De vereniging ontstond per 1 juli 1995 uit een fusie tussen J.O.S. (Jeugd Organisatie Sportclub; opgericht op 7 februari 1920 en ook de officiële oprichtingsdatum van JOS/Watergraafsmeer gebleven) en Watergraafsmeer (1 juli 1988). In Watergraafsmeer was via verschillende samenvoegingen een zestal oorspronkelijke verenigingen samengekomen. Dit waren Amstel (01-07-1905), T.D.O. (17-09-1915), T.I.W. (01-10-1921), Ontwaakt (14-11-1923), W.M.H.O. (23-06-1934), Nestor (okt 1918) en Rustenburg (okt 1918). Van deze clubs fuseerden WMHO (Wie Moed Houdt Overwint), TDO ( Training doet Overwinnen) en Ontwaakt in 1976 tot W.T.O. In september 1921 fuseerden Nestor en Rustenburg tot RNC (Amsterdam) (Rustenburg Nestor Combinatie (Amsterdam)). In 1979 fuseerden TIW en Amstel (de club waarin RNC in 1925 was opgegaan) tot TIW/Amstel, waarna in 1988 de fusie tussen TIW/Amstel en WTO volgde.
Rinus Michels als trainer van Ajax. 14-8-1966, Elinkwijk-Ajax 0-7. Voordat oud-speler Michels als trainer met Ajax grote successen boekte tussen juli 1965 en juni 1971 (4x landskampioen, 4x KNVB bekerfinalist en 3x winnaar, 2x finalist Europa Cup I voor landskampioenen, 1x winnaar in 6 jaar) was Michels trainer van J.O.S., tussen half 1960 en half 1964.
Voor Michels, is JOS getraind door Hille van Keulen (zonder betaling) oud speler van oa JOS, Blauw Wit en Ajax ook beide in het 1e gespeeld.
Hille van Keulen heeft JOS van de 3e naar de 1e klas gebracht, waarna Michels het heeft overgenomen en met JOS kampioen van de 1e klas geworden.
In 1960 begon Rinus Michels, later trainer van AFC Ajax en bondscoach, zijn trainersloopbaan bij J.O.S. Hij leidde tot 1964 de vereniging. De oud-Ajacied en olympiër Jaap Knol was destijds de voorzitter van de club. Vroeger gold JOS wel als een soort opleidingsclub voor Ajax.
Zanger Henk Hofstede van de Nederlandse popgroep The Nits schreef het nummer "J.O.S. days" (dat in 1987 op hun album In the Dutch mountains verscheen) over de voetbalclub. Hierin bezingt hij de indruk die het monument met namen van oorlogsslachtoffers maakte en de schande die het was om als eerste jongen van de familie niet tot de vereniging te worden toegelaten. Het monument van J.O.S. is inmiddels gesloopt, maar van andere verenigingen die eveneens leden verloren als gevolg van de oorlog (met name Joodse leden) zijn nog wel monumenten bewaard gebleven.
In elke staaf van de grafiek staat van boven naar beneden vermeld:
Eindnotering
Dit is de positie die de club heeft bereikt in de competitie, zonder eventuele beslissings-, play-off- of nacompetitiewedstrijden die nodig zijn geweest om bijvoorbeeld de kampioen van de competitie te bepalen.
Indien een * achter het getal staat is de notering een tussenstand en kan het zijn dat de notering niet overeenkomt met de uiteindelijke eindstand van de competitie.
Staat er een - dan is het seizoen nog bezig en is er geen definitieve uitslag bekend.
Staat er xx op de positie van de notering, dan heeft de club vroegtijdig de competitie verlaten. Dit kan onder andere komen door terugtrekking van het team, faillissement van de club of door een uitgedeelde straf van de KNVB. In veel gevallen staat elders in het artikel de reden vermeld.
Staat er een ? dan is het resultaat uit het verleden onbekend, en is alleen de competitie of het niveau bekend van dat seizoen.
In de seizoenen 2019/20 en 2020/21 werd wegens de coronacrisis het amateurvoetbal afgebroken. Daardoor kennen deze staven geen eindklassering (middels -- weergegeven).
Competitieniveau en afdelingsletter of Officiële eindstand Eredivisie
Competitieniveau en afdelingsletter
Hierbij geeft het getal het niveau weer, dat ook terug te vinden is in de legenda. De letter is de afdelingsaanduiding en wordt gebruikt wanneer er meer afdelingen zijn op hetzelfde niveau. De afdelingsletter is altijd een hoofdletter en wordt meestal zonder nummer gebruikt.
Voorbeeld: 2F is niveau 2e klasse competitie F.
Het competitieniveau en nummer wordt niet vermeld wanneer er slechts één competitie van dit niveau was.
Officiële eindstand Eredivisie (getal staat tussen haakjes vermeld)
Sinds de introductie van play-offwedstrijden voor Europees voetbal na afloop van de reguliere competitie in 2005/06, is de KNVB verplicht een eindstand van de Eredivisie door te geven aan de UEFA aan de hand van deze play-offwedstrijden.
Bij deze eindstand staan clubs die zich hebben gekwalificeerd voor Europees voetbal hoger dan clubs die zich niet wisten te kwalificeren. Indien er geen verschil was tussen de eindnotering en de officiële eindstand, staat dit getal niet vermeld.
Onderafdeling
Hier staat afgekort de naam van de onderafdeling indien de club in dat jaar in een onderafdeling uitkwam. Tevens staat deze afkorting in de legenda en wordt gelinkt naar het artikel over deze onderafdeling. Deze afkorting wordt alleen vermeld wanneer de club in het verleden in verschillende onderafdelingen heeft gespeeld. Deze vermelding is in de staaf altijd in kleine letters. Deze onderafdelingen zijn na het seizoen 1995/96 afgeschaft. Heeft de club in slechts één onderafdeling gespeeld, dan is dit alleen terug te vinden in de legenda.
Onder de staaf staat het jaartal vermeld waarin het seizoen is afgesloten. 15 verwijst naar het seizoen 2014/15 of eventueel het seizoen 1914/15.
Wanneer een staaf leeg is, zijn deze gegevens niet bekend. Het kan ook zijn dat de club dat seizoen niet heeft meegespeeld op het hogere amateurniveau, vroegtijdig de competitie heeft verlaten of uit de competitie is gezet.
In het seizoen 1944/45 was er wegens de Tweede Wereldoorlog geen regulier competitievoetbal.
Opmerking: In de 1e klasse en lager spelen de clubs in districten. Deze districten staan niet vermeld in de grafiek.
In 1959 schakelde Watergraafsmeer, dat destijds in de tweede klasse speelde eredivisionist Blauw-Wit uit in de KNVB Beker, dit was tot 2016 de enige keer dat een club van het vijfde niveau of lager een eredivisieclub uitschakelde. In dat jaar werd dit record geëvenaard door CVV De Jodan Boys dat Go Ahead Eagles uitschakelde.
Amsterdam
· 
· 