ES2262166T3 - Sintesis de proteinas o polipeptidos codificados por un secuencia nucleotidica vih-1, vih-2 o siv. - Google Patents
Sintesis de proteinas o polipeptidos codificados por un secuencia nucleotidica vih-1, vih-2 o siv.Info
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Abstract
Procedimiento de síntesis de una proteína o de un polipéptido codificado por una secuencia nucleotídica del virus VIH-1, , VIH-2 o SIV caracterizado por comprende las siguientes etapas: a. síntesis de la secuencia nucleotídicas por un procedimiento de amplificación génica de secuencias nucleotídicas de virus de tipo VIH-1, VIH-2 o SIV, con la ayuda de al menos dos cebadores oligonucleotídicos cuyas secuencias consisten cada una en i. una secuencia específicas del gen gag elegida en una región conservada entre los genomas de los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal, VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac capaces de hibridar a una temperatura de 60ºC ñ 1ºC con los genomas de los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal, VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac o ii. Una secuencia complementaria de una secuencia tal como la definida en i.; y b. Recuperación de la secuencia nucleotídica así como amplificada y traducción en proteína.
Description
Síntesis de proteínas o polipéptidos codificados
por una secuencia nucleotídica VIH-1,
VIH-2 o SIV.
La presente invención se refiere a las
secuencias nucleotídicas utilizables para la realización de técnicas
de amplificación de secuencias nucleicas específicas de los
retrovirus de la inmunodeficiencia humana del tipo VIH o del
retrovirus de inmunodeficiencia del mono del tipo SIV.
El aislamiento y caracterización de los
retrovirus agrupados bajos los nombres VIH-1 y
VIH-2 han sido descritos en las solicitudes de
patente europea nº 85/905.513.9 (VIH-1)y nº
87/400.151.4 y EP 0269520 (VIH-2. Estos retrovirus
se han aislado en muchos enfermos que presentan síntomas de
linfoadenopatía o de síndrome de inmunodeficiencia adquirida
(SIDA).
Los retrovirus del tipo VIH-2 y
del tipo VIH-1 se caracterizan por un tropismo por
los linfocitos T4 humanos y por un efecto citopatógeno respecto a
estos linfocitos mientras que se multiplican produciendo entre
otras, poliadenopatías generalizadas y persistentes o SIDA.
Otro retrovirus, denominado
SIV-1, esta denominación sustituye a la denominación
anterior conocida como STLV-III, ha sido aislado
del mono macaco rhesus (M.D. DANIEL et al. Science, 228, 1201
(1985); N.L. LETWIN et al. Science, 230, 71 (1985) bajo el
nombre de "STLV-IIImac").
Otro retrovirus, denominado
"STLV-III_{AGM}" (o SIV_{AGM}) ha sido
aislado de los monos verdes salvajes. Pero al contrario de lo que
sucede con los virus presentes en el mono macaco rhesus, la
presencia del STLV-III_{AGM} no parece inducir
una enfermedad del tipo SIDA en el mono verde africano.
Por comodidad estos virus se denominarán en los
sucesivo con la expresión SIV (la expresión SIV es la abreviatura
inglesa de "Simian Inmunodeficiency Virus" (Virus de
inmunodeficiencia del mono) eventualmente seguida de una
abreviatura que designan la especie de mono en la que están
presentes, por ejemplo "Mac" para el macaco o "AGM" para
el mono verde africano (abreviatura de "African Green
Monkey").
Una cepa de retrovirus SIV-1Mac
ha sido depositada en el C.N.C.M. el 7 de febrero de 1986 bajo el
número I-521.
El objetivo del estudio de los retrovirus
VIH-1 y VIH-2 ha conducido
igualmente a la obtención de secuencias de ADN complementarias
(ADNc) del ARN de su genoma. La secuencia nucleotídica completa de
un ADNc de un retrovirus representativo de la clase
VIH-2 (VIH-2 Rod) ha sido depositada
el 21-2-1986 en el C.N.C.M. bajo el
número nº I-522, bajo el nombre de referencia
LAV-2 Rod.
Igualmente, WAIN HOBSON, SONIGO, COLE, DANOS y
ALIZON en Cell (enero de 1985) han descrito la secuencia
nucleotídica completa de un ADNc de un retrovirus representativo de
la clase VIH-1.
Igualmente por comodidad, los virus del tipo
VIH-1 y VIH-2 se designarán a veces
en lo sucesivo con la expresión VIH.
Los procedimientos de diagnóstico in
vitro de las infecciones con los virus del tipo
VIH-1 o VIH-2 que actualmente
existen se basan en la detección de anticuerpos
ANTI-VIH-1 o
ANTI-VIH-2 eventualmente presentes
en una muestra biológica (biopsia) o en un fluido biológico, por
ejemplo en un suero obtenido, a partir del paciente de estudio,
poniendo en contacto este fluido biológico con extractos o antígenos
del VIH-1 o del VIH-2, en
condiciones que permiten la producción eventual de una reacción
inmunológica de estos extractos o antígenos con estos
anticuerpos.
Tales procedimientos de diagnóstico tienen el
riesgo de dar falsos negativos, concretamente en el caso de una
infección reciente de un individuo con el virus del tipo VIH.
