JP7442536B2 - ガンを患っている被験体が免疫チェックポイント阻害剤で反応を達成するかを特定するための方法及び組成物 - Google Patents

Description

発明の分野：
本発明は腫瘍学の分野にある。より具体的には、本発明は、ガンを患っている被験体が免疫チェックポイント阻害剤処置で反応を達成するかを決定するための方法及び組成物に関する。

発明の背景：
抗ＰＤ－１抗体（ニボルマブ）は、抗血管新生療法（エベロリムス）と比較してこの処置の優位性を示す第３相試験後の転移性腎細胞ガン腫瘍の第二選択で承認されている［１］。患者の２５％がこの処置に反応し、標準処置と比較して５．５カ月間の延命効果がある。

これまで、従来のバイオマーカー、例えばＰＤ－Ｌ１若しくは突然変異ロード、又は腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞による浸潤は、転移性腎ガンを有する患者におけるこの免疫療法処置への反応を予測しない［１－３］。

本発明者らのチームの以前の研究では、本発明者らは、ＣＤ８＋Ｔ細胞上におけるＰＤ－１及びＴｉｍ－３の共発現が予後不良に関連していたことを示した。機能研究は、これらのＣＤ８＋Ｔ細胞が機能的ではなかったことを示した［４］。本発明者らの結果と一致して、他の予備研究は、この共発現が免疫療法への反応を予測し得ることを示した［５、６］。したがって、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１軸（プログラム死リガンド１）をターゲティングする最近の臨床研究では、ＰＤ－１及びＣＤ２８を発現するＣＤ８＋Ｔ細胞は処置の有効性に必要であることが示されている。興味深いことに、ＰＤ－１及びＴｉｍ－３を共発現するＣＤ８＋Ｔ細胞は主にＣＤ２８陰性である［７］。

免疫療法の使用、より具体的にはガンに対する免疫チェックポイント阻害剤の使用は最近数十年間で広まっており、固形及び血液悪性腫瘍の両方を処置するために使用されている。しかしながら、一部の患者のみが免疫チェックポイント阻害剤処置に反応する。したがって、被験体が免疫チェックポイント阻害剤による処置に反応するかを特定するために、新たなバイオマーカーの同定が必要である。

本発明は、ガンを患っている被験体が免疫チェックポイント阻害剤で反応を達成するかを決定するための方法であって、ｉ）前記被験体から得られた生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７（ｓＣＤ２７）のレベルを定量する工程、ｉｉ）工程ｉ）で定量された可溶性ＣＤ２７のレベルをその対応する所定の参照値と比較する工程、及びｉｉｉ）可溶性ＣＤ２７の前記レベルがその対応する所定の参照値よりも高い場合、前記被験体が処置に反応しないと結論付けるか、又は可溶性ＣＤ２７の前記レベルがその対応する所定の参照値よりも低い場合、前記被験体が処置に反応すると結論付ける工程を含む方法に関する。特に、本発明は特許請求の範囲により規定される。

発明の詳細な説明：
本発明者らは、２つの患者コホートと連携した：１）２０１６年以降に免疫療法（抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１）により処置された２０１６年以降の全ての患者を含み、患者の同意後にその血液及び組織サンプリングが定期的に実施されているGeorges Pompidou European Hospital (CPP: 2015-08-04-MS2)で設定されたｃｏｌチェックポイントコホート。このコホート由来の腎細胞ガン患者 ２７人をこの研究に含めた。これらの患者の２２人は明細胞腎臓ガンを有していた。２）他のセットの検体は、腎摘出術前に２サイクルのスニチニブを腎細胞ガン患者に投与したPreinsut臨床研究からのものであった［８］。このコホート由来の患者 ２７人もこの研究に含めた。

本発明者らは、処置前濃度が抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１への反応を予測する腎細胞ガンを有する患者の血漿中に存在する可溶性マーカーＣＤ２７を同定した。このマーカーは、予後マーカーというよりも、抗ＰＤ１／ＰＤ－Ｌ１処置への反応の予測マーカーのように思われる。実際、それは、抗血管新生剤で処置された転移性腎細胞ガンを有する患者のより良好な生存に関連しない。このマーカーは、転移性腎ガンを有する患者を分類する重症度の従来の臨床マーカーと相関しない。

免疫チェックポイント阻害剤処置への反応を予測するための方法
したがって、第１の態様では、本発明は、ガンを患っている被験体が免疫チェックポイント阻害剤で反応を達成するかを決定するための方法であって、ｉ）前記免疫チェックポイント阻害剤で処置された前記被験体から得られた生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを定量する工程、ｉｉ）工程ｉ）で定量された可溶性ＣＤ２７のレベルをその対応する所定の参照値と比較する工程、及びｉｉｉ）可溶性ＣＤ２７の前記レベルがその対応する所定の参照値よりも高い場合、前記被験体が処置に反応しないと結論付けるか、又は可溶性ＣＤ２７の前記レベルがその対応する所定の参照値よりも低い場合、前記被験体が処置に反応すると結論付ける工程を含む方法に関する。

特に、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤による処置前にガンを患っている被験体の全生存（ＯＳ）を予測するための方法であって、ｉ）前記被験体から得られた生物学的サンプル中のｓＣＤ２７のレベルを決定すること、ｉｉ）前記レベルを所定の参照値と比較すること、及びｉｉｉ）ｓＣＤ２７の前記レベルが前記所定の参照値よりも低い場合、予後良好を提供し、ｓＣＤ２７の前記レベルが前記所定の参照値よりも高い場合、予後不良を提供することからなる工程を含む方法に関する。

本明細書で使用される場合、「反応を達成するであろう」又は「反応する」という用語は、ガンを患っている被験体の処置への反応を指す。典型的には、このような処置は、ガンに関連する病理学的症候、疾患進行若しくは生理学的症状の改善又はそれへの屈服抵抗性を誘導し、向上させ又は別様に引き起こす。特に、本発明の文脈では、「反応する」という用語は、病理学的症候の改善に対する免疫チェックポイント阻害剤の能力を指し、したがって、被験体は、処置を受けていない被験体と比較して臨床的改善を示す。前記被験体は、処置への「反応者」とみなされる。「反応しない」という用語は、免疫チェックポイント阻害剤処置による処置へのいかなる臨床的改善も示さない被験体を指す。この被験体は、処置への「非反応者」とみなされる。したがって、「非反応者」とみなされる被験体は、治療レジメンにおいて特定のモニタリングを有する。特定の実施態様では、処置への反応は、固形腫瘍効果判定基準（ＲＥＣＩＳＴ）の基準により決定される。この基準は、ガン患者における腫瘍が処置中に改善（「反応」）、現状維持（「安定化」）又は悪化（「進行」）する時期を定義する一連の公開されている規則を指す。本発明の文脈では、被験体が反応者として特定される場合、それは、前記被験体が全生存及び無進行生存（ＯＳ／ＰＦＳ）を改善することを意味する。より具体的には、可溶性ＣＤ２７は、免疫チェックポイント阻害剤による処置を開始する前に、被験体の全生存（ＯＳ）を決定するためのツールである。

本明細書で使用される場合、「全生存（ＯＳ）」という用語は、（本発明にしたがって）ガンなどの疾患と診断されたか又はその処置を開始した後、一定期間にわたって依然として生存する研究群又は処置群の被験体のパーセンテージを示す。

