Organizační struktura Celní správy ČR je dvoustupňová a tvoří ji Generální ředitelství cel ČR a jemu je podřízeno 15 celních úřadů. Organizační schema je níže. Odlišnou organizační strukturu od všech celních úřadů má Celní úřad pro Liberecký kraj, Celní úřad pro Plzeňský kraj a Celní úřad Praha Ruzyně.
Generální ředitelství cel 12x celní úřad Celní úřad pro Liberecký kraj Celní úřad Praha Ruzyně Celní úřad pro Plzenský kraj.pdf