ｅ11−Ｃ５の固定化配列番号：31との結合を示す；□は、B139 抗体の固定化配列番号：31との結合を示す。図16（Ａ−Ｂ）は、Ｚｎ（ＩＩ）−ＩＤＡ、Ｃｕ（ＩＩ）−ＩＤＡ及びＮｉ（ＩＩ）−ＩＤＡ上に分別された単離Ｚｎ（ＩＩ）−ＩＤＡ選択ファージのクロマトグラフィー処理特性を示す。図16Ａは、さらに特性表示するために選択された４つのＺｎ（ＩＩ）−ＩＤＡ選択ファージ（表２）を示す。クローンをＺｎ（ＩＩ）−ＩＤＡ、Ｃｕ（ＩＩ）−ＩＤＡ及びＮｉ（ＩＩ）−ＩＤＡ上で分別した。３つの分画を収集し、ファージの存在に関して滴定した：戦場（■）、溶離（黒枠□）、及びＴ10ＮＴ中に再懸濁した金属（ＩＩ）−ＩＤＡカラムマトリックス（□）。各分画中の回収ファージのパーセンテージを示す。図16Ｂは、Ｚｎ（ＩＩ）−ＩＤＡからのＺｎ（ＩＩ）−ＩＤＡ選択クローンＺｎ１Ｂ８の溶離を示す。Ｚｎ１Ｂ８をＺｎ（ＩＩ）−ＩＤＡ上に分別して、種々の試薬で溶離した。３つの分画を収集し、ファージの存在に関して滴定した：戦場（■）、溶離（黒枠 □）、及びＴ10ＮＴ中に再懸濁した金属（ＩＩ）−ＩＤＡカラムマトリックス（ □）。値は分画中の回収ファージの%として示した。詳細に関しては本文７．３項参照。図17は、Ｃ46モノクローナル抗体に対する発癌性胚抗原（ＣＥＡ）を有するＣ 46-9.1（配列番号：68）（●）及びＣ46-9.2（配列番号：69）（○）と呼ばれるＴＳＡＲｓの競合的結合を示す。詳細に関しては本文７．５項参照。図18は、ＥＬＩＳＡ検定フォーマットでのC46抗体を有するＴＳＡＲ C46.9-2 （配列番号：69）の結合ドメインのアミノ酸配列を基礎にした合成重複八量体ペプチド（8-mers）の結合を示す。詳細に関しては本文７．５項参照。図19は、カルモジュリン結合ＴＳＡＲ（配列番号：135）を基礎にしたペプチド（配列番号：176）のカルモジュリンとの結合がＥＧＴＡ濃度の増大により阻害され、これはカルモジュリンとの結合がカルシウム依存性であることを示す、ということを図示している。□はカルシウムの存在下でＣａＭと結合する配列番号：176を示し；○はＥＧＴＡ濃度の増大下でのＣａＭと結合する配列番号：176 の阻害を示す。詳細に関しては本文７．９項参照。図20 − ＣａＭタンパク質キナーゼ（ＣａＭＫ）及び骨格ミオシン軽鎖キナーゼ（ＭＬＣＫ）による固定化カルモジュリンと結合するストレプタビジン標識化配列番号：176の阻害。詳細に関しては本文７．９項参照。図21 − カルシウムイオン存在下での、カルモジュリンと結合した（−）及び結合していない（−）配列番号：176ペプチドの蛍光。詳細に関しては本文７．９項参照。図22 − カルモジュリン濃度増大下での配列番号：176ペプチドの蛍光。詳細に関しては本文７．９項参照。図23 − Ｎ末端半配列番号：195（▼）、Ｃ末端半配列番号：180（▲）、W- A配列番号：178（◆）、カルモジュリンに結合する配列番号：176ペプチドと競合する逆配列（配列番号：177）（ｘ）。詳細に関しては本文７．９項参照。５．発明の詳細な説明本発明は、選択されたリガンドに結合するＴＳＡＲといわれているタンパク質／ポリペプチド及び／又はペプチドを同定するための方法及び組成物を提供する。本発明で用いられているように、ＴＳＡＲは、少なくとも二つの別個の反応領域を含む、連結された異種機能性のタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドを包含することを意図している。ＴＳＡＲ分子の異種機能性の一つの領域は、リガンドに親和性を有する結合ドメインであり、すなわち（１）特定条件下の結合の強さ、（２）特定条件下の結合の安定性、及び（３）選択されたリガンドのための選択特異性により特徴づけられる。異種機能性のＴＳＡＲ分子の第二の領域は、ＴＳＡＲの発現及び／又は検出及び／又は精製を増強するための、生物学的又は化学的に活性であるエフェクタードメインである。このエフェクタードメインは、ベクターの表面タンパク質、酵素若しくはそのフラグメント、毒素若しくはそのフラグメント、治療上のタンパク質若しくはペプチド、又はタンパク質若しくはペプチド（それらの機能は、金属イオンなどのような物質の付着のための部位を提供することであり、すなわち、この発現されたＴＳＡＲの、発現及び／又は検出及び／又は精製を増強するに有用である）として容易に発現できる構造タンパク質又はフラグメントを含む、多くの生物学的又は化学的に活性なタンパク質から選択される。本発明の実施態様の一つにより、ＴＳＡＲは、結合ドメインとエフェクタードメインの間に、場合による付加的リンカードメイン又は領域を含むことができる。このリンカー領域は、（１）結合ドメインとエフェクタードメインの間の構造的スペーサーとして、（２）結合ドメインとエフェクタードメインを離すか若しくは分ける目的で、又は（３）発現ベクターによる結合ドメイン及び／又はＴＳＡＲの表示のために構造的助けとして働く。このＴＳＡＲ（図７も参照されたい）の場合によるリンカー領域のより詳細な記載については，第５．３節（後述）を参照されたい。本発明で用いられているように、リガンドは、タンパク質のレセプターが、本来存在するか、又は本発明の方法により調製することができるために、分子又はその部分を含む物質を包含することを意図している。リガンドに結合しているＴＳＡＲは、レセプター、すなわちそのリガンドが適合し、そして結合する錠として機能することができるか、あるいはＴＳＡＲは、リガンドがより大きなタンパク質分子であるとき、リガンドに適合し、そして結合する鍵として機能することができる。この発明において、リガンドは、特定的にＴＳＡＲと相互作用するか又は結合する物質であり、限定されないが、有機化学基、イオン、金属若しくは非−金属無機イオン、グリコタンパク質、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、核酸、炭水化物、炭水化物ポリマー、脂質、脂肪酸、ウイルス粒子、膜小胞、細胞壁成分、合成有機化合物、生化学化合物及び無機化合物又は上述のいずれかのものの部分のいずれかを含む。本発明は、さらに、新規なＴＳＡＲ試薬及びＴＳＡＲの結合ドメイン又はその部分（それらは、特定的に選択されたリガンドを有する）を含む、新規なＴＳＡＲ試薬及び組成物、並びにＴＳＡＲ及びＴＳＡＲの結合ドメイン又はその部分（それらは、ＴＳＡＲ結合ドメインの結合特性を保持している）を含む組成物を用いる方法を提供する。単に説明を容易にするために、本発明の記載は、以下の項に分けることができる。（Ａ）（i）構築及び（ii）ライブラリーのスクリーニングを含むＴＳＡＲを同定する方法；（Ｂ）ＴＳＡＲ又はその部分の結合ドメインを含むＴＳＡＲ及び組成物；並びに（Ｃ）ＴＳＡＲ及びＴＳＡＲ組成物の適用又は用途。ＴＳＡＲライブラリーを構築する方法の記載は、さらに以下のように分けることができる．（ａ）合成オリゴヌクレオチドの調製及び組み立て；（ｂ）合成オリゴヌクレオチドの適当な発現ベクターへの挿入；及び（ｃ）ベクターのライブラリーの発現。線状の、二分子及び半固定のライブラリーを構築する方法が記載されている。５．１．ＴＳＡＲを同定する方法：ライブラリーの構築最も一般的態様において、迅速にかつ効率的に、ＴＳＡＲに新規な結合試薬を同定するための本発明の方法は、二つの工程を含む：（ａ）例えばベクターの到達しやすい表面構造タンパク質に付着している、融合タンパク質として、複数のタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドをコードする、挿入された合成オリゴヌクレオチド配列を発現するベクターのライブラリーの構築；及び（ｂ）関心のあるリガンドに結合しているタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドを生成するそれらの構成員を単離するための発現ライブラリー又は複数の組換えベクターのスクリーニング。この単離されたベクターの挿入された合成オリゴヌクレオチドの核酸配列が、決められ、そしてコードされたこのアミノ酸配列が、推定され、選択されたリガンドに結合したＴＳＡＲ結合ドメインが同定される。本発明は、選択されたリガンドに結合しているタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドを同定する方法を包含し、以下の方法を含む：（ａ）予測できないヌクレオチドが一つ以上の連続配列で配列されている予測できないヌクレオチド（そこでは予測できないヌクレオチドの総数は約60に等しいかそれより大きく、約600に等しいかそれより小さい）を含むオリゴヌクレオチドによりコードされている結合ドメイン、及び（ｂ）結合ドメインの発現又は検出を増強するタンパク質又はペプチドをコードしているオリゴヌクレオチド配列によりコードされているエフェクタードメインを、含む複数の異種機能性の融合タンパク質を発現する組み換えベクターのライブラリーを、複数の異種機能性の融合タンパク質をリガンド結合を促す条件下に選択されたリガンドと接触させ、次いでリガンドに結合した融合タンパク質を単離することによりスクリーニングすることを含む。あるいは、本発明は、選択されたリガンドに結合するタンパク質及び／又はペプチドを同定するための方法を包含し、以下の方法を含む：（ａ）（i）予測できないヌクレオチドが一つ以上の連続配列で配列されている予測できないヌクレオチド（そこでは予測できないヌクレオチドの総数は約60に等しいかそれより大きく、約600に等しいかそれより小さい）を含む二本鎖オリゴヌクレオチドによりコードされている結合ドメイン、及び（ii）結合ドメインの発現又は検出を増強するタンパク質又はペプチドをコードしているオリゴヌクレオチド配列によりコードされているエフェクタードメインを含む異種機能性の複数の融合タンパク質を発現するベクターのライブラリーを作製させること；及びリガンド結合を促す条件下選択されたリガンドと異種機能性の複数の融合タンパク質を接触させ、次いでリガンドに結合している異種機能性の融合タンパク質を単離することにより、ベクターのライブラリーをスクリーニングすることを含む。さらに加えて、この方法又は本発明は、さらに同定された異種機能性の融合タンパク質の結合ドメインをコードしているヌクレオチド配列を決定し、結合ドメインのアミノ酸配列を推定することを含む。もちろん、本発明によりライブラリーが、一度構築されたならば、このライブラリーは、与えられたリガンドに結合するＴＳＡＲを同定するための、多くの異なる選択されたリガンドと何回でもスクリーニングすることができる。このようなスクリーニング方法も、また本発明のなかに包含されている。５．１．１．オリゴヌクレオチドの調製及び組み立て本発明の実施態様の一つに従い、複数のタンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドＴＳＡＲを発現するベクターのライブラリーを調製するために、ヌクレオチドの一本鎖のセットを合成し、以下のスキームにより試験管内（In Vitro）で組み立てた。合成されたヌクレオチド配列は、変異又は予測できないもの及び変異しないヌクレオチド位置を有するように設計した。一つの構成員は、５’（ＮＮＢ）ｎ３ ’で表され、そして他の構成員は、３’（ＮＮＶ）ｍ５’（ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ又はＴであり；Ｂは、Ｇ、Ｔ又はＣであり；Ｖは、Ｇ、Ａ又はＣであり；ｎは、10≦ｎ≦100であるような整数であり、そしてｍは、10≦ｎ≦100であるような整数である）で表される変異ヌクレオチドのペアを、合成オリゴヌクレオチドに組み立てるために合成した。本発明により組み立てたように、それぞれの挿入された合成二本鎖オリゴヌクレオチド配列中には、少なくともｎ＋ｍの変異コドンが存在している（図１Ａ）。当業者に理解されているように、変異ヌクレオチド位置は、20の天然由来のアミノ酸をコードする能力を有し、本発明により組み立てたとき、ただ一つの停止コドン、すなわちＴＡＧをコードする。本発明の変異ヌクレオチドによりコードされたアミノ酸の配列は、予測できず、かつ実質的にランダム配列である。「予測されなかった」又は「予測できない」及び「実質的にランダム」の用語は、本明細書では、コードされたアミノ酸に関して交換可能として用いられており、２０の天然由来のアミノ酸が起こる変異ヌクレオチドによりコードされたＴＳＡＲの結合ドメインでのどこかの与えられた位置が、予測できないことを意味することを意図している。本スキームによる変異ヌクレオチドは、48の異なるコドンの使用によりすべての20の天然由来のアミノ酸をコードする。このことは、天然で見出される、ここでは64の異なるコドンが用いられている、よりいくらか少ない変異であるけれども、変異ヌクレオチドを設計するための本スキームは、好都合には、式ＮＮＫ（ここで、ＫはＧ又はＴ（Dower，WO91/19818（前述）参照）である）又は式ＮＮＳ（ここで、Ｓは、Ｇ又はＣ（Devlin，WO91/18980参照）である）のヌクレオチドを用いたそのような従来のスキーム（ここでは、ただ32のコドンが用いられている）よりも大きな変異を提供する。さらに、第５．１．３節（後述）で議論するように、合成オリゴヌクレオチドが、発現ベクター中に挿入されたとき、ただ一つの停止コドンＴＡＧが、突然変異宿主、例えばE．coli supE中でベクターライブラリーの発現により抑制されることができる（一般的には、Sambrook，Fritsh and Maniatis，M olecular Cloning:ALaboratory Manual，2d.ed．Cold Spring Harbor Laborator y Press，pp.2.55，2.57-.59，4.13-4.15 1989（以後Maniatisとする）参照）。当業者により理解されているように、式ＮＮＫ又はＮＮＳの変異コドンの使用は、現在使用したＮＮＢ式のように、ただ一つの停止コドン、すなわちＴＡＧをコードするであろう。もしサプレッサー、例えばSupEの使用は、ただ一つの停止コドンを抑制するために100％有効であるので、従来の方法により用いられたこれらのスキームにかえて本ＮＮＢスキームを用いる差又は利点はない。他方、もし抑制が100％有効でないか、又は特定のベクター／宿主系のために抑制が用いられないならば、そのときは31アミノ酸よりむしろ47アミノ酸コーディングコドンを用いるために、現在教示のＮＮＢは、ＮＮＫ又はＮＮＳ系のいずれかよりもより有利であるだろう。ヌクレオチドの特定の長さのＮＮＢ配列での停止コドンを有する機会は、より少なくなる。説明のために、現在教示されているＮＮＢスキームを用いた36コドンの配列中に停止コドンを有する確率は、〔１ −（４７／４８）36〕又は約53％であり、一方ＮＮＫ又はＮＮＳスキームを用いると、その確率は、〔１−（31／32）36〕又は68％である。このＮＮＮスキームは、用いることができるが、しかし停止コドンでの組換えの数が増大し、例えば〔１−（62／64）36〕＝0.82又は82％である。したがって、現在教示されているＮＮＢスキームは、特に内部停止コドンでの組換えの数を最少にする利点を有する。この相違は、より長いＴＳＡＲペプチドが発現されたときに、大きくなる。これは、特に挿入されたオリゴヌクレチドの寸法が大きい、例えば約 20コドンより大きいときに、重要になる。例えば、現在教示されている方法を用いて、100コドンのオリゴヌクレオチドにおいて、停止コドンを持たない、すなわち開かれた読み枠を持つ確率は、（47／48）100又は約12％であるが、一方ＮＮＳ又はＮＮＫ法を用いたときには、そのような確率は、（31／32）100又はたった４％である。実際、第６．３節（後述）でより詳細に説明するように、supE E.coli突然変異体でのＭ１３ベクター誘導体により発現した本発明による挿入された合成オリゴヌクレオチドの多くの分析は、非常に少ないＴＡＧ停止コドンが、ＴＳＡＲベクターにより発現させた結合ドメイン配列中に見られる。したがって、この系でのsupEの使用は効率的でないが、しかし本ＮＮＢスキームの使用は、特に有用であるように見える。このＮＮＢスキームは、ＴＳＡＲペプチドがサプレッサ−ｔＲＮＡ遺伝子を欠く宿主中で発現させられるときに、さらなる可動性を提供する。すなわち、このＮＮＢスキームは、強烈な分子遺伝子操作に付される宿主有機体にのみで制限されず、したがって宿主選択で大きな可動性を提供する。コドントリプレットを用いることにより全体で停止コドンを避けることができるが、しかしそのときにはそれぞれの宿主の理想的に好ましいコドンを知ることが必要である。ＮＮＢは、宿主範囲により大きな可動性を提供する。非変異ヌクレオチドは、合成されたオリゴヌクレチドの組み立て及びクローニングのためにヌクレチド配列の特定の部位に位置している。変異ヌクレオチドのセットの５’末端で、非変異ヌクレオチドは、有効制限酵素切断部位をコードする。５’末端での非変異ヌクレオチドは、制限酵素（１）これは同じ緩衝条件で機能することができる；（２）高い特異的活性で商業的に入手できる；（３）合成された二本鎖オリゴヌクレオチドの互いに相補的自己結索を阻止することができない；（４）挿入された二本鎖オリゴヌクレオチド配列内の切断頻度を低くするために切断認識部位の６又は８ヌクレオチドを必要とする。したがって、６節（後述）に例示したペプチドライブラリーの特定の実施態様に対して、選択された部位のペアは、Xho IとXba I、及びSal IとSpe Iから選択される。有用な制限酵素部位の他の例は、以下のものを含むが、これに限定されない：Nco I、Nsi I 、Pal I、Not I、Sfi I、Pme Iなど。５’末端非変異位置での制限部位は、オリゴヌクレオチドが適切な発現ベクター中に挿入されたときの連結の間に適当な位置及び組換え分子形成の効率のよい製造を促進するように機能する。したがって、本発明のもう一つの実施態様に対して、変異ヌクレオチドが、メチル化ｄＮＴＰの一つ以上を用いて合成され、そして効果的切断のための制限部位をコードした、５’末端非変異ヌクレチドが、非−メチル化ｄＮＴＰを用いて合成された。この実施態様は、適当なベクター中に挿入するための末端での長い長さの合成オリゴヌクレチドの効率のよい切断を提供するが、一方変異ヌクレオチド配列での切断を避ける。３’末端非変異ヌクレオチド位置は、ヌクレオチドの二つの合成一本鎖を一緒にアニーリングし、そしてここで示された合成した二本鎖オリゴヌクレオチドを、二本鎖ＤＮＡに変換するために、相補的に６、９又は12ヌクレオチドのペアである。第６節（後述）に例示したペプチドライブラリーの特定の実施態様において、３’末端非変異ヌクレオチドは、⁵’ＧＣＧＧＴＧ³’と³’ＣＧＣＣＡＣ⁵’、及び⁵’ＣＣＡＧＧＴ³’と³’ＧＧＴＣＣＡ⁵’、これらは、また特定のアミノ酸、グリシン、又はジペプチド、プロリン−グリシン、をコードしており、発現された、タンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドに対し、それぞれスイベル又はヒンジ配置の可動性を提供している。さらに、他の特定の実施態様において、コードしている鎖の３’末端ヌクレオチドは、５’ＧＧＧＴＧＣＧＧＣ３’であり、これはグリシン、シスチン、グリシンをコードしている。酸化環境において、このシスチンは、結合ドメイン中で他のシスチンとジスルフィド結合を形成し、発現ペプチドの半剛性コンホメーションを形成する。他の実施態様において、相補的な３’末端は、また短い荷電クラスター（例えば、ＫＫＫＫ、ＤＤＤＤ又はＫＤＫＤ）、又は鋭い曲げ（例えば、ＮＰＸＹ、ＹＸＲＦ（ここで、Ｘはどのようなアミノ酸でもよい）を提供するアミノ酸配列をコードしている。他の別の実施態様において、相補的な３’末端は、また所望の結合を有するか又は生物活性を有すると知られているペプチドを提供する短いアミノ酸配列をコードしている。特定の例は、制限しないがＲＧＤ、ＨＡＶ、ＨＰＱθ（ここで、θは非−極性アミノ酸である）を含むペプチドをコードしている。図１Ａは、一般的に本発明の方法による組み立て方法を示している。オリゴペプチド配列は、このようにして以下の方法により組み立てられる：示された式を有する一本鎖ヌクレオチドのペアの合成：（ａ）５’→３’制限部位−（ＮＮＢ）ｎ−相補部位；及び（ｂ）３’→５’相補部位−（ＮＮＶ）ｍ−制限部位、ここで、ｎは、10≦ｎ≦100である整数であり、そしてｍは、10≦ｍ≦100である整数である。より特に、一本鎖ヌクレオチドは、第１の式５’Ｘ（ＮＮＢ）ｎＪＺ３’そして第２の式３’Ｚ’ＯＵ（ＮＮＶ）ｍＹ５’ ここで、Ｘ及びＹは、ＸがＹに等しくない制限酵素認識部位であり；Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ又はＴであり；Ｂは、Ｇ、Ｔ又はＣであり；Ｖは、Ｇ、Ａ又はＣであり；ｎは、10≦ｎ≦100である整数であり；ｍは、10≦ｍ≦100である整数でありＺ及びＺ’は、それぞれ、６、９又は12ヌクレオチドの配列であり、Ｚ及びＺ’ は、互いに相補的であり；Ｊは、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ又は無しであり；Ｏは、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ又は無しであり；Ｕは、Ｇ、Ａ、Ｃ又は無しであるが；但し、しかしながら、もしＪ、Ｏ又はＵのいずれか一つが、無しであれば、そのときは、Ｊ、Ｏ及びＵは、すべて無しである。ヌクレオチドの一本鎖のセットの合成のいずれかの方法は、自動ヌクレオチド合成装置のそのような使用を含んで適切である。この合成装置は、ヌクレチドが、等モルであるか、又は非−等モルの比のいずれかで変異位置、すなわちＮ、Ｂ、Ｖ、Ｊ、Ｏ又はＵの位置で組み込まれることができる。この所望の長さのヌクレオチド配列は、例えばＨＰＬＣで精製することができる。目的の長さの精製された１本鎖ヌクレオチドの対を、Ｔａｑ、Ｖｅｎｔ（登録商標）又はＢｓｔＤＮＡポリメラーゼのような適切なＤＮＡポリメラーゼ、及び適切な温度サイクリングを使用して、アニーリングとＤＮＡ合成のサイクルの繰り返しにより、適切な緩衝液中で一緒に反応させる。大腸菌ＤＮＡポリメラーゼのクレノー断片を使用することができるが、当業者には理解されるように、このようなポリメラーゼは、各周期で補充することが必要であり、このためあまり好適ではない。ここで長さｍ＋ｎより大きい２本鎖ＤＮＡ反応生成物は、例えばフェノール／クロロホルム抽出とエタノール沈殿により単離される。緩衝液に再懸濁後、２本鎖合成オリゴヌクレオチドを、適切な制限酵素で切断して、多数の合成オリゴヌクレオチドを得る。この２本鎖の合成オリゴヌクレオチドは、高解像度ポリアクリルアミドゲル電気泳動、又はNuSieve/MetaMorph（F MC Corp.，Rockl and，MA）アガロースゲル電気泳動などの方法により、適切なサイズのものが選択される。オリゴヌクレオチドのサイズを選択することにより、不適切なサイズの無駄な組み立て生成物や不完全な消化生成物が実質的に除外される。本発明のライブラリーを作成するために使用される予測できないオリゴヌクレオチドの合成と組み立てのスキームは、20ｎ＋ｍ≦200即ち20〜200の予測できないコドンが、合成２本鎖オリゴヌクレオチド中に組み込まれるように、式（ＮＮＢ）_n+m（式中、Ｂは、Ｇ、Ｔ又はＣであり；そしてｎ及びｍは、各々整数である）の予測できないヌクレオチド配列であるｍ＋ｎ変異体を組み込んでいる。このようなスキームは、従来のライブラリーでは得られなかった多くの重要な利点を提供する。組み立てられる時、本合成オリゴヌクレオチドは、異なるアミノ酸をコードする48個のコドンの使用により天然に存在する20個全てのアミノ酸をコードする。これは、異なる64個のコドンが使用される天然に見い出されるものと比べて、幾分少ないが、本スキームは、従来の他のスキームに比べて有利に多い。例えば、変異体ヌクレオチドが式ＮＮＫ（式中、Ｋは、Ｇ又はＴである）又はＮＮＳ（式中、Ｓは、Ｃ又はＧである）を有する従来のスキームは、異なるアミノ酸をコードするわずか32個のコドンしか使用していない。アミノ酸をコードするより多くのコドンの使用は、本ライブラリーが発現する時に、本ライブラリーを宿主のコドンの選り好みをより受けにくいものにしている。本スキームと従来のスキームの両者ともわずか１個の停止コドンを確保しているのみであるが、本明細書で教示されるＮＮＢの使用は、従来のＮＮＳ又はＮＮＫスキームに比べて停止コドンの確率が低下している合成オリゴヌクレオチドを有利に与える。更に、本スキームは、変異体コドンのＮＮＳ式を使用するライブラリーにしばしば見られるような、ＧＣヌクレオチドに富んだ合成ヌクレオチドの使用を回避する。当業者には公知であるように、ＧＣ残基に富んだヌクレオチド配列は、正しく組み立てて配列決定するのが難しい。（ａ）５’→３’制限部位−（ＮＮＢ）_n−相補的部位；及び（ｂ）３’→５’相補的部位−（ＮＮＶ）_m−制限部位、で示される２つの異なる１本鎖ヌクレオチド配列よりなる、変異体及び非変異体領域を有するヌクレオチドのセットを使用する、オリゴヌクレオチドを組み立てるための本スキームは、２つの１本鎖のヌクレオチドのセットの有効なアニーリングを有利に提供する。この組み立て方法は有効に作用するため、最初に合成される必要があるのは比較的少量のＤＮＡのみであり、合成ヌクレオチドは、アニーリングと伸長の繰り返しサイクルで、ＴａｑＤＮＡポリメラーゼのような適切なポリメラーゼを使用して、有効に２本鎖オリゴヌクレオチドに変換することができる。恐らく最も有意には、オリゴヌクレオチドの合成と組み立てのための本スキームは、いかなる従来のライブラリーに比べてもサイズの大きい、予測できないアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチドの配列を与える。本発明により作成される時、本合成２本鎖オリゴヌクレオチドは、制限酵素部位、相補的部位及びＴＳＡＲ結合ドメイン中で約20〜200個の予測できないアミノ酸をコードする、長さが少なくとも約77〜631個のヌクレオチドよりなる。好適な実施態様では、ｎ及びｍは、10以上かつ50以下である。即ち、合成２本鎖オリゴヌクレオチドは、少なくとも77〜331個のヌクレオチドよりなり、ＴＳＡＲ結合ドメイン中で約2 0〜100個の予測できないアミノ酸をコードする。具体例では、合成オリゴヌクレオチドは、ＴＳＡＲ結合ドメイン中で、各々20、24及び36個の予測できないアミノ酸と、27、35及び42個の全アミノ酸をコードする。当該分野で従来の理論では、挿入オリゴヌクレオチドの長さは、好適には15個未満、最も好適には約６〜８個のアミノ酸をコードする小ささに保つべきである。これとは完全に反対に、本発明者らは約20個を超えるアミノ酸をコードするライブラリーを作成することができるだけでなく、このようなライブラリーでは、ＴＳＡＲ即ち種々のリガンドに対する結合特異性を有するタンパク、ポリペプチド及び／又はタンパクを同定するために有利にスクリーニングすることができることを見い出した。薬剤開発のために結合分子を同定するためにコンピューターモデル化を利用することに興味ある人々の間では、非ペプチド性の模倣物を開発するためのリード化合物として使用されるペプチドは、最大約６〜８個のアミノ酸に保つべきであることが従来の理論であった。より大きなペプチドのコンピューターモデル化は、実際的でないか又は有益でないと考えられてきた。このため、従来の理論では、短いペプチド配列のライブラリーをスクリーニングすることがより生産的であった。これとは完全に反対に、結合ペプチドを同定するためにはるかに長いペプチドのライブラリーを有効に作成しスクリーニングするための方法を提供する本発明は、後でそのようなコンピューターモデル化技術を利用して薬剤開発のために使用できる小さなモチーフ（即ち、６〜８個のアミノ酸）を首尾よく解明した。更に、本発明者らは、本発明の方法により同定されるより長いペプチドが、薬剤候補の完全に新しい展望を提供すると信じている。セクション７（以下）の実施例で証明されるように、本挿入オリゴヌクレオチドの長さが、アミノ酸の短い配列が共通であるか又はある一定のリガンドに結合する多くのタンパク／ペプチド結合に、共有されているＴＳＡＲ（即ち共有される結合モチーフを有するＴＳＡＲ）を同定する能力、及び同一リガンドへの結合特異性を有する他のペプチド（非モチーフ）といかなる共有配列ももたないＴＳＡＲを同定する能力を提供している。即ち本ライブラリーは、単純又は複合結合部位で、リガンドに親和性を有するＴＳＡＲを同定する能力を提供する。特定の応用、即ち抗体のエピトープに対して結合特異性を有するＴＳＡＲの同定で、大きな挿入オリゴヌクレオチド配列を有する本ライブラリーは、少数の隣接するアミノ酸残基を包含するエピトープ（即ち単純エピトープ）だけでなく、不連続のアミノ酸を包含するエピトープ（即ち複合エピトープ）をも同定又はマッピングする機会を提供する。更に、本ライブラリーの挿入された合成オリゴヌクレオチドのサイズの大きさは、可能性ある結合タンパク／ペプチド、及び結合ドメイン中の実際の結合部分に隣接する配列の２次及び／又は３次構造の展開の機会を提供する。このような複雑な構造の展開は、短い長さのオリゴヌクレオチドだけが使用される時には不可能である。最後に、従来の理論では見落とされたように、長いペプチドライブラリーは、短いペプチドライブラリーよりもはるかに増大した複雑さを提供し、これは当業者にとって明白ではなかった。このはるかに増大した複雑さは、含めて数えなければならない引き込み窓の概念と関係する；即ち、窓の数＝［配列の長さ］−［窓のサイズ］＋１である。この概念は、以下の２つのライブラリーの比較により説明することができる。リガンドへの結合部位が、５個の隣接するアミノ酸残基（ペンタマー）を要すると仮定する。ペンタマーを発現する第１のライブラリー、及び本発明により作成されるトリ−デカマー（30量体）を発現する別のライブラリーの、等しい数の組み換え体よりなる２つのライブラリーにおいて、第２のライブラリーは、第１のライブラリーに比較して26倍結合部位に「富んで」いる。言い換えると、本発明による１つの30量体のライブラリーで表されるのと同じ数の可能なペンタマーを達成するためには、26個のペンタマーライブラリーを作成しなければならない。当然この差は、発現するペプチドの長さが長くなるほど増大する。本発明の別の実施態様により、第１Ｄ−Ｆ図に示されるように、その構造中にある程度のコンホメーションの剛性（rigidity）を有する多数のＴＳＡＲタンパク、ポリペプチド及び／又はペプチドを発現するライブラリー（半剛性（semiri gid）ペプチドライブラリー）が作成される。半剛性ペプチドライブラリーでは、多数の合成オリゴヌクレオチドが、合成変異体又は予測できないオリゴヌクレオチド内の、又はこれに隣接するある構造をとるアミノ酸をコードするコドンの位置により強制される、唯一の又は少数の異なるコンホメーションしかとることのできないペプチドを発現する。上述のように作成され、発現する多数のタンパクが、多くの短命な異なるコンホメーションをとることが可能な、第１Ｂ図に示したライブラリーとは異なり、半剛性ペプチドライブラリーでは、発現する多数のタンパクは、唯一の又は少数のコンホメーションしかとることができない。ペプチドが半剛性であるか又はある程度のコンホメーションの剛性を有するように本発明のライブラリーを作成するために、４つの異なる方法を使用することができる。第１の方法では、発現されるペプチドが、予測できない又は変異体の残基内に、又はこれらに隣接して、１対の非変異体システイン残基を有するように、合成オリゴヌクレオチドが設計される（第１Ｄ図参照）。酸化条件下でこのライブラリーが発現される時、このシステイン残基は酸化状態になり、ジスルフィド結合により架橋してシスチンを形成しやすい。即ちこのペプチドは、剛性又は半剛性のループを形成する。このシステイン残基をコードするヌクレオチドは、変異体ヌクレオチド配列からアミノ酸６〜27個離れて位置する。非変異体残基の実際の位置は、本発明による線状ペプチドライブラリー中に観察される配置でモデル化することができる。例えば、セクション６（以下）に例示されるＴＳＡＲ−９又はＴＳＡＲ−12ライブラリーからの多くのＴＳＡＲペプチドのランダム単離及び配列決定により、挿入された合成オリゴヌクレオチドにより２個又は４個のシステインがコードされるＴＳＡＲが得られた。