本明細書で使用される場合、「ガン」という用語は、細胞の無制御な分裂に起因する悪性成長又は腫瘍を指す。「ガン」という用語は、原発性腫瘍及び転移性腫瘍を含む。

加えて、ガンは、具体的には以下の組織学的タイプのものであり得るが、それはこれらに限定されない：悪性新生物；ガン腫；未分化ガン腫；巨細胞及び紡錘細胞ガン腫；小細胞ガン腫；乳頭ガン腫；扁平上皮ガン腫；リンパ上皮ガン腫；基底細胞ガン腫；石灰化上皮ガン腫；移行上皮ガン腫；乳頭状移行上皮ガン腫；腺ガン；悪性ガストリノーマ；胆管ガン腫；肝細胞ガン腫；肝細胞ガン腫及び胆管ガン腫の混合型；索状腺ガン；腺様嚢胞ガン腫；腺腫性ポリープ中の腺ガン；家族性大腸ポリポーシス腺ガン；固形ガン腫；悪性カルチノイド腫瘍；細気管支肺胞腺ガン；乳頭腺ガン；色素嫌性ガン腫；好酸球ガン腫；好酸性腺ガン；好塩基球ガン腫；明細胞腺ガン；顆粒細胞ガン腫；濾胞腺ガン；乳頭及び濾胞腺ガン；非被包性硬化性ガン腫；副腎皮質ガン腫；類内膜ガン腫；皮膚付属器ガン腫；アポクリン腺ガン；皮脂腺ガン；耳垢腺ガン；粘液性類表皮ガン腫；嚢胞腺ガン；乳頭状嚢胞腺ガン；乳頭状漿液性嚢胞腺ガン；ムチン性嚢胞腺腫；粘液腺ガン；印環細胞ガン腫；浸潤性導管ガン腫；髄様ガン腫；小葉ガン腫；炎症性ガン腫；乳房パジェット病；腺房細胞ガン腫；腺扁平上皮ガン腫；扁平上皮化生を伴う腺ガン；悪性胸腺腫；悪性卵巣間質腫瘍；悪性莢膜腫瘍；悪性顆粒膜細胞腫；悪性神経芽細胞腫；セルトリ細胞ガン腫；悪性ライディッヒ細胞腫；悪性脂質細胞腫；悪性傍神経節腫；悪性乳房外傍神経節腫；褐色細胞腫；グロムス血管肉腫；悪性メラノーマ；メラニン欠乏性メラノーマ；表在拡大型メラノーマ；巨大色素性母斑中の悪性メラノーマ；類上皮細胞メラノーマ；悪性青色母斑；肉腫；線維肉腫；悪性線維性組織球腫；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胎児性横紋筋肉腫；胞巣状横紋筋肉腫；間質肉腫；悪性混合腫瘍；ミュラー管混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；ガン肉腫；悪性間葉腫；悪性ブレンナー腫瘍；悪性葉状腫瘍；滑膜肉腫；悪性中皮腫；未分化胚細胞腫；胚性ガン腫；悪性奇形腫；悪性卵巣甲状腺種；絨毛ガン；悪性中腎腫；血管肉腫；悪性血管内皮腫；カポジ肉腫；悪性血管外皮腫；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；悪性軟骨芽細胞腫；間葉性軟骨肉腫；骨巨細胞腫；ユーイング肉腫；悪性歯原性腫瘍；エナメル上皮肉腫；悪性エナメル上皮腫；エナメル上皮線維肉腫；悪性松果体腫；脊索腫；悪性神経膠腫；上衣腫；星状細胞腫；原形質性星状細胞腫；線維性星状細胞腫；星状芽細胞腫；膠芽腫；乏突起膠腫；乏突起膠芽腫；原始神経外胚葉腫瘍；小脳肉腫；神経節芽細胞腫；神経芽腫；網膜芽細胞腫；嗅神経原性腫瘍；悪性髄膜腫；神経線維肉腫；悪性神経鞘腫；悪性顆粒細胞腫；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキンリンパ腫；側肉芽腫；悪性小リンパ球性リンパ腫；悪性びまん性大細胞型リンパ腫；悪性濾胞性リンパ腫；菌状息肉腫；他の特定されている非ホジキンリンパ腫；悪性組織球増殖症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞性白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞性白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞性白血病；巨核芽球性白血病；骨髄性肉腫；並びに有毛細胞白血病。

特定の実施態様では、ガンは腎臓ガンである。本明細書で使用される場合、「腎臓ガン」、「腎ガン」又は「腎細胞ガン腫」という用語は、腎臓から生じたガンを指す。本明細書で使用される場合、「腎細胞ガン」又は「腎細胞ガン腫」（ＲＣＣ）という用語は、近位尿細管の内層に由来するガンを指す。より具体的には、ＲＣＣは、いくつかの比較的一般的な組織学的サブタイプを包含する：明細胞腎細胞ガン腫、乳頭（好色素性）、色素嫌性、集合管ガン腫及び髄様ガン腫。明細胞腎細胞ガン腫（ｃｃＲＣＣ）は、ＲＣＣの最も一般的なサブタイプである。特定の実施態様では、ガンは転移性腎細胞ガン腫である。

別の実施態様では、ガンは肺ガンである。本明細書で使用される場合、「肺ガン」という用語は、限定されないが、全ての進行段階の全てのタイプの肺ガン、例えば肺ガン腫転移性肺ガン、非小細胞肺ガン腫（ＮＳＣＬＣ）、例えば肺腺ガン、扁平上皮細胞ガン腫又は小細胞肺ガン腫（ＳＣＬＣ）を含む。いくつかの実施態様では、被験体は非小細胞肺ガン腫（ＮＳＣＬＣ）を患っている。

本明細書で使用される場合、「被験体」という用語は、哺乳動物、例えば齧歯類、ネコ、イヌ及び霊長類を意味する。特に、本発明の被験体はヒトである。より具体的には、本発明の被験体は、腎細胞ガン（ＲＣＣ）を有するか又は有しやすい。特定の実施態様では、被験体は、肺ガンを有するか又は有しやすい。

本明細書で使用される場合、「生物学的サンプル」という用語は、被験体から得られた任意のサンプル、例えば血清サンプル、血漿サンプル、尿サンプル、血液サンプル、リンパサンプル又は組織生検を指す。特定の実施態様では、発現レベルの決定のための生物学的サンプルは、血液サンプル、リンパサンプル又は生検などのサンプルを含む。特定の実施態様では、生物学的サンプルは血液サンプルである。別の実施態様では、生物学的サンプルは血漿サンプルである。

本明細書で使用される場合、「ＣＤ２７」という用語は、腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーのメンバーである。現在、それは、共刺激性免疫チェックポイント分子として免疫学者の関心対象である。ＣＤ２７はリガンドＣＤ７０に結合し、Ｂ細胞活性化及び免疫グロブリン合成のレギュレーションにおいて重要な役割を果たす。膜結合ＣＤ２７の細胞外ドメインと同一の３２ｋＤタンパク質である可溶型ＣＤ２７（ｓＣＤ２７）は、レセプタータンパク質のディファレンシャルなスプライシング又はプロテアーゼによる細胞表面からの脱落によるリンパ球活性化後に放出され得る。

本明細書で使用される場合、「可溶性ＣＤ２７のレベル」という用語は、可溶性ＣＤ２７の濃度を指す。典型的には、可溶性ＣＤ２７遺伝子のレベル又は濃度は、当業者が公知の任意の技術により決定され得る。特に、濃度は、ゲノム及び／又は核酸及び／又はタンパク質レベルで測定され得る。特定の実施態様では、遺伝子の発現レベルは、各遺伝子の核酸転写産物の量を測定することにより決定される。別の実施態様では、発現レベルは、各遺伝子に対応するタンパク質の量を測定することにより決定される。核酸転写産物の量は、当業者に公知の任意の技術により測定され得る。特に、測定は、抽出メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）サンプルに対して直接行われ得るか、又は当技術分野で周知の技術により抽出ｍＲＮＡから調製された逆転写相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に対して行われ得る。ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡサンプルから、核酸転写産物の量は、核酸マイクロアレイ、定量的ＰＣＲ、マイクロ流体カード、及び標識プローブとのハイブリダイゼーションを含む当業者に公知の任意の技術を使用して測定され得る。特定の実施態様では、発現レベルは、定量的ＰＣＲを使用して決定される。定量的又はリアルタイムＰＣＲは、当業者に周知の容易に利用可能な技術であり、詳細な説明を必要としない。ｍＲＮＡの量を決定するための方法は当技術分野で周知である。例えば、生物学的サンプルに含まれる核酸は、最初に、標準的な方法にしたがって、例えば溶解酵素若しくは化学溶液を使用して抽出されるか、又は製造業者の指示にしたがって核酸結合樹脂により抽出される。次いで、抽出ｍＲＮＡは、ハイブリダイゼーション（例えば、ノーザンブロット分析）及び／又は増幅（例えば、ＲＴ－ＰＣＲ）により検出される。好ましくは、定量的又は半定量的ＲＴ－ＰＣＲが好ましい。リアルタイム定量的又は半定量的ＲＴ－ＰＣＲが特に有利である。他の増幅方法としては、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）及び核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられる。少なくとも１０個のヌクレオチドを有する核酸であって、本明細書の目的のｍＲＮＡとの配列相補性又は相同性を示す核酸は、ハイブリダイゼーションプローブ又は増幅プライマーとして有用である。このような核酸は、同程度のサイズの相同領域と同一である必要はないが、典型的には少なくとも約８０％同一、より好ましくは８５％同一、さらに好ましくは９０～９５％同一であると理解される。特定の実施態様では、ハイブリダイゼーションを検出するために、適切な手段、例えば検出可能な標識と組み合わせて核酸を使用することが有利であろう。蛍光性、放射性、酵素性又は他のリガンド（例えば、アビジン／ビオチン）を含む多種多様な適切な指示薬が当技術分野で公知である。プローブは、典型的には、１０～１０００ヌクレオチド、例えば１０～８００、より好ましくは１５～７００、典型的には２０～５００の長さの一本鎖核酸を含む。プライマーは、典型的には、増幅すべき目的の核酸と完全に又はほぼ完全にマッチするように設計された１０～２５ヌクレオチドの長さの短い一本鎖核酸である。プローブ及びプライマーは、それらがハイブリダイズする核酸に「特異的」であり、すなわち、それらは、好ましくは高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下（最高融解温度Ｔｍ、例えば５０％ホルムアミド、５×又は６×ＳＣＣに対応する。ＳＣＣは、０．１５Ｍ ＮａＣｌ、０．０１５Ｍクエン酸Ｎａである）でハイブリダイズする。上記増幅及び検出方法で使用される核酸プライマー又はプローブは、キットとしてアセンブルされ得る。このようなキットは、コンセンサスプライマー及び分子プローブを含む。キットはまた、増幅が起こったかを決定するために必要な構成要素を含む。キットはまた、例えば、ＰＣＲバッファー及び酵素；ポジティブコントロール配列、反応コントロールプライマー；並びに特定の配列を増幅及び検出するための説明書を含み得る。特定の実施態様では、本発明の方法は、生物学的サンプルから抽出された全ＲＮＡを提供する工程、並びにより具体的には定量的又は半定量的ＲＴ－ＰＣＲによる増幅及び特定のプローブへのハイブリダイゼーションにＲＮＡを供する工程を含む。別の実施態様では、発現レベルは、ＤＮＡチップ分析により決定される。このようなＤＮＡチップ又は核酸マイクロアレイは、マイクロチップ、スライドガラス又はミクロスフェアサイズのビーズであり得る基材に化学的に結合した異なる核酸プローブからなる。マイクロチップは、ポリマー、プラスチック、樹脂、多糖類、シリカ若しくはシリカベースの材料、炭素、金属、無機ガラス、又はニトロセルロースから構成され得る。プローブは、約１０～約６０塩基対であり得る核酸、例えばｃＤＮＡ又はオリゴヌクレオチドを含む。発現レベルを決定するために、場合により最初に逆転写に供された試験被験体由来の生物学的サンプルを標識し、ハイブリダイゼーション条件下でマイクロアレイと接触させ、マイクロアレイ表面に結合したプローブ配列に相補的なターゲット核酸間で複合体を形成させる。次いで、ハイブリダイズした標識複合体を検出し、定量又は半定量し得る。標識は、様々な方法により、例えば放射性又は蛍光標識を使用することにより達成され得る。マイクロアレイハイブリダイゼーション技術の多くの変形が当業者に利用可能である（例えば、Hoheiselによる総説Nature Reviews, Genetics, 2006, 7:200-210を参照のこと）。

