MXPA02007190A

MXPA02007190A - Proteina relacionada a liv-1, polinucleotidos que codifican para la misma y uso de la misma para el tratamiento de cancer.

Info

Publication number: MXPA02007190A
Application number: MXPA02007190A
Authority: MX
Inventors: Austin L Gurney
Original assignee: Genentech Inc
Priority date: 2000-01-25
Filing date: 2001-01-25
Publication date: 2003-02-12
Also published as: CA2395832A1; AU3458401A; IL150592A0; US20070264267A1; WO2001055178A9; US7982015B2; US20030215457A1; ZA200205191B; EP1263780A2; JP2003523207A; WO2001055178A3; US20080138345A1; US7691566B2; KR20020073181A; US7285382B2; WO2001055178A2; IL202332A0

Abstract

La presente invencion se refiere a las composiciones y metodos para el tratamiento de desordenes caracterizados por la sobreexpresion de un polipeptido LIV- 1. Mas especificamente, l a s composiciones incluyen el ADN y las secuencias de aminoacidos de un LIV-1, los anticuerpos para un LIV-1, y los metodos para el tratamiento de un mamifero susceptible de o diagnosticado con cancer, en donde es sobreexpresado un LIV-1.

Description

PROTEINA RELACIONADA A LIV-1, POLINÜCLEOTIDOS QUE CODIFICAN PARA LA MISMA, Y USO DE LA MISMA PARA EL TRATAMIENTO DE CÁNCER CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere a las composiciones y métodos para el tratamiento de desórdenes caracterizados por la sobreexpresión de un producto del gen LIV-1 en tumores. Las composiciones comprenden un ácido nucleico, un polipéptido codificado por el ácido nucleico, y un compuesto, preferentemente un anticuerpo o fragmento del mismo, que se enlaza al polipéptido, preferentemente que se enlaza al dominio extracelular del polipéptido LIV-1.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN El cáncer de mama es una forma común y devastadora de cáncer, que afecta a millones de mujeres por año en todo el mundo. Muchos tumores de mama son sensibles a los estrógenos y frecuentemente tratables con compuestos que interfieren con el enlace del estrógeno a los receptores de estrógeno (ERs) expresados sobre el tejido de tumor de mama. Detectando el nivel de expresión de ER y la sensibilidad a la estimulación con estrógeno, es útil para Ref : 140280 ¿ .t determinar que la quimioterapia tipo antihormona puede tener éxito en un paciente particular. La sobreexpresión de los genes inducibles por estrógeno, pLIV-1 y pLIV2 (también designados pS2) , ocurre en algunos tumores de mama que también expresan el receptor de estrógeno. (Manning, D.L. et al., European J. Cáncer 29A (10): 1462-1468 (1993): Manning, D.L. et al., European J. Cáncer 30A (5): 675-678 (1994); Manning, D.L. et al., Acta Oncológica 34 (5) : 641-646 (1995) ; Manning, D.L. et al., Patente de los Estados Unidos No. 5,693,465). La expresión de pLIV-1, pero no pS2 , está asociada con la metástasis de las células de cáncer de mama hacia los nodulos linfáticos regionales (Manning et al., USPN 5,692,465) . Además, la patogénesis de diversas malignidades humanas, incluyendo el cáncer de mama, es afectada por los proto-oncogenes que codifican para los factores de crecimiento y receptores de factores de crecimiento. El gen ErbB2 humano (erbB2, también conocido como her2 , o c-erbB2) , el cual codifica para un receptor de glucoproteína transmembranal de 185 kd (ErbB2, también conocido como HER2 o pl85HER2) relacionado al receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) , es sobre-expresado en aproximadamente 25% a 30% del cáncer de mama humano (Slamon et al., Science 235: 177-182

[1987]: Slamon et al., Science 244: 707-712

[1989] ) . —.'i. j .

Varias líneas de evidencia apoyan un papel directo de ErbB2 en la patogénesis y en la agresividad clínica de los tumores que sobre-expresan ErbB2. La introducción de ErbB2 en las células no neoplásicas provoca su transformación maligna (Hudziak et al., Proc. Nati . Acad. Sci . EUA 84: 7159-7163

[1987]; DiFiore et al., Science 237: 78-182

[1987]). Los ratones transgénicos que expresan ErbB2 desarrollan tumores mamarios (Guy et al., Proc. Nati . Acad. Sci . EUA 89: 10578-10582

[1992]). La sjDbreexpresión de ErbB2 es comúnmente considerada como un predictor de un pobre pronóstico en humanos, especialmente en pacientes con enfermedad primaria que involucra nodulos linfáticos axilares (Slamon et al.,

[1987] y

[1989], supra : Ravdin y Chamness, Gene 159: 19-27

[1995]; y Hynes y Stern, Biochim. Biophys Acta 1198: 165-184

[1994]). Los anticuerpos dirigidos contra los productos de la proteína erbB2 humana (anticuerpos anti-ErbB2) y contra las proteínas codificadas por el equivalente de rata del gen erbB2 (neu) (anticuerpos anti-proteína neu) submodulan la expresión en superficie celular de pl85 sobre las células B104-1-1 (células NIH-3T3 transfectadas con el proto-oncogen neu) e inhiben la formación de colonias de estas células. Drebin et al., Cell 41: 695-706 (1985). Los efectos biológicos de los anticuerpos anti-proteína neu son revisados por Myers et al., Meth . Enzym. 198: 277-290 ¡-U---I-* --..--^-^.--.----<-<At-..--.-i-a---f-- - j¡-.i-i.i.3 (1991) . Ver también 094/22478 publicado el 13 de octubre de 1994. El anticuerpo anti-ErbB2, 4D5, mostró efectos antiproliferativos sobre la línea de células tumorales de 5 mama humanas SKDR3 , inhibiendo la proliferación celular por aproximadamente 56%, y sensibilizando a las líneas de células tumorales de mama que sobre-expresan pl85erbB2 a los efectos citotóxicos de TNF-a. Ver Hudziak et al., Mol . Cell . Biol . 9 (3): 1165-1172 (1989). Ver también 10 O89/06692 publicado el 27 de julio de 1989. Los anticuerpos anti-ErbB2 discutidos en Hudziak et al. son además caracterizados en Fendly et al. Cáncer Research 50: 1550-1558 (1990); Kotts et al. In Vi tro 26 (3): 59A (1990): Sarup et al., Growth Regulation 1 : 72-82 (1991); Shepard et 15 al. J. Clin . Immunol . 11 (3): 117-127 (1991; Kumar et al. Mol . Cell . Biol . 11 (2): 979-986 (1991); Lewis et al. Cáncer Im unol . I munother. 37: 255-263 (1993); Pietras et al. Oncogene 9: 1829-1838 (1994); Vitetta et al. Cáncer Research 54: 5301-5309 (1994); Sliwkowski et al. J. Biol . 20 Chem. 269 (20): 14661-14665 (1994); Scott et al. J. Biol . Chem. 266: 14300-5 (1991); y D ' souza et al. Proc. Nati . Acad. Sci . 91 : 7202-7206 (1994). La sobreexpresión de ErbB2 es también ligada a la sensibilidad y/o a la resistencia a la terapia hormonal y a 25 los regímenes quimioterapéuticos, incluyendo CMF (ciclofosfamida, metotrexato y fluorouracilo) y las - *-^a^^j.aÉ--------l--ááfeL«*'fe«t*** < ,,-_-i--------?------¡-- antraciclinas (Baselga et al., Oncology 11 (33 Supl 1): 43-48

[1997] ) . A pesar de la asociación de la sobreexpresión de ErbB2 con la pobre prognosis, las desigualdades de los pacientes positivos a HER-2 que responden clínicamente al tratamiento con taxanos, fueron mayores de tres veces de aquellas de los pacientes .-negativos a HER-2 (JJbi ) . rhuMab HER2 mostró que aumenta la actividad del paclitaxel (TAXOL®) y de la doxorrubicina contra los xenoinjertos de cáncer de mama en ratones desnudos inyectados con las células de adenocarcinoma de mama humano BT-474, que expresan altos niveles de HER2 (Baselga et al., Breast . Cáncer. Proceedings of ASCO, Vol. 13, Extracto 53

[1994]). Debido a que los cánceres de mama y otros cánceres poseen amenazas constantes a la salud, existe una necesidad continua para desarrollar tratamientos para los cánceres mediante el uso de métodos que dirigen las células cancerosas sin dañar simultáneamente números grandes de células no cancerosas, con lo cual se limitan los efectos colaterales adversos asociados con la quimioterapia de cáncer tradicional. BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere al descubrimiento de una proteína única, LIV-1-164647, que es sobre-expresada en algunos tejidos tumorales, tales como en próstata, colon, pulmón, mama y una población de tumores de mama que sobre-expresan LIV-1-164647, pero no sobre- expresan ErbB2. La presente invención se refiere además a las secuencias de ácido nucleico y a las secuencias de aminoácidos que tienen homología a la secuencia del gen LIV-1 descrita en la presente (designada ADN164647) y la secuencia de aminoácidos de la proteína LIV-1 codificada por ADN164647. El descubrimiento de los solicitantes de que LIV-1-164647 es sobre-expresado en células tumorales, condujo a los descubrimientos adicionales de las composiciones para la detección y el tratamiento de células tumorales y los métodos para llevar a cabo tal detección y tratamiento. En un aspecto, la presente invención se refiere a una secuencia de ácido nucleico que tiene homología a la secuencia de ácido nucleico de ADN164647 (SEQ ID No. 3 (hebra de codificación)), o una porción de la misma.

Preferentemente, la homología es al menos de aproximadamente 80% de homología, más preferentemente al menos aproximadamente 90%, todavía más preferentemente al menos de aproximadamente 95%, y lo más preferentemente al menos aproximadamente 97% de homología. Preferentemente, el ácido nucleico de la invención codifica para un dominio extracelular soluble en agua (ECD) que es al menos 80% homólogo al ADN164647 (SEQ ID No. 5) de aproximadamente el ácido nucleico 73 hasta aproximadamente 1060. Preferentemente, el ácido nucleico homólogo de la invención m^^g^^ se híbrida, bajo condiciones estrictas, a una porción de 30 ácidos nucleicos o más larga de la secuencia de ácido nucleico de ADN164647 (SEQ ID No. 3) o su secuencia complementaria, preferentemente que se hibrida bajo 5 condiciones estrictas a una región de 30 nucleótidos desde el nucleótido 440 hasta e incluyendo el nucleótido 470 de la SEQ ID No. 3, o su secuencia complementaria. En una modalidad relacionada, el ácido nucleico homólogo de la invención comprende una secuencia de ácido nucleico que 10 incluye una secuencia que es al menos 50%, preferentemente al menos 80%, más preferentemente al menos 90% homologa a la secuencia del nucleótido 446 hasta e incluyendo el nucleótido 463 de la SEQ ID No. 3, o una secuencia del nucleótido 2297 hasta e incluyendo el 2337 de la SEQ ID No. 15 3, o ambas secuencias. Más preferentemente, el ácido nucleico aislado comprende una secuencia desde el nucleótido 446 hasta e incluyendo el nucleótido 464 y/o desde el nucleótido 2297 hasta e incluyendo el nucleótido 2337. De acuerdo a la invención actualmente descrita, el 20 ácido nucleico aislado de la invención comprende una secuencia que tiene al menos 65%, preferentemente al menos 75%, más preferentemente al menos 85%, todavía más preferentemente al menos 90% y lo más preferentemente al menos 96% de homología a una secuencia desde 25 aproximadamente el nucleótido 412 hasta e incluyendo el nucleótido 477 de la SEQ ID No. 3, o su secuencia -a¿a^-=-i-Í-Í-t-?.ta,.---.-j»'tt - -,»,-.-..1J^tiMM<-.--.-.. --«-----...-.^ -.,...---.-. i-i---^'»'*-->^^^A--i*»^-^^^^^^« complementaria. Preferentemente, la secuencia codifica para una región rica en histidina de un polipéptido antigénico, preferentemente un ECD. En otro aspecto más, la presente invención se 5 refiere a un polipéptido aislado que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene homología para la secuencia de aminoácidos (SEQ ID No. 4) , o un fragmento de la misma, codificada por o dentro del ADN164647, designada en la presente LIV-1-164647. Preferentemente, la homología 10 e_s al menos de aproximadamente 80%, más preferentemente al menos aproximadamente 90%, todavía más preferentemente al menos aproximadamente 95%, y lo más preferentemente al menos de aproximadamente 97% de homología. Preferentemente, una secuencia de aminoácidos LIV-1-164647 15 de la invención es una ECD soluble acuosa, homologa al aminoácido 1 hasta aproximadamente el aminoácido 327, o un fragmento del mismo que comprende al menos 10 aminoácidos. La región del ECD es fácilmente determinada a partir de la gráfica de hidropatía estándar, que indica la región N- 20 terminal relativamente más hidrofílica de una región transmembranal hidrofóbica. En una modalidad relacionada, la secuencia de aminoácidos homologa de la invención comprende una secuencia desde el aminoácido 126 hasta e incluyendo el aminoácido 132 de la SEQ ID No. 4 25 (específicamente, la secuencia de aminoácidos HDHHSHH (SEQ ID No. 17)), o una secuencia desde el aminoácido 743 hasta mtM^¡^gg^--------------.---Jt„. ,. --..-- -á-»..-.-»-»--.,....^^ ,,.^.,^^^,.aa?-*--^a?^^A^^ e incluyendo el aminoácido 755 de la SEQ ID No . 4 (específicamente, la secuencia de aminoácidos SIFEHKIVFRINF (SEQ ID No. 18), o ambas secuencias. La presente invención incluye además un polipéptido aislado que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 50%, preferentemente al menos 80%, más preferentemente al menos 90% de homología a la SEQ ID No. 17. La presente invención incluye adicionalmente un polipéptido aislado que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 20%, más preferentemente al menos 50%, todavía más preferentemente al menos 80%, y lo más preferentemente al menos 90% de homología a la SEQ ID No. 18. En otra modalidad más, la invención incluye un ácido nucleico aislado de la SEQ ID No. 3 y un polipéptido aislado de la SEQ ID No. 4. La presente invención incluye además un polipéptido aislado que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 65%, más preferentemente al menos 75%, más preferentemente 85%, todavía más preferentemente al menos 90%, y lo más preferentemente al menos 96% a una secuencia desde el aminoácido 114 hasta e incluyendo el aminoácido 135 de la SEQ ID No . 4. La secuencia de aminoácidos desde el aminoácido 114 hasta el 135 es designada SEQ ID No. 19. Una modalidad adicional incluye un polipéptido aislado que comprende la SEQ ID No. 17 y/o la SEQ ID No. 18. En otra modalidad más, la invención incluye un polipéptido aislado que comprende una secuencia de aminoácidos en donde la secuencia es al menos 98% homologa a la secuencia desde el aminoácido 1 hasta e incluyendo el aminoácido 327 de la SEQ ID No. 4, más preferentemente que comprende el ECD de LIV-1-164647. Lo más preferentemente, la secuencia comprende la SEQ ID No. 17, forma una porción del dominio extracelular (ECD) , preferentemente el ECD de • LIV-1-164647. El término "porción" como se utiliza en la presente se refiere a una secuencia que comprende al menos 7 aminoácidos del ECD de LIV-1-164647 desde el aminoácido 1 hasta e incluyendo el aminoácido 327 de la SEQ ID No. 4. En otra modalidad más, la presente invención se refiere a un anticuerpo que se enlaza específicamente a un polipéptido LIV-1. Preferentemente, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal. Más preferentemente, el anticuerpo es un anticuerpo humano o un anticuerpo humanizado. En una modalidad, el anticuerpo reduce la actividad del polipéptido LIV-1 sobre-expresado, en una célula. En otro aspecto más, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal, el cual preferentemente tiene los residuos de la región de determinación de la complementariedad, no humana (CDR) y los residuos de la región estructural humana (FR) . El anticuerpo puede estar marcado y puede ser inmovilizado sobre un soporte sólido. En un aspecto adicional, el anticuerpo es un fragmento de anticuerpo, un anticuerpo de cadena simple, o un anticuerpo anti-idiotípico. Preferentemente, un anticuerpo que se enlaza a LIV-1 de la invención se enlaza específicamente a un polipéptido que tiene al menos aproximadamente 80% de homología, más preferentemente al menos aproximadamente 90% de homología, todavía más preferentemente al menos aproximadamente 95% de homología y lo más preferentemente al menos aproximadamente 97% de homología a la secuencia de ácido nucleico del ECD de LIV-1, o un fragmento de la misma, codificada dentro de la región de codificación de ECD (nucleótidos 1-1000) del ADN164647 (SEQ ID No. 3) . Más preferentemente, un anticuerpo que se enlaza a LIV-1 de la invención se enlaza específicamente a un polipéptido que tiene al menos 80% de homología, más preferentemente 90% de homología, todavía más preferentemente al menos 95% de homología, y lo más preferentemente al menos aproximadamente 97% de homología a la secuencia del ECD de LIV-1 (aminoácidos 1-327 de la SEQ ID No. 4) . En una modalidad preferida, la presente invención se refiere a un anticuerpo aislado que se enlaza específicamente a un polipéptido LIV-1 codificado por una secuencia de ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico que tiene al menos 65%, preferentemente al menos 75%, más preferentemente al menos 85%, todavía más preferentemente al menos 90% y lo más preferentemente al menos 96% de homología a la secuencia desde el nucleótido 446 hasta e incluyendo el nucleótido 463 de la SEQ ID No. 3, o la secuencia de ácido nucleico desde 2297 hasta e incluyendo 2237 de la SEQ ID No. 3, o ambas secuencias de -§*_-> l-----.-fc.A--a-.-, .---«-.-j- -, , a. J.. ^^^.?,?t^:^^^áí ?rF¿í???e^f..^F..f ^r?^.-I---.-... ácido nucleico. En otra modalidad preferida, la presente invención se refiere a un anticuerpo aislado que se enlaza específicamente a un polipéptido LIV-1 que comprende la secuencia de aminoácidos que tiene al menos 65%, preferentemente al menos 75%, más preferentemente al menos 85%, todavía más preferentemente al menos 90%, y lo más preferentemente al menos 96% de homología a la secuencia desde el aminoácido 126 hasta e incluyendo el aminoácido 132 de la SEQ ID No. 4, o la secuencia de aminoácidos desde el aminoácido 743 hasta e incluyendo el aminoácido 755 de la SEQ ID No. 4, o ambas secuencias de aminoácidos. En otra modalidad más, la invención se refiere a un anticuerpo, preferentemente un anticuerpo monoclonal, que se enlaza específicamente al mismo epítope de LIV-1, preferentemente LIV-1-1164647, que se enlaza mediante cualquiera de los anticuerpos monoclonales producidos por las líneas celulares de hibridoma depositadas con la Colección Norteamericana de Cultivo de Especies (American Type Culture Collection (ATCC) ) como se describe en la presente. En una modalidad adicional, la invención incluye un anticuerpo que se enlaza a un polipéptido que comprende una secuencia desde el aminoácido 1 hasta e incluyendo el aminoácido 147 de la SEQ ID No. 4. En otra modalidad más, el anticuerpo se enlaza a un polipéptido que comprende el aminoácido 148 hasta e incluyendo el aminoácido 298 de la i_-----_-_--.,i -fc-t-E-*-- jU-É-JEIts - - -*- "*•»• ^ t-^* SEQ ID No. 4. Preferentemente, los anticuerpos son anticuerpos monoclonales. Más preferentemente, los anticuerpos monoclonales son anticuerpos humanos o anticuerpos humanizados. En otro aspecto más, la invención se refiere a una composición que comprende un anticuerpo que se enlaza al polipéptido LIV-1 en una mezcla con un portador farmacéuticamente aceptable. En un aspecto, la composición comprende una cantidad terapéuticamente efectiva del anticuerpo. En otro aspecto más, la composición comprende un ingrediente activo adicional, el cual puede ser, por ejemplo, un anticuerpo adicional o un agente citotóxico o quimioterapéutico. Preferentemente, la composición es estéril . En una modalidad adicional, la invención se refiere a un ácido nucleico que codifica para un anticuerpo anti-LIV-1 de acuerdo a la invención, y los vectores y las células anfitrionas recombinantes que comprenden tal ácido nucleico . En una modalidad adicional, la invención se refiere a un método para producir un anticuerpo anti-LIV-1 mediante el cultivo de una célula anfitriona transformada con el ácido nucleico que codifica para el anticuerpo, bajo condiciones tales que el anticuerpo es expresado, y recuperando el anticuerpo a partir del cultivo celular. fr 'lífi Ir • - -*-~J *• -** • - *** *' ^HJJ-AJ^a^i?íi^a, La invención se refiere además a los antagonistas y agonistas de un polipéptido LIV-1, cuyos antagonistas inhiben una o más de las composiciones o actividades del polipéptido LIV-1, y cuyos agonistas imitan una o más de las funciones o actividades del polipéptido LIV-1. Preferentemente, el polipéptido LIV-1 es el polipéptido LIV-1-164647 cuyas funciones o actividades son antagonisadas o agonisadas. En otra modalidad más, la invención se refiere a un método para determinar la presencia de un polipéptido LIV-1 o un fragmento del mismo, que comprende el exponer a una célula sospechosa de contener el polipéptido LIV-1 a un anticuerpo anti-LIV-1 de la invención, y determinando el enlace del anticuerpo a la célula. En otra modalidad más, la presente invención se refiere a un método de diagnóstico de tumores en un mamífero, que comprende la detección del nivel de expresión de un gen que codifica para un polipéptido LIV-1 en una muestra de prueba de células de tejido, obtenidas de mamífero, y en una muestra control de células de tejido normal conocido del mismo tipo celular, en donde un más alto nivel de expresión en la muestra de prueba indica la presencia del tumor en el mamífero del cual se obtuvieron las células del tejido de prueba. En otra modalidad más, la presente invención se refiere a un método para diagnosticar tumores en un mamífero, que comprende el poner en contacto un anticuerpo anti-LIV-1 con una muestra de prueba de células tisulares obtenidas del mamífero, y detectando la formación de un complejo entre el anticuerpo anti-LIV-1 y el polipéptido LIV-1 en la muestra de prueba. La detección puede ser cualitativa o cuantitativa, y puede ser realizada en comparación con la verificación periódica de la formación del complejo en una muestra control de células de tejido normal conocidas, del mismo tipo celular. Una cantidad mayor de complejos formados en la muestra de prueba indica la presencia del tumor en el mamífero del cual fueron obtenidas las células tisulares de prueba. El anticuerpo preferentemente lleva un marcador detectable. La formación del complejo puede ser verificada periódicamente, por ejemplo, por microscopia de luz, citometría de flujo, fluorimetría, u otras técnicas conocidas en la materia. Para los métodos de diagnóstico, la muestra de prueba es usualmente obtenida de un individuo sospechoso de tener desarrollo o proliferación de células neoplásicas (por ejemplo células cancerosas) . En otra modalidad más, la invención involucra un método de diagnóstico del tejido del tumor de mama como el tejido que sobre-expresa la proteína LIV-1 y expresa niveles normales de ErbB2. El método comprende la provisión de una muestra de prueba de tejido sospechosos de ser canceroso, poniendo en contacto la muestra de prueba con un anticuerpo para la forma de origen natural desde el producto del gen LIV-1, poniendo en contacto la misma o una muestra de prueba duplicada con un anticuerpo anti-ErbB2, detectando el enlace relativo de los anticuerpos a la muestra de prueba comparada a una muestra control, donde el control puede ser un control positivo, un control negativo o ambos. Una muestra de prueba que sobre-expresa el producto del gen LIV-1 (con relación al tejido normal), pero no sobre-expresa la proteína ErbB2 (con relación al tejido normal) , es diagnosticada como un miembro de la población de tumores de mama que van a ser tratados por las composiciones y métodos de la invención. Útiles en el método de ensayo de diagnóstico de la invención, son los anticuerpos anti-ErbB2 que se enlazan al dominio extracelular del receptor de ErbB2 , y preferentemente se enlazan al epítope 4D5 o 3H4 dentro de la secuencia de dominio extracelular de ErbB2. Más preferentemente, el anticuerpo es el anticuerpo 4D5. Otros anticuerpos preferidos que se enlazan a ErbB2 incluyen, pero no están limitados a, los anticuerpos 7C2 , 7F3 y 2C4. La información respecto a los anticuerpos anti-ErbB2 es encontrada, por ejemplo, en Hudziak, R.M. et al., Patente de los Estados Unidos No. 5,772,997, incorporada por referencia en la presente en su totalidad. En otro aspecto más, la presente invención se refiere a un equipo de diagnóstico del cáncer, que comprende un anticuerpo anti-LIV-1-164647 y un portador (por ejemplo un amortiguador) en un envase adecuado. El equipo contiene preferentemente las instrucciones para el uso del anticuerpo, para detectar el polipéptido LIV-1. En otro aspecto más, la invención se refiere a un método para inhibir el desarrollo de células tumorales, que comprende el exponer una célula que sobre-expresa un polipéptido LIV-1, a una cantidad efectiva de un agente que inhibe la expresión y/o la actividad del polipéptido LIV-1. El agente preferentemente es un anticuerpo anti-LIV-1- 164647, una molécula orgánica e inorgánica pequeña, un péptido, fosfopéptido, molécula antisentido o de ribozima, o una molécula de triple hélice. En un aspecto específico, el agente, por ejemplo, el anticuerpo anti-LIV-1-164647 induce a la muerte celular, o al menos retarda el desarrollo celular suficientemente para permitir que sean administrados otros métodos de tratamiento del cáncer. En un aspecto adicional, las células tumorales son además expuestas a tratamiento con radiación y/o a un agente citotóxico o quimioterapéutico. En otro aspecto más, la invención se refiere a un método para el tratamiento de un paciente humano susceptible a o diagnosticado con un desorden caracterizado por la sobre-expresión del producto del gen LIV-1 sin la sobre-exprésion del receptor ErbB2. En una modalidad, el método comprende la administración de una cantidad terapéuticamente efectiva de un anticuerpo anti -polipéptido LIV-1, donde la administración puede ser intravenosa, subcutánea u otro método farmacéuticamente aceptable de distribución del anticuerpo. Preferentemente, el anticuerpo se enlaza específicamente a la forma de origen natural del polipéptido LIV-1-164647, en donde el enlace es preferentemente al dominio extracelular o un fragmento del mismo. Preferentemente, la o las dosis iniciales, así como la o las dosis de mantenimiento subsecuentes son administradas subcutáneamente. Opcionalmente, donde la tolerancia del paciente al anticuerpo anti-LIV-1 es conocida, la dosis inicial es administrada por infusión intravenosa, seguida por administración subcutánea de dosis de mantenimiento si la tolerancia del paciente para el anticuerpo es aceptable. De acuerdo a la modalidad de la invención, la dosis o las dosis iniciales son seguidas por dosis subsiguientes de cantidades iguales o más pequeñas del anticuerpo, a intervalos suficientemente cercanos para mantener la concentración sérica máxima del anticuerpo en o por arriba de un nivel objetivo eficaz. Preferentemente, una dosis inicial o una dosis subsiguiente individual no excede 100 mg/kg, y cada dosis subsiguiente es al menos de 1 µg/kg. La elección del método de administración para la dosis inicial y de mantenimiento, es realizada de acuerdo a la habilidad del animal o del paciente humano para tolerar la introducción del anticuerpo en el cuerpo. Donde el anticuerpo es bien tolerado, el tiempo de infusión puede ser reducido. La elección del método de administración como se describe para esta modalidad, aplica a todos los regímenes de administración de fármacos contemplados de acuerdo a la invención. En un aspecto adicional, la invención proporciona un método para trata un cáncer que sobre-expresa el producto génico LIV-1 (que carece de la sobre-expresión de ErbB2) en un paciente humano, que comprende el administrarle al paciente cantidades efectivas de un anticuerpo anti-LIV-1 (cuyo anticuerpo se enlaza preferentemente al dominio extracelular del producto del gen LIV-1) y un agente quimioterapéutico. En una modalidad de la invención, el agente quimioterapéutico es un toxoide que incluye, pero no está limitado a, paclitaxel y doxetaxel . En otra modalidad más, el agente quimioterapéutico es un derivado de antraciclina que incluye, pero no está limitado a, doxorrubicina y epirrubicina. En otra modalidad más, el agente quimioterapéutico no es administrado al paciente simultáneamente con el anticuerpo anti-LIV-1. Pueden también ser administrados al paciente uno o más agentes quimioterapéuticos adicionales. El desorden que va a ser tratado por un método de la invención es preferentemente un tumor benigno o maligno caracterizado por la sobre-expresión del producto del gen LIV-1. Preferentemente, las células malignas del tumor expresan aproximadamente el mismo nivel de ErbB2 (o menor) que una célula no cancerosa del mismo tipo. Por ejemplo, el desorden que va a ser tratado es un cáncer, tal como el cáncer de mama, cáncer de pulmón y cáncer de próstata. En consecuencia, un aspecto de la invención involucra los compuestos que se enlazan a la proteína LIV-1 e inhiben su actividad. Preferentemente, los compuestos se enlazan a la región extracelular de la proteína LIV-1 e inhiben su actividad. En una modalidad de la invención, los compuestos inhibidores son anticuerpos específicos para el producto del gen LIV-1 o fragmentos del mismo. Preferentemente, los compuestos inhibidores de la invención se enlazan específicamente a la región extracelular de la proteína LIV-1. En otro aspecto más, la invención involucra los compuestos que bloquean el enlace de un ligando de activación de la proteína LIV-1. Tales compuestos que bloquean el ligando incluyen, pero no están limitados a polipéptidos, proteínas, anticuerpos y similares. Preferentemente, los compuestos que bloquean el ligando bloquean específicamente la actividad de un ligando activador de LIV-1. Más preferentemente, los compuestos o bloqueadores del ligando, de la invención, inhiben el desarrollo de una célula que expresa LIV-1. á bi?ütr? » . Má i^^^&.^ i^^.^ts. ^- .^?r i^^ .,--¿--.- -..- a-i-ai - En otro aspecto más, la invención involucra un método para identificar un compuesto capaz de inhibir la expresión y/o actividad de un polipéptido LIV-1, que comprende el poner en contacto un compuesto candidato con un polipéptido LIV-1 bajo condiciones y por un tiempo suficiente . y para permitir que estos dos componentes interactúen. En un aspecto específico, ya sea el compuesto candidato o el polipéptido LIV-1 es inmovilizado sobre un soporte sólido. En otro aspecto más, el componente no inmovilizado lleva un marcador detectable. En otro aspecto más, la invención se refiere a un artículo de fabricación, que comprende un recipiente; una composición dentro del recipiente que comprende un anticuerpo anti-LIV-1 que se enlaza a la proteína LIV-1 (que se enlaza preferentemente al dominio extracelular o un fragmento del mismo) o se enlaza a un ligando de activación de la proteína LIV-1; y opcionalmente un marcador sobre o asociado con el recipiente, que indica que la composición puede ser utilizada para el tratamiento de una condición caracterizada por la sobre-expresión de LIV-1 sin sobreexpresión de ErbB2. De acuerdo a otra modalidad más de la invención, el artículo de fabricación incluye además un inserto de envase que comprende instrucciones para administrar el anticuerpo anti-LIV-1 subcutáneamente para al menos una de las dosis, preferentemente para todas las a-A ,-t-«.i.«^.t?.^A----^-4.-----üat-----^ dosis subsiguientes después de la dosis inicial, lo más preferentemente para todas las dosis. Donde los métodos y composiciones de la invención comprenden un anticuerpo anti-LIV-1, el cual específica y preferentemente se enlaza al dominio extracelular de un producto del gen LIV-1, o un fragmento del dominio extracelular. Las composiciones de la invención incluyen preferentemente un anticuerpo LIV-1 humanizado. De este modo, la invención pertenece además a una composición que incluye un anticuerpo que específica y preferentemente se enlaza al dominio extracelular del producto del gen LIV-1, y pertenece al uso del anticuerpo para el tratamiento del cáncer que expresa LIV-1 +/ErbB2 en un humano, por ejemplo, el cáncer que sobre expresa LIV-1 que no coexpresa altos niveles de ErbB2. Preferentemente, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal, por ejemplo, un anticuerpo monoclonal anti-LIV-1 humanizado que se enlaza al dominio extracelular (o una porción del dominio extracelular) de LIV-1 (de aquí en adelante anti-LIV-1) . El anticuerpo puede ser un anticuerpo intacto (por ejemplo, un anticuerpo IgGi intacto) o un fragmento de anticuerpo (por ejemplo, un Fab, F(Ab)2/ un diacuerpo y similares). Las regiones de cadena ligera variable y de cadena pesada variable del anticuerpo anti-LIV-1 humanizado. Estas y otras ventajas y características de la presente invención se volverán aparentes para aquellas g^afta íHí ^^^^fH^ ¡¡¡atmstí | £j ^j^^ personas expertas en la técnica después de leer los detalles de la invención como se describe más completamente enseguida y en las reivindicaciones anexas .

