কটন বিশ্ববিদ্যালয় (ইংরেজি: Cotton University) ভারতের উত্তর-পূর্বাঞ্চল অসম রাজ্যের গুয়াহাটি মহানগরে অবস্থিত একটি উচ্চশিক্ষা প্রতিষ্ঠান। ব্রিটিশ শাসিত অসমের ইন চিফ স্যার হেনরি ষ্টেডমেন কটন ও কে.সি.এস.আই ১৯০১ সনের ২৭মে কটন কলেজ প্রারম্ভ হওয়ার ঘোষণা করেন। স্যার হেনরি ষ্টেডমেন কটন অসমে উচ্চ শিক্ষার ক্ষেত্রে যথেষ্ট অবদান রাখার জন্য কলেজটির নাম কটন কলেজ রাখা হয়। অধ্যক্ষ ফ্রেডরিক উইলিয়াম সুডমার্সন সহ ৫জন অধ্যক্ষ দ্বারা কলেজটিতে প্রথম শিক্ষাদানের ব্যবস্থা করা হয়েছিল। কলেজ আরম্ভ হওয়ার সময় এফ.এ প্রথম বছরে ৩৭জন ছাত্র ও এফ.এ দ্বিতীয় বছরে ২জন সর্বমোট ৩৯ ছাত্র নিয়ে শিক্ষাদান আরম্ভ হয়েছিল। ১৯৯২ সনের ৬ অক্টোবর তারিখে ভারতের তৎকালীন রাষ্ট্রপতি শংকর দয়ালের উপস্থিতে কটন কলেজকে স্নাতকোত্তর শিক্ষা প্রতিষ্ঠান হিসেবে ঘোষণা করে। ২০০১ সনের ২৭ মে থেকে ২০০২ সনের ২৬মে সন পর্যন্ত এই কলেজ শতবার্ষিক কার্যসূচি অনুষ্ঠান করে। ভারতের তৎকালীন উপরাষ্ট্রপতি কৃষ্ণ কান্তে এই কার্যসূচিতে অংশগ্রহণ করেছিলেন। ২০০২ সনে ভারত সরকার কটন কলেজের স্মারক হিসেবে ৪টাকার বিশেষ ডাক টিকেট প্রচলন করেছিলেন।
কটন কলেজে কলা, বিজ্ঞান, সমাজ বিজ্ঞান শাখার মোট ২১টি প্রাক-স্নাতক ও ২০টি স্নাতকোত্তর বিভাগে ৫০০০জন ছাত্র-ছাত্রী ও ২৪৪ জন শিক্ষক আছে। এই কলেজ ভারতের স্বাধীনতা আন্দোলন ও সাহিত্য সংস্কৃতি আন্দোলনের কেন্দ্র হিসেবেও বিখ্যাত। ২০১৭ সনে কলেজকে রাজ্যিক বিশ্ববিদ্যালয় হিসেবে উন্নীত করা হয়।