Las técnicas de amplificación génica representan
una ayuda considerable para la puesta a punto de procedimientos
diagnósticos in vitro especialmente sensibles de enfermedades
virales. Entre estas técnicas de amplificación génica, se puede
citar la técnica PCR (reacción en cadena de la polimerasa), como la
descrita en las solicitudes de patente europea nº 86/302.298.4 de
27-3-1986 y nº 87/300.203.4 del
9-1-1987 o incluso la técnica citada
"Q\betareplicasa" descrita en Biotechonology, vol. 6, página
1197 (octubre 1988) y la que funciona mediante una ARN polimerasa
(T7RNA polimerasa) descrita en la solicitud de patente internacional
nº WO89/01050. Estas técnicas permiten mejorar la sensibilidad de
detección de los ácidos nucleicos de los virus y requieren de la
utilización de cebadores de síntesis
específicos.
específicos.
Para la búsqueda de virus del tipo VIH la
selección de cebadores constituye un problema. En efecto, debido al
hecho de la gran variabilidad de secuencias nucleotídicas del genoma
viral, un cebador para una secuencia conocida de un aislado dado de
un virus del tipo VIH puede fallar en la amplificación de
determinadas variantes virales del tipo VIH. Por otra parte,
incluso si se elige un cebador en una región conservada del genoma
de un virus VIH para otra, su "buen funcionamiento" no está
asegurado y puede dar lugar a malos rendimientos de
amplificación.
La presente invención proporciona precisamente
cebadores oligonucleotídicos que permiten, entre otros, la
amplificación de todos los virus del tipo VIH y SIV, con
rendimientos considerados como máximos en el estado actual de la
técnica y, sobre todo, evitándose la presencia de numerosas bandas
específicas.
Los cebadores utilizados en la presente
invención son a la vez específicas de los virus del genoma
VIH-1 y/o de los virus de los grupos
VIH-2 y SIV y son insensibles a las variaciones del
genoma de estos virus.
La presente invención tiene por objeto la
utilización de los cebadores oligonucleotídicos de aproximadamente
15 a 30 nucleótidos, utilizables para la amplificación genómica de
los virus del tipo VIH-1 y/o del tipo
VIH-2 y SIV.
La invención aplica toda secuencia nucleotídica
caracterizada porque su secuencia:
- o se elige entre aquellas que están contenidas
en una de las secuencias nucleotídicas que comprenden el gen gag de
los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal,
VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac, y
más particularmente entre aquellos contenidos en las secuencias
nucleotídicas definidas a continuación,
- o (especialmente por las secuencias más
largas) contiene una de las secuencias nucleotídicas anteriormente
citadas procedentes del VIH-1 Bru o
VIH-1 Mal o VIH-1 Eli o
VIH-2 Rod o SIVMac, o contiene una secuencia
nucleotídicas complementaria de una de estas últimas secuencias,
entendiéndose que los nucleótidos suplementarios eventuales que
"desbordan" la secuencia nucleotídicas del género en cuestión,
en el lado de los extremos 3' o 5', coinciden preferentemente con
aquellos que se encuentran situados en los extremos 5' o 3'
correspondientes al mismo sentido mismo de la secuencia completa de
los virus de tipo VIH-1, VIH-2 o del
VIS Mac, anteriormente mencionados,
- o si esta secuencia nucleotídica no es
idéntica a una de las secuencias nucleotídicas anteriormente
mencionadas, o no es complementaria de una de estas secuencias, es
al menos susceptible de hibridar con una secuencia nucleotídica
procedente del virus VIH-1 Bru,
VIH-1 Mal, VIH-1 Eli y/o con una
secuencia nucleotídica procedente del virus VIH-2
Rod o SIV Mac anteriormente mencionada. La hibridación se puede
efectuar a una temperatura de 60ºC \pm 1ºC, (preferentemente 60ºC
\pm 0,5ºC) para un rendimiento máximo.
La numeración de los nucleótidos mencionados
posteriormente corresponde a la utilizada en el manual de referencia
"Human Retrovirus and AIDS 1989" editado por el "Los Alamos
National Laboratory New Mexico, USA".
Las secuencias de los virus
VIH-1 Mal y VIH-1 Eli han sido
descritas por MONTAIGNER, SONIGO, WAIN-HOBSON y
ALIZON en la solicitud de patente europea nº EP 0 253 701.
Las secuencias de la invención se sintetizan en
un sintetizador comercializado por Applied Biosystems (procedimiento
fosforamidita) y en cualquier otro aparato que utilice un
procedimiento similar.
La invención se refiere más especialmente a la
utilización de las secuencias nucleotídicas caracterizadas por los
encadenamientos nucleotídicos siguientes (representados en los
sentidos 5' -> 3'; las iniciales "S" y "AS" indican si
el oligonucleótido es sentido o antisentido, es decir, si el
oligonucleótido está orientado respectivamente en el sentido 5' o
-> 3' o en el sentido 3' o -> 5'):
1º) las secuencias comunes a los genomas del
virus VIH-1, VIH-2 y SIV (las series
de cifras espaciadas con un trazo indican la posición de los
nucleótidos sobre los genomas correspondientes a los virus
VIH-1, Bru, VIH-1 Mal,
VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV):
- \bullet
- secuencias específicas del gen gag del genoma de los virus anteriormente mencionados (gen que codifica para un grupo de antígenos específicos del nucleoide de estos virus).