例えば、システイン残基をコードする適切なＴＧＣコドンを含有する、以下の一般式：（1）X（NNB）₆（TGC）（NNB）₁₁Z（NNB）₁₄（TGC）（NNB）₃Y（TSARs-9-6 & 9 ）；（2）X（NNB）₁（TGC）（NNB）₁₀（TGC）₂（NNB）₄Z（NNB）₈（TGC）（NNB）₉Y （TSAR-9-9’）；（3）X（NNB）₁₆（TGC）（NNB）₁Z（NNB）₁₆（TGC）（NNB）₁Y（TSAR-9-12’）；（4）X（NNB）₁₁（TGC）（NNB）₆Z（NNB）₇（TGC）（NNB）₁₀Y（TSAR-9-13’）により表されるオリゴヌクレオチドによりコードされる、ＴＳＡＲ−９−６、９、９’、12’、13’（配列番号１〜５）のようなペプチドを参照のこと。これらのファージは安定で感染性であるため、システインの位置は耐性である。第２の方法では、クローバー葉構造（第１Ｅ図参照）を与える２本鎖オリゴヌクレオチド配列は、例えば、式： X（TGC）₁（NNB）₁₀（TGC）₁（NNB）₆Z（NNB）₂（TGC）₁（NNB）₁₄（TGC）₁Y により表すことができる。これらのペプチドが適切なベクターで発現される時、システイン残基は３つの異なるジスルフィド結合配置をとり、そのため３つの異なるパターンの「クローバー葉」を生成する。この型の剛性ライブラリーにより発現される多数のタンパク、ポリペプチド及び／又はペプチドは、最も適するものをそこから選択するための多くの異なるリガンド結合ポケットを形成する。上記第１又は第２の型の半剛性ライブラリーが酸化条件下でウイルスベクターで発現される時には、１個の不対システイン残基がウイルスベクターと架橋してこれらを非感染性にしやすいため、発現される予測できない又はランダムなペプチド領域内の奇数のシステイン発生に対して選択が生じやすいことに注意されたい。第３の方法では、発現される多数のタンパクが、変異体ヌクレオチド配列内に位置する非変異体システイン及びヒスチジン残基の両方を有するように、合成ヌクレオチドが設計され、組み立てられる（第１Ｆ図参照）。非変異体残基の位置は、亜鉛フィンガータンパク（zinc-finger proteins）（即ち、−ＣＸ_2-4ＣＸ₁ ₂ ＨＸ_3-4Ｈ−、ここでＸは、任意のアミノ酸である）に見られるシステイン及びヒスチジン残基の配置に従ってモデル化することができ、こうして亜鉛フィンガー様タンパクのライブラリーが生成される。本明細書で使用される「亜鉛フィンガー様タンパク」という用語は、発現されるタンパク上に亜鉛フィンガー又は類似の構造を与える非変異体のシステイン及びヒスチジン残基を含有する任意の発現される多数のタンパクを意味する。第４の方法（第１Ｆ図参照）では、多数のタンパクが、変異体ヌクレオチド配列内に位置する非変異体ヒスチジン残基を有するように設計される。非変異体残基の実際の位置は、例えば、これらのＴＳＡＲはファージベクターで発現されると安定で感染性のファージを生じるような、セクション７．３（例えば、Ｚｎ１ −Ｂ７、−Ｂ６、−Ａ７、−Ａ12；配列番号36、37、41、51）に示される亜鉛結合ＴＳＡＲのような、本発明により同定される亜鉛結合ＴＳＡＲ中に観察される配置に従ってモデル化することができる。説明のため、ヒスチジン含有ＴＳＡＲの例は、以下の一般式：（1）X（NNB）₄（CAC）（NNB）₄（CAC）（NNB）₈Z（NNB）₆（CAC）（NNB）₈（CA C）₂（NNB）Y（TSAR-Zn1-B7）；（2）X（NNB）₆（CAC）（NNB）₉（CAC）（NNB）Z（CAC）（NNB）₄（CAC）₂（NNB ）₆（CAC）（NNB）（CAC）（NNB）₂Y（TSAR-Zn1-B6）；（3）X（NNB）₁（CAC）（NNB）₁₁（CAC）₁（NNB）（CAC）（NNB）₂Z（NNB）₆（C AC）（NNB）₅（CAC）₂（NNB）₄Y（TSAR-Zn1-A7）；及び（4）X（CAC）（NNB）₂（CAC）（NNB）₉（CAC）（NNB）₂（CAC）（NNB）Z（CAC ）（NNB）₆（CAC）（NNB）₄（CAC）（NNB）（CAC）（NNB）₃Y（TSAR-Zn1-A12）（式中、ＣＡＣは、ヒスチジンのコドンを表す）により表すことができる。この多数のタンパクの剛性クローバー葉コンホメーションを維持するために、ＴＳＡＲタンパクは１−1000μMの塩化亜鉛の存在下で発現され採取される。発現されるタンパクは、Ｃｕ２+やＮｉ２+のような他の２価の金属陽イオンで飽和してもよい。この型の剛性ライブラリーのメンバーは、金属イオンがしばしば酵素の触媒部位内にあるため、有利な化学反応性を有する。具体的な実施態様において、合成１本鎖ヌクレオチドは、式：５’Ｘ［α（ＮＮＢ）_a］_cＪＺ３’ の第１のヌクレオチド配列を、式：３’Ｚ’ＯＵ［（ＮＮＶ）_bβ］_dＹ５’ （式中、ａ、ｃ、ｂ、ｄは、20≦［ａ］_c＋［ｂ］_d≦200；かつｃ及びｄは各々 ≧１である整数であり； αは、コードするペプチドにある構造を与える非変異体ヌクレオチド配列であり、βは、その相補ヌクレオチド配列が、コードされるペプチドにある構造を与える非変異体ヌクレオチド配列であり；そしてＸ、Ｙ、Ｎ、Ｂ、Ｖ、Ｚ、Ｚ’、Ｊ、Ｏ、Ｕは、上記と同義である）の第２のヌクレオチド配列とアニーリングすることにより組み立てられる。予測できないオリゴヌクレオチドの合成のためのこのスキームは、（ａ×ｃ）＋（ｂ×ｄ）の算術和、即ち［ａ］_c＋［ｂ］_dの変形、予測できないヌクレオチド配列、即ち［（ＮＮＢ）_a］_c＋［（ＮＮＶ）_b］_d、非変異体ヌクレオチドに隣接される、即ちα及びβの総計を組み込み、これは構造を与えるアミノ酸配列をコードしている。例として、α及びβは、１個以上のシステイン残基のコドン、例えばＧｌｙ−Ｃｙｓ−Ｇｌｙ（この例では、ａ及びｂは各々好適には≧６かつ ≦２７である）を含むことができ、発現されるループ形成性ペプチド構造中の異なるシステイン間にジスルフィド結合を生成する。適切なオリゴヌクレオチドは、例えば、式：５’Ｘα（ＮＮＢ）_aα（ＮＮＢ）_aＺ３’ の第１のヌクレオチド配列を、式：３’Ｚ’（ＮＮＶ）_bβＹ５’ の第２のヌクレオチド配列とアニーリングすることにより組み立てることができる。更に詳しくは、αがＧｌｙ−Ｃｙｓ−Ｇｌｙ配列をコードし、βの相補的配列が同一の配列をコードし、そしてａ及びｂの両方が７に等しい場合に、合成１本鎖ヌクレオチドは、第１のヌクレオチド配列：５’X（GGG）（TGT）（GGG）（ NNB）₇（GGG）（TGT）（GGG）（NNB）₇（GGG）（TGT）（GGG）３’ を、第２のヌクレオチド配列：３’（CCC）（ACA）（CCC）（NNV）₇（CCC）（ACA）（CCC）Y５’ （式中、GGGは、グリシンのコドンを表し、そしてTGTは、システインのコドンを表す）とアニーリングすることにより組み立てられる。このオリゴヌクレオチドスキームは、そのアミノ酸配列がGCGX₇GCGX₇GCGX₇GCGであるペプチドをコードする。或は、α及びβは、１個以上のヒスチジン残基、例えばＧｌｙ−Ｈｉｓ−Ｇｌｙ−Ｈｉｓ−Ｇｌｙをコードすることができる。更に別の実施態様では、α及び βは、ａ及びｂが各々≦約７であるＬｅｕ残基をコードすることができる。このような別の実施態様は、発現されるペプチド中にアルファらせん構造を与えるであろう。更に、また別の実施態様により、ヌクレオチドのアニーリングを促進するための相補的配列を与えるため、α基はＺの代わりに使用され、βはＺ’の代わりに使用される。発現されるペプチトに構造的な制約を及ぼすアミノ酸をコードする他のヌクレオチド配列が可能であることは、上記説明に基づいて当業者には明白であり、それらもまた本発明の範囲に包含される。これらの半剛性ライブラリーの更なる特徴は、ペプチドの剛性を可逆的に破壊するか又は改変することにより単離物の結合性を制御することができる点である。例えば、特定のリガンドに結合したＴＳＡＲを、還元剤（即ち、ＤＴＴ、β− メルカプトエタノール）又は２価の陽イオンキレート化剤（即ち、ＥＤＴＡ、ＥＧＴＡ）で緩やかに溶出することが可能である。このような試薬は、例えばファージベクターで発現するＴＳＡＲライブラリーを標的リガンドから溶出するために使用することができる。低濃度のＥＤＴＡ又はＥＧＴＡは、ファージの完全な形（integrity）又は感染性を破壊しないようである。一旦ファージが回収されて、溶液からチオールを除去することが必要と考えれば、還元されたシステイン残基は、インドアセトアミドでアルキル化することができる。この処理は、ジスルフィド結合形成の回復を妨害し、ファージの感染性を10〜100倍低下させるだけであり、これはファージ培養物は通常１０¹²プラーク形成単位／ミリリットルの力価に達するため許容される。或は、溶出試薬は透析により除去することができる（即ち、透析バッグ、Centricon/Amicon微量濃縮器）。５．１．２適切なベクターへの合成オリゴヌクレオチドの挿入上述のように調製された適切なサイズの多数のオリゴヌクレオチドは適切なベクターに挿入され、これは適切な宿主に挿入されるとベクターの発現成分との異種機能性（heterofunctional）の融合タンパクとして多数のタンパク、ポリペプチド及び／又はタンパクを発現し、これが選択したリガンドに親和性を有するＴＳＡＲを同定するためにスクリーニングされる。更なる実施態様により、多数のタンパク、ポリペプチド及び／又はペプチドは、更に結合及びエフェクタードメイン間の連結ドメインよりなる。この実施態様の好適なモードでは、連結ドメインは、多数のオリゴヌクレオチドが挿入されるベクターのエフェクタードメインとの融合タンパクとして発現される。５．１．２．１線形ライブラリー当業者は、複数のオリゴヌクレオチドの転写と翻訳を達成するためには、合成オリゴヌクレオチドを、選択されたベクター−ホスト系となじむプロモーターの制御下に置かなければならないことが判るであろう。プロモーターはＤＮＡ中の一領域であって、そこにＲＮＡポリメラーゼが付着して転写を開始する。選択されたプロモーターはベクター−ホスト系において機能するものであれば合成されたものでも単離されたものでもよい。例えば、ホスト系としてよく用いられるＥ．ｃｏｌｉは、ｌａｃプロモーターやｔｒｐプロモーターなど多くのプロモーターや、そのバクテリオファージやプラスミドのプロモーターを有する。さらに、合成されたプロモーターや、ｐ_TACプロモーターなどの組換え技法で生産したプロモーターもそれに隣接した遺伝子セグメントを高レベルに発現させるために用いることができる。挿入されたオリゴヌクレオチドを効果的に翻訳するためにはシグナルもまた必要である。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍＲＮＡにおいては、リボソーム結合部位は、165のリボソームＲＮＡの３’末端の塩基に相補的な他の配列の他に、翻訳開始コドンＡＵＧまたはＧＵＧを含む。Ｓｈｉｎｅ／Ｄａｌｇａｒｎｏ（Ｓ／Ｄ）配列など、上記の後者の配列のうちの幾つかがＥ．ｃｏｌｉおよび他の適切なホスト細胞中で同定されている。ホスト細胞系に適合するどのようなＳ／Ｄ−ＡＴＧ配列をも使用することができる。これらのＳ／Ｄ−ＡＴＧ配列としては、バクテリオファージλのｃｒｏ遺伝子またはＮ遺伝子のＳ／Ｄ−ＡＴＧ配列、トリプトファンＥ、Ｄ、Ｃ、Ｂ、Ａ遺伝子のＳ／Ｄ−ＡＴＧ配列、および本技術分野において知られている合成Ｓ／Ｄ配列または他のＳ／Ｄ−ＡＴＧ配列が挙げられるがこれらに限定されるものではない。このように、調節要素はポリペプチドやタンパク質の発現を制御して細胞中で反応剤が合成されるように仕向けるとともに、ホスト細胞にとって毒性であるかもしれない産物が合成されて細胞の成長を阻害する結果となるのを防ぐ。様々なベクターの何れをも本発明方法において使用することができる。このようなベクターの例としては、０Ｘ174、λ、Ｍ13やその誘導体であるｆｌ、ｆｄ、Ｐｆｌなどのバクテリオファージベクター、ファージミドベクター、プラスミドベクター、バキュロウイルスベクターなどの昆虫ウイルス、パルボウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、レトロウイルスベクターなどを含む哺乳類細胞ベクター、Ｔｙｌ、キラー粒子などの酵母ベクターが挙げられるがこれらに限定されるものではない。適切なベクターは、ＴＳＡＲの発現および／または検出を助けるため、ＴＳＡＲのエフェクタードメインをコードする遺伝子を含有するかまたはこれを含有するように処理される。エフェクタードメイン遺伝子は多数のクローニング部位を含有するかまたはこれを含有するように処理される。そのような遺伝子における少なくとも二つの異なった制限酵素部位は、ポリリンカーを有しており、好ましい。ベクターＤＮＡは、ポリリンカー内で二つの異なった制限酵素によって切断され、上述したように組み立てられる二本鎖合成オリゴヌクレオチドの末端に相補的な末端を生成する。好ましくは、切断後のベクター末端は、自己連結しない非適合性粘着端を有するか、またはＤＮＡポリメラーゼを用いて自己連結しない非適合性粘着端を有するように修飾され、これによって二本鎖合成オリゴヌクレオチドの挿入、さらにＴＳＡＲ融合タンパク質、ポリペプチド、および／またはペプチドを発現するリコンビナントが形成される。この二本鎖合成オリゴヌクレオチドは、ＤＮＡリガーゼを用いて、適切に切断されたベクターに連結される。本発明の発明者は、驚くべきことに、ベクター表面上で発現される異機能性融合タンパク質として、ＴＳＡＲをベクター（例えばファージやプラスミド）に発現させようとする場合に、当該ベクターのポリリンカー領域内に「スタッファーフラグメント（stuffer fragment）」を含ませるようにすることが特に有用であることを見いだした。本発明においては「スタッファーフラグメント」は、クローニングにおいて有用な、少なくとも２つの制限酵素部位によってフランキングされた公知のＤＮＡ配列である、比較的短い（約24−45長）ヌクレオチドを包含するものであり、このＤＮＡ配列は公知のモノクローナル抗体のエピトープなどの公知のリガンドによって認識される結合部位をコードする。スタッファーフラグメントの末端の制限酵素部位は、合成二本鎖オリゴヌクレオチドを挿入するのに有用であり、これによりスタッファーフラグメントが削除される。発現された異種融合タンパク質とスタッファーフラグメントを含有するプラスミドベクターまたはファージとの間の物理的な結合によって、また、スタッファーフラグメントが免疫活性を有するタンパク質（すなわち免疫マーカー）をコードする公知のＤＮＡ配列を包含することによって、スタッファーフラグメントの存否を容易に検出することができる。この検出は、ＤＮＡシーケンシング、ＰＣＲ、またはハイブリダイゼーションを用いてヌクレオチドレベルで、あるいは例えば免疫学的検定法を用いてアミノ酸レベルで容易に行うことができる。そのような測定は、合成二本鎖オリゴヌクレオチドを挿入して得られるリコンビナント（ＴＳＡＲ発現）ベクターと非リコンビナントベクターとを迅速に差別化しうるものである。一つの有利な様相においては、スタッファーフラグメントを使用することにより、ベクター内の従来のポリリンカーを使用する場合に頻繁に遭遇する問題、即ちポリリンカーの制限部位が接近しすぎており、隣接する部位を独立して分割し、同時に使用することができないという問題を避けることができる。本発明の好適な実施例によれば、スタッファーフラグメントは、ネズミモノクローナル抗体９Ｅ10（イーバン（Evan）ら、1985年、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：3610―3616）によって認識されるヒトｃ−ｍｙｃタンパク質のエピトープをコードするＤＮＡフラグメントを含有する。このネズミモノクローナル抗体９Ｅ10は、アミノ酸の短いフランキング配列を制限酵素部位として働く５’および３’末端に有し、この制限部位を使用して合成二本鎖オリゴヌクレオチドを挿入することができる。したがって、好ましいスタッファーフラグメントは、９Ｅ１０モノクローナル抗体によって認識されるｃ−ｍｙｃタンパク質のエピトープをコードするＤＮＡを含有しており、９Ｅ10モノクローナル抗体は、アミノ酸配列ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＮ（配列番号６）と少数のフランキングアミノ酸をＮＨ２およびＣＯＯＨ末端に有し、これらはスタッファーフラグメントを除去し、合成二本鎖オリゴヌクレオチドを挿入するための適切な制限酵素部位を提供する。本発明者によって思いがけず発見されたように、“スタッファー”フラグメントを使用することによりＴＳＡＲライブラリーが提供された。このライブラリーにおいては、見出される非組換え体の数が驚くほど少ない。例えば、スタッファーフラグメントがｃ−ｍｙｃタンパク質のエピトープを含む、下記第６節に例示されたＴＳＡＲ−９ライブラリーおよびＴＳＡＲ−12ライブラリーでは、ＴＳＡＲを発現するベクターの約５％以下のものが、非組換え体であることが発見された。これは必要とされるＴＳＡＲ結合タンパク質を同定するために選択される多数の候補を提供できるため、特に有利である。出願人は次に理論的説明を述べるが、これは、本発明の方法において採用されるベクターにスタッファーフラグメントを含有させることによって、非組換え体の数が有利なことに非常に少なくなることを説明する特定のカニズムまたは理論に限定することを意図するものではない。スタッファーフラグメントの挿入により、非組換え体ベクターをかなり且つ比較できる程度に弱体化することができ、この結果、非組換え体と組換え体ベクターの成育の差が最小になる。このように成育の差を最小にすることにより、非組換え体が組換え体を過育成させることを阻止する。また、そのような有利な最小化は、特に、本ＴＳＡＲライブラリにおけるように、二本鎖合成オリゴヌクレオチドが大型である場合において、組換え体ベクターの生産を効率よく行うのに特に有用である。本発明の他の様相においては、スタッファーフラグメントは、必要であれば、非組換え体ベクターを除去して、ＴＳＡＲ発現ベクターのポピュレーションを増やすための効率的な手段を提供する。スタッファーフラグメントは、例えば、非組換え体ベクターの表面上に免疫学的に活性な表面タンパク質を発現するため、例えば、固定化された抗体に対して結合するためのアクセス可能な目的物質を提供する。したがって、非組換え体は、例えは、抗体を固定したカラム上の連続通路によってライブラリーから簡単に除去でき、ライブラリー中のＴＳＡＲ発現ベクターのポピュレーションを増やすことができる。好適な実施例においては、ベクターが糸状バクテリオファージであるか、またはベクターを糸状バクテリオファージから得る。Ｍ13、ｆｌ、ｆｄ、Ｐｆｌ等に限定するものではないが、その例には、ファージ構造タンパク質、好ましくは、ｐＩＩＩ、ｐＶＩＩＩ等のファージコートタンパク質をコードするベクターを含む。より好ましい実施例では、糸状ファージはｍ655、ｍ663（図２のイラスト参照）や、フォールクス（Fowlkes）ら（1992年、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、1 3 ：422−427）によって記載された、構造コートタンパク質ｐＩＩＩ（配列番号７）をコードするｍ666等のＭ13由来のファージベクターである。ファージベクターは、バクテリオファージ構造タンパク質をコードする遺伝子の５’領域に位置するクローニング部位を含むように選択されるか、そのように製作され、これにより複数の挿入された合成二本鎖オリゴヌクレオチドがバクテリオファージの表面上に融合タンパク質として発現する。有利なことに、これによって複数のアクセス可能な発現したタンパク質／ペプチドを提供できるだけでなく、タンパク質／ペプチドと挿入されたオリゴヌクレオチドとの間の物理的な結合を提供し、同定されたＴＳＡＲをスクリーニングしたり、配列決定したりすることが容易になる。或いは、そのベクターは、構造タンパク質をコードする遺伝子の３’領域に近接したクローニング部位を含むように選択されるか、そのように作られ、これにより複数の発現したタンパク質がＣ端末融合タンパク質を構成する。好適な実施態様によれば、構造バクテリオファージはｐＩＩＩである。フォールクスにおいて述べられ、図２に示されたｍ663ベクターが下記第６章において例示する実施例で使用された。ｍ663は、Ｎ末端の端に導入されＸｈｏＩおよびＸｂａＩ制限部位によってフランキングされた“スタッファーフラグメント”を含むｃ−ｍｙｃエピトープを有するｐＩＩＩを含む。そのライブラリーは、複数の合成オリゴヌクレオチドを、好適なベクター、好ましくはｐＩＩＩタンパク質の成熟したコートタンパク質のＮ末端に近接したクローニング部位にクローニングすることによって作られ、これにより、オリゴヌクレオチドは、コートタンパク質−融合タンパク質として発現する。他の実施態様によれば、複数のオリゴヌクレオチドがファージミドベクターに挿入される。ファージミドは、欠損介助ファージと共に用いられ、失われたウイルスタンパク質や複製機能を提供する。Ｍ１３由来ファージミドのウイルス粒子としての増殖に有用な介助ファージとしては、限定するものではないが、Ｍ13ファージＫ07、Ｒ408、ＶＣＳ等が挙げられる。好適なファージミドベクターは、下記第８章の詳細な例において述べられている。一般的には、本実施例（図３参照）の好ましい態様によれば、適切なファージミドベクターは、ＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＩＩＳＫ＋ベクター（ＧｅｎＢａｎｋ＃52328）（アルチング−ミーズ（Alting-Mees）ら、1989年、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．17（22）：9494頁）を処理することによって構築され、（１）Ｍ13ＫｐＩＩＩ遺伝子の切断された部分、即ち、成熟したｐＩＩＩのアミノ酸残基198−406をコードするヌクレオチド、（２）上流リボソーム結合位置とＰｓｔＩ、ＸｈｏＩ、ＨｉｎｄＩＩＩおよびＸｂａＩ制限部位の短いポリリンカーにリードされるＰｅｌＢ信号、これにおいてＸｈｏＩとＸｂａＩ位置は合成された二本鎖オリゴヌクレオチドがクローン化でき、ｍ663ファージベクターとして同じリーディングフレームに発現できる、および（３）ポリリンカーとｐＩＩＩ遺伝子との間にｇｌｙ−ｇｌｙ−ｇｌｙ−ｇｌｙ−ｓｅｒをコードするリンカー配列を含有する。本発明の他の実施態様によれば、合成されたオリゴヌクレオチドはプラスミドベクターに挿入される。ＴＳＡＲライブラリーを発現するための好ましいプラスミドベクターの例は、図４に示されたプラスミドｐ340−１（ＡＴＴＣＮｏ．4 0516）の誘導体である。発現ベクターとして好適なｐ340−１誘導体を得るために、ＮｃｏＩ−ＢａｍＨＩフラグメントをｐ340−１プラスミドから除去し、正しいリーディングフレームにＸｈｏＩとＸｂａＩ制限部位を有する二本鎖配列によって置換する。実際には、ｐ340− １を、制限酵素を用いてＢｇｌＩＩ及びＸｂａＩ部位において切断しし、２つのオリゴヌクレオチドを用いてアニーリングする：（１）５’−ＣＡＴＧＧＣＴＣＧＡＧＧＣＴＧＡＧＴＴＣＴＡＧＡ−３’（配列番号８）、およびＮｃｏＩおよびＢａｍＨＩ粘着性端を有する５’−ＧＡＴＣＴＣＴＡＧＡＡＣＴＣＡＧＣＣＴＣＧＡＧＣ−３’（配列番号９）。Ｅ．ｃｏｌｉの結さつと転換の後、ｐ340 −ＩＤと命名された、必要とされるプラスミドを含むリコンビナントを、挿入された配列番号８および９に基づいて選択し、配列決定で確認する。親のｐ340− １のように、必要とされるｐ340−ＩＤは機能的なβ−ガラクトシダーゼを産生しない。これは、その遺伝子がフレームの外にあるためである。したがって、合成二本鎖オリゴヌクレオチドを、ＸｈｏＩとＸｂａＩ制限部位を用いてｐ340− ＩＤベクターに挿入する場合、リーディングフレームが回復され、ＴＳＡＲ結合ドメインは、β−ガラクトシダーゼを有する融合タンパク質として発現する。ＩＰＴＧに暴露された場合、ＴＳＡＲライブラリーを発現するベクターは、同定可能な青色のコロニーを産生する。本発明によるＴＳＡＲライブラリーの発現に有用なプラスミドベクターの他の例は、プラスミドｐＬａｍＢと命名されたプラスミドｐＴｒｃ99Ａのプラスミド誘導体であり、複数の挿入されたオリゴヌクレオチドがＬａｍＢタンパク質の融合タンパク質として発現するクローニング部位を有するＥ．ｃｏｌｉのＬａｍＢタンパク質を含むように作られる。このＬａｍＢタンパク質は、セル当たり何千ものコピーにおいて発現する約47 ｋのＤａｌｔｏｎｓのＥ．ｃｏｌｉのトリメトリックな外部膜タンパク質である。ＬａｍＢ遺伝子は既に配列決定されている（クレメント（Clement）およびホフナン（Hofnung）、1981年、Ｃｅｌｌ 27：507 −514）。このタンパク質のコンピュータモデリングは、16のトランスメンブランドメインを含む可能性があり、特定のペプチドループは細胞の外側に露出されており、他は周辺質に向いていることを示唆している。さらに、ＬａｍＢのアミノ酸残基153における挿入によって、Ｅ．ｃｏｌｉの表面に天然のｃＤＮＡまたは遺伝子フラグメントが発現した（シャービット（charbit）ら、1988年、Ｇｅｎｅ 70：181−189）。60アミノ酸残基の長さまでをコードするインサートでも、ＬａｍＢタンパク質の機能を維持できた。ＬａｍＢ遺伝子にクローニング位置を含むプラスミドに本発明の合成オリゴヌクレオチドを挿入することは、数々の理由により有用である。第１に、このプラスミドを発現するリコンビナントバクテリアは、ＴＳＡＲライブラリーを発現するための有用なファージベクターに似かよったものとなる。即ち、各細胞が、細胞の外側に接近できるように発現された予想できないペプチドを有しており、また各細胞は、その予想できないペプチドをコードするＤＮＡを有している。このペプチドとそのコーディング要素との間の物理的な結合は、そのライブラリーを種々のスクリーニング計画によって調べることを可能にする。第２に、その予期できないペプチドは、ＬａｍＢタンパク質の中央に発現するため、Ｅ．ｃｏｌｉメンブランへの挿入によって基部が係留されたループ内に配座的に拘束される。これは、多くの配座をもっと自由にとることができる、Ｍ13 ｐＩＩＩ分子のＮ末端に予想できないペプチドがある場合と対照的である。第３に、プラスミドを用いた場合のＥ．ｃｏｌｉの転換率は、Ｍ13ファージＤＮＡを用いた場合に比べ高い（即ち10倍を越える）ため、より大きなＴＳＡＲライブラリー（即ち、より多くのリコンビナント）を発生できる。アマン（Amann）ら、1988年、Ｇｅｎｅ 69：301−315（ファーマシア、ニュージャージー州ピスカタウエイ）によって述べられた、アンピシリン耐性のプラスミドｐＴｒｃ99ａは、ｌａｃリプレッサーのための遺伝子（ｌａｃＩ^Q）有し、Ｐ_tacプロモータとして知られている誘導可能なプロモータとその転写は、培養細菌にＩＰＴＧを加えることによって誘導される。プロモータの下流は、Ｓｈｉｎｅ−Ｄａｌｇａｒｎｏ配列、ＡＴＧ開始コドン、制限部位ポリリンカー、および強い転写ターミネータである。図５（Ａ−Ｂ）は、ｐＬａｍＢベクターの調製を示す。ＬａｍＢ遺伝子をｐＴｒｃ99ａに誘導するために、Ｅ．ｃｏｌｉのＬａｍＢ遺伝子をＰＣＲによって増殖する。ａａ１−153と152−421からの２つのセグメントにおいて遺伝子が増殖され、それと同時にコドン153と154の間にＸｈｏＩとＸｂａＩ部位が作られるようにオリゴヌクレオチドが設計される。ｐＴｒｃ99ａはＮｃｏＩとＨｉｎｄＩＩＩによって切断し、両方のフラグメントを単純な結さつによって導入して、ｐＬａｍＢと命名されたベクターを得た。そのｐＬａｍＢベクターは、ｃ−ｍｙｃ表面フラグメントまたは合成二本鎖オリゴヌクレオチドがクローンでき、かつｍ 663ベクターと同じリーディングフレーム内に発現できるように位置決めされたＸｈｏＩおよびＸｂａＩ部位を含む。本発明の本実施例の他の態様によれば、修飾されたｐＬａｍＢプラスミド内において、複数の合成オリゴヌクレオチドをＬａｍＢ遺伝子のＣ末端に発現させることができる。これは、ＬａｍＢ遺伝子のＸｂａＩ部位に停止コドンを導入して修飾されたベクターをつくり出すことによって容易に達成できる。これに替え、本発明に従って組み立てられた二本鎖合成オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドにおける最後の（ＮＮＶ）とＹとの間に停止コドンを挿入することにより、合成中に修飾できる。ＬａｍＢタンパク質は、トランキレートされ機能的でなくなっている（即ち、もはやマルトース吸収において、もしくはファージレセプターとして機能しない）が、タンパク質は必須でないので、細胞は生存可能な状態を維持する。Ｃ末端で発現したＴＳＡＲペプチドは、ＬａｍＢタンパク質内で発現した場合に比べ、より多数の配座を取ることができる。５．１．２．２．二分子のライブラリー本発明の他の実施態様によれば、図１Ｃに示したような二分子の配座を有する、複数のタンパク質、ポリペプチド、および／またはペプチドを発現するようにライブラリーが構成される。このライブラリーは数々の有利な面を有する。第１に、二分子の対合を形成するプロセスにおいてポケットが形成される。このポケットは、“鍵”のための“錠（ロック）”、即ち種々の大きさの分子を作る。第２に、特定の突然変異株である予想できないペプチド配列を他のものと種々の組み合わせで組み合わせることにより、多数のポケットが形成され、これらから最も適合するものが選択される。第３に、二分子ライブラリーにおける組み合わせ的対合は、ライブラリーの“複雑さ”を増すための非常に有効な手段である。この複雑さは、二分子の組の数の２乗に比例して増加する。二分子ライブラリーを調製するためには、オリゴヌクレオチドを合成し、下記の方法に従って組み立てる。この方法の鍵となる特徴は、一対のヘテロダイマー化（heterodimerization）ドメインを、発現したペプチドをコードする、突然変異種かまたは予想できないオリゴヌクレオチドに隣接する好適なベクター内のリンカードメインとして利用していることである（リンカードメインのより詳細な記載については下記第５．３章参照）。ヘテロダイマー化ドメインは、短く、約31以下のアミノ酸をコードし、また簡単にはホモダイマーを形成しない。ヘテロダイマー化ドメインの例には、例えば、コラーゲン、ケラチン、イーストタンパク質ＧＣＮ４ヘリックス−ターン−ヘリックスモーティフス、ロイシンジッパーモーティフスだけでなく、ｃ−ｆｏｓやｃ −ｊｕｎ（概要については、コステンリー（Kostenly）ら、1992年、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．148：1547−1533、およびオーシェア（O'Shea）ら、1992年、Ｃｅｌｌ．68：699−708参照）において発見される、αヘリックスまたはヘリカル構造のような構造を含む。ヘリックス−ターン−ヘリックスモーティフスを含むタンパク質は、パボ（Pabo）およびサウアー（Sauer）、1984年、Ａｎｎ．Rｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．53：293において検討されている。１９８５年、ベルグ（Berg）（1986年、Ｓｉｅｎｃｅ 232：485）は、核酸結合および遺伝子の調節に関与する５種類のタンパク質は、小さい独立構造の金属結合ドメイン（亜鉛フィンガーと呼ばれる）を形成できることを述べている。この５種類とは、１）配列Ｃｙｓ −Ｘ₂−Ｃｙｓ−Ｘ₄−Ｈｉｓ−Ｘ₄−Ｃｙｓ（配列番号10）の一つのコピーを有するレトロウイルスの小ギャグ形核酸結合タンパク質；２）Ｃｙｓ−Ｘ₂−Ｃｙｓ−Ｘ₁₃−Ｘ₂−Ｃｙｓ（配列番号１１）を有するアデノウイルスＥｌＡ遺伝子産物；３）Ｃｙｓ−Ｘ₂−Ｃｙｓ−Ｘ₉−Ｃｙｓ−Ｘ₂−Ｃｙｓ−（配列番号12）を有するｔＲＮＡシンセターゼ；４）Ｃｙｓ−Ｘ₂−Ｃｙｓ−Ｘ_11-13−Ｈｉｓ− Ｘ₂−Ｈｉｓ（配列番号１３）のＳＶ40およびポリオーマウイルスのラージＴ抗原；および５）Ｃｙｓ−Ｘ₃−Ｈｉｓ−Ｘ₅−Ｃｙｓ−Ｘ₂−Ｃｙｓ（配列番号１４）を有するバクテリオファージである。なお、Ｘは任意のアミノ酸である。これらの配列は、金属結合ドメインに含まれている。