EA042696B1 - HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODIES AND METHODS FOR THEIR APPLICATION - Google Patents
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODIES AND METHODS FOR THEIR APPLICATION Download PDFInfo
- Publication number
- EA042696B1 EA042696B1 EA201990685 EA042696B1 EA 042696 B1 EA042696 B1 EA 042696B1 EA 201990685 EA201990685 EA 201990685 EA 042696 B1 EA042696 B1 EA 042696B1
- Authority
- EA
- Eurasian Patent Office
- Prior art keywords
- antibody
- hiv
- antigen
- antibodies
- binding fragment
- Prior art date
Links
Description
Перекрестная ссылка на связанные заявкиCross-reference to related applications
По заявке на данное изобретение испрашивается приоритет согласно 35 U.S.C. §119(е) предварительной заявки США № 61/486960, которая подана 17 мая 2011 г. Ее раскрытие включено в настоящее описание в полном объеме.This application claims priority under 35 U.S.C. §119(e) US Provisional Application No. 61/486960, filed May 17, 2011. Its disclosure is incorporated herein in its entirety.
Заявление об исследовании, финансируемом государствомPublicly funded research statement
Исследование, которое привело к созданию настоящего изобретения, отчасти поддержано грантом National Institutes of Health № P01 AI08677-01. Соответственно, правительство США имеет определенные права на это изобретение.The research that led to the present invention was supported in part by National Institutes of Health Grant No. P01 AI08677-01. Accordingly, the US government has certain rights to this invention.
Область изобретенияField of invention
Настоящее изобретение относится к антителам, направленным на эпитопы вируса иммунодефицита человека (ВИЧ). Настоящее изобретение, кроме того, относится к получению и применению нейтрализующих антител широкого спектра, направленных на оболочечный белок gp120 ВИЧ для профилактики и лечения ВИЧ-инфекции.The present invention relates to antibodies directed to human immunodeficiency virus (HIV) epitopes. The present invention further relates to the production and use of broad spectrum neutralizing antibodies directed to the HIV gp120 envelope protein for the prevention and treatment of HIV infection.
Предпосылки изобретенияBackground of the invention
ВИЧ вызывает синдром приобретенного иммунодефицита (СПИД). Иммунный ответ на ВИЧ-инфекцию у нонпрогрессоров показывает, что специфический вирусный иммунитет может ограничивать инфекцию и симптомы заболевания. У некоторых ВИЧ-инфицированных индивидуумов были обнаружены нейтрализующие IgG антитела широкого спектра в сыворотке; относительно специфичности и активности этих антител известно мало, несмотря на их возможную важность при разработке эффективных вакцин, и не установлена корреляция ни одной характеристики с защитным иммунитетом. На моделях на животных пассивный перенос нейтрализующих антител может вносить вклад в защиту от заражения вирусом. У ВИЧ-инфицированных индивидуумов также могут развиваться нейтрализующие гуморальные ответы, но детальный состав серологического ответа до сих пор не известен в полной мере.HIV causes acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). The immune response to HIV infection in nonprogressors indicates that specific viral immunity can limit infection and disease symptoms. In some HIV-infected individuals, broad-spectrum neutralizing IgG antibodies have been detected in serum; little is known about the specificity and activity of these antibodies, despite their possible importance in the development of effective vaccines, and no characteristic has been correlated with protective immunity. In animal models, passive transfer of neutralizing antibodies may contribute to protection against viral challenge. HIV-infected individuals can also develop neutralizing humoral responses, but the detailed composition of the serological response is still not fully known.
Для СПИДа описано множество иммунологических патологий. К ним относятся, но ими не ограничиваются, патологии функции В-клеток, патологический гуморальный ответ, нарушенная клеточная функция моноцитов, ослабленное образование цитокинов, подавленная функция естественных киллеров и пониженная цитотоксическая функция клеток, нарушенная способность лимфоцитов распознавать и отвечать на растворимые антигены и истощение популяции лимфоцитов Т4 хелперов/индукторов.Many immunological pathologies have been described for AIDS. These include, but are not limited to, abnormal B cell function, abnormal humoral response, impaired monocyte cellular function, impaired cytokine production, suppressed natural killer and decreased cytotoxic cell function, impaired ability of lymphocytes to recognize and respond to soluble antigens, and population depletion. T4 lymphocytes helpers/inducers.
Известны аминокислотные и РНК последовательности, кодирующие env ВИЧ, из множества штаммов ВИЧ (Modrow, S. et al., J. Virology, 61(2):570 (1987)). Вирион ВИЧ покрыт мембраной или оболочкой, полученной из наружной мембраны клеток-хозяев. Эта мембрана содержит популяцию оболочечных гликопротеинов (gp160), заякоренных в бислое мембраны карбокси-концевой областью. Каждый гликопротеин содержит два сегмента: N-концевой сегмент и С-концевой сегмент. N-концевой сегмент, называемый gp120 благодаря его относительной молекулярной массе, равной приблизительно 120 кДа, выступает в водную среду, окружающую вирион. С-концевой сегмент, называемый gp41, пронизывает мембрану. N-концевой gp120 и С-концевой gp41 ковалентно связаны посредством пептидной связи, которая, в частности, восприимчива к протеолитическому расщеплению. См. публикацию европейской патентной заявки № 0335635, McCune et al., и цитируемые в ней ссылки, каждая из которых включена в настоящее описание в качестве ссылки в полном объеме.Amino acid and RNA sequences encoding the env of HIV are known from a variety of HIV strains (Modrow, S. et al., J. Virology, 61(2):570 (1987)). The HIV virion is coated with a membrane or envelope derived from the outer membrane of the host cells. This membrane contains a population of envelope glycoproteins (gp160) anchored in the membrane bilayer by a carboxy-terminal region. Each glycoprotein contains two segments: an N-terminal segment and a C-terminal segment. The N-terminal segment, called gp120 due to its relative molecular weight of approximately 120 kDa, protrudes into the aqueous environment surrounding the virion. The C-terminal segment, called gp41, spans the membrane. The N-terminal gp120 and C-terminal gp41 are covalently linked via a peptide bond, which is particularly susceptible to proteolytic cleavage. See European Patent Application Publication No. 0335635 by McCune et al. and the references cited therein, each of which is incorporated herein by reference in its entirety.
Предложено несколько подходов для создания вакцины против СПИДа, включая в качестве неограничивающих примеров, инактивированные и аттенуированные противовирусные вакцины, субъединичные вакцины из инфицированных вирусом клеток, вирусные антигены, полученные рекомбинантными способами, вакцины на основе синтетических пептидов, антиидиотипические вакцины и вакцины на основе носителя-вируса. Дополнительный подход к терапевтическому и профилактическому лечению ВИЧ включает получение высокоэффективных нейтрализующих моноклональных антител широкого спектра. Во многих исследованиях сообщалось о клонировании и получении моноклональных антител различными способами для нацеливания на сайт связывания CD4, а также на другие части шипа вириона и для нейтрализации ВИЧ. В целом, эти способы включают способы самостоятельного слияния или фагового дисплея. Как правило, при получении нейтрализующих антител против ВИЧ с помощью способов фагового дисплея комбинируют случайные комбинации тяжелых и легких цепей и выбирают случайную пару. В исследованиях сообщалось об ограниченном числе моноклональных антител, таких как, например, антитело b12 фагового дисплея, которые являются высокоэффективными с широким спектром и нейтрализующими (обозначает антитела, которые могут нейтрализовать множество штаммов ВИЧ в сыворотках) против ВИЧ. Моноклональное антитело b12 представляет собой нейтрализующее антитело широкого спектра, о котором сообщалось, что оно предотвращает ВИЧ-инфекцию у макак. Другое нейтрализующее антитело широкого спектра включает 2G12, которое имеет нехарактерную структуру, которая до сих пор не была обнаружена в каком-либо другом антителе, с тремя антигенсвязывающими участками.Several approaches have been proposed for the development of an AIDS vaccine, including, but not limited to, inactivated and attenuated antiviral vaccines, subunit vaccines from virus-infected cells, recombinant viral antigens, synthetic peptide vaccines, anti-idiotypic vaccines, and carrier-virus vaccines. . An additional approach to the therapeutic and prophylactic treatment of HIV involves the production of highly effective broad spectrum neutralizing monoclonal antibodies. Many studies have reported cloning and generating monoclonal antibodies in various ways to target the CD4 binding site as well as other parts of the virion spike and to neutralize HIV. In general, these methods include self-fusion or phage display methods. Typically, when generating neutralizing antibodies against HIV using phage display methods, random combinations of heavy and light chains are combined and a random pair is selected. Studies have reported a limited number of monoclonal antibodies, such as, for example, the b12 phage display antibody, that are highly effective, broad spectrum, and neutralizing (meaning antibodies that can neutralize multiple strains of HIV in sera) against HIV. Monoclonal antibody b12 is a broad spectrum neutralizing antibody that has been reported to prevent HIV infection in monkeys. Another broad spectrum neutralizing antibody includes 2G12, which has an uncharacteristic structure that has not yet been found in any other antibody, with three antigen binding sites.
VRC01 представляет собой недавно обнаруженное нейтрализующее антитело широкого спектра, которое нацелено на сайт связывания CD4 (CD4bs) на шипе ВИЧ. VRC01 был выделен путем очистки отдельных В-клеток, которые связываются с растворимым меченным биотином стабилизированным коровым фрагментом gp120 с измененной поверхностью ВИЧ (X. Wu et al., Science 329, 856 (Aug 13, 2010)). Несмотря на успех, выделение было неэффективным, было получено только три близкородствен- 1 042696 ных связывающих ВИЧ антитела из 25 миллионов мононуклеарных клеток периферической крови одного индивидуума. Подобно другим антителам против ВИЧ, получаемых способом захвата отдельных клеток антигеном, антитело VRC01-3 показало очень высокий уровень соматических мутаций, которые необходимы для эффективности и широты спектра. Эта высокая частота мутаций является вероятной помехой клонирования антитела, поскольку мутировавшие последовательности могут прекратить быть комплементарными праймерами, используемыми для клонирования.VRC01 is a newly discovered broad spectrum neutralizing antibody that targets the CD4 binding site (CD4bs) on the HIV spike. VRC01 was isolated by purifying single B cells that bind to a soluble biotin-labeled stabilized gp120 core fragment with resurfaced HIV (X. Wu et al., Science 329, 856 (Aug 13, 2010)). Although successful, isolation was inefficient, and only three closely related HIV-binding antibodies were obtained from 25 million peripheral blood mononuclear cells in one individual. Like other anti-HIV antibodies produced by the single cell antigen capture method, the VRC01-3 antibody showed a very high level of somatic mutations, which are necessary for efficacy and broad spectrum. This high mutation rate is a likely hindrance to antibody cloning, as mutated sequences may no longer be complementary primers used for cloning.
В некоторых исследованиях сообщалось, что у определенных пациентов происходит продукция антитела против ВИЧ, которые являются нейтрализующими и имеют широкий спектр. В исследованиях сообщалось, что антитела могут защищать от начальной ВИЧ-инфекции в экспериментах по пассивному переносу у приматов, не являющихся человеком, и могут модулировать вирусную нагрузку во время инфекции. См., например, Mascola, 2000; Shibata, 1999; Veazey, 2003; Parren, 2001; Mascola, 1999; Trkola, 2005; Wei, 2003; Frost, 2005; Burton, 2004; Mascola, 2007; Karlsson Hedestam, 2008; McMichael, 2006; Zolla-Pazner, 2004.Some studies have reported that certain patients produce anti-HIV antibodies that are neutralizing and broad spectrum. Studies have reported that antibodies can protect against initial HIV infection in passive transfer experiments in non-human primates and can modulate viral load during infection. See, for example, Mascola, 2000; Shibata, 1999; Veazey, 2003; Parren, 2001; Mascola, 1999; Trkola, 2005; Wei, 2003; Frost, 2005; Burton, 2004; Mascola, 2007; Karlsson Hedestam, 2008; McMichael, 2006; Zolla-Pazner, 2004.
Краткое изложение сущности изобретенияBrief summary of the invention
В одном из вариантов осуществления настоящее изобретение относится к нейтрализующим антителам широкого спектра против ВИЧ. В одном из вариантов осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь, которая содержит консенсусную аминокислотную последовательность:In one embodiment, the present invention relates to broad spectrum neutralizing antibodies against HIV. In one embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a heavy chain that contains the consensus amino acid sequence:
QXXLXQSGGXVKKPGXSVXVSCXASGYXXFXXYXIHWXRQAPGXGXXWVGXIXPRXGXXXXAXXQXXLXQSGGXVKKPGXSVXVSCXASGYXXFXXYXIHWXRQAPGXGXXWVGXIXPRXGXXXXAXX
FQGRLSLTRDXXXXXXTXXXFMDLXGLRXDDTAVYFCARXXXXXXXXXXXXXXXXXXDX (SEQ ID NO: 1), где X обозначает любую аминокислоту или отсутствие аминокислоты.FQGRLSLTRDXXXXXXTXXXFMDLXGLRXDTAVYFCARXXXXXXXXXXXXXXXXXXDX (SEQ ID NO: 1), where X is any or no amino acid.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему легкую цепь, которая содержит консенсусную аминокислотную последовательность:In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a light chain that contains the consensus amino acid sequence:
EIXLTQSPXSLSXSXGEXXTISCXXXQXXXXXXXLXWYQQRXGXARPLLIXXXSXXXXGVPXRFEIXLTQSPXSLSXSXGEXXTISCXXXQXXXXXXXLXWYQQRXGXARPLLIXXXSXXXXGVPXRF
SGXXXGXXYXLXISXLXXDDXAXYFCXXYEXXXXXXX (SEQ ID NO: 2), где X обозначает любую аминокислоту или отсутствие аминокислоты.SGXXXGXXYXLXISXLXXDDXAXYFCXXYEXXXXXXX (SEQ ID NO: 2), where X is any amino acid or no amino acid.
В еще одном варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь, которая содержит высококонсервативную консенсусную последовательность, и легкую цепь, которая содержит высококонсервативную консенсусную последовательность. Настоящее изобретение дополнительно относится к способу получения выделенного антитела против ВИЧ, содержащего тяжелую цепь, которая содержит высококонсервативную консенсусную последовательность, и легкую цепь, содержащую высококонсервативную консенсусную последовательность.In yet another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising a heavy chain that contains a highly conserved consensus sequence and a light chain that contains a highly conserved consensus sequence. The present invention further relates to a method for preparing an isolated anti-HIV antibody comprising a heavy chain that contains a highly conserved consensus sequence and a light chain that contains a highly conserved consensus sequence.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему консенсусную последовательность тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и последовательность легкой цепи SEQ ID NO: 2. В дополнительном варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему одну или обе консенсусные последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2, или последовательности, которые по меньшей мере на 70%, или по меньшей мере на 80%, или по меньшей мере на 85%, или по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере на 95%, или по меньшей мере на 97%, или по меньшей мере на 98%, или по меньшей мере на 99% идентичны им, при условии, что антитело не имеет аминокислотную последовательность VRC01.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising the heavy chain consensus sequence of SEQ ID NO: 1 and the light chain sequence of SEQ ID NO: 2. In a further embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising one or both heavy chain consensus sequences of SEQ ID NO: 1 and light chain sequences of SEQ ID NO: 2, or sequences that are at least 70%, or at least 80%, or at least 85%, or at least 90%, or at least 95%, or at least 97%, or at least 98%, or at least 99% identical to them, provided that the antibody does not have the VRC01 amino acid sequence.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему одну или обе консенсусные последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2, и где антитело нейтрализует вирус ВИЧ ZM53M.PB12 в концентрации IC50 меньше чем 1,0 мкг/мл, или вирус ВИЧ R1166.c1 в концентрации IC50 меньше чем 1,0 мкг/мл, или DU172.17 в концентрации IC50 меньше чем 30 мкг/мл. В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему одну или обе консенсусные последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2, где антитело нейтрализует вирус ВИЧ, устойчивый к VRC01, в концентрации IC50 меньше чем 30 мкг/мл.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising one or both of the heavy chain consensus sequences of SEQ ID NO: 1 and the light chain of SEQ ID NO: 2, and wherein the antibody neutralizes the ZM53M.PB12 HIV virus at an IC 50 concentration of less than 1.0 µg/ml, or HIV virus R1166.c1 with an IC 50 concentration of less than 1.0 µg/ml, or DU172.17 with an IC 50 concentration of less than 30 µg/ml. In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising one or both of the heavy chain consensus sequences of SEQ ID NO: 1 and the light chain of SEQ ID NO: 2, wherein the antibody neutralizes a VRC01-resistant HIV virus at an IC 50 concentration of less than than 30 mcg/ml.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, выбранному из группы, состоящей из 3BNC117, 3BNC60, 12А12, 12А21, NIH45-46, 8ANC131, 8ANC134, IB2530, INC9 и 8ANC196.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody selected from the group consisting of 3BNC117, 3BNC60, 12A12, 12A21, NIH45-46, 8ANC131, 8ANC134, IB2530, INC9, and 8ANC196.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему области CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи и области CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие аминокислотные последовательности соответствующих областей антитела против ВИЧ, выбранного из группы, состоящей из 3BNC117, 3BNC60, 12А12, 12А21, NIH45-46, bANC131, 8ANC134, IB2530, INC9 и 8ANC196.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising heavy chain CDR1, CDR2 and CDR3 regions and light chain CDR1, CDR2 and CDR3 regions comprising the amino acid sequences of the respective regions of an anti-HIV antibody selected from the group consisting of 3BNC117, 3BNC60 , 12A12, 12A21, NIH45-46, bANC131, 8ANC134, IB2530, INC9 and 8ANC196.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь, которая содержит аминокислотную последовательность, выбран- 2 042696 ную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-438.In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody comprising a heavy chain which contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 5-438.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему легкую цепь, которая содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 439-583.In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a light chain that contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 439-583.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь и легкую цепь, которые содержат аминокислотную последовательность, изложенную в табл. А или табл. В.In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a heavy chain and a light chain, which contain the amino acid sequence set forth in table. A or tab. IN.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему последовательность вставки, содержащую аминокислотную последовательность: ASWDFDF (SEQ ID NO: 3).In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising an insert sequence comprising the amino acid sequence: ASWDFDF (SEQ ID NO: 3).
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему последовательность вставки, содержащую аминокислотную последовательность: TARDY (SEQ ID NO: 4).In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising an insertion sequence comprising the amino acid sequence: TARDY (SEQ ID NO: 4).
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему последовательности вставки SEQ ID NO: 3 и SEQ ID NO: 4.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising the insertion sequences of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу повышения эффективности и области нейтрализации ВИЧ выделенного антитела против ВИЧ, включающему встраивание по меньшей мере одной последовательности вставки SEQ ID NO: 3 и SEQ ID NO: 4.In another embodiment, the present invention relates to a method for improving the HIV neutralization potency and scope of an isolated anti-HIV antibody, comprising inserting at least one insertion sequence of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4.
Согласно другому варианту осуществления, настоящее изобретение относится к композициям, содержащим выделенное антитело против ВИЧ по изобретению.According to another embodiment, the present invention relates to compositions containing an isolated anti-HIV antibody of the invention.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к фармацевтическим композициям, содержащим антитело по изобретению и фармацевтически приемлемый носитель.In another embodiment, the present invention relates to pharmaceutical compositions comprising an antibody of the invention and a pharmaceutically acceptable carrier.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к молекулам нуклеиновой кислоты, кодирующим выделенное антитело против ВИЧ по изобретению.According to another embodiment, the present invention relates to nucleic acid molecules encoding an isolated anti-HIV antibody of the invention.
Согласно другим вариантам осуществления настоящее изобретение относится к векторам, содержащим молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующим выделенное антитело против ВИЧ по изобретению, и клеткам, содержащим такие векторы.In other embodiments, the present invention relates to vectors containing nucleic acid molecules encoding an isolated anti-HIV antibody of the invention, and cells containing such vectors.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к способу профилактики или лечения ВИЧ-инфекции или заболевания, связанного с ВИЧ, включающему стадии: идентификации млекопитающего, нуждающегося в такой профилактике или лечении, и введения указанному млекопитающему терапевтически эффективного количества по меньшей мере одного антитела против ВИЧ по изобретению.According to another embodiment, the present invention relates to a method for preventing or treating an HIV infection or an HIV-related disease, comprising the steps of: identifying a mammal in need of such prevention or treatment, and administering to said mammal a therapeutically effective amount of at least one anti-HIV antibody according to invention.
Согласно другому варианту осуществления способ дополнительно включает введение второго терапевтического средства. Согласно другому варианту осуществления второе терапевтическое средство представляет собой противовирусное средство.In another embodiment, the method further comprises administering a second therapeutic agent. According to another embodiment, the second therapeutic agent is an antiviral agent.
Другой вариант осуществления настоящего изобретения относится к способу снижения репликации вируса или распространения инфекции на дополнительные клетки-хозяева или ткани, который включает приведение клетки млекопитающего в контакт по меньшей мере с одним антителом по изобретению. Согласно другому аспекту настоящее изобретение относится к способу лечения млекопитающего, инфицированного ВИЧ, способ включает введение указанному млекопитающему фармацевтической композиции, содержащей по меньшей мере одно антитело по изобретению.Another embodiment of the present invention relates to a method of reducing virus replication or spread of infection to additional host cells or tissues, which comprises contacting a mammalian cell with at least one antibody of the invention. In another aspect, the present invention relates to a method for treating a mammal infected with HIV, the method comprising administering to said mammal a pharmaceutical composition comprising at least one antibody of the invention.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к способу получения и введения препарата антитела против ВИЧ, который подходит для введения млекопитающему, который имеет ВИЧ-инфекцию или имеет риск возникновения ВИЧ-инфекции, в количестве и в соответствии со схемой, достаточными для того, чтобы индуцировать защитный иммунный ответ против ВИЧ, или снижения вируса ВИЧ у млекопитающего. В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу обнаружения антитела против ВИЧ, содержащего тяжелую цепь, которая содержит высококонсервативную консенсусную последовательность, и легкую цепь, которая содержит высококонсервативную консенсусную последовательность, в биологическом образце.According to another embodiment, the present invention relates to a method for preparing and administering an anti-HIV antibody preparation that is suitable for administration to a mammal that has or is at risk of HIV infection in an amount and in a schedule sufficient to induce a protective immune response against HIV, or reduction of the HIV virus in a mammal. In another embodiment, the present invention relates to a method for detecting an anti-HIV antibody containing a heavy chain that contains a highly conserved consensus sequence and a light chain that contains a highly conserved consensus sequence in a biological sample.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенным антителам по изобретению для применения в лечении ВИЧ.In another embodiment, the present invention provides isolated antibodies of the invention for use in the treatment of HIV.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к набору, содержащему фармацевтически приемлемую стандартную дозу фармацевтически эффективного количества выделенного антитела против ВИЧ по изобретению и фармацевтически приемлемую стандартную дозу фармацевтически эффективного количества средства против ВИЧ, выбранного из группы, состоящей из ненуклеозидного ингибитора обратной транскриптазы, ингибитора протеазы, ингибитора входа или слияния и ингибиторов интегразы, где две фармацевтически приемлемые стандартные дозы необязательно могут быть в форме общей фармацевтически приемлемой стандартной дозы.In another embodiment, the present invention relates to a kit containing a pharmaceutically acceptable unit dose of a pharmaceutically effective amount of an isolated anti-HIV antibody of the invention and a pharmaceutically acceptable unit dose of a pharmaceutically effective amount of an anti-HIV agent selected from the group consisting of a non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor, a protease inhibitor, an entry or fusion inhibitor; and integrase inhibitors, wherein the two pharmaceutically acceptable dosage units may optionally be in the form of a common pharmaceutically acceptable dosage unit.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к набору для диагностики, прогнозирования или контроля за лечением ВИЧ у индивида, который содержит один или несколько реактивов для обнаружения, которые специфически связываются с нейтрализующими антителами против ВИЧ в биологическом образце индивида. В другом аспекте изобретения в наборе дополнительно преду- 3 042696 смотрены реактивы для осуществления ПЦР или масс-спектрометрии.In another embodiment, the present invention relates to a kit for diagnosing, predicting, or monitoring HIV treatment in an individual, which contains one or more detection reagents that specifically bind to neutralizing anti-HIV antibodies in a biological sample of the individual. In another aspect of the invention, the kit additionally provides reagents for performing PCR or mass spectrometry.
Краткое описание чертежейBrief description of the drawings
На фиг. 1A-D показана нейтрализующая активность антитела против ВИЧ при IC50. (А) Ограниченная панель. Верхняя линия обозначает номер донора, затем клон или антитело (табл. 4); вирусы представлены слева. Цвета обозначают концентрации при IC50: красный <0,1 мкг/мл; оранжевый 0,1-1 мкг/мл; желтый 1-10 мкг/мл; зеленый >10 мкг/мл; белый - отсутствие нейтрализации при любой тестируемой концентрации. (В) Расширенная панель. (С) Объединенный график сравнения нейтрализации для VRC01, NIH45-46, 3BNC117. Длина линий и размер кругов обратно пропорциональны IC50. Цвета обозначают вирусные клады: красный А; синий В; зеленый С; фуксия D; черный АЕ; золотой AG. (D) Последовательность тяжелых цепей 3BNC60, 1В2530 и 8ANC134 с покрытием пептидами, найденными с помощью масс-спектрометрии, светло-серым. Красные точки обозначают отличия от соответствующих зародышевых последовательностей.In FIG. 1A-D shows the neutralizing activity of an anti-HIV antibody at IC 50 . (A) Limited panel. The upper line indicates the donor number, then the clone or antibody (Table 4); viruses are shown on the left. Colors indicate concentrations at IC 50 : red <0.1 μg/ml; orange 0.1-1 µg/ml; yellow 1-10 mcg/ml; green >10 µg/mL; white - no neutralization at any tested concentration. (B) Extended panel. (C) Combined neutralization comparison plot for VRC01, NIH45-46, 3BNC117. The length of the lines and the size of the circles are inversely proportional to IC 50 . Colors indicate viral clades: red A; blue B; green C; fuchsia D; black AE; golden AG. (D) Heavy chain sequence of 3BNC60, 1B2530 and 8ANC134 coated with peptides found by mass spectrometry in light gray. Red dots indicate differences from the corresponding germline sequences.
На фиг. 2А-С показаны связывающие свойства антител против ВИЧ. (А) Репрезентативные сенсограммы SPR для связывания YU2-gp140 и 2СС-core ревертированными к зародышевой линии антителами 12А12, 12А21 и 12А (GL). (В) График показывает KA для репрезентативных антител. (С) График показывает среднюю интенсивность флуоресценции связывания антитела против CD4i с экспрессирующими Bal.26 клетками 293Т после инкубации с обозначенными антителами. В таблице указано, индуцирует антитело доступность сайта CD4i или нет.In FIG. 2A-C show the binding properties of anti-HIV antibodies. (A) Representative SPR sensorgrams for YU2-gp140 and 2CC-core binding by germline reversed antibodies 12A12, 12A21 and 12A (GL). (B) Graph shows K A for representative antibodies. (C) Graph showing the mean fluorescence intensity of anti-CD4i antibody binding to Bal.26 expressing 293T cells after incubation with the labeled antibodies. The table indicates whether the antibody induces CD4i site accessibility or not.
На фиг. 3А и 3В показана консенсусная последовательность антитела против ВИЧ и аминокислотные последовательности антител против ВИЧ. (А) Выравнивание аминокислот относительно каркасной (FR) и CDR областей для консенсуса, зародышевых генов, 10 выбранных антител и 8ANC195. Остатки пронумерованы согласно структуре 3BNC60. (В) Как на (А), для легких цепей. (С, D и Е) Кристаллическая структура Fab 3BNC60.In FIG. 3A and 3B show the consensus sequence of the anti-HIV antibody and the amino acid sequences of the anti-HIV antibodies. (A) Alignment of amino acids relative to the frame (FR) and CDR regions for consensus, germline genes, 10 selected antibodies and 8ANC195. Residues are numbered according to the 3BNC60 structure. (B) As in (A), for light chains. (C, D and E) Crystal structure of Fab 3BNC60.
На фиг. 4А и 4В показан выход сильно мутировавших тяжелых цепей иммуноглобулинов с использованием конкретных праймеров. (А) Совместное сравнение нового и старого набора праймеров. Красные ячейки обозначают успешную амплификацию генов IgVH. (В) Антитела против ВИЧ, которые связываются с 2СС-core из Pt 8. Клональные семейства представлены по-разному развернутыми секторами. Два клона с высоким уровнем мутаций, которые не амплифицировали с использованием старого набора праймеров, показаны на заштрихованных секторах круговой диаграммы.In FIG. 4A and 4B show the yield of highly mutated immunoglobulin heavy chains using specific primers. (A) Joint comparison of the new and old primer set. Red cells indicate successful amplification of the IgV H genes. (B) Anti-HIV antibodies that bind to the 2CC core of Pt 8. The clonal families are represented by differently unfolded sectors. The two high mutation clones that were not amplified with the old primer set are shown in the shaded sectors of the pie chart.
На фиг. 5 показаны последовательности тяжелой (А) и легкой (В) цепей Ig V новых клональных членов VRC01.In FIG. 5 shows the heavy (A) and light (B) sequences of Ig V new clonal members of VRC01.
На фиг. 6 показана нейтрализующая активность сыворотки пациента. (А) В таблице суммирована нейтрализующая активность очищенных IgG сыворотки против панели вирусов Tier 2 в анализе Tzm-bl. Темно-красные ячейки показывают значения IC50 ниже 10 мкг/мл, оранжевые между 10 и 100 мкг/мл и желтые выше 100 мкг/мл. (В) На точечной диаграмме суммированы значения IC50, представленные на А, для еще 4 всесторонне протестированных пациентов.In FIG. 6 shows the neutralizing activity of the patient's serum. (A) The table summarizes the neutralizing activity of purified serum IgG against a panel of Tier 2 viruses in the Tzm-bl assay. Dark red cells show IC 50 values below 10 µg/ml, orange between 10 and 100 µg/ml and yellow above 100 µg/ml. (B) Dot plot summarizes the IC50 values presented in A for 4 more comprehensively tested patients.