Pueden introducirse determinadas variantes sobre
determinadas posiciones de las secuencias nucleotídicas citadas
posteriormente, sin que las propiedades de hibridación de estas
secuencias nucleotídicas con los genes de los virus del tipo VIH
y/o SIV se vean afectadas. Las secuencias nucleotídicas que llevan
estas variantes están representadas debajo de las secuencias
nucleotídicas iniciales de las cuales derivan por sustitución de
una o varias bases. Las bases modificadas en relación a las de las
secuencias nucleotídicas iniciales están indicadas en mayúscula en
vertical con las posiciones correspondientes a las bases que han
sido sustituidas en estas secuencias iniciales, mientras que las
bases de las secuencias iniciales que no han podido ser reemplazadas
en las secuencias que llevan estas variantes están indicadas por
puntos.
La síntesis de cebadores se hace utilizando
todas las variantes simultáneamente. En los ensayos se utiliza la
mezcla de todas las variantes para una secuencia dada.
La invención tiene igualmente por objeto la
utilización en el procedimiento de síntesis de las secuencias (o
cebadores) que poseen una estructura nucleotídica complementaria a
las de los cebadores definidos a continuación.
La invención se refiere igualmente a la
utilización en el procedimiento de síntesis de las secuencias
nucleotídicas que presentan determinadas mutaciones en relación a
las definidas anteriormente sin que las propiedades de hibridación,
como las definidas anteriormente, de estas secuencias se modifiquen.
El porcentaje de nucleótidos diferentes de los que constituyen las
secuencias descritas anteriormente, sin afectar a las propiedades de
hibridación de las secuencias de la invención, puede llegar hasta
el 40%.
De forma general, en el caso de un cebador
(primer) en sentido (S), se tolerarán un mayor número de mutaciones
en el extremo 5' que en el extremo 3' del cebador, debiéndose
hibridar perfectamente el extremo 3' con una hebra determinada de
una secuencia nucleotídica para permitir la amplificación de esta
secuencia. En el caso de un cebador antisentido (AS), la tolerancia
está permitida en el extremo 3'.
Los cebadores como los definidos anteriormente
pueden comprender una conservación de al menos 5 bases de cada
lado, siendo la parte intermedia la que lleva las modificaciones,
sin que las propiedades de hibridación anteriores se vean
modificadas.
Una de las características de los cebadores
oligonucleotídicos utilizados en la invención es dar una banda de
amplificación clara, desprovista generalmente de bandas no
específicas, utilizando las indicaciones técnicas de utilización
descritas en la presente invención. Este hecho es debido a la
longitud los cebadores, los cuales pueden tener hasta 27 bases, lo
que aumenta la especificidad de hibridación, así como las
condiciones drásticas de utilización que permiten eliminar las
asociaciones parásitas. La especificidad para cada tipo de virus es
función, además del porcentaje de homología con la matriz de
referencia, de la longitud de los cebadores, pudiendo llegar hasta
40 bases para un rendimiento aceptable.
La invención se refiere igualmente a la
utilización de los cebadores como los descritos anteriormente unidos
a nivel de su extremo 5' a un promotor para la realización de un
procedimiento de amplificación genómica mediante la síntesis de
múltiples copias de ADN o ARN, como la descrita en la solicitud de
patente europea nº 88/307.102.9 de
1-8-1988.
La invención tiene claramente por objeto la
utilización de los cebadores descritos anteriormente para la
realización de un procedimiento de amplificación génica de
secuencias nucleicas del virus de tipo VIH-1 y/o
VIH-2, y/o SIV. El procedimiento de amplificación
génica comprende principalmente las siguientes etapas:
- una etapa de extracción del ácido nucleico a
detectar que pertenece al genoma del virus del tipo
VIH-1, VIH-2 o SIV eventualmente
presente en la muestra biológica anteriormente mencionada, y dado el
caso, una etapa de tratamiento mediante una transcriptasa inversa
de dicho ácido nucleico, si éste último está en forma de ARN, con
el fin de obtener un ácido nucleico de doble hebra (designándose
esta última etapa como etapa de retrotranscripción del ARN
viral),
- un ciclo que comprende las etapas
siguientes:
- \bullet
- desnaturalización del ácido nucleico de doble hebra a detectar, lo que conduce a la formación de un ácido nucleico de hebra simple,
- \bullet
- hibridación de cada una de las hebras de ácido nucleico, obtenidas durante la etapa de desnaturalización precedente, con al menos un cebador según la invención, mediante la puesta en contacto de las hebras anteriormente mencionadas con al menos una par de cebadores según la invención en las condiciones de hibridación definidas más abajo,
- \bullet
- la formación a partir de los cebadores de los ADN complementarios de las hebras sobre las cuales hibridan en presencia de un agente de polimerización (ADN polimerasa) y de cuatro nucleósidos trifosfato (dNTP) diferentes, lo que conduce a la formación de un número mayor de ácidos nucleicos de doble hebra a detectar que en la etapa de desnaturalización precedente, repitiéndose este ciclo un número de veces determinado para obtener dicha secuencia nucleica a detectar, eventualmente presente en la muestra biológica en una proporción suficiente para permitir su detección.
La etapa de hibridación descrita anteriormente
se realiza ventajosamente a 60ºC durante 1 minuto y 30 segundos en
tampón "10 X buffer", cuya composición (en concentración final
de utilización) se indica posteriormente.