“ロイシンジッパー”は、エンハンサー結合タンパク質、またはラット肝核のＥＢＰ（ランドシュルツ（Land shultz）ら、1988年、Ｓｃｉｅｎｃｅ 240：1759）中の８個のヘリカルターン全体にわたる７番目毎の位置に存在するロイシンの周期的な繰り返しである。この領域内のαヘリックスは、ヘリックスの一側が疎水性のアミノ酸によって構成され、ヘリックスの他側は、チャージを有する側鎖とチャージを有しない極側鎖とを有する両親媒性を呈することに着目し、著者は、この構造は普通でないヘリカルの安定性を有し、タンパク質ドメイン相互およびタンパク質ドメイン内での相互作用を含むヘリカルタンパク質ドメインの嵌合、即ち“ジッパーリング”を可能とすると提案した。もっと最近では、チャクラバーティー（Chakrabarrty）ら（1991年、Ｎａｔｕｒｅ 351：586−588）は、αヘリカルパターンは、アミノ酸配列Ｌｅｕ−Ｘ−Ｌｅｕ−Ｘ２−Ｌｅｕ−Ｘ₃等によって発生され、ランドシュルツが示したように７番目毎だけではないことを示した。さらに、α螺旋構造を増加した配列は、アミノ酸配列Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ａｌａ−Ａｌａ−Ａｒｇ−Ａｌａ− Ａｌａ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ａｌａ−Ａｌａ−Ａｒｇ（配列番号１５）を用いることによって得られる（メルトゥカ（Merutka）ら、1991年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．30 ：4245−4258）。下記の方法では、説明を簡単にするために、ヘテロダイマー化ドメインｃ−ｆｏｓとｃ−ｊｕｎに関してのみ記載する。これは実施例の範囲をこれらの例に限定することを意図するものではない。上記のヘテロダイマー化ドメインは、発明の本実施例において同様に採用できる。上記第５．１．１章に記載された二本鎖合成オリゴヌクレオチド配列の合成と構築の後、その配列は適切なベクターに挿入される。２つの別々のサブライブラリーが作られる。即ち、（１）ヌクレオチドｃ−ｆｏｓダイマー化（dimerizati on）ドメインに隣接して配列決定された合成オリゴヌクレオチドを有するもの、即ち、アミノ酸ＴＤＴＬＱＡＥＴＤＱＬＥＤＫＫＳＡＬＱＴＥＩＡＮＬＬＫＥＫＥＫＬ（配列番号１６）を含むアミノ酸残基162−193、および（２）ｃ−ｊｕｎダイマー化ドメインに隣接して配列決定された合成オリゴヌクレオチドを有するもの、即ち、ベクターのアミノ酸ＩＡＲＬＥＥＫＶＫＴＬＫＡＱＮＳＥＬＡＳＴＡＮＭＬＲＥＱＶＡＱＬ（配列番号１７）を含むアミノ酸残基286−317である。各サブライブラリーにおいてホモダイマー化の程度が最小になるように条件を決定する。ホモダイマー化を最小にする条件には、例えば、ファージミドベクター、一対のシステイン残基によるダイマー化ドメインのフランキング、タンパク質質分解の制限、および／またはｐＨ条件の変更などが含まれる。２つのサブライブラリーは、ウイルス粒子と１対１の割合で共に混合され、ヘテロダイマー化を促進するために適切な条件に晒される。もしサブライブラリーの各々が10⁸個の異なったメンバーを含んでいれば、各サブライブラリーの10¹⁶個のウイルス粒子が共に混合され、10¹⁶ 個の異なった二分子の組み合わせを発生する。例えば、サブライブラリーからのファージ（またはベアリングファージミド）によって感染したバクテリアを含む培養物10リットルを一晩放置すると、100ｍｌ未満の容量中に再懸濁できる1０¹⁶ 個の粒子を得ることができる。このダイマー化されたファージまたはファージミドの粒子は、二分子のペプチドライブラリーを構成する。二分子ライブラリーの他の形態は、下記のようにして構成される。一つの実施例においては、合成オリゴヌクレオチドは、同一の細胞内において可溶性およびｐＩＩＩ融合タンパク質として発現する。感染したバクテリアの細胞が両方の形の分子を発現する場合、ヘテロダイマー化ドメインは、両方の形の分子が細胞周辺腔と結合し、Ｍ13粒子の表面に移動できるようにする。この方法は、ファージの表面での重鎖または軽鎖の抗体分子の構築に似通っている（ホーゲングーム（ Hoogengoom）ら、1991年、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．19：4133-4137）。他の実施例では、一本鎖合成オリゴヌクレオチドｐＩＩＩ融合タンパク質が両方のダイマー化ドメインを含み、分子内において相互作用を起こす。この方法は、ファージの表面での一本鎖の抗体の発現に似通っている（バーバス（Barbas）ら、1992年、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、89：4457−4461）。５．１．３ベクターの発現適切な発現ベクターの調製が終わると、それらを、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓ、昆虫細胞、哺乳動物細胞、酵母細胞等の適切な宿主に、例えば、エレクトロポレーションによって移入し、移入された宿主細胞を、コロニーまたはファージの産生に適した培養条件下で培養することによって複数のオリゴヌクレオチドを発現させる。宿主細胞は、プロテアーゼ欠損であることが好ましく、サプレッサーｔＲＮＡ遺伝子を有していても、有していなくてもよい。エレクトロポレートされた細胞の少量の分割量をプレートに塗布し、コロニーまたはプラークの数を数えて組換え体の数を測定する。宿主細胞中の組換えベクターのライブラリーを高い濃度でプレートに塗布し、組換えベクターの単一増幅を行なう。例えば、本発明による合成二本鎖オリゴヌクレオチドを含むように処理された組換えＭ13ベクターのｍ666、ｍ655またはｍ66３（図２参照）をＤＨ５αＦ’Ｅ．ｃｏｌｉ細胞にエレクトロポレーションによって移入する。ＴＳＡＲが、宿主のＥ．ｃｏｌｉ細胞から押し出されたウイルスカプシドの外表面上に発現し、スクリーニングに適用可能となる。親であるｍ666、ｍ655またはｍ663ベクターは、ｃ−ｍｙｍスタッファーフラグメントを含んでいる。二本鎖合成オリゴヌクレオチドがＸｈｏＩ部位とＸｂａＩ部位との間に挿入される場合、スタッファーフラグメントは除去される。発現したライブラリーのクローニング効率は、ｃ−ｍｙｃスタッファーフラグメントを認識する９ＥIO抗体を用いたフィルターブロッティングによって簡単に測定できる。一方、二本鎖合成オリゴヌクレオチドがちょうどＸｈｏＩ部位とＸｂａＩ部位にクローニングされた場合、スタッファーフラグメントは残留する。そして、ベクターによって発現したｐＩＩＩ融合タンパク質内にｃ−ｍｙｃエピトープが発現する。ｍ663ベクターの利点は、ＸｇａｌおよびＩＰＴＧ上に塗布されたＥ．ｃｏｌｉ内で発現した時に青色の点として容易に観察できる無傷のＬａｃＺ⁺遺伝子を含んでいることである。ＴＳＡＲは、Ｅ．ｃｏｌｉなどの細菌宿主細胞に含まれるプラスミドベクター内で発現できる。ＴＳＡＲのタンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞中に蓄積し、細胞の溶解産物をスクリーニングのために調製する。プラスミドｐ340−１Ｄの使用については、実施例（図４参照）に記載されている。上記したようなｐ340−１Ｄ内におけるＴＳＡＲライブラリーは、β−ガラクトシダーゼとともに、共機能性融合タンパク質を発現した。親のベクター（合成オリゴヌクレオチドを持たない）においては、β−ガラクトシダーゼがフレーム外にあり、機能しない。アンピシリン、ＩＰＴＧおよびＸｇａｌを有するＬＢプレート上に塗布したとき、ＴＳＡＲオリゴヌクレオチドを有するコロニーは青色のコロニーを産生する。これに対し、組換え体でないｐ340−１Ｄ、即ち抑制されていない停止コドンを有するオリゴヌクレオチドを持つｐ340−１Ｄ組換え体を含むコロニーは白くなる。青と白のコロニーの相対的な数により、組換え体の割合が明らかとなり、ライブラリー中の組換え体の総数の見積に便利であり、またスクリーニングにおいても便利である（下記第５．２章参照）。合成された二本鎖オリゴヌクレオチドを含むｐＬａｍＢプラスミドベクターは、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞中にエレクトロポレーションすることができ、転換は、アンピシリンを有するＬＢプレート上で選択される。37゜Ｃで一晩インキュベートすると、プレートはＬＢで覆われ、細胞を回収するとともに、全てのプレートからの細胞がプールされる。これらの細胞にグリセリンを20％加え、分割量を−70° Ｃで保存し、スクリーニングに使用するＥ．ｃｏｌｉの外膜に発現したＴＳＡＲのスクリーニングのために使用する。合成された二本鎖オリゴヌクレオチドを含有し押し出されたファージの外面に発現したファージミドベクターは、感染細菌またはヘルパーファージを有するバクテリオファージとして増殖する。発現したｐＤＡＦ２−３ファージミドは、融合ｐＩＩＩタンパク質のための“ エピトープタブ”として機能するｃ−ｍｙｃ遺伝子を含んでいるという利点も備えている。ファージミドゲノムを有するファージの約0.1〜10％が融合ｐＩＩＩ分子と合体する。キメラ状のｐＩＩＩタンパク質が無傷であることは、ｃ−ｍｙｃエピトープの発現に基づいて評価できる。９ＥI0抗体を用いてｃ−ｍｙｃエピトープの発現を引続き行なうことにより、融合ｐＩＩＩ分子がＭ13ウイルス粒子に完全に組み込まれたことを監視することができる。ｐＤＡＦ２−３を発現する場合、９ＥIO抗体を用いてｃ−ｍｙｍペプチドの上流を免疫学的に検出でき、これにより下流側の合成されたオリゴヌクレオチドである発現したＴＳＡＲペプチドは適切に発現したものと推定できる。さらに、Ｅ．ｃｏｌｉの幾つかの異なった株をエレクトロポレーションし、同じライブラリーの異なったバージョンを確立することは価値あることである。もちろん、スクリーニング実験の全体を通じて同じＥ．ｃｏｌｉ株を使用しなければならない。この戦略は、ペプチド−ｐＩＩＩ融合タンパク質の配列の特性に起因して、ウイルスの構築、分泌および、個々のＭ13組換え体の感染率に対して、生態内での生物学的選択が、ポジティブおよびネガティブの両方に行なわれる可能性があることを考慮したものである。したがって、異なるゲノタイプ（即ち、シャペロン過発現、または分泌の増加）を有するＥ．ｃｏｌｉは、細菌宿主として機能する。何故なら、それらは、微妙に、予想できないように相違するライブラリーを産生するためである。５．２．ＴＳＡＲの同定方法：ライブラリーのスクリーニング一旦ライブラリーが本発明方法によって構築されたら、このライブラリーをスクリーニングして、選択したあるリガンドに対して結合親和性を有するＴＳＡＲを同定する。上述したように、本発明においては、リガンドとは、分子であると分子の一部分であるとを問わず、そのリガンドに対するタンパク質レセプターが天然に存在するかあるいは本発明方法によってそのようなタンパク質質レセプターが調製可能である物質をいう。よって本発明においてはリガンドはＴＳＡＲの結合ドメインと特異的に反応する物質であって、その例としては、化学上の基、イオン、金属、タンパク質、糖タンパク質あるいはその一部、ペプチドあるいはその一部、核酸あるいはその一部、ショ糖、炭水化物あるいは炭水化物重合体、脂質、脂肪酸、ウイルス粒子あるいはその一部、膜ベシクルあるいはその一部、細胞壁成分、合成有機化合物、生体有機化合物および無機化合物が挙げられるが、これらに限定されるものではない。本発明のＴＳＡＲライブラリーのスクリーニングは、当業者に知られている各種方法によって行うことができる。もしＴＳＡＲが細胞表面分子を有する融合タンパク質として発現されれば、スクリーニングにあたってはベクターを固定化標的リガンドと接触させてこのリガンドに結合するベクターを収穫するのが有利である。このような有用なスクリーニング方法は「パンニング」技法と呼ばれるものであって、Ｆｏｗｌｋｅｓらによる”ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ”13（3）：422−27（1992年）に記載されている。本ライブラリーをスクリーニングするのに有用なパンニング法においては、標的リガンドは、プレート、磁性ビーズなどのビーズ、セファロースなどの上に固定化される。ビーズはカラム中で使用される。ある特定の態様においては、固定化された標的リガンドはビオチンや２−フルオロクローム等を用いて「タッグ貼付（tagged）」してＦＡＣＳソーティングを行う。ＴＳＡＲを発現するファージのライブラリーであるファージとプラスミドベクターのスクリーニングは、磁性ビーズを用いて次のように行うことができる。磁性ビーズ製造業者の指示に従って標的リガンドを磁性ビーズに結合する。ビーズと未反応基に対する非特異的結合を阻止するために、ビーズを過剰量のＢＳＡとともにインキュベートする。次にＰＢＳ−0.05％Ｔｗｅｅｎ20中にビーズを何度も懸濁させて洗浄し、プラスチック試験管の壁に沿って強力な磁石で回収する。その後ビーズは使用時まで冷蔵保存される。スクリーニングの実験においては、ライブラリーの分割量を、再懸濁させたビーズ試料と混合する。試験管の内容物を４℃で１−２時間攪拌する。強力磁石で磁性ビーズを回収し、液体は吸引除去する。ビーズにＰＢＳ−0.05％Ｔｗｅｅｎ 20を加え、試験管を数回反転してビーズを再懸濁させ、次いでビーズを磁石で試験管壁へと引き寄せながら洗浄する。試験管内容物を除去し、さらに５−10回洗浄を繰り返す。5OｍＭのグリシン−ＨＣｌ（ｐＨ2.2）、100μｇ／ｍｌのＢＳＡ溶液を洗浄されたビーズに加え、タンパク質を変性させるとともに結合したファージを遊離させるO短いインキュベーション時間の後、ビーズを強力磁石で試験管壁に引き寄せ、液体分は清浄な試験管に移す。ＩＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ 7.5）または１ＭのＮａＨ₂ＰＯ₄（ｐＨ７）を試験管に加えてファージ試料のｐＨを中性とする。次いでファージを例えば10^-3から１０^-6に希釈し、分割量をＥ．ｃｏｌｉＤＨ５αＦ’細胞でプレーティングして試料中のプラーク形成ユニットの数を決定する。ある場合にはプレーティングをＸＧａｌおよびＩＰＴＧの存在下で行い、プラークを色で識別する（即ちｌａｃＺ⁺プラークは青、ｌａｃＺ^- プラークは白）。試料の力価も比較のために決定する（希釈率は通常10^-6から10^-9 ）。付加的詳細については下記第７．１章を参照されたい。あるいはＴＳＡＲを発現するファージのライブラリーのスクリーニングは次のようにしてマイクロタイタープレートを用いて行うことができる。標的リガンドを例えば100ｎＭのＮａＨＣＯ3（ｐＨ8.5）に希釈して、リガンド液の小分割量をマイクロタイタープレートのウェルに（例えば４℃で一夜インキュベートすることにより）吸着させる。ＢＳＡ溶液（１ｍｇ／ｍｌ、100ｍＭのＮａＨＣＯ3、ｐＨ8.5）の分割量を加え、プレートを室温で１時間インキュベートする。マイクロタイタープレートの内容物を除去し、ウェルをＰＢＳ−0.05 ％Ｔｗｅｅｎ20で注意深く洗浄する。未結合標的物質が存在しなくなるまでプレートを繰り返し洗浄する。ファージ溶液の小分割量を各ウェルに導入し、ウェルを室温で１−２時間インキュベートする。マイクロタイタープレートの内容物を捨て繰り返し洗浄する。プレートの各ウェルに洗浄液を加え室温で20分間インキュベートして解離定数が大きく解離が早い結合ファージを遊離させる。次いでウェルをさらに５回洗浄して全ての未結合ファージを除去する。ウェルに結合したファージを回収するにはｐＨ変化を利用する。50ｍＭのグリシン−ＨＣｌ（ｐＨ2.2）の分割量、100μｇ／ｍｌのＢＳＡ溶液を洗浄されたウェルに加え、タンパク質を変性させるとともに結合したファージを遊離させる。５−10分後、内容物を清浄な試験管に移す。１ＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ7.５）または１ＭのＮａＨ₂ＰＯ₄（ｐＨ７）の小分割量を試験管に加えてファージ試料のｐＨを中性とする。次いでファージを例えば10^-3から10^-6に希釈し、分割量をＥ．ｃｏｌｉＤＨ５αＦ’細胞でプレーティングして試料中のプラーク形成ユニットの数を決定する。ある場合にはプレーティングをＸＧａｌおよびＩＰＴＧの存在下で行い、プラークを色で識別する（即ちｌａｃＺ⁺プラークは青、ｌａｃＺ^-プラークは白）。試料の力価も比較のために決定する（希釈率は通常10^ー6 から10^ー9）。他の代替的な方法によれば、ＴＳＡＲのライブラリーのスクリーニングは以下に記すように最初に「富化」段階、次いでフィルターリフト段階（fi lter lift step）を経る方法によって達成することができる。先ず、与えられたリガンドに結合可能で、発現されたＴＳＡＲライブラリー（例えばファージ中で）から得られたＴＳＡＲ（「陽性体（positives）」）を、パンニングや親和クロマトグラフィーを１回ないし２回繰り返すことによって富化する。選択したリガンドでマイクロタイターのウェルを受動的にコーティングする（例えば100μｌ中約10μｇ）。非特異的なＴＳＡＲがプラスチック表面に付着するのを防ぐために、ウェルをＢＳＡ溶液でブロックする。ＴＳＡＲを発現する約１０¹¹の粒子をウェルに加え数時間インキュベートする。未結合ＴＳＡＲは、プレートの洗浄を繰り返すことによって除去し、特異的に結合したＴＳＡＲを、酸性グリシン−ＨＣｌ溶液あるいは他の溶出バッファーを用いて溶出させる。溶出したＴＳＡＲファージ溶液はアルカリで中性とし、更に、例えばＥ．ｃｏｌｉ感染と寒天−ブロスを含有する大ペトリ皿上へのプレーティングによって増幅する。ＴＳＡＲを発現する増幅された培養物の力価を測定し、このプロセスを繰り返す。あるいは、市販されている活性化ビーズ試薬を用いて、リガンドを共有結合的にアガロースやアクリルアミドビーズに結合させることもできる。ＴＳＡＲ溶液はその後、結合したビーズマトリックスを含有する小カラムに単純に通し、このカラムは十分洗浄した上で酸やその他の溶離剤で溶出する。何れの場合においても、陽性体を約＞１／10⁵の頻度まで富化することが目的である。富化の後、フィルターリフトアッセイを行う。例えば、ＴＳＡＲがファージ中で発現されている場合、およそ１−２Ｘ10⁵のファージが500μｌの対数期のＥ．ｃｏｌｉに添加され、O.7％アガロース含有ブロスを用いて大きなＬＢ−アガロースプレート上にプレーティングする。アガロースを固化させ、この固化アガロース表面上にニトロセルロースフィルター（例えば0.45μ）を置く。フィルターとプレートの再配置が可能なように滅菌針を用いて一連のレジストレーションマークを付して次のように生育させる。ファージプラークを37℃で一夜生育させる（フィルターの存在は本プロセスを阻害しない）。フィルターをプレートから除去するが、これには個々のプラークからのファージがin situで存在している。次いでリガンド（または「プローブ」）の非特異的結合を防止するため、フィルターをＢＳＡ溶液または他の阻止剤と１−２時間接触させる。プローブ自身は、例えばビオチン化（市販のＮＨＳ−ビオチン使用）や、西洋ワサビペルオキシダーゼやアルカリフォスファターゼなどによる直接酵素標識法によって標識される。このようにして標識されたプローブは、いつまでも安定で数回にわたり再使用できる。ブロックされたフィルターは、プローブ溶液に数時間暴露され、これによりプローブはその場でフィルター上のファージに結合し、プローブに対しペプチドが高い親和性を有することを示す。その後フィルターを洗浄して未結合のプローブを除去し、次いで酵素基質溶液に暴露する（直接標識プローブの場合）かあるいは、さらに酵素標識されたアビジンに暴露（ビオチン化プローブの場合）して展開させる。陽性のファージプラークは、原プレート上のプラークに対応する、フィルター上の着色酵素分解産物の局在付着によって同定される。開いたフィルターを、レジストレーションマークを用いて簡単にプレートに再配置し、「陽性」プラークをアガロースからくり抜いてファージを回収する。原プレート上のプラークの濃度が高いことから、通常は初回のパスでプレートから単一のプラークを分離することは不可能である。よって最初のくり抜いたコアから回収されたプラークを低濃度で再プレーティングし、このプロセスを繰り返して個々のプラーク、かくしてファージの単一クローン、を単離させる。細菌細胞表面上でＴＳＡＲを発現するプラスミドベクターのライブラリーのスクリーニングは、次のようにして磁性ビーズを用いて行うことができる。標的リガンドを、基本的にはファージベクターのスクリーニングについて上に記載した通りに処理して磁性ビーズと結合させる。細菌細胞表面上に発現された複数のＴＳＡＲタンパク質を発現するリコンビナントプラスミドベクターを含有する細菌細胞試料を、小分割量の再懸濁ビーズと混合する。試験管の内容物を４℃で１−２時間攪拌する。次いで強力磁石で磁性ビーズを回収し、液体は吸引除去する。１ｍｌのＰＢＳ−0.05％Ｔｗｅｅｎ20を加え、試験管を数回反転してビーズを再懸濁させ、次いでビーズを磁石で試験管壁へと引き寄せて液体分を除去しながらビーズを洗浄する。５−10回ビーズの洗浄を繰り返す。例えばＬＢ＋アンピシリンなどの培地試料を含有する培養フラスコにビーズを移す。結合した細胞は富化培地中で細胞分割し、娘細胞は固定化された標的物質から離れる。細胞が対数期にあるときは、インデューサーを培養に再添加し、より一層ＴＳＡＲタンパク質を生成させる。これらの細胞を遠心分離で収穫して再スクリーニングに付す。スクリーニング実験を成功裏に行うには、一連のスクリーニングを３回行うのが最適である。回収された細胞をその後低濃度でプレーティングし、コロニーを単離して個別に分析する。個々のコロニーを選択し、これをアンピシリン含有ＬＢ培地に接種するために用いる。37℃で一夜培養したのち、遠心操作する。個々の細胞の分割量をとり、ビーズに付着した標的リガンドへの結合に関し再びテストする。他のビーズに付着結合した無関係なリガンドは陰性コントロールとして使用する。あるいは、細菌細胞表面上にＴＳＡＲを発現するプラスミドベクターのライブラリーのスクリーニングは、次のようにして行うこともできる。標的リガンドを上記のようにしてマイクロタイタープレートに吸着させ、ファージベクターをスクリーニングする。未結合標的リガンドがなくなるまでウェルを洗浄した後、細菌細胞試料を少量の培地に加えてマイクロタイターのウェルに分配する。十分インキュベーションした後、未結合細菌がなくなるまでプレートを繰り返し洗浄する。大量の（約100ｍｌの）ＬＢ＋アンピシリンを各ウェルに添加し、プレートを37℃で２時間インキュベートする。結合した細胞は富化培地中で細胞分割し、娘細胞は固定化された標的物質から離れる。ウェルの内容物を、約10ｍｌのＬＢ＋アンピシリンを含有する培養フラスコに移す。細胞が対数期にあるときは、インデューサーを培養に再添加し、より一層ＴＳＡＲタンパク質を生成させる。これらの細胞を遠心分離で収穫して再スクリーニングに付す。磁性ビーズを用いたスクリーニングについては、上記のような一連のスクリーニング手続きを数回繰り返すことでスクリーニングを行うことができる。他の態様によれば、ファージや細菌細胞等の宿主細胞やベクターの表面タンパク質としてＴＳＡＲを発現するライブラリーは、固相マトリックス（例えばセファロースやシリカなど）に固定化されたリガンドカラムにそのライブラリーの溶液を通し、十分洗浄して溶出させた後カラムに結合したファージを回収することによって得られる。更に他の態様によれば、弱い結合ライブラリーの構成員は遅延クロマトグラフィー特性に基づいて単離することができる。スクリーニングに関するこの態様の内の一つによれば、各分画がカラムから流出・収集され、あとに続く分画（trai ling fractions）が確保される（即ちピーク分画の移動度が遅れた構成員が確保される）。これらの構成員はその後濃縮され、再びカラム上に通され、よって再び遅延分画が確保される。クロマトグラフィーを連続して行うことによって、固定化されたリガンドに対し、弱いとはいえ幾らかの親和性を有するライブラリー構成員を単離することができる。これらのライブラリー構成員は、カラムを通過する時に何百万ものリガンド反応がありうるため、その移動度が遅延する。加えて、この方法では標的に対しそこそこの親和性を有する構成員を選択するため、解離時間が迅速である。希望によりこのようにして選択されたＴＳＡＲ結合ドメインをコードするオリゴヌクレオチドを突然変異させて、発現させ、かつ再クロマトグラフィーに付して（または他の方法でスクリーニングして）、一層改善された結合活性を見いだすこともできる。あるいは、ライブラリーをスクリーニングして、固定化されたリガンドを有するプラスチックプレート（ＥＬＩＳＡプレートなど）や磁性ビーズ（共有結合または非特異的結合）の上に保持された構成員を回収することもできる。他の態様によれば、同一二機能的（homobifunctional、例えばＤＳＰ、ＤＳＴ、ＢＳＯＣＯＥＳ、ＥＧＳ、ＤＭＳ等）または異種二機能的（heterobifunctional、例えばＳＰＤＰ）な架橋剤を上記の方法の何れかと組み合わせて弱い結合構成員の捕獲を促進することができる。これらの架橋剤は可逆的で、構成員の構造や伝染性を崩壊させることのない十分温和な処理（即ちチオール、塩基、過ヨウ素塩、ヒドロキシアミンとの接触）によってライブラリー構成員の回収を許すものでなければならない。溶出試薬は透析（即ち透析袋、Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎ／Ａｍｉｃｏｎマイクロコンセントレーター）によって除去される。ライブラリーをスクリーニングすることのひとつの重要な側面は、溶出のそれである。説明を明確にするため、以下においてはファージによるＴＳＡＲ発現の点から考察する。しかしながら、このような考察が、ＴＳＡＲが表面融合分子上で発現されるいかなる系にも適用可能であることは、容易に理解される。ファージの回収の間のペプチド−標的相互作用を妨害する条件は、ファージ上で発現される複数のタンパク質からの与えられた各ペプチド配列に対して特異的であることが考えられる。例えば、ある種の相互作用は酸性pHにより妨害され、塩基性pH によっては妨害されないことが可能であり、その逆であってもよい。したがって、種々の溶出条件（pH２〜３、pH12〜13、競合における標的過剰、洗浄剤、弱いタンパク質変性剤、尿素、種々の温度、光、金属イオンの存在又は不在、キレート剤等が挙げられるが、これらに限らない）を試験し、各セットの条件について回収されたファージ上に発現されたＴＳＡＲタンパク質の一次構造を比較して、各リガンド／ＴＳＡＲの組合せについて適切な溶出条件を決定することが重要である。これらの溶出条件のいくつかは、殺菌性であるためにファージ感染と相容性がない可能性があり、透析により除去することが必要となる〔すなわち、透析バッグ、セントリコン／アミコン（Centricon/Amicon）マイクロコンセントレーター（microconcentrators）〕。異なる条件下で溶出される異なる発現されたタンパク質の能力は、標的との結合に関与する特異的なペプチド領域の変性のためだけでなく、隣接する領域のコンホメーションの変化のためでもありうる。これらの隣接する（フランキングする）配列は、実際の結合配列との組合せで変性されうる。これらのフランキング領域は、溶出条件（すなわち、pH２〜３、pH12〜13、競合における標的過剰、洗浄剤、弱いタンパク質変性剤、尿素、熱、低温、光、金属イオン、キレート剤等）にさらされたことに応答して、その二次構造又は三次構造を変化させることができ、そのことが、標的への結合に関連するペプチドのコンホメーションの脱形成（deformation ）に導く。ＴＳＡＲが結合ドメインとエフェクタードメインとの間にリンカー領域を含む別の代替的態様に従えば、特定のＴＳＡＲライブラリーは、（１）ベクター（好ましくはファージベクター）を、ＤＮＡ配列がコラーゲンのセグメント（又はコラゲナーゼが切断しうるペプチド）をコードし、例えばｐ3.コートタンパク質遺伝子のようなエフェクタードメインをコードする遺伝子に隣接して存在し、それが、このコラーゲンセグメントがなおコラゲナーゼにより切断されうるように再現可能に架橋する一対のシステイン残基をコードするＤＮＡフラグメントにフランキングするように、工学的処理し、（２）上述のとおりに二本鎖合成オリゴヌクレオチドを構築・組立て（アセンブル）し、工学的処理を施したベクターに挿入し、（３）好適な宿主において複数のベクターを発現させて、ベクターのライブラリーを作成し、（４）ライブラリー全体をコラゲナーゼで１回処理し、（５）固定化したリガンドへの結合についてスクリーニングし、（６）過剰なファージを洗い落とし、そして（７）過剰のＤＴＴ（すなわち、１mM）により全ての結合したファージを溶出することにより、調製し、スクリーニングすることができる。ＤＴＴは、そのような小さい分子（分子量154．3）であるため、ファージに対して容易に高いモル過剰となることができ、つながれたファージの架橋した結合に到達することにおいて、非常に効果的であるはずである。ジスルフィド結合の還元の後、粒子は、ペプチド−リガンド複合体からはずれ（uncoupled）、付加的なスクリーニングのラウンドのために全長ｐ3.分子を有する粒子を再生成するために細菌を感染するのに用いることができる。この代替的な態様は、有利にも一般的に効果的な溶出条件の使用を可能にし、したがって、他の公知の溶出の方法を用いては回収されない可能性がある、ＴＳＡＲを発現するファージの同定を可能にする。説明のために、この態様を用いて、極めて緊密に結合するＴＳＡＲを回収することができた。図６には、宿主細胞内に蓄積する可溶性タンパク質としてプラスミドベクターで発現されたリガンド結合性ＴＳＡＲを同定するためのライブラリーのスクリーニングのための方法を、模式的に描いてある。プラスミドｐ340−１Ｄの使用は、説明のための例として記載されている。第５．１．２節において上述したように（後述の第９節も参照されたい）、Ｘｈｏl.及びＸｂａl.部位を導入した後にｐ340−１Ｄに構築したＴＳＡＲライブラリーは、以下のようにスクリーニングすることができる。Ｘｈｏl.＋Ｘｂａl.により切断したオリゴヌクレオチドを、Ｔ４ＤＮＡリガーゼを用いて、Ｘｈｏl.＋Ｘｂａl.で切断したｐ340−１Ｄに連結し、ｌａｃＺ^-、ｓｕｐＥ ⁺のE．coliにトランスフェクトする。成功している形質転換体を選択するためには、この調製物を、Luria Broth（ＬＢ）及びアンピシリン（100μg/ml）を含む１００枚の別々のペトリプレートにプレーティングする。37℃で一晩インキュベートした後、５mlの液体ＬＢ培地を添加し、ガラス棒でかきとることにより、各プレートからのコロニーをプールする。次に、細胞を遠心分離及び懸濁によって洗浄し、最後の再懸濁を20％グリセロールにて行う。このプールを 100個のアリコートに分け、凍結させる（−70℃）。トランスフェクトした細胞の少量のアリコートを、アンピシリン、ＩＰＴＧ及びＸＧａｌを含むＬＢプレート上に低密度でプレーティングし、個々のコロニーを生じさせる。オープンリーディングフレームを有するＴＳＡＲオリゴヌクレオチドをもつコロニーは青いコロニーを生じるが、一方、抑制されていないストップコドンを担持するオリゴヌクレオチドを有するｐ34O−１Ｄ組換え体又は組換え体ではないｐ340−１Ｄを宿すコロニーは白色である。青色と白色のコロニーの相対的な数により、組換え体のパーセントが明らかになる。この数字は、ライブラリー中の組換え体の総数を概算する上で有用である。スクリーニングの目的のためには、100個の凍結アリコートを解凍し、各々から少量をとってＬＢ＋アンピシリン中で培養（25ml）を開始することができる。細胞が対数増殖期にある時、ＩＰＴＧを培養に添加して（最終濃度200μM）、ＴＳＡＲペプチド−βガラクトシダーゼ遺伝子融合物によりコードされる複数のタンパク質の発現を誘導する。約２時間の誘導の後、遠心分離により細胞を収穫し、ＴＳＡＲ−βガラクトシダーゼ融合タンパク質を、出願番号07／480，420のセクション11（親出願）に記載されたとおりに精製する。