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS Las Figuras 1A-1C son la secuencia de ácido nucleico (SEQ ID No. 1 (secuencia de codificación) , Figura 1A-1 a 1A-2) y la secuencia de aminoácidos (SEQ ID No. 2, Figura IB) de la proteína LIV-1. La porción supra-rayada discontinua se predice que es una secuencia de señal (aproximadamente los aminoácidos 1 al 20) . El dominio extracelular predicho de la proteína LIV-1 es aquella porción de la secuencia de aminoácidos de LIV-1 subrayada por una línea discontinua (aproximadamente los aminoácidos 24 al 312) . El dominio transmembranal predicho se extiende desde aproximadamente el aminoácido 318 hasta aproximadamente el aminoácido 367. Las posiciones aproximadas de los dominios fueron predichas utilizando un programa de análisis de hidropatía estándar. Una secuencia de ácido nucleico (SEQ ID No. 5) que codifica para una porción de LIV-1 y útil en el análisis de microarreglo, se muestra en la Figura 1C. Las Figuras 2A-2B son la secuencia de ácido nucleico y la secuencia de aminoácidos, respectivamente, correspondientes al ADN 164647. Las figuras 2A1-2A5 son la [ ¡i . i iilli i ni i MI «¿mi Mr-j-M - - "- -*¿»fc- J¡ secuencia de nucleótidos de ADN 164647 que es un ADNc que codifica para una proteina LIV-1 de secuencia nativa. La SEQ ID No. 3 es la hebra de codificación del ADN 164647. la Figura 2B es la secuencia de aminoácidos derivada (SEQ ID No. 4) de un polípéptido LIV-1 nativo codificado por el ADN 164647. Las Figuras 3-1-3-11 son un alineamiento de las secuencias de ácido nucleico SEQ ID No. 1 y la SEQ ID No. 3. Las Figuras 4-1-4-3 son un alineamiento de las secuencias de aminoácidos SEQ ID No. 2 y SEQ ID No. 4. Las secuencias difieren en el ECD (cerca del aminoácido 130 de la SEQ ID No. 4) y la región C-terminal más allá de aproximadamente el aminoácido 740 de la SEQ ID No. 4. Una diferencia de aminoácido simple fue encontrada en el aminoácido 651 de la SEQ ID No. 4. La Figura 5 es un diagrama de flujo que ilustra el método de clonación FLIP hasta el paso de selección por digestión de restricción, como se describe en la presente. Las casillas sombreadas que flanquean la secuencia vector representan las secuencias del gen objetivo. La Figura 6 es una representación gráfica de un análisis de clasificación celular activado fluorescentemente (FACS) en el cual un anticuerpo monoclonal anit-LIV-1-164647 se mostró que se enlaza principalmente a la superficie de las células 3T3 -•* transfectadas con el ADN 164647. El término "pRK5" se refiere a las células transfectadas con el vector que carece de un inserto LIV-1-164647. El término "pRK5-LIV-l- 164647" se refiere a las células transfectadas en el vector que expresa LIV-1-164647 de longitud completa. La Figura 7 es un diagrama de barras que demuestra que el dominio extracelular LIV-1-164647 es expresado sobre la superficie de las células transfectadas con el 7ADN que codifica para la proteína LIV-1-164647 de longitud completa.

DESCRIPCIÓN DE LAS MODALIDADES Definiciones Como se utiliza en la presente, el término "LIV- 1" se refiere a un gen o su proteína codificada, cuyo transcrito génico es detectado por arriba de los niveles normales en algunas células cancerosas. Más específicamente, un gen LIV-1 o la proteína de la presente invención, es uno que es codificado por el ADN 164647 (SEQ ID No. 3) y tiene la secuencia deducida de aminoácidos de la SEQ ID No. . Como se utiliza en la presente, el término LIV-1 se refiere a LIV-1-164647 donde la descripción se refiere a un ácido nucleico que comprende al menos 21 nucleótidos de la SEQ ID No. 3, o donde la descripción se f... ¿i ..^-. ^-^i^-^-a.-i-^ refiere a una secuencia de aminoácidos que comprende al menos 7 aminoácidos de la SEQ ID No. 4, como se describe en la presente. De acuerdo a la invención, LIV-1-164647 es expresado en cantidades más altas de lo normal en una célula, mientras que el gen que codifica para el receptor de ErbB2 no es expresado en cantidades más altas de lo normal . Tal expresión más alta de lo normal es denominada "sobre-exprésion" de un gen o proteína. El término "LIV-1" o "LIV-1-164647" puede ser utilizado para referirse a un gen LIV-1 o su proteína codificada. En general, donde una proteína o péptido es contemplado, el término "proteína LIV-1" será utilizado. El término "producto del gen LIV-1" o "proteína LIV-1" se refiere al producto proteico expresado del gen, preferentemente un polinucleótido o proteína del producto génico. De acuerdo a la invención, una forma de polipéptido o proteína del producto del gen LIV-1, incluye una forma soluble del producto génico (por ejemplo, el dominio extracelular (ECD) del producto del gen LIV-1) , cuya forma soluble es útil como un antígeno para dar origen a los anticuerpos anti-producto génico de LIV-1 que se enlazan al dominio extracelular del producto del gen LIV-1 de longitud completa, e inhiben su activación. Se entiende que el producto del gen LIV-1 puede también referirse al producto del gen del ARN mensajero (ARNm) y, donde es apropiado se realiza la distinción entre la proteína y el -t-i -. 1 ---.---i -|&jj^^| ^--^---,,-.^ ^11 ARNm. Una proteína LIV-1 de acuerdo a la invención es codificada por un ácido nucleico de la invención que comprende una secuencia al menos 80% homologa al ADN 164647 (SEQ ID No. 3 o su complemento; Figura 2A) , preferentemente al menos aproximadamente 90% homologa, más preferentemente al menos 95%, y lo. más preferentemente al menos aproximadamente 97% homologa a la SEQ ID No. 3 o su complemento) o una porción de la misma. Un ácido nucleico de LIV-1 de la invención se hibrida bajo condiciones estrictas a la SEQ ID No. 3 o su complemento) o una porción del mismo. Una proteína LIV-1 de la invención es al menos 80% homologa a la secuencia de aminoácidos codificada por el ADN 164647 (polipéptidos LIV-1 SEQ ID No. 4; Figura 2B) , preferentemente al menos aproximadamente 90% homologa, más preferentemente al menos aproximadamente 95%, y lo más preferentemente al menos aproximadamente 97% homologa a la SEQ ID No. 4 o un fragmento de la misma. Los términos "anticuerpo anti-LIV-1", "anticuerpo LIV-1", y los términos gramaticalmente análogos se refieren a un anticuerpo que se enlaza específicamente al menos a una porción del dominio extracelular de la proteína LIV-1-164647 que tiene una secuencia predicha de aminoácidos de la SEQ ID No. 4 (la secuencia de aminoácidos de longitud completa, predicha del gen LIV-1-164647) . Preferentemente, el anticuerpo se enlaza al dominio extracelular del producto del gen LIV-1, más preferentemente que se enlaza á??lAá?.i??ilr±MA,i?t ^...toL-^-M.-^-,.*-LA ^->^^" ---$- al mismo epítope que los epítopes A, B o C a los cuales se enlazan los anticuerpos monoclonales descritos en la presente. Aún más preferentemente, los anticuerpos anti-LIV-1-164647 se enlaza a un polinucleótido que tiene al menos 65% de homología a una secuencia proveniente del aminoácido 114 hasta e incluyendo el aminoácido 135 de la SEQ ID No. 4. Preferentemente, un anticuerpo anti-LIV-1 de la invención es humano o humanizado, cuando el anticuerpo va a ser utilizado para tratar a un paciente humano. El anticuerpo de la invención es preferentemente uno que se enlaza específicamente a LIV-1-164647 humano, lo que significa que éste no reacciona cruzadamente de manera significativa con otras proteínas. En tales modalidades, el grado de enlace del anticuerpo a las proteínas diferentes del producto del gen LIV-1, será menor de aproximadamente 10% como se determina por el análisis de clasificación celular activado por fluorescencia (FACS) o radioinmunoprecipitación (RÍA) . El término "anticuerpo" es utilizado en el sentido más amplio y cubre específicamente, por ejemplo, los anticuerpos monoclonales simples anti-LIV-1 (incluyendo los anticuerpos agonistas, antagonistas y neutralizadores) , las composiciones del anticuerpo anti-LIV-1 con especificidad poliepitópica, los anticuerpos anti-LIV-1 de cadena simple) . El término "anticuerpo monoclonal" como se utiliza en la presente, se refiere a un anticuerpo obtenido Ádú AA?jJía ? **~^. ßÉÍaít*t¿ß¡* É ?i a partir de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, por ejemplo, los anticuerpos individuales que comprenden las poblaciones son idénticos excepto por las posibles mutaciones de origen natural que pueden estar presentes en cantidades menores. Los "anticuerpos" (Abs) e "inmunoglobulinas" (Igs) son glucoproteínas que tienen las mismas características estructurales. Mientras que los anticuerpos muestran especificidad de enlace a un antígeno específico, las inmunoglobulinas incluyen anticuerpos y otras moléculas similares a anticuerpo, las cuales carecen de la especificidad de antígeno. Los polipéptidos del último tipo son, por ejemplo, producidos a bajos niveles por el sistema linfático y a niveles incrementados por los mielomas. El término "anticuerpo" es utilizado en el sentido más amplio y cubre específicamente, sin limitación, los anticuerpos monoclonales intactos, anticuerpos policlonales, anticuerpos multiespecífieos (por ejemplo, anticuerpos biespecíficos) , formados a partir de al menos dos anticuerpos intactos, y los fragmentos de anticuerpo siempre y cuando éstos muestren la actividad biológica deseada. Los "anticuerpos nativos" e "inmunoglobulinas nativas" son usualmente glucoproteínas heterotetraméricas de aproximadamente 150,000 daltones, compuestos de dos cadenas ligeras (L) idénticas y dos cadenas pesadas (H) idénticas. Cada cadena ligera está enlazada a una cadena pesada por un enlace disulfuro covalente, mientras que el número de enlaces disulfuro varía entre las cadenas pesadas de diferentes isotipos de inmunoglobulina. Cada cadena pesada. y ligera también tiene puentes disulfuro intracatenarios regularmente espaciados. Cada cadena pesada tiene en un extremo un dominio variable (VH) seguido por un número de dominios constante. Cada cadena ligera tiene un dominio variable en un extremo (VL) y un dominio constante en el otro extremo: el dominio constante de la cadena ligera está alineado con el primer dominio constante de la cadena pesada, y el dominio variable de la cadena ligera está alineado con el dominio variable de la cadena pesada. Se cree que residuos de aminoácidos particulares forman una interfaz entre los dominios variables de cadena ligera y cadena pesada. El término "variable" se refiere al hecho de que ciertas porciones de los dominios variables difieren extensamente en la secuencia entre anticuerpos, y son utilizados en el enlace y especificidad de cada anticuerpo particular para su antígeno particular. No obstante, la variabilidad no está uniformemente distribuida a todo lo largo de los dominios variables de los anticuerpos. Ésta se concentra en tres segmentos llamados regiones de determinación de la complementariedad (CDRs) o regiones hipervariables en los dominios variables de cadena ligera y de cadena pesada. Las porciones más altamente conservadas de los dominios variables son llamadas la estructura (FR) . los dominios variables de las cadenas pesadas y ligeras nativas, comprenden cada uno cuatro regiones FR, adoptando en gran medida una configuración de lámina, conectada por tres CDRs, que forman rizos que conectan, y en algunos casos que forman parte de, la estructura de hoja o lámina. Las CDRs en cada cadena son mantenidas juntas en estrecha proximidad por las regiones FR y, con las CDRs provenientes de la otra cadena, contribuyen a la formación del sitio de enlace al antígeno de los anticuerpos (ver Kabat et al., NIH Publ. No. 91-3242, Vol. I, páginas 647-669 (1991)). Los dominios constantes no están involucrados directamente en el enlace de un anticuerpo a un antígeno, sino que muestran diversas funciones efectoras, tales como la participación del anticuerpo en la toxicidad celular dependiente del anticuerpo. El término "región hipervariable" cuando se utiliza en la presente se refiere a los residuos de aminoácidos de un anticuerpo, que son responsables para el enlace al antígeno. La región hipervariable comprende los residuos de aminoácidos provenientes de una "región de determinación de la complementariedad" a la "CDR" (por ejemplo, los residuos en el dominio variable de cadena ligera y los residuos en el dominio variable de cadena pesada; Kabat et al., Sequences of Proteins of ~ < gtgmn ^^^^ ^,^^^.? ^^^^ l^ ^^.^Aá^ ^ kL Immunological Interest. 5a Ed. Public Health Service, National Institute of Health, Bethesda, MD.

[1991]) y/o aquellos residuos provenientes de un "rizo hipervariable" (por ejemplo, los residuos en el dominio variable de la cadena ligera y los residuos en el dominio variable de la cadena pesada; Clothia y Lesk, J. Mol. Biol . , 196: 901-917

[1987]). Los residuos "estructurales" o "FR" son aquellos residuos de dominio variable diferentes de los residuos de la región hipervariable como se define en la presente . Los "fragmentos de anticuerpo" comprenden una porción de un anticuerpo intacto, preferentemente la región variable o que se enlaza al antígeno, del anticuerpo intacto. Los ejemplos de fragmentos de anticuerpo incluyen los fragmentos Fab, Fab ' , F(ab')2 y Fv; los diacuerpos; anticuerpos lineales (Zapata et al., Protein Eng. , 8 (10): 1057-1062

[1995] ) ; moléculas de anticuerpo de cadena simple, y anticuerpos muítiespecífieos formados a partir de fragmentos de anticuerpo. La digestión con papaína de los anticuerpos produce los fragmentos idénticos que se enlazan al antígeno, llamados fragmentos "Fab", cada uno con un sitio simple de enlace al antígeno, y un fragmento "Fc" residual, cuyo nombre refleja su habilidad para cristalizarse rápidamente. El tratamiento con pepsina produce un fragmento F(ab')2 que tiene dos sitios que se combinan con el antígeno y es todavía capaz de reticular el antígeno.

"Fv" es el fragmento de anticuerpo mínimo que contiene un sitio completo de reconocimiento y enlace al antígeno. Esta región consiste en un dímero de un dominio variable de cadena pesada y uno de cadena ligera en asociación no covalente fuerte. Esta es la configuración en la que las tres CDRs de cada dominio variable interactúan para definir un sitio de enlace al antígeno sobre la superficie del dímero VH-VL. Colectivamente, las seis CDRs confieren especificidad de enlace al antígeno, al anticuerpo. No obstante, incluso un dominio variable simple (o la mitad de un Fv que comprende únicamente tres CDRs específicas para un antígeno) tiene la habilidad para reconocer y enlazar al antígeno, aunque a una afinidad menor que el sitio de enlace completo. El fragmento Fab también contiene el dominio constante de la cadena ligera y el primer dominio constante (CH1) de la cadena pesada. Los fragmentos Fab difieren de los fragmentos Fab1 por la adición de unos pocos residuos en el extremo carboxilo del dominio CH1 de cadena pesada, incluyendo una o más cisteínas provenientes de la región de bisagra del anticuerpo. Fab'-SH es la designación en la presente para FAb ' en la cual el o los residuos de cisteína de los dominios constantes poseen un grupo tiol libre. Los fragmentos de anticuerpo F(ab')2 originalmente fueron producidos como pares de fragmentos Fab ' los cuales tienen cisteínas de bisagra entre ellos. Son también conocidos otros acoplamientos químicos de los fragmentos de anticuerpo. Las "cadenas ligeras" de los anticuerpos (inmunoglobulinas) provenientes de cualquier especie de vertebrado pueden ser asignadas a uno de dos tipos claramente distintos, llamados kappa (K) y lambda (?) con base en las secuencias de aminoácidos de sus dominios constantes . Dependiendo de la secuencia de aminoácidos del dominio constante de sus cadenas pesadas, las inmunoglobulinas pueden ser asignadas a diferentes clases. Existen cinco clases mayores de inmunoglobulinas: IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, y varias de éstas pueden ser además divididas en subclases (isotipos), por ejemplo, IgGl, IgG2, IgG3, IgG4, IgA e IgA2. Los dominios constantes de cadena pesada que corresponden a las diferentes clases de inmunoglobulinas son llamados a, d, e, ? y µ, respectivamente. Las estructuras subunitarias y las configuraciones tridimensionales de las diferentes clases de inmunoglobulinas son bien conocidas. El término "anticuerpo monoclonal" como se utiliza en la presente, se refiere a un anticuerpo obtenido a partir de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, por ejemplo, los anticuerpos individuales que comprenden la población son idénticos excepto por las posibles mutaciones de origen natural, que pueden estar ib, ^u^m^^gm -?-----1- presentes en cantidades menores. Los anticuerpos monoclonales son altamente específicos, siendo dirigidos contra un sitio antigénico simple. Además, en contraste a las preparaciones de anticuerpo convencionales (policlonales) que típicamente incluyen diferentes anticuerpos dirigidos contra diferentes determinantes (epítopes) , cada anticuerpo monoclonal es dirigido contra un determinante simple sobre el antígeno. Además de su especificidad, los anticuerpos monoclonales son ventajosos ya que éstos son sintetizados por el cultivo de hibridoma, no contaminado por otras inmunoglobulinas. El modificador "monoclonal" indica el carácter del anticuerpo como es obtenido a partir de una población sustancialmente homogénea de anticuerpos, y no se debe considerar que requiera producción del anticuerpo mediante algún método particular. Por ejemplo, los anticuerpos monoclonales que van a ser utilizados de acuerdo con la presente invención pueden ser elaborados mediante el método de hibridoma primeramente descrito por Kohler et al., Nature, 256: 495

[1975] , o pueden ser elaborados mediante métodos de ADN recombinantes (ver, por ejemplo Patente de los Estados Unidos No. 4,816,567). Los anticuerpos monoclonales pueden también ser aislados a partir de genotecas de anticuerpos fago utilizando las técnicas descritas en Clackson et al., Nature, 352: 624-628

[1991] y Marks et al., J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991), por ejemplo.