En efecto, los genomas de los virus VIH y SIV se
presentan en forma de ARN o de ADN en función de la localización del
virus en el organismo.
Cuando el virus está situado en el interior de
las células del organismo, concretamente en el interior de las
células sanguíneas, su ARN se vuelve a copiar en ADN mediante una
transcriptasa inversa. Por el contrario, el genoma del virus de tipo
VIH en medio extracelular, concretamente en la sangre, está en forma
de ARN.
La etapa de extracción del ADN viral contenido
en las células de la muestra biológica preconizada por los
inventores, distinta del procedimiento clásico del fenol cloroformo,
presenta las etapas siguientes:
\bullet suspensión del residuo celular en 0,5
ml de agua pirolizada en un chupón Potter.
\bullet ruptura de las células por "ida y
vuelta",
\bullet adición de Triton X100 para 1
concentración final de 0,1%,
\bullet desnaturalización con calor durante 15
a 25 minutos a 100ºC,
\bullet centrifugación corta para eliminar los
desechos celulares,
\newpage
\bullet precipitación del ADN durante la noche
a -20ºC añadiendo 2,5 volúmenes de etanol absoluto y 10% del
volumen final de acetato sódico 3 molar. A continuación el ADN se
recupera, después se resuspende en agua y después de haber sido
lavado 2 veces con etanol a 70ºC conjuntamente el ADN y el ARN, lo
que permite la detección del mensaje genómico de los virus de los
tipos VIH y VIS utilizando el procedimiento denominado "PCR
directe ADN" o por el denominado
"PCR-ARN".
La etapa de extracción del ARN viral se realiza
generalmente según el procedimiento clásico conocido por el experto
en la técnica.
Después de la extracción del ARN, es necesario
llevar a cabo una etapa suplementaria de transformación del ARN
monohebra en ADN de doble hebra, mientras que el diagnóstico in
vitro de la invención se realiza a partir de muestras
biológicas que contienen los virus del tipo VIH-1
y/o VIH-2 y/o SIV, cuyos genomas están en forma de
ARN.
Esta transformación del ARN en ADN se realiza
mediante tratamiento del ARN obtenido después de la extracción de
la muestra biológica, especialmente del suero, en un medio apropiado
mediante una transcriptasa inversa.
La etapa de retrotranscripción del ARN viral se
realiza de la manera siguiente:
- 10 \mug del ARN extraído resuspendido en
agua se pone en presencia de un par de cebadores con una
concentración de 40 \muM cada uno de ellos, en un volumen final de
40 \mul.
El conjunto se desnaturaliza a 100ºC durante 10
minutos, después se sumerge en agua helada,
- se añaden 10 \mul de la mezcla siguiente: 5
\mul del tampón "10 X buffer" descrito posteriormente + 1
unidad de transcriptasa inversa (de AMV (Avian Myeloblastosis Virus)
o del MuMLV (Moloney Leukemia Virus)) + 1 unidad de Taq polimerasa
+ 1 \mul de mezcla de los 4 dNTP, a razón de 25 mM cada uno + agua
c.s.p. 10 \mul. El volumen final es de 50 \mul.
Esta reacción tiene lugar en dos etapas:
- a) primera etapa: fabricación del ADNc por
acción de la transcriptasa inversa a 42ºC durante 13 minutos,
- b) segunda etapa: amplificación génica
clásica: se calienta a 95ºC durante 3 minutos para destruir la
transcriptasa inversa y permitir la etapa de
deshibridación/hibridación, a continuación se inicia el ciclo
descrito anteriormente para la amplificación génica.
La etapa de desnaturalización se realiza en
presencia de un cebador(es) (o primers) de la invención. En
efecto, como se ha precisado anteriormente, una de las
características de los oligonucléotidos (o primers) de la invención
es dar una banda de amplificación clara, desprovista generalmente de
bandas específicas, utilizándose éstas en las condiciones
siguientes:
- hibridación: los cebadores (1 \mul de
una solución de 40 \mumolar) de cada cebador) se ponen en
presencia del ADN molde (100 a 300 ng) para la primera etapa de
desnaturalización-reasociación; se calienta durante
10 minutos a 100ºC, a continuación se sumergen los tubos que
contienen esta mezcla de ADN-molde y los cebadores
en el agua con hielo con el fin de aumentar la tasa de reasociación
del ADN molde/cebadores. Los cebadores deben utilizarse en una
concentración final en la etapa de amplificación siguiente de 0,8
\mum cada uno.
- amplificación: se añade al medio
anterior los 4 dNTP, cada uno de ellos a 0,5 \mumolar en solución
final (50 \mul) y una unidad de Taq-polimerasa
para un medio de reacción de 50 \mul; esta etapa se realiza en un
tampón de amplificación de la presente invención generalmente
denominado "10 X buffer", cuya composición (cuando está
diluida a 1/10) es la siguiente: Tris-HCl, pH 8,9:
50 mM; (NH_{4})_{2}SO_{4}: 15 mM; MgCl_{2}: 5 mM;
\beta-mercapto-etanol: 10 mM,
gelatina: 0,25 mg/ml. Se añaden 5 \mul de este tampón y agua
c.s.p. 50 \mul al medio anterior.
Los ciclos de amplificación se realizan de la
manera siguiente: 30 a 40 ciclos compuestos de:
- 94ºC durante 10 segundos (desnaturalización),
- 60ºC durante 1 minuto 30 (hibridación),
- 78ºC durante 1 minuto 30 (elongación).
