電波によるテクノロジーが発達した未来。人類はその技術を利用し、遥か遠い異星の知的生命体とのコンタクト計画を進めていた。主人公、星河スバルは宇宙飛行士の父を持つ少年。ある時スバルの家に父の後輩・天地が訪ねてくる。天地が差し出したのは父、大吾が開発したというメガネ、ビジライザーだった。
登校拒否を続けているスバルの家に、クラス委員長の白金ルナが訪ねて来る。ルナから逃げ出したスバルは、ビジライザーを通してぶつかり合う謎のふたつの光を目撃する。
スバルが見た光の正体は電波の体を持つ異星人ウォーロックだった。自分のトランサーの中にウォーロックをかくまうことになったスバル。ウォーロックと共に街へ出かけたスバルは電波ウイルスが引き起こす事件に巻き込まれてしまう。
ウォーロックと合体して電波人間に変身したスバルはウォーロックに言われるまま電波ウイルスとのバトルに突入する。電波空間内での体験に戸惑いながらも、必死で戦うスバルだが･･･
ロックマンに変身したスバルは電波ウイルスを倒すため、電波空間を駆けめぐっていた。一方、天地の後輩、宇田海は周囲に隠れてある研究を進めていた。
キグナス・ウイングとロックマンはＡＭＡＫＥＮ内で激しい戦いを繰り広げる。だがバトルの最中、キグナス・ウイングは手下を放ち姿を消してしまう。キグナス・ウイングが向かったのは宇宙空間だった。
ウォーロックは学校に興味を持ち、スバルに学校に連れて行けと口うるさく要求する。仕方なく学校へ行くことにしたスバル。委員長のルナは大張り切りでスバルの世話を焼く。
オックスはゴン太と合体してオックス・ファイアに変身、学校内を破壊しはじめる。スバルはロックマンに変身してオックス・ファイアと戦う。そんな中、ルナがオックス・ファイアに捕えられてしまう。
乾山深夜、自分にしか聞こえない音色に誘い出されたウォーロックは新たなＦＭ星人ハープと出会う。ハープは人間の少女と合体してハープ・シンガーと名乗りウォーロックを倒そうとする。
アイドル歌手・響ミソラのバーチャルライブが開催されることとなり、スバルはルナたちに強引に誘われしぶしぶ会場へ向かう。だが、ステージ上のスクリーンに現れ歌い始めたのはハープシンガーだった。
度重なる電波ウイルス事件に、スバルが何か関わっているのではないかと疑う五陽田はスバルを監視しはじめた。困惑するスバルだが･･･
子ども向け科学教室の講師・育田と出会ったスバルは実験内容に興味を持ち、科学教室に参加することに。一方ウォーロックを狙ってＦＭ星人リブラがやってきた。スバルはロックマンに変身してリブラと戦う。
自分の正体を見破られたと知ったリブラは育田と合体してリブラ・バランスに変身する。リブラ・バランスは科学実験を応用した攻撃でロックマンに襲い掛かってきた。
AMAKENを訪れたスバルは、笑いの止まらない所員たちに異変を感じる。街でも人々が意味も無く笑い転げ、騒ぎとなっていた。ウォーロックは事件の犯人がＦＭ星人ジェミニの仕業だと気づく。
人間と合体したジェミニはジェミニ・スパークと名乗ってロックマンに挑戦してきた。何とかしたいスバルだが、ウォーロックは強敵のジェミニには叶わないと動こうとしない。ジェミニは人の心を操る能力を使い、更なる混乱をまき起こしていた。
電波空間内で激しい戦いを繰り広げるジェミニ・スパークとロックマン。ジェミニは電波変換すると黒白二体のジェミニ・スパークに分裂し、ロックマンを翻弄する。ピンチに陥ったロックマンの前に現れたのは…
ＦＭ星人キャンサーは自分と合体可能な人間を探し続けていた。やっとの思いで見つけた相手はミソラファンの男の子、千代吉。キャンサー・バブルとなった千代吉はミソラのコンサート会場に潜り込むが･･･
宅配便の配送センターで電波ウイルスを倒したロックマン。だがその後大量の荷物が星河家に届くというトラブルが発生する。バトルの影響で仕分けの機械が故障してしまったためだ。責任を感じたスバルは荷物の宅配に行くことにする。
転がったボールを追いかけ、ある屋敷内に迷いこんだスバル。そこでスバルは広大な庭園の世話をする植木職人、尾上十郎と出会う。ボールを見た途端、様子がおかしくなる十郎だったが･･･
ジェミニ・スパークは十郎に近づき、十郎の中に押さえ込まれたウルフの意識を呼び醒まそうとする。覚醒したウルフはウルフ・フォレストに変身して暴れはじめた。スバルはロックマンに変身してウルフ・フォレストと戦う。
