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CN115982034B - 载体构建系统虚拟终端的测试方法、存储介质及电子设备 - Google Patents

载体构建系统虚拟终端的测试方法、存储介质及电子设备 Download PDF

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CN115982034B
CN115982034B CN202211731228.9A CN202211731228A CN115982034B CN 115982034 B CN115982034 B CN 115982034B CN 202211731228 A CN202211731228 A CN 202211731228A CN 115982034 B CN115982034 B CN 115982034B
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Abstract

本发明提供了一种载体构建系统虚拟终端的测试方法、计算机存储介质和电子设备,虚拟终端包括系统入口、多个操作按钮和系统层级,测试方法包括以下步骤:S1、检测系统层级是否符合设定要求;S2、检测系统入口和多个操作按钮是否正常;S3、对构建的载体进行测试,以判断可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行是否符合预期;S4、在步骤S1、步骤S2和步骤S3的检测结果正常,或均符合设定要求或预期时,输出测试结果。根据本发明实施例的测试方法,可以在上线新的载体系统之前,快速有效的检测载体构建系统的虚拟终端是否符合使用需求,有效节省了人力、时间和硬件资源,大大提高了测试效率。

Description

载体构建系统虚拟终端的测试方法、存储介质及电子设备
技术领域
本发明涉及系统检测领域,更具体地,涉及一种载体构建系统虚拟终端的测试方法、计算机存储介质以及电子设备。
背景技术
自动化测试是根据预设的测试用例的流程执行相关测试,检验实际结果是否与期望结果一致。
随着生物学的飞速发展,在上线新的载体系统过程中,需要耗费大量的人力、时间去测试新建的载体系统是否符合要求,传统手工测试过程已经越来越不适应发展的需要。
发明内容
为解决上述技术问题,本发明提供一种载体构建系统虚拟终端的测试方法、计算机存储介质和电子设备,可以节省人力、时间或硬件资源,提高测试效率。
根据本发明第一方面实施例的载体构建系统虚拟终端的测试方法,所述虚拟终端包括系统入口、多个操作按钮和系统层级,所述测试方法包括以下步骤:
S1、检测所述系统层级是否符合设定要求;
S2、检测所述系统入口和多个所述操作按钮是否正常;
S3、对构建的载体进行测试,以判断可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行是否符合预期;
S4、在步骤S1、步骤S2和步骤S3的检测结果正常,或均符合设定要求或预期时,输出测试结果。
根据本发明实施例的载体构建系统虚拟终端的测试方法,通过对虚拟终端的系统层级、系统入口和多个操作按钮以及构建的载体进行逐步测试,并且通过判断可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行是否符合预期,可以在上线新的载体系统之前,快速有效的检测载体构建系统的虚拟终端是否符合使用需求,有效节省了人力、时间和硬件资源,大大提高了测试效率。
根据本发明的一个实施例,判断可插入元件是否符合预期的方法包括:判断可插入元件的骨架是否含有可插入的选项Promoter、ORF和Marker中的任意一个,若所述骨架中含有所述可插入的选项中的任意一个,则判断所述可插入元件符合预期。
根据本发明的一个实施例,测试方法还包括:对所述骨架进行检测,以判断所述可插入元件是否符合预期,判断所述可插入元件是否符合预期的方法包括:判断所述可插入元件是否使用des3d和des2d的骨架,若所述可插入元件使用des3d和des2d的骨架,则判断所述可插入元件符合预期。
根据本发明的一个实施例,判断载体的名称模版是否符合预期的方法为:
判断所述载体的名称是否符合下列公式:
p Ad5/F35[Exp]-Marker-Promoter>ORF
其中,p表示所有载体名称都以字母“p”开头;Ad5/F35表示载体骨架是人Ad5/F35嵌合腺病毒载体,Exp表示生物学应用是基因过表达;Marker表示标记;Promoter表示驱动目的基因表达的启动子;ORF表示目的基因;“-”表示元件之间的连接符;“>”表示ORF位于启动子后方。
