Jmol
Jmol adalah perangkat lunak komputer bagi pemodelan molekul struktur kimia dalam 3-dimensi.[2] Jmol menampilkan representasi 3D dari molekul yang dapat digunakan sebagai alat pengajaran,[3] atau untuk penelitian seperti, dalam kimia dan biokimia. Perangkat lunak ini ditulis dalam bahasa pemrograman Java, sehingga dapat beroperasi pada sistem operasi Windows, macOS, Linux, serta Unix, jika Java telah terpasang. Perangkat ini bersifat bebas dan bersumber-terbuka yang dirilis di bawah GNU Lesser General Public License (LGPL) versi 2.0. Terdapat aplikasi mandiri dan perangkat lunak pengembangan (SDK) yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya, seperti Bioclipse dan Taverna.
| Jmol | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||||
Pembacaan struktur tiga dimensi dari streptavidin oleh Jmol | |||||||||||
| Tipe | perangkat lunak bebas dan science software (en)   | ||||||||||
| Versi pertama | 2001 | ||||||||||
| Versi stabil | 16.1.59 (26 Februari 2024) | ||||||||||
| Genre | Pemodelan molekul | ||||||||||
| Lisensi | LGPL 2.0 | ||||||||||
| Bahasa |
Daftar bahasa Katalan, Tionghoa, Ceko, Denmark, Belanda, Inggris, Prancis, Jerman, Hungaria, Indonesia, Italia, Korea, Portugis, Spanyol, Turki, Ukraina[1] | ||||||||||
| Dalam bahasa Indonesia |  Tersedia | ||||||||||
| |||||||||||
| |||||||||||
| |||||||||||
Fitur yang populer adalah applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web untuk menampilkan molekul dalam berbagai cara. Misalnya, molekul dapat ditampilkan sebagai model bola-dan-pasak, model ruang terisi, diagram pita, dan lain sebagainya.[4] Jmol mendukung berbagaii format berkas kimia, termasuk Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol), dan Chemical Markup Language (CML). Terdapat pula versi hanya-JavaScript (HTML5), JSmol, yang dapat digunakan pada komputer yang tidak memiliki Java.[5]
Applet Jmol, disamping kemampuan lainnya, menyediakan alternatif bagi plug-in Chime,[3] yang tidak lagi dikembangkan. Sementara Jmol memiliki banyak fitur yang tidak dimiliki Chime, perangkat lunak ini tidak mengklaim untuk mereproduksi semua fungsi Chime, terutama, mode Sculpt. Chime membutuhkan instalasi plug-in dan Internet Explorer 6.0 atau Firefox 2.0 pada Microsoft Windows, atau Netscape Communicator 4.8 pada Mac OS 9. Jmol membutuhkan instalasi Java dan beroperasi pada berbagai platform. Misalnya, Jmol berfungsi penuh di Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome, dan Safari.
Tangkapan layar
sunting-
Struktur kristal dari kotak H/ACA RNP dari Pyrococcus furiosus.
-
Menyorot dua jembatan garam pada tetramer hemoglobin (gugus hemo sebagai pasak di kanan bawah).
-
Suatu fragmen faktor transkripsi TFIIIA membentuk tiga motif jari seng berurutan, terikat pada bentangan DNA.
-
Ribosom 70S Eubakteria dari Thermus thermophilus.
Lihat pula
suntingReferensi
sunting- ^ "Translations : Jmol". translations.launchpad.net.
- ^ Chen, Jim X. (2008), Springer, ed., Guide to Graphics Software Tools (dalam bahasa Inggris), hlm. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
- ^ a b Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education (dalam bahasa Inggris), 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644
- ^ Herráez, A (2007), Lulu, ed., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, hlm. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
- ^ "JSmol" (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 2 November 2015.
Pranala luar
sunting- Situs web resmi
- Willighagen, Egon; Howard, Miguel (Juni 2007). "Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D" (dalam bahasa Inggris). doi:10.1038/npre.2007.50.1.