На фиг. 7 продемонстрировано обнаружение антител посредством масс-спектрометрии. MS/MS спектр активированной столкновениями диссоциации, зарегистрированной на двухзарядных пептидах HSDYCDFDVWGSGSQVIVSSASTK из 3BNC153HC (А) и DGLGEVAPAYLYGIDAWGQGTTVIVTSASTK из 8ANC134HC. (В) Наблюдаемые фрагментарные ионы b-типа (содержащие N-конец) и фрагментарные ионы у-типа (содержащие С-конец) помечены на спектре. Потеря воды из фрагментарных ионов обозначена с помощью*. Ионы, соответствующие потере воды из родительского иона, помечены в спектре. Наблюдаемые расщепления остова обозначены в последовательности 1 для ионов b-типа и L для ионов у-типа.In FIG. 7 demonstrates the detection of antibodies by mass spectrometry. MS/MS spectrum of collision-activated dissociation recorded on the doubly charged peptides HSDYCDFDVWGSGSQVIVSSASTK from 3BNC153HC (A) and DGLGEVAPAYLYGIDAWGQGTTVIVTSASTK from 8ANC134HC. (B) Observed b-type fragment ions (containing the N-terminus) and y-type fragment ions (containing the C-terminus) are labeled on the spectrum. Water loss from fragment ions is indicated by *. Ions corresponding to the loss of water from the parent ion are labeled in the spectrum. The observed core splittings are denoted in the sequence 1 for b-type ions and L for y-type ions.
На фиг. 8А и 8В продемонстрирована аффинность антител против ВИЧ. (А) Антитело, связывающееся с gp140 и 2СС-core, которое измеряли посредством поверхностного плазмонного резонанса (SPR). Сенсограммы SPR для антитела, связывающего выбранные клоны антитела 3BNC, показаны в зависимости от времени. (В) На столбиковой диаграмме представлена аффинность связывания (KA) для антигенов gp140 и 2СС-core для выбранных антител IgG, представленных на A. RU, единицы ответа.In FIG. 8A and 8B show the affinity of antibodies against HIV. (A) Antibody binding to gp140 and 2CC core as measured by surface plasmon resonance (SPR). The SPR sensorgrams for antibody binding selected clones of the 3BNC antibody are shown as a function of time. (B) The bar graph shows the binding affinity (K A ) for gp140 and 2CC-core antigens for selected IgG antibodies shown in A. RU, response units.
На фиг. 9А-9С проиллюстрирован анализ соматических гипермутаций выбранных антител против ВИЧ для последовательностей (А) гена тяжелой цепи иммуноглобулина, (В) гена к легкой цепи и (С) гена λ легкой цепи. Последовательности выровнены с соответствующими им зародышевыми нуклеотидными последовательностями. Соматические мутации показаны красными буквами, дополнительно серые прямоугольники обозначают заместительные мутации. Зародышевые аминокислотные последовательности с обозначающей консенсусные остатки, представлены над выравниванием нуклеотидов.In FIG. 9A-9C illustrate an analysis of somatic hypermutations of selected anti-HIV antibodies for the sequences of (A) the immunoglobulin heavy chain gene, (B) the anti-light chain gene, and (C) the light chain λ gene. The sequences are aligned with their respective germline nucleotide sequences. Somatic mutations are shown in red letters, additional gray boxes indicate substitutional mutations. The germline amino acid sequences, with consensus residues denoting, are shown above the nucleotide alignment.
На фиг. 10А-10С представлены последовательности антител из одного размноженного нейтрализующего клона у каждого пациента (A) (Pt)1, (В) Pt3 и (С) Pt8. Пептиды, идентифицированные посредством масс-спектрометрии, обозначены цветом. Варианты, отмеченные звездочкой, являются уникально идентифицируемыми с помощью одного или нескольких масс-спектрометрически наблюдаемых пептидов (показано светло-серым). Остальные масс-спектрометрически наблюдаемые пептиды картируются неуникально во множестве вариантов, как показано темно-серым. Подчеркнутые аминокислоты обозна- 4 042696 чают нетрипсинолитические сайты расщепления в представленных вариантах. Предполагают, что расщепление происходит через химотрипсинолитическое расщепление или дополнительные мутации (не наблюдаемые среди клонированных вариантов), которые помещают остаток лизина или аргинина в эти сайты.In FIG. 10A-10C show the antibody sequences from one propagated neutralizing clone in each patient (A) (Pt)1, (B) Pt3, and (C) Pt8. Peptides identified by mass spectrometry are indicated by color. Variants marked with an asterisk are uniquely identifiable by one or more mass spectrometrically observable peptides (shown in light grey). The rest of the mass spectrometrically observed peptides are mapped non-uniquely in a variety of ways, as shown in dark gray. Underlined amino acids denote non-trypsinolytic cleavage sites in the variants shown. The cleavage is thought to occur via chymotrypsinolytic cleavage or additional mutations (not seen among cloned variants) that place a lysine or arginine residue at these sites.
Подробное описание изобретенияDetailed description of the invention
I. Антитела, нейтрализующие ВИЧ.I. Antibodies that neutralize HIV.
В одном из вариантов осуществления настоящее изобретение относится к нейтрализующим антителам широкого спектра против ВИЧ. В одном из вариантов осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь, которая содержит консенсусную аминокислотную последовательность:In one embodiment, the present invention relates to broad spectrum neutralizing antibodies against HIV. In one embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a heavy chain that contains the consensus amino acid sequence:
QXXLXQSGGXVKKPGXSVXVSCXASGYXXFXXYXIHWXRQAPGXGXXWVGXIXPRXGXXXXAXXQXXLXQSGGXVKKPGXSVXVSCXASGYXXFXXYXIHWXRQAPGXGXXWVGXIXPRXGXXXXAXX
FQGRLSLTRDXXXXXXTXXXFMDLXGLRXDDTAVYFCARXXXXXXXXXXXXXXXXXXDX (SEQ ID NO: 1), где X обозначает любую аминокислоту или отсутствие аминокислоты.FQGRLSLTRDXXXXXXTXXXFMDLXGLRXDTAVYFCARXXXXXXXXXXXXXXXXXXDX (SEQ ID NO: 1), where X is any or no amino acid.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему легкую цепь, которая содержит консенсусную аминокислотную последовательность:In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a light chain that contains the consensus amino acid sequence:
EIXLTQSPXSLSXSXGEXXTISCXXXQXXXXXXXLXWYQQRXGXARPLLIXXXSXXXXGVPXRFEIXLTQSPXSLSXSXGEXXTISCXXXQXXXXXXXLXWYQQRXGXARPLLIXXXSXXXXGVPXRF
SGXXXGXXYXLXISXLXXDDXAXYFCXXYEXXXXXXX (SEQ ID NO: 2), где X обозначает любую аминокислоту или отсутствие аминокислоты.SGXXXGXXYXLXISXLXXDDXAXYFCXXYEXXXXXXX (SEQ ID NO: 2), where X is any amino acid or no amino acid.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему последовательность тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и последовательность легкой цепи SEQ ID NO: 2. В дополнительном варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему одну или обе последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2 или последовательностей, которые по меньшей мере на 70%, или по меньшей мере на 80%, или по меньшей мере на 85%, или по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере на 95%, или по меньшей мере на 97%, или по меньшей мере на 98%, или по меньшей мере на 99% идентична с ними, при условии, что антитело не имеет аминокислотную последовательность VRC01. Процентную долю идентичности определяют, как описано далее в настоящем документе.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising the heavy chain sequence of SEQ ID NO: 1 and the light chain sequence of SEQ ID NO: 2. In a further embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising one or both of the sequences heavy chain of SEQ ID NO: 1 and light chain of SEQ ID NO: 2, or sequences that are at least 70%, or at least 80%, or at least 85%, or at least 90%, or at least 95%, or at least 97%, or at least 98%, or at least 99% identical with them, provided that the antibody does not have the VRC01 amino acid sequence. Percent identity is determined as described later in this document.
Настоящее изобретение в других вариантах осуществления относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь, которая содержит высококонсервативную аминокислотную последовательность тяжелой цепи, и легкую цепь, которая содержит высококонсервативную аминокислотную последовательность легкой цепи. Высоко консервативную аминокислотную последовательность тяжелой цепи определяют в настоящем документе как аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 70%, или по меньшей мере на 80%, или по меньшей мере на 85%, или по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере на 95%, или по меньшей мере на 97%, или по меньшей мере на 98%, или по меньшей мере на 99% идентична последовательности SEQ ID NO: 1. Высококонсервативную аминокислотную последовательность легкой цепи определяют в настоящем документе как аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 70%, или по меньшей мере на 80%, или по меньшей мере на 85%, или по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере на 95%, или по меньшей мере на 97%, или по меньшей мере на 98%, или по меньшей мере на 99% идентична последовательности SEQ ID NO: 2. Процентную долю идентичности определяют, как описано далее в настоящем документе.The present invention in other embodiments provides an isolated anti-HIV antibody comprising a heavy chain that contains a highly conserved heavy chain amino acid sequence and a light chain that contains a highly conserved light chain amino acid sequence. A highly conserved heavy chain amino acid sequence is defined herein as an amino acid sequence that is at least 70%, or at least 80%, or at least 85%, or at least 90%, or at least 95%, or at least 97%, or at least 98%, or at least 99% identical to the sequence of SEQ ID NO: 1. A highly conserved light chain amino acid sequence is defined herein as an amino acid sequence that at least 70%, or at least 80%, or at least 85%, or at least 90%, or at least 95%, or at least 97%, or at least 98%, or at least 99% identical to the sequence of SEQ ID NO: 2. Percent identity is determined as described later in this document.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь, которая содержит высококонсервативную аминокислотную последовательность тяжелой цепи, и легкую цепь, которая содержит высококонсервативную аминокислотную последовательность легкой цепи, при условии, что антитело не имеет последовательность VRC01.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising a heavy chain that contains a highly conserved heavy chain amino acid sequence and a light chain that contains a highly conserved light chain amino acid sequence, provided that the antibody does not have a VRC01 sequence.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему одну или обе последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2, де антитело нейтрализует вирус ВИЧ ZM53M.PB12 в концентрации IC50 меньше чем 1,0 мкг/мл, или вирус ВИЧ R1166.c1 в концентрации IC50 меньше чем 1,0 мкг/мл, или DU172.17 в концентрации IC50 меньше чем 30 мкг/мл. В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему одну или обе последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2, где антитело нейтрализует вирус ВИЧ, устойчивый к VRC01, в концентрации IC50 меньше чем 30 мкг/мл. Вирус ВИЧ, устойчивый к VRC01, определяют в настоящем документе как вирус ВИЧ, который устойчив к нейтрализации с помощью VRC01 при значении IC50 5 0 мкг/мл. Вирусы ВИЧ, устойчивые к VRC01, включают, например, НО86.8, DU172.17, 250-4, 278-50 и 620345.C1.In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing one or both of the heavy chain sequences of SEQ ID NO: 1 and the light chain of SEQ ID NO: 2, de the antibody neutralizes the ZM53M.PB12 HIV virus at an IC 50 concentration of less than 1, 0 µg/ml, or HIV virus R1166.c1 with an IC 50 concentration of less than 1.0 µg/ml, or DU172.17 with an IC 50 concentration of less than 30 µg/ml. In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody comprising one or both of the heavy chain sequences of SEQ ID NO: 1 and the light chain of SEQ ID NO: 2, wherein the antibody neutralizes a VRC01-resistant HIV virus at an IC 50 concentration of less than 30 µg/ml. A VRC01-resistant HIV virus is defined herein as an HIV virus that is resistant to VRC01 neutralization with an IC 50 value of 5 0 μg/mL. HIV viruses resistant to VRC01 include, for example, HO86.8, DU172.17, 250-4, 278-50 and 620345.C1.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, выбранному из группы, состоящей из 3BNC117, 3BNC60, 12А12, 12А21, NIH45-46, bANC131, 8ANC134, IB2530, INC9 и 8ANC196.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody selected from the group consisting of 3BNC117, 3BNC60, 12A12, 12A21, NIH45-46, bANC131, 8ANC134, IB2530, INC9, and 8ANC196.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу про- 5 042696 тив ВИЧ, содержащему области CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи и области CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие аминокислотные последовательности соответствующих областей антитела противIn another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising heavy chain CDR1, CDR2 and CDR3 regions and light chain CDR1, CDR2 and CDR3 regions containing the amino acid sequences of the corresponding regions of the anti-HIV antibody.
ВИЧ, выбранного из группы, состоящей из 3BNC117, 3BNC60, 12А12, 12А21, NIH45-46, bANC131,HIV selected from the group consisting of 3BNC117, 3BNC60, 12A12, 12A21, NIH45-46, bANC131,
8ANC134, IB2530, INC9 и 8ANC196.8ANC134, IB2530, INC9 and 8ANC196.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь, которая содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-438.In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a heavy chain that contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 5-438.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему легкую цепь, которая содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 439-583.In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a light chain that contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 439-583.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему тяжелую цепь и легкую цепь, которая содержит аминокислотную последовательность, изложенную в табл. А или В.In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody containing a heavy chain and a light chain, which contains the amino acid sequence set forth in table. A or B.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему последовательность вставки, содержащую аминокислотную последовательность: ASWDFDF (SEQ ID NO: 3). В дополнительном варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, где последовательностью вставки SEQ ID NO: 3, которая соответствует области FR3 тяжелой цепи, начинающейся с аминокислоты 74 в 3BNC117 и 3BNC60, как показано на фиг. 5А, заменяют соответствующую область, определенную посредством выравнивания последовательностей, антитела против ВИЧ по изобретению. Например, SEQ ID NO: 3 может быть вставлена после седьмой аминокислоты FR3 тяжелой цепи.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising an insert sequence comprising the amino acid sequence: ASWDFDF (SEQ ID NO: 3). In a further embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody, wherein the insertion sequence of SEQ ID NO: 3, which corresponds to the heavy chain FR3 region starting at amino acid 74 in 3BNC117 and 3BNC60, as shown in FIG. 5A replace the corresponding region determined by sequence alignment with an anti-HIV antibody of the invention. For example, SEQ ID NO: 3 may be inserted after the seventh amino acid of heavy chain FR3.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, содержащему последовательность вставки, содержащую аминокислотную последовательность: TARDY (SEQ ID NO: 4). В дополнительном варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, где последовательностью вставки SEQ ID NO: 4, которая соответствует области CDR3 тяжелой цепи, начинающейся с аминокислоты 103 в NIH45-46, как показано на фиг. 5А, заменяют соответствующую область, определенную посредством выравнивания последовательностей, антитела против ВИЧ по изобретению. Например, SEQ ID NO: 4 может быть вставлена после четвертой аминокислоты в CDR3 тяжелой цепи.In another embodiment, the present invention provides an isolated anti-HIV antibody comprising an insertion sequence comprising the amino acid sequence: TARDY (SEQ ID NO: 4). In a further embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody, wherein the insertion sequence of SEQ ID NO: 4, which corresponds to the heavy chain CDR3 region starting at amino acid 103 in NIH45-46, as shown in FIG. 5A replace the corresponding region determined by sequence alignment with an anti-HIV antibody of the invention. For example, SEQ ID NO: 4 may be inserted after the fourth amino acid in the heavy chain CDR3.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к выделенному антителу против ВИЧ, где последовательностью вставки SEQ ID NO: 3, которая соответствует области FR3 тяжелой цепи, начинающейся с аминокислоты 74 в 3BNC117 и 3BNC60, как показано на фиг. 5А, заменяют соответствующую область, определенную посредством выравнивания последовательностей, антитела против ВИЧ по изобретению, и последовательностью вставки SEQ ID NO: 4, которая соответствует области CDR3 тяжелой цепи, начинающейся с аминокислоты 103 в NIH45-46, как показано на фиг. 5А, заменяют соответствующую область, определенную посредством выравнивания последовательностей, антитела против ВИЧ по изобретению. Например, SEQ ID NO: 3 может быть вставлена после седьмой аминокислоты FR3 тяжелой цепи и SEQ ID NO: 4 может быть вставлена после четвертой аминокислоты CDR3 тяжелой цепи.In another embodiment, the present invention relates to an isolated anti-HIV antibody, wherein the insertion sequence of SEQ ID NO: 3, which corresponds to the heavy chain FR3 region starting at amino acid 74 in 3BNC117 and 3BNC60, as shown in FIG. 5A, replace the corresponding region, determined by sequence alignment, of an anti-HIV antibody of the invention with the insertion sequence of SEQ ID NO: 4, which corresponds to the heavy chain CDR3 region starting at amino acid 103 in NIH45-46, as shown in FIG. 5A replace the corresponding region determined by sequence alignment with an anti-HIV antibody of the invention. For example, SEQ ID NO: 3 may be inserted after the seventh amino acid of the heavy chain FR3 and SEQ ID NO: 4 may be inserted after the fourth amino acid of the heavy chain CDR3.
В дополнительном варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу повышения эффективности и ширины нейтрализации ВИЧ выделенного антитела против ВИЧ, включающему получение выделенного антитела против ВИЧ, где последовательностью вставки SEQ ID NO: 3, которая соответствует области FR3 тяжелой цепи, начинающейся с аминокислоты 74 в 3BNC117 и 3BNC60, как показано на фиг. 5А, заменяют соответствующую область, определенную посредством выравнивания последовательностей, антитела против ВИЧ по изобретению и/или последовательностью вставки SEQ ID NO: 4, которая соответствует области CDR3 тяжелой цепи, начинающейся с аминокислоты 103 в NIH45-46, как показано на фиг. 5А, заменяют соответствующую область, определенную посредством выравнивания последовательностей, антитела против ВИЧ по изобретению. Например, SEQ ID NO: 3 может быть вставлена после седьмой аминокислоты FR3 тяжелой цепи и/или SEQ ID NO: 4 может быть вставлена после четвертой аминокислоты CDR3 тяжелой цепи. Специалист в данной области может модифицировать аминокислотную последовательность антитела с использованием рекомбинантных способов и/или синтетических химических способов для получения полипептида или антитела. Также специалист в данной области может идентифицировать улучшенное антитело против ВИЧ с более высокими эффективностью и шириной нейтрализации посредством использования анализа на нейтрализацию ВИЧ, как описано ниже.In a further embodiment, the present invention relates to a method for improving the HIV neutralization efficiency and width of an isolated anti-HIV antibody, comprising obtaining an isolated anti-HIV antibody, wherein the insertion sequence is SEQ ID NO: 3, which corresponds to the heavy chain FR3 region starting at amino acid 74 in 3BNC117 and 3BNC60 as shown in Fig. 5A, replace the corresponding region determined by sequence alignment with an anti-HIV antibody of the invention and/or with an insertion sequence of SEQ ID NO: 4 that corresponds to the heavy chain CDR3 region starting at amino acid 103 in NIH45-46 as shown in FIG. 5A replace the corresponding region determined by sequence alignment with an anti-HIV antibody of the invention. For example, SEQ ID NO: 3 may be inserted after the seventh amino acid of the heavy chain FR3 and/or SEQ ID NO: 4 may be inserted after the fourth amino acid of the heavy chain CDR3. One skilled in the art can modify the amino acid sequence of an antibody using recombinant techniques and/or synthetic chemical techniques to produce a polypeptide or antibody. Also, one skilled in the art can identify an improved anti-HIV antibody with higher potency and neutralization width by using an HIV neutralization assay, as described below.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к улучшенному выделенному антителу против ВИЧ, содержащему по меньшей мере одну из последовательностей вставки SEQ ID NO: 3 и SEQ ID NO: 4, где улучшенное выделенное антитело против ВИЧ имеет более высокие эффективность и ширину нейтрализации ВИЧ, чем указанное выделенное антитело против ВИЧ без последовательностей вставки SEQ ID NO: 3 и SEQ ID NO: 4. Специалист в данной области может идентифицировать улучшенное антитело против ВИЧ с более высокой эффективностью и шириной нейтрализации ВИЧ посредством использования анализа на нейтрализацию ВИЧ, как описано ниже.In another embodiment, the present invention relates to an improved isolated anti-HIV antibody comprising at least one of the insertion sequences of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4, wherein the improved isolated anti-HIV antibody has higher HIV neutralization efficiency and width than said isolated anti-HIV antibody without the insertion sequences of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4. One skilled in the art can identify an improved anti-HIV antibody with higher HIV neutralization potency and breadth by using an HIV neutralization assay as described below.
- 6 042696- 6 042696
Специалист в данной области может модифицировать аминокислотную последовательность антитела, используя рекомбинантные способы и/или синтетические химические способы для получения полипептида или антитела.One skilled in the art can modify the amino acid sequence of an antibody using recombinant techniques and/or synthetic chemical techniques to produce a polypeptide or antibody.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу получения выделенного антитела против ВИЧ, содержащего консенсусную последовательность тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2. В дополнительном варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу получения выделенного антитела против ВИЧ, содержащего одну или обе из консенсусной последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2 или последовательности, которые по меньшей мере на 70%, или по меньшей мере на 80%, или по меньшей мере на 85%, или по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере на 95%, или по меньшей мере на 97%, или по меньшей мере на 98%, или по меньшей мере на 99% идентичны с ними, при условии, что антитело не имеет аминокислотной последовательности VRC01. Процент идентичности определяют, как описано далее в настоящем документе.In another embodiment, the present invention relates to a method for producing an isolated anti-HIV antibody comprising the heavy chain consensus sequence of SEQ ID NO: 1 and the light chain of SEQ ID NO: 2. In a further embodiment, the present invention relates to a method for producing an isolated anti-HIV antibody comprising one or both of the heavy chain consensus sequence of SEQ ID NO: 1 and the light chain of SEQ ID NO: 2, or sequences that are at least 70%, or at least 80%, or at least 85%, or at least 90%, or at least 95%, or at least 97%, or at least 98%, or at least 99% identical with them, provided that the antibody does not have an amino acid sequence VRC01. Percent identity is determined as described later in this document.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу обнаружения выделенного антитела против ВИЧ, включающему получение содержащего иммуноглобулин биологического образца у млекопитающего, выделение антитела против ВИЧ из указанного образца, определение аминокислотной последовательности антитела против ВИЧ и идентификацию присутствия последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2. В дополнительном варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу отбора выделенного антитела против ВИЧ, включающему определение присутствия одной или обеих из консенсусной последовательности тяжелой цепи SEQ ID NO: 1 и легкой цепи SEQ ID NO: 2 или последовательностей, которые по меньшей мере на 70%, или по меньшей мере на 80%, или по меньшей мере на 85%, или по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере на 95%, или по меньшей мере на 97%, или по меньшей мере на 98%, или по меньшей мере на 99% идентичны с ними, при условии, что антитело не имеет аминокислотной последовательности VRC01. Процент идентичности определяют, как описано далее в настоящем документе. Биологический образец может представлять собой кровь, сыворотку, слюну, мочу, мокроту, образец соскоба клеток или биопсию ткани. Аминокислотные последовательности могут быть определены посредством известных в данной области способов, включая, например, ПЦР и масс-спектрометрию.In another embodiment, the present invention relates to a method for detecting an isolated anti-HIV antibody, comprising obtaining an immunoglobulin-containing biological sample from a mammal, isolating the anti-HIV antibody from said sample, determining the amino acid sequence of the anti-HIV antibody, and identifying the presence of the heavy chain sequence of SEQ ID NO: 1, and light chain SEQ ID NO: 2. In a further embodiment, the present invention relates to a method for selecting an isolated anti-HIV antibody, comprising determining the presence of one or both of the heavy chain consensus sequence of SEQ ID NO: 1 and the light chain of SEQ ID NO: 2, or sequences which are at least 70%, or at least 80%, or at least 85%, or at least 90%, or at least 95%, or at least 97%, or at least 98%, or at least 99% identical to them, provided that the antibody does not have the VRC01 amino acid sequence. Percent identity is determined as described later in this document. The biological sample may be blood, serum, saliva, urine, sputum, a cell scraping sample, or a tissue biopsy. Amino acid sequences can be determined by methods known in the art, including, for example, PCR and mass spectrometry.
Термин антитело (Ab), как используют в настоящем документе, включает моноклональные антитела, поликлональные антитела, полиспецифические антитела (например, биспецифические антитела и полиреактивные антитела) и фрагменты антител. Таким образом, термин антитело, как используют в каком-либо контексте в настоящем описании, включает, но этим не ограничивается, какой-либо специфический связывающий элемент, класс иммуноглобулинов и/или изотип (например, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgA, IgD, IgE и IgM) и биологически значимый фрагмент или его специфический связывающий элемент, включая в качестве неограничивающих примеров Fab, F(ab')2, Fv и scFv (одноцепочечный или родственный объект). В данной области понимают, что антитело представляет собой гликопротеин, который содержит по меньшей мере две тяжелые (Н) цепи и две легкие (L) цепи, взаимно связанные посредством дисульфидных связей, или их антигенсвязывающую часть. Тяжелая цепь состоит из вариабельной области тяжелой цепи (VH) и константной области тяжелой цепи (CH1, CH2 и CH3). Легкая цепь состоит из вариабельной области легкой цепи (VL) и константной области легкой цепи (CL).The term antibody (Ab) as used herein includes monoclonal antibodies, polyclonal antibodies, polyspecific antibodies (eg, bispecific antibodies and polyreactive antibodies), and antibody fragments. Thus, the term antibody, as used in any context herein, includes, but is not limited to, any specific binding element, immunoglobulin class, and/or isotype (e.g., IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgA, IgD, IgE, and IgM) and a biologically significant fragment or specific binding element thereof, including but not limited to Fab, F(ab') 2 , Fv, and scFv (single chain or related entity). It is understood in the art that an antibody is a glycoprotein that contains at least two heavy (H) chains and two light (L) chains mutually linked via disulfide bonds, or an antigen-binding portion thereof. The heavy chain consists of the heavy chain variable region (VH) and the heavy chain constant region (CH1, CH2 and CH3). The light chain consists of a light chain variable region (V L ) and a light chain constant region (C L ).
Вариабельные области как тяжелых, так и легких цепей содержат каркасные области (FWR) и определяющие комплементарность области (CDR). Четыре FWR области являются относительно консервативными, тогда как области CDR (CDR1, CDR2 и CDR3) представляют гипервариабельные области и расположены от NH2-конца к СООН-концу следующим образом: FWR1, CDR1, FWR2, CDR2, FWR3, CDR3, FWR4. Вариабельные области тяжелых и легких цепей содержат связывающий домен, который взаимодействует с антигеном, в то время как, в зависимости от изотипа, константная область(и) может опосредовать связывание иммуноглобулина с тканями или факторами организма-хозяина.The variable regions of both heavy and light chains contain framework regions (FWRs) and complementarity determining regions (CDRs). The four FWR regions are relatively conserved, while the CDR regions (CDR1, CDR2 and CDR3) represent hypervariable regions and are arranged from the NH 2 terminus to the COOH terminus as follows: FWR1, CDR1, FWR2, CDR2, FWR3, CDR3, FWR4. The variable regions of the heavy and light chains contain a binding domain that interacts with the antigen, while, depending on the isotype, the constant region(s) may mediate the binding of the immunoglobulin to host tissues or factors.
Также в определение антитело, как используют в настоящем документе, включены химерные антитела, гуманизированные антитела и рекомбинантные антитела, антитела человека, создаваемые из трансгенного не относящегося к человеку животного, а также антитела, выбранные из библиотек с использованием методов обогащения, доступных среднему специалисту.Also included in the definition of antibody as used herein are chimeric antibodies, humanized antibodies and recombinant antibodies, human antibodies generated from a transgenic non-human animal, and antibodies selected from libraries using enrichment methods available to those of ordinary skill in the art.
Термином вариабельный обозначают тот факт, что среди антител определенные сегменты в (V) доменов сильно различаются по последовательности. V-домен опосредует связывание антигена и определяет специфичность конкретного антитела к его конкретному антигену. Однако вариабельность неравномерно распределена по 110-аминокислотному отрезку вариабельных областей. Напротив, V-области состоят из относительно инвариантных фрагментов, называемых каркасными областями (FR) по 15-30 аминокислот, которые разделены более короткими областями предельной вариабельности, которые называют гипервариабельными областями, каждая из которых составляет 9-12 аминокислот в длину. Вариабельные области нативных тяжелых и легких цепей содержат по четыре FR, главным образом принимающих конфигурацию бета-складчатого слоя, которые соединены посредством гипервариабельных областей, которые образуют петли, соединяющие структуру бета-складчатого слоя, и в некоторых случаях формирующие его часть. Гипервариабельные области в каждой цепи удерживаются вместе вThe term variable refers to the fact that, among antibodies, certain segments in the (V) domains vary greatly in sequence. The V domain mediates antigen binding and determines the specificity of a particular antibody for its particular antigen. However, the variability is unevenly distributed across the 110-amino acid stretch of the variable regions. In contrast, V regions are composed of relatively invariant fragments called framework regions (FRs) of 15-30 amino acids, which are separated by shorter regions of marginal variability called hypervariable regions, each 9-12 amino acids in length. The variable regions of the native heavy and light chains each contain four FRs, mostly taking on the beta sheet configuration, which are connected via hypervariable regions that form loops connecting the beta sheet structure, and in some cases forming part of it. The hypervariable regions in each chain are held together in
- 7 042696 непосредственной близости за счет FR и вместе с гипервариабельными областями из другой цепи вносят вклад в формирование антигенсвязывающего участка антитела (см., например, Rabat et al., Sequences of- 7 042696 close proximity due to FR and together with hypervariable regions from another chain contribute to the formation of the antigen-binding site of the antibody (see, for example, Rabat et al., Sequences of
Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md.Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md.