A todo ello le sigue un ciclo único a 78ºC
durante 15 minutos.
La precisión de las temperaturas indicadas a
aproximadamente \pm 0,3ºC, así como su estabilidad durante los
diferentes ciclos, representan condiciones esenciales para la
obtención de rendimientos máximos, así como la ausencia de bandas
específicas.
\newpage
La concentración óptima de ADN es de 100 a 300
ng para el ADN genómico extraído de las células (de pacientes o en
cultivo, de mamíferos o de otros).
Se sobrentiende que las condiciones anteriores
representan condiciones óptimas para un medio de reacción final de
50 \mul y que estas condiciones pueden modificarse en función del
volumen final del medio de reacción.
El agente de polimerización utilizado en la
etapa de elongación del ciclo es una ADN polimerasa termoestable,
concretamente la Taq polimerasa, la amplificasa de la empresa
Appligéne como ADN polimerasa termoestable disponible
comercialmente.
De manera general, el ciclo del procedimiento de
amplificación génica de la invención se repite entre 30 y 40
veces.
Las parejas de cebadores utilizables a título de
ejemplo para el procedimiento de amplificación génicas son las
siguientes:
- MMy1-MMy4,
MMy2-MMy4, MMy1-MMy3,
MMy4bis-MMy28bis para el gen gag.
En cualquier caso, las combinaciones entre
cebadores "S" y "AS" descritos anteriormente no
representan limitaciones y pueden variarse según el deseo del
usuario.
En la siguiente tabla, a título de ejemplo, se
indican las dimensiones de los fragmentos nucleotídicos sintetizados
con la ayuda de las parejas de cebadores anteriormente
mencionados.
(las cifras indicadas en las tablas siguientes
representan el número de nucleótidos de los fragmentos sintetizados
y "las rayas" indican que las parejas de cebadores ensayados no
permiten la caracterización de las cepas virales
correspondientes.
gag | gag | |||
:MMy1-MMy3:MMy1-MMy4:MMy2-MMy4:MMy4bis-MMy28bis: | ||||
HIV1-BRU: | 265 | 750 | 532 | 671 |
HIV1-MAL: | 282 | 785 | 556 | 671 |
HIV1-ELI: | 265 | 750 | 538 | 674 |
HIV2-ROD: | 354 | 845 | 544 | 663 |
SIV: | 343 | 844 | 544 | 668 |
La invención tiene igualmente por objeto la
aplicación de los oligonucleótidos como los descritos anteriormente
y que incluyen azúcares en conformación \alpha. Dichos
oligonucleótidos presentan la característica de invertir el sentido
de la doble hélice formada con el molde (hebra de genoma del virus),
pasando así esta doble hélice del estado "S" al estado
"AS".
La invención se refiere igualmente a la
aplicación de los oligonucleótidos descritos anteriormente, entre
los cuales algunos nucleótidos están metilados y/o tienen uno o
varios átomos de azufre, concretamente sobre las adeninas. Tales
oligonucléotidos poseen la característica de aumentar la estabilidad
de la doble hélice y, por consiguiente, se hibridan mejor con la
hebra de ADN a amplificar.
La invención se refiere igualmente a la
aplicación de los oligonucléotidos como los descritos anteriormente
y que están en la forma conocida como "de bases modificadas",
que poseen nucleótidos sobre las cuales están unidos de forma
covalente agentes cromóforos (moléculas aromáticas planas, como el
naranja acridina), concretamente según el procedimiento descrito en
el artículo de C. Hélène publicado en "La vie des Sciences",
serie general, tomo 4, nº 1, página 17-37. Dichos
oligonucleótidos poseen la característica de ser fácilmente
detectables, concretamente por fluorescencia.
La invención se refiere también a la utilización
de los cebadores de la invención indicados anteriormente para la
realización de un procedimiento de síntesis de proteínas codificadas
por las secuencias nucleotídicas amplificadas mediante la ayuda de
estos cebadores.
\newpage
El procedimiento de síntesis de una proteína o
de un polipétido codificado por una secuencia nucleotídica del virus
VIH-1, VIH-2 o SIV según la
invención se caracteriza porque comprende las siguientes etapas:
- a.
- síntesis de la secuencia nucleotídicas por un procedimiento de amplificación génica de secuencias nucleotídicas de virus de tipo VIH-1, VIH-2 o SIV, con la ayuda de al menos dos cebadores ligonucleotídicos cuyas secuencias consisten cada una en
- i.
- una secuencia específicas del gen gag elegida en una región conservada entre los genomas de los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal, VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac capaces de hibridar a una temperatura de 60ºC \pm 1ºC con los genomas de los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal, VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac o
- ii.
- Una secuencia complementaria de una secuencia tal como la definida en i.; y
- b.
- Recuperación de la secuencia nucleotídica así como amplificada y traducción en proteína.
Un procedimiento de síntesis particular es el
aquel en el cual la secuencia de los cebadores tiene al menos el 60%
de identidad con la secuencia del gen gag de un virus
VIH-1 Bru, o VIH-1 Mal, o
VIH-1 Eli, o VIH-2 Rod o SIV
Mac.
Mac.