精製したタンパク質は、アミコン（Amicon）マイクロコンセントレーターを用いて濃縮する。100試料の融合タンパク質を、次いで固定化した標的への結合についてスクリーニングする。これらの標的は、純粋なものであることも、又は複合体混合物の一部であることも、どちらも可能である。さらに、標的は、マイクロタイタープレートのウェルに結合されたもの、ニトロセルロース又はナイロンフィルター上に点着（スポット）されたもの、あるいはマトリックスビーズに連結されたものであることができる。代表的には、スクリーニングは、複数のＴＳＡＲ−βガラクトシダーゼ融合タンパク質を、固定化した標的と共にインキュベートすることからなる。明確にするために、標的は、以下においてはマイクロタイタープレートのウェルに結合させたものとして記載する。各アリコートの少量（５〜50μl）を、各ウェルに固定化された同じ標的を有するマイクロタイタープレートに添加する。１〜２時間のインキュベーションの後、ウェルの内容物を捨て、ＰＢＳ−５％Tween 20でウェルを約10回洗浄する。どのウェルにＴＳＡＲペプチド−βガラクトシダーゼ融合タンパクが保持されているかを決定するために、ウェルにＯＮＰＧ試薬を添加して発色させる。ウェルの光学密度を、プレートリーダー（読取り機）を用いて測定する。陽性の色反応を有するウェルを、次いで、試験したアリコートと相関させる。それらのアリコートに対応する細胞を、再び解凍し、新鮮ＬＢ液で希釈（〜10⁶ 倍）し、20枚のペトリプレート（ＬＢ＋アンピシリン）上に分配する。各プレート上に形成されるコロニーを、５mlの液体ＬＢ培地を添加してガラス棒でかきとることにより、各プレートからプールする。細胞を、次に遠心分離及び懸濁により洗浄し、最後の再懸濁を20％グリセロール中にて行う。このプールを、次いで20個の個々のアリコートに分け、−70℃で凍結させる。次に、各アリコートを液体培養として生育させ、細胞が対数増殖期にある時に、培養にＩＰＴＧを添加して（最終濃度200μM）、親出願の第11節に記載されたとおりに精製されるＴＳＡＲペプチド−βガラクトシダーゼ融合タンパク質によりコードされる複数のタンパク質の発現を誘導する。次いで、精製したタンパク質をアミコンのマイクロコンセントレーターを用いて濃縮する。理解されるように、スクリーニング、陽性ウェルの同定、適切な凍結細胞アリコートのペトリプレート上へのサブ分割、及び融合タンパク質の調製は、スクリーニングサイクルを構成する。このサイクルは、結合活性を有するＴＳＡＲペプチド−βガラクトシダーゼ融合タンパク質を担持する単一のアイソレート（単離株）を最終的に同定するために、ふるい分けるようなやり方で反復することができる。組換えＤＮＡ単離のこの方法は、ハイブリダイゼーションもしくは免疫学的検出に基づくライブラリーからの組換え体の単離（Maniatisを参照されたい）又はハイブリドーマの同定のための現行の方法学と類似である（図６を参照されたい）。この方法学は、いくつかの利点を有する。第一に、ＴＳＡＲペプチドは誘導時まで発現されず、ライブラリーに対する生物学的選択の機会がより少ない可能性がある。第二に、β−ガラクトシダーゼのような酵素は、触媒作用があるため、強力なエフェクタードメインを提供する。第三に、スクリーニングの方法は、ほとんどの分子生物学及び免疫学研究室で利用可能な現行の専門的技術によくかなうものである。第四に、酵素を不活性化することなく、非常に大きいタンパク質がβ−ガラクトシダーゼに融合されている。β−ガラクトシダーゼは、そのＮ末端での挿入／融合に非常に寛容であるようであり、これは大きいＴＳＡＲを発現させることにおいて有用な特徴である。５．３．ＴＳＡＲ及びＴＳＡＲ結合ドメインを含む組成物本発明においては、ＴＳＡＲと呼ばれる新規な全て合成による親和性試薬が同定される。これは、可溶性の、容易に精製されるタンパク質／ポリペプチド及び／又はペプチドとして生産することができ、商業的な量で製造し、単離することができる。これらのＴＳＡＲ試薬は、少なくとも２つの別個の機能的領域を含む、連なった（concatenated）ヘテロ機能性（官能性）タンパク質、ポリペプチド及び／又はペプチドである。ヘテロ機能性ＴＳＡＲ分子の１つの領域は、リガンドに対する親和性を有する結合ドメインであり、これは、１）特異的条件下での結合の強度、２）特異的条件下での結合の安定性、及び３）選択したリガンドに対する選択的特異性、により特徴づけられる。ヘテロ機能性ＴＳＡＲ分子の第２の領域は、ＴＳＡＲの発現及び／又は検出を強化するために生物学的又は化学的に活性なエフェクタードメインである。エフェクタードメインは、ベクターの表面タンパク質として接近可能に発現される構造タンパク質、酵素又はそのフラグメント、毒素（トキシン）又はそのフラグメント、治療効果のあるタンパク質又はペプチド、あるいは発現及び／又は発現されたＴＳＡＲの検出を強化するのに有用な、金属イオン等の物質の付着部位を提供する機能を有するタンパク質又はペプチド等を含む、多数の生物学的又は化学的に活性なタンパク質から選ばれる。本発明の１つの態様によれば、ＴＳＡＲは、場合によっては、付加的な領域、すなわち結合ドメインとエフェクタードメインとの間のリンカードメインを含むことができる。図７は、本発明のこの態様に従ったＴＳＡＲを模式的に示す。ペプチドリンカードメインの存在又は不在は、用いうるリンカーのタイプと同様、任意である。リンカー領域は、（１）結合ドメインとエフェクタードメインとの間の構造的スペーサー領域として、（２）結合ドメインとエフェクタードメインとを脱カップリング（uncouple）又は分離する一助として、又は（３）発現ベクターによるＴＳＡＲ及ひ／又は結合ドメインのディスプレイのための構造的な助けとして、役立つ。リンカー配列は、安定で、ＴＳＡＲ領域の分離を提供することができ、あるいは、化学的、生物学的、物理的又は酵素的手段による切断に対して感受性であることもできる。切断可能なリンカーを用いる場合、使用する配列は、ＴＳＡＲタンパク質のエフェクタードメインから、ＴＳＡＲの結合ドメイン部分が遊離されることを可能にする配列である。したがって、切断に対して感受性のリンカーを用いる場合、そのヘテロ機能性ＴＳＡＲタンパク質は、ＴＳＡＲと同じ結合特異性を有する一機能性（官能性）結合タンパク質、ポリペプチド又はペプチドの産生の中間体であることができる。特定の態様においては、切断可能な配列は、酵素により分解可能な配列である。しかし、コラゲナーゼ感受性配列は一例にすぎない（例えば、後述のセクション９を参照されたい）。酵素により切断可能なリンカードメインとして用いることができる他の有用な配列は、エンテロキナーゼ又は因子Ｘａによる切断に対して感受性のあるものである。例えば、エンテロキナーゼは、配列Ａｓｐ−Ａｓｐ−Ａｓｐ−Ｌｙｓ（配列番号１８）中のリジンの後を切断する。因子Ｘａは、配列Ｉｌｅ−Ｇｌｕ −Ｇｌｙ−Ａｒｇ（配列番号19）を有する部位に特異的であり、アルギニンの後を切断する。別の有用な配列はＬｅｕ−Ｖａｌ−Ｐｒｏ−Ａｒｇ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ−Ｐｒｏ（配列番号２０）であり、これはＡｒｇ及びＧｌｙ残基の間で、トロンビンにより切断される。用いることができる他の酵素により切断可能な配列は、微生物プロテアーゼ、ペプチダーゼ、ウイルスプロテアーゼ、補体カスケード酵素、及び血液凝固／血餅溶解経路の酵素により認識される部位をコードする配列である。他の酵素により切断可能な配列も、当業者により認識され、本発明のこの態様において含めることを意図される。代替的には、この配列は、例えばペプチド配列のメチオニン残基を攻撃する臭化シアン（シアノゲンブロミド）のような化学的手段により切断可能な部位を含むように選択してもよい。別の化学的切断手段としては、ペプチド配列のプロリン残基で切断するギ酸の使用が挙げられる。本発明は、ここに与えられた化学的切断の特定の例に限られるべきではなく、当業者に公知のあらゆる化学的切断法の使用をも含む。したがって、切断可能なリンカー部分を有するＴＳＡＲは、結合機能及び選択したリガンドに対する特異性を有する一機能性タンパク質、ポリペプチド又はペプチドの産生における中間体として役立つことができる。代替的には、リンカー部分は、安定あるいは化学的及び／又は酵素的切断に対して低感受性であることができ、結合ドメインと、ＴＳＡＲの他のペプチド部分との間の連結として役立ちうる。例えば、リンカードメインは、溶出の間に、結合ドメインの回収のための、形の制御可能な助けとして役立つことができる変形可能な（deformable）タンパク質であることができる。別の例としては、リンカードメインは、（ａ）例えば１つ以上のプロリン残基により与えられるもののような蝶番（ヒンジ）又は連結（リンク）領域、（ｂ）例えば１つ以上のグリシン残基により与えられるもののような旋回（swivel ）領域、又は（ｃ）ｃ−ｆｏｓ又はｃ−ｊｕｎ配列により与えられるもののような、ＴＳＡＲ結合ドメインをバイモレキュラー（bimolecular）ポケットの形態で表すことを助けるヘテロニ量体化ドメイン（図１ｃを参照されたい）を提供することができる。ＴＳＡＲの化学的又は生物学的に活性なエフェクタードメインは、ＴＳＡＲに、検出可能な、診断上の、酵素的な、又は治療上の特徴を付与する。酵素的活性又は治療的活性は、例えば、ＴＳＡＲがインビボ（in vivo）での適用に使用される場合には治療上の効果について有用であるのと同様に、スクリーニング過程におけるＴＳＡＲの同定又は検出に有用でありうる。例えば、フィブリンに対する親和性を有する結合ドメインに接続された、タンパク質分解活性を有する治療的グループ（基）は、血液のクロット（血餅）中のフィブリン成分に結合してそれを溶かすＴＳＡＲをもたらす。代替的には、エフェクタードメインは、金属（放射性、磁性、常磁性等の金属が挙げられるが、これらに限らない）を結合し、ＴＳＡＲの検出を可能にするタンパク質部分であることができる。ＴＳＡＲに用いることができる生物学的又は化学的に活性なエフェクターペプチドの他の例としては、トキシン又はそのフラグメント、検出可能な酵素活性を有するペプチド、金属と結合するペプチド、特異的な細胞性又は細胞外成分を結合するペプチド、ＴＳＡＲ分子の発現を強化するペプチド、蛍光分子と相互作用するペプチド、及びＴＳＡＲを同定するための好都合な手段を提供するペプチドが挙げられるが、これらに限らない。後述のセクション９に見出される特定の態様においては、酵素β−ガラクトシダーゼの全長配列をＴＳＡＲのエフェクタードメインとして用いた。このタンパク質は、適正な基質、例えばＸ−ｇａｌ又はＯＮＰＧの添加に際し、視認可能な検出手段を提供する。しかしながら、ＴＳＡＲのエフェクタードメインは、タンパク質の完全なコード配列である必要はない。宿主細胞により容易に発現され、望ましい活性又は機能を有するタンパク質の一部分（フラクション）を用いてもよい。本発明の最も一般的な態様によれば、リンカードメインが存在する場合には、それがＴＳＡＲの結合ドメインとエフェクタードメインとの間になければならないことを除き、ＴＳＡＲの２つ以上の領域について、互いに関して意図される特定の順序はない。ＴＳＡＲの領域の位置は、相互に交換可能である（interchang eable）。より好ましい態様においては、結合ドメインはヘテロ機能性タンパク質、ポリペプチド又はペプチドのＮ末端に位置し、エフェクタードメインはカルボキシル末端に位置する。本発明の別の態様によれば、ＴＳＡＲは、複数の結合ドメイン又は複数の活性エフェクター部分、又は複数の各々の組合せを含むことができる。選んだリガンドのＴＳＡＲとの結合が本発明の方法によりいったん同定されてしまうと、ＴＳＡＲの結合ドメインのアミノ酸配列は、ＴＳＡＲを発現するとして同定されたベクター中の挿入されたオリゴヌクレオチド配列のヌクレオチド配列から推定することができる。ＴＳＡＲの結合ドメインを含むタンパク質／ペプチドは、組換えＤＮＡ技術又は当業界で公知の標準的化学合成法（例えば、Hunk apiller et al．1984，Nature 310：105-111を参照されたい）により、製造することができる。組換え又は化学合成技術のどちらにより製造されたかにかかわらず、同定されたＴＳＡＲの結合ドメインを含むタンパク質／ペプチドは、ＴＳＡＲ結合ドメインと同一のアミノ酸配列を有するもの、ならびに機能的に等価のアミノ酸残基で影響のない（サイレント）変化をもたらす配列内の残基が置換されているもの、を含む。例えば、配列内の１つ以上のアミノ酸が、機能的等価物として作用する同様の極性の別のアミノ酸で置換されることができ、サイレント変化をもたらしうる。配列内のアミノ酸のための置換物は、そのアミノ酸が属するクラスの他のメンバーから選択してもよい。例えば、非極性（疎水性）アミノ酸には、グリシン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、バリン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン及びメチオニンが含まれる。極性中性アミノ酸には、セリン、スレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン及びグルタミンが含まれる。正に荷電した（塩基性）アミノ酸には、アルギニン、リジン及びヒスチジンが含まれる。負に荷電した（酸性）アミノ酸には、アスパラギン酸及びグルタミン酸が含まれる。本発明の方法に従って、あるＴＳＡＲが目的の特定の標的リガンドの結合物（バインダー）として同定された場合、発現されたＴＳＡＲペプチド配列のどの領域が標的リガンドの結合に関与しているかを決定することは有用でありうる。このような解析は、２つの異なるレベル、すなわちヌクレオチド配列レベル及びアミノ酸配列レベルで実施することができる。分子生物学的な技術により、リガンド結合ＴＳＡＲを、オリゴヌクレオチドのレベルで確認し、さらに解析することが可能である。第一に、挿入されたオリゴヌクレオチドを、適切な制限酵素を用いて切断し、もとの発現ベクターに再連結して、そのようなベクターの発現産物をリガンドの結合についてスクリーニングし、ＴＳＡＲオリゴヌクレオチドが結合ペプチドをコードすることを確認することができる。第二に、オリゴヌクレオチドを、別のベクター、例えばファージからファージミドへ、又はｐ340−１Ｄ又はｐＬａｍＢプラスミドへ、トランスファーすることができる。もしこのドメインがリガンドへの結合に必要かつ充分であれば、新たに発現された融合タンパク質は、同じ結合活性を獲得するはずである。この最後のアプローチは、もとのベクターによりコードされるフランキングするアミノ酸残基（すなわち、融合のパートナー）が何らかの形でＴＳＡＲペプチドに影響を与えるか否かについても評価する。第三に、オリゴヌクレオチドを、ＴＳＡＲについて決定したヌクレオチド配列に基いて合成し、クローニング、又は２片に切断された内部及びフランキングプライマーを用いるＰＣＲ増幅法により増幅し、２つの、半分のＴＳＡＲフラグメントとしてクローニングする。このようにして、挿入されたオリゴヌクレオチドを２つの等しい半分ずつにさらに分割する。結合に重要なＴＳＡＲドメインが小さい場合、一方の組換えクローンが結合し、他方は結合しないであろう。どちらの半分も結合しない場合、両方が重要であるか、あるいはドメインの必須の部分が中間にかかっているかのどちらかである（このことは中央の領域のみを発現させることにより試験することができる）。代替的には、予測されるＴＳＡＲペプチドに相当するペプチドを合成することにより、結合ドメインを解析することができる。第一に、ペプチド全体を合成し、標的リガンドに対する結合について評価して、そのＴＳＡＲペプチドが結合に必要かつ充分であることを確認すべきである。第二に、短いペプチドフラグメント、例えば重複する10量体（10mers）を、ＴＳＡＲ結合ドメインのアミノ酸配列に基いて合成し、リガンドと結合するものを同定するために試験することができる。例えば、後述の第７．５節を参照されたい。さらに、ある種の場合には、ある標的リガンドに対する親和性を有する異なるＴＳＡＲの一次構造を比較した後に、線形モチーフが明らかになる可能性がある。結合に対するこれらのモチーフの貢献は、競合実験において合成ペプチドを用いて確認することができる〔すなわち、標的に対するファージの結合の50％を阻害することができるペプチドの濃度（ＩＣ₅₀）を測定する〕。例えば、後述の第７．２節を参照されたい。これとは反対に、結合に重要である疑いが持たれているモチーフ又は領域を、ＴＳＡＲインサートをコードするＤＮＡから除去するか又は突然変異させ、変更された置き換えられたペプチドを、結合について再試験することができる。ＴＳＡＲの結合ドメインを含むこれらのタンパク質／ペプチド組成物、又は上記結合ドメインと同じ結合特異性を有するそれらの部分は、本明細書においては「ＴＳＡＲ組成物」と呼ばれ、本発明の範囲内に含まれるものであり、第５．４節（後述）に記載される適用に有用である。さらに、いったんＴＳＡＲの結合ドメインが同定されると、１つのＴＳＡＲの結合ドメインを単離し、異なるエフェクタードメインに融合させることにより、新たなＴＳＡＲを創り出すことができる。ＴＳＡＲの生物学的又は化学的に活性なエフェクタードメインは、変えることができる。代替的には、個々のＴＳＡＲの結合特性は、ＴＳＡＲ結合ドメイン配列を変えることにより改変して、特定のリガンドに対して異なる特性を有するＴＳＡＲの関連ファミリーを作ることができる。さらに、方向づけられた（directed）進化の方法において、同定されたＴＳＡＲタンパク質／ペプチドを、ＴＳＡＲ結合ドメインをコードするヌクレオチド配列の突然変異誘発、選択、及び増幅の付加的なラウンドにより改良することができる。突然変異誘発は、親配列とわずかに（例えば１〜10％）異なる、新たなセットのオリゴヌクレオチドの創作及びクローニングにより達成することができる。選択及び増幅は上述のとおりに実施する。単離したペプチドが改良された結合特性を有することを確認するために、ｌａｃＺ発現が異なる突然変異体と親ファージとを、スクリーニング実験の間、共に処理することができる。スクリーニング実験のコースにおけるもとの青色−白色の比の変化は、強化されたバインダーの選択がうまくいっていることを評価するための視覚的手段として役立つ。このプロセスは、何回ものサイクルで行うことができる。 5．4．ＴＳＡＲおよびＴＳＡＲ成分の応用および用途ＴＳＡＲおよび、ＴＳＡＲの結合領域またはその一部を構成し本発明の新しい方法によりＴＳＡＲと同じ結合特異性を持つことが確認されたＴＳＡＲ成分は、従来、抗体の結合領域、ＤＮＡ結合タンパク質、ＲＮＡ結合タンパク質、金属結合タンパク質、ヌクレオチドヒダおよびＧＴＰ結合タンパク質、カルシウム結合タンパク質、インテグリン、アドヘシンおよびレクチンなどの粘着タンパク質、酵素、あるいはリガンドに結合親和性を持つ他の小ペプチドまたは高分子の一部分、などが行なってきたin vivoおよびin vitroでの用途に有用である。ＴＳＡＲ生成物は、あらゆる分野の工業または製薬業において、与えられたリガンドに特異性を持つペプチド結合部分を用いる場面で使うことができる。ＴＳＡＲはまた、本発明の方法により与えられたリガンドに結合親和性、特異性および結合活性を持つように製造され選択された単機能結合ペプチドの製造に中間体となることもできる。さらにいろいろな治療または予防に応用するための新薬候補物質の開発に有望な手がかりを見つけるためにも使うことができる。そこで本発明によればＴＳＡＲおよびＴＳＡＲ成分は広範囲のさまざまな応用、たとえば生物医学の分野、生物調節および害虫制御、農業、化粧品、環境調節および廃棄物処理、化学、触媒作用、栄養および食品工業、軍事利用、気候調節、製薬、その他を含む分野に応用できるが、これらに応用が限られている訳ではない。下に述べる応用はＴＳＡＲおよびＴＳＡＲの結合領域を構成する成分の用途を説明する例として挙げたものであって、応用の限界を示すものではない。他の応用は熟練した専門の技術者にはすぐに見て取れるであろうし、本発明はそれらを包含するよう意図されている。ＴＳＡＲおよびＴＳＡＲ成分は生物医学、生物調節および制御の分野で広範囲のさまざまなin vivo応用に有用である。これら応用のあるものでは、ＴＳＡＲは、酵素、ホルモン受容体、免疫グロブリン、金属結合タンパク質、カルシウム結合タンパク質、核酸結合タンパク質、ヌクレオチド結合タンパク質、インテグリン、アドヘシンおよびレクチンなど粘着タンパク質、等の成分の模擬代替物として使われる。また他の応用では、ＴＳＡＲはタンパク質／ペプチド、糖または受容体分子に結合する他の三つの分子、たとえばストレプトアビジン、免疫グロブリン、細胞受容体などに結合する分子の模擬分子として用いられる。他のin vivo用途としてＴＳＡＲおよびＴＳＡＲ成分のワクチン免疫原としての投与があり、能動免疫法として有用である。ＴＳＡＲはまた、与えられた細胞またはウイルスの高分子リガンドに特異性を持つ第一次ＴＳＡＲを先ず生成させ次いで第一次ＴＳＡＲに結合する第二次ＴＳＡＲを開発する、すなわち第一次ＴＳＡＲを第二次ＴＳＡＲを確認するためのリガンドとして使うというやり方で、ワクチンの免疫原開発に使われる。第二次ＴＳＡＲは最初の細胞またはウイルス高分子リガンド部位を模倣するが、適切なペプチド結合配列のみを含み、不適切なペプチド配列は排除する。第二次段階で開発された全ＴＳＡＲまたは結合領域またはその一部分が能動免疫プログラムの免疫原として使用できる。 In vivo応用ではＴＳＡＲおよびＴＳＡＲ成分は動物またはヒトに、注射（例えば、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、心房内、乳房内、尿道内など）、局所適用、上皮または粘膜皮膚面からの吸収など、様々な経路を通じて投与できる。生物調節または制御のための植物、昆虫および原生生物への適用は、生物への直接適用、生息場所への散布、周囲の環境または周囲の水への添加、などによって行なうことができる。化学工業では、ＴＳＡＲは分離、精製、分取法、触媒作用などに使用される。診断学の分野では、ＴＳＡＲはリンパ液、血液、尿、便、唾液、汗、涙、粘液、その他の生理的液体または固体に存在するリガンドの検出に使うことができる。組織学および病理学の分野では、ＴＳＡＲは組織切片、器官切片、塗抹標本、または他の肉眼的または顕微鏡的検査のための試料中のリガンド検出のために使うことができる。ＴＳＡＲはまた他の診断法で、ホルモン検出キットあるいは細菌、ウイルス、マイコプラズマ、真菌、原虫など病原体の検出キットに抗体の代替物として使用できる。ＴＳＡＲはさらに、ＴＳＡＲ結合のリガンドとしてモノクローナル抗体を用いることによりモノクローナル抗体が結合するエピトープを決定し、これによりモノクローナル抗体開発に用いられたもとの免疫原のエピトープを決定するのにも使うことができる。このようにして、ＴＳＡＲまたは結合領域またはその一部分は擬エピトープ及び／またはマイモトープとなり得る。次の例は説明の目的のためにのみ呈示するもので、本発明の範囲をいかなる面でも限定するものではない。 6．例：ＴＳＡＲライブラリの調製ＴＳＡＲライブラリは本発明に従い、下に述べるように調製された。 6．1 ＴＳＡＲ-9ライブラリの調製 6．1．1．オリゴヌクレオチドの合成および集合図８にオリゴヌクレオチドの構造式およびＴＳＡＲ-9ライブラリの構築に用いられた集合計画を示す。オリゴヌクレオチドはアプライドバイオシステム380a合成機（Foster City，CA）を用いて合成し、全長オリゴヌクレオチドをＨＰＬＣにより精製した。各オリゴヌクレオチド対５μｇを、緩衝液（67mMトリス-ＨＣｌ、pH8.8、10mM β-メルカプトエタノール、16.6mM硫酸アンモニウム、6.7mMＥＤＴＡ、50μg/ml ＢＳＡ）中で0.1％トリトンＸ-100、２mM ｄＮＴＰおよびTao ＤＮＡポリメラーゼ20単位と共に混合した。集合反応液は30秒間72℃で、次いで30秒間30℃で加温した；この操作を60回繰り返した。変性過程は用いていないので集合反応はＰＣＲでないことに注意しなければならない。充填反応は熱サイクル装置（Ericom p，LaJolla，CA）を用い次ぎの要領で行なった：72℃で30秒間、30℃で30秒間、 60サイクル繰り返し。低温相は、オリゴヌクレオチド対２組の間で６つの塩基の相補領域でアニーリングを起こさせるためである。反応生成物はフェノール／クロロホルムで抽出し、エタノール沈澱させた。その結果、ヌクレオチドの90％以上が二本鎖合成オリゴヌクレオチドに変換されていた。 10mMトリス-ＨＣｌ、pH7.5、１mMＥＤＴＡを含む緩衝液（ＴＥ緩衝液）300μl に再懸濁後、オリゴヌクオチド断片の端を、供給元の指示に従いXba IおよびXho I（NewEngland BioLabs，Beverly，MA）で切断した。断片は４％アガロースゲル電気泳動法により精製した。正しいサイズのバンドを取り出し電気溶離し、エタノール沈澱により濃縮してＴＥ緩衝液100μｌに再懸濁した。集合したオリゴヌクレオチドの約５％は内部Xho IまたはXba I部位をもつと期待される；しかし集合計画の結合過程では全長分子のみが用いられた。合成オリゴヌクレオチド断片の濃度は、適当な量のマーカーと共に臭化エチジウム染色ゲル上を走らせて強度を比較することにより測定した。ＤＮＡ操作のうち詳細に記述されていない部分は、すべて前述のManiatisに従って行なった。酵素消化させた集合オリゴヌクレオチドが結合可能であることを証明するために、合成ＤＮＡ断片の自己結合能を検査した。消化された断片は、T4ＤＮＡリガーゼを含む結合緩衝液中で一晩18℃で加温した。結合産物をアガロースゲル電気泳動法により検査すると、臭化エチジウム染色上に鎖状体バンドが見られた。５本のそれぞれ単位長さが異なる鎖状体バンド（すなわち、二量体、三量体、四量体、五量体、六量体）が見られ、これは合成ＤＮＡ断片が結合のための有効な基質であることを示唆した。 6．1．2．ベクターの構築ＴＳＡＲライブラリ発現に有用であるＭ13由来ファージベクターの構築は最近報告された（Fowlkesら、1992、BioTechniques、13：422-427）。ＴＳＡＲ-9ライブラリ発現のために、FowlkeS報告で記述されたようにＭ13由来ベクターであるm663を構築した。図２に、c-myc-エピトープをもつpIII遺伝子を含むm663ベクター、すなわち成熟Ｎ-末端に挿入され両側のXho IおよびXba I制限部位にはさまれた充填断片、を示す。 6．1．3．ＴＳＡＲ-9ライブラリの発現合成されたオリゴヌクレオチドは、pIII遺伝子を含みXho IおよびXba Iにより二重消化されたm663ＲＦＤＮＡ（Fowlkes、supra）に、リガーゼと共に一晩12℃ で加温して、結合させた。具体的には、ベクターＤＮＡ50ngおよび消化された合成ＤＮＡ５ngをT4ＤＮＡリガーゼを含む結合緩衝液（50mMトリス、pH8.0、10mM MgCl2、20mM ＤＴＴ、0.1mMＡＴＰ）50μｌ中で混合した。一晩12℃で結合反応後、ＤＮＡをエタノール沈澱により濃縮し70％エタノールで洗浄した。ついで結合ＤＮＡをE.coli（ＤＨ５αＦ’；ＧＩＢＣＯＢＲＬ、Gaithersburg，MD）に電気穿孔法により導入した。電気穿孔により導入した細胞の小部分を培地に塗布し、組換え体が108個生成したことを確かめるためプラーク数を数えた。組換えベクターを含むE.coli細胞のライブラリは組換えファージの単増幅のため高密度（150mMペトリ皿につき〜4 00,000）で培地に塗布した。８時間後に、各皿を18時間ＳＭＧ緩衝液（100mMＮａＣｌ、10mMトリス-ＨＣｌ、pH7.5、10mMＭｇＣｌ2、0.05％ゼラチン）で洗浄して組換えバクテリオファージを回収し、グリセロールを50％の割合で添加して −80℃で冷凍した。このようにして作製したＴＳＡＲ-9ライブラリは、−２ｘ1011 pfu/mlの作業力価をもっていた。 6．2．ＴＳＡＲ-12ライブラリの作製図９に合成オリゴヌクレオチドの構造式およびＴＳＡＲ-12ライブラリの構築に用いられた集合計画を示す。図９に示すようにＴＳＡＲ-12ライブラリは実質的には、次に述べる例外を除き、上の第6.1節で記述したＴＳＡＲ-9ライブラリと同じように調製した：（1）予知されなかった各変異オリゴヌクレオチド配列、すなわちＮＮＢは長さが54ヌクレオチドではなく30ヌクレオチドである；（2）変異非予知配列の5'末端に含まれる制限部位はXho IおよびXba IではなくSal IおよびSpe Iである；（3）二本鎖の徐冷再対合を助ける3'末端の非変異配列はＣＣＡＧＧＴではなくＧＣＧＧＴＧ（5'から3'）である。ｄＮＴＰおよびTaoＤＮＡポリメラーゼ存在下の無数のアニーリングと鎖延長の繰り返しを含む合成および上の第6.1.1項で記述した精製後、合成二重鎖オリゴヌクレオチド断片をSal IおよびSpe I制限酵素で消化し、T4ＤＮＡリガーゼを用いて、m663ベクターに含まれるM13 pIII遺伝子をコードするヌクレオチド配列に結合させ、第6.1.2および6.1.3項で記述したＴＳＡＲ-12表現ベクターのライブラリを得た。結合ＤＮＡは電気穿孔法によりE.coli（DH5αF'；GIBCO BRL，Ga ithersburg，MD）に導入した。E.coli細胞のライブラリは組換えファージの増幅のため高密度（150mMペトリ皿につき−400,000）で培地に塗布した。８時間後に、ＳＭＧ緩衝液で18時間洗浄して組換えバクテリオファージを回収し、グリセロールを50％の割合で添加して−80℃で冷凍した。このようにして作製したＴＳＡＲ-12ライブラリは、−２ｘ1011 pfu/mlの作業力価をもっていた。 6．3 ＴＳＡＲ-9およびＴＳＡＲ-12ライブラリの特徴づけ上の第6.1および6.2節で記述した各ＴＳＡＲライブラリのための挿入された合成オリゴヌクレオチドは2036（〜1047）通りの解読能を持ち、各形質転換実験では〜10¹⁴分子が使われたので、これらＴＳＡＲライブラリの構成因子はそれぞれが独特な筈である。ペトリ皿増幅後、ライブラリ液または原液はmlあたり各構成因子のコピーを10⁴個含む。いずれのライブラリでも、これまで確認された挿入オリゴヌクレオチド配列のうちで欠失または挿入を示すものは非常に少なかった（＜10％）。これはおそらく、本条件下におけるオリゴヌクレオチド構築の正確さおよび、pIIIがファージ増殖に必須のタンパク質であるため或る種の変異（すなわち、フレームシフト変異）は許されないという事実を反映したものと思われる。これらライブラリに表現された変異非予知ペプチドに、おそらくオリゴヌクレオチドの合成中にin vitroで起こされた偏りまたは増殖するファージによる発現中にin vivoで起こった偏りにより、なんらかの解読の偏りが存在するかどうかを確かめるため、下に示すように挿入断片を配列した。 6．3．1 ＴＳＡＲ-9ライブラリの特徴づけＴＳＡＲ-9ライブラリから無作為に選んだ23分離試料の、挿入合成ヌクレオチドを検査した。E.coli（DH5αF'）細胞を含む２xYTブイヨン１mlに接種するには個別プラークを用い、37℃で一晩通気しながら培養した。ＤＮＡはManiatis（上掲）に従って培養上清液から分離した。23個の分離試料はSanger法（1979、Pr oc.Nat'l Acad.Sci.USA 74:5463-5467）に従い、ＴＳＡＲ表現のため使用したm6 63ベクターのpIII遺伝子クローニング部位から89ヌクレトチド下流のオリゴヌクレオチド5'-AGCGTAACGATCTCCCG（配列番号21）をプライマーとして、配列させた。ヌクレオチド配列およびこれらがコードするアミノ酸配列は、MacVectorコンピュータプログラム（IBI，New Haven，CT）を用いて解析した。アミノ酸の頻度測定にはマイクロソフトのEXCELプログラムを用いた。これら解析は、アミノ酸をコードするヌクレオチドコドン、従ってほとんどのアミノ酸は、表現タンパク質のＴＳＡＲ９ライブラリでは期待された頻度で起こったことを、示した。著明な例外はグルタミンおよびトリプトファンであって、前者は過剰に後者は過小に表現されていた。挿入ヌクレオチドではTAG終止コドンが少なかった、即ち〜200個の分離試料中２個のみしかTAG終止コドンを含んでいなかった、点が興味深い。