特定の実施態様では、被験体から得られた血漿サンプル中に存在する可溶性ＣＤ２７（ｓＣＤ２７）のレベルは、例えば、血漿サンプル中に存在するｓＣＤ２７の量を検出することにより決定される。いくつかの実施態様では、ｓＣＤ２７の量を決定するために、サンプルは、ｓＣＤ２７に特異的に結合する特異的結合剤（例えば、抗体、例えばモノクローナル抗体抗ＣＤ２７又はタンパク質、例えばＣＤ７０）と接触され、ｓＣＤ２７に結合した特異的結合剤の量が検出される。本発明の文脈では、Procartaplexキット(Thermofischer)を使用して、可溶性阻害剤又は活性化因子レセプター（ＢＴＬＡ、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ、ＬＡＧ－３、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、Ｔｉｍ－３、ＣＤ２８、ＣＤ８０、４－１ＢＢ、ＣＤ２７及びＣＴＬＡ－４）のパネルを行った。

いくつかの実施態様では、血漿サンプル中に存在するｓＣＤ２７の量は、質量分析により検出される。いくつかの実施態様では、血清サンプル中に存在するｓＣＤ２７の量は、血漿サンプル中のｓＣＤ２７の活性を測定することにより検出される。この量は、コントロール値と比較される。典型的には、ログランク（カプランマイヤー）又はコックス検定を使用して、異なるパラメータを患者生存と相関させた。それらを二分するための中央値の閾値を用いて定性的に、又は定量的に（コックスモデル）、異なる変数を分析した。（中央値を超える又はそれ未満の）血漿ＣＤ２７濃度に応じて選択した２つのグループに患者を分けた。処置の開始から患者生存を決定した。ログランク検定を実施して、２つのグループの患者の生存を比較した。ＣＤ２７マーカーの場合、使用した統計的検定にかかわらず、この相関が見出された：ログランク（定性的変数）（ｐ＝０．００５）（図１Ａ）又はコックスモデル（定量的変数）（表１）（ｐ＝０．０４）。

いくつかの実施態様では、可溶性ＣＤ２７のレベルの複合であるスコアが決定され、参照値と比較される。参照値よりも高い濃度の可溶性ＣＤ２７が決定された場合、それは、被験体が免疫チェックポイント阻害剤への反応を達成しないであろうことを示す。参照値よりも低い濃度の可溶性ＣＤ２７が決定された場合、それは、被験体が免疫チェックポイント阻害剤に反応するであろうことを示す。典型的には、所定の参照値は、実験的、経験的又は理論的に決定され得る閾値又はカットオフ値である。閾値はまた、当業者により認識されるように、既存の実験的及び／又は臨床的条件に基づいて任意に選択され得る。例えば、所定の参照値の確立では、適切に保存された病歴の血漿サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルの遡及的測定が使用され得る。閾値は、試験の機能及びベネフィット／リスクバランス（偽陽性及び偽陰性の臨床転帰）にしたがって、最適な感度及び特異度を得るために決定されなければならない。典型的には、最適な感度及び特異度（及びそれ故に閾値）は、実験データに基づく受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して決定され得る。例えば、参照群における可溶性ＣＤ２７の発現レベルを決定した後、試験すべきサンプルで決定された発現レベルの統計的処理のためにアルゴリズム分析を使用して、サンプル分類のために有意性を有する分類標準を得ることができる。ＲＯＣ曲線の完全な名称は、受診者動作特性曲線としても公知の受信者動作特性曲線である。それは、臨床生化学的診断検査に主に使用される。ＲＯＣ曲線は、真の陽性率（感度）及び偽陽性率（１－特異度）の連続変数を反映する包括的指標である。それは、画像合成法を用いて感度と特異度との間の関係を明らかにする。一連の異なるカットオフ値（閾値又は臨界値、診断検査の正常結果と異常結果との間の境界値）を連続変数として設定して、一連の感度及び特異度の値を計算する。次いで、感度を垂直座標として使用し、特異度を水平座標として使用して曲線を描く。曲線下面積（ＡＵＣ）が大きいほど、診断の精度は高くなる。ＲＯＣ曲線上では、座標図のはるか左上に最も近い点は、高感度値及び高特異度値の両方を有する臨界点である。ＲＯＣ曲線のＡＵＣ値は１．０～０．５である。ＡＵＣ＞０．５である場合、ＡＵＣが１に近づくにつれて診断結果はより良好になる。ＡＵＣが０．５～０．７である場合、精度は低い。ＡＵＣが０．７～０．９である場合、精度は中程度である。ＡＵＣが０．９よりも高い場合、精度は高い。このアルゴリズム法は、好ましくはコンピュータで行われる。当技術分野における既存のソフトウェア又はシステム、例えばMedCalc 9.2.0.1医療統計ソフトウェア、SPSS 9.0, ROCPOWER.SAS, DESIGNROC.FOR, MULTIREADER POWER.SAS, CREATE-ROC.SAS, GB STAT VI0.0 (Dynamic Microsystems, Inc. Silver Spring, Md., USA)は、ＲＯＣ曲線の描画に使用され得る。

特定の実施態様では、本発明の方法は、アルゴリズムにより被験体を分類し、被験体が免疫チェックポイント阻害剤処置への反応を達成するかを決定する工程をさらに含む。

典型的には、本発明の方法は、ａ）生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを定量すること；ｂ）定量されたｓＣＤ２７レベルを含むデータに対して分類アルゴリズムを実行してアルゴリズムアウトプットを得ること；ｃ）工程ｂ）のアルゴリズムアウトプットから、被験体が免疫チェックポイント阻害剤への反応を達成するか否かの確率を決定することを含む。

いくつかの実施態様では、本発明の方法では、アルゴリズムは、線形判別分析（ＬＤＡ）、トポロジカルデータ分析（ＴＤＡ）、ニューラルネットワーク、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）アルゴリズム及びランダムフォレストアルゴリズム（ＲＦ）から選択され、線形判別分析（ＬＤＡ）、トポロジカルデータ分析（ＴＤＡ）、ニューラルネットワーク、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）アルゴリズム及びランダムフォレストアルゴリズム（ＲＦ）から選択される。