Otro procedimiento de síntesis particular según
la invención está caracterizado porque los cebadores
oligonucleotídicos comprenden una conservación de al menos 5 bases
de cada lado del cebador respecto de la secuencia del gen gag de un
virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal,
VIH-1 Eli, o VIH-2 Rod o SIV Mac, y
guardan las propiedades de hibridación con los genomas de los virus
VIH-1 Bru, VIH-1 Mal,
VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac.
Otro procedimiento según la invención se
caracteriza porque el procedimiento de amplificación génica
comprende las siguientes etapas:
a. una etapa de extracción del ácido nucleico
que pertenece al genoma del virus del tipo VIH-1,
VIH-2 o SIV, y eventualmente una etapa de
tratamiento mediante una transcriptasa reversa de dicho ácido
nucleico, si éste último está en forma de ARN.
b. un ciclo que comprende las etapas
siguientes:
- i.-
- desnaturalización del ácido nucleico de doble hebra a detectar, lo que conduce a la formación de un ácido nucleico de hebra simple,
- ii.-
- hibridación de cada una de las hebras de ácido nucleico, obtenidas durante la etapa de desnaturalización precedente, con al menos un cebador nucleotídico mediante la puesta en contacto de las hebras anteriormente mencionadas con al menos un par de cebadores según una de las reivindicaciones 1 o 2,
- iii.-
- formación a partir de los cebadores, de los ADN complementarios de las hebras sobre las cuales dichos cebadores hibridan en presencia de un ADN polimerasa y de cuatro nucleósidos trifosfato (dNTP) diferentes, lo que conduce a la formación de un número mayor de ácidos nucleicos de doble hebra que en la etapa de desnaturalización precedente,
repitiéndose este ciclo un número
de veces determinado para obtener dicha secuencia nucleica en una
proporción suficiente para permitir su
detección.
Otro procedimiento según la invención se
caracteriza porque los al menos dos cebadores oligonucleotídicos
tienen secuencias que consisten cada una en:
\newpage
- i.-
- al menos una secuencia elegida en el siguiente grupo de las secuencias sentido:
\vskip1.000000\baselineskip
y al menos una secuencia elegida en
el siguiente grupo de las secuencias
antisentido:
- ii.-
- una secuencia complementaria de una secuencia tal como la definida en i.; o
- iii.-
- una secuencia que tiene al menos el 60% de identidad con una de las secuencias definida en i o ii y capaz de hibridar a una temperatura de 60ºC \pm 1ºC con los genomas de los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal, VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac.
Otro procedimiento según la invención se
caracteriza porque al menos dos de las siguientes mezclas de
cebadores se utilizan para la amplificación:
MMy1: Mezcla constituida por cebadores
\newpage
MMy2: Mezcla constituida por cebadores
MMy3: Mezcla constituida por cebadores
MMy4: Mezcla constituida por cebadores
MMy4B: Mezcla constituida por cebador
MMy4Bbis: Mezcla constituida por cebador
MMy28: Mezcla constituida por cebador
MMy28bis: Mezcla constituida por cebador
\newpage
Otro procedimiento según la invención 12 está
caracterizado porque se realiza en las condiciones siguientes:
- para la etapa de hibridación: 1 \mul de una
solución de 40 \mumolar de cada cebador se pone en presencia de
100 a 300 ng de ADN-molde para la primera etapa de
desnaturalización-reasociación; se calienta durante
10 minutos a 100ºC, y a continuación se sumergen los tubos que
contienen esta mezcla de ADN-molde y los cebadores
en el agua con hielo, utilizándose los cebadores en una
concentración final en la etapa de amplificación siguiente de 0,8
\mum cada uno.
- para la etapa de amplificación: se añade al
medio anterior los 4 dNTP, cada uno de ellos utilizado a 0,5
\mumolar en 50\mul de solución final y una unidad de
Taq-polimerasa para un medio de reacción de 50
\mul; esta etapa se realiza en el tampón de amplificación
denominado "10 X buffer", que comprende cuando está diluido al
1/10 en la solución final: Tris-HCl, pH = 8,9: 50
mM; (NH_{4})_{2}SO_{4}; 15 mM; MgCl_{2}; 5 mM;
\beta-mercaptoetanol; 10 mM; gelatina: 0,25
mg/ml.
mg/ml.
Otro procedimiento según la invención se
caracteriza porque la etapa de traducción se realiza por
transformación de células hospedadoras apropiadas mediante vectores
que contienen dichas secuencias amplificadas y recuperación de las
proteínas producidas en estas células hospedadoras.
Otro procedimiento según la invención se
caracteriza porque los cebadores oligonucleotídicos se eligen entre
los siguientes pares de mezclas de cebadores:
\vskip1.000000\baselineskip
a. MMy1-MMy4
- MMy1: Mezcla constituida por cebadores
- MMy4: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
b. MMy2-Mmy4
- MMy2: Mezcla constituida por cebadores
- MMy4: Mezcla constituida por cebadores
\newpage
c. MMy1-MMy3
- MMy1: Mezcla constituida por cebadores
- MMy3: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
d.
MMy4Bbis-MMy28bis
- MMy4B: Mezcla constituida por cebador
- MMy28bis: Mezcla constituida por cebador
La última etapa de traducción se realiza
especialmente por transformación de células hospedadoras apropiadas
con la ayuda de vectores que contienen dichas secuencias
amplificadas, y recuperación de las proteínas producidas en estas
células hospedadoras.