集合計画から、ファージ挿入物の約半数［1-（47/48）³⁶］は少なくとも一つのTAGコドンを持つと期待される。しかしTAGを持つファージの殆どは、細菌宿主がsupEなのに、ライブラリから消失していたと思われる。これは抑制の有効率が100％未満であったことの結果かもしれない。挿入された合成二重鎖オリゴヌクレオチド配列にコードされたアミノ酸配列は、固定ＰＧ-コーディングセンターを除き、単一配列に鎖状化し、マイクロソフトEXCELプログラムを用いて各アミノ酸の使用頻度を決定した。結果は図10に示す。図10に示したように、これら頻度をオリゴヌクレオチドの集合計画から期待される頻度と比較し、期待値からの逸脱度を基線上下の棒の高さによって表わした。逸脱度の有意性はχ２検定により検査した；■、□および□の棒はそれぞれ確率＞93％、75-93％および＜75％を表わす。図10が示すように、大半のアミノ酸は期待される頻度で出現したが、著明な例外としてグルタミンおよびトリプトファンはそれぞれ多少過剰、過小であった。このように、不変のPro-Glyを除き、いかなる部位にいかなるアミノ酸が出現してもよい事が分かった；この結果、配列は予想できないまたは無作為となる。 6．3．2 ＴＳＡＲ-12ライブラリの特徴づけＴＳＡＲ-12ライブラリから無作為に選んだ約10個の挿入オリゴヌクレオチドを、上の第6.3.1.節で記述したようにＤＮＡ配列決定により検査した。分離試料はＴＳＡＲ-12ライブラリから無作為に選び、ＴＳＡＲ９分離試料と同じく配列決定のために調製した。分析の結果、不変のGlyを除き、いかなる部位にいかなるアミノ酸が出現してもよい事が分かった；この結果、配列は予想できないか、または無作為となる。６．４ＴＳＡＲ−１３及びＴＳＡＲ−１４の半硬性ライブラリーの作成半剛性構造を形成することができるペプチドを表すＴＳＡＲライブラリーのもう一つの具体例を次に示す。この具体例のオリゴヌクレオチドにおける変異残基をコードするコーディングスキームは、詳細の説明に記載の、より好ましいコード法の態様とは異なる。６．４．１オリゴヌクレオチドの合成と組み立てＴＳＡＲ−１３とＴＳＡＲ−１４のライブラリーに使用のオリゴヌクレオチドの構造式とＴＳＡＲ−１３ライブラリーの構築に使用の組み立てスキームを第11 図に示している。同じオリゴヌクレオチドデザインをＴＳＡＲ−１３とＴＳＡＲ −１４のライブラリーにも使用した。ＴＳＡＲ−１３はファージミド、ＴＳＡＲ −１４はファージで発現された。オリゴヌクレオチドは、予想されていないヌクレオチドの連続配列の両端に隣接している非変異ヌクレオチドを含むように設計された。この例では、一本鎖ヌクレオチド配列が、二本鎖オリゴヌクレオチドに変換されてコード化する：（ａ）５’〜３’の制限部位−システイン、グリシン −（ＮＮＫ）₈-Gly-Cys-Gly-（ＮＮＫ）₈-相補部位Gly-Cys-Gly：（ｂ）３’〜５’の相補部位Gly-Cys-Gly（ＮＮＭ）₈-Gly-Cys-Gly-Pro-Pro-Gly-制限部位。それゆえ、ライブラリーは、酸化環境において二硫化物接着を形成する４個のシステイン残基がそれぞれにある半剛性接着ドメインを有し、クローバの葉の構成を採用するように設計される。ＴＳＡＲ接着ドメインとｐIII又はエファクタードメインの間によじれを形成するように追加のプロリン残基が入れられた。一本鎖ヌクレオチドの設計において、２個の二本鎖ヌクレオチドがヌクレオチド配列をコードする所定の相補グリシン、システイン、グリシンでアニールすることを確実にするすべての４個の可能なグリシンのコドンを利用した。オリゴヌクレオチドは、Applied Biosystems 380a合成装置（カリフォルニア州フォスター市）で合成し、全長のオリゴヌクレオチドをゲル電気泳動により精製した。オリゴヌクレオチド対をアニーリングするため、200pmolのオリゴヌクレオチド対をシーケンナーゼバッファー（40mMトリスpH7.5、20mM ＭｇＣｌ₂、50mM ＮａＣｌ）において、総容量200ｕｌで、0.1ｕｇ／ml ＢＳＡ、10mM ＤＴＴと混合した。混合物は、42℃で５分間、次に37℃で15分間インキュベートした。各0.2m Mの濃度と20単位のシーケンナーゼに４個のｄＮＴＰをすべて追加することにより「（バージョン2.0（オハイオ州クリーブランド、U.S．バイオケミカル）」、さらに、37℃で15分間インキュベートすることにより内部の反応をすべて引き起こした。残存のポリメラーゼ活性は65℃で２時間インキュベートすることにより、熱で非活性化した。冷却後、制限バッファー（10mMトリスpH7.5、50mM ＮａＣｌ、10nM ＭｇＣｌ₂）、追加の0.1ｕｇ／mlＢＳＡと追加の２mM ＤＴＴを、それぞれ300単位のＸｂａＩ、ＸｈｏＩと共に追加することにより、オリゴヌクレオチドの断片の末端を開裂させた。３件の対照反応を同時に行った。第一の対照アリコート、つまり、充填反応の10μｌのアリコートにおいて、第一の制限酵素（ＸｂａＩ）を同じ最終濃縮物（単位／μ１）に加えた。第二の対照アリコートに、別の制限酵素（ＸｈｏＩ）を加えた。第三の対照アリコートには制限酵素を加えなかった。すべての試料を制限酵素のメーカーが推薦する温度で２時間インキュベートした。分裂したオリゴヌクレオチドは容積比１対１のフェノール／クロロフォルムで抽出し、エタノールを沈殿させた。断片は、１ＸＴＢＥにおいて、15％の非変性予備ポリアクリルアミドゲルで精製した。正しい寸法（対照見本との比較で判定）の帯を取り除き、単離して、エタノールを沈殿させ、ＴＥバッファーに再び懸濁させた。６．４．２ファージミドベクターの構築ファージミドベクターｐＤＡＦ１の構築を後述の８．１に説明している。このベクターを修正して、ｍ６６６からｐIII遺伝子のアミノ末端を挿入することにより全長のｐIII遺伝子を含有した。ｐＤＡＦ３とｍ６６６をＡｉｗＮＩとＸｂａＩで切断し、0.7kbの断片をｍ６６６からｐＦＬＰ３に転移させ、ベクターｐＦＬＰ３を生成させた。６．４．３ＴＳＡＲ−１３ファージミドライブラリーの発現合成オリゴヌクレオチドは、ＸｂａＩ、ＸｈｏＩ二重消化ｐＦＬＰ３ＤＮＡに結合され、ＸＬ１の青色E.coliにエレクトポレートした。アリコートをプレートして、力価が８×10⁷全コロニーであると測定した。ライブラリー全体をアンピシリンプレートでプレートした。ＴＳＡＲ−１３ライブラリーを発現するため、７×10¹⁰セルを30mlの２ｘＹＴの培地に加え、37℃で30分間インキュベートし、その後、４×10¹¹pfuのＭ１３Ｋ０７ヘルパーファージを加えた。0.004％のＩＰＴＧ、２％グルコースを加えるか、又は、何も加えないでアリコートを誘導し、１時間インキュベートした。次に、150mlの２ｘＹＴ培地と70μｇ／mlのカナマイシンを加え、細胞をさらに37℃で４時間インキュベートした。ファージミド粒子をＰＥＧ沈殿させて、遠心分離で集め、４mlの培地に再懸濁させた。それぞれの力価は２×10¹² pfu／mlであった。組換え体の総数は８×10⁷であった。６．４．４ファージベクターの構築ＴＳＡＲ−１４ライブラリーを発現するため、前記６．１．２に記載のＴＳＡＲ−９ライブラリーの一員を、ＥｃｏＲＩとＨｉｎｄIIIを用いてポリリンカーを切断し、ｐＵＣ１８ポリリンカーを挿入することにより修正して（以前は、ＸｂａＩ部位を削除して修正した）青色のプラークを生成した。６．４．５ＴＳＡＲ−１４ファージライブラリーの発現次に、合成オリゴヌクレオチドを、ＴＳＡＲ−９ライブラリーについて説明したとおり、ｐIII遺伝子を含むＸｂａＩ、ＸｈｏＩ二重消化ｍ６６６に結合した。結合されたＤＮＡを次にエレクトロポラーションによりE.coli細胞に導入した。６．５ＴＳＡＲ−１３ライブラリーの特徴づけ各ＴＳＡＲ−１３ライブラリーの挿入合成オリゴヌクレオチドには、20²⁴（1. 68×10³¹）のポテンシャルコード化複雑度があった。形質転換実験に10¹²の分子を使用したため、ライブラリーの各メンバーが独特であるはずである。無作為で選択された２個の単離物の挿入合成オリゴヌクレオチドは、ＴＳＡＲ−１３ライブラリーから検査した。２個の無作為単離物の配列は次のように推測された：ＣＧＤＧＱＥＰＰＥＴＧＣＧＶＳＲＫＲＶＳＸＧＣＧＲＬＬＴＸＸＸＸＧＣＧＰＰＧＳＲ（配列番号142）及びＣＧＲＧＡＲＦＳＷＭＧＣＧＧＷＧＩＳＱＡＴＧＣＧＰＤＦＰＦＹＤＧＣＧＰＰＧＳＲ（配列番号143）。配列中のＸは、二番目の鎖を配列させることにより簡単に分解できるゲル人工産物によるあいまいさを表している。これらの単離物（配列番号142、143）から決定される配列には、約８個の変異又は予測不能のコドンの連続配列の両端に隣接するヌクレオチド配列を含む非変異システインが含まれている。７．リガンド結合ＴＳＡＲの確認一連の実験において、前記６節に説明のＴＳＡＲ−９とＴＳＡＲ−１２のライブラリーを本発明に従い、選択された様々な異なるリガンドに対し結合特異性を有する、発現されたタンパク質ペプチドを得るためにスクリーニングした。７．１スクリーニングの方法特に記している場合を除き、次の方法を用いてＴＳＡＲ−９とＴＳＡＲ−１２のライブラリーをスクリーニングした。選択したリガンドは、メーカーの指示に従い、次の二つの供給物の片方から得た磁気ビーズに接合した：アミン末端微粒子支持体＃８−４１００Ｂ（Advanced Magnetics、マサチューセッツ州ケンブリッジ）とDynabeads −４５０、トシル活性化（Dynal、ニューヨーク州グレートネック）。未反応グループとビーズに対する非特異結合を阻止するため、ビーズは過剰なウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）でインキュベートした。ビーズは、次に、ＰＢＳ−0.05％ツウィーン20中に懸濁させて繰り返し洗浄し、強力な磁石で回収した。次に、ビーズを必要になるまで４℃で保管した。スクリーニング実験において、１mlのライブラリーを100μｌの再懸濁ビーズ（１〜５mg／ml）と混合した。管内容物を４℃で１時間から２時間、回転した。次に、磁気ビーズを強力磁石で回収し、吸引により液体を取り除いた。次に、１ mlのＰＢＳ 0.05％ツウィーン20を追加し、ビーズを数回逆転させて再懸濁させ、磁石でビーズを管壁に引き寄せ、液体を取り除いてビーズを洗浄した。ビーズをさらに５回から10回、繰り返し洗浄した。50μｌの50mMグリシン−ＨＣｌ（pH 2.2）、100mg／mlのＢＳＡ溶液を洗浄済みビーズに加えて、タンパク質を変性させ、結合しているファージを解放した。５分から10分後、強力磁石でビーズを管の側面に引っ張り、次に液体分を清澄な管に移した。管に、100μｌの１Ｍトリス−ＨＣｌ（pH7.5）又は１ＭＮａＨ₂ＰＯ₄（pH７）を加えて、ファージサンプルのpHを中和させた。次に、ファージを連続して10^-3から10^-6に希釈し、アリコートをE.Coli ＤＨ５αＦ′セルＦでプレートして、サンプルの単位を形成するプラークの数を判断した。一定の場合において、プラークの色差別のため、ＸＧａｌとＩＰＴＧの存在下でプレートを行った（つまり、ｌａｃＺプラーク⁺は青、ｌａｃＺ^-プラークは白である）。入れたサンプルの力価も比較のため測定した（希釈は通常は10^-6から10^-9であった）。スクリーニング実験に成功するために、一般的に、次の方法で連続スクリーニングを３回行った。第一に、ライブラリーをスクリーニングし、回収したファージを直ちに再スクリーニングした。第二に、第二回後に回収されたファージをマニアティスに従いプレート増幅した。ファージは、〜５mlのＳＭＧでプレートを重ね、４℃でプレートを一晩インキュベートすることにより、ＳＭＧに溶離させた。第三に、次に、小さなアリコートをプレートから取り、再スクリーニングした。次に、回収したファージを低濃度でプレーティングして、個別分析用の単離プラークを得た。個々のプラークは楊枝で取り出し、２ｘＹＴにおけるE.coliＦ細胞の培養物の接種に使用した。37℃で一晩培養後、次に培養物を遠心分離で回転させた。次に、上清を清澄な管に移し、ファージ原料として供した。一般的に、力価は10¹²pf u／mlで、４℃で安定している。次に、個々のファージアリコートをリガンド被膜ビーズに結合するか、その他の対照ビーズ（つまり、ＢＳＡ被膜ビーズ又は他のリガンドで結合のビーズ）に対する結合の不足について再試験した。７．２ＴＳＡＲ結合７Ｅ１１−Ｃ５の確認一連の実験において、ＴＳＡＲ−９とＴＳＡＲ−１２のライブラリーを、反前立腺がん腫モノクローン抗体、つまり、７Ｅ１１−Ｃ５抗体に対して結合特異性を有する発現タンパク質／ペプチドについてスクリーニングした。７３１１−Ｃ５モノクローン抗体は、1992年11月10日発行の米国特許5,162,504号に記載されている。ＴＳＡＲ−９はＴＳＡＲ−１２のライブラリーを７．１の説明に従い、発現されたファージ粒子を、ビーズメーカーが供給する指示書に従い共有的に取り付けられた７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体を有するDynal磁気ビーズ（ニューヨーク州グレートネック）に接触させることにより、連続２回スクリーニングした。７Ｅ１１−Ｃ５単一クローン抗体を結合しているファージは、強力磁石を用いて回収し、プレート増幅した。増幅されたファージは、次に、磁気ビーズで再スクリーニングし、プレーティングした。９個の異なるヌクレオチド配列から成る。14個のファージを、７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体に対する高い親和力に基づき単離した。７Ｅ１１−Ｃ５結合ファージによりコードされたＴＳＡＲの結合ドメインのアミノ酸配列を表１に示す。９個の７Ｅ１１−Ｃ５を結合しているＴＳＡＲは、同じアイソトープ、つまり、米国特許4,522,918及び4,612,282に記載のＢ７２．３モノクローン抗体、あるいは、牛血清アルブミン（ＢＳＡ）に少なくとも1,000〜10,000倍以上強力に結合する。事実、７Ｅ１１−Ｃ５を結合するＴＳＡＲは、いずれも、ＣＥＡ抗原を認識するＣ４６モノクローン（ロセンストラウス等、1990年、ガン免疫、Immuno l，Immunother 32：207-213を参照）を含め、試験されたその他のモノクローン抗体に結合しない。表１に示すように、７Ｅ１１−Ｃ５を接着している９個のＴＳＡＲは、６個のアミノ酸の直線一致動因、つまり、Ｘが明らかにアミノ酸であるＭ（Ｙ／Ｗ／Ｈ／Ｉ）ＸＸＬ（Ｈ／Ｒ）を共有している。最近、７Ｅ１１−Ｃ５ＭＡｂにより認識された前立腺ガン細胞に発現されているタンパク質の配列が発表された（イスラエリ等、1993年、Cancer Res、53：227-230）。タンパク質の配列には位置が２個ある。それは残渣ｘ−ｘ′とｙ−ｙ′で、配列が７Ｅ１１−Ｃ５結合ＴＳＡＲにおいて明らかにされている直線一致動因に整合する。それゆえ、本発明の方法は、自然に発生するタンパク質において７Ｅ１１−Ｃ５により認識されるエピトープの識別に使用できる直線一致動因を明らかにしている。エピトープの確認には、タンパク質から正確な配列を合成すること、一方又は両方が７Ｅ１１−Ｃ５に接着することあるいは７Ｅ１１−Ｃ５の抗原への結合を抑制することがある。７Ｅ１１−Ｃ５抗体に対する各種の７Ｅ１１−Ｃ５結合ＴＳＡＲの相対的親和性を比較した。マイクロ力価プレートをファージ結合前に異なる量の抗体（つまり、０，４，20，100，500ng）で被膜した。我々の予測は、抗体に対する親和性が最大のＴＳＡＲが、より少ない量の抗体で被膜されたウェルに依然として効果的に結合するであろう、ということであった。最も良好に結合したＴＳＡＲは、９−１、９−３、９−５、１２− １であった。これらのＴＳＡＲには、動因に第二のアミノ酸があった。次のクラスのＴＳＡＲは、結合力が〜２倍低かった。１２−２によって代表されるように、これも第二のアミノ酸としてＹがあった。３個のＴＳＡＲは、９−２、９−４、１２−４に代表されるように、最高に結合するものと比較して、５倍から10倍結合力が低かった。これらの挿入物には、動因の第二の位置にＷ又はＨがあった。最後に、ＴＳＡＲ１２−３は、最高に結合するものと比較して５０倍未満であった。このＴＳＡＲには、それぞれ第二と第六の位置にＩとＲがあった。それゆえ、７Ｅ１１−Ｃ５エピトープは、変異と非変異の残基がある直線ペプチド配列により模倣することができる。７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体により認識された抗原は、ＬＮＣａＰヒト前立腺ガン細胞株（ＡＴＣＣ♯ＣＲＬ１７４０）において高度に発現される。表１に説明の３個のＴＳＡＲペプチド、つまり、７Ｅ１１．９−１（配列番号２２）、７Ｅ１１−９−５（配列番号２６）、７Ｅ１１．１２−２（配列番号２８）の名称のＴＳＡＲの、７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体の抗原結合部位を認識する能力を、ＬＮＣａＰ細胞リゼイトを「捕獲」抗原として使用して、競合結合 E LISA分析で次のように評価した：ポリ塩化ビニールの96−ウェルELESAプレート（Cooke、バージニア州アレキサンドリア）の各ウェルをＬＭＣａＰヒト前立腺ガン細胞（ＡＴＣＣ♯ＣＲＬ１７４０）リゼイトで塗布した。リゼイトは、全面ＬＮＣａＰ細胞培養を収穫し、４容積の１mM ＭｇＣＬ₂に５分間懸濁させ、２ μｇのＤNase（インディアナ州インディアナポリス、ボーリンガー・マンハイム）と混合し、ダウンス・ポモジェナイザ（ニュージャージー州ウィートン）で40 ストローク使用して均質にして調整した。ＬＮＣａＰリゼイト（０，１ＸＰＢＳにおいて１：50の希釈のウェル当たり50μｌ［ダルベッコのpH7.2、ＪＲＨ、ペンシルバニア州デンバー］）を37℃で一晩、ELISAプレート上で空気乾燥した。ELISAプレートは、室温で60分間、ＰＢＳにおいて、１％のＢＳＡ（イリノイ州カンカキー、ペンテックス・フラクションＶ、マイルズ）の150μｌ／ウェルでブロックした。室温で１時間、ＬＮＣａＰ抗原被覆ELISAプレートに加える前に、室温で１時間、７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体（30ng／ml）（１：１）で高濃度のＴＳＡＲ産生ファージをプレインキュベートすることにより競合分析評価を行った。ブランクの対照群は、一次抗体が不在のブロック溶液を使用した。ファージ（ＭＡｂ）なしのバッファーでプレインキュベートされた７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体は、正の対照群であった。発現ベクターｍ６６３ファージも非特異性ファージ対照群として使用した。プレートは、0.05％のツィーン−20でＰＢＳにおいて４回洗浄した。結合されたモノクローン抗体７Ｅ１１−Ｃ５は、次の方法で検出した：（１）室温で60分間、１％ＢＳＡ−ＰＢＳにおいて、0.4ng／mlに希釈した抗マウスＩｇＧ_I−ＨＲＰ（ニューヨーク州オレンジパーク、フィッシャー・バイオテック）の50μｌ／ウェルで培養。（２）ＰＢＳにおいて、0.05％ツィーン−20で６回、プレートを洗浄、（３）100μｌ／ウエルのＡＢＴＳ基質［200μｌＡＢＴＳ，（ボーリンガー・マンハイム）、10mlクエン酸バッファー（pH４）、10μｌＨ₂Ｏ₂］を追加した。反応生成物の光学濃度は、マルチスカンプレートリーダー（Molecular De vices、カルフォルニア州メンロパーク）を用いて終点分析で測定した。競合抑制率（％）は、正の対照群の反応度を試験サンプルと比較して決定した。７Ｅ１１．９−５と７Ｅ１１．１２−３のファージを用いて得た結果を第12図に示す。第12図に示すように、７Ｅ１１．９−５と７Ｅ１１−１２−１の名称が付いているＴＳＡＲ産生ファージは、７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体の抗原に対する結合を線量依存様式で抑制した。７Ｅ１１．９−１の名称が付いているＴＳＡＲ産生ファージも７Ｅ１１−Ｃモノクローン抗体結合を抑制した（データは示していない）。ＴＳＡＲ７Ｅ１１．１２−３ファージは、ＴＳＡＲ７Ｅ１１．９ −５ファージと比較して、７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体に対する相対的親和性が約50倍低い。このことは、抗体結合の50％を抑制するために必要な高ファージ濃度に反映されている。3.5×10¹¹のＩＣ₅₀は1.7×10¹⁰のＩＣ₅₀に匹敵する。ＭＡｂ９Ｅ１０により認識されたｃ−ｍｙｃエピトープを含むＭ６６３ファージは、結合を抑制しなかった。このことは、ファージの表面に正しいペプチドが存在している場合に限り抑制が発生することを実証している。さらに、７Ｅ１１−Ｃ５を結合しているＴＳＡＲ、つまり、アミノ酸配列ＬＹＡＮＰＧＭＹＳＲＬＨＳＰＡ（配列番号３１）を有するＴＳＡＲ７Ｅ１１．０−１（配列番号２２）の一つの一部に対応するペプチドを、Applied Biosystem合成装置（カルフォルニア州フォスター市）を用いて合成し、ＨＰＬＣにより精製した。別の一連の実験において、配列番号31を有するペプチドがｐIII融合タンパク質として発現される元のＴＳＡＲと実質的に同じ活性を維持していることが実証された。このペプチドは元のＴＳＡＲから誘導されたものである。下記の実験のために、配列番号31と名付けられＴＳＡＲ系の合成ペプチドを精製（逆相ＨＰＬＣ）として調製した。一連の実験において、配列番号31（アミド形態）の７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体の抗原結合部位を認識する能力は、実質的には本書に記載の非活動抗原としてＬＮＣａＰ抽出物を使用して、競合結合ELISAにおいて評価した。ＴＳＡＲ系のペプチド（配列番号31）の濃縮は、1.75〜1130nMの範囲であった。７３１１ −Ｃ５モノクローン抗体の濃度は、30ng／ml（0.2nM）に維持された。ペプチドは、抗原被膜のELISAプレートに加える前に、室温で１時間、７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体でプレインキュベートした。ＲＧＤ−２１：ＮＨ₂−ＰＳＹＹＲＧＤＡＧＰＳＹＹＲＧＤＡＧ−ＣＯＮＨ₂（配列番号３２）とＣＹＴ−３７９：ＮＨ₂−ＳＹＧＲＧＤＶＲＧＤＦＫＣＴＣＣＡ−ＣＯＮＨ₂（配列番号３３）のアミノ酸配列を有する追加の対照ペプチド（アミド形態）も評価した。ここでは、これらの対照ペプチドを対照ペプチド１と対照ペプチド２と呼んでいる。配列番号31（アミド形態）と２個の対照ペプチド、対照ペプチド１と対照ペプチド２の、別のモノクローン抗体、つまり、メリーランド州ペセスダのＮＩＨ国立ガンセンターのジェフリー・シュロムから入手したＢ１３９の競争して抑制する能力も評価した。Ｂ１３９モノクローン抗体は、ヒトの上皮細胞と反応するミューレインＩｇＧ_Iモノクローン抗体で、７Ｅ１１−Ｃ５抗体により認識する抗原とは異なる抗原をＬＮＣａＰ抽出物の中に認識する。９ng／mlの濃度で、Ｂ１３９モノクローン抗体を使用した。得られた結果を第13図に示す。第13図に示すように、配列番号31（アミド形態）は、抗体のペプチドと一価の結合部位の約400対１のモル比に対応する約160nMのＩＣ₅₀で、７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体のＬＮＣａＰ抽出物への結合を効果的競争的に抑制した。対照ペプチド１と対照ペプチド２の二つの対照ペプチドは、７Ｅ１１−Ｃ５抗体と効果的に競合しなかった。その上、配列番号31（アミド形態）、対照ペプチド１と対照ペプチド２のいずれも、アイソトープ整合対照Ｂ１３９モノクローン抗体の結合を競合的に抑制しなかった。ここに提示した結果に基づき、配列番号31（アミド形態）が７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体の抗原結合部位を特異的に認識し、実際には、エピトープを模倣することが明らかである。別の一連の実験において、非活性化により形態が制約された場合の、特異的に７Ｅ１１−Ｃ５に結合する配列番号31（アミド形態）の能力を次の手順で評価した： 10％ＰＢＳ（ダルベッコ、pH7.2、ハゼルトン）に希釈したペプチドを、ポリ塩化ビニールプレート上に吸収させて固定させた。配列番号31（アミド形態）を 0.5、５、50または500μｇ／mlで、10％ＰＢＳにおいて希釈した。同じ濃度範囲の10％ＰＢＳの対照ペプチドが対照の役割りを果たした。容積50μｌの試験又は対照のペプチド溶液を各ウェルに加えて、４℃で一晩インキュベートした。ペプチド溶液を取り除き、10％ＢＳＡ−ＰＢＳをブロック溶液として加えた。７Ｅ１１− Ｃ５モノクローン抗体又は対照Ｂ１３９モノクローン抗体を1.7から10,000ng／m lの濃度範囲で加え、プレートを室温で１時間インキュベートした。結合された７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体を前記のように、抗マウスＩｇＧ_I−ＨＲＰで検出した。固定化配列番号31（アミド形態）の濃度が0.5μg／mlから500μｇ／mlに変化した時に得た結合分析評価の結果を第14図に示している。７Ｅ１１−Ｃ５の量依存結合が試験したすべてのペプチド濃度において観察された（第１４図）。さらに第14図に示すように、配列番号31（アミド形態）への最適抗体結合は、配列番号31（アミド形態）の５μｇ／ml溶液で塗布されたプレート上に発生した。７Ｅ１１−Ｃ５モノクローン抗体に対する固定化配列番号31（アミド形態）の特異性も、固定化の配列番号31（アミド形態）を有するELISAプレートのウェルを接触させ、７Ｅ１１−Ｃ５抗体又は非関連Ｂ１３９抗体（対照抗体）のいずれかで４℃で一晩、50μｌのペプチドでインキュベートして評価した。第15図に示しているその結果は、７Ｅ１１−Ｃ５抗体が配列番号31（アミド形態）被膜プレートに特異的に結合し、Ｂ１３９抗体が配列番号31（アミド形態）被膜プレートに結合しなかったことを実証している。さらに、ELISAプレート上で固定化すると、無関係の対照ペプチド１と対照ペプチド２は、試験したいずれの抗体にも結合しなかった（データは示していない）。得た結果に基づき判断して、７Ｅ１１−Ｃ５結合ＴＳＡＲ及びかかるＴＳＡＲの一部を構成する配列番号31などのペプチドは、免疫反応分析試料の開発や７Ｅ１１−Ｃ５抗体の親和性クロマトグラフィーの開発に有効なはずである。前記に説明のように、このようなＴＳＡＲ組成は、７Ｅ１１−Ｃ５抗原のエピトープの説明に有効であったが、関係する抗原が前立腺ガンや正常前立腺に対して高度に制約されているため、前立腺切開を受けている患者又は前立腺切開後の患者に対する前立腺ガン用ワクチンの制作に有用なエピトープのミメトープの制作にも有効である可能性がある。さらに、ＴＳＡＲ組成は、７Ｅ１１−Ｃ５抗体の商業生産における品質管理分析評価のフォーマット化においても有益であった。７．３ＴＳＡＲ結合金属の確認別の一連の実験において、ＴＳＡＲライブラリーを、亜鉛、銅、ニッケルなどを含む選択されたリガンドとしての金属イオンに対して結合特異性を有するタンパク質／ペプチドに対して選別した。特定の実験において、固定化された金属アフィニティークロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）を使用した。このクロマトグラフィーにおいて、イミノジ酢酸セファロースは、三座方式でＺｎ⁺²を配位し、固定し、及び、他のリガンドとの相互作用のための残りの配位部位を提供する働きをする。ＴＳＡＲ−９の無作為ペプチドライブラリーを次の手順でＩＭＡＣクロマトグラフィーにかけた。0.5mlの床容積イミノジ酢酸（ＩＤＡ）セファロース（シグマ・ケミカル社）のカラムを、１ mlの殺菌二重蒸溜（ｄｄ）Ｈ₂Ｏで洗浄し、ｄｄＨ₂Ｏにおいて５mlの10mM ＺｎＣｌ₂を充填し、次に３mlの殺菌ｄｄＨ₂Ｏを付加し、10mlの10mMトリス−ＨＣｌ、150mM ＮａＣｌ、0.1％のツィーン20、pH7.5（Ｔ１０ＮＴ）で平衡化して、Ｚｎ（II）ＩＤＡカラムを作った。10¹²pfuのＴＳＡＲ−９無作為ペプチドライブラリーをＺｎ（II）ＩＤＡカラムの上を通過させ、10ml Ｔ１０ＮＴで洗浄した。結合ファージを500μｌ 200mMのグリシン−ＨＣｌ、pH2.2で溶離し、次にpH を500μｌ１Ｍのリン酸塩バッファー、pH7.5＋１ml Ｔ１０ＮＴで中和させた。溶離したファージをさらに２回選別にかけ、その結果をE.coliＤＨ５αＦ′の上で一晩成長させることにより増幅した。Ｚｎ−結合ＴＳＡＲを発現する単離ファージをバイアス無しで選別し、一晩増殖し、ＴＳＡＲをコードするＤＮＡを配列化した。亜鉛結合ファージによりコードされたＴＳＡＲの結合ドメインのアミノ酸配列を表２に示す。表２は、Ｚｎ（II）結合ＴＳＡＲの結合ドメインの推論アミノ酸配列を示している。ＴＳＡＲペプチドのアミノ酸配列は、有意の直線一致動因を明らかにしていないが、そのアミノ酸組成は、その位置を無視して考えると、顕著なバイアスを示している。入力ＴＳＡＲ−９ライブラリーのアミノ酸組成と比較して、クローンは、ヒスチジン（ｐ＜２×10^-17）及びプロリン（ｐ＜0.05）の豊富な残留物を統計的に有意に共有し、並びにアラニン（ｐ＜0.08）、バリン（ｐ＜0.09）、ロイシン（ｐ＜0.0003）及びシステイン（ｐ＜0.00008）の残留物の不足を統計的に有意に共有している。入力ＴＳＡＲ−９ライブラリーに観察されたアミノ酸組成は、これらの計算の基準となるため、これらのバイアスの原因はＺｎ（II ）−ＩＤＡ選択過程にあるものとしなければならない。Ｚｎ（II）−ＩＤＡ選択ペプチドに関連する最高に劇的なバイアスは、ヒスチジンに対して3.6倍の富化と8.5倍のシステイン残基の抑制であった。無作為で選択されたＴＳＡＲ−９クローンに表示されたペプチドには、平均で1.73±1.44（平均±標準偏差）のヒスチジンと1.23±1.19のシステイン残基が含まれ、Ｚｎ（ II）−ＩＤＡ選択ファージに表示されたペプチドには平均で、6.21±1.13ヒスチジンと0.16±0.50のシステインが含まれている。in vivo［ベルグ、1988、Proc ．Nat'l．Acad．Sci．USA 85:99-102（ベルグ、1988年）］及びＩＭＡＣ［イップ等、1989年、Anal.Biochem．183:159-171（イップ）］の両方において、金属配位におけるヒスチジン残留物の重要性が良く記述されている。システイン残留物はin vivo［ベルグ、1990年、Ann．Rev．Biophy．Bio-chem，19:405-421（ベルグ、1990年）］におけるタンパク質により、Ｚｎ²⁺配位に参与しているが、観察されたシステインの不足は、イップの計算による、ＩＭＡＣにおけるペプチド保持にシステインの貢献度が小さいことと一致している。アーノルド（1991年、Biotechnol．9:151-156）は、システインは、金属イオンの存在下酸化して、二硫化物ブリッジを形成し、固定化金属との相互作用に役にたたなくなる傾向があるため、システインがＩＭＡＣにおける保持に貢献しない可能性を示唆している。システイン残基が選択されないことはそのような影響で説明することが可能であるが、システインの劇的な抑制はさらに説明を必要とする。二硫化物結合がＺｎ（II）−ＩＤＡとの安定相互作用との不適合な形態にペプチドを制約する傾向がある可能性がある。表面的には、Ｚｎ（II）−ＩＤＡ選択ファージ上に発現されるペプチド内のアミノ酸の分布の一部の側面が非無作為的に見える。この可能性を調査するため、複数の統計学的試験を行った。この試験において、ｎ＋１、ｎ＋２、ｎ＋３又はｎ＋４の位置（ヒスチジン残基との関係で）で発見された特定のクラスの観察されたアミノ酸の数と無作為分布を想定して見込まれる数と比較した。相互のヒスチジン残留物の分布に統計学的に有意なバイアスは発見されなかった。同様に、集団として芳香族側鎖（フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン）を有するアミノ酸、集団として脂肪族側鎖（グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン）を有する残基、及びプロライン残基は、ヒスチジンとの関係で無作為的に分布しているようである。