(1991)).(1991)).
Термин гипервариабельная область, как используют в настоящем документе, относится к аминокислотным остаткам антитела, которые отвечают за связывание антигена.The term hypervariable region, as used herein, refers to the amino acid residues of an antibody that are responsible for antigen binding.
Гипервариабельная область в целом содержит аминокислотные остатки из определяющей комплементарность области (CDR).The hypervariable region generally contains amino acid residues from a complementarity determining region (CDR).
Термин моноклональное антитело, как используют в настоящем документе, относится к антителу, получаемому из популяции по существу гомогенных антител, т.е. отдельные антитела, содержащиеся в популяции, являются идентичными, за исключением возможных встречающихся в природе мутаций, которые могут присутствовать в незначительных количествах.The term monoclonal antibody, as used herein, refers to an antibody derived from a population of substantially homogeneous antibodies, ie. individual antibodies contained in a population are identical except for possible naturally occurring mutations that may be present in minor amounts.
Термин поликлональное антитело относится к препаратам, которые содержат различные антитела, направленные на различные детерминанты (эпитопы).The term polyclonal antibody refers to preparations that contain different antibodies directed to different determinants (epitopes).
Моноклональные антитела в настоящем документе включают химерные антитела, в которых часть тяжелой и/или легкой цепи идентична или гомологична соответствующим последовательностям в антителах, получаемых от конкретных видов, или относится к конкретному классу или подклассу антител, где остальная часть цепи(ей) идентична или гомологична соответствующим последовательностям в антителах, получаемых от других видов, или относится к другому классу или подклассу антител, а также фрагменты таких антител при условии, что они проявляют желательную биологическую активность (см., например, патент США № 4816567; и Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)). Настоящее изобретение относится к антигенсвязывающим последовательностям вариабельной области, получаемым из антител человека. Соответственно, химерные антитела, представляющие главный интерес, в настоящем документе включают антитела, которые имеют одну или несколько антигенсвязывающих последовательностей человека (например, CDR) и содержат одну или несколько последовательностей, получаемых из антитела, которое не является антителом человека, например, последовательность области FR или С. Кроме того, химерные антитела, включенные в настоящий документ, представляют собой те, которые содержат антигенсвязывающую последовательность вариабельной области человека одного класса или подкласса антител и другую последовательность, например последовательность области FR или С, получаемую из другого класса или подкласса антител.Monoclonal antibodies as used herein include chimeric antibodies in which a portion of the heavy and/or light chain is identical or homologous to corresponding sequences in antibodies derived from a particular species, or belongs to a particular class or subclass of antibodies, where the remainder of the chain(s) is identical or homologous corresponding sequences in antibodies derived from other species, or belong to a different class or subclass of antibodies, as well as fragments of such antibodies, provided that they exhibit the desired biological activity (see, for example, US patent No. 4816567; and Morrison et al., Proc Natl Acad Sci USA 81:6851-6855 (1984)). The present invention relates to antigen-binding variable region sequences derived from human antibodies. Accordingly, chimeric antibodies of primary interest herein include antibodies that have one or more human antigen-binding sequences (e.g., CDRs) and contain one or more sequences derived from an antibody that is not a human antibody, e.g., the FR region sequence or C. In addition, chimeric antibodies included herein are those that comprise a human variable region antigen-binding sequence of one antibody class or subclass and another sequence, such as an FR or C region sequence derived from another class or subclass of antibodies.
Гуманизированным антителом в целом считают антитело человека, которое имеет один или несколько аминокислотных остатков, введенных в него из источника, который не относится к человеку. Эти не относящиеся к человеку аминокислотные остатки часто обозначают как импортные остатки, которые типично берут из импортной вариабельной области. Гуманизацию можно осуществлять согласно способу Winter и коллег (см., например, Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986); Reichmann et al., Nature, 332:323-327 (1988); Verhoeyen et al., Science, 239:1534-1536 (1988)), посредством замены последовательностями импортной гипервариабельной области соответствующих последовательностей антитела человека. Соответственно, такие гуманизированные антитела представляют собой химерные антитела (см., например, патент США № 4816567), где значительно меньше чем интактная вариабельная область человека заменена на соответствующую последовательность от не являющихся человеком видов.A humanized antibody is generally considered to be a human antibody that has one or more amino acid residues introduced into it from a non-human source. These non-human amino acid residues are often referred to as import residues, which are typically taken from the import variable region. Humanization can be carried out according to the method of Winter and colleagues (see, for example, Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986); Reichmann et al., Nature, 332:323-327 (1988); Verhoeyen et al. , Science, 239:1534-1536 (1988)), by replacing the imported hypervariable region sequences with the corresponding human antibody sequences. Accordingly, such humanized antibodies are chimeric antibodies (see, for example, US Pat. No. 4,816,567) wherein significantly less than an intact human variable region is replaced with the corresponding sequence from a non-human species.
Фрагмент антитела содержит часть интактного антитела, такую как антигенсвязывающая или вариабельная область интактного антитела. Примеры фрагментов антител включают, но ими не ограничиваются, фрагменты Fab, Fab', F(ab')2 и Fv; диатела; линейные антитела (см., например, патент США № 5641870; Zapata et al., Protein Eng. 8(10): 1057-1062 [1995]); молекулы одноцепочечных антител и полиспецифические антитела, сформированные из фрагментов антител.An antibody fragment contains a portion of an intact antibody, such as the antigen-binding or variable region of an intact antibody. Examples of antibody fragments include, but are not limited to, Fab, Fab', F(ab') 2 and Fv fragments; diabody; linear antibodies (see, for example, US patent No. 5641870; Zapata et al., Protein Eng. 8(10): 1057-1062 [1995]); single chain antibody molecules; and polyspecific antibodies formed from antibody fragments.
Fv представляет собой минимальный фрагмент антитела, который содержит полный участок распознавания антигена и связывания антигена. Этот фрагмент содержит димер домена вариабельной области одной тяжелой и одной легкой цепи, которые имеют плотную нековалентную связь. Из укладки этих двух доменов выступают шесть гипервариабельных петель (по три петли из каждой из Н и L цепи), которые предоставляют аминокислотные остатки для связывания антигена и придают антителу специфичность связывания антигена. Однако даже одна вариабельная область (или половина Fv, содержащая только три CDR, специфичные для антигена) имеет способность распознавать и связывать антиген, несмотря на более низкую аффинность, чем целый сайт связывания.Fv is the minimum antibody fragment that contains the complete antigen recognition and antigen binding site. This fragment contains a dimer of the variable region domain of one heavy and one light chain, which have a tight non-covalent bond. From the folding of these two domains emerge six hypervariable loops (three loops from each of the H and L chains) that provide amino acid residues for antigen binding and confer antigen binding specificity on the antibody. However, even one variable region (or half of the Fv containing only three antigen-specific CDRs) has the ability to recognize and bind an antigen despite having lower affinity than the entire binding site.
Одноцепочечные Fv (sFv или scFv) представляют собой фрагменты антител, которые содержат домены VH и VL антитела, соединенные в одну полипептидную цепь. Полипептид sFv дополнительно может содержать полипептидный линкер между доменами VH и VL, который позволяет sFv формировать желаемую структуру для связывания антигена. Обзор о sFv см., например, в Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., Springer-Verlag, New York, p. 269-315 (1994); Borrebaeck 1995, ниже.Single chain Fvs (sFv or scFv) are antibody fragments that contain the V H and V L domains of an antibody linked into a single polypeptide chain. The sFv polypeptide may further comprise a polypeptide linker between the VH and VL domains that allows the sFv to form the desired structure for antigen binding. For a review of sFv, see, for example, Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., Springer-Verlag, New York, p. 269-315 (1994); Borrebaeck 1995, below.
Термин диатела относится к маленьким фрагментам антител, получаемым посредством конструирования фрагментов sFv с короткими линкерами (приблизительно 5-10 остатков) между доменами VH и VL, так что достигают межцепного, но не внутрицепного спаривания V-доменов, что ведет к бивалент- 8 042696 ному фрагменту, т.е. фрагменту, который имеет два участка связывания антигена. Биспецифические диатела представляют собой гетеродимеры двух кроссоверных фрагментов sFv, в которых домены VH и VL двух антител присутствуют в различных полипептидных цепях. Диатела описаны более полно, например, в ЕР 404097; WO 93/11161 и Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993).The term diabody refers to small antibody fragments obtained by constructing sFv fragments with short linkers (approximately 5-10 residues) between the V H and V L domains so that interchain but not intrachain V-domain pairing is achieved, leading to bivalent 042696 fragment, i.e. a fragment that has two antigen binding sites. Bispecific diabodies are heterodimers of two sFv crossover fragments in which the VH and VL domains of the two antibodies are present in different polypeptide chains. Diabodies are described more fully, for example, in EP 404097; WO 93/11161 and Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. sci. USA 90:6444-6448 (1993).
Доменные антитела (dAb), которые могут быть получены в полностью гуманизированной форме, представляют собой самые маленькие известные антигенсвязывающие фрагменты антител в диапазоне приблизительно от 11 приблизительно до 15 кДа. dAb представляют собой функциональные вариабельные области тяжелых и легких цепей иммуноглобулинов (VH и VL соответственно). Они имеют высокий уровень экспрессии в микробной клеточной культуре, показывают благоприятные биофизические свойства, включая, например, но не ограничиваясь этим, растворимость и температурную стабильность, и хорошо подходят для отбора и созревания аффинности посредством систем отбора in vitro, таких как, например, фаговый дисплей. dAb биологически активны в качестве мономеров, и вследствие их маленького размера и присущей стабильности им можно придавать формат более крупных молекул для того, чтобы создавать лекарственные средства с пролонгированным временем полужизни в сыворотке или другими фармакологическими активностями. Примеры этой методики описаны, например, в WO 9425591 для антител, получаемых из тяжелой цепи Ig Camelidae, а также в US 20030130496, где описано выделение однодоменных полностью человеческих антител из фаговых библиотек.Domain antibodies (dAbs), which can be made in fully humanized form, are the smallest known antigen-binding antibody fragments ranging from about 11 to about 15 kDa. dAbs are functional variable regions of immunoglobulin heavy and light chains (VH and V L , respectively). They are highly expressed in microbial cell culture, show favorable biophysical properties including, but not limited to, solubility and temperature stability, and are well suited for selection and affinity maturation through in vitro selection systems such as, for example, phage display. . dAbs are biologically active as monomers and, due to their small size and inherent stability, they can be formatted into larger molecules in order to create drugs with prolonged serum half-life or other pharmacological activities. Examples of this technique are described, for example, in WO 9425591 for antibodies derived from the heavy chain of Ig Camelidae, as well as in US 20030130496, which describes the isolation of single-domain fully human antibodies from phage libraries.
Fv и sFv представляют собой только частицы с интактными антигенсвязывающими участками, которые лишены константных областей. Таким образом, они подходят для ослабленного неспецифического связывания во время использования in vivo. sFv слитные белки можно сконструировать для того, чтобы добиваться слияния эффекторного белка на амино- или карбоксиконце sFv. См., например, Antibody Engineering, ed. Borrebaeck, выше. Фрагмент антитела также может представлять собой линейное антитело, например, как описано, например, в патенте США № 5641870. Такие линейные фрагменты антител могут быть моноспецифическими или биспецифическими.Fv and sFv are only particles with intact antigen binding sites that lack constant regions. Thus, they are suitable for reduced non-specific binding during in vivo use. sFv fusion proteins can be designed to achieve fusion of the effector protein at the amino or carboxy terminus of the sFv. See, for example, Antibody Engineering, ed. Borrebaeck, supra. An antibody fragment can also be a linear antibody, for example, as described in, for example, US Pat. No. 5,641,870. Such linear antibody fragments can be monospecific or bispecific.
В определенных вариантах осуществления антитела по описанному изобретению являются биспецифическими или мультиспецифическими. Биспецифические антитела представляют собой антитела, которые обладают специфичностями связывания по меньшей мере с двумя различными эпитопами. Образцовые биспецифические антитела могут связывать два различных эпитопа на одном антигене. Другие такие антитела могут объединять первый антигенсвязывающий участок с сайтом связывания для второго антигена. Альтернативно, анти-ВИЧ фрагмент можно комбинировать с фрагментом Fab, который связывается с триггерной молекулой на лейкоците, такой как молекула рецептора Т-клетки (например, CD3), или Fc-рецептором для IgG (FcyR), таким как FcyRI (CD64), (CD32) и FcyRIII (CD16), с тем, чтобы сосредоточить и локализовать клеточные механизмы защиты на инфицированных клетках. Биспецифические антитела также можно использовать для того, чтобы локализовать цитотоксические средства на инфицированных клетках. Биспецифические антитела могут быть получены в виде полноразмерных антител или фрагментов антител (например, биспецифические антитела F(ab')2). Например, в WO 96/16673 описаны биспецифическое антитело против ЕгЬВ2/против FcyRIII, а в патенте США № 5837234 раскрыто биспецифическое антитело против ЕгЬВ2/против FcyRI. Например, о биспецифическом антителе против ErbB2/Fca сообщалось в WO 98/02463; в патенте США № 5821337 описано биспецифическое антитело против ЕгЬВ2/против CD3. См. также, например, Mouquet et al., Polyreactivity Increases The Apparent Affinity Of Anti-HIV Antibodies By Heteroligation. Nature, 467, 591-5 (2010).In certain embodiments, the antibodies of the invention described are bispecific or multispecific. Bispecific antibodies are antibodies that have binding specificities for at least two different epitopes. Exemplary bispecific antibodies can bind two different epitopes on the same antigen. Other such antibodies may combine the first antigen-binding site with the binding site for the second antigen. Alternatively, the anti-HIV fragment can be combined with a Fab fragment that binds to a trigger molecule on the leukocyte, such as a T cell receptor molecule (for example, CD3), or an Fc receptor for IgG (FcyR), such as FcyRI (CD64), (CD32) and FcyRIII (CD16) in order to focus and localize cellular defense mechanisms on infected cells. Bispecific antibodies can also be used to localize cytotoxic agents to infected cells. Bispecific antibodies can be prepared as full length antibodies or antibody fragments (eg, F(ab') 2 bispecific antibodies). For example, WO 96/16673 describes an anti-ErbB2/anti-FcyRIII bispecific antibody and US Pat. No. 5,837,234 discloses an anti-ErbB2/anti-FcyRI bispecific antibody. For example, a bispecific antibody against ErbB2/Fca has been reported in WO 98/02463; US Pat. No. 5,821,337 describes an anti-ErbB2/anti-CD3 bispecific antibody. See also, for example, Mouquet et al., Polyreactivity Increases The Apparent Affinity Of Anti-HIV Antibodies By Heteroligation. Nature, 467, 591-5 (2010).
Способы получения биспецифических антител известны в данной области. Традиционное получение полноразмерных биспецифических антител основано на совместной экспрессии двух пар тяжелой цепи-легкой цепи иммуноглобулина, где две цепи обладают различными специфичностями (см., например, Millstein et al., Nature, 305:537-539 (1983)). Схожие методики раскрыты, например, в WO 93/08829, Traunecker et al., EMBO J., 10:3655-3659 (1991) и см. также; Mouquet et al., Polyreactivity Increases The Apparent Affinity Of Anti-HIV Antibodies By Heteroligation. Nature, 467, 591-5 (2010).Methods for producing bispecific antibodies are known in the art. The traditional production of full-length bispecific antibodies is based on the co-expression of two immunoglobulin heavy chain-light chain pairs, where the two chains have different specificities (see, for example, Millstein et al., Nature, 305:537-539 (1983)). Similar techniques are disclosed, for example, in WO 93/08829, Traunecker et al., EMBO J., 10:3655-3659 (1991) and see also; Mouquet et al., Polyreactivity Increases The Apparent Affinity Of Anti-HIV Antibodies By Heteroligation. Nature, 467, 591-5 (2010).
Альтернативно, вариабельные области антител с желаемыми специфичностями связывания (связывающие антитело-антиген участки) сливают с последовательностями константного домена иммуноглобулина. Слияние происходит с использованием константного домена тяжелой цепи Ig, содержащего по меньшей мере часть шарнирной области и областей CH2 и CH3. Согласно некоторым вариантам осуществления, первая константная область тяжелой цепи (CH1), содержащая сайт, необходимый для соединения с легкой цепью, присутствует по меньшей мере в одном из слитых белков. ДНК, кодирующую слитые белки тяжелой цепи иммуноглобулина, и, при желании, легкую цепь иммуноглобулина, вставляют в отдельные векторы экспрессии и совместно трансфицируют в подходящую клетку-хозяина. Это обеспечивает более высокую гибкость при корректировании взаимных пропорций трех полипептидных фрагментов в вариантах осуществления, когда неравные отношения трех полипептидных цепей, используемых в конструкции, обеспечивают оптимальный выход желаемого биспецифического антитела. Однако можно вставлять кодирующие последовательности для двух или всех трех полипептидных цепей в один вектор экспрессии, когда экспрессия по меньшей мере двух полипептидных цепей в равных отношениях ведет к высокому выходу или когда отношения не оказывают значимого влияния на выход желаемой комбина- 9 042696 ции цепей.Alternatively, antibody variable regions with desired binding specificities (antibody-antigen binding regions) are fused to immunoglobulin constant domain sequences. The fusion occurs using an Ig heavy chain constant domain containing at least a portion of the hinge region and the CH2 and CH3 regions. In some embodiments, the first heavy chain constant region (CH1) containing the site required for binding to the light chain is present in at least one of the fusion proteins. DNA encoding immunoglobulin heavy chain fusion proteins and, optionally, immunoglobulin light chain, are inserted into separate expression vectors and co-transfected into a suitable host cell. This provides greater flexibility in adjusting the mutual proportions of the three polypeptide fragments in embodiments where unequal ratios of the three polypeptide chains used in the construct provide optimal yield of the desired bispecific antibody. However, it is possible to insert coding sequences for two or all three polypeptide chains into one expression vector when expression of at least two polypeptide chains in equal ratios results in high yield or when the ratios do not significantly affect the yield of the desired combination of chains.
Способы создания биспецифических антител из фрагментов антител также описаны в литературе. Например, биспецифические антитела могут быть получены с использованием химического связывания. Например, Brennan et al., Science, 229:81 (1985) описывают процедуру, где интактные антитела протеолитически расщепляют для того, чтобы генерировать фрагменты F(ab')2. Эти фрагменты восстанавливают в присутствии дитиолового комплексообразующего средства, арсенита натрия, чтобы стабилизировать вицинальные дитиолы и предотвратить образование межмолекулярных дисульфидов. Затем образуемые фрагменты Fab' превращают в производные тионитробензоата (TNB). Затем одно из производных Fab'-TNB повторно превращают в Fab'-тиол посредством восстановления с меркаптоэтиламином и смешивают с эквимолярным количеством другого производного Fab'-TNB для того, чтобы формировать биспецифическое антитело. Получаемые биспецифические антитела можно использовать в качестве средств для избирательной иммобилизации ферментов.Methods for generating bispecific antibodies from antibody fragments are also described in the literature. For example, bispecific antibodies can be made using chemical linkage. For example, Brennan et al., Science, 229:81 (1985) describe a procedure where intact antibodies are proteolytically cleaved to generate F(ab') 2 fragments. These fragments are reduced in the presence of the dithiol complexing agent, sodium arsenite, to stabilize the vicinal dithiols and prevent the formation of intermolecular disulfides. The resulting Fab' fragments are then converted into thionitrobenzoate (TNB) derivatives. Then one of the Fab'-TNB derivatives is reconverted to Fab'-thiol by reduction with mercaptoethylamine and mixed with an equimolar amount of another Fab'-TNB derivative to form a bispecific antibody. The resulting bispecific antibodies can be used as agents for selective immobilization of enzymes.
Другие модификации антитела предусмотрены в настоящем документе. Например, антитело может быть сшито с одним из множества небелковых полимеров, например полиэтиленгликолем, полипропиленгликолем, полиоксиалкиленами или сополимерами полиэтиленгликоля и полипропиленгликоля. Антитело также можно заключать в микрокапсулы, получаемые, например, способами коацервации или интерфазной полимеризацией (например, гидроксиметилцеллюлозные или желатиновые микрокапсулы и полиметилметакрилатные микрокапсулы соответственно), в коллоидных системах доставки лекарственных средств (например, липосомы, альбуминовые микросферы, микроэмульсии, наночастицы и нанокапсулы) или в макроэмульсиях. Такие способы раскрыты, например, в Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th edition, Oslo, A., Ed., (1980).Other modifications of the antibody are provided herein. For example, the antibody can be crosslinked with one of a variety of non-protein polymers, such as polyethylene glycol, polypropylene glycol, polyoxyalkylenes, or copolymers of polyethylene glycol and polypropylene glycol. The antibody can also be encapsulated, for example, by coacervation or interphase polymerization methods (e.g., hydroxymethylcellulose or gelatin microcapsules and polymethyl methacrylate microcapsules, respectively), colloidal drug delivery systems (e.g., liposomes, albumin microspheres, microemulsions, nanoparticles, and nanocapsules), or in macroemulsions. Such methods are disclosed, for example, in Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th edition, Oslo, A., Ed., (1980).
Как правило, антитела по изобретению получают рекомбинантными способами, с использованием векторов и способов, доступных в данной области. Антитела человека также можно получать с помощью В-клеток, активированных in vitro (см., например, патенты США № 5567610 и 5229275). Общие способы в молекулярной генетике и генетической инженерии, которые можно использовать в настоящем изобретении, описаны в текущих изданиях Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Sambrook, et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press), Gene Expression Technology (Methods in Enzymology, Vol. 185, под редакцией D. Goeddel, 1991. Academic Press, San Diego, CA), Guide to Protein Purification в Methods in Enzymology (M.P. Deutshcer, ed., (1990) Academic Press, Inc.); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis, et al. 1990. Academic Press, San Diego, CA), Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique, 2nd Ed. (R.I. Freshney. 1987. Liss, Inc. New York, NY) и Gene Transfer and Expression Protocols, pp. 109-128, ed. E.J. Murray, The Humana Press Inc., Clifton, N.J.). Реактивы, клонирующие векторы и наборы для генетических манипуляций доступны у коммерческих продавцов, таких как BioRad, Stratagene, Invitrogen, ClonTech и Sigma-Aldrich Co.Typically, the antibodies of the invention are produced by recombinant methods, using vectors and methods available in the art. Human antibodies can also be generated using B cells activated in vitro (see, for example, US Pat. Nos. 5,567,610 and 5,229,275). General methods in molecular genetics and genetic engineering that can be used in the present invention are described in the current editions of Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Sambrook, et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press), Gene Expression Technology (Methods in Enzymology, Vol.185, edited by D. Goeddel, 1991. Academic Press, San Diego, CA), Guide to Protein Purification in Methods in Enzymology (M.P. Deutshcer, ed., (1990) Academic Press, Inc.); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis, et al. 1990. Academic Press, San Diego, CA), Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique, 2nd Ed. (R.I. Freshney. 1987. Liss, Inc. New York, NY) and Gene Transfer and Expression Protocols, pp. 109-128, ed. E.J. Murray, The Humana Press Inc., Clifton, N.J.). Reagents, cloning vectors, and genetic manipulation kits are available from commercial vendors such as BioRad, Stratagene, Invitrogen, ClonTech, and Sigma-Aldrich Co.
Антитела человека также могут быть получены в трансгенных животных (например, мышах), которые способны продуцировать полный репертуар антител человека в отсутствие продукции эндогенных иммуноглобулинов. Например, описано, что гомозиготная делеция гена соединительной области тяжелой цепи антитела (JH) у химерных и зародышевых мутантных мышей ведет к полному ингибированию продукции эндогенных антител. Перенос массива генов иммуноглобулинов зародышевой линии человека в таких мутантных мышей зародышевой линии ведет к продукции антител человека после антигенной стимуляции. См., например, Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:2551 (1993); Jakobovits et al., Nature, 362:255-258 (1993); Bruggemann et al., Year in Immuno, 7:33 (1993); патент США № 5545806, 5569825, 5591669 (все GenPharm); патент США № 5545807; и WO 97/17852. Таких животных можно конструировать генетически для того, чтобы получать антитела человека, содержащие полипептид по описанному изобретению.Human antibodies can also be generated in transgenic animals (eg mice) that are capable of producing the full repertoire of human antibodies in the absence of endogenous immunoglobulin production. For example, homozygous deletion of the antibody heavy chain junction region (JH) gene in chimeric and germline mutant mice has been described to result in complete inhibition of endogenous antibody production. Transfer of the human germline immunoglobulin gene array into such germline mutant mice results in the production of human antibodies upon antigen challenge. See, for example, Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. sci. USA 90:2551 (1993); Jakobovits et al. Nature 362:255-258 (1993); Bruggemann et al., Year in Immuno, 7:33 (1993); US patent No. 5545806, 5569825, 5591669 (all GenPharm); US patent No. 5545807; and WO 97/17852. Such animals can be genetically engineered to produce human antibodies containing a polypeptide of the invention.
Разработаны различные способы получения фрагментов антител. Традиционно, эти фрагменты получали посредством протеолитического расщепления интактных антител (см., например, Morimoto et al., Journal of Biochemical and Biophysical Methods, 24:107-117 (1992) и Brennan et al., Science, 229:81 (1985)). Однако эти фрагменты теперь могут быть получены непосредственно с помощью рекомбинантных клеток-хозяев. Е. coli может экспрессировать и секретировать фрагменты Fab, Fv и ScFv антител, таким образом делая возможным легкое получение больших количеств этих фрагментов. Фрагменты Fab'-SH можно непосредственно выделять из Е. coli и химически связывать для того, чтобы формировать фрагменты F(ab')2 (см., например, Carter et al., Bio/Technology, 10:163-167 (1992)). Согласно другому подходу, фрагменты F(ab')2 можно выделять непосредственно из культуры рекомбинантных клеток-хозяев. Фрагмент Fab и F(ab')2 с повышенным временем полужизни in vivo, содержащим остатки эпитопа связывания рецептора спасения, описаны в патенте США № 5869046. Другие способы получения фрагментов антител очевидны практикующим специалистам.Various methods have been developed for obtaining antibody fragments. Traditionally, these fragments have been prepared by proteolytic cleavage of intact antibodies (see, e.g., Morimoto et al., Journal of Biochemical and Biophysical Methods, 24:107-117 (1992) and Brennan et al., Science, 229:81 (1985) ). However, these fragments can now be obtained directly from recombinant host cells. E. coli can express and secrete fragments of Fab, Fv and ScFv antibodies, thus making it possible to easily obtain large amounts of these fragments. Fab'-SH fragments can be directly isolated from E. coli and chemically linked to form F(ab') 2 fragments (see, for example, Carter et al., Bio/Technology, 10:163-167 (1992) ). According to another approach, fragments of F(ab') 2 can be isolated directly from the culture of recombinant host cells. Fab and F(ab')2 fragments with increased in vivo half-life containing rescue receptor binding epitope residues are described in US Pat. No. 5,869,046.
Другие способы, которые известны в данной области для отбора фрагментов антител из библиотек с использованием методик обогащения, включая в качестве неограничивающих примеров фаговый дисплей, рибосомный дисплей (Hanes and Pluckthun, 1997, Proc. Nat. Acad. Sci. 94:4937-4942), бактериальный дисплей (Georgiou, et al., 1997, Nature Biotechnology, 15:29-34) и/или дрожжевой дисплей (Kieke, et al., 1997, Protein Engineering, 10:1303-1310), можно использовать в качестве альтернативы ранее рассмотренOther methods known in the art for selecting antibody fragments from libraries using enrichment techniques include, but are not limited to, phage display, ribosome display (Hanes and Pluckthun, 1997, Proc. Nat. Acad. Sci. 94:4937-4942) , bacterial display (Georgiou, et al., 1997, Nature Biotechnology, 15:29-34) and/or yeast display (Kieke, et al., 1997, Protein Engineering, 10:1303-1310), can be used as an alternative previously reviewed
- 10 042696 ным методам для того, чтобы выбирать одноцепочечные антитела. Одноцепочечные антитела выбирают из библиотеки одноцепочечных антител, получаемых непосредственно с использованием методов нитчатых фагов. Метод фагового дисплея известна в данной области (например, см. метод из Cambridge Antibody Technology (CAT)), как раскрыто в патентах США № 5565332; 5733743; 5871907; 5872215; 5885793; 5962255; 6140471; 6225447; 6291650; 6492160; 6521404; 6544731; 6555313; 6582915; 6593081, а также других членах семейства США, или заявки, которые полагаются на приоритет подачи GB 9206318, которая подана 24 мая 1992 г.; см. также Vaughn, et al. 1996, Nature Biotechnology, 14:309-314). Одноцепочечные антитела также можно разрабатывать и конструировать с использованием доступного метода рекомбинантных ДНК, такой как способ амплификации ДНК (например, ПЦР), или возможно посредством использования соответствующей гибридомной кДНК в качестве матрицы.- 10 042696 new methods for selecting single chain antibodies. Single chain antibodies are selected from a library of single chain antibodies generated directly using filamentous phage techniques. The phage display technique is known in the art (eg, see method from Cambridge Antibody Technology (CAT)), as disclosed in US Pat. Nos. 5,565,332; 5733743; 5871907; 5872215; 5885793; 5962255; 6140471; 6225447; 6291650; 6492160; 6521404; 6544731; 6555313; 6582915; 6593081, as well as other members of the US family, or applications that rely on the priority filing of GB 9206318, which was filed May 24, 1992; see also Vaughn, et al. 1996, Nature Biotechnology, 14:309-314). Single chain antibodies can also be designed and constructed using an available recombinant DNA technique, such as a DNA amplification technique (eg, PCR), or possibly by using an appropriate hybridoma cDNA as a template.
