ハプログループDE (Y染色体)

DE 系統
系統祖	{{{major-haplo}}}
発生時期	70,000-75,000年前; またはCFとDEが分岐してすでに141,000年経過; または約73,100年前; または約76,000年前
発生地（推定）	アフリカ～アジア
親階層	CT
分岐指標	M1/YAP, M145 = P205, M203, P144, P153, P165, P167, P183
子階層	E, D

ハプログループDE(Y染色体)（ハプログループDE (Yせんしょくたい)、英: Haplogroup DE (Y-chromosome)）とは、分子人類学で用いられる、人類のY染色体のハプログループ（型集団）の分類で、YAPと呼ばれる変異の型に定義されるものである。

YAP

ハプログループDEはYAPという変異で定義される。YAP (ヤップ、Y-chromosome Alu Polymorphism)とは、Y染色体の長腕部「DYS287 Yq11」上にある約300塩基からなるAlu配列(Alu sequence)の挿入多型。この古代に起きた「M1」と定義される変異の痕跡（SNP）をY染色体上に持つのは、本来ならばtRNA、rRNAなどの核内低分子RNAに転写されるべきものが、何らかの要因によってY染色体上のDNA配列に挿入されてしまったもので、生体内での働きについては未解明である。Alu配列とは蛋白質をコードする配列を全く含まず、制限酵素Aluで認識されるためこの名がつけられた。YAP変異をもつ系統はハプログループEとハプログループDに限られる^[6]。

起源

系統図（Underhill and Kivisild 2007^[4] に基づく）

現生人類の共通祖先発祥の地、東アフリカのトゥルカナ湖の東北附近に7.6～7万年前^[7] に住んでいた一人の男性（俗称: YAPアダム）にこの変異が起こり、これが父系で遺伝するY染色体の特定のSNPを持つ集団（Y染色体ハプログループ）のうち「YAP（M1)」と呼ばれるSNPを持つハプログループDE系統を生み出し、その後6万年程前にこれが更に2つ集団（ハプログループ）DとEに分岐した。
なお、ハプログループDEは系統樹からも分かるように、全ユーラシア人の最近共通祖先であるハプログループCTから早期に分岐したため、他のユーラシア系統とは分岐から7万年以上もの年月を経ている。（一方で、ハプログループDEはアジアで発祥したという異説^[5] もある。）

さらにその子系統であるハプログループDは、アフリカにおいて既に発生していたと考えられる^[3]。ハプログループDの子系統のうち、ハプログループD2はアフリカに留まり、ハプログループD1が出アフリカを果たした。アフリカに留まりアフリカ大陸全土や一部は地中海地域やヨーロッパなどに父系を通じて広がった集団がハプログループEとハプログループD2であり、分岐後出アフリカを経て東方に向かい、チベット・アンダマン諸島・ヤオ族・フィリピンのマクタン島・グアム島・日本列島^[8] などに父系を通じて広がったのがハプログループD1である。

またDEの子型でD系統にもE系統にも属さないパラグループDE*がチベット人^[9]、ナイジェリア^[10]、ギニアビサウ^[11] でごくわずかに発見されているが、このうちナイジェリアのサンプルについてはハプログループD0（後にD2に名称変更）であることが判明し^[3]、上述のようにハプログループDが既にアフリカにおいて発生していたことが示された。

下位系統

2019年 6月19日改訂のISOGGの系統樹（ver.14.106）による^[12]

DE (YAP)
- D (CTS3946)
  - D1 (M174/Page30, IMS-JST021355)
    - D1a (CTS11577)　
      - D1a1 (F6251/Z27276)　　チベット、モンゴル、中央アジア等
      - D1a2 (Z3660)
        D1a2a (M64.1/Page44.1, M55) 　日本（大和民族、アイヌ、琉球民族）
        
        D1a2b (Y34637)　アンダマン諸島（オンゲ族、ジャラワ族）
    - D1b (L1378) 　フィリピン（マクタン島、ルソン島）^[13]
  - D2 (A5580.2) 　ナイジェリア、サウジアラビア、シリア
- E　アフリカで多い。
  - E1b1a　アフリカ中~南部。ニジェール・コンゴ語族と関連。
  - E1b1b　アフリカ北東部・北部、中東、南ヨーロッパなど。アフロ・アジア語族と関連。