最後に、無作為ペプチドにおけるヒスチジンの位置分布に有意なバイアスは見られない。異なる特性に基づき、表２に記載のＴＳＡＲから４個−Ｚｎ１Ａ１、Ｚｎ１Ａ６、Ｚｎ１Ａ１２、Ｚｎ１Ｂ８（配列番号49、50、51、52）選択して、クロマトグラフによる特性検査を行った。ＴＳＡＲを選択して、変異挿入物内におけるヒスチジン残基の豊富な量と分布の範囲を表すことを試みた。Ｚｎ１Ａ１とＺｎＬＡ６には、それぞれの無作為ペプチド内にヒスチジンが７個あり、Ｚｎ１Ａ１２とＺｎ１Ｂ８には、それぞれヒスチジンが８個及び５個ある。Ｚｎ１Ａ１２とＺｎ１Ｂ８には、予測されないペプチド内部に良く分布したヒスチジンがあり、Ｚｎ１Ａ１とＺｎＬＡ６のヒスチジンはそれぞれ相対的、例外的に集団になっている。Ｚｎ（II）−ＩＤＡ選択ＴＳＡＲＢに相対的結合を定量化するため、各ＴＳＡＲコード化ファージをＺｎ（II）−ＩＤＡにわたりクロマトグラフ処理した。ファージについて、画分を３個集めて、滴定濃度にした。洗浄（未結合）、溶離（結合、溶離）、コラム（結合、未溶離）。この方法で画分すると、各ＴＳＡＲ結合ドメインは、非選択ファージクローンにわたり、少なくとも４ログ富化を一貫して表示した（データ表示無し）。さらに、各クローンは、回収ファージの15％（Ｚｎ１Ａ１として）から85％（Ｚｎ１Ｂ８として）の範囲の一貫した程度の保持を示した。Ｚｎ１Ｂ８は、その結合ドメイン内にあるヒスチジンが最少のため、ヒスチジンの絶対数がＺｎ（II）−ＩＤＡに対する結合の効率の唯一の決定要素ではないようである。ヒスチジン残留物を分離する配列も、直接的（配位金属により）あるいは間接的（ヒスチジン／金属相互作用に影響を及ぼすことにより）に、保持に貢献するに違いない。複数の研究（ヘムダン等、1989年、Proc. Nat'l．Acad．Sci.，USA 86:1811-1815;イップ）がＩＭＡＣによるタンパク質保持は、主に表面ヒスチジンの数により決まるとの結論を出しているが、別の機能群も結合に貢献することが示されている（イップ）。さらに、ヒスチジンの分布が最大のＴＳＡＲ（ＺｎＡ１２）とＺｎ１Ｂ８がＺｎ（II）−ＩＤＡによる保持が最低であることを示すことが実験により実証されている。この観察結果は、無作為ペプチド内にヒスチジン相互に統計学的に有意な位置バイアスが検出されなかった事実に一致している。恐らく隣接するヒスチジン残留物の配位幾何学は分離しているヒスチジン残留物より好ましくないため、長さｎのポリヒスチジンの結合に対する貢献度が予測されないペプチド内に無作為に散乱するｎ個のヒスチジンより低いことは妥当なようである。識別されたＺｎ−結合タンパク質の結合特異性を、Ｚｎ⁺²、Ｃｕ⁺²又はＮｉ⁺ ２が付加されているＩＤＡカラムを用いてクロマトグラフィーにより評価した。１mlの100mMトリス−ＨＣｌ、150mM ＮａＣｌ、0.1％ツィーン−20,，pH7.5（Ｔ１００ＮＴ）における特定のＺｎ−結合ファージ（１×10¹¹pfu）をＺｎ（II） −、Ｃｕ（II）−又はＮｉ（II）−ＩＤＡカラムに入れ、前記のようにカラムを洗浄した。ただし、Ｔ１００ＮＴをＴ１０ＮＴの代わりにした。カラムを酸−Ｚｎ⁺²（Ｔ１００ＮＴにおいて２ml 100mM ＺｎＣｌ₂、pH7.5）又はイミダゾール（Ｔ１００ＮＴにおいて２ml 100mM イミダゾール、pH7.5）で溶離した。３個の画分を集めて、ファージの存在に対して滴定濃度にした。洗浄画分（■）、ムマトリックス（□）。その結果を第16図ＡとＢに示す。第16図ＡとＢに示すように、Ｚｎ結合ＴＳＡＲもＣｕ（II）−ＩＤＡに結合し、それよりも程度は小さいがＮｉ（II）−ＩＤＡにも結合する。さらに、第16図Ｂに示すように、Ｚｎ結合ＴＳＡＲは、充填されていないＩＤＡ−セファロースにより保持されず、Ｚｎ（II）、つまり、Ｔ１００ＮＴ中のＺｎＣｌ₂（pH7.5）で溶離された。Ｚｎ⁺²結合に対して前記のように、Ｃｕ⁺²及びＮｉ⁺²の結合ＴＳＡＲについてＴＳＡＲ−９ライブラリーをスクリーニングした。ただし、ＩＭＡＣにはＣｕ⁺² 又はＮｉ⁺²を充填した。表３及び４表に、銅（Ｃｕ⁺²）結合ＴＳＡＲとニッケル（Ｎｉ⁺²）結合ＴＳＡＲの結合ドメインのアミノ酸配列を示している。得られた結果に基づき、金属イオン結合ＴＳＡＲとかかるＴＳＡＲの一部から成るペプチドは、例えば、各種のタンパク質やペプチドの親和性クロマトグラフィー精製法の開発に有効であるはずである。ある特定の用途において、金属イオン結合ＴＳＡＲ（又はその一部）が化学的に、あるいは、再結合法により、合成中のタンパク質に取り付けられる。金属イオンはカラム上で固定化され、カラムは反応混合物、培地又は細胞抽出物からの所望のタンパク質の精製に効率的に使用される。別の用途では、金属イオン結合ＴＳＡＲ（又はその一部）が親和性カラムに結合され、有毒排水又は患者血液サンプルなどの生物学的液体などの溶液からＺｎ（II）、Ｃｕ（II）又はＮｉ（II ）などの有毒重金属イオンの除去に使用される。さらに別の用途では、例えば、クロモフォアル・トリプトファンを化学的又は再結合法により、湖、河、工業排水、血液やリンパ液などの生物学的液体の水性見本あるいは液体見本における、Ｚｎ（II）、Ｃｕ（II）、Ｎｉ（II）などの金属イオンの存在の検出に有益に使用するバイオセンサーに有効な金属イオン結合ＴＳＡＲ又はその一部に取り付けることができる。７．４ポリクローナル抗体を結合するＴＳＡＲの確認別の一連の実験において、ＴＳＡＲ−９ライブラリーをポリクローナル抗体、つまり、ヤギ抗マウスＦｃ抗体（ＧＡＭ）に対して結合特異性を有する、発現されたタンパク質／ペプチドに対して、７．１に記載のスクリーニング法を用いて選別した。ＴＳＡＲ−９ライブラリーをポリクローナル抗体で次の手順で選別した。親和性精製、ヤギ抗マウスＦｃポリクローナル抗体（ＧＡＭ）をシグマ・ケミカル社（ミズリー州セントルイス）から購入し、磁気ビーズ（マサチューセッツ州ケンブリッジ、アドバンスド・マグネチック）でインキュベートした。ＧＡＭ被膜の磁気ビーズをＴＳＡＲ−９ファージで１時間から２時間、回転しインキュベートした。ＧＡＭに対して結合親和性を有するＴＳＡＲを発現するファージを、強力磁石を用いて結合ファージＧＡＭビーズ複合体を除去して分離した。結合ファージを酸溶離、つまり、50μｌ 200mMグリシンＨＣｌ、pH2.2、次いで100μｌ１ＭＮａＨＰＯ₄、pH7.0を行って、ビーズ複合体から取り除いた。ＧＡＭ結合ＴＳＡＲの推測アミノ酸配列をＤＮＡ配列により決定した。ＧＡＭ結合ファージによりコードされたＴＳＡＲの結合ドメインのアミノ酸配列を表５に示している。表５に示しているＧＡＭ結合ＴＳＡＲのすべてが、他のヤギ抗マウスポリクローナル抗体で被覆した磁気ビーズに結合しなかった（データは示されていない）。このような結果は、ポリクローナル抗体が、一つずっ特異性が異なることを示唆している。それゆえ、ＴＳＡＲをポリクローナル抗体の結合に有効にする場合は、個々の患者毎にスクリーニングを行うべきであり、このスクリーニングは、高速法と発明のライブラリーを用いて効率的に行うことができる。表５に提示のＴＳＡＲ配列を検討すると、ＲＴ（Ｉ／Ｌ）（Ｓ／Ｔ）ＫＰの３個のＧＡＭ結合ＴＳＡＲが一致していることが示唆される。ゲンバンク（Gen Ba nk）を検査して、マウスγ−２ａとγ−３の重ポリペプチド鎖（ＲＴＩＳＫＰ；ａａ２１６−２２１）のＦｃ領域内にこの配列が存在していることが明らかになった。それゆえ、この方法によりマップされる親和性−精製ヤギポリクローナル抗体の主要標的の一つは、マウス免疫グロブリン重鎖における不連続領域のようである。おもしろいことに、この領域は脊髄動物の間で異なっている。表５に提示の残りのＧＡＭ結合ＴＳＡＲは、他の３個のＧＡＭ結合ＴＳＡＲとは異なり、ヤギ抗マウスＩｇビーズに効果的に結合する。挿入配列のどの部分（つまり、一次側、二次側）が結合させるのか明らかでない。注目すべきこととして、このＴＳＡＲの一次側配列が、検査したマウス免疫グロブリン配列に整合しないことである。得られた結果に基づき、ＧＡＭ結合ＴＳＡＲ及び配列番号64−67などの、かかるＴＳＡＲの一部を構成するペプチドは、他の種に対する交差反応を回避する特定の抗マウス抗体を商業的に調製するために有益であるはずである。さらに、ＴＳＡＲＧＡＭバインダーは、免疫性のマウス抗体の特異的領域の説明に有効であった。この情報は、ヒトのin vivoに使用する修正マウス抗体の設計に有効であり、このような免疫性配列が不足している修正抗体がヒト抗マウス抗体（ＨＡＭＡ）反応の頻度を減少させるはずである。７．５ＴＳＡＲと結合したＣ４６抗体の識別さらに他の一連の実験で、発がん性が未発達の抗原（ＣＥＡ）のモノクロナール抗体、即ち、抗ＣＥＡのＣ４６抗体に対する結合特異性を有する発現された蛋白／ペプチドについて、ＴＡＳＡＲ−９ライブリーのスクリーニングを行った（ Rosenstrausら、1990、Cancer Immunol，Immunother．32:207-213参照）前記７．２節に示したように、Ｃ４６モノクロナール抗体と結合する蛋白／ペプチドについて、ＴＳＡＲ−９ライブラリーをスクリーニングした。ただし、７Ｅ１１−Ｃ５モノクロナール抗体の代わりに用いられているモノクロナール抗体Ｃ４６を除く。Ｃ４６モノクロナール抗体に特異な結合親和性を示すＴＳＡＲでコードした２個の組み換えファージを一貫性を持つように分離した。これらのファージは抗前立腺腫瘍抗体７Ｅ１１−Ｃ５、又は、１８Ｆ７抗体とは結合しなかった。１８Ｆ７抗体は、自己免疫疾患である全身性紅斑性狼瘡のマウス・モデルと関連するＳｍ抗原を認識するモノクロナール抗体である（７．６節以降参照）。Ｃ４６結合ファージによりコードされたＴＳＡＲの結合領域のアミノ酸配列を表６に示す。特定された２個のＣ４６を結合したＴＳＡＲのアミノ酸配列は、お互いの明白な類似性が小さいか、無かった。当初、Barnettら、1988、Genomics 3:59-66で発表されているヒトＣＥＡの配列と比較したとき、配列番号１６について指摘されている独自性が小さいか無かった。他方、配列番号６８の短い領域、即ちアミノ酸残渣２２−２５に位置するＩＤＶＬは、ＣＥＡ蛋白上の短い領域、即ち、アミノ酸残渣５８６−５９０のＬＤＶＬと一致していた。そうではあるが、そのような４アミノ酸ロング・モチーフ［中心的模様が長い部分］はＴＳＡＲライブラリーからもっと頻繁に分離されるはずという事実にたって、Ｃ４６抗体により認識されたエピトープは単純で無いように見える。Ｃ４６を結合したＴＳＡＲが、Ｃ４６抗体の抗原結合部位を認識する能力を以下のようにＥＬＩＳＡ分析を用いて評価した。マイクロ滴定用のディッシュ・ウエルにＣ４６モノクロナール抗体（100ｍＭのＮａＨＣＯ₃中に５ｇ／ｍｌ、ｐＨ8.5）50μｌに４℃で２時間塗布した。そのウエルに50μｌのＢＳＡ（100ｍＭのＮａＨＣＯ₃。中に１ｇ／ｍｌ、ｐＨ8.5）を加え、ウエルを30分間室温で放置した。ウエルをＰＢＳ−0.05％Ｔｗｅｅｎ 20で洗浄した（５ｘ）。各ウエルに25μｌのどちらかのＣ４６結合のファージ（Ｃ４６．９−１又はＣ４６．９−２）25μｌ及び高純度ＣＥＡの量を増加させて（１、25、250、2500 ｎｇ）加えた（ＳｃｒｉｐｐｓＣｌｉｎｉｃ）。室温での２時間の放置の後で、ウエルをＰＢＳ−0.05％Ｔｗｅｅｎ20で洗浄した（10ｘ）。次に、200ｍＭのグリシンＨＣｌ（ｐＨ2.2）25μｌをウエルに加え、室温で５分間放置した。次にその液を、１ＭのＮａＨＰＯ₄が50μｌ入っている新しいマイクロ滴定用ディッシュ・ウエルに移した。次に、ウエルの内容物を連続的に希釈し、アリコートをプラークをカウントするために放置した。結果を図17に示す。図17に示すように、ＣＥＡは、Ｃ４６抗体と結合するために、両方のＣ４６結合のＴＡＳＲと効果的に競争していた。Ｃ４６．９−２結合のＴＳＡＲ、即ち配列番号６９の結合領域内の一連の重なるように８分割（８−ｍｅｒ）したペプチドを合成して、Ｃ４６モノクロナール抗体との反応性を調査した。合成された８分割ペプチド（８−ｍｅｒｓ）のアミノ酸配列は以下の表６ａに示す。より具体的には、「ペプチド・オン・ピン」（Chiron Mimotopes，Victoria， Australia）として入手した合成８分割標本を、メーカーが示唆した通りにＥＬＩＳＡ分析を用いて、潜在的なエピトープ及びミモトープを特定するために評価した。メーカーの指示に基づいて、Ｃ４６モノクロナール抗体と共に、特定の「ペプチド・オン・ピン」を放置した。ウエルを洗浄し、アルカリ・ホスファターゼと結合したヤギの抗マウス抗体と共に放置した。ｐ-ニトロフェニル・ホスフェート（U.S．Biochemicals，Cleveland，OH）を用いた色反応が開発された。ウエルを405ｎｍの波長で、ＥＬＩＳＡプレート・リーダーを用いて走査した。ＥＬＩＳＡ分析の結果を図18に示す。図18に示すように、Ｃ４６．９−２から得られた１個の特定８分割標本即ち配列番号157がＣ４６抗体と有意な反応性を示した。他の８分割標本のどれもＣ４６抗体と有意な反応性を示さなかった。最初に、Barnettら（前記）が発表している既知のＣＥＡの配列と比較したときに、配列番号69について気づいた独自性は小さいか無かったけれども、Ｃ４６抗体と有意な反応性を持つ８分割標本のアミノ酸配列、即ち、配列番号157は幾分、ヒトＣＥＡに存在する配列SNPSPQYSW（配列番号175）と類似している（Bern ettら、前記参照）。ＣＥＡのアミノ酸配列全体に散在するいくつかのジペプチドは配列番号157と指定された８分割標本に示されている。そのような類似性及び図18に示されている結果に基づいて、今回の方法を用いて特定した８分割標本は、ＣＥＡの不連続エピトープの直線的表示であるように見える。同様に、Ｃ４６．９−１、配列番号68の結合領域内で、分析用の重なっている８分割標本のペプチドがペプチド・オン・ピンとして合成され、Ｃ４６モノクロナール抗体との反応性について評価された。８分割標本のどれもＣ４６抗体との有意な反応性を示さず、結合に重要な残渣が単純８分割ペプチド内で表示できないことが示された。Ｃ４６．９−１ペプチドとＣ４６の結合は不連続エピトープによる可能性がある、又は、特殊な適合性を必要とする可能性がある。このことは、本方法が抗体結合部位の不連続なエピトープ又はミモトープを特定するのに極めて有用であることを示している。不連続エピトープは変性及び（又は）還元条件により悪影響を受けることがある。それで、そのような条件下では、標的の抗原にも結合しなくなる。種々の濃度（220ｍＭ、100ｍＭ、80ｍＭ、60ｍＭ、40ｍＭ、20ｍＭ、０ｍＭ）のジチオテレイトール（ＤＴＴ）で変性されたＣＥＡへのＣ４６モノクロナール抗体の反応性を評価した（各試験について、１μｇのＣＥＡ、１μｇのＣ４６を使用）。約 80ｍＭ以上の濃度で、還元し、ＤＴＴで処理されたＣＥＡへのＣ４６の結合は検出されなかった。他の実験では、ＣＥＡはヨードアセトアミドでアルキル化され、次に種々の濃度のＤＴＴ（０、20、40、80、160ｍＭ）で還元された。アルキル化と還元を行ったＣＥＡのＣ４６抗体への結合をＥＬＩＳＡ分析形式のヤギの抗マウスアルカリ・ホスファターゼニ次抗体を用いて分析した。40ｍＭ以上のＤＴＴの濃度で、アルカリ化と還元を行ったＣＥＡの結合は著しく減少した。そのような結果はＣＥＡに不連続のエピトープが存在することと一致していて、配列番号 68を有するＴＳＡＲと指定したＣ４６．９−１と結合したＣ４６のアミノ酸配列により十分に模擬化しうる。得られた結果に基づいて、ＴＳＡＲ、及び、例えば、配列番号68-69のようなＴＳＡＲの部分から成っているペプチドと結合しているＣ４６は免疫反応性の分析法の開発に、又、Ｃ４６抗体の親和性の精製に有用なはずである。上記のように、そのようなＴＳＡＲの合成は、例えば、結腸直腸、卵巣又は乳がんに対するワクチン調製に有用なエピトープのミメトープ調製にも有用であろう。さらに、ＴＳＡＲの合成は抗ＣＥＡ抗体特にＣ４６の商用生産のための品質管理用分析法形成にも有用であろう。７．６．ＴＳＡＲと結合した抗Ｓｍ抗体の識別更に他の一連の実験で、以下のように、マイクロ滴定用プレート形式でＥＬＩＳＡ分析を用いて（Debra Bloom and Stebe Clark，University of North Carol ina，Chapel Hill，NCからの贈与として入手した）自己免疫疾患である全身性紅斑性狼瘡のマウス・モデルと関連するＳｍ抗原のＳｍＢ蛋白を認識する２種のモノクロナール抗体の一方に対して結合特異性を有する発現蛋白／ペプチドについて、ＴＳＡＲ−９及びＴＳＡＲ−１２ライブラリーを調査した。 50μｌのＳｍ抗体を100ｍＭのＮａＨＣＯ₃、ｐＨ8.5で、１μｇ／ｍｌに希釈して、マイクロ滴定用のプレート（Corning）のウエルに入れた。プレートは４ ℃で一晩放置した。100μｌのＢＳＡ溶液（100ｍＭのＮａＨＣＯ₃、ｐＨ8.5で１ｍｇ／ｍｌ）を加え、プレートを１時間室温で放置した。マイクロ滴定用のプレートを空にし、ウエルをスクイーズ・ボトルを用いて、ＰＢＳ−0.05％Ｔｗｅｅｎ 20で注意深く洗浄した。プレートは５回洗浄し、未結合の抗体を除去した。次に、25μｌのファージ溶液を各ウエルに導入し、プレートを室温で１−２時間放置した。マイクロ滴定用プレートの内容物は除去して、スクイーズ・ボトルを用いて、ＰＢＳ−０．０５％Ｔｗｅｅｎ20を注意深くウエルに満たした。プレートは未結合のファージを除去するために５回洗浄した。プレートは洗浄溶液と共に20分間室温で放置して、結合ファージが高い分離係数で除去できるようにした。次に、ウエルを５回を超える回数洗浄して、残っている未結合のファージを除去した。ウエルに結合したファージはｐＨ変化による溶出により回収された。50ｍＭのグリシンＨＣｌ（ｐＨ2.2）50マイクロリットル、10ｍｇ／ｍｌのＢＡＳ溶液を添加してウエルを洗浄し、蛋白を変性させ、結合ファージを除去した。次に、5 −10分後、内容物を清浄なチューブに移した。そして、１ＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ7.5）又は１ＭのＮａＨ₂ＰＯ₄（ｐＨ７）100μｌを添加して、ファージ・サンプルのｐＨを中性化した。次に、ファージを10^-3から10^-6に希釈し、サンプルのプラーク形成単位数を決定するために、アリコートに大腸菌のＤＨ５αＦ’ 細胞を塗布した。ある場合に、プラークの色判別のためにＸＧａｌ及びＩＰＴＧの存在下で、塗布が行われた（即ち、ｌａｃＺ⁺プラークはブルー、ｌａｃＺ^-プラークは白）。入力サンプルの滴定も比較のために行われた（希釈は一般に10^-6 又は10^-9）。順調な結果を得たスクリーニング実験では、一般に、連続的スクリーニングを３回行った。連続スクリーニングは以下のように行った。第１に、ライブラリーをスクリーニングし、回収されたファージを直ちに再スクリーニングした。第２に、第２回の後で回収されたファージはManiatisに基づいてプレート増殖をした。〜５ｍｌのＳＭＧでプレートをおおって、４℃で一晩放置することにより、ファージをＳＭＧに分離した。第３に小さな部分標本をプレートから採取して再スクリーニングした。回収したプラークは低密度に塗布して、個々の分析のために分離したプラークを作成した。個々のプラークを爪楊枝で取り出し、２ｘＹＴ内の大腸菌Ｆ’細胞の培地に移した。37℃で一晩の培養の後、培地は遠心分離で分離した。上澄み液を清浄なチューブに移し、ファージ原料として保存した。全体として、４℃で安定させた時、10¹²pｆｕ／ｍｌの滴定値になった。次に個々のファージの部分標本について、抗体が結合しているＥＬＩＳＡプレートと結合し、かつ、他のプレート・ウエル（即ち、ＢＳＡを塗布したミクロ滴定用ウエル又は種々の対照用抗体を塗布したウエル）に結合しないかどうか再検査した。抗Ｓｍの１８Ｆ７の抗体を結合しているファージによりコードされたいくつかのＴＳＡＲの結合領域のアミノ酸配列を表７に示す。抗Ｓｍの２２Ｇ−１２の抗体を結合しているファージによりコードされたいくつかのＴＳＡＲの結合領域のアミノ酸配列を表８に示す。たＴＳＡＲのアミノ酸配列は、５Ｂ蛋白内の配列ＲＶＰを除いて、主要なＳｍ抗原に主要な共通配列ないし類似性が無いことを示している。そうではあるが、モチーフ、即ち、ＤＧＶＰ、ＮＸＲＶＰ、ＬＮＰ（Ｈ／Ｙ）（Ｉ／Ｌ）（Ｌ／Ａ）があり、ＴＳＡＲをコードしているいくつかのファージ内に存在しているように見える。非モチーフ・配列も分離された。これらの予備データから、抗原は不連続エピトープを認識していること又は異なるモチーフが同じ又は類似の構造をとれることを創造させる。表８に示されている抗Ｓｍの２２Ｇ１２を結合しているＴＳＡＲのアミノ酸配列はモチーフのＥ（Ｖ／Ｌ／Ｒ）（Ｎ／Ｆ／Ｎ）ＲＹＰ及び非モチーフの配列も示している。７．７ＴＳＡＲを結合しているストレプタビジンの識別他の一連の実験で、ＴＳＡＲ−９及びＴＳＡＲ−１２ライブラリーをスクリーニングして、ストレプタビジン（ＳＡ）の結合特異性を有する発現蛋白／ペプチドを探した。ＳＡを塗布した磁気ビーズ（Advanced Magntics，Cambridge，MA）に結合するライブラリーからファージを分離した。チューブに移して、60分間放置した後で、ファージとビードの複合体を強力磁石で回収した。結合ファージは前記７．１節に示したように、200ｍＭのグリシンＨＣｌ（ｐＨ２．２）で回収し、ｐＨ7.0で中性化した。さらに２回の精製の後で、個々のプラークを分離した。（ＳＡへの結合ファージスクリーニングで除外された）非結合ファージと比較して、回収したファージの大部分がＳＡへの結合が＞10⁵倍高かった。２回のスクリーニング実験で、個々のＴＳＡＲを結合しているＳＡがＴＳＡＲ −９ライブラリーから１倍から20倍回収され、２種類のクローンが分離された。ＴＳＡＲ−９ライブラリーから分離されたファージを結合したＳＡによりコードされたＴＳＡＲの結合領域のアミノ酸配列が表９に示されている。ＴＳＡＲ−１２ライブラリーから分離されたＳＡ結合ファージについては対応する配列は決定されなかった。表９は結合ファージが２分類に分類できることを示している。第１に、ＳＡと結合したペプチドの大部分がコンセンサス・モチーフＨＰ（Ｑ／Ｍ）Θを共有している（ここでΘは非極性のアミノ酸を示す）。コンセンサス・配列はランダムな15のアミノ酸ファージのライブラリー（Devlinら、1990、Scienc e 249:404-406）及びビーズ上の合成ペプチド（Lamら、1991、Nature 354:82-84 ）を用いて決定されたものと類似している。ＨＰ（Ｑ／Ｍ）Θモチーフはファージ・インサートの種々の部位で発見できる。さらに、このモチーフは多くの場合（即ち、69％）、アミノ酸Ｐ又はＤによりＣＯＯＨ側の側面に位置する。第２に、、コンセンサス・配列が欠けていて、お互いに明白な類似性を有していないＳＡ結合ペプチドの小分類がある。そのような分類はＳＡ結合親和性でスクリーニングした他の小規模ライブラリーの説明では報告されていない。表９に示したＳＡ結合ＴＳＡＲのアミノ酸配列を検討すると、（１）−を非極性アミノ酸残基であるものとして１つのコンセンサスモチーフつまりＨＰ（Ｑ／Ｍ）（-）を共有する13のタンパク質のグループ（「モチーフ」タンパク質）と（２）このようなコンセンサスモチーフを共有しないタンパク質の小さいグループ（「非モチーフ」タンパク質）、という２つの別々のクラスにタンパク質を分類することが可能であるということがわかる。このモチーフは、無作為のオリゴヌクレオチドコーディング配列の長さ全体にわたりさまざまな位置に見られる。非モチーフタンパク質は、アミノ酸配列に関して、相互間で又はモチーフタンパク質との間で見かけの類似性を全くもたない。ＳＡに対するファージの相対的結合を比較するため、ファージのうちのいくつかをＬａｃＺ⁺（青色）に変換させ、その他のＬａｃＺ（白色）ファージと混合させた（１：１）。モチーフＳＡ結合ＴＳＡＲｓは同等に良好に結合すると思われ、一方非モチーフＳＡ結合ＴＳＡＲｓは、モチーフＳＡ結合ＴＳＡＲｓより約５倍良好に結合した。ストレプトアビジンに対する同定されたタンパク質の結合の特異性は、ジアミノビオチン、イムノビオチン、リポ酸及びイミターザリドンを含む、ビオチンといくつかのビオチン類似体による結合阻害を評価することによって調査された。ＳＡ−１，−２，−４及び−１４（配列番号116、114、104及び117）という。表９に示された４つの代表的ＴＳＡＲを評価した。ストレプトアビジンに対する代表的ＴＳＡＲｓの各々との結合は、テストされたビオチン及び全てのビオチン類似体によって完全に阻害された。それぞれ約0.2，３，1050及び5000μＭのＩＣ₅₀値が観察された。さらに、４つの代表的ＳＡ−結合剤を用いて、アビジンに対するＳＡ結合ＴＳＡＲの結合が評価された。ＳＡ及びアビジンが各々ビオチンに対する親和性をもつ構造的に類似したタンパク質であるにせよ、ＳＡ結合ＴＳＡＲｓのいずれも、未変性又は非グリコシル化アビジンに対し結合することはできなかった（Accura te Chemicals，Westkury，NY）。かくして、結合ドメインは、選択したリガンドに対する高い特異性を有すると思われる。得られた結果に基づくと、ストレプトアビジン結合ＴＳＡＲｓ及び、例えば配列番号103〜117といったこのようなＴＳＡＲの一部分を含むペプチドはビオチン −ストレプトアビジン結合が一般に利用されているあらゆる利用分野において特に有効であるはずである。例えば、ＳＡ結合ＴＳＡＲ配列又はその一部分は、かかるＴＳＡＲをコードするオリゴヌクレオチドをタンパク質をコードする遺伝子内に挿入することによって又はＴＳＡＲを合成しタンパク質に化学的に付着させることによって、問題のタンパク質へと工学処理することが可能であろう。このような問題のタンパク質は、ストレプトアビジンカラムを用いて、効率良く親和力精製することができるだろう。さらに、ビオチン・ストレプトアビジン結合を利用する全ての検定様式がＳＡ結合ＴＳＡＲ又はその一部分をビオチンの代わりに使用できるであろう。７．８ポリスチレンを結合するＴＳＡＲの同定もう１つの実験においては、ＴＳＡＲ−１２ライブラリーの多くの発現されたタンパク質が単独で磁気ビーズに結合するものと思われた。従って、もう１つの一連の実験においては、ポリスチレンに対する結合特異性をもつ発現されたタンパク質／ペプチドについて、ＴＳＡＲ−１２ライブラリーをスクリーニングした。上述のとおりの「ふるい分け」技術においては、２つのタイプの被覆されていないポリスチレン磁気ビーズ、すなわちAdvanced MagneticsとDynalが使用された。強磁石を用いてタンパク質− ビーズ複合体を除去し、上述の通り、結合したファージを回収した。さらにもう１つの一連の実験においては、被覆されていないポリスチレンマイクロプレートを用いてポリスチレンに対する特異性をもつタンパク質についてＴＳＡＲ−１２ライブラリーをスクリーニングした。酸変性を用いてプレートからポリスチレン−ビーズ結合ファージを解離させた。ポリスチレン結合ＴＳＡＲの結合ドメインのアミノ酸配列は表10に示されている。大部分の分離株は１回だけ回収した。見かけ上の線形モチーフは全くないものの、ペプチドはトリプトファン、チロシン及びグリシンを豊富に含み、アルギニン、バリン及びリジンが少なく、システイン残基は完全に欠如している。表10で実証した通り、ポリスチレンに対する結合親和力を有する数多くのＴＳＡＲが同定された。ポリスチレン結合ＴＳＡＲは、ビーズ又はプレートのいずれかの形状をしたプラスチックに対して結合する。これらのＴＳＡＲは、ポリ塩化ビニル又はポリプロピレンに対して結合しない。得られた結果に基づくと、ポリスチレン結合ＴＳＡＲ及び、例えば配列番号11 8〜134といったこのようなＴＳＡＲの一部分を含むペプチドは、ELISA検定の改善にとって有用であるはずである。例えば特定の一実施態様においては、特異的方向性でのポリスチレンの表面へのタンパク質又はペプチドの結合を導くポリスチレン特異的部位を含むよう、タンパク質及び／又はペプチドを工学処理することはできる。この結果、タンパク質の表示はより優れたものとなり、感応性は増大する。ポリスチレン特異的ＴＳＡＲ又はその一部分は、かかるＴＳＡＲをコードするオリゴヌクレオチドをタンパク質をコードする遺伝子内に挿入することによってか又はＴＳＡＲを合成してタンパク質に化学的に付着させることによって、問題のタンパク質へと工学処理することができる。一実施態様においては、１つの抗体のＦｃ領域に対してポリスチレン特異的ＴＳＡＲ又はその一部分を付着させ、このような抗体全てが、そのＦｃ領域を下にしてその抗原結合部位を同等に露呈させELISA検定様式における結合のために充分利用できるようにした状態でポリスチレン表面に結合できるようになっている。７．９カルモジュリンを結合するＴＳＡＲの同定さらにもう１つの一連の実験においては、カルモジュリン（ＣａＭ）に対する結合特異性を有する発現されたタンパク質／ペプチドについて、ＴＳＡＲ−１２ライブラリーをスクリーニングした。特に、ＴＳＡＲ−１２ライブラリーを、以下の通り、ＣａＭに対する結合について連続的に３度スクリーニングした。 ELISAプレートを１晩４℃で、100mMのＮａＨＣＯ₃中の１μｇ／mlのカルモジュリン（pH8.5）を用いて被覆した。ファージの非特異的結合を遮断させるため、各々のウェルに対し100mMのＮａＨ₂ＣＯ₃中２mg／mlのＢＳＡ（pH8.5）を200 μｌ加え、プレートを１時間室温でインキュベートした。遊離カルモジュリンタンパク質を除去するべくＰＢＳ−0.05％−Tween20で５回ウェルを洗浄した後、5 0μｌのファージ（10¹¹pfu／ml）を、室温で２時間のインキュベーションのために付加した。結合したファージを回収する前に、ウェルをＰＢＳ−0.05％ Tween 20で10回洗浄した。結合したファージを200mMのグリシン−ＨＣｌ（pH2.2）25μ ｌで溶出し、次に100mMのＮａＰＯ₄（pH7.5）50μｌを付加してpHを中和させた。回収したファージを直ちに再度スクリーニングし、ELISAプレートに２度目に結合したファージをプレート増幅させた。増幅されたプレート上のファージを、ＰＢＳでの３時間のインキュベーション後に収集し、次に３度目のスクリーニングをした。３回の連続スクリーニングは、ＣａＭに結合するＴＳＡＲをコードしたファージ分離株を生成した。スクリーニング段階の各々におけるアリコートをｍ６６３青色ファージと混合し、ＣａＭ被覆されたELISAプレートに対する結合について同時にスクリーニングさせた。スクリーニングの各回で、ライブラリー組換え体（白色）の収量は著しく増大した。３回目のスクリーニングの後、37℃で一晩２ｘＹＴ中のE.coli ＤＨ５αＦ′細胞の２mlの培養の中で、８つの分離株を成長させた。これらの培養中のファージを次にＣａＭに対するその培養について個別に試験した。８つのうち７つのファージがＣａＭを結合することが立証された。さらに、ＣａＭ結合ファージはＢＳＡ又はポリスチレンを結合しない。ＴＳＡＲをコードする７つのファージのオリゴヌクレオチドを配列決定したところ、ＴＳＡＲの結合ドメインをコードする同一のＤＮＡインサートを支持していることがわかった。ＣａＭ−１２．１と呼称される。ＣａＭ結合ＴＳＡＲの結合ドメインの演繹されたアミノ酸配列（配列番号135）は、以下の表11に示されている。ＮＨ₂及びＣＯＯＨは末端残基における不変アミノ酸は示していない。ＣａＭに対する親和力を有するその他のメンバーを同定できるか否かを見極めるため、わずかに異なる方法を用いて、ＴＳＡＲ−１２ライブラリーを再度スクリーニングした。これを行うため、ライブラリーのアリコートをビオチニル化されたＣａＭと混合し、結合したファージを（ストレプトアビジン）ＳＡ−磁気ビーズで回収した。ＴＳＡＲライブラリーからのＳＡ結合ファージの分離を防ぐため、洗浄に先立ちビーズ複合体に対して、余剰の遊離ビオチンを付加した。遊離ビオチンはＳＡに対してきわめて良好に結合するため、ライブラリー内の全てのＳＡ結合ファージの結合と競い退けた。洗浄溶液からビーズを回収するのに純磁石を使用しながら、ＰＢＳ−0.05％のTween20で10回ビーズを洗浄した。結合したファージを50μｌの50mM グリシン−ＨＣｌ、pH2.2で溶出させ、次に 100μｌの100mM ＮａＰＯ₃（pH7.5）を付加してpHを中和した。回収したファージを直ちに再度スクリーニングした。ファージ溶液をビオチニル化したＣａＭで混合し、ファージ−ＣａＭ複合体を、ＳＡ磁気ビーズで回収した。