La invención concierne igualmente a los
polipéptidos obtenidos de la traducción de las secuencias (o
cebadores) nucleotídicos de la invención.
La presente solicitud describe igualmente las
composiciones inmunógenas que contienen uno o varios productos de
traducción de las secuencias nucleotídicas amplificadas según los
procedimientos descritos anteriormente a partir de los cebadores
definidos según la invención, productos de traducción asociados a un
vehículo farmacéuticamente aceptable.
La presente solicitud describe los anticuerpos
dirigidos contra uno o varios de los productos de traducción
descritos anteriormente (o en otros términos, susceptibles de formar
una reacción inmunológica con uno o varios productos de traducción
de las secuencias nucleotídicas según la invención, o incluso uno o
varios productos de traducción de las secuencias nucleotídicas
amplificadas a partir de los cebadores definidos según la
invención).
Un procedimiento de preparación de las
secuencias o (cebadores) nucleotídicas descritas anteriormente
comprende las siguientes etapas:
- incubación del ADN genómico, aislado a partir
de uno de los virus del tipo VIH o SIV anteriormente mencionados,
con la ADNasa I, seguida de adición de EDTA y purificación mediante
extracción en la mezcla fenol/cloroformo/
alcohol isoamílico (25/24 1) y después en éter,
alcohol isoamílico (25/24 1) y después en éter,
\newpage
- tratamiento del ADN así extraído con la
Eco R1 metilasa en presencia de DTT y purificación por
extracción como la descrita anteriormente,
- incubación del ADN así purificado con los 4
desoxinucleótidos trifosfato dATP, dCTP, dGTP y dTTP en presencia
de ADN polimerasa T4 y de ADN ligasa de E. coli, seguida de
purificación según el procedimiento descrito anteriormente,
- la clonación de los ácidos nucleicos así
obtenidos en un vector apropiado y la recuperación del ácido
nucleico investigado mediante una sonda apropiada.
Un procedimiento de preparación especialmente
ventajoso de las secuencias nucleotídicas de la invención comprende
las etapas siguientes:
- la síntesis de ADN utilizando el procedimiento
automatizado de la \beta-cianetil fosforamidita
descrita en Bioorganic Chemistry 4; 274-325
(1986),
- la clonación de los ácidos nucleicos así
obtenidos en un vector apropiado y la recuperación del ácido
nucleico por hibridación con una sonda apropiada.
Otro procedimiento de preparación de las
secuencias nucleotídicas de la invención comprende las siguientes
etapas:
- el ensamblaje de los oligonucleótidos
sintetizados químicamente, provistos en sus extremos de sitios de
restricción diferentes, siendo las secuencias compatibles con el
encadenamiento de aminoácidos del polipéptido natural según el
principio descrito en Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 80;
7461-7465 (1983),
- la clonación de los ácidos nucleicos así
obtenidos en un vector apropiado y la recuperación del ácido
nucleico investigado por hibridación con una sonda apropiada.
Claims (9)
1. Procedimiento de síntesis de una proteína
o de un polipéptido codificado por una secuencia nucleotídica del
virus VIH-1, VIH-2 o SIV
caracterizado por comprende las siguientes etapas:
- a.
- síntesis de la secuencia nucleotídicas por un procedimiento de amplificación génica de secuencias nucleotídicas de virus de tipo VIH-1, VIH-2 o SIV, con la ayuda de al menos dos cebadores oligonucleotídicos cuyas secuencias consisten cada una en
- i.
- una secuencia específicas del gen gag elegida en una región conservada entre los genomas de los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal, VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac capaces de hibridar a una temperatura de 60ºC \pm 1ºC con los genomas de los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal, VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac o
- ii.
- Una secuencia complementaria de una secuencia tal como la definida en i.; y
- b.
- Recuperación de la secuencia nucleotídica así como amplificada y traducción en proteína.
2. Procedimiento de síntesis según la
reivindicación 1, en el cual la secuencia de los cebadores tiene al
menos el 60% de identidad con la secuencia del gen gag de un virus
VIH-1 Bru, o VIH-1 Mal, o
VIH-1 Eli, o VIH-2 Rod o SIV
Mac.
3. Procedimiento de síntesis según la
reivindicación 1, caracterizado porque los cebadores
oligonucleotídicos comprenden una conservación de al menos 5 bases
de cada lado del cebador respecto de la secuencia del gen gag de un
virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal,
VIH-1 Eli, o VIH-2 Rod o SIV Mac.;
y comprenden en su parte mediana modificaciones, y guardan las
propiedades de hibridación con los genomas de los virus
VIH-1 Bru, VIH-1 Mal,
VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac.
4. Procedimiento según una de las
reivindicaciones 1 a 3, caracterizada porque el procedimiento
de amplificación génica comprende las siguientes etapas:
a. una etapa de extracción del ácido nucleico
que pertenece al genoma del virus del tipo VIH-1,
VIH-2 o SIV, y eventualmente una etapa de
tratamiento mediante una transcriptasa reversa de dicho ácido
nucleico, si éste último está en forma de ARN.
b. un ciclo que comprende las etapas
siguientes:
- i.-
- desnaturalización del ácido nucleico de doble hebra a detectar, lo que conduce a la formación de un ácido nucleico de hebra simple,
- ii.-
- hibridación de cada una de las hebras de ácido nucleico, obtenidas durante la etapa de desnaturalización precedente, con al menos un cebador nucleotídico mediante la puesta en contacto de las hebras anteriormente mencionadas con al menos un par de cebadores según una de las reivindicaciones 1 ó 2,
- iii.