根据本发明的一个实施例,判断原料分析工具是否符合预期的方法包括:
根据载体判断所述可插入元件的所述骨架是否含有所述可插入的选项;
采用所述原料分析工具对所述骨架进行检测;
判断所述可插入元件的酶切位点是否符合要求;
判断所述载体的序列是否符合预期。
根据本发明的一个实施例,所述原料分析工具包括Destination Vector、pUp、pDown和pTail,采用Destination Vector对所述骨架进行检测。
根据本发明的一个实施例,采用Destination Vector对所述可插入元件的酶切位点进行检测。
根据本发明的一个实施例,判断所述载体的序列是否符合预期的方法包括:
提供标准genebank文件,获取固定序列以及所述可插入元件在所述标准genebank文件中的预期位置;
获取构建的所述载体的序列以及位置,并将所述载体的序列和位置与所述固定序列和所述预期位置进行比对,当所述载体的序列和位置与所述固定序列和所述预期位置相匹配时,判断所述载体的序列符合预期。
第二方面,本发明实施例提供一种计算机存储介质,包括一条或多条计算机指令,所述一条或多条计算机指令在执行时实现如上述实施例所述的方法。
根据本发明第三方面实施例的电子设备,包括存储器和处理器,所述存储器用于存储一条或多条计算机指令;所述处理器用于调用并执行所述一条或多条计算机指令,从而实现如上述任一实施例所述的方法。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出,部分将从下面的描述中变得明显,或通过本发明的实践了解到。
附图说明
本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解,其中:
图1为根据本发明实施例的载体构建系统虚拟终端的测试方法的流程图;
图2为本发明实施例的电子设备的示意图。
附图标记:
电子设备300;
存储器310;操作系统311;应用程序312;
处理器320;网络接口330;输入设备340;硬盘350;显示设备360。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例,实施例的示例在附图中示出,其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。
在本发明的描述中,需要理解的是,术语“中心”、“纵向”、“横向”、“长度”、“宽度”、“厚度”、“上”、“下”、“前”、“后”、“左”、“右”、“竖直”、“水平”、“顶”、“底”“内”、“外”、“顺时针”、“逆时针”、“轴向”、“径向”、“周向”等指示的方位或位置关系为基于附图所示的方位或位置关系,仅是为了便于描述本发明和简化描述,而不是指示或暗示所指的装置或元件必须具有特定的方位、以特定的方位构造和操作,因此不能理解为对本发明的限制。此外,限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个该特征。在本发明的描述中,除非另有说明,“多个”的含义是两个或两个以上。
在本发明的描述中,需要说明的是,除非另有明确的规定和限定,术语“安装”、“相连”、“连接”应做广义理解,例如,可以是固定连接,也可以是可拆卸连接,或一体地连接;可以是机械连接,也可以是电连接;可以是直接相连,也可以通过中间媒介间接相连,可以是两个元件内部的连通。对于本领域的普通技术人员而言,可以具体情况理解上述术语在本发明中的具体含义。
下面首先对本申请中所提到的专有名词进行解释。
基因序列:核酸的一级结构,使用一串字母表示的真实的或者假设的携带基因信息的DNA分子的一级结构。每个字母代表一种核碱基,两个碱基形成一个碱基对,碱基对的配对规律是固定的,A=T,C≡G。三个相邻的碱基对形成一个密码子。一种密码子对应一种氨基酸,不同的氨基酸合成不同的蛋白质。在DNA的复制及蛋白质的合成过程中,碱基配对规律是十分关键的。
Promoter:启动子,是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动。
ORF:开放阅读框(open reading frame,ORF),是结构基因的正常核苷酸序列,从起始密码子到终止密码子的阅读框可编码完整的多肽链,其间不存在使翻译中断的终止密码子。