２度目に結合したファージを、プレート増幅させた。増幅されたプレートからのファージを、次に、ＣａＭで被覆されたELISAプレートに対する結合についてスクリーニングした。これらのファージはＣａＭに対し結合するもののＢＳＡ被覆されたウェルには結合しないことがわかった。ＣａＭ被覆されたウェルから回収したファージを次にプレート増幅し、ＣａＭで被覆されたウェルで４度目のスクリーニングを行った。このとき成長したファージを個々の分離株として回収した。ＣａＭで被覆されたウェルに対する結合について48の分離株をテストし、うち47は結合すると思われた。これらのファージのうち９個を配列決定し、その全てに同一のヌクレオチド配列をもつ合成オリゴヌクレオチドが挿入されていることがわかった。この配列は、上の表11で示したＴＳＡＲＣａＭ−１２．１の配列（配列番号135）と一致した。かくしてＴＳＡＲＣａＭ−１２．１を発現するファージは、２回の別々の異なるスクリーニング実験から反復的に分離された。さらにいくつかの方法に、ＣａＭ−１２．１ＴＳＡＲの結合特性を検査した。まず第１に、その他のカルシウム結合タンパク質を結合するＣａＭ−１２．１ファージの能力についてテストした。これはパルブアルブミン又はビタミンＤカルシウム結合タンパク質（共にSigma，St．Lonis，MOからのもの）で被覆されたEL ISAプレートウェルと結合できなかった。これは又、カルモジュリン結合タンパク質、カルシニューリン（Sigma，St．Lonis，MO）にも結合しなかった。第２に、ＣａＭとのＣａＭ−１２．１ファージの結合について競合する天然カルモジュリン結合ペプチド及びタンパク質の能力をテストした。予備実験は、ＣａＭ依存性タンパク質キナーゼ（＃208734；Calbiochem，San Diego，CA）及びミツバチ毒メリチン（＃444605；Calbiochem，San Diego，CA）の結合ドメインに対応するペプチドが、ＣａＭに対するＣａＭ結合ＴＳＡＲＣａＭ−１２．１と競合しうることを示唆した。第３に、合成非ペプチドＣａＭ拮抗体Ｗ７（＃681629；Calb iochem，SanDiego，CA）の能力を、ＣａＭに対するＣａＭ−１２．１の結合について競合するその能力に関してテストした。Ｗ７は、ＣａＭに対する結合について、ＣａＭ−１２．１と競合すると思われる（結果は示さず）。要約すると、（１）ＣａＭ−１２．１は、それが高親和力のＣａ²⁺結合タンパク質であるからではなく、特異的にＣａＭを結合する；（２）ＣａＭ−１２．１は、ＣａＭ依存性タンパク質キナーゼペプチド、メリチン及びＷ７の結合部位と部分的に重複するか又はこの部位により影響される部位においてＣａＭを結合する。ＣａＭ結合ファージは同様に、遊離カルシウムイオンの存在下及び不在下でＣａＭを結合するその能力についてもテストされた。カルシウムイオンが存在するか又は不在である条件を提供するべくウェルに対し10mMのＣａＣｌ₂又は１mMのＥＧＴＡのいずれかが付加された予備実験において、７つのＣａＭ結合ＴＳＡＲは全て、両方の処置において等しく良好に結合し、それらがカルシウムに依存しない形でカルモジュリンを結合するということを示唆していた。しかしながら、恐らくは、使用したＥＧＴＡの濃度が検定中の全てのカルシウムイオンを結合するのに不充分であったと思われた。より高い濃度のＥＧＴＡを用いて、付加的な実験を行った。特定的に言うと、１mM、５mM又は10mMのＥＧＴＡを付加した。図19に示されているように、ＣａＭ結合ファージの配列ＳＴＶＰＲＷＩＥＤＳＬＲＧＧＡＡＲＡＱＴＲＬＡＳＡＫ^-（配列番号176）に基づいて合成されたペプチドは、カルシウムに依存した形でＣａＭを結合することが示された。さらに、10mMのＥＧＴＡによってファージ結合が阻害されたウェルに対してカルシウムイオンが付加し戻された時点で、ＣａＭに対するファージの結合は回復された。表示されたペプチド配列ＶＰＲＷＩＥＤＳＬＲＧＧＡＡＴＡＱＴＲＬＡＳＡ（配列番号135）がＣａＭに対するファージＣａＭ．１２−１の結合の原因であったことを証明するため、ビオチニル化されたＣ末端をもつペプチドとして配列ＳＴＶＰＲＷＩＥＤＳＬＲＧＧＡＡＲＡＱＴＲＬＡＳＡＫ（配列番号176）を調製した。ビオチンの存在により、ストレプタヒージン結合したアルカリ性ホスファターゼを伴うペプチドの検出が可能となった。ELISAにより、ペプチドが固定化されたＣａＭを効率良く結合することが観察された。ペプチド−ＣａＭ複合体に安定したものであり、50％の解離には最高20分を要する。このことは、以下の実験により確認された。まず第１に、ビオチニル化されたペプチド、配列番号176を、ストレプトアビジン分子１個につき１つのペプチドというモル比で100μｌのＰＢＳ-Tweem20中のストレプトアビジン結合したアルカリ性ホスファターゼと混合した。15分後、１nMのビオチン、１mMのＣａＣｌ₂及び10μｇ／mlのＢＳＡを含むＰＢＳ-Tween20を用いて、試料を10mlになるまで希釈した。試料をウェル間で分配し、３時間室温でインキュベートした。ウェルを５回洗浄し、ウェルに対して100μｌの緩衝液（ＰＢＳ-Tween20、25μｇ／mlＣａＭ）を付加した。さまざまな時点で、液体を除去し、リン酸ｐ−ニトロフェニル（U.S Biochemicals，Cleveland，OH）で置き換えた。ウェルを、405nm の波長でELISAプレート読み取り装置（Molecular Devices）により走査した。配列番号176ペプチドがどこでＣＡＭ分子を結合したかを見極めるため、我々は、ＣａＭの中央のリンカー領域に結合することを以前に示されていたその他のペプチドとの結合を遮断するよう試みた（Persechimi及びKretsinger，1988，J ．Cardiovasc,Pharmaclo 12:Sl-12：Ikura et al.，1992，Cell Calcium（細胞カルシウム）13:391-400；Chapman et al.，1992，Biochemistry（生化学）31:1 28 19-25;Meadoret al.，1992，Science（科学）257:251-255を参照のこと）。さまざまなタンパク質を結合してＣａ²⁺に依存する形でその活性を調節するのはこの領域である。ＣａＭ依存性タンパク質キナーゼII（Payne et al.，1988，J. Biol．Chem．263:7190-7195）及びミオシンＬ鎖キナーゼ（Ikura et al.，前出: Means et al.，1991，Adv．Exp．Med．Biol.，304:11-24：Persechini及びKrets inger，前出）のＣａＭ結合ドメインに対応するペプチドは、ＣａＭに対するペプチド（配列番号176）の結合と競合することがわかった（図20）。これらの結果は、配列番号176のペプチドが、ＣａＭ依存性タンパク質キナーゼII及びミオシンＬ鎖キナーゼのＣａＭ結合ドメインと同じ又は隣接する部位でＣａＭを結合するということを実証している。ペプチドは同様に、定常状態蛍光法によって１μＭのＫ_DでＣａ²⁺に依存する形でＣａＭを結合するということも観察された（図21参照）。スペクトルの最大値における青色シフトが、ペプチドのトリプトファン残基がＣａＭとの複合体内でより疎水性の環境に入るということを示していた（図22参照）。時間分解測定によって、ペプチドがＣａＭに対する結合において著しい構造的変化を受けるこということがわかる。ＣａＭに対するＣａＭ特異的ＴＳＡＲの結合の原因である部位が５つ又は６つの残基のペプチドにすぎなかったならば、ＴＳＡＲ−１２ライブラリーから約10 〜20のＣａＭ結合ＴＳＡＲを分離することを予想したことだろう。しかしながら、わずか１つの特定のＣａＭ結合ＴＳＡＲのみが反復的に分離されたことから、ＣＡＭ特異的ＴＳＡＲとＣＡＭの間の相互作用の部位は複雑である。すなわち部位は単に５〜６個以上の残基を必要とすると思われる。ＣａＭに対する結合に関与する配列176の領域を例示するため、カルモジュリンについて配列番号176の結合と競合する４つの修正されたペプチドの能力を検査した。修正されたペプチドは、（ａ）Ｎ末端13残基ＳＴＶＰＲＷＩＥＤＳＬＲＧ配列番号179；（ｂ）Ｃ末端13 残基ＧＡＡＲＡＱＴＲＬＡＳＷＫ配列番号180；（ｃ）位置４でＷがＡＳＴＶＰＲＡＩＥＤＳＬＲＧＧＡＡＲＡＱＴＲＬＡＳＷＫ配列番号178に変更された配列番号176のペプチド；及び（ｄ）逆配列ＫＡＳＡＬＲＴＱＡＲＡＡＧＧＲＬＳＤＥＩＷＲＰＶＴＳ配列番号177をもつペプチドであった。図23を見ればわかるように、４つのペプチドのいずれも、カルモジュリンに対する結合に関して配列番号176と競合することができなかった。さらに、混合されたＮ末端及びＣ末端ペプチドも配列番号176と競合できなかった。従って、ペプチドのＮ末端及びＣ末端の両方の半分の中の特異的残基が、カルモジュリンに対する結合のために重要である。従って、この結合剤は、結合ドメインが約20個のアミノ酸よりもはるかに小さいライブラリー内では同定され得なかつた。得られた結果に基づくと、配列番号135又は136を含むカルモジュリン結合ＴＳＡＲ又はこのＴＳＡＲを含む組成物は、悪性度の発達を伴う細胞増殖高血圧、うっ血性心不全、不整脈及び胃腸障害などを含む広範な症状スペクトルの治療において利用できるカルモジュリン拮抗体として有用である。一般に、Mannhold，R. ，及びTimmerman，H.，1992年、Pharm．Weckbl-Sci，14（4）：161-66を参照のこと。８．例：ＴＳＡＲライブラリーの発現のために有用なファージミドベクター本発明に従ったＴＳＡＲライブラリーの発現にとって有用であるいくつかのファージミドベクターについて以下で記述する。８．１ベクターｐＤＡＦ１の構築ベクターｐＤＡＦ１は以下の通りに構築される。ファージミドベクターｐＤＡＦ１を作り上げるため、Ｍ１３遺伝子IIIのセグメントをBlue-script II ｓｋ＋ベクター（Gen Bamk＃52328）内にトランスファした。このベクターは、細菌内で自律的に複製し、アンピシリン薬物耐性標識及びベクターが或る一定の条件下で複製されＭ１３粒子内にパッケージングされ得るようにするｆ１複製起点を有している。これらのＭ１３ウイルス粒子は、ヘルパーヘアージによりコードされた野生型ｐIII分子とファージミドによりコードされた組換え型ｐIII分子の両方を支持することになる。これらのファージミドは、組換え型ｐIII分子の１つ又は２つのコピーのみを発現し、一価表示系と呼ばれてきた（Garrand et al.，1991，Biotechnol．9：1373-1377参照）。遺伝子 III全体を発現するのではなく、むしろこのベクターは、遺伝子IIIの切形形態をもつ〔ヒト成長ホルモンは、全長形態のＮＨ₂末端で表示された場合にモノクローナル抗体に対しよりアクセス可能であるということを実証したLowman et al., 1991（Biochemi-striy 30：10832-10838）を一般に参照のこと〕。ここで構築されたファージミドベクターにおいては、ＴＳＡＲオリゴヌクレオチドは、成熟ｐ III分子のアミノ酸198〜406に対応する切形ｐIII分子の成熟末端において発現される。好ましいベクターは、ｐIIIタンパク質のアミノ酸198〜406、ｐIII遺伝子内の短いポリリンカー及びポリリンカーとｐIII分子の間のリンカーgly-gly-gly-ser をコードするｐＤＡＦである。このプラスミドは、プロモータからｐIIIを発現し、適切なＭ１３ウイルスアセンブリのための細菌膜に対するｐIIIの区画化の誘導のためＰｅｌＢリーダー配列を利用する。ＰＣＲを介してＭ１３ｍｐ８ＤＮＡからｐIII遺伝子の一部分（ａａ198-406）を増幅するため、１対のオリゴヌクレオチドをＣＧＴＴＡＣＧＡＡＴＴＣＴＴＡＡＧＡＣＴＣＣＴＴＡＴＴＡＣＧＣＡ（配列番号136）及びＣＧＴＴＡＧＧＡＴＣＣＣＣＡＴＴＣＧＴＴＴＣＴＧＡＡＴＡＴＣＡＡ（配列番号137）として設計した。これらのオリゴヌクレオチドは５’末端近くにＢａｍＨＩ及びＥｃｏＲＩ部位を支持していたことから、次に、ＰＣＲ産物をＢａｍＨＩ及びＥｃｏＲＩで消化させ、同じ酵素で消化されたpBlue-scriptIIＳＫ＋ＤＮＡと連結させ、形質転換によりE.coli内に導入した。組換え体を同定した後、上流リボソーム結合部位を伴うＰｅｌＢシグナルリーダーをコードする付加的な２本鎖ＤＮＡセグメントをその中にクローニングさせた。このセグメントは、オリゴヌクレオチドＧＣＧＡＣＧＣＧＡＣＧＡＧＣＴＣＧＡＣＴＧＣＡＡＡＴＴＣＴＡＴＴＴＣＡＡ（配列番号138）及びＣＴＡＡＴＧＴＣＴＡＧＡＡＡＧＣＴＴＣＴＣＧＡＧＣＣＣＴＧＣＡＧＣＴＧＣＡＣＣＴＧＧＧＣＣＡＴＣＧＡＣＴＧＧ（配列番号139）を用いてE.coliＤＮＡからＰＣＲによって調製された。ＰＣＲ産物の末端は、ベクター内にＰｓｔＩ，ＸｈｏＩ，ＨａｎｄIII及びＸｂａＩ部位の短いポリリンカーを導入した。ＸｈｏＩ及びＸｂａＩ部位は、組合わされたＴＳＡＲオリゴヌクレオチドが上述のファージベクター内の場合と同じ読取り枠内でクローニングされ発現されうるように、位置づけされた。ベクター内に導入されたＤＮＡの第３かつ最終のセグメントは、ポリリンカーと遺伝子IIIの間のリンカー配列gly-gly-gly-gly-ser（配列番号141）をコードした。このリンカーは、ｐIII分子の反復した配列モチーフと一致し、発現されたペプチドとｐIII タンパク質分子を分離するスイベル点を作り出すべくキメラ遺伝子内に含み入れられた。このベクターはｐＤＡＦ１と命名された。図３ＡはｐＤＡＦＡファージミドベクターを概略的に示す。８．２ベクターｐＤＡＦ２及びｐＤＡＦ３の構築ベクターｐＤＡＦ２及びｐＤＡＦ３はｐＤＡＦ１から調製されるが、各々がそれぞれＰｓｔＩ，ＸｈｏＩ，ＨｉｎｄIII及びＸｂａＩ制限部位のポリリンカーのＮＨ₂及びＣＯＯＨ末端側でｃ−ｍｙｃコーティング配列を含んでいるという点で、親ベクターと異なっている。図３Ｂ及びＣは、ファージミドベクターｐＤＡＦ２及びｐＤＡＦ３を概略的に示している。ｐＤＡＦ２及びｐＤＡＦ３ベクターは、図３Ｄ内に概略的に示されている通りに構築されている。９．例：ＴＳＡＲライブラリーの発現のために有用なプラスミドベクター９．１初期ベクターｂＪＧ２００プラスミドｐＪＧ２００が、一般的なＴＳＡＲ発現ベクターを産生するように修正された出発物質であった。初期プラスミドｐＪＧ２００は、プロテアーゼ感応性リンカーペプチドについてコードするＤＮＡの一片を介して検出可能な活性をもつ標識ペプチドに対し適正な読取り枠内で融合された標的シストロンを含んでいた［Germino及びBastia，1984，Proc．Natl．Acad．Sci．USA81:4692；Germ inoｅt al.，1983，Proc．Natl．Acad．Sci．USA 80 :6848］。もとのベクターｐＪＧ２００内のプロモータは、ファージラムダのＰ_Rプロモータであった。このプロモータに隣接しているのは、Ｃ_I８５７熱不安定性抑制因子のための遺伝子とそれに続くリボソーム結合部位及びファージラムダのｃｒｏ遺伝子のＡＵＧイニシエータートリプレットである。Germino及びBas tiaは、適正な翻訳段階において、ＬａｃＺβ−ガラクトシダーゼに対してコラーゲン配列か融合されたベクターを産生するべく、ＡＴＧイニシエーターの次のＢａｍＨＩ制御部位の中にニワトリｐｒｏ−２コラーゲンの３重らせん領域を含むフラグメントを挿入した。プラスミドＲ６Ｋ複製イニシエータタンパク質コーティング配列を挿入するため、単一のＢａｍＨＩ制限部位を再生させて使用した。プラスミドｐＪＧ２００は、Ｃ_I８５７抑制因子を不活性化しＰ_Rプロモータからの転写開始を可能にした温度シフトの後ハイブリッド融合産物として、Ｒ６Ｋレプリケーターイニシエータータンパク質を発現した。コラーゲン／β−ガラクトシダーゼ融合に隣接しこれと同一枠内にあるＡＴＧイニシエーターを伴う親ベクター構成体（非インサートベクター）も、ＡＴＧイニシエーターコドン（５’ ）及びコラーゲン／β−ガラクトシダーゼ融合（３’）に対して同一枠内で接合されたＲ６Ｋレプリケーターイニシエータータンパク質を含むｐＪＧ２００（インサートベクター）も、両方共、プラスミドで形質転換された細菌細胞内でβ− ガラクトシダーゼ活性を生成した。その結果、インサートを伴うプラスミドを含んだ細菌株は、いかなるインサートも伴わない親ベクターを含む菌株と区別不可能である。９．２Ｐ_R，Ｃ_I８５７抑制因子及びＣＲＯのアミノ末端の除去本発明に従ったｐＪＧ２００に対する最初の変性は、融合タンパク質のためのＡＴＧ開始部位を提供したｃｒｏタンパク質のアミノ末端、Ｐ_Rプロモーター、及びＣ_I８５７抑制因子を含んでいたＥｃｏＲＩ−ＢａｍＨＩフラグメントの除去及び置換であった。ｐ２５８プラスミドを産生するべく、ＥｃｏＲＩ部位を維持すると同時にＮｃｏＩ，ＢｇｌII及びＢａｍＨＩ制限エンドヌクレアーゼにより認識された付加的なＤＮＡ配列をコードするオリゴヌクレオチドリンカーを挿入した。この修正により、コラーゲン／β−ガラクトシダーゼ融合と枠外にある新しいＡＴＧ開始コドンが提供された。その結果、ｐ２５８プラスミドで形質転換された細胞内にはβ−ガラクトシダーゼ活性は全くない。その上、この修正により、ｃｒｏタンパク質のアミノ末端が除去され、そのため、ＡＴＧ開始コドンに隣接して挿入された、結果として得られるあらゆる組換え型融合産物は、そのアミノ末端にｃｒｏコードされたアミノ酸をもたないことになる。これとは対照的に、もとのｐＪＧ２００ベクターから発現された組換え型タンパク質は全て、そのアミノ末端にｃｒｏコードされたアミノ酸を有している。９．３Ｐ_TACプロモーター、シャイン・ダルガーノ配列及びＡＴＧコドンの付加ＴＳＡＲ発現ベクターの第２の構築段階においては、１つの制限フラグメントつまりｐＫＫ２３３−２のＥｃｏＲＩ−ＮｃｏＩフラグメント（Pharmacia，Bio chemicals，Milwaukee，WI）が、プラスミドｐ２７７を産生するべくＥｃｏＲＩ −ＮｃｏＩ制限部位内に挿入された。その結果、ｐ２７７プラスミドは、ｐＫＫ２３３−２のＰ_TA _C （Ｐ_TRCとしても知られている）プロモーター、ｌａｃＺリボソーム結合部位及びＡＴＧ開始コドンを含んでいた。ｐ２７７プラスミドの中では、標的タンパク質配列の挿入により、適当な菌株バックグラウンド内でのＩＰＴＧ誘発可能なプロモーターからのその転写が可能になる。適当な菌株バックグラウンドは、未誘発のＰ_TACプロモータからの転写を阻害するのに充分なｌａｃ抑制タンパク質を提供する。使用することのできる適切な菌株としては、ＪＭ１０１又はＸＬ１−Blueが含まれる。細胞は、化学物質ＩＰＴＧを少量付加するだけで誘導され得ることから、ｐ２７７プラスミドは、誘発のために温度シフトを必要とするプロモーターに比べ商業的に多大な利点を提供する。例えば、Ｐ_Rプロモーターによる誘発には、ｐＪＧ２００のＰ_Rプロモーターを阻害するＣ_I８５７抑制因子を不活性化するために温度シフトが必要となる。温度誘発可能なプロモーターを含む商用量の細胞培養の誘発には、誘発のために必要な温度シフトを生成するために大量の細胞及び媒質を加熱するという不便な段階が必要である。プロモーター変化のもう１つの付加的な利点は、細胞が高い温度又は温度シフトを受けていないということにある、高い温度又は温度シフトは、結果として熱衝撃応答及び、組換え型タンパク質ならびに宿主タンパク質を分解させることのできる熱衝撃応答プロテアーゼの誘発をもたらす〔Grossman et al.，1984，Cel l38:383；Baker et al.，1984，Proc．Natl．Acad．Sci.81:6779を参照〕。９．４リボソーム結合部位の改善ｐ２７７発現ベクターは、29の塩基対すなわち５’ＣＡＴＧＴＡＴＣＧＡＴＴＡＡＡＴＡＡＧＧＡＧＧＡＡＴＡＡＣ３’（配列番号141）をｐ２７７のＮｃｏＩ部位内に挿入してプラスミドｐ３４０−１を産生することによってさらに修正された。この29bpの配列は、Schoner「ミニシストロン」配列〔Schoner et al. ，1986,Proc．Natl．Acad．Sci．83:8506〕の一部分に関係づけられるものの、これとは異なるものである。これらの29の塩基対の内含は、リボソーム／ｍＲＮＡ相互作用のための最適なシャイン／ダルカーノ部位を提供する。ｐ３４０−１発現ベクターは、商用調製物に必要な高い収量に適したきわめて誘発度の高いプロモーター、翻訳を改善するための改良型の合成リボソーム結合部位領域、そして分離時点でのフラグメント挿入の視覚的指標を提供するための手段を含んでいることから、ｐＪＧ２００とは著しく異なっている。ベクターｐ３４０−１の構築における各段階については、図４に示されている。１０．微生物の寄託以下のプラスミドが、1988年11月29日付でAmerican Type Culture Collection （ATCC），Rockintle，MDに寄託され、次の受入れ番号を割当てられた。プラスミド受入れ番号ｐ３４０ＡＴＣＣ４０５１６本書に記述され請求されている発明は、そのいくつかの態様の例示として意図されている本書内の特定の実施態様によって範囲が限定されるべきものではない。等価の実施態様は全く本発明の範囲内に入るものとされる。実際、前述の説明から当業者には、本書に図示・記述されたものにつけ加えての本発明のさまざまな変形態様が明らかとなることだろう。かかる変形態様も添付のクレームの範囲内に入るものとして意図されている。同様に、ヌクレオチド及びペプチドのために与えられた全ての塩基対及びアミノ酸残基の数及びサイズはおおよそのものであり、記述を目的として用いられたものであるということも理解すべきである。一定数の参照文献が本書中で引用されているが、これらの開示全てがその全体として本書に参考として内含されるものである。配列表（2）配列番号１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１：（2）配列番号２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：列番号２：（2）配列番号３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３：（2）配列番号４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４：（2）配列番号５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５：（2）配列番号６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１１アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６：（2）配列番号７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１３２３塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍｉｃ）（xi）配列：配列番号７：（2）配列番号８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２４塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍｉｃ）（xi）配列：配列番号８：（2）配列番号９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２４塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍｉｃ）（xi）配列：配列番号９：（2）配列番号１０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１４アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１０：（2）配列番号１１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２１アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１：（2）配列番号１２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１７アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１２：（2）配列番号１３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２１アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１３：（2）配列番号１４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１４：（2）配列番号１５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１２アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５：（2）配列番号１６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３２アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６：（2）配列番号１７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３２アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７：（2）配列番号１８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：４アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１８：（2）配列番号１９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：４アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１９：（2）配列番号２０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：７アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２０：（2）配列番号２１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１７塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍｉｃ）（xi）配列：配列番号２１：（2）配列番号２２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２２：（2）配列番号２３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２３：（2）配列番号２４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２４：（2）配列番号２５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２５：（2）配列番号２６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２６：（2）配列番号２７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２７：（2）配列番号２８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２８：（2）配列番号２９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号２９：（2）配列番号３０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３０：（2）配列番号３１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１５アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３１：（2）配列番号３２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３２：（2）配列番号３３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１７アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３３：（2）配列番号３４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３４：（2）配列番号３５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３５：（2）配列番号３６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３６：（2）配列番号３７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３７：（2）配列番号３８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３８：（2）配列番号３９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号３９：（2）配列番号４０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４０：（2）配列番号４１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４１：（2）配列番号４２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４２：（2）配列番号４３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４３：（2）配列番号４４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４４：（2）配列番号４５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４５：（2）配列番号４６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（II）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４６：（2）配列番号４７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４７：（2）配列番号４８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４８：（2）配列番号４９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号４９：（2）配列番号５０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５０：（2）配列番号５１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５１：（2）配列番号５２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５２：（2）配列番号５３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５３：（2）配列番号５４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペブチド（xi）配列：配列番号５４：（2）配列番号５５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５５：（2）配列番号５