Вариантные антитела также включены в объем изобретения. Таким образом, варианты последовательностей, перечисленных в изобретении, также включены в объем изобретения. Дополнительные варианты последовательностей антител, обладающие улучшенной аффинностью, могут быть получены с использованием известных в данной области способов, и они включены в объем изобретения. Например, замены аминокислот можно использовать для того, чтобы получать антитела с дополнительно улучшенной аффинностью. Альтернативно, оптимизацию кодонов нуклеотидной последовательности можно использовать для того, чтобы улучшать эффективность трансляции в экспрессирующих системах для получения антитела.Variant antibodies are also included within the scope of the invention. Thus, variants of the sequences listed in the invention are also included in the scope of the invention. Additional antibody sequence variants having improved affinity can be generated using methods known in the art and are included within the scope of the invention. For example, amino acid substitutions can be used to generate antibodies with further improved affinity. Alternatively, codon optimization of a nucleotide sequence can be used to improve translation efficiency in expression systems for antibody production.
Такие последовательности вариантных антител будут обладать 70% или больше (т.е. 80, 85, 90, 95, 97, 98, 99% или больше) идентичностью последовательностей с последовательностями, перечисленными в настоящем описании. Такую идентичность последовательностей вычисляют по отношению к полной длине эталонной последовательности (т.е. последовательности, указанной в описании). Процент идентичности, как указано в настоящем документе, представляет собой то, что определяют с использованием BLAST версии 2.1.3 с использованием параметров по умолчанию, которые точно определены в NCBI (National Center for Biotechnology Information; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) [матрица Blosum 62; штраф за открытие пропуска = 11 и штраф за продолжение пропуска = 1]. Например, настоящее изобретение относится к пептидным последовательностям, которые содержат по меньшей мере приблизительно 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 75, 100, 150 или больше перекрывающихся пептидов из одной или нескольких последовательностей, описанных в настоящем документе, а также все промежуточные длины между этими значениями. Как используют в настоящем документе, термин промежуточные длины предназначен для того, чтобы описывать какую-либо длину между указанными значениями, такую как 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 и т.д.; 21, 22, 23 и т.д.; 30, 31, 32 и т.д.; 50, 51, 52, 53 и т.д.; 100, 101, 102, 103 и т.д.; 150, 151, 152, 153 и т.д.Such variant antibody sequences will have 70% or more (ie 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99% or more) sequence identity with the sequences listed herein. This sequence identity is calculated relative to the total length of the reference sequence (ie, the sequence specified in the description). Percent identity, as specified herein, is what is determined using BLAST version 2.1.3 using default parameters that are well defined in NCBI (National Center for Biotechnology Information; http://www.ncbi.nlm. nih.gov/) [Blosum Matrix 62; gap opening penalty = 11 and gap extension penalty = 1]. For example, the present invention relates to peptide sequences that contain at least about 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 75, 100, 150 or more overlapping peptides from one or more of the sequences described herein, and also all intermediate lengths between these values. As used herein, the term intermediate lengths is intended to describe any length between the specified values, such as 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 etc.; 21, 22, 23, etc.; 30, 31, 32, etc.; 50, 51, 52, 53, etc.; 100, 101, 102, 103, etc.; 150, 151, 152, 153 etc.
Настоящее изобретение относится к антителам, или отдельно или в комбинации с другими антителами, такими как, но ими не ограничиваются, VRC01 и PG9, которые имеют нейтрализующую активность широкого спектра в сыворотке.The present invention relates to antibodies, either alone or in combination with other antibodies, such as, but not limited to, VRC01 and PG9, which have broad spectrum neutralizing activity in serum.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к способам получения и введения композиции антитела против ВИЧ, которая подходит для введения пациенту-человеку или не являющемуся человеком примату, который имеет ВИЧ-инфекцию или риск ВИЧ-инфекции, в количестве и в соответствии со схемой, достаточными для того, чтобы индуцировать защитный иммунный ответ против ВИЧ или снижение вируса ВИЧ у человека.According to another embodiment, the present invention relates to methods for preparing and administering an anti-HIV antibody composition that is suitable for administration to a human or non-human primate patient who has HIV infection or is at risk of HIV infection, in an amount and according to a schedule sufficient in order to induce a protective immune response against HIV or a decrease in the HIV virus in a person.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к вакцине, содержащей по меньшей мере одно антитело по изобретению и фармацевтически приемлемый носитель. Согласно одному из вариантов осуществления вакцина представляет собой вакцину, которая содержит по меньшей мере одно антитело, описанное в настоящем документе, и фармацевтически приемлемый носитель. Вакцина может содержать множество антител, обладающих характеристиками, описанными в настоящем документе, в какой-либо комбинации и, кроме того, может содержать антитела, нейтрализующие ВИЧ, как известно в данной области.According to another embodiment, the present invention relates to a vaccine comprising at least one antibody of the invention and a pharmaceutically acceptable carrier. In one embodiment, the vaccine is a vaccine that contains at least one antibody described herein and a pharmaceutically acceptable carrier. The vaccine may contain a plurality of antibodies having the characteristics described herein, in any combination, and, in addition, may contain antibodies that neutralize HIV, as is known in this field.
Следует понимать, что композиции могут представлять собой отдельные или комбинации антител, описанных в настоящем документе, которые могут быть теми же самыми или различными, чтобы профилактически или терапевтически лечить прогрессирование различных субтипов ВИЧ-инфекции после вакцинации. Такие комбинации можно выбирать в соответствии с желаемым иммунитетом. Когда антитело вводят животному или человеку, его можно комбинировать с одним или несколькими фармацевтически приемлемыми носителями, эксципиентами или адъювантами, которые известны среднему специалисту в данной области. Композиция дополнительно может содержать нейтрализующие антитела широкого спектра, известные в данной области, включая в качестве неограничивающих примеров VRC01, PG9 и bl2.It should be understood that the compositions may be single or combinations of the antibodies described herein, which may be the same or different, to prophylactically or therapeutically treat the progression of various subtypes of HIV infection following vaccination. Such combinations can be selected according to the desired immunity. When the antibody is administered to an animal or human, it can be combined with one or more pharmaceutically acceptable carriers, excipients, or adjuvants that are known to those of ordinary skill in the art. The composition may additionally contain broad spectrum neutralizing antibodies known in the art, including but not limited to VRC01, PG9, and bl2.
Кроме того, в отношении определения эффективного уровня у пациента для лечения ВИЧ, в частности, подходящие модели на животных доступны и широко применяются для оценки эффективности различных протоколов генной терапии против ВИЧ in vivo (Sarver et al. (1993b), выше). Эти модели включают мышей, обезьян и кошек. Даже несмотря на то, что эти животные по природе не восприимчивы к заболеванию ВИЧ, модели на химерных мышах (например, SCID, bg/nu/xid, NOD/SCID, SCID-hu,In addition, with regard to determining the effective level in a patient for treating HIV, in particular, suitable animal models are available and widely used to evaluate the effectiveness of various anti-HIV gene therapy protocols in vivo (Sarver et al. (1993b), supra). These models include mice, monkeys and cats. Even though these animals are not naturally susceptible to HIV disease, chimeric mouse models (e.g., SCID, bg/nu/xid, NOD/SCID, SCID-hu,
- 11 042696 иммунокомпетентные SCID-hu, BALB/c с удаленным костным мозгом) с реконструированными мононуклеарными клетками периферической крови человек (РВМС), лимфатическими узлами, эмбриональной печенью/тимусом или другими тканями, можно инфицировать лентивирусным вектором или ВИЧ, и использовать в качестве моделей патогенеза ВИЧ. Аналогичным образом, можно использовать вирус иммунодефицита обезьян (SIV)/модель на обезьянах, как и вирус иммунодефицита кошек (FΓV)/модель на кошках.- 11 042696 immunocompetent SCID-hu, BALB/c with bone marrow removed) with reshaped human peripheral blood mononuclear cells (PBMC), lymph nodes, fetal liver/thymus or other tissues, can be infected with lentiviral vector or HIV and used as models pathogenesis of HIV. Similarly, the simian immunodeficiency virus (SIV)/monkey model can be used as well as the feline immunodeficiency virus (FΓV)/cat model.
Фармацевтическая композиция может содержать другие фармацевтические средства в сочетании с вектором по изобретению, когда используют для терапевтического лечения СПИД. Эти другие фармацевтические средства можно использовать традиционным для них образом (т.е. в качестве противовирусных средств для лечения ВИЧ-инфекции). Примеры средств против ВИЧ включают, без ограничения, ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы, ингибиторы протеазы, ингибиторы входа или слияния и ингибиторы интегразы.The pharmaceutical composition may contain other pharmaceuticals in combination with the vector of the invention when used for the therapeutic treatment of AIDS. These other pharmaceutical agents can be used in their conventional manner (ie, as antiviral agents for the treatment of HIV infection). Examples of anti-HIV agents include, without limitation, non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, protease inhibitors, entry or fusion inhibitors, and integrase inhibitors.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к фармацевтической композиции на основе антител, которая содержит эффективное количество выделенного антитела против ВИЧ, или аффинно зрелой версии, которое предусматривает выбор профилактического или терапевтического лечения для того, чтобы снижать инфекцию вирусом ВИЧ. Фармацевтическую композицию на основе антител по настоящему изобретению можно формулировать посредством любого числа стратегий, известных в данной области (например, см. McGoff and Scher, 2000, Solution Formulation of Proteins/Peptides: In McNally, E.J., ed. Protein Formulation and Delivery. New York, NY: Marcel Dekker; p. 139-158; Akers and Defilippis, 2000, Peptides and Proteins as Parenteral Solutions. In: Pharmaceutical Formulation Development of Peptides and Proteins. Philadelphia, PA: Talyor and Francis; p. 145-177; Akers, et al., 2002, Pharm. Biotechnol. 14:47-127). Фармацевтически приемлемая композиция, подходящая для введения пациенту, содержит эффективное количество антитела в составе, который сохраняет биологическую активность, при этом также способствуя максимальной стабильности во время хранения в приемлемом диапазоне температур. Фармацевтические композиции также могут содержать, в зависимости от желаемого состава, фармацевтически приемлемые разбавители, фармацевтически приемлемые носители и/или фармацевтически приемлемые эксципиенты, или какие-либо такие наполнители, широко используемые для того, чтобы формулировать фармацевтические композиции для введения животному или человеку. Разбавитель выбирают с тем, чтобы не влиять на биологическую активность комбинации. Примеры таких разбавителей представляют собой дистиллированную воду, физиологический фосфатносолевой буфер, растворы Рингера, раствор декстрозы и раствор Хэнка. Количество эксципиента, которое можно использовать в фармацевтической композиции или составе по данному изобретению, представляет собой количество, которое служит единообразному распределению антитела по всей композиции с тем, чтобы его можно было единообразно диспергировать, когда оно подлежит доставке нуждающемуся в этом индивиду. Оно может служить разведению антитела до концентрации, которая обеспечивает желаемые полезные паллиативные или лечебные результаты, при этом одновременно минимизируя какиелибо нежелательные побочные эффекты, которые могут возникать из-за слишком высокой концентрации. Также они могут обладать эффектом консерванта. Таким образом, для антитела, обладающего высокой физиологической активностью, используют большее количество эксципиента. С другой стороны, для какого-либо активного ингредиента(ов), который проявляет более низкую физиологическую активность, используют меньшее количество эксципиента.According to another embodiment, the present invention relates to an antibody-based pharmaceutical composition that contains an effective amount of an isolated anti-HIV antibody, or affinity matured version, which provides for a choice of prophylactic or therapeutic treatment in order to reduce infection with the HIV virus. The antibody pharmaceutical composition of the present invention may be formulated by any number of strategies known in the art (for example, see McGoff and Scher, 2000, Solution Formulation of Proteins/Peptides: In McNally, E.J., ed. Protein Formulation and Delivery. New York, NY: Marcel Dekker, pp. 139-158, Akers and Defilippis, 2000, Peptides and Proteins as Parenteral Solutions, In: Pharmaceutical Formulation Development of Peptides and Proteins, Philadelphia, PA: Talyor and Francis, pp. 145-177; Akers, et al., 2002, Pharm Biotechnol 14:47-127). A pharmaceutically acceptable composition suitable for administration to a patient contains an effective amount of the antibody in a formulation that retains biological activity while also facilitating maximum stability during storage within an acceptable temperature range. The pharmaceutical compositions may also contain, depending on the composition desired, pharmaceutically acceptable diluents, pharmaceutically acceptable carriers and/or pharmaceutically acceptable excipients, or any such excipients commonly used to formulate pharmaceutical compositions for administration to an animal or human. The diluent is chosen so as not to affect the biological activity of the combination. Examples of such diluents are distilled water, physiological phosphate buffered saline, Ringer's solutions, dextrose solution, and Hank's solution. The amount of excipient that can be used in a pharmaceutical composition or formulation of this invention is an amount that serves to uniformly distribute the antibody throughout the composition so that it can be uniformly dispersed when it is to be delivered to an individual in need. It may serve to dilute the antibody to a concentration that provides the desired beneficial palliative or curative results while minimizing any unwanted side effects that may result from too high a concentration. They may also have a preservative effect. Thus, for an antibody with high physiological activity, a larger amount of excipient is used. On the other hand, for any active ingredient(s) that exhibits lower physiological activity, a smaller amount of excipient is used.
Описанные выше антитела и композиции антител или композиции вакцин, содержащие по меньшей мере одно или комбинацию антител, описанных в настоящем документе, можно вводить для профилактического и терапевтического лечения вирусной инфекции ВИЧ.The antibodies described above and antibody compositions or vaccine compositions containing at least one or a combination of the antibodies described herein can be administered for the prophylactic and therapeutic treatment of an HIV viral infection.
Настоящее изобретение также относится к выделенным полипептидам, содержащим аминокислотные последовательности легких цепей и тяжелых цепей, перечисленных в табл. А, В и на фиг. 10А-10С; консенсусные последовательности для тяжелых и легких цепей SEQ ID NO: 1 и 2 и последовательности вставки SEQ ID NO: 3 и 4.The present invention also relates to selected polypeptides containing the amino acid sequences of the light chains and heavy chains listed in table. A, B and in Fig. 10A-10C; heavy and light chain consensus sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2 and insertion sequences of SEQ ID NOs: 3 and 4.
В других связанных вариантах осуществления изобретение относится к вариантам полипептидов, которые кодируют аминокислотные последовательности антител против ВИЧ, перечисленные в табл. А, В и на фиг. 10А-10С; консенсусные последовательности для тяжелых и легких цепей SEQ ID NO: 1 и 2; и последовательности вставки SEQ ID NO: 3 и 4. Эти варианты полипептидов имеют по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% или более идентичность последовательностей по сравнению с полипептидной последовательностью по настоящему изобретению, как определяют с использованием способов, описанных в настоящем документе, (например, анализ BLAST с использованием стандартных параметров). Специалист в данной области учтет, что эти значения можно соответствующим образом корректировать для того, чтобы определять соответствующую идентичность белков, кодируемых, учитывая аминокислотное сходство и т.п.In other related embodiments, the invention relates to polypeptide variants that encode the amino acid sequences of anti-HIV antibodies listed in Table. A, B and in Fig. 10A-10C; heavy and light chain consensus sequences SEQ ID NOs: 1 and 2; and insertion sequences of SEQ ID NOs: 3 and 4. These polypeptide variants have at least 70%, at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95% , at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% or more sequence identity compared to the polypeptide sequence of the present invention, as determined using the methods described herein, ( e.g. BLAST analysis using standard parameters). One of ordinary skill in the art will appreciate that these values can be adjusted accordingly in order to determine the appropriate identity of the proteins being encoded, considering amino acid similarity and the like.
Термин полипептид используют в его стандартном значении, т.е. последовательность аминокислот. Полипептиды не ограничены конкретной длиной продукта. Пептиды, олигопептиды и белки вклюThe term polypeptide is used in its standard meaning, ie. amino acid sequence. The polypeptides are not limited to a particular product length. Peptides, oligopeptides and proteins including
- 12 042696 чены в определение полипептида, и такие термины можно использовать взаимозаменяемо в настоящем документе, если конкретно не указано иное. Этот термин также включает постэкспрессионные модификации полипептида, например гликозилирование, ацетилирование, фосфорилирование и т.п., а также другие модификации, известные в данной области, как встречающиеся в природе, так и не встречающиеся в природе. Полипептид может представлять собой целый белок или его подпоследовательность. Конкретные полипептиды, представляющие интерес, в контексте настоящего изобретения представляют собой аминокислотные подпоследовательности, содержащие CDR, VH и VL, способные связывать антиген или ВИЧ-инфицированную клетку.- 12 042696 chens in the definition of a polypeptide, and such terms can be used interchangeably in this document, unless specifically indicated otherwise. The term also includes post-expression modifications of the polypeptide, such as glycosylation, acetylation, phosphorylation, and the like, as well as other modifications known in the art, both naturally occurring and non-naturally occurring. The polypeptide may be an entire protein or a subsequence thereof. Particular polypeptides of interest in the context of the present invention are amino acid subsequences containing CDRs, VH and V L capable of binding an antigen or an HIV-infected cell.
Вариант полипептида, как термин используют в настоящем документе, представляет собой полипептид, который типично отличается от полипептида, конкретно описанного в настоящем документе, одной или несколькими заменами, делециями, добавлениями и/или инсерциями. Такие варианты могут быть природными или могут быть созданы синтетически, например, посредством модификации одной или нескольких из указанных выше полипептидных последовательностей по изобретению и оценки одной или нескольких биологических активностей полипептида, как описано в настоящем документе, и/или использования любого числа способов, хорошо известных в данной области.A variant polypeptide, as the term is used herein, is a polypeptide that typically differs from a polypeptide specifically described herein by one or more substitutions, deletions, additions, and/or insertions. Such variants may be naturally occurring or may be created synthetically, for example, by modifying one or more of the above polypeptide sequences of the invention and evaluating one or more biological activities of the polypeptide as described herein and/or using any number of methods well known in the art. in this area.
Например, определенными аминокислотами можно заменять другие аминокислоты в структуре белка без значительной утраты его способности связывать другие полипептиды (например, антигены) или клетки. Поскольку связывающая способность и свойства белка определяют биологическую функциональную активность этого белка, определенные замены в аминокислотной последовательности можно выполнять в последовательности белка и, соответственно, в лежащей в его основе кодирующей последовательности ДНК, посредством чего получают белок с схожими свойствами. Таким образом, предполагают, что различные изменения можно выполнять в пептидных последовательностях раскрытых композиций или в соответствующих последовательностях ДНК, которые кодируют указанные пептиды, без значительной утраты их биологической полезности или активности.For example, certain amino acids can be substituted for other amino acids in the structure of a protein without significant loss of its ability to bind other polypeptides (eg, antigens) or cells. Since the binding capacity and properties of a protein determine the biological functionality of that protein, certain amino acid sequence substitutions can be made in the sequence of the protein, and thus in the underlying DNA coding sequence, whereby a protein with similar properties is obtained. Thus, it is contemplated that various changes can be made to the peptide sequences of the disclosed compositions, or to the corresponding DNA sequences that encode said peptides, without significant loss of their biological utility or activity.
Во многих случаях вариант полипептида содержит одну или несколько консервативных замен. Консервативная замена представляет собой замену, при которой аминокислотой заменяют другую аминокислоту, которая обладает схожими свойствами, так что специалист в области химии пептидов будет ожидать, что вторичная структура и гидрофобные свойства полипептида будут по существу не изменены.In many cases, the polypeptide variant contains one or more conservative substitutions. A conservative substitution is one in which an amino acid is replaced with another amino acid that has similar properties, such that one skilled in the art of peptide chemistry would expect the secondary structure and hydrophobic properties of the polypeptide to be substantially unchanged.
Замены аминокислот в целом основаны на относительном сходстве заместителей боковых цепей аминокислот, например их гидрофобности, гидрофильности, заряда, размера и т.п. Образцовые замены, которые учитывают различные приведенные выше характеристики, хорошо известны специалистам в данной области и включают аргинин и лизин; глутамат и аспартат; серин и треонин; глутамин и аспарагин и валин, лейцин и изолейцин.Amino acid substitutions are generally based on the relative similarity of the amino acid side chain substituents, eg, their hydrophobicity, hydrophilicity, charge, size, and the like. Exemplary substitutions that take into account the various characteristics above are well known to those skilled in the art and include arginine and lysine; glutamate and aspartate; serine and threonine; glutamine and asparagine and valine, leucine and isoleucine.
Гомология или идентичность последовательностей относится к процентной доле остатков в варианте полинуклеотидной или полипептидной последовательности, которые идентичны невариантной последовательности после выравнивания последовательностей и введения пропусков, в случае необходимости, чтобы достичь максимального процента гомологии. В конкретных вариантах осуществления варианты полинуклеотидов и полипептидов имеют гомологию полинуклеотидов или полипептидов по меньшей мере приблизительно 70%, по меньшей мере приблизительно 75%, по меньшей мере приблизительно 80%, по меньшей мере приблизительно 90%, по меньшей мере приблизительно 95%, по меньшей мере приблизительно 98% или по меньшей мере приблизительно 99% с полинуклеотидом или полипептидом, описанным в настоящем документе.Homology or sequence identity refers to the percentage of residues in a variant polynucleotide or polypeptide sequence that are identical to the non-variant sequence after sequence alignment and gaps, if necessary, to achieve the maximum percent homology. In specific embodiments, polynucleotide and polypeptide variants have a polynucleotide or polypeptide homology of at least about 70%, at least about 75%, at least about 80%, at least about 90%, at least about 95%, at least at least about 98% or at least about 99% with the polynucleotide or polypeptide described herein.
Такие последовательности вариантов полипептидов будут иметь 70% или больше (т.е. 80, 85, 90, 95, 97, 98, 99% или больше) идентичность последовательностей с последовательностями, перечисленными в описании. В дополнительных вариантах осуществления настоящее изобретение относится к полипептидным фрагментам, содержащим перекрывающиеся фрагменты различной длины из аминокислотных последовательностей, описанных в настоящем документе. Например, в этом изобретении предусмотрены пептидные последовательности, которые содержат по меньшей мере приблизительно 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 75, 100, 150 или больше перекрывающихся пептидов из одной или нескольких последовательностей, описанных в настоящем документе, а также все промежуточные длины между ними.Such polypeptide variant sequences will have 70% or more (ie 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99% or more) sequence identity with the sequences listed in the specification. In additional embodiments, the present invention relates to polypeptide fragments containing overlapping fragments of various lengths from the amino acid sequences described herein. For example, this invention provides peptide sequences that contain at least about 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 75, 100, 150 or more overlapping peptides from one or more of the sequences described herein, and also all intermediate lengths in between.
Изобретение также включает последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующие часть или все легкие и тяжелые цепи описанных патентоспособных антител, а также их фрагменты. Из-за избыточности генетического кода существуют варианты этих последовательностей, которые кодируют такие же аминокислотные последовательности.The invention also includes nucleic acid sequences encoding part or all of the light and heavy chains of the disclosed patentable antibodies, as well as fragments thereof. Due to the redundancy of the genetic code, there are variants of these sequences that encode the same amino acid sequences.
Настоящее изобретение также относится к выделенным последовательностям нуклеиновой кислоты, кодирующим полипептиды для тяжелых и легких цепей антител против ВИЧ, перечисленных в табл. А, В и на фиг. 10А-10С; консенсусные последовательности для тяжелых и легких цепей SEQ ID NO: 1 и 2 и последовательности вставки SEQ ID NO: 3 и 4.The present invention also relates to selected nucleic acid sequences encoding polypeptides for heavy and light chains of antibodies against HIV, listed in table. A, B and in Fig. 10A-10C; heavy and light chain consensus sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2 and insertion sequences of SEQ ID NOs: 3 and 4.
В других связанных вариантах осуществления настоящее изобретение относится к вариантам полинуклеотидов, которые кодируют пептидные последовательности тяжелых и легких цепей антител против ВИЧ, перечисленных в табл. А, В и на фиг. 10А-10С; консенсусные последовательности для тяжелых иIn other related embodiments, the present invention relates to polynucleotide variants that encode the peptide sequences of the heavy and light chains of the anti-HIV antibodies listed in Table 1. A, B and in Fig. 10A-10C; consensus sequences for heavy and
- 13 042696 легких цепей SEQ ID NO: 1 и 2 и последовательности вставки SEQ ID NO: 3 и 4. Эти варианты полинуклеотидов имеют по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99%, или большую идентичность последовательностей по сравнению с полинуклеотидной последовательностью по данному изобретению, определенной с использованием способов, описанных в настоящем документе, (например, анализ BLAST с использованием стандартных параметров). Специалист в данной области учтет, что эти значения можно соответствующим образом корректировать для того, чтобы определять соответствующую идентичность белков, кодируемых двумя нуклеотидными последовательностями, учитывая вырожденность кодонов, аминокислотное сходство, положение рамки считывания и т.п.- 13 042696 light chains of SEQ ID NOs: 1 and 2 and insertion sequences of SEQ ID NOs: 3 and 4. These polynucleotide variants have at least 70%, at least 75%, at least 80%, at least 85% , at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99%, or greater sequence identity compared to the polynucleotide sequence of this invention determined using the methods described herein (eg, BLAST analysis using standard parameters). One skilled in the art will appreciate that these values can be adjusted accordingly to determine the respective identity of the proteins encoded by the two nucleotide sequences, taking into account codon degeneracy, amino acid similarity, reading frame position, and the like.
Термины нуклеиновая кислота и полинуклеотид используют взаимозаменяемо в настоящем документе, чтобы отослать к одноцепочечной или двухцепочечной РНК, ДНК или смешанным полимерам. Полинуклеотиды могут включать геномные последовательности, внегеномные и плазмидные последовательности, и сконструированные сегменты генов меньшего размера, которые экспрессируют или которые можно адаптировать для того, чтобы экспрессировать полипептиды.The terms nucleic acid and polynucleotide are used interchangeably herein to refer to single or double stranded RNA, DNA, or mixed polymers. Polynucleotides may include genomic sequences, extra-genomic and plasmid sequences, and smaller engineered gene segments that express or can be adapted to express the polypeptides.
Выделенная нуклеиновая кислота представляет собой нуклеиновую кислоту, которая по существу отделена от других геномных последовательностей ДНК, а также белков или комплексов, таких как рибосомы и полимеразы, которые в природе сопровождают нативную последовательность. Термин охватывает последовательность нуклеиновой кислоты, которую удалили из ее природного окружения, и включает рекомбинантные или клонированные ДНК изоляты и химически синтезированные аналоги или аналоги, биологически синтезированные с помощью гетерологичных систем. По существу чистая нуклеиновая кислота включает изолированные формы нуклеиновой кислоты.An isolated nucleic acid is a nucleic acid that is substantially separated from other genomic DNA sequences, as well as proteins or complexes, such as ribosomes and polymerases, that naturally accompany the native sequence. The term encompasses a nucleic acid sequence that has been removed from its natural environment and includes recombinant or cloned DNA isolates and chemically synthesized analogs or analogs biologically synthesized using heterologous systems. Substantially pure nucleic acid includes isolated forms of the nucleic acid.
Соответственно, это относится к нуклеиновой кислоте, как исходно выделяют, и не исключает генов или последовательностей, которые позже добавлены к выделенной нуклеиновой кислоте руками человека.Accordingly, this refers to the nucleic acid as originally isolated and does not exclude genes or sequences that are later added to the isolated nucleic acid by human hands.
Вариант полинуклеотида, как термин используют в настоящем документе, представляет собой полинуклеотид, который типично отличается от полинуклеотида, конкретно описанного в настоящем документе, одной или несколькими заменами, делециями, добавлениями и/или инсерциями. Такие варианты могут встречаться в природе или их можно синтетически создавать, например, посредством модификации одной или нескольких полинуклеотидных последовательностей по изобретению и оценки одной или нескольких биологических активностей кодируемого полипептида, как описано в настоящем документе, и/или использования любого числа способов, хорошо известных в данной области.A variant polynucleotide, as the term is used herein, is a polynucleotide that typically differs from a polynucleotide specifically described herein by one or more substitutions, deletions, additions, and/or insertions. Such variants may occur naturally or be synthetically generated, for example, by modifying one or more polynucleotide sequences of the invention and evaluating one or more biological activities of the encoded polypeptide as described herein and/or using any number of methods well known in the art. this area.
Можно выполнять модификации в структуре полинуклеотидов по описанному изобретению и все еще получать функциональную молекулу, которая кодирует вариант или производное полипептида с желаемыми характеристиками. Когда желают изменить аминокислотную последовательность полипептида для того, чтобы создавать эквивалентный, или даже улучшенный, вариант или часть полипептида по изобретению, специалист в данной области обычно изменяет один или несколько кодонов кодирующей последовательности ДНК.It is possible to make modifications to the structure of the polynucleotides of the invention described and still obtain a functional molecule that encodes a polypeptide variant or derivative with the desired characteristics. When it is desired to change the amino acid sequence of a polypeptide in order to create an equivalent, or even improved, variant or portion of the polypeptide of the invention, one skilled in the art will typically change one or more codons of the DNA coding sequence.
Как правило, варианты полинуклеотидов содержат одну или несколько замен, добавлений, делеций и/или инсерций, так что иммуногенные связывающие свойства полипептида, кодируемого вариантом полинуклеотида, по существу не ухудшены относительно полипептида, кодируемого полинуклеотидной последовательностью, конкретно изложенной в настоящем документе.Typically, variant polynucleotides contain one or more substitutions, additions, deletions, and/or insertions such that the immunogenic binding properties of the polypeptide encoded by the polynucleotide variant are not substantially impaired relative to the polypeptide encoded by the polynucleotide sequence specifically set forth herein.
