Bgee
Bgee est une base de données maintenue par l'Institut suisse de bioinformatique et l'Université de Lausanne. Bgee permet l'analyse et la comparaison de patrons d'expression de gènes à partir d'expériences RNA-Seq, scRNA-Seq, puces à ADN, hybridation in situ et EST, et ce, pour de multiples espèces animales[1],[2].
 Logo de la base de données d'expression de gènes Bgee | |
| Adresse | www.bgee.org |
|---|---|
| Description | Expression des gènes pour de multiples espèces et conditions |
| Slogan | Annotation manuelle pour chaque expérience |
| Licence | CC0 1.0 Universel |
| Lancement | June 2007 |
| État actuel | version 15.2 |
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Bgee repose exclusivement sur des données d'expression annotées et nettoyées, provenant d'organismes sains à phénotype sauvage (pas de maladies, de traitements, d'invalidations géniques), afin de fournir une expression génique de référence saine et phénotypiquement sauvage en vue de comparaisons.
La base génère des signaux de présence/absence d'expression, et de sur-/sous-expression différentielle, intégrés avec l'information d'orthologie des gènes et l'homologie entre organes. Cela permet la comparaison des patrons d'expression à tous les niveaux entre espèces.
Bgee peut être interrogé par gène, organe / tissue / type cellulaire, et stade de développement.
Elle rejoint les Global Core Biodata Resources (GCBRs) qui représentent les « composants critiques permettant d'assurer la reproductibilité et l'intégrité de la recherche en sciences biomédicales ». Bgee intègre les ELIXIR Recommended Interoperability Resources qui facilitent les activités de partage dans la recherche scientifique.
Notes et références
modifier- (en) Bastian FB, Parmentier G, Roux J, Moretti S, Laudet V et Robinson-Rechavi M, « Bgee: Integrating and Comparing Heterogeneous Transcriptome Data Among Species », Lecture Notes in Computer Science, vol. 5109, , p. 124–131 (ISBN 978-3-540-69827-2, DOI 10.1007/978-3-540-69828-9_12)
- (en) Bastian FB, Roux J, Niknejad A, Comte A et al., « The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals », Nucleic Acids Research, vol. 49, no D1, , D831–D847 (PMID 33037820, PMCID 7778977, DOI 10.1093/nar/gkaa793
)
Voir aussi
modifier- (en) Niknejad A, Mungall CJ, Osumi-Sutherland D, Robinson-Rechavi M et Bastian F, « Creation and unification of development and life stage ontologies for animals », arXiv, (arXiv 2206.12231)
- (en) Komljenovic A, Roux J, Wollbrett J, Robinson-Rechavi M et Bastian F, « BgeeDB, an R package for retrieval of curated expression datasets and for gene list expression localization enrichment tests », F1000Research, vol. 5, , p. 2748 (PMID 30467516, PMCID 6113886, DOI 10.12688/f1000research.9973.2
- (en) Haendel MA, Balhoff JP, Bastian FB et al., « Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon », J Biomed Semantics, vol. 5, , p. 21 (PMID 25009735, PMCID 4089931, DOI 10.1186/2041-1480-5-21
Liens externes
modifier- (en) « Bgee intègre les ELIXIR Recommended Interoperability Resources », ELIXIR,
- (en) « Bgee rejoint les Global Core Biodata Resources », GCB Global Biodata Coalition,
- (en) « À propos de Bgee », SIB Swiss Institute of Bioinformatics,