脚注

^ Raghavan, Maanasa; Skoglund, Pontus; Graf, Kelly E.; Metspalu, Mait; Albrechtsen, Anders; Moltke, Ida; Rasmussen, Simon; Stafford Jr, Thomas W. et al. (2014). “Upper Palaeolithic Siberian genome reveals dual ancestry of Native Americans”. Nature 505 (7481): 87–91. Bibcode: 2014Natur.505...87R. doi:10.1038/nature12736. PMC 4105016. PMID 24256729.
^ Kamin M, Saag L, Vincente M, et al. (April 2015). “A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture”. Genome Research 25 (4): 459–466. doi:10.1101/gr.186684.114. PMC 4381518. PMID 25770088.
^ ^a ^b ^c ^d Haber M, Jones AL, Connel BA, Asan, Arciero E, Huanming Y, Thomas MG, Xue Y, Tyler-Smith C (June 2019). “A Rare Deep-Rooting D0 African Y-chromosomal Haplogroup and its Implications for the Expansion of Modern Humans Out of Africa”. Genetics 212 (4): 1421–1428. doi:10.1534/genetics.119.302368. PMC 6707464. PMID 31196864.
^ ^a ^b Underhill PA, Kivisild T (2007). “Use of y chromosome and mitochondrial DNA population structure in tracing human migrations”. Annual Review of Genetics 41: 539–64. doi:10.1146/annurev.genet.41.110306.130407. PMID 18076332.
^ ^a ^b Cabrera, Vicente M.; Rodriguez, Julia Patricia Marrero; Abu-Amero, Khaled K.; Larruga, Jose M. (2017-12-13). “Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago.” (英語). bioRxiv: 233502. doi:10.1101/233502.
^ Hammer MF.(1994) A recent insertion of an alu element on the Y chromosome is a useful marker for human population studies.
^ Karafet TM, Mendez FL, Meilerman MB, Underhill PA, Zegura SL, Hammer MF (2008). "New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree". Genome Research 18 (5): 830–8. doi:10.1101/gr.7172008. PMC 2336805. PMID 18385274.
^ “Y-haplogroup D in Cebu, Philippines”. A Genetic Genealogy Community (2012年5月12日). 2014年10月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年3月3日閲覧。
^ Shi H, Zhong H, Peng Y et al. (2008). "Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations". BMC Biol. 6: 45. doi:10.1186/1741-7007-6-45. PMC 2605740. PMID 18959782.
^ Weale ME, Shah T, Jones AL et al. (September 2003). "Rare deep-rooting Y chromosome lineages in humans: Lessons for Phylogeography". Genetics 165 (1): 229–34. PMC 1462739. PMID 14504230.
^ Rosa A, Ornelas C, Jobling MA, Brehm A, Villems R. Y-chromosomal diversity in the population of Guinea-Bissau: a multiethnic perspective. BMC Evol Biol. 2007;7:124. Published 2007 Jul 27. doi:10.1186/1471-2148-7-124
^ Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2019
^ Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2014

外部リンク

Haplogroup M1

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[1] Raghavan, Maanasa; Skoglund, Pontus; Graf, Kelly E.; Metspalu, Mait; Albrechtsen, Anders; Moltke, Ida; Rasmussen, Simon; Stafford Jr, Thomas W. et al. (2014). “Upper Palaeolithic Siberian genome reveals dual ancestry of Native Americans”. Nature 505 (7481): 87–91. Bibcode: 2014Natur.505...87R. doi:10.1038/nature12736. PMC 4105016. PMID 24256729.

[A_recent_bottleneck_of_Y_chromosome-2] Kamin M, Saag L, Vincente M, et al. (April 2015). “A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture”. Genome Research 25 (4): 459–466. doi:10.1101/gr.186684.114. PMC 4381518. PMID 25770088.

[ReferenceC-3] Haber M, Jones AL, Connel BA, Asan, Arciero E, Huanming Y, Thomas MG, Xue Y, Tyler-Smith C (June 2019). “A Rare Deep-Rooting D0 African Y-chromosomal Haplogroup and its Implications for the Expansion of Modern Humans Out of Africa”. Genetics 212 (4): 1421–1428. doi:10.1534/genetics.119.302368. PMC 6707464. PMID 31196864.

[underhill2007-4] Underhill PA, Kivisild T (2007). “Use of y chromosome and mitochondrial DNA population structure in tracing human migrations”. Annual Review of Genetics 41: 539–64. doi:10.1146/annurev.genet.41.110306.130407. PMID 18076332.

[Cabrera-5] Cabrera, Vicente M.; Rodriguez, Julia Patricia Marrero; Abu-Amero, Khaled K.; Larruga, Jose M. (2017-12-13). “Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago.” (英語). bioRxiv: 233502. doi:10.1101/233502.

[6] Hammer MF.(1994) A recent insertion of an alu element on the Y chromosome is a useful marker for human population studies.

[7] Karafet TM, Mendez FL, Meilerman MB, Underhill PA, Zegura SL, Hammer MF (2008). "New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree". Genome Research 18 (5): 830–8. doi:10.1101/gr.7172008. PMC 2336805. PMID 18385274.

[8] “Y-haplogroup D in Cebu, Philippines”. A Genetic Genealogy Community (2012年5月12日). 2014年10月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年3月3日閲覧。

[9] Shi H, Zhong H, Peng Y et al. (2008). "Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations". BMC Biol. 6: 45. doi:10.1186/1741-7007-6-45. PMC 2605740. PMID 18959782.

[10] Weale ME, Shah T, Jones AL et al. (September 2003). "Rare deep-rooting Y chromosome lineages in humans: Lessons for Phylogeography". Genetics 165 (1): 229–34. PMC 1462739. PMID 14504230.

[11] Rosa A, Ornelas C, Jobling MA, Brehm A, Villems R. Y-chromosomal diversity in the population of Guinea-Bissau: a multiethnic perspective. BMC Evol Biol. 2007;7:124. Published 2007 Jul 27. doi:10.1186/1471-2148-7-124

[12] Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2019

[ISOGG2014-13] Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2014

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

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[7]

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[9]

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[13]

ハプログループDE (Y染色体)

目次

YAP

起源

下位系統

脚注

関連項目

外部リンク