Los anticuerpos monoclonales en la presente incluyen específicamente los anticuerpos "quiméricos" en los cuales una porción de la cadena pesada y/o ligera es idéntica con u homologa a las secuencias correspondientes a los anticuerpos derivados de una especie particular, o que pertenecen a una clase o subclase de anticuerpo particular, mientras que el resto de la o las cadenas es idéntica a u homologa a las secuencias correspondientes en los anticuerpos derivados de otra especie, o que pertenecen a otra clase de subclase de anticuerpo, así como los fragmentos de tales anticuerpos, siempre y cuando éstos muestren la actividad biológica deseada (Patente de los Estados Unidos No. 4,816,567; Morrison et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 81: 6851-6855

[1984]). Los anticuerpos quiméricos de interés en la presente incluyen las secuencias humanas de región constante, junto con las regiones de enlace al antígeno de origen roedor (por ejemplo, murino) , o anticuerpos "primatizados" que comprenden secuencias de enlace al antígeno, de dominio variable, derivadas de un primate no humano (por ejemplo el Mono del Viejo Mundo, el Simio, el macaco, etc.), o las regiones de enlace al antígeno derivadas de anticuerpos generados en otras especies no humanas, que han sido inmunizadas con el antígeno de interés. Las formas "humanizadas" de los anticuerpos no humanos (por ejemplo de roedor) son inmunoglobulinas quiméricas, cadenas de inmunoglobulina o fragmentos de las mismas (tales como Fv, Fab, Fab ' , F(ab')2 u otras subsecuencias de anticuerpos, que se enlazan al antígeno) que contienen la secuencia mínima derivada de la inmunoglobulina no humana. Para la mayor parte, los anticuerpos humanizados son inmunoglobulinas humanas (anticuerpo recipiente) en las cuales los residuos provenientes de una región hipervariable del recipiente son reemplazados por los residuos provenientes de una región hipervariable de una especie no humana (anticuerpo del donador) tal como de ratón, de rata o de conejo, que tiene la especificidad, afinidad y capacidad deseadas. En algunos casos, los residuos de la región estructural (FR) de la inmunoglobulina humana son reemplazados por los residuos no humanos correspondientes. Además, los anticuerpos humanizados pueden comprender residuos que no son encontrados en el anticuerpo del recipiente ni en el anticuerpo del donador. Estas modificaciones son realizadas para refinar y maximizar adicionalmente el funcionamiento del anticuerpo. En general, el anticuerpo humanizado comprenderá sustancialmente todos de al menos uno, y típicamente dos, dominios variables, en los cuales todos o sustancialmente todos los rizos hipervariables corresponden a aquellos de una inmunoglobulina no humana, y todas o sustancialmente todas las FRs son aquellas de una secuencia de inmunoglobulina humana. El anticuerpo humanizado también comprenderá opcionalmente al menos una porción de una región constante de inmunoglobulina (Fc) , típicamente aquella de una inmunoglobulina humana. Para detalles adicionales, ver Jones et al., Nature , 321: 522- 525 (1986); Reichmann et al., Nature, 332: 323-329

[1988]; y Presta, Curr. Op . Struct . Biol . , 2: 593-596 (1992). Los fragmentos de anticuerpo "Fv de cadena simple" o "sFv" comprenden los dominios VH y VL del anticuerpo, en donde estos dominios están presentes en una cadena polipeptídica simple. Preferentemente, el polipéptido Fv comprende además un enlazador polipeptídico entre los dominios VH y VL que hace posible que el sFv forme la estructura deseada para el enlace al antígeno. Para una revisión de sFv ver Pluckthun en The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, Vol. 113, Rosenburg y Moore eds., Springer-Verlag, Nueva York, pp. 269-315 (1994) . El término "diacuerpos" se refiere a fragmentos pequeños de anticuerpo con dos sitios de enlace al antígeno, cuyos fragmentos comprenden un dominio variable de cadena pesada (VH) conectado a un dominio variable de cadena ligera (VL) en la misma cadena polipeptídica (VH-VL) . Mediante el uso de un ligador que es demasiado corto para permitir el apareamiento entre los dos dominios sobre la misma cadena, los dominios son forzados a aparearse con los dominios complementarios de otra cadena, y crean dos sitios de enlace al antígeno. Los diacuerpos son descritos más completamente en, por ejemplo la Patente Europea EP-404,097; el documento 093/11161; y Hollinger et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 90: 6444-6448 (1993). Un anticuerpo "aislado" es uno que ha sido identificado y separado y/o recuperado de un componente de su ambiente natural . Los componentes contaminantes de su ambiente natural son materiales que podrían interferir con los usos diagnósticos o terapéuticos para el anticuerpo, y pueden incluir enzimas, hormonas, y otros solutos proteicos y no proteicos. En las modalidades preferidas, el anticuerpo será purificado (1) a más de 95% en peso de anticuerpo, como es determinado por el método de Lowry, y lo más preferentemente más de 99% en peso, (2) a un grado suficiente para obtener al menos 15 residuos de la secuencia de aminoácidos N-terminal o interna, mediante el Uso de un secuenciador de copa giratoria, o (3) hasta la homogeneidad mediante SDS-PAGE bajo condiciones reductora o no reductoras utilizando azul de Coomassie o, preferentemente, tinción con plata. El anticuerpo aislado incluye el anticuerpo in si tu, dentro de las células recombinantes ya que al menos un componente del ambiente natural del anticuerpo no estará presente. Ordinariamente, no obstante, el anticuerpo aislado será preparado por al menos un paso de purificación. El término "sobre-expresión" como se utiliza en la presente, se refiere a la sobre-expresión de un gen y/o iJA- ij.á^-- -a-J.^.- M^^ su proteína codificada en una célula, tal como una célula cancerosa. Una célula cancerosa que "sobre-expresa" una proteína, es una que tiene niveles significativamente más altos de esa proteína, en comparación a una célula no cancerosa del mismo tipo tisular. Por ejemplo, de acuerdo a la presente invención, la sobre-exprésion de una proteína LIV-l puede ser provocada por la amplificación del gen o por transcripción o traducción incrementadas. La sobre-expresión de una proteína LIV-1 puede ser determinada en un ensayo de diagnóstico o de pronóstico mediante la evaluación de los niveles incrementados del ARNm de LIV-1 en una célula o tejido (por ejemplo vía un método de PCR cuantitativo) o mediante la detección de una proteína LIV-1 presente sobre la superficie de una célula (por ejemplo vía un ensayo de inmunohistoquímica). Alternativamente, o adicionalmente, se pueden medir los niveles del ácido nucleico que codifica para LIV-1 en la célula, por ejemplo vía la hibridación fluorescente in si tu (FISH: ver 098/45479 publicado en octubre de 1998) , transferencia de Southern, o reacción en cadena de polimerasa (PCR) , tal como la PCR cuantitativa en tiempo real (RT-PCR) . Se puede también estudiar la sobre- expresión de LIV-1 al medir el antígeno difundido (por ejemplo, dominio extracelular de LIV-1) en un fluido biológico tal como suero al poner en contacto el fluido u otra muestra con un anticuerpo que se enlaza a la proteína LIV-1 o un fragmento de la misma. Diversos ensayos in vi tro e in vivo son disponibles para el experto en la técnica. Por ejemplo, alguien puede exponer un fluido o tejido que comprende una proteína LIV-1 o fragmento de la misma, o las células dentro del cuerpo del paciente, a un anticuerpo que está opcionalmente marcado con un marcador detectable, por ejemplo un isótopo radioactivo, y el enlace del anticuerpo a las células en una muestra o en el paciente, puede ser evaluado para la sobre-expresión, por ejemplo, mediante la exploración externa para la radioactividad o mediante el análisis de una biopsia tomada de un paciente previamente expuesto al anticuerpo. Una célula que "sobre-expresa" LIV-1 tiene niveles de ácido nucleico de LIV-1 significativamente más altos de lo normal, en comparación a una célula no cancerosa del mismo tipo tisular. Típicamente, la célula es una célula cancerosa, por ejemplo, una célula de mama, de ovario, de próstata, de estómago, endometrial, de glándulas salivales, de pulmón, de riñon, de colon, de tiroides, de páncreas o de vejiga. La célula puede también ser una línea celular tal como SKBR3 , BT474, Calu 3, MDA-MB-453, MDA-MB-361 o SKOV3. De manera contraria, un cáncer que "no está caracterizado por la sobre-expresión de una proteína LIV-1 o un gen LIV-1", es uno el cual, en un ensayo de diagnóstico no expresa niveles mayores de lo normal del gen Í-.IiliOAá- ^i--^^^ de LIV-1 o la proteína LIV-1, en comparación a una célula no cancerosa del mismo tipo de tejido. Los términos "cáncer" y "cancerosos" se refieren a o describen la condición fisiológica en mamíferos, que está t-ípicamente caracterizada por el crecimiento celular no regulado. Los ejemplos, del cáncer incluyen, pero no están limitados a, carcinoma, linfoma, blastoma, sarcoma y leucemia. Los ejemplos más particulares de tales cánceres incluyen cáncer de mama, cáncer de próstata, cáncer de colon, cáncer de células escamosas, cáncer de pulmón de células pequeñas, cáncer de pulmón de células no pequeñas, cáncer gastrointestinal, cáncer pancreático, cáncer de glioblastoma, cáncer cervical, cáncer de ovario, cáncer de hígado, cáncer de vejiga, hepatoma, cáncer colorrectal, carcinoma endometrial, carcinoma de glándulas salivales, cáncer de riñon, cáncer de hígado, cáncer de vulva, cáncer de tiroides, carcinoma hepático y diversos tipos de cáncer de la cabeza y del cuello. Las frases "amplificación génica" y "duplicación génica" se utilizan intercambiablemente se refieren a un proceso mediante el cual se forman copias múltiples de un gen o de un fragmento de gen en una célula o línea celular particular. La región duplicada (un tramo del ADN amplificado) es a menudo denominada como "amplicón" . Usualmente, la cantidad del ARN mensajero (ARNm) producida, or ejemplo, el nivel de expresión del gen, también se incrementa en la proporción del número de copias elaboradas del gen particular expresado. "Tumor" como se utiliza en la presente, se refiere al desarrollo y la proliferación de todas las células neoplásicas, ya sea maligna o benigna, y todas las células y tejidos precancerosos y cancerosos. "Tratamiento" es una intervención realizada con la intención de prevenir el desarrollo o la alteración de la patología de un desorden. En consecuencia, "tratamiento" se refiere al tratamiento terapéutico y a las medidas profilácticas o preventivas. Aquellos en necesidad de tratamiento incluyen aquellos ya con el desorden, así como aquellos en los cuales va a ser prevenido el desorden. En el tratamiento de tumores (por ejemplo, en el cáncer) , un agente terapéutico puede disminuir directamente la patología de las células tumorales, o hacer las células tumorales más susceptibles al tratamiento por otros agentes terapéuticos, por ejemplo, radiación y/o quimioterapia. La "patología" del cáncer incluye todos los fenómenos que comprometen el bienestar del paciente. Esto incluye, sin limitación, el desarrollo anormal o no controlable de las células, la metástasis, la interferencia con el funcionamiento normal de las células vecinas, la liberación de citocinas u otros productos secretores a niveles anormales, la supresión o el agravamiento de la respuesta inflamatoria o inmunológica, etc. -iJ i- ^i-iEi-A^...»--^^ "Mamífero" para fines del tratamiento, se refiere a cualquier animal clasificado como un mamífero, incluyendo humanos, animales domésticos y de granja, y animales de zoológico, deportivos o de mascota, tales como perros, caballos, gatos, ganado, cerdos, ovejas, etc. Preferentemente, el mamífero es humano. "Portadores" como se utiliza en la presente, incluyen los portadores, excipientes o estabilizadores farmacéuticamente aceptables, los cuales son no tóxicos para la célula o el mamífero que es expuesto a éstos, a las dosis y concentraciones empleadas. Frecuentemente, el portador fisiológicamente aceptable es una solución acuosa de pH amortiguado. Los ejemplos de portadores fisiológicamente aceptables incluyen amortiguadores tales como fosfato, citrato y otros ácidos orgánicos; los antioxidantes incluyen ácido ascórbico; el polipéptido de bajo peso molecular (de menos de aproximadamente 10 residuos) ; las proteínas, tales como albúmina sérica, gelatina o inmunoglobulinas; polímeros hidrofílicos tales como polivinilpirrolidona; aminoácidos tales como glicina, glutamina, asparagina, arginina o lisina; monosacáridos, disacáridos, y otros carbohidratos incluyendo glucosa, mañosa, o dextrinas; agentes quelantes tales como EDTA; alcoholes de azúcar tales como manitol o sorbitol; iones contrarios formadores de sales tales como sodio; y/o surfactantes no iónicos tales como T EENMR, polietilenglicol (PEG) y PLURONICSMR. La administración "en combinación con" uno o más agentes terapéuticos adicionales incluye la administración simultánea (concurrente) y consecutiva en cualquier orden. El término "agente citotóxico" como se utiliza en la presente, se refiere a un sustrato que inhibe o previene la función de las células y/o provoca la destrucción de las células. Se pretende que el término incluya los isótopos radioactivos (por ejemplo, I131, I125, Y90 y Re186), agentes quimioterapéuticos, y toxinas tales como toxinas enzimáticamente activas de origen bacteriano, fúngico, vegetal o animal, o fragmentos de las mismas. Un "agente quimioterapéutico" es un compuesto químico útil en el tratamiento del cáncer. Los ejemplos de agentes quimioterapéuticos incluyen adriamicina, doxorrubicina, epirrubicina, 5-fluorouracilo, arabinósido de citosina ("Ara-C"), ciclofosfamida, tiotepa, busulfan, citosina, taxoides, por ejemplo, paclitaxel (Taxol, Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, NJ) , y doxetaxel (Taxotere, Rhone-Poulenc Rorer, Antony, Rnace) , toxotere, metotrexato, císplatina, melfalan, vinblastina, bleomicina, etopósido, ifosfamida, mitomicina C, mitoxantrona, vincristina, vinorelbina, carboplatino, tenipósido, daunomicina, carminomicina, aminopterina, dactinomicina, mitomicinas, esperamicinas (ver Patente de los Estados Unidos No. 4,675,187), 5-FU, 6-tioguanina, 6-mercaptopurina, actinomicina D, VP-16, clorambucilo, melfalan, y otras mostazas de nitrógeno relacionadas. También incluidos en esta definición están los agentes hormonales que actúan para regular o inhibir la acción hormonal sobre los tumores, tales como tamoxifeno y onapristona. Un "agente inhibidor del crecimiento" cuando se utiliza aquí se refiere a un compuesto o composición que inhibe el desarrollo de una célula, especialmente la célula cancerosa que sobre-expresa cualquiera de los genes identificados en la presente, ya sea in vi tro in vivo . De este modo, el agente inhibitorio del crecimiento es uno el cual reduce significativamente el porcentaje de las células que sobre-expresan tales genes en la fase S. Los ejemplos de agentes inhibitorios del crecimiento incluyen agentes que bloquean la progresión del ciclo celular (en un lugar diferente de la fase S) , tales como los agentes que inducen la detención en Gl y la detención en la fase M. Los bloqueadores clásicos de la fase M incluyen las vincapervincas (vincristina y vinblastina) , taxol, e inhibidores topo II tales como doxorrubicina, epirrubicina, daunorrubicina, etopósido, y bleomicina. Aquellos agentes que detienen Gl también se dispersan en la detención de la fase S, por ejemplo, los agentes alquilantes del ADN, tales como el tamoxifeno, prednisona, dacarbazina, mecloretamina, cisplatina, metotrexato, 5-fluorouracilo, y ara-C. La información adicional puede ser encontrada en The Molecular Basis of Cáncer, Mendelsohn e Israel, eds., Capítulo 1, titulado "Regulación del ciclo celular, oncogénesis y fármacos antineoplásicos" por Murakami et al., (WB Saunders: Filadelfia, 1995), especialmente página 13. "Doxorrubicina" es un antibiótico de antraciclina. El nombre químico completo de la doxorrubicina es (8S-cis) -10- [ (3-amino-2 , 3 , 6-tridesoxi-a-L-lixo-hexopiranosil) oxi] -7,8,9, 10-tetrahidro-6, 8, 11-tr?h?droxi-8- (hidroxiacetil) -l-metoxi-5, 12-naftacendiona. El término "citocina" es un término genérico para las proteínas liberadas por una población celular que actúa sobre otras células como mediadores intercelulares. Los ejemplos de tales citocinas son las lmfocinas, monocinas y hormonas polipeptídicas tradicionales. Incluidas entre las citocmas están la hormona del crecimiento tal como la hormona humana del crecimiento, la N-metionil-hormona humana del crecimiento, y la hormona bovina del crecimiento; la hormona paratiroidea; la tiroxina; insulina; proinsulina; relaxina; prorrelaxina; hormonas glucoproteicas tales como la hormona estimulante del folículo (FSH) , hormona estimulante de la tiroides (TSH) , y la hormona lutemizante (LH) ; factor de crecimiento hepático; el factor de crecimiento de fibroblastos; prolactma; lactógeno placentario; factores a y ß de necrosis tumoral; sustancia inhibidora muleriana; péptido asociado a la gonadotropina de ratón; inhibina; activina,-factor de crecimiento endotelial vascular; integrina; trombopoyetina (TPO) ; factores de crecimiento nervioso tales .como NGF-ß; factor de crecimiento de plaquetas; factores de crecimiento transformantes (TGFs) tales como TGF-a y TGF-ß; factor I y II de crecimiento similar a insulina; eritropoyetina (EPO) ; factores osteoinductivos; interferones tales como interferón a, ß y ?; factores de estimulación de colonias (CSFs) tales como el CSF de macrófago (M-CSF) ; CSF de granulocitos-macrófago (GM-CSF) ; y CSF de granulocitos (G-CSF) ; interleucinas (ILs) tales como IL-1, IL-la, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, 1L-9, IL-11, IL-12; un factor de necrosis tumoral tales como TNF-a o TNF-ß; y otros factores polipeptídicos incluyendo LIF y el ligando en equipo (KL) . Como se utiliza en la presente, el término citocina incluye las proteínas provenientes de fuentes naturales o de cultivo de células recombinantes y los equivalentes biológicamente activos de las citocinas de secuencia nativa. El término "profármaco" como se utiliza en esta solicitud se refiere a un precursor o forma derivada de una sustancia farmacéuticamente activa que es menos citotóxica para las células tumorales en comparación al fármaco progenitor, y es capaz de ser enzimáticamente activada o convertida a la forma progenitora más activa. Ver, por É^-i.-Í,i-É¿J Aá^i^ ejemplo, ilman, "Prodrugs in Cáncer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) y Stella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery" Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed) , pp. 247-267, Humana Press (1985) . Los profármaccs de esta invención incluyen, pero no están limitados a, profármacos que contienen fosfato, profármacos que contienen tiofosfato, profármacos que contienen sulfato, profármacos que contienen péptido, profármacos modificados con D-aminoácidos, profármacos glucosilados, profármacos que contienen ß-lactama, profármacos que contienen fenoxiacetamida opcionalmente sustituida, o profármacos que contienen fenilacetamida opcionalmente sustituida, 5-fluorocitosina y otros profármacos de 5-fluorouridma que pueden ser convertidos al fármaco libre citotóxico, más activo. Los ejemplos de fármacos citotóxicos que pueden ser derivatizados en una forma de profármaco para el uso en esta invención incluyen, pero no están limitados a, aquellos agentes quimioterapéuticos descritos anteriormente. Una "cantidad efectiva" de un polipéptido descrito en la presente o un antagonista del mismo, con referencia a la inhibición del crecimiento de células neoplásicas, el desarrollo tumoral o el desarrollo de células cancerosas, es una cantidad capaz de inhibir, en cierto grado, el desarrollo de las células diana. El término incluye una cantidad capaz de invocar un efecto inhibitorio del crecimiento, citostático y/o citotóxico y/o la apoptosis de las células diana. Una cantidad efectiva de un antagonista del polipéptido LIV-1 para fines de inhibir el desarrollo de células neoplásicas, el desarrollo de t.umores o el desarrollo de células cancerosas, puede ser determinada empíricamente entre una manera rutinaria. Una "cantidad terapéuticamente efectiva" con referencia al tratamiento del tumor, se refiere a una cantidad capaz de invocar uno o más de los siguientes efectos (1) inhibición, en cierto grado, del desarrollo tumoral, incluyendo, el retardo y la detención completa del desarrollo; (2) la reducción en el número de células; (3) reducción en el tamaño del tumor; (4) inhibición (por ejemplo, reducción, retardo o detención completa) de la infiltración de células tumorales dentro de los órganos periféricos; (5) inhibición (por ejemplo, reducción, retardo o detención completa) de la metástasis; (6) aumento de la respuesta inmune anti-tumoral, la cual puede, pero no tiene que dar como resultado la regresión o el rechazo del tumor; y/o (7) alivio, hasta cierto grado, de uno o más síntomas asociados con el desorden. Una "cantidad terapéuticamente efectiva" de un antagonista del polipéptido LIV-l para fines de tratamiento del tumor puede ser determinado empíricamente y de una manera rutinaria.