Marker:标记,染色体上一个可以被识别的区域(比如限制性内切酶的酶切点,基因的位置等)。标记的遗传能够被检测出来。标记可以是染色体上有表达功能的部分(比如基因),也可以是没有编码蛋白质功能但遗传特性能够被检测出来的部分。
Destination Vector:终载体,是客户最终需要构建的载体。
pUp、pDown和pTail:均是指通过att位点分割的入门克隆载体。
下面结合附图具体描述根据本发明实施例的载体构建系统虚拟终端的测试方法。
虚拟终端包括系统入口、多个操作按钮和系统层级,如图1所示,根据本发明实施例的载体构建系统虚拟终端的测试方法包括以下步骤:
S1、检测系统层级是否符合设定要求;
S2、检测系统入口和多个操作按钮是否正常;
S3、对构建的载体进行测试,以判断可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行是否符合预期;
S4、在步骤S1、步骤S2和步骤S3的检测结果正常,或均符合设定要求或预期时,输出测试结果。
换句话说,根据本发明实施例的测试方法可以用于对新的需要上线的载体构建系统进行测试,以判断该系统是否符合使用需求。测试系统的虚拟终端包括系统入口、多个操作按钮和系统层级,操作按钮可以包括插入元件按钮和点击完成按钮,该测试方法包括对系统层级的检验,对系统入口和多个操作按钮的检验,以及对于构建的载体进行测试,其中,虚拟终端所包含的系统入口、操作按钮和系统层级,以及对于系统入口、操作按钮和系统层级的检验标准等,对于本领域技术人员而言都是可以理解并且容易实现的,因此本申请中对于系统入口、操作按钮和系统层级的检测不再进行详细说明,而是对于构建的载体进行测试的过程进行重点描述。
对于构建的载体进行测试的过程,包括对可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行进行检测,以判断可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行是否符合预期。只有当虚拟系统所包含的系统入口、操作按钮和系统层级符合设定要求,并且可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行也都符合设定要求的情况下,输出测试结果,说明需要上线的载体构建系统符合要求,可以上线使用。
由此,根据本发明实施例的载体构建系统虚拟终端的测试方法,通过对虚拟终端的系统层级、系统入口和多个操作按钮以及构建的载体进行逐步测试,并且通过判断可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行是否符合预期,可以在上线新的载体系统之前,快速有效的检测载体构建系统的虚拟终端是否符合使用需求,有效节省了人力、时间和硬件资源,大大提高了测试效率。
根据本发明的一个实施例,判断可插入元件是否符合预期的方法包括:判断可插入元件的骨架是否含有可插入的选项Promoter、ORF和Marker中的任意一个,若骨架中含有可插入的选项中的任意一个,则判断可插入元件符合预期。
换句话说,可插入元件具有骨架,如果骨架中含有Promoter;ORF;Marker这三个可插入的选项中的任何一个或者多个,则认为该可插入元件符合设定要求,可以进行下一步检测。
在本发明的一些具体实施方式中,该测试方法还包括:对骨架进行检测,并判断可插入元件是否符合预期,判断可插入元件是否符合预期的方法包括:
判断可插入元件是否使用des3d和des2d的骨架,若可插入元件使用des3d和des2d的骨架,则判断可插入元件符合预期。
也就是说,在对可插入元件进行分析时,可插入元件的骨架可能存在的预期结果有两种,即:
第一种:判断可插入元件是否都使用des3d的骨架;(pAd.Des3d(Ad5-F35))。其中,p表示所有载体名称都以字母“p”开头,des3d表示骨架的类型,Ad5-F35表示载体骨架是人Ad5/F35嵌合腺病毒载体。该判断方法中,首先选择可插入元件的一个可插入选项,若可插入元件中没有可插入选项Marker或者含有两个ORF以上,则说明可插入元件没有都使用des3d的骨架。
第二种:判断可插入元件是否都使用des2d的骨架;(pAd.Des2d(Ad5-F35))。
当可插入元件的检测结果符合上述第一种和第二种情况时,说明可插入元件符合预期,当可插入元件的检测结果不符合上述第一种和第二种情况时,则说明可插入元件不符合预期。
可选地,根据本发明的一个实施例,判断载体的名称模版是否符合预期的方法为:判断所述载体的名称是否符合下列公式:
p Ad5/F35[Exp]-Marker-Promoter>ORF