いくつかの実施態様では、本発明の方法は、分類アルゴリズムを使用して被験体反応を決定する工程を含む。本明細書で使用される場合、「分類アルゴリズム」という用語は、当技術分野におけるその一般的な意味を有し、米国特許第８，１２６，６９０号；国際公開公報第２００８／１５６６１７号に記載されているような当技術分野で周知の分類及び回帰ツリー法並びに多変量分類を指す。本明細書で使用される場合、「サポートベクターマシン（ＳＶＭ）」という用語は、パターン認識に有用な普遍的学習マシンであって、その決定面が、サポートベクターのセット及び対応する重みのセットによりパラメータ化される普遍的学習マシンであり、複数の変数を別個に処理せずに同時に処理する方法を指す。したがって、サポートベクターマシンは、分類のための統計ツールとして有用である。サポートベクターマシンは、そのｎ次元入力空間を高次元特徴空間に非線形的にマッピングし、特徴間の最適なインターフェイス（最適な分割平面）を提示する。サポートベクターマシンは、２つの段階：トレーニング段階及びテスト段階を含む。トレーニング段階では、サポートベクターが生産され、テスト段階では、特定の規則にしたがって推定が実施される。一般に、ＳＶＭは、被験体ごとのバイオマーカー測定の１つのｋ－次元ベクトル（ｋ－タプルと称される）に基づいて、ｎ人の各被験体を２つ以上の疾患カテゴリに分類するのに使用するためのモデルを提供する。ＳＶＭは、最初に、カーネル関数を使用してｋ－タプルを同等以上の次元の空間に変換する。カーネル関数は、元のデータスペースで可能であるよりも、超平面を使用してカテゴリをより良く分離し得るスペースにデータを投影する。カテゴリ間を区別するための超平面を決定するために、疾患カテゴリ間の境界に最も近いサポートベクターのセットが選択され得る。次いで、サポートベクターと超平面との間の距離が誤った予測にペナルティを科すコスト関数の範囲内で最大になるように、公知のＳＶＭ手法により超平面が選択される。この超平面は、予測の観点からデータを最適に分離するものである(Vapnik, 1998 Statistical Learning Theory. New York: Wiley)。次いで、新たな観察結果は、観察結果が超平面との関連で存在する場所に基づいて、目的のカテゴリのいずれか１つに属するとして分類される。２つを超えるカテゴリが検討される場合、カテゴリの全てについてプロセスをペアワイズで行い、それらの結果を組み合わせて、全てのカテゴリ間を区別する規則を作る。本明細書で使用される場合、「ランダムフォレストアルゴリズム」又は「ＲＦ」という用語は、当技術分野におけるその一般的な意味を有し、米国特許第８，１２６，６９０号；国際公開公報第２００８／１５６６１７号に記載されているような分類アルゴリズムを指す。ランダムフォレストは、Leo Breiman (Breiman L, “Random forests,” Machine Learning 2001, 45:5-32)により最初に開発されたアルゴリズムを使用して構築された決定木ベースの分類子である。分類子は多数の個々の決定木を使用し、個々のツリーにより決定されるクラスのモードを選択することによりクラスを決定する。個々のツリーは、以下のアルゴリズムを使用して構築される：（１）トレーニングセットのケースの数がＮであり、分類子の変数の数がＭであると仮定し；（２）ツリーのノードにおける決定を判定するために使用される入力変数の数を選択し；この数ｍはＭよりもはるかに小さいものとすべきであり；（３）置き換えられたトレーニングセットからＮ個のサンプルを選択することにより、トレーニングセットを選択し；（４）ツリーの各ノードについて、そのノードにおける決定の基礎となるＭ個の変数のうちのｍ個をランダムに選択し；（５）トレーニングセットのこれらｍ個の変数に基づいて最適な分割を計算する。いくつかの実施態様では、スコアは、コンピュータプログラムにより生成される。

本発明のアルゴリズムは、１つ以上のコンピュータプログラムを実行して、入力データを操作して出力を生成することにより機能を実施する１つ以上のプログラム可能なプロセッサにより実施され得る。アルゴリズムはまた、特殊目的の論理回路、例えばＦＰＧＡ（フィールド・プログラマブル・ゲート・アレイ）又はＡＳＩＣ（特定用途向け集積回路）により実施され得、装置もそれらとして実装され得る。コンピュータプログラムの実行に適切なプロセッサとしては、例として、汎用及び特殊目的の両方のマイクロプロセッサ、並びに任意の種類のデジタルコンピュータのいずれか１つ以上のプロセッサが挙げられる。一般に、プロセッサは、読み取り専用メモリ又はランダムアクセスメモリ又はその両方から命令及びデータを受信するであろう。コンピュータの必須エレメントは、命令を実施するためのプロセッサと、命令及びデータを格納するための１つ以上のメモリデバイスとである。一般に、コンピュータはまた、データを格納するための１つ以上の大容量ストレージデバイス、例えば磁気ディスク、光磁気ディスク若しくは光ディスクを含むか、又はそれからデータを受信するか、若しくはそれにデータを転送するか、若しくはその両方であるように作動可能に結合される。しかしながら、コンピュータは、このようなデバイスを必要しない。また、コンピュータは、別のデバイスに組み込まれ得る。コンピュータプログラム命令及びデータを格納するために適切なコンピュータ可読媒体としては、例として、半導体メモリデバイス、例えばＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ及びフラッシュメモリデバイス；磁気ディスク、例えば内蔵ハードディスク又はリムーバブルディスク；光磁気ディスク；並びにＣＤ－ＲＯＭ及びＤＶＤ－ＲＯＭディスクを含む全ての形態の不揮発性メモリ、メディア及びメモリデバイスが挙げられる。プロセッサ及びメモリは、特殊目的の論理回路により補完され得るか又はそれに組み込まれ得る。ユーザとの対話を提供するために、本発明の実施態様は、情報をユーザに表示するためのディスプレイデバイス、例えば非限定的な例では、ＣＲＴ（陰極線管）又はＬＤＣ（液晶ディスプレイ）モニタと、ユーザが入力をコンピュータに提供し得るキーボード及びポインティングデバイス、例えばマウス又はトラックボールとを有するコンピュータ上に実装され得る。他の種類のデバイスは、ユーザとの対話を提供するために使用され得；例えば、ユーザに提供されるフィードバックは、任意の形態の感覚的フィードバック、例えば視覚的フィードバック、聴覚的フィードバック又は触覚的フィードバックであり得；ユーザからの入力は、音響的、音声的又は触覚的入力を含む任意の形態で受信され得る。したがって、いくつかの実施態様では、アルゴリズムは、例えばデータサーバーとしてのバックエンドコンポーネントを含むか、又はミドルウェアコンポーネント、例えばアプリケーションサーバーを含むか、又はフロントエンドコンポーネント、例えばユーザが本発明の実装と対話し得るグラフィカルユーザインターフェース若しくはウェブブラウザを有するクライアントコンピュータを含むか、又は１つ以上のこのようなバックエンド、ミドルウェア若しくはフロントエンドコンポーネントの任意の組み合わせであるコンピューティングシステムで実装され得る。システムのコンポーネントは、任意の形態又は媒体のデジタルデータ通信、例えば通信ネットワークにより相互接続され得る。通信ネットワークの例としては、ローカルエリアネットワーク（「ＬＡＮ」）及びワイドエリアネットワーク（「ＷＡＮ」）、例えばインターネットが挙げられる。コンピューティングシステムは、クライアント及びサーバーを含み得る。クライアント及びサーバーは一般に互いにリモートであり、典型的には通信ネットワークを介して相互作用する。クライアント及びサーバーの関係は、それぞれのコンピュータで実行するコンピュータプログラムであって、互いにクライアント及びサーバー関係を有するコンピュータプログラムにより発生する。

本明細書で使用される場合、「免疫チェックポイント阻害剤」という用語は、１つ以上の免疫チェックポイントタンパク質を完全に又は部分的に低減、阻害、妨害又はモデュレーションする分子を指す。

本明細書で使用される場合、「免疫チェックポイントタンパク質」という用語は、当技術分野におけるその一般的な意味を有し、Ｔ細胞により発現される分子であって、シグナルを強めるか（刺激性チェックポイント分子）、又はシグナルを弱める（阻害性チェックポイント分子）分子を指す。免疫チェックポイント分子は、ＣＴＬＡ－４及びＰＤ－１依存性経路と同様の免疫チェックポイント経路を構成することが当技術分野で認識されている（例えば、Pardoll, 2012. Nature Rev Cancer 12:252-264; Mellman et al. 2011. Nature 480:480- 489を参照のこと）。刺激性チェックポイントの例としては、ＣＤ２７ ＣＤ２８ ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ及びＩＣＯＳが挙げられる。阻害性チェックポイント分子の例としては、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＣＤ２７７、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３及びＶＩＳＴＡが挙げられる。Ａ２ａレセプターの活性化につながる免疫微小環境中のアデノシンは負の免疫フィードバックループであり、腫瘍微小環境は比較的高いアデノシン濃度を有するので、アデノシンＡ２Ａレセプター（Ａ２ＡＲ）は、ガン治療における重要なチェックポイントとみなされる。ＣＤ２７６とも称されるＢ７－Ｈ３は、共刺激性分子であると当初は理解されていたが、現在は共阻害性分子とみなされている。ＶＴＣＮ１とも称されるＢ７－Ｈ４は、腫瘍細胞及び腫瘍関連マクロファージにより発現され、腫瘍回避において役割を果たす。ＣＤ２７２とも称されるＢ及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）は、そのリガンドとしてＨＶＥＭ（ヘルペスウイルスエントリメディエーターを有する。ＢＴＬＡの表面発現は、ナイーブ細胞からエフェクター細胞表現型へのヒトＣＤ８＋Ｔ細胞の分化の間に徐々にダウンレギュレーションされるが、しかしながら、腫瘍特異的ヒトＣＤ８＋Ｔ細胞は高レベルのＢＴＬＡを発現する。ＣＴＬＡ－４、すなわち細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４はＣＤ１５２とも称される。Ｔｒｅｇ細胞上におけるＣＴＬＡ－４の発現は、Ｔ細胞増殖をコントロールするように機能する。ＩＤＯ、すなわちインドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼは、関連免疫阻害性酵素であるトリプトファン異化酵素である。別の重要な分子は、ＴＤＯ、すなわちトリプトファン２，３－ジオキシゲナーゼである。ＩＤＯは、Ｔ細胞及びＮＫ細胞を抑制し、Ｔｒｅｇ及び骨髄由来サプレッサー細胞を生成及び活性化し、腫瘍血管新生を促進することが公知である。ＫＩＲ、すなわちキラー細胞免疫グロブリン様レセプターは、ナチュラルキラー細胞上のＭＨＣクラスＩ分子のレセプターである。ＬＡＧ３、すなわちリンパ球活性化遺伝子－３は、Ｔｒｅｇに対する作用により、及びＣＤ８＋Ｔ細胞に対する直接的な効果により免疫反応を抑制するように働く。ＰＤ－１、すなわちプログラム死１（ＰＤ－１）レセプターは、２つのリガンドＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２を有する。このチェックポイントは、２０１４年９月にＦＤＡ承認を得たMerck & Co.のメラノーマ薬であるKeytrudaのターゲットである。ＰＤ－１をターゲティングする利点は、それが腫瘍微小環境における免疫機能を回復させ得ることである。Ｔ細胞免疫グロブリンドメイン及びムチンドメイン３の略語であるＴＩＭ－３は、活性化ヒトＣＤ４＋Ｔ細胞上で発現し、Ｔｈ１及びＴｈ１７サイトカインをレギュレーションする。ＴＩＭ－３は、そのリガンドのガレクチン－９との相互作用により細胞死をトリガーすることにより、Ｔｈ１／Ｔｃ１機能のネガティブレギュレーターとして作用する。腫瘍内の白血球上におけるＶＩＳＴＡの一貫した発現が、広範囲の固形腫瘍にわたってＶＩＳＴＡ遮断が有効であることを可能にし得るように、Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇサプレッサーの略語であるＶＩＳＴＡは造血細胞上で主に発現される。腫瘍細胞は、多くの場合、これらのチェックポイントを利用して、免疫系による検出を逃れる。したがって、免疫系のチェックポイントタンパク質の阻害は、抗腫瘍Ｔ細胞反応を増強し得る。

