National Center for Biotechnology Information

Histoire
Fondation	4 novembre 1988
Sigle	(en) NCBI
Type	Institut de recherche, bibliothèque de données
Siège	Bethesda
Pays	États-Unis
Coordonnées	38° 59′ 45″ N, 77° 05′ 56″ O
Organisation mère	United States National Library of Medicine
Site web	(en) www.ncbi.nlm.nih.gov

Le National Center for Biotechnology Information (NCBI, littéralement en français : « Centre américain pour les informations biotechnologiques ») est un institut national américain pour l'information biologique moléculaire.

Historique

Cet organisme, fondé en 1988 et situé à Bethesda dans le Maryland, fait partie de la Bibliothèque américaine de médecine, un des Instituts américains de la santé.

Missions

Le NCBI conduit des recherches dans la biologie informatique, développe des logiciels pour analyser des données de génome et fournir des informations biomédicales.

Le NCBI n'est pas une base de données, mais il développe aussi des bases de données publiques telles que :

Il est en quelque sorte le pendant américain de l’Institut européen de bio-informatique (EBI).

Le NCBI propose et contient une base de données NCBI taxonomy qui n'est qu'indicative. Le site internet du NCBI précise que cette base n'est pas une source fiable pour la nomenclature ou de classification, et qu'il faut consulter la littérature scientifique pertinente pour les informations les plus fiables^[1]. La taxonomie du NCBI représente environ 10 % des espèces vivantes de la planète. Cette taxonomie est une classification curée et se propose comme une nomenclature organisée pour les séquences d'organismes dans des bases de données publiques^[2].

Le TaxID (identifiant unique dans la taxonomie du NCBI) sert de lien entre les trois bases de données du International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC, en français : « Collaboration internationale en bases de données de séquences nucléotidiques »)^[3] dont sont membres la DNA Data Bank of Japan (DDBJ), le NCBI (États-Unis) et l'Institut européen de bio-informatique (EMBL-EBI, Europe)^[4].

Notes et références

↑ (en) « Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information. » (Voir bas de page sur cet exemple de recherche.)
↑ (en) « Home - Taxonomy », sur ncbi.nlm.nih.gov (consulté le 30 août 2017).
↑ (en) Scott Federhen, Karen Clark, Tanya Barrett et Helen Parkinson, « Toward richer metadata for microbial sequences: replacing strain-level NCBI taxonomy taxids with BioProject, BioSample and Assembly records », Standards in Genomic Sciences, vol. 9, n^o 3,‎ 15 juin 2014, p. 1275 (ISSN 1944-3277, DOI 10.4056/sigs.4851102, lire en ligne, consulté le 30 août 2017).
↑ (en) « International Nucleotide Sequence Database Collaboration », sur insdc.org (consulté le 30 août 2017).

Voir aussi

Articles connexes

Entrez, le système global de recherches inter-bases de données du NCBI.
BLAST, un logiciel du NCBI, permettant la comparaison de séquences de nucléotides et de protéines.
La liste des pages Wikipédia décrivant un taxon utilisant une référence au NCBI.

Liens externes

(en) Site officiel
Ressource relative à la recherche :
- ResearchGate
Notices d'autorité :
- VIAF
- ISNI
- LCCN
- GND
- Israël
- Catalogne
- Tchéquie
- WorldCat
(en) Site officiel
(en) Sa base de données taxonomique

[1] (en) « Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information. » (Voir bas de page sur cet exemple de recherche.)

[2] (en) « Home - Taxonomy », sur ncbi.nlm.nih.gov (consulté le 30 août 2017).

[3] (en) Scott Federhen, Karen Clark, Tanya Barrett et Helen Parkinson, « Toward richer metadata for microbial sequences: replacing strain-level NCBI taxonomy taxids with BioProject, BioSample and Assembly records », Standards in Genomic Sciences, vol. 9, n^o 3,‎ 15 juin 2014, p. 1275 (ISSN 1944-3277, DOI 10.4056/sigs.4851102, lire en ligne, consulté le 30 août 2017).

[4] (en) « International Nucleotide Sequence Database Collaboration », sur insdc.org (consulté le 30 août 2017).

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