其中,p表示所有载体名称都以字母“p”开头;Ad5/F35表示载体骨架是人Ad5/F35嵌合腺病毒载体,Exp表示生物学应用是基因过表达;Marker表示标记;Promoter表示驱动目的基因表达的启动子;ORF表示目的基因;“-”表示元件之间的连接符;“>”表示ORF位于启动子后方。
若载体的名称符合该公式的命名方式和命名顺序,则说明该载体的名称模板符合预期。
在本发明的一些具体实施方式中,判断原料分析工具是否符合预期的方法包括:
根据载体判断可插入元件的骨架是否含有可插入的选项;
采用原料分析工具对骨架进行检测;
判断可插入元件的酶切位点是否符合要求;
判断载体的序列是否符合预期。
具体地,原料分析工具可以包括,原料分析工具包括Destination Vector、pUp、pDown和pTail,满足原料分析工具中的任意一个标准的序列即可以自动分解出来。
其中,根据载体可以判断可插入元件中插入了Marker,如果可插入元件的骨架符合使用des3d的骨架,则将可插入元件和原料分析工具的Destination Vector进行比对,可以判断可插入元件的骨架符合预期。
根据本发明的一个实施例,判断原料分析工具是否符合预期的方法还包括:采用Destination Vector对可插入元件的酶切位点进行检测,进而判断可插入元件的酶切位点是否符合要求。
具体地,判断可插入元件序列的酶切位点是否符合要求的方法包括:
将pUp对应Promoter;
将pDown对应ORF;
将pTail对应Marker,例如:先获取Materials>pUp的Restriction Enzymesb的序列,在Snapgene Viewer创建这一段序列,选择对应的酶(MluI+SacI),得到预期的酶切位点(Location)以及片段序列长度(Fragments)。其中需要说明的是,序列是一串碱基,可以形成某种酶切位点,选择相应的酶就能把这一串序列切开,如果这一串序列不对,那这个酶就没法将它切开。
将预期的酶切位点与可插入元件的酶切位点进行比对,即将酶切位点以及片段序列长度进的比对,如果比对结果符合,则认为可插入元件的酶切位点是符合预期的。其中需要说明的是,如果比对结果存在1-2个碱基的差异,这些差异是可接受的,也认为则认为可插入元件的酶切位点是符合预期的。
在本发明的一些具体实施方式中,判断载体的序列是否符合预期的方法包括:
提供标准genebank文件,获取固定序列以及可插入元件在标准genebank文件中的预期位置;
获取构建的载体的序列以及位置,并将载体的序列和位置与固定序列和预期位置进行比对,当载体的序列和位置与固定序列和预期位置相匹配时,判断载体的序列符合预期。
具体地,可以先从标准的genebank文件中,获取到固定序列以及可插入元件在genebank文件中的具体位置,该固定序列和具体位置即可作为期望得到的结果。例如可插入元件的第一段n表示可插入的Promoter,第二段n表示可插入的ORF,第三段n表示可插入的Marker。其中,载体构建系统生成的载体必须包含的序列有序列1、序列2、序列3、序列4。
然后获取构建载体的序列,判断实际的序列以及位置和genebank文件期望的序列1、序列2、序列3、序列4是否一致。
当所有的位置和序列均符合期望的条件时,则说明检测结果符合要求,该载体构建系统可以上线使用。
此外,本发明还提供一种计算机存储介质,计算机存储介质包括一条或多条计算机指令,一条或多条计算机指令在执行时实现上述任一的载体构建系统虚拟终端的测试方法。
也就是说,计算机存储介质存储有计算机程序,计算机程序被处理器运行时,使得处理器执行上述任一的载体构建系统虚拟终端的测试方法。
如图2所示,本发明实施例提供了一种电子设备300,包括存储器310和处理器320,所述存储器310用于存储一条或多条计算机指令,所述处理器320用于调用并执行所述一条或多条计算机指令,从而实现上述任一所述的方法。
也就是说,电子设备300包括:处理器320和存储器310,在所述存储器310中存储有计算机程序指令,其中,在所述计算机程序指令被所述处理器运行时,使得所述处理器320执行上述任一所述的方法。
进一步地,如图2所示,电子设备300还包括网络接口330、输入设备340、硬盘350、和显示设备360。
上述各个接口和设备之间可以通过总线架构互连。总线架构可以是可以包括任意数量的互联的总线和桥。具体由处理器320代表的一个或者多个中央处理器(CPU),以及由存储器310代表的一个或者多个存储器的各种电路连接在一起。总线架构还可以将诸如外围设备、稳压器和功率管理电路等之类的各种其它电路连接在一起。可以理解,总线架构用于实现这些组件之间的连接通信。总线架构除包括数据总线之外,还包括电源总线、控制总线和状态信号总线,这些都是本领域所公知的,因此本文不再对其进行详细描述。