廃園となって久しい遊園地。そこに宝が眠っているという噂を聞き、興味津々でやって来たルナ達。スバルとツカサも同行して不気味な園内を探検することになった。そこにドクロの姿をした幽霊が現れ、ルナ達を恐怖に陥れる。
廃墟の遊園地に現れたクラウン・サンダーは不死身の体でロックマンに戦いを挑んできた。そこにジェミニ・スパークが現れる。 ジェミニ・スパークはＦＭ星人クラウンの操る幽霊船を利用してある企みを実行しようとしていた。
ロックマンがハープ・ノートと一緒にいるところを目撃したルナは落ち込み気味。ゴン太とキザマロはルナを元気づけようと響ミソラの公開録画観覧に誘う。一方スバルもミソラの事が気になっていて、スタジオを訪れていた。
ミソラのステージにオヒュカス・クイーンが乱入、暴れ始めて会場は大パニックになる。ミソラはハープ・ノートに変身してオヒュカス・クイーンと戦う。
宇田海がAMAKENに戻ってきた。再会を喜ぶ天地だが、宇田海の心はキグナスに完全に操られていた。 宇田海はキグナス・ウィングに変身し、ロックマンを襲う。応戦するロックマンだが･･･
行方不明のスバルを捜す天地のもとに、ウォーロックが助けを求めてきた。 その頃FM星人の生き残りたちはキグナスが放つ特殊電波に呼び出され集結。キグナスは宇田海の才能を使い、人間の体にとりつくことなく電波変換可能な装置を開発していた。
ウォーロックの告白に衝撃を受けたスバルはウォーロックに絶交を言い渡す。時を同じくして、宇田海の姿を借りたキグナスが地球人類に宣戦布告をしてきた。ロックマンのいない今、ハープ・ノートが独りで町を襲う電波ウィルスに対抗して戦うが･･･
電波ウィルスに襲われ壊滅状態の町で、スバルはウォーロックと再会する。 ロックマンに変身したスバルはサテライト管理局を制圧したキグナス・ウイングの元へ駆けつける。 キグナス・ウィングは、電波変換体となったFM星人達と共にロックマンを待ち構えていた。
スバルは三体のサテライト管理者、ペガサス・マジック、レオ・キングダム、ドラゴン・スカイと出会う。 彼らは自らの正体をかつてFM星人に滅ぼされた電波生命体、AM星人であるとスバルに明かす。 その頃ウォーロックはキグナスに捕らえられていた。
最終兵器・アンドロメダが動き始めた。アンドロメダの鍵を取り戻すためＦＭ星人達と戦うロックマン。 その間にもアンドロメダは地球の内部へと進行し続ける。ロックマンはスターフォースの力で強力な攻撃を繰り出しFM星人達に対抗しようとする。
FM星人達はFM星へ帰ろうと通信を試みるが、母星からの応答はなく意気消沈。 一方、アンドロメダの鍵はなぜかキャンサーの手に渡っていた。これさえあれば地球抹殺の任務を遂行できると意気込むFM星人達だったが･･･。
アンドロメダの鍵を再び起動させるため、地球人からマイナスエネルギーを集めることを決意したFM星人達。 だがどうすればよいかがわからず頭を悩ませる。とりあえずは怖がらせてみようと、オックスとウルフは電波変換して街を襲い始めた。 駆けつけたロックマンに、オックス・ファイア達はアンドロメダの鍵の復活を告げる。
ゴン太の勉強をみてやっていたルナは、ゴン太の姿で行動していたオックスをゴン太だと勘違い。 それが原因でルナとゴン太の仲が険悪になってしまう。キザマロは二人を心配するが、その後街で見かけたルナとゴン太は予想外に親密な様子だった。キザマロは二人がデートをしていると思い込む。
キザマロはルナとゴン太に気を使い、スバルにも二人の恋路の邪魔をしないよう指導する。 が、スバルはキザマロが見たルナとゴン太はオヒュカスとオックスなのではと疑う。 一方、二人のことが気になって仕方がないキザマロはゴン太達の後をつけ始めた。
人間のマイナスエネルギーについて調べるため、テレビのクイズ番組の司会の仕事を始めたリブラ。だがタレントとして人気者になってしまい、本来の目的を忘れて舞い上がる。他のFM星人達はそんなリブラをやっかみ、リブラ出演の番組をつぶそうと画策する。
リブラが司会を務めるクイズ番組に乱入してきたFM星人たち。収録会場にはあかねと響ミソラも居合わせていた。自宅のテレビを見ていて騒ぎに気づいたスバルは電波変換して会場へ駆けつけるが･･･