６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５６：（2）配列番号５７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５７：（2）配列番号５８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５８：（2）配列番号５９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号５９：（2）配列番号６０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６０：（2）配列番号６１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６１：（2）配列番号６２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６２：（2）配列番号６３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６３：（2）配列番号６４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６４：（2）配列番号６５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６５：（2）配列番号６６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６６：（2）配列番号６７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６７：（2）配列番号６８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６８：（2）配列番号６９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号６９：（2）配列番号７０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７０：（2）配列番号７１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７１：（2）配列番号７２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１９アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７２：（2）配列番号７３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７３：（2）配列番号７４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７４：（2）配列番号７５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７５：（2）配列番号７６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７６：（2）配列番号７７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７７：（2）配列番号７８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７８：（2）配列番号７９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号７９：（2）配列番号８０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８０：（2）配列番号８１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８１：（2）配列番号８２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８２：（2）配列番号８３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８３：（2）配列番号８４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８４：（2）配列番号８５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８５：（2）配列番号８６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８６：（2）配列番号８７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８７：（2）配列番号８８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８８：（2）配列番号８９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号８９：（2）配列番号９０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９０：（2）配列番号９１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１７アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９１：（2）配列番号９２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１７アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９２：（2）配列番号９３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９３：（2）配列番号９４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９４：（2）配列番号９５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９５：（2）配列番号９６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９６：（2）配列番号９７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９７：（2）配列番号９８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９８：（2）配列番号９９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号９９：（2）配列番号１００の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１００：（2）配列番号１０１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トボロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１０１：（2）配列番号１０２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１０２：（2）配列番号１０３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１０３：（2）配列番号１０４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１０４：（2）配列番号１０５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１０５：（2）配列番号１０６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１０６：（2）配列番号１０７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１０７：（2）配列番号１０８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１０８（2）配列番号１０９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１０９：（2）配列番号１１０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１０：（2）配列番号１１１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１１：（2）配列番号１１２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１２：（2）配列番号１１３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１３：（2）配列番号１１４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１４（2）配列番号１１５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１５：（2）配列番号１１６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１６：（2）配列番号１１７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トボロジー：不明（ii）配列の種類：タンパク質（xi）配列：配列番号１１７：（2）配列番号１１８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１１８：（2）配列番号１１９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１１９：（2）配列番号１２０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２０：（2）配列番号１２１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２１：（2）配列番号１２２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２２：（2）配列番号１２３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２３：（2）配列番号１２４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロシー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２４：（2）配列番号１２５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２５：（2）配列番号１２６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２６：（2）配列番号１２７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２７：（2）配列番号１２８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２１アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２８：（2）配列番号１２９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１２９：（2）配列番号１３０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１３０：（2）配列番号１３１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１３１：（2）配列番号１３２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１３２：（2）配列番号１３３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１３３：（2）配列番号１３４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１３４：（2）配列番号１３５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１３５：（2）配列番号１３６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３２塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍiｃ）（xi）配列：配列番号１３６：（2）配列番号１３７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３２塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍｉｃ）（xi）配列：配列番号１３７：（2）配列番号１３８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３６塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍiｃ）（xi）配列：配列番号１３８：（2）配列番号１３９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：５４塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍｉｃ）（xi）配列：配列番号１３９：（2）配列番号１４０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：５アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４０：（2）配列番号１４１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２９塩基対（B）配列の型：核酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ＤＮＡ（ｇｅｎｏｍｉｃ）（xi）配列：配列番号１４１：（2）配列番号１４２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：４０アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４２：（2）配列番号１４３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：３９アミノ酸（B）配列の型；アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４３：（2）配列番号１４４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４４：（2）配列番号１４５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４５：（2）配列番号１４６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４６：（2）配列番号１４７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４７：（2）配列番号１４８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４８：（2）配列番号１４９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１４９：（2）配列番号１５０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５０（2）配列番号１５１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５１：（2）配列番号１５２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５２：（2）配列番号１５３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５３：（2）配列番号１５４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５４：（2）配列番号１５５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５５：（2）配列番号１５６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５６：（2）配列番号１５７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５７：（2）配列番号１５８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５８：（2）配列番号１５９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１５９：（2）配列番号１６０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６０：（2）配列番号１６１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トボロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６１：（2）配列番号１６２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６２：（2）配列番号１６３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６３：（2）配列番号１６４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トボロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６４：（2）配列番号１６５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６５：（2）配列番号１６６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６６：（2）配列番号１６７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６７：（2）配列番号１６８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６８：（2）配列番号１６９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１６９：（2）配列番号１７０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７０：（2）配列番号１７１の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７１：（2）配列番号１７２の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７２：（2）配列番号１７３の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７３：（2）配列番号１７４の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：８アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７４：（2）配列番号１７５の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：９アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７５：（2）配列番号１７６の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２６アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７６：（2）配列番号１７７の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２６アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７７：（2）配列番号１７８の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：２６アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７８：（2）配列番号１７９の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１７９：（2）配列番号１８０の情報（i）配列の特徴（A）配列の長さ：１３アミノ酸（B）配列の型：アミノ酸（C）鎖の数：１本鎖（D）トポロジー：不明（ii）配列の種類：ペプチド（xi）配列：配列番号１８０：

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号庁内整理番号ＦＩＣ１２Ｐ 21/02 Ｃ 9452−4Ｂ 21/08 9358−4ＢＧ０１Ｎ 33/566 8310−2Ｊ // Ａ６１Ｋ 38/00 (Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｒ 1:19） (31)優先権主張番号１８９，３３１ (32)優先日 1994年１月31日 (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＣＡ，ＪＰ，ＫＲ (72)発明者フォールクス，ダーナエム. アメリカ合衆国 27514 ノースキャロライナ州チャペルヒル，ブルックビュードライブ 632番地

Claims

【特許請求の範囲】１．選択されたリガンドに結合するタンパク質、ポリペプチドおよび／またはペプチドの同定方法であって、（a）予測できないヌクレオチドが一つまたはそれ以上の連続した配列で並んでおり、そのヌクレオチドの総数が約６０以上６００以下である、該予測できないヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドによってコードされる結合ドメイン、ならびに（b）該結合ドメインの発現または検出を高めるタンパク質またはペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列によってコードされるエフェクタードメイン、を含む複数の異種機能性融合タンパク質を発現する組み換えベクターのライブラリーを、リガンド結合へ導く条件下で該複数の異種機能性融合タンパク質を該リガンドに接触させ、そして該リガンドに結合する融合タンパク質を単離することによってスクリーニングすることを含む該方法。２．選択されたリガンドに結合するタンパク質、ポリペプチドおよび／またはペプチドの同定方法であって、（a）予測できないヌクレオチドが一つまたはそれ以上の連続した配列で並んでおり、そのヌクレオチドの総数が約６０以上６００以下であり、そしてそのヌクレオチドのコーディング鎖が、式（ＮＮＢ）_n+m （ここで、ＮはＡ，Ｃ，ＧまたはＴ；ＢはＧ，ＴまたはＣ；ｎおよびｍは２０≦ｎ＋ｍ≦２００となるような整数を表す）である、該予測できないヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドによってコードされる結合ドメイン、ならびに（b）該結合ドメインの発現または検出を高めるタンパク質またはペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列によってコードされるエフェクタードメイン、を含む複数の異種機能性融合タンパク質を発現する組み換えベクターのライブラリーを、リガンド結合へ導く条件下で該複数の異種機能性融合タンパク質を該リガンドに接触させ、そして該リガンドに結合する融合タンパク質を単離することによってスクリーニングすることを含む該方法。３．結合ドメインが、式５’Ｘ（ＮＮＢ）_nＪＺ３’の第１ヌクレオチド配列を式３’Ｚ’ＯＵ（ＮＮＶ）_mＹ５’の第２ヌクレオチド配列に、相補な部位ＺおよびＺ’の箇所でアニーリングし（ここで、ＸおよびＹはＸ≠Ｙであるような制限酵素認識部位；ＮはＡ，Ｃ，ＧまたはＴ；ＢはＧ，ＴまたはＣ；ＶはＧ，ＡまたはＣ；ｎは１０≦ｎ≦１００であるような整数；ｍは１０≦ｍ≦１００であるような整数；ＺおよびＺ’はそれぞれ互いに相補な６，９または１２ヌクレオチドの配列であり；そして、ＪはＡ，Ｃ，Ｇ，Ｔまたは無し；ＯはＡ，Ｃ，Ｇ，Ｔまたは無し；そしてＵはＧ，Ａ，Ｃまたは無し；但し、Ｊ，ＯまたはＵのいずれ一つが無しである場合、Ｊ，ＯおよびＵはすべて無し）、そしてアニールされたオリゴヌクレオチドを二本鎖オリゴヌクレオチドに変換することによって組み立てた二本鎖オリゴヌクレオチドによってコードされるものである、請求項１記載の方法。４．同定された異種機能性融合タンパク質の結合ドメインをコードするヌクレオチド配列を、該結合ドメインのアミノ酸配列を推定するために決定することをさらに含む請求項１記載の方法。５．複数の異種機能性融合タンパク質が、組み換えベクターの表面に発現している請求項１記載の方法。６．組み換えベクターがファージ、ファージミド、またはプラスミドベクターである請求項５記載の方法。７．複数の異種機能性融合タンパク質が、該組み換えベクターを含む宿主内で発現され、蓄積される請求項１記載の方法。８．宿主細胞が細菌細胞である請求項７記載の方法。９．異種機能性融合タンパク質が、結合ドメインとエフェクタードメインの間にリンカードメインをさらに含む請求項１記載の方法。 10．リンカードメインが化学または酵素的手段によって切断を受けやすい、請求項９記載の方法。 11．リガンドが、非イオン性化学基、イオン、金属、タンパク質またはその一部、ペプチドまたはその一部、核酸またはその一部、炭水化物、脂質、ウイルス粒子またはその一部、膜小胞またはその一部、細胞壁成分、合成有機化合物、生物有機化合物および無機化合物から成る群から選択される請求項１記載の方法。 12．リガンドが、抗体の可変領域、酵素／基質結合部位、酵素／補助因子結合部位、調節ＤＮＡ結合タンパク質、ＲＮＡ結合タンパク質、金属結合タンパク質の結合部位、ヌクレオチド折り畳みまたはＧＴＰ結合タンパク質、カルシウム結合タンパク質、膜タンパク質、ウイルスタンパク質およびインテグリン（integrin）から成る群から選択される天然に存在するレセプターに結合するリガンドである請求項１記載の方法。 13．リガンドが、ATCC No.10494として寄託されているハイブリドーマ細胞株によって産生される7E11-C5モノクローナル抗体の特性である前立腺癌特異性を有するモノクローナルである請求項１記載の方法。 14．リガンドが金属イオンである請求項１記載の方法。 15．金属イオンが亜鉛、銅およびニッケルから成る群から選択される請求項14記載の方法。 16．リガンドが、ヤギ抗−マウスＦｃ抗体の特性である結合特異性を有するポリクローナル抗体である請求項１記載の方法。 17．リガンドが、Ｃ４６モノクローナル抗体の特性である癌胎児性抗原結合特異性を有するモノクローナル抗体である請求項１記載の方法。 18．リガンドが、ストレプトアビジンである請求項１記載の方法。 19．リガンドが、ポリスチレンである請求項１記載の方法。 20．リガンドが、カルモジュリン（calmodulin）である請求項１記載の方法。 21．リガンドが、ダイニン（dynein）である請求項１記載の方法。 22．リガンドが、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼである請求項１記載の方法。 23．リガンドが、ビンクリン（vinculin）である請求項１記載の方法。 24．複数の異種機能性融合タンパク質が半剛性なコンホメーション構造を形成することができる請求項１記載の方法。 25．半剛性なコンホメーション構造を形成することのできる同定された異種機能性融合タンパク質の結合ドメインをコードするヌクレオチド配列を該結合ドメインのアミノ酸配列を推定するために決定することをさらに含む請求項24記載の方法。 26．各異種機能性融合タンパク質が少なくとも２つの非変異システイン残基を含み、各非変異システイン残基が、予測できないヌクレオチドの連続した配列の両端に隣接して位置しているヌクレオチドによってコードされ、該非変異システイン残基が該タンパク質中で約６から約27アミノ酸残基だけ互いに離れている、請求項24記載の方法。 27．ライブラリーが、少なくとも一つのジスルフィド結合の形成をもたらす酸化環境下で発現されて少なくとも一つのシスチンを形成し、それによって各異種機能性融合タンパク質内で少なくとも一つのループコンホメーションを形成させる請求項26記載の方法。 28．各異種機能性融合タンパク質が少なくとも４つの非変異システイン残基を含み、各非変異システイン残基が予測できないヌクレオチドの連続する配列の両端に隣接して位置しているヌクレオチドによってコードされ、該非変異システイン残基が該タンパク質中で約６から約27アミノ酸残基だけ互いに離れている請求項24記載の方法。 29．ライブラリーが、少なくとも二つのジスルフィド結合の形成をもたらす酸化環境下で発現され、それによって各異種機能性タンパク質内で少なくとも一つのクローバー葉型コンホメーションを形成させる請求項28記載の方法。 30．各異種機能性融合タンパク質が予測できないヌクレオチドの一つまたはそれ以上の連続する配列の両端に隣接して位置しているヌクレオチドによってコードされる非変異システインおよび非変異ヒスチジンの両残基を含み、非変異システインおよび非変異ヒスチジン残基の融合タンパク質内の位置が亜鉛フィンガー様タンパク質を形成させる請求項24記載の方法。 31．各異種機能性タンパク質が、予測できないヌクレオチドの一つまたはそれ以上の連続する配列の両端に隣接して位置しているヌクレオチドによってコードされる非変異ヒスチジン残基を含む請求項24記載の方法。 32．ライブラリーが各異種融合タンパク質のヒスチジン残基の一部または全部を架橋するのに十分な濃度の二価カチオンの存在下で発現される請求項30または31 記載の方法。 33．Ｚｎ²⁺、Ｃｕ²⁺、Ｎｉ²⁺から成る群から選択される二価カチオンである請求項32記載の方法。 34．選択されたリガンドに結合するタンパク質、ポリペプチドおよび／またはペプチドの同定方法であって、（a）（i）予測できないヌクレオチドが一つまたはそれ以上の連続した配列で並んでおり、そのヌクレオチドの総数が約６０以上６００以下である、該予測できないヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドによってコードされる結合ドメイン、ならびに（ii）結合ドメインの発現または検出を高めるタンパク質またはペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列によってコードされるエフェクタードメイン、を含む複数の異種機能性融合タンパク質を発現する組み換えベクターのライブラリーを作製し、（b）該複数の異種機能性融合タンパク質をリガンド結合へ導く条件下で該リガンドに接触させ、そして該リガンドに結合する融合タンパク質を単離することによって該組み換えベクターのライブラリーをスクリーニングすることを含む該方法。