Una "cantidad inhibitoria del desarrollo" de un antagonista de LIV-1 es una cantidad capaz de inhibir el desarrollo de una célula, especialmente una célula tumoral, por ejemplo, célula cancerosa, ya sea in vi tro o in vivo. Una "cantidad inhibitoria del desarrollo" de un antagonista de LIV-1 para fines de inhibir el desarrollo de las células neoplásicas, puede ser determinada empíricamente y de una manera rutinaria. Una "cantidad citotóxica" de un antagonista de LIV-1 es una cantidad capaz de provocar la destrucción de una célula, especialmente del tumor, por ejemplo, célula cancerosa, ya sea in vi tro o in vivo. Una "cantidad citotóxica" de un antagonista de LIV-1 para fines de inhibir el desarrollo de células neoplásicas, puede ser determinada empíricamente y de una manera rutinaria. "Por ciento (%) de homología o identidad en la secuencia de aminoácidos" con respecto a las secuencias polipeptídicas de LIV-1 identificadas en la presente, es definida como el porcentaje de los residuos de aminoácidos en una secuencia candidata, que son idénticas con los residuos de aminoácidos en una secuencia de LIV-l, después de alinear las secuencias e introducir los espacios vacíos, si es necesario, para lograr la identidad porcentual máxima en la secuencia, y no considerando cualesquiera sustituciones conservadoras como parte de la identidad de secuencias. El alineamiento para fines de determinar la identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos, puede ser lograda de diversas maneras que están dentro de la experiencia en la técnica, por ejemplo, utilizando el software de computadora públicamente disponible tal como el software BLAST, BLAST-2, ALIGN, ALIGN-2 o Megalign (DNASTAR) . Aquellos expertos en la técnica pueden determinar los parámetros apropiados para medir el alineamiento, incluyendo cualesquiera algoritmos necesarios para lograr el alineamiento máximo sobre la longitud completa de las secuencias que son comparadas. Para fines de la presente, no obstante, el % de identidad en los valores de la secuencia de aminoácidos son obtenidos como se describe más adelante mediante el uso del programa de computadora ALIGN-2, para comparación de secuencias, en donde el código de la fuente completa para el programa ALIGN-2 fue registrado por Genentech, Inc., y el código de la fuente mostrado en las Figuras 20A-Q ha sido presentado con la documentación del usuario en la Oficina de Derechos de los E.U., Washington D.C., 20559, donde éste está registrado bajo el Registro de Derechos de Autor Norteamericano No. TXU510087, y se proporciona en la Tabla 1. El programa ALIGN-2 es públicamente disponible a través de Genentech, Inc., South San Francisco, California. El programa ALIGN-2 debe ser recopilado para el uso en un sistema operativo UNIX, preferentemente UNIX V4. OD digital. * *$>&- !% ^ Todos los parámetros de la comparación secuencias son establecidos por el programa ALIGN-2 y no varían. Para fines de la presente, la identidad porcentual de la secuencia de aminoácidos de una secuencia de aminoácidos dada A, a, con o contra una secuencia de aminoácidos B dada (que puede ser alternativamente descrita como una secuencia de aminoácidos A dada que tiene o comprende un cierto porcentaje de identidad de la secuencia de aminoácidos a, con o contra una secuencia de aminoácidos B dada) es calculada como sigue: 100 veces la fracción X/Y donde X es el número de residuos de aminoácidos calificados como concordancias idénticas por el programa de alineamiento de secuencias ALIGN-2 en que el alineamiento del programa A y B, y donde Y es el número total de residuos de aminoácidos en B. Se apreciará que donde la longitud de la secuencia de aminoácidos A no es igual a la longitud de la secuencia de aminoácidos B, la identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos de A a B no será igual a la identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos de B a A. A no ser que se establezca específicamente de este modo, toda la homología en el porcentaje de la secuencia de aminoácidos o los valores de identidad utilizados en la presente, son obtenidos como se describe anteriormente utilizando el programa de computadora de comparación secuencial ALIGN-2. No obstante, la identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos puede también ser determinada utilizando el programa de comparación de secuencias NCBI-BLAST2 (Altschul et al., Nucleic Acids Res. 25: 33-89-3402 (1997)). El programa de comparación de secuencias NCBI-BLAST2 puede ser descargado desde http://www.ncbi.nlm.nih.gov. NCBI-BLAST2 utiliza varios parámetros de investigación, en donde todos esos parámetros de búsqueda son establecidos para los valores por omisión incluyendo, por ejemplo, desenmascarar = si, hebra = todo, apariciones esperadas = 10, longitud de baja complejidad mínima = 15/5, valor e de pasos múltiples = 0.01, constante para pasos múltiples = 25, eliminar bitios por decalaje para el alineamiento de espacio vacío final = 25 y matriz de calificación = BLOSUM62. En situaciones donde es empleado NCBI-BLAST2 para las comparaciones de la secuencia de aminoácidos, la identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos de una secuencia de aminoácidos A dada, a, con o contra una secuencia de aminoácidos B dada (la cual puede ser alternativamente descrita como una secuencia de aminoácidos A dada que tiene o que comprende una cierta identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos para, con o contra una secuencia de aminoácidos B) es calculada como sigue: 100 veces la fracción X/Y donde X es el número de residuos de aminoácidos calificados como concordancias idénticas por el programa de alineamiento de secuencias NCBI-BLAST2 en alineamiento de ese programa de A y B, y donde Y es el número total de residuos de aminoácidos en B. Se apreciará que donde la longitud de la secuencia de aminoácidos A no es igual a la longitud de aminoácidos B, la identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos de A a B no será igual a la identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos de B a A. Además, la identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos puede también ser determinada utilizando el programa de computadora (Altschul et al . , Methods in Bnzymology, 266: 460-480 (1996)). La mayor parte de los parámetros de búsqueda de WU-BLAST2 son establecidos a los valores por omisión. Aquellos no establecidos a los valores por omisión, por ejemplo, los parámetros ajustables, son establecidos con los siguientes valores : tramo de traslape = 1, fracción de traslape = 0.125, umbral de palabra (T) = 11, y matriz de calificación = BLOSUM62. Para fines de la presente, un valor de identidad porcentual en la secuencia de aminoácidos es determinado al dividir (a) el número de residuos de aminoácidos de concordancia idéntica entre la secuencia de aminoácidos del polipéptido LIV-1 de interés, que tiene una secuencia derivada del polipéptido LIV-1 nativo codificado por el ADN 164647 y la secuencia de aminoácidos de comparación, de interés (por ejemplo, la secuencia contra la cual el polipéptido LIV-1 de interés está siendo comparado, que puede ser un polipéptido variante de LIV-1) como es determinado por WU-BLAST2 por (2) el número total de residuos de aminoácidos del polipéptido .LIV-1 de interés. Por ejemplo, en la declaración "un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos A que tiene al menos 80% de identidad de Secuencia de aminoácidos a la secuencia de aminoácidos B", la secuencia de aminoácidos A es la secuencia de aminoácidos de comparación, de interés, y la secuencia de aminoácidos B es la secuencia de aminoácidos del polipéptido LIV-1 de interés. "Por ciento (%) de homología e identidad en la secuencia de ácidos nucleicos" con respecto a las secuencias de ácidos nucleicos que codifican para el polipéptido LIV-1, identificadas en la presente, es definida como el porcentaje de nucleótidos en una secuencia candidata, que son idénticos con los nucleótidos en una secuencia de ácidos nucleicos que codifica para el polipéptido LIV-l, después de alinear las secuencias e introducir espacios vacíos, si es necesario, para lograr la identidad porcentual máxima en la secuencia. El alineamiento para fines de determinar la identidad porcentual en la secuencia de ácidos nucleicos, puede ser lograda de diversas maneras que están dentro de la experiencia en la técnica, por ejemplo, utilizando el software de computadora públicamente disponible tal como el software BLAST, BLAST-2, ALIGN, ALIGN-2 o Megalin (DNASTAR) . Aquellos expertos en la técnica pueden determinar los parámetros apropiados para medir el alineamiento, incluyendo cualesquiera algoritmos necesarios para lograr el alineamiento máximo sobre la longitud completa de las secuencias que son comparadas. Para fines de la presente, no obstante, los valores de identidad pteorcentual en la secuencia de aminoácidos son obtenidos como se describe más adelante mediante el uso del programa de computadora para comparación de secuencias ALIGN-2, en donde el código de la fuente completa para el programa ALIGN-2 ha sido presentado con la documentación del usuario en la Oficina de Derechos de Autor de los EU, Washington, D.C., 20559, donde éste se registró bajo el No. De Registro de Derechos de E.U. TXU510087, y es proporcionado en la presente en la Tabla 1 como código de fuente. El programa ALIGN-2J es públicamente disponible a través de Genentech, Inc., South San Francisco, California. El programa ALIGN-2 debe ser recopilado para el uso en un sistema operativo UNIX, preferentemente UNIX V4.0D. Todos los parámetros de la comparación de secuencias son establecidos por el programa ALIGN-2 y no varían.

Tabla 1 * C-C incrementado de 12 a 15 * Z es el promedio de EQ * B es el promedio de ND •* concordancia con la detención es _M: detención- J (joker) concordancia = 0 */ #define _M -8 /* valor de una concordancia con una detención */ int _día[26] [26] ={ /* A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z */ /* A */ {2, 0,-2, 0,0, -4, 1,-1, -1,0, -1,-2,-1, 0,_M, 1,0, - 2,1,1,0,0,-6, 0,-3,0}. /* B */ {0, 3, -4, 3, 2, -5, 0,1, -2, 0,0, -3,-2, 2, _M, -1,1, 0,0, 0,0, - 2,-5,0,-3,1} /*C*/ {-2, -4, 15, -5, -5, -4, -3, -3, -2, 0,-5, -6,-5, -4, _M, -3,-5,-4,0, -2, 0, -2, -8,0,0, -. /*D*/ {0, 3, -5, 4, 3, -6, 1,1, -2, 0,0, -4,-3, 2, _M, -1,2, -1,0, 0,0, - 2,-7,0,-4,2}. /*E*/ {0, 2, -5, 3, 4, -5, 0,1, -2, 0,0, -3,-2,1, _M, -1,2-1, 0,0,0, - 2,-7,0,-4,3}. /*F*/ {-4, -5, -4, -6, -5, 9, -5, -2, 1,0, -5, 2, 0,-4, _M, -5, -5,-4, - 3,-3,0,-1,0,0,7,-5}.

/*G*/ (1,0,-3,1,0,-5,5,-2,-3,0,-2, -4, -3, 0,_M, -1,-1, 3,1,0,0,-1,-7,0,-5,0}. /*H*/ {-l,l,-3,l,l,-2,-2,6,-2,0,0,-2,-2,2,_M,0,3,2,-l, 1,0,-2,-3,0,0,2}. 1*1*1 (-1, -2, -2, -2, -2, 1,-3, -2, 5,0, -2,2,2, -2,_M, -2, -2, -2, 1,0,0,4,-5,0,-1,-2} . /*J*/ (0, 0, 0, 0, 0, 0,0, 0,0, 0,0,0, 0,0, _M, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,0} . /*K*/ (-1, 0,-5, 0,0, -5, -2, 0,-2, 0,5, -3,0, 1,_M, -1,1, 3, 0,0,0, - 2,-3,0,-4,0}. L*/ (-2,-3, -6, -4, 3, 2, -4, -2, 2, 0, -3, 6, 4,-3, _M, -3, _M, -3,-2, • 3,-3,-1,0,2,-2,0,-1,-2}. /*M*/ (-1, -2, -5, -3, -2, O, -3, -2, 2, O, O, 4, 6,-2, _M, -2, -1,0,-2, - 1,0,2,-4,0, -2,-1} . /*N*/ (O, 2, -4, 2, 1,-4, O, 2, -2, O, 1,-3, -2,2, _M, -1,1, O, 1,0,0, - 2,-4,0,-2,1}. 1*0* I (_M,_M,_M,_M,_M,_M,_M,_M,_M,_M,_M,_M,_M,_M, 0,_M,_M,_M, -M, - M,_M,_M,_M,_M,_M,_M} . /*P*/ (1,-1,-3,-1,-1,-5,-1,0,-2,0,-1,-3,-2,- 1,_M, 6, O, O, 1,0, O, -1,-6, O, -5,0}. /*Q*/ (O, 1,-5, 2, 2, -5, -1,3, -2, O, 1,-2, -1,1, _M, O, 4, 1,-1, -1,0, - 2,-5,0,-4,3}. /*R*/ ( -2, O, -4, -1,-1, -4, -3, 2, -2, O, 3, -3,0,0, _M, O, 1,6,0, - 1,0,-2,2, O, -4,0} .

/*S*/ (1, 0,0, 0,0, -3, 1,-1, 0,0, -3,-2,1, _M, 1,-1, 0,2, 1,0,-1, - 2,0,-3,0}. /*T*/ (1, 0,-2, 0,0, -3, 0,-1, 0,0, 0,-1,-1, 0,_M, 0,-1, - 1,1,3,0,0,-5,0,-3,0} . /*U*/. (0, 0, 0, 0, 0, 0,0, 0,0, 0,0,0, 0,0,_M, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0, 0,0,0}. /*V*/ { 0,-2, -2 ,-2, -2, -1,-1, -2, 4, 0,-2, 2, 2,-2, _M, -1,-2, -2, - 1,0,0,4,-6,0,-2,-2}. /*W*/ (-6, -5, -8, -7, -7, 0,-7, -3, -50, -3, -2,-4, -4, _M, -6,-5,2, -2,-5,0,-6,17,0,0,-6}. /*X*/ (0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0, 0,_M, 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0}. I*Y* I (-3, -3, 0,-4, -4, 7, -5, 0,-1, 0,-4, -1,-2, -2, _M, -5, -4,-4, - 3,-3,0,-2,0,0,10,-4}. /*Z*/ (0,1, -5,2,3, -5, 0,2, -2, 0,0, -2,-1,1, _M, 0,3, 0,0, 0,0,-2, - 6,0,-4,4}. }; Página 1 de día .h /* */ #incluir <stdio.h> ttincluir <ctype.h> fdefinir MAXJMP 16 /*saltos máximos en un diag*/ #definir MAXGAP 24 /*no continuar penalizando espacios vacíos mayores que éste*/ #definir JMPS 1024 /*saltos máximos en una trayectoria*/ #definir MX 4 /*guardar si existen al menos MX-1 bases desde el último salto*/ #definir DMAT 3 */valor de las bases que concuerdan*/ #definir DMIS 0 /*penalidad para bases mal acopladas*/ #definir DINSO 8 /*penalidad para un espacio vacío*/ #definir DINS1 1 /*penalidad por base*/ #definir PINSO 8 /*penalidad para un espacio vacío*/ #definir PINS1 4 /*penalidad por residuo*/ estruct salto { corto n[MAXJMP]: /*tamaño del salto (neg para retraso) */ corto no firmado x [MAXJMP] : /*no. de base del salto en la sq x*/ } = límites seq a 2?16-1*/ estruct diag { int calificación: /*calificación en el último salto*/ largo desplazamiento: /*desplazamiento del bloque previo*/ corto saltoi : /*índice de salto actual*/ estruct salto jp /*lista de saltos*/ }; estruct trayectoria ( mt spc : /*número de espacios delanteros*/ corto n[JMPS] ; /*tamaño de salto (espacio vacío) */ int x[JMPS] ; /*loc de salto (último elemento antes del espacio vacío) */ }; car *oarchivo; /*nombre del archivo de salida*/ car *nombres [2] ; /*nombre de sec ; obtener secuencias () */ car *prog; /*nombre de prog para msgs err*/ car *sex [2] ; /*secs; obtener secs()*/ int dmax; /*major diag; nw()*/ int dmaxO ; /*diag final*/ int dna; /*ajustar si dna: principal () */ int espacios finales; /*establecer si se penalizan espacios finales*/ int espaciox, espacioy; /*espacios vacíos totales en las secs*/ int len0,lenl; /*lens de sec*/ int ngapx,ngapy; /*número total de espacios vacíos*/ mt smax; /*calificación max; nw()*/ int *xbm; /*mapa de bitios para la concordancia*/ largo desplazamiento; /*desplazamiento actual en .el archivo del salto*/ estruct diag *dx; /*mantiene dragonals*/ estruct trayectoria pp [2] ; /*mantiene trayectoria para las secs*/ car *calloc () , *malloc () *index() , *strcpy() ; car *getseq(), *g_calloc() página 1 de nw.h /*Programa de alineamiento de Needleman-Wunsch * * uso : programas archivol archivo2 * donde el archivol y el archivo2 son dos secuencias de ADN o dos secuencias de proteína. * Las secuencias pueden estar en la casilla superior o la asilla inferior y pueden contener ambigüedad * Cualesquiera líneas que comienzan con ' ;', '>' o '<' son ignorados * Longitud de archivo máximo de 65535 (limitado por la x corta no firmada en la estructura de salto) * Una secuencia con 1/3 o más de sus elementos ACGTU se asume como que es ADN * La salida está en el archivo "alinear . salida" {"align. out") * El programa puede crear un archivo temporal en /tmp para mantener información respecto al rastreo. * Versión original desarrollada bajo BSD 4.3 en una vax 8650 */ #incluir "nw.h" #incluir "día.h" static _dbval[26]={ 1,14, 2, 13, 0,0, 4, 11, 0,0, 12, 0,3, 15, 0,0, 0,5, 6, 8, 8, 7, 9, 0,1 0,0 }; static _?bval [26] ={ 1,2 | (1<<('D,-,A') ) | (1«(»N' -A' ) ) ,4,8,16,32,64, 128,256, 0XFFFFFFF,1<<10,1<<11,1<<12,1«13,1<<14, l«15, 1<<16,1<<17,1<<18, 1<<19 , 1<<20 , l«21 , 1<<22 , 1<<23,1<<24,1<<25| (!<<<< ('E' - 'A' ) ) | (1«( 'Q' - 'A') ) }; principal (ac , av) principal int ac ; car *av[] ; 4 , { prog=av[0] ; si (ac!=3){ fimprimirf (stderr, "uso;%s archivol archivo2/n", prog); fimprimirf (stderr, "donde archivo 1 y archivo2 son dos secuencias de ADN o dos de proteína. \n" ) ; fimprimirf (stderr, "Las secuencias pueden estar en la casilla superior o inferior\n") ; fimprimirf (stderr, "Cualesquiera líneas que comiencen con ';' o '<' son ignoradas\n" ) ; fimprimirf (stderr, "La salida está en el archivo\ "alinear . afuera\ "\n" ) ; salir(l) ; } nombrex [0] =av [1] ; nombrex [1] =av [2] ; secx [0] =obtenersec (nombre [0] , &len0) ; secx [1] =obtenersec (nombrex [1] , d-len) ; xbm= (dna) ?_dbval ;_pbval ; espacios vacíos extremos=0; 1*1 para penalizar espacios vacíos extremos*/ oarchivo= "alinear . fuera" ; /*archivo de salida*/ « .. . nw() ; /*rellenar la matriz, obtener los posibles saltos*/ leersaltos () ; /*obtener los saltos actuales*/ imprimirO; /*imprimir estats, alineamiento*/ limpieza (0); /*conectar ascendentemente cualesquier archivos tmp*/ Página 1 de nw.c /* realizar el alineamiento, devolver mejor calificación; principal () * ADN: valores en Fitch y Smith, PNAS, 80, 1382-1386, 1983 * pro: valores PAM 250 * Cuando las calificaciones son iguales, se prefieren malas concordancias a cualquier espacio vacío, preferir * un nuevo espacio vacío para la extensión de un espacio vacío venidero, y se prefiere un espacio vacío en secx * a un espacio vacío en sec y. */ n ( ) nw { car *px, *py; /*secs y ptrs*/ int *ndely, *dely; /*mantener rastreo de dely*/ int ndelx,delx; /*mantener rastreo de delx*/ int *tmp; /*para barrer hileraO , hileral*/ int mis; /*cal?ficación para cada tiempo*/ int ins0,insl; /*penalidades por inserción*/ registro id; /*índice diagonal*/ registro ij ; /*índice de salto/* registro *colO, *coll; /*calificación para última hilera actual*/ registro xx, yy; /*índice en secs*/ dx=(estruc diag*) g_calloc ( "para obtener diags 'J lenO+lenl+1. tamañof (estruc diag)); ndely= (mt*)g_calloc ("para obtener ndely", lenl+1, tamaño de (int) ) ; dely= (int*) g_calloc ("para obtener dely'J lenl+1, tamaño de(?nt)) ; col0= (mt*)g_calloc ("para obtener colO 'J lenl+1, tamaño de (int) ) ; coll= (int*) G-calloc ("para obtener coll", lenl+1, tamaño de (mt) ) ; ins0=(dna)? DINSO: PINSO; msl= (dna) ? DINS1 : PINS1; smax=10000; si (espacios vacíos extremos) { para (colO [0] =dely [0] =. insO, yy=l; yy<=lenl; yy++) { colO [yy] =dely [yy] =col 0 [yy- 1] - insl ; ndely [yy] =yy; } col0[0]=0; /*Waterman Bull Math Biol 84*/ más para (yy=l; yy<=lenl ;yy++) dely [yy] = . insO ; /*rellenar matriz de concordancia /* para (px=secx[0], xx=l <=len0; px++, xx++) { /*inicializar primera entrada en col */ si (espacios vacíos extremos) { si (xx==l) coll [0] =delx= (insO+insl) ; más coll [0] =delx=col0 [0] -insl; ndelx=xx; } más( coll[0]=0; delx=. insO; ndelx=0; Página 2 de nw.c .nw para (py=secx[l], yy=l; yy<=lenl; py++, yy++) ( mis=colO [yy-i] • si (dna) mis+= (xbm[*px- 'A' ] [*py- ?1] )?DMAT:DMIS; más mis+=_día[*px- ?A'A] [*py- XA'A] ; /*penalidad por actualización para del en sec x; *favorecer nuevo del sobre el del venidero *ignorar MAXGAP si se ponderan espacios vacíos extremos */ si (espacios vacíos extremos | | ndely [yy] < MAXGAP) { si (colO [yy] -insO>=dely [yy] ) { dely [yy] =col0 [yy] - (insO+insl) ; ndely [yy] =1; }más( dely [yy) -=insl; ndely [yy] ++; mas si (colO [yy] - (insO+insl) >=dely [yy] ) { dely [yy] =col0 [yy] - (ins?}insl) : ndely [yy] =1 : }más t * : i ndely [yy] ++; } /*penalidad por actualización para del in y sec; *favorecer nuevo del sobre del venidero */ si (espacios vacíos extremos | | ndelx <MAXGAP) ( si (coll [yy-1] -ins0<=delx) { delx=coll [yy-1] - (insO+insl) ,- ndelx=l; }más{ delx-=insl; ndelx++; } }más{ si (coll [yy-1] - (insO+insl) >=delx) ( delx=col [yy-1] - (insO+insl) ; ndelx=l; }más ndelx++; } /*recoger la calificación máxima; estamos favoreciendo * mis sobre cualquier del y delx sobre dely */ Página 3 de nw.c ...nw id=xx-yy+lenl-l; si (mis>=delx && mis>=dely [yy) ] coll [yy] =mi s; más si (delx>=dely [yy] ) ( coll [yy] =delx; ij=dx[id] . i mp; si (dx[id] . jp.n[0] &&( 'dna ¡ | (ndelx>=MAXJMP && xx>dx[id] . jp.x[ij] +MX) | | m?s>dx[id] calif icación+DINSO) ) ( dx[id] . ijmp++; si (++ij>=MAXJMP) { escribir saltos (id); ?j=dx [id] ijmp= 0 dx[?d] . desplazamiento= desplazamiento; desplazamiento+=tamaño de (estruct salto) +tamaño de (desplazamiento) ; } } dx[id] . jp.n [ij ] =ndelx; dx[id] . jp.x[ij] =xx; dx[id] .calif icación=delx; } más{ coll [yy] =dely [yy] ; ij=dx[id] .ijmp; si (dx[id] . jp.n[0]&&( !dna| | (ndely [yy] >=MAXJMP && xx>dx[id] . jp.x[ij] +MX) mis>dx[?d] . calif icación+DINSO) ) ( - dx [id] . ijmp++; si (xxij>=MAXJMP) { escribir saltos (id) ; ij=dx[id] . ijmp=0; dx [id] desplazamiento= desplazamiento; desplazamiento+=tamaño de (estruct jmp)+tamaño de (desplazamiento) ; } } dx[id] . jp.n[ij] =ndely [yy] ; dx[id] . jp.xfij ] =xx; dx[id] . calif icación=dely [yy] ; } si (xx==lenO&&yy<lenl) { /*última columna */ si (espacios vacíos extremos) coll [yy] -=ins0+insl* (lenl-yy) ; si (coll [yy] >smax) { smax=coll [yy] ; dmax=id; } si (espacios vacíos extremos && xx<len0 ) coll [yy- 1] -=ins0+insl* (lenO -xx) ; si (coll [yy- 1] >smax) ( smax=coll [yy- 1] ; dmax=id; } tmp=col0 ; col0=coll ; coll=tmp; } (vacío) libre ( (car*) ndely) ; (vacío) libre ( (car*) dely) (vacío) libre ( (car*) colO) (vacío) libre ( (car*) coll) Página 4 de nw.c imprimir () --única rutina visible fuera de este módulo * estatic: * getmat () --rastrear hacia atrás mejor trayectoria, contar Concordancias; imprimir () t.--_- 11 --s-r--" * pr_aling () --imprimir alineamiento del descrito en el arreglo p[]; imprimir() * dumpblock () --vaciar un bloque de líneas con números, estrellas: pr_align() * nums () --poner fuera una línea de números; bloque de vaciado () * putlme () --poner fuera una línea (nombre, [num] , sec, [num] ) ; bloque de vaciado () * stars () --poner una línea de estrellas; bloque de vaciado () * stripname () --retirar cualquier trayectoria y precisar desde un nombre de sec */ #?nclu?r "nw.h" idefimr SPC 3 #defm?r P_LINE 256 /*línea de sal ida máxima* / #def?n?r P_SPC 3 /*espacio entre nombre o num y sec*/ externo _day [26] [26] ; mt olen ; /*establecer longitud de línea de salida* / ARCHIVO * fx; /*archivo de sal ida* / imprimir ( ) imprimir { int lx, ly, primer espacio vacío, último espacio vacío; /*traslape*/ I si ( (fx=fabierto (oarchivo. "w"))==0){ fimprimirf (stderr, "%: no puede escribir " s\n", prog, oarchivo) ; limpiar (1) ; } fimprimirf (fx, "<primer secuencia; % (longitud=% d)\n", nombrex [0], lenO) ; fimprimirf (fx, "segunda secuencia; % (longitud=% d) \n", nombrexfl], lenl) ; olen=60; lx=len0; ly=lenl; primer espacio vacío=último espacio vacío=0; si (dmax<lenl-l) { /*espacio vacío delantero en x*/ pp [0] .xpc=ppmer espacio vacío=lenl-dmax-l; ly-=PP [0] .spc; } más si (dmax>lenl-l) { /*espacio vacío delantero en y*/ pp [l] . xpc=primer espacio vacío) dmax- (lenl - 1 ) ; lx- =pp [1] . spc ; } si (dmaxO<len0-l) { /*espacio vacío posterior en x*/ último espacio vacío=lenO-dmaxO-l; lx-=último espacio vacío; } más si (dmaxO>lenO-l) { /*espacio vacío delantero en y*/ último espacio vacío=dmaxO- (lenO-1) ; ly-=último espacio vacío; } obtener mat (lx, ly, primer espacio vacío, último espacio vacío) ; pr_align() ; } Página 1 de nwprint.c /* * rastrear hacia atrás la mejor trayectoria, contar Concordancias */ estatic obtener max (lx, ly, primer espacio vacío, último espacio vacío) obtener mat int lx, ly; /* "núcleo" (menos espacios vacíos extremos)*/ int primer espacio vacío, último espacio vacío /*traslape delantero posterior*/ { int nm, ??, íl, sizO, sizl; car otux[32] ; doble pet; registrar nO , ni ; registrar car *p0, *pl; /*obtener concordancias totales, calificaci on */ i0=il=s?z0=sizl=0 p0=secx[0] +pp [1] .spc; pl=secx[l] +pp [0] .spc; n0=p? [1] . spc+1 nl=pp [0] . spc+1; nm= 0 ; mientras (*p0&&*pl) ( si (sizO) { pl++; nl++; sizO-- ; } más si (sizl) ( p0 + +; n0++; sizl-- más { si (xbm[*pO-'A']&xbm[*pl- 'A'] ) nm++; si (n0++==pp[0] .x[?0] ) siz0=pp [0] .n [i0++] ; si (nl++==pp [1] .x[il] ) sizl=pp[l] .n[il++] ; p0++; pl++; } /* homología de pet; * si se penalizan espacios vacíos externos, la base es la sec más corta * más, recortar sobresalientes y tomar núcleo más corto */ Si (espacios vacíos extremos) lx (len0<lenl) PlenO; lenl; más lx=(lx<ly) ?lx; ly; pct=100. * (doble) nm/ (doble) lx; fimprimirf (fx, "\n") ; flmppmirf (fx, "<%d % de concordancia en un traslape de %d.