В дополнительных вариантах осуществления настоящее изобретение относится к полинуклеотидным фрагментам, которые содержат перекрывающиеся фрагменты различной длины из последовательности, идентичной или комплементарной одной или нескольким последовательностям, описанным в настоящем документе. Например, в настоящем изобретении предусмотрены полинуклеотиды, которые содержат по меньшей мере приблизительно 10, 15, 20, 30, 40, 50, 75, 10о, 150, 200, 300, 400, 500 или 1000 или больше смежных нуклеотидов из одной или нескольких последовательностей, описанных в настоящем документе, а также все промежуточные длины между ними, и охватывают любую длину между указанными значениями, такую как 16, 17, 18, 19 и т.д.; 21, 22, 23 и т.д.; 30, 31, 32 и т.д.; 50, 51, 52, 53 и т.д.; 100, 101, 102, 103 и т.д.; 150, 151, 152, 153 и т.д.; и включают все целые числа 200-500; 500-1000.In additional embodiments, the present invention relates to polynucleotide fragments that contain overlapping fragments of various lengths from a sequence identical or complementary to one or more of the sequences described herein. For example, provided herein are polynucleotides that contain at least about 10, 15, 20, 30, 40, 50, 75, 10°, 150, 200, 300, 400, 500, or 1000 or more contiguous nucleotides from one or more sequences. , described in this document, as well as all intermediate lengths in between, and cover any length between the specified values, such as 16, 17, 18, 19, etc.; 21, 22, 23, etc.; 30, 31, 32, etc.; 50, 51, 52, 53, etc.; 100, 101, 102, 103, etc.; 150, 151, 152, 153, etc.; and include all integers 200-500; 500-1000.
В другом варианте осуществления изобретения предусмотрены полинуклеотидные композиции, которые способны к гибридизации в условиях с жесткостью от умеренной до высокой с полинуклеотидной последовательностью, предоставленной в настоящем документе, или ее фрагментом или ее комплементарной последовательностью. Способы гибридизации хорошо известны в данной области молекулярной биологии. С целью иллюстрации подходящие умеренные жесткие условия для тестирования гибридизации полинуклеотида по данному изобретению с другими полинуклеотидами включают предварительное промывание в растворе 5х SSC, 0,5% SDS, 1,0 мМ ЭДТА (рН 8,0); гибридизацию при 50-60°C, 5х SSC, в течение ночи; с последующим промыванием два раза при 65°С. в течение 20 мин с использованием каждого из 2х, 0,5х и 0,2х SSC, содержащего 0,1% SDS. Специалист в данной области поймет, что жесткостью гибридизации можно легко манипулировать, например, посредством изменения содержания соли вIn another embodiment of the invention, polynucleotide compositions are provided that are capable of hybridizing under moderate to high stringency conditions with the polynucleotide sequence provided herein, or a fragment thereof, or a complementary sequence thereof. Hybridization techniques are well known in the art of molecular biology. By way of illustration, suitable moderate stringent conditions for testing hybridization of a polynucleotide of this invention with other polynucleotides include a pre-wash in a solution of 5x SSC, 0.5% SDS, 1.0 mM EDTA (pH 8.0); hybridization at 50-60°C, 5x SSC, overnight; followed by washing twice at 65°C. for 20 minutes using each of 2x, 0.5x and 0.2x SSC containing 0.1% SDS. One skilled in the art will appreciate that the stringency of hybridization can be easily manipulated, for example, by changing the salt content of
- 14 042696 растворе для гибридизации и/или температуры, при которой осуществляют гибридизацию. Например, в другом варианте осуществления подходящие очень жесткие условия гибридизации включают те, что описаны выше, за тем исключением, что температуру гибридизации повышают, например, до 60-65°С или 65-70°С.- 14 042696 solution for hybridization and/or temperature at which hybridization is carried out. For example, in another embodiment, suitable very stringent hybridization conditions include those described above, except that the hybridization temperature is raised to, for example, 60-65°C or 65-70°C.
В некоторых вариантах осуществления полипептид, кодируемый вариантом или фрагментом полинуклеотида, обладает такой же специфичностью связывания (т.е., специфически или предпочтительно связывается с тем же эпитопом или штаммом ВИЧ), что и полипептид, кодируемый нативным полинуклеотидом. В некоторых вариантах осуществления описанные полинуклеотиды, варианты, фрагменты и гибридизуемые последовательности полинуклеотидов кодируют полипептиды, которые имеют уровень связывающей активности по меньшей мере приблизительно 50%, по меньшей мере приблизительно 70% и по меньшей мере приблизительно 90% от такового для полипептидной последовательности, конкретной изложенной в настоящем документе.In some embodiments, the polypeptide encoded by the polynucleotide variant or fragment has the same binding specificity (i.e., binds specifically or preferentially to the same HIV epitope or strain) as the polypeptide encoded by the native polynucleotide. In some embodiments, the disclosed polynucleotides, variants, fragments, and hybridizable polynucleotide sequences encode polypeptides that have a level of binding activity of at least about 50%, at least about 70%, and at least about 90% of that of a polypeptide sequence as specifically set forth. in this document.
Полинуклеотиды по описанному изобретению или их фрагменты, независимо от длины самой кодирующей последовательности, можно комбинировать с другими последовательностями ДНК, такими как промоторы, сигналы полиаденилирования, дополнительные сайты рестрикционных ферментов, множественные сайты клонирования, другие кодирующие сегменты и т.п., так что их общая длина может значительно варьировать. Используют фрагменты нуклеиновых кислот почти любой длины. Например, иллюстративные полинуклеотидные сегменты с общими длинами приблизительно 10000, приблизительно 5000, приблизительно 3000, приблизительно 2000, приблизительно 1000, приблизительно 500, приблизительно 200, приблизительно 100, приблизительно 50 пар оснований в длину и т.п. (включая все промежуточные длины) включены во многие реализации настоящего изобретения.The polynucleotides of the invention, or fragments thereof, regardless of the length of the coding sequence itself, can be combined with other DNA sequences such as promoters, polyadenylation signals, additional restriction enzyme sites, multiple cloning sites, other coding segments, etc., so that they overall length can vary considerably. Nucleic acid fragments of almost any length are used. For example, exemplary polynucleotide segments with overall lengths of about 10,000, about 5,000, about 3,000, about 2,000, about 1,000, about 500, about 200, about 100, about 50 bp in length, and the like. (including all intermediate lengths) are included in many implementations of the present invention.
В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидные последовательности, предусмотренные в настоящем документе, используют в качестве зондов или праймеров для гибридизации нуклеиновых кислот, например, в качестве праймеров для ПЦР. Способность таких зондов нуклеиновых кислот к специфичной гибридизации с последовательностью, представляющей интерес, позволяет им обнаруживать присутствие комплементарных последовательностей в данном образце. Однако описанное изобретение охватывает другие варианты применения, такие как использование информации о последовательности для получения праймеров мутантного вида или праймеров для применения в получении других генетических конструкций. По существу, сегменты нуклеиновых кислот по описанному изобретению, которые содержат область последовательности непрерывной последовательности по меньшей мере приблизительно 15 нуклеотидов в длину, которая имеет такую же последовательность, как непрерывная последовательность 15 нуклеотидов в длину, описанная в настоящем документе, или комплементарную ей, являются особенно полезными. Более длинные непрерывные идентичные или комплементарные последовательности, например, приблизительно 20, 30, 40, 50, 100, 200, 500, 1000 (включая промежуточные длины), включая полноразмерные последовательности, и все длины между ними, также используют в некоторых вариантах осуществления.In some embodiments, the polynucleotide sequences provided herein are used as probes or primers for nucleic acid hybridization, for example, as PCR primers. The ability of such nucleic acid probes to specifically hybridize to a sequence of interest allows them to detect the presence of complementary sequences in a given sample. However, the invention described covers other uses, such as the use of sequence information to generate primers of a mutant species, or primers for use in the production of other genetic constructs. As such, nucleic acid segments of the invention that contain a sequence region of a contiguous sequence of at least about 15 nucleotides in length that has the same sequence as, or is complementary to, the 15 nucleotides in length contiguous sequence described herein are particularly useful. Longer contiguous identical or complementary sequences, e.g., about 20, 30, 40, 50, 100, 200, 500, 1000 (including intermediate lengths), including full-length sequences, and all lengths in between, are also used in some embodiments.
Молекулы полинуклеотидов, имеющие области последовательностей, состоящие из непрерывных нуклеотидных фрагментов 10-14, 15-20, 30, 50 или даже 100-200 нуклеотидов или около того (также включая промежуточные длины), идентичные или комплементарные полинуклеотидной последовательности, описанной в настоящем документе, в частности, рассматривают в качестве зондов для гибридизации для использования, например, в саузерн- и нозерн-блоттинге и/или праймеров для использования, например, в ПЦР. Общий размер фрагмента, а также размер комплементарного фрагмента(ов) в конечном итоге зависит от предполагаемого использования или применения конкретного сегмента нуклеиновой кислоты. Фрагменты меньших размеров в целом используют в гибридизационных вариантах осуществления, где длина непрерывной комплементарной области может варьировать, например, между приблизительно 15 и приблизительно 100 нуклеотидами, но можно использовать непрерывные комплементарные фрагменты больших размеров, в соответствии с длинами комплементарных последовательностей, которые желают обнаруживать.Polynucleotide molecules having sequence regions consisting of contiguous nucleotide fragments of 10-14, 15-20, 30, 50 or even 100-200 nucleotides or so (also including intermediate lengths) identical or complementary to the polynucleotide sequence described herein, in particular are considered as hybridization probes for use in eg Southern and Northern blotting and/or primers for use in eg PCR. The overall fragment size, as well as the size of the complementary fragment(s), ultimately depends on the intended use or application of the particular nucleic acid segment. Smaller fragments are generally used in hybridization embodiments where the length of the contiguous complementary region may vary, for example, between about 15 and about 100 nucleotides, but larger contiguous complementary fragments can be used, according to the lengths of the complementary sequences one wishes to detect.
Использование зонда для гибридизации приблизительно 15-25 нуклеотидов в длину делает возможным формирование двойной молекулы, которая является как стабильной, так и избирательной. Можно использовать молекулы, имеющие непрерывные комплементарные последовательности во фрагментах больше чем 12 оснований в длину, хотя для того, чтобы повысить стабильность и избирательность гибрида и тем самым повысить качество и степень специфичности получаемых гибридных молекул. Можно использовать молекулы нуклеиновой кислоты, которые имеют комплементарные генам фрагменты 15-25 непрерывных нуклеотидов или даже длиннее, где это желательно.The use of a hybridization probe of approximately 15-25 nucleotides in length allows the formation of a double molecule that is both stable and selective. Molecules having contiguous complementary sequences in fragments greater than 12 bases in length may be used, albeit in order to increase the stability and selectivity of the fusion and thereby improve the quality and degree of specificity of the resulting fusion molecules. Nucleic acid molecules can be used that have complementary gene fragments of 15-25 contiguous nucleotides or even longer where desired.
Зонды для гибридизации выбирают из какой-либо части какой-либо из последовательностей, описанных в настоящем документе. Все, что требуется, это просмотреть последовательности, изложенные в настоящем документе, или какую-либо непрерывную часть последовательностей от приблизительно 1525 нуклеотидов в длину вплоть до и включая полноразмерную последовательность, которую хотят использовать в качестве зонда или праймера. Выбор последовательностей зондов и праймеров обусловлен различными факторами. Например, можно желать использовать праймеры в направлении концов общей последовательности.Hybridization probes are selected from any portion of any of the sequences described herein. All that is required is to review the sequences set forth herein, or any contiguous portion of sequences from approximately 1525 nucleotides in length up to and including the full length sequence that one wishes to use as a probe or primer. The choice of probe and primer sequences is determined by various factors. For example, one may wish to use primers towards the ends of the overall sequence.
- 15 042696- 15 042696
Кроме того, объем изобретения включает векторы, такие как векторы экспрессии, которые содержат последовательность нуклеиновой кислоты по изобретению. Клетки, трансформированные такими векторами, также включены в объем изобретения.In addition, the scope of the invention includes vectors, such as expression vectors, which contain the nucleic acid sequence of the invention. Cells transformed with such vectors are also included within the scope of the invention.
Настоящее изобретение также относится к векторам и клеткам-хозяевам, содержащим нуклеиновую кислоту по изобретению, а также к рекомбинантным способам получения полипептида по изобретению. Векторы по изобретению включают те, что способны к репликации в клетке или организме любого типа, включая, например, плазмиды, фаг, космиды и минихромосомы. В некоторых вариантах осуществления векторы, содержащие полинуклеотид по описанному изобретению, представляют собой векторы, подходящие для размножения или репликации полинуклеотида, или векторы, подходящие для экспрессии полипептида по настоящему изобретению. Такие векторы известны в данной области и коммерчески доступны.The present invention also relates to vectors and host cells containing the nucleic acid of the invention, as well as to recombinant methods for producing a polypeptide of the invention. The vectors of the invention include those capable of replication in any type of cell or organism, including, for example, plasmids, phage, cosmids, and minichromosomes. In some embodiments, vectors containing a polynucleotide of the invention are vectors suitable for propagating or replicating a polynucleotide, or vectors suitable for expressing a polypeptide of the invention. Such vectors are known in the art and are commercially available.
Вектор включает челночные и векторы экспрессии. Типично, конструкция плазмиды также содержит точку начала репликации (например, точка начала репликации ColE1) и селективный маркер (например, устойчивость к ампициллину или тетрациклину), для репликации и отбора плазмид в бактериях, соответственно. Вектор экспрессии относится к вектору, который содержит необходимые управляющие последовательности или регуляторные элементы для экспрессии антител, содержащих фрагмент антитела по изобретению, в бактериальных или эукариотических клетках.The vector includes shuttle and expression vectors. Typically, the plasmid construct also contains an origin of replication (eg, ColE1 origin of replication) and a selectable marker (eg, ampicillin or tetracycline resistance) for plasmid replication and selection in bacteria, respectively. An expression vector refers to a vector that contains the necessary control sequences or regulatory elements for the expression of antibodies containing an antibody fragment of the invention in bacterial or eukaryotic cells.
Как используют в настоящем документе, термин клетка может представлять собой какую-либо клетку, включая в качестве неограничивающих примеров эукариотические, многоклеточные виды (например, в противоположность одноклеточной дрожжевой клетке), такие как, но не ограничиваясь этим, клетку млекопитающего или клетку человека. Клетка может присутствовать в виде одного объекта или может составлять часть более крупного скопления клеток. Такое более крупное скопление клеток может включать, например, клеточную культуру (или смешанную или чистую), ткань (например, эндотелиальную, эпителиальную, слизистую или другую ткань), орган (например, легкое, печень, мышцу и другие органы), систему органов (например, кровеносную систему, дыхательную систему, желудочнокишечный тракт, мочевыделительную систему, нервную систему, покровную систему или другую систему органов) или организм (например, птицу, млекопитающее или т.п.).As used herein, the term cell can be any cell, including but not limited to eukaryotic, multicellular species (e.g., as opposed to a unicellular yeast cell), such as, but not limited to, a mammalian cell or a human cell. The cell may be present as a single entity or may be part of a larger collection of cells. Such a larger collection of cells may include, for example, a cell culture (either mixed or pure), a tissue (e.g., endothelial, epithelial, mucosal, or other tissue), an organ (e.g., lung, liver, muscle, and other organs), an organ system ( eg, circulatory system, respiratory system, gastrointestinal tract, urinary system, nervous system, integumentary system, or other organ system) or an organism (eg, bird, mammal, or the like).
Полинуклеотиды по изобретению можно синтезировать, целиком или частями, которые затем комбинируют, и вставлять в вектор с использованием стандартных способов молекулярной и клеточной биологии, включая, например, субклонирование полинуклеотида в линеаризованный вектор с использованием подходящих участков рестрикции и рестрикционных ферментов. Полинуклеотиды по описанному изобретению амплифицируют посредством полимеразной цепной реакции с использованием олигонуклеотидных праймеров, комплементарных каждой цепи полинуклеотида. Эти праймеры также содержат сайты расщепления рестрикционных ферментов для того, чтобы содействовать субклонированию в вектор. Компоненты реплицируемых векторов в целом включают, но этим не ограничиваются, одно или несколько из следующего: сигнальная последовательность, точка начала репликации и один или несколько маркерных или селективных генов.The polynucleotides of the invention can be synthesized, in whole or in portions, which are then combined, and inserted into a vector using standard molecular and cell biology techniques, including, for example, subcloning the polynucleotide into a linearized vector using appropriate restriction sites and restriction enzymes. The polynucleotides of the invention are amplified by polymerase chain reaction using oligonucleotide primers complementary to each polynucleotide strand. These primers also contain restriction enzyme cleavage sites to facilitate subcloning into the vector. Components of replicable vectors generally include, but are not limited to, one or more of the following: a signal sequence, an origin of replication, and one or more marker or selection genes.
Для того чтобы экспрессировать полипептид по изобретению, нуклеотидные последовательности, кодирующие полипептид, или функциональные эквиваленты могут быть вставлены в подходящий вектор экспрессии, т.е. вектор, который содержит необходимые элементы для транскрипции и трансляции вставленной кодирующей последовательности. Способы, хорошо известные специалистам в данной области, можно использовать для того, чтобы конструировать векторы экспрессии, содержащие последовательности, которые кодируют полипептид, представляющий интерес, и подходящие транскрипционные и трансляционные управляющие элементы. Эти способы включают способы рекомбинантной ДНК in vitro, синтетические способы и генетическую рекомбинацию in vivo. Такие способы описаны, например, в Sambrook, J., et al. (1989), Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Plainview, N.Y., и Ausubel, F.M. et al. (1989), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York. N.Y.In order to express a polypeptide of the invention, the nucleotide sequences encoding the polypeptide, or functional equivalents, can be inserted into a suitable expression vector, i. a vector that contains the necessary elements for transcription and translation of the inserted coding sequence. Methods well known to those skilled in the art can be used to construct expression vectors containing sequences that encode a polypeptide of interest and suitable transcriptional and translational control elements. These methods include in vitro recombinant DNA methods, synthetic methods, and in vivo genetic recombination. Such methods are described, for example, in Sambrook, J., et al. (1989), Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Plainview, N.Y., and Ausubel, F.M. et al. (1989), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York. N.Y.
Настоящее изобретение также относится к наборам, которые можно использовать при осуществлении диагностических и прогностических анализов с использованием антител, полипептидов и нуклеиновых кислот по настоящему изобретению. Наборы по настоящему изобретению содержат подходящий контейнер, который содержит антитело против ВИЧ, полипептид или нуклеиновую кислоту по изобретению в меченой или немеченой форме. Кроме того, когда антитело, полипептид или нуклеиновую кислоту поставляют в меченой форме, подходящей для непрямого анализа связывания, набор дополнительно содержит реактивы для осуществления подходящего непрямого анализа. Например, набор может содержать один или несколько подходящих контейнеров, содержащих субстраты ферментов или средства для получения производных, в зависимости от свойств метки. Также могут быть включены контрольные образцы и/или инструкции. Настоящее изобретение также относится к наборам для обнаружения присутствия антител против ВИЧ или нуклеотидной последовательности антитела против ВИЧ по настоящему изобретению в биологическом образце посредством ПЦР или масс-спектрометрии.The present invention also relates to kits that can be used in the implementation of diagnostic and prognostic analyzes using the antibodies, polypeptides and nucleic acids of the present invention. The kits of the present invention contain a suitable container that contains the anti-HIV antibody, polypeptide or nucleic acid of the invention in labeled or unlabeled form. In addition, when the antibody, polypeptide, or nucleic acid is supplied in a labeled form suitable for indirect binding assay, the kit further contains reagents for performing a suitable indirect assay. For example, the kit may contain one or more suitable containers containing enzyme substrates or derivatizers, depending on the properties of the label. Control samples and/or instructions may also be included. The present invention also relates to kits for detecting the presence of an anti-HIV antibody or an anti-HIV antibody nucleotide sequence of the present invention in a biological sample by PCR or mass spectrometry.
Метка, как используют в настоящем документе, относится к поддающемуся обнаружению соединению или композиции, которая конъюгирована непосредственно или опосредованно с антителом с тем,A label, as used herein, refers to a detectable compound or composition that is conjugated directly or indirectly to an antibody such that
- 16 042696 чтобы создавать меченое антитело. Метку также можно конъюгировать с полипептидом и/или последовательностью нуклеиновой кислоты, описанной в настоящем документе. Метка может быть поддающейся обнаружению сама по себе (например, радиоизотопные метки или флуоресцентные метки) или, в случае ферментативной метки, может катализировать химическое изменение соединения субстрата или композиции, которое поддается обнаружению. Антитела и полипептиды по описанному изобретению также можно модифицировать для того, чтобы они содержали эпитопную метку или метку, например, для использования в очистке или диагностических применениях. Подходящее средство обнаружения включает использование меток, таких как, но не ограничиваясь этим, радионуклеотиды, ферменты, коферменты, флуорофоры, хемилюминофоры, хромогены, субстраты или кофакторы ферментов, ингибиторы ферментов, комплексы простетических групп, свободные радикалы, частицы, красители и т.п.- 16 042696 to create a labeled antibody. The label can also be conjugated to a polypeptide and/or nucleic acid sequence described herein. The label may itself be detectable (eg, radioisotope labels or fluorescent labels) or, in the case of an enzymatic label, may catalyze a detectable chemical change in the substrate compound or composition. The antibodies and polypeptides of the invention may also be modified to contain an epitope tag or tag, for example, for use in purification or diagnostic applications. Suitable detection means include the use of labels such as, but not limited to, radionucleotides, enzymes, coenzymes, fluorophores, chemiluminophores, chromogens, enzyme substrates or cofactors, enzyme inhibitors, prosthetic group complexes, free radicals, particles, dyes, and the like.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к диагностическим способам.According to another embodiment, the present invention relates to diagnostic methods.
Диагностические способы в целом включают приведение биологического образца, полученного от пациента, например, такого как кровь, сыворотка, слюна, моча, мокрота, образец соскоба клеток или биопсия ткани, в контакт с антителом против ВИЧ и определение того, связывается ли антитело, предпочтительно, с образцом по сравнению с контрольным образцом или с предварительно определяемым пороговым значением, тем самым указывая на присутствие вируса ВИЧ.Diagnostic methods generally include contacting a biological sample obtained from a patient, such as blood, serum, saliva, urine, sputum, a cell scraping sample, or a tissue biopsy, for example, with an anti-HIV antibody and determining whether the antibody binds, preferably with a sample compared to a control sample or a predetermined threshold value, thereby indicating the presence of the HIV virus.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к способам обнаружения присутствия антител против ВИЧ по настоящему изобретению в биологическом образце от пациента. Способы обнаружения в целом включают получение от пациента биологического образца, например, такого как кровь, сыворотка, слюна, моча, мокрота, образец соскоба клеток или биопсия ткани, и выделение антител против ВИЧ или их фрагментов или нуклеиновых кислот, которые кодируют антитела против ВИЧ, и анализ присутствия антител против ВИЧ в биологическом образце. Также настоящее изобретение относится к способам обнаружения нуклеотидной последовательности антител против ВИЧ в клетке. Нуклеотидную последовательность антитела против ВИЧ также можно обнаруживать с использованием праймеров, описанных в настоящем документе. Присутствие антитела против ВИЧ в биологическом образце от пациента может быть определено с использованием известных рекомбинантных способов и/или с использованием масс-спектрометра.According to another embodiment, the present invention relates to methods for detecting the presence of the anti-HIV antibodies of the present invention in a biological sample from a patient. Detection methods generally include obtaining a biological sample from a patient, such as, for example, blood, serum, saliva, urine, sputum, a cell scraping sample, or tissue biopsy, and isolating anti-HIV antibodies or fragments thereof, or nucleic acids that encode anti-HIV antibodies, and analyzing the presence of anti-HIV antibodies in the biological sample. The present invention also relates to methods for detecting the nucleotide sequence of anti-HIV antibodies in a cell. The nucleotide sequence of an HIV antibody can also be detected using the primers described herein. The presence of an anti-HIV antibody in a biological sample from a patient can be determined using known recombinant methods and/or using a mass spectrometer.
В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к способу обнаружения антитела против ВИЧ, содержащего тяжелую цепь, которая содержит высококонсервативную консенсусную последовательность, и легкую цепь, которая содержит высококонсервативную консенсусную последовательность, в биологическом образце, который включает получение содержащего иммуноглобулин биологического образца у млекопитающего, выделение антитела против ВИЧ из указанного образца и идентификацию высококонсервативных консенсусных последовательностей тяжелой цепи и легкой цепи. Биологический образец может представлять собой кровь, сыворотку, слюну, мочу, мокроту, образец соскоба клеток или биопсию ткани. Аминокислотные последовательности могут быть определены посредством известных в данной области способов, включая, например, ПЦР и масс-спектрометрию.In another embodiment, the present invention relates to a method for detecting an anti-HIV antibody containing a heavy chain that contains a highly conserved consensus sequence and a light chain that contains a highly conserved consensus sequence in a biological sample, which comprises obtaining an immunoglobulin-containing biological sample from a mammal, isolating the antibody against HIV from said sample and identifying highly conserved heavy chain and light chain consensus sequences. The biological sample may be blood, serum, saliva, urine, sputum, a cell scraping sample, or a tissue biopsy. Amino acid sequences can be determined by methods known in the art, including, for example, PCR and mass spectrometry.
Термин оценка включает любую форму измерения и включает определение того, присутствует элемент или нет. Термины определение, измерение, оценивание, оценка и анализ используют взаимозаменяемо, и они включают количественное и качественное определение. Оценка может быть относительной или абсолютной. Оценка присутствия включает определение количества чего-либо присутствующего и/или определение того, присутствует оно или отсутствует. Как используют в настоящем документе, термины определение, измерение, оценивание и анализ используют взаимозаменяемо, и они включают как количественное, так и качественное определение.The term evaluation includes any form of measurement and includes determining whether an element is present or not. The terms definition, measurement, evaluation, evaluation and analysis are used interchangeably and include quantitative and qualitative determination. The assessment can be relative or absolute. Presence assessment involves determining the amount of something present and/or determining whether it is present or absent. As used herein, the terms definition, measurement, evaluation, and analysis are used interchangeably and include both quantitative and qualitative determination.
II. Способ снижения репликации вируса.II. A way to reduce virus replication.
Кроме того, предусмотрены способы снижения повышения титра вируса ВИЧ, репликации вируса, пролиферации вируса или количества вирусного белка ВИЧ у индивида. По другому аспекту способ включает введение индивиду эффективного количества антитела против ВИЧ для того, чтобы снижать повышение титра ВИЧ, репликацию вируса или количество белка ВИЧ одного или нескольких штаммов или изолятов ВИЧ у индивида.In addition, methods are provided to reduce an increase in HIV virus titer, viral replication, viral proliferation, or the amount of HIV viral protein in an individual. In another aspect, the method includes administering to an individual an effective amount of an anti-HIV antibody to reduce an increase in HIV titer, viral replication, or the amount of HIV protein of one or more strains or isolates of HIV in the individual.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к способу снижения репликации вируса или распространения ВИЧ-инфекции на дополнительные клетки-хозяева или ткани, который включает приведение клетки млекопитающего в контакт с антителом или его частью, которое связывается с антигенным эпитопом на gp120.In another embodiment, the present invention relates to a method of reducing viral replication or the spread of HIV infection to additional host cells or tissues, which comprises contacting a mammalian cell with an antibody, or portion thereof, that binds to an antigenic epitope on gp120.
III. Способ лечения.III. Method of treatment.
Согласно другому варианту осуществления настоящее изобретение относится к способу лечения млекопитающего, инфицированного вирусной инфекцией, например, такой как ВИЧ, который включает введение указанному млекопитающему фармацевтической композиции, которая содержит антитела против ВИЧ, описанные в настоящем документе. Согласно одному из вариантов осуществления способ лечения млекопитающего, инфицированного ВИЧ, включает введение указанному млекопитающему фармацевтической композиции, которая содержит антитело по настоящему изобретению или его фрагмент. Композиции по изобретению могут содержать больше чем одно антитело, обладающее раскрытыми ха- 17 042696 рактеристиками (например, множество или пул антитела). Она также может включать другие нейтрализующие антитела против ВИЧ, как известно в данной области, например, но этим не ограничиваются,According to another embodiment, the present invention relates to a method of treating a mammal infected with a viral infection, such as HIV, which comprises administering to said mammal a pharmaceutical composition that contains the anti-HIV antibodies described herein. In one embodiment, a method for treating a mammal infected with HIV comprises administering to said mammal a pharmaceutical composition that contains an antibody of the present invention, or a fragment thereof. Compositions of the invention may contain more than one antibody having the disclosed characteristics (eg, a plurality or pool of antibodies). It may also include other neutralizing anti-HIV antibodies as known in the art, for example, but not limited to,
VRC01, PG9 и b12.VRC01, PG9 and b12.
Доказано, что пассивная иммунизация является эффективной и безопасной стратегией профилактики и лечения вирусных заболеваний. (См., например, Keller et al., Clin. Microbiol. Rev. 13:602-14 (2000); Casadevall, Nat. Biotechnol. 20:114 (2002); Shibata et al., Nat. Med. 5:204-10 (1999) и Igarashi et al., Nat. Med. 5:211-16 (1999), каждая из которых включена в настоящий документ в качестве ссылки). Пассивная иммунизация с использованием моноклональных антител человека предоставляет стратегию незамедлительного лечения для неотложной профилактики и лечения ВИЧ.Passive immunization has been proven to be an effective and safe strategy for the prevention and treatment of viral diseases. (See, for example, Keller et al., Clin. Microbiol. Rev. 13:602-14 (2000); Casadevall, Nat. Biotechnol. 20:114 (2002); Shibata et al., Nat. Med. 5: 204-10 (1999) and Igarashi et al., Nat Med 5:211-16 (1999), each of which is incorporated herein by reference). Passive immunization using human monoclonal antibodies provides an immediate treatment strategy for acute HIV prevention and treatment.
