Entrez

O Entrez Global Query Cross-Database Search System é un motor de busca federada^[1] ou portal web que permite aos usuarios buscar en moitas bases de datos de ciencias da saúde no sitio web do National Center for Biotechnology Information (NCBI) norteamericano.^[2] O NCBI forma parte da Biblioteca Nacional de Medicina dos Estados Unidos (NLM), a cal é un departamento dos Institutos Nacionais da Saúde (NIH), os cales á súa vez forman parte do Departamento de Saúde e Servizos Humanos dos Estados Unidos. Escolleuse o nome "Entrez" (que é unha benvida en francés invitando a entrar, que significa "Entre") para reflectir o espírito de dar a benvida ao público para que busque nos contidos dispoñibles na Biblioteca Nacional de Medicina.

Entrez Global Query é un sistema integrado de busca e recuperación de datos que proporciona acceso a todas as bases de datos simultaneamente cunha soa cadea de caracteres de busca e unha interface de usuario. Entrez pode recuperar eficientemente estruturas primarias, secundarias e terciarias de moléculas relacionadas, e referencias. O sistema Entrez pode proporcionar vistas de secuencias de xenes e proteínas e mapas de cromosomas. Tamén se pode ter acceso a algúns libros de texto desde o sistema Entrez.

Características

A páxina de inicio de Entrez proporciona, por defecto, acceso a unha busca global. Pode buscarse en todas as bases de datos indexadas por Entrez por medio dunha soa cadea de caracteres de busca, que soportan operadores booleanos e etiquetas de termos de busca para limitar partes do texto de busca a campos determinados. Isto orixina unha páxina de resultados unificados, na que se mostra o número de casos atopados para esa busca en cada unha das bases de datos, as cales son tamén ligazóns aos resultados da busca nunha base de datos determinada.

Entrez tamén proporciona unha interface similar para a busca en cada base de datos particular e para refinar os resultados de busca. A característica Limits permite que o usuario estreite unha busca. A característica History dá lugar a unha lista numerada de buscas realizadas recentemente. Os resultados e buscas previas poden ser referidas por número e combinadas por medio de operadores booleanos. Os resultados da busca poden gardarse temporalmente no portapapeis. Os usuarios con conta MyNCBI poden gardar as buscas indefinidamente e tamén elixir recibir acctualizacións cos novos resultados de buscas que se envían por correo electrónico para buscas gardadas na maioría das bases de datos. Utilízase amplamente no campo da biotecnoloxía como ferramenta de referencia tanto para estudantes coma para profesionais.

Bases de datos

Entrez fai bucas nas seguintes bases de datos:

PubMed: citas e resumos de literatura biomédica, incluíndo Medline, con artigos de revistas científicas (principalmente de Medicina), a miúdo con resumos. Proporciónanse ligazóns a PubMed Central e outros recursos con textos completos para artigos desde a década de 1990.
PubMed Central: artigos de revistas científicas co texto completo e gratuítos
Sitio de Busca: web do NCBI e sitios web FTP
Libros: libros en liña
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), datos sobre xenes
Nucleotide: base de datos de secuencias (GenBank)
Protein: base de datos de secuencias
Genome: secuencias de xenomas completos e mapas
Structure: estruturas macromoleculares tridimensionais
Taxonomy: organismos en GenBank Taxonomy
SNP: polimorfismos dun só nucleótido
Gene: información centrada nos xenes
HomoloGene: grupos de homoloxía eucarióticos
PubChem Compound: estruturas químicas de moléculas pequenas
PubChem Substance: rexistros de substancias químicas depositadas
Genome Project: información do proxecto xenoma
UniGene: grupos de secuencias de transcrición orientados aos xenes
CDD: base de datos de dominios de proteínas conservados
PopSet: conxuntos de datos de estudos de poboación (epidemioloxía)
GEO Profiles: perfís de expresión e abundancia molecular
GEO DataSets: conxuntos experimentais de datos GEO
Sequence read archive: datos de secuenciacións de alta resolución
Cancer Chromosomes: bases de datos e citoxenética
PubChem BioAssay: exames de bioactividade de substancias químicas
Probe: reactivos esepecíficos de secuencia
NLM Catalog: datos bibliográficos da NLM duns 1,2 millóns de revistas, libros, audiovisuais, programas informáticos, recursos electrónicos, e outros materias situados en LocatorPlus (actualizado cada día).

Aceso

Ademais de usar o motor de busca para procurar datos en Entrez, o NCBI proporciona a ferramenta Entrez Programming Utilities (eUtils) para ter un acceso máis directo aos resultados das buscas. Accédese aos eUtils ao enviar certas URLs ao servidor do NCBI, e analizar a resposta XML. Hai tamén unha interface SOAP de eUtils.

Historia

En 1991, presentouse Entrez en forma de CD-ROM. En 1993, unha versión servidor cliente do software proporcionaba xa conexión a Internet. En 1994, o NCBI creou unha páxina web, e Entrez era unha parte desa páxina. En 2001, saíu Entrez bookshelf, e en 2003 desenvolveuse a base de datos Entrez Gene.^[3]

Notas

↑ Permite a busca simultánea de moitos recursos.
↑ NCBI Resource Coordinators (2012). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D8–D20. PMC 3531099. PMID 23193264. doi:10.1093/nar/gks1189.
↑ Smith, Kent. "A Brief History of NCBI’s Formation and Growth". The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Consultado o 3 May 2014.

Véxase tamén

Ligazóns externas

[1] Permite a busca simultánea de moitos recursos.

[2] NCBI Resource Coordinators (2012). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information". Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D8–D20. PMC 3531099. PMID 23193264. doi:10.1093/nar/gks1189.

[3] Smith, Kent. "A Brief History of NCBI’s Formation and Growth". The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Consultado o 3 May 2014.

[1]

[2]

[3]