いくつかの実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質の機能を阻害する任意の化合物を指す。阻害は、機能の減少及び完全な遮断を含む。いくつかの実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質及びそれらのリガンドに結合する抗体、合成若しくはネイティブ配列ペプチド、小分子又はアプタマーであり得る。

特定の実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤は抗体である。

典型的には、抗体は、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＣＤ２７７、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３又はＶＩＳＴＡに対するものである。

特定の実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、国際公開公報第２０１１０８２４００号、国際公開公報第２００６１２１１６８号、国際公開公報第２０１５０３５６０６号、国際公開公報第２００４０５６８７５号、国際公開公報第２０１００３６９５９号、国際公開公報第２００９１１４３３５号、国際公開公報第２０１００８９４１１号、国際公開公報第２００８１５６７１２号、国際公開公報第２０１１１１０６２１号、国際公開公報第２０１４０５５６４８号及び国際公開公報第２０１４１９４３０２号に記載されているような抗ＰＤ－１抗体である。市販されている抗ＰＤ－１抗体の例：ニボルマブ(Opdivo（登録商標）, BMS)、ペムブロリズマブ(ランブロリズマブ、KEYTRUDA（登録商標）又はMK-3475とも称される、MERCK)。

いくつかの実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、国際公開公報第２０１３０７９１７４号、国際公開公報第２０１００７７６３４号、国際公開公報第２００４００４７７１号、国際公開公報第２０１４１９５８５２号、国際公開公報第２０１００３６９５９号、国際公開公報第２０１１０６６３８９号、国際公開公報第２００７００５８７４号、国際公開公報第２０１５０４８５２０号、米国特許第８６１７５４６号及び国際公開公報第２０１４０５５８９７号に記載されているような抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。臨床試験中の抗ＰＤ－Ｌ１抗体の例：アテゾリズマブ(MPDL3280A, Genentech/Roche)、デュルバルマブ(AZD9291, AstraZeneca)、アベルマブ(MSB0010718Cとしても公知、Merck)及びBMS-936559 (BMS)。

いくつかの実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、米国特許第７７０９２１４号、米国特許第７４３２０５９号及び米国特許第８５５２１５４号に記載されているような抗ＰＤ－Ｌ２抗体である。

本発明の文脈では、免疫チェックポイント阻害剤は、Ｔｉｍ－３又はそのリガンドを阻害する。

特定の実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、国際公開公報第０３０６３７９２号、国際公開公報第２０１１１５５６０７号、国際公開公報第２０１５１１７００２号、国際公開公報第２０１０１１７０５７号及び国際公開公報第２０１３００６４９０号に記載されているような抗Ｔｉｍ－３抗体である。

いくつかの実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤は有機小分子である。

本明細書で使用される場合、「有機小分子」という用語は、医薬品で一般に使用される有機分子と同程度のサイズの分子を指す。この用語は、生物学的高分子（例えば、タンパク質、核酸など）を除外する。典型的には、有機小分子は、最大約５０００Ｄａ、より好ましくは最大２０００Ｄａ、最も好ましくは最大約１０００Ｄａのサイズの範囲である。

典型的には、有機小分子は、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＣＤ２７７、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３又はＶＩＳＴＡのトランスダクション経路を妨害する。

特定の実施態様では、有機小分子は、ＰＤ－１及びＴｉｍ－３のトランスダクション経路を妨害する。例えば、それらは、ＰＤ－１及びＴｉｍ－３経路に関与する分子、レセプター又は酵素を妨害し得る。

特定の実施態様では、有機小分子は、インドールアミン－ピロール２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）阻害剤を妨害する。ＩＤＯは、トリプトファン異化作用に関与する(Liu et al 2010, Vacchelli et al 2014, Zhai et al 2015)。ＩＤＯ阻害剤の例は、国際公開公報第２０１４１５０６７７号に記載されている。ＩＤＯ阻害剤の例としては、限定されないが、１－メチル－トリプトファン（ＩＭＴ）、β－（３－ベンゾフラニル）－アラニン、β－（３－ベンゾ（ｂ）チエニル）－アラニン、６－ニトロ－トリプトファン、６－フルオロ－トリプトファン、４－メチル－トリプトファン、５－メチルトリプトファン、６－メチル－トリプトファン、５－メトキシ－トリプトファン、５－ヒドロキシ－トリプトファン、インドール－３－カルビノール、３，３’－ジインドリルメタン、没食子酸エピガロカテキン、５－Ｂｒ－４－Ｃｌ－インドキシル１，３－ジアセタート、９－ビニルカルバゾール、アセメタシン、５－ブロモ－トリプトファン、５－ブロモインドキシルジアセタート、３－アミノ－ナフトエ酸、ピロリジンジチオカルバマート、４－フェニルイミダゾール、ブラシニン誘導体、チオヒダントイン誘導体、β－カルボリン誘導体又はブラッシレキシン誘導体が挙げられる。特定の実施態様では、ＩＤＯ阻害剤は、１－メチル－トリプトファン、β－（３－ベンゾフラニル）－アラニン、６－ニトロ－Ｌ－トリプトファン、３－アミノ－ナフトエ酸及びβ－［３－ベンゾ（ｂ）チエニル］－アラニン又はそれらの誘導体若しくはプロドラッグから選択される。

特定の実施態様では、ＩＤＯの阻害剤はエパカドスタット（ＩＮＣＢ２４３６０、ＩＮＣＢ０２４３６０）であり、当技術分野における以下の化学式を有し、－Ｎ－（３－ブロモ－４－フルオロフェニル）－Ｎ’－ヒドロキシ－４－｛［２－（スルファモイルアミノ）－エチル］アミノ｝－１，２，５－オキサジアゾール－３カルボキシミダミドを指す：

特定の実施態様では、阻害剤は、国際公開公報第２００９０５４８６４号に記載されているようなＲ４２８とも称されるＢＧＢ３２４であり、１Ｈ－１，２，４－トリアゾール－３，５－ジアミン、１－（６，７－ジヒドロ－５Ｈ－ベンゾ）［６，７］シクロヘプタ［１，２－ｃ］ピリダジン－３－イル）－Ｎ３－［（７Ｓ）－６，７，８，９－テトラヒドロ－７－（１－ピロリジニル）－５Ｈ－ベンゾシクロヘプテン－２－ｙｌ］－を指し、当技術分野における以下の化学式を有する：

特定の実施態様では、阻害剤は、ＣＡ－１７０（又はＡＵＰＭ－１７０）：プログラム死リガンド－１（ＰＤ－Ｌ１）及びＴ細胞活性化のＶドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）をターゲティングする経口小分子免疫チェックポイントアンタゴニストである(Liu et al 2015)。ＣＡ－１７０の前臨床データは、ACR-NCI-EORTC International Conference on Molecular Targets and Cancer Therapeuticsにおいて１１月にCuris Collaborator及びAurigeneにより示されている。

いくつかの実施態様では、免疫チェックポイント阻害剤はアプタマーである。

典型的には、アプタマーは、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＣＤ２７７、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、ＴＩＭ－３又はＶＩＳＴＡに対するものである。

特定の実施態様では、アプタマーは、Prodeus et al 2015に記載されているようなＤＮＡアプタマーである。これらの短いＤＮＡ鎖は腎濾過により循環から迅速に除去されるので、治療用実体としてのアプタマーの主な欠点は、それらの不十分な薬物動態プロファイルである。したがって、本発明のアプタマーは、高分子量ポリマー、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）とコンジュゲートされる。特定の実施態様では、アプタマーは抗ＰＤ－１アプタマーである。特に、抗ＰＤ－１アプタマーは、Prodeus et al 2015に記載されているようにＭＰ７ペグ化される。

免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された被験体を処置するための方法
第２の態様では、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された被験体におけるガンを処置するための方法であって、ｉ）免疫チェックポイント阻害剤で処置される前の前記被験体から得られた生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを定量すること；ｉｉ）前記被験体の前記生物学的サンプル中の前記可溶性ＣＤ２７の量に基づく評価を提供すること；及びｉｉｉ）前記被験体が、工程ｉｉ）で免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された場合、前記被験体を免疫チェックポイント阻害剤で処置することをもたらす方法に関する。