Индивиды с риском связанных с ВИЧ заболеваний или нарушений включают пациентов, которые вступали в контакт с инфицированным человеком или которые подвергались воздействию ВИЧ какимлибо другим образом. Введение профилактического средства может происходить до манифестации симптомов, характерных для связанных с ВИЧ заболевания или нарушения, так что заболевание или нарушение предотвращают или, альтернативно, задерживают его прогрессирование.Individuals at risk of HIV-related diseases or disorders include patients who have been in contact with an infected person or who have been exposed to HIV in some other way. Administration of the prophylactic may occur prior to the onset of symptoms characteristic of an HIV-related disease or disorder, such that the disease or disorder prevents or alternatively delays its progression.
Для лечения человека и не относящихся к человеку пациентов in vivo пациенту вводят или предоставляют фармацевтический состав, содержащий антитело против ВИЧ по изобретению. Когда используют для терапии in vivo, антитела по изобретению вводят пациенту в терапевтически эффективных количествах (т.е. количествах, которые устраняют или снижают вирусную нагрузку пациента). Антитела вводят пациенту-человеку в соответствии с известными способами, такими как внутривенное введение, например, в виде болюса или посредством непрерывного вливания в течение определенного периода времени, посредством внутримышечного, интраперитонеального, интрацереброспинального, подкожного, внутрисуставного, интрасиновиального, интратекального, перорального, местного или ингаляционного пути. Антитела можно вводить парентерально, когда возможно, в место клеток-мишеней или внутривенно. В некоторых вариантах осуществления антитело вводят посредством внутривенного или подкожного введения. Терапевтические композиции по изобретению можно вводить пациенту или индивиду системно, парентерально или локально. Указанные выше параметры для оценки успешного лечения и улучшения при заболевании легко измерять посредством стандартных процедур, знакомых врачу.For the treatment of human and non-human patients in vivo, the patient is administered or provided with a pharmaceutical formulation containing an anti-HIV antibody of the invention. When used for in vivo therapy, the antibodies of the invention are administered to a patient in therapeutically effective amounts (ie, amounts that eliminate or reduce the patient's viral load). Antibodies are administered to a human patient according to known methods, such as intravenous administration, for example, as a bolus or by continuous infusion over a period of time, via intramuscular, intraperitoneal, intracerebrospinal, subcutaneous, intraarticular, intrasynovial, intrathecal, oral, topical, or inhalation route. Antibodies can be administered parenterally, when possible, at the site of target cells or intravenously. In some embodiments, the antibody is administered via intravenous or subcutaneous administration. The therapeutic compositions of the invention may be administered systemically, parenterally, or locally to a patient or individual. The above parameters for assessing successful treatment and improvement in disease are easily measured by standard procedures familiar to the physician.
Для парентерального введения антитела можно формулировать в стандартной дозированной инъецируемой форме (раствор, суспензия, эмульсия) вместе с фармацевтически приемлемым, парентеральным наполнителем. Примеры таких наполнителей включают, но этим не ограничиваются, воду, физиологический раствор, раствор Рингера, раствор декстрозы и 5% сывороточный альбумин человека. Неводные наполнители включают, но этим не ограничиваясь, жирные масла и этилолеат. В качестве носителей можно использовать липосомы. Наполнитель может содержать незначительные количества добавок, таких как вещества, которые повышают изотоничность и химическую стабильность, например, такие как буферы и консерванты. Антитела можно формулировать в таких наполнителях в концентрациях приблизительно от 1 до 10 мг/мл.For parenteral administration, antibodies can be formulated in a standard injectable dosage form (solution, suspension, emulsion) together with a pharmaceutically acceptable, parenteral vehicle. Examples of such excipients include, but are not limited to, water, saline, Ringer's solution, dextrose solution, and 5% human serum albumin. Non-aqueous excipients include, but are not limited to, fatty oils and ethyl oleate. Liposomes can be used as carriers. The filler may contain minor amounts of additives such as substances that increase isotonicity and chemical stability, such as buffers and preservatives. Antibodies can be formulated in such vehicles at concentrations of from about 1 to 10 mg/ml.
Доза и схема дозирования зависят от различных факторов, которые легко определит врач, таких как природа инфекции, например ее терапевтический индекс, пациент и анамнез пациента. В целом, пациенту вводят терапевтически эффективное количество антитела. В некоторых вариантах осуществления вводимое количество антитела находится в диапазоне приблизительно от 0,1 приблизительно до 50 мг/кг массы организма пациента. В зависимости от типа и тяжести инфекции, приблизительно от 0,1 приблизительно до 50 мг/кг массы тела (например, приблизительно 0,1-15 мг/кг/доза) антитела составляет начальную рассматриваемую дозу для введения пациенту, например, или посредством одного или нескольких раздельных введений или посредством непрерывного вливания. Контроль за динамикой терапии легко осуществлять с помощью стандартных способов и анализов, а также основываясь на критериях, известных врачу или другим специалистам в данной области. Указанные выше параметры для оценки успешного лечения и улучшения заболевания можно легко измерять с помощью стандартных процедур, знакомых врачу.The dose and dosing regimen depend on various factors which are readily determined by the physician, such as the nature of the infection, eg its therapeutic index, the patient, and the patient's history. In general, a therapeutically effective amount of the antibody is administered to the patient. In some embodiments, the amount of antibody administered is in the range of about 0.1 to about 50 mg/kg of the patient's body weight. Depending on the type and severity of the infection, from about 0.1 to about 50 mg/kg body weight (e.g., about 0.1-15 mg/kg/dose) of antibody is the initial dose considered for administration to a patient, for example, or via one or several separate introductions or by continuous infusion. Monitoring the dynamics of therapy is easy to carry out using standard methods and analyzes, as well as based on criteria known to the doctor or other specialists in this field. The above parameters for assessing successful treatment and improvement of the disease can be easily measured using standard procedures familiar to the physician.
Другие терапевтические схемы можно комбинировать с введением антитела к ВИЧ по настоящему изобретению. Комбинированное введение включает совместное введение, использование отдельных составов или единого фармацевтического состава и последовательное введение в любом порядке, где предпочтительно имеет место период времени, в течение которого оба (или все) активные средства одновременно проявляют свои биологические активности. Такая комбинированная терапия может вести к синергическому терапевтическому эффекту. Указанные выше параметры оценки успешного лечения и улучшения заболевания можно легко измерять посредством стандартных процедур, знакомых врачу.Other therapeutic regimens can be combined with the administration of an anti-HIV antibody of the present invention. Combined administration includes co-administration, use of separate formulations or a single pharmaceutical formulation, and sequential administration in any order, where preferably there is a period of time during which both (or all) active agents simultaneously exhibit their biological activities. Such combination therapy may lead to a synergistic therapeutic effect. The above parameters for assessing successful treatment and improvement of the disease can be easily measured by standard procedures familiar to the physician.
Термины лечение или облегчение используют взаимозаменяемо, и они относятся как к терапевтическому лечению, так и к профилактическим или предупредительным мерам; где цель состоит в том, чтобы предотвращать или замедлять (облегчать) целевое патологическое состояние или нарушение. Нуждающиеся в лечении включают тех, кто уже имеет нарушение, а также тех, кто склонен иметь нарушение, или тех, у кого нарушение должно быть предотвращено. Индивида или млекопитающее успешно лечат от инфекции, если после получения терапевтического количества антитела согласно способам по настоящему изобретению пациент показывает поддающееся наблюдению и/или измерению снижениеThe terms treatment or alleviation are used interchangeably and refer to both therapeutic treatment and prophylactic or preventive measures; where the goal is to prevent or slow down (alleviate) the target condition or disorder. Those in need of treatment include those who already have the disorder, as well as those who are prone to having the disorder, or those whose disorder is to be prevented. An individual or mammal is successfully treated for an infection if, after receiving a therapeutic amount of an antibody according to the methods of the present invention, the patient shows an observable and/or measurable decrease in
- 18 042696 или отсутствие одного или нескольких из следующего: снижение числа инфицированных клеток или отсутствие инфицированных клеток; снижение процента инфицированных клеток среди всех клеток и/или определенная степень облегчения одного или нескольких симптомов, связанных с конкретной инфекцией; пониженная болезненность и смертность и улучшение в вопросах качества жизни. Указанные выше параметры оценки успешного лечения и улучшения заболевания легко измерять посредством стандартных процедур, знакомых врачу.- 18 042696 or the absence of one or more of the following: a decrease in the number of infected cells or the absence of infected cells; a decrease in the percentage of infected cells among all cells and / or a certain degree of relief of one or more symptoms associated with a particular infection; reduced morbidity and mortality; and improved quality of life. The above parameters for assessing the success of treatment and improvement of the disease are easily measured by standard procedures familiar to the physician.
Термин терапевтически эффективное количество относится к количеству антитела или лекарственного средства, эффективного для того, чтобы лечить заболевание или нарушение у индивида или млекопитающего.The term therapeutically effective amount refers to the amount of an antibody or drug effective to treat a disease or disorder in an individual or mammal.
Введение в комбинации с одним или несколькими дополнительными терапевтическими средствами включает одновременное (конкурентное) и последовательное введение в любом порядке.Administration in combination with one or more additional therapeutic agents includes simultaneous (competitive) and sequential administration in any order.
Носители, как используют в настоящем документе, включают фармацевтически приемлемые носители, эксципиенты или стабилизаторы, которые не токсичны для клетки или млекопитающего, подвергаемых их воздействию в используемых дозах и концентрациях. Часто физиологически приемлемый носитель представляет собой водный рН буферный раствор. Примеры физиологически приемлемых носителей включают, но ими не ограничиваясь, буферы, такие как фосфат, цитрат и другие органические кислоты; антиоксиданты, включая в качестве неограничивающих примеров аскорбиновую кислоту; низкомолекулярные (меньше чем приблизительно 10 остатков) полипептиды; белки, такие как, но ими не ограничиваясь, сывороточный альбумин, желатин или иммуноглобулины; гидрофильные полимеры, такие как, но ими не ограничиваясь, поливинилпирролидон; аминокислоты, такие как, но ими не ограничиваясь, глицин, глутамин, аспарагин, аргинин или лизин; моносахариды, дисахариды и другие углеводы, включая в качестве неограничивающих примеров глюкозу, маннозу или декстрины; хелатирующие средства, такие как, но ими не ограничиваясь, ЭДТА; сахароспирты, такие как, но не ограничиваясь этим, маннит или сорбит; солеобразующие противоионы, такие как, но ими не ограничиваясь, натрий; и/или неионные поверхностно-активные вещества, такие как, но ими не ограничиваясь, TWEEN; полиэтиленгликоль (PEG) и PLURONICS.Carriers, as used herein, include pharmaceutically acceptable carriers, excipients, or stabilizers that are not toxic to the cell or mammal when exposed to the doses and concentrations employed. Often the physiologically acceptable carrier is an aqueous pH buffer solution. Examples of physiologically acceptable carriers include, but are not limited to, buffers such as phosphate, citrate and other organic acids; antioxidants, including but not limited to ascorbic acid; low molecular weight (less than about 10 residues) polypeptides; proteins such as, but not limited to, serum albumin, gelatin, or immunoglobulins; hydrophilic polymers such as, but not limited to, polyvinylpyrrolidone; amino acids such as, but not limited to, glycine, glutamine, asparagine, arginine, or lysine; monosaccharides, disaccharides, and other carbohydrates, including, but not limited to, glucose, mannose, or dextrins; chelating agents such as, but not limited to, EDTA; sugar alcohols such as, but not limited to, mannitol or sorbitol; salt-forming counterions such as, but not limited to, sodium; and/or non-ionic surfactants such as, but not limited to, TWEEN; polyethylene glycol (PEG) and PLURONICS.
Там, где предусмотрены диапазоны значений, понятно, что изобретение охватывает каждое промежуточное значение, до десятой доли единицы нижнего предела, пока контекст явно не диктует иное, между верхним и нижним пределом этого диапазона и какое-либо другое объявленное или промежуточное значение в этом объявленном диапазоне. Также изобретение включает верхние и нижние пределы этих диапазонов, которые могут быть независимо включены в меньшие диапазоны, при условии исключения какого-либо конкретно исключенного предела в этом объявленном диапазоне. Когда объявленный диапазон включает один или оба предела, диапазоны, исключающие любой или оба этих включенных предела, также включены в изобретение.Where ranges of values are provided, it is understood that the invention covers every intermediate value, up to a tenth of one of the lower limit, unless the context clearly dictates otherwise, between the upper and lower limits of that range and any other declared or intermediate value within that declared range. . The invention also includes the upper and lower limits of these ranges, which may be independently included in smaller ranges, provided that no specifically excluded limit is included in that declared range. Where a declared range includes one or both of the limits, ranges excluding either or both of those included limits are also included in the invention.
Пока не определено иным образом, все технические и научные термины, используемые в настоящем документе, имеют то же значение, в котором их обыкновенно понимает специалист в той области, к которой относится это изобретение. Несмотря на то, что какие-либо способы и материалы, подобные или эквивалентные описанным в настоящем документе, также можно использовать на практике или при тестировании настоящего изобретения, описаны предпочтительные способы и материалы. Все публикации, указанные в настоящем документе, включены в настоящий документ в качестве ссылки в полном объеме.Unless otherwise defined, all technical and scientific terms used herein have the same meaning as they are commonly understood by a person skilled in the art to which this invention pertains. Although any methods and materials similar or equivalent to those described herein can also be used in the practice or testing of the present invention, the preferred methods and materials are described. All publications cited in this document are incorporated herein by reference in their entirety.
Как используют в настоящем документе и в приложенной формуле изобретения, формы единственного числа включают множественное число, пока контекст не диктует очевидно иное.As used herein and in the appended claims, the singular forms include the plural unless the context clearly dictates otherwise.
Публикации, описанные в настоящем документе, предоставлены только для их раскрытия перед датой подачи настоящего изобретения. Ничего в настоящем документе не должно рассматриваться как признание того, что настоящее изобретение не может датировать такую публикацию задним числом на основании более раннего изобретения. Кроме того, предоставленные даты публикации могут отличаться от фактических дат публикаций, которые могут требовать независимого подтверждения.The publications described herein are provided for disclosure only prior to the filing date of the present invention. Nothing herein is to be taken as an admission that the present invention cannot backdate such publication to an earlier invention. In addition, the publication dates provided may differ from the actual publication dates, which may require independent confirmation.
Каждая из заявок и патентов, цитированных в этом тексте, а также каждый документ или литературный источник, патентная или непатентная литература, цитируемая в каждой из заявок и патентов (в том числе во время ведения каждого выданного патента; цитируемые в заявке документы), и каждая из РСТ и иностранных заявок или патентов, соответствующих и/или запрашивающих приоритет какой-либо из этих заявок и патентов, и каждый из документов, которые цитируют или к которым отсылают в каждом из цитируемых в заявке документов, в явной форме включены в настоящий документ в качестве ссылки в полном объеме. В более общем смысле документы или литературные источники цитируют в этом тесте, или список цитируемой литературы перед формулой изобретения; или в самом тексте; и каждый из этих документов или литературных источников (цитируемых в настоящем документе литературных источников), а также каждый документ или литературный источник, цитируемый в каждом из цитируемых в настоящем документе литературных источников (включая любые описания, инструкции производителей и т.д.), настоящим в явной форме включены в настоящий документ в качестве ссылки.Each of the applications and patents cited in this text, as well as each document or literary source, patent or non-patent literature cited in each of the applications and patents (including during the maintenance of each patent granted; documents cited in the application), and each of the PCT and foreign applications or patents corresponding to and/or claiming priority for any of those applications and patents, and each of the documents cited or referred to in each of the documents cited in the application are expressly incorporated herein in as reference in its entirety. More generally, documents or literature are cited in this test, or a list of literature cited before the claims; or in the text itself; and each of those documents or literature sources (literature references cited herein), as well as each document or literary source cited in each of the literature sources cited herein (including any descriptions, manufacturer's instructions, etc.), are hereby expressly incorporated herein by reference.
Следующие неограничивающие примеры служат тому, чтобы дополнительно иллюстрировать настоящее изобретение.The following non-limiting examples serve to further illustrate the present invention.
- 19 042696- 19 042696
Пример 1.Example 1
Материалы, способы и оборудование.Materials, methods and equipment.
Образцы.Samples.
Образцы от людей собирали после подписания информированного согласия в соответствии с согласованными с Institutional Review Board (IRB) протоколами всеми участвующими учреждениями. Пациента 1 выбирали из когорты нонпрогрессоров, которую вели в Aaron Diamod AIDS Research Center, New York. Пациентов 3 и 8 выбирали из группы отборных контроллеров, которую вели в Ragon Institute в Boston. Пациентов 1, 3 и 8 отбирали, основываясь на их широкой нейтрализующей активности сыворотки против стандартной панели изолятов ВИЧ. Пациента 12 выбирали из когорты протокола G из International Aids Vaccine Initiative, основываясь на широкой нейтрализующей активности сыворотки.Human samples were collected after informed consent was signed in accordance with protocols agreed upon by the Institutional Review Board (IRB) by all participating institutions. Patient 1 was selected from a non-progressor cohort administered at the Aaron Diamod AIDS Research Center, New York. Patients 3 and 8 were selected from a selective controller group administered at the Ragon Institute in Boston. Patients 1, 3 and 8 were selected based on their broad serum neutralizing activity against a standard panel of HIV isolates. Patient 12 was selected from Protocol G cohort of the International Aids Vaccine Initiative based on broad serum neutralizing activity.
Окрашивание, сортировка отдельных клеток и клонирование антител.Staining, sorting single cells and cloning antibodies.
Осуществляли окрашивание и сортировку отдельных клеток 2СС-core и gp140 специфичных Ig+ В-клеток памяти (J.F. Scheid et al., Nature, 458, 636 (Apr 2, 2009)). В кратком изложении, CD19+ В-клетки обогащали из мононуклеарных клеток периферической крови с использованием магнитных бус MACS против CD19 человека (Miltenyi Biotec) и впоследствии окрашивали антителами против CD20 человека и против IgG человека (Becton Dickinson), а также биотинилированного 2СС-core (В. Dey et al., PLoS Pathog 5, e1000445 (May, 2009)) или тримера YU2-gp140 (R. Diskin, P.M. Marcovecchio, P.J. Bjorkman, Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 608 (May, 2010)) с последующим обнаружением с использованием связанного со стрептавидином фикоэритрина (РЕ, Beckton Dickinson). Отдельные клетки сортировали на клеточном сортере FACSAria III (Becton Dickinson), исключая клеточные дубликаты, в 96-луночные планшеты для ПЦР (Denville), содержащие 4 мкл/лунка ледяного 0,5х фосфатно-солевого буфера (PBS), содержащего 10 мМ DTT, 8 ед. RNAsin® (Promega), 0,4 ед. 5'-3' Prime RNAse Inhibidor™ (Eppendorf). Планшеты запечатывали пленкой Microseal® 'F' (BioRad), незамедлительно замораживали на сухом льду перед хранением при -80°С.Individual cells were stained and sorted with 2CC core and gp140 specific Ig+ memory B cells (J.F. Scheid et al., Nature, 458, 636 (Apr 2, 2009)). Briefly, CD19+ B cells were enriched from peripheral blood mononuclear cells using anti-human CD19 MACS magnetic beads (Miltenyi Biotec) and subsequently stained with anti-human CD20 and anti-human IgG antibodies (Becton Dickinson) and biotinylated 2CC-core (B Dey et al., PLoS Pathog 5, e1000445 (May, 2009)) or YU2-gp140 trimer (R. Diskin, P. M. Marcovecchio, P. J. Bjorkman, Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 608 (May, 2010)) followed by detection using streptavidin-related phycoerythrin (PE, Beckton Dickinson). Individual cells were sorted on a FACSAria III cell sorter (Becton Dickinson), excluding cell duplicates, into 96-well PCR plates (Denville) containing 4 μl/well of ice-cold 0.5x phosphate-buffered saline (PBS) containing 10 mM DTT, 8 units RNAsin® (Promega), 0.4 units 5'-3' Prime RNAse Inhibitor™ (Eppendorf). The plates were sealed with Microseal® 'F' (BioRad) film, immediately frozen on dry ice prior to storage at -80°C.
Осуществляли синтез кДНК и амплификацию Ig (H. Wardemann et al., Science, 301, 1374 (Sep 5, 2003)) со следующими модификациями.cDNA synthesis and Ig amplification was performed (H. Wardemann et al., Science, 301, 1374 (Sep 5, 2003)) with the following modifications.
Вместо использования исходных наборов праймеров, первую и вторую иммуноглобулинспецифичные ПЦР осуществляли с использованием праймеров, описанных в табл. 1, в полугнездовом подходе. Осуществляли клонирование продуктов ПЦР тяжелой и легкой цепей в соответствующие им векторы экспрессии и 100% идентичность клонированных экспрессионных плазмид с исходным продуктом ПЦР подтверждали посредством секвенирования до экспрессии антител в клетках HEK 293.Instead of using the original primer sets, the first and second immunoglobulin-specific PCR was performed using the primers described in table. 1, in a semi-nested approach. The heavy and light chain PCR products were cloned into their respective expression vectors, and 100% identity of the cloned expression plasmids with the original PCR product was confirmed by sequencing prior to antibody expression in HEK 293 cells.
ELISA.ELISA.
96-луночные планшеты для ELISA с высоким связыванием (Costar) покрывали в течение ночи 100 нг/лунка очищенных антигенов (gp140, gp120, gp41, gp120core и 2СС-core) (В. Dey et al., PLoS Pathog 5, el000445 (May, 2009)) и мутантных белков (gp120 D368R, gp120 I420R) в PBS. После промывания планшеты блокировали 2 ч с использованием 2% BSA, 1 мкМ ЭДТА, 0,05% Tween-PBS (блокирующий буфер) и затем инкубировали 2 ч с антителами IgG, разведенными 4 мкг/мл и несколько последующих разведений 1:4 в PBS. После промывания планшеты проявляли посредством инкубации в течение 1 ч с антителами козы, конъюгированными с пероксидазой хрена, против IgG мыши (Jackson ImmunoReseach) (0,8 мкг/мл в блокирующем буфере) и посредством добавления 100 мкл хромогенного субстрата пероксидазы хрена (раствор ABTS, Invitrogen). Оптические плотности измеряли на 405 нм (OD405 nm) с использованием считывателя микропланшетов для ELISA (Molecular Devices). Вычитали фоновые значения, полученные посредством инкубации только PBS в покрытых лунках. Антитела IgG тестировали на полиреактивность (Н. Mouquet et al., Nature, 467, 591 (Sep 30, 2010)), и их считали полиреактивныим, когда они распознавали по меньшей мере два структурно различных антигена из четырех тестируемых; оцДНК, дцДНК, инсулин и LPS. Пороговые значения для реактивности определяли посредством использования контрольных антител mGO53 (отрицательные), eiJB40 (слабо положительные) и ED38 (сильно положительные).96-well high binding ELISA plates (Costar) were coated overnight with 100 ng/well of purified antigens (gp140, gp120, gp41, gp120 core and 2CC-core) (B. Dey et al., PLoS Pathog 5, el000445 ( May, 2009)) and mutant proteins (gp120 D368R, gp120 I420R) in PBS. After washing, the plates were blocked for 2 hours with 2% BSA, 1 μM EDTA, 0.05% Tween-PBS (blocking buffer) and then incubated for 2 hours with IgG antibodies diluted 4 μg/ml and several subsequent 1:4 dilutions in PBS . After washing, the plates were developed by incubation for 1 hour with horseradish peroxidase-conjugated goat anti-mouse IgG (Jackson ImmunoReseach) (0.8 μg/ml in blocking buffer) and by adding 100 μl of horseradish peroxidase chromogenic substrate (ABTS solution, Invitrogen). Optical densities were measured at 405 nm (OD405 nm ) using an ELISA microplate reader (Molecular Devices). Subtracted background values obtained by incubation only with PBS in coated wells. IgG antibodies were tested for polyreactivity (H. Mouquet et al., Nature, 467, 591 (Sep 30, 2010)), and were considered polyreactive when they recognized at least two structurally different antigens out of four tested; ssDNA, dsDNA, insulin and LPS. Reactivity thresholds were determined using control antibodies mGO53 (negative), eiJB40 (weak positive) and ED38 (strong positive).
Анализ нейтрализации: осуществляли скрининг нейтрализации (D.C. Montefiori, Curr Protoc. Immunol. Chapter 12, Unit 12 11 (Jan, 2005)). Вкратце, нейтрализацию обнаруживали как снижение экспрессии репортерного гена люциферазы после одного раунда инфекции в клетках Tzm-bl. Для того чтобы исключать неспецифическую противовирусную активность в образцах антител, MuLV (вирус лейкемии мышей) использовали в качестве отрицательного контроля.Neutralization assay: A neutralization screen was performed (D.C. Montefiori, Curr Protoc. Immunol. Chapter 12, Unit 12 11 (Jan, 2005)). Briefly, neutralization was detected as a decrease in luciferase reporter gene expression after one round of infection in Tzm-bl cells. In order to rule out non-specific antiviral activity in antibody samples, MuLV (mouse leukemia virus) was used as a negative control.
Клоноспецифическая идентификация плазматических клеток костного мозга.Clone-specific identification of bone marrow plasma cells.
Плазматические клетки костного мозга окрашивали антителами против CD138 и против CD19 человека (Becton Dickinson) после очистки фиколлом мононуклеарных клеток из аспиратов костного мозга с использованием Ficoll-Paque (GE Healthcare). Осуществляли массовую сортировку CD138+ CD19+ плазматических клеток человека на клеточном сортере FACSAriaIII (Becton Dickinson) и выполняли выделение РНК на 100000 клеток с использованием реактива Trizol LS (Invitrogen) согласно инструкциям производителей. Осуществляли обратную транскрипцию РНК с использованием обратной транскриптазы Superscript III (Invitrogen) в соответствии с инструкциями производителей. Затем кДНК подвергалиBone marrow plasma cells were stained with anti-human CD138 and anti-CD19 antibodies (Becton Dickinson) after Ficoll purification of mononuclear cells from bone marrow aspirates using Ficoll-Paque (GE Healthcare). Mass sorting of CD138+ CD19+ human plasma cells was carried out on a FACSAriaIII cell sorter (Becton Dickinson) and RNA isolation was performed per 100,000 cells using Trizol LS reagent (Invitrogen) according to the manufacturer's instructions. The RNA was reverse transcribed using Superscript III reverse transcriptase (Invitrogen) according to the manufacturer's instructions. The cDNA was then subjected to
- 20 042696 иммуноглобулинспецифичной ПЦР со следующими модификациями: 1 мкл кДНК амплифицировали в 2 раундах гнездовой клоноспецифической ПЦР тяжелой цепи иммуноглобулина с использованием первого раунда прямого лидерного праймера и обратного праймера константной области, представленных в табл. 1, с последующими клоноспецифическими прямым и обратным праймерами, разработанными на основе результатов секвенирования из анализа отдельных клеток. Продукты ПЦР очищали в геле и клонировали в векторы ТОРО ТА (Invitrogen) согласно инструкциям производителей. Осуществляли скрининг колоний посредством ПЦР с клоноспецифическими праймерами и секвенировали.- 20 042696 immunoglobulin-specific PCR with the following modifications: 1 μl of cDNA was amplified in 2 rounds of nested clone-specific immunoglobulin heavy chain PCR using the first round of the forward leader primer and reverse constant region primer presented in table. 1 followed by clone-specific forward and reverse primers designed based on sequencing results from single cell analysis. PCR products were gel purified and cloned into TOPO TA vectors (Invitrogen) according to the manufacturer's instructions. Colonies were screened by PCR with clone-specific primers and sequenced.
Поверхностный плазмонный резонанс.Surface plasmon resonance.
Все эксперименты осуществляли с использованием Biacore T100 (Biacore, Inc) в подвижном буфере HBS-EP+ (Biacore, Inc) при 25°С, как описано ранее (Mouquet 2010). Белки YU-2 gp140 и 2СС-core в концентрации 12,5 мкг/мл иммобилизовали на чипах СМ5 (Biacore, Inc.) посредством связывания аминов при рН 4,5, что вело к уровню иммобилизации 100 RU. Для кинетических измерений на gp140- и 2СС-core-дериватизированных чипах IgG впрыскивали через проточные кюветы при 700 нМ и 4 последовательных разведениях 1:2 в подвижном буфере HBS-EP+ (Biacore, Inc.) при скоростях потока 40 мкл/мин с 3 мин ассоциации и 5 мин диссоциации. Поверхность датчика регенерировали между каждым экспериментом с использованием 30-секундного впрыска 10 мМ глицин-HCl рН 2,5 со скоростью потока 50 мкл/мин. Скорость диссоциации (kd (c-1)), скорость ассоциации (ka (М-1 с-1) и константы связывания (KD (M) или KA (M-1) вычисляли после вычитания фоновых сигналов (связывание с контрольными проточными кюветами и сигнал подвижного буфера HBS-EP+) с использованием программного обеспечения Biacore T100 Evaluation с использованием кинетического анализа и модели связывания 1:1. Сенсограммы, представленные на фиг. 2 и 8, получены из обработки данных Biacore с использованием программного обеспечения Scrubber 2 (Center for Biomolecular Interaction Analysis, University of Utah).All experiments were performed using Biacore T100 (Biacore, Inc) in HBS-EP+ running buffer (Biacore, Inc) at 25°C as previously described (Mouquet 2010). YU-2 gp140 and 2CC-core proteins at a concentration of 12.5 μg/ml were immobilized on CM5 chips (Biacore, Inc.) by amine binding at pH 4.5, leading to an immobilization level of 100 RU. For kinetic measurements on gp140- and 2CC-core-derivatized chips, IgG was injected through flow cells at 700 nM and 4 serial 1:2 dilutions in HBS-EP+ running buffer (Biacore, Inc.) at flow rates of 40 μl/min for 3 min. association and 5 min dissociation. The sensor surface was regenerated between each experiment using a 30 second injection of 10 mM glycine-HCl pH 2.5 at a flow rate of 50 μl/min. Dissociation rate (kd (c -1 )), association rate (ka (M -1 s -1 ) and binding constants (KD (M) or KA (M -1 ) were calculated after subtracting background signals (binding to control flow cells and HBS-EP+ running buffer signal) using Biacore T100 Evaluation software using kinetic analysis and a 1:1 binding model. Interaction Analysis, University of Utah).