所述网络接口330,可以连接至网络(如因特网、局域网等),从网络中获取相关数据,并可以保存在硬盘350中。
所述输入设备340,可以接收操作人员输入的各种指令,并发送给处理器320以供执行。所述输入设备340可以包括键盘或者点击设备(例如,鼠标,轨迹球(trackball)、触感板或者触摸屏等。
所述显示设备360,可以将处理器320执行指令获得的结果进行显示。
所述存储器310,用于存储操作系统运行所必须的程序和数据,以及处理器320计算过程中的中间结果等数据。
可以理解,本发明实施例中的存储器310可以是易失性存储器或非易失性存储器,或可包括易失性和非易失性存储器两者。其中,非易失性存储器可以是只读存储器(ROM)、可编程只读存储器(PROM)、可擦除可编程只读存储器(EPROM)、电可擦除可编程只读存储器(EEPROM)或闪存。易失性存储器可以是随机存取存储器(RAM),其用作外部高速缓存。本文描述的装置和方法的存储器310旨在包括但不限于这些和任意其它适合类型的存储器。
在一些实施方式中,存储器310存储了如下的元素,可执行模块或者数据结构,或者他们的子集,或者他们的扩展集:操作系统311和应用程序312。
其中,操作系统311,包含各种系统程序,例如框架层、核心库层、驱动层等,用于实现各种基础业务以及处理基于硬件的任务。应用程序312,包含各种应用程序,例如浏览器(Browser)等,用于实现各种应用业务。实现本发明实施例方法的程序可以包含在应用程序312中。
本发明上述实施例揭示的方法可以应用于处理器320中,或者由处理器320实现。处理器320可能是一种集成电路芯片,具有信号的处理能力。在实现过程中,上述方法的各步骤可以通过处理器320中的硬件的集成逻辑电路或者软件形式的指令完成。上述的处理器320可以是通用处理器、数字信号处理器(DSP)、专用集成电路(ASIC)、现成可编程门阵列(FPGA)或者其他可编程逻辑器件、分立门或者晶体管逻辑器件、分立硬件组件,可以实现或者执行本发明实施例中的公开的各方法、步骤及逻辑框图。通用处理器可以是微处理器或者该处理器也可以是任何常规的处理器等。结合本发明实施例所公开的方法的步骤可以直接体现为硬件译码处理器执行完成,或者用译码处理器中的硬件及软件模块组合执行完成。软件模块可以位于随机存储器,闪存、只读存储器,可编程只读存储器或者电可擦写可编程存储器、寄存器等本领域成熟的存储介质中。该存储介质位于存储器310,处理器320读取存储器310中的信息,结合其硬件完成上述方法的步骤。
可以理解的是,本文描述的这些实施例可以用硬件、软件、固件、中间件、微码或其组合来实现。对于硬件实现,处理单元可以实现在一个或多个专用集成电路(ASIC)、数字信号处理器DSP)、数字信号处理设备(DSPD)、可编程逻辑设备(PLD)、现场可编程门阵列(FPGA)、通用处理器、控制器、微控制器、微处理器、用于执行本申请所述功能的其它电子单元或其组合中。
对于软件实现,可通过执行本文所述功能的模块(例如过程、函数等)来实现本文所述的技术。软件代码可存储在存储器中并通过处理器执行。存储器可以在处理器中或在处理器外部实现。
具体地,处理器320还用于读取所述计算机程序,执行上述任一所述的方法。
在本申请所提供的几个实施例中,应该理解到,所揭露方法和装置,可以通过其它的方式实现。例如,以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的,例如,所述单元的划分,仅仅为一种逻辑功能划分,实际实现时可以有另外的划分方式,例如多个单元或组件可以结合或者可以集成到另一个系统,或一些特征可以忽略,或不执行。另一点,所显示或讨论的相互之间的耦合或直接耦合或通信连接可以是通过一些接口,装置或单元的间接耦合或通信连接,可以是电性,机械或其它的形式。
另外,在本发明各个实施例中的各功能单元可以集成在一个处理单元中,也可以是各个单元单独物理包括,也可以两个或两个以上单元集成在一个单元中。上述集成的单元既可以采用硬件的形式实现,也可以采用硬件加软件功能单元的形式实现。