巷ではトランサーやウェーブスキャナーの中で育てる電波ペットが流行中。 一方、ウルフは他のFM星人達と大ゲンカの末、アジトを飛び出し五陽田に追われる羽目に。 手近な人間の持っていたウェーブスキャナーの中に潜伏するウルフだが･･･
スバルはウォーロックを電波ペットに仕立て、電波ペットコンテストに出場することになった。 順調に決勝へと進んだウォーロックは、ウルフによく似たペット、リッキーと対決することになる。
町に繰り出したキャンサー・バブルは、ルナたちと遭遇。ロックマンとハープ・ノートの仲に嫉妬し、怒りまくりのルナの勢いに圧倒されたキャンサー・バブルは、そのエネルギーがあればアンドロメダの鍵を目の前に頻繁に現れるキャンサー・バブルにうんざりしていた。
ルナの怒りをマイナスエネルギーに変換できると確信したキャンサーは、怒りをさらに増幅させるため、ミソラが出演しているテレビドラマを参考にしてある作戦を企てる。一方ハープ･ノートは、目の前に頻繁に現れるキャンサー・バブルにうんざりしていた。
世の中のためになるものを発明したいと考えた宇田海は色々な発明品を製作するが失敗ばかり。 天地は宇田海に電波ウィルスを退治できるような装置を作れないかとアドバイスする。 張り切って開発を進める宇田海だが･･･
宇田海の発明品・電波ウィルス誘引装置が誤作動し、アマケン内に電波ウィルスが大量発生してしまう。スバルはロックマンに変身して戦うがあまりの数の多さに大苦戦。装置に目をつけたキャンサーはそれを使えば地球人を滅ぼせると考え、アマケンに乗り込んできた。
テレビの仕事を干されそうになったリブラは、何故こうなってしまったのか思い悩むうち、強気な炎のリブラと弱気な水のリブラ、ふたつの人格に分裂してしまう。炎のリブラはタレント業をやめて地球侵略に集中すべきだと考え、電波変換して暴れ始めた。
リブラは自分の体験を綴った日記を小説の賞に応募、なんと大賞に選ばれてしまう。リブラの作品は大ヒットし、再びリブラブームがおとずれた。しかし弱気な水のリブラは、この地位ももろいものだと悲観する。
手作りの料理でロックマンのハートを射止めると決意したルナはあかねから料理の手ほどきを受けることに。 味見役にかり出されたスバルは散々な目に遭う。一方オヒュカスは生活を支えるため、アルバイトに精を出す毎日を送っていた。
完成した手作り弁当を手に、ルナはロックマンの出現を心待ちにしていた。その頃、キャンサーが町で騒ぎを起こし人々を混乱に陥れていた。ルナはロックマン様に会える！と喜び勇んで現場へ駆けつける。
地球に近づく電波彗星を観測していたスバル。だがその彗星を目にした途端、ウォーロックの性格が豹変する。礼儀正しく、言葉遣いも丁寧な紳士なウォーロックになってしまったのだ。そして他のＦＭ星人達も彗星の影響を受け、それぞれ性格が変化していた。
ウォーロックの性格が変化したまま、恐竜博物館へ見学にやって来たスバルたち。そこにクラウンがやって来て、恐竜の骨格標本と合体し展示室で暴れ始めた。スバルはロックマンに変身して戦おうとするが、紳士なウォーロックは戦いなど野蛮な行為だと非協力的で･･･
宇宙ステーションの残骸が発見されたという連絡を受け、アマケンに駆けつけるスバル。残骸とはブラザーバンドシステム装置で、今もなおＦＭ星に向けて送信を続けているという。ウォーロックは宇宙ステーション襲撃の真相、そして大吾との出会いについて語り始めた。
FM星人たちはアンドロメダ復活を賭け、地球に一斉攻撃をしかけてきた。応戦するロックマンとハープ・ノート。だが戦いの中、キャンサーが持っていたアンドロメダの鍵が壊れてしまい、ＦＭ星人達は愕然とする。
アンドロメダを起動させるため行動を開始するジェミニ・スパーク。北極海に浮上したアンドロメダは氷の中で目覚めようとしていた。そしてその周辺区域では、大規模な電波障害が発生して混乱状態となっていた。
ミソラのコンサートの最中、ジェミニ・スパークがハープに襲いかかってきた。ハープ・ノートに変身して戦うミソラ。ロックマンも駆けつけ、ジェミニ・スパークとの激しい戦いが繰り広げられるが･･･。
ついにアンドロメダが動きはじめた。街を破壊するアンドロメダに逃げ惑う人々。スバルとミソラはアンドロメダを止めるため変身して戦う。
アンドロメダの攻撃を受け、ロックマンはスバルとウォーロックに分離してしまう。一方ジェミニ・スパークはアンドロメダの力を増幅し、地球抹殺を遂行しようとする。そこにＦＭ王ケフェウスが現れた。