Индукция сайта CD4i.CD4i site induction.
293Т трансфицировали gp160BAL.26Ac или gp160YU.2Ac в конструкции рМХ-IRES-GFP (Pietzsch et al. 2010) с использованием Fugene™6 (Roche) при соотношении плазмида:Fugene 1:2. После 48 ч клетки 293T промывали в PBS и открепляли с использованием буфера для диссоциации клеток, не содержащего трипсин, (Gibco) и ресуспендировали в концентрации 107 кл/мл в буфере FACS (1 х PBS, 2% FBS, 2 мМ ЭДТА). sCD4 (Progenies Pharmaceuticals, Inc.) и добавляли мАТ в экспрессирующие gp160 клетки 293Т в серии разведений 1:4, начиная с конечной концентрации 40 мкг/мл. mGO представляет собой отрицательное контрольное антитело, которое не связывается с gp160Δс (Н. Mouquet et al., Nature, 467, 591 (Sep 30, 2010)). После инкубации в течение 15 мин на льду клетки делили и окрашивали в течение 25 мин на льду с использованием меченных Alexa647 CD4-индуцированных мАТ (3-67; (J.F. Scheid et al., Nature, 458, 636 (Apr 2, 2009)) или меченных Alexa647 контрольных мАТ (т.е. PG16; L.M. Walker et al., Science, 326, 285 (Oct 9, 2009)) или 2G12 для gp160YU.2 и 2G12 для gp160BAL.26). Мечение антител осуществляли посредством использования Alexa Fluor® 647 Microscale Protein Labeling Kit (Invitrogen). Клетки анализировали на клеточном анализаторе LSRFortessa (BD Bioscience).293T was transfected with gp160 BAL . 26 Ac or gp160 YU.2 Ac in a pMX-IRES-GFP construct (Pietzsch et al. 2010) using Fugene™6 (Roche) at a plasmid:Fugene ratio of 1:2. After 48 hours, 293T cells were washed in PBS and detached using trypsin-free cell dissociation buffer (Gibco) and resuspended at 10 7 cells/ml in FACS buffer (1 x PBS, 2% FBS, 2 mM EDTA). sCD4 (Progenies Pharmaceuticals, Inc.) and mAb was added to gp160-expressing 293T cells in a 1:4 dilution series starting at a final concentration of 40 μg/mL. mGO is a negative control antibody that does not bind to gp160Δc (H. Mouquet et al., Nature, 467, 591 (Sep 30, 2010)). After a 15 min incubation on ice, cells were divided and stained for 25 min on ice with Alexa647 labeled CD4-induced mAbs (3-67; (JF Scheid et al., Nature, 458, 636 (Apr 2, 2009)) or Alexa647 labeled control mAbs (i.e. PG16; LM Walker et al., Science, 326, 285 (Oct 9, 2009)) or 2G12 for gp160 YU.2 and 2G12 for gp160 BAL.26 ). Antibody labeling was performed using an Alexa Fluor® 647 Microscale Protein Labeling Kit (Invitrogen). Cells were analyzed on a LSRFortessa cell analyzer (BD Bioscience).
Кристаллизация.Crystallization.
IgG 3BNC60 экспрессировали посредством временной экспрессии в клетках HEK293-6E, а фрагмент Fab получали посредством расщепления папаином (R. Diskin, P.M. Marcovecchio, P.J. Bjorkman, Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 608 (May, 2010). Скрининг кристаллизации проводили при 20°С посредством паровой диффузии в нанолитровых сидячих каплях с использованием робота для кристаллизации Mosquito™ (TTP LabTech) на планшетах для кристаллизации MRC (Jena Bioscience). Комбинировали Fab 3BNC60 в концентрации 9,5 мг/мл с резервуарным раствором в соотношении 1:1 для того, чтобы создавать 400 нл капли. Начальные кристаллизационные хиты получали с использованием PEGRx HT™ (Hampton Research) кристаллизационного сита и дополнительно оптимизировали вручную. Кристаллы, подходящие для сбора данных, росли после нескольких недель в 11,7% полиэтиленгликоле 20000, 0,1 М ацетате натрия рН 5,0, 100 мМ тартрате калия/натрия, 20 мМ сульфате лития, 10 мМ N-циклогексил-2аминоэтансульфоновой кислоте (CHES) рН 9,5 в моноклинической группе симметрии P21 с двумя Fab в асимметричном элементе. Кристаллы вымачивали в резервуарном растворе с добавлением 15% глицерина в течение 2 ч перед погружением в резервуарный раствор с добавлением 30% глицерина и мгновенного охлаждения в жидком азоте. Дифракционные данные собирали в канале синхротронного излучения 12-2 Stanford Synchrotron Radiation Lightsource (SSRL) при 100 К с использованием детектора Pilatus 6M. Данные индексировали, интегрировали и масштабировали с использованием XDS W. Kabsch, Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66, 125 (Feb, 2010) (табл. 8). Молекулярное замещение проводили с использованием Phaser с доменами VH и CH1 из противоопухолевого антитела СТМ01 (код PDB 1AD9) и с доменами VL и CL антитела против gp120 b13 (код PDB 3IDX) в качестве поисковых моделей. Построение и уточнение моделей до разрешения 2,65 А выполняли итеративно с использованием Phenix P. Emsley, В. Lohkamp, W.G. Scott, K. Cowtan, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 66, 486 (Apr, 2010) и Coot (P. Emsley, B. Lohkamp, W.G. Scott, K. Cowtan, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 66, 486 (Apr, 2010)). Структуру уточняли с использованием целевой функции максимального правдоподобия и некристаллографических ограничений симметрии. Конечная модель (Rwork=20,7%; Rfree=25,7%) содержит 6478 атомовIgG 3BNC60 was expressed by transient expression in HEK293-6E cells and a Fab fragment was obtained by papain digestion (R. Diskin, P.M. Marcovecchio, PJ Bjorkman, Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 608 (May, 2010). Crystallization screening was performed at 20°C by vapor diffusion in nanoliter sessile drops using a Mosquito™ crystallization robot (TTP LabTech) on MRC crystallization plates (Jena Bioscience) Fab 3BNC60 at 9.5mg/mL was combined with reservoir solution at a ratio of 1: 1 to create 400 nl drops Initial crystallization hits were obtained using a PEGRx HT™ (Hampton Research) crystallization sieve and further optimized by hand Crystals suitable for data collection grew after several weeks in 11.7% polyethylene glycol 20000.0 .1 M sodium acetate pH 5.0, 100 mM potassium/sodium tartrate, 20 mM lithium sulfate, 10 mM N-cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid (CHES) pH 9.5 in monoclinic symmetry group P2 1 with two Fab in the asymmetric element. The crystals were soaked in a 15% glycerol reservoir solution for 2 hours before being immersed in a 30% glycerol reservoir solution and flash-cooled in liquid nitrogen. Diffraction data were collected in a 12-2 Stanford Synchrotron Radiation Lightsource (SSRL) channel at 100 K using a Pilatus 6M detector. Data were indexed, integrated and scaled using XDS W. Kabsch, Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66, 125 (Feb, 2010) (Table 8). Molecular displacement was performed using a Phaser with the V H and CH 1 domains from the antitumor antibody CTM01 (PDB code 1AD9) and with the VL and CL domains of the anti-gp120 b13 antibody (PDB code 3IDX) as search models. The construction and refinement of models to a resolution of 2.65 A was performed iteratively using Phenix P. Emsley, B. Lohkamp, WG Scott, K. Cowtan, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 66, 486 (Apr, 2010) and Coot (P. Emsley, B. Lohkamp, W.G. Scott, K. Cowtan, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 66, 486 (Apr, 2010)). The structure was refined using the maximum likelihood objective function and non-crystallographic symmetry constraints. The final model (R work =20.7%; R free =25.7%) contains 6478 atoms
- 21 042696 белка, 146 молекул воды и 28 атомов сахаров (табл. 8). 91,9, 7,6 и 0,5% остатков находились в благоприятных, допустимых и недопустимых областях карты Рамачандрана соответственно. Структурный анализ и визуализацию выполняли с использованием PyMol (The PyMOL Molecular Graphics System, версия 1.3, Schrodinger, LLC). Структура 3BNC60 состоит из остатков 3-205 для легкой цепи (включая первый Nацетилглюкозамин в N-связанном углеводе, прикрепленном к Asn72) и 2-217 для тяжелой цепи. Порядок остатков на концевых остатках и остатков 133-140 в домене CH1 был нарушен.- 21 042696 proteins, 146 water molecules and 28 sugar atoms (Table 8). 91.9%, 7.6%, and 0.5% of the residues were in the favorable, acceptable, and unacceptable areas of the Ramachandran map, respectively. Structural analysis and visualization were performed using PyMol (The PyMOL Molecular Graphics System, version 1.3, Schrodinger, LLC). The structure of 3BNC60 consists of residues 3-205 for the light chain (including the first N-acetylglucosamine in the N-linked carbohydrate attached to Asn72) and 2-217 for the heavy chain. The order of residues at terminal residues and residues 133-140 in the CH1 domain was broken.
Масс-спектрометрия.Mass spectrometry.
IgG очищали от сыворотки с использованием ProteinG Sepharose (GE Healthcare) согласно инструкциям производителей. Затем IgG расщепляли иммобилизованным папаином (Pierce) и расщепленные смеси фрагментов Fab-Fc инкубировали с насыщающими количествами биотинилированного белка 2CC-core. Стрептавидин, связанный с Dynabeads (Invitrogen), добавляли после инкубации в течение 15 мин при комнатной температуре и подвергали 10 раундам промывания в фосфатно-солевом буфере (Gibco). Связанные Fab фрагменты элюировали литий-додецил-сульфатным буфером (Invitrogen) при 95°С и чистоту образца подтверждали SDS-электрофорезом в полиакриламидном геле с последующим окрашиванием серебром или окрашиванием кумасси перед анализом посредством масс-спектрометрии.IgG was purified from serum using ProteinG Sepharose (GE Healthcare) according to the manufacturer's instructions. IgG was then digested with immobilized papain (Pierce) and digested mixtures of Fab-Fc fragments were incubated with saturating amounts of biotinylated 2CC-core protein. Streptavidin bound to Dynabeads (Invitrogen) was added after a 15 min incubation at room temperature and subjected to 10 rounds of PBS (Gibco) washes. Bound Fab fragments were eluted with lithium dodecyl sulfate buffer (Invitrogen) at 95° C. and sample purity was confirmed by SDS polyacrylamide gel electrophoresis followed by silver staining or Coomassie staining prior to analysis by mass spectrometry.
Выделенные Fab фрагменты восстанавливали дитиотреитолом, алкилировали с использованием йодоацетамида, разрешали посредством одномерного электрофореза в геле на 4-12% геле NuPAGE Novex Bis-Tris (Invitrogen) и окрашивали кумаси синим (Thermo Fisher). Фрагменты Fab вырезали из геля и расщепляли с использованием 200 нг трипсина (Promega). Получаемые пептиды выделяли с использованием смолы для обращенной фазы (PORS 20 R2, Applied Biosystem) и элюировали с использованием аликвоты 40% ацетонитрила в 0,5% уксусной кислоте и второй аликвоты 80% ацетонитрила в 0,5% уксусной кислоте. Ацетонитрил удаляли с использованием SpeedVac (Thermo Fisher Scientific) и аликвоты остающегося раствора загружали под давлением на самоуплотняющуюся колонку PicoFrit® (New Objective, Woburn, MA) со встроенной головкой испускателя (360 мкм O.D., 50 мкм I.D., 10 мкм головка), набитую 6 см материала С18 для обращенной фазы (ReproSil-Pur C18-AQ, 3 мкм гранулы из Dr. Maisch GmbH) и сопрягали с ВЭЖХ системой Agilent серии 1200 (Agilent) или с масс-спектрометром LTQ Orbitrap™ XL или масс-спектрометром LTQ Orbitrap Velos™ (Thermo Fisher Scientific) с использованием самодельного источника микроэлектрораспыления. Пептиды элюировали в масс-спектрометр со следующим градиентом: от 0 до 5% В за 5 мин, 40% В за 125 мин, 60% В за 150 мин, 100% В за 165 мин (А = 0,1 М уксусная кислота, В = 70% ацетонитрил в 0,1 М уксусной кислоте, скорость потока 90 нл/мин). Оба прибора работали в зависимом от данных режиме и для обоих масс-спектрометров задавали целевое значение 5е5 ионов и разрешение 60000 (при 400 m/z). Для анализа на LTQ Orbitrap™ XL за полным сканированием следовало 8 MS/MS сканирований для 8 наиболее распространенных ионов из этого полного сканирования. Пептиды (только зарядовые состояния >1) выделяли с окном 2 Да, целевым окном 1е4 ионов, диссоциировавших через CAD (нормализованная энергия столкновения = 35, Q активации = 0,25, время активации = 30 мс) и массу анализировали в LTQ. Для анализа на LTQ Orbitrap™ Velos за полным сканированием следовали 10 MS/MS сканирования на разрешении 7500 для 10 наиболее распространенных ионов из непосредственно предшествующего полного сканирования. Пептиды (только зарядовое состояние >2) выделяли с окном 3 Да, целевым окном ионов 2е5, диссоциировавших через HCD (нормализованная энергия столкновения = 40, время активации = 0,100 мс) и массу анализировали в Orbitrap. Для любого прибора ионы, выбранные для MS/MS, ставили в список исключений на 30 с. Проводили поиск получаемых MS/MS спектров в базе данных Human IPI и служебной базе данных специфических IgG пациентов с использованием Xtandem!, пептиды автоматически сравнивали с триптическими пептидами в базе данных Human IPI и служебной пациентоспецифической базе данных. Совпадения пептидов, соответствующие специфическим IgG пациентов, подтверждали вручную.Isolated Fab fragments were reduced with dithiothreitol, alkylated with iodoacetamide, resolved by 1D gel electrophoresis on a 4-12% NuPAGE Novex Bis-Tris gel (Invitrogen) and stained with Coomassie blue (Thermo Fisher). Fab fragments were excised from the gel and digested with 200 ng trypsin (Promega). The resulting peptides were isolated using a reverse phase resin (PORS 20 R2, Applied Biosystem) and eluted using an aliquot of 40% acetonitrile in 0.5% acetic acid and a second aliquot of 80% acetonitrile in 0.5% acetic acid. Acetonitrile was removed using a SpeedVac (Thermo Fisher Scientific) and aliquots of the remaining solution were loaded under pressure onto a self-sealing PicoFrit® column (New Objective, Woburn, MA) with an inline emitter head (360 µm O.D., 50 µm I.D., 10 µm head) packed with 6 see reverse phase C18 material (ReproSil-Pur C18-AQ, 3 µm beads from Dr. Maisch GmbH) and mated to an Agilent 1200 Series HPLC system (Agilent) or an LTQ Orbitrap™ XL mass spectrometer or LTQ Orbitrap Velos mass spectrometer ™ (Thermo Fisher Scientific) using a homemade microelectrospray source. The peptides were eluted into the mass spectrometer with the following gradient: 0 to 5% B over 5 min, 40% B over 125 min, 60% B over 150 min, 100% B over 165 min (A = 0.1 M acetic acid, B = 70% acetonitrile in 0.1 M acetic acid, flow rate 90 Nl/min). Both instruments were operated in data dependent mode and both mass spectrometers were set to a target value of 5e5 ions and a resolution of 60,000 (at 400 m/z). For LTQ Orbitrap™ XL analysis, a full scan was followed by 8 MS/MS scans for the 8 most common ions from that full scan. Peptides (only charge states >1) were isolated with a window of 2 Da, target window of 1e4 of ions dissociated through CAD (normalized collision energy = 35, Q activation = 0.25, activation time = 30 ms) and mass analyzed in LTQ. For LTQ Orbitrap™ Velos analysis, a full scan was followed by 10 MS/MS scans at 7500 resolution for the 10 most common ions from the immediately preceding full scan. Peptides (only charge state >2) were isolated with a 3 Da window, target window of 2e5 ions dissociated through HCD (normalized collision energy = 40, activation time = 0.100 ms) and mass analyzed in Orbitrap. For any instrument, ions selected for MS/MS were put on the exclusion list for 30 s. The obtained MS/MS spectra were searched in the Human IPI database and the patient specific IgG database using Xtandem!, the peptides were automatically compared with tryptic peptides in the Human IPI database and the patient specific database. Peptide matches corresponding to specific patient IgGs were manually verified.
Множественное выравнивание последовательностей.Multiple sequence alignment.
Все множественные выравнивания последовательностей проводили с использованием CLUSTALW2 с параметрами по умолчанию (весовая матрица: GONNET для белков и UIB для ДНК, открытие пропуска = 10, продолжение пропуска = 0,1). Расцвеченные выравнивания создавали с использованием пакета TeXshade.All multiple sequence alignments were performed using CLUSTALW2 with default parameters (weight matrix: GONNET for proteins and UIB for DNA, gap opening = 10, gap extension = 0.1). Shaded alignments were created using the TeXshade package.
Консенсус выравнивания.alignment consensus.
Консенсусные последовательности для множества последовательностей создавали, основываясь на идентичности и сходстве между остатками (>=70%). Аминокислоты группировали по сходству следующим образом: FYW, ILVM, RK, DE, GA, ST и NQ.Consensus sequences for multiple sequences were generated based on identity and similarity between residues (>=70%). Amino acids were grouped by similarity as follows: FYW, ILVM, RK, DE, GA, ST, and NQ.
Филогенетические зародышевые деревья.Phylogenetic germ trees.
Родство между последовательностями создавали с использованием способа ближайшего связывания. Консенсусное дерево способом бутстрэпа, которое получали из 1000 реплик, брали для того, чтобы представить родство. Сворачивали ветви, соответствующие разбиениям, воспроизведенным меньше чем в 50% реплик бутстрэпа. Процентная доля реплицированных деревьев, в которых связанные последовательности, кластеризовались вместе в бустрэп-тесте (1000 реплик), показана после ветвей. Деревья изображают в масштабе, при этом длина ветвей в тех же единицах, что и эволюционные расстояния, исполь- 22 042696 зуемые для построения филогенетического дерева. Эволюционные расстояния вычисляли с использованием способа числа различий, и они приведены в единицах числа различий аминокислот на одну последовательность. Все неопределенные положения удаляли для каждой пары последовательностей. Эволюционный анализ проводили в MEGA5.The relationship between the sequences was created using the method of closest linking. A bootstrap consensus tree, which was obtained from 1000 replicas, was taken to represent kinship. Branches were collapsed corresponding to splits reproduced in less than 50% of the bootstrap replicas. The percentage of replicated trees where related sequences clustered together in the bootstrap test (1000 replicas) is shown after the branches. Trees are drawn to scale, with branch lengths in the same units as the evolutionary distances used to build the phylogenetic tree. Evolutionary distances were calculated using the difference number method and are given in units of the number of amino acid differences per sequence. All indeterminate positions were removed for each pair of sequences. Evolutionary analysis was performed in MEGA5.
Вычисление отношения R/S.R/S ratio calculation.
Последовательности ДНК накладывали на выравнивания белков для вычисления отношения замещения/замены. Все положения пропусков удаляли из анализа. Анализ отношения R/S проводили с использованием скриптов на Perl.The DNA sequences were superimposed on protein alignments to calculate the substitution/substitution ratio. All gap positions were removed from the analysis. The R/S ratio was analyzed using Perl scripts.
Пример 2.Example 2
Выделение антител против ВИЧ.Isolation of antibodies against HIV.
Для того чтобы определить, ограничено ли клонирование антитела против ВИЧ по причине соматических мутаций, разрабатывали новую серию праймеров для того, чтобы избегать этой потенциальной проблемы (табл. 1). Новый набор праймеров тестировали посредством сортировки В-клеток, которые связываются с коровым белком ВИЧ gp120, у которого отсутствуют петли V1-3 и который содержит пару стабилизирующих дисульфидных связей (2СС-core). В отличие от затравки с измененной поверхностью, используемой для клонирования VRC01, затравка 2СС-core также делает возможным захват антител на CD4-индуцированном сайте связывания корецептора (CD4i).In order to determine if cloning of anti-HIV antibodies is limited due to somatic mutations, a new set of primers was designed to avoid this potential problem (Table 1). The new primer set was tested by sorting B cells that bind to the HIV core protein gp120, which lacks V1-3 loops and contains a pair of stabilizing disulfide bonds (2CC-core). Unlike the resurfaced primer used to clone VRC01, the 2CC-core primer also allows antibody capture at the CD4-induced co-receptor binding site (CD4i).
При непосредственном сравнении новый набор праймеров повышал выход цепей IgH по сравнению с начальным набором праймеров (фиг. 4A). Антитела, полученные с использованием нового набора праймеров, содержали больше мутаций (среднее 35,6 против 19,8, р=<0,0001 и максимум 85 против 50 для IgH) и содержали клоны, которые не были найдены с использованием исходного набора праймеров (фиг. 4A). Для того чтобы определить, спасают ли новые праймеры VRC01-подобные антитела от клеток, которые сортировали с использованием YU2 gp140, проверяли замороженные образцы кДНК от того индивидуума, которого уже тщательно проверяли с использованием исходного набора праймеров без продуцирования каких-либо связанных с VRC01 клонов. В 80 лунках находили три антитела, соответствующие вариантам VRC01, определенную посредством последовательностей IgH и IgL (фиг. 5А и 5В). Пришли к заключению, что VRC01-подобные антитела захватывал тример gp140, а также что праймеры, которые специально разрабатывали для клонирования антител с высоким уровнем мутаций, захватывали относительно большую фракцию антител против ВИЧ из В-клеток памяти пациентов с высокими титрами нейтрализующих антител широкого спектра.In a head-to-head comparison, the new primer set increased the yield of IgH strands compared to the initial primer set (FIG. 4A). Antibodies generated using the new primer set contained more mutations (mean 35.6 vs 19.8, p=<0.0001 and maximum 85 vs 50 for IgH) and contained clones that were not found using the original primer set ( Fig. 4A). To determine if the new primers rescued VRC01-like antibodies from cells that were sorted using YU2 gp140, frozen cDNA samples were tested from an individual who had already been carefully screened using the original primer set without producing any VRC01-associated clones. Three antibodies were found in 80 wells corresponding to the VRC01 variants defined by the IgH and IgL sequences (FIGS. 5A and 5B). It was concluded that VRC01-like antibodies captured the gp140 trimer, and that primers that were specifically designed to clone highly mutated antibodies captured a relatively large fraction of anti-HIV antibodies from memory B cells of patients with high titers of broad-spectrum neutralizing antibodies.
Четырех неродственных ВИЧ-инфицированных индивидуумов, включая 2 европейских, 1 испанского и 1 африканского донора, показывающих высокие титры нейтрализующих антител широкого спектра, проверяли с использованием затравки 2СС-core, включая 2 индивидуумов, предварительно клонированные антитела которых не могли объяснять их серологическую активность (табл. 2 и фиг. 6А и 6В). 576 антител, представляющих 201 различный уникальный и разнородный клон, получали из начальной популяции 1,5x105 IgG+ B-клеток памяти (табл. 3).Four unrelated HIV-infected individuals, including 2 European, 1 Spanish and 1 African donors, showing high titers of broad-spectrum neutralizing antibodies were tested using 2CC-core primer, including 2 individuals whose pre-cloned antibodies could not explain their serological activity (Table .2 and figures 6A and 6B). 576 antibodies representing 201 different unique and heterogeneous clones were generated from an initial population of 1.5x105 IgG + B memory cells (Table 3).
Пример 3.Example 3
Специфичность связывания антител против ВИЧ.Anti-HIV antibody binding specificity.
Размер клонов антител, захваченных посредством затравки 2СС-core, различался широко в диапазоне 2-76 разнородных членов (табл. 3). Для того чтобы определить, связывались ли с шипом ВИЧ антитела, захваченные посредством 2СС-core, осуществляли ELISA с использованием YU2 gp120 на репрезентативных членах каждого размноженного клона. Все тестируемые антитела связывались с gp120 (табл. 3).The size of the antibody clones captured by the 2CC-core primed varied widely in the range of 2-76 heterogeneous members (Table 3). To determine if antibodies captured by the 2CC-core bound to the HIV spike, an ELISA was performed using YU2 gp120 on representative members of each propagated clone. All tested antibodies bound to gp120 (Table 3).
Сайт связывания антител на шипе ВИЧ картировали с использованием мутантных белков, которые затрагивают или CD4bs (gp120 (D368R)), или CD4-индуцированный сайт связывания корецептора (CD4i, gp120 (I420R)). Как сообщалось, X. Wu et al., Science, 329, 856 (Aug 13, 2010), VRC01 классифицировали как антитело против CD4bs, поскольку оно чувствительно к мутации D368R, но по причине близости сайта CD4i оно также показывает некоторую чувствительность к мутации I420R. NIH45-46, который представляет собой вариант VRC01, и антитела 3BNC60, 8ANC131 и 12А12, показывающие паттерны ELISA, которые схожи с VRC01 (эти клональные члены отбирали, основываясь на нейтрализующей активности, табл. 3). Другие клоны, включая 1В2530 и 8ANC195, в равной мере чувствительны к обеим мутациям, и их нельзя точно классифицировать на основе только ELISA.The antibody binding site on the HIV spike was mapped using mutant proteins that affect either CD4bs (gp120 (D368R)) or the CD4-induced co-receptor binding site (CD4i, gp120 (I420R)). As reported by X. Wu et al., Science, 329, 856 (Aug 13, 2010), VRC01 was classified as an anti-CD4bs antibody because it is sensitive to the D368R mutation, but because of the proximity of the CD4i site, it also shows some sensitivity to the I420R mutation . NIH45-46 which is a variant of VRC01 and antibodies 3BNC60, 8ANC131 and 12A12 showing ELISA patterns that are similar to VRC01 (these clonal members were selected based on neutralizing activity, Table 3). Other clones, including 1B2530 and 8ANC195, are equally susceptible to both mutations and cannot be accurately classified based on ELISA alone.
Для того чтобы определить, являются ли антитела полиреактивными, осуществляли ELISA на очищенной оцДНК, дцДНК, инсулине и LPS. 63% тестированных антител против 2СС-core были полиреактивными. Пришли к заключению, что большинство антител, захваченных посредством 2СС-затравки, распознают или CD4bs, или сайт CD4i на gp120 и многие также являются полиреактивными.To determine if the antibodies are polyreactive, ELISA was performed on purified ssDNA, dsDNA, insulin and LPS. 63% of the tested antibodies against 2CC-core were polyreactive. It has been concluded that most of the antibodies captured by 2CC primer recognize either CD4bs or the CD4i site on gp120 and many are also polyreactive.
Пример 4.Example 4
Соматическая гипермутация.Somatic hypermutation.
Соматическая гипермутация необходима для развития высокой аффинности связывания антигена, и в некоторых случаях она вносит вклад в полиреактивность антител против ВИЧ. Для того чтобы тестировать, если это имеет место, специфические антитела против 2СС-core с высоким уровнем мутаций, четыре репрезентативных антитела реверсировали в соответствующую зародышевую линию. Реверсиро- 23 042696 вание вело к полной потере связывания антигена в ELISA для всех четырех протестированных клонов и к потере полиреактивности.Somatic hypermutation is required for the development of high antigen binding affinity and in some cases it contributes to the polyreactivity of anti-HIV antibodies. In order to test if this is the case, specific antibodies against 2CC-core with a high level of mutations, four representative antibodies were reversed into the appropriate germline. Reversal led to complete loss of antigen binding in ELISA for all four clones tested and loss of polyreactivity.
Пример 5.Example 5
Нейтрализация ВИЧ.Neutralization of HIV.
Нейтрализующую ВИЧ активность измеряли в стандартизированных анализах in vitro с использованием начальной панели из восьми вирусов, содержащих три яруса 1 клады А, В и С и пять ярусов 2 клады В Env вариантов псевдовирусов (M.S. Seaman et al., J. Virol. 84, 1439 (Feb, 2010)). Нейтрализующую активность антител сравнивали с VRC01 и IgG очищенной сыворотки от доноров (фиг. 1А, табл. 4 и фиг. 6). Антитела, показывающие высокие уровни нейтрализующей активности, дополнительно тестировали на панели из 15 дополнительных ярусов 2 клады А, В, С, D, G, AG и АЕ Env вариантов псевдовирусов (фиг. 1В, табл. 5), включая пять вирусов, которые устойчивы к VRC01 (фиг. 1В и табл. 5).HIV neutralizing activity was measured in standardized in vitro assays using an initial panel of eight viruses containing three tier 1 clades A, B and C and five tier 2 clades B Env pseudovirus variants (M.S. Seaman et al., J. Virol. 84, 1439 (Feb, 2010). The neutralizing activity of the antibodies was compared with VRC01 and purified serum IgG from donors (Figure 1A, Table 4 and Figure 6). Antibodies showing high levels of neutralizing activity were further tested in a panel of 15 additional tiers of 2 clades A, B, C, D, G, AG, and AE Env pseudovirus variants (Figure 1B, Table 5), including five viruses that are resistant to VRC01 (Fig. 1B and Table 5).
90% всех протестированных антител показывали некоторую нейтрализующую активность и шесть клонов содержали варианты антител, которые показывали высокие уровни эффективности и ширины (фиг. 1А-С и табл. 4 и 5). Эти клоны также были наиболее распространенными среди тех, которые захвачены посредством 2СС-затравки у каждого из четырех исследованных пациентов (табл. 3). Наиболее впечатляющее из новых антител, 3BNC117, относящееся к клону с 76 членами, показало среднюю IC80 на комбинированной группе из 14 яруса 2 вирусов 0,5 мкг/мл по сравнению с 1,8 мкг/мл для VRC01 (фиг. 1С, табл. 4 и 5).90% of all antibodies tested showed some neutralizing activity and six clones contained antibody variants that showed high levels of potency and breadth (FIGS. 1A-C and Tables 4 and 5). These clones were also the most abundant among those captured by 2CC primer in each of the four patients studied (Table 3). The most impressive of the new antibodies, 3BNC117, a 76 member clone, showed a mean IC 80 on the combined layer 14 2 virus group of 0.5 µg/mL compared to 1.8 µg/mL for VRC01 (Fig. 1C, Table .4 and 5).