上述以软件功能单元的形式实现的集成的单元,可以存储在一个计算机可读取存储介质中。上述软件功能单元存储在一个存储介质中,包括若干指令用以使得一台计算机设备(可以是个人计算机,服务器,或者网络设备等)执行本发明各个实施例所述收发方法的部分步骤。而前述的存储介质包括:U盘、移动硬盘、只读存储器(Read-Only Memory,简称ROM)、随机存取存储器(Random Access Memory,简称RAM)、磁碟或者光盘等各种可以存储程序代码的介质。
以上所述是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明所述原理的前提下,还可以作出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

Claims (7)

1.一种载体构建系统虚拟终端的测试方法,其特征在于,所述虚拟终端包括系统入口、多个操作按钮和系统层级,所述测试方法包括以下步骤:
S1、检测所述系统层级是否符合设定要求;
S2、检测所述系统入口和多个所述操作按钮是否正常;
S3、对构建的载体进行测试,以判断可插入元件、载体的名称模板以及原料分析工具的运行是否符合预期;
S4、在步骤S1、步骤S2和步骤S3的检测结果正常,或均符合设定要求或预期时,输出测试结果;
所述判断可插入元件是否符合预期的方法包括:
判断可插入元件的骨架是否含有可插入的选项Promoter、ORF和Marker中的任意一个,若所述骨架中含有所述可插入的选项中的任意一个,则判断所述可插入元件符合预期;
所述判断载体的名称模版是否符合预期的方法为:判断所述载体的名称是否符合下列公式:
p Ad5/F35[Exp]-Marker-Promoter>ORF
其中,p表示所有载体名称都以字母“p”开头;Ad5/F35表示载体骨架是人Ad5/F35嵌合腺病毒载体,Exp表示生物学应用是基因过表达;Marker表示标记;Promoter表示驱动目的基因表达的启动子;ORF表示目的基因;“-”表示元件之间的连接符;“>”表示ORF位于启动子后方;
所述判断原料分析工具是否符合预期的方法包括:
根据载体判断所述可插入元件的所述骨架是否含有所述可插入的选项;
采用所述原料分析工具对所述骨架进行检测;
判断所述可插入元件的酶切位点是否符合要求;
判断所述载体的序列是否符合预期。
2.根据权利要求1所述的测试方法,其特征在于,还包括:对所述骨架进行检测,以判断所述可插入元件是否符合预期,判断所述可插入元件是否符合预期的方法包括:
判断所述可插入元件是否使用des3d和des2d的骨架,若所述可插入元件使用des3d和des2d的骨架,则判断所述可插入元件符合预期。
3.根据权利要求1所述的测试方法,其特征在于,所述原料分析工具包括DestinationVector、pUp、pDown和pTail,采用Destination Vector对所述骨架进行检测。
4.根据权利要求3所述的测试方法,其特征在于,采用Destination Vector对所述可插入元件的酶切位点进行检测。
5.根据权利要求1所述的测试方法,其特征在于,判断所述载体的序列是否符合预期的方法包括:
提供标准genebank文件,获取固定序列以及所述可插入元件在所述标准genebank文件中的预期位置;
获取构建的所述载体的序列以及位置,并将所述载体的序列和位置与所述固定序列和所述预期位置进行比对,当所述载体的序列和位置与所述固定序列和所述预期位置相匹配时,判断所述载体的序列符合预期。
6.一种计算机存储介质,其特征在于,包括一条或多条计算机指令,所述一条或多条计算机指令在执行时实现如权利要求1-5中任一项所述的方法。
7.一种电子设备,包括存储器和处理器,其特征在于,
所述存储器用于存储一条或多条计算机指令;
所述处理器用于调用并执行所述一条或多条计算机指令,从而实现如权利要求1-5中任一项所述的方法。
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Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105121648A (zh) * 2012-12-12 2015-12-02 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的系统、方法和优化的指导组合物的工程化
CN106467917A (zh) * 2016-08-30 2017-03-01 沈阳农业大学 一种草莓arf4启动子融合gus基因的载体构建方法
CN110117577A (zh) * 2018-02-05 2019-08-13 中国科学院武汉物理与数学研究所 低毒单纯疱疹病毒系统及其构建方法和应用