特定の実施態様では、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された被験体における腎ガンを処置するための方法であって、ｉ）免疫チェックポイント阻害剤で処置される前の前記被験体から得られた生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを定量すること；ｉｉ）前記被験体の前記生物学的サンプル中の前記可溶性ＣＤ２７の量に基づく評価を提供すること；ｉｉｉ）前記評価を前記被験体に伝達すること；及びｉｉｉ）前記被験体が、工程ｉｉ）で免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された場合、前記被験体を免疫チェックポイント阻害剤で処置することをもたらす方法に関する。

さらなる実施態様では、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤で反応者として特定された被験体における腎ガンを処置する方法であって、ｉ）免疫チェックポイント阻害剤で処置された前記被験体から得られた生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを定量する工程、ｉｉ）工程ｉ）で定量された可溶性ＣＤ２７のレベルをその対応する所定の参照値と比較する工程、ｉｉｉ）可溶性ＣＤ２７の前記レベルがその対応する所定の参照値よりも高い場合、前記被験体が処置に反応しないと結論付けるか、又は可溶性ＣＤ２７の前記レベルがその対応する所定の参照値よりも低い場合、前記被験体が処置に反応すると結論付ける工程、及びｉｖ）免疫チェックポイント阻害剤で前記被験体を処置する工程を含む方法に関する。

本明細書で使用される場合、「処置する」又は「処置」という用語は、疾患に罹患するリスクがあるか又は疾患に罹患していると疑われる被験体、及び病気であるか又は疾患若しくは医学的症状を患っていると診断された被験体の処置を含む予防的又は防止的処置並びに治癒的又は疾患改変処置の両方を指し、臨床的再発の抑制を含む。処置は、障害若しくは再発性障害を予防し、治癒し、その発症を遅延させ、その重症度を減少させ若しくはその１つ以上の症候を改善するために、又はこのような処置の非存在下で予想されるものを超えて被験体の生存を延長させるために、医学的障害を有するか又は最終的に障害を獲得し得る被験体に投与され得る。「治療レジメン」は、病気の処置のパターン、例えば、治療中に使用される投薬のパターンを意味する。治療レジメンは、導入レジメン及び維持レジメンを含み得る。「導入レジメン」又は「導入期間」という語句は、疾患の初期処置に使用される治療レジメン（又は治療レジメンの一部）を指す。導入レジメンの一般的な目標は、処置レジメンの初期期間中に高レベルの薬物を被験体に提供することである。導入レジメンは、維持レジメン中に医師が用いるであろうよりも多い用量の薬物を投与すること、維持レジメン中に医師が薬物を投与するであろうよりも頻繁に薬物を投与すること、又はその両方を含み得る「ローディングレジメン」を（一部又は全体において）用い得る。「維持レジメン」又は「維持期間」という語句は、病気の処置中に被験体の維持のために、例えば、被験体を長期間（数カ月間又は数年間）にわたって寛解に保つために使用される治療レジメン（又は治療レジメンの一部）を指す。維持レジメンは、持続的療法（例えば、一定間隔、例えば毎週、毎月、毎年などで薬物を投与すること）又は間欠的療法（例えば、断続的処置、間欠的処置、再発時の処置、又は特定の所定の基準［例えば、疼痛、疾患兆候など］の達成時の処置）を用い得る。

本明細書で使用される場合、「被験体」という用語は、哺乳動物、例えば齧歯類、ネコ、イヌ及び霊長類を示す。特に、本発明の被験体はヒトである。より具体的には、本発明の被験体は、腎細胞ガン（ＲＣＣ）を有するか又は有しやすい。特定の実施態様では、被験体は、肺ガンを有するか又は有しやすい。

本明細書で使用される場合、「ガン」という用語は、上記で定義されるように細胞の無制御な分裂に起因する悪性成長又は腫瘍を指す。

本明細書で使用される場合、「免疫チェックポイント阻害剤」という用語は、１つ以上の免疫チェックポイントタンパク質を完全に又は部分的に低減、阻害、妨害又はモデュレーションする分子を指す。このような免疫チェックポイント阻害剤は上記で定義される。

特定の実施態様では、本発明の方法では、少なくとも２つの免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された被験体を処置するための複合調製物として使用される。

さらなる実施態様では、本発明の方法では、抗ＰＤ－１抗体及び抗ＣＴＬＡ－４抗体は、免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された被験体を処置するための複合調製物として使用される。

特定の実施態様では、本発明の方法では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体及び抗ＣＴＬＡ－４抗体は、免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された被験体を処置するための複合調製物として使用される。

特定の実施態様では、ｉ）免疫チェックポイント阻害剤及びｉｉ）抗血管新生化合物は、免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された被験体を処置するための複合調製物として使用される。

本明細書で使用される場合、「血管新生」という用語は、既存の血管からの新たな血管の成長を伴う生理学的プロセスを指す。血管新生は、血管新生促進分子と抗血管新生分子との間のバランスによりレギュレーションされるコンビナトリアルプロセスである。血管新生刺激（例えば、低酸素又は炎症性サイトカイン）は、血管新生成長因子、例えば血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）又は線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）の発現及び放出の誘導をもたらす。

本明細書で使用される場合、「抗血管新生」という用語は、新たな血管の創出を阻害し得る（抗血管新生）任意の分子を指す。典型的には、抗血管新生化合物は当技術分野で周知であり、限定されないが、以下の化合物ベバシズマブ（Avastin、抗ＶＥＧＦ）、イトラコナゾール（抗ＶＧＦＲ）、カルボキシアミドトリアゾール、ＴＮＰ－４７０（フマギリンの類似体）、ＣＭ１０１、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１２、血小板因子－４、スラミン、ＳＵ５４１６、トロンボスポンジン、ＶＥＧＦＲアンタゴニスト、血管新生抑制ステロイド＋ヘパリン、軟骨由来血管新生阻害因子、マトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤、アンギオスタチン、エンドスタチン、２－メトキシエストラジオール、テコガラン、テトラチオモリブダート、サリドマイド、トロンボスポンジン、プロラクチン、αＶβ３阻害剤、リノミド、ラムシルマブ、タスキニモド、ラニビズマブ、ソラフェニブ（Nexavar）、スニチニブ（Sutent）、パゾパニブ（Votrient）、エベロリムス（Afinitor）、カボザンチニブを指す。

特定の実施態様では、本発明の方法では、ｉ）免疫チェックポイント阻害剤及びｉｉ）化学療法剤又は放射線療法は、免疫チェックポイント阻害剤処置への反応者として特定された被験体を処置するための複合調製物として使用される。

本明細書で使用される場合、「併用処置」、「併用療法」又は「治療組み合わせ」という用語は、１つを超える医薬を使用する処置を指す。併用療法は、二重療法又は二剤療法であり得る。

特定の実施態様では、ガンを処置するための方法における同時使用、別個使用又は逐次使用のための、本発明の複合調製物としての少なくとも２つの免疫チェックポイント阻害剤。

特定の実施態様では、ガンを処置するための方法における同時使用、別個使用又は逐次使用のための、本発明の複合調製物としてのｉ）免疫チェックポイント阻害剤及びｉｉ）抗血管新生化合物。

特定の実施態様では、ガンを処置するための方法における同時使用、別個使用又は逐次使用のための、本発明の複合調製物としてのｉ）免疫チェックポイント阻害剤及び化学療法剤又は放射線療法剤。

本明細書で使用される場合、「同時使用」という用語は、同じ経路による同時の又は実質的に同時の２つの有効成分の投与を指す。「別個使用」という用語は、異なる経路による同時の又は実質的に同時の２つの有効成分の投与を指す。「逐次使用」という用語は、異なる時間における２つの有効成分の投与を指し、投与経路は同一であるか又は異なる。

本明細書で使用される場合、「化学療法剤」という用語は、腫瘍成長の阻害において有効な化合物を指す。化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例えばチオテパ及びシクロスホスファミド；アルキルスルホナート、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン；アジリジン、例えばベンゾドパ、カルボクオン、メツレドパ及びウレドパ；エチレンイミン及びメチルアメラミン、例えばアルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスファオラニド及びトリメチルロメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）；カントテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ－１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ－２１８９及びＣＢＩ－ＴＭＩを含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラルヌスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロスレア、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン；抗生物質、例えばエンジイン系抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシン（１１及びカリケアマイシン２１１、例えばAgnew Chem Intl. Ed. Engl. 33: 183-186 (1994)を参照のこと；ダイネミシン、例えばダイネミシンＡ；エスペラミシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オートラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カニノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン（モルフォリノ－ドキソルビシン、シアノモルホリノ－ドキソルビシン、２－ピロリノ－ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダンルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラルニシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトムグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えばメトトレキサート及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えばフルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフル、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、５－ＦＵ；アンドロゲン、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストトラクトン；抗副腎薬、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充薬、例えばフロリン酸；アセグラトン；アルドホスファニドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート（edatraxate）；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォルニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；メイタンシノイド、例えばマイタンシン及びアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィリン酸；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；PSK（登録商標）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲナニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２’’－トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ－２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロムトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タクソイド、例えばパクリタキセル(TAXOL（登録商標）, Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.].)及びドセタキセル(TAXOTERE（登録商標）, Rhone-Poulenc Rorer, Antony, France)；クロラムブシル；ゲムシタビン；６－チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金類似体、例えばシスプラチン及びカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ－１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロナート；ＣＰＴ－１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸；カペシタビン；並びに上記のいずれかの薬学的に許容し得る塩、酸又は誘導体が挙げられる。腫瘍に対するホルモン作用（honnone action）をレギュレーション又は阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えば抗エストロゲン薬、例えばタモキシフェン、ラロキシフェン、４（５）－イミダゾールを阻害するアロマターゼ、４－ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン及びトレミフェン（Fareston）並びに抗アンドロゲン薬、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリド及びゴセレリン並びに上記のいずれかの薬学的に許容し得る塩、酸又は誘導体もこの定義に含まれる。