Por ciento 2f similitud \n", nm, (nm==l) ?"" : "es", lx, pet); Página 2 de nwprint.c fimprimirf (fx, "<espacios vacíos en primer secuencia; %d" , gapx) ; ...obtener mat si (gapx) { (vacío) simprimirf (outx, " (%d %s%s)", ngapx, (dna)? "base"; "residuo", (ngapx==l) ?"" ; "s") ; fimprimírf (fx, "%s", salidax); fimppmirf (fx, ", espacios vacíos en la segunda secuencia,- %d" , gapy) ; si (gapy) { (vacío) simprimirf (salidax, " (%d %s%s) " , nespacio vacíoy, (ADN)? "base"; "residuo", (nespacio vacíoy==l) ?" " ; "s"); fímprimirf (fx, " %s 'J salidax) ; } Si (adn) fimprimirf (fx, "\n<calificación; %d (concordanc?a=%d, mala concordancia=%d, penalidad por espacio vacío=%d+%d por base) \n" , smax, DMAT, DMIS, DINSO, DINS1) ; más fimprimirf (fx, "\n<calificación; %d (matriz de Dayhoff PAM 250, penalidad por espacio vacío=%d+%d por residuo) \n", smax, PINSO, PINS1) ; si (espacios vacíos extremos) fimprimir (fx, "<espacios vacíos extremos penalizados, espacio vacío extremo; %d %s%s, espacio vacío extremo derecho; %d %s%s\n", primer espacio vacío, (adn) ? "base", "residuo", (primer espacio vacío==l) ?"" ; "s", último espacio vacío, (adn)? "base"; "residuo", (último espacio vacío==l) ?" " ; "s") ; más fimprimirf (fx, '<espacios vacíos extremos no penalizados\n" ) ; } static nm; /*acoplamientos en núcleo--para verificación*/ static lmax; /*longitudes de nombres de archivo desnudos*/ static ij [2] ; /*índice de salto para una trayectoria*/ static nc [2] ; /*número al inicio de la línea actual*/ static ni [2] ; /*número de elemento actual' para espacio vacío*/ gtatic siz [2] ; static car *ps [2] ; /*ptr para elemento actual*/ static car *po [2] /*ptr lapso de car de salida*/ static car out [2] [P_LINE] ; /*línea de salida*/ Static car star [P_LINE] ; Restablecido por estrellas () */ /* * imprimir alineamiento del descrito en trayectoria estruct pp p */ static pr_align() pr_align int nn; /*cuenta de car*/ int más; registro i; para (i=0, lmax=0; i<2; i++) { nm=nombre desnudo (nombrex [1] ) ; si (nn>lmax) ^^m^- Imax^n; nc [i] =1 ; ni [i] =1; siz [i] =ij [i] =0 ps [i] =secx[i] ; po [i] =salida [i] ; Página 3 de nwprint . c para (nn=nm=0, más=l; más;){ ...pr_align para (i=más=0; i<2; i++) ( /* * ¿tenemos más de esta secuencia? */ si (!*ps[i]) continua: más++; si (pp[i] .spc) { /*espacio delantero"/ *p? [i] + + = ' ' ; pp[l] .SpC--; } más si (siz[i])( /*en un espacio vacío*/ *po[i] ++=' - ' ; Siz [i] --; más { /* es tamos poniendo un elemento dß sec *po[l]=*ps[Í] ; si (es más bajo (*ps [i] ) ) *ps [i] =toupper (*ps [i] ) ; po[i] ++; ps [i] ++; /* *¿estamos en el siguiente espacio vacío para esta sec? */ si (ni [i]==pp[i] .x[ij [i] ] ) ( /* *necesitamos fusionar todos los espacios vacíos * en este sitio s?z[i]=pp[i] .n[ij [i]++] ; mientras (ni [i] ==pp [i] .x [ij [i] ] ) siz [i] +=pp [i] .n[ij [i] ++] ; ni [i] ++; } si (++nn==olen | | !másS-& nn) { vaciar bloque (); para (?=0; i<2;i++) po [i] =fuera [i] ; nn=0; /* * vaciar un bloque de líneas, incluyendo números, estrellas: pr_align() */ static bloque de vaciado bloque de vaciado () { registro i; para (i=0; i<2; i++) *po[i] --='\0' ; Página 4 de nwprint . c ...bloque de vaciado (vacío) ponerc ( Jn ' , fx) ; para (i=0; i<2; i++) { si (*fuera[i] && (*fuera [i] !=' ' *(po[i]) ! = ' •) si (i==0) nums ( i ) ; si (i==0 && *fuera[l]) stars () ; poner línea (i) ; si (i==0 SS *fuera[l]) fimprimirf (fx, estrella); si (i==l) nums (i) ; /* * extraer la línea de número; bloque de vaciado () */ static nums (ix) nums int ix; /* índice dentro fuera [] línea de sec de retención */ { car nlínea[P_LINE] ¡ registro i 3¡ car de registro *pn, *px, *py; para (pn=nlínea, i=0; <lmax+P_SPC; i++, pn++) *pn= ' ' ; para (i=nc[ix], py=fuera [ix] ; *py; py++, pn++) ( si (*py==' ' | | *py==<- ') *pn= ' * ; más { si (i%10==0 | | (i==l && nc[ix] !=1) ) { =(l<0)?-i; i; *px= %10+'0 ' ; si (i<0) *p?= ' - ' ; mas tpn= 1++; }^ *pn='\0' ; para (pn=nlínea; *pn; pn++) (vacío) ponerc(*pn, fx) ; (vacío) ponerc('\n', fx) ; } /* * extraer una línea (nombre, [num] , sec, [num] ) ; bloque de vaciado () */ static poner línea (íx) poner línea mt IX; Página 5 de nwprínt . c fc* .poner línea mt i ; registro car *px; para (px=nombre [íx] , i=0; *px && *px!= ; * ; px++, i++) (vacío) ponerc (*px, fx) ; para ( ; ?max+P_SPC; ?++) (vacío) ponerc ( ' ' , fx) ; /* estos cuentan desde 1: * ni [] es el elemento actual (desde 1) * nc [] es número al inicio de la línea actual */ para (px-fuera [íx] ; *px; px++) (vacío) ponerc (*px&0x7F, fx) ; (vacío) ponerc ('\n', fx.) ; */ * poner una línea de estrellas (secs siempre en fuera [? , fuera [1]; bloque de vaciado () */ <stt a ?c estrellas () estrellas { mt i; registro car *p0, *pl, ex, *pxj trayectoria desnuda o prefijo desde pn, retorno len; jr_align() ftatic nombre desnudo nombre desnudó > car *pn; /* nombre de archivo (puede 'Ser trayectoria) */ registro car *px, *py; 10 py=0; para (px=pn; *px; px++) si (*px=='/') •py=px+l; si (py) IB (vacío) strcpy (pn, py) ; retorno (strlen(pn) ) ; i Página 7 de nwprint . c / - 0 * limpieza () --limpieza de cualquier archivo temporal * obtener sec () --leído en sec, establecer adn, len, maxlen * g_calloc () --calloc () con error verificar en * leer salto () --obtener los buenos saltos, desde el archivó temporal si es necesario S * escribir saltos () --escribir un arreglo lleno de saltos a utt archivo temporal: nw() * / #inclu?r "nw.h" #inclu?r <sys/archivo.h> yß car *jnombre= " /tmp/homgXXXXXX" ; /*archivo temporal para saltos*/ ARCHIVO *fj; int limpieza () ; /*limpie-?a de "ÍO archivo temporal */ largo Ibúsqueda ( ) ; /* * remover cualquier archivo temporal si soplamos */ 1$ limpieza (i) limpieza int i ; í • si (fj) (vacío) no enlace ( nombre) ; 20 salir (i) ; } /* * leer, retornar ptr a sec, establecer adn, len, maxlen * saltar líneas comenzando con ':', '<", o '>' 5 * sec en casilla superior o inferior tener sec (archivo, len) obtener .ec car *archivo; /* nombre de archivo */ mt *len; /* sec len*/ car línea

[1024], *psec; registro car *px, *py; mt natgc, tlen; 0 ARCHIVO *fp; Si ( (fp=fabierto (archivo, "r"))==0){ fimprimirf (stderr, "%s; no puede leer %s\n", t *,|*rog, archivo) ; '5 salir (1) ; ) tlen=natgc=0; mientras (fobtiene (línea, 1024, fp) ) { si (*línea== ' J || *línea == ' < ' *línea == ' > ó continúa; para (px=línéa; *px!='\n'; px++) si (está más arriba (*px) está más abajo • (*p?) ) tlen++; } f si ( (psec=malloc ( (no firmado) (tlen+6) ) ) ==0) ( •» * * s* y 92 ^..v y %, ' i ftb fprintf (stderr, »%s; mallocO falló para *" ^fhj ßpe^ %o.J y^S s para %s\n", prog, tlen+6, arch vo) ; ir (1) ; } psec [0] =psec [1] =psec [2] =psec [3] = ' \0 ' ; Página 1 de nwsubr.c ...obtener sec =psec+ ; 1-0 rébobinar (fp) ; íf?ientras (fobtiene (línea, 1024, fp) ) { si (*línea==';' || *línea=='<' *línea== ' > continúa : para (px=línea; *px!='\n'; px++) ( i? si (está más arriba (*px) ) *py++=*px; más si (está más abajo (*px) ) *py++=hacia más arriba (*px) ; si (índice ( "ATGCU" , *py-l) ) ) ío natgc++; *£* } } *py++='\o'; *?y= ?'; 25 (vacío) fcerrar(fp); adn=natgc> (tlen/3 > ; car * §_calloc(tnsg, nx, sz) g_calloc ' car *msg ; /* programa, llamar rutina*/} ínt nx, sz ; /* numero y tamaño de* : t|lementos */ 4x car *px, *calloc(); 10 si ( (px=calloc ((no firmado) nx, (no firmado) sz) ) ==0) { --tí si (*msg) { i JN* fimprimirf (stderr, "%ss g_calloc() falló %s =%d, sz=%d) \n", prog, msg, nx, sz) ; s-alir (1) ; 15 } retorno (px) ; - ? 26 * obtener saltos finales desde dx[] o a chivo temporal, -aju^tár ppt] , reajustar dmax; principal () . #*/ ^ r saltos () ? leer iltos 25 1 mt fd=-l; lnt S1Z, 10, ll; registro i, j, ??; si (f ) ( (vacío) fcerrar(fj); si ( (fd=abrir( nombre, 0_RDONLY, 0)) <0) ( fimprimirf (stderr, "%S; no puede abrir () %s\n", prog, nombre) ; limpieza (1) ; ?a } } para (?=?O=0, dmaxO=dmax, xx=lenO : : ?++) ( mientras (1) ( para (j=dx [dmax] . í mp; J> = 0 && J* dx[dmax] . p.x[j] >=xx; j--) Página 2 de nwsubr.c ... leer saltos si (j<0 && dx[dmax] , desplazamiento && f j ) { (vacío) Ibúsqueda (fd, dxfd ax], 20* desplazamiento, 0) ; (vacío) leer (fd, (car*) S-dx [dmax] . p, tamaño de (salto estruc) ) ; (vacío) leer (fd, (car*) d-dx [dmax] , desplazamiento, tamaño de (dx [dmax], desplazamiento)); 25 dx [dmax] . i mp=MAXJMP- 1 ; } ¿Zk. * ¡r 'J-J ?? 96 •*:&£ ?-* Ü++; más si (siz>0) ( /* espacio vacío ,en primera sec */ pp [0] ,n[iO] =siz; - pp?O] .x[i0] =XX; espacio vacío x++; nespacio vacíox+=siz; /* ignorar MAXGAP cuando se realizan los espacios vacíos >* * 1*0 jj-?xtremos */ siz= (siz<MAXGAP | | espacios vacíos ffixt r errio s ) ? siz; MAXGAP ; Í0 + +; } 15 mas romper; } /* revertir el orden de saltos */ piara (j=o,fio--; j<io; j++, io--)( ?=pp[0] .n[j] ; pp[o] .n[j]=pp[o] = .n[i?] ; pp[0] .n[i?]=i; Í=PPÍ0] .x[j] ; pp[0] .x[j]=pp[0]}-..?[iO] ; pp[0] .x[i0}=i; 2 * para (j=0, ii--; j<ii; j++/ il--) ( i=pp[l] .n[j] ; pp[l] .n[j]-.pp[?] .n[il]; pp [1] .n [il] =i; J ' • & 97 *# , í (vacao) desconectar ( nombre) ; fj=0; .#" desplazam?ento=0 ; } 10 Página 3 de nwsubr. c *. escribir una estructura de salto relleno desplazada de la previa (si la hay) : nw() 15 '*/ escribir saltos ( íx) escribir saltos . int ?x; car *mktemp () ; -0* si (!f )( si (mktemp (jnombre) <0) ( „ fimppmirf (stderr, "%s; no puede realizar fcémpO %s\n", prog, j ombre); limpieza 25 } si ( (fj =fabrir (jnombre, "w"==0) ( .\ de ácidos nucleicos, el % de identidad s-ecuencial efe» 1 ácidos nucleicos de C a D no será igual al % de ideiitid. secue?cial de ácidos nucleicos de D a C. A no ser que se establezca específica«ente. ¡: otro modo, todos los valores de la identidad porcentual de ••<* la secuencia de ácidos nucleicos utilizados !en la pre"s«er-tJe, son obtenidos como se describe * anteriormente utilizando ,e^ programa de computadora de comparación secuencial ABfcCíN-2*. » No obstante, el % de identidad de la secuencia de ácidos 10 nucleicos puede también ser determinado utilizando el programa de comparación secuencial NCBI-BLAST2 (Altschul et al., Nucleic Acids Res . , 25: 3389-3402 (1997)). El .' y programa de comparación de secuencias NCBI-BLAST2 puedf ser ~ descargado de http://www.ncbi.nlm.nih.gov. NCBI-SLAST2 15 utiliza varios parámetros de búsqueda, en donde todot* * ->//-* aquellos parámetros de búsqueda son establecidos a los- " valores por omisión que incluyen, por ejemplo, desenmascarar=si, hebra=todo, apariciones esperadas*?!.0, *" longitud mínima de baja complej ?dad=15/5, valor e de pasos 20 múltiples=0.01, constante para pasos múltiples=25, caída repentina para alineamiento final con espacios vacíos =25 y matriz de calificación=BLOSUM62. En situaciones donde se emplea NCBI-BLAST2 paxa las comparaciones secuenciales, el % de identidad de la 5 secuencia de ácidos nucleicos de una secuencia de ácidos nucleicos C dada, para, con o contra una secuencia de **--~ác?ds-í nucleicos D dada (la cual puede Ser al ernativamente^ descr/i'ta como una secuencia de ácidos nucleicos C dada que ^len o que somprende un cierto porcentaje de identidad en ^La secuencia de ácidos nucleicos para, con o contra una secuencia de ácidos nucleicos D dada) es calculada como V* sigue : 100 veces la fracción W/Z donde es el número de nucleótidos calificados cerno concordancias o acoplamientos idénticos por el programa *de alineamiento de secuencias NCBI-BLAST-2 en el* alineamiento de este programa de C y D, y donde z es el número total de -tiucleótidos en D. Se apreciará que donde la longitud de la .Secuencia C de ácidos nucleicos no es igual a la longitud r e la secuencia D de ácidos nucleicos, el % de identidad de la secuencia de ácidos nucleicos de C a D no será igual al •»^ % de identidad de la secuencia de ácidos nucleicos de D a C Además, los valores del % de identidad de la «secuencia de ácidos nucleicos pueden también ser gerierados 2.O utilizando el programa de computadora WU-BLAST2 (Altscfeul t al., Methods in Enzymology, 266: 460-480 (1996)). La ib Mayoría de los parámetros de búsqueda WU-BLAST-2 son establecidos a los valores por omisión. Aquellos no establecidos a los valores por omisión, por ejemplo, los 25 rSarámetros ajustables, son establecidos con los siguientes valores: tramo de traslape=l, fracción de traslape=0.125, lumbral de palabra (T)«ll, y matriz de V alíf icación=BLOSUM62J Para fines de la presente, un valojf t \ del % de identidad de la secuencia de ácidos nucleicos es r ¿«terminado al dividir (a) el número de nucleótídos «de concordancia idéntica entre la secuencia de acides nucleicos de la molécula de ácidos nucleicos que codifica para el polipéptido LIV-1 de interés, que tiene una secuencia derivada del ácido nucleico que codifica para el ' ¡golipéptido LIV-1 de la secuencia nativa, y la molécula de 10 licido nucleico de comparación, de interés (por, ejemplo, la 'secuencia contra la cual la molécula de ácido nucleico que Codifica para el polipéptido LIV-1 de interés está siendo Comparada, la cual puede ser una variante del polinucleótido LIV-1) como se determina per U-BLAST-2 o 1S (b) el número total de nucleótidos de la molécula de ácido nucleico de interés que codifica para el polipéptido LIV-1. yJ. Por ejemplo, en la declaración "una molécula aislada de ácido nucleico que comprende una secuencia de ácidos , nucleicos A la cual tiene o que tiene al menos 80% de 20 identidad en la secuencia de ácidos nucleicos a la $ cuencia de ácidos nucleicos B", la secuencia de ácidos * > y"*Ss l?licleicós A es la molécula de ácidos nucleicos de " - Comparación, de interés, y la secuencia de ácidos nucleicos 'B- es la secuencia de ácidos nucleicos de la molécula de Si, peídos nucleicos que codifica para el polipéptido LIV-1, de :?2títerés . sten, los adaptadores oligonucleotíd^-cos sintéticos ! o los ligadores son utilizados de acuerdó con la práctica - foiwenciohal . "Exigencia" de las reacciones de hibridación es fácilmente determinable por una persona de experiencia ' ordinaria en la técnica, y en general es un cálculo r empírico dependiente de la longitud de la sonda, de la ^temperatura de lavado y de la concentración dé la sal. En general , sondas más largas requieren mayores temperaturas 10 ' ^ara el recocido adecuado, mientras que sondas más cortas # -necesitan temperaturas menores . La hibridación depende en « general de la habilidad del ADN desnaturalizado para r cocerse cuando las huebras complementarias están presentes éh un ambiente por debajo de su temperatura de fusión. t 16 itre más alto sea el grado de homología deseado entre la V « sonda y la secuencia hibpdable, más alta es la temperatura que puede ser utilizada. Como resultado, £3e Jfe:3prende que temperaturas relativas más altas tenderían a 11§L€ más exigentes las condiciones de reacción, mientras -20 $?e* temperaturas menores hacen lo contrario. Para detalles r ^adicionales y explicaciones de la exigencia de las facciones de hibridación, ver Ausubel et al . , Cur-rßnt * yffltocols in Molecular Biology, Wiley Interscientíe f*Ubl?shers , (1995) . 25 "Condiciones estrictas " o "condiciones de alta Vigencia" como se definen en la presente , pueden ser £. ba a fuerza " |ónica y alta temperatura para lavar, por ejemplo cloruro *?le sodio 0.015 M/citrato de sodio 0.0015 M/dodecilsulfato de sodio al 0.1% a 5Q°C; (2) emplean dudante la hibr?dació»a agente de desnaturalización, tal como formamida, por ejemplo, formamida al 50% (v/v) con 0.1% de albúmina sérica bovina/0.1% de Ficoll/Q.1% de polivínilpirrolidona/amortiguador de fosfato de sodio 50 tnM J* a pH 6.5 con cloruro de sodio 750 mM, citrato de sodio 75' f .?M a 42°C; o (3) emplean 50% de formamida, 5 x SSC (cloruro de sodio 0.75 M, estrato de sodio 0.075 M) , fosfata det ""Sodio 50 M (pH 6.8), 0.1% de pirofosfato de sodio, S ? Solución de Denhardt, ADN sonicado de e-fer a de salmón (Sp « V xg/ral) , 0.1% de SDS, y 10% de sulfato de dextrano a A2 °C, r-tS con lavados a 42°C en 0.2 x SSC (cloruro de sodio/citratb *#•. ?e sodio) y 50% de formamida a 55°C, seguido por un lavado' .de alta exigencia que consiste de 0.1 x áSC que contie e ßDTA a 55°C. "Condiciones moderadamente estrictas" pueden ser Z " ^identificadas como se describe por Sambrook et al., éjolecular Cloning: A Laboratory Manual, Nueva York; Cold Spring Harbor Press, 1989, e incluyen el uso de la solución de lavado y las condiciones de hibridación (por ejemplo, temperatura, fuerza iónica y % de SDS) menos exigentes que? 25 .aquellas descritas anteriormente. Un ejemplo de condiciones moderadamente estrictas es la incubación t@<jla $¿ ?.. !ü »]§mp"lificados identificados en la presente, o que interfieren de otro modo con la interacción de jos jjtolipéptidos codificados con otras proteínas celulares o . ie interfieren de otro modo con la transcripción o *to traducción de un polipéptido LIV-1. Una actividad biológica preferida es la inhibición del desarrollo de una ^Célula tumoral objetivo. Otra actividad biológica •f preferida es la actividad citotóxica que dá como resultado la muerte de la célula tumoral diana. ' 13 El término "actividad biológica" en el contexto de un polipéptido LIV-1 significa la habilidad de un % polipéptido LIV-l para inducir el desarrollo de las células neoplásicas o el desarrollo celular descontrolado o para actuar como una indicación de una forma particular de w» neoplasma que es particularmente metastática. *tf Lá frase "actividad inmunológica" significa la * * üippactividad cruzada inmunológica con al menos un epítope de un polípéptido Liv-i. ? "Reactividad inmunológica -Cruz da co o -fe * , - í 2í?' l tí-iiza en la presente significa que el polipéptido íj^ndidato es capaz de inhibir competitivamente la actividad reund. La reactividad inmunológica cruzada 1(3.' '' js-eferentemente es "específica", lo cual significa que la . actividad de enlace de la molécula de reactividad- it unológica cruzada (por ejemplo, el anticuerpo) , identificada, al polipéptido LIV-1 correspondient es i -S*<ignificativamente más alta (preferentemente al menos 2 veces, más preferentemente al menOs 4 veces, aún más preferentemente al men?s aproximadamente 8 veces, lo más preferentemente al menos roxímadamente 10 veces más alta) que la afinidad de lace de esa molécula a cualquier otro polipéptido nativo. 2J> El término ^antagonista" se utiliza en el sentido más amplio, e incluye cualquier molécula que parcial o ' «¿completamente bloquee, inhiba o neutralice una actividad ológica de un polipéptido LIV-l nativo descrito en la presente, o la transcripción o traducción del mismo. Las %5 .Moléculas antagonistas adecuadas específicamente incluyen" los anticuerpos antagonistas o los fragmentos de & pequeñas, ácidos nucleicos antisentido, etc. Se incluyen •-. los métodos para identificar los antagonistas de, un «^ 1 'polipéptido LIV-1 con una molécula antagonista candídata .y1* 4 Vg -. se mide un cambio detectable en una o más actividades biológicas normalmente asociadas con el polipéptido LIV- . Una "molécula pequeña" es identificada en la Aprésente para tener un peso molecular por debajo de , aproximadamente 500 Daltones. .0 La * palabra "marcador" cuando se utiliza e la presente se refiere a un compuesto o composición detectafc'lse la cual está conjugada directa o indirectamente * Sñ. k anticuerpo, para generar un anticuerpo "marcado" . El * marcador puede ser detectable por sí mismo (por ejemplo',. 15 marcadores radioisotópícos o marcadores fluorescentes) , o * en el caso de un marcador enzimático, pueden catalizar la alteración química de un compuesto sustrato o una -composición que es detectable. Los radiónúclidos que pueden servir como marcadores detectables incluyen, por -30 ejemplo, 1-131, 1-123, 1-125, Y-90, Re-188, Re-186, At-2-U, Cu-67, Bi-212 y Pd-109. Por "fase sólida" se entiende una matriz no acuosa a la cual puede adherirse el anticuerpo de la ^presente invención. Los ejemplos de fases sólidas 25 abarcadas en la presente incluyen aquellas formadas parcial o completamente de vidrio (por ejemplo, vidrio de poro y t los dominios constantes de la inmunoglobultíial • „ y Estructural ente, las ínmünoadhesinas comprenden una fusión 2», ,.• de la secuencia de aminoácidos de la adhésina con ?a T J-i J-í 115 4 t yyf ^conocim nto del antígeno y del sitio de enlace (sitio de >mbínacíón con el antígeno) de un anticuerpo (por ejemplo, V i'héteróloga") , y una secuencia del dominio constante e y . vy de adhesión de una molécula de es una secuencia de aminoácidos >ntígua que comprende al menos el sitio de enlace de un ** -feeeptor o un ligando. La secuencia del dominio constarítíß JJtfe inmunoglobulina en la inmunoadhesina puede ser obtenida V partir de cualquier inmunóguobulina, tales como los S subtipos IgG-1, IgG-2, IgG-3, o IgG-4, IgA (incluyendo IgA- l e IgA-2) , IgE, IcjD o IgM, y cualesquiera subclase o isotipo de las mismas. Los términos '?ER2", "ErbB2", "c-Erb-B2" se , Y * i Utilizan intercambiablemente. A no ser que se indique de * Í^Sf ro modo, los términos "ErbB2", "c-Erb-B2" y "HER2" cuando ' 4He utilizan en la presente se refieren a l proteína hum na, y "erbB2", "c-erb-B2" y "her2" se refieren al gen V?& U&mano. El gen erbB2 humano y la proteína ErbB2 son, poi* -*= <*- descritos en Semba et al., PNAS ' {EUA) 82 í6497-65*0-1 í * (2985) y Yamamoto et al. Nature 319: 230"*234 (1986) X03363) . €rbS2 comprende cuatro El "epítope 4D5" es la región en el dominio «Xtracelular de ErbB2 al cual se enlaza al anticuerpo 4t)5 25 (ATCC CRL 10463) . Este epítope está cercano a la región , ansmembranal de ErbB2. Para seleccionar los anticuerpos r*¿ v&prdximadámente 2 a 50 veces, preferentemente 5 a 50 veces, « y ,1o más preferentemente aproximadamente 10 a 50 veces a-nducción del enlace fíe la anexina con relación a la célula * v** ff tratada en un "e?i¡sayo de enlace de anexina que utiliza * > I células" (ver más adelante) • . * * 1 * Como se utiliza en la presente, el término ' V "epítope de enlace del receptor salvaje" .se refiere a un * ? ^epítope de la región Fc de una molécula de IgG (por ejemplo, IgGi, IgG2, IgG3 o IgG4) que es responsable del incremento de la vida media sérica in vivo de la molécula 2<0 aq ellos én necesidad de tratamiento incluyen aquellos ya ccm el desorden, así como aquellos en los cuales va a ser- paWenido el desorden. ^ Un "desorden" es cualquier condición que podría veneficiarse del tratamiento con el anticuerpo del producto1 tl-gen-LIV-l . Esto incluye desórdenes y enfermedades utiliza para referirse a las instrucciones acostumbradamente incluidas en los empaques comerciales" de productos terapéuticos, que contienen información respecto -(¡ . a las indicaciones, uso, dosificación, administración, ^ contraindicaciones y/o advertencias concernientes al uso de tales productos terapéuticos. **t. El término "concentración en suero1*, J*> "eoncentfación del fármaco en suero", o "concentración del f 15 anticuerpo anti-LIV-1 en suero" se refiere a la - concentración de un fármaco en el suero sanguíneo ® u * mamífero o paciente humano que es tratado con el fárpfefc?Of. "* , La concentración del anticuerpo en suero, por ejemplo, es ., » «preferentemente determinada por ínm'unoensayo*. 20 Preferentemente, el inmunoensayo es ELISA de acuerdo al -J^ procedimiento descrito en la presente, £ El término "concentración máxima en suero'1 se refiere a la concentración máxima del fármaco en el feu^ ©, poco después de la administración del fármaco en paciefité «á animal o humano, después de que el fármaco ha sido distribuido a todo lo largo del sistema sanguíneo, pero tsravés de suero es frecuentemente denominada como ufia Concentración mínima en suero para la eficacia, debido ** a *• Jotra dosis del fármaco va a ser administrada como parte del X v m jpégi en de tratamiento. Si la distribución del fármaco es or administración intravenosa, la concentración a través áfe suero es más preferentemente alcanzada dentro de 1 día Yte una distribución inicial del fármaco, de carga frontal. ft $$£. la administración del fármaco es medíante administraCíóJí s- bcutánea, la concentración máxima en suero ed %:?— ferentemente alcanzada en 3 días o menos. De acuer3o a 1998, US 5770195, expedida el 23 de junio de 1998,' US 5112991 , expedida el 30 de junio de 1998, PCT/US98/2626, p¡blicada el 10 de diciembre de 1998, y PCT/US99/066Í73, r. I1 " , V^publicada el 26 de marzo de 1999, cada una de cuyá^? *á* -"-patentes y publicaciones es incorporada en la presente' por 'referencia en su totalidad. Los siguientes ejemplos son ofrecidos para fines ilustrativos únicamente, y no se pretende que limiten el alcance de la invención de ningún modo. 10 Todas las referencias a patentes y literatura m « Jcitadas en la presente especificación son incorporadas en la misma por referencia, en su totalidad.