Только 4 из 20 протестированных вирусов были более чувствительны к VRC01, чем 3BNC117, тогда как 14 были более чувствительны к 3BNC117, включая DU172.17, который полностью устойчив к VRC01, но чувствителен к 3BNC117 (фиг. 1В и С). NIH45-46, новый вариант VRC01, более эффективен, чем VRC01, на 15 из 20 протестированных вирусов, но все еще менее эффективен, чем 3BNC117 (фиг. 1В и С и табл. 4 и 5).Only 4 of the 20 viruses tested were more sensitive to VRC01 than 3BNC117, while 14 were more sensitive to 3BNC117, including DU172.17, which is completely resistant to VRC01 but susceptible to 3BNC117 (Fig. 1B and C). NIH45-46, a new variant of VRC01, is more effective than VRC01 on 15 out of 20 viruses tested, but still less effective than 3BNC117 (Figures 1B and C and Tables 4 and 5).
Имела место значительная вариация в ширине и эффективности нейтрализации среди членов пяти клонов наиболее эффективных нейтрализующих антител. Например, 3BNC156, вариант 3BNC117, нейтрализовал только два вируса в начальной панели, и в значительно более высоких концентрациях, чем 3BNC117 (фиг. 1А и табл. 4) и 3BNC55, другой вариант, находился между двумя другими, показывающими активность против шести вирусов при средней IC50 4 мкг/мл (фиг. 1 и табл. 4). Наконец, наиболее активные антитела имели высокий уровень гипермутаций. Среднее число мутаций для верхних 10 антител составляло 72 для VH и 45 для VL, и это связано с их шириной и эффективностью (табл. 4 и 5). Ревертирование мутировавших остатков к зародышевой линии вело к полной потере нейтрализующей активности для всех протестированных антител.There was significant variation in the width and efficiency of neutralization among members of the five clones of the most effective neutralizing antibodies. For example, 3BNC156, a variant of 3BNC117, neutralized only two viruses in the initial panel, and at significantly higher concentrations than 3BNC117 (Fig. 1A and Table 4) and 3BNC55, the other variant, was between two others showing activity against six viruses at average IC 50 4 μg/ml (Fig. 1 and table. 4). Finally, the most active antibodies had a high level of hypermutations. The average number of mutations for the top 10 antibodies was 72 for V H and 45 for V L and this is related to their breadth and potency (Tables 4 and 5). Reversal of mutated residues to the germline led to a complete loss of neutralizing activity for all antibodies tested.
Пример 6.Example 6
Идентификация диагностических пептидов.Identification of diagnostic peptides.
Приведенная выше стратегия клонирования захватывала антитела, полученные посредством антигенсвязывающих В-клеток памяти, но эти клетки не продуцировали циркулирующие антитела, и вместо этого они брали начало из плазматических клеток в костном мозге. Однако сходный антиген не может быть использован в качестве затравки для захвата плазматическими клетками, поскольку они не экспрессируют поверхностный Ig A. (Radbruch et al., Nat. Rev. Immunol. 6, 741 (Oct, 2006)). Кроме того, родство между плазматическими клетками в костном мозге и циркулирующими В-клетками памяти не определяется точно. Для того чтобы определить, найдены ли также антитела, клонированные из В-клеток памяти, в компартменте плазматических клеток костного мозга, экспрессирующие CD138 плазматические клетки очищали от парных образцов костного мозга от 2 из 4 исследуемых индивидуумов и использовали ПЦР для специфической амплификации генов IgVH для более эффективных антител, клонированных из В-клеток памяти у этих индивидуумов. Далее приведены клоноспецифические праймеры для RU01:The above cloning strategy captured antibodies produced by antigen-binding memory B cells, but these cells did not produce circulating antibodies and instead they originated from plasma cells in the bone marrow. However, a similar antigen cannot be used as a primer for uptake by plasma cells because they do not express surface Ig A. (Radbruch et al., Nat. Rev. Immunol. 6, 741 (Oct, 2006)). In addition, the relationship between plasma cells in the bone marrow and circulating memory B cells is not well defined. In order to determine whether antibodies cloned from memory B cells were also found in the bone marrow plasma cell compartment, CD138-expressing plasma cells were purified from paired bone marrow samples from 2 of the 4 subjects studied and PCR was used to specifically amplify the IgV H genes for more effective antibodies cloned from memory B cells in these individuals. The following are clone-specific primers for RU01:
CTGCAACCGGTGTACATTCTCAAGTGCAACTGGTGC (прямой) (SEQ IDCTGCAACCGGTGTACATTCTCAAGTGCAACTGGTGC (straight) (SEQ ID
NO:584), CTGCAACCGGTGTACATTCTCAGGTCCATTTGTCACAG (прямой), (SEQNO:584), CTGCAACCGGTGTACATTCTCAGGTCCATTTGTCACAG (straight), (SEQ
ID NO:585) TGCGAAGTCGACGCTGACGAGACAGTGACCTGC (обратный) (SEQ IDID NO:585) TGCGAAGTCGACGCTGACGAGACAGTGACCTGC (reverse) (SEQ ID
NO:586), TGCGAAGTCGACGCTGAAGAGACAATAATTTG (обратный) (SEQ IDNO:586), TGCGAAGTCGACGCTGAAGAGACAATAATTTG (reverse) (SEQ ID
NO:587), TGCGAAGTCGACGCTGACGAGACAATAACT (обратный) (SEQ IDNO:587), TGCGAAGTCGACGCTGACGAGACAATAACT (reverse) (SEQ ID
NO:588) и для RU10: CTGCAACCGGTGTACATTTTCAGGGGCACTTGGTG (прямой) (SEQ ID NO:589), TGCGAAGTCGACGCTGAGGTGACGATGACCGTG (обратный) (SEQ ID NO: 590) .NO:588) and for RU10: CTGCAACCGGTGTACATTTTCAGGGGCACTTGGTG (direct) (SEQ ID NO:589), TGCGAAGTCGACGCTGAGGTGACGATGACCGTG (reverse) (SEQ ID NO: 590) .
Члены выбранных клонов и большое число дополнительных вариантов легко идентифицировали у обоих пациентов.Members of selected clones and a large number of additional variants were easily identified in both patients.
Для того чтобы подтвердить, что эти антитела также можно найти в сыворотке, IgG, очищенные от сыворотки тех же двух и одного дополнительного индивидуума, адсорбировали на затравке 2СС-core и осуществляли масс-спектрометрию элюированных IgG (фиг. 1D, 7 и 10А-10С). Во всех случаях находили диагностические пептиды для высокоактивных вариантов антител (фиг. 7, 10А-10С). Пришли к выводу, что эффективные антитела против ВИЧ широкого спектра, клонированные из В-клеток памяти, также находили в компартменте плазматических клеток костного мозга и в циркулирующих IgG пациентов сIn order to confirm that these antibodies can also be found in serum, IgG purified from the sera of the same two and one additional individual was adsorbed onto a 2CC-core primer and mass spectrometry of the eluted IgG was performed (FIGS. 1D, 7 and 10A-10C ). In all cases, diagnostic peptides for highly active antibody variants were found (Fig. 7, 10A-10C). We concluded that effective broad-spectrum anti-HIV antibodies cloned from memory B cells were also found in the bone marrow plasma cell compartment and in circulating IgG of patients with
- 24 042696 высокими титрами нейтрализующих антител широкого спектра в сыворотке.- 24 042696 high titers of broad-spectrum neutralizing antibodies in serum.
Пример 7.Example 7
Связывающие характеристики антитела против ВИЧ.Binding characteristics of an anti-HIV antibody.
Для того чтобы определить, связана ли аффинность антитела к gp120 с нейтрализующей активностью, связывание высокоактивных антител, выбранных клональных родственников и ревертированных клеток-предшественников зародышевой линии сравнивали с использованием поверхностного плазмонного резонанса (SPR) (фиг. 2А и 2В, 8 и табл. 6).To determine if antibody affinity for gp120 is related to neutralizing activity, the binding of highly active antibodies, selected clonal relatives, and reverted germline progenitors were compared using surface plasmon resonance (SPR) (FIGS. 2A and 2B, 8 and Table 6). ).
Наилучшие нейтрализующие антитела показывали аффинности (KA) в диапазоне ξ107-1012 (M-1) на тримерах YU2 gp140 и ^107-1011 (M-1) на 2СС-core (фиг. 2А и 2В и табл. 6). В соответствии с их описанными нейтрализующей эффективностью и шириной 3BNC66, 3BNC156 и 3BNC55 показывали более низкие аффинности на тримерах YU2 gp140, чем 3BNC117, но, к удивлению, аффинности к 2СС-core не коррелируют с нейтрализующей активностью (фиг. 1, 8, табл. 4 и 6). Связывание с помощью SPR не обнаруживали для любого из тестированных ревертированных к зародышевой линии антител (фиг. 2В, табл. 6). Приходили к выводу, что антитела против ВИЧ, захваченные посредством YU2 2СС-core, склонны проявлять более высокую аффинность к соответствующему тримеру gp140, чем к 2СС-core.The best neutralizing antibodies showed affinities (KA) in the range ξ10 7 -10 12 (M -1 ) on the YU2 gp140 and ^107-10 11 (M -1 ) trimers on the 2CC core (FIGS. 2A and 2B and Table 6) . Consistent with their reported neutralizing potency and width, 3BNC66, 3BNC156, and 3BNC55 showed lower affinities for gp140 YU2 trimers than 3BNC117, but surprisingly, affinities for the 2CC core did not correlate with neutralizing activity (FIGS. 1, 8, Table 4 and 6). SPR binding was not detected for any of the germline reverted antibodies tested (FIG. 2B, Table 6). It has been concluded that anti-HIV antibodies captured by the YU2 2CC-core tend to show higher affinity for the corresponding gp140 trimer than for the 2CC-core.
Когда VRC01 связывается с шипом ВИЧ, это создает большие конформационные изменения, которые имитируют связывание CD4 и обнажают сайт CD4i. В отличие от этого, Ь12 и большинство других известных антител против CD4bs не вызывают подобного.When VRC01 binds to the HIV spike, it creates a large conformational change that mimics CD4 binding and exposes the CD4i site. In contrast, b12 and most other known anti-CD4bs antibodies do not cause this.
Для того чтобы определить, является ли это общим признаком высокоактивных антител, HIV-BAL.26AC или -YU2 gp160Δс экспрессировали на поверхности клеток HEK 293Т и связывание CD4i антитела измеряли в присутствии или отсутствии CD4 или антител против CD4bs (фиг. 2С). За одним исключением, все высокоактивные тестированные антитела походили на CD4 и VRC01 в том отношении, что они облегчали связывание антитела против CD4i с ВИЧ-BAL.26 или YU2 gp160Δс или с обоими (фиг. 2С).To determine if this is a common feature of highly active antibodies, HIV-BAL.26AC or -YU2 gp160Δc was expressed on the surface of HEK 293T cells and CD4i antibody binding was measured in the presence or absence of CD4 or anti-CD4bs antibodies (Fig. 2C). With one exception, all highly active antibodies tested were similar to CD4 and VRC01 in that they facilitated binding of the anti-CD4i antibody to HIV-BAL.26 or YU2 gp160Δc or both (FIG. 2C).
Только высокоактивное антитело, которое не имело эту общую характеристику, 8ANC195, не было традиционным антителом против CD4bs в том отношении, что оно было в равной мере чувствительно к мутациям D368R и I420R (табл. 3). Кроме того, оно отличалось от других высокоактивных антител своим паттерном нейтрализации: оно не нейтрализует какой-либо из вирусов яруса 1 и показывает эффективную активность против Н086.8, вируса клады В, устойчивого ко всем другим протестированным антителам, включая 3BNC117, VRC01 и Ь12 (фиг. 1А и В и табл. 4 и 5).The only highly active antibody that did not share this common feature, 8ANC195, was not a conventional anti-CD4bs antibody in that it was equally sensitive to D368R and I420R mutations (Table 3). In addition, it differed from other highly active antibodies in its neutralization pattern: it does not neutralize any of the tier 1 viruses and shows effective activity against H086.8, a clade B virus that is resistant to all other antibodies tested, including 3BNC117, VRC01 and b12 ( Fig. 1A and B and tables 4 and 5).
Пример 8.Example 8
Идентичность последовательностей антител против ВИЧ.Sequence identity of anti-HIV antibodies.
Для того чтобы определить, обладают ли высокоактивные антитела против CD4bs общими признаками последовательностей, 10 лучших антител: выравнивали два варианта, каждый из пяти независимо полученных клонов антител от пяти различных пациентов (фиг. 3). Сравнение областей IgVH выявляло высококонсервативную консенсусную последовательность, покрывающую 68 остатков IgVH (фиг. 3А). Консенсус IgVH содержал шесть контактных остатков VRC01-gp120, включая VRC01-Arg 71, который имитирует ключевое взаимодействие Arg59CD4 и Asp368gp120 (фиг. 3А). Кроме того, консенсус, содержащий шесть контактных остатков, полностью консервативен в обоих близко родственных зародышевых генах IgVH (VH1-2 и VH1-46), которые дают начало всем антителам в этом классе (фиг. 3А и 3В).In order to determine whether highly active anti-CD4bs antibodies share sequence features, the top 10 antibodies: Two variants, each of five independently generated antibody clones from five different patients, were aligned (FIG. 3). Comparison of IgV H regions revealed a highly conserved consensus sequence spanning 68 IgVH residues (FIG. 3A). The IgVH consensus contained six contact residues of VRC01-gp120, including VRC01-Arg 71, which mimics the key interaction between Arg59 CD4 and Asp368 gp120 (Fig. 3A). In addition, the six-contact consensus is completely conserved in both closely related IgVH germline genes (VH1-2 and VH1-46) that give rise to all antibodies in this class (FIGS. 3A and 3B).
Кодоны, кодирующие консенсусные остатки, обладали высоким уровнем соматических мутаций в десяти выбранных антителах, тем не менее аминокислотные последовательности были консервативны (фиг. 9). Отношение замен к молчащим мутациям в консенсусных остатках находилось в диапазоне 0,71,7, тогда как оно составляло 3,5-22 в неконсенсусных остатках, указывая на то, что консервативность консенсуса является результатом жесткого отбора (табл. 7). В отличие от тяжелой цепи, легкая цепь VRC01 образует только 8 из всего 32 контактов с gp120. В соответствии с ее более ограниченной ролью сравнение последовательностей легкой цепи тех же антител обнаружило менее обширный консенсус, покрывающий 53 остатка IgVL, включая три контактных остатка VRC01-gp120 (фиг. 3В). Наконец, подобно тяжелым цепям, легкие цепи возникали из ограниченного набора генов зародышевой линии: 2 получали из IgK1D-33, 2 из IgK3-11 и один из IgL1-47 (фиг. 3В и табл. 3). Антитело 8ANC195, которое отличалось от других в нескольких важных аспектах, не соответствовало консенсусу полностью и не возникало из родственных тяжелых или легких цепей (фиг. 3А и 3В). Приходили к выводу, что имеет место значительная конвергенция последовательностей среди высокоактивных агонистических антител против CD4bs (HAAD).The codons encoding the consensus residues had a high level of somatic mutations in the ten selected antibodies, however, the amino acid sequences were conserved (FIG. 9). The ratio of substitutions to silent mutations in the consensus residues was in the range of 0.71.7, while it was 3.5-22 in the non-consensus residues, indicating that the conservatism of the consensus is the result of rigorous selection (Table 7). Unlike the heavy chain, the VRC01 light chain only makes 8 of the total 32 contacts with gp120. Consistent with its more limited role, comparison of the light chain sequences of the same antibodies revealed a less extensive consensus covering 53 IgV L residues, including three VRC01-gp120 contact residues (FIG. 3B). Finally, like heavy chains, light chains arose from a limited set of germline genes: 2 were derived from IgK1D-33, 2 from IgK3-11, and one from IgL1-47 (Figure 3B and Table 3). The 8ANC195 antibody, which differed from the others in several important respects, did not fit the consensus completely and did not originate from related heavy or light chains (FIGS. 3A and 3B). It has been concluded that there is significant sequence convergence among highly active anti-CD4bs agonist antibodies (HAAD).
Пример 9.Example 9
Кристаллическая структура Fab 3BNC60.Crystal structure of Fab 3BNC60.
Для того чтобы определить, является ли структура антител у различных пациентов также консервативной, разрешали кристаллическую структуру Fab 3BNC60 с разрешением 2,65 А и сравнивали ее с VRC01. Структура выявила четыре домена VH, CH1, VL и CL классического Fab и определяющие комплементарность области (CDR) в VH и VL, которые формируют антигенсвязывающий участок. Два Fab в асимметричном элементе 3BNC60 были почти идентичны; однако конформация остатков 74-78 в петле,In order to determine whether the antibody structure of different patients is also conserved, the crystal structure of Fab 3BNC60 was resolved with a resolution of 2.65 A and compared with VRC01. The structure revealed four domains V H , CH 1 , V L and C L of the classic Fab and complementarity determining regions (CDRs) in V H and V L that form the antigen binding site. The two Fabs in the 3BNC60 asymmetrical element were almost identical; however, the conformation of residues 74-78 in the loop,
- 25 042696 соединяющей тяжи D и Е, слегка варьировала из-за различного химического окружения, сформированного посредством контактов кристаллической решетки.- 25 042696 connecting strands D and E, varied slightly due to the different chemical environment formed by the contacts of the crystal lattice.
Наложение доменов VH из 3BNC60 и VRC01 в VRC01-gp120 сокристаллической структуре (Т. Zhou et al., Science, 329, 811 (Aug 13, 2010)) давало среднее квадратичное отклонение (rmsd) 1,3 А (вычислено для 111 Са атомов) с основными различиями, заключенными в остатках 58-65 CDR2 (нумерация 3BNC60). Наложение структур показывало консервативность области контакта, распознающей gp120. Например, Arg723BNC60 принимал схожую конформацию, как у Arg71VRC01, который имитирует важный солевой мостик, обычно образуемый между Arg59CD4 и Asp368gp120. Кроме того, Trp473BNC60 принимал схожую конформацию, как Trp47VRC01, остаток, который контактирует с gp120 и вовлечен в сложную сеть взаимодействий ароматических и алифатических остатков, которые стабилизируют конформации CDRH3 и CDRL3. Gln653BNC60, который соответствует Gln64VRC01, находится в сегменте остатков (остатки 58-65), который отличается по структуре от VRC01. Конформация этой области 3BNC60, которая вовлечена в контакт решетки в кристаллах, вероятно меняется при связывании gp120, поскольку он будет сталкиваться с CD4-связывающей петлей на gp120.The superposition of VH domains from 3BNC60 and VRC01 in the VRC01-gp120 co-crystal structure (T. Zhou et al., Science, 329, 811 (Aug 13, 2010)) gave a standard deviation (rmsd) of 1.3 A (calculated for 111 Ca atoms ) with the main differences in CDR2 residues 58-65 (numbering 3BNC60). The structure overlay showed the conservatism of the contact area recognizing gp120. For example, Arg72 3BNC60 adopted a similar conformation to that of Arg71 VRC01 , which mimics an important salt bridge normally formed between Arg59 CD4 and Asp368 gp120 . In addition, Trp47 3BNC60 adopted a similar conformation as Trp47 VRC01 , a residue that contacts gp120 and is involved in a complex network of aromatic and aliphatic residue interactions that stabilize the CDRH3 and CDRL3 conformations. Gln65 3BNC60 , which corresponds to Gln64 VRC01 , is in a segment of residues (residues 58-65) that differs in structure from VRC01. The conformation of this region of 3BNC60, which is involved in lattice contact in the crystals, is likely to change upon gp120 binding, as it will collide with the CD4-binding loop on gp120.
Наложение доменов VL 3BNC60 и VRC01 давало rmsd 0,9 А (вычислено для 95 Са атомов) и показывало, что некоторые из контактирующих с gp120 остатков структурно консервативны; Tyr913BNC60 и Glu91a3BNC60 принимали схожие конформации, как у Tyr91VRC01 и Glu96VRC01, которые контактировали с петлей D gp120 через полярные взаимодействия. В целом, эти структурные сравнения показывают, что 3BNC60 связывает gp120 с той же архитектурой, как наблюдали для связывания VRC01.The superposition of the V L domains of 3BNC60 and VRC01 gave an rmsd of 0.9 A (calculated for 95 Ca atoms) and showed that some of the residues in contact with gp120 are structurally conserved; Tyr91 3BNC60 and Glu91a 3BNC60 adopted similar conformations as Tyr91 VRC01 and Glu96 VRC01 that contacted the D loop of gp120 via polar interactions. Overall, these structural comparisons show that 3BNC60 binds gp120 with the same architecture as observed for VRC01 binding.
Пример 10.Example 10
Консенсусная последовательность антитела против ВИЧ.The consensus sequence of an anti-HIV antibody.
В приведенных выше экспериментах определяли класс агонистических антител против CD4bs, HAAD, которые имеют общие консенсусные последовательности IgVH и IgVL, включая восемь контактных остатков между VRC01 и шипом ВИЧ (фиг. 3А и 3В). У пяти различных доноров, отобранных по их высокому уровню серологической активности против ВИЧ, эти антитела брали начало только из двух близкородственных генов зародышевой линии IgVH и трех IgVL, которые соответствуют HAAD консенсусу: VH1-2 и VH1-46 различаются только 7 аминокислотами, ни одна из которых не является частью консенсуса (фиг. 3А). Несмотря на обширную соматическую гипермутацию, консенсусные остатки сохранялись в своей форме зародышевой линии.In the experiments above, a class of anti-CD4bs agonist antibodies, HAAD, were defined that share IgV H and IgV L consensus sequences, including eight contact residues between VRC01 and the HIV spike (FIGS. 3A and 3B). In five different donors, selected for their high levels of anti-HIV serology, these antibodies originated from only two closely related IgVH and three IgVL germline genes that correspond to the HAAD consensus: VH1-2 and VH1-46 differ in only 7 amino acids, none of which is not part of the consensus (Fig. 3A). Despite extensive somatic hypermutation, the consensus residues were preserved in their germline form.
Единственное исключение из консенсуса, 8ANC195, отличалось от других во множестве аспектов, что показывает, что оно может иметь уникальный способ распознавания антигена: отсутствие Arg в тяжелой цепи, который имитирует необходимый сайт контакта Arg59CD4 и Asp368gp120; уникальный нейтрализующий паттерн; и неспособность содействовать связыванию антитела против CD4i. Это антитело представляет собой одно из двух различных высокоактивных антител, возникающих у одного пациента, дающих дополнительное подтверждение идее о том, что серологическая нейтрализующая активность является комбинаторной.The only exception to the consensus, 8ANC195, differed from the others in a variety of ways, suggesting that it may have a unique way of recognizing the antigen: the absence of Arg in the heavy chain, which mimics the required contact site for Arg59 CD4 and Asp368 gp120 ; unique neutralizing pattern; and failure to promote anti-CD4i antibody binding. This antibody is one of two different highly active antibodies occurring in the same patient, providing further support for the idea that serologic neutralizing activity is combinatorial.
- 26 042696- 26 042696
Таблица АTable A
- 27 042696- 27 042696
- 28 042696- 28 042696
- 29 042696- 29 042696
- 30 042696- 30 042696
- 31 042696- 31 042696
- 32 042696- 32 042696
- 33 042696- 33 042696
- 34 042696- 34 042696
- 35 042696- 35 042696
- 36 042696- 36 042696
- 37 042696- 37 042696
- 38 042696- 38 042696
- 39 042696- 39 042696
- 40 042696- 40 042696
- 41 042696- 41 042696
- 42 042696- 42 042696
- 43 042696- 43 042696
- 44 042696- 44 042696
- 45 042696- 45 042696
- 46 042696- 46 042696
- 47 042696- 47 042696
- 48 042696- 48 042696
- 49 042696- 49 042696
- 50 042696- 50 042696
- 51 042696- 51 042696
- 52 042696- 52 042696
- 53 042696- 53 042696
- 54 042696- 54 042696
- 55 042696- 55 042696
- 56 042696- 56 042696
- 57 042696- 57 042696
- 58 042696- 58 042696
- 59 042696- 59 042696
- 60 042696- 60 042696
- 61 042696- 61 042696
- 62 042696- 62 042696
- 63 042696- 63 042696
- 64 042696- 64 042696
- 65 042696- 65 042696
- 66 042696- 66 042696
- 67 042696- 67 042696
- 68 042696- 68 042696
- 69 042696- 69 042696
- 70 042696- 70 042696
- 71 042696- 71 042696
- 72 042696- 72 042696
- 73 042696- 73 042696
- 74 042696- 74 042696
- 75 042696- 75 042696
Таблица ВTable B
- 76 042696- 76 042696
- 77 042696- 77 042696
- 78 042696- 78 042696
- 79 042696- 79 042696
- 80 042696- 80 042696
- 81 042696- 81 042696
- 82 042696- 82 042696
- 83 042696- 83 042696
- 84 042696- 84 042696
- 85 042696- 85 042696
- 86 042696- 86 042696
- 87 042696- 87 042696
- 88 042696- 88 042696
Таблица 1Table 1
Таблица 2table 2
Таблица ЗАTable FOR
- 89 042696- 89 042696
- 90 042696- 90 042696
- 91 042696- 91 042696
- 92 042696- 92 042696
- 93 042696- 93 042696
Таблица 3BTable 3B
- 94 042696- 94 042696
- 95 042696- 95 042696
- 96 042696- 96 042696
- 97 042696- 97 042696
- 98 042696- 98 042696
Таблица 3CTable 3C
- 99 042696- 99 042696
- 100 042696- 100 042696
- 101 042696- 101 042696
- 102 042696- 102 042696
Таблица 3DTable 3D
- 103 042696- 103 042696
Таблица 3ETable 3E
- 104 042696- 104 042696
Таблица 3FTable 3F
- 105 042696- 105 042696
- 106 042696- 106 042696
Таблица 4ATable 4A
Пациент 3, Клон RU01Patient 3, Clone RU01
- 107 042696- 107 042696
Пациент 3, Клоны RU02-07Patient 3, Clones RU02-07
Клон В12 и NIH 45Clone B12 and NIH 45
Пациент 1, Клон RU08Patient 1, Clone RU08
Таблица 4BTable 4B
- 108 042696- 108 042696
Пациент 1, Клон RU09Patient 1, Clone RU09
Таблица 4CTable 4C
Пациент 8, Клон RU10Patient 8, Clone RU10
Пациент 8, Клоны RU11-15Patient 8, Clones RU11-15
- 109 042696- 109 042696
Таблица 4DTable 4D
Пациент 12, Клон RU16Patient 12, Clone RU16
Клон В12 и NIH45Clone B12 and NIH45
Таблица 4ETable 4E
Пациент 3, клон RU01Patient 3, clone RU01
- 110 042696- 110 042696
Пациент 3, Клоны RU02-07Patient 3, Clones RU02-07
Клон В12 и NIH 45Clone B12 and NIH 45
Пациент 1, Клон RU08Patient 1, Clone RU08
Таблица 4FTable 4F
- 111 042696- 111 042696
Пациент 1, Клон RU09Patient 1, Clone RU09
Таблица 4GTable 4G
Пациент 8, Клон RU 10Patient 8, Clone RU 10
Пациент 8, Клоны RU11-15Patient 8, Clones RU11-15
Таблица 4HTable 4H
Пациент 12, Клон RU16Patient 12, Clone RU16
А2 0 Ί 12А6 12А23 12А46 12А55A2 0 K 12A6 12A23 12A46 12A55
- 112 042696- 112 042696
Клон В12 и NIH45Clone B12 and NIH45
Таблица 5ATable 5A
Анализ нейтрализации Tzm-bl in vitro, значения IC50 расширенной панелиTzm-bl in vitro neutralization assay, extended panel IC50 values
- 113 042696- 113 042696
Таблица 5BTable 5B
Анализ нейтрализации Tzm-bl in vitro, значения IC80 расширенной панелиIn vitro Tzm-bl neutralization assay, extended panel IC 80 values
- 114 042696- 114 042696
Таблица 6Table 6
Аффинность антител IgG к лигандам YU-2 gp140 и 2СС-соге, измеренная с помощью поверхностного плазмонного резонансаAffinity of IgG antibodies to YU-2 ligands gp140 and 2CC-core measured by surface plasmon resonance
Таблица 7ATable 7A
Отношение замены/молчащие мутации для последовательностей тяжелой цепи 10 отобранных антителSubstitution ratio/silent mutations for heavy chain sequences of 10 selected antibodies
Таблица 7BTable 7B
Отношение замены/молчащие мутации для последовательностей легкой цепи 10 отобранных антителSubstitution ratio/silent mutations for light chain sequences of 10 selected antibodies
- 115 -- 115 -
Claims (22)
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US61/486,960 | 2011-05-17 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
EA042696B1 true EA042696B1 (en) | 2023-03-15 |
Family
ID=
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11634478B2 (en) | Human immunodeficiency virus neutralizing antibodies and methods of use thereof | |
AU2020203853A1 (en) | Human immunodeficiency virus (HIV)-neutralizing antibodies | |
EA035012B1 (en) | Broadly-neutralizing anti-hiv antibodies | |
WO2015117008A2 (en) | Broadly neutralizing anti-hiv antibodies and epitope therefor | |
EA042696B1 (en) | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODIES AND METHODS FOR THEIR APPLICATION | |
SE | CLADEB TR01 |