本明細書で使用される場合、「放射線療法」という用語は、当技術分野におけるその一般的な意味を有し、電離放射線によるガンの処置を指す。電離放射線は、遺伝物質を損傷することにより処置されている領域（ターゲット組織）中の細胞を傷害又は破壊するエネルギーを蓄積し、これらの細胞が成長を継続することを不可能にする。一般的に使用される放射線療法の１つのタイプは、光子、例えばＸ線を伴う。それらが有するエネルギーの量に応じて、光線は、体の表面上又はそのより深部のガン細胞を破壊するために使用され得る。Ｘ線ビームのエネルギーが高いほど、Ｘ線はターゲット組織により深く入り得る。線形加速器及びベータトロンは、ますます大きなエネルギーのＸ線を生産する。放射線（例えば、Ｘ線）をガン部位に集中させるための機械の使用は、外照射療法と称される。ガンマ線は、放射線療法において使用される別の形態の光子である。ガンマ線は、特定の元素（例えば、ラジウム、ウラン及びコバルト６０）が分解又は崩壊するときに放射線を放出する際に自然発生的に生産される。いくつかの実施態様では、放射線療法は外部放射線療法である。外部放射線療法の例としては、限定されないが、従来の外照射療法；異なる方向から腫瘍の形状に密接に適合するように成形ビームを送達する三次元原体放射線療法（３Ｄ－ＣＲＴ）；強度変調放射線療法（ＩＭＲＴ）、例えば腫瘍の形状に密接に適合するように放射線ビームを成形し、腫瘍の形状に応じて放射線量も変化させるヘリカルトモセラピー；原体陽子線療法；スキャン及び放射線技術を組み合わせて腫瘍のリアルタイム画像を提供し、放射線処置をガイドする画像誘導放射線療法（ＩＧＲＴ）；手術中に放射線を腫瘍に直接送達する術中照射療法（ＩＯＲＴ）；単回セッションで大量の正確な放射線量を小腫瘍領域に送達する定位放射線療法；多分割放射線療法、例えば、１日当たり１回を超える処置（分割）の放射線療法を被験体に与える連続多分割加速放射線療法（ＣＨＡＲＴ）；並びに１分割当たりより多くの線量の放射線療法を与えるが分割はより少ない少分割放射線療法が挙げられる。

いくつかの実施態様では、本発明の方法は、少分割放射線療法の状況で特に適切である。本明細書で使用される場合、「少分割放射線療法」という用語は、当技術分野におけるその一般的な意味を有し、放射線の総線量を大量に分割し、処置を１日１回未満与える放射線療法を指す。

本発明のキット又はデバイス
本発明の第３の態様は、本発明の方法を実施するためのキット又はデバイスであって、生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを決定するための手段を含むキット又はデバイスに関する。

いくつかの実施態様では、キット又はデバイスは、（上記のように固体支持体上に固定化された又は固定されていない）可溶性ＣＤ２７に特異的な少なくとも１つの結合パートナー（例えば、抗体又はアプタマー）を含む。いくつかの実施態様では、キット又はデバイスは、検出可能なシグナルを生産する本発明の第２の結合パートナー（例えば、抗体又はアプタマー）を含み得る。キットの例としては、限定されないが、ＥＬＩＳＡアッセイキット、並びにテストストリップ及びディップスティックを含むキットが挙げられる。

いくつかの実施態様では、本発明のキット又はデバイスは、免疫チェックポイント阻害剤に反応する確率を決定するために、サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを含むデータに対してアルゴリズムを実行するマイクロプロセッサをさらに含む。いくつかの実施態様では、本発明のキット又はデバイスは、マイクロプロセッサにより決定された確率を示す視覚的表示及び／又は可聴シグナルをさらに含む。

いくつかの実施態様では、本発明のキット又はデバイスは、
－質量分析計；
－生物学的サンプルが配置されたレセプタクルであって、質量分析計がサンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを定量し得るように質量分析計に接続可能なレセプタクル；
－免疫チェックポイント阻害剤に反応する確率を決定するために、サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを含むデータに対してアルゴリズムを実行するためのマイクロプロセッサ；
－マイクロプロセッサにより決定された確率を示す視覚的表示及び／又は可聴シグナル
を含む。

本発明は、以下の図及び実施例によりさらに説明される。しかしながら、これらの実施例及び図は、本発明の範囲を限定するものとして決して解釈されるべきではない。

ＣＤ２７及びＴｉｍ－３の血漿レベルは、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した腎細胞ガン患者の患者生存に関連する。転移性腎細胞ガン腫を有する患者 ２７人において、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１治療の前に可溶性ＣＤ２７（Ａ．）及び可溶性Ｔｉｍ－３（Ｂ．）の血漿濃度を測定した。血漿ＣＤ２７濃度（中央値を超えるか又はそれ未満）に応じて選択した２つのグループに患者を分けた。処置の開始から患者生存を決定した。ログランク検定を実施して、２つのグループの患者の生存を比較した。 ＣＤ２７及びＴｉｍ－３の血漿レベルは、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した腎細胞ガン患者の患者生存に関連する。転移性腎細胞ガン腫を有する患者 ２７人において、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１治療の前に可溶性ＣＤ２７（Ａ．）及び可溶性Ｔｉｍ－３（Ｂ．）の血漿濃度を測定した。血漿ＣＤ２７濃度（中央値を超えるか又はそれ未満）に応じて選択した２つのグループに患者を分けた。処置の開始から患者生存を決定した。ログランク検定を実施して、２つのグループの患者の生存を比較した。 腎細胞ガンに関連する予後臨床パラメータと、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存との間の相関の欠如。予後的価値が認められた異なる臨床パラメータ（Ａ．腫瘍の組織学的タイプ、Ｂ．ＥＣＯＧ、Ｃ．腎摘出術、Ｄ．転移部位の数、Ｅ．ＭＳＫＣＣ基準）は、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存と相関していた。 腎細胞ガンに関連する予後臨床パラメータと、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存との間の相関の欠如。予後的価値が認められた異なる臨床パラメータ（Ａ．腫瘍の組織学的タイプ、Ｂ．ＥＣＯＧ、Ｃ．腎摘出術、Ｄ．転移部位の数、Ｅ．ＭＳＫＣＣ基準）は、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存と相関していた。 腎細胞ガンに関連する予後臨床パラメータと、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存との間の相関の欠如。予後的価値が認められた異なる臨床パラメータ（Ａ．腫瘍の組織学的タイプ、Ｂ．ＥＣＯＧ、Ｃ．腎摘出術、Ｄ．転移部位の数、Ｅ．ＭＳＫＣＣ基準）は、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存と相関していた。 腎細胞ガンに関連する予後臨床パラメータと、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存との間の相関の欠如。予後的価値が認められた異なる臨床パラメータ（Ａ．腫瘍の組織学的タイプ、Ｂ．ＥＣＯＧ、Ｃ．腎摘出術、Ｄ．転移部位の数、Ｅ．ＭＳＫＣＣ基準）は、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存と相関していた。 腎細胞ガンに関連する予後臨床パラメータと、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存との間の相関の欠如。予後的価値が認められた異なる臨床パラメータ（Ａ．腫瘍の組織学的タイプ、Ｂ．ＥＣＯＧ、Ｃ．腎摘出術、Ｄ．転移部位の数、Ｅ．ＭＳＫＣＣ基準）は、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存と相関していた。 抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した腎細胞ガンを有する患者の炎症及び生存に関連する生物学的パラメータ間の相関の欠如。転移性腎細胞ガンを有する同じ患者群における抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１による処置前に、炎症に関連する２つのパラメータ（ＣＲＰ、好中球／リンパ球比）を測定した。値を病理学的とみなすために定義された閾値にしたがって、変数を二分した。中央値を使用して患者を２つのグループに分けた場合、又は５mg/LのＣＲＰの閾値を用いた場合、同様の結果が観察された。 ＣＤ２７及びＴｉｍ－３の血漿レベルと、スニチニブ（抗血管新生分子）で処置した腎細胞ガンを有する患者の生存との間の相関の分析。転移性腎細胞ガンを有する患者 ２７人において、抗血管新生分子スニチニブによる処置前に、Ａ．可溶性ＣＤ２７及びＢ．可溶性Ｔｉｍ－３の血漿濃度を測定した。以前に決定した血漿濃度の中央値を超える又はそれ未満の値にしたがって選択した２つのグループに患者を分けた（図１を参照のこと）。処置の開始から患者生存を決定した。ログランク検定を実施して、２つのグループの患者の生存を比較した。 ＣＤ２７及びＴｉｍ－３の血漿レベルと、スニチニブ（抗血管新生分子）で処置した腎細胞ガンを有する患者の生存との間の相関の分析。転移性腎細胞ガンを有する患者 ２７人において、抗血管新生分子スニチニブによる処置前に、Ａ．可溶性ＣＤ２７及びＢ．可溶性Ｔｉｍ－３の血漿濃度を測定した。以前に決定した血漿濃度の中央値を超える又はそれ未満の値にしたがって選択した２つのグループに患者を分けた（図１を参照のこと）。処置の開始から患者生存を決定した。ログランク検定を実施して、２つのグループの患者の生存を比較した。