EJEMPLOS i Los reactivos comercialmente disponible©' ...referidos en los ejemplos fueron utilizados de acuerdo a ^*-í las instrucciones del fabricante, a no ser que se indique < ^c otro modo. La fuente de aquellas células identificadas ¿& " én los siguientes ejemplos, y a todo lo largo de * la especificación, por los números de acceso de la ATCC es la Colección Norteamericana de Cultivo de Especies (American ?pe Culture Collection) , Manassas VA. A no ser que se . &note de otro modo, la presente invención utiliza 2$ ¡procedimientos estándares de tecnología de ADN #^combinante, tales co o aquellos descritos en la presente i-fti • s4 sobre un soporte sólido. El arreglo es configurado tal 4que * y ft" enfermo, es útil no solamente como un marcador dé ^diagnóstico para la presencia de la condición rde enfermedad, sino también como un objetivo terapéutico para el tratamiento de la condición de enfermedad. Las células tumorales fueron burdamente1 disectadas de las células no cancerosas, en el tejido, <de ""tumor de mama. La tinción con hematoxílma y eosma de las Células confirmó que las células extirpadas eran provenientes del tumor. El ARNm de las células tumoralfes y fque refleja la expresión específica de células de unaf •v variedad de genes) fue convertido al ADNc por la Metodología de RT/PCR, marcado con marcadoras , y se dejó hibpdar a los ESTs arregladbs jgsbre un portaobjetos de vidrio. Un dispositivo e formación de imagen detectó y midió la fluorescencia * de ^da muestra sobre el portaobjetos, donde la fluorescencia r y •. suna cantidad relativamente grande del mensajero. Poca *o Específicamente, el aislamiento del ADN 164647 r Fi fue realizado de acuerdo al siguiente procedimiento. Dos * * sr -cebadores adyacentes 5 ' -fosforilados, LIV1-INV51 y LIV1- JO$V3 ' , fueron diseñados sobre hebras opuestas - Estos cebadores SEQ ID No. 6 y SEQ ID No. 7, fueron -utilizados en ."una reacción de PCR inversa. En una reacción de 50 µl, se agregaron los siguientes reactivos: 50 ng de una genotéca e ADNc de médula ósea en un vector pR SD modificado, que "¡fué propagado en una bacteria positiva a la metilación- ST i y ^"ipicomoles de cada cebador de PCR; 10 nanomolés de cada ' trifosfato de desoxinucleótido, 5 µl de amortiguador P£?i * *. 'ÍOX (Stratagene, La Jolla, California) y 1 µl de Pfu Turbo (Stratagéne, La Jolla, California) . El vec í plasmíc do pRKS (4661 pares de bases) ha sido descrito (Patente Jluropea EP-307 , 247 , publicada el 15 de marzo de 1989) , El "fyéctor pRKS modificado (pRK5. tk.neo) es un derivado de µEfKS teft el cual el gen de la resistencia a la neomicina es ^As rtado/ con lo cual se permite la selección de los ¿Iones resistentes a G418. Las condiciones del ciclo de PCR fue de un ciclo •ré* 94°C por 3 minutos, luego 94°C por 30 segundos, 65°C por » cerevisiae es un microorganismo anfitrión eucariófico,, inferior, comúnmente utilizado. Las células anfitrionas adecuadas para la* r . expresión de LIV-1 son derivadas de organismos multicelulares. Los ejemplos de células de. invertebrado' incluyen células de insecto tales como Diosophila S2 y Spodoptéra Sf9, así como células vegetales. Los ejemplos *- de líneas celulares anfitrionas de mamífero, útiles 10 *> incluyen las células de ovario de hámster Chino (CHO) y COS. Los ejemplos más específicos incluyen la línea CV1 de riñon de mono transformada por el SV40 (COS-7, ATCC CRL , 1651) ;, la línea de riñon embrionario humano (293 o células 293 subclonadas para el desarrollo en el cultivo en J i suspensión, Graham et al., J. Gen. Virol. , 36: 59 (1977)); células de ovario de hámster Chino/-DHPR (CHO, Urlaubí y Chasih, Proc. Nati. Acad. Sci. EOA, 77: 4216 (198?f); * células de Sertoli de ratón (TM4, Mather, Biol . Repr ß . „ 23: 243-251 (1980)); células de pulmón humano (W138, ATCC 20 , CCL 75); células de hígado humano (Hep G2 , HB 8065); y tumor mamario de ratón (MMT 060562, ATCC CCL 51) . La selección de la célula anfitriona apropiada es considerada dentro de la experiencia en la técnica. 15 Y * ?- ^ ¡á>. 2$ 4-3 cual puede ser una secuencia de señal u otro polipépti-d g$e tiene un sitio de escisión específico en el extremo i$ 4 •y r¿ «" . * -- 4.»* .»' sf •i-I i >} , + enominado marcador seleccionable. Los genes de selección l ^típicos codifican para la proteina que (a) confieren v 10 ** resistencia a antibióticos u otras toxinas, por ejemplo, ¿-^ám icili a, neomicina, metotrexato, o tetraciclina, (b) complemento en deficiencias auxotróficas, o (c) suministra futrientes críticos no disponibles de los medios complejos, «*. or ejemplo, el gen que codifica para la D-ala:pina-rasema;Sa 15 """para Bacílli . ? Un ejemplo de marcadores seleccionables adecuados* . . ^| ra células de mamífero son aquellos que hacen posible, la de las" células, componentes parí-, recoger el que codifica para LIV-1, tal como DHPR o la . Una célula huésped apropiada cuando se .. '¡fSraplea DHF& de tipo silvestre es la línea celular Cpp «©efici n e en la actividad de DHFR, preparada^ y propagadía y* ?mo se describe por Urlaub et al., Proc. Nati. Acad. Sci.. * lUA, 77: 4216 (1980). Un gen de selección adecuado para, l* tfeo en levadura es el gen trpl presente en el plásmido -Yjip7 levadura [Stinchcomb et al., Nature, 282: 39 (1$79^;. - ? < -#•4- íS juchas secuencias auiientadoras son ahora conocidas de los ' ' .r rf , V y*. y^i b te el lado tardío del origen de replicac?ón (100-270 , ' ?r A v « H^res de bases) , el aumentador del promotor temprano del jltómegalovirus, el aumentador de polioma, sobre el lado origen de replicación, y los aumentadores El aumentador puede ser empalmado dentro del posición 5 ' ó 3 ' a la secuencia* que codifiíoa ?p *< ? 2t> y Patente Europea EP-117,058.

Y -, ,iv. Detección- de la Amplificación/Expresión del Gen L amplificación y/o expresión del gen puede ser ' } * t__ ipdida en una muestra directamente, por ejemplo, medíante '• transferencia de Southern convencional , transferencia» de f Expresión d LIV-1 en células de mamífero v , células de mamífero. ! El vector pRK5 (ver Patente Buropea EP-307,24#, * » publicada el 15 de marzo de 1989) , es empleado como el Vector de expresión. Opcionalmente, el ADN 164647 de l^-l ?? " fi i **? , S 1 xes ligado dentro de pRK5 con las enzimas de restricción :**» , ; .--feleadioiiadas, para permitir la inserción del ADN de LIV*1 * ., iilizando métodos de ligadura tales como, se describe en ' y I* i robk et al., supra. El vector resultante es llamado JiRKd-ADN 3.64647. y En una modalidad, las células anfit lonás Seleccionadas pueden ser Xas células 293. Las células 29-3 ¡* tamañas (ATCC CCL 1573) son desarrolladas hasta lá **. u y •» *£>nfluencía en placas de cultivo de tejidos en medio t ?. > mi© DMEM suplementado con suero fetal de ternera y *Í5 Clonalmente, componentes nutritivos y/o antibióticos, ioximadamente 10 µg del ADN pRK5-ADN 164647 se mezcla con J ADN 164647 que codifica para un LIV-1 y el promotor, est?J .^ ^ „ V insertado dentro de los sitios de enzima de restricción-, w/lD | adecuados, en el plásmido s leccionado para dirigir lar 1 s i * *¡ expresión intracelular de LIV-1. Para la s creción, ei*A N ,J 4 J que codifica para LIV-1 puede sar clonado dentro 'del * ^ ** plásmxdo seleccionado, junto con el ADN que codifica para - *, el promotor ADH2/GAPDH, un péptido de señal, tal como un 15 * péptido de señal de mamífero, o, por ejemplo, un factpr alfa de levadura o la secuencia de señal/guía secretora $ qé * » ¿ mvertasa, y las secuencias ligadoras (si son' necesaras) |' para la expresión de L?V-1. t Las células de levadura, tales como la cep ^ » < 20 AB110, pueden ser luego transformadas- Con lo plá-tfmidos; de "* expresión descritos anteriormente y cultivadas en medio de * fermentación seleccionados. Los sobrenadantes de levd áija ^y .fue* % ttansformados pueden ser analizados mediante precipltadi?n í con ácido trifluoroacético al 10(% y separación mediante El siguiente método describe la expresión de LIV- *• recombinante en células de insecto infectadas con La secuencia que codifica para LIV-1 es fusionada jJc rriente arriba (5') de un marcador de epítope comprendido r dn ro de un vector de expresión de baculovirus. Tales -Jtarcadores de epítope incluyen los marcadores de poli-Hi$ y' los marcadores de inmunoglobulina (como las regiones Fe" de -2©' IgG) . Pueden ser empleados una variedad de plásmidos, y incluyendo los plásmidos derivados de los plasmidos »ct?mercialmente disponibles tales como pVL1393 (Novagen) . * 4jk? resumen, una secuencia de ácido nucleico que codifica para LIV-1 o la porción deseada de la secuencia de 25 ^codificación de LIV-1 (tal como la secuencia que codifica p-ra el dominio extracelular de una proteína transmembrartal >í <n lavadas, resuspendidas en amortiguador de sonic ción • ,.s>?y 5 ml de Hepes, pH 7.9; cloruro de magnesio 12J 5 mM; ED?A BEL) pb.PH.IgG y pb.PH.Hist son modificaciones del*1 Vector de expresión baculoviral PVL1393 (Pharmiñgen , ""^ - éomercialmente disponible, con las regiones poliligad r s ti codificadas para incluir las secuencias marcadoras His o Fc. Las células son desarrolladas en el medio TNM-"FH de |?p suplementado con 10% de FBS (Hyclone) . Las célul s ¿> í" »2^ "'Son incubadas por 5 días a 28°C. El sobrenadante es ^osech-ado y subsiguientemente utilizado para la prime a J? (Kozbor, J. Zmn.ur.o2 . , 133 : 3001 (1984) ; Brodeur et al . , V * *^ , * -. ^ t Monoclonal Antibody Production Techniques and Applicati^xié, * "* i- •* ** ,5 * V pp . 51 -63 [Marcer Dekker, Inc . , Nueva York, 1987] ) . "f El medio de cultivo en el cual se esjtíán *f. desarrollando las células hibridomas es evaluado para la producción de anticuerpos monoclonales dirigidos contra* el - antígeno. Preferentemente, la especificidad de enlace de ^ *-ao los anticuerpos monoclonales producidos por las células ¿ # ^h'ibridomas es determinada mediante inmunoprecipitación o mediante un ensayo de enlace in vi tro tal como el . \ -t§* (1*980) . . "sí Después de que las células híbridomas , SOffl identificadas, las cuales producen anticuerpos ^ e * especificidad, afinidad y/o actividad deseada, los sloséá .^pµeden ser subclonados mediante procedimientos de dilució limitante, y desarrollados mediante métodos estándar s . (Goding, Monoclonal Antlbodies : Principies and Practipé, 2é pp. 59-103 [Academic Press, 1986]). Los medios de cultivó adecuados para este propósito incluyen, por ejemplo, medió vectores e expres n, que son luego transfectados denttro ,,20' *s?e las células anfitriones tales como las células def »,E. é * t fcbli, células COS de simio, células de Ovario de Háms ey ** * ' > Chino, (CHO) , o células de míeloma que de otro modo nQ y . ^producen lá proteína inmunoglobulina, para» obtener la Síntesis de anticuerpos monoclonales en las células •Í§? j nf itriónas recombinantes . Los artículos de revisión sdteaíd r^¡ lugar de las secuencias murinas homologas (Patente de * ?Y ;Y J>Í ? «til zad s in 'vivo para la terapia tumoral. De hecho, ya que LI -1 está presente sobre una variedad <de tumores,' los Yja ticuerpos -objetivo y su uso terapéutico tplicabilidad general. Sy .* (111) Anticuerpos Humanizados y Humanos < * 'a ¿aminoácidos introducidos en éste a partir de una fuente '?ip es no humana. Estos residuos de aminoácidos no humanos ston a menudo denominados como residuos de "importación" los cuales son típicamente tomados de un dominio variable de ?$* "importación". La humanización puede ser esencialment Realizada siguiendo el método de Winter y colaboradoras fübnes et al., Nature, 321: 522-525 (1986); Riechmaßn t et Si V . ml . , Nature, 332: 323-327 (1988); Verhoeyen et al», Ü-rience, 239: 1534-1536

[1988]), mediante la sustitución d s *a * Ap regiones hipervariables de roedor (por ejemplo, la? "frecuencias CDRs o CDR para las secuencias correspondientes * b un anticuerpo humano) . En consecuencia, ales * anticuerpos "humanizados" son anticuerpos quiméricos í f*3»- "íéatente de los Estados Unidos ?o. 4,816,567) en donde 25 sustanclalmente menos de un dominio variable humano, intacto ha sido sustituido por la secuencia correspondiente V ' • , fragmentos Fab'-SH pueden ser directamente recuperados de 4,0- S. coli y químicamente acoplados para formar fragmentos y * J, P(ab')2 (Cárter et al., Bio/Technology 10: 163 -J.67 [1992*3). . ? ' De acuerdo a otro procedimiento, los fragmentos F(ab'.)^f -pueden ser aislados directamente del cultivo de células > % nfatpon s recombmantes . Otras técnicas para la -'' %. ' producción de fragmentos de anticuerpos serán aparentes * V * ^ara el practicante experto. En otras modalidades, él v anticuerpo de elección es un fragmento Fv de cadena simple y i Y{scFv) . Ver 093/16185. -2F- (v) Anticuerpos biespecíf icos Los anticuerpos biespecíficos son anticuerpos que *« * enen las especificidades de enlace para al menos dos diferentes epítopes. Los ^anticuerpos biespe ?ficos -¿-¿ ejemplares pueden enlazarse a dos epítopes diferentes de la proteína LIV-1. Por ejemplo, un brazo puede enlazars a u í A *,, Eiol ft?ed|ante reducción con mercaptoetilamina * y se meztíla on una cancidad equimolar del otro derivado* de Fab,-*EÉ?B -: ?®* " leucina. ostelny efc al., J. Im unrol . , 148 (5): 1547-ljjJ 40 seleccionados . Para seleccionar los anticuerpos que induceiívla * -muerte celular, pérdida de la integridad de la membraµai * como se indicó por ej emplo por Pl , azul de tripan o ^ Captación de 7AAD es evaluada con relación al control . El ^ 'fensayo preferido es el "ensayo de captación de .P-ß 'Utilizando células BT474". De acuerdo a este ensayo, la"s .células BT474 (las cuales pueden ser obtenidas de 'la <r '«Colección Norteamericana de Cultivo de Especies (Ameriqan "tyPe Culture Collection) Manassas, VA) son cultivadas en el ÍSfiSf ' io Eaígle Modificado de Dulbecco (D-MEM) :?~12 de Hata ( (50:50) suplementado con 10% de FBS inactivado por oajlor ?Hyclone) y L-glutamina 2 mM. (De este modo, el ensayo es Realizado en ausencia del complemento y de células ** Ski fectoras inmunes) . Las células BT474 son sembradas a ufoa 35' densidad de 3 x 106 por caja en cajas de 100 x 20 mm y se pejan acoplar toda la noche. El medio es luego removido y el ^peo de epítope del dominio extracelular de ErbB2 comf 10 "*¿ee determin! mediante el análisis de mutante de " truncamiento y mutagénesis dirigida al sitio (Nakamura et; -. u*> al., J. of Virology 67 (10): 6179-6191 [octubre de 1^9 ílenz et al., J. Cell Biol . , 125 (6): 1395-1F06 [junio* ^ ?.e ' f.994]). Además, donde una secuencia de aminoácido 4* 15 .¿Ijbajrtícular es sospechosa de formar toda o una porslérí sustancial de un epítope, un polipéptld© que consiste de * aquella secuencia que puede ser conectada con el anticuerpo y probada, utilizando técnicas estándares, para s*u labilidad para competir por el enlace al LIV-1-164647, tíal* Í$Ó * oxno el ECD de LIV-1-164647. - . „-, " ara identificar los anticuerpos aht?-LIV-1 que <" . inhiben el desarrollo de las células que expresan LIV-1* en *? ^ B' Cultivo celular por 50 a 100%, puede ser realizado un •. ?y i ^naayo en general como sigue : las células que expresan LIV- i "25, j son desarrolladas en una me=cla 1 : 1 del medio F12 y ME ?iplementado con 10% de suero fetal bovino, glutamina y r?invención con respecto a la función electora, para mejorar i 4,1a actividad del anticuerpo en el tratamiento del cáncetj ' * -* f * *- ^P r e3eraplo. Por ejemplo, el o los residuos de císteíná pueden ser introducidos en la región Fc, con lo cualf sáe #*£ ¡ permite la formación del enlace disulfuro intercateflarioí!en esta región. El anticuerpo homodimérico generado de esté Yf» %odo puede tener capacidad de mternalización mejorada y/4o ''muerte celular mediada por el complemento, incrementada,, f^-ít métlldietilen-triaminopentaacético marcado con carbono Í4 sobre un proíármaco de una manera tal como para convertidla ' * su forma citotóxica, más activa. , Las enzimas que son útiles en el método de esta ^'invención incluyen, pero no están limitadas a, fosfatasa5 ***•* alcalina útil para convertir los profármasos ijue contienen fosfato, a los fármacos libres; arilsulfatasa útil p ra l*f convertir los profármacos que contienen sulfato á f rmacos iY?t «, Jlibres ; c tosina-desaminasa útil para convertir la 5- **> Yjrluorocitosina no tóxica al fármaco anticanceroso 5- fluorouracilo; proteasas, tales como proteasa deserratía, termolislná., subtilísina, carboxipeptldasas y catepsinas (tales corro las catepsinas B y L) , que son útiles para convertir profármacos que contienen el péptido a fármacos 'libres; D-alanilcarboxipeptidasas, útiles para convergir tos profármacos que contienen sustituyentes D*aminoácidos; enzimas de escisión de carbohidratos tales como ß- gjalactosidasa y neuraminidasa útiles para convertir los profármacoe glucosilados a los fármacos libres; ß-lactamasa útil para convertir profármacos derivatizados con ß-' lactamas a fármacos libres; y amidasas de penicilina, tales Como la amidasa de penicilina V o la amídasa de penicilina <S, útiles para convertir los profármacos derivatizados en sus nitrógenos de amina con los grupos fenoxiacetilo o feniacetilc, respectivamente, a fármacos libreé. Alternativamente, los anticuerpos con actividad enzimática, también conocidos en la técnica como "abismas", pueden ser la distribución de la abzima a una población de céluías tumorales . Las enzimas de esta intención- pueden ser covalentemente enlazadas a los anticuerpos anti-LIV^l *v Vtaediante técnicas bien conocidas en la materia, tal como el uso de los reactivos de reticulación heterobifuncionales *^* (xi) Fusiones de epítope de enlace al antícwprpo- * % 2í ßeceptor salvaje *7 f *- •> En ciertas modalidades de la invención, puede ser deseable utilizar un fragmento de anticuerpo, n. vez de un anticuerpo intacto, para incrementar la penetración al 25 *fíttmor, por ejemplo. En este caso, puede ser deseable rpfdificar el fragmento de anticuerpo con el fin de ? g El epítope constituye preferentemente una región jpn donde uno o más residuos de aminoácidos proveniente de ~ - rtunio C82 de la región Fc y transferido a la región C^ o.