- formación a partir de los cebadores, de los ADN complementarios de las hebras sobre las cuales dichos cebadores hibridan en presencia de una ADN polimerasa y de cuatro nucleósidos trifosfato (dNTP) diferentes, lo que conduce a la formación de un número mayor de ácidos nucleicos de doble hebra que en la etapa de desnaturalización precedente,
repitiéndose este ciclo un número
de veces determinado para obtener dicha secuencia nucleica en una
proporción suficiente para permitir su
detección.
5. Procedimiento según una cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 4, caracterizado porque los al menos dos
cebadores oligonucleotídicos tienen secuencias que consisten cada
una en:
\newpage
- i.-
- al menos una secuencia elegida en el siguiente grupo de las secuencias sentido:
y al menos una secuencia elegida en
el siguiente grupo de las secuencias
antisentido:
- ii.-
- una secuencia complementaria de una secuencia tal como la definida en i.; o
- iii.-
- una secuencia que tiene al menos el 60% de identidad con una de las secuencias definida en i o ii y capaz de hibridar a una temperatura de 60ºC \pm 1ºC con los genomas de los virus VIH-1 Bru, VIH-1 Mal, VIH-1 Eli, VIH-2 Rod y SIV Mac.
6. Procedimiento según una cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 4 caracterizado porque al menos dos de
las siguientes mezclas de cebadores se utilizan para la
amplificación:
MMy1: Mezcla constituida por cebadores
\newpage
MMy2: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
MMy3: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
MMy4: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
MMy4B: Mezcla constituida por cebador
MMy4Bbis: Mezcla constituida por cebador
\vskip1.000000\baselineskip
MMy28: Mezcla constituida por cebador
MMy28bis: Mezcla constituida por cebador
\newpage
7. Procedimiento según la reivindicación
6, caracterizado porque se realiza en las condiciones
siguientes:
- para la etapa de hibridación: 1 \mul de una
solución de 40 \mumolar de cada cebador se pone en presencia de
100 a 300 ng de ADN-molde para la primera etapa de
desnaturalización-reasociación; se calienta durante
10 minutos a 100ºC, y a continuación se sumergen los tubos que
contienen esta mezcla de ADN-molde y los cebadores
en el agua con hielo, utilizándose los cebadores en una
concentración final en la etapa de amplificación siguiente de 0,8
\mum cada uno.
- para la etapa de amplificación: se añade al
medio anterior los 4 dNTP, cada uno de ellos utilizado a 0,5
\mumolar en 50\mul de solución final y una unidad de
Taq-polimerasa para un medio de reacción de 50
\mul; esta etapa se realiza en el tampón de amplificación
denominado "10 X buffer", que comprende cuando está diluido al
1/10 en la solución final: Tris-HCl, pH = 8,9: 50
mM; (NH_{4})_{2}SO_{4}; 15 mM; MgCl_{2}; 5 mM;
\beta-mercaptoetanol; 10 mM; gelatina: 0,25
mg/ml.
8. Procedimiento según una cualquiera de
las reivindicaciones 1 a 7, caracterizado porque la etapa
de traducción se realiza por transformación de células hospedadoras
apropiadas mediante vectores que contienen dichas secuencias
amplificadas y recuperación de las proteínas producidas en estas
células hospedadoras.
9. Procedimiento según una cualquiera de
las reivindicaciones 1 a 8, caracterizado porque los
cebadores oligonucleotídicos se eligen entre los siguientes pares
de mezclas de cebadores:
a. MMy1-MMy4
\vskip1.000000\baselineskip
- MMy1: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
- MMy4: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
b. MMy2-MMy4
\vskip1.000000\baselineskip
- MMy2: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
- MMy4: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
c. MMy1-MMy3
\vskip1.000000\baselineskip
- MMy1: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
- MMy3: Mezcla constituida por cebadores
\vskip1.000000\baselineskip
d. MMy4Bbis-MMy28bis
\vskip1.000000\baselineskip
- MMy4B: Mezcla constituida por cebador
\vskip1.000000\baselineskip
- MMy28bis: Mezcla constituida por cebador
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ES90401520T Expired - Lifetime ES2139567T3 (es) | 1989-06-02 | 1990-06-05 | Secuencias nucleotidicas procedentes del genoma de retrovirus del tipo vih-1 y sus aplicaciones para la amplificacion de los genomas de estos retrovirus y para el diagnostico in vitro de las infecciones producidas por estos virus. |
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ES90401520T Expired - Lifetime ES2139567T3 (es) | 1989-06-02 | 1990-06-05 | Secuencias nucleotidicas procedentes del genoma de retrovirus del tipo vih-1 y sus aplicaciones para la amplificacion de los genomas de estos retrovirus y para el diagnostico in vitro de las infecciones producidas por estos virus. |
ES05014676T Expired - Lifetime ES2275451T3 (es) | 1989-06-02 | 1990-06-05 | Secuencias nucleotidicas procedentes del genoma de los retrovirus del tipo vih-1,vih-2 y siv, y sus aplicaciones especialmente para la amplificacion de los genomas de estos retrovirus y para el diagnostico in vitro de las infecciones debidas a estos virus. |
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