材料及び方法
患者：このプロジェクトでは、本発明者らは２つの患者コホートを選択した。
－２０１６年以降に免疫療法（抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１）により処置された２０１６年以降の全ての患者を含み、患者の同意後にその血液及び組織サンプリングが定期的に実施されているGeorges Pompidou European Hospital (CPP: 2015-08-04-MS2)で設定されたｃｏｌチェックポイントコホート。このコホート由来の腎細胞ガン患者 ２７人をこの研究に含めた。これらの患者の２２人は明細胞腎臓ガンを有していた。
－他のセットの検体は、腎摘出術前に２サイクルのスニチニブを腎細胞ガン患者に投与したPreinsut臨床研究からのものであった［８］。このコホート由来の患者 ２７人もこの研究に含めた。

血漿
これら２つの患者コホートの血漿は、Georges Pompidou European Hospital (Claudia de Toma)の生物学的資源プラットフォームから入手した。

臨床及び生物学的データ
異なる臨床データ（腫瘍の組織学的タイプ、ＥＣＯＧステータス、転移部位の数、ＭＳＫＣＣ基準、患者生存）及び生物学的データ（ＣＲＰ、ＮＬＲ）を収集した。これらの後者のパラメータ（ＣＲＰ、ＮＬＲ．．．）は、ほとんどの場合、患者の炎症状態に関連するので、それらを選択した。

可溶性レセプターの測定
Procartaplexキット(Thermofischer)を使用して、可溶性阻害剤又は活性化因子レセプター（ＢＴＬＡ、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ、ＬＡＧ－３、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、Ｔｉｍ－３、ＣＤ２８、ＣＤ８０、４－１ＢＢ、ＣＤ２７及びＣＴＬＡ－４）のパネルを行った。

統計分析
ログランク（カプランマイヤー）又はコックス検定を使用して、異なるパラメータを患者生存と相関させた。
それらを二分するための中央値の閾値を用いて定性的に、又は定量的に（コックスモデル）、異なる変数を分析した。

結果
１）可溶性ＣＤ２７及び可溶性Ｔｉｍ－３の血漿濃度と、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した腎ガン患者の生存との間の相関。
免疫療法で処置したｃｏｌチェックポイント患者のコホートでは、処置の開始前に測定した２つのパラメータ（Ｔｉｍ－３及びＣＤ２７）の治療前血漿濃度のみが患者生存と統計的に有意に相関していた（図１Ａ及びＢ）。

ＣＤ２７マーカーの場合、使用した統計的検定にかかわらず、この相関が見出された：ログランク（定性的変数）（ｐ＝０．００５）（図１Ａ）又はコックスモデル（定量的変数）（表１）（ｐ＝０．０４）。

２）臨床及び従来の生物学的予後基準と、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１免疫療法への反応との間の相関の欠如。
興味深いことに、この同じ患者群では、臨床基準（組織学的タイプ、ＥＣＯＧ、腎摘出術、転移部位の数、ＭＳＫＣＣ基準）（図２Ａ－Ｅ）又は生物学的基準（ＣＲＰ、好中球／リンパ球比（ＮＬＲ））（図３）は、これらの免疫療法処置患者の生存に関連していた。

予後的価値が認められた異なる臨床パラメータ（腫瘍の組織学的タイプ、ＥＣＯＧ、腎摘出術、転移部位の数、ＭＳＫＣＣ基準）は、抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１で処置した患者の生存と相関していた。

３）ＣＤ２７の血漿濃度は、抗血管新生薬で処置した患者の生存と相関しない。
これら２つのパラメータが免疫療法への反応を予測するものであるか、又はむしろ転移性腎細胞ガンを有する患者の臨床転帰の予後マーカーであるかを検証するために、本発明者らは、抗血管新生剤スニチニブで処置した患者のコホートにおいてそれらを測定した。

本発明者らは、Ｔｉｍ－３の処置前血漿濃度と患者生存との間の相関を見出したが（ｐ＝０．０３）（図４Ａ）、これは、このマーカーが転移性腎細胞ガンの予後因子である可能性が高いので、実際には、免疫療法への反応の予測に特異的ではないことを示唆している。

対照的に、血漿ＣＤ２７濃度は患者生存と相関しておらず（図４Ｂ）、これは、このマーカーが抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１反応により関連しそれを予測するものであることを示唆している。

４）ＣＤ２７マーカーは、転移性腎細胞ガンを分類するための臨床的予後基準と相関しない
本発明者らは、可溶性ＣＤ２７の血漿濃度が、それらの予後的役割により、転移性腎細胞ガンを有する患者を分類するために使用される異なる臨床パラメータと相関しないことを示した（ＥＣＯＧ、以前の腎摘出術、転移部位の数、ＭＳＫＣＣ基準など）（表２）。

結論
本発明者らは、処置前濃度が抗ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１への反応を予測する腎細胞ガンを有する患者の血漿中に存在する可溶性マーカーＣＤ２７を同定した。

このマーカーは、予後マーカーというよりも、抗ＰＤ１／ＰＤ－Ｌ１処置への反応の予測マーカーのように思われる。実際、それは、抗血管新生剤で処置された転移性腎細胞ガンを有する患者のより良好な生存に関連しない。

このマーカーは、転移性腎ガンを有する患者を分類する重症度の従来の臨床マーカーと相関しない。

参考文献：
本出願を通して、様々な参考文献は、本発明が関係する最新技術を説明する。これらの参考文献の開示は、参照により本開示に組み入れられる。

Claims (12)

1. ガンを患っている被験体が免疫チェックポイント阻害剤で反応を達成するかを決定するための方法であって、ｉ）抗ＰＤ－１、抗ＰＤ－Ｌ１又は抗ＰＤ－Ｌ２抗体で処置された前記被験体から得られた生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを定量する工程、ｉｉ）工程ｉ）で定量された可溶性ＣＤ２７のレベルをその対応する所定の参照値と比較する工程、及びｉｉｉ）可溶性ＣＤ２７の前記レベルがその対応する所定の参照値よりも高い場合、前記被験体が処置に反応しないことを示すか、又は可溶性ＣＤ２７の前記レベルがその対応する所定の参照値よりも低い場合、前記被験体が処置に反応することを示す工程を含む、方法。
2. 免疫チェックポイント阻害剤で処置される前の被験体から得られた生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７の量に基づく評価により、抗ＰＤ－１、抗ＰＤ－Ｌ１又は抗ＰＤ－Ｌ２抗体処置への反応者として特定された被験体におけるガンを処置するための医薬組成物であって、抗ＰＤ－１、抗ＰＤ－Ｌ１又は抗ＰＤ－Ｌ２抗体を含む医薬組成物。
3. 前記生物学的サンプルが血漿サンプルである、請求項１に記載の方法。
4. 前記被験体が抗ＰＤ－１、抗ＰＤ－Ｌ１又は抗ＰＤ－Ｌ２抗体処置への反応を達成するかを決定するためのアルゴリズムによる被験体の分類工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
5. 前記アルゴリズムが、線形判別分析（ＬＤＡ）、トポロジカルデータ分析（ＴＤＡ）、ニューラルネットワーク、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）アルゴリズム及びランダムフォレストアルゴリズム（ＲＦ）から選択される、請求項４に記載の方法。
6. 前記ガンが腎臓ガン又は肺ガンである、請求項２に記載の医薬組成物。
7. 少なくとも２つの免疫チェックポイント阻害剤を含む、請求項２に記載の医薬組成物。
8. もう１つの免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて被験体に投与される、請求項２に記載の医薬組成物。
9. 化学療法剤又は放射線療法剤と組み合わせて被験体に投与される、請求項２に記載の医薬組成物。
10. 抗血管新生化合物と組み合わせて被験体に投与される、請求項２に記載の医薬組成物。
11. 請求項１に記載の方法を実施するためのキット又はデバイスであって、生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７のレベルを決定するための手段を含む、キット又はデバイス。
12. 抗ＰＤ－１、抗ＰＤ－Ｌ１又は抗ＰＤ－Ｌ２抗体で処置される前の被験体から得られた生物学的サンプル中の可溶性ＣＤ２７の量に基づく評価により、抗ＰＤ－１、抗ＰＤ－Ｌ１又は抗ＰＤ－Ｌ２抗体処置への反応者として特定された被験体におけるガンを処置するための医薬の製造における、抗ＰＤ－１、抗ＰＤ－Ｌ１又は抗ＰＤ－Ｌ２抗体の使用。

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