** Y» , la región V%,, o a ambas, del fragmento de anticuerpo.

Y**** Jjpr (xii) Purificación del anticuerpo aj?ti - IV-1 V 1 Cuando se utilizan técnicas recorabinantes , él puede ser producido mtracelularraente, en el % *espacio periplásmico, o directamente secretado hacia el Y fnedio. Si el anticuerpo es producido intracelularmente, como un primer paso, el desecho particulado, ya sea las células anfitrionas o los fragmentos lisados, es removido, por ejemplo, mediante centrifugación o ultrafiltración. 10 Cárter et al., Bio/Technology 10: 163-167 (1992) describen ' lin procedimiento para el aislamiento de anticuerpos que son y Secretados hacia el espacio periplásmico de E. coli . En resumen, la pasta celular es descongelada en presencia de acetato de sodio (pH 3.5), EDTA, y fluoruro de W> íenilmetilsulfonilo (PMSF) en aproximadamente 30 minutos. ©1 desecho celular puede ser removido mediante -«Centrifugación. Donde el anticuerpo es secretado hacia el medio, los sobrenadantes provenientes de tales sistemas de expresión son preferentemente primeramente concentrados SU tttiiizando un filtro de concentración d proteínas •v * «Jomfercialmente disponible, por ejemplo, una* unidad de ultrafiltración Amicon o Millípore Pellicon. Un inhibidor e proteasa tal como PMSF puede ser incluido en cualquiera <üd los pasos anteriores para inhibir la proteólisis, y 25 pueden ser incluidos antibióticos para prevenir el , esarrollo de contaminantes adventicios. * í £^ 207 y **'.- "V La composición de anticuerpo preparada a partir VÜ Y ,' s "J*S - las células puede ser purifícacfe utilizando, ¿qr ^ejemplo, cromatografía de hidroxilapa ita, electrofo ei^ 'én gél, diálisis y cromatografía de afinidad, con ilaí , --§ cromatografía de afinidad que es la técnica dé purificaqicti i.preferida. La adecuación de la proteína A corto un ligando! , *§e afinidad depende de la especie y del isotipo de ' üalquier dominio Fc de inmunoglobulína que esté presente, «en el anticuerpo. La proteína A puede ser modificada para tO purificar anticuerpos que están basados en las cadenas' pesadas humanas ?l, ?2 ó ?4 (Lindmar et al., J. Imiñiinol . Meth . 62: 1-13 [1983}). La proteína G es recomendada para todos los isotipos de ratón y para ?3 humana (Guss et al., EMBO J. 5: 15&71575

[1986]). La matriz a la cual se acopla 1S el ligando de afinidad es más frecuentemente agarosa, pero son disponibles otras matrices. Las matrices mecánicamente atables tal como el vidrio de poro controlado Q el poli (estirendivínil) benceno permiten velocidades de flujo más rápidas y tiempos de procesamiento más cortos que los ¿¡xp cjiae pueden ser logrados con la agarosa. Donde el anticuerpo comprende un dominio CH3 , la resina Bakerbond Í Xm (J.T. Baker, Phillipsburg, NJ) es útil para la purificación. Otras técnicas para la purificación de ÍLa . jt j?Éroteína tales como el fraccionamiento sobre una columna de JS intercambio de iones, precipitación con etanol, HPLC de Fase Inversa, cromatografía sobre sílice, cromatografía completa. Este Ejemplo muestra que los anticuerpos antiY .. $ 68 (1981) ) . La terminación traduccional fUe efectuada i iante el codon de terminación de la traducción y el ^Tminador transcripcional ?to corriente abajo (Scholtíásek Wl et al., Nucleic Acids Res. 15: 3185 (1987)), seguido por -t¿>s genes del ARNt del codón raro, pro2, argU y glyT 2 Y., et al., J. Mol. Biol. 212: 579-598 (1990), Fournier M.J., et al., Microbiol. Rev. 49: 379-397 (1985)). da% Para facilitar la expresión, el dominio éxtracelular de LIV-l fue expresado en el citoplasma de E. 0&J.Í con una secuencia guía de poli-histidma, N-terminal, 25 <»d?ficada dentro del vector de expresión ST239. La fcuencia de aminoácidos de esta guía fue: " J? (tíBQ ID No. 11) . ' síecuenéía gfcííjaf dfreció varias ventajas. Primeramente, el "inicio df 1©* J%.

" -* J ue optimizado. Además, la puri icadion tTup ' mediante la adsorción sobre una columna t de quelación de níquel. Finalmente, la secuencia guía fué fácil y eficientemente removida, co o se desep, utilizando el sistema TAGZyme MR (Unizyme Laboratories, Horsholii, Dinamarca) . Después de la construcción del plasmado de *€, expresión, pE164647, y verificación de la secuencia de ADN, pl plásmido de expresión de LIV-1 fue transformado en .. *voli cepa 58F3 (fhuA?(tonA?) lon? galE rpoHts (htpRts) ?clpP * * lacl ?ompT? (nmpc-fepE) ?slyD) . Los transformantes fueron *lníc?almente cultivados en caldo Luna a 30°C toda la tP tioche, y fueron luego diluidos a 1 centesimo en un medio limitante en fosfato para inducir el promotor - de la, fosfatasa alcalina. Después de 24 horas a 30°C coh agitación, los cultivos fueron centrifugados, y las paátas •lelulares congeladas hasta el inicio de la puri icación.

Piuri -i fficación.1 r de > #gnCDi de I»-I,V-1 Una fermentación de 0.5 litros de transformantes •de E. coli que expresan LIV-1 produjeron aproximadamente 6- 25 1O gramos de la pasta celular. La pasta fue resuspendída 10 volúmenes (p/v) de guanidina 7 M, Tris 20 * $? <r i *amortiguador de pH 8, Se agregaron sulfíto de sodio sólido y tetrationato de sodio para hacer concentraciones final s de 0.1 M y 0.02 M, respectivamente, y la solución '¡&e? agitada toda la noche a 4°C. Este paso de sulfitólisis «dio como resultado una proteína desnaturalizada que tenía todos los residuos de cisteína bloqueados. La solución fue centrifugada a 40 K rpm en una ultracentrífuga Beckman por 30 minutos. El sobrenadante fue diluido con 3-5 volúmehfes de amortiguador de columna de quelato metálico (guanidina 6 10 fí, Tris 20 mM, pH 7.4) y se filtró a través de 0.22 lilierómetros para clarificar. Se cargó un volumen correspondiente a 50 ml del extracto clarificado sobre una columna de afinidad de quelato metálico Qiagen Ni-NTA de 5 ml (ácido níquel-nitrilotriacético) equilibrada en el amortiguador de columna de quelato metálico (QIAexpress® irotem Pupfication System, Qiagen, Valencia, CA EUA) . La columna fue lavada con amortiguador adicional que contenía imidazol 50 mM (Calbiochem, grado Utrol) , pH 7.4. ;La v'prateína fue eludía con amortiguador que contenía imida?ol r 20 250 M. Las fracciones que contenían la proteína deseada* . -* fueron combinadas y almacenadas a 4°C. La concentración *de proteína fue estimada por su absorbancia a 280 ñm utilizando el coeficiente de extinción calculado basado en S»"í J mi secuencia de aminoácidos. La proteína para la 2S producción de anticuerpo fue obtenida al reducir una alícuota del copfbinado Ni-NTA con ditiotreitfl 5-TQ. anticuerpo monoclonal 2984 se enlaáó al fragmento N- - terminal, mientras que los anticuerpos monoclonals 2945, 7I"2982, 29*5, 2987 y 2988 se enlazaron al fragmento C^ terminal. Los resultados se listan en la Tabla 3.

Sr* Expresión de IV-1 Exógeno de on^y ?d Coyp a{ ff1.- •i ep,. Células de Mamífero • * Cada uno de los 16 anticuerpos listados en * la V " f "Tabla 3 fueron examinados para el enlace a ECD de LIV-1-» > * 164647 y se encontró que se enlazan éspecífidamente . Los *f ahticuerpos fueron caracterizados como poseedores de ¿á¡*. propiedades listadas en la Tabla 3. La caracterización 'd , epítope involucró la determinación de si un anticuerpo ^ e Yá* prueba puede competir o no por el enlace al mismo epíßájíe, que el epítope enlazado por un anticuerpo anti-LIV-1-16464^ ^@te la presente invención, incluyendo los anticuerpos fe ^ ?.r i , i depositados por la ATCC, (por ejemplo, un ensayo • d ELISA competitivo) . En un ensayo de ELISA competitivo, - -* «ejemplar, LIV-1-164647 o su ECD (u otro fragmento 5 Jrecubierto sobre los pozos de una placa de microtitulac órt es preincubado con o sin el anticuerpo competente candidato ^ luego el anticuerpo anti-LIV-1-164647 enlazado a i bíotina de la invención, es agregado. La cantidad <^&1 .anticuerpo anti-LIV-l-164647 marcado, enlazado al antí^epo 4 10 -ÜIV-1 en los pozos, es medido utilizando el conjugado ^vidina-peroxidasa y el sustrato apropiado. Bl anticuerpo ¡fuede ser marcado con un marcador radioactivo o fluorescente o algún otro marcador detectable o mediblfe. La cantidad del anticuerpo anti-LIV-1 ^marcado enlazado al "anfeígeno, tiene una correlación directa a la habilidad del anticuerpo competente candidato (anticuerpo de prueba)' a competir por el enlace al mismo epítope (por ejemplo, entre* jfßayor es la afinidad del anticuerpo de prueba para el mismo -«pítope, menos enlazado estará el anticuerpo marcado a los "pozos recubiertos con antígeno) . Un anticuerpo competente candidato es considerado un anticuerpo que se enlaja sustancialmente al mismo epítope o que compite por el enlace al mismo epítope que un anticuerpo anti-LIV-l de la invención, si el anticuerpo candidato puede bloquear el 25 -enlace del anticuerpo anti-LIV-1 por al 'menos ?%/ preferentfsínente por al menos 20-50%, aún mfs celular activado por fluorescencia (FACS) Utilizando el anticuerpo monoclonal anti-ECD de LIV-1-164647, descrito en la presente, como un marcador. Aproximadamente 106 células fueron incubadas por 30 minutos sobre hielo en PBS 0ué % * contenían 2% de suero de cabra y 5% de suero de conejo (amortiguador FACS) luego por 2 horas en amortiguador FÁCS *< •que contenía 1 µg/ml del anticuerpo monoclonal 2902 anti- ECD de LIV-1-164647 (aislado del híbridoma /-2982.4A12.1E8.1C4, designado ATCC ) o el anticuerpo monoclonal 2982 anti-ECD de LIV-1-164647 (aislado del hlbridoma 2983.3G9.1D.4.1D7, ATCC ). Las células *? fueron luego lavadas con PBS enfriado con hielo, incubadas por 20 minutos a 4°C con un segundo anticuerpo de cabrá* y. ' *an11-1gG humana, con ugado la biotina (Jackson vv tmmunoreagents; West Grove, PA) , lavado antes de lá incubación por 20 -minutos a 4°C con estreptavidina 20 * conjugada a la ficoeritpna (Jackson Immunoréagents ,- W§s »Grove, PA) . Las células fueron lavadas nuevamente antes de ' la citofluorometría. Los resultados del análisis de FACS utilizando el anticuerpo 2983 son trazados gráficamente en la Figura 6- Los resultados demostraron que la expresíóri %5 $n la superficie celular de LIV-1-164647 fue detectada en 1* Jas células 3T3 transfatetadas con pRK5-LIV-l-164647, pero El término "N- o C-terminal" se refiere al enlace del anticuerpo probado al fragmento N-terfriínal o C-t terminal del ECD de LIV-1-164647, dohde el fragm¡e feo» ¡ N?terminal fue el aminoácido 1-147 de la SEQ ID No. 4, y el fragmento C-terminal fueron los aminoácidos 148- 298 de la SEQ ID No. 4.

El depósito de algunos de estos hibridomas con la Colección Norteamericana de Cultivo de Especies (American ?» ^ype Culture Collection) bajo el tratado de Budapest se V, Rescribe én la presente bajo el encabezado "Depósito de ?- Materiales".

-EaíPS-tO 5 . Expresión de LIV-1 en Tej-fedo 'amp fl , ítxajninads por Hibridación in sijfcu de ARN Éste ejemplo proporciona los métodos utilizac á * la preparación de los arreglos tisulares para la terminación de la expresión de LIV-1 en diversos tejidos 20 humanos (ver, por ejemplo, Kononen, J. , et al., Natujfe Medicine 4: 844-847 (1998)).

Preparación dé Microarreglos Tisulares 4$¥ £5 Un microarreglo tisular, o arreglo tisular, es ub .oque de parafina que contiene varias muestras de tejido individuales. Un microarreglo tásular típico p€fdé *» f contener 1000 o más muestras. Los . permiten el examen de una serie V mientras que se máximiza la uti *t tiempo del técnico, los reactivos y valiosos. t Los microarreglos tisulares son construixS - § ? primeramente al retirar los núcleos * pequeños (0.6 m»^ de , diámetro, 3-4 mm de altura) de las muestras de biopsia de|L r v y tejido "donador" incrustadas en bloqu s de parafina* utilizando un instrumento de arreglo tisular (Beec er . * Instruments, Silver Spring, MD, EUA). Utilizando él mismo instrumento, cada muestra de núcleo es reincrustada, junto con otros núcleos de biopsia, en un bloque "recipiente!1 simple para formar un arreglo. Preferentemente, g$.&& ? tejido es mestreado por triplicado. Rebanadas delgadas ^* 1 *%* ÍV ^ (de 4-8 µm de espesor) de un bloque recipiente fueron * montadas sobre portaobjetos de vidrio. La visualizaciÓli y la selección pueden ser realizadas medíante méf^c o-f "* y histológicos que incluyen, pero no están limitados *a, * *-tmc?ón estándar con hematoxilina y eosina para el análisis, Morfológico; inmunohistoquímica (IHC) para la detección 'de ¿a proteína; hibridación de ARNm in si tu (mR?ÍA ISH) y »&$- ?CR para la detección del ARNm; la hibridación »de fluorescencia in si tu (FISH) y PCR in sítu para la leteceión del ADN; y el ensayo de marcación de S*» * 15 ciclos de: 94°C 30 segundos 55°C 30 segundos y 72°C 1 minuto J-w seguido por: 72°C 7 minutos 4°C retención * é Después de la terminación de los ciclos de PCR,( el producto de PCR fue filtrado a través de una unidad de filtro Microcon 50" para remover los cebadores* y el XX amortiguador en exceso. 20 Síntesis de la P-Ribosonda de LIV-1 6.0 µl (125 mCi) de 33P-UTP (Amersham Bf 1002, SA<2000 Ci/mmol) se secaron al alto vacío. Para cada tubo que contenía 33P?-UTP, se agregaron los siguientes H5 «ingredientes : 2.0 µl de amortiguador de transcripc 1.0 µl de DT? (100 M) 2.0 µl de la mezcla NTP (2.5 mM: 10 µl; cada n¿p de GTP, CTP y ATP 10 M + 10 µl de H20) 1.0 µl del inhibidor de la ribonucleafea Rnasin 3.0 µl de ADN plantilla (1 µg) en H20 * *- 1.0 µl de polimerasa de ARN (para los productí?s de PCR T3 = AS (antisentido) , T7 = S (sentido) , usualmenttf) ? Los tubos fueron incubados a 37°C por una hora. J&e agregó 1 µl de la ADNasa RQ1, seguida por la incubacÜÓrt a 37°C por 15 minutos. Se agregaron 90 µl de TE (Tris O.O' »ffM pH 7.6/EDTA 1 mM pH 8.0), y una alícuota de 1 µl de. la' "?fezcla se tomo con una pipeta sobre un papel DE81. La fr polución remanente fue cargada sobre una unidad dé* tk. ?é ultrafiltración Microcon 50 (Amicon, 42416) , y pe Centrífugo 6 minutos utílizando el programa 10 de Heraeus ^entrifuge 28RS. La unidad de filtración fue invertida ¿obre un segundo tubo y centrifugada por 3 minutos' utilizando el programa 2. Después de la centrifugación de. 20 recuperación final, se agregaron 100 µl de TE, 1 µL del pjroducto final se colocó con pipeta sobre el papel DE81. Las muestras transferidas por puntos sobre el papel DE81 antes y después de la filtración fueron contadas en 6 ml dé Biofluor II en un contador de cmtilación Beckman LS - 5000TD.

Y ¿J, enjuagados en 0 . 5 x *£SC, des * gra os de etanol ( 70% , 95% y 100%) por 2 minutos a c& pf '*. ado, y secados al aire .

Prehibridasión Los portaobjetos fuéion colocados en una caja de plástico revestida con •amortiguador Box (4 x SSC, 50% de formamída) -papel filero Sat ra o. El tejido fue cubierto con 100 µl de * amortiguador de hibridación (10% de sulfato de dextráiio)! *'*' ^0% de formamida, 1XSSC) e incubado a 42°C por 1-4 horas.

Hibridación: Sondas de 2.0 x 10 cpm y 2.0 µl de V ARNt (reserva de 100 mg/ml) por portaob etos se calentaron a 95°C por 3 minutos. Los portaobjetos fueron enfria-fes obre hielo, y el amortiguador de hibridación 'fue agj?eM- B * para aforar hasta el volumen final de 100 µl pfcßr portaobjetos. Después de agitar en torbellino, se -segregaron 100 µl de mezcla de 33P a 100 µl de prehibridación jgobre el portaobjetos. Los portaobjetos fueron incubados ~t >da la noche a 55°C. | ?, *--< Lavados : El lavado fue realizado 2x10 minutos* "láfo 2xSSC, EDTA a temperatura ambiente (400 ml de 20 x SSC * 16 mi de EDTA 0.25 M) , Vf=4 L), seguido por el tratamiento fÉ>r ARNasa, a 37°C por 30 minutos (500 µl de 10 mg/ml en 50 ml de amortiguador de ARNasa precaleatados = 20 µg/ml) .

VGTCTTTGGGA TCCTCATCAA GCGACGGCAG CAGAAGATCC GGAG" ?|C GATGCGGAßA CTGCTGCAGG AAACGGAGCT (3GTGGAGC<$G CTG CÁFCÍfy GCGGAGCGAT GCCCAACCAG GCGCAGATGC GGATCCTGAA AGAGA(|4G Ó 'CTGAGGAAGG TGAAGGTGCT TGGATCTGGC GCTTTTGGCA CAGT@I?J!CJAA GGGCATCTGG ATCCCTGATG GGGAGAATGT GAAAATTCCA HIAAGTGTTGAG GGAAAACACA TCCCCCAAAG CCAACAAAC3A ,*GAAGCATACG TGATGGCfGG TGTGGGCTCC CCATATGTCT CCCGCCTTCT - GGGCATCTGC CTGACATCCA CGGTGCAGCT GGTGACACAG CTTATGCG *#ATGGGTGCCT CTTAGACCAT GTCCGGGAAA ACCGGGGACG CCTGGGDTCC &CAGGACCTGC TGAACTGGTG TATGCAGATT GCCAAGGGGA TGAGCBCCT «GGAGGATGTG CGGCTCGTAC ACAGGGACTT GGCCGCTCGG AACGTGCIGGG -TCAAGAGTCC CAACCATGTC AAAATTACAG ACTTCGGGCT GGCTC€GCTG~S * ? (SEQ ID No. 15) , y su complemento. La plantilla también -\ • incluyó un promotor T7 y T3. La ribosonda antisentído específica de Erbb2 resultante, fue designada "-442 AS". La ribosonda de ß-actma fue sintetizada median e transcripción a partir de una plantilla de ADN que tenía la siguiente secuencia: 5 ' -GCTGCCTGAC GGCCAGGTCA TCACCATTGG CAATGAGCGG TTCCGCTGCC CTGAGGCACT CTTCCAGCCT TCCTTCCTGG ' GCATGGAGTC CTGTGGCATC CACGAAACTA CCTTCAACTC CATCATGAAQ ' ÍTGTGACTGTG ACATCCGCAA AGACCTGTAC GCCAACACAÍ» TGCTGTCTGG *C?GCACCACC ATGTACCCTG GCATTGCCGA CAGGATGCAG AAGGAGATCA GTGCCCTGTC ACCCAGCACA ATGAAGATCA AGATCATTGC TCCTCTGAaC G-CAAGTACTC-3 ' (SEQ ID No. 16), y su complemento. La Plantilla incluyó un promotor T3. La ribosonda antisentido ' i* específ ca de la -actma, resultante*' ue es gnada "117 =AB" . prostático de adulto, tumores de mama, fibroadenomas Y e #J mama, carcinoma pulmonar, pulmón escamóse, carcinoma dé 1$ "colon, carcinoma de próstata, carcinoma endometri^L, carcinoma ovárico, y raelanoraa. La Tabla 4 proporciona los resultados de varaps análisis de hibridación de ARN in si tu de microarretilo tisular. A no ser que se indique de otro modo, los microarregloe tisulares fueron preparados como se describe én la presente. Los resultados y comentarios tabulados fueron generados en estudios designados IS2000-060 e t S2O00-084 en los cuales los microarreglos tisulares fuerin Seignados con los números de sección meramente para 23 referencia interna. La expresión relativa de LIV-1 fes < f*«j ?Y»&r, 234 Ü mayores de detección, mientras que la 'expresión » no detectable fue indicada como "-". Las ribosdndas u •*-* "X ,1a sonda antisentido. Las ribosondas antisentteido ^V ' específicas para ErbB2 (sonda 442 AS) y los transcritos e. -actma (sonda 117 AS, como control) fueron también «utilizadas en el estudio IS2000-084. Como se utiliza enla presente, el término "TMA" se refiere al microa-rrefjlo tisular. El término "NMA" se refiere al microarreglo de tejido normal, donde "normal" se refiere al tejido np canceroso.

Tabla 4 l>D Expresión Tisular de LIV-1 Mediante Hibridación de ARN im «5 situ Tejido Seccxónc Sonda" Resultado Comentarios '•j-js tuda, o glotó Celular H2000- 76F AS ntrol 219 01 Botón Celular " 76 AS > t Control 25 Sotón Celular H20O0- 764 AS de LIV-1 _<-!* de Marta mama, altamente expresado en fibroadedbmad "Bloque H2000- 764 AS Js , Tumoral 3 165.20 TMA de Tumor K1999-637 764 AS Expresión en un carcinoma y bajo n» i i é Pulmonar expresión observado en el epajeéla.® bronquial normal w * TMA de Tumor H2000-27 764 AS Arreglo de pobre calidad, 6 cánceres 4 í>ulmonar muestran expresión moderada alta TMA de Tumor F1999-636 764 AS Con relación a la mama, expresión de i>a¡jo •de Colon nivel en 4 carcinomas TMA de Tumor K2000-26 764 AS Arreglo de pobre calidad de Colon" 15 ?MA de Tumor H1999-635 764 AS Expresión observada en 3 carcinomas, altos tie Mama niveles obs-ervados en un caso de fibroadenoma y uno de adenosis esclerosante l TMA de Tumor K2000-25 764 AS Al menos 18 de los casos muestran señal e Próstatab razonable, existe una señal razonablemente 2© fuerte en la próstata normal y Mh De Humano H200-2 764 AS Señal de bajo nivel sobre corteza adrerfaj y epitelio del túbulo renal ÉMA de Mama P001595 764 AS Expresado sobre epitelio de piel de tetilla6, epitelio de lds ductos de la m^m 25 y epitelio aciaar NMA de H2000-185 764 AS Expresión sobre epitelio escamoso ffMA de Tumor H200O-94 764 AS Positivo para el ARNm de LIV-1 de Mama " 442 AS Positivo para el ARNm de ErbB2 ** , 117 AS Positivo para el ARNm de ß-actma , * * * a Preparación de la ribosonda y designaciones deí í I números se describen en este Ejemplo. t*Vn b Arreglo adquirido de Clinomics Bíoscifences, Inc , í- Pittsfield, MA. ¿& c Varias de las secciones listadas en la Tabla, '4 £g&dfo aorta, placenta, estómago, ovalri?, próstata, alfí y muestras de corazón fueron solo débilmente pqsitivas a*lá{ actina) . TMA de Mama (sección H2000-94B) contenía mue?tt?-a$ s de proliferación estromal periductal atípica (extirpación previa de cistosarcoma) , cambios reactivos con célú$á gigantes; DCIS (0 de 4 nodulos linfáticos (LN) positivo^) ; J carcinoma ductal, invasor; Carcinoma ductal, pobremente, diferenciado, invasor (0 de 24 LN positivos) ; hiperplatíia atípica/CIS; carcinoma con características ductaleß *y lobulares, infiltrativo, metástasis en nodulos linfáticos carcinoma ductal, invasor, grado III/III; DCIS,t bajo gra,do IB LCIS (0 de 26 LN positivos) ; tejido de mama benig.no* fibioadenoma; adenocarcinoma, invasor (31 de 31 «..LN positivos) ; adenosis, TMA multitumoral (sección H20%0-132) Contenía muestras provenientes de tumor de puJJoÍ?| "(carcinoma bronquioalveolar, adenocarcinoma); 20 rtdenocarcinoma de colon; adenocarcínoma gástrip?p; i 'v'.r adenocarcinoma de los ductos pancreáticos; carcinoma heptocelular; adenocarcinoma prostático (grado5 Gleason 2- 3); carcinoma de células transicionales de vejiga; Carcinoma de células transicionales papilares de riñon; 2S carcinoma de células transicionales de próstata; carcinoma ^. fe células claras renales; adenocarcinoma fendometria)f » - •***.« . ^ aue se híbrida bajo condiciones exigentes a una secuencia » "CSesde el nucleótido 412 hasta e incluyendo el nucleótido v • 1 de la SEQ ID No. 3 o su secuencia complementaría, la sonda se híbrida a una secuencia desde ' el nucleótido 446 hasta e incluyendo el nucleétido 464 á ' la SEQ ID No. 3 o su secuencia complementaria. Los protocolos de hibridación útiles para este método ! e Üetección son estándares en la literatura relevante. La 2$ f€cm.ca de hibridación de ARN in si tu, no limitantes, útil *V i r ?> ?.«?fá, secuencias de la región variable de un anticuerpo, l s moléculas peptídicas pueden ser diseñadas, las cuales conservan la habilidad para enlazarse a la secuencia fie 6 " .~?roteína objetivo. Tales péptídos pueden ser sintetizados -químicamente y/o producidos mediante tecnología de ADN recombinante (ver, por ejemplo Marasco et al./ Pros. Natlt 4 Acad. Sci. EUA 90, 7889-7893