CN111088256A (zh) * 2019-12-30 2020-05-01 云舟生物科技(广州)有限公司 食蟹猴u6启动子高效表达小rna及多个小rna表达的载体构建方法
CN111145836A (zh) * 2019-12-30 2020-05-12 云舟生物科技(广州)有限公司 插入基因核酸序列的方法、计算机存储介质及电子设备
WO2021175298A1 (zh) * 2020-03-05 2021-09-10 浙江东方基因生物制品股份有限公司 新冠病毒检测的试剂以及检测方法
CN114780421A (zh) * 2022-04-29 2022-07-22 中国航发控制系统研究所 基于虚拟指令集平台的异常测试方法、系统及存储介质

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2017075294A1 (en) * 2015-10-28 2017-05-04 The Board Institute Inc. Assays for massively combinatorial perturbation profiling and cellular circuit reconstruction
WO2017108931A1 (en) * 2015-12-22 2017-06-29 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Improved hybrid dual recombinant aav vector systems for gene therapy

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105121648A (zh) * 2012-12-12 2015-12-02 布罗德研究所有限公司 用于序列操纵的系统、方法和优化的指导组合物的工程化
CN106467917A (zh) * 2016-08-30 2017-03-01 沈阳农业大学 一种草莓arf4启动子融合gus基因的载体构建方法
CN110117577A (zh) * 2018-02-05 2019-08-13 中国科学院武汉物理与数学研究所 低毒单纯疱疹病毒系统及其构建方法和应用
CN111088256A (zh) * 2019-12-30 2020-05-01 云舟生物科技(广州)有限公司 食蟹猴u6启动子高效表达小rna及多个小rna表达的载体构建方法
CN111145836A (zh) * 2019-12-30 2020-05-12 云舟生物科技(广州)有限公司 插入基因核酸序列的方法、计算机存储介质及电子设备
WO2021175298A1 (zh) * 2020-03-05 2021-09-10 浙江东方基因生物制品股份有限公司 新冠病毒检测的试剂以及检测方法
CN114780421A (zh) * 2022-04-29 2022-07-22 中国航发控制系统研究所 基于虚拟指令集平台的异常测试方法、系统及存储介质

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Development and evaluation of a new recombinant protein vaccine (YidR) against Klebsiella pneumoniae infection;Marjory Xavier Rodrigues等;Vaccine;第38卷(第29期);第4640-4648页 *
VectorBuilder:A revolutionary online tool for DNA vectors;Marvin(Yingbin) 等;纪念DNA双股螺旋结构发现60周年盛大庆典——2013第四届中国(南京)国际DNA和基因组活动周论文集;第53页 *
人MGL真核表达载体的构建及其在细胞内定位的研究;刘占英;中国优秀硕士学位论文全文数据库 基础科学辑(第1期);A006-176 *
人SUMO1基因的真核表达载体构建及其RNA干扰靶点筛选;吴勇延 等;安徽农业科学;第38卷(第29期);第16134-16137页 *
基于CRISPR-Cas9技术的无启动子基因组定点整合系统的构建及其体外实验研究;胡维欣;中国优秀硕士学位论文全文数据库 医药卫生科技辑(第4期);E060-115 *

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