Базовая кафедра создана решением Ученого совета НИУ ВШЭ 27 апреля 2012 года. Создание базовой кафедры ИППИ на факультете математики НИУ ВШЭ рассматривается как очередной шаг в установлении многопланового сотрудничества между Институтом проблем передачи информации им. А.А.Харкевича РАН и Национального исследовательского университета Высшая школа экономики.

Институт проблем передачи информации им. А. А. Харкевича РАН был создан в 1961 году. Основной целью Института является выполнение фундаментальных научных исследований и прикладных разработок в области проблем передачи, распределения, обработки информации и управления в технических и живых системах. В Институте сформировался стабильный коллектив высококвалифицированных ученых, который объединяет математиков, физиков, биологов, инженеров и лингвистов, ведущих в творческом содружестве фундаментальные исследования по широкому кругу научных проблем.  Среди сотрудников Института: три академика РАН, два члена-корреспондента РАН, один профессор РАН, порядка 100 докторов и 180 кандидатов наук. Три сотрудника Института удостоены высшей премии в области математики – награждены золотой медалью Филдса.