[1993]). Si el anticuerpo e 'se enlaza a una proteína LIV-1 se enlaza a una porción **15 ^.íntracelular, y los anticuerpos completos o los fragmentes de los mismos son utilizados como inhibidores,, se prefiere la mternalización de los anticuerpos. Las lipofecaíonés o liposomas pueden ser utilizados para distribuir el ,tV ^ anticuerpo, o un fragmento de anticuerpo, dentro de \aé ?' Y ' " %f> í:élulas. Las formulaciones terapéuticas de los anticuerpos utilizados de acuerdo con la presente invención son reparadas para el almacenamiento mediante la mezcla de *un - nticuerpo que tiene el grado deseado de pureza con los 2 "portadores, excipientes o estabilizadores opcionales, *** * - Y armacéuticamente aceptables {Remington ' s Pharmaceutiéal % derivado de antraciclina, por ejemplo, doxorrubíci a, o ,#pirrub?cina. Tales moléculas están adecuadame?±et presentes en combinación en cantidades que son efec i as' para el propósito pretendido. Los ingredientes activos puedfn también ser* .$*, , «^trapados en microcápsulas preparadas, por ejemplo, Hedíante técnicas de coacervación o mediante polimerización "üne facial, por ejemplo, hidroximetilcelulosa o .crocápsulas de gelatina y microsápsulas de - joli (metacrilato de metilo), respectivamente, en sistemas 2e o*olo?daies de distribución de fármacos (por ejemplo, Üposomas, microesferas de albúmina, microemulsiones, ¿Jsñnopartículas y nanocápsulas) o en macroemulsiones. Tales* * técnicas son descritas en Remington ' s Pharmaceutical ciences 16a edición, Qsol, A. Ed. (1980) . as Las formulaciones que an a ser utilizadas pana * "' la administración in vivo deben ser estériles. Esto es í*k% * 247 i i tfác?l en«e logrado mediante la filtración a trayüs* t e membranas de filtración estériles. Pueden ser preparadas las preparaciones de liberación sostenida. Los ejemplos adecuados dé JN? preparaciones de liberación sostenida incluyen matrices semipermeables de polímeros hidrofóbicos sólidos ¿pie contienen el anticuerpo, cuyas matrices están en la forma de artículos conformados, por ejemplo, películas ©• microcápsulas. Los ejemplos de matrices de liberación 10 Sostenida incluyen poliésteres, hidrogeles (por ejemplo, poli (metacrilato de 2-hidroxíet?lo) , o poli (alcohol vinílico)), poliláctidos (Patente de los Estados Unidos No. ?,* *3, 773, 919), copolímeros de ácido L-glutámico y ?-etli-L- glutamato, acetato de etilen-vi ilo no >dégra<talá?fe, y! opolímeros de ácido láctico-ácído glicólic© degradafot-je* tales como LUPRON DEPOT14 (microeá'feras inyectól s Compuestas de copolímero de ácido láctico-ácidc? glicóláco y» F " ft eno-asetato de vinilo y el ácido láctico-ácido - -* * i?licólico hacen posible la liberación de moléculas por más • ' te 100 días, ciertos hidrogeles liberan las proteínas por nodos de tiempo más cortos. Cuando los anticuerpps1 permanecen en el cuerpo por un periodo i- jroiongado, éstos pueden desnaturalizarse o agregarse como xs- sultado de la exposición a la humedad a 37°C, dando có?hf ejemplo marcador fluorescente, y el enlace puede ser * monitor!zado mediante microscopía de luz, citometría de V^,'^ flujo, fluorimetría, u otras técnicas conocidas en la ~ materia. Estas técnicas son particularmente adecuadas, sa 15 el gen amplificado codifica para una próteína de la % fy . ' ' superficie celular, por ejemplo, un factor de crecimiento,. *, j * . i, y 'Tales ensayos de enlace son realizados esencialmente sbmb *™ *- < se describe en la presente. * " "l La. detecci . ó *n m . si . tu del anticuerpo gue se enl • j V > -tai los productos génicos marcadores puede ser rea Liz&da, ' pol: ¿ Y Jiejemplo, mediante microscopía de inmunsfluorescenciá o inmunoelec o ica. Para este propósito, un espécimen ' "histológico es retirado del paciente, y un anticuepo *v| marcado es aplicado a éste, preferentemente al recubrir el anticuerpo sobre una muestra biológica. BSte procedimiento también permite la determinación de la distribución del t » cW expresión de ErbB2 encontrada en células saludables, np* 10 •malignas. Las condiciones ejemplares o desórdenes que van" a ser tratados con tales anticuerpos y otros compuestos , incluyendo, pero no limitados a moléculas , orgánicas e inorgánicas, péptidos, moléculas antisentido, etc., incluyen tumores malignos o benignos (por ejemplo, de *3- mama, de próstata, de pulmón y de colon, así como { í. rr ^carcinomas renal, hepático, de riñon, de vejiga, gástrico, . ovárico, colorrectal, pancreático, vulval, tiroideo, T Jiepático; sarcomas; glioblastomas; y diversos tumores de -••S 'cabeza y cuello); leucemias y malignidades linfoides; otros, fco ^desórdenes tales como desórdenes neuronal^s glialás,. J^strocitales , hipotalámicos y otros desórdenes glandulares, -.- m&crofágicos, epiteliales, estromales y blastocólicos,? y 'de órd n s inflamatorios, angiogénicos e ínmunogénicos . tDonde se utiliza un anticuerpo para tratar un desorden 25 ^relacionado a la sobreexpresión de LIV-1, el anticuerpo es preferentemente un anticuerpo LIV-1-164647, más , * - JfeßSEsf -? Los ensayos de enlace competitivo éonfían / n* la 'x^ J *t"-.' "Viabilidad de un estándar marcado palta com>etir do e *t J, ©palito de la muestra de prueba para enlazarse con |? ^ , jbantidad limitada del anticuerpo. La cantidad cíe la* ?•* * ' , proteína objetivo (codificada por un gen amplificado en ti a *. ? ''-célula tumoral) en una muestra de prueba, es inv sament & -"proporcional a la cantidad del estándar que se ll«%gte a '¿' nlazar a los anticuerpos. Para facilitar la determinación xie la cantidad del estándar que se llega a enlazar, les , f- H anticuerpos son preferentemente insdlubilizadcs antes o después de la competencia, de modo qß el estándar y éf. * - i '- y i< - 4 T analito que son enlazados a los anticuerpos pueden ser ty .f, cohvenientemente separados del estándar y del analito q permanecen no enlazados. 15 Los ensayos de emparedado involucran el uso Jdé "dos anticuerpos, cada uno capaz de enlazarle a una porció?* yjk " inmunogénica diferente, o epítope, de la proteína que Va a yy * eer det ctada. En un ensayo de emparedado, el analito de lá ^iüestr de prueba es enlazado por un primer anticuerpo « a s -es inmovilizado sobre un soporte sólido, y de pués dé esto lun segundo anticuerpo se enlaza al analito, formando de este modo un complejo insoluble de tres partes. Ver, or ejemplo, Patente de los Estados Unidos No. 4,376,110. El segundo anticuerpo puede por sí mismo estar marcado con una 25 porción detectable (ensayos de emparedado directo) o puede ?e medido utilizando un anticuerpo anti-inmunoglobulina . parafina y fijada con un conservador ta como ormaliza, 1« Los ensayos basados en células y los modeS-oís -sami ales para tumores (por ejemplo, cánceres) pueden « ßeS ?Y. ¿F i sutilizados para verificar los hallazgos del ensayo * de l ' amplificación de genes, y comprender adiCionalmente la relación entre los genes identificados en la presente y3 el desarrollo y la patogénesis del desarrollo de célulaß ^eoplásicas. El papel de los productos géni os identificados en la presente en el desarrollo y en ia 20 patología del tumor o del cáncer, pueden ser probados mediante el uso de células tumorales primaria o líneas ¿celulares que han sido identificadas para amplificar los "* 'genes en la presente. Tales células incluyen, por ejem lo, ^células de cáncer de mama y de próstata y las lineal ? . celulares listadas anteriormente. y la habilidad de estos ADNcs para inducir el desarreglo * • -excesivo, es analizada. Las células adecuadas mclu|#n, por ejemplo, líneas celulares tumorales estables ta|Leß como, la línea celular B104-1 (línea celular Nlfí-SlTp estable transfectada con el protooncogen neu) las células NIH-3T3 transfectadas con ras, las cuales pueden ser 10 transfectadas con el gen deseado, y verificad s periódicamente para el desarrollo tumoifigénico. Tales X-* líneas celulares transfectadas pueden ser luego utilazá aé - para probar la habilidad de los anticuerpos poli- o monoclonales o composiciones de anticuerpo para inhibi "él ,t! desarrollo de células tumorigénicas al ejercer activi<Jtaql citostática o citotóxica sobre el desarrollo de las Célticas ' transformadas, o mediante la mediación de la toxicidad * Celular dependiente del anticuerpo (DAC) . Las células transfectadas con las secuencias de codificación de los 20 genes identificados en la presente, pueden además ser utilizadas para identificar los fármacos candidatos para el tratamiento del cáncer. Además, los cultivos ppmarics derivados , de tumores en animales transgénicos (como se describe trfás 25 adelante) pueden ser utilizados en los ensayos basados en Células, de la presente, aunque son preferidas las líi ifpor ejemplo cáncer de mama, cáncer de colon, cáncer de próstata, cáncer de pulmón, etc.) incluyen animales no y recombinantes (transgénicos) . Los modelos ,^raímales no recombinantes incluyen, por ejemplo, roedor s) * por ejemplo, modelos murinos. Tales modelos» pueden ser generados mediante la introducción de las células tu oralés ítpntro de ratones singénicos utilizande técnicas 2?> <sptándares, por ejemplo, inyección subcutánea, inyección en iß vena de la cola, implantación en el bazo, iraplantacic yt». , s . $er introducidas en animales, tales como ratones desnudo©, * mediante una variedad de procedimientos . El espacio - 15 subcutáneo (s.c.) en los ratones es muy ad cuado para la -«implantación tumoral. Los tumores pueden sei: transplantados s.c. como bloques sólidos, como bippsias cpn v ^gu a mediante el uso de un trocar, o como suspension s l*ulares. Para la implantación por bloque éólido o per *3$ ar, los fragmentos de tejido tumoral de tartaño adecnadp' Ion introducidos dentro del espacio subcutáneo. íi s spensiones celulares son preparadas en fresco a partir * de-, - &ü €timores primarios o de líneas de células tumoralé-f* ? estables, e inyectadas subcutáneamente . Las células;''* 25 JÉhmorales pueden también ser inyectadas comb implantes SY» *-la parte inf ricr dei tejidp 'co ec iva dér ico y él tejido i subcutáneo. Boven y Winograd (1991), $?pra . Los modelos animales de cáncer de rf ia pueden ^íef-r generados, por ejemplo, mediante la implantación de céliÍLafe de neruo?jlastoma de rata (de las cuales el oncogen ñau- ffüe* inidialmente aislado) , o las células N1H-3T3 con neu en ratones desnudos, esencialmente como se describe .por Efrebin et al. PNAS EUA 83, 9129-9133 (1986). Similarmente los modelos animales de cáncer de colon pueden ser generados mediante el pase de las células de cáncer de colon en animales, por ejemplo ratones desnudos, conduciendo a la aparición de tumores en estog Í animales. Un modelo de transplante ortotópíco de cancel:* de colon 'humano en ratones desnudos ha sido descrito, poir 5 ejemplo, por Wang et al., Cáncer Researsh 54, 4726~4?28 (1094) y Too et al., Cáncer Research 55, 681-684 (1995). Este modelo está basado en el denominado "METAMOUSI*" vendido por AntiCancer, Inc., (San Diego, California). Los tumores que surgen en animales pueden Ser 2 removidos y cultivados in vi tro . Las células provenientes -Y* de los cultivos ín vi tro pueden ser luego pasadas a animales. Tales tumores pueden servir como objetivos para la prueba posterior o la selección de fármacos. Alternativamente, los tumores resultantes del pase pueden 2§- ser aislados y el ARN proveniente de las células pre-pase y *!&$ células aisladas después de una o más rondas de pá é, H Conejos, cobayos, ovejas, cabras, cerdoé y -primates no humanos, por ejemplo, babuinos, chimpancés, 4 onos. Lps A técnicas conocidas en la materia para introducir úµ JA* " ransgen dentro de tales animales, incluyen i.a microinyección pronucleica (Hoppe y Wanger, P tente de Xpb* •* astados Unidos No. 4,873,191); transferencia de genes fe i&ediada por retrovirus en líneas germinales (por ejemplo, f * »» Van der Putten et al., Proc. Nati. Acad. SCi. BÚA 82, 6148- * 5

[1985] ) ; dirección de genes en células plurpotenciales ?> .. -4 rf. 273 H < ? ? í r # «J, Alternativamente, pueden ser construidos anímal'ep^ "suprimidos" en algún gen los cuales tienen -un gen * p * f defectuoso o alterado que codifica para un poiipéptldo» tifTW 1-164647 identificado en la presente, como rebultado di' la VV y »*recombinación homologa entre el gen endógeno que cpd?fi-P - *• • t * . * ; i í I 4$>ara el polipéptido y el ADN genómKso alterado/ ¡•filé» codifica para el mismo polipéptido* introdudüdo dentro * éj ana célula embrionaria del animal. Por ejemplo, el Í$Tc, ' que codifica para un polipéptido LIV-1 particular puede ser v para clonar el ADN genómico' que codifica para epe *pol?pépt?do de acuerdo con las técnicas establecidas. Una J ' ' .xY orción del ADN genómico que codifica para un* polipépfid©» L1V-1 particular puede ser suprimida o reemplazada Con otro .pgep., tal como un gen que codifica para un marcador ÍS e seleccionable que pueda ser utilizado para mpnitorizar la integración. Típicamente, varias kilobß=es de !Jk)N flanqueante no alterado (en los extremos 5* y 3' son incluidas en el vector [ver, por 'ejemplo, Thomas y Capecchi, Cell 51: 503 (1987) para u a descripción de los © lectores de recombinacíón homologa] . El vector -? ^introducido en una línea de células totipotenciales 'embrionarias (por ejemplo mediante electroporación) y Jas 'células en las cuales el ADN introducido se ha recombinado Jaornólegamente don el ADN endógeno, son seleccionadas ["tfer, 25 por ejemplo, Ll et al., Cell, 69: 915 (1992)]. Las células -*ii Seleccionadas son luego inyectadas en un blastocito de un %^n?ma-es suprimidos en algún gen pueden ser caracterizados I por e eéplo, por su habilidad para defenderse contra 15 ciertas condiciones patológicas y su desarrollo de ?a ••sjfcóndicior-es patológicas debidas a la ausencia4» del <<* La eficacia de los anticuerpos que se enlaáfcn * específicamente a los polipéptidos identificados en l¡a . i- presente y a otros fármacos candidatos, pueden ser probados* * también en el tratamiento de tumores espontáneos > f ariiraales. Un objetivo adecuado para tales estudios es el > Carcinoma de células escamosas orales felinas (SCC) . Ei - ßQC oral felino es un tumor maligno altamente invasor que es la malignidad oral más común de los gatos, representando ís del 60% de los tumores orales reportados en esfra* ¡r * f* *- * , de esta propiedad, y emplea dos proteicas híbridas, una' la cual la proteína objetivo está fus^dhada al dominio5 d ssnlace al ADN de GAL4, y otra más en la cual las proteínas e activación candidatas están fusionadas al dominio dé activación. La expresión de un gen reportero GAL?»-lac2' f ajo el contrpl de un promotor activado por G.L4, depende .** la reconstitución de la actividad de GAL4 yía la Interacción proteína-proteína. Las colonias que contien n pol pépt dos que mteractúan son detectadas COTÍ un es rato ifjromogémco para la ß-galactosidasa. Un equipo completo "i^* Vtumores asociados con la amplificación de los genes 1 identificados en la presente incluyn, sin limitación^ K ''anticuerpos, moléculas orgánicas e inorgánicas pequeñ s,' ^péptidos, fosfopéptídos, moléculas an iseiftido y dé ^fribozíma, moléculas de triple hélice, etc., que inhüpen la ? V «J, éxpresiór. y/o la actividad del producto génico objetivo. ~y y Por ejemplo, el ARN antisentído y la raoléucla de "i 15 t RN actúan para bloquear directamente la traducción »del VRNm mediante la hibridación al ARNm objetivo y prevenir la traducción en proteína. Cuando se utiliza el AI2¿ antisent do, son preferidos los oligodespxirríbnnucleótild s 4erívados del sitio de inicio de la traducción, por* ejemplo, entre aproximadamente las posicio es -10 y +10 de la secuencia ?ucleotídica del gen objetivo. ~íd Las ribozimas son moléculas de ARN enzimáticas Rapaces ce catalizar la escisión específica del ARN. Lkfe ribozí ae actúan mediante la hibridación específica dé la « secuencia hacia el ARN objetivo complementario, seguido por 4 HJ-bndomae LIV- 1.2945.2G1.1C7.2F10 PTA-2961 Snáro 23, 20Üf. LIV-1.2982. Á12.1E8.1C4 PTA-2962 Enero 23, 2001 LIV-1.2983. G .1D .1D7 PTA-2963 Enero 23, 2Ü0f. LIV-1.298 .6D6.1H10.2C1 PTA-2964 Enero 23, 2001 «*> LIV- 1.2985.4F3.2D6. Iß7 PTA-2 60 Enero 23, 2001 IV-1.2987.1D8.1C11.2B7 PTA-2959 Enero 23, 2001 LIV-1.298'8.1A7.1F2.1H7 PTA-2965 Enero 23, 2001 i3 ?ste depósito fue realizado bajo la¡s condicione^ del Tratado de Budapest sobre el Reconocimiento Internacional del Depósito de Microorganismos para fines de Procedimientos de Patente y las Regulaciones bajo el milßió ß (Tratado ?e Budapest) . Esto asegura el mantenimiento d® un Cultivo viable del depósito por 30 años a partir de la fecha del depósito. El depósito será hecho disponible ppr l ATCC bafo los términos del Tratado de Budapest, y sujeto a un convenio entre Génentech, Inc. y la ATCC? que asegura f$ la disponibilidad permanente y no restringida de la g3foge ?e del cultivo del depósito al público, después deiP.lct fl » 4." *. y

Claims

288 14. El polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 11, caracterizado porque la ho ología es de al menos 90%. 15. El polipéptido aislado de conformidad con la S reivindicación 11, caracterizado porque la homología es de al menos 96%. 16. El polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 11, caracterizado porque comprende la SEQ ID No. 19. 10 17. El polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 11, caracterizado porque comprende una secuencia que tiene al menos 50% de homología a la SEQ ID No. 17. 18. El polipéptido aislado de conformidad con la #YlB reivindicación 11, caracterizado porque comprende la SEQ ID No. 17. 19. Un polipeptido asilado, caracterizado poique comprende una secuencia que tiene al menos 20% de homología a la SEQ ID No. 18. 0 20. El polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 11, caracterizado porque comprende la SEQ ID No. 4. 21. El polipéptido aislado de conformidad con la reivindicación 11, caracterizado porque el polipéptido es 25 antigénico. ~polipépt?do, caracterizado porque el polipéptido comprende * 10 una secuencia que es al menos 80% homologa a la secueiiqía * * «desde el aminoácido 1 hasta e incluyendo el aminoácido '327 de la SEQ ID No. 4. 33. El anticuerpo monoclonal de conformidad cqn la reivindicación 32, caracterizado porque la homología^ es 15 de al menos 98%. 34. Un anticuerpo monoclonal que se enlaza a un polipéptido, caracterizado porque el polipép ído comprende ^u a secuencia que es al menos 65% homologa a la SEQ ID No. 19. 35. El anticuerpo monoclonal dé conformidad Con la reivindicación 32, caracterizado porque la homología es al menos de 75%. 36,. El anticuerpo monoclonal de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porque la homología es al menos de 85%. * 292 Y 37. El anticuerpo monoclonal de conformidad con , lia reivindicación 32, caracterizado porque la homología ^s al menos de 90%. 38. El anticuerpo monoclonal de conformidad con ' § la reivindicación 32, caracterizado porque la homología es al menos de 96%. 39. El anticuerpo monoclonal de conformidad COn '" ",1a reivindicación 32, caracterizado porque el polipéptído - comprende la SEQ ID No. 19. lñ 40. El anticuerpo monoclonal de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porque el polipépfeido * comprende la SEQ ID No. 17. 41. El anticuerpo monoclonal de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porque el anticuerpo es Id un antagonista de LIV-1-164647. 42. El anticuerpo monoclonal de conformidad con „ la reivindicación 32, caracterizado porque el anticuerpo inhibe la proliferación de células tumorales. 43. El anticuerpo monoclonal de conformidad con SO la reivindicación 42, caracterizado porque las células tumorales son seleccionadas del grupo que consiste de carcinoma de mama, de pulmón, de próstata, de colon, de ovario, de útero, de riñon, gástrico y de glándulas salivales, u otro tipo de células tumorales que expresan la 25 proteína LIV-1-164647. ** * 296 sí* «nA i *, 62. El ensayo de conformidad con la S* ,. reivindicación 58, caracterizado porque el ensayo és /realizado ín vi tro y el ensayo es un ensayo de ELISA. 63. El ensayo de conformidad con la ^reivindicación 59, caracterizado porque la célula es ürfa pluralidad de células que permanecen dentro del cuerpo de un mamífero, el anticuerpo es una pluralidad de anticuerpos que están marcados con un isótopo radioactivo y son *>-r f 'administrados al mamífero, y el grado de enlace de los lo anticuerpos a las células es observado por exploración externa para la radioactividad. 64. El ensayo de conformidad con la reivindicación 58, caracterizado porque el ensayo comprende además los anticuerpos ant?-ErbB2 marcados con un seghdo 1S isótopo radioactivo y administrados al mamífero, y el grado -de enlace de los anticuerpos a las células por los anticuerpos ant?-ErbB2 marcados, a las células, e*s observado mediante exploración externa para la radioactividad. 20 65. El uso de un anticuerpo monoclonal capaz de unirse a una secuencia de aminiácido que tiene al menos 80% de homología a una secuencia desde el aminoácido 1 hasta e incluyendo el aminoácido 327 de la SEQ ID No. 4, para preparar un medicamento para inhibir el crcimiento de 25 células tumorales, donde el anticuerpo inhibe la monoclonales . 10 69. El uso de conformidad con la reivindicación 65, caracterizado porque las células tumorales comprend n un carcinoma seleccionado de los carcinomas de mama, ' de pulmón, de próstata, de colon, de ovario, de útero, de riñon, gástrico, y de glándulas salivales, u otros tipos* de células tumorales que expresan la proteína LIV-1-164647. 70. El uso de conformidad con la reivindicación *69, caracterizado porque las células tumorales son células de tejido de mama. 71. El uso de conformidad con la reivindicación 69, caracterizado porque el mamífero es un humano. 72. El uso de conformidad con la reivindicación 65, caracterizado porque el método comprende además la «,<.-*. 300 YJ " V aminoácido 1 hasta e incluyendo el aminoácido 327 de la tSIQ tV -ID No. 4. 82. El método de conformidad con la 1 reivindicación 80, caracterizado porque la muestr de 5 prueba es obtenida de un individuo sospechoso de desarrollo o proliferación de células neoplásicas. 83. El método de conformidad con la ? J reivindicación 81, caracterizado porque la muestra © ""prueba es obtenida de un individuo sospechoso de teJier 10 desarrollo o proliferación de células neoplásicas. 84. Un artículo de fabricación, caracterizado porque comprende : un recipiente; y •* una composición de conformidad con la 15» ."reivindicación 77 contenida dentro del recipiente. 85. Un artículo de fabricación caracterizado H-porque comprende: un recipiente; y una composición de conformidad con la 2*0 reivindicación 78 contenida con el recipiente. 86. Un artículo de fabricación, caracteri^adq porque comprende: un recipiente: una etiqueta sobre el recipiente; y 25 la composición de conformidad con la 102. El anticuerpo de conformidad con J| - reivmdicación 101, caracterizado porque el polípéptida <sñ ' . J la muestra está sobre una célula proveniente del mamífero. 103. El anticuerpo de conformidad con la -tfi * 5 t reivindicación 101, caracterizado porque la muestra* ^^ fluido corporal proveniente del mamífero y el polipépiíido * es un polipéptido soluble. 104. El anticuerpo de conformidad con la reivindicación 101, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal. 105. El anticuerpo de conformidad con la reivindicación 101, caracterizado porque el ensayo es realizado in vi tro y el ensayo es un ensayo de ELISA. 106. El anticuerpo de conformidad con la 15 reivindicación 102, caracterizado porque la célula es Una pluralidad de células que permanecen dentro del cuerpo de "» un mamífero, el anticuerpo es una pluralidad de anticuerpos que están marcados con un isótopo radioactivo y administrados al mamífero, y el grado de enlace de los 2& anticuerpos a las células es observado por la exploración externa para la radioactividad. 107. El anticuerpo de conformidad con la reivindicación 101, caracterizado porque el ensayo comprende además los anticuerpos anti-ErbB2 marcados con un JY La presente invención se refiere a la? '""composiciones y métodos para el tratamiento de desórdenes caracterizados por la sobreexpresión de un polipéptido U^f- f* 1. kás específicamente, las composiciones incluyen el •fB?J y las secuencias de aminoácidos de un LIV-1, los para un LIV-1, y los métodos para el * tratamiento de un mamífero susceptible de o diagnosticado con cáncer, en donde es sobreexpresado un LIV-1. PA/a/ 2 oo 2 \ Ji lo t t # ' ; ¿S* .