Chloroflexota

Les Chloroflexota – anciennement Chlorobacteria (en français les Chlorobactéries) – forment un embranchement (ou phylum, ou encore division) du règne des Bacteria. Son nom provient de Chloroflexus qui est le genre type de cet embranchement.

Certains auteurs pensent que ce phylum pourrait être l'un des plus anciens existant encore.

Historique

Thomas Cavalier-Smith a fait du phylum Chlorobacteria un des phylums de sa classification^[2]. Il est possible que ce soit l'embranchement bactérien le plus ancien qui existe encore à l'heure actuelle^[3] : la racine de l'arbre du vivant pourrait donc se trouver parmi les chlorobactéries ou bien entre les chlorobactéries et le reste du vivant.

Les chlorobactéries tirent leur nom du genre Chloroflexus, qui a lui-même donné son nom à la classe des Chloroflexi. Les chlorobactéries possèdent des métabolismes variés même si le plus typique est la photohétérotrophie anoxygénique des chloroflèxes. En 2021, Oren et Garrity rectifient la nomenclature des phyla bactérien et parmi ceux-ci celui des chlorobactéries qui deviennent les Chloroflexota^[1].

Taxonomie

Étymologie

L'étymologie de ce phylum Chloroflexota est la suivante : Chlo.ro.fle.xo’ta N.L. masc. n. Chloroflexus, genre type de ce phylum; N.L. neut. pl. n. suff. -ota, suffixe pour définir un phylum; N.L. neut. pl. n. Chloroflexota, le phylum des Chloroflexus^[1]^,^[4].

Liste des classes

Selon la LPSN (11 novembre 2022)^[5] :

Anaerolineae Yamada et al. 2006
Ardenticatenia Kawaichi et al. 2013
Caldilineae Yamada et al. 2006
Chloroflexia corrig. Gupta et al. 2013
Dehalococcoidia Löffler et al. 2013
Ktedonobacteria corrig. Cavaletti et al. 2007
Tepidiformia Kochetkova et al. 2020
Thermoflexia Dodsworth et al. 2014

Liste des Candidatus

Selon la LPSN (11 novembre 2022)^[5], plusieurs classes n'ont pas été publiées de manière valide et sont en attente de validation:

"Candidatus Bathosphaeria" Mehrshad et al. 2018
"Candidatus Limnocylindria" Mehrshad et al. 2018
"Candidatus Thermofontia" corrig. Ward et al. 2018
"Candidatus Umbricyclopia" Mehrshad et al. 2018

Controverse sur leur structure

Les chlorobactéries sont traditionnellement considérées comme des bactéries Gram négative à structure bimembranée. Il semblerait pourtant que certains membres aient une structure unimembranée^[6], ce qui jette le doute sur la monophylie de ce taxon.

Position phylogénétique supposée

phyl. Chlorobacteria

phyl. Hadobacteria

phyl. Cyanobacteria

infrareg. Gracilicutes

phyl. Spirochaetae

phyl. Sphingobacteria

	phyl. Proteobacteria

	phyl. Planctobacteria

phyl. Eurybacteria (paraphylétique)

clade unimembrana

subphyl. Endobacteria

subphyl. Actinobacteria

clade neomura

	phyl. Archaebacteria

	imp. Eukaryota

Article détaillé : Eubacteria (classification phylogénétique).

Classification

‘Candidatus Chlorothrix’♠

‘Candidatus Chlorothrix halophila’♠

Classe Anaerolineae

Anaerolineales
- Anaerolineaceae
  - Anaerolinea
    - A. thermolimosa
    - A. thermophila
  - Bellilinea
    - Bellilinea caldifistulae
  - Leptolinea
    - Leptolinea tardivitalis
  - Levilinea
    - Levilinea saccharolytica
  - Longilinea
    - Longilinea arvoryzae
Caldilineales
- Caldilineaceae
  - Caldilinea
    - C. aerophila
    - C. tarbellica♠

Classe Chloroflexi

Kouleothrix♠
- Kouleothrix aurantiaca♠
Chloroflexales
- Dehalobium♠
  - Dehalobium chlorocoercia♠
- Chloroflexaceae
  - Chloroflexus
    - C. aggregans
    - C. aurantiacus
  - Chloronema
    - Chloronema giganteum
  - Heliothrix
    - Heliothrix oregonensis
  - Roseiflexus
    - Roseiflexus castenholzii
- Oscillochloridaceae
  - Oscillochloris
    - O. chrysea
    - O. trichoides
Herpetosiphonales
- Herpetosiphonaceae
  - Herpetosiphon
    - H. aurantiacus
    - H. geysericola

Classe Dehalococcoidetes

Classe Ktedonobacteria

Ktedonobacterales
- Ktedonobacteraceae
  - Ktedonobacter
    - Ktedonobacter racemifer
- Thermosporotrichaceae
  - Thermosporothrix
    - Thermosporothrix hazakensis
Thermogemmatisporales
- Thermogemmatisporaceae
  - Thermogemmatispora
    - T. foliorum♠
    - T. onikobensis♠

Classe Thermomicrobia

Thermobaculum♠
- Thermobaculum terrenum♠
Thermomicrobiales
- Thermomicrobiaceae
  - Thermomicrobium
    - Thermomicrobium roseum
Sphaerobacterales
- Sphaerobacteraceae
  - Sphaerobacter
    - Sphaerobacter thermophilus

Note: ♠ Strain found at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) but not recognised by List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) or published by International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSB/IJSEM).

Notes et références

↑ ^{a b et c} Oren et Garrity 2021, p. 3.
↑ Thomas Cavalier-Smith, 1998. A revised six-kingdom system of life. Biol. Rev. 73: 203-266.
↑ Thomas Cavalier-Smith, 2006. Rooting the tree of life by transition analyses. Biol Direct. ; 1: 19. doi: 10.1186/1745-6150-1-19
↑ (en) « Phylum Chloroflexota », sur LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 11 novembre 2022).
↑ ^{a et b} List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 11 novembre 2022
↑ (en) Iain C. Sutcliffe, « A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture », Trends in Microbiology, vol. 18, n^o 10,‎ 1^er octobre 2010, p. 464-470 (DOI 10.1016/j.tim.2010.06.005).

Bibliographie

(en) A Oren et GM Garrity, « Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 71, n^o 10,‎ 2021, p. 005056 (DOI 10.1099/ijsem.0.005056)

Liens externes

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Ressources relatives au vivant :
- Global Biodiversity Information Facility
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature

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[OrenGarrity2021Oren20213-1] {a b et c} Oren et Garrity 2021, p. 3.

[2] Thomas Cavalier-Smith, 1998. A revised six-kingdom system of life. Biol. Rev. 73: 203-266.

[3] Thomas Cavalier-Smith, 2006. Rooting the tree of life by transition analyses. Biol Direct. ; 1: 19. doi: 10.1186/1745-6150-1-19

[LPSNV-4] (en) « Phylum Chloroflexota », sur LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 11 novembre 2022).

[LPSN11_novembre_2022-5] {a et b} List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 11 novembre 2022

[6] (en) Iain C. Sutcliffe, « A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture », Trends in Microbiology, vol. 18, n^o 10,‎ 1^er octobre 2010, p. 464-470 (DOI 10.1016/j.tim.2010.06.005).

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